6.

5 Regulasi Enzim

Dalam sistem enzim, produk dari reaksi akan menjadi substrat untuk reaksi berikutnya. Dalam
setiap jalur metabolik ada enzim pengatur yang mengkatalisis penyesuaian laju reaksi sehingga
memungkinkan sel untuk memenuhi kebutuhan energi dan biomolekul yang dibutuhkan dalam
pertumbuhan dan perbaikan. Pada kebanyakan sistem multienzyme, enzim pertama dari urutan
adalah enzim pengaturan.
Fungsi enzim alosterik bersifat reversibel dan berikatan nonkovalen dengan senyawa pengatur
yang disebut modulator alosterik atau efektor alosterik, yang umumnya metabolit kecil atau
kofaktor. Enzim lainnya diatur secara modifikasi kovalen reversibel. Sistem metabolisme
setidaknya memiliki dua mekanisme regulasi enzim lainnya. Beberapa enzim dirangsang atau
dihambat saat mereka terikat oleh protein pengatur yang terpisah. Lainnya diaktifkan saat
segmen peptida dilepaskan dengan pembelahan proteolitik (ireversibel). Contoh penting kedua
mekanisme tersebut ditemukan dalam proses fisiologis seperti pencernaan, pembekuan darah,
tindakan hormon, dan penglihatan.

Enzim Alosterik Menjalani Perubahan Konformasi dalam Respon Terhadap Pengikatan

Modulator

Protein alosterik adalah protein yang memiliki "bentuk lain" atau konformasi yang disebabkan
oleh pengikatan modulator. Modulator enzim alosterik bisa bersifat penghambatan atau stimulan.
Seringkali modulator adalah substrat itu sendiri; enzim pengaturnya disebut homotropik. Jika
modulator dan substrat berbeda, enzim dikatakan heterotropik. Perhatikan bahwa alosterik
modulator tidak boleh bingung dengan inhibitor tidak kompetitif dan campuran..
GAMBAR 6-26 Interaksi subunit dalam enzim alosterik, dan interaksi dengan inhibitor dan
aktivator. Pada banyak enzim alosterik sisi pengikat substrat dan sisi pengikat modulator berada
pada subunit yang berbeda, masing-masing subunit katalitik (C) dan peraturan (R),. Pengikatan
modulasi positif (stimulasi) (M) ke Sisi spesifik pada subunit peraturan dikomunikasikan ke
katalitik subunit melalui perubahan konformasi. Perubahan ini membuat subunit katalitik aktif
dan mampu mengikat substrat (S) dengan afinitas yang lebih tinggi. Pada disosiasi modulasi dari
peraturan subunit, enzim beralih ke bentuknya yang tidak aktif atau kurang aktif.

Sifat enzim alosterik secara signifikan berbeda dengan nonregulatory enzim. Beberapa
perbedaan bersifat struktural. Sebagai tambahan ke sisi aktif, enzim alosterik umumnya memiliki
satu atau lebih sisi alosterik untuk mengikat modulator (Gambar 6-26). Sama seperti enzim yang
aktif sisi spesifik untuk substratnya, setiap sisi peraturannya spesifik untuk modulatornya. Enzim
dengan beberapa modulator umumnya memiliki sisi pengikat spesifik yang berbeda untuk
masing masingnya. Pada enzim homotropik, sisi aktif dan sisi peraturan sama.
Enzim allosterik umumnya lebih besar dan lebih banyak kompleks daripada enzim nonallosterik.
Sebagian besar memiliki dua atau lebih banyak subunit Aspartat transcarbamoylase, yang
mengkatalisis reaksi awal biosintesis pirimidin nukleotida (lihat Gambar 22-36), memiliki 12
rantai polipeptida yang diatur dalam subunit katalitik dan peraturan. Gambar 6-27 menunjukkan
struktur kuartener dari enzim ini, disimpulkan dari analisis sinar-x.

Di Banyak Jalur Langkah yang Diatur Dikatalisasi oleh Enzim Alosterik

Dalam beberapa sistem multienzyme, enzim pengaturnya secara khusus terhambat oleh produk
akhir jalur kapan pun konsentrasi produk akhir melebihi persyaratan sel. Saat reaksi enzim
pengatur diperlambat, laju semua enzim berkurang karena substrat mereka habis. Laju produksi
jalur produk akhir seimbang dengan kebutuhan sel. Regulasi jenis ini disebut feedback
inhibition.

