Стеван је рођен 9. јануара 1856. године у Неготину, а гимназију је завршио у Зајечару.
Уз помоћ певачког друштва 1879. године одлази на музичке студије које прекида раније и после којих се враћа у Београд. Године 1884. постаје хоровођа певачког друштва Корнелије Станковић и његови успеси ту су му омогућили да настави школовање у Риму. Године 1887. постаје диригент „Првог београдског певачког друштва”. Од 1887. до 1900. радио је и као наставник музике у Првој београдској гимназији и Првој нишкој гимназији „Стеван Сремац“. Био је и слободни зидар. Заједно са Станиславом Биничким и Цветком Манојловићем оснивач је прве сталне музичке школе чији је директор био до своје смрти.
Мокрањчева породична кућа у Неготину је 1964. године рестаурирана и претворена
у музеј и музички центар.
Био је ожењен Маријом и имали су сина Момчила.
Београд је напустио 1914. године и преселио се у Скопље како би избегао Први
светски рат, а убрзо потом и умро, 28. септембра исте године од компликација јетре након 3 године боловања. Његово последње дело је „Неотпевана песма“.
Налази се на новчаници од 50 динара.
Мокрањчева дела: 1. Опело - https://youtu.be/c2CiRRjIAA4 2. Литургија светог Јована Златоустог - https://youtu.be/geLihdKCctQ 3. Статије - https://youtu.be/WCKXlR1U_CA 4. Прва руковет - https://youtu.be/6ca4uvWBDpE 5. Друга руковет - https://youtu.be/W5iWVWWJ7iA 6. Трећа руковет - https://youtu.be/R_pL1XeFFqE 7. Херувимска песма - https://youtu.be/tZXVTF7GSkA