Coarse-Grained Modeling of

Biomolecules 1st Edition Garegin A.

Papoian
Visit to download the full and correct content document:
https://textbookfull.com/product/coarse-grained-modeling-of-biomolecules-1st-edition-
garegin-a-papoian/
More products digital (pdf, epub, mobi) instant
download maybe you interests ...

DNA Systems Under Internal and External Forcing An

Exploration Using Coarse Grained Modelling Megan Clare
Engel

https://textbookfull.com/product/dna-systems-under-internal-and-
external-forcing-an-exploration-using-coarse-grained-modelling-
megan-clare-engel/

Essential Computer Graphics Techniques for Modeling,

Animating, and Rendering Biomolecules and Cells: A
Guide for the Scientist and Artist 1st Edition Giorgio
Luciano
https://textbookfull.com/product/essential-computer-graphics-
techniques-for-modeling-animating-and-rendering-biomolecules-and-
cells-a-guide-for-the-scientist-and-artist-1st-edition-giorgio-
luciano/

Chemistry of Biomolecules, Second Edition S. P. Bhutani

(Author)

https://textbookfull.com/product/chemistry-of-biomolecules-
second-edition-s-p-bhutani-author/

Quantifying Interactions of Biomolecules with Inorganic

Surfaces 1st Edition Abhijeet Patra (Auth.)

https://textbookfull.com/product/quantifying-interactions-of-
biomolecules-with-inorganic-surfaces-1st-edition-abhijeet-patra-
auth/
Modern Biophysical Chemistry Detection and Analysis of
Biomolecules 2nd Edition Peter Jomo Walla

https://textbookfull.com/product/modern-biophysical-chemistry-
detection-and-analysis-of-biomolecules-2nd-edition-peter-jomo-
walla/

High Temperature H2S Removal from IGCC Coarse Gas 1st

Edition Jiang Wu

https://textbookfull.com/product/high-temperature-h2s-removal-
from-igcc-coarse-gas-1st-edition-jiang-wu/

Carbon Stocks of Coarse Woody Debris in Central African

Tropical Forests 2nd Edition Romeo Ekoungoulou

https://textbookfull.com/product/carbon-stocks-of-coarse-woody-
debris-in-central-african-tropical-forests-2nd-edition-romeo-
ekoungoulou/

Modeling of Chemical Wear: Relevance to Practice 1st

Edition A. Sethuramiah

https://textbookfull.com/product/modeling-of-chemical-wear-
relevance-to-practice-1st-edition-a-sethuramiah/

Macroscopic and Large Scale Phenomena Coarse Graining

Mean Field Limits and Ergodicity 1st Edition Adrian
Muntean

https://textbookfull.com/product/macroscopic-and-large-scale-
phenomena-coarse-graining-mean-field-limits-and-ergodicity-1st-
edition-adrian-muntean/
Coarse-Grained
Modeling of
Biomolecules
 Series in Computational Biophysics
Nikolay V. Dokolyan, Series Editor

Coarse-Grained Modeling of Biomolecules

Edited by Garegin A. Papoian

Molecular Modeling at the Atomic Scale: Methods and Applications

in Quantitative Biology
Edited by Ruhong Zhou

Computational Approaches to Protein Dynamics: From Quantum

to Coarse-Grained Methods
Edited by Mónika Fuxreiter
Coarse-Grained
Modeling of
Biomolecules

Edited by
Garegin A. Papoian
CRC Press
Taylor & Francis Group
6000 Broken Sound Parkway NW, Suite 300
Boca Raton, FL 33487-2742
© 2018 by Taylor & Francis Group, LLC

CRC Press is an imprint of Taylor & Francis Group, an Informa business

No claim to original U.S. Government works

Printed on acid-free paper

International Standard Book Number-13: 978-1-4665-7606-3 (Hardback)

This book contains information obtained from authentic and highly regarded sources. Reasonable efforts
have been made to publish reliable data and information, but the author and publisher cannot assume
responsibility for the validity of all materials or the consequences of their use. The authors and publishers
have attempted to trace the copyright holders of all material reproduced in this publication and apologize
to copyright holders if permission to publish in this form has not been obtained. If any copyright material
has not been acknowledged please write and let us know so we may rectify in any future reprint.

Except as permitted under U.S. Copyright Law, no part of this book may be reprinted, reproduced, trans-
mitted, or utilized in any form by any electronic, mechanical, or other means, now known or hereafter
invented, including photocopying, microfilming, and recording, or in any information storage or retrieval
system, without written permission from the publishers.
For permission to photocopy or use material electronically from this work, please access www.
copyright.com (http://www.copyright.com/) or contact the Copyright Clearance Center, Inc. (CCC), 222
Rosewood Drive, Danvers, MA 01923, 978-750-8400. CCC is a not-for-profit organization that provides
licenses and registration for a variety of users. For organizations that have been granted a photocopy
license by the CCC, a separate system of payment has been arranged.

Trademark Notice: Product or corporate names may be trademarks or registered trademarks, and are
used only for identification and explanation without intent to infringe.
Library of Congress Cataloging-in-Publication Data
Visit the Taylor & Francis Web site at
http://www.taylorandfrancis.com

and the CRC Press Web site at

http://www.crcpress.com
Contents

Series Preface, vii

Foreword, ix
Editor, xi
Contributors, xiii
Introduction: A Brief Historical Survey of Coarse-Graining
of Biomolecules, xvii

CHAPTER 1 ◾ Inverse Monte Carlo Methods 1

ALEXANDER P. LYUBARTSEV

CHAPTER 2 ◾ Thermodynamically Consistent Coarse

Graining of Polymers 27
MARINA G. GUENZA

CHAPTER 3 ◾ Microscopic Physics-Based Models of

Proteins and Nucleic Acids: UNRES
and NARES 67
MACIEJ BARANOWSKI, CEZARY CZAPLEWSKI, EWA I. GOŁAŚ,
YUAN-JIE He, DAWID JAGIEŁA, PAWEŁ KRUPA, ADAM LIWO,
GIA G. MAISURADZE, MARIUSZ MAKOWSKI,
MAGDALENA A. MOZOLEWSKA, ANDREI NIADZVEDTSKI,
ANTTI J. NIEMI, SHELLY RACKOVSKY, RAFAŁ ŚLUSARZ,
ADAM K. SIERADZAN, STANISŁAW OŁDZIEJ, TOMASZ WIRECKI,
YANPING YIN, BARTŁOMIEJ ZABOROWSKI, AND HAROLD A. SCHERAGA

v
vi ◾ Contents

CHAPTER 4 ◾ AWSEM-MD: From Neural Networks to

Protein Structure Prediction and Functional
Dynamics of Complex Biomolecular
Assemblies 121
GAREGIN A. PAPOIAN AND PETER G. WOLYNES

CHAPTER 5 ◾ Elastic Models of Biomolecules 191

QIANG Cui

CHAPTER 6 ◾ Knowledge-Based Models: RNA 221

RAÚL MÉNDEZ, ANDREY KROKHOTIN, MARINO CONVERTINO,
JHUMA DAS, ARPIT TANDON, AND NIKOLAY V. DOKHOLYAN

CHAPTER 7 ◾ The Need for Computational Speed: State

of the Art in DNA Coarse Graining 271
DAVIT POTOYAN AND GAREGIN A. PAPOIAN

CHAPTER 8 ◾ Coarse-Grained Modeling of Nucleosomes

and Chromatin 297
LARS NORDENSKIÖLD, ALEXANDER P. LYUBARTSEV,
AND NIKOLAY KOROLEV

CHAPTER 9 ◾ Modeling of Genomes 341

NAOKO TOKUDA AND MASAKI SASAI

CHAPTER 10 ◾ Mechanics of Viruses 367

OLGA KONONOVA, ARTEM ZHMUROV, KENNETH A. MARX,
AND VALERI BARSEGOV

INDEX, 417
Series Preface

he 2013 nobel prize in chemistry was awarded for the “Devel-

T opment of multiscale models for complex chemical systems.” This
prize was particularly special to the whole computational community as the
role computation has played since the pioneering works of Lifson, Warshel,
Levitt, Karplus, and many others was finally recognized.
This Series in Computational Biophysics has been conceived to reflect
the tremendous impact of computational tools in the study and practice
of biophysics and biochemistry today. The goal is to offer a suite of books
that will introduce the principles and methods for computer simulation
and modeling of biologically important macromolecules. The titles cover
both fundamental concepts and state-of-the-art approaches, with specific
examples highlighted to illustrate cutting-edge methodology. The series is
designed to cover modeling approaches spanning multiple scales: atoms,
molecules, cells, organs, organisms, and populations.
The series publishes advanced level textbooks, laboratory manuals, and
reference handbooks that meet the needs of students, researchers, and prac-
titioners working at the interface of biophysics/biochemistry and computer
science. The most important methodological aspects of molecular model-
ing and simulations as well as actual biological problems that have been
addressed using these methods are presented throughout the series. Promi-
nent leaders have been invited to edit each of the books, and in turn those
editors select contributions from a roster of outstanding scientists.
Series in Computational Biophysics would not be possible without
the drive and support of the Taylor & Francis series manager, Lu Han. The
editors, authors, and I are greatly appreciative of his support and grateful
for the success of the series.

Nikolay V. Dokholyan
Series Editor
Chapel Hill, North Carolina

vii
Foreword

rom the prehistoric drawings on the cave walls of Lascaux to

F the paintings hanging in the Louvre in the late nineteenth century, the
visual arts seemed to progress monotonically by adding ever more detail
seemingly to give greater realism. A new movement then exploded near the
turn of the twentieth century. Artists began to explore new ways of express-
ing truths about the visual world and the visual experience. These new ways
involved generally more abstract and superficially less detailed techniques
than those taught in the art schools. They required no less intellectual dis-
cipline, however. The new “modern art,” while not to everyone’s taste, nev-
ertheless, in the opinion of many, brought into existence creations of great
beauty and insight.
In recent decades the theoretical study of biomolecules has spawned a
similar movement. While acknowledging the power of the highly detailed
atomistic models of biomolecular structure and dynamics that can now be
simulated using the world’s most powerful computers, the scientists in this
movement have been trying to find new ways of looking at biomolecules
and how they move, ways that might be more elegant and efficient. These
approaches are often called “coarse grained” because they employ fewer
details in picturing molecules and their motion. The goal of this scientific
movement is to find computational models that still capture the inner truth
and, indeed, beauty of life at the molecular level. The new techniques that
this task brings forward are no less intellectually demanding nor intriguing
than those traditionally used in computer simulation. New ideas ranging
from renormalization group theory to neural networks, machine learning
and “Big Data” are key to these new developments.
The chapters in this book aim to survey some of the progress in simu-
lating biomolecular dynamics in this new style. The images conjured up by

ix
x ◾ Foreword

this work are not yet universally loved, but they are beginning to bring new
insights into the study of biological structure and function.
The future will decide whether this scientific movement can bring forth
its Picasso or Modigliani.

