Seminari 3

Seminaris Biologia Molecular
de Sistemes
Grau de Biotecnologia
Grau de Bioquímica
Doble Grau Biotec-Bioquímica
Doble Grau Enginyeria Informàtica-Biotec
Curs 2020-2021
Núria Canela
nuria.canela@urv.cat
Centre for Omic Sciences (COS) - Reus
Seminari 3:
Anàlisi estadístic dels resultats
1. ANÀLISI DE L’EXPRESSIÓ GÈNICA D’UN SISTEMA BIOLÒGIC
Pas 1. ESCOLLIR UN SISTEMA BIOLÒGIC A ESTUDIAR EN UN CONTEXT DETERMINAT

(PATOLOGIA)
Seminari 2
1. Selecció d’una ruta metabòlica (Pex: lipogènesis)

2. Selecció d’un sistema biològic on estudiar la ruta metabòlica
Pex: lipogènesis hepàtica en NAFLD
3. Búsqueda a PubMed Biosystems Via metabòlica Identificació dels gens
implicats i esquema de la via
Pas 2. OBTENIR DADES D’EXPRESSIÓ GÈNICA REALS D’UN EXPERIMENT
1. Búsqueda a GEODataSets de la ruta metabòlica (pex. lipogènesis) i escollir
un DataSet (experiment o conjunt de dades).
2. Obtenció de l’expressió gènica de la teva selecció de gens en aquest sistema
biològic.
Seminari 3/4
Pas 3. ANÀLISIS ESTADÍSTIC DE LES DADES (amb PSPP)

Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA o T test)
3
PAS 3. ANÀLISI ESTADÍSTIC DELS RESULTATS
3.1. Crear arxiu a PSPP
3.2. Comparació de mitjanes entre grups experimentals

(ANOVA o T test)
4
PAS 3. ANÀLISI ESTADÍSTIC DELS RESULTATS. PSPP
Entre el software libre disponible en la actualidad para el análisis de datos, destaca el

programa R (www.r-project.org). Otro producto de software, distribuido bajo la misma
licencia GNU GPL, es el programa PSPP
https://www.gnu.org/software/pspp/
https://virtlabs.urv.cat/
3.1 Crear una matriz de datos

a) Editor de Datos
b) La barra de menús
c) Definir variables
d) Introducir datos
e) Guardar archivos de datos
3.2 Ejercicios. Análisis bivariado

a) Análisis bivariado de una variable cuantitativa y una cualitativa: Prueba t Student
b) Análisis bivariado de una variable cuantitativa y una cualitativa: ANOVA
5
Gestión de datos
Opción 1: escribir los datos directamente,

usando para ello la ventana de Datos,
única opción cuando se trata la primera
disposición de los datos en formato digital
(vaciado de una encuesta a un software).
Opción 2: Para datos ya digitados en

algún otro formato, es la importación de
aquel formato externo al formato usado
por PSPP. Esta opción es útil cuando, por
ejemplo, se tienen datos disponibles en
formatos como Excel, ASCII, SPSS, etc.
6
Gestión de datos
7
Gestión de datos
Desde PSPP se selecciona > Archivo > Importar datos
8
Gestión de datos
Seleccionar > Tabuladores
9
Gestión de datos
Nos indica: “Seleccionar la primera línea del archivo que contiene datos”
Cuidado con que la primera fila normalmente tiene los nombres de las variables, y se debe seleccionar la
segunda
Verificar al final de la página “La línea por encima de la seleccionada contiene los nombres de las variables”
10
Gestión de datos
Verificar Variables y Datos. Manualmente se pueden añadir, eliminar casos y variables
11
Gestión de datos
Verificar Variables y Datos. Manualmente se pueden añadir, eliminar casos y variables
Codificar adecuadamente a las Variables:
Tipo: Cadena (nombre), Coma (número)

