PMFE Principi Molekularne I Fenotipske Evolucije Skripta PMFE

Ä PREDAVANJE 1.
Pitamo se:
- Kako su nastali živi organizmi.
- Kako su nastali molekulski mehanizmi koji leže u osnovi živog, kako su se prvi molekuli
spojili i napravili molekulsku mašineriju koju danas molekularna biologija proučava.
Kako je sve nastalo: od prvih molekula pa do jednike kakvu danas vidimo bilo kojoj vrsti da
pripada.
Teme:
Evolucioni trend nije toliko povećanje informacije koja će dati neki protein koji će da
obavlja neku fju, već je evolucioni trend usložnjavanje načina regulacije ekspresije gena.
Evolucija regulacije ekspresije gena se pokazala kao ključni momenat u evoluciji fenotipske
složenosti organizama.
Ekspresija gena
Transkripcija = preisivanje DNK u RNK
RNK dolazi do ribozoma i tu se prepisuje u protein.
Gen (klasična definicija): je deo genoma u molekulu DNK koji se prepisuje. Gen je niz koji
nosi informaciju za sintezu proteina (tj. polipeptida). Gen je sekvenca koja kodira samo neki RNK
molekul.
Na klasičnom nivou je ekpresija informacije dobijanje proteina koji treba da obavlja svašta u
ćeliji i to je taj fenotip koji se prepiše na osnovu infromacije na RNK. Protein je fenotip.
Danas znamo:
Nivoi regulacije ekpresije gena (počevši od toga da li će se ovaj gen uopšte transkribovati)
su jako složeni: cis i trans regulacija (cis regulatorni elementi kontrolišu da li će doći do
transkripcije, to su nizovi koji se nalaze uz gen - promotori, utišavači, pojačavači. TF se vezuju za
cis regulatorne elemente, ako se TF npr. veže za cis regulator doći će do ekpresije gena i
prepisivanja u iRNK.) To je prvi nivo regulacije.
Takođe DNK nije gola u jedru, u kontaktu je sa histonima i nehistonskim proteinima. I tu na
nivou histona postoje različiti vidovi modifikacija koje određuju da li će određeni gen biti
eksprimiran ili ne.
Sledeći nivo regulacije ekpresije gena je kada se dobije primarni transkript RNK - i to je
alternativna obrada. Poliadenilacija poliA repić koji se dodaje jako utuče na to kakva će biti sudbina
tog RNK i da li će se na kraju dobiti protein.
Dalje, u transkriptomu (=skup RNK molekula u ćelija) nalaze se i RNK molekuli koji imaju
samo ulogu da kontrolišu šta se dešava sa drugim RNK molekulima u ćeliji. To je još jedan veoma
važan vid regulacije ekpresije gena.
Kada se dobije RNK molekul kada će i da li će ući u proces translacije.

Da li će polipeptid biti modifikovan dodatno.
Znači svi ti nivoi regulacije su evoluirali, usložili su način na koji se ekprimira gen i dali mu
potencjal da u razlilitim organizmima (vrstama) radi različite stvari.
Moderna sinteza - priča o evoluciji je jednaka promeni genetičke strukture populacije tj.
promeni učestalosti genotipova i učestalosti alela u populaciji. Moderna sinteza je genocentrična.
Nova koncepcija koju zovemo Evo-devo podrazumeva da nije samo važno kako se menja
učestalost alela u populacije, već je važni i na koji način ti geni učestvuju u procesu razvića jer ono
što nas u evoluciji zanima jeste fenotip, a ne konkretno gen. Na koji način evoluiraju obrasci
2

SKRIPTA, Principi molekularne i fenotipske evolucije, Ivan Petrović 2015
razvića, gde je tu uloga različitih segmenata u procesu regulacije i na koji način, na kraju, obrazac
razvića ogrničava procese evolucije i to je Evo-devo.
Fenotip (različita svojstva organizama) ne zavise samo od toga koji geni se nalaze u osnovi
formiranja razvića različitih osobina, već i od toga u kojoj životnoj sredini jedan organizam živi.
Kakvi su uticaji spoljašnje sredine na formiranje i razviće organizma. Na koji način se to može
odraziti na procese evolucije.
Promena fenotipa može prethoditi genetičkoj promeni populacije.

________________________________________________________________________________
Šta je evolucija?
Biološka evolucija predstavlja procese progresivnih promena u genetičkim i/ili
ontogenetskim sistemima koje su primarno zasnovane na izmenjenim interakcijama populacija i
životnih sredina.
Progresivno - bolje prilagođeno sredini. A ne složenije, jer progres po defoltu ne znači
usložnjavanje (povećanje kompleksnosti). Progres znači povećanje uspešneosti u odeđenoj životnoj
sredini tj. povećavanje adaptivne vrednosti koju možemo meriti npr. povećanjem brojnosti
populacije u odeđenom staništu.
Genetički ili ontogenetski sistem
Genetički sistem = Genetičke promene - promene genetičke strukture populacije, promene
učestalosti genskih alela. Genetička struktura populacije je učestalost genotipova i alela u jednoj
populaciji. Kada se to menja iz generacije u generaciju kažemo da je došlo do evolucione promene
na tom genetičkom nivou. Može da se desi i mutacija koja će da unese novu genetičku varijabilnost
u populaciju, koja može biti izvor novih pravaca evolucije itd.
Genetički sistem podrazumeva da se ne menjaju samo učestalosti alela, rekombinacije
menjaju kombinatoriku tih alela u jednoj populaciji.
Genetički sistem podrazumeva i ontogenetske sisteme, tj. na koji način su različiti geni u
genotipovima međusobno u interakciji, na koji način jedan gen reguliše ekpresije drugih gena, na
koji način dolazi do formairanja određenog fenotipskog svojstva organizama u jednoj populaciji.
Sve to jeste rezultat evolucione promene kroz vreme.
Genetički sistem podrazumeva i ekološke promene populacije jer od genetičkog sistema
zavisi uzrasna struktura, sistem ukrštanja i genetičke posledice sistema ukrštanja, brojnost
populacije itd.
Genetički sistem u najširem smislu podrazumeva sve ovo.
Evoluciona promena je promena svih ovih parametara populacije.

________________________________________________________________________________
1. Zašto je teško razumeti evoluciju?
Jedinka ne evoluira. Evolucija podrazumeva genetičku promenu, a jedinka kad se rodi ne

menja se genetički, čitav život ima genetički materijal nasleđen od roditelja, znači jedinka ne
evoluira. Jedinke jesu predstavnici živog (Manifestacija živog je jedinka), život evoluira, a jedinke
ne.
Mi možemo da vidimo promene koje se dešavaju kod jedinke od oplođene jajne ćelije pa do
smrti, ali to je ontogeneza (individualno razviće). To nije evolucija. Evolucija je genetička promena.
Jedinka nastaje od opđene jajne ćelije i svaka njena ćelija ima isti genotip (ovde ne račaunamo
somatske mutacije koje mogu da se dese). Genotip jedinke se ne menja tokom života jedinke i zato
jedinka ne evoluira.
Populacija evoluira - u narednu generaciju prolaze neke varijante, a neke ne. Menja se
genetička struktura, jer su neke genetičke varijante češće u narednim generacijama, a neke druge
3

nestaju; pojavljuju se neke nove varijante koje se prenose ili ne prenose u naredne generacije. Znači
genetički sistem se menja. Zbog toga je evolucija proces čije je osnovna jedinica populacija.
Da bismo razumeli evoluciju neophodno je d aprevaziđemo dva osnovna filozofska

konteksta: 1. Tipološko mišljenje i 2. Preformacionizam.
Tipološko mišljenje (esencijalizam): Od samog početka života postoje različiti tipovi koji
imaju neka esencijalna svojstva koja se ne mogu menjati u procesu evolucije.
“Stalne nepromenljive “ideje” na kojima počiva opažena raznovrsnost jedine su stvarne i trajne” (Platon).
Platonova idealistička filozofija: postoji jedan idealan svet jedini i pravi, stalni svet, i to je
svet ideja. Materijalistička manifestacija tog sveta ideja (tj. ono što mi vidimo) je nesavršen pokušaj
kopiranja tog odealnog sveta. Materijalsizacija idealnog sveta je nesavršena i prepuna grešaka.
Platon kaže: da u tom svetu ideja koji mi ne možemo spoznati postoje idelani tipovi eidosi,
koji podrazumevaju da svaki tip života koji mi vidimo (npr. čovek) postoji u tom svetu ideja kao
holotip u potpunom savršenstvu. Kada taj hootip pokuša da se materijalizuhe u ovom materijalnom
svetu, dobije se mnogo grešaka i zato smo mi međusobno različiti. Ovaj materijalistički svet je
nesavršen, svako od nas odstupa manje-više od tog idealnog tipa i zato smo mi nesavršene kopije
idealnog sveta. Jednio što je stabilno su te ideje u idealnom svetu.
Aristotel (Platonov učenik): preuzima Platonovu idealitičku filozofiju, ono što je eidos to
je prirodno stanje stvari ili što je Toma Akvinski nazvao esencija. Postoji esencija "biti čovek",
postoje svojstva tog tipa "biti čovek". Razlika između nas je posledica toga što tokom ispunjavanja i
ostvarivanja tog idealnog tipa dolazi do gomile grešaka pod uticajem životne sredine koje nas
odvlače od idealnog tipa - eidosa, esencije. Jedno što stvarno postoji je idealni tip, a mi smo ustvari
svi odstupanja od prirodnog stanja stvari.
- Nepromenljiva suština “tipova” (vrsta)

- Potpuni diskontinuitet između pojedinačnih eidosa (tipova)
- Eidos (tip) je stvaran, varijabilnost je iluzija
Mizogena kompnenta i Platona i Aristotela.

Aritostel: Idealni tip "biti čovek" je biti muškarac sa određenim idealnim karakteristikama.
Muškarci takođe nisu idealni jer tokom njihovog razvića dolazi do mnogo disturburajućih efekata
životne sredine, pa zato i oni svi manje-više odstupaju od idealnog tipa. Najgore odstupanje od
idelanog tipa su žene; loši uticaji u prcesima razvića dovode do toga da nastane žena.
Platon je imao slične mizogene varijante, pa je po njemu nastanak žene rezultat
reinkarancije muškaraca iz prethodnog života koji je bio jako loš - ignorant, glup, prevarant. Žena bi
nastajala kao reinkarnacija jednog takvog muškarca.
Esencija, esencijalizam - kaže da evolucije ni nema, jer tipovi (esencije) postoje u

idealnom svetu. Esencija je ono što je jedino stvarni i trajno, varijabilnost je iluzija. Varijabilnost je
posledica tih disturbirajućih efekata, posledica materijalizacije idealnog sveta. Ako postoje idealni
tipovi, oni su nepormenljivi, tako da po esencijalizmu evolusije ni nema. Ne postoje prelazne forme,
ne postoji mogućnost da od jednog tipa nastane nešto drugo.
Ovo je za Hrišćansku teološku filozofiju bilo strašno prihvatljivo, jer se uklapa u ideju da je
natpritodni tvorac napravio te tipove kada je već pravio taj svet i to je tako, ne postoji mogućnsot da
seto menja. To je razlog zašto je biologija sve do Darvina bila teološko prirodnjaštvo. Aristotel je
kriv za to.
U psihološkom smislu, Aristotel je takođe važan i psiholozi kažu da smo svi mi ljudi "mali
Aristoteli", iz razloga što kada vidimo toliko raznovrsnot predmeta ili bilo čega sa čim se susrećemo
mi imamo tendenciju da razvrstavamo te stvari, pa ćemo sve čarape u jednu fijoku,bez obzira da li
4

je to kratka čarapa, duga, šarena ili jednobojna, mi znamo da je to taj tip - to je ta fijoka to je ta
čarapa. Lopta može biti velika, mala, šarena to je lopta, to je esencija koja nama omogućava da
određeni predmet svrstamo u određenu kutiju. Ta potreba da razvrstavamo stvari po psiholozima je
nužna, jer u suprotnom, bez mogućnosti da mi razvrstamo sve sa čime se suočavamo ne bismo
mogli da opstanemo u ovom raznovrsnom svetu. Da bismo razumeli fenomene mi nužno moramo
da ih razvrstavamo.
Problem je u tome što nas to u velikoj meri sprečava da razumemo evoluciju. Nikada od
čarape neće nastati lopta, toj lopta, to je čarapa i između njih ne postoji ništa.
Preformacionizam
Ovaj pojam se takođe vezuje za Aristotelovsku filozofiju. Tu se smatra da jedinka kakvu je
vidimo nastaje iz preformiranog maleckog bića koje se nalazi u spermatozoidu (pošto su bili
mizogeni onda je speramtozoid taj koji nosi instrukcije za razviće tog idealnog bića). Jedino što
treba da se desi sa tim čpvečuljkom u spermatozoidu je da on poraste. Dakle, svako je preformiran
već unapred.
Ako ste preformirani unapred, ako ti gameti sadrže informaciju esencije, ne postoji
mogućsnot da budete drugačiji ni da se menjate.
To bi na nivou evolucije značilo da evolucije nema, da je ontogeneza isto što i filogeneza, a
to je samo ostvarivanje imanentnog potencijala koji je unapred već dat i formiran. Prvo značenje
pojma evolucije se upravo odnosilo na individualno razviće, a individualno razviće je jednako
filogeniji (fiologenezi) dakle onome što možemo da napravimo kao drvo života, a to drvo života je
samo naša konstrukcija, ono ne postoji jer se ne može izvesti ništa iz prethodnog stanja - to su
fiskiran stanja.
Antiesencijalizam
Dolaskom Darvina esencijalizam je okrenut naglavačke u antiesencijalizam. Darvin kaže da
ne postoji idealna tip, idealan tip nije prirodno stanje stvari. Prirodno stanje stvari je varijabilnost,
individualna različitost. To nije iluzije, to je način manifestacije prirode. To je bilo ključno za
započinjanje bilo kakve evolucione ideje. Morali smo da se odmaknemo od esencijalizma koji je
stopirao svaku evolucionu ideju i morali smo da prihvatimo da je realnost varijabilnost koju vidimo.
Darvin je an tome izgradio populacijono mišljenje, to je bila početna tačka od koje možemo da
počnemo da govorimo o evoluciji organizama. Bez različitosti u populaciji nema evolucije.
Esencijalizam je morao niti isključen iz biologije da bi mogla da se rodi evoluciona biologija. Danas
znamo mnogo više nego što je Darvin znao koji je imao inače dosta pogrešnih ideja o nasleđivanju i
nastanku varijabilnosti, ali sve to nije važno jer njegova osnovna ideja je od presudne važnosti - jer
to je individualna varijabilnost i ne postoje dve identične jedinke na svetu (osim monoigotnih
jedinki, ali i tada postoji varijabilnost poreklom od uticaja životne sredine i fenotip će biti različit).
Na kraju sumiramo zašto ljudi ne razumeju evoluciju. Evolusija nema veze sa

svakodnevnim životom. Ljudi najbolje razumeju kada nešto vide i pipnu. Da li mi vidimo evoluciju
tokom svog života? Posebno ako smo antievolucionsita pa mislimo da je evolucija isključivo
nastanak novih vrsta. Nismo videli tokom života da je nastala nova vrsta npr. pande. Ako bakterija
evoluira na antibiotike, to nije dovoljno za antievolucioniste koji će reći da je to nije nova vrsta, već
samo novi soj.
- evolucija nema nikakve veze sa svakodnevnim životom
- vremenske dimenzije su neshvatljive
- strepnja od “dva ništavila”
5