Peter G. Wolynes
Department of Chemistry, Rice University, Houston, Texas
Editor

Garegin A. Papoian is the first

Monroe Martin professor with
appointments in the Department
of Chemistry and Biochemistry
and the Institute for Physical
Science and Technology at the
University of Maryland, College
Park, Maryland. He was born in
Yerevan, Armenia, and completed
4 years of undergraduate studies in the Higher College of the Russian
Academy of Sciences, followed by graduate work with Professor Roald
Hoffmann at Cornell University. He received his PhD in 1999, working
on quantum chemistry of intermetallic alloys and heterogenous catalysis.
He then joined the research group of Professor Michael Klein at the
University of Pennsylvania as a postdoctoral associate in 2000, to study
metalloenzymes with Car–Parrinello simulations. This was followed
by a National Institutes of Health–sponsored postdoctoral fellowship
with Professor Peter Wolynes at the University of California, San Diego,
from 2001 to 2004 with research focused on protein folding, binding,
and hydration. He started his independent group in 2004 as an assistant
professor of chemistry at the University of North Carolina at Chapel
Hill, where he received tenure in 2010. He subsequently moved to the
University of Maryland in his current position. He is interested in utilizing
tools of physical chemistry to shed light on complex biological processes
at the molecular and cellular levels. His group is currently working on
developing physicochemical models of cytoskeletal dynamics and cell
motility, modeling the way DNA packs in cells of higher organisms, and
studying protein functional dynamics and allostery.
He is the recipient of numerous awards, including the Phillip and
Ruth Hettleman Prize for Artistic and Scholarly Achievement 2010,

xi
xii ◾ Editor

ACS Hewlett-Packard Outstanding Junior Faculty Award 2010, National

Science Foundation CAREER Award 2009, Camille Dreyfus Teacher-
Scholar 2008, Beckman Young Investigator 2007, Camille and Henry
Dreyfus New Faculty Award 2004, and National Institutes of Health
Postdoctoral Fellowship 2001.
Contributors

Maciej Baranowski Jhuma Das

Intercollegiate Faculty of Department of Biochemistry and
Biotechnology Biophysics
University of Gdansk and Medical School of Medicine
University of Gdansk University of North Carolina at
Gdansk, Poland Chapel Hill
Chapel Hill, North Carolina
Valeri Barsegov
Department of Chemistry
University of Massachusetts Lowell Nikolay V. Dokholyan
Lowell, Massachusetts Department of Biochemistry and
Biophysics
Marino Convertino School of Medicine
Department of Biochemistry and University of North Carolina at
Biophysics Chapel Hill
School of Medicine Chapel Hill, North Carolina
University of North Carolina at
Chapel Hill Ewa I. Gołaś
Chapel Hill, North Carolina Faculty of Chemistry
Qiang Cui University of Gdansk
Department of Chemistry Gdansk, Poland
University of Wisconsin-Madison and
Madison, Wisconsin
Baker Laboratory of Chemistry and
Cezary Czaplewski Chemical Biology
Faculty of Chemistry Cornell University
University of Gdansk Ithaca, New York
Gdansk, Poland

xiii
xiv ◾ Contributors

Marina G. Guenza Paweł Krupa

Department of Chemistry and
Biochemistry
Institute of Theoretical Science
University of Oregon
Eugene, Oregon
Yuan-Jie He
Baker Laboratory of Chemistry
and Chemical Biology
Cornell University
Ithaca, New York
Dawid Jagieła
Faculty of Chemistry
University of Gdansk
Gdansk, Poland
Olga Kononova
Department of Chemistry
University of Massachusetts Lowell
Lowell, Massachusetts
Nikolay Korolev
Division of Structural Biology and
Biochemistry
School of Biological Sciences
Nanyang Technological University
Singapore
Andrey Krokhotin
Department of Biochemistry and
Biophysics
School of Medicine
University of North Carolina at
Chapel Hill
Chapel Hill, North Carolina
Faculty of Chemistry
University of Gdansk
Gdansk, Poland
and
Baker Laboratory of Chemistry
and Chemical Biology
Cornell University
Ithaca, New York
Adam Liwo
Faculty of Chemistry
University of Gdansk
Gdansk, Poland
Alexander P. Lyubartsev
Division of Physical Chemistry
Stockholm University
Stockholm, Sweden
Gia G. Maisuradze
Baker Laboratory of Chemistry and
Chemical Biology
Cornell University
Ithaca, New York
Mariusz Makowski
Faculty of Chemistry
University of Gdansk
Gdansk, Poland
Kenneth A. Marx
Department of Chemistry
University of Massachusetts
Lowell
Lowell, Massachusetts

Raúl Méndez
Department of Biochemistry and
Biophysics
School of Medicine
University of North Carolina at
Chapel Hill
Chapel Hill, North Carolina
Magdalena A. Mozolewska
Faculty of Chemistry
University of Gdansk
Gdansk, Poland
and
Baker Laboratory of Chemistry
and Chemical Biology
Cornell University
Ithaca, New York
Andrei Niadzvedtski
Faculty of Chemistry
University of Gdansk
Gdansk, Poland
Antti J. Niemi
Department of Physics and
Astronomy
Uppsala University
Uppsala, Sweden
and
Laboratoire de Mathematiques et
Physique Theorique
Universite de Tours
Tours, France
and
Department of Physics
Beijing Institute of Technology
Beijing, P.R. China
Contributors ◾ xv
Lars Nordenskiöld
Division of Structural Biology and
Biochemistry
School of Biological Sciences
Nanyang Technological University
Singapore
Stanisław Ołdziej
Intercollegiate Faculty of
Biotechnology
University of Gdansk and Medical
University of Gdansk
Gdansk, Poland
Gargein A. Papoian
Department of Chemistry and
Biochemistry
Institute for Physical Science and
Technology
University of Maryland
College Park, Maryland
Davit Potoyan
Department of Chemistry
Iowa State University
Ames, Iowa
Shelly Rackovsky
Baker Laboratory of Chemistry and
Chemical Biology
Cornell University
Ithaca, New York
and
Department of Pharmacology and
Systems Therapeutics
The Icahn School of Medicine at
Mount Sinai
New York, New York
xvi ◾ Contributors

Masaki Sasai Naoko Tokuda

Department of Computational Department of Computational
Science and Engineering Science and Engineering
Nagoya University Nagoya University
Nagoya, Japan Nagoya, Japan

Harold A. Scheraga Tomasz Wirecki

Baker Laboratory of Chemistry and Faculty of Chemistry
Chemical Biology University of Gdansk
Cornell University Gdansk, Poland
Ithaca, New York and
Baker Laboratory of Chemistry and
Adam K. Sieradzan Chemical Biology
Faculty of Chemistry Cornell University
University of Gdansk Ithaca, New York
Gdansk, Poland
and Peter G. Wolynes
Department of Chemistry
Department of Physics and Rice University
Astronomy Houston, Texas
Uppsala University
Uppsala, Sweden Yanping Yin
Baker Laboratory of Chemistry and
Rafał Ślusarz Chemical Biology
Faculty of Chemistry Cornell University
University of Gdansk Ithaca, New York
Gdansk, Poland
Bartłomiej Zaborowski
Faculty of Chemistry
Arpit Tandon University of Gdansk
Department of Biochemistry and Gdansk, Poland
Biophysics
School of Medicine Artem Zhmurov
University of North Carolina at Department of Chemistry
Chapel Hill University of Massachusetts Lowell
Chapel Hill, North Carolina Lowell, Massachusetts
Introduction
A Brief Historical Survey of
Coarse-Graining of Biomolecules

Garegin A. Papoian

CONTENTS
I.1 Introduction xvii
I.2 Bottom-Up Coarse-Graining xviii
I.3 Top-Down Coarse-Graining xxi
I.4 Summary xxiv
Acknowledgments xxv
References xxv

I.1 INTRODUCTION
It is becoming increasingly clear that computer modeling will revolu-
tionize structural and molecular biology. While atomistic simulations of
biomolecules are well understood conceptually, coarse-grained models are
often viewed both with great interest—because of their promise to cut
through length and time scales—but also with certain confusion. The lat-
ter primarily arises from the difficulty of assessing the highly fragmented
landscape of coarse-grained modeling philosophies and strategies, which
should be juxtaposed with the rather straightforward and systematic devel-
opment of atomistic force fields. However, this diversity of approaches is
actually greatly advantageous, providing fertile ground for creative ideas
to germinate, compete with each other, and eventually turn into powerful
methods for attacking the most difficult problems of modern biology and
material science. Confusion, however, has a serious drawback of present-
ing a barrier of entry for younger scientists, who might be intrigued by the

xvii
xviii ◾ Introduction

promises of coarse-grained techniques, but are not sure how to compare

or evaluate different models. Hence, the main goal of this book is to pool
together pedagogical reviews of state-of-the-art coarse-graining strategies
for proteins, DNA, RNA, viral capsids, and entire genomes, to help students
or other interested scientists achieve a bird’s-eye view of various biomolec-
ular coarse-graining approaches.
To help the readers see more clearly the intricate landscape of coarse-
graining approaches, I would like to first start by introducing a classification
scheme based on the dichotomy of bottom-up versus top-down coarse-
graining, which can be followed by further grouping methods using addi-
tional criteria. Many practitioners tend to rely primarily only on one of
these two methodologies. I argue below that both of these strategies are
powerful in their own way, and both are likely to stay around for the foresee-
able future and contribute to solving many frontier problems in structural
and molecular biology. Interestingly, hybrid approaches that leverage and
integrate the advantages of both top-down and bottom-up coarse-graining
methodologies present yet another powerful paradigm for tackling many
specific challenges of biomolecular modeling.

