EVOLUCIJA GENOMA

C-vrednost i paradoks C-vrednosti

C-vrednost koliina DNK u

haploidnoj eliji (species specifina)

Paradoks ili enigma C vrednosti

odsustvo podudarnosti izmeu C
vrednosti i sloenosti organizma
(pretpostavljene koliine genetike
informacije u genomu)

Gvrednost i paradoks Gvrednosti

Gvrednost broj gena u haploidnoj

eliji

Paradoks Gvrednosti odsustvo

podudarnosti izmeu broja gena i
sloenosti organizma.

takson

C-vrednost (broj nukleotida)

G-vrednost

Mycoplasma genitalium

580 073

482 kodira proteine (521)

Chlamydia trachomatis

1 042 519

936

Treponema pallidum

1 138 011

1 039

Helicobacter pylori

1 667 867

1 589

Escherichia coli

4 639 221

4 377

Salmonella enterica

4 857 432

4 450

Saccharomyces cerevisiae

12 495 682

5 726

Neurospora crassa

38 639 769

10 082

Caenorhabditis elegans

100 258 171

18 400

Arabidopsis thaliana

115 409 949

25 498

Drosophila melanogaster

122 653 977

13 472

Anopheles gambiae

278 244 063

13 683

Homo sapiens sapiens

oko 3109 (3.2109)

do 25 000

Fugu riba

oko 3.65 x 108

oko 38 000

Pirina

oko 4.3 x 108

oko 56 000

Paradoks Cvrednosti

Veina organizama ima vie DNK

nego to je neophodno uzimajui u
obzir njene funkcije vezane za
kodiranje proteina i regulaciju.

Postoji veliki deo genoma koji nema

funkciju nekodirajua DNK.

Paradoks Gvrednosti

Pokazuje da evolucija kompleksnosti

organizama podrazumeva suptilnije
promene genoma od jednostavnog
dodavanja gena.
I-vrednost informativna vrednost
genoma; efektivan broj gena i
kompleksnost genske ekspresije
preko broja razliitih proteina.

Koji mehanizmi mogu da uslove sloeniji

fenotip sa manjim brojem gena?

Transkripciona kontrola
Intergenske kombinacije
Proteini vajcarski no
Alternativno iskrajanje
Posttranslaciona modifikacija

Poreklo nefunkcionalnih delova

genoma

Hipoteze mutacionog pritiska

Hipoteza o otpadnoj DNK (junk DNA)

Hipoteza o sebinoj DNK (selfish DNA)

Poreklo nefunkcionalnih delova

genoma

Hipoteze optimalne koliine DNK

Nukleoskeletna hipoteza

Nukleotipska hipoteza

GENI EUKARIOTA

Diskontinuirana genetika informacija

Egzoni

Introni

Zato postoje introni?

Kombinovanje egzona moe poveati

evolucionu plastinost (brzinu
evolucije).

Dupliciran egzon moe akumulirati

mutacije i divergirati u nove domene
proteina.

Zato postoje introni?

Poveanje fenotipske plastinosti.

Efikasnije pakovanje genetike
informacije.

Primer dva oblika antitela (sekretorno i

vezano za membranu) kodirana istim
genom za teki lanac imunoglobulina.
Tri gena za determinaciju pola kod D.
melanogaster.

Postoji li razlika meu genima

eukariota?
kvasac

crv

muica

Arabidop ovek
sis

Broj gena

6300

18400

13600

26000

do
25000

Veliina (prosek)

1462

2496

2150

2040

2700

Bez introna (prosek)

90%

4%

20%

20%

8%

Broj egzona
(prosek)

1,03

6,1

3,1

5,1

8,8

Veliina introna
(prosek)

300

244

488

186

2010

5,8%

5,6%

15%

1,4%

40-60%

Alternativno
iskrajanje

GENOMI EUKARIOTA

Jedinstvena DNK (single copy DNA,

scDNA) veina gena koji kodiraju
proteine.
Ponovljeni nizovi nukleotida
(tandem repeats, tandem repetitive
DNA, TR-DNA) od nekoliko
procenata (neki zglavkari) do 90%
(neki vodozemci) itavog genoma.