To je osnovni problem evolucije jer je mi u suštini ne vidimo, i ne vidi je posebno neko ne
razume šta je evolucije - da je to promena genetičkog sistema itd.
Moguće je pratiti evoluciju u laboratoriji ali ne očekujemo dobijanje nove vrste od vrste
kojim se bavimo.
Vremenske dimenzije koje podrazumevammo u procesu evolucije su psihološki

neprihvatljive. Od poslednjih 4.5 milijarde godina znamo naš mali život koji traje koliko god traje,
to je vreme koje mi razumemo. Naš život ne može da isprati celokupan prtok vremena. Mi
razmišljamo u trenucima (vremenskim deonicama), npr. razmišljamo o trajanju ovog časa,
ramišljamo kada je počeo i kada će se završiti. Teško je da pojmimo procese koji su imali svoj
početak ali mu ne vidimo kraj.
Teško nam je da zamislimo da je nešto postojalo pre nas i da će nešto da postoji posle
nas.To je psihološka strepnja od dva ništavila - ništavila pre i posle. I taj psihološki momenat nas
odbija od ideje da je evolucija realnost u prirodi.
“Kreiranje” života (ovaj deo ima u knjizi)

Početak razumevanja postanka života.
Evolucione ideje su veoma stare. Pominjalni smo Aristotela u negativnom kontekstu, ali bilo
je drugih jo starih grčkih filozofa koji su smatrali da evolucija jeste proces koji se dešava u prirodi,
apsolutno nemajući ideju o tome na koji način se to dešava. Postoji velika tradicija naturalizma u
staroj grčkoj filozofiji koji kaže da se prirodni procesi mogu objasniti prirodnim zakonima. Stara
grčka filozofija nije imala nikakve naučne instrumente, nije bilo razvijene metodologije naučnosg
istraživanja, indukcija i dedukcija se sreću kasnije tek u 17. i 18. veku.
Tokom vladavine metafitičkih ideja o tome šta je život, a koje su personifikovane u
Aristotelovskom čitanju biblije, postojali su periodi rađanja novih evolucionih ideja, tj. periodi
vraćanja naturalizmu staro-grčkih filozofa.
Početkom 17-18 veka stvari u civilizacije se bitno menjaju, počinje indutrijska revolucija
koja je podrazumevala tehnologiju)da se podaci iz prirode razumeju i povezuju, da bi npr. napravila
mašina za kopanje rudnika itd). Morali su da se razumeju prirodni fizički fenomeni. Tehnologija
postaje pogled na svet, drugačiji pogled, dakle nije bila dovoljna mistifikacija i metafizika, bilo je
potrebno primenljivo operativno znanje.
Francuska revolucija i nastanak "Prosvetiteljstva" nove ideje i pristupa razumevanju sveta

obeležen radikalnim odvajanjem društva i prirode od religije. Tu je bilo presudan osion odnos
francuskih kraljeva prema svojim podanicima. Luj XV je bio posebno surov, i on je inicirao celu
ideju da državu i prirodu treba posmatrati nezavisno od religije. Do njega je postojala teza da je
kralj personifikacija Boga, kralj na zemlji manifestuje Božju volju u nekom društvu. Ako je vladar
surov i vlada sa ubeđenjem da je personifikacija Boga, narod je došao do zaključka da ako je takav
Božiji predstavnig na zemlji, onda je to iracionalan i surov Bog. Jer ne mogu se ugnjevati ljudi i biti
predstavnik blagodornog Boga.
Tada se javljaju ideje, da ako je Bog stvorio planete i zvezde koje se kreću po pravilnim
putanjama (nauka je tada bila dovoljno razvijena da to razume), onda bi Bog morao biti racionalan,
a ne iracionalan Bog personifikovan kraljem.
Dakle, prvi put se javljaju teističke ideje. Teizam: Bog je stvorio prirodu i njene zakone i
više se ni u šta ne meša - to je racionalan Bog, koji više nema dodira sa dešavanjem u prirodi i
društvu.
Prvi put se javljaju i ateističke ideje - a to je potpuno vraćanje na stari-grčki naturalizam da
se sve što vidimo može objasniti prirodnim zakonima, kako u društvu, tako i u prirodi. Prirodni
zakoni su manifestacije prirode ili odnos između ljudi koji nisu date od natprirodnog tvorca.
Prvi put se kodifikuju ideje teizma i ateizma, i to je pokrenulo mnogo novih evolucionih
ideja, ali još sa nepoznavanjem procesa i kako uopšte do evolucionih promena može doći.
6

Lamark i Darvin su dali prve

p evolucione teroije. Postojalo je još mnoggo drugih ideja koje ni
na koji način nisu bile objašnjenee što je preduslov da se nešto nazove teorijom
m u nauci.
Oni koji su bili evolucionisti (bilo tesiti ili ateisti) su smatrali da živvo od neživog nastaje u
procesu koji zovemo spontana generacija.
g U jednom koraku iz nežive prirrode može nastati živa
priroda. To je tada bilo jedino mooguće rešenje za evolucionu ideju.
Tadašnji evolucionisti su smatrali da je život nastao iz neživog, ali niisu znali na koji način
pa su prohvatili ideju spontane geeneracije.
Bez obzira da li su tada mislioci

m bili evolucionisti ili antievolucionistti (teistički mislioci ili
prirodnjaci) smatrali su da postooji oštra razlika između živog i neživog. Razliku R između živog
bića i nežive prirode čini enteleehija (životna sila), nešto što uliva život nekom
n objektu koji će
nakon toga postati živo biće i imaati životne procese.
I jedni i drugi su smatrali da je bitna razlika između živog i neživog poostojanje vitalne sile.
Kreacionisti su smatrali da
d je tu životnu silu ulio Bog. Natprirodni tvorac
t je taj koji uliva
životnu silu.
Evolucinosti nisu imali ideju
i šta je životna sila, tu postoje elemennti metafizike i taj se
koncept u evolucionoj misli zovee Vitalizam. Nema tačnog razumevanja šta je to živo, ali je jasna
razlika između živog i neživog taa životna sila koja nije potpuno shvaćena u toom dobu.
Dakle ili Kretor ili su Nepoznate
N životne sile rezultirale pojavom Elan vitale-a u živim
bićima.
Odnos teologa prema id deju sponatane generacije. Mnogi su smatraali da se može desiti da
jedno živo biće nastane iz drugogg živog bića ili iz nežive prirode:
-Nekim Teolozima je to bilo
b prihvatljivo samo uz ideju da je natprirrodni kretor taj koji će
dati životnu silu.
-Drugi se sa tim nisu slaggali i smatrali da je sve što je žživo nastalo pre 6.000 godina za 6
dana geneze i ne može nastati bilo kakvog novog nastanka života mimo toga.
Naravno danas znamo daa živo ne može da nastane od neživog na maah, odjednom. Ta ideja
sa uveđenjem nekih naučnih metaoda u proučavanje spontane generaccije odbačena. Ideja
sponatane generacije odbačenaa.
Eksperimenti koji su opovrgli spoonatanu generaciju:

Ideje da iz mesa koje trulli sponatano nastaju crvi, (trulo meso - pa je logično bilo zaključiti
da su crvi nastali iz neživog mateerijala jer meso koje truli više nije živo. Posttojale su razne ideje da
se iz busena trave može dobiti jeggulja. Bil je mnogo recepeta za pravljenje živvog iz neživog.
7

1) Frančesko Redi (1626 – 1698), italijanski lekar - meso i crvi. On je napravio dobar eksperiment.
Prvi koji je upotrebio jasnu naučnu metodologiju u istraživanje fenomena. Uzeo je dva mesa koja
trule, jedno je pokrio gazom, drugo nije i pokazao je da bez sletanja muva na meso ne mogu nastati
crvi.
2) Antoni van Levenhuk (1632 – 1723) – pronašao mikroskop pomoću koga imamo uvid u sićušni
svet koji nije bio vidljiv golim okom. Viđena je velika složenost mikroskopskih organizama, ta slika
mikroskopskih bića je išla u prilog biblijskom stvaranju iz razloga što su oni toliko složeni da je
nemoguće da nastanu na mah, odjednom.
Mirkoskopi su navodili priču ka biblijskom stvaranju, a nasuprot spontanoj
generaciji.
3) Luj Paster (1822 – 1895) – nema spontanog “kvarenja” materije. On zatvara priču o spontanoj
generaciji svojim ekperimentima. Pravio je staklene boce u koje stavljao sterilisane supstrate i onda
ih je sa ili bez zaštite dovodio u kontakt sa spoljašnjom sredinom. Ustanovio je da mikroelementi
(tj, ta živa bića koja vidimo samo pod mikroskopom) se nalaze svuda oko nas, i ako mi sterilisiani
supstrat zaštitimo i ne dozvolimo pristup zagađenom vazduhu neće doći do kvarenja supstrata tj.
kavarenja materije. On jednostavno i lako demonstrira da nema spontanog kvarenja, da nema
spontanog nastanka tih mikroorgaizama koji izazivaju kvarenje, već se materija kvari samo u
kontaktu sa MO koji su svuda okolo. Luj Paster je bio izraziti kreacionista, bez obzira što je njegov
poristu problemu bio izrazito naučni i naučno utemeljen, on je svoje nalaze koji ne govore u prilog
spontanoj generaciji koristi za promovisanje kreacionističkog učenja tj. prvih strana Biblije koje
govore o kreiranju od strane natprirodnog tvorca.
Ulazak hemije potpuno obara vitalizam. Hemija je oborila vitalizam.

Hemija je do kraja 19. veka bila dobro razvijena da su hemičaru svojim (za današnje uslove
primitivnim laboratorijama) uspeli da da sintetišu mnogo organskih jedinjenja iz neorganskih
molekula.
Do tada su uspevali da izoluju različite aminokiseline iz živih bića, ali onda postaju
sposobni da sintetišu organske molekule iz neroganske materije: Ak, šećere, azotne baze.
Hemije je bila dobro razvijena da različiti organski molekuli mogu nastati iz neorganiskih
molekula.
To nije ni danas sporno - iz neorganskih nastaju organski molekuli koji su sastavni deo živih
bića. Stenli Miler - eksperimenti prebiotičke hemije. Takvih eksperimenata je bilo još i zaključneno
je da ukoliko su obezbeđeni uslovi možemo apsolutno dobiti različite organske molekule na osnovu
neorganskog supstrata koji dodajemo u neku reakciju.
Ugljvodonični hondriti tj. meteoriti koji stižu iz svemira nose određeni procenat organskih
molekula.
Iz svemira nam dolaze organski molekuli (AK, neke nama nepoznate a i one koje su nam
poznate na zemlji i koje ulaze u sastav živih bića, razni šećeri, razni stereoizomeri različitih
molekula), to govori da u zavisnosti od uslova, ako postoje adekvatni uslovi možemo da
dobijemo organske molekula vrlo lako.
Najbolja ilustracija toga je Stenli Miler koji 20 godina od svojih prvih eksperimenata
pronalazi u svom frižideru jednu epruvotu kojoj je držao cijano-vodonik. Nakon 20 godina u
frižrideru on u toj epruveti pronalazi ogromnu koncentraciju adenina. Dakle ništa toj epruveti nije
ponudio, osim što je stajala u zanrzivaču gde se zaledila voda i time se povećala koncentracija
neorganskog molekula i dobio se adenin.
Ispostavilo se da je nastanak organskih molekula od neorganskih vrlo lak od neorganske
materije.
Da li je to cela priča o nastanku organskih molekula? Nije je dovoljno da nastane AK ili
gomila AK ili gomila šećera i da se dobije živo biće. Potrebno je prvo polimerizacija -
biomakromolekuli su polimeri. Prvi otkriveni polimeri su polimeri AK (tj. proteini) i otud i ime
protein (prvi, osnovni). To je značilo da su živa bića sačinjena od tih malih organskih materije koji
mogu lako da nastanu od neorganskih molekula, ali je važno da se na specifičan način organizuju i
8

polimerizuju jer su ti biomakrom molekuli jesu funkcionalni životni molekuli i neophodni n za postanak
života.
Fridrih Mišer otkriva iz gnoja na zavoju novu klasu organskih molekula m - nukleinske
kiseline, i otkriva da se one sastooje od šećera, fosforne kiseline i azotnih bazza i takođe je polimer.
Ploimeri AK i nukleinske kiselinee su dva osnovna biomakromolekula.
Šta je život - redukujemo celu stvar na hemiju: život je specifična hemijskah organizacija
molekula. Ako ukinemo određeenu hemisjku ukinućemo i život. Mnogi se filozofi f neće složiti sa
ovim redukovanjem pitanja životta.
Henije je izbacila vitalizaam i više nam nije potrebna neka vitalna siila. Hemija kaže da je
život rezultat organizacije različittih molekula koji vrlo lako nastaju iz neorgannske materije.
Problem koga je svesnaa i nauka je na koji način je došlo do polimeerizacije molekula i to

na način da se dobiju polimeri bioomakromlekuli koji su životno funkcionalni i koji obavljaju sve što
treba da se obavi u jednom organnizmu.
Ukoliko je to sponatanoo, ako u jednoj čaši postoji gomila različiitih molekula koja je
verovatnoća da će se oni polim merizovati na tav način da se dobije živottni proces u toj čaši?
Verovatnoća da se iz malih organskih molekula dobiju funkcionalni molekuli koji su u
odgovarajućim međusobnim inteerakcijama je nula. I to je osnovni antievollucioni argument - ne
postoji način uz toliko malu verrovatnoću da se dobije adekvatan biomakromolekul koji će raditi
određenu životnu funkiju. I to je osnovni antievolucioni argumetn i kreacionssti će reći da ne postoji
način da na osnovu tako malih i ništavnih verovatnoća dođemo do funkcionnalnog živog procesa i
funkcionalno živog molekula.
ma:
Pogrešno u svim ovim premisam
Hipoteza srećnog inciddenta se bazira na toj maloj verovatnoći da se slobodnim

kombinovanjem dobiju funkcionnalni biomakromolekuli. Zato su mnogi sm matrali da je postanak
života vrsta čuda - singularitet, jeednom se desilo i više se ne može nikad desitti postanak života zato
što su te verovatnoće toliko male.
Kreacionisti će reći da te male verovatnoće negiraju mogućnost sponaatanog nastanka života,
a naučnici koji smatraju da je život singularitet smatraju da je do toga došlo uprkos malim
verovatnoćama.
Obe strane koje kažu da jee život singularitet polaze od 3 pogrešne prem
mise:
1) Biološke verovatnoće sus ograničene zakonima fizike i hemije.

