12 Hafta

Fen Fakültesi - Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Faculty of Science – Department of Molecular Biology and Genetics

Dersin Adı: Bakteri Metabolizması

• Bu nedenle, denitrifiye edici bakteriler alternatif enerji üretim mekanizmaları açısından metabolik
olarak farklıdırlar. Bazı Archaea türleri, nitratın nitrite indirgenmesiyle anaerobik olarak gelişebilir
ve çoğu denitrifkasyon da yapabilir.
• En azından bir ökaryotun da denitrifiye edici olduğu gösterilmiştir. Bir foraminifer protist olan
Globobulimina pseudospinescens, denitrifikasyon yapabilir ve büyük olasılıkla bu metabolizma
şeklini habitatı olan anoksik deniz sedimentlerinde kullanmaktadır.
• Aerobik (oksijenli) solunumun elektron taşınım yolakları, nitrat solunumu ve denitrifikasyon Şekil
13.41'de karşılaştırılmaktadır. Disimilatif nitrat indirgenmesinin ilk basamağını katalizleyen enzim
nitrat redüktaz enzimidir.
• Molibden-içeren zarla bütünleşmiş bu enzimin sentezi O2 tarafından baskılanır. Yolağın bundan
sonra gelen tüm enzimleri birbiriyle uyumlu olarak düzenlenir ve O2 tarafından baskılanır. Fakat
oksijensiz şartlara ilaveten, bu enzimler tamamen açığa çıkmadan nitrat da bulunmak zorundadır.
• Nitrat indirgenmesinin ilk ürünü NO2- dir ve nitrit redüktaz enzimi bunu NO'ya indirger (Şekil
13.41c).
• Bazı organizmalar, disimilatif bir işlemle NO2-'yi amonyağa (NH3) indirgeyebilir; fakat gazlı ürünlerin
oluşturulması yani denitrifikasyon küresel öneme sahiptir; çünkü bazı denitrifikasyon ürünleri
özellikle N2O ve NO, çevresel öneme sahiptir.
• N2O güneş ışığı ile NO'ya çevrilebilir. NO, NO2- oluşturmak üzere üst atmosferdeki ozon (O3) ile
tepkimeye girer ve onu tüketir. Yağmur yağdığında, NO2-, yeryüzüne asit yağmuru içinde nitröz asit
(HNO2) olarak iner.
• Disimilatif nitrat indirgenmesinin biyokimyası, NO3-'ün sadece NO2-'ye indirgendiği Escherichia coli
ve denitrifikasyonların gerçekleştiği Paracoccus denitrificans ve Pseudomonas stutzeri de ayrıntılı
olarak incelenmiş ve E. coli nitrat redüktaz elektronları, b-tip sitokromdan alır. Aerobik solunum ve
nitrat solunumu yapan E. coli hücrelerinde elektron taşıma zincirleri Şekil 13.41 a, b de
karşılaştırılmaktadır.
• N03-/NO2- çiftinin (+0.43 V) indirgenme potansiyelinden dolayı, nitrat indirgenmesi süresince
aerobik solunumda olduğundan (O2/H2O +0.82 V), çok daha az proton pompalanır. P. denitrificans
ve P. stutzeri'de nitrit redüktaz, nitrik oksit redüktaz ve nitröz oksit redüktaz enzimleriyle NO2-'den
nitrojen oluşturulur. Bu elektron taşınım tepkimeleri süresince, bir proton ittirici güç oluşturulur ve
ATPaz bunu ATP sentezine eşleştirir (Şekil 13.41c).
• Çok sayıda inorganik kükürt bileşiği, anaerobik solunumda önemli elektron alıcılardır. Önemli kükürt
bileşiklerinin yükseltgenme durumları Tablo 13.8'de özetlenmektedir.
• Kükürtün en çok yükseltgenmiş hali olan sülfat (SO4(-2)), doğada yaygın olarak bulunan oldukça
çeşitlilik gösteren zorunlu anaerobik sülfat-indirgeyici bakteriler tarafından indirgenir. Sülfat
indirgenmesinin son ürünü olan hidrojen sülfür (H2S) pek çok biyojeokimyasal işlemde rol oynayan
önemli bir üründür. Desulfovibrio cinsi içindeki türler, özellikle de D. desulfuricans çok çalışılmıştır.
• Nitratta olduğu gibi, asimilatif ve disimilatif sülfat metabolizmasını birbirinden ayırmak gereklidir.
Bitkiler, algler, funguslar ve prokaryotların çoğu dahil çok sayıda organizma sülfatı biyosentetik
kükürt ihtiyaçlarına dahil eder, bu da asimilatif metabolizmadır.
• Aksine, enerji kazanımı için sülfatı elektron alıcısı olarak kullanma yeteneği, onun fazla miktarda
indirgenmesini gerektirir ve sadece sülfat indirgeyici bakterilerle sınırlıdır.
• H2S, bu organizmalar tarafından çok fazla miktarda üretilir ve hücreden salınır. Bu haliyle, havada
yükseltgenmek için serbesttir, diğer organizmalar tarafından kullanılabilir veya metal sülfürleri
oluşturmak üzere metallerle birleşebilir.
• Tablo Al.2 ve Şekil 13.39'daki indirgenme potansiyellerinin gösterdiği gibi S04(-2), O2 veya N03-'den
daha az tercih edilen bir elektron alıcısıdır. Ancak, NADH veya FADH oluşturan bir elektron vericisi
yükseltgendiğinde, sülfat indirgenmesinden ATP yapımı için yeterli enerji mevcuttur. Tablo 13.8,
