ORGANIZACIJA

GENOMA
OVEKA
 Genom

Kompletan nasledni materijal jednog organizma

(geni, regulatorni elementi, segmenti koji ne nose genetiku informaciju).

Genom eukariota
Kompletan nasledni materijal sadran u haploidnom
setu hromozoma u polnim elijama.

Ukupna koliina naslednog materijala jedne diploidne

telesne elije.
 Karakteristike genoma

Veliina u baznim parovima

Broj i vrsta gena

Organizacija:

Graa: jedinstveni nizovi i nizovi koji se ponavljaju

(repetitivni) - umereno, visoko

Fukcija: kodirajui (polipeptidi, RNK) i nekodirajui

 Genom Prokariota
Jedan kruni molekul DNK (nekolko miliona bp + plazmid)

Veinu DNK ine kodirajui regioni

Geni srodne funkcije su u nizu i pod kontrolom jednog

promotora,

Segmenti koji se ponavljaju su retki - RNK geni. DNK

Jedan oridin replikacije

 5% Humani genom =
jedarni genom + mitohondrijalni genom

MITOHONDRIJALNI GENOM
16569 bp
JEDARNI GENOM 37 gena
24 hromozoma (22 autozoma + X, Y)
3200 Mbp (C-vrednost)
~20 000 gena kodirajui regioni
 C-vrednost
Ukupna koliina DNK u genomu.

C-vrednost je u korelaciji sa
C paradoks!
stepenom sloenosti grae
organizma
 Struktura genoma

Jedinstvene sekvence (usamljeni protein kodirajui geni)

Familije gena: familija aktina, globinski blok, globinski

blok...

Tandemski ponovljene sekvence:

geni za tRNK, rRNK, histone, satelitna, minisatelitna,
mikrosatelitna DNK

Transpozabilni elementi: transpozoni i retrotranspozoni

 Organizacija humanog genoma

HUMANI GENOM

JEDARNI GENOM MITOHONDRIJALNI GENOM

3200 Mb 16,5kb
~20 000 GENA 37 GENA

GENI I 2 GENA 22 GENA 13

NEKODIRAJUA
REGULATORNE STRUKTURNIH
SEKVENCE DNK ZA rRNK ZA tRNK GENA

VISOKO
JEDINSTVENE
KODIRAJUE NEKODIRAJUE REPETATIVNA
SEKVENCE
DNK

INTRONI I
PSEUDOGENI FRAGMENTI SEKVENCE U TANDEMSKIM KOPIJE RASUTE
GENA KOJE SE NE PONOVCIMA U GENOMU
PREPISUJU
 Hromatin
(sadraj jedra u interfazi, DNK+proteini+RNK)

Euhromatinski deo Konstitutivni heterohromatin

3000Mb 200 Mb

Hr. Ukupna DNK Heterohr. DNK

Koliina konstitutivnog
1 279 30
heterohromatina varira 2 251 3
meu hromozomima 16 104 15
17 88 3
21 45 11
 Konstitutivni heterohromatin
U centromerama svih hromozoma
Kratki kraci akrocentrinih hromozoma
13,
14,
15,
21,
22
Deo dugih kraka hromozoma 1,9,16 (sekundarne
konstrikcije)
Dugi krak hromozoma Y
 Bazni sastav jedarnog genoma

U euhromatinu ima u proseku 41% CG

Bazni sastav varira meu hromozomima od 38% GC (u

hromozomima 4 i 13) do 49% u hromozomu 19.

Bazni sastav varira i u okviru istog hromozoma.

Human genome project
(Projekat humanog genoma)
 Problem broja gena
ovek -20,000 gena
Drosophila - 13,500 gena
Nematode - 19,000 gena
Oryza sativa 42,000 gena

"Brojanje gena" ne moe da objasni fenotipsku

sloenost oveka
40-60% gena sa egzon-intron strukturom
podlee alternativnom iskrajanju primarnih
transkripata
Broj transkriptoma (i do 100 000) predstavlja
daleko bolju procenu fenotipske sloenosti ljudi
 Struktura gena
egzon 1
Poslednji
eoni niz egzon

introni Trailer

CpG ostrva egzoni

Gen-deo molekula DNK koji nosi informaciju za
sintezu bilo kog molekula RNK
 Geni koji kodiraju polipeptide
Broj gena: 20 000
Gustina gena: 1/100 kb
Prosena veliina gena: 27 kb
Rastojanje izmeu gena: 75 kb
Geni koji ne sadre introne: geni za histone, interferone, geni
za ribonukleaze,mitohondrijski geni...
Prosean broj egzona: 9
Prosena veliina egzona: 200 bp
Duina introna jako varira
Repetativne sekvence najee su zastupljene u intronima i u
susedstvu gena
Najmanji humani geni

