Tercijalna struktura DNK

Tercijalna struktura predstalja visi stepen savijanja koji omogucava

molekulu DNK da se upakuje u stesnjen prostor unutar celije

Geneticki materijal (DNK) prokariota i eukariota organizovan je u

hromozome koji se morfoloski veoma razlikuju
 Celije E. coli sadrze skoro 100 puta vise DNK od bakteriofaga
Sadrzi 4 639 221 bp (baznih parova), sto odgovara duzini od 1,7 mm,
sto je 850 puta duze od dimenzija celije E. coli (precnik 0,5 m i
duzina 2-3 m)
Celije kvasca sadrze 2,6 puta vise DNK od E. coli
Drosophila (vocna musica) ima 35 puta vise DNK od E. coli
Celija coveka ima 700 puta vise DNK od E. coli
 - Jedan tip tercijalne strukture DNK je
super namotavanje
- Super namotavanje se javlja kada DNK
spirala stvara deformacije usled previse
uvijanja ili nedovoljnog navijanja
- B-DNK struktura poseduje najmanje
energije i zbog toga se nalazi u
relaksiranom stanju
- Ako se koristi energija za dodavanje ili
uklanjanje bilo kog namotaja obrtanjem
jedne niti oko druge, spirala se
deformise i super namotava ili uvija oko
sebe
- Super namotavanje se javlja samo kada
se molekul DNK smesta unutar celije
- Molekuli DNK koji su suvise uvijeni u smeru uvijanja samog DNK
molekula pokazuju pozitivno super namotavanje
- Molekuli koji su nedovoljno uvijeni pokazuju negativno super
namotavanje i smer super namotavanja suprotan je od desnogirog
namotavanja DNK heliksa
- Vecina DNK prisutna u celiji ima negativno super namotavanje
 Negativno super namotavanje daje prednosti celiji:

1. Super namotavanje omogucava lakse razdvajanje dva

polinukelotidna lanca u molekulu DNK tokom replikacije i
transkripcije
- Negativno super namotavanje je nedovoljno uvijeno, tako da je
razdvajanje dve niti tokom replikacije i transkripcije mnogo
brze i zahteva manje energije
2. Super navijena DNK moze da se spakuje u mali prostor posto
zauzima manju zapreminu nego relaksirana DNK
- Veliki molekul DNK bakterija čini niz velikih petlji čiji krajevi se
drze zajedno pomocu proteina
- DNK eukariota je obicno linearan i takode tezi da se savija u petlje
koje su stabilisane proteinima
- Kod eukariotskih hromozoma ucvrsceni proteini sprecavaju
slobodno obrtanje krajeva molekule DNK tako da dolazi do
stvaranja super namotaja
 - Topoizomeraza je enzim odgovoran za formiranje i
razmotavanje super namotaja
- Poseduje nukleaznu (raskida fosfodiestarsku vezu izmedu
nukleotida) i ligaznu aktivnost (uspostavlja ponovo
fosfodiestarsku vezu)
- Topoizomeraza privremeno prekida polinukleotidnu nit, obrce
krajeve jedan oko drugog i onda ponovo spaja prekinute krajeve
- Topoizomeraze su podeljene u
dve klase u zavisnosti koliko
polinukleotidnih lanaca DNK
seku i koliko DNK lanaca
prolazi kroz mesto zasecanja
1. Topoizomeraza I zaseca
jedan polinukleotidni lanac i
smanjuje super namotavanje
negativne super zavojnice
uklanjajuci obrtanja

2. Topoizomeraza II dodaje i
uklanja obrtanje
raskidanjem obe
polinukleotidne niti
Aktivnost topoizomeraze I
Aktivnost topoizomeraze II
 Organizacija genoma

Genom eukariotskih organizama veci je za 10 do vise od 1000 puta

od bakterijskog
Broj hromozoma je karakteristika vrste i on znatno varira od vrste
do vrste
• Kod prokariotskih i eukariotskih celija DNK je organizovana na razlicite nacine
• DNK je u celiji udruzena sa proteinima
• Kod eukariota to su posebni histonski proteini, dok su kod prokariota
nehistonski proteini veoma slicni histonima
Genima linearno poredanim na hromozomima prenose se
nasledne osobine sa roditelja na potomstvo
Gen je deo DNK koji nosi informaciju za sintezu jednog
polipeptidnog lanca ili molekule RNK
Postoje tri grupe gena:

1. Geni na kojima se nalazi

informaciji o sintezi proteina-
strukturni geni
2. Geni na kojima se nalazi
informaciji o formiranju
molekula RNK
(t-RNK, r-RNK)
3. Geni koji kontrolisu ekspresiju
gena- regulatorni geni
 • Genetickom sifrom opisuje se redosled purina i pirimidina u
molekulima DNK i i-RNK
• Redosled aminokiselina u proteinu odreden je redosledom
nukleotida u genu za taj odredeni protein
• Genom je skup gena koji odreduje genotip celije
• Fenotip je zbir vidljivih (strukturnih i fizioloskih) osobina celije i
rezultat je interakcije spoljasnje sredine sa genotipom
- Geni mogu delovati u skupini “poligenska svojstva” pri cemu
su neki geni dominantni (epistatski) dok su drugi geni u
podredenom polozaju (hipostatskom)
- U odredenim slucajevima geni mogu deliti sekvence sa
drugim genima (preklapajuci geni)
geni
- Neki geni sadrze nekodirajuce sekvence
- Geni se mogu sastojati od jednog nukleotidnog para do
nekoliko hiljada nukleotidnih parova zajedno povezanih
Organizacija genetickog materijala kod prokariota
(njena tercijalna struktura)

