PROTEINI

Duica Pavlovi
Biohemija, 2006
St 1083-1094
St 1110-1122

Centralno mesto biohemije u odnosu na sve ostale

nauke o ivotu

Sadraj predavanja
Struktura

u uloga proteina
ivotni ciklus proteina elije
Sinteza proteina i posttranslaciona modifikacija
Nivoi strukture proteina
aperon sistemi
Greke u sklapanju proteina
Razgradnja proteina u organizmu
Intracelularna degradacija proteina
Proteini plazme
Funkcije proteina plazme
Promene koncentracije proteina u plazmi
Specifini proteini plazme
Proteini u ostalim telesnim tenostima

Gr. Proteos prvi, primarni, najvaniji

Naziv protein uveo je Berzelius, a esto se koristi tetrmin
belanevine
Oligopeptidi do 10AK; Polipeptidi sadre 10 do 100
aminokiselinskih ostataka
(Proteini preko 100 AK)
Bakterija E. Coli sadri oko 3000 razliitih proteina a ovek
>1 000 000
Najaktivniji su biomolekuli svi ivotni procesi odvijaju se u
strukturama proteina ili uz njihovo uee
Dnevna potreba oveka iznosi 100-110g proteina

Proteini su pored vode

najzastupljeniji biomolekuli u
eliji

Proteine grade alfa amino kiseline L-konfiguracije

za sintezu prteina kriste se 20 AK

Nivo proteina u eliji

Koliinu proteina u eliji odreuju:
Nivo transkripcije
Nivo translacije
Degradacija proteina

Transkripcija se odvija u jedru

Translacija u ribozomima
Postranslaciona modifikacija u citozolu

Proteini opte karakteristike

50-70% suve teine elije
anabolizam katabolizam su u ravnotei (120 g/dan)
Poluivot (meri se satima, danima)elijski i plazma proteini;
(meri se godinama)strukturni proteini
Sinteza: jetra, gastrointestinalni trakt, retikuloendotelni sistem
Razgradnja: jetra, bubreg, digestivni trakt.
Uglavnom su makromolekuli MM od 6 000 do nekoliko miliona
Prosti i sloeni proteini
Monomeri i polimeri (homo i heteropolimeri)

Sloeni (konjugovani) proteini

Hromoproteini (hem)
Metaloproteini (metalni ioni)
Fosfoproteini (fosfat)
Lipoproteini (lipidi)
Glikoproteini, proteoglikani (ugljenihidrati)
Nukleoproteini (nukleinske kiseline)

Replikacija DNK

Informacija za aminokiselinsku sekvencu proteina

se nalazi u sekvenci nukleotida u odreenom
segmentuDNK (gen)

GENOMIKA / PROTEOMIKA

Ukupna nasledna
informacija
GENOM

PROTEOM

Aktivnost i struktura proteina determiniu fenotip

ivotni ciklus proteina

Na raun informacije koju nosi DNA
vri se sinteza proteina
mRNA

Protein

Pakovanje

Transport
U elijske organele ili u
ekstrelijski prostor

Posttranslaciona modifikacija
Proteolytic Cleaveage
Acylation

Razgradnja
Oteenje
-free radicals

Methylation
Phosphorylation
Sulfation
Selenoproteins

Uticaj faktora
sredine
-chemicals
-radioactiivty

Ubiquination
Glycolisation

Post-translational
modification

Autophosphorylation,
phosphorylation,
ubiquitination,
multiubiquitination,
N-acetylation,
O-glycosylation,
N-glycosylation,
nitrozilacion
methylation,
carboxymethylation,
palmitoylation,
unknown

Kombinacijom blokova od 20
aminokiselina + alternativni splajsing +
alternativni promotor + postranslaciona
modifikacija > 1 000 000 razliitih
proteina

Alternativni promotor objanjava

varijabilnost strukture
eukariotskih promotora odredjenih gena koji
kodiraju razliitu regulatornu poruku u datoj DNK
kodirajuoj sekvenci

BC
C

1
2

BC

1
2

ULOGE (dinamike i strukturne)

Strukturna i potporna uloga: u izgradnji citoskeleta

(aktin, tubulin, spektrin); u izgradnji unutarelijskog
matriksa (proteoglikani, kolagen, elastin, integrini.