GAMBAR 6-27 Dua tampilan enzim

regulasi aspartate transcarbamoylase.
(Berasal dari PDB ID 2AT2.) Peraturan
alosterik ini Enzim memiliki dua gugus
katalitik bertumpuk, masing-masing dengan
tiga katalitik rantai polipeptida (dalam
nuansa biru dan ungu), dan tiga peraturan
kelompok, masing-masing dengan dua rantai
polipeptida pengatur (dalam warna merah
dan kuning). Kelompok peraturan
membentuk titik-titik segitiga di
sekelilingnyasubunit katalitik. Sisi pengikat
untuk modulator allosterik adalah pada
subunit peraturan. Penguat modulator
menghasilkan perubahan besar dalam
konformasi enzim dan aktivitas. Peran
enzim ini dalam nukleotida sintesis, dan
rincian peraturannya, dibahas pada Bab 22

Salah satu contoh mekanisme penghambatan balik pada pengubahan L-threonine menjadi L-
isoleucine dalam lima langkah (Gambar 6-28). Dalam sistem ini, enzim pertama dehidratase
treonin, dihambat oleh isoleusin, produk akhir dari reaksi. Ini adalah sebuah contoh
penghambatan alosterik heterotropik. Isoleusin cukup spesifik sebagai inhibitor. Isoleusin
mengikat tidak pada sisi aktifnya tetapi pada sisi spesifik lainnya pada molekul enzim, sisi
pengaturan. Pengikatan ini bersifat nonkovalen dan mudah reversibel; Jika konsentrasi isoleusin
meningkat, maka tingkat dehidrasi treonin meningkat. Demikianlah aktivitas dehidrasi merespon
dengan cepat dan secara reversibel berfluktuasi dalam konsentrasi seluler isoleusin.

GAMBAR 6-28 Umpan balik

penghambatan. Konversi L-threonine
menjadi L-isoleucine dikatalisis oleh urutan
lima enzim (E1 sampai E5). Threonine
dehydratase (E1) secara khusus dihambat
secara alosterik oleh L-isoleucine, produk
akhir dari urutan, tapi tidak oleh salah satu
dari empat zat antara (A sampai D).
Hambatan umpan balik ditunjukkan oleh
garis umpan balik putus asa dan simbol pada
dehidrasi threonine panah reaksi, perangkat
yang digunakan di seluruh buku ini.

Sifat Kinetik Enzim Enzim Alosterik yang Menyimpang dari Aturan Michaelis-Menten

Enzim allosterik menunjukkan hubungan antara V0 dan [S] yang berbeda dengan kinetika
Michaelis-Menten. Mereka menunjukkan saturasi dengan substrat saat [S] cukup tinggi, tapi
untuk beberapa enzim alosterik, plot V0 versus [S] (Gambar 6-29) menghasilkan kurva saturasi
sigmoid, bukan kurva hiperbolik yang khas dari nonregulatory enzim. Pada kurva kejenuhan
sigmoid kita dapat menemukan nilai [S] di mana V0 setengah maksimal, tapi kita tidak bisa
merujuknya dengan sebutan Km, karena enzim tidak mengikuti hiperbolik Hubungan Michaelis-
Menten. Sebaliknya, simbol [S] 0,5 atau K0.5 untuk pemberian konsentrasi substrat kecepatan
setengah maksimal dari reaksi yang dikatalisis oleh enzim alosterik (Gambar 6-29). Sifat kinetik
Sigmoid umumnya mencerminkan interaksi antara subunit protein. Lainnya kata, perubahan
dalam struktur satu subunit tersebut diterjemahkan ke dalam perubahan struktural di subunit
yang berdekatan, efek yang dimediasi oleh interaksi nonkovalen di antarmuka antar subunit.
Prinsipnya sangat khusus diilustrasikan dengan baik dengan nonenzim: O2 mengikat
hemoglobin. Sifat kinetika Sigmoid dijelaskan oleh model gabungan dan sekuensial untuk
interaksi subunit (lihat Gambar 5-15).
Enzim allosterik homotropika umumnya bersifat multisubunit protein dan mengikat sisi yang
sama sebagai sisi aktif dan sisi peraturan. Paling umum, substratnya bertindak sebagai modulator
positif (aktivator), karena subunit bertindak kooperatif: pengikatan satu molekul dari substrat ke
satu sisi pengikat mengubah konformasi enzim dan meningkatkan pengikatan substrat molekul
berikutnya.. Ini menyumbang sigmoid daripada perubahan hiperbolik pada V0 dengan
peningkatan [S].