- Kod vecine prokariota DNK je organizovana u obliku jedne,

kruzne zatvorene spirale, dok je kod malog broja prisutno vise od
jednog hromozoma
- Linearni molekul DNK je pronaden kod malog broja vrsta
- Hromozom Borrelia je linearan DNK molekul
- Celija normalno sadrzi samo jedan tip hromozoma koji moze biti
prisutan u jednoj ili vise kopija po celiji sto zavisi od vrste
mikroorganizama

E. coli ima 1 do nekoliko kopija hromozoma u zavisnosti od brzine

rasta

Azotobacter sadrzi veci broj kopija prosecno od 20 do 40

- U kruznom hromozomu bakterija, DNK se ne javlja kao otvoren
relaksiran krug
- U ovako relaksiranom obliku bio bi suvise veliki da bi se smestio u
bakterijsku celiju
 - DNK eubakterija nije vezana za histonske proteine
- Kruzna dvostruka spirala dalje se umotava pomocu histon-like
proteina (proteini slicni histonima) u super namotanu DNK
strukturu koja je zbijena
- Elektronskim mikroskopom DNK se javlja kao jasno uocljiv
grumen, nukleoid, koji je zbijen u odredenoj oblasti citoplazme
 Krajevi petlje se drze na mestu pomocu proteina
Kada se ćelija bakterije nezno otvori njena DNK se izliva
napolje kao niz upredenih petlji
- Iako su eubakterije i arheje slicne po strukturi celije, neki geneticki
procesi kod arheja (transkripcija) su mnogo slicniji onima kod
eukariota i arheje su evolutivno mnogo blize eukariotama nego
eubakterijama
- Arheje takode poseduju histonske proteine koji su zdruzeni sa
molekulom DNK ali se struktura njihovog hromatina razlikuje od
one pronadene kod eukariota
 Eukariotski hromozomi
• Organizovaniji su od prokariotskih
• Veci su i slozeniji i smesteni su u jedru, lako primaju boju zbog
cega su nazvani hromozomi (grcki hroma = boja, soma = telo)
• Obicno se nalazi vise od jednog
hromozoma u celiji
• Vise su linearni a manje kruzni
• Slicno bakterijskim hromozomima, svaki
eukariotski hromozom sadrzi pojedinacni,
veoma dugi molekul DNK
• Hromozomi su u izduzeni, relativno nekondenzovani tokom
interfaze ćelijskog ciklusa
• Iako je DNK interfaznih hromozoma manje gusto spakovana
od DNK hromozoma tokom mitoze on je još uvek veoma sabijen
 - Kao posledica polnog nacina
razmnozavanja u eukariotskim
celijama su prisutna dva seta
hromozoma
- Jedan set hromozoma se
nasleduje od muskog roditelja
druga polovina od zenskog

- Svaki hromozom u jednom setu ima odgovarajuci hromozom u

drugom setu i zajedno obrazuju homologni par
- Dva hromozoma u homologom paru su obicno slicna u strukturi i
velicini i nose genetsku informaciju za isti skup naslednih
karakteristika
- Geni koji daju informaciju o odredenoj karakteristici (aleli) nalaze
se na istom mestu na hromozomu (lokus) ali nemoraju da budu
identicni
- Vecina eukariotskih celija nosi dva seta genetickih informacija i
ove celije su diploidne

- Polne celije (jajna celija,

spermatozoidi, spore) pa cak i
neke ne reproduktivne celije
kod nekih organizama mogu
da sadrze jedan set
hromozoma

- Celije sa jednim setom hromozoma su haploidne i one uvek

imaju samo jednu kopiju svakog gena
 Pojam Definicija

Geneticki faktor (deo DNK) koji pomaze u odredivanju

Gen
karakteristika

Alel Jedan od dve ili vise izmenjenih oblika gena

Lokus Odredeno mesto na hromozomu koje zauzimaju aleli

Genotip Skup alela koje pojeidnac poseduje

Heterozigot Pojedinac poseduje dva razlicita alela na lokusima

Homozigot Pojedinac poseduje dva ista alela na lokusima

Fenotip ili osobina Pojava ili ispoljavanje karaktera (plave ili braon oci)

Karakter ili
Odlika ili karakteristike (boja ociju)
karakteristika
 - Najveci deo vremena (interfaza) hromozomi su tanki i jedva
uocljivi (difuziona masa) koja se pre celijske deobe sabijaja
(kondezuje) u gustu lako uocljuvu strukturu koja se moze
proucavati
- Hromozomi su vidljivi svetlosnim mikroskopom samo u toku
celijske deobe jedra, dok se pod elektronskim mikroskopom mogu
posmatrati za vreme citavog celijskog ciklusa
 Struktura hromozoma

Funkcionalni hromozom ima

tri bitna elementa:

1. Centromeru

2. Par telomera

3. Pocetak replikacije

1. Centromera je mesto za koje se vezuju mikrotubule deobnog

vretena, koji su odgovorni za pomeranje hromozoma tokom celijske
deobe
- Centromera se javlja kao sabijena oblast koja se cesto slabije boji
nego ostatak hromozoma
 - Pre celijske deobe, proteinski kompleksi nazvani kinetohore
spajaju se sa centromerom za koje se kasnije vezuju mikrotubule
deobnog vretena

