Obrada prekursora iRNK

Obrada

Dodavanje 5 kape
Poliadenilacija
Splajsovanje
Editovanje

5 kapa

Uloge:

Zatita 5 kraja od degradacije

Transport zrele iRNK u
citoplazmu
Inicijacija translacije
regrutovanje ribozoma (CBC
20/80)
Koordinacija i stimulacija
procesa: obrasci fosforilacije
CTD Pol II

Dodavanje 5 kape
Enzim za dodavanje 5 kape:
RNK trifosfaraza
Guanilil transferaza
Metiltransferaze: N7-guanin i
2-O metiltransferaze
Nuklearni kompleks koji
vezuje 5 kapu CBC 20/80

Poli-A rep
Uloge:
Transport zrele iRNK u citoplazmu
Stimulacija translacije
Zatita 3 kraja od degradacije

Poli-A rep
Signali za poliadenilaciju
i poli-A mesto

Faktor specifian za
oslobaanje i poliadenilaciju
(CPSF)
Faktor koji stimulie
oslobaanje (CstF)
CFI I CFII
Poli-A polimeraza (PAP)
njeno prisustvo neophodno za
raskidanje fosfodiestarske veze

Oslobaanje i
poliadenilacija pre-iRNK
PAP sintezu obavlja bez matrice
Dodavanje poli-A repa se odvija u dve faze
Nuklearni proteini koji se vezuju za poli-A rep
(PABPN1)
Pre-iRNK prepisane sa gena za histone
nemaju poli-A rep, ali imaju specijalizovane
proteine koji uestvuju u regulaciji njihove
translacije

Splajsovanje
Sekvenca za splajsovanje:

5-mesto splajsovanja
3-mesto splajsovanja
Mesto grananja (i polipirimidinski niz)
GU-AG pravilo splajsovanja
Konzervirani A u mestu grananja
Transesterifikacija

Hemijska osnova splajsovanja

Dve reakcije transesterifikacije
Ne zahtevaju dodatnu energiju
jer broj fosfodiestarskih veza
ostaje nepromenjen
Troi se velika energija na
formiranje i rad mainerije za
splajsovanje

Splajsozom
snRNP (small nuclear ribonucleoproteins) + pre-iRNK
snRNK 5 molekula: U1, U2, U4, U5, U6
1. Prepoznavanje sekvenci za splajsovanje
2. Meusobno pribliavanje sekvenci za splajsovanje
3. Kataliza transesterifikacije

Proteini snRNP
Stabilizacija prostorne strukture snRNK

Proteini faktori splajsovanja

Prepoznavanje specifinih sekvenci
Stabilizacija sparivanja snRNK i pre-iRNK
Topljenje sekundarne strukture RNK

Katalitiko jezgro
splajsozoma se formira
sparivanjemU2 i U6
snRNK
Intron u obliku lasa
EJC kompleks
transport RNK i
kontrola kvaliteta
Enzim za linearizaciju
introna

Selekcija mesta splajsovanja

1. Prepoznavanje od
strane najmanje dve
komponente splajsozoma:
5 - U1, zatim U6 snRNP
Mesto grananja BBP, zatim U2

Pseudo mesta splajsovanja:

Iskrajanje dela egzona
Preskakanje egzona

2. Obeleivanje mesta
splajsovanja u
transkripciji
3. Sekvence pojaivai
splajsovanja u egzonima
(ESE) + proteini familije
SR+U1 snRNP (5) + U2Af (3)
+ U2 snRNP (mesto grananja)
kompleks za prepoznavanje
egzona

Autokatalitiko splajsovanje
Splajsovanje in cis
Specifina prostorna struktura
introna
Introni grupe II A u mestu
grananja; geni za proteine,
rRNK i tRNK organela,
Introni grupe I slobodan
nukleotid/nukleozid G koji se
vezuje za dep introna nuklearna rRNK protozoa
Linearni introni
Interakcije sa proteinima
protein maturaza

Evolucija splajsozoma
Pretea splajsozoma introni
slini intronima tipa II
In cis i in trans mehanizmi
(snRNK preuzele funkcije
delova introna tipa II)
Smanjen selektivni pritisak na
introne