Medida: Nominal (nombre), Escala (número)
12
PAS 3. ANÀLISI ESTADÍSTIC DELS RESULTATS PSPP
3.2 Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA o T test)
Análisis bivariado de una variable cuantitativa y una cualitativa:
Prueba t Student Las pruebas estadísticas más aplicadas para

estos fines son la t Student, para el caso de dos grupos de
comparación (muestras independientes y muestras relacionadas)
ANOVA, para tres o más grupos de comparación.
13
14
Se abre el archivo de datos y, una vez en

la Vista de Datos, se selecciona Menú
Analizar. Incluye un conjunto de
comandos relacionados con el análisis
estadístico. De estos, los que se emplean
con más frecuencia, son: Estadística
descriptiva (Frecuencias, Descriptivos,
Explorar, Tablas Cruzadas), Comparar
medias (Prueba T, ANOVA),
Correlaciones (Bivariadas) y Regresión
(Lineales).
Seleccionar > Comparar medias > Prueba

t para muestras independientes.
15
3.2 T test
En el cuadro de diálogo que se despliega, el recuadro de la izquierda contiene la
lista de variables, con tres tipos de símbolos:
1. Escala, para variables cuantitativas continuas.

2. Tres círculos, para variables cualitativas nominales.
3. Tres barras para variables cualitativas ordinales.
A la derecha, se observan dos recuadros en blanco, con los nombres Variable(s) de

Contraste y Variable de agrupación.
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3.2 T test
A la derecha, se observan dos recuadros en blanco, con los nombres Variable(s) de

Contraste y Variable de agrupación.
En el recuadro de la izquierda, se selecciona la variable cuantitativa, dependiente

(símbolo de escala) y se hace clic en la flecha correspondiente para pasarla al recuadro
Variable(s) de Contraste.
Ahora se selecciona la variable cualitativa independiente (símbolo de círculos o barras),

de la que deben conocerse los números asignados, y se hace clic en la flecha
correspondiente para pasarla al recuadro Variable de agrupación.
Debajo de esta opción, se hace clic en el botón Definir grupos; y aparece el cuadro de
diálogo correspondiente, en que se indican las categorías de la variable que van a
determinar los dos grupos a comparar.
Después de marcar las selecciones, se hace clic en Continuar y luego en Aceptar en

el cuadro de diálogo Prueba T para muestras independientes.
17
3.2 Resultats del T test
A continuación, en el Visor de resultados se puede ver las Estadísticas de

grupo y el resultado de la prueba t para muestras independientes.
18
3.1. Comparació de mitjanes entre 2 grups experimentals (T test)
3.2 Resultats del T test La hipótesis que se contrasta alude a si la

diferencia entre ambos grupos es real o se debe
al azar: ¿existe una diferencia estadísticamente
significativa entre los valores 19,83 y 19,20?
La respuesta se obtiene en el segundo cuadro, en que se observan dos línias con

el resultado de la prueba t para la igualdad de las medias. Se observa que entre los
valores de ambos renglones existen diferencias mínimas.
¿Cuál de los dos renglones presenta la respuesta? Para elegir ese renglón se debe
revisar la significación de la prueba de Levene para igualdad de varianzas.
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20
3.2 Resultats del T test La hipótesis que se contrasta alude a si la

diferencia entre ambos grupos es real o se debe
al azar: ¿existe una diferencia estadísticamente
significativa entre los valores 19,83 y 19,20?
La respuesta se obtiene en el segundo cuadro, en que se observan dos línias con

el resultado de la prueba t para la igualdad de las medias. Se observa que entre los
valores de ambos renglones existen diferencias mínimas.
¿Cuál de los dos renglones presenta la respuesta? Para elegir ese renglón se debe
revisar la significación de la prueba de Levene para igualdad de varianzas. En este
caso la prueba es significativa (p = 0.59), lo que indica que las varianzas son
21
iguales. Por tanto, se da lectura a los resultados del primer renglón.
3.2 Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA)
Se abre el archivo de datos y, una vez en

la Vista de Datos, se selecciona Menú
Analizar. Incluye un conjunto de
comandos relacionados con el análisis
estadístico. De estos, los que se emplean
con más frecuencia, son: Estadística
descriptiva (Frecuencias, Descriptivos,
Explorar, Tablas Cruzadas), Comparar
medias (Prueba T, ANOVA),
Correlaciones (Bivariadas) y Regresión
(Lineales).
Seleccionar > Comparar medias >