Da li je u toj kombinatoriici malih organskih molekula svaki polimer podjednako
p verovatan?
Da li od gomile AK, šećera možee da nastane bilo kakav molekul? Šta određuje kakav će molekul da
nastane u interakcijama malih orrganskih molekulula - zakoni fizike i hemije. Biološke verovatnoće
nisu neograničene, nisu stohastiččne, one zavise u velikoj meri od zakona fiziike i hemije. Ne može
bilo koji mali molekul da se spojji sa bilo kojim drugim malim molekulom. Ne N može jedan polimer
da ima istu fizičku i hemisku staabilnost kao i bilo koji drugi polimer. Čak i povećanje molekula i
9

nastanak polimer znači da se oni međusobno razlikuju - neki su više stabilni, neki manje, neki će
brzo da se razgrade, a neki će ostajati sekund, dva ili 5 sekundi duže.
Znači, biološke verovatnoće nisu stohastične, već su određene zakonima fizike i hemije i ne
postoji mogućnost da se napravi bilo kakva kombinacija bilo čega. Dakle to već značajno smanjuje
onu polaznu malu verovatnoću da je život nastao sponatano hemijskim reakcijama.
2) Sledeća stvar koje je pogrešna u gledanju na život kao na singularitet je ideja da je život
morao da izgleda baš ovako kako danas izgleda. Da su sve molekulske interakcije morale biti baš
takve kakve su danas i nikakve drugačije. Uopšte nije moralo biti tako. Mi možemo da kažemo da
iz te raznovrsnosti raznih molekula koji su nastajali mnoge te kombinacije nisu bile stabilne, bile su
razgrađivane i nestale su, ta molekulska mašinerija je mogla nastajati na milijarde različitih načina.
Zašto je opstala ova? Opstala je ova zato što je za te uslove bila najbolja. Da su bili drugačiji uslovi
na toj prvobitnoj zemlji, možemo da zamislimo da su neke druge molkulske inteerakcije mogle da
budu te koje su najoptimalnije za te drugačije uslove.
Ovde je osnovna ideja ta da život apsolutno nije morao izgledati ovako i najveravatnije da
nije bilo raznih događaja koji su odredili pravac nastanka ovakvih molekulskih interakcija koje su
prisutne kod savremenih organizama, savremeni organizmi bi izgledali bitno drugačije tj. bili bi
zasnovani na bitno drugačijim procesima.
Npr. da li bi nastao čovek da nije bilo najpoznatijeg izumiranja dinosaurusa pre 65 miliona
godina, da taj meteorit nije upalio zemlju tada - ne bi.
Znači: da je gomila slučajeva odredila i opredelila način evolucije života na zemlji; i da
vratimo još priču unazad: hemijski procesi koji su se našli u određenim uslovima - ambijentu
(Temperatura, pH itd.) su odredili pravac evolucije molekulska mašinerije kakve imamo danas.
3) Jedan od osnovnih argumenata antievolucionsta je nesvodljiva složenost.

Antievolucionisti kažu da je oko je funkcionalno samo ako ima sve elemente, ukoliko mu fali samo
jedan element to je nefunkcionalni organ. Pa se zaključuje da je oko, inteligenetno kreirano, moralo
nastati odjednom, da nije moglo postajati postepeno.
Danas evoluciona biologija ima mnogo dokaza da današnje strukture, uključujući
molekulske strukture i interakcije jesu nastajale postepeno.
Ovde je važna ekspatacija: da su strukture mogle nastajati evoluitrati za jednu funkciju, a u
daljem procesu usložnjavanja njihovog kombinovanja i poboljašavanja su mogle dobiti (kooptirati)
potpuno nove funkcije.
Postepenost je poznata u evolucionoj biologiji, i to je dakle deplasirani antievolucioni
argument.
Darvin je još naglasio da ništa ne može postojati sa anticipacijom da će jednoga dana biti
korisno. Svaki sistem koji nastaje mora biti koristan, tj. mora služiti ili bar biti neutralan ne smeteti
organizmu tada kada je nastao. Ne može da nastane neka struktura sa idejom da će nekada u
budućnosti biti korisna, ono što nastane mora biti funkcionalno u tom trenutku. U tom smislu, ono
što je nastalo i funkcioniše u jednom kontekstu može nekad kasnije tokom evolucije postati
funkcionalno u drugom kontekstu tj. biti ekspatacija za nešto novo.
Pitanje života je jedno vreme bilo i nenaučno, jer ako ne možemo da pokažemo kako je
nastao u susretu sa svim ovim problemima onda ćemo da krenemo od premise da je život oduvek
postojao i ignorisaćemo pitanje postanka života.
Jedno od prvih rešenja još 1908. Arenijusovo rešenje je da je život došao iz svemira i to je
koncepcija pnaspermije. Arenijus je 1908. godine prvi formulisao tu ideju - spore iz svemira su
10

došle i kolonizovale planetu zemlju. To ne daje odgovor na pitanje kako je život nastao, ako nije
nastao na zemlji onda bilo gde drugdeu svemiru.
Danas naučno zasnovan pogled na postanak života je: Princip kontinuteta

Princip kontinuiteta: svaki stupanj u evoluciji potiče i razvija se od prethodnog stupnja u evoluciji.
Po principu kontinuiteta imamo:
-prvo hemijsku evoluciju koja je podrazumevala nastanak malih organskih molekula,
polimerizaciju, interakciju između molekula, stvaranje održivih molekulskih struktura - to je
hemijska evolucija.
-na hemijsku evoluciju se nadovezuje, kada već imamo funkcionalan iole živ sistem koji
neke elemente živog, biološka evolucija (selekcija onih mehanizama koji su bolji od drugih
mehanizama itd.).
To je princip koji danas prihvatamo, živo nastaje iz neživog ali ne kako se ranije mislilo
sponatanom generacijom, već veoma postepeno po standardima principa kontinuteta. Jedna stvar se
nadovezuje na drugu: prvo imamo fiziku i hemiju, a onda biologiju tj. biološke evolucione
mehanizme kao dominantne.
Oparin i Holdejn su prvi koji su predtavili princip kontinuteta, definišući hemijsku evoluciju
kao polaznu tačku u postanku života.
Mnogi biolozi koji se bave postankom života će smatrati da su molekulski fosili dokaz da je
proncip kontinuiteta tačan. Molekulski fosili su strukture (delovi genetičkih molekulskih sistema)
koji su i dan danas takvi - nastali su nekada davno, ali zbog toga što su oni bili baza na koju su se
nadograđivali drugi elementi oni su i danas ostali kao takvi - zamrznuti u vremenu.
Da li bismo mogli da zamislimo mnogo efiksaniju bržu translaciju od ove koju danas imamo
kod živih sistema. Mnogo brži i efiksaniji sistem. Taj proces je u osnovi spor i ima grešaka pri
replikaciji i pored reparacionih mehanizama. Da li bismo mogli da zamilimo savršeniji i bolji
sistem?
Dakle, to što ti sistemi nisu savršeni i nisu potpuno precizni i efikasni, pristalice koncepcije
molekulskih fosila kažu da je to zato što su ti sistemi nastali jako davno i oni se nisu mogli menjati
zato što su oni bili osnova molekulskih sistema. Da bise oni pormenili potrebno ja jako puno
promena svega onog što je tokom evolucije stečeno. Dakle, molekulski fosili su u tom smislu
zamrznuti u procesu evolucije jer su ustvari osnova od koje se krenulo. Pojava različitih molekula u
nekom procesu je dala prvu trasu u tome kako će izgledati neki molekulski proces koji danas
vidimo.
11

Ä2.Predavanje
Postanak i rana evolucija genetičkih sistema
Nastanak prvih molekulskih interakcija koje su prethodile nastanku ćelije i svega što vidimo
u današnjem živom svetu.
Karakteristika živih bića je Modularnost. Moduli su delovi koji samo po sebi jesu entitet, u
priličnoj meri nezavisni od drugih delova, ali pojedinačno ne mogu da postoje, a zajedno čine jedan
sistem višeg nivoa koji dobija nova kvalitativna svojstva.
Emergencija (filozofski pojam): jedan entitet koji se sastoji iz delova nije jednostavan zbir
tih delova, već dobija potpuno nova svojstva koja su karakteristična za ceo sistem. Modularnost u
živom svetu možemo da vidimo na kom god hoćemo nivou: Biocenoza se sastoji od različitih
ekosistema, ekosistemi se sastoje od populacija različitih vrsta, populacija se sastoji od jedinki,
jedinke se sastoje od ćelija, postoje i viši nivoi od ćelija (sistemi organa, organi, tkiva), unutar ćelije
postoje moduli, organele su moduli ćelije.
Kada vraćamo ovu logiku unazad, kada postavimo pitanje postanka jednog takvog složenog
sistema, moramo da krenemo od ove osnovne ideje - modularnost.
Genom je modularan, modularnim ga čine delovi: geni, regulatorne sekvence, to različiti
delovi koji ga čeine modularnim.
Vraćamo se unazad i dolazimo do molekula, to je DNK molekul koji sačinjava genom
jednog organizma. I DNK se sastoji iz delova.
Unazad još, dolazimo do ideje da je i sam genom tj. molekulska mašinerija jednog
molekulskog sistema koji će dati živi sistem, takođe nastajao iz delića (1). Ti prvi delići su neki
oligonukleotidi, neki iscepkani deliči koji svako za sebe nosi određenu informaciju, koji su krenuli
da se udružuju (2). Dakle ideja koja prati ovu logiku odozgo na dole je modularnost. Ako mi danas
imamo organizme koji su po defoltu modularni, čitava biosfera je modularna, onda ne postoji razlog
da ne primenimo tu logiku i od samog postanka života.
Osnovna logika koju ćemo koristiti za rekonstrukciju postanka života od samih početaka
(pre 4.000.000.000 godina) jeste modularnost i glasi:
1

Pojedinačni elementi u biološkim (molekulskim) sistemima ne evoluiraju sami za sebe, već u
kontekstu koji čini interaktivni sistem (tj. u kontektu funkcionisanja i menjanja čitavog složenog sistema).
Znači, ne evoluira svaki molekul pojedinačno, on evoluira u kontekstu koga čini gomila molekula.
Gde je početak ovog načina razmišljanja.
Mi danas nemamo dilemo da mali organski molekuli mogu nastati iz neorganskih molekula.
Ali, ono što jeste problem, zanislimo zemlju ili neki njen mali deo npr. hidrotermalne izvore i da tu
iz neroganske materije nastaje mnoštvo malih organskih molekula; problem je kako iz tog mnoštva
malih organskih molekula dobiti nešto što je biološki životno funkcionalno. I to je prvi problem u
nastanku života - prenatrpanost mogućih reakcija. Svi ti molekuli mogu na različite načine da
stupaju u hemijske reakcije, da prave nove veće org. molekule, ali to potpuno stohastički, neuređeno
i prenatrpano. I prošli put kada je bilo reči o anti evolucionim argumentima, ovo je osnovni razlog
zašto je teško zamisliti da iz tog potpuno stohastičkog sistema može da nastane nešto što ima
biološku funkciju.
Prvi ptoblem u postanku prvih većih organskih molekula tzv. polimera (polimeri su osnovni
biološki molekul) je rešiti tu prenatrpanost reakcija u toj prebiotičkoj hemiji. tu se istraživači
prebiotičke hemije oslanjaju na ideju i na mogućnost neorganske katalize vrlo različitih procesa
polimerizacije. Neorganska kataliza polimerizacije = postoji mnogo različitih neorganskih molekula
koji mogu da doprinesu tome da se poređaju mali organski molekuli i otud se kaže glina je bila prvi
gen, jer je glina (odeđenog sastava) omogućavala vrlo stabilan raspored vezivanja nukleotida
jednog do drugog i samim tim katalizovala reakciju polimerzacije. Dakle, jedna od prvih stvari od
koje se ovde plazi je mogućnost da neorganski molekuli učestvuju u katalizi polimerizacije
malih organskih molekula. I to je danas prihvaćeno i pokazano brojnim eksperimentima.
Ukoliko pretpostavimo da razni neorganski molekuli mogu da katalizuju nastanak polimera

koji su važni za postanak života, onda postavljamo pitanje da li je svaki polimer podjednako
verovatan da će nastati i da li dovoljno stabilan da opstane. Ne, jer postoje fizički i hemijski zakoni
koji nešto čine mogućim a nešto nemogućim. Opstaće molekulikoji su fizički i hemijski stabilni.
Druga stvar od koje moramo poći je da su ti molekuli morali biti deo sistema koji je stekao
sposobnost da se replikuje.
2