Procenti prikazuju
duinu egzona
u odnosu na duinu
celog gena
Najvei humani geni
 Raspored funkcionalno slinih gena

Geni u vie jednakih kopija

Geni ija se duplikacija desila u skoroj prolosti (-globini);
Histonski geni (86 lanova, neki su identini)

Geni slinih sekvenci

Porodice - i - globinskih gena, HOX geni (A, B, C,D), geni
koji kodiraju sline oblike enzima specifine za razliita tkiva

Geni iji su produkti funkcionalno povezani

subjedinice istog proteina, delovi istog metabolikog ili
razvojnog puta, ligandi i njihovi receptori
 Familije gena
Klasine porodice gena
Visok stepen homologije u sekvencama
Histoni, i globini

Porodice gena sa velikim konzerviranim domenima

(ostali delovi gena mogu biti slabo ouvani)
geni koji kodiraju transkripcione faktore

Porodice gena sa kratkim motivima konzervisanih

sekvenci
DEAD box (Asp-Glu-Ala-Asp)
 Superfamilije gena
Proteini koji imaju zajednike karakteristike u grai i
funkcionalnu slinost ali homologija nije izraena

Superfamilija imunoglobulina (Ig geni, geni za T-elijske

receptore, HLA-geni.)

Superfamilija globina (mioglobin, i globini, neuroglobin .)

Superfamilija receptora za miris (900 lanova, na svim

hromozomima osim 20 i Y)
 Dvosmerna organizacija gena i geni koji
se preklapaju

Blizu smeteni geni se izuzetno se retko javljaju u humanom

genomu.

Geni koji se delom preklapaju obino su kodirani na razliitim

lancima DNK.

Obezbeuje se zajednika regulacija gena, esta u sluaju

gena za reparaciju DNK.

Velika gustina gena pronaena je u regionu,

HLA III kompleksa na hr. 6p21.3
 HLA III kopleks na 6p21.3:
primer gusto pakovanih gena

MHC III geni

Geni koji kodiraju proteine komplementa C4A i C4B, C2 i FACTOR B
TUMOR NEKROSIS FACTOR i

Plus imunoloki irelevantni geni

Geni koji kodiraju hidroksilazu, RNK helikazu, kazein kinazu
Heat shock protein 70, sialidazu
 Geni unutar gena

U intronu 26 NF1 gena nalaze se geni :

OGMP (oligodendrocyte myelin glycoprotein)

EVI2A i EVI2B
 Humani pseudogeni
Pseudogeni: oteene kopije funkcionalnih gena
Skraeni geni: geni kojima nedostaju 5 ili 3 krajevi

Fragmenti gena: nefunkcionalne kopije koje imaju manji

deo gena

Neobraeni Obraeni
pseudogeni pseudogeni

Sadre introne; NE sadre introne;

Nastaju duplikacijom; Nastaju

retrotranspozicijom;
Obino nisu aktivni;
NF1 gen i njegovi pseudogeni na
razliitim hromozomima

Svi NF1 pseudogeni su skraeni;

U genomu je pronaeno njih 11
 RNK geni oveka
(nekodirajui RNK transkripti)
~2000 RNK gena u genomu oveka
10% ukupnog broja gena rRNK 5S 28S

rRNK 5,8S

tRNK 18S

Mala jedarna RNK (snRNK)

Mala RNK jedarceta (snoRNK) tRNK

SRP RNK
MikroRNK
RNK srednje i velike duine
 GENI ZA RIBOZOMALNU RNK
Regioni koji se Jedinica transkripcije
ne prepisuju

Tandemski ponovci
18S, 5.8S i 28S
Jedna
Obrazuju jednu
jedinica transkripcionu
transkripcije jedinicu;

Transkripcija Locirani na kratkim

RNK polimeraza I
kracima
Hr. 13,14,15,21,22
Primarni
transkript
RNK
Obrada RNK 5S geni su takoe
(isecanje)
aranirani kao tandemski
ponovljeni blokovi,
Zreli molekuli
rRNK Najvie zastupljeni na
hr. 1q41-42
 tRNK geni
(497 jedarnih gena + 324 tRNK pseudogena)
49 porodica prema tipu antikodona;
(Oekuje se 61 za svaki kodirajui triplet)

Uoena je gruba korelacija izmeu broja tRNK gena i

frekvence aminokiselina u proteinu

280 od 497 gena je na hr.6, uoeno je i njihovo grupisanje na

hr. 1 i 7

Na svim hromozomima se nalazi bar jedan tRNK gen izuzetak

su hr. 22 i Y
 Male jedarne RNK (snRNK)
Bogate uridinom;

Oznaavaju se kao U1, U2, U3 itd.