Satu Karakteristik kinetika sigmoid adalah perubahan kecil dalam konsentrasi modulator bisa
diasosiasikan dengan perubahan aktivitas yang besar. Seperti yang terlihat pada Gambar 6-29a,
peningkatan yang relatif kecil di bagian terjal kurva menyebabkan kenaikan V0 yang relatif
besar.
Untuk enzim alosterik heterotropik, mereka yang modulator adalah metabolit selain substrat
normal, sulit untuk menggeneralisasi bentuknya kurva saturasi substrat. Aktivator dapat
menyebabkan kurva menjadi lebih hiperbolik, dengan penurunan di K0.5 tapi tidak ada
perubahan pada Vmax, sehingga meningkat kecepatan reaksi pada konsentrasi substrat tetap (V0
lebih tinggi untuk nilai [S]; Gambar 6-29b, kurva atas) ..
Enzim alosterik heterotropik lainnya merespons aktivator dengan peningkatan Vmax dengan
sedikit perubahan pada K0.5 (Gambar 6-29c). Modulator negatif (penghambat) mungkin
menghasilkan kurva saturasi-substrat yang
lebih sigmoid, dengan peningkatan K0.5
(Gambar 6-29b, kurva bawah). Heterotropika
oleh karena itu enzim alosterik berbeda jenis
tanggapan dalam kurva aktivitas substrat
mereka, karena beberapa memiliki modulator
penghambatan, beberapa memiliki modulator
pengaktifkan, dan beberapa memiliki
keduanya.
(stimulasi), atau aktivator
Perhatikan kemiripan dengan
kurva saturasi oksigen hemoglobin
(lihat Gambar 5-12). (b) Efek dari
modulator positif (+) dan
modulator negatif () pada enzim
GAMBAR 6-29 Kurva aktivitas alosterik di mana K0.5 diubah
substrat untuk alosterik tanpa perubahan dalam Vmax.
representatif enzim. Tiga contoh Kurva sentral menunjukkan
respon kompleks enzim alosterik Hubungan aktivitas-substrat tanpa
ke modulator mereka (a) Kurva alat modulasi. (c) Yang kurang
sigmoid enzim homotropika, di umum jenis modulasi, di mana
yang substratnya juga berfungsi Vmax diubah dan K0.5 hampir
sebagai modulasi positif konstan.

Beberapa Enzim Regulasi Dibawah

Modifikasi Kovalen Reversible

Modifikasi kovalen memodifikasi kelompok

termasuk fosforil, adenilil, uridilil, metil, dan
adenosine difosfat kelompok ribosil (Gambar 6-30)

Contoh enzim yang diatur oleh metilasi adalah protein kemotaksis penerima metal pada bakteri.
Protein ini memungkinkan bakteri berenang menuju atraktan (seperti gula) dalam larutan dan
jauh dari bahan kimia penolak. Agen metilasi adalah S-adenosylmethionine (adoMet) (lihat Gbr.
18-18b); ADP-ribosa berasal dari nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) (lihat Gambar 8-41).
Jenis modifikasi ini terjadi untuk enzim bakteri dinitrogenase reduktase,. Racun difteri dan toksin
kolera adalah enzim yang mengkatalisis ADP-ribosylation (dan inaktivasi) dari enzim seluler
kunci atau protein. Tindakan toksin difteri menghambat faktor pemanjangan 2, protein dalam
biosintesis protein. Toksin kolera bekerja pada protein G, jalur pensinyalan (lihat Gambar 12-
39), menyebabkan kehilangan cairan tubuh dan, terkadang, kematian.