I tu dolazimo do osnovnog problema u nastanku života a to je: nastanak takvih
molekula koji imaju sposobnost da se samoreplikuju. +-+-+-+-PITANJE 2
Koja su svojstva živog? Šta je život? - Metabolizam, da ima neki sistem koji mu omogućava
da opstaje, čak da raste i da se kopira. Sam početak života je morao da ima neki od tih elemenata.
yNajvažnije je da postoji mogućnost kopiranja odnosno nasleđivanja informacije - da
molekul roditelj i njegov potomak budu u najvećoj meri slični. Ukoliko nisu dovoljno slični,
premisa nasledljivosti pada. Kopiranje mora biti dovoljno precizno da bi potomak ličio na roditelje i
tada se može govoriti o nasledljivosti. Ukoliko je kopiranje nasumično to nije nasledljivost, jer se
sitem tad ne kopira.
yVarijabilnost je važna za postanak života. Varijabilnost nastaje zbog toga kopiranje nikada
nije do kraja savršeno. Uvek se dešavaju određene greške. Postojanje grešaka u određenoj meri je
važno zbog toga da bi bilo evolucije živog sveta. Kada bi svi bili isti ne može se očekivati da će se
bilo šta kroz vreme, kroz generacije menjati.
yKljučni mehanizam probirljivosti u varijabilnosti je prirodna selekcija. Opstaje ono što je
dovoljno dobro da bi opsatlo u datom trenutku, a više opstaje ono i više se umnožava (i povećava
svoju učestalost) ono što je bolje od drugih varijanti tog sistema.
Formula sa 3 osnovna člana - nasleđivanje+varijabilnost+PS i to je jezgro naše priče o evoluciji.
Ukoliko sistem puno greši, princip nasleđivanja pada, narušava opstanak tog sistema i
njegovu ulogu dalje u evolucionom procesu. Što je duži molekul i informacija koju određeni sistem
nosi veća je verovatnoća greške.
Iz tog razloga Ajgen je napravio model koji postavlja ovde nametnuto pitanje a to je
količina informacije koja može da ugrozi princip nasledljivosti i drugo, pronalazi rešenje za ovaj
problem.
On kaže da postoji prag dužine informacije koja omogućava princip nasleđivanja. Što je
duža informacija mogućanost greške je veća, i u tom smislu količina informacije mora biti ispod tog
praga, kako se ne bi narušio princip nasledljivosti. Taj prag zovemo Ajgenov prag. Npr. molekul
DNK, što je duži, a svaki nukleotid ima određenu verovatnoću da će mutirati odnosno da će
prilikom replikacije biti ugrađen pogrešan nukleotid, veća je šansa da će određene sekvenca biti
drugačija prilikom njenog kopiranja.
Ajgen takođe kreće od teze da su prvi genetički sistemi bili zasnovani na RNK molekulu.
Prvi sistemi nastli su u RNK svetu. RNK danas ima stopu mutacije 10-2 po nukleotidu (u današnjim
retrovitusima). On polazi od toga da je u tom sistemu stopa mutacije po nukleotidnom mestu bila
10-2. On kaže da bi kopirani molekul, tj. bio iole verna kopija roditeljskog molekula kopija može da
ima samo jednu mutaciju na jednom nukletidnom mestu. Ako je stopa mutacije 10-2, a dozvoljava
jednu mutaciju, a da se ne naruši princip nasledljivosti 1/u = 100, tj. 1/10-2= 100 nukleotida. Znači
taj urgen (drevni gen - drevni molekul) nije mogao biti veći od 100 nukleotida.
A da bi jedan molekul bio sposoban da uradi važnu stvar - da kopira drugi molekul ili samog
sebe, mora biti veće, jer tako mali nema tu mogućnost. A ne može biti veći zbog praga greške (tj. ne
može biti duži jer to narušava princip nasledljivosti). I to je Ajgenov paradoks.
Dužina genoma koja je ograničena prgaom greške sprečava nastank većih genom a koji će
biti precizniji u replikaciji, jer samo veća informacija može da obezbedi tačnost replikacije.
3

Ajgenovi hiperciklusi su osnova naših razumevanja nastanka prvih molekulskih sistema i
zasniva se na modularnosti.
Prvi sistemi su bili sistemi kratkih oligonukleotida, i savaki od njih je bio kraći od 100 tj.
ispod praga greške. Svaki od tih oligonukleotida je nosio mali deo informacije, ali svaki je mogao
precizno da se replikuje i da ne narušava princip nasledljivosti baš zato što je ispod praga greške.
Taj sistem je podrazumevao jedan kooperativni sistem (oligonukleotid 1,2,3,4,5), svaki od
tih molekula ima sposobnost da učestvuju us sopstvenoj replikaciji, ali ne samostalno već uz pomoć
drugog oligonukleotida i tako ovaj sistem čini entitet nesebičnih kooperativnih oligonukleotida.
To rešava problem Ajgenovog paradoka.
Da li možemo da zamislimo postojanje takvog sistema?

Dugo se pretpostavljalo da je to samo model koji rešava problem i da ne postoji u realnosti.
Kataliza nekog procesa: najpoznatiji katalizatori su enzimi koji su proteini. Katalizatori ubtžrzavaju
hemsijske reakcije tako što dovode reaktante u bliski kontakt i to je osnovna uloga jednog enzima.
3D sekvenca nekog proteina služi da napravi 3D strukturu i tako ostvari svoju funkciju - napravi
aktivna mesta i dovede u bliski kontakt dva molekula.
DNK ne može to da radi jer je dvolančana i ne može da menja izgled, a RNK može jer je 1L i po
principu komplementarnosti može da se upetljava na različite načine i zato može da bude katalizator
različitih reakcija - ribozim (RNK enzim). RNK i protein mogu da budu kaalizatori a DNK ne
može. Ribozim je RNK molekul koji može da se upetlja na način da može da katalizuje neku
reakciju.
U RNK svetu postojali su samo RNK jednolančani molekuli koji su se upetljavali na razne
naćine i katalizovali razne procese.
Ekperiment iz 2012. koji dobro demonstrira Darvin-Ajegenov ciklus, izolovan je ribozim

koji se nalazi u intronu grupe I kod bakterije Azoarkus, 200 nukleotida. Kada taj ribozim iseckamo
na komadiće, on može ponovo da se spoji. Svaki delić ima neku konformaciju koja omogući
kontakt sa drugim delićem, pa to omogući kontakt sa trećim delićem itd. Kataliza autosastvaljanja iz
fragmenata.
U okviru ovog ekspreimenta je napravljen ribozim koji je imao neke greške (nukletoidne
mutacije) tako da kada se dobije RNK molekul on ne može da zauzme pravu konformaciju, i kada
se iseče, taj fragment ne može da zazume pravu konformaciju kad treba da katalizuje spajanje sa
drugim, trećim i ostalim fragmentima. Ovi molekuli koji nisu bili mutirani, kada ih ostavimo da se
samospoje oni su to radili. To je koncept kooperativni sistem u procesu spajanja, ponovnog
sastavljanja dugog celog molekula. Od ovih mutiranih molekula dobijani su skupovi fragmenata to
ribozima koji nisu bili kooperativni. Brže uspostavljanje prethodnih struktura je bilo u
kooperativnim strukturama. Na ovaj način je pokazana, na osnovu katalize jednog procesa,
mogućnost Ajgenovog hiperciklusa.
4

Suština je u 3D strukturi molekula, ono što RNK čini zgodnim molekulom, zbog čega je
uverljivost RNK sveta velika, je mogućnost da delovi iseckanog RNK molekula zadržavaju
konformaciju kao i u celom molekulu. Tako je rađen eksperiment na tRNK, koja ima izgled
deteline, gde isečena antikodonska petlja koja i dalje zadržava svoju konformaciju, ona i dalje stupa
u interakciju sa ribozomima, može i dalje da se transpondira, dakle sve može da uradi i to je važno
svojstvo RNK molekula - da njegovi delići mogu da zauzmu konformaciju koja je katalitički
aktivna.
Ajgenov hiperciklus i postojanje sistema sa kooperativnim oligonukleotidima (dokaz exp sa
tRNK) dalje su ravijeni u viđenje kako je tekla evolusija prvih sistema. I to viđenje je Darvin-
Ajgenov ciklus.
Darvin Ajgenov ciklus
Ako imamo jedan Ajgenov hiperciklus sa oligonukletidima koji su međusobno kooperativni,

svaki od tih hiperciklusa ponaša se kao jedinka. Što su bolje uspotavljene interakcija između
oligonukleotida, hiperciklus je uspešniji (uspešniji od nekog drugog koji je u tome lošiji) stabilniji
je i brže se replikuje (PS na molekulskom nivou).
Ako imamo hipercikluse koje selekcija polako filtrira, bolji ostaju sve češći, lošiji polako
otpadaju. Kada se dobije neki hiperciklus koji je bolji, otvara se mogućnost da u njega uleti neki
novi element. Ukoliko imamo veći sistem, postoji mogućnost da evoluira i precijzniji sistem, jer
ako imamo više elemenata koji katalizuju jednu stvar on će postati sve stabilniji i sve precizniji.
Darvin-Ajgenov ciklus kaže hipercisklus koji je super selektovan dozvoljava da sada uleti
neki novi element u taj sistem i da usloži taj sistem. Neki hiperciklus u koji je uleteo novi element
će zbpg toga da propadne, ali drigu će uspeti da inkorporiraju novi element u svoju bazu i stadijum
veće savršenosti i veće stabilnosti i zbog toga Darvin-Ajgenov ciklus kaže da je to jedna pozitivna
povratna sprega, gde mi zapravo Ajgenov prag podižemo iz razloga što novi elementi povećavaju
preciznost kopitanja tj. umnožavanja. Paradoks: potreban je složen sistem da bi bila velika
preciznost, složen sistem je nemoguć zbog Ajgenovog praga, ali ukoliko novi elementi u tom
usložnjavanju sistema povećavaju preciznost to je onda selekcija koje će uvećavati i preciznost i
složenost sistema. Ajgenov prag se podiže. Stopa mutacije kod današnjih DNK organizama je 10-8
do 10-9 po nukleotidnom mestu, jer postoje mehanizmi popravljanja grešaka, precisznije kopiranje,
reparacioni mehanizmi.
Od virusa do savremenih sisara su sistemi koji su blizu Ajgenovog praga, jer taj Ajgenov
prag je povećan sa usložnjabanjem sistema.
5

Genetički paradoks (20115): ukoliko već postoji hiperciklus koji savvršeno funkcioniše, što
bi tu evolucioni proces bilo šta menjao? Zašto bi RNK molekuli postajali duži, zašto bi sistem
postajao složeniji kada se kraći elementi
e brže replikuju, selekcija će favorizoovati nešto što se brže
replikuje jer je toga sve više.. Priča o fizičkim procesima selekcije naa to daje odgovor -
Termoforeza: jednolanačani olligonukleotidi su ubačeni u sistem u kom m postoji temperaturni
gradijent (u ventovima postoje poore i voda koja je vrela), a sa povećam visine od izvora tople vode
u svakoj pori postoji mogućnost makar malog temperaturnog gradijenta. Kadda imamo temperaturni
gradijent na hladnijem delu pora su molekuli koji su veći, kada su veći onda su više naelektrisani i
oni se talože u hladnijem delu temmperaturnog gradijenta. Manji molekuli koji su manje naelektrisani
veća je verovatnoća da će njihh topla voda odneti. Fizička svojstva sreddine u kojoj je život
potencijalno nastao, mogla su sellekcionisati veće molekule. Ne samo Darvin--Ajgenov ciklus koji bi
išao u smeru povećane preciznoosti, a povećana preciznost je podrazumevalla povećanu složenost
sistema. moguće je i da su fizičkii procesi bili tu uključeni ako imamo temperaaturni gradijent.
Ono što je stabilnije i prreciznije to će biti selekcionisano, zašto bi u startu postojao neki
razlog da ti sistemi postaju složenniji, da ti molekuli postaju veći. Po radu sa Termoforezom
T i fizički
procesi su mogle biti jedan od razloga
r koji su terale sistem da ima sve većće molekule koji ne bi
odlazili, a mali molekul kada odee on više nije deo sistema. Znači ne samo biolloški principi već ovde
još uvek govorimo o fizičkim prinncipima.
Ilustracija na koji način i zašto bi evolucija favorizovala složenijee a pritom stabilnije i

preciznije sisteme je enzim Kataalaza koja razlaže vodonik peroksid na voduu i kiseonik. Katalaz je
danas enzim tj. protein. On imaa hem grupu kao kofaktor u toj reakciji, i sama hem grupa bez
proteinskog dela može da katalizzuje razlaganje H2O2, ali sporije i manje efikkasno nego ceo enzim.
Glavni atom u Hem grupi je Fee, i gvožđe samo može da katalizuje ovu reakciju r ali još manje
uspešno i precizno i mnogo sporij ije nego Hem grupa, i naravno ceo enzim.
Kako možemo da rekonsttruišemo iskonsku evoluciju od neroganske katalize do nečega što
je usvojio jedan organski sistem m? Dakle, nešto se pokazalo kao dobro za sistem, makar to bila
neorganska kataliza, ta kataliza postaje
p deo tog sistema i preuzimana od sam
mih sistema: Prvo kao
jednostavnija Hem grupa koja to efikasnije radi od samog atoma Fe, a još doddatno usložnjavanje tog
katalizatora povećava brzinu preeciznost i efikasnost te reakcije. Dakle, usloožnjavanje je povećalo
preciznost. MI ne možemo očekiivati da će se jedan takav sistem vratiti na prethodno
p stanje. To je
dobra islustracija Darvin-Ajgenoovog ciklusa: usložnjavanje podrazumeva veeću preciznost, brzinu
stabilnost i to će selekcija favorizzovati.
PITANJE 3
Da li je RNK bio prvi infromaccioni molekul
Šta je starije kokška ili jaje - tj. da li je starija informacija ili proteiin koji je ustavi jedan
operativni molekul (protein radii sve, DNK nosi informaciju). Paradoks: prroteini ne postoje bez
6

DNK informacije, DNK ne možže ništa da uradi sama bez proteina, ne može da se replikuje, ne
može da se transkribuje informaccija.
Holdejn (evolucioni bioolog) je prvi predvideo da prvi infromacioni molekul tj. prvi
najvažniji molekul za postana života ž nije ni DNK ni protein, već je to RNK. Tek kasnije se
ekeprimentalno potvrđuju ove premise u laboratorijama. Zato što RNK K pored toga što nis
informaciju, može da se upetljavva u 3D strukturu koja joj omogućava da buude i katalizator razni
rekacija. Kako je sada ta RNK naastala? Da li je ona mogla da nastane iz tog skupa s malih organskih
molekula i da dobije takvu struukturu da radi sve ovo. Danas će većina bioologa reći da je RNK
previše složena da je mogla da nastane spontano u toj prebiotičkoj hemiji. Složena je ima šećer,
azotne baze i fpsfprnu kislelinu. Takođe
T riboza u današnjpj RNK je D izomer.
U brojnim elsprimentima prebiotičke hemije koji su se bavili abiogenoom sintezom organskih
molekula dobijaju se mešavine kaada postoje stereoizomerni molekuli: L i D AK, A L i D šećeri itd, a u
RNK postoji samo D riboza za izzgradnju oligonukleotida.
Previše je RNK složenaa da je mogla nastati sponatano, zato se danas d kaže da je RNK
evoluirala, morala je imati svoje prethodinke. Tačne molekule prethodnikee RNK nikad nećemo
razjasniti, ali postoje brojni kanddidati koji su jednostavniji i čiji se sastavni delovi lako sintetišu u
eksperimentima prebiotičke hemiije i otud imamo kandidate:
1) TNK trenoska nukleinnska kiselina koja ima drugačiji šećer, koji ne n ostavlja mogućnost
različitiog povezivanja znači okosnica je treoza.
2) PNK peptidna nukleinnska kiselina - okosnica molekula je glicin. Lako L se sintetiše u exp
prebiotičke hemije
3) GNK glikola nukleinskka kiselina
4) ANK amiloidna nukleiinska kiselina
To su sve dosta jednoostavniji molekuli. Kao i RNK i ovi molekuli m mogu da se
komplementarno spajaju, da se koompelementano uvijaju, mogu da prave dvolaančane nizove sa RNK
molekulom. To sve ovi molekuli moraju da poseduju da bismo mogli da pretpostavimo da su oni
prethodnici složenijeg i efiksanijeeg (fiziološki i biohemijski) molekula RNK.
Zašto neki drugi molekuuli koji se dobijaju u exp prebiotičke hemiije nisu izgradili prve
informacione molekule? npr:
- Bifenilski molekuli: alii oni se teže sintetšu u exp prebiotičke hem
mije, imaju sposobnost
samoudvajanja kada ih eperimenttilno napravimo.
- Drugi šećeri umesto riboze u sastavu informacionog molekula? Nisu, N zato što kada se
ugradi drugi šećer nastaje probleem: komplementarnost baza zavisi od same sekvence
s što je loše za
jedan informacioni molekul, jačinna veze zavisi od sekvence.
Pitanje 4
Dakle RNK bi bila najboljlje rešenje i zato dolazimo do priče o RNK svvetu.
Šta sve radi RNK u savremenuim m biološkim sistemima?