- Tokom pripreme za celijsku deobu svaki hromozom se replicira

obrazujuci kopiju sebe same
- Ove dve na pocetku identicne kopije nazivaju se sestrinske
hromatide i drze se zajedno na mestu gde se nalazi centromera
- Svaka sestrinska hromatida sadzi jedan molekul DNK
- Hromozomi bez centromera ne mogu se
pomerati u dva novo obrazovana jedra
- Ovi hromozomi se cesto gube sa
katastrofalnim posledicama po celiju
 - Centromere pomazu u kontroli
celijskog ciklusa
- Tokom mitoze niti vretena prave
kontakt sa kinetohorama centromere i
orjentise hromozome na metafaznoj
ploci
- Ako anafaza zapocne pre nego sto se
svaki hromozom veze za niti vretena,
hromozomi se nece pomerati ka
polovima vretena i bice izgubljeni
- Pocetak anafaze je zaustavljen
signalom sa centromera
- Ovaj inhibitorni signal nestaje samo
nakon sto se centromera svakog
hromozoma veze za niti vretena sa
suprotnih polova
- Tipican hromozom se sastoji od dva kraka koji mogu da budu
priblizno jednake duzine ili se mogu razlikovati
Na osnovu polozaja centromere hromozomi se dele u cetiri klase:
1. Metacentricni
2. Submetacentricni
3. Akrocentricni
4. Telocentricni (subakrocentrican)
 1. Hromatida
2. Centromera
3. Kraci krak hromatide (p)
4. Duzi krak hromatide (q)
 - Kada se centromera nalazi priblizno na sredini
hromozoma njegovi kraci su priblizno jednake duzine, pa
je hromozom metacentrican
- Takav hromozom ima oblik slova V u anafazi deobe
jedra
- Ako je centromera manje ili vise udaljena od sredine
hromozoma, kraci su nejednake duzine a hromozom je
submetacentrican

- Centromera moze da se nade u blizini kraja hromozoma

pa je kraci krak sveden na jedva vidljivu lopticu. Takav
hromozom naziva se subakrocentrican- telocentrican
- Kada je centromera tako reci na samom vrhu hromozoma
a jedan krak je daleko kraci od drugog, hromozom je
akrocentrican
- Takav hromozom je u anafazi deobe jedra stapicastog
oblika
2. Telomere su vrhovi linearnih hromozoma i uloga im je da
stabilizuju njene krajeve -obezbeduje stabilnost hromozoma

- Telomere takode ucestvuju u ogranicavanju celijske deobe i

imaju vaznu ulogu u starenju celije i pojavi raka
3. Pocetak replikacije je mesto gde zapocinje DNK sinteza
- Tesko se uocava mikroskopom
 Organizmi n 2n

Drosophila melanogaster 4 8
Drosophila obscura 5 10
Drosophila virilus 6 12
Grasak 7 14
Psenica 14 28
Sekvoja 11 22
Zlatna ribica 47 94
Pas 39 78
Covek 23 46

Oblik, velicina, grada i broj hromozoma stalni su i karakteristicni za

svaku vrstu
- Kariotip coveka sadrzi 46 hromozoma
- Kariotip cini skup svih hromozoma u
jednoj celiji organizma
- Kada se ovi hromozomi fotografisu ili
nacrtaju a zatim poredaju u parovima
po velicini dobija se kariogram
- Na osnovu kariograma mogu se
dobiti informacije o broju i gradi
hromozoma
- Na osnovu kariograma hromozomi se
mogu i sematski prikazati da bi im se
jasnije istakla proporcija njihovih
delova i tada govorimo o idiogramu
- Posebno se isticu kraci hromozoma i
centromera
- U okviru kariotipa vecinu cine somatski hromozomi ili autozomi
(44 hromozoma)
- Samo su dva hromozoma polni hromozomi ili alozomi
 - Kariotip muskarca se
prikazuje kao XY
- Kariotip zene se prikazuje
kao XX
- X hromozom je
metacentrican- centromera
lezi na sredini hromozoma
- Y hromozom je
akrocentrican centromera
je pri kraju hromozoma
Humani hromozomi su klasifikovani prema velicini, polozaju
centromere, prisustva satelita i gradi
Metodom diferencijalnog bojenja svaki od hromozoma u
kariotipu coveka moze se identifikovati
 Hemijski sastav eukariotskih hromozoma

Hromatin je kompleks:

1. Nukleinskih kiselina (DNK i RNK)

2. Proteina (histonskih, nehistonskih i enzima- DNK polimeraza,

RNK polimeraza, endonukleaza, ligaza)
 - Pakovanje DNK eukariota
(njegova tercijalna struktura
hromozoma) nije staticna već
se menja pravilno kao
odgovor na ćelijske procese

- Hromozom se razvija
od veoma upakovanog
stanja do stanja kada je
veoma sabijen

- DNK pakovanje se takode menja lokalno tokom replikacije i

transkripcije, kada dva polinukleotidna lanca moraju da se
odmotaju da bi odredeni nizovi baza bili dostupni za ove procese
 • DNK molekuli su nekoliko
puta duzi od prokariotskih i
vezani su za razlicite proteine
(histonske i nehistonske) od
kojih su najznacajniji histoni
koji su zastupljeni u relativno
velikoj kolicini
• Histoni su relativno mali, pozitivno naelektrisani proteini bogati
baznim aminokiselinama (lizinom i argininom)
• Pozitivno naelektrisanje privlaci negativno naelektrisane fosfate
molekula DNK i drzi cvrsto DNK u kontaktu sa histonima ne
praveci razliku izmedu razlicitih redosleda nukleotida
• Razliciti nehistonski proteini hromozoma cine oko polovinu mase
proteina prisutnih u hromozomu
• Kao rezultat povezivanja DNK i specifIcnih proteina omoguceno
je pakovanje veoma dugih molekuka DNK na organizovan nacin
u jedro celije
 Histoni

