Biyofizik 1

Öğr. Gör. Cemil ÖZGÜL

Biyofiziğin Konusu;

Canlı varlıkların incelenmesinde fiziğin

uygulanmasıdır

a- Hücre Biyofiziği
b- Moleküler biyofizik
c- Sistemler biyofiziği
 SI Temel Birimleri
SI Temel Birimleri
Fiziksel Nicelik Birimin Adı Sembol
Uzunluk metre m
Kütle kilogram kg
Zaman saniye s
Elektrik Akımı amper A
Sıcaklık kelvin K
Aydınlanma Şiddeti kandela cd
Madde Miktarı mol mol
 Bazı SI türeme birimleri için özel isimler ve semboller
Fiziksel SI Biriminin SI Birimi SI Biriminin
Nicelik Adı için Sembol Tanımı
Kuvvet newton N kg m s −2
Basınç pascal Pa N/m2 = kg m −1 s−2
Enerji joule J N m = kg m2 s−2
Güç (fizik) watt W J/s = kg m2 s−3
Elektriksel Yük coulomb C A·s
Elektriksel Potansiyel volt V
Farkı W/A = J/C = kg m2 A−1 s−3

Elektriksel Direnç ohm W V/A = kg m2 A−2 s−3

Elektriksel İletkenlik siemens S Ω−1 = kg−1 m−2 A2 s3
Elektriksel Sığa farad F C/V = A2 s4 kg−1 m−
Manyetik Akı Weber Wb kg m2 s−2 A−1
İndüktans henry H Wb/A = kg m2 A−2 s−2
Manyetik Akı Yoğunluğu tesla T Wb/m2 = kg s−2 A−1
Aydınlanma Akısı lümen lm cd · sr
Aydınlanma lüks lx lm/m2 = cd sr m−2
(aydınlanma)
Frekans hertz Hz s−1 (saniyede salınım)
Radyoaktivite bekerel Bq s−1 (saniyede bozunma)
Tablo 1.1: Metrik birimlerde kullanılan ön ekler
Değeri Örnek Kısaltması
10- 12 piko p
10- 9 nano n
10- 6 micro m
10- 3 milli m
10- 2 senti c
10- 1 desi d
103 kilo k
106 mega M
Örneğin:
a) 800 000 m = 8 x 105 m = 800 km

b) 0.002 s = 2 x 10- 3 s = 2 ms
Bedende suyun görevleri;

1- Vücut ısısı düzenlenmesi

2- Yastık
3- Yağlama
4- Kimyasal reaktant
5- Çözücü
6- Taşıyıcı
Metabolik su;

-günlük yaklaşık 400 ml

- 100 g Yağ yanmasında 107 ml

- 100 g k. Hidratın yanmasında 55 ml
- 100 g protein oksidasyonunda 41 ml
Sağlıklı insanlarda bedene giren- çıkan
su (3 L) eşit;
Giren
1- Sıvı içimi ile 1500 mL
2- Besinlerle 1100 mL
3- Metabolik su 400 mL
Çıkan
1- Terleme 1200 mL
2- Akciğerlerden 300 mL
3- Dışkı ile 200 mL
4- İdrarla 1300 mL
Bedende suyun dağılımı;

1-Hücre içi (intraselüler) sıvılar

2- Hücre dışı (ekstraselüler) sıvılar

a- Damar içi (plazma)
b- Hücreler arası (interstisyel) sıvı
Bedende suyun dağılımı;

75 kilogram ağırlığında bir erkekte, vücut

ağırlığına göre yaklaşık 45 litre su vardır. Bunun

1- Hücre içi sıvılar -  30 L (%66)

2- Hücre dışı sıvılar -  15 L (%34)

a- Damar içi (plazma) -> 3 L (%7)

b- Hücreler arası sıvı ->12 (%27)
c- Özel sıvılar
Hücre Zarı Yapısı
Alyuvar Hücre Zarı Yapısı
Hücre Zarı Geçirgenliği
 Kan sıvısı (solvent)
İçindekiler (Çözünenler, solüt)

a- Elektrolitler (iyonlar); Anyon; Cl-,

Katyon; Na+, K+)

b- kolloid (proteinler, negatif yük)

c- Yüksüz olanlar (glikoz)