To su sve razlozi zbog kojih dannas postoji koncenzus da je RNK svet
prvi svet genetičkih bioloških sisttema.
Ovo sve što danas rade RNK molekuli i ribonukleotidi u
današnjim sistemima jesu sve molekulski fosili tj. to su ostaci
molekulskih sistema koji nisu moogli biti eliminisani iz sistema zato što
je na njima počelo građenje onogga što danas vidimo kao jedan biološki
sistem.
Nosilac genetičke informacije (iRNK, virusi)

RNK nosi naslednnu informaciju, iRNK nose nalednu
informasiju. Raznii virusi imaju RNK kao osnovni molekul
koji nosi informacciju.
Veza između aminnokiselina i genetičkog koda (tRNK)
tRNK je veza između informacije i proteina kao operatvinih moolekula.
7

U ribozomima, strrukturna i katalitička funkcija
2/3 mase ribozomaa danas čine ribozomalni RNK molekuli
Ribonukleotidni prekurzori
p u sintezi DNK (RNK prajmeri)
Za početak processa replikacije su neophodni RNK prajmeri. Neema DNK replikacije
bez RNK.
Dezoksiribonukleootidi iz ribonukleotidnih prekurzora
U sintezi DNK: deezoksiribonukleotidi se dobijaju iz ribonukleootidnih prekursora.
Ribonukleozidni trrifosfati – osnovni izvori biološke energije (A
ATP, GTP)
Izvroi biološke enrgije su ribonukleotidi ATP, GTP
Kofaktor mnogih proteinskih
p enzima (FAD, NAD, NADP, itd)
Obrada iRNK (ulooga u splajsozomima)
U splajsozomima RNK molekuli imaju presudnu ulogu.
Regulatorna ulogaa
ncRNK - mali nekkodirajući RNK molekuli svašta rade u ćeliji i regulišu ekspresiju
gena na različite načine
n
Ribozimska aktivnnost
Brojni RNK molekkulu danas rade razne katalitičke procese.
Sve ovo nam govori da nismo bilib u pravu kada smo mislili da je DNK gazzdarica u ćeliji, već je
RNK ta koja komanduje dešavannjima u ćeliji. Bez RNK molekula ne bi bilo svih
s ovih procesa koje
danas važe za DNK biološke sisteme. RNK se nije odrekla svih ovih traagova prošlosti kad je
funkcionisala kao jedini molekuul i zato kažemo da su ove sve funkcije dannašnjih RNK molekula
zapravo molekulski fosili nekadaašnjeg RNK sveta.
Ribozimi su RNK molekuuli koja obavljaju katalize različiih procesa. Dobijena je Nobelova
nagrada za otkriće ribozima Altm
man i Keč.
Otkriveno je da jedna ciliijatna protozoa Tetrahimena termofila ima inntron u genu za rRNK
koji može da iskroji sam sebe nakkon transkripcije.
RNaza P je enzim koji im ma i svoje RNK delove, učestvuje u obradii pre-tRNK, je takođe
ribozim - tj. da ključne katalitičkee fukcije obavlja njen RNK deo. Taj RNK deeo ovog enzima je jako
evoluciono konzervisan tj. isti je kod svih prokariotskih organizama i kod k arhebakterija, kod
eubakterija i da je RNazaP jedan od najstarijih molekula koje današnje ćelije imaju.
i Verovatno vodi
poreklo još od RNK sveta.
8

Kasnije sa napredovanjem biohemije i tehnologije, otkriveno još mnogo ribozima koji rade
stvari tj. katalizuju mnogo rekacije što je ranije pripisivano samo proteinima.
Razvijen je mehanizam tzv. in vitro evolucije na molekulskom nivou sa osnovnom idejom

da mi u jednu epruvetu stavimo varijabilne RNK molekule koje iskopiramo mnogo puta, iz tih
kopija dobija se mnogo kopija sa razlim greškama - tj. dobijamo varijabilni pul RNK molekula. Sa
tim RNK može da se radi svašta.
Prvi eksperiment in vitro evolucije uradio je Spigelman 70 tih i 80 tih godina, gde umnožio
molekul Qβ virusa i stavio ga u epruvetu i dalje je selekcionisao one molekule koji su se najbrže
replikovali. U drugu epruvetu preliva one koji su se najviše umnožili, njih je najviše i zato u svakoj
narodnoj genereaciji sa narednim prelivanjem u novu epruvetu njih je sve više. On je ovde radio
selekciju za brzinu i efiksanost replikacije, koristio je enzimski protein RNK polimerazu (replikazu)
i gledao je znači efikasnost vezivanja za replikazu, brzinu replikovanja je ovde selekcionisao. Posle
određenog broja generacija dobio je generacije i pul RNK molekula koji su se 15 puta brže
replikovali od početnog pula i imali su samo 17% početne dužine, znači mogli su da rade samo
replikaciju tj. samo su se umnožavali jer je to Spigelman selekcionisao. Ti molekuli su nazvani
Spigelmanova čudovišta. Znači, nakon "x" generacija, imali su samo 17% početne dužine, ali ima je
efikasnost bila neverovatna.
Rađeni su kasnije eksperimenti po sličnom principu, samo što su tim RNK molekulima
zadavane različite uloge tj. ti RNK molekuli su morali da katalizuju različite stvari u epruveti (u
molekulskom sistemu u laboratoriji) - npr. zada im se da obave fosforilaciju na nekom supstratu, da
katalizuju peptidne veze, ugljovodonične veze itd. Ukoliko upsešno obave tu fju, oni molekuli koji
uspešno obave tu fju bivaju preneti u narednu generaciju i to je jedan sistem selekcije RNK
molekula za određene fje.
Naravno oni kada se replikuju nastaju greške, i u sledećoj generaciji se dobijaju pulovi
molekula sa nešto drugačijom varijabilnošću koji bivaki selekcionisani ponovo itd.. sve dok se ne
dobiju vrlo efikasne molekule koji efikasno rade zadatu fju. Tako su dobijeni RNK molekuli tj.
ribozimi koji efikasno rade mnogo zadatih funkcija, i u nekim sistuacijama dobijeni su neki RNK
molekuli kojima smo zadali funkcije za koje se nije ni znalo da RNK molekuli mogu da ih rade,
tako da se došlo do toga ukoliko se nešto zada RNK molekulima i dozvolimo im da evoluiraju po
principu kreiranja varijabilnosti usled grešne replikacije možemo da dobijemo RNK molekule koji
rade sve što hoćemo.
To su sve potvrde da je RNK svet verovatan svet koji je prethodio ovom svetu ćelija koji
danas vidimo.
Izdvajanje molekula u narednu generaciju ide po biohemijskoj proceduri: ako neki RNK molekul
obavi zadatak onda ima mogućnost da se veže za neki drugi molekul, a oni koji ne obave se ne vezuju.
Taj sistem ne bi bio živ da ne može da se kopira. Ključ pronalaska živog molekulsog
sistema je pitanje njegova spobonosti da može da se samoreplikuje. Sveti gral postanka života je
otkriće ribozima koji funkciju RNK replikaze - da replikuje sam sebe ili druge molekule u sistemu u
tom Ajgenovom hiperciklusu. Bez te funkcije taj hiperciklus ne može da postoji i da evoluira.
Tačni molekul "Sveti gral" verovatno neće biti nađen, ali opet eksperimenti prebiotičke
hemije na ribozimima došli su do nalaza:
-(2001 god.) sintetisan je ribozim nazvan R18, koji je imao sposobnost da na osnovu nekog
drugog RNK molekula sintetiše komplementar niz od 14 nukleotida. Radio je funkciju repkikaze
9

RNK molekula. To ni je dovoljno čak ni za one prve Ajgenove urgene koji imaju najmanje 100
nukleotida.
-(2011 god.) napravljeno 1000e kopija ovih R18 ribozima svaki sa svojom greškom i
stavljeni su u proces selekcije za efiksanost replikacije. Imali su mnogo varijsnti R18, tokom
evolucije kroz generacije u epruveti dešavale se se razne mutacije gde je prva populacija ribozima
evoluirala tako što se pojavila neka mutacija koja poboljšala jedan aspekt procesa replikacija, u
drugoj generaciji je neka druga mutacija poboljšala neki drugi aspekt procesa replikacije itd. Da bi
to analizirali, sintetisali su denovo novi ribozim sa svim tim poboljšanjima i taj ribozim se zove
tC19Z i on je uspeo da doda 95 nukleotida, da uradi replikaciju na osnovu RNK matrice od 95
nukleotida, što je oko 50% njegove sopstvene dužine. On je mogao da replicira i samog sebe druge
molekula koji su prisutni hiperciklusu, prično efiksano. tC19Z je prilično efikasno replikovao neke
druge ribozime koji rade druge stvari i pokazalo se da ih vrlo efiksano replikuje jer kopije nisu
gubile svoje fje i dalje su radile ono što su radile na početku.
Mi ne očekujemo da jedan molekul uradi sve i kako nam kaže Ajgenov Hiperciklus i
Ajgenov prag to verovatno nikad nije bilo moguće, važno je da imamo deliće koji ponaosob su
ispod praga, a zajedno obavljaju celu stvar.
RNK svet smo sagledali i nemamo dilemu da je to bio početak svih današnjih bioloških sistema.
Kako ćemo u odnosu na sagledati stupnjeve evolucije živih sistema - varaćamo se Darvin-
Ajgenovom ciklusu.
Prvi svet je bio neki pre-RNK, rekli smo da je RNK morao da evoliura i da ima nekog svog
prethodnika. Mi ne znamo kolika je bila preciznost tog sistema, ne znamo stopu mutacije po
nukleotidnom mestu. Darvin-Ajgenov ciklus podrazumeva da usložnjavanje sistema diže ajgenov
prag, sistem postaje složeniji i precizniji. U tom kontekstu su napravljene ove faze u postanku
života.
Usledio je rani RNK svet, gde je greška bila 10-2 odnosno 10-3 kada je sistem evoluirao.
Kasni RNK svet bi podrazumevao nastanak već prvih molekulskih fosila kojih ima i u
današnjim sistemima. Tad nastaju protoribozomi, tRNK (kao deo hiperciklusa), i genetički kod.
10

Danas postoji koncenzus da je vrlo moguće da današnja mašinerija u ribozomima vodi

poreklo još iz RNK sveta.
Ako je današnja mašinerija koja učestvuje u sintezi proteina, postojala u RNK svetu gde još
nije bilo proteina šta je radio taj hiperciklus ako nije radio ovo što danas radi. Teza je da je osnovna
fja tog protoribozoma bila replikacija RNK molekula, a ne sinteza proteina.
Znači to je bio hiperciklus koji je uspešno replikovao sam sebe. Taj protoribozom je bio
ekspatacija za kasniju ulogu ribozima, a to je sinteza proteina.
Protoribozom je bio prvo otkriće RNK sveta koga zapažamo i danas iako danas ima potpuno
drugu ulogu.
Po triplikaznom modelu uloga protoribozoma je u replikaciji RNK molekula.
Triplikazni model:
-Hiperciklus u kom se nalaze brojni oligoribonukleotidi (mali RNK molekuli), koji su svi
bili pojedinačno ispod praga greške.
-Npr. taj protoriobozom treba da kopira jedan olikoribonuikleotid koji je sastavni deo
hiperciklusa. Moramo da pretpostavimo da je postojao ribozim koji imao polimeraznu i ligantnu
funkciju.
a) pretpostavlja se, da su u početku nukleotidi koji su morali da uđu u sistem da bi se izvršila
polimerizacija dolazili iz spoljašnje sredine. Znači prvo je ovaj sistem uzimao nukleotide (baze) iz
spoljašnje sredine. To je vrlo stohastički momenat: pH sredine, Temperatura, to sve utiče na model
koji se zasniva na različitim hemijskim reakcijama.
b) da bi se umanjila stohastičnost tog sistema, pretpostavlja se da je drugi RNK molekul
mogao da uleti u taj sistem da bi sistem postao stabilniji i precizniji. Pretpostavlja se da se tu
pojavljuju tzv. proto transportne RNK tj. ribozimi preteče današnjoj tRNK.
(današnja tRNK nosi odgovarajući AK, u ribozomu se zakači za određeno mesto i to dolazi
do polimerizacije i nastanka peptidne veze.)
Proto-tRNK nije nosila aminokiselinu i nije donirala rastućem polipeptidnom lancu, njena
uloga je da donira nukleotide rastućem RNK lancu.
Proto-tRNK je provobitbno donirala po 1 nukleotid rastućem RNK lancu. Međutim to je
biohemijski vrlo neefikasan proces, jer ako polimeraza dodaje 1 po 1 nukleotid, to je nestabilno jer
formiranje jedne vodonične veze koja se lako raskida bi ceo proces polimerizacije jako usporilo ili
bi bila nemoguća.
c) Pokazalo se da je dodavanje po 3 nukleotida biofizički optimalno. 3 nukleotida danas
nalazimo u genetičkom kodu.
U laboratorijama su pravljeni ribozimi koji mogu da rade polimeraziciju dodajući po 1
nukleotid, i pokazalo se da oni rade jako loše. Testirana je ova hipoteza.
Kada dodaju po 3 mnogo efikasniji proces i to je u biofizičkom sistemu nešto apsolutno
optimalno i to je danas prihvaćeno.
11

Proto-tRNK je ta koja je uvodila nove nukleotide u rastući lannac, komplementarno
matričnom lancu koji treba da see iskopira. Kada ona ostavi svoja tri nukleootida otkači se i ode, a
sam lanac raste sa po 3 nukleotidda. Zato se ovaj model zove triplikazni modeel.
Dalje bi stabilizovalo ovaaj sistem: kada se AK veže za proto-tRNK to stabilizuje sistem zato
što sam ribozim i lanac koji trebba da se kopira su negativno naelektrisani RNK
R molekuli, i oni se
odbijaju. Pozitvno naelektrisanaa AK se vezuje za proto-tRNKznačajno povećava mogućnost
probližavanja dva molekula, šrešpznavanje komplementarnih lanaca i samim tim bi aminokiselina
ovde imala ulogu kofaktora u reeakciji i stabilizovala bi reakciju.
Po ovom modelu: Ulazakk AK u ovaj proces stabilizuje reakciju poliimerizacije (kopiranja)