I.2 BOTTOM-UP COARSE-GRAINING

The key idea of bottom coarse-graining is to take advantage of some char-
acteristic time-scale separation within the system’s dynamics, and integrate
out faster degrees of freedom. For dynamical systems, the Mori–Zwanzig
projection operator formalism provides a rigorous basis for such integra-
tion [1]; however, it is too cumbersome for most biomolecular applications.
For coarse-graining of systems at equilibrium, Kubo’s generalized
cumulant expansion [2], published in 1962, is one of the earliest well-
known examples of the systematic methodologies underlying bottom-
up coarse-graining. This methodology provides the underpinning of the
UNRES family of biomolecular force fields, reviewed in Chapter 3 by
Scheraga and coworkers. Interestingly, while the functional forms of the
UNRES force field, in particular, many-body interactions, are derived in
a bottom-up fashion, the force field parameterization relies significantly
on knowledge-based (i.e., a type of top-down) approaches. Another cel-
ebrated paper in protein modeling was published by Levitt and Warshel
(Nobel Prize Laureates in Chemistry in 2013) in 1975, which introduced
a one-bead-per-residue polymer model, and showed that computer simu-
lations can be productively used to study protein folding, providing deep
 Introduction ◾ xix

conceptual insights [3]. In that work, the interactions between coarse-

grained sites were derived in a bottom-up way from an underlying atomistic
model by explicitly summing all underlying microscopic interactions, rem-
iniscent of Kubo’s cumulant expansion formalism mentioned above [2].
Kadanoff ’s block-spin construction [4], which was motivated by
Widom’s scaling hypothesis in near critical systems [5], represents another
very prominent early example of bottom-up coarse-graining. Kadanoff pro-
posed to partition spins into groups (blocks), and assign a new spin vari-
able to each group, determined, for example, by the majority rule. This idea
was later developed by Wilson into the rigorous framework of renormal-
ization group (RG) theory [6,7], demonstrating the fundamental route for
connecting Hamiltonians at neighboring length scales. First, the real space
RG construction [8] requires an adequate functional basis set of interac-
tion potentials that are applicable at all scales, with only differing coef-
ficients entering specific potentials among the Hamiltonians at different
length scales. Then, in a 1-step renormalization, the partition functions
(or free energies) of two neighboring scales are required to match, con-
sequently, leading to equations for determining the parameters of a coarse-
grained Hamiltonian from a fine-grained one [8]. Iterative application of
this algorithm generates a flow in the space of Hamiltonians, revealing
interesting features, such as fixed points, which characterize various phase
behaviors [7].
However, from the viewpoint of coarse-grained model building, only
1-step renormalization is usually necessary. Following an earlier work
by Ma [9], Swendsen suggested [10] a numerical Monte Carlo scheme
for numerically estimating critical exponents of Ising models by obtain-
ing and subsequently analyzing the linearized RG transformation matrix
from simple correlations functions computed separately at fine-grained
and coarse-grained scales. This approach, with some modifications, was
applied to coarse-graining atomistic systems by Laaksonen and Lyburatsev
[11], and was further generalized for molecular systems with many-body
interactions by Savelyev and Papoian [12], who denoted the latter method
molecular renormalization group coarse-graining (MRG-CG). In princi-
ple, if the chosen basis set of the coarse-grained interaction potentials
is nearly complete, in particular including a large number of various
many-body terms, the MRG-CG procedure leads to rigorous derivation
of the coarse-grained Hamiltonian parameters from analyzing trajectories
obtained from fine-grained dynamics. In practice, however, the interaction
potentials are far from complete, hence, cumulant expansion approaches
xx ◾ Introduction

can be used to estimate the accuracy of coarse-graining [12]. Chapter 1

by Lyubartsev, Chapter 7 by Potoyan and Papoian, and Chapter 8 by
Nordenskiöld, Lyubartsev, and Korolev further elaborate on various flavors
of (RG) coarse-graining strategies and their applications to many inter-
esting biomolecular systems, such as DNA, nucleosomes, and chromatin
fibers.
In another recent development, Shell and coworkers introduced an ele-
gant coarse-graining framework based on variational minimization of the
relative entropy between the distributions obtained from fine-grained and
coarse-grained Hamiltonians [13]. Interestingly, the resulting equations
that need to be solved turned out to be basically identical with the MRG-CG
equations described above. Therefore, the relative entropy coarse-graining
might be viewed as a reinterpretation of MRG-CG using an information-
theoretic perspective. The latter viewpoint has stimulated exploration of
new sets of concepts, however, such as mapping entropy.
Another rigorous perspective on bottom-up coarse-graining is based
on potential of mean force (PMF) analyses of the underlying fine-grained
Hamiltonian. In particular, faster motions of fine-grained degrees of
motion, which will be integrated out, give rise to thermally averaged forces
on coarse-grained sites, which are matched in least-square sense within
the “force matching” formalism (also called multiscale coarse-graining,
MS-CG), developed by Voth and coworkers [14,15]. Subsequently, Noid
and coworkers connected this approach to the generalized Yvon–Born–
Green equations of statistical mechanics, carefully analyzing various the-
oretical and practical issues [16]. MS-CG has been used to successfully
develop numerous coarse-grained models of different liquids and their
mixtures, polymers, lipids, peptides, and other biomolecules [16,17]. In
a related strategy, integral equation theories, for example, starting from
the Ornstein–Zernike equation, could serve as yet another foundation for
rigorous coarse-graining, as elaborated by Guenza in Chapter 2. In that
chapter, she sheds light on the remarkable difficulty of reconciling the struc-
tural correlations between fine-grained and coarse-grained models, while
simultaneously achieving thermodynamic consistency, and also presents
approaches for coarse-graining protein dynamics.
Overall, in terms of theoretical rigor and even with regard to practical
implementation and computational efficiency, bottom-up coarse-graining
currently offers distinct productive routes to accurately integrate out fast
degrees of freedom of the underlying fine-grained model. Two funda-
mental limitations, however, constrain the application of these strategies.
First, the quality of the obtained coarse-grained model is limited by the
 Introduction ◾ xxi

accuracy of the underlying fine-grained model. Although this statement is

rather obvious, what is less trivial is how small relative errors of the fine-
grained model could impact coarse-graining, because the former encom-
passes interactions at much higher energy scales. One successful way to
address this problem is based on subsequent calibration or fine-tuning
of the resulting coarse-grained force field parameters using experimen-
tal data [18]; however, this strategy deviates from the strict definition of
bottom-up coarse-graining. In any case, while the potential inadequacy of
current atomistic force fields for the purpose of coarse-graining is well rec-
ognized in principle, this serious pitfall still seems rather overlooked in var-
ious practical applications.
Another rather serious limitation of bottom-up coarse graining primar-
ily concerns proteins because of the 20-letter amino acid alphabet of protein
sequences. Derivation of pairwise interactions between amino acid pairs
leads to 210 unique curves, while the combinatorics of three-body and four-
body potentials runs on the order of thousand and ten thousand, respec-
tively. Since prior experience has shown that inclusion of at least some
amount of many-body interactions is necessary for developing predictive,
transferrable protein force fields, this snowballing of the parameter space
and the associated difficulty of learning these parameters presents a rather
difficult practical challenge for bottom-up coarse-graining. In contrast,
the energy landscape perspective [19], among others, provides a robust
route for top-down coarse-graining of proteins. On the other hand, for
biopolymers with simpler alphabets, such as DNA and RNA, or smaller
biomolecules, such as lipids, this concern is less significant; hence, the ade-
quacy of bottom-up coarse-grained models is primarily determined by the
quality of underlying atomistic force fields. Therefore, for such systems,
but also in particular for nonbiological soft matter materials and poly-
mers, bottom-up coarse-graining plays an increasingly important role. In
particular, in the latter applications, where high-resolution, structure- and
data-rich experimental measurements are usually lacking, development of
high-quality top-down models is rather challenging. Hence, bottom-up
models are nearly indispensable when chemically accurate modeling of
these materials is required.

I.3 TOP-DOWN COARSE-GRAINING

Here, I would like to highlight first some of the phenomenal successes of
top-down coarse-graining over the last 100 years. Aside from Einstein’s
modeling of Brownian motion [20], one of the earliest and most impactful
xxii ◾ Introduction

coarse-grained models was the Ising model of magnetic spins, where the
latter interact with an external magnetic field and each other [21]. On
the one hand, as with many top-down models, the Ising model is highly
idealized and even unrealistic; however, it ushered a new era of much
deeper understanding of critical phenomena in the mid-twentieth cen-
tury. As a PhD dissertation project of Ising, under supervision of Lenz,
the 1D Ising model was developed to study the principles of ferromag-
netism, initially disappointing somewhat because it became clear that the
1D model does not undergo a phase transition at finite temperature. How-
ever, many important statistical mechanical techniques were developed
to solve it, such as the transfer matrix approach [21]. Later, Onsager’s
tour-de-force solution of the 2D Ising model lead to one of the key break-
throughs of twentieth-century science, namely, the possibility of nonclas-
sical exponents when asymptotically approaching the second-order phase
transition point [21]. This insight was later followed by some profound
ideas of scaling in strongly interacting systems, culminating in RG theory
[4–8,22], which explained many phenomena in statistical physics, con-
densed matter physics, and particle physics. Interestingly, the RG theory
provided one of the early formal routes to bottom-up coarse-graining, dis-
cussed above.
Deep physical insights into the fundamental nature of top-down
coarse-graining was given by Fisher in a profound review article in 1988 [7].
He credits Landau with the introduction of systematic effective field theo-
ries and inventing the concept of the order parameter to parsimoniously
describe the essential physics underlying various collective phenomena.
Quoting Fisher’s supposition of how Landau might have reasoned about
this subject [7]: “I may not understand the microscopic phenomena at all,
but I recognize that there is a microscopic level and I believe it should have
certain general, overall properties especially as regards locality and symme-
try: those then serve to govern the most characteristic behavior on scales
greater than atomic.” Hence, discovering a good order parameter can be one
of the most important early steps toward achieving deep physical under-
standing of complex organization in condensed matter systems [7].
In modeling of biomolecules, top-down coarse-graining also played
a critically important role. In 1980s and 1990s, highly idealized lattice
description of polymer chains were used to study protein folding [23–26].
While the lattice models are also very much artificial, they nevertheless lead
to numerous insights into protein folding thermodynamics, kinetics, and
even evolutionary design questions. Starting in the 1990s, off-lattice [27]
 Introduction ◾ xxiii

