Professional Documents
Culture Documents
Gaia (Proteinak)
Gaia (Proteinak)
Peptidoak
Bi eta ehun aminoazido bitarteko kate labur batzuk dira eta aldi berean beste bi
taldeetan bereizten da, oligopeptidoak eta polipeptidoak.
Oligopeptidoak
Bi eta hamar aminoazido bitarteko peptidoak dira eta izendatzen da aminoazido
kopuruaren arabera (dipeptido, tripeptido…).
Honen adibide nagusia, oxitozina da.
Polipeptidoak
Hamar eta ehun aminoazido bitarteko peptidoak dira, eta honen adibide ezagunena
intsulina da, A eta B motakoak bereizten dira, 21 eta 30 aminoazidoz osatuta,
hurrenez hurren, hau da, A motatakoa 21 aminoazido ditu eta B motatako 30
aminoazido ditu.
Proteinak
Ehun aminoazido gorako kate luze batzuk dira, eta bi taldeetan bereizten dira,
homoproteinak eta heteroproteinak.
Homoproteinak
Proteina sinple ere deitzen zaie eta aminoazidoz osatuta egotea da haien
ezaugarria. Hauen adibide ezagunenak, kolagenoa, keratinak eta histonak dira.
Heteroproteinak
Proteina konjugatu ere esaten zaie eta osatuta dago, zati proteiko betez,
apoproteina (aminoazidoz osatuta) eta beste zati ez-proteiko batez (talde
prostetikoa). Honen adibideak, hemoglobuna, glukoproteinak eta lipoproteinak dira.
Aminoazidoak
Aminoazidoak, proteinak eratzen dituzten unitateak edo monomeroak dira.
Aminoazido guztiek formula orokor bera dute: karbono bat, hau da, α karbonoa,
amino talde bati (-NH2) eta karboxiliko talde bati (-COOH) kobalente bati lututa dago.
Polarrak: Hauen R erradikala urarekiko afinitatea duten funtzio taldeak dituen kate
hidrokarbonatu bat da.
Neutroak:
Basikoak: Azidoak:
Aminoazidoen propietate fisikoak
Hauek dira aminoazidoen propietate fisikoak:
● Solidoak, kristalinoak eta koloregabeak dira.
● Zapore gozoa dute bakarrik
● Uretan disolbagarriak dira, α karbonoaren amino taldearen eta karboxilo
taldearen ondorioz.
● Isomeria espazioa edo esteroisomeria dute.
● Isomeria optikoa dute
Lotura peptidikoa
Aminoazidoak lotura peptidikoen bidez lotzen dira. Aminoazido baten α-kaboxilo
taldearen eta beste aminoazido baten α-amino taldearen artean ezartzen den amida
lotura bat da. Ur molekula bat askatzen da erreakzioan eta dipeptido bat da haren
emaitza.
Egitura primarioa
Kate batean dauden aminoazidoen sekuentzia
lineal zehatza da. Beste egitura mailak eta
proteinaren funtzioa horren menpe daude eta
genetikoki zehaztuta dago eta lotura peptidikoei
eskar eusten da, baina hidrolisi azido eta hidrolisi
entzimatikoz apurtu daitezke egitura hauek.
Egitura sekundarioa
Kate polipeptidiko batek ardatz baten inguruan hartzen duten antolaketa espaziala
da aminoazidoen R erradikalek baldintzatuta. Zuntz proteinetan egitura maila
altuena da. Hiru mota desberdinetan bereizten dira: α-helizea, β-orria eta kolageno
helizea.
α-helizea
Katea bere buruaren inguruan kirtibildu egiten da, espiral destrogiro bat osatuz. Bira
bakoitzean 3,6 aminoazido daude. Hidrogeno zubiak elkarren ondoan ez dauden
aminoazidoen artean gertatzen dira. R erradikalak eta H atomoak helizearen
kanpoalderan kokatuta aurkitzen dira. Honen adibidea α-keratina da.
