Enzimler

• Biyolojik sistemlerin katalizörü

• Kimyasal dönüşümlerin tipini tayin eden
önemli moleküllerdir
• Ayrıca bir enerji formunun diğerine
dönüşümüne aracılık eder
• Enzimlerin en önemli karakteristiği
katalitik gücü ve spesifikliğidir
• Kataliz, enzimin özel bölgesi olan aktif
bölge(aktif merkez) de gerçekleşir.
• Enzimlerin(neredeyse tümü) çoğu protein
yapısındadır, bununla birlikte
• Katalitik olarak aktif RNA bulunuşu, RNA’ nın
erken bir biyokatalizör olduğunu göstermektedir.
• Enzimler , tepkimenin denge sabitini
değiştirmeden reaksiyon hızını 1011 kat veya daha
fazla artırmaktadır
• Enzimlerele katalize edilen tepkimeye katılan
bileşiklere substrat adı verilmektedir
• Günümüzde endüstride yaygın kullanılmakta
• Bilimsel araştırmalarda konuların çoğunluğunu
oluşturmaktadır.
• Biyolojik sıvı(kan plazması ve idrar) ve
dokulardaki enzim aktivitelerinin ölçümü tanı
konması ve yönlendirilmesinde önemlidir.
• Enzimler, reaksiyonun ara basamağında
transforme olacak molekülle geçici kovalent bir
bağ yapabilir,
• Ancak reaksiyon sonunda , ürün ayrıldıktan sonra
enzimler orijinal formlarına kavuşurlar.
Dolayısıyla enzimlerin 2 öemli özelliğin
hatırlatalım:
• 1. Enzimler kataliz sonucunda değişmezler
• 2. Enzimler reaksiyonun denge sabitini
değiştirmezler, ancak dengeye yaklaşırken
reaksiyon hızını artırırlar.
• Enzimler reaksiyonun gerçekleşmesi için
aşılması gereken bariyer düşürür,
• Bunu da aktivasyon enerjisini düşürerek
yapar
• Dolayısıyla bir katalizör hızı artırır, ancak
etkileştiği sistemin termodinamik
özelliklerini değiştirmez.
 Kısa bir tarihçe
• 19.yy’a kadar sütün ekşimesi ve şekerin alkolle
fermentasyonugibi olayların sadece canlı
organizmalar yardımıyla gerçekleştiği
düşünülürdü
• 1830’de şekeri parçalayan aktif madde kısmi
olarak saflaştırıldı ve diastaz olarak
adlandırıldı(amilaz)
• Kısa bir süre sonra diet proteinlerini parçalayan
bir madde, gastrik sıvıdan izole edilerek pepsin
olarak adlandırıldı
• Bu aktif bileşiklere fermentler genel ismı verildi.
• Liebig, bu fermentler canlı hücreden izole edilen
cansız maddeler olabileceğini tanımladı
• Anacak pastör ve diğerleri hala bu fermentlerin
canlı materyaller içermeleri gerektiğini iddia
ediyorlardı
• Bu tartışmalar sürerken ferment terimi, yerini
giderek enzime bırakt
• Enzim terimi ilk olarak kuhne tarafından
1878 de önerildi
• Enzim terimi, yunanca da “maya da”
anlamını taşıyan enzume den türetilmiştir.
• 1897de Buchner ; hiç canlı hücre
içermemesine rağmen, maya hücresi özütü
eklendiğinde şekerin mayalandığını
gözlemişlerdir.
• 1926’de Sumner; soya fasuyesi özütünden
üreaz enzimini krietenllendirmiştir.
• Daha sonraki birkaç yıl içinde çok sayıda
enzim saflaştırılmış ve kristallendirilmiştir.
• Enzimler saf halde elde edilince yapı ve
kinetik özellikleri belirlenir.
 Birkaç tanım
• Kimyasal reaksiyonlarda hız ,rate veya
velocity ile ifade edilir.
• Rate: birim zamanda başlangıç materyeli
veya ürün miktarındaki değişim
• Velocity: birim zamanda başlangıc
materyali veya ürün konsantrasyonu
değişimidir.