coarse-grained protein models became dominant, branching into a family

of native structure-based models [28], sometimes also called Gō mod-
els [23] and so-called de novo or transferrable models, where the latter strive
to predict structures of proteins with sequences that do not have any known
homologues. In this book, Chapter 5 by Cui and Chapter 10 by Barsegov
and coworkers rely on native structure-based approaches, while Chapter 4
by Papoian and Wolynes reports on a de novo protein force field that can be
used to fold unknown sequences or predict the formation of protein com-
plexes where the structures are not yet known.
When studying DNA at larger scales, generic polymer chain models
have been used to explain many experimental phenomena, including the
Gaussian chain and the worm-like chain models, which are highly success-
ful top-down coarse-grained models describing polymer behaviors [29].
More recently, higher resolution, sequence-specific structural models were
developed, for example, a rigid base pair or single base elastic models, where
now well-recognized local motion directives, such as tilt, twist, and roll,
were introduced [30,31]. Subsequent top-down DNA models allowed for-
mation of bubbles and melting of double-stranded DNA, incorporating also
some electrostatic effects [32,33]. In this book, Chapter 6 by Dokholyan
and coworkers reports on a top-down coarse-grained RNA model, while
Chapter 7 by Potoian and Papoian reviews both top-down and bottom-up
approaches to coarse-graining DNA. Finally, taking coarse-graining to a
whole other length scale, Tokuda and Sasai in Chapter 9 highlight top-down
coarse-grained polymer models of chromatin fibers that comprise genomic
DNA in the nuclei of eukaryotic cells.
Top-down coarse-graining of biomolecules can be further subdivided
into physical models, for example, describing electrostatics via Debye–
Hückel interactions or directional hydrogen bonding, and knowledge-based
potentials, that rely on one, a few, or potentially many thousands of
biomolecular structures to infer interaction potentials. I would like to note
in passing that some authors distinguish statistical potentials as a dif-
ferent subclass from knowledge-based potentials. The main advantage of
physical potentials is their simplicity and transferability among very dif-
ferent systems. Knowledge-based potentials, on the other hand, are usu-
ally more accurate, especially for proteins. At a fundamental level, one
can view knowledge-based potentials as implicitly containing many-body,
subtly correlated interactions that physical models almost always omit
due to cumbersomeness and computational complexity reasons or even
more simply because of the lack of awareness. Although it may seem that
xxiv ◾ Introduction

knowledge-based models are a temporary kludge before more fundamen-

tal physical models become feasible, this view most likely will not fully bear
out, as evidenced by the recent revolution in machine learning and artifi-
cial intelligence that impacts practically all areas of science and technol-
ogy [34]. In this book, the aforementioned Chapters 4–7, 9, and 10 cover
in part knowledge-based top-down coarse-graining strategies, but some of
the primarily bottom-up approaches, for example, the UNRES protein force
field reviewed in Chapters 3, also rely to some degree on knowledge-based
learning of model potentials. Chapter 4 reviews AWSEM-MD, which arose
from one of the earliest applications of neural network theories to struc-
tural modeling of proteins [35], but evolved over time into a Hamiltonian
containing both physical and knowledge-based potentials [36].
Overall, top-down strategies afford researchers almost unlimited cre-
ative freedom in proposing novel models of biomolecules and their
complex assemblies. The key drawback of these approaches is their non-
systematic nature. First, many initially promising top-down models might
turn out to be not particularly informative. Second, even if one is fortu-
nate enough to propose a successful coarse-grained model of this type, it is
usually rather difficult to further improve on it in some systematic fashion.
This is where a hybrid strategy might have most impact: relying on bottom-
up coarse-graining to guess or infer additional interaction terms that
could improve the top-down model, but subsequently learning the asso-
ciated force field parameters by relying on knowledge-based approaches.
The latter will continue to be particularly important for capturing intri-
cate many-body interactions in proteins and their assemblies with other
biomolecules.

I.4 SUMMARY
I hope I provided convincing arguments that bottom-up versus top-down
coarse-graining should not viewed as a battle of new ideas versus old
ones, or rigorous versus unrigorous statistical mechanics. Instead both
approaches can be very powerful and modern, each having remarkable
strengths, but also pitfalls, depending on the application area, and both will
stay with us for the foreseeable future. In this book, which covers modeling
of biomolecules, both approaches are well represented.
Despite covering quite a bit of material in diverse areas of structural
biology, this book is not encyclopedic. Additional topics and perspectives
have been well reviewed elsewhere, in particular, in an earlier book on
 Introduction ◾ xxv

coarse-graining, edited by Voth [17] (published in 2008), and a recent com-

prehensive journal review [16].
Peeking into the near future, my expectation is that protein coarse-
grained modeling will continue to rely more on top-down strategies, guided
in part, however, by potential forms obtained from bottom-up coarse-
graining. On the other hand, the opposite seems plausible for DNA and
lipid coarse-grained modeling. RNA presents an interesting borderline
case, where both approaches are currently competitive to begin with, and
it is likely that powerful hybrid models will emerge as well. Finally, when
considering complex biomolecule assemblies, for example, comprised of
both proteins and DNA, such as nucleosomes, top-down protein models
and bottom-up DNA models will need to be harmoniously blended, which
is an area of active research in my laboratory as well as in many others.

ACKNOWLEDGMENTS
I would like to sincerely thank my former mentors and teachers, who
showed me how to think deeply about statistical mechanics and quantum
chemistry, including Roald Hoffmann, Ben Widom, Michael Klein, and
Peter Wolynes. I also learned a lot and am grateful to all members of my
laboratory, formerly at the University of North Carolina at Chapel Hill,
and currently at the University of Maryland in College Park. I would like
to thank Mary Pitman for reading this Introduction and providing help-
ful feedback. I owe a big debt of gratitude to my wife, Tatiana Meteleva,
and my children, Daniel and Karina, for unconditionally supporting me
and putting up with my heavy work and travel schedules. Finally, I would
like to dedicate this book to my mother and father, Hasmik Galstyan and
Haykaz Papoyan, who, despite difficult circumstances, made sure that my
brother and myself were provided with high-quality education and oppor-
tunities, instilling in us love of knowledge and teaching us how to be good
people.

REFERENCES
1. R. Zwanzig. Nonequilibrium Statistical Mechanics. Oxford: Oxford University
Press, 2001.
2. R. Kubo. Generalized cumulant expansion method. Journal of the Physical
Society of Japan, 17:1100, 1962.
3. M. Levitt and A. Warshel. Computer simulation of protein folding. Nature,
253(5494):694–698, 1975.
xxvi ◾ Introduction

4. L. P. Kadanoff. Scaling laws for Ising models near Tc. Physics, 2(263–272),
1966.
5. B. Widom. Equation of state in the neighborhood of the critical point. Jour-
nal of Chemical Physics, 43(11):3898–3905, 1965.
6. K. G. Wilson. Renormalization group and critical phenomena. I. Renormal-
ization group and the Kadanoff scaling picture. Physical Review B, 4(9):3174,
1971.
7. M. E. Fisher. Renormalization group theory: Its basis and formulation in sta-
tistical physics. Reviews of Modern Physics, 70(2):653, 1998.
8. E. Efrati, Z. Wang, A. Kolan, and L. P. Kadanoff. Real-space renormalization
in statistical mechanics. Reviews of Modern Physics, 86(2):647, 2014.
9. S. Ma. Renormalization group by Monte Carlo methods. Physical Review
Letters, 37(8):461, 1976.
10. R. Swendsen. Monte Carlo renormalization group. Physical Review Letters,
42(14):859–861, Apr 1979.
11. A. Lyubartsev and A. Laaksonen. Calculation of effective interaction poten-
tials from radial distribution functions: A reverse Monte Carlo approach.
Physical Review E, 52(4):3730–3737, Oct 1995.
12. A. Savelyev and G. A. Papoian. Molecular renormalization group coarse-
graining of electrolyte solutions: Application to aqueous NaCl and KCL.
Journal of Physical Chemistry B, 113(22):7785–7793, Jun 2009.
13. A. Chaimovich and M. S. Shell. Coarse-graining errors and numerical opti-
mization using a relative entropy framework. Journal of Chemical Physics,
134(9):094112, 2011.
14. S. Izvekov and G. A. Voth. A multiscale coarse-graining method for bio-
molecular systems. Journal of Physical Chemistry B, 109(7):2469–2473, 2005.
15. W. G. Noid, J.-W. Chu, G. S. Ayton, V. Krishna, S. Izvekov, G. A. Voth, A. Das,
and H. C. Andersen. The multiscale coarse-graining method. I. A rigorous
bridge between atomistic and coarse-grained models. Journal of Chemical
Physics, 128(24):244114, 2008.
16. W. G. Noid. Perspective: Coarse-grained models for biomolecular systems.
Journal of Chemical Physics, 139(9):090901–26, 2013.
17. G. A. Voth, editor. Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular
Systems. Boca Raton, FL: CRC Press, 2008.
18. A. Savelyev and G. A. Papoian. Chemically accurate coarse graining of
double-stranded DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences USA,
107(47):20340–20345, 2010.
19. P. G. Wolynes. Evolution, energy landscapes and the paradoxes of protein
folding. Biochimie, 119:218–230, 2015.
20. A. Einstein. Investigations on the theory of the Brownian movement.
Annalen der Physik, 17(8):549–560, 1905.
21. R. J. Baxter. Exactly Solved Models in Statistical Mechanics (Dover Books on
Physics). Mineola, NY: Dover Publications, 2007.
22. M. E. Fisher. The theory of condensation and the critical point. Physics,
3(5):255–283, 1967.
 Introduction ◾ xxvii

