Genetikai sodródás

Amiről szó lesz…

– random, sztochasztikus folyamatok
– genetikai sodródás definíciója
– genetikai sodródás elmélete
– evolúció genetikai sodródással
– molekuláris evolúció neutrális elmélete
– génáramlás

Feltételezzük, hogy…
… véges populációk vannak, ahol a véletlen hatások jelen vannak
– természetes populációk végesek
 GS Bevezetés

Random/véletlen =! céltalan
– félreértés: az evolúció véletlen folyamat
– helyesen: az evolúció céltalan folyamat
– véletlen ÉS nem véletlen komponensek
– véletlen = random, nem prediktálható,
sztochasztikus
– nem véletlen = nem random, prediktálható,
determinisztikus
– erózió, esőzés: céltalan, de nem véletlen
 GS Bevezetés

Random/véletlen =! céltalan
– véletlen = random, nem prediktálható,
sztochasztikus
– TSZ általi ADAPTÍV evolúció:
– NEM véletlen folyamat:
konzisztens fitness különbségek,
fitness grádiens
– múlt –> jelen
 GS Bevezetés

Random/véletlen =! céltalan
– véletlen = random, nem prediktálható,
sztochasztikus
– TSZ általi ADAPTÍV evolúció:
© George Gamow
– NEM véletlen folyamat:
konzisztens fitness különbségek,
fitness grádiens
– múlt –> jelen
– GS általi NEUTRÁLIS evolúció:
– véletlen folyamat: fitness-független
– részeg sétája, pénzfeldobás
– múlt … jelen
– evolúció: nem véletlen × véletlen
hatások (TSZ × GS)
 GS Bevezetés

GS alapösszefüggései
– kis populációméret – TSZ előfeltételének sérülése
– véletlen események nagyobb hatásúak
1. keresztes vipera (Vipera berus) és rákosi vipera (Vipera ursinii
rakosiensis)
– ↓ genetikai variabilitás
– ritka előnyös mutáció
kiesése
– káros allélok fixációja
=> heterozigócia ↓
=> evolúciós képesség ↓
 GS Bevezetés

GS definíció
– populáció allél vagy haplotípus gyakoriságának random
fluktuációja „mintavételi hiba” miatt
 GS GS elmélete

Mintavételi hiba
1. ritka mutáció sodródása
– A1 allél fixálódott, A2 megjelenése mutációval => 1 szülő A1A2
– egyensúlyi populációméret: 2 utód / szülőpár
– szülők: A1A1 × A1A2, utód: A1A1 valószínűsége 0,5
=> mindkét utód A1A1 valószínűsége 0,25 (0,5 × 0,5)
=> A2 kiesésének valószínűsége 0,25
=> ritka allél jó eséllyel kiesik a véletlen folytán
– utódgeneráció a szülőgeneráció mintavételezése
– mintában való jelenlét:
véletlen (GS) miatt
fitness (TSZ) miatt
 GS GS elmélete

Allélfrekvencia random fluktuációja

2. sávos csiga (Cepaea nemoralis) esete a bocival
– 50 sárga ss, 50 barna bb => p(s):q(b) = 0,5:0,5; boci eltapos 2 ss-t és 4
bb-t => p’:q’ = 0,511:0,489; köv. generációban fordítva (szín neutrális)
– p’ és q’ fluktuál 0 és 1 között, minden generáció független az
előzőtől (random hatás) => p vagy q fixációja (p’ vagy q’ = 1)
– fixáció valószínűsége = kezdeti allélgyakoriság (p = 0,5 vs. 0,9)
=> egy populáció generációkon át követése: random (részeg) séta
 GS GS elmélete

Allélfrekvencia random fluktuációja

– metapopulációban generációk számával p’ átlaga változatlan (A, B)
– metapopulációban generációk számával p’ varianciája megnő (A, B)
– kis populációban (A: N = 9) gyorsabb kiesés vagy fixáció, mint nagy
populációban (B: N = 50)
 GS GS elmélete

Allélfrekvencia random fluktuációja

– generációk számával növekszik p’ varianciája
– amelyik populációban még nincs fixáció, ott 2N generáció után a p’
egyenletes eloszlású 0 és 1 között (A)
– 0 < p’ < 1 generációnként 1/(2N)-vel csökken, p’ = 1 vagy p’ = 0
generációnként 1/(4N)-vel növekszik (B)
t=0
 GS Evolúció GS-sal