Primer - ovek

53% - ponovljeni nizovi nukleotida

39% - unikalne sekvence

27% - geni za proteine

25.5% - intronske sekvence

1.5% - egzoni

12% - regulatorni elementi

8% - heterohromatin

Ponovljeni nizovi

Lokalizovani nizovi (na jednom ili

vie hromozoma)

Na stotine kopija gena (multigenske

familije za rRNK, tRNK, histone)
Jednostavni ponovci koji ne ulaze u
sastav gena (satelitska DNK) mogu se
ponavljati i vie miliona puta i initi
ogroman procenat genoma (i vie od
50%)

Ponovljeni nizovi

Raspreni nizovi (kopije se nalaze

svuda po genomu)
- u najveem broju su posledica
ugradnje mobilnih genetikih
elemenata u genom putem reverzne
transkripcije od RNK molekula
- SINE
- LINE

SINE

Kratki ponovci umetnutih

elemenata (short interspersed
elemets)

100-300bp
Reverzni transkripti RNK molekula
nastalih RNK polimerazom III (5S rRNK,
tRNK i neki manji molekuli RNK)
Sekvence se ne eksprimiraju (junk DNA)
U humanom genomu broj kopija preko
1.5 miliona oko 13% genoma

LINE

Dugi ponovci umetnutih

elemenata (long interspersed
elemets)

Dui od 5Kb, preko 10 000 kopija

Reverzni transkripti RNK molekula
nastalih RNK polimerazom II (mRNK)
Sekvence se najee ne eksprimiraju i
spadaju u pseudogene (junk DNA)
U humanom genomu ima 860 000 kopija
LINE oko 21% genoma

VNTR

Variable number of tandem repeats

Polimorfizam duine
Heterozigotnost i do 99%
Korisni za identifikaciju i forenzike
studije
Neke bolesti fragilni X,
Hantingtonova bolest i dr.

MOBILNI GENETIKI ELEMENTI

skoi geni (jumping genes)

nizovi nukleotida koji mogu menjati

svoj poloaj u genomu ili prelaziti iz
jednog u drugi genom organizam

Posledice premetanja MGE

Mutacije u najirem smislu (inverzije,

delecije, duplikacije, translokacije)

Posledica direktnog premetanja po

genomu,ili
Indirektno, preko nehomologne
rekombinacije

Promene u funkciji i ekspresiji gena u

koje ili pored kojih se ugrade
Poveanje koliine genoma

Da li MGE mogu dati adaptacije ili

su genomski paraziti?

Kod bakterija mogu poveati

preivljavanje (rezistencija na
antibiotike).
Mogu uticati na kombinovanje egzona
(ako se ugrade u genom) i kreiranje
novih egzona.
Smatra se da su telomere mogle
evoluirati od njih.

Da li MGE mogu dati adaptacije ili

su genomski paraziti?

Najee imaju tetne efekte

Oko 50% vidljivih mutacija kod
Drosophila-e posledica MGE
Oko 10% mutacija kod mieva
posledica MGE
Oko 0,2% novih mutacija posledica
MGE

Kako se MGE premetaju po

genomu?

Transpozicija moe biti

Nereplikativna

Replikativna

Retropozicija kada su meumolekuli RNK i

cDNK

Insercione sekvence (IR)

Najjednostavniji MGE (700-2500bp)

Nose samo gene neophodne za
transpoziciju (enzimi transpozaza i
resolvaza)
Neophodno prepoznavanje sekvence
od samo nekoliko nukleotida u
domainovom genomu
Mogu imati niz posledica po
funkcionisanje genoma

Transpozoni (Tn)

Sloeniji MGE (2500-7000bp)