Kanın %60 sı sıvı, geri kalanı kanın
şekilli elamanlarıdır ki bunlar;

a- Alyuvarlar (eritrositler) %99

b- Akyuvarlar
c- Kan pulcukları (Trombositler)
Elektrolit (iyonlar);

Katyonlar; Na+, K+, Ca+2, Mg+2

Anyonlar; Cl-, HCO3-,HPO4-ve

H2PO4-2, SO4-2, organik (ör. laktik)
asit, proteinler
Hücre dışı en fazla bunan pozitif
iyonlar sırası ile;

Na+, Ca+2, K+, Mg+2

Hücre içi;

K+, Na+, Mg+2, Ca+2

Hücre dışı en fazla bunan negatif
iyonlar sırası ile;

Cl-, HCO3-

Hücre içi;

proteinler , HPO4--H2PO4-2,
Hücre dışı;

Na+, Cl-

Hücre içi;

K+, proteinler
Elektrolitlerin 7 esas görevi;
1- Enzimler için kofaktör
2- Sinir ve kas hücrelerinde aksiyon
potansiyelinin oluşumu
3- Hormon ve nörotransmiterlerin
salınımı
4- Kas kasılması
5- Asit-baz dengesi
6- İkincil aktif transport
7- Ozmos
! Hücre dışına kıyasla hücre içerisi negatif
yüklüdür.
İyon Türleri Ekstraselüler sıvı Intrasellüler sıvı
(hücre Dışı) (Hücre içi)
Na+ 145 (meq/l) 20
K+ 4 150
Ca+2 1-3 1 x10-4
-
Cl 114 3
HCO3- 31 10
Sinir hücreleri dışındaki tipik
hücrelerde iyon dağılımları
Mürekkep Balığı Dev Kurbağa İnsan
Aksonu Sartorius Kası Alyuvarları
Hücre içi
Na+ 50 13 19
K+ 397 138 136
Cl- 40 3 78
Hücre Dışı
Na+ 437 110 155
K+ 20 2.5 5
Cl- 556 90 112
 Nerst Denklemi
RT (C)o
E = ---- ln ----
zF (C)i

R= gaz sabit değeri (8.31 J K-1 mol-1)

T= Isı derecesi (310 K, 37 0C de)
F= Faraday sabit değeri (96 487 C/mol-1)
z= iyon yükü (Na+=1, Ca++=2, Cl-= -1, vb)
(C)o= Hücre dışı konsantrasyon
(C)i= Hücre içi konsantrasyon
ln= logarithm (Loge)
 Nerst Denklemi

RT (C)o
E=---- ln ----
zF (C)i

K+ (Dış) 4 (İç) 150

4
EK=26,7 ln ---------= 26.7 x (-3.62) = -96.8 mV
150
 a- Her bir iyonun elektriksel yükünün çeşidi
b- Hücre zarının her iyona geçirgenliği (P)
c- Her bir iyonun hücre zarı içi (i) ve dışındaki (o) yoğunlukları (C)
E= İstirahat membran potansiyeli

Goldman Eşitliği
RT PNa+(CNa+)o + PK+(CK+)0 +PCl- (CCl-)i
E (mV)=---- ln -----------------------------------------
F PNa+(CNa+)i + PK+(CK+)i +PCl- (CCl-)o
İyon Kanalları ve
Hücre Uyarılması
 İyon Kanalı Nedir ?
• Hücre membranı içerisine gömülü
halde bulunan,hücre membranını
bir uçtan diğerine geçen ve
iyonların hücreye giriş çıkışlarını
kontrol eden protein yapısındaki
özel oluşumlardır.
İyon Kanalının Hücre
Zarındaki Yerleşimi
Subüniteler
• İyon kanalları her biri
farklı görevler
üstlenmiş alt
birimlerden
meydana gelmiştir.
 Aktivasyon & İnaktivasyon
• İyon kanalını yapısındaki konfarmasyon değişikliği
aktive yada inaktive olamasında belirleyici rolü
vardır.
Hücre Zarı Su Kanalları (Aquaporinler)
İyon Kanallarının Yerleştiği Bölgeler
İyon Kanallarının Yerleştiği Bölgeler
 İyon Kanallarının Biyofiziksel Görevleri
1- Hücre istirahat potansiyelinin devam ettirilmesi

2- Elektriksel sinyallerin üretilmesi (aksiyon pot.)