23. H. Taketomi, Y. Ueda, and N. Gō. Studies on protein folding, unfolding

and fluctuations by computer simulation. Chemical Biology & Drug Design,
7(6):445–459, 1975.
24. P. E. Leopold, M. Montal, and J. N. Onuchic. Protein folding funnels: A
kinetic approach to the sequence–structure relationship. Proceedings of the
National Academy of Sciences, 89(18):8721–8725, 1992.
25. V. I. Abkevich, A. M. Gutin, and E. I. Shakhnovich. Specific nucleus as the
transition state for protein folding: Evidence from the lattice model. Bio-
chemistry, 33(33):10026–10036, 1994.
26. K. A. Dill, S. Bromberg, K. Yue, K. M. Ftebig, D. P. Yee, P. D. Thomas, and
H. S. Chan. Principles of protein folding—A perspective from simple exact
models. Protein Science, 4(4):561–602, 1995.
27. D. Thirumalai and D.K. Klimov. Deciphering the timescales and mecha-
nisms of protein folding using minimal off-lattice models. Current Opinion
in Structural Biology, 9(2):197–207, 1999.
28. C. Clementi, H. Nymeyer, and J. N. Onuchic. Topological and energetic fac-
tors: What determines the structural details of the transition state ensemble
and “en-route” intermediates for protein folding? An investigation for small
globular proteins. Journal of Molecular Biology, 298(5):937–953, 2000.
29. M. Rubinstein and R. H. Colby. Polymer Physics. Oxford: Oxford University
Press, 2003.
30. W. K. Olson, A. A. Gorin, X.-J. Lu, L. M. Hock, and V. B. Zhurkin. DNA
sequence-dependent deformability deduced from protein–DNA crystal
complexes. Proceedings of the National Academy of Sciences, 95(19):11163–
11168, 1998.
31. D. Petkevičiūtė, M. Pasi, O. Gonzalez, and J. H. Maddocks. cgDNA: A soft-
ware package for the prediction of sequence-dependent coarse-grain free
energies of B-form DNA. Nucleic Acids Research, 42(20):e153–e153, 2014.
32. J. P. K. Doye, T. E. Ouldridge, A. A. Louis, F. Romano, P. Šulc, C. Matek,
B. E. K. Snodin, L. Rovigatti, J. S. Schreck, R. M. Harrison, et al. Coarse-
graining DNA for simulations of DNA nanotechnology. Physical Chemistry
Chemical Physics, 15(47):20395–20414, 2013.
33. D. M. Hinckley, G. S. Freeman, J. K. Whitmer, and J. J. de Pablo. An
experimentally-informed coarse-grained 3-site-per-nucleotide model of
DNA: Structure, thermodynamics, and dynamics of hybridization. Journal
of Chemical Physics, 139(14):144903, 2013.
34. Y. LeCun, Y. Bengio, and G. Hinton. Deep learning. Nature, 521(7553):436–
444, 2015.
35. M. S. Friedrichs and P. G. Wolynes. Toward protein tertiary structure recog-
nition by means of associative memory hamiltonians. Science, 246(4928):
371–373, 1989.
36. A. Davtyan, N. P. Schafer, W. Zheng, C. Clementi, P. G. Wolynes, and G. A.
Papoian. AWSEM-MD: Protein structure prediction using coarse-grained
physical potentials and bioinformatically based local structure biasing. Jour-
nal of Physical Chemistry, 116(29):8494–8503, 2012.
Another random document with
no related content on Scribd:
 Tarvittiin harvinaista rohkeutta vapaaehtoisesti lyöttäytyä
mustatukkaisen miehen seuraan tällä hetkellä. Useimmat naiset
olisivat viivytelleet ja keksineet jonkin syyn jättääkseen vaikean
hetken toiseen tilaisuuteen. Mutta Josephine teki päätöksensä
silmänräpäyksessä. Huulet varmasti yhteenpuristuneina, silmät
loistaen päättäväisyyttä ja leuka kulmikkaana, joka saattoi tehdä niin
peloittavan vaikutuksen, ilmestyi hän oveen suoraryhtisenä ja
uhmaavana.

Brannon näki hänet ensin, sillä Betty katsoi muualle. Josephine oli
odottanut, että hän olisi huudahtanut voimakkaasti tai ainakin
näyttänyt joitakin merkkejä hämmästyksestä tai levottomuudesta.

Mutta mitään sellaista ei näkynyt. Ulkonaisesti ei Brannonissa

voinut huomata mitään mielenliikutusta. Ei ainoakaan lihas
värähtänyt eikä väri hänen kasvoillaan vähintäkään vaihtunut. Ja
hänen silmissään, jotka jo ensi tapaamisessa olivat olleet niin lujat,
oli nyt niin syvä katse, ettei Josephine ensinkään pystynyt sitä
käsittämään.

Yhdestä seikasta pääsi hän kuitenkin heti selville, katsoessaan

Brannonia, nimittäin siitä, ettei tämä aikonut tuntea häntä tai ettei
hän ainakaan ilmaisisi tuttavuuttaan Bettylle.

Betty, joka tunsi Brannonin paremmin kuin tämä aavistikaan, oli

huomannut muutoksen hänen olennossaan. Hän oli koko ajan
pitänyt häntä silmällä ja hän oli heti käsittänyt sen, mikä
Josephinestä näytti niin arvoitukselliselta. Hän tiesi että jokin huvitti
Brannonia.

Hän kääntyi ja näki Josephinen, huomasi hänen kalpeutensa ja

leukansa kulmikkuuden. Hän huomasi myös sotaisan ilmeen
Josephinen silmissä.

Mutta hän salasi huomionsa hymyyn ja kumarrukseen.

"Jo", sanoi hän, "tahdon esittää sinut Mr Neal Brannonille, meidän

karjatalomme esimiehelle."

"Minä tapasin Mr Brannonin muutama päivä sitten", sanoi

Josephine varmalla äänellä. "Ja ellen erehdy, kertoi hän juuri siitä
sinulle. Estin hirttämisaikeen, joka ei olisi ollut lainmukainen,
ainakaan minun mielipiteeni mukaan."

"Jo! Ethän tarkoittane — — —."

"Aivan varmasti", keskeytti Josephine hänet töykeästi. "Minä olen

se tyttö, joka puolustaa erästä aatetta — nimittäin aatetta ottaa sen
mitä kukin haluaa." Hän katsoi suoraan Brannonia silmiin.

"Siunatkoon" huudahti Betty, "mitä ihmettä, en osannut

ajatellakaan —
—" Hän vaikeni ja katsoi vuoroon Brannoniin ja vuoroon
Josephineen.

Brannonin silmissä näki hän huumorin välähtävän, kun taas

Josephinen silmissä näkyi raivon selvät merkit. Silmänräpäyksessä
asettui hän vieraansa puolelle.

"Brannon", sanoi hän vakavana, "ole hyvä ja toimita asia, josta

äsken oli kysymys!"

Brannon kumarsi, hyppäsi takaisin satulaan ja ratsasti pois. Hän

oli jo karja-aitauksen luona kun Betty kääntyi ystävänsä puoleen.
 "Kerro minulle siitä, Jo", kehoitteli hän ystävällisesti.

"Niin", sanoi hän sitten, kun Josephine oli kertonut tarinansa, "sen
täytyi tietenkin tuntua sinusta julmalta ja raakamaiselta, enkä
ymmärrä muuta kuin että olit vallan oikeassa ryhtyessäsi estämään
sitä. Luultavasti olisin tehnyt samalla tavalla, jos olisin sattunut
olemaan paikalla. Mutta Brannon sanoi sinulle totuuden. Laki lakina
on näillä seuduilla vain pilaa. Laista ei täällä kannata puhuakaan.
Sitä laiminlyödään aina kun se vain ei ole vahingoksi. Mies, joka
varastaa hevosen, tietää varsin hyvin, mikä kohtalo häntä odottaa,
jos hän joutuu kiinni. Hän kärsii tavan vakiinnuttaman rangaistuksen.
Se ei ole murha tavallisessa merkityksessä, koska sen täkäläinen
lakikirja sallii. Brannon ei katsonut asiaa samoilla silmillä kuin sinä,
vaikkakin hän epäilemättä aavisti mitä tunteita se sinussa herätti. Ja
mahdollisesti hän lisäksi ärsytti sinua nauramalla sinulle
hiljaisuudessa, kuten hänen tapansa on. Brannon on todellinen mies,
Jo."

Hän tuuppasi Josephineä vakuuttavasti kylkeen ja taputti häntä

sitten punoittavalle poskelle.

"Älä rohkenekaan olla pahoillasi siitä", varoitti hän. "Olen iloinen,

että asia sai sellaisen käänteen. En ollut käskenyt Brannonia
hirttämään Artwellia, vaikkakin tiesin, että Brannon varmasti aikoi
saada hänet käsiinsä. Ja jos ensinkään tunsin mitään
mielenliikutusta Artwellin kohtaloon nähden, niin oli se tylsää
alistumista niihin tapoihin, joilla tällä seudulla sellaiset asiat
suoritetaan. Mutta minä olen oikein iloinen. Jo, todellakin iloinen
siitä, että pelastit Artwellin. Pääasia on, että hän on paikkakunnalta
hävinnyt, sillä sitä me toivoimme. En usko, että hän enää on
vaivaava meitä. Lyön vaikka vetoa, että Brannon on samaa mieltä.
Istu nyt kiikkutuoliin, kunnes olen hakenut hevoset tänne. Emme
anna sellaisten pikkuasioitten turmella ratsastusretkeämme."

Myöhemmin, istuessaan Chesterfieldin vakavassa, luotettavassa

satulassa, Bettyn saattamana, joka taas ratsasti virmalla raudikolla,
tunsi Josephine olevansa suuresti hämmästynyt ystävänsä
hellävaraisesta Brannonin arvostelusta.

Bettyn mielipiteet tuntuivat hänestä sangen venyviltä, varsinkin

siinä, että hän saattoi arvostella suosiollisesti Satan Lattimeria aivan
samoilla perusteilla kuin Brannoniakin.

Molemmat, oli hän sanonut, olivat todellisia miehiä. Ja samassa

hengen vedossa oli hän maalannut kuvan, joka oli mitä elävin
vastalause sanomalleen, varsinkin mitä Lattimeriin tuli.

"Raakalainen" oli yksi niistä maininnoista, jotka hän oli

kankaalleen kiinnittänyt kuvatessaan hänen luonnettaan. "Hän on
paholainen", oli hän lisännyt siihen. Ja sitten seurasi "Hän on kaunis,
pelottavan, synkän kaunis… häikäilemätön, hymyilevä piru… olisi
voinut olla merirosvo."

Ja sitten "Hän on mies, Jo, joka tuuma hänessä on miestä … hän

pystyy hallitsemaan. He ovat kaikki todellisia miehiä" (täten oli hän
vetänyt Whitmanin ja Brannonin samaan joukkoon), "komeita miehiä,
voimaa ja tarmoa uhkuvia, tulta ja terästä. Minä pidän heistä,
Lattimeristäkin, vaikka hän ei epäröisi ryöstää ja viedä naista
vuoristoon."