Sepertiga sampai setengah dari semua protein pada sel eukariotik terfosforilasi. Beberapa protein
hanya memiliki satu residu terfosforilasi, yang lain memiliki beberapa, dan beberapa memiliki
puluhan sisi untuk fosforilasi. Modus modifikasi kovalen berpusat pada jumlah yang besar jalur
pengaturan.
 Gambar 6-30. Beberapa reaksi enzim yang di modifikasi

Kelompok Fosforium Mempengaruhi Struktur dan Aktivitas Katalitik Protein

Keterikatan kelompok fosforil terhadap residu asam amino spesifik protein dikatalisis oleh
protein kinase; Penghilangan gugus fosforil dikatalisis oleh protein fosfatase. Atom oksigen dari
suatu gugus fosforil dapat berikatan hidrogen dengan satu atau beberapa kelompok protein,
biasanya kelompok amida dari tulang punggung peptida di awal heliks atau kelompok
guanidinium bermuatan Arg residu. Dua muatan negatif pada fosforilasi rantai sisi juga bisa
mengusir tetangganya bermuatan negatif (Asp atau Glu) residu. Bila rantai sisi yang dimodifikasi
terletak di daerah protein penting untuk struktur 3 dimensi, fosforilasi bisa memiliki efek
dramatis pada konformasi protein dan demikian juga pada pengikatan substrat dan katalisis.
Contoh penting regulasi oleh fosforilasi terlihat pada fosforilase glikogen (Mr 94,500) otot dan
hati (Bab 15), yang mengkatalisis reaksi Glukosa 1-fosfat sehingga terbentuk dan dapat
digunakan untuk sintesis ATP

dalam otot atau diubah menjadi glukosa bebas di hati. Fosforilasi glikogen terjadi dalam dua
bentuk:fosforilase a yang lebih aktif dan fosforilase b yang kurang aktif (Gambar 6-31).
Fosforilase a memiliki dua subunit, masing-masing dengan residu Ser tertentu yang terfosforilasi
pada kelompok hidroksilnya. Residu serin fosfat ini diperlukan untuk aktivitas maksimal enzim.
GAMBAR 6-31 Peraturan aktivitas fosforil
glikogen secara kovalen modifikasi. Dalam
bentuk enzim yang lebih aktif,
phosphorylase residu Ser spesifik, satu pada
setiap subunit, terfosforilasi. Fosforilase a
diubah menjadi fosforilasa yang kurang aktif
b oleh enzimatik hilangnya kelompok
fosforil ini, dipromosikan oleh fosforilasa
fosfatase. Fosforilase b dapat diubah
kembali (diaktifkan kembali) menjadi
fosforilasa oleh aksi phosphorylase kinase .

Kelompok fosforil dapat dihilangkan secara hidrolitik dengan enzim terpisah yang disebut
phosphorylase phosphatase:

Dalam reaksi ini, fosforilase a diubah menjadi fosforilase b oleh pembelahan ikatan kovalen dua
serin fosfat, satu pada setiap subunit glikogen fosforilase. Fosforilase b dapat diubah kembali
menjadi fosforilase aktif a- oleh phosphorylase kinase, yang mengkatalisis pengalihan gugus
fosforil dari ATP ke gugus hidroksil dari dua residu Ser tertentu di fosforilase b:

Rincian glikogen pada otot rangka dan hati diatur oleh variasi dalam rasio keduanya diatur oleh
fosforilase glikogen. Bentuk a dan b berbeda di struktur sekunder, tersier, dan kuartenernya; sisi
aktif mengalami perubahan struktur dan, akibatnya, perubahan aktivitas katalitik sebagai dua
bentuk saling dipertukarkan.
Pengaturan fosforile glikogen oleh fosforilasi menggambarkan efek pada kedua struktur dan
aktivitas katalitik pada penambahan gugus fosforil. Dalam keadaan tidak terfosforilasi, masing-
masing subunit protein ini dilipat sehingga membawa 20 residu pada ujung amino nya, termasuk
sejumlah residu dasar, ke suatu wilayah mengandung beberapa asam amino ; ini menghasilkan
sebuah interaksi elektrostatik yang menstabilkan konformasi. Fosforilasi Ser14 mengganggu
interaksi ini, memaksa domain terminal amino keluar dari lingkungan asam dan menjadi
konformasi yang memungkinkan interaksi antara rantai samping P -Ser dan beberapa Arg. Pada
konformasi ini, enzimnya jauh lebih aktif.
Fosforilasi enzim dapat mempengaruhi katalisis dengan cara lain: dengan mengubah afinitas
pengikatan substrat. Misalnya saat isocitrate dehydrogenase (enzim dari siklus asam sitrat; Bab
16) terfosforilasi, tolakan elektrostatik oleh kelompok fosforil menghambat pengikatan sitrat
(asam tricarboxylic) pada situs yang aktif.

