19. Koordinacija regulacije transkripcije gena eukariota.

• Delovanje hormona u regulaciji transkripcije.

Karakteristike delovanje transkripcionih faktora

Za određeno tkivo, razvojni stupanj ili fiziološko stanje formira se specifična kombinacija
regulatornih proteina (transkripcionih faktora – TF), tako da interakcije TF u regulaciji
transkripcije gena određuju karakterističnu strukturu, izgled i funkcije ćelija (slika dole). Ovo
združeno delovanje više TF na ekspresiju nekog gena zovemo KOMBINATORNO
DELOVANJE TF.
Ali, postoje i transkripcioni faktori koji
sami imaju odlučujuću ulogu u kontroli
složenih procesa, jer drže pod kontrolom
grupe gena i time njihove produkte. Tako se
aktivnost cele te grupe gena pod kontrolom
istog TF ispoljava KOORDINISANO i
sinhromo.
Koordinisamo delovanje gena se pokazuje i
u grupi gena u kojoj svaki gen ima svoje vreme
aktivnosti, odnosno kada se geni u jednoj
grupi uključuju i isključuju po određenom
redosledu, što omogućuje njihova
kolinearnost.
 Koordinacija regulacije
transkripcije gena eukariota
Koordinacija genske aktivnosti kod prokariota postignuta je grupisanjem gena u
operon. Svi geni iz operona se trankribuju istovremeno (na jedan isti molekul policistronske
RNK), što je bitno, jer njihovi produkti – proteini (enzimi) učestvuju u istom fiziološkom
(metaboličkom) procesu. Onda jedan spoljašnji (laktoza) ili unutrašnji (triptofan) signal
reguliše transkripciju operona, odnosno od tog signala (induktora ili korepresora) zavisi
da li će se operon (svi geni u njemu) transkribovati ili neće.
Kod eukariota nema operona, jer jedan promotor radi za jedan gen, ali je u složenom
eukaritskom organizmu itekako potrebno u puno razvojnih, fizioloških i stresnih situacija da
cele grupe gena istovremno budu transkribovane, jer njihovi produkti mora da se nađu u
funkciji istovremno - sinhrono.
Kako je moguće obezbediti da tačno određene grupe gena mora da budu aktivne tokom
formiranja specifičnog tkiva i organa i za svaku fazu razvića, prenatalnog i postnatalnog?
Očigledno, potrebno je takođe da jedan signal reguliše aktivnost više gena, ali eukariotski
geni koji treba istovremeno da budu aktivni često su rasuti u genomu, pa su kod euakriota
potrebne druge strategije za koordinisanu i sinhromu aktivnost više gena.
Primera koordinisane regulacije gena u ekariota ima dosta, a među njima su delovanje
hormona na aktivnost gena, koordinisana aktivnost gena toplotnog šoka, aktivnost
homeotičnih gena i dr.
Stevo Najman Regulacija ekspresije gena 2
 Koordinisana aktivnost gena toplotnog šoka
 Geni toplotnog šoka otkriveni su kako se eksprimiraju u odgovoru ćelije na povišenu
temperaturu. Danas je poznato da oni reaguju i na druge stresne uticaje iz sredine, pa se nazivaju još
i geni stresnog odgovora.
 Ekspresija gena izazvana toplotnim šokom (stresom) pomaže u ograničavanju štetnih posledica
uzrokovanih stresom i na taj način olakšavaju oporavak ćelije, zato što su rezultat ekspresije ovih
gena produkti - proteini toplotnog šoka (HSP) (eng. Heat shock proteins) koji minimiziraju
ćelijsko oštećenje nastalo zbog denaturacije važnih proteina na različitim mestima u ćeliji.

 Mnogi HSP imaju funkcije čaperona,

proteina koji stabilizuju nove proteine,
pomažući njihovo prostorno oblikovanje i
tako obezbeđuju uspostavljanje korektne
strukture proteina oštećenih stresom.
 HSP su nazvani prema njihovoj
molekulskoj masi. Na primer, najpoznatiji
Hsp60, Hsp70 i Hsp90 su HSP familije
proteina sa MM oko 60, 70 i 90 kilodaltona.
 HSP je i protein ubikvitin, koji označava
proteine ​koji treba da se razgrađuju.
 HSP se nalaze u gotovo svim vrstama živih
organizmima, od bakterija do ljudi.
Stevo Najman Regulacija ekspresije gena 3
 Koordinisana aktivnost gena toplotnog šoka
 Kako će grupa HSP gena »znati« da treba da reaguju i da se
pojačano transkibuju da bi spasili ćeliju? Tako što ih uključuje
jedan regulator, faktor toplotnog šoka (HSF), koji je
transkripcioni aktivator gena toplotnog šoka, odnosno njihov
transkripcioni faktor (TF). Zato HSP geni moraju da imaju tip
kontrolnog elementa HSE (eng. Heat Shock Elemente) koji
služi za navođenje i specifično vezivanje svog aktivatora, HSF.
(slika desno gore)