Josephine ei oikein tiennyt ymmärsikö hän lopultakaan Bettyä

ensinkään. Täytyikö hänen otaksua, että Bettyn ihanteet olivat täysin
ristiriidassa koko sivistyneen maailman omaksumien ihanteitten
kanssa, ihanteitten, jotka aika oli osoittanut kestäviksi ja jotka johtivat
koko inhimillisen elämän kulkua. Vai pitikö hänen uskoa, että Betty,
huolimatta luettelemistaan Lattimerin vähemmän ihailtavista
luonteen puolista, oli havainnut hänessä ominaisuuksia, jotka
oikeuttivat hänet vaatimaan itselleen "todellisen miehen" nimen.

Entä Brannon sitten? Bettyn mukaan oli hänkin "todellinen mies."

Oliko hän samanlainen kuin Lattimer? Ja oliko Betty jättänyt
mainitsematta hänen miellyttäviä tapojaan vain sen vuoksi, että hän
oli hänen isänsä karjatalon esimies?

Vai oliko ehkä Brannon toisenlainen? Josephine ei sitä uskonut.

Hän oli vakuutettu siitä, että Brannonin pelottavan tyynen, teräksen
kaltaisen ulkokuoren alla piilotteli monenlaisia hurjia ja paheellisia
mielitekoja, jotka vain odottivat aikaansa päästäkseen puhkeamaan
ilmi.

Senkö vuoksi Josephine oli niin utelias noihin miehiin nähden,

senkövuoksi hänen mielensä tällä hetkellä valtasi halu jäädä Bettyn
karjataloon, nähdäkseen kuinka Brannon paljastaisi itsensä ja
näyttäytyisi siksi villi-ihmiseksi, jollaiseksi hän tiesi hänet?

"Betty", sanoi hän hetken kuluttua, tämän vaiettua ja kun hevoset

astuivat käyden korkeassa sacaton ruohossa laajan alanteen
pohjassa, "kuinka vanha Brannon on?"

"Kaksikymmentä seitsemän vuotta", vastasi Betty. Pitkien

silmäripsiensä alta katsoi hän Josephineen ja hänen huulensa
puristuivat omituisesti, aivan kuin hän olisi koettanut tukahuttaa
jotakin levotonta ajatusta.
 "Hän näyttää vanhemmalta", huomautti Josephine hetken vaitiolon
perästä.

"Niinkö luulet?" kysyi Betty tyynenä, heittäen nopean silmäyksen

ystäväänsä.

"Luulen, että ilma ja aurinko ovat saaneet hänet niin ruskeaksi ja

raa'an näköiseksi ja kova elämä kait on tehnyt hänen silmänsä niin
järkkymättömän lujiksi. Minä vihaan häntä, Betty."

"Ohhoh" vastasi Betty ylimalkaisesti.

Josephine ei huomannut ivallista hymyä hänen huulillaan.

Viides luku.

Josephine oli Whitmanin mökistä tuonut vaikutelman, joka kiusasi

häntä öin ja päivin seuraavan kahden viikon ajan — sen nimittäin,
että seudun karuus vain lisäsi Mrs Whitmanin hentoutta.

Mrs Whitman oli Ben Whitmanin äiti, yhden niistä kolmesta, joita
Betty oli ylistänyt ensimmäisinä päivinä hänen tulonsa jälkeen
Lawsonin karjatalolle. Hän oli hento, murhemielinen nainen, joka
kantoi sairautensa stoalaisella tyyneydellä. Kahteen vuoteen hän ei
ollut astunut jalallaan Whitmanin karjatalon seinien sisäpuolelta ja
hänen tervetulon toivotuksensa Josephinelle oli ollut liikuttavan
sydämellinen, samoin kuin hänen pyyntönsäkin, että hän uudistaisi
käyntinsä "hyvin pian."
 Josephine oli luvannut tulla, mutta käynti oli lykkääntynyt yhä kun
Betty Lawsonilla oli paljon työtä, liian paljon joutaakseen
"vetelehtimään", kuten hän suoraan oli Josephinelle sanonut ja
Josephine ei taas halunnut lähteä yksin matkaan.

Sillä Josephinen sydämeen oli hiipinyt uusi seudun kammo. Hän

pelkäsi sitä julmaa voimaa, joka näytti ympäröivän hänet kaikkialla
hänen liikkuessaan ja joka tuntui painostavan häntä jonkunlaisena
oman heikkouden ja arvottomuuden tuntona.

Varsin omituista oli, että kun hän yritti selitellä tuota tunnetta ei hän
tiennyt mistä aloittaa. Sillä hän tunsi, että kaikki minkä hän näki,
kiusasi häntä julmalla raa’alla voimallaan. Karja, jonka hän näki, oli
suurta, jäntevälihaksista, hurjasilmäistä ja ärtyisää, ja saattoi juosta
yhtä kovaa kuin hevonen. Hevoset olivat sitkeitä, pörrökarvaisia,
pahasisuisia petoja, jotka näkyivät iankaikkisesti vastustavan kaikkia
hillitsemisyrityksiä. Miehet, joita hän oli nähnyt, olivat hiljaisia, tuiman
näköisiä, itsetyytyväisiä, ja näyttivät täysin vastaavan seudun
karuutta. Ahavoittuneine kasvoineen ja rauhallisine, vakaville
silmineen näyttivät he pronssipatsailta joltakin esihistorialliselta
ajalta. Ja joka miehellä oli kuolettava ase vyöllään eikä hän epäillyt
että he joka hetki olivat valmiit sitä käyttämään.

Myrkyttävä elämä, joka täten oli joutunut Josephinen huomion

esineeksi, oli täyttänyt hänet sellaisella kauhulla, ettei hän tohtinut
tehdä kävelymatkojakaan mihinkään. Iljettäviä eläimiä, jotka
matelivat, vääntelehtivät ja hyppelivät, oli tämäntästä sattunut hänen
tielleen aivan odottamatta.

Matkallaan Whitmanin karjatalolle oli Betty näyttänyt hänelle

muutamia seudun piileskeleviä asukkaita. Timanttiselkäinen
kalkkarokäärme oli kiertynyt kokoon mesquitopensaan varjoon,
skorpiooni taas erään kallion suojaan ja sarviniekka kilpikonna,
harmaana, jäykkänä, kauhistuttavana oli silmiään räpäyttämättä
katsellut hevosia, häpeämättömästi ja vihamielisesti.

Josephineä puistatti hänen seisoessaan tänä aamuna karjatalon

alemmalla kuistilla, katsellen tomupilveä, joka tasaisesti kulki
laakson suuntaa pohjoiseen. Pilven edessä kulkivat Lawsonin
vankkurit ja niissä istui Betty Lawson ja eräs lehmäpaimen.

Betty oli matkalla Willetiin hankkimaan erilaisia tarveaineita.

Josephine oli kieltäytynyt lähtemästä matkaan sen vaivaloisuuden

vuoksi. Sillä hänestä tuntui kuumuus, tomu, ja itse matkustaminen
niin alkuperäisellä ajoneuvolla perin vastenmieliseltä. Ja Willet oli
hänestä tuntunut mahdottomalta heti ensi silmäyksellä, hänen
astuessaan junasta sen rappeutuneelle asemalle.

Mutta Bettyn lähdettyä vallitsi koko karjatalolla raskas

yksinäisyyden tunne ja Josephine katui jo ettei ollut lähtenyt
ystävänsä mukaan. Hän katseli vankkurien etenemistä katumuksen
sekainen pelko mielessään ja mitä kauemmaksi ne häipyivät, sitä
selvemmin hän tunsi, että hänen olisi pitänyt seurata Bettyä. Bettyn
turvallinen läsnäolo oli aina vaikuttanut sen, että nuo uhkaavat ja
lymyilevät vaarat näyttivät pienemmiltä ja epäoleellisilta ja Bettyn
lähdettyä näytti vaaran lähestyminen olevan käännetyssä suhteessa
hänen matkansa etenemiseen.

Mutta Josephine ei ollut mikään pelkuri, vaikkakin hymy, jonka hän

tarjosi ympäristölleen, oli hieman kankea ja iloton. Pelkäämänsä
vaarat mahtoivat sittenkin olla suuresti liioiteltuja, koskapa Bettykin
niistä oli läpäissyt.
 Hän hymyili jo iloisemmin. Talosta saattoi hän kuulla Chongin,
kiinalaisen palvelijan kalistelevan kattiloitaan ja pannujaan. Ääni
rohkaisi häntä, se käänsi hänen ajatuksensa pois satujen
maailmasta ja kuvitelluista vaaroista. Chong oli ainoa ihminen, joka
Bettyn vanhempien lähdettyä Itään oli elänyt hänen kanssaan
karjatalon päärakennuksessa muutamia viikkoja ennen Josephinen
tuloa. Ja ilmeisesti ei Bettyllä ollut aseita.

Mutta sittenkin tunsi Josephine omituista rauhattomuutta, joka oli

melkein enteellistä. Hän oli peloittavan yksin, omituisen alakuloinen.
Ja kuitenkin tiesi hän että Chong varmasti oli talossa ja että Brannon
oli pienessä tupasessa — esimiehen tuvassa — joka oli noin sadan
jalan päässä olevalla tasaisella paikalla, suoraan länteen siitä, missä
hän seisoi, ja selvästi näkyvissä.

Brannon asui yksin esimiehen tuvassa — Betty oli sen kertonut

Josephinelle — ja oli nyt siellä, sillä noin viisi minuuttia sitten oli hän
akkunasta nähnyt hänen menevän sinne.

Ja hän oli varma siitä, ettei Brannon ollut mennyt ulos, sillä — hän
myönsi sen punastuen — hän oli pitänyt silmällä ovea.

Hän tiesi, että miesten asumukset olivat tyhjät, sillä

aamiaispöydässä oli Betty kertonut, että koko miehistö oli päivän
nousussa lähtenyt muutamaksi päiväksi arolle, etelään, etsiäkseen
vasikoita ja muuta karjaa, joka mahdollisesti oli merkitsemättä.

Betty ei ollut maininnut mitään siitä, että Brannon jäisi taloon.

