PROTEINI

BIOLO[KI ZNA^AJ PROTEINA

- biokatalizatori visoke efikasnosti i preciznosti

ENZIMI

REZERVNI PROTEINI

TRANSPORTNI PROTEINI

- ovoalbumin jajeta i kazein mleka slu`e kao

izvori aminokiselina

- hemoglobin prenosi kiseonik putem krvi

- mioglobin prenosi kiseonik u mi{i}ima
- transferin prenosi gvo`dje kroz krvotok
- serum albumin prenosi masne kiseline kroz krvotok
- specifi~ni proteini membrane uklju~eni u transport molekula i jona
4

KONTRAKTILNI PROTEINI
- aktin i miozin omogu}avaju pokretanje mi{i}a
- tubulin omogu}ava kretanje hromozoma ka polovima }elije tokom deobe

BIOLO[KI ZNA^AJ PROTEINA

5

PROTEKTIVNI PROTEINI
- imunoglobulini (antitela) {tite organizam od patogenih agenasa
- fibrinogen omogu}ava zgru{avanje krvi
- difterija toksin, kolera toksin, zmijski otrov

TOKSINI

HORMONI

TRANSMISIJA NERVNOG IMPULSA

- insulin, hrmon rasta

- rodopsin, receptor za acetilholin

9

STRUKTURNE KOMPONENTE

- keratin - dlaka, nokti, rogovi

- kolagen - vezivno tkivo, ro`nja~a
- fibroin - mre`a pauka, svila

Opta formula aminokiselina

L- i D- stereoizomeri aminokiselina

L- i D- stereoizomeri aminokiselina

STRUKTURNE FORMULE AMINOKISELINA

H

a+

NH

H
C
NH

COO

CH3

CH2

+
3

ALANIN (Ala) ( A )
CH3

CH

CH3

NH

CH3

C
NH

+
3

+
3

CH2

CH3

CH2

NH

LEUCIN (Leu) ( L )

N
H

COO

CH2

+
3

COO
+
3

C
NH

COO
+
3

GLICIN (Gly) ( G )

C
NH

COO
+
3

FENILALANIN (Phe) ( F )

COO

NH

H
CH

PROLIN (Pro) ( P )

TRIPTOFAN (Trp) ( W )
CH3

COO

VALIN (Val) ( V )

COO

IZOLEUCIN (Ile) ( I )

H
CH

R = bo~na grupa (lanac)

Aminokiseline sa nepolarnom (hidrofobnom) bo~nom grupom

A
CH3

Op{ta formula
aminokiselina

COO

H
CH3

CH2

CH2

C
NH

COO
+
3

METIONIN (Met) ( M )

STRUKTURNE FORMULE AMINOKISELINA

H

a+

NH

Op{ta formula
aminokiselina

COO

R = bo~na grupa (lanac)

Aminokiseline sa nenaelektrisanom (polarnom) bo~nom grupom

H
HO
H3C

CH2

C
NH

CH2

HO

NH

COO
+
3

H2N
O

HO

CH2

C
NH

+
3

SERIN (Ser) ( S )

HS

CH2

C
NH

+
3

H
C

CH2

C
NH

COO
+
3

ASPARAGIN (Asn) ( N )

H
COO

COO

TIROZIN (Tyr) ( Y )

TREONIN (Thr) ( T )

COO
+
3

CISTEIN (Cys) ( C )

H2N
O

H
C

CH2

CH2

C
NH

COO
+
3

GLUTAMIN (Gln) ( Q )

1 +

STRUKTURNE FORMULE AMINOKISELINA

Aminokiseline
sa nepolarnom (hidrofobnom) bo~nom grupom
AMINOKISELINE
A AROMATI^NE
H
NH

CH2

AMINOKISELINE
SA SUMPOROM

COO
+
3

CH2

C
NH

COO
+
3

CH3

CH2

CH2

NH

Aminokiseline sa nenaelektrisanom (polarnom) bo~nom grupom

H

H
HO

CH2

C
NH

COO
+
3

TIROZIN (Tyr) ( Y )

COO
+
3

METIONIN (Met) ( M )

FENILALANIN (Phe) ( F )

TRIPTOFAN (Trp) ( W )

HS

CH2

C
NH

COO
+
3

CISTEIN (Cys) ( C )

STRUKTURNE FORMULE AMINOKISELINA

H

C
NH

Op{ta formula
aminokiselina

COO
+
3

R = bo~na grupa (lanac)

Aminokiseline sa negativno naelektrisanom (kiselom) bo~nom grupom

O
O

CH2

C
NH

H2N

COO
+
3

ASPARAGINSKA KIS. (Asp) ( D )