RNK splajsozoma

Broj ponovaka varira od 6 do vie od 30

U1 gen na hromozomu 1p36, 16 gena

U2 gen na 17q21, 6-30 kopija

za U6 snRNK identifikovano je 44 gena i 1135 pseudogena

 Male RNK jedarca (snoRNK)
Upravljaju modifikacijama baza u rRNK i tRNK na specifinim
mestima;

Takoe mogu da modifikuju i U6 RNK;

Najee se nalaze unutar introna drugih gena

Mesto specifina
Mesto specifina
2-O-riboza metilacija
Pseudouridilacija
rRNK
 SRP RNK
SRP RNK sa 6 proteina formira mali RNK-protein
kompleks(SRP) u citoplazmi esencijalan za translokaciju
novonastalih proteina kroz membrane endoplazmatinog
retikuluma

Sekundarna struktura SRP RNK

4 7SL gena,
500 7SL pseudogena
 Mikro RNK (miRNK)
familija od 2125-nukleotida dugih RNK koje negativno
reguliu ekspresiju gena komplementarno se vezujui
za 3UTR region iRNK i obustavljajui translaciju;

Rasute na razliitim hromozomima ili u grupama

Poznato je preko 1000 miRNK gena

 Regulatorne RNK

Srednje i velike duine

Veina je nepoznate funkcije

XIST RNK inaktivacija jednog X hromozoma

 Nekodirajua DNK
Jedinstvene sekvence

Visoko repetativna DNK:

DNK grupisana u tandemskim ponovcima
-satelitna DNK 100 kb nekoliko Mb
-minisatelitna DNK 100-20 000 bp
-mikrosatelitna DNK <100 bp

DNK koja je rasuta u genomu

-DNK transpozoni MER1, MER2
-retrotranspozoni LINES, SINES, LTR
 Satelitna DNK

Satelitna DNK se
moe izdvojiti
od ukupne DNK
centrifugiranjem
 Satelitna DNK

Tandem koji se ponavlja veliine je 5-171bp

satelitna DNK ini najvei deo
centromernog heterohromatina, sadri
ponovke od 171bp
Nalazi se na svim hromozomima
Ima vanu ulogu u funkcionisanju
centromera
satelitna DNK zastupljena u
heterohromatinu hromozoma 1, 9, 13, 14,
15, 21, 22, Y, sadri ponovke od 68 bp
 Minisatelitna DNK
Najvarijabilniji deo humanog genoma

Duina jedinice koja se ponavlja 9-64 bp

Hipervarijabilne minisatelitne DNK

u blizini telomera, hotspot za rekombinaciju

DNK telomera
heksanukleotid TTAGGG odgovoran za funkciju
telomera, linearni integritet hromozoma
 Minisateliti i bolesti

Neki minisateliti se nalaze blizu promotorskih

regiona gena , pa njihovi aleli razliiti po broju
ponovaka mogu da dovedu do promene
ekspresije gena

gen za insulin minisatelit se nalazi uz gen i

asociran sa pojavom dijabetesa

gen za cistatin B povean broj kopija uslovljava

jedan oblik epilepsije
 Mikrosatelitna DNK
ini ak 2% genoma

Sastoji se od kratkih regiona <100 bp sastavljenih od

kratkih ponovaka

Najei su dinukleotidni ponovci CA/GT

Zbog svoje polimorfnosti koriste se u identifikaciji osoba

Uglavnom se javlja u intergenskoj DNK ili unutar introna

ali mogu se nai i u kodirajuim sekvencama gena
 DNA fingerprinting
DNK rtve

24 ponovka GT 16 ponovaka ATGG 66 ponovaka ATT

Postoje tri regiona repetitivne DNK

DNK osumnjienog

49 ponovaka GT 16 ponovaka ATGG 51 ponovak ATT

DNK izolovana iz korena dlake pronaene na mestu zloina

49 ponovaka GT 16 ponovaka ATGG 51 ponovak ATT

 Mutacije u mikrosatelitima
Dinamike mutacije ili ekspanzije trinukleotidnih
ponovaka povezane su sa pojavom nekih
neurolokih bolesti.
Potomci obolelih obolevaju ranije i u teem
obliku to se naziva genetika anticipacija.
Tipovi tripleta koji su do danas detektovani kao
uzroci neurolokih bolesti:
CGG ( fragilni X);
GAA ( Fridrajhova ataksija);
CTG ( miotonina distrofija);
CAG ( Hantingtonova bolest);
 Repetitivna nekodirajua DNK rasuta u genomu
Nastala od transpozona-mobilnih DNK elemenata
Retrotranspozoni
LINE (Long interspersed nuclear elements)
L1, L2, L3 LINE ine ~21% humanog genoma (~1,000,000 kopija)