Nuklearne egzonukleaze degraduju

uklonjenu obradom pre-iRNK

RNK

Nuklearni egzozom- devet egzonukleaza

Neophodne helikaze

Hidroliza u 3 5 smeru
Degradacija pogreno obraene pre-iRNK

Zatieni krajevi:
5 kapom za koju se vezuje protein CBC20/80
3 kraj rastue pre-iRNK se nalazi u aktivnom centru Pol
II. Nakon oslobaanja podlee poliadenilaciji a za poli-A
rep se vezuje PABPN1

Alternativna obrada pre-iRNK

Jedan gen-jedan protein?

Sekvenciranjem humanog genoma 22 000 gena za
proteine

Genom oveka kodira vie od 500 000 proteina

Mehanizmi za poveanje:

alternativna obrada pre-iRNK

editovanje RNK
posttranslacione modifikacije

 Jednostavan transkript pre-iRNK ijom obradom

nastaje zrela iRNK koja kodira jedan protein
Sloeni transkript pre-iRNK ijom obradom nastaje
vei broj zrelih iRNK
alternativna obrada
Proteinske izoforme

 Alternativna obrada pre-iRNK

(zasnovana na alternativnom
korienju egzona)
Mehanizmi:
alternativno splajsovanje
(korienje altrernativnih mesta
splajsovanja)
alternativna poliadenilacija
(korienje razliitih signala za
poliadenilaciju)
alternativna transkripcija

Alternativno splajsovanje
Naini odvijanja:
kompletno preskakanje
egzona
produavanje egzona

zadravanje kompletnog introna

istovremeno alternativno
korienje dva egzona

Kompletno iskuljuivanje ili ukljuivanje

egzona
Preskakanje egzona
Egzoni koji se meusobno
obavezno iskljuuju
Konstitutivno (jedan gen
uvek kodira vie proteina)
Regulisano (jedan gen
kodira razliite proteine
kao odgovor na razliite
signale)
alternativno
splajsovanje

Regulisano splajsovanje
Sekvence proteina:
aktivatori
represori

Sekvence pre-iRNK:
pojaivai (ESE i ISE)
priguivai (ESS i ISS)

Editovanje RNK
1. Insercija ili delecija uridina
Zastupljen kod mitohondrijskih pre-iRNA protozoa i
biljaka kao i kod hloroplastnih
Menja se okvir itanja

2. Deaminacija citidina ili adenozina na odreenim

mestima pre-iRNA
Kod viih eukariota

Najee je tkivno specifina

U mozgu uenje i kognitivne sposobnosti

Insercija ili delecija uridina

Vodii RNK (guideRNA):
duine 40-80 nukleotida
tri regiona: sidro, instrukciju za
editovanje i poli-U
Enzimi:
endonukleaze
3-terminalna uridilil
transferaza (TUTaza)
ligaza

Deaminacija adenozina ili citidina

Deaminacija:

Adenozin u inozin
(adenozin deaminaze
koje deluju na RNK ADARs)
Citidin u uridin (citidin
deaminaze)

 Apolipoprotein B u jetri i elijama creva

Nervni sistem oveka

Transport zrele iRNK

Nuklearne pore aktivni transport (hidroliza GTP-a
delovanjem GTP-aze Ran)
Signal za transport iRNP eksporter (vezuje iRNK, ECJ, SR
proteine)
Selekcija zrelih iRNK (iRNP eksporter prepoznaje receptor
za eksport)
Remodelovanje iRNP
Disocijacija vezanih proteina i vezivanje citoplazmatinih
rano pre transporta
tokom transporta (Npl13, iRNP eksporter)
tokom prvog ciklusa translacije

 Aktivnost helikaza
RNK koje se ne transportuju

Transkriptom
Skup svih transkripata u datoj eliji u odreenom
vremenu
iRNK ine 5-10% ukupne RNK
Veoma je dinamian
Ne sintetie de novo
Menja se sa promenom uslova

 Splajsovanje
http://www.youtube.com/watch?feature=
player_embedded&v=FVuAwBGw_pQ#!