3- Sinaptik transmisyon (nörotransmitter salınımı)

4- İyon ve metabolitlerin hücreler arası aktarılması

5- Duyu organlarındaki rolleri (Ör. Kulak)

6- Uyarıcı- kasılma mekanizmaları (kas hücreleri)

7- Uyarıma bağlı enzim salınışı mekanizmaları

(ör. ikincil haberciler)
İYON KANALLARININ SINIFLANDIRILMASI

• Sızma Kanalları (Na +, K + …) Kanal üzerinde daima açıktır,

İyonun çeşidine spesifik, geçişi etkileyen 3 ana faktör mevcut: (1) iyonun
büyüklüğü, (2) yükü ve (3) etrafına çevreleyen su molekülleri

• Ligand (Kimyasal)Kapılı Kanallar

(Asetilkolin, Gaba, Glisin)
• Voltaja Duyarlı Kanallar
(K+, Na+, Ca+2 )
• Mekanik Uyarımlı Kanallar
(Kulak koklear hücreleri)
• Özel Kanallar: (Ör. Aquaporinler, gap junction)
 Hücreler nasıl uyarılabilir?

A- Seçici kanalların mekanik uyarılması ile

B- Reseptör/ligand la aktive edilen kanallarla;

1- Doğrudan kanala bağlanan ligantlar ile

2- İkincil haberciler vasıtasıyla (indirect)

C- Voltaja duyarlı kanallarla

A- Seçici kanalların mekanik uyarılması ile
Kulak koklear hücreleri
B- Receptor/ligandla aktive edilen

Bu tip kanallarında iki çeşidi vardır.

1- Doğrudan kanala bağlanan reseptor/ligantlar

2- Reseptörün uyarılmasını takiben, ikincil

habercilerle kanalın açması
 1- Doğrudan kanala bağlanan reseptor/ligantlar

Bu tip kanallarda, 3 Na+ içeri girerken, 1 K+ dışarı çıkar.

Neden ?
 2- Reseptörün uyarılmasını takiben, ikincil habercilerle
kanalın açılması
Dolaylı yolla etkisini gösteren kimyasal (ligand)
kapılarına örnek.
Norepinefrin zardaki reseptöre bağlanır
↓
Zardaki G prot aktive edilir
↓
Bir hücre zarı enzimi aktive edilir
↓
İkinci haberci molekülü üretilir
↓
Bir iyon kanalı fosforile edilir
↓
K+ kanalı kapatılır ve hücre zarı daha az negatifleşir
 Kalsiyum Kanalları Çeşitleri

1- Voltaja Duyarlı Kalsiyum Kanalları

(VOCC)

2- Depoya Duyarlı Kalsiyum Kanalları

(SOCC)

3- Reseptöre Duyarlı Kalsiyum

Kanalları (ROCC)
C- Voltaja duyarlı kanalların açılması ile
Sinir Hücrelerinde 3 tip iyon kanalı vardır

Adı Bulunduğu yer Görevi

Pasif kanallar Dentritler, akson, İst Potansiyel

Hücre gövdesi

Kimyasal kan. Dentritler, Sinaptik Potans

Hücre göv.

Volt duy. kan. M.siz. Akson tepeciği

M.li. Ranvier boğum. Aksiyon Pot
 Bazı Kanal Blokerleri
* Voltaja Duyarlı Na+ kanalı bloke eden maddeler:

*tetradotoxin (TTX),
*saxitoxin (STX)

* Voltaja Duyarlı K+ kanalı bloke eden maddeler:

*tetraetilamonyum (TEA)

* Voltaja Duyarlı Ca+2 kanalı bloke eden maddeler:

* verapamil
* diltiazem
* nifedipin
* konotoksinler