• Postoji pet vrsta histona u u skoro svim do sada izucavanim

eukariotskim celijama
• H1, H2A, H2B, H3 i H4
• Sintetisu se uporedo sa DNK u S fazi celijskog ciklusa, a u nekim
slucajevima njihova sinteza prethodi replikaciji
• Histoni su stabilni molekuli i jednom kada se povezu sa DNK u
nukleozome ne napustaju ga
 Klasa Tip histona Odnos Lys/Arg
Vrlo bogati lizinom H1 22,0
H2a 1.17
Bogatiu lizinom
H2b 2.50
H3 0.72
Bogati argininom
H4 0.79
- H3 i H4 spada u grupu histona veoma bogatih argininom
- Histoni H2A i H2B su umereno bogati lizinom
- H2A, H2B, H3 i H4 spadaju u evolutivno najocuvanije proteine
- Centralni deo (jezgro) molekula H1 histona je takode, evolutivno
ocuvan, ali se ostatak molekula menjao daleko vise od ostalih histona
pa ova frakcija histona predstavlja familiju slicnih proteina
- U okviru istog organizma, u razlicitim tkivima, zastupljene su
razlicite podfrakcije histoma H1
- U hromatinu mnogih vrsta riba i prica umesto histona nalaze se
protamini
- Protamini su bazni proteini male molekulske mase
- Sadrze u velikom procentu aminokiseline arginin, lizin i histidin
- Primarna struktura mnogih protamina u velikoj meri je
homologna primarnoj strukturi nekih histona sto ukazuje na
njihovo zajednicko poreklo
 Nehistonski proteini
- Nehistonski proteini u hromozomu imaju
strukturnu ulogu i ulogu u genetskim procesima
kao sto su replikacija i transkripcija jer
selektivno deblokiraju samo odredene gene
- Kolicina im se povecava u onim fizioloskim
stanjima kada se intezivno odvija transkripcija i
sinteza proteina u celiji
- Hromozomalni skeletni proteini imaju ulogu u sklapanju i
pakovanju hromozoma
- Drugi strukturni proteini cine kinetohore, pokrivaju krajeve
hromozoma vezivajuci se za telomere

- Ulaze u sastav motora koji pomera hromozome tokom mitoze i

mejoze
 - Druge vrste nehistinskih proteina igraju ulogu u genetskim
procesima

- Oni su sastavni delovi mehanizma replikacije

(DNK polimeraza, helikaza, primaza)

- Proteini koji ostvaruju i regulisu transkripciju

(RNK polimeraza, transkripcioni faktori, acetilaze)

- Veoma pokretne grupe proteina koji su mali, veoma naelektrisani

proteini koji su u razlicitim kolicinama zastupljeni u hromozomu i
imaju razliciti sastav aminokisleina u zavisnosti od vrste tkiva i faze
celijskog ciklusa

- Neki od pokretnih grupa proteina mogu imati vaznu ulogu u

promeni pakovanja hrmatina tokom transkripcije
 - Hromatin ima veoma slozenu strukturu sa nekoliko nivoa organizacije
- Najednostavniji nivo organizacije je dvostruka spiralna struktura DNK
- Slozeniji nivo organizacije je DNK molekul vezan sa proteinima koji su
veoma savijeni da bi obrazovali hromozome
- Odnos kolicine DNK i histona je konstantan u toku celijskog ciklusa, kao
i u razlicitim fizioloskim stanjima
- Mala kolicina nukleaza cepa niz
izmedu perli ostavljajuci
pojedinacne perle vezane za oko
200 bp dug molekul DNK
- DNK u unutrasnjosti
nukleozoma zasticena je od
razgradnje histonima
- Ako se doda vise nukleaza,
enzimi cepaju celokupnu DNK,
kako izmedu perli tako i onu
nezasticenu, ostavljajuci
proteinsko jezgro vezano sa
delovima DNK
• Osnovna jedinica pakovanja hromozoma je nukleozom koji nastaje
obmotavanjem dvolancane zavojnice DNK, duzine 146 (145-147)
parova baza, oko oktamerne histonske srzi
(po dva molekula histona H2A, H2B, H3 i H4)
• Namotaj oko histoma je levogir i super
namotan (1,8 puta)
• Nukleozomi su medusobno povezani
fragmentima DNK duzine oko 60 parova
baza (30-40 u zavisnosti od tipa celije)
• Ima izgled brojanice promera 11 nm sa
nukleozomima kao nanizanim zrncima
koja se ponavljaju
• Aspergillus,
Aspergillus Neurospora i
Saccharomyces imaju nukleozomske
strukture slicne onima kod visih
eukariota
 - H1 se nalazi na mestu gde se DNK spaja i napusta oktamere

- Zajedno jezgro nukleozoma

povezano sa H1 histonima
naziva se hromatozom koji je
sledeci nivo organizacije
hromatina
- Jos uvek se sa sigurnoscu
nezna da li se H1 histoni nalaze
sa spoljne ili unutrasnje strane
oktamera

- H1 pomaze da se DNK spoji na mestu ponasajuci se kao -spona oko

oktamere nukeozoma
 - Svaki molekul histona H1 sadrzi oko 220 aminokiselina i ima
centralni globularni region “telo” i N-terminalne i C-terminalne
produzetke “ruke”
- Centralni deo ovog histona vezuje se za odredeno mesto na svakom
nukleozomu koje obuhvata oko 20-22 bp DNK
- Ruke intereaguju sa vezanom DNK i pruzaju se sve do narednog
nukleozoma, gde se ostvaruje njihova veza sa telom sledeceg histona
H1
- Posredstvom histona grupe H1 dolazi do dalje kondenzacije DNK u
hromatinska vlakna velicine 30 nm

- Ovaj tip kondenzacije karakteristican je za hromozome visih

eukariota i nije u istoj meri zastupljen kod eukariotskih
mikroorganizama
 Postoje dva osnovna tipa hromatina