• Enzim aktiviteleri ünite ile ifade edilir
 Enzim birimi
• internasyonel Ünite(IU): Optimum
koşullarda(sıcaklık, pH için tanımlanmış
koşullar) 1 dakikada 1 mikromol substratın
dönüşümünü katalize eden enzim düzeyidir.
• Saniyede l mol substratın dönüşümü katal
dir. Pratikte nanokatal daha çok kullanılır
 tanımlar
• Apoenzim: enzimin protein kısmıdır, kataliz için
gerekli olan kofaktor veya prostetik grupları
içermez. Apoenzim katalitik olarak inaktiftir.
• Tüm enzimler, kofaktör veya prostetik gruplara
gereksinim duymazlar.
• Kofaktör: apoenzimin aktivite gösterebilmesi için
gerekli olan küçük organik veya inorganik
moleküllerdir. Ör lizin oksidaz da bakır, enzime
gevşek bağlanır, ancak aktivite için gereklidir.
• Prostetik grup: kofaktöre benzerdir, ancak
apoenzime sıkıca bağlanma özelliği var. Örneğin
sitokromlarda heme prostetik grubu apositokroma
çok sıkı bağlanır ve ayrılması için kuvvetli asitlere
gereksinim var.
• Holoenzim: kofaktör veya prostetik grubun
apoproteine eklenmesi ile meydana gelir, bu da
aktif enzimdir.
• Substrat: enzimin üzerine etki ettiği ve ürüne
dönüştürdüğü maddedir. Bir çok reaksiyon
reverzibl olduğundan, ileriye doğru olan bir
reaksiyon ürünü ters yöndeki reaksiyonun
substratıdır.
 izoenzim
• Bazı enzimler, izoenzim(izozim) olarak
isimlendirilen variantlara sahiptir. Bunlar
aynı kimyasal reaksiyonu katalize ederler.
• Bu izoenzimler, elektroforetik olarak
birbirinden ayrılabilir, çünkü proteinin
kritik olmayan bölgesinde bir veya birden
fazla amino asitte mutasyon vardır.
 Allosterik enzimler
• Bazı enzimler, molekül üzerinde özel bir bölgeye
sahiptir(allosterik bölge), bu bölge aktif merkez
den farklı bir yerdir.
• Allosterik bölgeye spesifik küçük bir molekülün
bağlanması enzim konformasyonunda değişime
yol açar Bu da aktif bölgeyi(bağlanma bölgesinin
substrata olan ilgisini artırarak veya azaltarak) çok
aktif veya az aktif duruma getirir.
• Bu tür etkileşimler enzim aktivitesinin
düzenlenmesinde önemlidir.
• Enzimler, yüksek düzeyde bir spesifiteye sahiptir,
ör glukoz oksidaz, glukozu okside eder(galaktozu
değil). Bazı enzimlerin geniş özgüllüğü vardır.
Ör glukoz, mannoz ve fruktoz hekzokinaz ile
fosforile edilir , oysa glukokinaz glukoza
spesifiktir.
• Bu özgüllük enzim yüzeyindeki bir bölge ile
ilgilidir
• Aktif merkez(aktif bölge):
• Enzim molekülü üzerinde substrat bağlanma
özelliğine sahip özel bölgeye aktif merkez adı
verilir.
• Bir enzimin aktif merkezinde görev yapan amino
asitler ve grupları arasında;
• Sistein ve SH oksidoredüktaz
• Histidinin imidazol grubu, serinin hidroksil grubu
hidrolaz enzimleri
• Lizinin ε-amino grubu bulunmaktadır.
• Enzimlerin aktif merkezlerini oluşturan amino
asitlerin primer yapıda uzak konumda oldukları
halde, tersiyer yapıda aktif merkezi oluşturmak
üzereyakın konumda yapılandıkları gözlenmıştir.
• Enzim-substrat ilişkisi 2 modelle açıklanır
• 1. Kilit-anaktar modeli:
• Bu modelde tam bir uyum dan söz edilebilir
• 2. Uyum modeli:
• Substratın enzime bağlanması aktif
merkezin yapısını uygun hale getirir
 Enzimlerin adlandırılması
• 1.Geleneksel adlandırma:
• Önceleri genel bir tanıma uymayan, pityalin ve
zimaz gibi karışık bir isimlendirme kullanılmıştır.