RNK molekula.
Kada se zakači AK i kadaa se smanji taj negativni naboj između RNK molekula, možemo da
pretpostavimo da će biti preciznij
ije prepoznavanje, jer je i mogućnost interakccije značajno uvećana.
Uvek pretpostavljamo da je precciznost evoluirala postepno - Darvin-Ajgenoov ciklus neki element
koji uleti je morao da poveća precciznost, i ovde je znači AK uletela i povećalaa preciznost.
2/3 mase današnjeg ribozooma su RNK molekuli. RNK molekuli obavljjaju sve što treba da se
uradi i oni to obavljaju i bez prooteina, naravno značajno manje efikasno i doosta sporije i sa mnogo
više grešaka, ali mogu. I zato see smatra da je mašinerija današnjih ribozomaa nastala u RNK svetu
jer RNK mogu sve da rade i bez tih t proteina.
Istraživanje (nema u knjjizi):

Peptidil transferazni centaar (PTC) je mesto gde nastaje peptidna vezaa tj. Velika subjedinica
23S ribozomalna RNK (prokariotti) ima 6 domena od kojih je peti PTC, gde see nalazi A i P mesto. A
je aksceptorsko mesto gde dolazze tRNK koje nose AK, tu se katalizuje forimranje peptidne veze,
ribozom se pomeri za 3 mesta, tada t se AK nađe u peptidil transferaznom mestu
m (P) i onda sledi
egzit mesto gde AK izađe.
A i P mesto su vrlo konnzervisani i vrlo slični kod svih prokariotskkih organizama (prvih
najstarijih tipova ćelija organizam
ma). Egzit mesto je bitno drugačije pa se sm
matra da je ono nastalo
značajno kasnije na različite načine.
To potvrđuje priču o Ajggenovom hiperciklusu: A i P mesto zajedno imaju 165 nukleotida,
svako od njih ima po 82 nukleetida i nastali su verovatno pošto su skoroo identični i pokazuju
pseudoizomerizaciju duplikacijom m (duplirani ribozim). Oba imaju ispod 100 nukleotida.
n Nalaze se u
centru reakcije translacije A i P mesto. U centru te reakcije se nalazi još transportna
t RNK, 16S
RNK u maloj subjedinici, 5S riboozomalna RNK u velikoj subjedinici i svi maanji od 100 nukleotida.
Svi molekuli koji se nalaze u cenntru procesa translacije imaju manje od 100 nukleotida.
n To ne znači
da 23S ribozomalna RNK nije dalje evoluirala, jer sa povećanjem složennosti organizma ide i
povećanje 23S ribozomalne RN NK, ali to povećanje ne uključuje A i P mesto u PTC-u, već
podrazumeva povećanje sa stranne koje verovatno uvećava efiksanost tog proocesa, ali ne katalizuje
sam proces.
Danas kada analiziramo ribozome, u centru dešavanja su RNK moolekuli proteini su na

periferiji procesa prilično nestruukktuirani, samim tim izgleda da su ribozom
mi naknadno i kasnije
dodavali proteine koji su povećavali efikasnost celog procesa, ali nisu bilii ključni za proces od
samog početka.
12

Kako je došlo da zamene od toga da protoribozom sitetiše i kopira RNK molekul do toga da
on obavlja sintezu proteina, to je danas nejasno u razumevanjeu evolucije sistema.
Kako i zašto su uleteli proteini u ovaj genetički sistem koji je bio tako dobro usaglašen i
efikasan sa RNK molekulima.
- Prva pretpostavka je da su oni poboljšavali sistem, inače ni bi bili primljeni u sistem.
- Drugo, na koji način je povezana informacija i određena AK, tj, na koji način je došlo do
postanka genetičkog koda.
Svi eksperimenti prebiotičke hemije kažu da su AK vrlo lako nastajale u pretpostavljenim

uslovima tadašnje zemlje - znamo da se obavljala sinteza raznovrsnih AK iz neorganskih molekula.
I u vreme kada su nastajali razni RNK genetički sistemi oni su bili okruženi različitim
aminokiselinama. Takođe znamo, da nije potrebno da postoji RNK molekul da bi te AK mogle da
naprave peptidnu vezu (jer peptidna veza je dehidracija: karboksilna grupa+amino grupa i oslobađa
se jedan molekul vode i nastaje peptidna veza).
Sidni Fox je 60tih godina davao veliki značaj proteinima, on je uzimao aminokiseline i
pekao ih tj. radio dehidraciju AK. Te AK sad stupaju u razne interakcije i naprave nasumične i
peptidne veze i neuređeno, takođe vezivale su se i bočnim grupama, pa su se dobijale šume spojenih
AK (spojeni na različite načine i razgranato) tj. neke polimere koji nisu poput danasšnjih bioloških
polimera. On je smatrao da je to ključ, da su AK te koje su tako abiogeno pravile polimere i kasnije
kada ih stavimo u vodu one naprave mikrosfere i on je smatrao da su to proto ćelije.
Ako proteinima nazivamo linerani sled AK, ovo su bili protenoidi neuređeni sa raugranatim
vezama između AK.
On je smatrao da su protenoidi tj. mikrosfere zapravo protoćelije. Međutim to je odbačeno, a
Sidni Fox je dolazio još dugo na konferencije koje su se bavile postankom života iako ga niko nije
zvao, i ispred konferencijskih sala je nosio reklame na kojima je i dalje propagirao mikrosfere.
Važno: Abiogena sinteza peptida ili protenoida je bila moguća, AK su mogle da se

polimerizuju i bez bilokakvog učešća drugih molekula. To je Sidni Fox demonstrirao. A šta će to
jednom genetičkom sistemu koji smo do sada ispričali, koji funkcioniše prilično efikasno?
Postoje razni razlozi:
13

- Peptidi su bili važni jer su funkcionisali kao kofaktori različitih reakcija koje su katalizovali RNK
molekuli (tj. ribozimi). Ak u triplikaznom modelu koja se vezuje za jedan ribozim je poboljšavala
interakciju dva RNK molekula.
- Slika: zamislimo da jedan ribozim treba da stupi u interackiju sa molekulom nekog supstrata. I
zamislimo da ako taj ribozim veže neku AK da to poboljšava njegovu interakciju sa supstratom,
menja mu konformaciju. Selekcija će favorizovati one ribozime koji imaju preferenciju da za sebe
vezuju AK koja poboljšava njegovu fju. To je selekcija na molekulskom nivou, takvi ribozimi će
biti selekcionisani i prisutni u hiperciklusu i pobljašavaće performanse čitavog hiperciklusa.
- Smatra se da bi takvi oligopeptidi mogli da budu preteče aminoacil-tRNK sintetaze (ona je

enzim koji je specifičan za određenu tRNK i određenu AK, i zahaljujući tom enzimu tačno
određena tRNK vezuje tačno određenu AK). Moćemo da kažemo da je to enzim koji je ključan za
genetički kod.
Kada pričamo o nastanku genetičkog koda, važno je da razumemo evoluciju ovog enzima
koji je proteinski enzim. Ukoliko je neki ribozim imao preferenciju za vezivanje određenog
polipeptida koji povećava njegovu efiksansost u katalizi različitih reakcija, jedna od mogućnosti
koja se pojavljuje za jedan od tipova ribozima npr. proto-tRNK, ukoliko ona ima preferenciju ka
vezivanju određenog polipeptida, taj oligopeptid bi mogao biti preteča budućeg enzima aminoacil-
tRNK sintetaze ili bar kao molekul koji se tu uglavio i koji će ubuduće evoluirati da bi poboljšao
efikasnost tog sistema. Ovde je suština da su peptidi (jedna ili nekoliko aminokiselina)
funkcoinsali kao kofaktori. I danas postoje sistemi da svega nekoliko AK obavljaju vrlo važne
stvari, ili neuređeni proteini obavljaju vrlo važne stvari u ćelijama. Npr. dve AK su važne za
formiranje pora u membranama; amiloidni zaštotni molekuli kod kojih nije važna struktura ni
sekvenca već samo sastav tog molekula, poliglicini koji su potentni katalizatori.
Polipeptidi, tj. oligopeptidi su mogli da katalizuju (ili pomažu u katalizi) i u prvim
sistemima neke reakcije.
14

-Vezivanje neke AK (ili nekog oligopeptida koji je abiogeno nastao) moglo je da bude
favorizovano jer označava mesto odakle treba da počne replikacija (Replikation tag). Zašto? Setimo
se triplikaznog modela: proto-tRNK koja za sebe ima vezanu AK ili neki oligopeptid mnogo lakše
ulazi u početak procesa replikacije, lakše stupa u interackiju sa ribozimom koji treba da obavi
replikaciju. Dakle mesto vezivanje bi bilo i mesto početka replikacije RNK, tj. biofizički: to je
mesto gde će doći do lakše interakcije RNK molekula koji treba da se replikuje i ribozima koji to
reba da uradi.
-Dalje, moguće je da to nije direktna interakcija aminokiseline i molekula koji treba da se
replikuje, nego da tu postoji adapterski molekul, a to je proto-tRNK. Jer je rezultat isti kada se za
proto tRNK veže AK, ona čardžira pozitivno i povećava verovatnoću inerakcije jednog ribozima i
lanca koji treba da se kopira. Ovde je samo biofizička stvar - naelektrisanje.
-To je selektivno favorizovano jer:

-ono što je malo manje negativno naelektrisano biće preferencijalno umnožavano, i
to će da bude sve zastupljenije u narednim generacijama.
-ono što je precizno umnožavano biće favorizovano. Princip nasledljivosti je nešto
što će biti favorizovano kroz proces evolucije.
Slika: Ako je ovo ribozim koji treba da obavi proces replikacije, a nemamo vezanu AK-u ili tRNK
sa aminokiselinom, taj molekul će biti ili neće biti replikovan, odnosno verovatnoća njegove
replikacije će biti manja nego ukoliko se za taj molekul veže transportna RNK koja nosi AK-u,
verovatnoća pristupa tog ribozima tom negativno naelektrisanom molekulu je značajno uvećana.
Onaj molekul koji ima preferenciju za vezivanje AK-e ili transportne RNK same za kiselinom će
biti preferennijalno umnožavan i zbog toga selektovan.
Smatra se da su AK-e mogle da dovode do sprečavanja formiranja dvolančanih RNK molekula.

Zašto je bilo važno da RNK molekuli ostannu jednolančani - da bi zauzeli konformaciju koja je
funkcionalna. Da bi se raskinule vodonične veze između dva lanca potrebna je energija i to je skupo
za sistem. Medjutim ukoliko se u procesu replikacije vezuje transportna RNK koja nosi AK-u, kada
tRNK preda svoj triplet, kada se otkači AK sa transportne RNK opet se dobija negativni naboj i
udaljavanje dva lanca i tp je energetski mnogo manje zahtevan proces.
15

Grupa modela koja prati evoluciju proto-tRNK, i smatra da je ona ključ za celu priču.
Ključna je jer je to jedini molekul koji povezuje svet proteina i svet nukleinskih kiselina.
tRNK izgleda kao detelina (sekundarna struktura), ima antikodonsku petlju (krak) na
jdenom kraju, i na drugom kraju je miniheliks ili akceprski krak (CCA-) za koji se vezuje AK.
Desno je njena 3D struktura. Na jednom kraju je antikodon tj. triplet koji je komplementaran
informacionoj RNK, i na taj način se u ribozomu ređaju odgovarajuće tRNK koje nose
odgovarajuću AK-u. Antikodon na tRNK je komplemetnaran kodonu na iRNK.
Smatra se da je miniheliks evoluciono stariji od antokodonskog dela. Prvo je nastao
miniheliks, a kasnije nastaje druga polovina ovog molekula tj. antikodonski deo. Ako je to tako, a
verovatno jeste, sinteza proteina je mogla da počne kao nekodirajući proces, jer ako mi nemamo
antikodon na molekulu to onda nema veze sa informacijom koju nosi RNK molekul. Znači,
miniheliks može da se veže sa aminokiselinom, ali to nema nikakve veze sa informacionom
RNK, tj. sa informacijom na drugom molekulu.
Smatra se da je ova antikodonska petlja nastala kasnije tokom evolucije duplikacijom
miniheliksa. I videćemo zašto je to važno za nastanak genetičkog koda.
U svakom slučaju, stvaranje peptidnih tj. kataliza formiranja peptidnih veza u kome je
mogao da učestvuje miniheliks deo transportne RNK, mogla je u početku da nema nikakve veze sa
informacijama na drugom RNK molekulu.
Gde tu tRNK počinje da povezuje priču informacije i proteina?
Gledamo kompletnu tRNK. Ona ima afinitet za vezivanje AK-e. Ukoliko postoji i
komplementarnost između dve transportne RNK koje sa sobom nose AK-e, to znači da te dve AK-e
dolaze u blizak kontakt i eto je kataliza formiranja peptidnih veza. Na jednoj tRNK može da ostane
oligopeptid koji će da raste, druge otpadaju.
Ovaj proces će biti favorizovan ukoliko ovaj oligopeptid povećava katalitičku aktivnost ove
RNK ili ako se otkači i vezujući se za drugu RNK povećava njenu katalitičku aktivnost.
Ovaj proces postaje još manje stphastičan ukoliko u celu priču uđe i treći RNK molekul.
Znači ovaj model govori o tome da je postojala i proto informaciona RNK (slika desno). Ako
postoji komplementarnost između ove dve proto tRNK, i postoji komplementarnost sada već na
antikodonskoj petlji sa proto informscionom RNK, povećava se uređenost sistema i moguće je da se
16

sada naređa više proto transportnnih RNK na proto informacionoj RNK, da saam sistem bude manje
stohastičan zbog toga što postojii i treći medijator načina na koji će da interaaguju proto trasnportne
RNK, a samim tim i na koji naačin će se nadovezivati i AK-e. Znači kadaa uđe i treća RNK to
povećava stabilnost sistema, prvvo one se duže zadržavaju ukoliko imaju treeći molekul koji ih tu
zadržava, može da se ređa višee njih, sam lanac može da bude duži. I too je nešto što ukoliko
povećava stabilnost biće i favorizzovano.
Mi smo do sada pričali o tome da je triplikazni model i prevashodnoo kofaktorska funkcija

