Atomik Kuvvet Mikroskobu ile Biyomoleküllerin Doğal Ortamlarında Tayini ve Karakterizasyonu

AFM'nin en belirgin özelliklerinden biri, diğer yüksek çözünürlüklü mikroskoplara kıyasla sulu
çözeltiler altında çalışabilmesidir. Bununla birlikte, sulu çözeltilerde görüntüleme, ortam
koşullarında görüntülemeden daha zor bir işlemdir, çünkü sıvı yüzey lazer ışınının kırılmasına
neden olur ve akustik rezonanslar nedeniyle konsolun titreşmesi daha zor hale gelir. Ayrıca
numune hareketsiz hale getirilmeli, hava kabarcıkları önlenmeli ve sıvı kaybını önlemek için
sızdırmazlık esastır. Bu tür engellerin önüne geçebilmek için bu tez kapsamında ilk olarak
Nanomagnetics Scientific Instruments Ltd. Şti. tarafından üretilen AKM'nin mekanik, optik ve
elektronik optimizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiş ve bu kapsamda iki prototip geliştirilmiştir.
İlk prototipin geliştirilmesi sırasında mekanik engeller ortadan kaldırılmış ve çeşitli biyolojik
örneklerin mikron ve mikron altı ölçekli görüntüleri sıvı hücreye kaydedilebilmiştir. Bu
çalışmalarda mevcut sıvı hücre, kantilever tutucu tasarımı ve kullanılan malzemeler literatür
ışığında değiştirilmiştir. Bu çalışmanın ikinci aşaması olarak, optik yollar ve elektronik
düzeneğindeki iyileştirmeler yoluyla yeni gelişmelerle sıvıda gerçek atomik çözünürlük elde
edildi. Bu çalışma sonucunda, kantilever titreşebildi ve ayrıca sıvı içinde düzgün bir şekilde bir
rezonans eğrisi kaydedilebildi, böylece eğrinin merkez frekansına doğru istenmeyen frekans
eğrileri önlendi. Böylece geliştirilen AKM kantilever ile merkez rezonans frekansında termal

olarak titreştirilmiş ve gürültü tabanları 19.24 fm / √Hz, 28 olarak kaydedilmiştir. 43 fm / √Hz

sırasıyla havada ve sıvıda ölçüldü ve atomik ölçekte yüksek çözünürlüklü görüntüler kaydedildi.
Tezin ikinci ve son bölümünde, AFM'yi karakterizasyon için en güçlü araç haline getiren kuvvet
spektroskopisi çalışmaları yapılmıştır. Membran proteinleri/reseptörleri ve onların aynı kökenli
ligandları arasındaki etkileşimler, hücresel yanıtın ve yapısal organizasyonun çoğunu başlatır. Bu
etkileşimlerin tek molekül düzeyinde anlaşılması moleküler biyoloji ve biyofizik çalışmalarında en
önemli zorluklardan biridir. Kuvvet spektroskopisi, uygun fizyolojik koşullarda pikonewton
seviyelerinde reseptör-ligand etkileşimlerini ölçebilen son derece hassas karakterizasyon
tekniğidir. Ancak bu etkileşimleri ölçmek ve AFM ucunu sensör olarak kullanmak, uç, kimyasal
bağlar yardımıyla çeşitli çapraz bağlayıcılarla modifiye edilmelidir. Bu tez kapsamında AFM uç
modifikasyonu yapılmış ve çeşitli yöntemler kullanılarak kalibrasyon testleri gerçekleştirilmiştir.
Şablon olarak streptavidin-biotine spesifik bağlanma çalışmaları olarak doğrulama çalışmaları
kullanıldı. Lizozim baskılı polimer ile lizozim arasındaki bu çalışmalar kaydedilmiştir. Tezin son
aşaması olarak, AFM biyomedikal uygulamalarına bir örnek olarak, substrat ve inkübasyon
günlerine bağlı olarak osteosarkom benzeri hücre elastisitesinin belirlenmesi gerçekleştirilmiştir.
Numunelerin elastik modülü ve sertliği, AFM'nin nano girinti özelliği ile değerlendirilebilir. Bu
özellik ile, Bu çalışma kapsamında Saos - II hücrelerinin mekaniği hakkında nicel bilgiler elde
edilmiş ve hücre mekaniği ve çeşitli parametrelere göre elastisite değişimleri karşılaştırılmıştır.
Sonuç olarak, bu çalışmada kapalı sıvı hücre AKM akustik osilasyon ve optik ışık saçılımı
kullanılarak gürültü etkileri en aza indirilerek geliştirilmiştir. Nanoindentasyonlu tek hücreli
kuvvet spektroskopisi ve hücre elastisite ölçümleri bu sistemin duyarlılığı kullanılarak
tamamlanmıştır. Nano ölçekte tasarlanmış kapalı sıvı hücreli yüksek çözünürlüklü AFM ile
fizyolojik ortamda biyolojik moleküllerin birbirleri arasındaki etkileşimi tespit edebilmek için
AFM'nin temel bilimler ve tıp için kullanılabilir olması sağlanabilir. kapalı sıvı hücre AKM, bu
çalışmada akustik osilasyon ve optik ışık saçılımı kullanılarak gürültü etkileri en aza indirilerek
geliştirilmiştir. Nanoindentasyonlu tek hücre kuvvet spektroskopisi ve hücre elastisite ölçümleri
bu sistemin duyarlılığı kullanılarak tamamlanmıştır. Nano ölçekte tasarlanmış kapalı sıvı hücreli
yüksek çözünürlüklü AFM ile fizyolojik ortamda biyolojik moleküllerin birbirleri arasındaki
etkileşimi tespit edebilmek için AFM'nin temel bilimler ve tıp için kullanılabilir olması
sağlanabilir. kapalı sıvı hücre AKM, bu çalışmada akustik osilasyon ve optik ışık saçılımı
kullanılarak gürültü etkileri en aza indirilerek geliştirilmiştir. Nanoindentasyonlu tek hücreli
kuvvet spektroskopisi ve hücre elastisite ölçümleri bu sistemin duyarlılığı kullanılarak
tamamlanmıştır. Nano ölçekte tasarlanmış kapalı sıvı hücreli yüksek çözünürlüklü AFM ile
fizyolojik ortamda biyolojik moleküllerin birbirleri arasındaki etkileşimi tespit edebilmek için
AFM'nin temel bilimler ve tıp için kullanılabilir olması sağlanabilir.

http://www.openaccess.hacettepe.edu.tr:8080/xmlui/handle/11655/2236