Tézisek
– allél / haplotípus gyakoriságok véletlenszerű fluktuációja, fixáció
 GS Evolúció GS-sal

Tézisek
– allél / haplotípus gyakoriságok véletlenszerű fluktuációja, fixáció
– genetikai variabilitás per lokusz ↓ => heterozigócia (H) ↓ => GS
fordított indikátora
 GS Evolúció GS-sal

Tézisek
– allél / haplotípus gyakoriságok véletlenszerű fluktuációja, fixáció
– genetikai variabilitás per lokusz ↓ => heterozigócia (H) ↓ => GS
fordított indikátora
– egy allél fixációjának valószínűsége minden generációban = a
gyakoriságával (múlt nem számít)
 GS Evolúció GS-sal

Tézisek
– allél / haplotípus gyakoriságok véletlenszerű fluktuációja, fixáció
– genetikai variabilitás per lokusz ↓ => heterozigócia (H) ↓ => GS
fordított indikátora
– egy allél fixációjának valószínűsége minden generációban = a
gyakoriságával (múlt nem számít)
– populációk divergálnak, idővel egyikben p = 1, másikban q = 1
 GS Evolúció GS-sal

Tézisek
– allél / haplotípus gyakoriságok véletlenszerű fluktuációja, fixáció
– genetikai variabilitás per lokusz ↓ => heterozigócia (H) ↓ => GS
fordított indikátora
– egy allél fixációjának valószínűsége minden generációban = a
gyakoriságával (múlt nem számít)
– populációk divergálnak, idővel egyikben p = 1, másikban q = 1
– mutációval megjelenő új allél fixációs valószínűsége per generáció =
1/(2N) => kis populációban valószínűbb a fixáció; metapopulációban a
populációk 1/(2N) részénél fixálódik
 GS Evolúció GS-sal

Tézisek
– allél / haplotípus gyakoriságok véletlenszerű fluktuációja, fixáció
– genetikai variabilitás per lokusz ↓ => heterozigócia (H) ↓ => GS
fordított indikátora
– egy allél fixációjának valószínűsége minden generációban = a
gyakoriságával (múlt nem számít)
– populációk divergálnak, idővel egyikben p = 1, másikban q = 1
– mutációval megjelenő új allél fixációs valószínűsége per generáció =
1/(2N) => kis populációban valószínűbb a fixáció; metapopulációban a
populációk 1/(2N) részénél fixálódik
– új allél fixációjának gyorsasága átlagosan = 4N generáció => új allél
fixációja GS-sal gyorsabb kis populációkban
 GS Evolúció GS-sal

Tézisek
– allél / haplotípus gyakoriságok véletlenszerű fluktuációja, fixáció
– genetikai variabilitás per lokusz ↓ => heterozigócia (H) ↓ => GS
fordított indikátora
– egy allél fixációjának valószínűsége minden generációban = a
gyakoriságával (múlt nem számít)
– populációk divergálnak, idővel egyikben p = 1, másikban q = 1
– mutációval megjelenő új allél fixációs valószínűsége per generáció =
1/(2N) => kis populációban valószínűbb a fixáció; metapopulációban a
populációk 1/(2N) részénél fixálódik
– új allél fixációjának gyorsasága átlagosan = 4N generáció => új allél
fixációja GS-sal gyorsabb kis populációkban
– metapop.-ban fixáció: átlagos p’ = kezdeti átlagos p, de H = 0 (!)
 GS Evolúció GS-sal

Tézisek
– allél / haplotípus gyakoriságok véletlenszerű fluktuációja, fixáció
– genetikai variabilitás per lokusz ↓ => heterozigócia (H) ↓ => GS
fordított indikátora
– egy allél fixációjának valószínűsége minden generációban = a
gyakoriságával (múlt nem számít)
– populációk divergálnak, idővel egyikben p = 1, másikban q = 1
– mutációval megjelenő új allél fixációs valószínűsége per generáció =
1/(2N) => kis populációban valószínűbb a fixáció; metapopulációban a
populációk 1/(2N) részénél fixálódik
– új allél fixációjának gyorsasága átlagosan = 4N generáció => új allél
fixációja GS-sal gyorsabb kis populációkban
– metapop.-ban fixáció: átlagos p’ = kezdeti átlagos p, de H = 0 (!)
– ritka előnyös allél kisodródása és káros allél fixációja (főleg, ha N ↓)
 GS Evolúció GS-sal