sülfat indirgeyici bakteriler tarafından kullanılan bazı elektron vericilerini listelemektedir.
• Hidrojen (H2), hemen hemen bütün türler tarafından kullanılırken, diğer elektron vericilerin
kullanımı daha sınırlıdır. Örneğin, laktat ve pirüvat tatlı su anoksik çevrelerinde bulunan türler
tarafından daha yaygın biçimde kullanılırken, asetat ve uzun zincirli yağ asitleri ise sülfat indirgeyici
deniz bakterileri tarafından kullanılmaktadır.
• Sülfat indirgeyici bakterilerin çeşitli morfolojik ve fizyolojik tipleri bilinmektedir ve bir Archaea cinsi
olan Archaeoglobus hariç, bilinen bütün sülfat indirgeyiciler Bacteria domainine aittir.
• SO4(-2)'in H2S'ye indirgenmesi sekiz elektron gerektirir ve birkaç ara ürün aşamasıyla ilerler. SO4(-2)
indirgenmesi önce aktivasyonu gerektirir ve bunun için de ATP gereklidir. Şekil13.42a'da gösterildiği
gibi ATP sülfürilaz enzimi SO4(-2)'ün ATP'nin bir fosfatı ile birleşmesini katalizler ve adenozin
fosfosülfat (APS) oluşturur.
• Aktivasyon, S04(-2)/SO3(-2) çiftinin oldukça elektronegatif (-0.52 V) olan E0' değerini 0 volta
yükselterek, NADH (-0.32 V) gibi elektron vericilerle diğer sülfatın indirgenmesini mümkün hale
getirir.
• Disimilatif sülfat indirgenmesinde APS' deki S04(-2), APS redüktaz enzimi ile doğrudan sülfite
(SO3(-2)) indirgenir ve AMP serbest kalır.
• Asimilatif indirgenmede, diğer fosfat fosfoadenozin fosfosülfat (PAPS) oluşturmak üzere APS'ye
eklenir (Şekil 13.42a) ve böylece sadece SO4(-2) indirgenir. Ancak, her iki durumda da sülfat
indirgenmesinin ürünü sülfittir (SO3(-2)). SO3(-2), bir kez oluştuktan sonra, sülfit redüktaz enzimi
ile H2S'e indirgenir (Şekiller 13.42 ve 13.43).
• Disimilatif sülfat indirgenmesi süresince elektron taşıma tepkimeleri proton hareket ettirici bir güç
oluşumuna yol açar ve bu da ATPaz ile ATP sentezini sağlar.
• Bu süreçte en önemli elektron taşıyıcısı, periplazmik ve düşük potansiyelli bir sitokrom olan
sitokrom c3'tür (Şekil13.43). Sitokrom c3, periplazmik hidrojenazdan elektronları alır ve zara-bağlı
protein kompleksine aktarır.
• Bu kompleks, Hmc olarak adlandırılır ve elektronları sitoplazmik zarın bir tarafından diğer tarafına
taşır ve elektronları sülfit ve sülfür oluşturmak üzere sırasıyla APS redüktaz ve sülfit redüktaza
aktarır (Şekil 13.43).
• Sülfat indirgenmesinde Desulfovibrio'nun H2 üzerinde mi yoksa laktat gibi bir organik bileşik
üzerinde mi gelişeceği konusunda hidrojenaz enzimi çok önemli bir rol oynamaktadır.
• Çünkü laktat, pirüvat aracılığıyla H2 üretilerek asetata çevrilir (Desulfovibrio, asetatı CO2'ye
yükseltgeyemediğinden dolayı, asetatın çoğu ya hücre dışına verilir ya da hücre tarafından asimile
edilir).
• Bu H2, sitoplazmik zarı geçer ve periplazmik hidrojenaz ile sisteme geri verilen elektronlara ve
proton ittirici güç oluşturan protonlara yükseltgenir (Şekil 13.43). H2 tarafından HS'e indirgenen
her bir SO4(-2) için bir ATP üretilir ve tepkime, şu şekildedir:
• 4H2 + S04(-2) +H+  HS- + 4H2O ∆G0' = -152 kj
• Laktat veya pirüvat elektron verici olduğunda, ATP sadece proton ittirici güçten değil, pirüvatın
asetat (asetil-KoA ve asetil fosfat aracılığıyla, Tablo 13.3) ve C02'ye yükseltgenmesi esnasında
substrat seviyesinde fosforilasyondan üretilir (Şekil 13.43).
• Sülfat indirgeyici bakterilerin tatlı su değil, denizde yaşayan türleri, asetat ve uzun zincirli yağ
asitlerinin yükseltgenmesini CO2'ye ve sülfat indirgenmesine eşleştirebilir:
• CH3COO- + SO4(-2) + 3H+  2CO2 + H2S + 2H20 ∆G0' =-57.5kJ
• Bu türlerin çoğunda asetat yükseltgenme mekanizması asetil-KoA yolağı iledir. Bu yolak, pek çok
anaerop tarafından asetat sentezi veya asetat yükseltgenmesi için kullanılan çift yönlü
tepkimeler serisidir.
• Sülfat indirgeyici birkaç bakteri, ototrofik olarak H2 ile de gelişebilir. Bu şartlarda, organizmalar
karbon kaynağı olarak asetat yapmak için asetil-KoA yolağını kullanırlar. Böyle türler, sadece
mineral tuzlar, sülfat, CO2 ve H2 içeren organik maddeden tamamen yoksun besi yerinde kültür
edilebilirler.
• Bazı sülfat-indirgeyici bakteri türleri, tüm türlere özgü olmayan alışılmadık tepkimeleri
katalizleyebilirler. Bu tepkimeler, disproporsinasyon, fosfit yükseltgenmesi ve kükürt
indirgenmesidir.
• Disproporsinasyon olayında bir maddenin bir molekülü yükseltgenirken ikinci molekülü