Transportna: proteini krvne plazme, ali i svi drugih

proteina koji uestvuju u transportu molekula kroz
elijsku membranu (transportuju: kiseonik, lipide,
proizvode metabolizma, jone, vitamine, hormone,
lekove, otrove)
Katalitika: svi enzimi su proteinske strukture
Regulatorna: Veliki broj hormona je proteinske prirode,
svi do sada izolovani faktori rasta su proteinske
prirode, receptori za hormone i faktore rasta su
proteini, transkripcioni faktori;
Odravanje koloidno-osmotskog pritiska (albumini)

Zatitna: antitela su po strukturi proteini;

skoro svi faktori koagulacije su proteini;
Rezervni proteini : ovoalbumin, gluten,
kazein, feritin
Odravanje acido-bazne ravnotee
(hemoglobin)
Omoguavaju kretanje i kontraktilnost:
flagelini, aktin, miozin i sl.
Veliki broj otrova su proteini: toksin
difterije, zmijski otrov

Struktura proteina
primarna struktura (polipeptidni lanac)
sekundarna struktura (-i -zavojnica)
tercijarna struktura
kvarterna struktura (vise subjedinica)
superkvaternerna struktura

Primarna struktura proteina

Primarna struktura predstavlja broj, vrstu,

redosled i raspored amino kiselina u
polipeptidnom lancu.
ini je peptidna veza, koja se uspostavlja izmeu
karboksilnog kraja jedne i amino kraja sledee
amino kiseline.
Ova veza je stabilna i moe se raskinuti
reakcijama kisele hidrolize ili delovanjem
specifinih proteolitikih enzima-proteaza. Prva
primarna struktura ustanovljena je za insulin
1958god.

Peptidna veza

Polipeptidni lanac ima N-i C-kraj

U okviru primarne strukture moe postojati razlika, to

znai da proteini istih funkcija (najee enzimi) mogu
pokazivati minimalne razlike unutar vrste (intra species)
ili izmeu razliitih vrsta (inter species) proteini.
Mogu imati potpuno razliite funkcije, a pokazivati veliku
slinost u sekvencama, to je oznaeno kao invarijante
(proteazomi i histoni).
Familije proteina pokazuju strukturnu i funkcionalnu
homologiju plimorfizam (familije proteaza: tripsin,
himotripsin, elastaza; nespecifina holin esteraza).
Mutacije u primarnoj strukturi mogu znaajno
funkcionalno umanjiti vrednost jednog proteina, kakav je
primer srpasta anemija.

Male promene u primarnoj strukturi proteina jako

se odraavaju na njihovu funkciju

Funkcinalne grupe u molekulu proteina

Hemijske
osobine
proteina zavise
od amino,
karbksilne i
drugih
funkcionalnih
grupa, koje
nisu
angaovane u
stvaranju
peptidnih veza

Hidrofilne grupe Hidrofobne grupe

Karboksilna (-COOH) Metil (-CH3)
Karbonilna

(>C=O)

Hidroksilna (OH)
Aldehidna
Amino

(-CHO)

(-NH2)

(>NH)
Amidna (-CONH2)
Imino

Sulfhidrilna (-SH)

Metilenska
Etil

(-CH2)

(-C2H5)

Propil (-C3H8)
Fenil

(-C6H5)

Osobine proteina zasnovane na

primarnoj strukturi

Rastvoreni proteini su polivalentni joni.Njihova negativna

naelektrisanja potiu od karboksilnih anjona u bonim lancima
glutaminske I asparaginske kiseline.
Pozitivne naboje daju boni lanci baznih aminokiselina: arginin,lizin I
histidin
Promenom PH vrednosti moe se uticati na naelektrisanje proteina
Izoelektrina taka (IT) je ona vrednost PH pri kojj je broj + jednak
broju naboja (jonozacija proteina je najmanja, kretanje u elektrinom
polju najsporije)
Ako u proteinu preovlauju bazne AK ITe biti u baznoj sredini i
obrnuto
Proteini se najlake taloe na IT. Taloenje moe biti reverzibilno
(isoljavanje) i ireverzibilno (denaturacija proteina)