Beberapa Fosforilasi Memungkinkan Kontrol Regulasi yang indah

Residu Ser, Thr, atau Tyr yang terfosforilasi dalam protein yang diatur terjadi dalam motif
struktur umum, disebut urutan konsensus, yang dikenali oleh kinase protein tertentu (Tabel 6-
10). Beberapa kinase adalah basofilik, lebih memilih untuk memfosforilasi residu memiliki
tetangga dasar; yang lain memiliki substrat yang berbeda preferensi, seperti untuk residu dekat
Pro residu. Urutan primer bukanlah satu-satunya faktor penting dalam menentukan apakah residu
yang diberikan akan terfosforilasi, namun. Lipatan protein menyatukan residu yang jauh di
urutan utama; hasilnya Struktur tiga dimensi dapat menentukan apakah a protein kinase memiliki
akses ke residu tertentu dan bisa dikenali itu sebagai substrat. Faktor lain yang mempengaruhi
spesifisitas substrat protein kinase tertentu adalah kedekatan residu terfosforilasi lainnya.
fosforilasi bersifat hirarkis: residu tertentu bisa terfosforilasi hanya jika residu tetangga telah
terfosforilasi. Sebagai contoh, glikogen sintase, enzim yang mengkatalisis kondensasi monomer
glukosa untuk membentuk glikogen (Bab 15), tidak aktif oleh fosforilasi spesifik Ser residu dan
juga dimodulasi oleh setidaknya empat kinase protein lainnya yang memfosforilasi empat situs
lainnya dalam protein (Gambar 6-32). Protein bukan substrat untuk glikogen sintase kinase 3,
misalnya sampai satu sisi telah difosforilasi oleh kasein kinase II.

GAMBAR 6-32 Beberapa fosforilasi

regulasi. Enzimnya glikogen sintase
memiliki setidaknya sembilan tempat
terpisah dalam lima yang ditunjuk daerah
yang rentan terhadap fosforilasi oleh salah
satu protein seluler kinase. Dengan
demikian, regulasi enzim ini bukan masalah
biner (on / off) switching tapi modulasi
aktivitas yang disetel dengan cepat melalui a
jangkauan luas dalam menanggapi berbagai
sinyal.

Beberapa fosforilasi menghambat sintesis glikogen lebih dari dan

Tampak di sini disimpulkan urutan konsensus (dalam tipe roman) dan urutan sebenarnya dari
substrat yang diketahui (miring). Ser (S), Thr (T), atau Tyr (Y) residu yang mengalami
fosforilasi berwarna merah; semua residu asam amino ditampilkan sebagai singkatan satu
hurufnya (lihat Tabel 3-1). X mewakili asam amino; B, asam amino hidrofobik; Sp, Tp, dan Yp,
sudah terfosforilasi Ser, Thr, dan Tyr residu yang lain,
Agar mekanisme pengaturan efektif, fosforilasi harus reversibel. Sel mengandung keluarga
fosfoprotein fosfatase yang menghidrolisis P -Ser spesifik, P -Thr, dan ester P-Thyr, melepaskan
Pi. Fosfoprotein fosfatase spesifisitas substrat yang kurang daripada protein kinase.

Beberapa Enzim dan Protein Lain Diatur oleh Pembelahan Proteolitik Prekursor Enzim

Untuk beberapa enzim, prekursor tidak aktif disebut zymogen dibelah untuk membentuk enzim
aktif. Banyak enzim proteolitik (protease) dari perut dan Pankreas diatur dengan cara ini.
Chymotrypsin dan tripsin awalnya disintesis sebagai chymotrypsinogen dan tripsinogen (Gambar
6-33). Penyebab pembelahan tertentu perubahan konformasi yang mengekspos sisi aktif enzim
Karena jenis aktivasi ini ireversibel, mekanisme lainnya dibutuhkan untuk menonaktifkan enzim
ini.
Protease dilemahkan oleh protein inhibitor yang mengikat sangat erat terhadap enzim situs aktif.
Misalnya pankreas inhibitor trypsin (Mr 6000) mengikat dan menghambat trypsin; 1-
antiproteinase (Mr 53.000) terutama menghambat elastase neutrofil (neutrofil adalah jenis
leukosit, atau sel darah putih; elastase adalah aktivasi protease elastin, komponen dari beberapa
jaringan ikat). Sebuah ketidakcukupan 1-antiproteinase, yang dapat disebabkan dengan paparan
asap rokok, telah dikaitkan dengan kerusakan paru-paru, termasuk emfisema.