β-orria
Kate polipeptidiko segi-sagan daudenak dira. Kate bat
baino gehiago daude paraleloki. Hidrogeno zubiak kate
desberdineko aminoazidoen artean eratzen dira.
α
C -ak tolesturen ertzetan egiten da. Lotura peptidikoak
ertzen harteko planoetan daude eta R erradikalak
kanporantz begiratzn dute. Honen adibidea β-keratina da.
Kolagenozko helizea
Gly,Pro eta hidroxiPro ugari ditu, eluze lenogieo itsura du eta bira bakoitzen 3
aminoazido daude, eta horrez gain hiru helize bata bestearekin korapilatuta daude.
Honen adibide ezagun bat Kolagenoa da.
Egitura tertziarioak
Egitura sekundarioa espazioan tolestuz eta
birtolestuz eratzen da. Esate baterako, proteina
globularrek dute egitura hau. Hainat lotura mota
dute honen barnean: Difusio loturak, Hidrogeno
zubiak, Van der Waals indarrak, interakzio
hidrofobikoak eta gatz zubiak.
Domeinu estrukturala, proteinaren garrantzia duen
eremua da.
Egitura kuatrenarioa
Egitura tertziarioa duten kate polipeptidiko batzuk espazioan espazioan elkarrekiko
hartzen duten oredenamendua da.
Proteina oligomerikoak deitzen zaie eta osatzen duten kate bakoitzari protomero
deritze naiz eta berdinak edo desberdinak eta kopuru bikoitia dira normalean.
Egitura tertziarioen lotura berdinak dituzte.
Proteinen propietateak
Proteinek zenbait propietate fisiko eta kimiko eta kimiko dituzte, beren egitura
molekularraren ondoriozkoak.
Espezifikotasuna
Proteina baten funtzioa haren aminoazido sekuentziaren araberakoa da; eta
sekuentzia hori, erta berean, jatorrizko konformazioaren araberakoa. Hortaz,
espezifikotasun aminoazido sekuentziaren araberakoa da; espezie espezifikotasuna
edo funtzio espezifikotasuna izan daiteke
Espezie espezifikotasuna
Espezie bakoitzak bere proteinak ditu; porteina horiek beste espezie batzuen
proteina baliokideetatik aminoazido sekuentzian bereizten dira. Espezie desberdinen
funtzio bera duten antzeko proteinei proteina homologo esaten zaie.
Funtzio espezifikotasuna
Proteina bakoitza funtzio batean esoezializatuta daude. Esate baterako
α-glukosidasak ezin dezake β-glukosidasaren funtzioak egin naiz eta egiturari
dagokionez oso antzekoak izan.
Disolbagarritasuna
Faktore askoren mende dago proteinen disolbagarritasuna: haien forma, inguruneko
pH-a, gatz kontzentrazioa.
Ahalmen erreduzitzailea
Proteinek, haiek osatzen dituzten aminoazidoak bezala, anfoteroak dira. Horri esker,
inguruneko pH aldaketak neutraliza ditzakete, azido gisa edo base gisa jardunda.
Desnaturalizazioa
Proteina bat jatorrizko konformazioa galtzen duenean gertatzen da, beraz, proteinak,
haren funtzioa betetzeko gaitasuna galtzen du eta lotura peptidikoak ezik, beste
lotura guztiak puskatzen dira.
Honen eragileak, tenperatura altuak, pHaren aldaketa eta substantzia batzuk
inguruan dira.
Eta bi mota daude, desnaturalizazio itzulezina eta desnaturalizazio itzulgarria.
Desnaturalizazio itzulezina: Proteinak, desnaturalizatu ondoren, ezin dutenean
jatorrizko konformazioa berreskuratu, beraz, ezin du bere funtzionaltasuna
berreskuratu. Honen adibidea arrautza egostean gertatzen da.