1. Euhromatin koji trpi normalni proces kondenzacije i

dekondenzacije tokom celijskog ciklusa
- Euhromatin obrazuje najveci deo hromozomskog materijala koji je
transkripciono aktivan usled prisustva velikog broja nehistonskih
proteina

2. Heterohromatin koji ostaje veoma kondenzovan tokom celijskog

ciklusa, cak i tokom interfaze i nije aktivna tokom transkripcije

- Heterohromatin je pronaden:

• kod centromere i telomere svih hromozoma

• na drugim posebnim mestima na nekim hromozomima
• duz citavog neaktivnog hromozoma X kod sisara zenskog pola
 • Hromatinska vlakna sadrze desetak i vise nukleozoma koji
kondenzuju i obrazuju grupice

• Postojanje nukleozoma ogranicava pristup

drugih proteina do DNK pa tako utice na
ekspresiju gena
• Odredene sekvence DNK koje moraju biti
dostupne drugim proteinima ne sadrze
nukleozome
• Regije bez nukleozoma veoma su podlozne
cepanju sa enzimom deoksiribonukleazom
(Dnaza I) i nazivaju se hipersenzitivna
mesta
• U okviru hipersenzitivnih mesta ne mogu se naci histoni H1 , ali su
u njima prisutni nehistonski hromozomski proteini koji su
ukljuceni u procesu regulacije transkripcije
 • U sledecem nivou nabiranja dolazi do oblikovanja
velikih omci hromatinskih vlakana koje su priljubljene
specificnim sekvencama DNK u vratu omce
• Omce mogu biti razlicite velicine od 20 000 do 80 000
parova baza dajuci strukturu od oko 300-400 nm
U poslednjem nivou nabiranja, dolazi do fosforilacije (dodavanje
fosfatne grupe (PO4-) proteinima) zdruzenih histona pri cemu
nastaju kompaktne zavojnice promera od oko 700 nm
 • Konacan oblik tipican za metafazne hromozome

• Kod visih eukariota nalazi se veliki deo genoma (cak i do 30%)

koji se sastoji od redosleda baza koje se mnogo puta ponavljaju

• Jedan tip sekvenci obuhvata od 1 do 250 nukleotida (satelitska

DNK) , koji se ponavljaju u seriji i po nekoliko hiljada puta

• Ova satelitska DNK se ne prepisuje u RNK i najcesce su smestene

u podrucju centromere hromozoma
 • Druga tip ponavljajucih sekvenci obuhvata oko 300 nukleotida
i rasporedene su u velikom broju kopija po citavom genomu
• Uloga velikog dela ovih sekvenci je za sada nepoznata
• Neke od ovih sekvenici sadrze
gene koji kodiraju sintezu rRNK,
tRNK ili histonskih proteina
• Za eukariotske mikroorganizme
karakteristicno je da imaju znatno
manji udeo u svom genomu
sekvenci koje se ponavljaju
• Kvasac sadrzi u svom genomu oko
5% sekvenci koje se ponavljaju

• Skoro 100% DNK kvasca se prepisuje u molekule RNK u procesu

transkripcije
 Struktura telomere
- Telomerne sekvence obicno sadrze niz
nukleotida citozina nakon cega sledi
nekoliko nukleotida adenina ili timina
ili oba zauzimajuci oblik 5’ Cn (A ili
T)m-3’, gde je n dva ili vise dok je m 1-4

- Ovaj niz nukleotida prisutan je u

velikom broju kopija i duzina telomerne
Tetrahymena sekvence varira od hromozoma do
thermophila hromozoma i od celije do celije
 -Telomerne sekvence
vecine organizama veoma
su slicne po strukturi
 Promena strukture hromatina

- Iako eukariotska DNK mora biti gusto upakovana da bi se smestila

u jedro celije, ona mora svremena na vreme da se odmotava da bi
doslo do replikacije i transkripcije
- Svi nukleozomski histoni su podlozni kovalentnim modifikacijama
kao sto su acetilacija, metilacija, fosforilacija, ADP-ribolizacija

- Tokom acetilacije histonskim

proteinima se dodaju acetil grupe
- Enzimi acetil transferaze vezuju
acetil grupe za aminokisleinu lizin koja
se nalazi na jednom kraju histonskog
proteina “rep”
- Modifikacija smanjuje pozitivno
naelektrisanje koje obicno postoji na
lizinu cime se destabilise struktura
nukelozoma

- Tako su histoni labivije povezani sa DNK

- Proteini koji ucestvuju u transkripciji lakse se vezuju za DNK i
ostvaruju transkrpciju
Genomi mitohondrija i hloroplasta
• Sadrze svoje sopstvene geneticke sisteme
mtDNK koji obezbeduju replikaciju DNK,
transkripciju i sintezu proteina
• Pored DNK u unutrasnjasti mitohondrija
i hloroplasta nalaze se enzimi, ribozomi i
rRNK i tRNK
• Vecinu proteina potrebnih organelama
kodira jedarna DNK i sintetisu se na
cpDNK ribozomima u citoplazmi a potom unose u
mitohondrije i hloroplaste
• Razmena proteina izmedu organele i
citoplazme je jednosmerna: mitohondrije i
hlorplasti usvajaju iz citoplazme mnoge
proteine ali ne izbacuju nijedan
 • DNK je mali jednostavan najcesce kruzni molekul velicine
priblizne virusnim genomima
• U organelama nema histona i genom je organizovan na slican
nacin kao kod bakterija
• Sadrze vise kopija (5-10) molekula DNK koji su smesteni u
matriksu mitohondrija odnosno stromi hloroplasta a povezani
su sa unutrasnjom membranom organela
 - Antibiotici koji inhibiraju sintezu proteina kod eubakterija,
nemaju uticaja na sintezu proteina u eukariotskim celijama, ali
inhibiraju sintezu proteina u mitohondrijama i hloroplastima
- rRNK geni i geni koji ucestvuju u sintezi proteina u mitohondijama
veoma su slicni onima kod eubakterija nazvanih -proteobacteria
- rRNK geni i geni koji ucestvuju u sintezi proteina u hloroplastima
veoma su slicni onima pronadnim kod cijalnobakterija
 Crveno- jedro
Zeleno- mitohondrije
Zuto- mtDNK