aminokiselina bila važna za evoluuciju genetičkog sistema. Kada pričamo o prooto transportnoj RNK i
njihovo evoluciji, mi govorimo o tome da je pravljenje plipeptida bio procees koji nije imao veze
replikacijom RNK molekula. Daa li su ova dva procesa u kontradikciji uzimajuući u obzir kako danas
izgleda ribozom.
Današnji ribozom ima malum i veliku subjedinicu. U maloj subjediniici je šifrarnik - tu se
prepoznaju iRNK i tRNK, tu se čita
č kodon i antikodon. U velikoj se vrši sintezza proteina.
Zamislimo sad prethodni model medijacija tRNK-tRNK, to su moglaa da budu dva procesa
koja uopšte nisu u kontradikciji. tRNK koja pomaže u procesu repliakcije, a na drugom njenom
kraju dešava se kataliza sintezze proteina, dakle dva procesa koje možžemo da posmatramo
nezavisno, ali kada posmatramo obeo subjedinice zajedno to su paralelne stvarii.
23S rRNK je preteča pepttidaze. Originalna funkcija 16S ribozomalne funkcije bi možda bila
replikazna funkcija.
Da li vidimo kontradikcijuu prateći ova dva nezavisna modela? Poenta je:j ključ je ipak tRNK,
na jednom kraju te tRNK se nalaazi antikodon važan za informaciju za koji sm mo pretpostavili da je u
tom proto periodu bio donor nuklleotida. Znači, sa jedne strane ta tRNK je učeestvovala u generisanju
informacije, prvobitno čitanju infformacije jer je morala da bude komplementarna matričnom lancu,
i generisanju ukoliko je bila izvor nukleotida. A sa druge strane tog istog mollekula gde su zakačene
AK-e, one su dovođene u bliski kontakt, samim tim je katalizovan nastanak peptidnih veza. Dakle
dva nezavisna procesa koje danass vidimo u velikoj i maloj subjedinici ribozomma.
E to je opšta rekostrukcijja ovog događaja. Kada posmatramo samu trramsportnu RNK to je
onda logično, na jednom kraju see dešava jedna stvar, na drugom kraju se dešavva druga stvar.
Mi danas imamo situacijuu u kojoj su proteini potpuno pobedili i oni rade

r sve što su nekada
radili RNK molekuli. Ono što se,, uslovno govoreći, po našem modelu dešavallao u maloj subjedinici
a to je sinteza RNK prestalo da je
j da bude važno, ta transportna RNK više nije
n donirala nukletide
nego je bila važna samo za prepooznavanje.
Kako je došlo do toga da sada nije važno da li će se RNK replikovati, već da je važno kakve
će proetine da pravi?
Po ovom modelu se smatrra da je vremenom došlo do atrofije RNK po ovoj slici:
17

prvobitni ribozimi koji su za sebe vezivali neke AK-e, što imeje povećavalo efiksanost zbog
promene konfrormacije za vezivanje za neki supstrat, vremenom bi bilo favorizaovani ukoliko se tu
više aminokiselina vezuje, ukoliko su polipeptidi ti koji još dodatno povećavaju efiksanost sistema,
sa povećanjem efiksanosti i preciznosti same sinteze proteina, vremenom bi se dešavalo da
proteinski deo ribozima (budućih proteinskih enzima postaje) dominantan, da se RNK povlači iz
svoje uloge i aktivno mesto mesto preuzima protein.
Ta atrofija RNK je podrazumevala, da sam proces koji se dešava u velikoj subjedinici
postaje sve precizniji i sve dominantniji.
Stigli smo sveta RNK-proteini. Ovaj deo je najteže rekosntruisati. Kada smo pričali o
protoribozomima, o triplikaznom modelu to nije teško rekostruisati jer tu postoje tragovi prošlosti
(triplakaza, imaom RNK molekule koji to u ribozomima i rade).
Ovaj transfer je najteži jer mi u savremenim organizmima nemamo tragove tog transfera, od
ribozoma koji vrše replikaciju RNK molekula, ka ribozomima koji vrše sintezu proteina - to danas
nemamo i to je najteži korak.
Konačan je skok taj da postoji atrofija RNK u tim enzimskim procesima. Oni koji smatrajju
da je ta atrofija realan događaj iz prošlosti kažu da su pokazatelji ovoga ovi proteini koji
funkcionišu uz pomoć ovoh nukleotidnih koenzima - znači da su njima i danas potrebni nukleotidni
koenzimi da bi reakciju obavili. Zastupnici ovog modela smatraju da je ovo jedan pokazatelja
postepene atrofije RNK.
Konačan evolucioni skok bi bila predaja katalitičkih funksija proteinima, ne potouna kao što
smo videli, ali u nakvećoj mogućoj meri. Tada selekcija više ne deluje na RNK, odnosno na
informaciju direktno, već na informaciju počinje da deluje indirektno, zavisno od toga kakav je
protein koji se sintetiše na osnovu RNK informacije, odnosno kasnije DNK informacije. Sada
selekcije ne deluje na genotip, već na fenotip, a protein je fenotip.
18

Šta je gentički kod? Genetički kod je šifrarnik: postoje tačno određeni tripleti šifriraju
određene aminokisline.
Genetički kod je univerzalan (važi skoro za sve prokariote i eukariote) sa nekim izuzecima
za koje smatra da su naknadno nastali u nekim organelama kod nekih bakterija. Ono što se danas se
smatra da je promena univerzalnosti genetičkog koda u tim nekim izuzecima naknanda pormena i
da je genetički kod počeo kao univrezalan.
Kod triplikaznog modela je prvo postavljeno da je triplet nešto što je postalo univerzalno još
pre uleta proteina u ovu priču. Triplet, pomeranje po tri, princip tripleta je nastao pre sinteze
proteina, a kasnije treba da vidimo na koji način se određena tRNK sa određenom AK-om.
Zašto samo 4 nukleotida postoje u genetičkom kodu? Zašto ne 2, 3 5 ili više?

y to mora biti paran broj zbog komplementarnosti, jer ne sme biti preklapanja u šifri. Znači
ako ih ima 5, šta ćemo sa onim jednim.
y nema 2 nukleotida koji određuju određenu AK-u: zato što je to mali broj informacija i
nema dovoljno tripleta, tj. nema dovoljno šifri (nema dovoljan broj kombinacija) za 20 AK.
y ako bi RNK bila sastavljena samo od 2 nukleotida npr samo C-G, onda bi ti RNK
molekuli mogli da naprave milijarde različitih konformacija, komplementarnost bi onda bila po
celom RNK molekulu vrlo česta i takav molekul kada se upetljava bi imao strašno mnogo
kombinacija i stabilnost njegove strukture i funkcije se dovodi u pitanje, jer se upetlja jednom na
jedan način, drugi put na drugi način i ne može da obavlja svoju funkciju (katalizu koju treba da
obavi).
y nije 6 nukleotida, razlog je sličan samo obrnut - previše je rigidna konformacija, znači
komplementarnost na jednom molekulu možda može biti samo možda na 2 mesta.
Znači 4 je broj koji omogućava funckonisanje RNK molekula i kao ribozima i kao nosioca
informacije.
Kako je nastao genetički kod?
Moramo da pretpostavimo da je i on u početku bio vrlo nesavršen. Da li je tRNK tj.

određeni antikodon od starta bio vezan samo za jednu AK-u? To niko ne pretpostavlja. Znači i sam
19

genetički kod i to vezivanje je moralo biti prilično nespecifično. Znači, genetički kod je u početu
bio sigurno vrlo grešan, i nije bilo jasne specifikacije određene tRNK i određene AK-e.
Pokazatelj da je genetilki kod evoluirao postepeno: kod nekih arhebakterija (metanogenih)

nekih eubakteija pokazalo se da te arhebakterije i eubakterije nemaju neke sintetaze (neke nemaju
aparaginil tRNK sintetazu, glutaminil tRNK sintetazi, cisteinil tRNK sintetazu) ali one i dalje
koriste i asparagin i glutamin i cistein u svojim metaboličkim procesima i sintezi proteina. Kako to
rade? Smatra se da se druge tRNK vežu za njima srodne AK-e, gde postoji odgovarajuća sintetaza
ugradi se, a tek kasnije korišćenjem enzima modifikacije od tih AK-a se dobiju ove AK-e čije
sintetaze nedostaju.
To govori da je sigurno poenta bila u tome da je na početku vezivanje bilo vrlo nespecifično.
To zaključujuemo na osnovu savremene situacije i savremene specifičnosti u vezivanju
tRNK i određene AK-e koje na početku sigurno nije bilo, već je na početku bi nespecifičan i
evulirao u sve specifičniji.
Nastanak samog genetičkog koda sigurno se desio veoma rano, još pre nego što su sistemi
postali značajno složeni, između ostalog zato što isti genetički kod postoji i kod prokariota i kod
eukarioat (univerzalan) svaka njegova značajna promena kada je sistem postao složeniji bila je
nemoguća. Znači genetički kod ovakav kakvog ga danas vidimo je molekulski fosil.
Kako su izgledali prvi genetički kodovi?
Ajgen kaže, da su prvo kod genetičkih kodova korišćene samo 2 baze - G i C. I tu je bilo
važno samo 1. i 3. mesto. U tom smislu prvi genetički kod je mogao da vezuje smao 4 AK-e umesto
današnjih 20 i to su bili glicin, alanin, asparaginska kiselina i valin koje i danas pronalazimo u toj
kombinaciji. Ove AK-e su i najbrojnije u eksperimentima prebiotičke hemije, što je zanimljivo,
takođe i ove baze su vrli česte u eksperimentima prebiotičke hemije.
Volter Fič daje najzanimljiviju tezu koji ima model evolucije genetičkog koda koji se zove
redukcija neodređenosti. Kada predstavumo ovako genetički kod kao na
slici, levo je baza na 1. mestu kodona, gore je baza na drugom i desno je
baza na 3. mestu kodona. UUU je fenil. Kada povučemo linije po sredini
dobijamo sledeće (što je Fič primetio):
AK-e koje na drugom mestu u kodu imaju uracil ili citozin su
uglavnom nepolarne i hidrofobne.
AK-e koje imaju A i G na drugom su AK-e koje su polarrne,
naelektrisane, hidrofilne i značajno reaktivnije. Jedini izuzetak su serin i
treonin, sve ostale mogu ovako da se podele po tome koji se nukleotid
nalazi na drugom mestu u tripleti.
Fič iz toga zaključuje da je genetički kod na početku pravio samo
razliku između AK-a po tome da li su hidrofilne ili su hidrofobne, da li su
reaktivne ili su manje reaktivne, dakle genetički kod je samo po to drugom mestu određivao samo
tip AK-e a ne i tačno koja je AK-a. To je u početku (gde se ugrađuje bilo šta na bilo kom mestu, gde
se bilo koja AK vezuje za bilo koju tRNK odnosno kodon) ipak unapredilo preciznost sistema
sinteze proteina i efiksasnot tog proteina, jer to daje mogućnost da se na osnovu drugog mesta vrši
rapodela na hidrofobne i hidrofilne, tj. iako mi nemamo jasnu sekvencu mi imamo raspored
hidrofilnih i hidrofobonih i to može da ima značaja za konformaciju tog proteina i za njegovu
aktivnost u sistemu. Dakle nije tačna sekvenca, ali je tačan tip AK-e.
Fič kaže da je to bilo us tartu najvažnije i to primećuje na osnovu tabele.
Kasnije kaže da je sigurno došlo do redukcije neodređenosti, odnosno do preraspodele

AK-a po određenim transportnim RNK.
20

Krik daje model zaleđene slučajnosti: raspodela određene tRNK sa određenom AK-om, bila u
najvećoj meri slučajna i na početku su prve neke tRNK među sobom rapodelile slučajno neke AK-e.
Kako su kasnije ulazile nove AK-e u sistem, Krik kaže da su one najsličnije AK-e uzimale
najsličnije transportne RNK odnosno kodone, jer je na taj način sistem bio najmanje ugrožen. Znači
najsličinije AK sa najsličnijim kodonima. Kada su se jednom rporedile ta situacija je postala
zaleđena.
Koevoluciona hipoteza: raspored kodona i AK-a reflektuje biosintetske puteve AK-a. Na početku
su malobrojne AK-e podelile neke dostupne kodone, a novekoje su uvođene su preuzimane od
prekurskorskih aminoksilina i samim tim one najsrodnije AK-e imaju najsličnije kodone.
Hipoteza minimiziranja traslacionih grešaka: selekcije je favorizovala sisteme koji su uzrokavali

najmanje grešaka, odnosno najmanje štetnih po sistem. Što važi i za zaleđenu slučajnost i za
koevlucionu hipotezu, jer i na ovaj način najsličinije i najsrodnije AK-e imaju najsličine kodone tj.
triplete. Po ovoj hipotezi pokazatelj da je selekcija modelovala genetički sistem je u tome što na 3.
mestu u kodonu kada zamenimo bazu često uopšte ne dolazi do promene AK-e ili se AK zameni
nekom sličnom AK-om sa sličnim svojstvima pa onda taj protein ne bude galičan protein i ne
pormenui svoju fju.
Sterohemijska hipoteza: postoji afintet određene AK-e prema određenom kodonu. I zaista u
raznim eksperimentima se pokazalo da neke AK-e imaju afinitet za vezivanje za tačno određeni
triplet. I to je stereohemijska hipoteza.
AK se vezuje na "binding site"obeležen krugom, a antikodon je na suprotnom kraju jednog

molekula. Kako je moguće da jedna AK pokazuje afinitet prema trinukleotidu koji se nalazi na
suprotnom kraju molekulu. Objašnjenje je RNK operacioni kod. Rekli smo da je miniheliks stariji
od antikodonskog dela tRNK. Smatra se da je triplet ispod CCA kraja za koji se kači AK, bio
ustvari originalni triplet za koji određene AK-e pokazuju afinitet. Znači operacioni kod je bio
stariji od genetičkog koda. Kasnije kada je došlo do kopiranja i do dupliranja ovog molekula (i tad
postaje duplo duži), od operacionog koda nastaje antikodon.
Ovo je polušaj da se objasni posojanje afiniteta određene AK-e prema određenom tripletu.
Neke aminoacil tRNK sintetaze to upavo i koriste kao determinante za prepoznavanje AK-e i
21

određene tRNK, ne sve ali neke to rade. Pošto je do te duplikacije i nastanka kodonskog dela tRNK
došlo jako davno, sam antikodon je mogao da evoluira i da se menja u odnosu na operacioni kod.
Pokušaj da se vidi da li operacioni kod i antikodon predstavljaju kopije (antikodon u odnosu
na operacioni RNK kod) pokazao je: kada uzmemo transportne RNK koje imaju kompelementarne
antikodone tadsa se dobija da drugi nukleotid u antikodonskom tripletu jeste komplementaran
drugom kodonu na RNK operacionom kodu, ali dakle na transportnim RNK koje imaju
komplementarne antikodone.
Ovo se objašnjavi time da je verovatno genetički kod evoluirao u parovima, gde su bile dve
tRNK koje su ili bile kopirane na obe strane, a samim tim međusobno su komplementarni ovi
nizovi, ili kasnije kod DNK da je replikacija mogla ići sa oba lanca.
Znači po stereohemijskoj hipotezi antikodon tj. triplet koji vezujemo za genetički kod nastao
od RNK operacionog koda, tj. od starijeg dela koji pokazivao afinitet prema određenoj AK-i.
Na slici je zaokružen operacioni kod i izdvojen je drugi nukleotid koji je kompementaran

drugom nukleotidu na antikodonu druge transposrtne RNK koja ima komplemetaran antikodon. Na
slici je samo slučajno komplementaran drugi i drugi na istoj tRNK.
22