 U stresu se odvija niz događaja na sledeći način:

 U normalnom stanju, bez stresa, HSF je inhibiran
vezivanjem s proteinima toplotnog šoka i zato nije
aktivan. (vidi slike)
 Visoka temperatura, odnosno stres, mogu uzrokovati da se
proteini u ćeliji denaturišu i pogrešno sklapaju. Proteini
toplotnog šoka (HSP) se vežu za strukturno izmenjene
proteine ​i odvajaju se od HSF. (vidi slike) Tako se indukuje
aktivacija HSF, koji se translocira u jedro gde funkcioniše
kao specifični transkrpcioni faktor, aktivator transkripcije
gena za HSP, vezujući se za reagujuće elemente HSE
(elementi toplotnog šoka), koje poseduju geni toplotnog
šoka (geni za HSP). (vidi slike)
4
 Koordinisana aktivnost gena toplotnog šoka

 Zašto su HSP geni primer koordinisanog delovanja gena?

 Cela grupa gena toplotnog šoka će se transkribovati u isto vreme (sinhrono), jer imaju
isti tip regulatornih sekvenci - reagujućih elemenata HSE koje će vezati inducibilni
transkripcioni faktor HSF koji aktivira njihovu transkripciju, u vreme delovanja stresa.
 Koordinisana aktivnost gena
pod kontrolom homeotičnih gena
 Delovanje homeotičnih gena je posebno dobar primer obrasca kako se ostvaruje
koordinisana aktivnost gena. Homeotični geni ili homeoboks (eng. homeobox) geni su
master ili glavni kontrolni geni, jer kodiraju transkripcione faktore (TF). Ti TF su
proteini sa homeodomenima, koji su DNK vezujući domeni građeni od 60-tak
aminokiselina (uglavnom baznih). Master gen znači da njegov proteinski proizvod može
regulisati, odnosno kontrolisati ekspresiju mnogih ciljnih gena.

homeodomen
 Koordinisana aktivnost gena pod kontrolom homeotičnih gena

 Homeotični geni preko svojih produkata, TF, koji regulišu cele grupe gena (tako i
ekspresiju njima kontrolisanih proteina) (vidi sliku) učestvuju u kontroli morfogeneze, tj.
morfoloških obrazaca razvića životinja, biljaka, gljiva i jednoćelijskih eukariota.
 U višećelijskim organizmima iniciraju kaskadnu aktivnost gena potrebnih za ćelijsku
diferencijaciju i razviće i obnavljanje tkiva i organa, a u slučaju mutacija mogu biti
odgovorni za poremećaje u razviću i kancerogenezu.

7
 Koordinisana aktivnost gena pod kontrolom homeotičnih gena

 Homeotični geni deluju na

mnogim nivoima u hijerarhiji
gena. Oni su u vrhu genske
hijerarhije odakle regulišu veliku
mrežu gena (vidi sliku), tako što su
ispod njih submaster geni, a i
dalje u nivou ispod mogu još
postojati »niži« master geni, da bi
na dnu takve hijerarhije, na
"izvršnom" nivou bili geni sa
proizvodima koji su direktni
izvršioci funkcija, odnosno
efektorni proteini. Ali, homeotični
geni takođe i direktno regulišu
realizatorske (izvršne) ili
efektorske gene čiji proizvodi
konačno učestvuju u formiranju
tkiva, telesnih struktura i organa
tokom razvića organizma.
 U ljudskom genomu se nalazi
preko 200 homeotičnih gena.
8
 Koordinisana aktivnost gena pod kontrolom homeotičnih gena

 Homeoboks je specifična sekvenca DNK koja se

nalazi u homeotičnim genima, koja se sastoji od oko
180 baznih parova i kodira homeodomen TF od
pomenutih 60-tak aminokiselina.
 Homeoboks (homeotični) gene odlikuje visoka
konzervativnost strukture i funkcije, što takođe
ukazuje na njihov veliki biološki značaj.