Euglena gracilis

- Pojedinacna celija moze da sadrzi mnogo mitohondrija od

kojih svaka sadrzi nekoliko kopija genoma mitohondrija
- Nove mitohondrije i hloroplasti
nastaju kao rezultat rasta i deobe
vec postojecih
- Deoba pocinje stvaranjem
invaginacijama na unutrasnjoj
membrani slicno kao i deoba
bakterijske celije
- Dele se tokom interfaze i njihova
deoba nije sinhronizovana sa
deobom celije
- Pojava dva razlicita tipa DNK
unutar organela citoplazme
pojedinacne celije naziva se
heteroplazma
- Kada se heteroplazmaticna
celija deli organela se odvaja
slucajno u dve cerke celije u
procesu nazvanom replikativno
odvajanje
- Vecina cerki celija ce naslediti
mesavinu tipova organela ali
neke celije ce naslediti samo
jedan tip DNK unutar organela
sto se naziva homoplazma
 - Mitohondrije i hloroplasti se
obicno nasleduju samo od jednog
roditelja
(citplazmaticno nasledivanje)
- Karakteristike koje se nalaze na
mitohondrijama i hloroplastima
nasleduju se iskljucivo od majke,
iako postje podaci da se ponekada
mogu naslediti i od oca
 Geneticki elementi van hromozoma

1. Plazmidi

2. Epizomi
Grupa plazmida koja se integrise u hromozom

3. Elementi koji se premestaju

- Transpozoni

- Insercione sekvence

Kratki pokretljivi geneticki elementi duzine do 1500 nukleotida

 Plazmidi

- Ekstrahromozomalna DNK koja se nalazi van hromozoma

(sadrzi najvise 50-100 gena)
- Prisutni su i kod prokariotskih i eukariotskih mikroorganizama
-U najvecem broju slucaja to su mali molekuli svega nekoliko
kilobaza u duzini
- Kod malog broja predstavnika (rod Pseudomonas) plazmidi su
nekoliko stotina kilobaza
 - Prisutni su u celiji kao kruzni molekuli veoma zbijene
strukture uslovljeno stvaranjem super namotaja na molekuli
DNK
- Pored kruznog oblika kod
pojedinih vrsta prisutni su i
linearni plazmidi

(Borrelia i Streptomyces)

Broj plazmida u celiji povezan

je sa njihovom velicinom
- Mali plazmidi (10 kb) mogu
biti prisutni u celiji u vecem
broju kopija
- Veliki plazmidi (obicno veci
od 30 kb) su prisutni samo u
jednoj ili dve kopije po celiji
• Mali plazmidi se repliciraju nezavisno od replikacije hromozoma i
od deobe celije
• Replikacija velikih plazmida je kontrolisana na slican nacin kao i
replikacija hromozoma
• Lako se prenose izmedu sojeva iste vrste ili izmedu razlicitih vrsta
• R plazmid i F plazmid se prenose iz jedne u drugu bakteriju iste
ili srodne vrste
• RP4 plazmid otkriven kod Pseudomonas aeroginosa ucestvuje u
prenosu gena izmedu Pseudomonas vrsta i drugih rodova gram
negativnih bakterija
- Obezbeduju organizmu koji ih poseduje da znatno bolje podnosi
promene u spoljnoj sredini
1. Nepovoljne (prisustvo antibiotika)
2. Povoljne (koriscenje novog supstrata)
- Nose geneticku informaciju za razlicite funkcije koje uticu na
fenotip celije dajuci joj dodatne karakteristike
 Funkcija plazmida
1. Sadze gene za sintezu bakteriocina i imunost na dati bakteriocin

- Bakteriocini su bakterijski
proteini koji inhibiraju rast
blisko srodnih vrsta
- Ubijaju celiju obrazujuci kanale
na plazma membrani sto
povecava njenu permeabilnost

- Razgraduju DNK i RNK, napadaju peptidoglukanski soj i slabe

celijski zid
 Virulentni gen Mesto gde se geni
Vrsta bakterije Bolest
obrazuje nalaze
Corynebacterium
Difterija Toksin Fag
diphtheriae
Streptococcus
Sarlah Toksin Fag
pyogenes
Vibrio cholerae Kolera Toksin Fag
Shigella spp. Dizenterija Prodiranje / adhezija Plazmid
Proteini u spoljnoj
Yersinia enterocolitica Gastroenteritis Plazmid
membrani
Clostridium botulinum Botulizam Toksin Fag
Clostridium tetani Tetanus Toksin Plazmid
Escherichia coli Gastroenteritis Enterotoksini Plazmidi
Escherichia coli Gastroenteritis Adhezija Plazmidi

2. Virulentni plazmidi
- Otporni su na odbrambeni mehanizam domacina
- Geni za obrazovanje toksina nalaze se na plazmidu (Staphylococcus
aureus,
aureus Clsotridium tetani,
tetani Bacillus anthracis, E. coli, Yersinia
pestis)
pestis
3. Metaboliticki plazmidi

- Nose gene za razgradnju nekih jedinjenja (pesticida, laktoze)