Josephine selitti asian siten, että jokin tehtävä oli viivyttänyt hänen
lähtöään. Hän ihmetteli, tiesiköhän Betty, ettei Brannon ollut lähtenyt
muitten miesten mukana.
 Näissä mietteissään osui hänen katseensa miesten asumuksiin.
Niitä oli kaksi, rakennettuina vierekkäin noin viidenkymmenen jalan
päässä matalasta joesta, jonka karja-aitaus sulki osaksi sisäänsä.
Matala, säännötön rakennus, jota käytettiin keittiönä ja
ruokailuhuoneena, oli aivan asumusten ääressä. Kaikki kolme
rakennusta olivat vajaan kahden sadan jalan päässä
päärakennuksesta.

Kaksi kertaa oli hän jo aikaisemmin katsellut asuntorakennuksiin

päin eikä ollut huomannut siellä mitään liikettä. Mutta nyt
katsoessaan sinne, näki hän miehen tulevan nurkan takaa, katsovan
hetkisen häneen ja sitten istuutuvan mukavasti asumusten
seinustalla olevalle penkille.

Mies oli ilmeisesti ontunut aivan kuin hänen jalkansa tai reitensä
olisi ollut loukkaantunut. Ilman ihmeellinen kuulakkuus vaikutti, että
hänen kasvonsa selvästi näkyivät päärakennukseen saakka ja
Josephine tunsi hänet samaksi tummaksi mieheksi, joka oli
kuiskannut hänelle tuona päivänä radan varrella, samaksi mieheksi,
joka oli auttanut häntä Les Artwellin vapauttamisessa.

Kuudes luku.

Vasta tuon tumman miehen nähtyään Josephine totesi, että

ainakin osa siitä epämääräisestä pelosta, joka häntä oli: kiusannut
Bettyn lähdettyä, oli johtanut siitä tietoisuudesta, ettei Brannon ollut
mennyt muitten miesten mukana arolle. Mutta nyt hän tiesi, että
hänen vaistomaisesti tuntemansa epäluottamus Brannonia kohtaan
ja mahdollisesti hänen vihansa häntä kohtaan oli aiheuttanut sen
alakuloisuuden, joka hänet oli vallannut. Muulla tavalla hän ei voinut
selittää sitä helpotuksen tunnetta, jota hän tunsi huomattuaan ettei
Brannon ollut ainoa mies karjatalolla.

Hän ei vähääkään luottanut Bettyn jotenkin liioiteltuihin Brannonin

ylistyksiin. Hänen ei ollut koskaan ollut tapana hyväksyä ketään
tuttavakseen tai ystäväkseen niin horjuvilla perusteilla eikä hänellä
ollut aikomus tehdä sitä nytkään. Hän tahtoi itse valita ystävänsä
omien arvosteluperusteittensa mukaan.

Tosin hänellä oli ennakkoluulonsa, se täytyi ottaa huomioon, mutta

hän oli vakuutettu siitä, että huolimatta siitä epäedullisesta kuvasta,
jonka hän Brannonista oli rautatien vierellä saanut, hän ei sittenkään
olisi hänestä pitänyt. Hän oli varma siitä, ettei hän koskaan pitäisi
hänestä eikä luottaisi häneen, sillä hän ei pitänyt miehistä, joilla oli
levottomuutta herättävä tapa nähdä toisen läpi.

Alusta alkaen olivat Brannonin silmät loukanneet häntä. Ne olivat

niin lujat ja teräksiset, niin ärsyttävän rauhalliset, niin selvästi
ilkamoivat sinensä syvyydessä, että ne olivat hänessä nostattaneet
voimakkaan vastustushalun. Hän oli varma siitä, että niihin kätkeytyi
samoja villejä ja häikäilemättömiä mielitekoja, joita Betty oli
hiljaisuudessa hänellekin omistanut, verratessaan häntä Satan
Lattimeriin — seuraavassa henkäyksessä selittäessään, ettei
Lattimer häikäilisi "ryöstää naista vuoristoon."

Tumma mies oli tehnyt häneen edullisemman vaikutuksen. Ennen

kaikkea tuntui mies inhimillisemmältä. Siellä, rautatien varrella oli
hän kuiskatessaan Josephinelle osoittautunut intohimoiseksi, mikä
kuitenkin oli anteeksi annettavaa, sillä olihan Brannonilla aikomus
hirttää viaton mies. Sitäpaitsi oli Brannon hänelle vastenmielinen ja
se seikka näytti olevan omiaan liittämään hänet Josephineen.
 Joka tapauksessa, jos hänen kerran oli luotettava aina-
uskottavaan vaistoonsa, niin täytyi turvautua tummaan mieheen? Ei
hän suinkaan aikonut heittäytyä varsin ystävälliseksi tummaa
miestäkään kohtaan, mutta häntä vaivasi eräänlainen uteliaisuus,
joka vaati tyydytystä. Ja niin hän arvelematta antautui mielijohteensa
valtaan, astui kuistilta alas ja lähti käymään väenasuntoa kohti.

Tumma mies nousi seisomaan hänen lähestyessään. Hänen

liikkeensä olivat kömpelöt, mutta Josephinen mielestä hän toimitti
kumarruksensa melkoisella soreudella, varsinkin huomioonottamalla
hänen kipeän jalkansa, joka oli paksussa siteessä ja joka ilmeisesti
kieltäytyi kannattamasta hänen ruumiinpainoaan.

Hänen silmissään oli myös kunnioittava sävy ja hänen äänensä oli

imartelevan nöyrä ja ystävällinen.

"Tekö se olettekin, ma'am", sanoi hän. "Minä luulin, että olitte

mennyt
Betty Lawsonin kanssa."

"Ettekö siis nähnyt minun seisovan kuistilla?" kysyi Josephine, sillä

hän oli varma siitä, että mies oli nähnyt hänet.

"Vasta minuutti sitten", hymyili hän. "Tottahan toki. Mutta siihen

saakka luulin, että olitte mennyt Bettyn kanssa. En nähnyt hänen
lähtevän, vaikka tiesinkin, että hänen piti matkustaa. Olen oleskellut
väen asunnossa hoitamassa jalkaani."

"Miten se loukkaantui?"

"Nyrjähti hevosta lassotessani tänä aamuna. En luule, että se on

poikki — vääntyi vain pahasti, jotenka en voinut seurata muita
miehiä. Pahaksi onneksi."

"Oletteko kuullut mitään Artwellista?" kysyi Josephine varovasti.

Mies nauroi leveästi. "Jo vain, Less on turvassa. Hän pyysi minua
kiittämään teitä. Te teitte hänelle hyvän työn, ma'am. Artwell ei ole
koskaan varastanut hevosta keneltäkään!" Hän katsoi Josephilleen
tuikeasti, kysyvästi. "Ettehän ole kertonut Brannonille, että minä
katkaisin Artwellin siteet?"

"Enhän toki"! selitti Josephine.

"Se on oikein", sanoi mies, silmät loistaen tyytyväisyyttä. "Jos

Brannon saisi tietää sen, niin tekisi hän elämäni vähemmän
miellyttäväksi."

"En kerro sitä hänelle koskaan."

"Aa, ette pidä hänestä?" sanoi mies hieman intohimoisesti. "Niin,

on paljon ihmisiä, jotka eivät pidä hänestä. Hän on hieman liian
pirteä."

Josephine ei halunnut jatkaa keskustelua Brannonista. Hän puhui

karja-aitauksesta, hevosista, seudusta ja siitä pelon tunteesta, jonka
niiden näkeminen hänelle aiheutti.

Mies katseli häntä uteliaasti ja ilmeisesti hieman hämmästyneenä,

vaikka selvästi huvitettuna siitä että Josephine sanoi pelkäävänsä
ympäristönsä valtavuutta ja voimaa.

"Älkää jutelko minulle sellaisia", nauroi mies. "Se on minulle jotakin

aivan uutta. En ole koskaan kuullut, että joku pelkäisi vuoria,
syvänteitä, puita ja tasankoja tai muuta sellaista. Eikös siellä idän
puolella sellaisia näe?"

Luonnollisesti Josephine tästä huomasi, että häneltä puuttui

mielikuvitusta. Hän tunsi pientä pettymystä, mutta hän lohdutti
itseään sillä, että oli kuullut ihmisten kummastelevan suuria
kaupunkeja, vaikka hän itse oli niin tottunut niitten ihmeisiin, etteivät
ne enää herättäneet hänessä mitään ihmetystä.

"Lähetän Chongin hoitamaan jalkaanne", sanoi hän ja kääntyi

lähteäkseen.

"Joutavia, sitä ette tee", sanoi hän nopeasti. "Siitä ei maksa vaivaa
olla levoton."

"Denver on loukkaantunut pahemminkin, miss Hamilton" kuului

hidas, hieman pilkallinen ääni lähinnä päärakennusta olevan nurkan
takaa.

Josephine kääntyi ympäri ja näki jäykistyen Brannonin.

Hän seisoi väen asunnon nurkalla hajasäärin, käsivarret ristissä

rinnalla ja oikean käden sormet hypistelivät leukaa.

Josephine oli nähnyt hänet samassa asennossa sinä päivänä kun

hän pelasti Artwellin, juuri ennen kuin hän oli huomannut tämän
paon, seisoessaan miehineen odottamassa junan lähtöä. Asento oli
luonteenomainen hänen tyyneen ilkamoivaan ja itsetietoiseen
suhtautumiseensa nähden, kanssaihmisiinsä.

Hän oli ilmeisesti kuunnellut heidän keskusteluaan. Ah, kuinka

Josephine vihasi häntä!
 "Luonnollisesti te ette välitä Mr Denverin jalasta vähääkään!" sanoi
hän, silmät säihkyen halveksuntaa. "Mies, joka kuuntelee salaa, on
liian itsekäs tehdäkseen mitään onnettomien hyväksi."

"Mr Denver ei ole onneton, Miss Hamilton", sanoi Brannon,

korostaen leveästi "mister" sanaa. "Hieman pahoinvoipa ehkä. Sattui
nyrjäyttämään jalkansa, juuri nyt kun olisi pitänyt olla auttamassa
poikia raskaassa ja likaisessa työssä merkittäessä karjaa avonaisella
arolla."

"Näyttää siltä, kuin Mr Denver ei olisi ainoa mies, joka pakoilee

raskasta, likaista työtä", sanoi Josephine kerkeästi.