• Daha sonra enzimler için etkiledikleri substratın
sonuna –az eki getirilerek(üreaz, amilaz, lipaz,
arginaz,proteaz) veya katalizledikleri tepkimeyi
tanımlayan(laktat dedidrogenaz) isimler
kullanılmıştır.
• 2.Sistematik adlandırma
• Uluslar arası Biyokimya ve Moleküler
Biyoloji Birliği: katalizledikleri tepkimenin
türüne ve mekanizmasına göre enzimleri
isimlendirmişlerdir.
• Enzimler 6 ana göre ayrılmıştır. Bu her 6
grubun 4-13 arasında değişen alt sınıfları
bulunmaktadır. Her enzime 4 sayı ile
belirlenen bir kod numarası verilmiştir.
• 1. Sayı tepkimenin tipini
• 2.sayı vericinin etkilediği grubu
• 3. Sayı alıcı olarak yararlanılan grup
• 4. Sayı adlandırılan enzim belirlemektedir.
• EC(enzim komisyonu)2.7.1.1 örneğinde
• (2) transferaz türü tepkimeyi
• (7) fosfat transferini
• (1) fosfat alıcısının bir alkol olduğu
• (1) ATP den glukozun 6. Karbonna fosfat transferini
yapan enzimi, ATP-hekzos-6-fosfotransferazı
(hekzokinazı) tanımlamaktadır.
• 6 major enzim sınıfı
• 1.oksidoredüktazlar (dehidrogenazlar,
oksidazlar, reduktazlar, peroksidazlar,
katalaz, oksijenaz, hidroksilaz)
• 2. Transferazlar(transalolaz ve
transketolaz, açil, metil glikozil ve fosforil
transferazlar, kinazlar, fosfomutazlar
• 3. Hidrolazlar( esterazlar, glukozidazlar,
peptidazlar, fosfatazlar, tiolazlar, fosfolipaz,
amidaz, deaminaz, ribonukleaz)
• 4. Liyazlar ( dekarboksilaz, aldolaz,
hidrataz dehidrataz
• 5. İzomeraz( rasemaz, epimeraz, izomeraz,
mutaz)
• 6. Ligaz (sentetazlar, karboksilazlar)
 1.Oksidoreduktazlar
• Bu enzimler, oksidasyon-reduksiyon
reaksiyonlarını katalize etmektedir. Ör. Alkol –
NAD+ oksidoredüktaz(bir dehidrogenaz-özellikle
alkol dehidrogenaz). Alkolun, aldehide
oksidasyonunu katalize eder. Alkolden 2 elektron
ve 2 hidrohjen uzaklaştırarak aldehidi oluşturur.
• Alkoldeki C-H bağının 2 ektronu NAD+ye
transfer edilir. Alkol ve aldehidin fonksiyonel
gruplarına ek olarak dehidrogenazlar, ayrıca
elektron vericisi olarak aşağıdaki gruplara etki
eder
• -CH2-CH2-
• -CH2-NH2-
• -CH=NH-
• NAD,NADP,FAD,FMN
• Oksidoreduktazların alt sınıfı vardır:
• Oksidazlar: veriden 2 elektronu oksijene transfer
eder ve H2O2 oluşturur. Elektronların substrattan
ürüne akışını flavin koenzimleri veya metaller
aracılık eder. Ör. D-amino asit oksidaz
• Sitokrom oksidazın farklı özelliği vardır., çünkü
O2 nin reduksiyonundan H2O2 yerine H2O
oluşmaktadır.
• Oksijenazlar:Oksijenlerin substratlara katılmasını
katalize etmektedir.
• Dioksijenazlar: Her 2 oksijen atomu tek yapıda
katılmış olur. Oysa Monooksijenazlarda tek
oksijen atomu hidroksil grubu olarak yapıya
eklenir. Diğer oksijen, substratın elektronları veya
oksijen olmayan 2. Bir substrattan alınarakH2O’e
redükte olur
• Bir monooksijenaz örneği olan Steroid
hidroksilaz, bir oksijen atomu suya
giderken, diğeri de steroide gider
• Peroksidazlar: Oksidant olarak, H2O yerine
H2O2 kullanılır.