Protease bukan satu-satunya protein yang diaktifkan oleh proteolisis. Namun, dalam kasus lain,
prekursornya adalah disebut bukan zymogens tapi lebih umum, proprotein atau proenzim, jika
sesuai. Misalnya, kolagen protein jaringan penghubung pada awalnya disintesis sebagai
prokolagen prekursor terlarut. Sistem pembekuan darah menyediakan banyak contoh aktivasi
proteolitik dari protein. Fibrin, protein pembekuan darah, adalah diproduksi oleh proteolisis
fibrinogen, proproteinnya yang tidak aktif. Protease yang bertanggung jawab untuk aktivasi ini
adalah trombin (serupa dalam banyak hal dengan chymotrypsin), yang diproduksi sendiri oleh
proteolisis proprotein (dalam hal ini zymogen), protrombin. Pembekuan darah dimediasi oleh
riam proteolitik aktivasi yang rumit..
Beberapa Enzim Pengatur Menggunakan Beberapa Mekanisme Pengaturan

Fosforilasi glikogen mengkatalisis reaksi pertama dalam jalur yang memberi makan glukosa
yang disimpan ke dalam penghasil energi metabolisme karbohidrat. Meski peraturannya
utamanya adalah melalui modifikasi kovalen, as diuraikan pada Gambar 6-31, glycogen
phosphorylase juga dimodulasi secara alosterik oleh AMP, yang merupakan aktivator dari
fosforilasa b, dan oleh beberapa molekul lainnya sebagai penghambat
Jika semua reaksi yang mungkin terjadi pada sel dikatalisis secara simultan, makromolekul dan
metabolit dengan cepat akan dipecah menjadi bahan kimia yang jauh lebih sederhana. Sebagai
gantinya, sel hanya mengkatalisis reaksi mereka butuh pada saat tertentu Bila sumber kimia itu
banyak, sel mensintesis dan menyimpan glukosa dan metabolisme lainnya. Bila sumber daya
kimia langka, sel gunakan toko ini untuk bahan bakar metabolisme sel. Bahan kimia Energi
digunakan secara ekonomi, dibagi ke berbagai jalur metabolisme sebagaimana sel membutuhkan
perintah. Ketersediaan dari katalis kuat, masing-masing spesifik untuk reaksi tertentu, membuat
regulasi reaksi ini mungkin terjadi. Hal ini pada gilirannya menimbulkan kompleks, simfoni
yang sangat teratur yang kita sebut kehidupan.

RINGKASAN 6.5 Enzim Regulasi

■ Aktivitas jalur metabolisme dalam sel diatur oleh pengendalian kegiatan enzim tertentu

■ Dalam penghambatan umpan balik, jalur produk akhir menghambat enzim pertama dari jalur
itu

■ Aktivitas enzim alosterik disesuaikan dengan pengikat yang reversibel dari modulator tertentu
ke sisi pengaturan Modulator mungkin substrat itu sendiri atau beberapa metabolit lainnya, dan
efek modulator mungkin bersifat menghambat atau menstimulasi. Sifat kinetik dari enzim
allosterik mencerminkan interaksi kooperatif antar subunit enzim.
■ Enzim pengatur lainnya dimodulasi oleh modifikasi kovalen gugus fungsional tertentu yang
diperlukan untuk aktivitas. Fosforilasi residu asam amino spesifik adalah adalah cara umum
untuk mengatur aktivitas enzim.
■ Banyak enzim proteolitik disintesis sebagai prekursor tidak aktif disebut zymogens, yang
diaktifkan dengan pembelahan fragmen peptida kecil

■ Enzim di persimpangan metabolik penting dapat diatur dengan kombinasi kompleks pada
efektor, memungkinkan koordinasi kegiatan jalur yang saling berhubungan