SEKUNDARNA STRUKTURA
Obrazuje se uglavnom na bazi stvaranja
vodoninih veza izmeu atoma koji se nalaze u
sastavu peptidne veze koji se nalaze relativno
blizu u polipeptidnom lancu.
Vodonine veze se grade izmeu karbonilnog
kiseonikovog atoma svakog prvog ostataka
aminokiseline u nizu i atoma vodonika iz NHgrupe
svake etvrte amino kiseline.
Glavni vidovi sekundarne strukture su -spirala
( -heliks) i - nabrana struktura.

Linus Pauling i Robert

Corey
su(1951)predvideli(prvo)
-heliksa (potom) i -niz
(ploicu)!

Sekundarna struktura

Sekunadrna struktura se moe formirati u okviru istog

lanca ili izmeu razliitih lanaca, stvaranjem vodoninih
ali i drugih sekundarnih veza
Ukoliko se formira u istom lancu onda dolazi do
obrazovanja vodonine veze izmeu svake prve i etvrte
amino kiseline formirajui spiralnu strukturu, tzv.
heliks. On moe biti zavijen ulevo ili udesno
Ukoliko dolazi do stvaranja vodonine veze izmeu
razliitih polipeptidnih lanaca to je presavijena struktura
-ploa tj -nabrana struktura (cik-cak)

Sekundarna struktura proteina

heliks

Alfa heliks ima 3.6

ostatka AK po okretu

Slika Alfa helikoidna struktura.

Vodonine veze su paralelne sa osnovnim lancem

-nabrana struktura

Postojanje strukture pretpostavili i opisali

Pauling i Corey, 1951
Nastaje formiranjem vodoninih veza izmeu
paralelnih i antiparalelnih lanaca
Segmenti sa konformacijom nabrane strukture
mogu biti duine od 2 do 12 aminokiselinskih
ostataka

 tip sekundarne strukture

tip sekundarne strukture

Krai tip prikazivanja ovih struktura

Slika Tipovi sekundarnih struktura proteina

Sekundarna struktura proteina

-nabrana struktura

TERCIJERNA STRUKTURA

Polipeptidni lanac, koji u sebi ve sadri delove sa sekundarnom strukturom, je

sposoban da se u celini izuvija u prostoru izauzme poloaj koji odgovara
najstabilnijoj konformaciji, pri datim uslovima, koji se naziva tercijerna struktura.
U interakciju stupaju boni nizovi ostataka aminokiselina koji su u polipeptidnom
lancu dosta udaljeni jedan od drugoga

Tercijarna struktura
Tercijarna struktura predstavlja vii oblik
organizacije proteinskog lanca u prostoru i
ini osnovu podele proteina na fibrilarne i
globularne.
Fibrilarni proteini su veoma dugi (miozin,
kolagen, keratin), nerastvorljivi su u vodi i
lako se taloe solima lakih metala
Globularni proteini su loptastog ili
elipsoidnog izgleda (mioglobin,albumini,
globulini,enzimi). Rastvorljivi su u vodi.

Vodonine veze
izmeu
peptidnih grupa
Vodonine veze
izmeu bonih lanaca
i peptidnih grupa

Vodonine veze
izmeu dva lanca

Jonska
veza

Hidrofobna
interakcija
Disulfidne
veze

Slika Tipovi nekovalentnih interakcija u formiranju tercijalne strukture proteina

U stabilizaciji tercijerne strukture proteina pored

vodonine veze veliku ulogu i drugi vidovi
interakcije bonih nizova

Elektrostatike interakcije
Hidrofobne interakcije
Kovalentne veze (disulfidne
veze)

oksidovani Lys koji povezuje

lance obezbeuje krutost
kolagena

Globularni proteini
Srukturne karakteristike
Veina ostaka polarnih kiselina okrenuto je prema spolja
a polarne grupe su maksimalno izloene rastvarau.
Veina hidrofobnih ostataka su unutar proteinskog
molekula i interaguju meusobom.
Proteinski molekul se na taj nain zgunjava.
Haotina struktura nazvana struktura sluajnog klupka
random coil nije sluajna.
Strukture globularnih proteina nisu statine.
Razliiti elementi strukture i strukturni domeni proteina,
kreu se u razliitim pravcima.