Effektív populációméret (Ne)

– N != Ne (pl. N = 10000, de Ne = 1000), ha Ne << N => GS erőteljesebb
– Ne << N okai:
– variancia hím és/vagy nőstény szaporodási sikerben => TSZ
– ivararány eltérése 1:1-től
– beltenyészet
– N időbeli fluktuációja északi elefántfóka (Mirounga angustirostris)
Pl. 100, 150, 25, 150, 125
Ne = harmonikus közép = 70
NEM számtani közép = 110
– heterozigócia az Ne indikátora*
– átlagos Ne /N 0,10 és 0,14 között (!)

*H1 = [1 – 1/(2Ne)] × H0
 GS Evolúció GS-sal

GS valós populációkban
1. ecetmuslica (Drosophila melanogaster) laboratóriumi populációi
– 107 kísérleti populáció
– P generáció: 8 hím + 8 nőstény per populáció, mind heterozigóták a
szemszínt kódoló génre (bw és bw75 allélok, 16 egyed, 32 gén kópia,
ebből 16 bw75 => bw75 gyakorisága q = 16/32 = 0,5)
– 3 genotípus elkülönül fenotípusosan (kodominancia)
– felszaporítás, majd miden generációban kiemelt random 8 egyedet
per ivar per populáció (32 génmásolat) 19 generáción át
– F1 generáció: q tartománya 0,22 (7/32)–0,69 (22/32)
– F19 generáció: 30 populációban q = 0, 28-ban q = 1, többi 49-ben q
egyenletes eloszlása [0, 1] tartományban
– GS elméletet támogatja
(4N = 4 × 16 = 64 generáció után csak q = 0 és q = 1 várható)
 GS Evolúció GS-sal

GS valós
populációkban
1. ecetmuslica
(Drosophila
melanogaster)
laboratóriumi
populációi

F6: q = 0

0 0,5 1 0 0,5 1
 GS Evolúció GS-sal

GS valós populációkban
2. északi elefántfóka (Mirounga angustirostris) vadászat előtt és után
– nincs allozim variancia 24 enzimet kódoló lokuszon (=> 1 enzim
változat => 1 allél fixációja minden lokuszon => H = 0)
– ma N = ~100000, 1890-ben N = ~40 és Ne ~4–6 (!) => palacknyak-hatás
– levadászás előtti mintákban jelentős genetikai variancia =>
palacknyak-hatás (bottleneck effect) fokozza a GS-t
 GS Evolúció GS-sal

GS valós populációkban
3. askenázi zsidóknál (Homo sapiens) káros mutációk aránya
– Tay-Sachs kórt okozó mutáció magas gyakorisága (0,03)
– magas kapcsoltsági egyensúlytalanság (LD)
– palacknyak-hatás (diaszpóra 70-ben és fekete halál 1348-ban)
– palacknyak-hatás fokozza a LD-t és a GS-t
– GS elméletet támogatja
 GS Evolúció GS-sal

GS valós populációkban
4. hallásdeficit Martha’s Vineyard sziget lakóinál (Homo sapiens)
– Martha’s Vineyard kis sziget, Massachusetts, USA
– alapító-hatás (founder effect): néhány telepes kolonizálta
– hallásdeficit: recesszív allél, minden családban lehet halló és süket
utód => jelbeszéd kialakulása és fennmaradása
– hallásdeficitesek aránya: USA – 1:5728; MV – 155:5728 (= 1:37);
Chilmark, MV – 1:25; Squibnocket, Chilmark, MV – 1:15
 GS Evolúció GS-sal

GS valós populációkban
5. újzélandi madarak (Aves)
– kelési sikertelenség pozitívan függ össze a palacknyak-hatás (A) és
az alapító hatás (B) mértékével, ahogy a GS elmélet prediktálja
kakapó

őshonos fajok behurcolt fajok

 GS Neutrális elmélet

Molekuláris evolúció neutrális elmélete

– GS: DNS és fehérje szekvenciák esetén fontos, fenotípusos jellegek
esetén fontossága vitatott
– evolúciós szintézis (1930–’60): minden allél befolyásolja a fitnesst
 GS Neutrális elmélet