CH2

CH2

H2N

C
NH

GLUTAMINSKA KIS. (Glu) ( E )

CH2

C
NH

COO
+
3

ASPARAGIN (Asn) ( N )

COO
+
3

H
C

CH2

CH2

C
NH

COO
+
3

GLUTAMIN (Glu) ( Q )

STRUKTURNE FORMULE AMINOKISELINA

H

a+

NH

H3N

CH2

R = bo~na grupa (lanac)

Aminokiseline sa pozitivno naelektrisanom (baznom) bo~nom grupom

Imidazolni
prsten

Sekundarna
amino grupa
+

Op{ta formula
aminokiselina

COO

H
CH2

CH2

LIZIN (Lys) ( K )

CH2

C
NH

HC

COO

HN

+
3

Gvanido
grupa
NH2
NH

C2
H

C
NH

CH2

C
NH

COO
+
3

HISTIDIN (His) ( H )

H
NH

CH2
d

CH2

CH2

ARGININ (Arg) ( R )

C
NH

COO
+
3

BIOLO[KI VA@NE OSOBINE AMINOKISELINA

- Jonizaciona stanja aminokiselina H

NH3

COOH

NH3

COO

U neutralnom pH se pona{aju kao polarni joni (zwiterjoni)

Amfoterne supstance ili amfoliti (amfoterni elektroliti)

H3N-CH-COO

H + H2N-CH-COO

Aminokiselina kao kiselina (donor protona)

R
+

H + H3N-CH-COO
Aminokiselina kao baza (akceptor protona)

R
+

H3N-CH-COOH

NH2

COO

BIOLO[KI VA@NI DERIVATI AMINOKISELINA

OH
4
5

3
1

N
H

HC

COO

H3C

C2
H

CH2

CH2

CH2

CH2

C
NH

COO
+
3

b-CIANOALANIN

SH

COO

NH

COO
+
3

3-METILHISTIDIN

OH

C
NH

NH

CH2

CH2

4-HIDROKSIPROLIN (HO-Pro; Hyp)

H3N

+
3

H3N

OH

CH2

CH2

CH2

CH2
C

H3N

COO

COO

5-HIDROKSILIZIN (HO-Lys; Lyp)

HOMOCISTEIN

HOMOSERIN
H3C

CH2

CH2

HN

CH2

CH2

NH2

NH

C
NH

-METIL LIZIN

NH2
COO
+
3

NH3
CH2
NH

NH

CH2

CH2

C
NH

KANAVANIN

COO
+
3

+
3

CH2

COO

b-ALANIN

H3N

NH

(CH2)3
C

COO
ORNITIN

H3N

(CH2)3
C

COO
CITRULIN

USPOSTAVLJANJE PEPTIDNE VEZE

Peptidna veza

R1
H3N

C
H

R2

N
H

C
H

H3N

H3N

C
H

N-terminus

Rn

R1 O
+

R2

R1 O

HOH

POLIPEPTID

O
C
O

C-terminus

C
O

Struktura tetrapeptida

IZGLED I DIMENZIJE PEPTIDNE VEZE

R2

obi~na amidna veza = 1,49

1,24
120,5 0

123,5 0

C
1,51

1,33

116 0

N
119,5

Ca

122 0

1,46

Ca

C
118,5 0

peptidna veza = 1,33

1,0

H
R1

C
Peptidna veza

dvoguba veza = 1,27

O
C

O
N
H

Rezonantni oblici peptidne veze

N
H

KLASIFIKACIJA PROTEINA

PROSTI PROTEINI
- u hidrolizi daju samo aminokiseline

KONJUGOVANI PROTEINI
- kompleks proteina sa grugim makromolekulom ili jedinjenjem
- glikoproteini - protein + saharid
- lipoproteini - protein + lipid
- nukleoproteini - protein + nukleinska kiselina
- fosfoproteini - protein + fosforna grupa