SINE (Short interspersed nuclear elements)

Alu ini ~10,7% humane DNK (1,200, 000 kopija)
MIR, MIR3 ini 3% humane DNK (500,000 kopija)

LTR elementi (Long Terminal Repeats)

ERV i MalR ine 8% humane DNK (500,000 kopija)
DNK Transpozoni
MER1, MER2 350, 000 kopija, 2,8% humane DNK
UKUPNO: 45% humane DNK
 RNK ili DNK intermedijer

DNK transpozoni kreu se

po genomu konzervativnom
transpozicijom (cut and
paste)

Retrotranspozoni nastaju
replikativnom
transpozicijom (copy paste)
 Copy paste mehanizam
Nova kopija
Molekul DNK Retrotranspozon retrotranspozona

Transkripcija
Insercija
retrotranspozona
Translacija
RNK
Reverzna
transkripcija
RNK u DNK
Reverzna
transkriptaza

Sinteza drugog DNK

lanca
 Dugi rasuti elementi jedra (LINE )
20% genoma

RNK vezujui Reverzna transkriptaza i

Interni
protein endonukleaza
promotor

LINE1 najzastupljeniji i jedini aktivan lan familije LINE

esto se njihova transkripcija prerano zavrava
proizvodei skraene , nefunkcionalne inserte, retronizove.
LINE2 neaktivni
LINE3 neaktivni

U svakom humanom genomu 60-100 kopija LINE1

je jo uvek sposobno da promeni mesto
 LINE replikacija nije efikasan
proces
Reverzna transkriptaza LINE elemenata ima
nisku procesivnost)

Veina LINE nastalih ponovaka su oteeni i

kratki i nisu sposobni da se dalje kopiraju
Veina inserata je duga svega 900bp umesto
6,1kb

Samo 1 od 100 insercija je uspena

 Kratki rasuti elementi jedra (SINE)
13% genoma
Ne kodiraju proteine pa se ne mogu premetati bez pomoi
drugih mobilnih elemenata, obino L1
Duine su od 100 do 400 bp i mogu se ponavljati preko 1,5
miliona puta;
Nastali su od kopija tRNK ili 7SL RNK
Osnovna funkcija regulacija translacije proteina
Jedini aktivan tip SINE su Alu sekvence
 Alu - elementi
Alu familija ini oko 10% genoma.

Duine su 280bp, a zastupljeni su sa oko milion kopija u

humanom genomu.

Uloga Alu nizova:

mesta na kojima zapoinje replikacija
signali za obradu primarnog transkripta
imaju regulatornu ulogu u transkripciji

Skoro nikada se ne nalaze u okviru kodirajuih delova gena,

ali su esto prisutni u intronima i 5 i 3 nekodirajuim
regionima gena.
 Mitohondrijalni genom

Mala cirkulatorna DNK 16500bp

Ukupan broj gena 37
1gen/0.45kb
Vrlo malo repetitivnih sekvenci
Nema introna
93% genoma ine kodirajue sekvence
Transkripcijom nastaju zajedniki transkripti veeg broja
gena
Nije uoeno da dolazi do rekombinacije
Matroklino nasleivanje
 Simbiotska teorija
mtDNK nije vezana za histone
Oblik i organizacija mt genoma slini genomu prokariota
 Fizika mapa mtDNK
Fig. 15.3, Physical map of the human mtDNA
 Mitohondrijalni geni

24 od 37 gena kodiraju RNK molekule

22 mit tRNK
2 mit rRNK (23S, 16S)

13 od 37 gena kodira proteine

(sintetiu se na ribozomima u samim mitohondrijama)

subjedinice respiratornih kompleksa

i enzima koji uestvuju u oksidativnoj
fosforilaciji
Odstupanja od univerzalnog genetikog koda
Universal code
Mitochondrial code
Mitohondrijalni kod Univerzalni kod
Degenerativnost genetikog koda

tRNK petlja

Kodon iRNK

22 tRNK je potrebno
 Mutacije u mitohondrijalnom genomu

mtDNK je veoma podlona mutacijama

Mutacije naruavaju normalnu proizvodnju ATP-a u

elijama

Najosetljivije nervno i miino tkivo

Oboljenja: epilepsije, miine distrofije,

Leberova optika atrofija

Stepen ispoljavanja poremeaja varira

Heteroplazmija
Mutacije u mitohondrijalnom
genomu