Ključni koncepti:

1. sestava virusa
2. vrste nukleinskih kislin
3. virusni encimi
4. restrikcijske endonukleaze, reverzna transkripcija
5. simetrija plašča
6. obligatni intracelularni parazitizem
7. gostiteljski spekter
8. rastne faze
9. samosestavljanje
10. litična, lizogena, kronična infekcija
11. bakteriofag
12. retrovirusi, virusna transformacija celic
13. satelitni virusi, defektni virusi, viroidi, virusoidi
14. prioni
Virusi - velikost

http://www.old-ib.bioninja.com.au

20 - 300 nm

tudi do 1000 nm
(virus Ebole, premer 80 nm)
en.wikipedia.org
Virusi

• virus je necelični genetski element, replikacija je možna samo v gostitelju, zunaj

gostitelja je virus inerten delec

• genom virusa je obdan s proteinskim plaščem ali kapsido, genom in plašč tvorita

nukleokapsido, ki je pri nekaterih virusih lahko obdana z membrano

• vsebuje DNA ali RNA vendar nikoli obeh

Gostitelji za viruse

• za vse organizme velja, da so lahko gostitelji za viruse: bakterije, alge, arheje,

protozoji, nevretenčarji, vretenčarji in rastline (ubi cellula ibi virus)

• večina organizmov je lahko gostitelj več

različnim virusom

• pri večceličnih organizmih virusi lahko

gostujejo po celotnem organizmu, ali pa

samo v določenem delu

Simetrija virusnega plašča

• virusni plašč je sestavljen iz

omejenega števila različnih

proteinov, ki imajo običajno

nizko Mw

• natančnost prepisovanja manjših proteinov je večja, v kolikor pride do

nepravilne sinteze ali zvijanja so izgube majhne

• visoka stopnja simetrije omogoča veliko število kontaktov med podenotami,

kar omogoča samo-sestavljanje virusa in nastanek energijsko minimalne

strukture (vse podenote imajo enake vezi s sosednjimi podenotami)

Vijačna simetrija virusov

Dolžina heliksno
simetričnih virusov je
odvisna od dolžine
nukleinske kisline. Širina
je odvisna od velikosti in
pakiranja plaščnih
proteinov.
Ikozaedri

Ikozaeder je topološko največji regularni polieder

in je favoriziran, ker imajo njegovi vogali najmanjšo
ukrivljenost. Ikozaeder je sestavljen iz 20 trikotnih
ploskev. Vsaka ploskev je sestavljena iz najmanj 3
proteinskih podenot. Ikozaeder ima 5:3:2 osi
simetrije.
Zgradba kompleksnih virusov
Virusni encimi

Virus nima lastnega metabolizma. Za svojo replikacijo nujno potrebuje

gostiteljevo biosintetsko mašinerijo. Pri vstopu v gostitelja lahko virus s seboj

prinese nekatere encime npr.:

reverzno transkriptazo

neuraminidazo
lizocim
DNA polimerazo
RNA polimerazo
 Virusne nukleinske kisline

virus

DNA RNA
virusi virusi

ss DNA ds DNA ss RNA ds RNA

+ssRNA -ssRNA
RNA DNA virusi
(imajo DNA ali RNA intermediat)

ss RNA (retrovirusi) ds DNA (retrovirusi) RNA

DNA intermediat, HIV intermediat, hepatitis B
Sinteza virusnih
nukleinskih
kislin
Rast virusa
Test infektivnosti – bakterijski virusi

Escherichi Vzorec z
a coli bakteriofagom

Zmešamo in
prelijemo agar
Sloj celic plošče
Escherichia coli Bakteriofagni plaki
(gostitelj) (območja zbistritve
zaradi lize)

Double layer agar assay

Replikacija bakteriofaga
Regulacija replikacije pri bakteriofagu T4

čas (min) dogodek

-2 vezava na OmpC in LPS / reverzibilna/ ireverzibilna
-1 kontrakcija/lizocim/sprememba emf citoplazmatske membrane
0 iniciranje DNA
2 prepis zgodnje virusne mRNA
3 gostiteljeva DNA je razrezana
5 replikacija virusne DNA
9 prepis pozne virusne mRNA
12 izgradnja virusnih glav, vratu, nog
13 polnjenje glav z DNA (2000 bp/s)
15 prvi fagi sestavljeni
23 liza celice (holin/endolizin)
Bakteriofag lambda - lizogenija
Bakteriofag M13 - kronična infekcija
Rastlinski virusi