 4. Biorazgradnja i bioremediacija

- Na plazmidima se nalaze geni koji omogucavaju vrstama koje ih

poseduju da razgraduju potencijalno toksicna hemijska jedinjenja
(kamfor, 3-hlorbenzoat, herbicidi, toksicni metali (Cu, Hg))
- Na plazmidu pWWO Pseudomonas putida nalaze se geni za niz
enzima koji pretvaraju ciklicne ugljovodonike toluen i ksilen u
benzoate, koji se dalje razgraduju do metabolitickih meduproizvoda
koji se mogu koristiti kao izvor energije i biosintezu
 5. Rezistentnost na antibiotike

• RTF plazmid se prenosi iz celije u celiju cime se stice rezistencija

prema raznim antibioticima ili nekim drugim toksicnim
materijama
 Agrobacterium
tumefaciens
• Ti plazmid naden kod Agrobacterium tumefaciens inficira biljne
celije i dovodi do stvaranja tumora
• Ti plazmid ima primenu u genetickom inzenjerstvu za
kontstrukciju vektora
 Rhizobium
Geni neophodni za obrazovanje cvorica i fiksiranje azota
(azotofiksacija) nalaze se na plazmidima
 Stabilnost plazmida
- Jedna od karakteristika plazmida je njihova nestabilnost
- Geni za karakteristike koje se nalaze na plazmidu cesto se gube iz
populacije sa velikom ucestaloscu

- Stepen nestabilnosti se veoma razlikuje

od jednog plazmida do drugog

- Prirodni plazmidi su obicno (ali ne uvek) umereno stabilni

- Vestacki napravljeni plazmidi su cesto nestabilniji sto predstavlja
problem u laboratorijskim a posebno u industrijskim uslovima
 - Postoje tri mehanizma koji doprinose genetickoj stabilnosti
bakterijske kulture sa plazmidom

- Prema modelu A plazmid se pricvrscuje na specijalno mesto na

celijskoj membrani sto omogucava pravilnu raspodelu u cerke
celije prilikom deobe
- Kod modelua B deoba celije se zaustavlja sve dok se plazmid ne
replicira i dok nije osigurana pravilna raspodela u cerke celije
- U modelu C cerka celija koja nije nasledila plazmid ne
prezivljava cime se smanjuje mogucnost pojavljivanja celije bez
plazmida u populaciji
Elementi koji se premestaju (transpozicija)

- To su pokretne DNK sekvence,

koje se mogu ubaciti na mnoga
razlicita mesta u genomu
- Pronadene su kod svih
organizama, cesto u velikom broju
Barbara McClintock
 Glavne karakteristike elemenata koji se
premestaju kod prokariota

- Postoji veliki broj razlicitih elemenata koji se premestaju

1. Neki imaju jednostavnu struktutu koja sadrzi samo one sekvence

neophodne za njihovo sopstveno premestanje

2. Druge imaju slozenu strukturu i na njima se nalazi informacija

za brojne funkcije koje nisu direktno povezane sa premestanjem
 Insercione sekvence (IS)
- Najednostavnija vrsta elemenata koji se prenose u bakterijskim
hromozomima i plazmidima su insercione sekvence (IS)
- Ova vrsta elemenata sadrzi samo geneticku informaciju
neophodnu za njegovo pomeranje
- Veoma su cesto prisune u hromozomima i plazmidima bakterija
- Vecina insercionih sekvenci sadrzi jedan ili dva gena na kojima je
informacija za enzim transpoazu
 Slozeni transpozoni (Tn)

- Bilo koji deo DNK koji na svojim krajevima ima dve kopije
insercionih sekvenci koje omogucavaju premestanje nazivaju se
slozeni transpozoni (Tn)
- Verovatno su se razvili kada se jedna inserciona sekvenca
premestila na mesto blizu druge insercione sekvence istog tipa
- Insercione sekvence na krajevima transpozona mogu biti u istom
smeru orjantisane ili mogu biti obrnuto okrenute jedna drugoj
- Insercione sekvence su odgovorne za transpoziciju i DNK izmedu
insercionih sekvenci nije potrebna za pomeranje i moze da nosi
dodatne informacije kao sto je rezistencija na antibiotike
- Transpoaza obrazovana od strane jedne insercione sekvence
katalise premestanje obe insercione sekvence, omogucavajuci im da
se pomeraju zajedno sa DNK koja se nalazi izmedu ove dve
insercione sekvence
 Transpozoni koji nisu slozeni
-Neki elementi koji se premestaju kod bakterija nemaju insercione
sekvence na krajevima DNK dela i takvi transpozomi nisu slozeni
- Tn3 transpozon nosi gene za enzime transpoazu i resolvasu kao i
gene na kojima je informacija o enzimu -laktamazi koji obezbeduje
rezistentnost na antibiotik ampicilin
- Neke bakteriofage koriste transpoziciju da bi umnozile svoj genom
i da bi ga ubacile u hromozom bakterije tokom lizogenog ciklusa
 Mnogi elementi koji se premestaju imaju odredene zajednicke
karakteristike

