«Canlı varlıkların incelenmesinde fiziğin uygulanması»

«Canlı organizmaların fiziği»

İnterdisipliner (disiplinler arası)

Multidisipliner (çok alanlı)

«Canlılar ve hayatın incelenmesinde fizik kural ve

yöntemlerinin kullanılması ya da bir biyolojik sistemde
oluşan biyolojik olayların fizik gözlem ve metotlarıyla
incelenmesi »

Biyofizik= Biyoloji + Fizik + Kimya

 BOTANİK
Bitki Ekolojisi
Bitki Fizyolojisi
Sistematik Botanik
Evrim

Sitoloji
Bitki Biyokimyası

Moleküler Biyoloji
Anatomi ve Morfoloji

Bitki Sosyolojisi Bitki Biyoteknolojisi

Biyoloji
Fizik
Kimya
Fizikokimya
Matematik
Elektrik Mühendisliği
Bilgisayar Mühendisliği
Moleküler Biyofizik - Hücre Biyofiziği - Sistem Biyofiziği
Moleküler biyofizik; biyomolekülleri ve yaşamsal süreç ile
işlevleri molekül düzeyinde ve fiziksel yöntemlerle
inceleyen ve fizik dilinde yorumlayan bir bilim dalıdır.
Evrenin yaklaşık 13,7 milyar yıl önce aşırı yoğun ve sıcak bir noktadan
meydana geldiğini savunan evrenin evrimi kuramı ve geniş şekilde
kabul gören kozmolojik modeldir.

1920 – Rus kozmolog ve matematikçi Alexander Friedmann

Belçikalı fizikçi Georges Lamaitre
Georges Lemaître "ilk atom hipotezi«

Modelin iskeleti Einstein’ın genel görelilik kuramına dayanmaktadır!

İlk Big Bang modeli Alexander Friedmann tarafından hazırlanmıştır.
George Gamow ilk nükleosentez olayı!
Tanecikli yapı  Bohr Atom Modeli (1915)
Tanecikli yapı  Bohr Atom Modeli (1915)
Tanecikli yapı  Bohr Atom Modeli (1915)
Bohr + De Broglie (madde dalgaları kuramı)  Elektron, elektromagnetik bir dalgadır.
Sabit yörüngeler yerine bir bulut halinde çekirdek etrafındadırlar (1930). Elektronlar
n=1 ve n=2 seviyelerinde bulunurlar.
 Elektron çifti, bağı kuran atomlar tarafından verilir.
 Elektron vericisi olarak davranan F (Flor), O (Oksijen), N (Nitrojen-Azot), vb.
atomların dış kabuklarındaki serbest elektron çiftleriyle, alıcı atomların boş
yörüngeleri doldurulur.
 Geçiş metallerinin iyonlarının oluşturduğu kompleks yapılarda görülürler.

Solunum organından
dokulara oksijen,
dokulardan solunum
organına ise
karbondioksit ve
proton taşıyan
protein. Eritrositlerin
içerisinde bulunur.
Oksijeni +2 değerlikli
demir içeren hem
molekülleri ile bağlar.
 Moleküllerin bir bölgelerinde sınırlı bir elektropozitif (q1) ve diğer bir bölgelerinde
ise sınırlı bir elektronegatif (q2) yüke sahip olmaları gerekir.
 Bu elektriksel kutuplaşma geçici nitelikli olup, komşu moleküller arasındaki
etkileşmelerden doğar.
 İyonik bağa oranla yakın uzaklıklarda (r-4 - r-6 değerleriyle orantılı olarak) çok etkili
olabilmektedir.
 Eğer her iki molekülde aynı kütle ve boyuta sahipse bu bağ artan polariteyle birlikte
kuvvetlenir.
 Nerede rol oynar?

 Hücre içinin yoğun ortamında,

 Makromoleküllerin hücre altyapılarıyla etkileşmelerinde, (ribozom üzerinde
gerçekleşen protein biyosentezinde)
 DNA üzerinde RNA moleküllerinin oluşumunda ya da enzimatik kataliz sırasında
büyük önem kazanır.
 Düzlemsel (aromatik) moleküllerin arasında oluşan yapıları, örneğin DNA çift
sarmal yapısını kalıcı kılmada büyük rol oynar.
 Etkileşim gücü için önemli bir altsınır bulunmaktadır. Molekül ya da atomların
etkileşimlerinin en kalımlı olduğu bir uzaklığın (ro) ötesinde çekim gücü azalır.
 Dış elektron yörüngeçleri kesişmeye başlayacak ölçüde yakınlaştıklarında karşılıklı
olarak bir itim gücü oluşur. Daha ileri bir yakınlaşmaya koşut olarak itim gücü r-12 ile
orantılı artar.
 Bu tür etkileşimlerde erişilebilecek en küçük uzaklık, etkileşen molekül ya da
atomların van der Waals yarı çaplarının (R) toplamına eşittir. Atom ve moleküllerin van
der Waals yarı çapları 0,1-0,2 nm arasında değişir.
 Hidrojen bağı, dipol-dipol bağının özel bir şeklini oluşturur.
 Hidrojen atomu, kovalent olarak elektronegatif bir atoma (örneğin oksijen, sülfür ya
da nitrojene) bağlandığında, ortaya çıkan A-H yapısının elektriksel olarak kalıcı
biçimde kutuplaştığı görülür.
 Hidrojen atomu (H) sınırlı bir pozitif yük kazanarak, çevresini de kutuplaştırıcı biçimde
etkiler.
 Eğer çevrede sınırlı bir elektronegatif yüke sahip bir atom (B) bulunuyorsa, o zaman H
ve B arasında bir etkileşme olanak kazanır.
 Ortaya çıkan ve hidrojen bağı olarak tanınan bu bağın devamlılığı B molekülünün
taşıdığı elektronegatif yükle orantılıdır.
 Hidrojen bağlarının enerjisi (3-7 kcal.mol-1), van der Waals bağlarının ortalama
enerjisine (1 kcal.mol-1) oranla daha yüksektir.
 Proteinlerde iki sistein aminoasidinin tiyol grupları arasında oluşan S-S bağı,
disülfür bağı.
 Sülfidril grubu içeren bir amino asit. Formülü C3H7O2NS olan, protein hidrolizi
ve sistinin bozunması ile oluşan biyokimya ve gıda araştırmalarında, ekmek
hamurunda, indirgen madde olarak kullanılan, amonyak ve asetik asitte
çözünen, eter, aseton, benzen, karbon disülfür ve karbon tetra klorürde
çözünmeyen renksiz kristal yapıda bir amino asit.
 Protein katlanmalarında rol oynarlar.
 Hidrokarbon molekülleri, bağ oluşumuna katılan elektronlarının eşit olarak hidrojen
ve karbon atomları arasında paylaşılmaları nedeniyle, elektriksel bir kutuplaşma
göstermez.