• Katalaz: H2O2’nin hem verici hemde alıcı
olarak kullanıldığı tek enzim.
 2.Transferazlar
• Alıcı ve verici arasında grup transferini yapan
enzimlerdir. Amino, açil, fosfat, tek karbon,
glikozil grupları transfer edilmektedir.
• Aminotransferazlar(transaminazlar)
• Amino grubunun bir amino asitten, alıcıbir keto
asite transfer eder ve yeni bir amino asit ve yeni
bir keto asit oluşumunu sağlar.
• Önemli 2 örnek:
• Alanin transaminaz(ALT)=(GPT)Glutamat piruvat
transaminaz
• Aspartat transaminaz(AST)=(GOT)
Glutamat oksaloasetat transaminaz
• ALT
Alanin+α-ketoglutarat ↔ Piruvat+ Glutamat
GPT
AST
Aspartat+α-ketoglutarat ↔ Oksaloasetat+ Glutamat
GOT
• Kinazlar: ATP ve diğer nükleosid
trifosfatlardan labil γ-fosfatın alkol veya
amino grubu alıcısına transferini katalize
ederler. Bu alıcılar, glukoz gibi küçük
organik moleküller veya protein gibi
makromoleküllerdir. Ör. Protein kinaz A
bazı spesifik enzimlerin serin hidroksil
grubuna ATP’den aldığı fosfatı transfer
eder
• Proteinin fosforile formu, non fosforile
formuna göre çok veya az aktif olabilir
(türlere göre).
• Genel olarak transfer edilecek grubun
aktive edilmesi gerekir, bu da transfer
öncesi labiliteyi sağlar.
• Genelde bu olay, ATP ‘nın katkısıyla ester
oluşumu ile sonuçlanır.
 3. Hidrolazlar
• Bu grup enzimler, transferazların özel bir sınıfı
olarak kabul edilebilir, bunlarda verici grup suya
transfer edilir.
• Genel de reaksiyon C-O,C_N,O-P ve C-S
bağlarının hidrolitik yıkımın ilgilendirmektedir.
Peptid a bağının kırılması, bu reaksiyonlara iyi bir
örnektir.
• Proteolitik enzimler, peptidazlar olarak isimlen-
dirilen hidrolazların özel bir sınıfıdir. Fosfatazlar,
fosfat gruplarını, suyun OH ile yer değişmesini
katalize eder.
• Protein fosfatazlar,protein kinazların ters
fonksiyonunu yapar.
• 4. LİYAZ LAR
• Su, amid ve CO2 elementlerini ekler veya
uzaklaştırır. Dekarboksilazlar, CO2’yi α veya β-
keto asit veya amino asitlerden uzaklaştırır.
• Dehidratazlar, dehidrasyon reaksiyonunda suyu
uzlaştırır
• 5.İZOMERZ LAR
• Bu heterojen enzimler farklı tip izomerizasyonları
katalize ederler. Bunlar cis-trans, aldoz-ketoz
etkileşimleri içerir.
• Asimetrik C atomlarının iversiyonunun katalize
eder izomerazlar, ya epimeraz yada rasemaz dir.
• Epimeraz
• D-ksililoz 5-fosfat ↔ D-ribuloz-5 fosfat
• rasemaz
• D-laktik asit ↔ L-Laktik asit
• Mutazlar, fosforil gibi grupların
intramoleküler transferini ilgilendirir. Bu
transfer direkt olabilir, ancak ara ürün
olarak fosforile enzimi çerebilir.
• Fosfogliserat mutaz; 2-fosfogliseratı, 3-
fosfogliserata dönüşümünü katalize eder
• 6. LİGAZ lar
• Ligate; bağlatma demek olduğundan,bu enzimler,
ATP ‘ninyüksek enerjili fosfat bağı varlığında iki
molekülün birleştiği sentetik reaksiyonları
içermektedir. Sentetazlar bu grup içindedir.
• Amino açil tRNA lar, açil Koenzim A, glutamin
oluşumu, ayrıca CO2’nin piruvata eklendiği
reaksiyon ligaz lar ile katalize edilir.
• Piruvat karboksilaz, ligaz için iyi bir örnektir