indirgenir, sonunda, iki farklı ürün oluşur. Örneğin, Desulfovibrio sulfodismutans, tiyosülfatı
(S-S03(-2)) aşağıdaki gibi disproporsinasyona uğratır:
• S-SO3(-2) + H2O  SO4(-2) + H2S ∆G0= -21.9 Kj/tepkime
• Bu tepkimede, S-SO3(-2) 'nin sağ taraftaki kükürt atomu yükseltgenirken (S04(-2)
oluşturur), soldaki atomun indirgendiğine (H2S oluşturur). Tiyosülfatın D.sulfodismutans ile
yükseltgenmesinden gelen serbest enerji, substrat-seviyesinde fosforilasyona eşleştirmek
için yeterli değildir ve bunun yerine proton ittirici güç oluşturan proton pompasına
eşleştirilir.
• Sülfit (SO3(-2)) ve kükürt (S0) gibi diğer kükürt bileşikleri de disproporsiyon tepkimesine
uğratılabilir. Kükürt metabolizmasının bu biçimleri, sülfat-indirgeyici bakterilerin kükürt ara
ürünlerinden enerji elde etmesini sağlar.
• Bu kükürt ara ürünleri ise, H2S'nin aynı ortamda bulunan kükürt kemolitotrofları ile
yükseltgenmesinden ve metabolizmalarında SO4(-2) indirgenmesi esnasında oluşturulan
ara ürünlerden gelmektedir (Şekil13A2b).
• En azından bir sülfat-indirgeyici bakteri fosfit (HP03-) yükseltgenmesini SO4(-2) indirgenmesine