Nose i druge gene sa fenotipskim
efektom (egzogeni geni)
Mogu sadrati i regulatorne elemente
Mogu sadrati i druge Tn ili IS i
premetati se skupa ili u delovima
Plazmidi kod bakterija su posebna
grupa Tn mogu opstati van
hromozoma domaina

Retroelementi

MGE koji imaju reverznu transkriptazu

Enzim integraza ima istu funkciju kao

transpozaza kod DNK transpozona

Retrovirusi
Retrotranspozoni
Retropozoni
Retroni

Posebna grupa retroelemenata

Retronizovi ili retrotranskripti

Nemaju gen za reverznu transkriptazu
Predstavljaju retrokopije nekog gena
na nekom mestu u genomu

Ako su funkcionalni retrogeni

Ako su nefunkcionalni - retropseudogeni

Znaaj MGE za evoluciju

Mutacije koje izazivaju

Otkrie da su ivi sistemi mnogo
podloniji promenama i mnogo
podloniji direktnim genetikim
uticajima van sopstvenog genoma.
Genetiki sistem vrsta nije zatvoren
(horizontalni transfer genetike
informacije).

Hibridna disgeneza

Niz genetikih anomalija kod hibrida

enki iz dugogodinjih laboratorijskih
linija i mujaka iz prirode.

Fenomen vezan za prisustvo MGE koji

ima ulogu u specijaciji kod
Drosophila-e

2 modela hibridne disgeneze

P-M sistem P element je sloeni

transpozon u genomu mujaka, enke
imaju M citotip. Potomstvo oba pola
delimino sterilno.
I-R sistem I mobilni elementi kod
mujaka, enke R citotip. Potomstvo
enskog pola delimino sterilno.

Specijacija u 2 koraka

Dve populacije zaraene razliitim

MGE, infekcija se iri uprkos
smanjenju fitnesa potomstva.

Reproduktivna izolacija nastaje kao

posledica.

Uslovi za irenje MGE u populaciji

Stopa infekcije () mora biti vea od
smanjenja fitnesa hibridnih ukrtanja.
s/(1-s)
Sredinski faktori
- P-M hibridi skoro potpuno fertilni na
temperaturama niim od 24C
- I-R hibridi skoro potpuno fertilni na
viim temperaturama

MULTIGENSKE FAMILIJE (MGF)

Grupe gena koji imaju homologne

nizove nukleotida i identine ili sline
funkcije
Broj gena u MGF od 2 do stotina i
hiljada gena

Dva osnovna tipa MGF

MGF sa velikim brojem identinih

gena (geni za rRNK, tRNK i histone).

MGF sa malim brojem lanova koji

nisu identini (npr. i MGF za
sintezu hemoglobina)

Koincidentna evolucija

Tendencija gena unutar MGF da

evoluiraju na slian nain.

Osnovni mehanizmi koincidentne

evolucije

Genska konverzija
Nejednak krosing-over

Genska konverzija

proces koji rezultuje nerecipronim

transferom izmeu donorske
sekvence i primajue nukleotidne
sekvence, tj. jedna sekvenca
uslovljava konverziju druge sekvence
u sopstvenu formu, pri emu
donorska sekvenca ostaje
nepromenjena.

Genska konverzija

Deava se tokom rekombinacije i

reparacije pogreno vezanih baza
(DNA mismatch repair)

Rezultat je odstupanje od Mendelovih

proporcija u potomstvu

Interlokusna genska konverzija

Izmeu sekvenci sa visokim

stepenom slinosti (lanovi MGF,
pseudogeni ili ponovljeni nizovi).
Pored rekombinacija i mismatch
popravke, bitni su i

mehanizmi popravke prekida duplog

heliksa
mehanizmi nastanka retrotranskripata

Nejednak krosing-over

proces koji se odvija izmeu

homologih hromozoma koji nisu
savreno spareni, to rezultuje
hromozomima razliitih duina
(duplikacija na jednom hromozomu i
odgovarajua delecija na drugom
hromozomu).