"Niinhän se on. Voihan olla, että jäin pitämään Denverille seuraa

hänen yksinäisyydessään."

Josephinen pilkka ei ilmeisestikään tehonnut Brannoniin. Ja jos

hän tunsikin sen, niin oli se liian syvällä näyttäytyäkseen. Hänen
silmäyksensä Denveriin oli oudon tyhjä, ikäänkuin lyhytnäköisen. Oli
aivan kuin ei hän olisi miestä nähnytkään.

Denverin huomasi Josephine istuvan jännittyneenä, joka lihas

värähtelevänä. Hänen huulensa olivat nyrpällään ja hänen tummat
silmänsä olivat kivenkovat ja raivosta kiiluvat.

Mutta se oli raivoa, jota Denver koetti voimainsa takaa tukahuttaa.

Josephinesta näytti kuin mies olisi tiennyt, että hänen täytyi hillitä
sitä, sillä hän pelkäsi näyttää sitä.

Myöskin huomasi Josephine, että Brannon salassa nautti Denverin

ponnistuksesta hillitä itsensä. Hän oli myös epämääräisesti tietoinen
siitä, että hänen silmiensä edessä oli käynnissä jonkinlainen taistelu,
jotakin salassa olevaa, joka suoritettiin alkuperäisten, hirvittävien
voimien kesken.

Samoin kuin tuona Artwellin vapauttamispäivänä, näytti Brannon

nytkin olevan hallitseva voima. Hän oli yhtä varma kyvystään
käskeä, yhtä varma hallitsemaan joka tilannetta, mikä hänen
kohdalleen sattui. Josephine tunsi taas tuon raudankovan
taipumattomuuden, ja kammottava tyyneys, jonka alle hän sen kätki,
ärsytti häntä kuten aikaisemminkin. Hän päätti pistää Brannonia niin
syvälle, että tämän täytyi paljastaa itsensä jollakin tavalla.

"Tietääkö Betty Lawson, että te laiminlyötte velvollisuutenne?"

kysyi hän.

"En tiedä mitä Betty ajattelee tällä haavaa", vastasi Brannon.

"Oh, minä otaksun, että tämä on eräs tapa huomauttaa minulle,

että se mitä te teette, ei ole minun asiani?"

"Käskikö Betty sanomaan, että minun on tehtävä teille tiliä

töistäni?" kysyi Brannon, katse tiukkana, kohdatessaan Josephinen.

Josephine naurahti pilkallisesti, turhaan yrittäen vaimentaa

raivoaan, joka hänen suonissaan kihisi. Hän tiesi hävinneensä.
Jollakin tavalla hän sai sen kummallisen vaikutelman, että hänen
sanansa muistuttivat rakeitten rapinaa peltikattoa vasten. Ne saivat
aikaan aika rätinän, mutta niillä ei ollut mitään näkyvää vaikutusta
metalliin.

Mutta hänen onnistui näyttää vihansa silmillään ja se tuotti hänelle

jonkinverran lohdutusta. Ja hän oli varma siitä, että hänen
käytöksensä osoittama halveksuminen, kun hän kääntyi ja lähti
hänen luotaan, täytyi saada miehen huomaamaan, kuinka
vähäpätöinen atoomi hän sittenkin oli tytön mielestä.

Tämä usko pysyi lujana siksi, kunnes hän pääsi kuistille ja sieltä
katsoi taakseen.

Brannon seisoi häneen päin; hän oli ilmeisesti seurannut häntä

katseellaan. Josephine saattoi selvästi nähdä hänen kasvonsa ja
näki, että hän hymyili.

Josephine meni taloon, oleskeluhuoneeseen, ja pysähtyi siihen.

Hänen kasvonsa punoittivat raivosta, jonka hän tiesi johtuvan siitä,
että hän oli Brannonissa tavannut miehen jonka tahto oli lujempi kuin
hänen omansa.

Seitsemäs luku.

Josephine vietti lopun päivää suuressa seurusteluhuoneessa,

miettien yhteenottoaan Brannonin kanssa. Hän oli liian vihainen
voidakseen lukea hyllyllä olevia kirjoja, joitten kannet viekoittelevina
paistoivat hänen silmiinsä. Hän oli liian ärtynyt voidakseen neuloa tai
uudistaa toisen hattunsa, jonka hän oli tuonut mukanaan ja joka
pienillä laitteilla olisi tullut entistä viehättävämmäksi. Sellaiset pienet
ilot ja tehtävät näyttivät aivan vähäpätöisiltä aamun tapahtumiin
verrattuina. Elämä, suuri, elävä ja alkuperäinen elämä oli
mieltäkiinnittävämpi.

Hänen kasvonsa hehkuivat vielä kun hän, syötyään päivällisensä,

vinosilmäisen Chongin tarjoillessa, palasi seurusteluhuoneeseen ja
seisoi hetkisen lännenpuoleisen akkunan ääressä katsellen ulos.

Denveriä ja Brannonia ei näkynyt missään.

Josephine valitsi itselleen kirjan ja meni kuistille, jossa hän istuutui

keinutuoliin ja koetti lukea, saadakseen Brannonin ajatuksistaan.

Kirja oli ikävä, mielenkiinnoton. Hän paiskasi sen kiinni että

paukahti. Hänen otsansa oli sileä ja huulet luonnollisessa
asennossaan kun hän istui katsellen pohjoista lakeutta, joka kohosi
hänen katseensa suuntaan ja jolla loisti vihreitä täpliä, harmaitten ja
tasaisten saviläikkien vastakohtana.

Hän aikoi voittaa Brannonin. Hän tahtoi näyttää hänelle, ettei

häntä peloittanut hänen mestaroiva itsetietoisuutensa, hänen harkittu
välinpitämättömyytensä toisten toivomuksista ja haluista, hänen
mielettömät koskemattoman valtiutensa vaatimukset eikä hänen
naurettava itseluottamuksensa. Hän aikoi opettaa hänelle, että hän
ei voinut —.

Siinä hänen ajatuksensa menettivät yhtenäisyytensä.

Vihreänruskea aro muuttui sekavaksi, hämäräksi järveksi. Josephine
itki.

Hieman myöhemmin hän hautoi silmiään märällä pyyheliinalla ja

puri huultaan suutuksissaan, vaikka hänen yhä
suonenvedontapaisesti nytkähtelevät olkapäänsä selvästi todistivat
hänen mielenliikutuksensa ankaruutta.

Hänen vihansa Brannonia kohtaan oli tullut katkeraksi, hurjaksi ja

sen voima aiheutti hänelle kostonhimoista iloa, sillä itkunsa aikana
oli hän kerran ollut myöntämäisillään, että hän tunsi itsensä niin
viheliäiseksi siitä syystä, että hän piti Brannonista, huolimatta
välinpitämättömyydestään häntä kohtaan.

Iltapäivä oli lopussa, kun hän nousi ja meni sisään.

Chong oli illallisen valmistuspuuhissa ja hymyili hänelle

kohteliaasti kun hän astui keittiöön.

"Tuntu ikevelle!" mongersi hän. "Missy Lawson pite suuri ääni."

Josephinellä oli ikävä, paljon ikävämpi, kuin hän tahtoi

myöntääkään.
Hän meni huoneeseensa, ja kun hän palasi oli Chong jo kattanut
pöydän.

Kun hän oli lopettanut ateriansa, oli maailma pimennyt ja kuistilta

katsoen näytti suunnaton alanko kääriytyneen synkkiin varjoihin.

Hämärä jatkui viimeiseen saakka. Vaipuvan auringon viimeisetkin

säteet katosivat korkeilta vuoren huipuilta taivaanrannalla ja silloin
vaipui alanko äkkiä tumman verhon taakse ja Josephine saattoi vain
hämärästi erottaa esimiehen ja väen asunnon ääriviivat.

Hän meni seurusteluhuoneeseen ja sytytti lampun.

Puolta tuntia myöhemmin, kun ei hän kuullut mitään ääntä

keittiöstä ja otaksuen, että Chong oli mennyt levolle, nousi hän ja
meni ovelle mielessään pelonsekainen aavistus, että joku hiiviskeli
talon ympärille. Hän aikoi sulkea oven ja tarttui jo ripaan, kun hän
kuuli kumeaa, raskasta töminää.

Kahden vaiheilla, valmiina pakenemaan, jäi hän kuuntelemaan.

Ääni tuli lähemmäksi, selvemmäksi. Hevonen — täyttä neliä.
 Hän veti helpotuksen huokauksen, huomattuaan, että hänen
hermonsa olivat vain olleet liian jännittyneinä. Lähestyvä hevonen
ehkä merkitsi vain sitä, että jokin talon miehistä oli ratsastanut kotiin,
tuodakseen jonkin tiedon Brannonille, joka oli jäänyt kotiin "Denverin
seuraksi."

Hänen huulensa vetäytyivät pilkalliseen hymyyn sitä ajatellessaan,

mutta se katosi taas kun hän kuuli kavion kapseen aivan kuistin
nurkalla ja äänen, joka kantautui hänen korviinsa pimeyden
tyhjyydestä.

"Halloo! Onko joku pojista siellä?"

"Mitä — ei — on. Nimittäin Denver ja Brannon."

"Hyvä"! Ääni kuulosti tyytyväiseltä ja kaikui korkeana ja syvän

miehekkäänä. Josephinen silmät olivat jo tottuneet pimeyteen ja hän
saattoi erottaa hevosen ja miehen hämärät ääriviivat.

"Se vapauttaa minut enemmästä", kuului ääni taas. "Minulla on

omat asiani toimitettavana ja minulla on helvetinmoinen kiire. Kävin
Laskarissa. Palatessani poikkesin Ben Whitmanin luona. Hänen
äitinsä on sairas, lienee saanut jonkin kohtauksen tai muuta
semmoista, Ben pyysi minua ratsastamaan Willetiin hakemaan
lääkäriä. Sanoin meneväni sinne, ellei täällä olisi ketään, jonka voisi
lähettää. Siinä kaikki. Luulenpa, että olen toimittanut asiani."

"Odottakaa!"

Äkillisen kiihtymyksensä vallassa oli Josephine astunut kuistille ja

oli jo puolitiessä miehen luo lausuessaan komentavan sanansa.

"Puhukaa nopeasti!" huusi mies kärsimättömänä.