 Polar su molekülleriyle hidrojen bağları kuramadıklarından, su içinde çözünme

yeteneğinden yoksundur. Sudan kaçıp kendi aralarında kümelenirler.

 Misellerin iç bölümünde görülen durum budur. Böyle sudan kaçan (hidrofobik)

gruplar arasındaki çekici güce hidrofobik bağ adı verilir.

 Hidrofobik bağların esasını apolar gruplar arasında da oluşabilen van der Waals
güçleri oluşturur. Hidrofobik bağların gücü (3-4 kcal/mol), van der Waals bağlarının
yanısıra bu grupların, su evresinden polar su molekülleri tarafından dışlanmasından
kaynaklanır.
 Bu bağlar, biyomoleküllerin polar ortamında özgün üçboyutlu yapılarını
kazanmalarında önemli rol oynar.

 Ayrıca, biyolojik tepkimelerin ön aşamaları, örneğin enzimlerin tepkimeye

uğrattıkları substrat molekülleriyle etkileşimleri, bu tip zayıf bağlarla gerçekleşir.

Çeşitleri Bağ gücü (kcal.mol-1)

Kovalent Bağ 50-100
İyonik Bağ 5 (su ortamında)
100 (kristal yapıda)
van der Waals Bağı 1-2
Hidrojen Bağı 3-7
Hidrofobik İlişkiler 3-4
 Hücre yapıtaşları arasında su, hücre kütlesindeki payı bakımından en ön sırada
bulunur.

 Hücre kütlesinin yaklaşık yüzde yetmişini oluşturur.

 Hücrenin hemen hemen tüm metabolik olaylarının gerçekleştiği bir ortam olup,
çeşitli tepkimelere doğrudan katılır ve yine bazı tepkimelerin ürünü olarak ortaya
çıkar.

 Suyun hücre altyapıları ve hücre yapıtaşlarıyla etkileşmesi bu moleküllerin doğal

üçboyutlu yapılarını ve hücrenin moleküler düzenini belirler.

 Diğer sıvılara oranla daha yüksek bir özgül ısıya, daha yüksek bir erime, kaynama ve
buharlaşma ısısına, daha yüksek bir yüzey gerilim enerjisine ve dielektrik katsayısına
sahiptir.

 Bütün bu nitelikleri su moleküllerinin arasındaki kohezyon (türdeş yapışma)

güçlerinin diğer sıvılara oranla daha yüksek olmasından kaynaklanır.
 Su molekülleri arasında görülen güçlü çekimin nedenini bu moleküllerin dipolar
yapısından kaynaklanır.

 Oksijen atomunun dış elektron kabuğundaki iki değerlik elektronu, hidrojen

atomlarının elektronlarıyla kovalent bağlar kurarken, oksijenin diğer dış
yörüngeçlerinde bulunan elektronlar çekirdeğe yaklaşarak su molekülünün oksijen
bölümünü sınırlı elektronegatif duruma getirir. Buna koşut olarak, hidrojen atomları
sınırlı elektropozitif yüke bürünür.

 Su molekülünü temsil eden bir modele bakıldığında, elektrostatik yükün bir üçgen
prizmanın dört köşesine dağılmış olduğu görülür. Hidrojen atomları üçgen prizmanın
iki ucunda, oksijen yörüngeçleri tarafından oluşturulan iki elektronegatif yük merkezi
de üçgen prizmanın diğer iki ucunda yer alır. Oksijen atomunun çekirdeği ise, üçgen
prizmanın merkezinde bulunur. Su molekülünün elektrik yükünün bu dört yönlü
dağılımı sonucu, her bir su molekülü etrafında dört komşu su molekülü gruplaşır.
 Elektrostatik kutuplaşma, su molekülleri arasındaki (dipol-dipol etkileşimine dayalı)
hidrojen köprülerinin kurulmasına yol açar. Sıvı fazında su molekülleri arasında bu
gruplaşma dinamik niteliklidir. Su molekülleri zaman zaman birleşip, yeniden ayrışır.

 Gruplaşma eğilimi, suyun donması durumunda üstünlük kazanır ve suyun kristal

yapısı olan buz parçacıkları ortaya çıkar. Katı hale geçmesiyle suyun biyolojik sistemler
için büyük önem taşıyan diğer ayrıcalıklı bir özelliği ortaya çıkar.

 Su, bütün sıvılar arasında katı haline geçtiğinde yoğunluğu azalan tek sıvıdır. “Su
yüzeyden donar” deyimiyle anlatılan bu mekanizma okyanuslardaki yaşamın, evrim
sürecinde, başlıca güvencesini oluşturmuştur.