• večinsko +ssRNA virusi

• širjenje po rastlini kot virion,
nukleinska kislina ali virusni
replikacijski kompleks
• rastlina se lahko aktivno brani
(utišanje RNA, razgradnja
RNA, rezistenčni proteini, ROS,
salicilna kislina, etilen,
jasmonska kislina)
• preobčutljivostne reakcije na
mestu infekcije
• rastlinske mikro RNA in
imunski odziv rastline
• sistemsko pridobljena imunost
(SAR, epigenetski odziv)
 vnos z insekti,
preko ran Rastlinski
translacija +ssRNA virusi -
replikacija
pri segmentiranih
RNA genomih
lahko prihaja do
prerazporeditve
segmentov med
različne virione

replikacija +ssRNA
sinteza plaščnega
proteina in proteina
za premikanje

protein za premikanje
razširi plazmodezmato in
omogoča premikanje po
rastlini
Prenos virusa po rastlini – kompleksna mehanika

TMV
virus

Front. Plant Sci., 11 February 2013

RNA satelitni virusi

• sestavljeni iz satelitne RNA in plaščnega proteina, ni veliko sorodnosti s

pomožnim virusom

• kodirajo zapis za plaščni protein

• replikacija odvisna od pomožnega virusa

• imajo od 200 do 1700 nukleotidov

• uporabni kot vektorji pri genski terapiji

skupaj s HBV povzroča resne zaplete: ciroza,
odpoved jeter, jetrni rak, poveča smrtnost
• satelitni virus tobakove nekroze,

koruznega mozaika, tobačnega mozaičnega virusa, delta virus

RNA satelitne molekule

• satRNA ena izmed malih RNA molekul (ds satRNA, daljša linearna ss

satRNA, krajša linearna ss satRNA, krožna satRNA)

• običajno manj kot 1500 nukleotidov

• ni veliko sosrodnosti z pomožnim virusom, ne kodirajo lastne kapside

• replikacija, enkapsidacija, premikanje odvisno od pomožnega virusa

• kodirajo nestrukturne proteine, nekateri ne kodirajo proteinov ampak

delujejo preko RNA : RNA interakcij

RNA satelitni defektni virusi

• podskupina satelitnih virusov, nastali iz matičnih virusov z delecijami in

rekombinacijami, kodirajo zapis za lastni plaščni protein

• sestavljeni kot mozaik virusne RNA

• ima jo večina animalnih in številni rastlinski RNA virusi

• replikacija je odvisna od matičnega virusa iz katerega je defektna

interferirajoča RNA nastala

• interferira z normalnim razvojem matičnega virusa in običajno zmanjša

njegovo infektivnost
RNA - viroidi
• nimajo proteinskega plašča

• 200-400 RNA nukleotidov, komplementarna ssRNA

omogoča sekundarne strukture, obstojne zunaj gostitelja

• locirani so v jedrcu gostitelja

• genom je podoben rRNA intronom, krožen

• imajo ribocimsko aktivnost, cepitev multimerne RNA

• inficirajo samo poškodovane rastline, brez receptorja,

premikanje po plazmodezmatih

• funkcija podobna srRNA (“small regulatory RNA”)

• prenos s semenom in cvetnim prahom

• ne najdemo med živalmi in prokarionti

RNA - virusoidi

• oblečeni rastlinski viroidi s kapsido

• imajo plašč, vendar ne kodirajo zapis za plaščne proteine, plašč prispeva

pomožni virus

• 200 do 400 nukleotidov, krožna ssRNA

• imajo ribocimsko aktivnost, sami lahko cepijo RNA

• potrebujejo pomožni virus za sestavljanje, virusoidna RNA se vgradi v

pomožni virus in se z njim prenaša kot satelit

Različne RNA molekule
Različne proteinske molekule
Prioni

Prioni podirajo tri centralne dogme v biološkem svetu:

• infekcijske prenosljive bolezni vedno potrebujejo za prenos genetski
material v obliki DNA ali RNA
• infekcijska bolezen ne more biti sočasno dedna in prenosljiva
• protein se ne more podvojevati brez nukleinskih kislin