eşleştirir. Bu kemolitotrofik tepkime ürünleri fosfat ve sülfürdür:
• 4HP03- + S04(-2) + H+  4HPO4(-2) + HS- ∆G0' = -364 kj
• Bu bakteri, Desulfotignum phosphitoxidans, bir ototrof ve fosfitin havada kendiliğinden
yükseltgenmesi nedeniyle mecburen zorunlu anaeroptur.
• Doğal fosfit kaynaklarının fosfonatlar olarak adlandırılan organofosforlu bileşikler olması
muhtemeldir. Bu bileşikler, çeşitli organik fosforlu bileşiklerin anoksik parçalanmasından
oluşurlar.
• Kükürt disproporsinasyonu (aynı zamanda kemolitotrofik bir işlem) ve H2 kullanımı ile birlikte
fosfit yükseltgenmesi, sülfat indirgeyici bakteriler tarafından yapılan kemolitotrofik tepkimelerin
çeşitliliğini vurgulamaktadır.
• Sülfat indirgeyen pek çok bakteri, sülfatın yanı sıra, elementel kükürtün sülfüre
indirgenmesinden de enerji elde eder (S + 2H  H2S).
• Bundan başka, sülfat indirgemeyen pek çok Bacteria ve Archaea kükürtü oksijensiz solunumla
da indirgeyebilir. Bunlar, anoksik, kükürtçe zengin habitatlarda tipik olarak sülfat indirgeyici
bakterilerle birlikte bulunan ve büyük bir grup olan kükürt-indirgeyici prokaryotlardır.
• Kükürt indirgenmesi için gerekli elektronlar H2 veya çok sayıdaki organik bileşiğin herhangi birinden
gelir. Örneğin, Desulfuromonas acetoxidans, asetat veya etanolü, S°'ın H2S'ye indirgenmesiyle
eşleşen CO2'ye yükseltgeyebilir.
• Kükürt indirgeyicilerin sülfatı APS'ye aktive etme kapasiteleri yoktur (Şekil 13.42), ve tahminen onları
SO4(-2)'ü bir elektron alıcısı olarak kullanmaktan alıkoyan da budur.
• Desulfuromonas, sülfat indirgeyici bakterilerde önemli bir elektron taşıyıcısı olan sitokrom c3'ün bir
benzeri de dahil çok sayıda sitokrom içermektedir.
• Desulfuromonas, dahil bazı kükürt indirgeyiciler kültürde ayrıca kükürt yerine Fe3+'yi elektron alıcısı
olarak kullanabilir; fakat kükürt muhtemelen doğada kullanılan en önemli elektron alıcısıdır.
• Kükürt ve sülfat indirgeyici bakterileri ekolojik anlamda birbirine bağlayan, yükseltgenmiş kükürt
bileşiklerinin indirgenmesi ve H2S üretimidir.
• Karbondioksit (CO2), tipik olarak oksijen içermeyen habitatlarda bol miktarda bulunur; çünkü
anaerobik kemoorganotrof enerji metabolizmasının temel ürünüdür. Zorunlu anaeropların iki
ana grubu enerji kazanımında elektron alıcısı olarak CO2 kullanmaktadır. Bu gruplardan biri
asetojenler, diğer grup ise metanojenlerdir.
• Hidrojen (H2), bu organizma gruplarının her ikisi için de asıl elektron vericisidir ve asetojenez ve
metanojenez tepkimelerinin genel görünümü Şekil13.44'de verilmektedir.
• Her iki süreçte iyon pompalarına bağlıdır. Bu iyon pompaları enerji kazanım mekanizmaları
olarak ya protonlar (H+) ya da sodyum iyonlarıdır (Na+) ve zarda bulunan ATPazlara enerji
sağlarlar. Asetojenez yolağı, enerjiyi ayrıca substrat seviyesinde fosforilasyon tepkimesi ile de
kazanır.
• Asetojenler şu tepkimeyi yaparlar:
• 4H2 + H+ + 2HC0(-3)  CH3COO- + 4H2O ∆G0' = -105 kJ