Pravilna tercijarna struktura proteina je od

egzistencijalnog znaaja za eliju.

Ona je kod enzima odluujua za stvaranje

enzim-supstrat kompleksa, kod hormona i
receptora za proces prepoznavanja, u
transportnim proteinima za obavljanje normalne
funkcije vezivanja i transporta materija.

Izmenjena tercijarna struktura moe neki

protein uiniti neprepoznatljivim, stranim za
organizam i time dovesti do pojave bolesti.

KVATERNERNA STRUKTURA
Nekoliko polipeptidnih lanaca se mogu meusobno
povezati gradei pri tome kvatenernu strukturu,

tako dobijene strukture se nazivaju kompleksi ili agregati

U okviru tog kompleksa, svaki polipeptidni lanac

predstavlja jednu podjedinicu

podjedinica ima ouvanu primarnu, sekundarnu i tercijernu strukturu

stabilizovana je uglavnom vodoninim vezama i hidrofobnim intrakcijama

izmeu polipeptinih lanaca koje predstavljaju podjedinice

mogue su sve vrste interakcija koje stabilizuju tercijernu strukturu

Kvaternerna struktura

Interakcija izmeu vie proteinskih lanaca uslovljava

stvaranje kvaternerne strukture proteina.
Tipovi kvaternerne strukture su: dimeri, tetrameri,
filamenti od vie zajedniki uvijenih heliksa (kolagen),
filamenti od paralelnih heliksa (keratin). Svaka
polipeptidna jedinica se naziva subjedinica ili protomer, a
nastali protein je oligomer
Subjedinice se vezuju nekovaletnom interakcijom
(vodonine veze, jonske, hidrofobne interakcije)

aperoni
In vivo, aperoni pomau da se proteini,
oznaeni kao proteini sa
specijalizovanom funkcijom, veu meusobom
na adekvatan i korektan nain.

aperon sistemi (heat shock)

U formiranju tercijarne a posebno kvaternerne strukture

proteina u eliji od pomoi su specifini sistemi koji se
nazivaju molekularni vodii ili aperon sistemi.
Oni imaju zadatak da pomognu u formiranju tercijarne
strukture novostvorenog proteina i da spree druge
neeljene transformacije proteina, kao to je agregacija sa
drugim proteinima putem hidrofobnih grupa.
aperoni imaju izgled uplje cevi koju izgrauju dva
prstena sainjena od po sedam proteina Hsp 70s i Hsp
60s (zajedniki poznati kao GroEL).
Jedan manji protein (GroES) (40s) predstavlja kapu, tj.
poklopac koji se otvara da bi protein uao. U upljini se
nalazi malo sklonite u kome se smeta novopristigli
protein

Ribozomi

Novosintetisani
protein

aperon

Protein sa definisanom
tercijarnom strukturom

Delovanje aperona za vreme prenosa proteina

Molekularni aperon
protein koji pomae strukturiranju i
nekovalentnom zdruivanju drugih
proteinskih struktura in vivo, a ne
predstavlja do nastale strukture
(uredbeni protein, engl. chaperon)
aperonin (ureivaki protein, engl.
chaperonin): protein unutar kojega se
odvija strukturiranje drugih proteina
Smatra se da poremeaj normalnih puteva aperon proteina
koji omoguavaju promet nesolubilnih proteina dovodi
do taloenja AMILOID beta u elijama i njihovo oteenje Do
ovakvih poremeaja mogli bi da dovedu kako smanjeno vezivanje
aperona za A beta, tako i smanjena raspoloivost
aperon proteina