PROTEINI

- subjedini~na struktura

STRUKTURA PROTEINA
A
PRIMARNA STRUKTURA

B
C

TERCIJERNA
STRUKTURA
SEKUNDARNA
STRUKTURA

NATIVNA
KONFORMACIJA

KVARTARNA
STRUKTURA

Nivoi organizacije proteinskih molekula

SEKUNDARNA STRUKTURA PROTEINA

- Organizacija a-heliksa R

N
N
N

VODONI^NE
VEZE

N
N

VODONI^NE
VEZE

= ugljenik
= azot
= kiseonik
= vodonik

R = bo~na grupa

DESNOGIRI
HELIKS

SEKUNDARNA STRUKTURA PROTEINA

- Formiranje a-heliksa -

POPRE^NI
PRESEK
R

R
R

R
R

KARAKTERISTIKE a-HELIKSA
- naj~e{}a strurktura u `ivim sistemima

DESNOGIRI

PERIODI^NOST

EFEKAT AMINOKISELINA NA STABILNOST a-HELIKSA

- u jednom okretu heliksa sme{teno je 3,6 AK

- Ala, Leu, Phe, Tyr, Trp, Met, Cys

- Ser, Thr, Ile, Glu, Asp
- Pro, HO-Pro

stabilizuju a-heliks
destabilizuju a-heliks

totalno naru{avaju a-heliks i obrazuju mesta

savijanja heliksa

SEKUNDARNA STRUKTURA PROTEINA

Organizacija
b-naborane plo~e

Antiparalelna
b-naborana plo~a

VODONI^NE
VEZE

= kiseonik
= vodonik

C
N

VODONI^NE
VEZE

Paralelna
b-naborana plo~a

SEKUNDARNA STRUKTURA PROTEINA

- Na~ini formiranja okreta polipeptida u b-naboranoj plo~i Tip II b-okreta

Tip I b-okreta
R

Ca3

f3

Ca4

y3

= ugljenik
N

Ca2

Ca4

b-naborana plo~a

R
Ca3

= azot
= vodonik

R = bo~na grupa

Ca1

b-okret u istoj ravni

antiparalelnih b-naboranih plo~a

Ca2

b-naborana plo~a

( ispod ravni )

f3
N

= kiseonik

y2
f2

y3

b-naborana plo~a

y2
f2
b-naborana plo~a

Ca1

( iznad ravni )
Povezivanje paralelnih b-naboranih plo~a

SEKUNDARNA STRUKTURA PROTEINA

- Prostorni modeli a-heliksa i b-naborane plo~e -

a-heliks

VODONI^NE
VEZE

b-naborana
plo~a

STRUKTURA PROTEINA

A
PRIMARNA STRUKTURA

B
C

TERCIJERNA
STRUKTURA
SEKUNDARNA
STRUKTURA

NATIVNA
KONFORMACIJA

KVARTARNA
STRUKTURA

10

ODR@AVANJE 3-D STRUKTURE PROTEINA

N-terminus

Tyr
CH2

CH2OH

H
C

O
O

CH3
Cys

(CH3 )4
H3N

CH2

SH
CH3
CH2
Cys

C-terminus

Phe

Ile

Ala

CH2

CH
Ile

Glu
Lys

CH2

H 3N

(CH3 )4

O
CH3

CH2

Glu

CH3

CH3

CH2

CH2

CH2

CH

S H

Ala

H
CH2
Phe

CH2

CH3

CH3

CH3

CH

Asp

NH3

CH3

Val

CH2

Lys

Ala

Asp

C
CH2

Ser

H
N
(CH3 )4
Lys

DENATURACIJA
PROTEINA
STRUKTURA PROTEINA

PRIMARNA STRUKTURA

TERCIJERNA
STRUKTURA
SEKUNDARNA
STRUKTURA

NATIVNA
KONFORMACIJA

KVARTARNA
STRUKTURA

FAKTORI KOJI UTI^U NA DENATURACIJU PROTEINA

- temperatura sredi{ta procesa denaturacije proteina
TA^KA TOPLJENJA (Tm )

TEMPERATURA

EKSTREMNI pH

- dovodi do promene stanja jonizacije bo~nih grupa

DETERD@ENTI

- interaguju svojim hidrofobnim delovima sa nepolarnim

glavama bo~nih grupa aminokiselina;
naru{ava se hidrofobna interakcija bo~nih grupa
aminokiselina koje odr`avaju 3-D strukturu proteina

EFEKAT SOLI - primer RNazeA

- (NH4)2SO4 i KH2PO4 - uve}avaju Tm
- NaCl i KCl - mali efekat na Tm
- KSCN i LiBr - smanjuju Tm

HAOTROPI^NI JONI

stabilizuju 3-D
destabilizuju 3-D

OPCIJA 1

OPCIJA 2

DENATURACIJA
STRUKTURA PROTEINA
RENATURACIJA
PROTEINA

PRIMARNA STRUKTURA

??????
TERCIJERNA
STRUKTURA
SEKUNDARNA
STRUKTURA

NATIVNA
KONFORMACIJA

KVARTARNA
STRUKTURA

AMINOKISELINSKA SEKVENCA RNaze A

10

20

H3N

30

80

70
90

120
124

O
C

110

O
40

60
100

50

NATIVNA KONFORMACIJA RNaze A

- 3-D struktura b-okret

N-terminus
a-heliks

b-naborana
plo~a
C-terminus

DENATURACIJA I RENATURACIJA PROTEINA

- primer RNaze A -

DENATURISANA RNaza
(neaktivna forma)