Molekuláris evolúció neutrális elmélete

– GS: DNS és fehérje szekvenciák esetén fontos, fenotípusos jellegek
esetén fontossága vitatott
– evolúciós szintézis (1930–’60): minden allél befolyásolja a fitnesst
– ’60-as évek: neutrális elmélet
– legtöbb enzim esetén számos allozim (Lewontin és Hubby)
– számos fehérje aminosav szekvenciájának evolúciós rátája
konstans a törzsfa különböző ágain – molekuláris óra (Kimura)
=> fő tézis: legtöbb mutáció neutrális fitnessre, így
fixációjuk/kiesésük GS-től függ, a mutációk kis hányada előnyös
(TSZ általi fixáció) vagy káros (TSZ általi kiesés)
 GS Neutrális elmélet

Molekuláris evolúció neutrális elmélete

– GS: DNS és fehérje szekvenciák esetén fontos, fenotípusos jellegek
esetén fontossága vitatott
– evolúciós szintézis (1930–’60): minden allél befolyásolja a fitnesst
– ’60-as évek: neutrális elmélet
– legtöbb enzim esetén számos allozim (Lewontin és Hubby)
– számos fehérje aminosav szekvenciájának evolúciós rátája
konstans a törzsfa különböző ágain – molekuláris óra (Kimura)
=> fő tézis: legtöbb mutáció neutrális fitnessre, így
fixációjuk/kiesésük GS-től függ, a mutációk kis hányada előnyös
(TSZ általi fixáció) vagy káros (TSZ általi kiesés)
– neutralista–szelekcionista vita
– álláspont ma: molekuláris evolúció főképp neutrális (GS általi), de a
fenotípusos változások jelentős része TSZ általi (néhány lokusz)
 GS Neutrális elmélet

Molekuláris evolúció neutrális elmélete

Mennyire neutrális egy változás?
– nem neutrális, ha az allél a fitnesst
befolyásolja
 GS Neutrális elmélet

Molekuláris evolúció neutrális elmélete

Mennyire neutrális egy változás?
– nem neutrális, ha az allél a fitnesst
befolyásolja
– neutralitás alacsony, ha egy fehérje
funkcionális kényszere magas (kevés szinonim
aminosav lehetőség)
 GS Neutrális elmélet

Molekuláris evolúció neutrális elmélete

Mennyire neutrális egy változás?
– nem neutrális, ha az allél a fitnesst
befolyásolja
– neutralitás alacsony, ha egy fehérje
funkcionális kényszere magas (kevés szinonim
aminosav lehetőség)
– fehérjéket kódoló génekben megjelenő
változás rátája alacsony, a nem-kódoló régiók
esetében (intronok, pszeudogének) magasabb
 GS Neutrális elmélet

Molekuláris evolúció neutrális elmélete

Mennyire neutrális egy változás?
– nem neutrális, ha az allél a fitnesst
befolyásolja
– neutralitás alacsony, ha egy fehérje
funkcionális kényszere magas (kevés szinonim
aminosav lehetőség)
– fehérjéket kódoló génekben megjelenő
változás rátája alacsony, a nem-kódoló régiók
esetében (intronok, pszeudogének) magasabb
– fehérjéket kódoló gének: mRNS kodon
harmadik nukleotid helyén nagyobb változás
(redundancia), mint a második helyén
(konzervativitás)
 GS Neutrális elmélet

GS és genetikai áramlás
– egy allél fixációja GS-val = 1/(4N)
– populációk divergálhatnak
– FST (fixációs index): allélgyakoriságok varianciája populációk között,
differenciációs index
– genetikai áramlás: ellensúlyozza a GS-val való fixációt
FST = 1/(4Nm + 1)*, ahol m a bevándorlók aránya
– ha N = 50, m = 1/N (50 egyedből 1 bevándorló per generáció) =>
Nm = 1 => Nm a bevándorlók száma per generáció
– ha Nm = 1 => FST = 1/(4 × 1 + 1) = 1/5 = 0,20
– kevés bevándorló is jól ellensúlyozza a GS-t

*Nm = (1/FST – 1)/4

 GS Neutrális elmélet

GS és genetikai áramlás
1. völgyi simafogú
tasakospatkány (Thomomys
bottae)
– földalatti rágcsáló, limitált
mozgás, 150 alfaj =>
alacsony génáramlás
– 50 helyszín, 825 egyed, 21
polimorf enzim lokusz (pl.
Adh és Ldh-1)
– átlag FST = 0,412 => Nm =
0,36
– arizonai helyszínek FST =
0,198 => Nm = 1,01