Nativni protein,
bez tercijarne strukture

aperon

Protein sa definisanom
tercijarnom strukturom

Pravilna tercijalna struktura proteina je

egzistencijalna za eliju

Enzyme catalytic site

Prosthetic group
attachment
Metal ion binding site
Cysteines for
disulphide bonds
Protein or molecular
binding

Protein misfolding (greke u

sklapanju proteina)

Sklapanje (presavijanje proteina) je proces koji moe rezultirati grekom, jer

sistem koji obezbeuje kvalitet protena nije perfektan,
Greke u sklapanju proteina mogu nastati spontano ali mogu biti
uzrokovane i mutacijom gena koji produkuju protein sa grekom. U nekim
sluajevima atipina proteoliza prekursornog proteina dovodi do
nastajanja kraeg segmenta fibrilarnog proteina koji podlee
atipinom sklapanju.
Dolazi do intracelularne agregacije i degradacije proteina sa grekom u
sklapanju. Ova pojava predstavlja molekularnu osnovu za nastanak nekih
bolesti Alzheimer ( amiloid peptid od 40-43 AK, koji agregira u
konformaciju ploe, dobijajui svojstva neurotoksina)
amiloid peptid nastaje proteolizom iz amiloid prekusornog proteina APP
koji je transmembranski protein prisutan u elijama CNS i drugih tkiva

Amiloid prekursor proteina

Amiloid prekursor proteina je transmembranski glikoprotein sa

funkcijama u preivljavanju neurona i procesima uenja i pamenja
Kod AB umesto alfa, aktivira se beta sekretaza (amiloidogeni put)
to dovodi do stvaranja A beta koji se sastoji iz dela
transmembranskog domena i kratkog ekstracelularnog fragmenta. I
alfa i beta sekretaza deluju na ektodomen

Enzymes cut the APP into fragments, the most important of which for AD is called -amyloid (bet
A.

Beta-amyloid is sticky so the fragments cling together along with other material outside of the
plaques seen in the AD brain.

Glavne patohistoloke promene kod

AB su ekstracelularni
depoziti amiloida-beta (A beta)
amiloidni ili senilni plakovi (SP)
i
intracelularne nakupine tau proteina
neurofibrilarna klubad (NFK),

3
Prevents tubulin

Amiloid beta deluje patoloki podstiui oksidativni

stres, ekscitotoksinost sa nakupljanjem kalcijuma u elijama,
smanjenjem fluidnosti membrana, smanjenjem energetskih
zaliha, izmenama citoskeleta, podsticanjem zapaljenskih
procesa i promenama homeostaze metala
Navedeni procesi
dovode do disfunkcije sinapsi, nekroze ili apoptoze i gubitka
neurona.
Uklanjanje A beta odvija se posredstvom
mikroglije, putem receptora za krajnje produkte uznapredovale
glikozilacije (advanced glycation end products
AGEs; receptor za AGEs RAGE; stvaranje AGEs je pojaano
kod DM). DM se smatra faktorom rizika za pojavu AB

Prote(in)opathy cascade
mutation
beta-sheet

aggregation
protein

misfolded protein
deposition

Neurodegeneration

Denaturacija proteina

Denaturacija je proces gubitka tercijarne

strukture proteina, kada on postaje
funkcionalno neaktivan, a fiziki nerastvorljiv u
prvobitnom rastvarau i gubi svoje prvobitne
osobine. To se postie promenom spoljanjih
uslova, kao to je povienje temperature,
postizanje ekstremnih pH vrednosti, odnosno
dodatak organskih rastvaraa ili uree

RAZGRADNJA PROTEINA U
ORGANIZMU

U organizmu se proteini nalaze u stalnom dinamikom stanju, neprekidno se

sintetiu i razgra|uju, to odredjuje duinu ivota specifinih proteina
(poluivot proteina)

Oteeni kao i nepotrebni proteini se uklanjaju iz organizma degradacijom, a

osloboene amino-kiseline mogu posluiti za ponovnu sintezu proteina

Razgradnja endogenih proteina vri se proteolitikim fermentimaproteazama

Odigrava se u:
1.
2.

ekstracelularnom prostoru - ekstracelularna proteoliza

unutar elija, intracelularna proteoliza

Ekstracelularna proteoliza

1.
2.
3.
4.