 Hox geni su podgrupa homeoboks gena (iako je

Hox skraćenica od Homeobox), koji određuju plan
razvića telesnih osa embriona, a javljaju se samo kod
bilateralnih životinja (kičmenjaka i dela
beskičemenjaka, kao što je vinska mužica).
 U genomu čoveka se nalazi 39 HOX gena
grupisanih u četiri klastera (grupe) (HOXA, HOXB,
HOXC i HOXD), koje se nalaze na različitim
hromozomima (7, 17, 12, 2).

Stevo Najman Regulacija ekspresije gena 9

 Koordinisana aktivnost gena pod kontrolom homeotičnih gena

 Jasno je da u procesima razvića mora

postojati precizna koordinisanost.
Koordinisanost i sinhronost procesa razvića
upravo obezbeđuju homeotični geni odgovorni
za kontrolu morfogeneze i ćelijske
diferencijacije. Kako?
 Transkripcioni faktori iz grupe
homeodomen proteina su uglavnom
aktivatori i za svoju aktivnost potrebno je da
pronađu specifičan enhenser (RE), a takvi
kontrolni elementi se nalaze u stotinama gena
čiji proizvodi učestvuju u morfogenetskim
procesima. Tako će svi ti geni sa ovim  Fina regulacija se postiže i time što isti Hox
specifičnim enhenserima da se aktiviraju protein može delovati kao aktivator na jednom
pomoću istog homeodomen ili Hox TF (tj. genu, a kao represor na drugom. Takođe,
koordinisano) u isto vreme (tj. sinhrono). precizna kontrola se postiže na taj način što Hox
TF često za svoje delovanje zahtevaju kofaktore,
koji povećavaju njihovu specifičnost.
 Kod kičmenjaka homeotični geni koordiniraju
takođe proizvodnju histona i antitela, što govori
o njihovoj fundamentalnoj ulozi u funkcionisanju
organizma kroz ceo život, a ne samo tokom
razvića.
 Delovanje hormona u regulaciji transkripcije

 Razni ekstraćelijski regulatorni signali svoju funkciju ostvaruju delujući na gensku

aktivnost. Ipak, oni ne mogu da deluju na gene ili transkripcionu mašineriju direktno, već
to delovanje mogu da ostvare samo indirektno, delujući na TF, a onda TF deluju na
transkripciju gena.

 Većina signala deluje na

regulatorne proteine transkripcije
posredno, preko puteva
intracelularne transdukcije
signala.
 Ređe postoji direktan kontakt
spoljašnjeg signala sa regulatornim
proteinima transkripcije, što je u
slučaju kada ovi signali imaju
sposobnost da prolaze kroz ćelijsku
membranu (steroidni hormoni,
lipofilni i mali molekuli).

Stevo Najman Regulacija ekspresije gena 11

 Delovanje steroidnih hormona

 Steroidni hormoni (polni

hormoni i hormoni kore
nadbubrežne žlezde, kao kortizol),
ali i tiroidni, kao i vitamini D i
retinočina kiselina mogu da
prolaze kroz plazminu
membranu i zato su njihovi
receptori intracelularni
(citoplazmatski ili nuklearni). U
ćeliji se nalazi inaktivni receptor
koji se posle vezivanja steroidnog
hormona, koji je ligand,
konvertuje u aktivnu formu. Ovi
receptori pripadaju kategoriji
inducibilnih transkripcionih
faktora, koji se aktiviraju
ligandom. Oni poseduju DNK
vezujući domen sa motivom
cinkanih prsta.
Stevo Najman Regulacija ekspresije gena 12
 Delovanje steroidnih hormona

 Aktivirani receptor kao hormon-receptorski kompleks iz citoplazme ulazi u jedro i

funkcioniše kao transkripcioni faktor. On se veže za specifične regulatorne sekvence koji
pripadaju tipu steroid–reagujućih elemenata i imaju funkciju pojačivača, jer stimulišu
transkripciju određenih grupa gena.
 Steroidni (tiroidni i dr.) hormon nošen krvlju stimuliše gene sa odgovarajućim RE u svim
tkivima koja u ćelijama poseduju odgovarajući steroidni receptor i sve te ćelije će
istovremeno imati steroid (tiroid i dr.)-zavisnu aktivnost gena. Tako se postiže
koordinisana aktivnost gena čiji će produkti onda formirati određeno fiziološko stanje ćelija i
organizma.