ANOVA de un factor
22
23

Anàlisis comparatiu grup a grup > PostHoc TUKEY
24

Anàlisis comparatiu grup a grup > PostHoc TUKEY
https://www.youtube.com/watch?v=1h6amQxlkVw 25
3.2 Resultats ANOVA

A continuación, en el Visor de resultados se puede ver los descriptivos para la variable
dependiente seleccionada, la Prueba de Homogeneidad de varianzas y el resultado de la
prueba de ANOVA.
La prueba de homogeneidad de varianzas,

el estadístico de Levene p > 0,05 (p = 0.18,
no es estadísticamente significativo), lo
que indica que se acepta la hipótesis de
igualdad de varianzas.
La prueba de ANOVA indica que no es estadísticamente significativa (p = 0.96); es decir,

que todos los grupos son iguales. Si el valor de p hubiera sido < 0,05, podríamos concluido
que al menos un grupo es diferente a los demás, aunque no se indicara cuál. 26
3.2 Resultats ANOVA - PostHoc TUKEY
27
Como se muestran los resultados obtenidos?
Algunos ejemplos:
COMPARACIÓN DE MEDIAS (Tabla)
28
Algunos ejemplos:
COMPARACIÓN DE MEDIAS
(Gráfico de barras)
29
Algunos ejemplos:
COMPARACIÓN DE MEDIAS
(Diagrama de caja)
30

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Pas 1. ESCOLLIR UN SISTEMA BIOLÒGIC A ESTUDIAR EN UN CONTEXT DETERMINAT

1. Selecció d’una ruta metabòlica (Pex: lipogènesis)

Pas 3. ANÀLISIS ESTADÍSTIC DE LES DADES (amb PSPP)

3.1. Crear arxiu a PSPP

3.2. Comparació de mitjanes entre grups experimentals

Entre el software libre disponible en la actualidad para el análisis de datos, destaca el

3.1 Crear una matriz de datos

3.2 Ejercicios. Análisis bivariado

Opción 1: escribir los datos directamente,

Opción 2: Para datos ya digitados en

Desde PSPP se selecciona > Archivo > Importar datos

Seleccionar > Tabuladores

Verificar Variables y Datos. Manualmente se pueden añadir, eliminar casos y variables

Verificar Variables y Datos. Manualmente se pueden añadir, eliminar casos y variables

Codificar adecuadamente a las Variables:

Tipo: Cadena (nombre), Coma (número)

3.2 Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA o T test)

Análisis bivariado de una variable cuantitativa y una cualitativa:

Prueba t Student Las pruebas estadísticas más aplicadas para

ANOVA, para tres o más grupos de comparación.

3.2 Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA o T test)

3.2 Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA o T test)

Se abre el archivo de datos y, una vez en

Seleccionar > Comparar medias > Prueba

1. Escala, para variables cuantitativas continuas.

A la derecha, se observan dos recuadros en blanco, con los nombres Variable(s) de

A la derecha, se observan dos recuadros en blanco, con los nombres Variable(s) de

En el recuadro de la izquierda, se selecciona la variable cuantitativa, dependiente

Ahora se selecciona la variable cualitativa independiente (símbolo de círculos o barras),

Después de marcar las selecciones, se hace clic en Continuar y luego en Aceptar en

3.2 Resultats del T test

A continuación, en el Visor de resultados se puede ver las Estadísticas de

3.2 Resultats del T test La hipótesis que se contrasta alude a si la

La respuesta se obtiene en el segundo cuadro, en que se observan dos línias con

3.2 Resultats del T test La hipótesis que se contrasta alude a si la

La respuesta se obtiene en el segundo cuadro, en que se observan dos línias con

3.2 Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA)

Se abre el archivo de datos y, una vez en

Seleccionar > Comparar medias >

3.2 Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA)

3.2 Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA)

3.2 Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA)

3.2 Resultats ANOVA

La prueba de homogeneidad de varianzas,

La prueba de ANOVA indica que no es estadísticamente significativa (p = 0.96); es decir,

3.2 Resultats ANOVA - PostHoc TUKEY

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