124

26

72
84

26
65

72

8 M urea
b-merkaptoetanol

58

40

SH

65

110

95

SH

40

110

84

58
95

NATIVNA KONFORMACIJA
(aktivnaFORMA
forma)
NEAKTIVNA
RNaze

DENATURISANA RNaza
1
1

124
26

72

SH

110

84

SH

65
40

26

26
Postepena blaga
oksidacija

65
95

1
40

58
95

72

40

72

84 58

65

110
110
95
84

RENATURISANA RNaza

58

124

PODELA PROTEINA PREMA NATIVNOJ KONFORMACIJI

1

- polipeptidni lanci medjusobno paralelni

i formiraju kon~aste i plo~aste tvorevine

FIBROZNI PROTEINI

- strukturni elementi vezivnog tkiva vi{ih `ivotinja

- KERATINI - dlaka, nokti, rogovi

- KOLAGEN - hrskavica, kosti
- ELASTIN - potporni zid krvnih sudova, alveola plu}a
2

GLOBULARNI
PROTEINI

- polipeptidni lanci ~vrsto zamotani u sferu

- imaju mobilnu ili dinami~ku funkciju

- ANTITELA
- ENZIMI
- HORMONI
- HEMOGLOBIN

KERATINI
- mehani~ki otporni i hemijski nereaktivni proteini
- nalaze se u svih vi{ih vertebrata i sinteti{u ih ektodermalne }elije
- ~ine 85% epidermalnog sloja vertebrata
- grade spolja{nje ~vrste elemente
DLAKA (kosa, vuna)
ROGOVI
NOKTI
PERJE

a-KERATINI
- zastupljeni u sisara

b-KERATINI
- nalaze se u ptica, reptila,
insekata i paukova

STRUKTURNA ORGANIZACIJA a-KERATINA

A

DIMER

PROTOFILAMENT

MIKROFIBRIL
Protofibril

N-terminus

450

C-terminus

^VRSTE TVOREVINE

RELATIVNO MEKE TVOREVINE

- nokti, rogovi

- 22% CISTEINA

- kosa, vuna, ko`a

- 10 - 14% CISTEINA

MAKROSKOPSKA ORGANIZACIJA DLAKE

MIKROFIBRIL
MAKROFIBRIL

]ELIJE

a-KERATIN

KARIBU

a-KERATIN
OVCA

KOLAGEN
- fibrozni, ekstracelularni protein vi{ih organizama
- poseduje izuzetnu ~vrstinu, ali izuzetno slabu elasti~nost
- ~ini 1/3 ukupne te`ine svih proteina vi{ih vertebrata
HRSKAVICA
TETIVE
KOSTI
ZUBI
RO@NJA^A
KRVNI SUDOVI
KO@A
- naj~e{}i aminokiselinski sastav 35 % Gly, 11% Ala, 12% Pro, 9% OH-Pro
- OH-Pro se retko nalazi u prirodi osim u kolagenu;
poseduje i OH-Lys
- osnovni polipeptid kolagena je izgradjen od tripeptida (-Gly-X-Y-)n
gde je naj~e{}e X = Pro, a Y = OH-Pro

GLOBULARNI PROTEINI
MIOGLOBIN

- polipeptid od 153 aminokiseline

79% aminokiselina je locirano u a-heliksima
1. molekul je izuzetno kompaktan; unutar molekula ima
mesta samo za ~etiri molekula vode.

2. sve polarne bo~ne grupe aminokiselina locirane su

na spoljnoj povr{ini molekula i hidratisane su.
3. skoro sve nepolarne i hidrofobne bo~ne grupe
aminokiselina locirane su u unutra{njosti molekula.
4. aminokiselina Pro se nalazi samo na savijucima molekula;
u savijucima se nalaze i Ile i Ser koji naru{avaju a-heliks.
5. op{ta konformacija molekula mioglobina je identi~na u svih
do sada izu~enih mioglobina.

LIZOZIM

- polipeptid od 129 aminokiselina

25% aminokiselina je locirano u a-heliksima
poseduje 4 disulfidna mosta ( -S-S- )

GLOBULARNI PROTEINI
b-LANAC HEMOGLOBINA

MIOGLOBIN

N-terminus

C-terminus

N-terminus

C-terminus

GLOBULARNI PROTEINI
LIZOZIM
- sekundarna struktura -

- tercijerna struktura -

Elektroforeza proteina na SDS poliakrilamidnom gelu

Elektroforeza proteina

Izoelektrino fokusiranje