Desnaturalizazio itzulgarria: Proteinak bere jatorrizko konformazioa eta bere
funtzionaltasuna berreskuratzen ditu, hasierako kondizio fisiologikoak berrezartzen
direnean birnaturalizazioaren bidez. Honen adibidea, ilea kizkurtu edo lehuntzen
dugunean gertatzen da.
Proteina motak
Proteinak homoproteinak eta heteroproteinak izan daitezke.
Homoproteinak
Aminoazidoak bakarrik dituzte eta beren maila estrukturalaren arabera sailaktzen
dira, bi taldetan: zuntzezko proteinak edo eskleroproteinak eta proteina globularrak
edo esferoproteinak
Zuntzeko proteinak edo eskleroproteinak
● Egitura sekundarioa bakrrik dute.
● Harizpi formakoak dira.
● Oso erresistenteak dira, eta uretan disolbaezinak dira.
● Funtzio estrukturalak dituzte.
Entzimak
Katalisi prozesuaren bidez, erreakzio kimikoak bizkortu egiten dira, eta
katalizatzaileak esku hartzen du.
Zinetika entzimatikoa
Entzimek katalizatutako erreakzio baten abiadurak (v) adierazten du denbora unitate
bakoitzeko zenbat substratu molekula bilakatzen diren produktu.
Entzima kontzentrazio jakin baterako, erreakzio abiadura handitu egiten da
substratu kontzentrazioa [S] handitu ahala eta balio maximo batera jotzen du, hau
da, erreakzio abiadura maximo batera (vmax); abiadura horrek entzimak substratu
bakoitzeko duen asetasun egoera adierazten du. Entzima gehiago gehituta bakarrik
handitu daiteke abiadura maximo hori.
Entzima bakoitzak bere substratuarekiko duen afinitatea Michaelis-Menten (Km)
konstantearen bidez neurtzen da; abiadura maximoaren erdia lortzeko behar den
substratu kontzentrazioa adierazten du konstante horrek. Zenbat eta txikiagoa izan
Km, handiagoa da entzimak bere substratuarekiko duen afinitatea.
Jarduera entzimatikoari eragiten dioten faktoreak
Inhibitzaile lehiakorrak
Modu ez-kobalentean lotzen zaizkio entzimaren zentro aktiboari, substratuarekin
antzekotasun kimikoa dutelako. Haien eraginak desagertu egiten dira substratuaren
kontzentrazioa handitzen denean.
Inhibitzaile ez-lehiakorrak
Ez-kobalenteki lotzen zaizkio E-S konplexuari eta produktuak eratzea galarazten
dute. Inhibizio mota honi ez dio eragiten substratu kontzentrazioak, inhibitzailea
elkartutakoan entzima erabilezin bihurtzen baita.
Entzimen ezaugarriak
4 ezaugarri dituzte
Espezifikotasuna
Entzimak espezifikoak dira, hau da, entzima bakoitzak substratu jakin bati edo
kimikoki erlazionatutako substratuen talde bati eragiten dio.
Erregulazioa
Jarduera entzimatikoaren aktibazio-desaktibazio mekanismoen bidez gertatzen da
bidezidor metabolikoen erregulazioa.
Eraginkortasuna
Entzimak oso eraginkorrak dira. Entzimek katalizatzen dituztten erreakzioak
entzimarik gabeko erreakzio baliokideak 108-1010 aldiz, batez beste, azkarrago
gertatzen dira.
Errendimendua
Entzimek %100eko errendimendua dituzte. Erreakzio kimiko mota bakar bat
katalizatzen dute eta ez da albo erreakziorik, ez azpiprodukturik sortu.
Kofaktoreak
Pisu molekular txikiko ioi edo molekula ez-proteinikoak dira eta beharrezkoak dira
entzima konjugatuen funtzionamendurako, holoentzimaren jarduera kimikoaren
erantzule zuzenak baitira askotan. Era berean, kofaktore ez-organikoak eta
kofaktore organikoak bereizten dira.