13
Stevo Najman
 Delovanje peptidnih hormona
 Peptidni hormoni, kao i ostali
peptidni faktori (npr. faktori rasta) koji
se vezuju za membranske receptore
aktiviraju gene preko prenosilaca
signala (sekundarnih glasnika) u kojima
je poslednji prenosilac kinaza koja
fosforiliše i tako aktivira specifične TF.
 Postoje dva osnovna načina brzog
prenosa signala kroz ćeliju do gena
pomoću kinaza (kinaze su enzimi koji foforilišu
molekule i tako ih aktiviraju). Protein kinaza
(fosforiliše i aktivira proteine) može da se
aktivira u citoplazmi, a zatim
translocira u jedro gde aktivira
specifičan transkripcioni faktor ili
inaktivan transkripcioni faktor može
biti deponovan u citoplazmi, gde ga
aktivira specifična kinaza, posle čega
se on premesti u jedro i aktivira
odgovarajuće gene.
14
Stevo Najman Regulacija ekspresije gena
 Delovanje peptidnih hormona

 Jedan način aktivacije specifičnih

TF posle ekstracelularnog delovanja
hormona uključuje cAMP (ciklični
adenozin monofosfat) kao
sekundarni glasnik. Tako svoje
delovanje ostvaruje većina hormona
peptidne prirode. Kada se hormon
kao spoljašnji signal veže za
receptor, aktivira se G protein
(GTP-vezujući protein), koji onda
aktivira adenilat ciklazu. To je
membranski enzim, koji iz ATP-a
(adenozin trifosfat) pravi cAMP.

U citoplazmi regulatorne subjedinice (R, na slici) protein kinaze A vežu cAMP, pri čemu
se oslobađaju njene katalitičke subjedinice (C, na slici), koje se zatim sele u jedro i
aktiviraju specifačan TF. Ovaj TF vezivanjem za tzv. cAMP-reagujuće elemente (skraćeno
CRE) aktivira sve gene koji su pod njihovom kontrolom, pa tako hormon kao
ekstracelularni signal izazove sinhromu, tj. koordinisanu aktivnost cele grupe gena.
Regulacija ekspresije gena 15
Stevo Najman
 Delovanje peptidnih hormona

 Drugi način delovanja peptidnih

signala na transkripciju gena je preko
protein kinaze C. Na ovaj način deluju
peptidni faktori čiji receptor ima tirozin
kinaznu aktivnost, kao što je u slučaju
faktora rasta.
Tirozin kinaze su grupa protein
kinaza koje fosforilišu proteine na
aminokiselini tirozin. Tirozin kinaznom
aktivnošću receptora se aktivira enzim
fosfolipaza C (PLC) koja iz membrane
(preciznije iz fosfatidilinozitol 4,5 bisfosfata)
izdvaja diacilglicerol (DAG). Ovaj sekundarni
glasnik je aktivator protein kinaze C (PKC),
koja fosforiliše TF koji se inaktivan nalazi u
citoplazmi. Tako se npr. aktivira transkripcioni
faktor NF-B, važan za regulaciju imunskog
odgovora u sisara. Fosforilisani TF se seli u
jedro gde se veže na specifične reagujuće
elemente cele grupe gena i tako stimuliše
njihovu transkripciju. Na ovaj način NF-B
koordinira procese imunskog odgovora.
16
Stevo Najman
 Kolinearna aktivacija gena

 Kolinearna aktivacija gena je takođe

jedan tip koordinisane aktivnosti gena.
To znači da se geni iz jedne grupe
aktiviraju po redosledu kako su
locirani na hromozomu.
 Kolinearna aktivacija je od presudne
važnosti za kontrolu vrlo složenih
procesa i višefaznih procesa u kojima
je neophodno da se delovi procesa i faze
izvode tačno određenim redosledom.

 Po pravilu kolinearni geni čine familiju ili podfamiliju gena grupisanih u klastere u
kojima imaju precizan redosled. Primeri za kolinearnu aktivaciju su Hox geni, globinski
geni, imunoglobulinski i dr.

Regulacija ekspresije gena 17

Stevo Najman
 Kolinearna aktivacija gena

 Hox geni u jednom klasteru se aktiviraju redosledom kako su raspoređeni na

hromozomu. To obezbeđuje da Hox proteini, kao transkripcioni faktori, preko kontrole
transkripcije drugih gena, po istom redosledu upravljaju diferencijacijom telesnih
regiona, a to je redom od glavenog do repnog dela tela.

 Prvi gen HOX klastera (grupe) na hromozomu eksprimira se prvi i to na prednjem

delu (glavenom) organizma u razviću i upravljaće morfogenetskim procesima glavenog
regiona, a onda dalje redom se aktivira drugi gen, pa treći i tako redom do kraja klastera i
kraja repnog regiona.

Stevo Najman Regulacija ekspresije gena 18