Ekstracelularna proteoliza se ostvaruje delovanjem proteaza koje se oslobadjaju iz

rezidualnih tkivnih elija i inflamatornih elija. Proteaze vre razgradnju i
remodeliranje ekstracelularnih proteina uprkos postojanju visoko-efektivnih inhibitora
u ekstracelularnom prostoru, ija se inhibitorna mo smanjuje oksidativnom
inaktivacijom.
Proteaze su endopeptidaze, razlau peptidne veze u unutranjosti proteinske
molekule. Mogu se klasifikovati u 4 grupe u odnosu na hemijske grupe njihovog
aktivnog centra, to su:
serin-proteaze
metalo-proteinaze
cistein-proteinaze
aspartat-proteinaze
Serin i metalo-proteinaze su aktivnije pri neutralnom pH, one katalizuju mnoge
reakcije proteolize u ekstracelularnim prostorima. Serin-proteaze esto aktiviraju
druge serin-proteaze koje su u inaktivnoj formi (zimogeni), to se deava u procesu
koagulacije i fibrinolize, aktivaciji komplementa, hormonskoj produkciji, fertilizaciji.

Intracelularna degradacija proteina

Lizozomalna proteoliza
Ubikvitin Proteozomalna proteoliza
(visoko konzervisan polopeptid 76 AK
(8,5kDa ubikvitin)

Lizozomalna proteoliza
Proteini koji ulaze u eliju endocitozom,
pinocitozom i fagocitozom
Lizozomi sadre oko 50 hidrolitikih
enzima (proteaze, nukleaze, lipaze,
karbohidraze)
Lizozomalne proteaze oznaene su kao
katepsini aktivni su u kiseloj sredini

Lizozomalna proteoliza

UBIKVITINSKI SISTEM
-UBIKVITINACIJA

Ubikvitin prepoznaje proteine za degradaciju i selektivno ih obeleava Karboksilni kraj ubikvitina se vezuje za -amino grupu lizinskih ostataka
proteina koji e se degradirati. Ubikvitin je target za proteazom

Degradacija se odvija kompleksom 26S proteazoma

Aminokiselinski ostaci na N terminalnom kraju proteina koji se razlae

odreuju duinu poluivota (proteini sa metioninom imaju poluivot 20 dana
a sa argininom oko 2 min)

E3 enzimi koji uestvuju u ovom putu su itai N-terminalne rezidue

DISFUNKCIJA POJEDINIH KOMPONENTI OVOG SISTEMA UKLJUENE

SU U PATOGENEZU UROENIH I STEENIH BOLESTI

Put ubikvitin proteozom

Hromatografija proteina

hromatografija
komponente smese se razdvajaju na koloni

Zavisi od vrednosti pI
razliitih aminokiselina koje
se razdvajaju.
Pozitivno naelektrisani
proteini se vezuju za
negativno naelektrisanu
podlogu.
Negativno naelektrisani
proteini prolaze.
Jonoizmenjivaka hromatografija
Najkiselije aminokiseline putuju najbre a najbaznije se
eluiraju poslednje.
Povrina svakog signala je mera relativne koliine svake
pojedinane aminokiseline u smesi.
HPLC-mobilna faza se kroz kolonu proputa pod pritiskom-skraeno
vreme analize.
HPLC Povrina svakog signala je mera relativne koliine svake
pojedinane aminokiseline u smesi.

Hromatografija na koloni

Sekvencionisanje proteina tehnikom

rekombinovane DNK
Redosled etiri baze u DNK: adenina,
guanina, timina i citozina (zapisan u
genima) direktno odreuje sekvencu
aminokiselina u proteinu.
Mogua automatizovana analiza DNK ili
RNK
Sekvenca stotine proteina, sa velikim
brojem aminokiselinskih ostataka odreen
na ovaj nain