1. Kratka, bocna direktna ponavljanja, od 3 do 12 baznih parova,

prisutna sa obe strane vecine elemenata koja se premestaju
- Oni nisu deo elemenata koji se prenosi i ne premestaju se zajedno
sa njim
- Oni se obrazuju u procesu transpozicije, na mestu na kome se
umecu elementi koji se prenose
- Sekvence ovih krajeva su promenljive, ali im je duzina konstantna
za svaki tip elemenata koji se prenose
2. Na kraju mnogih elemenata koji se prenose nalaze se delovi koji se
ponavljaju
- Ovi delovi su komplementarni, razlicitih duzina od 9 do 40 baznih
parova i u obrnutom smeru
- Prepoznaju ih enzimi koji ucestvuju u transpoziciji i bez njih
transpozicija nebi mogla da se odvija
 • Transpozicija genetickih
elemenata omogucava da se
medu raznovrsnim
rodovima bakterija nalaze
isti geni
 Transpozicija
- Transpozicija je pomeranje elemenata koji se prenose sa jednog
mesta na drugo
- U transpoziciji prokariotske i eukariotske celije ukljuceno je
nekoliko razlicitih mehanizama
- Sve vrste transpozicija obuhvataju nekoliko zajednickih
karakteristika:

1. Formiranje cik-cak loma na DNK u kojj se elemenat koji se

prenosi ugraduje

2. Elemenat koji se prenosi spaja se sa jednolancanim krajem DNK

u koju se ugraduje

3. DNK se replicira na mestu gde se nalazi jednolancana pukotina

 - Obrazovanju bocnog
direktnog ponavljanja prethodi
cik-cak secenje DNK
(hromozoma ili plazmida)
pomocu enzima transpoaza
- U formirane otvore ugraduju
se elementi koji se prenose
- Cik-cak secenje ostavlja
jednolancani deo DNK sa obe
strane elementa koji se prenosi
- Replikacija jednolancane niti
DNK pomocu enzima DNK
polimeraze (formira
polinukleotidni lanac) i DNK
ligaze (spaja krajeve DNK)
dovodi do obrazovanja bocnih
direktnih ponavljanja
Mehanizam transpozicije

- Neki elementi koji se prenose

premestaju se preko DNK
meduproizvoda, dok drugi
koriste RNK meduproizvode
- Premestaje preko DNK
meduproizvoda moze biti
replikativna transpozicija i ne-
replikativna transpozicija
- Kod replikativne transpozicije
nova kopija elemenata koji se
prenose uvodi se na novo mesto,
dok stara kopija ostaje na
mestu na kome je bila (1  3)
- Kod ne-replikativne
transpozcije, elemenat koji se
prenosi iseca se sa starog mesta
i ubacuje se na novo mesto bez
povecanja broja svojih kopija
(1  2)
- Ne-replikativna transpozicija
zahteva da se replikuje samo
mali broj nukleotida koji cine
delove na kojima su prsutna
direktna ponavljanja
 Replikativna transpozicija
- Moze biti izmedu dva razlicita DNK molekula ili izmedu dva dela istog DNK
molekula
- Pre transpozicije elemenat koji se prenosi je na jednom molekulu
- U prvom koraku dolazi do spajanja dva molekula, a elemenat koji se prenosi
replicira se obrazujuci strukturu koja se sastoji od molekula A+B i dve kopije
elementa koji se prenosi

- U drugom koraku dolazi do razdvajanja i formiranja dva molekula od kojih

svaki sadrzi kopiju elementa koji je prenosen
 Transpozicija preko RNK meduproizvoda

- Kod eukariota, elementi koji se prenose preko RNK

meduproizvoda nazivaju se retrotranspozoni
- Retrotranspozon u molekulu DNK se prvo prepisuje u RNK
molekul koji se pomocu enzima reverzna transkriptaza prevodi u
molekul DNK
- Na DNK molekulu se formiraju cik-cak krajevi u koje se ugraduje
DNK molekul retrotranspozona
- Replikacijom se popunjava pukotina obrazovana formiranjem cik-
cak krajeva
- Na ovaj nacin se obrazuju bocna direktna ponavljanja na obe
strane retrotranspozona
 Mutanogeni efekat transpozicije
- Transpozicija je u vecini slucajeva mutanogena jer dolazi do
preuredenja u molekuli DNK
- Elementi koji se premestaju mogu se ugraditi u ili blizu
funkcionalnih gena i tako narusiti njihovu funkciju
- Iako je vecina ovih mutacija stetna, transpozicija moze povremeno
aktivirati gene ili promeniti fenotip celije
- Elementi koji se premestaju mogu da nose informacije koje koriste
celiji kao sto je rezistencija na antibiotike
Delecija- uklanjanje genetickog elementa koji se premesta
Inverzija- obrtanje genetickog elementa koji se premesta za 180 0
 Regulacija transpozicije
- Broj elemenata koji se prenosi povecava se sa svakom
transpozicijom
- Se povecanjem brzine transpozicije povecava se koncentracija
enzima transpoaze u celiji

- U odustvu mehanizma koji ogranicava

transpoziciju, broj kopija elemenata koji se
prenose se povecavao, sto dovodi do
ostecenja DNK i velikog broja mutacija
- Da se ovo nebi desilo celija je razvila
mehanizam koji omogucava regulisanje
transpozicije
 - Kada element koji se prenosi prvi put ude u celiju
koja ne poseduje druge kopije elemenata, proces
transpozicije je cest
- Kako se broj kopija elemenata koji se prenosi
povecava ucestalost transpozicije se smanjuje sve dok
se ne postigne stalan broj elemenata koji se prenosi
- Kao posledica regulacije transpozicije vecina celija poseduje
karakteristican broj kopija odredenog elementa koji se prenosi
-Mnogi elementi koji se prenose, regulisu transpoziciju
ogranicavajuci formiranje enzima (transpoaze) neophodnog u
procesu premestanja
- U nekim slucajevima regulisana je transkripcija transpoaza gena,
dok je mnogo cesce kontrolisana translacija iRNK na kojoj se nalazi
informacija o sintezi ovog enzima
- Drugi regulatorni mehanizmi neuticu na sadrzaj transpoaze vec
direktno sprecavaju samu transpoziciju