• H2'ye ilaveten, asetojenez için gerekli elektron vericileri metanol, metoksilenmiş çeşitli
aromatik bileşikler, şekerler, organik ve amino asitler, alkoller gibi organizmaya göre değişen
çeşitli Cı bileşiklerini ve bazı azotlu bazları içermektedir.
• Asetojenlerin çoğu disimilatif metabolizmada ayrıca nitrat (N0(-3)) ve tiyosülfatı (S2O3(-2))
indirgerler. Ancak, ekolojik ilişkide en önemli tepkime, CO2 indirgenmesidir.
• Asetojenler arasında en temel birleştirici unsur CO2 indirgenmesi yolağıdır. Asetojenler, asetil-
KoA yolağı ile CO2'yi asetata indirgerler; bu yolak zorunlu anaeroplarda asetat yükseltgenmesi
veya üretimi için en önemli yolaktır (Şekil13.45). Tablo 13.9, asetil-KoA yolağı ile asetat üreten
veya yükseltgeyen grupları listelemektedir.
• Acetobacterium woodii ve Clostridium aceticum gibi asetojenler ya şekerlerin fermantasyonu
ile kemoorganotrofik olarak (1.tepkime) ya da H2'nin elektron verici olduğu CO2’nin asetata
indirgenmesiyle kemolitotrofik ve ototrofik gelişirler (2.tepkime).
• Her iki durumda da tek ürün asetattır:

• (1) C6H12O6  3CH3COO- + 3H+
• (2) 2HCO(-3) + 4H2 + H+  CH3COO- + 4H2O
• Asetojenler glikozu glikoliz yoluyla katabolize ederler ve iki molekül pirüvat ve iki molekül
NADH'ye çevirirler. Bu noktadan, iki molekül asetat üretilir:
• (3) 2Pirüvat-  2asetat- + 2CO2 + 2NADH
• Tepkimenin üçüncü asetatı (1) ikinci tepkimeden gelir (2). Bunun için 3.tepkimede
oluşturulmuş iki molekül CO2 ile glikolizden oluşturulmuş 2NADH ve iki pirüvatın iki asetata
yükseltgenmesinden oluşturulmuş 2NADH (3.tepkime) kullanılır. Pirüvattan başlayarak, asetat
üretimi şu şekilde yazılabilir:
• 2Pirüvat- + 4H  3asetat- + H+
• Enerji metabolizmalarında asetat üreten asetojenik bakteriler genellikle gram-pozitif
Bacteria'dır ve çoğu da Clostridium veya Acetobacterium (Tablo 13.9) cinslerine aittir.
• Diğer birkaç gram-pozitif ve çok sayıda çeşitli gram-negatif Bacteria ve Archaea asetil-KoA
yolağını ototrofik amaçlarla kullanır ve hücre karbon kaynağı olarak CO2'yi asetata indirger.
Asetil-KoA yolağı hem ototrofik sülfat indirgeyici bakterilerin hem de metanojenlerin ototrofik
gelişimini destekler.
• Ayrıca, bazı prokaryotlar, asetil-KoA yolağını hücre karbon amaçlı asetat yapımı için değil,
asetatı ters yönde CO2'ye yükseltgeme aracı olarak kullanırlar. Bunlar, asetat-kullanan
metanojenler ve sülfat-indirgeyici bakterileri içermektedir.
• Diğer ototrofik yolakların aksine, CO2 fiksasyonunun asetil-KoA yolağı bir döngü değildir.
Aksine, birbirine paralel iki yolakla CO2 indirgenmesini katalizler.
• Bu yolaklardan birinde bir CO2 molekülü asetatın metil grubuna indirgenirken diğer yolakta
asetatın karbonil grubuna indirgenir. Bu iki adet Cı ünitesi, daha sonra asetil-KoA oluşturmak
üzere birleşirler (Şeki113.45).
• Asetil-KoA yolağının en önemli enzimi karbon monoksit (CO) dehidrojenaz'dır. CO
Dehidrojenaz, kofaktörler olarak Ni, Zn ve Fe içerir ve tepkimeyi katalizler.
• CO2 + H2  CO + H2O
• CO dehidrojenaz tarafından üretilen CO, asetatın karbonil karbonu olarak sonlanır (Şekil 13.45).
Asetatın metil grubu, tetrahidrofolat enziminin çok önemli rol oynadığı bir seri tepkimeyle C02
indirgenmesinden kaynaklanır (Şekil 13.45).
• Daha sonra, metil grubu, tetrahidrofolattan kofaktor olarak B12 vitaminini içeren bir enzime
aktarılır ve yolağın en son basamağında metil grubu, CO dehidrojenaz enzimi yardımıyla asetil-
KoA oluşturmak üzere CO ile birleşir. Asetil-KoA'nın asetat ve ATP'ye dönüşümü tepkime
serilerini tamamlar (Şekil 13.45).
• Asetojenezde enerji kazanımı hem substrat-seviyesinde fosforilasyon hem de iyon pompasının
bir sonucudur. Her bir asetil-KoA'nın asetat ve ATP'ye dönüşümünden bir ATP üretilir (Şekil 13.45
ve Tablo 13.3).
• İlaveten, asetil-KoA'nın CO ve CH3 bileşenlerinden sentezi de serbest enerji salar. Bu serbest
enerjinin bir kısmı bunu sodyum ittirici güç oluşumuna eşleştiren Na+ pompası tarafından
kazanılır.
• Hücre zarının enerjili hale gelmesi, Na+ yer değiştirici ATPaz ile ATP sentezine neden olur. Benzer
bir enerji stratejisini süksinatı fermente eden Propionigenium'da görülmüştür. Orada, süksinat
dekarboksilasyonu dışarıya Na+ gönderilmesine ve Na+ güdümlü ATPaza bağlıdır.

12 Hafta

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

12 Hafta

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Fen Fakültesi - Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Faculty of Science – Department of Molecular Biology and Genetics

Fen Fakültesi - Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Dersin Adı: Bakteri Metabolizması

• CH3COO- + SO4(-2) + 3H+  2CO2 + H2S + 2H20 ∆G0' =-57.5kJ

• Disproporsinasyon olayında bir maddenin bir molekülü yükseltgenirken ikinci molekülü

• En azından bir sülfat-indirgeyici bakteri fosfit (HP03-) yükseltgenmesini SO4(-2) indirgenmesine

• 4H2 + H+ + 2HC0(-3)  CH3COO- + 4H2O ∆G0' = -105 kJ

• Her iki durumda da tek ürün asetattır:

You might also like