Kofaktore organikoak
Ioi metalikoak izaten dira; adibidez, Fe2+, Mg2+ eta Zn2+.
Kofaktore ez-organikoak
Izaera organikoa dute eta bi motatakoak izan daitezke, apoentzimarekin duten
interakzioaren arabera:
● Koentzimak. Apoentzimari lotura ahul ez-kobalenteez lotutako kofaktore
ez-organiko batzuk dira. Halakoak dira NAD+-a, FADa eta A koentzima.
● Talde prostetikoak. Apoentzimari lotura kobalenteen bidez lotutako
kofaktore organiko batzuk dira. Hemo taldea da horien adibide.
Bitaminak
Bitamina hidrodisolbagarriek koentzima gisa edo koentzimen aitzindari gisa jokatzen
dute, eta ezinbestekoak dira metabolismo zelularrak behar bezala funtziona dezan.
Hidrodisolbagarriak Lipodisolbagarriak
4. Aminoazidoak:
a) (0,75 puntu) Aminoazido baten egitura marraztu, eta zer egitura duen
adierazi talde funtzional bereizgarrienak.
b) (0,5 puntu). Proteinetan zenbat aminoazido agertzen diren adierazten du
eta ezagutzen dituzunen izenak aipatzen ditu. Zer dira aminoazido
esentzialak?
c) (0,75 puntu) Kimikoki bi aminoazido elkartzen direnean, zein molekulari
lotzen zaizkio? sortzen dute, eta zer lotura-mota eratzen da? Zer propietate
ditu lotura horrek? Nola deitzen zaie ehunka aminoazidoz osatutako
makromolekulei?
5. Aminoazidoak eta proteinak:
a) (0,5 puntu) Marraztu aminoazido baten egitura orokorra. Adierazi zein talde
funtzionalak dira aminoazido guztiak.
b) (0,5 puntu) Zein izen du aminoazidoen arteko loturak? Zer lotura honen
ezaugarriak?
c) (1 puntu) Zer dira egitura tertziario eta kuaternario deritzenak? proteina?
Zeren mende daude egitura horiek?
8. Biokatalizatzaileak:
a) (0,5 puntu) Zer den entzima eta nola eragiten dion entzima horren
presentziak erreakzio biokimikoak.
b) (0,5 puntu) Substratuaren eta erreakzioaren “espezifikotasuna” dela
adierazten du entzima bat. Nola eragiten diote jarduera entzimatikoari pHak
eta tenperaturak? Arraza zure erantzunak.
c) (1 puntu) Adierazi zer den inhibitzaile entzimatikoa, eta aipatu motak
inhibitzaileak. Arrazoitu zure erantzunak.
11. Aminoazidoak
a) (0,5 puntu) Marraztu aminoazido baten egitura eta adierazi zein diren haren
taldeak funtzionalik bereizgarrienak.
b) (0,5 puntu) Proteinetan zenbat aminoazido dauden adierazten du, eta
ezagutzen dituzunen izenak aipatzen ditu. Zer dira aminoazido esentzialak?
Gizakientzat funtsezkoa den aminoazidoren baten izena adierazten du.
c) (0,5 puntu) Kimikoki bi aminoazido elkartzen direnean, zer molekulari
ematen diote non eta zer lotura-mota sortzen da? Zer propietate ditu lotura
horrek?
d) (0,5 puntu) Nola dute izena ehunka makromolekulek aminoazidoak eta zer
funtzio dituzte?
13. Proteinak:
a) (1 puntu) Nola deitzen zaie elkarri lotzen zaizkion molekulei? proteinak
osatzea? Zein ezaugarri komun dituzte unitate horiek?
b) (1 puntu) Proteinek betetzen dituzten funtzio motak. Jarri adibide bat
horietako bakoitza.