S
SKRIPTA, Prin
ncipi moleku
ularne i fen
notipske evo
olucije, Ivan Petroviić 2015
1

preRNK svet - ideja da je i sama RNK morala da
evoluira, da nije mogla sama spontano da nastane.
Rani RNK svet

Počeci formiranja multimolekulskih
kompleksa, tu je pominjan Ajgenov Hiperciklus.
Rani RNK svet je imao mehanizme
zasnovane na ribozimima, mehanizme replikacije
(umnožavanja) tih prvih kooperativnih sistema koji su
morali da nastave da egzistiraju i da samim tim
evoluiraju.
Kasni RNK svet - nastanak protoribozoma,

transporne RNK, počeci nastanka Genetičkog koda.
RNK-proteini - Ribozomi, Kodirana sinteza

proteina.
Genetički kod podrazumeva da u sistem ulaze i AK-e, proteini, sinteza proteina koja se zasniva na
informacionom sadržaju genetičkih sistema.
Svet dvolančane RNK - Veća stabilnost nasledne informacije

Sposobnost RNK da formira 2L strukture je uobičajena i postoji i danas u živom svetu.
Ta faza je bila favorizovana i opstajala u prvim genetičkim sistemima jer (po Darvin-Ajgenovom
ciklusu) sve što povećava preciznost i stabilnost biće favorizovano prirodnom selekcijom. Svet 2L RNK zbog
povećanja stabilnosti informacija bi bio favorizovan PS-om.
U-DNK svet - faza ribonukleotitdne reduktaze (kataliza nastanka dAMP,dGMP, dCMP), rani mehanizmi
reparacije DNK.
Prvi DNK svet koji nastaje iz RNK sveta je imao Uracil umesto Timina. RNK ima uracil, a danas kod
DNK je on zamenjen timinom.
Da bi nastao DNK svet morali su nastati enzimi ribonukleotidne reduktaze koje od ribonukleotida
stvaraju dezoksiribonukleotide. Pošto je to proteinski enzim, pretpostavlja se da je došlo do usaglašavanja i
povećavanja preciznosti proteinske sinteze još u prethodnoj fazi postanka i evolucije genetičkih sistema.
Pojavili su se rani mehanizmi reparacije koj su zasnovani i na RNK i na proteinskim molekulima. U

DNK svet je bio značajno precizniji, stope mutacije u U DNK je 10-7.
DNK svet - U u T, poboljšani sistemi reparacije DNK
Uracil je zamenjen Timinom i to podrazumeva nastanak još jednog enzima - timidilatne sintetaze
(sintaze) koji katalizuje reakciju u kojoj iz Uracila metilacijom nastaje Timin koji je dezoksiribonukleotid.
To je dodatno povećalo preciznost sistema jer ukoliko se Citozin dezaminuje nastaje Uracil, teško je
enzimima repracije da prepoznaju koji je U pravi, a koji je mutiran, što je pad preciznosti sistema ako greše u
prepoznavanju. To je razlog nastanka timidilatne sintetaze i to je podržano PS-om.
Arhebakterije i Eubakterije imaju dve nehomologne timidilatne sintetaze - geni koji kodriaju za ovaj
enzim nisu homologni (znači da su nezavisno nastali u ove dve evolucione linije).
homologni = da imaju zajedničko poreklo, da su nastali u ove dve evolucione linije od jednog zajedničkog
pretka.
Iz tog razloga se zaključuje da je i sama DNK mogla nastati bar 2 puta nezavisno u dve različite
evolucione linije.
Ovde je stopa mutacije bila 10-8.
Kasni DNK svet - današnji svet.

Preciznost povećana na 10-9 po nukleotidnom mestu.
2

Nastanak DNK - hipoteze i primeri
Kako je nastala DNK
Virusna hipoteza:
Smatra se da su virusi sebični genetički elemeti. Ukoliko su RNK virusi nastali još u RNK
svetu, pojava sposobnosti virusa da vrše konverziju jedne nukleinske kiseline u drugu - tj. ako
virusi imaju nešto što ne mogu da prepoznaju sistemi zaštite "domaćina" to će biti favorizovano.
Po virusnoj hipotezi ribonukleotidna reduktaza i timidalatna sintetaza je izmišljotina virusne
evolucione linije i kasnije je bila moguća jednostavna tranzicija od RNK u DNK sistem koji je
prihvatio i sam "domaćin" tj. ti kooperativni hiperciklusi su mogli to da prihvate.
Takav RNK genetički sistem koji može da prebaci informaciju u DNK bi bio favorizovan
ukoliko to dodatno povećava preciznost sistema.
Da se informacija sa RNK lako prebaci u DNK pokazuju i savremeni genetički sistemi npr.
retrovirusi koji rade tu koverziju.
Primer konvertovanja RNK u DNK genetičku informaciju je protozoa Oxytricha zasnovana na

DNK sistemu (kao i sve ćelije). Ona ima mikronukleus i makronukleous.
-Mikronukleusi su uobičajena jedra eukariota (sadrže određeni broj parova hromozoma,

učestvuju u mejozi, rekombinacijama itd.).
Nakon konjugacije te jednoćelijske Oksitrihe dolazi do rekombinacije tih njihovih jedara.
Mikronukleusi su tu radi reprodukcije
-Makronukleus je transkripciono aktivan (metabolički aktivan i održava ćeliju u životu),

DNK informacija u makronukleusu se transkribuje i daje sve proteine neophodne za funkcionisanje
ćelije. Makronukleusi se sastoje od iscepkanih malih hromozoma u kojim su geni koji se transkribuju.
Tokom polne reprodukcije (tj. deobe ćelije) nestaje makronukleus, ali ostaju RNK molekuli
koje je makronukleus produkovao pre nego što je nestao.
Nakon polne reprodukcije ponovo se regeneriše makronukleus na osnovu informacije RNK
molekula koji se nalaze u citoplazmi.
Tu postoji konverzija iz infromacije iz RNK u DNK.
U eksperimenu može da im se ubrizga još RNK molekula i oni će napraviti više DNK u svom
makronukleusu, ili im uklonimo RNK, tj. moguće je manipulisati količinom RNK molekula što će
odrediti sastav DNK u makronukleusu.
Ovo je ilustracija da je ova konverzija moguća jer postoje i enzimi koji to mogu da odrade.
3

9 Postanaak prvih ćelija
9. ć
z U RN NK svetu su nastalii prvi
m
makromolek kulski kom mpleksi - prvi
h
hipercikulsi..
RNK K sistemi (m
molekuli poovezani
innterakcijam
ma) koji moraju biti
z
zaokruženi u enntitet obbavijen
m
membranom m.
z Sledeća faza u nasttanku ćelijee je Progen not (stupanj organizacije

o biooloških sistemaa) je pretho
odnik tipičnne
jeednoćelijskke organizaccije.
Proggenot je preprokariot
p tski stupannj ćelijske organizacijje tj. stuppanj koji je prethodio
p
prokariotsko oj ćelijskoj organizacijji. "Progenoot" je hipoteetički preprokkariotski stuupanj, koji jee evoluirao iz
i
R
RNK sveta.
Tad je još uveek evoluiraao odnos između i gen

notipa (infformacije) i fenotipa (protein) -
n
neprecizni s
sistemi prevvođenja jednnog molekuula u drugi: geni i njihoovi kodiranni proteini su
u bili manjii,
trranskripcijaa i translacijja se bile mnnogo neprecciznije od pravih
p prokaariota (eugeenota).
Sistem
m sa preciznnim odnosom m genotipa i fenotipa
f se zo
ove genot ilii eugenot i too bi bila ćelija.
Progeenot je prećeelijski stupannj.
z
zLUCA je poslednji zaajednički prredak svih savremenih
s ćelija.
s evoluirala sva tri savreemena ćelijskka organizaciona nivoa - arhebakterije, eubakterije i eukarioti.
Od njega su
Da li je LUC
D CA bio:
y
ysličan proggenotu - sttupanj sa RNK
R genetiičkim sistem mom bez preciznih
p vveza između u genotipa i
f
fenotipa.
y ili je LUCCA bio tipiččna DNK prrokariotska ćelija sa čv vrstom vezoom između genotipa i fenotipa
f kao
k savremeenih ćelija. (translacionaa i transkripcciona mašineerija kao kod savremenih prokariota).
kod
Tri domenaa života:

T
A
Arhebakter rije i Eubakkterije nemmaju jedro i to
t su prokarriotske ćelijje.
E
Eukarioti suu organizmmi čije ćelije imaju jedroo. Ćelijska organizacija im je
s
suštinski druugačija od prokariota.
p
Molekulska annaliza prokariiotskih ćelija ('70): proučaavani su nekii geni rRNK iz male
M
suubjedince kojji su zajedniččki za sve živve sisteme i pokazalo se da tu postojii mnogo
raazlika kao i na
n mnogo druggih gena - uvvode se domenni i po organizaciji ćelije čitav
č živi
svvet se može podeliti
p na dom
mene Arhebakkterija, Eubakkterija i Eukarriota.
P
Počev od RNK
R sveta imamo sleedeći niz u evoluciji ćelija:
ć RNK
K svet —> Progenot - LUCA —>
>
savremene ćelije (arhebakterije, eub
bakterije i eukarioti)
e
P
Prepotstavlja
amo da su prve
p ćelije koje
k su nastale prokario
otske ćelije..
Odvvajanje (koompartmen nizacija) od

o životne sredine je j ključno ua nastan nak velikihh
bbiomakromoolekula. Kljjučno je jer se rešava problem
p kooncentracijje malih orgganskih mo olekula (AK
K,
a
azotne baze,, šećeri itd) koji su moogli nastati abiogeno, jer je za njihhovu polim
merizaciju neeophodno da
d
b
budu u visokkoj koncenttraciji (bliskkom kontakttu) u određeenoj zapremmini.
4

Kada su se pojavile ćelijske membrane koje vrše odvajanje od sredine. Postoje dve grupe
modela:
1. Ćelija prva - (znači membrana je zaokruživala molekulski RNK (ili DNK) sistem).
yPrednost ranog membranskog odvajanja živih sistema od okolne sredine je rešavanje

problema koncentracije molekula. Prvo je moralo doći do membranskog zaokruživanja skupine
molekula koji će međusobno biti u interakciji zbog problema koncentracije.
Problem koncentracije je osnovni razlog zašto ovi modeli insistiraju da je moralo prvo doći do
zaokruživanja sistema (odvajanja od ostatka sredine) u npr. vodenoj sredini da bi ti molekuli bili na dovoljno
maloj udaljenosti (dovoljno koncentrovani) da mogu da stupe u inerakciju.
Oparinova supa - u njoj plivaju razni molekuli, ali ne postoji mogućnost da je ona bila toliko
koncentrovana da bi svi ti molekuli bili u tesnim interakcijama. (odbačeno)
Oparin (koacervati - su ključ nastanka života):

- prvo ćelija (pod "prvo ćelija" mislimo membrana),
- pa onda unutar tog genetskog sistema postoje razni molekuli koji prvo daju metaboličke
procese (pod "metabolizam" mislimo proteini),
- onda su geni preuzeli funkciju u kodiranju metaboličkih procesa.
Oparinova koncepcija koacervata predstavljala je mogući model protoćelije. Koacervacija je

svojstvo velikih molekula koji imaju hidrofilne i hidrofobne delove i dolazi do interakcija između nepolarnih
grupa, s jedne, i polarnih grupa vode i jona, s druge strane.
Po Oparinu, koacervati su ključ za razumevanje postanka života.

-U prebiotičkim uslovima su se formirali koacervati od različitih kombinacija polimera. Oni koji su u
stanju da sintetišu sebi slične polimere bi preovladali.
-Došlo bi do pojave metabolizma (=proteini) i njegove genetičke kontrole.
Po Oparinu: ćelijska organizacija → proteini → geni

(metabolizam) (genetička kontrola)
yNedostaci (zbog kojih se ova teza danas sve manje zatupa):

-Ako se jedan sistem zatvori u membranu on je izolovan od spoljašnje sredine. Ni jedan živi
sistem ne može izolovan da opstane, živi sistemi su uvek otvreni sistemi.
-Prve membrane koje su nastale morale su biti krajnje jednostavne. Danas su membrane veoma
složene, pored lipidnog sloja postoje brojni kanali i proteini koji regulišu komunikaciju između
spoljašnje sredine i unutrašnjih sistema, i prve membrane sigurno nisu mogle biti ovakve.
-Ukoliko su proteini prethodili genetičkom sistemu, mi danas ne poznajemo način da su

proteini mogli da se kopiraju i umnožavaju - da zadovolje nasledljivost i kopiranje kao osnovni
postulat živog.
5

2. Odlaganje ćelije (zastupao Ajgen)
Ćelija je odlagana što je moguće duže, iz razloga komunikacije sa spoljašnjom sredinom i

potrebe za otvorenošću sistema.
Zatvaranje sistema u membrane je moglo da se desi tek nakon što su nastali RNK-zavisni
procesi sinteze proteina.
Zaokruživanje u membranu bilo je maksimalno odlagano sve dok sami genetički sistemi nisu postali
dovoljno kooperativni da sami regulišu sintezu membrana i da se odvoje kao posebni entiteti.
Nedostaci: - problem koncentracije tih molekula usled odsustva membrane.

- kompartmentizacija sistema.
Ukoliko u vodenoj sredini imamo puno molekula, čak i ako je ta vodena sredina veoma
koncentrovana i da ti molekuli stupaju u neku interakciju, ne može se očekivati da će oni biti stalno u
skupini, da ih voda ne razblaži i izmeša sa drugim molekulima.
Rešavanje tog problema (dakle, nema membrane jer je membrana previše složena) znači
mora da postoji nešto umesto membrane a to su neorganske pore u stenama:
Prvi kompartmenti koji su sadržali različite molekule i njihove interakcije su bili od

neorganskih pora u stenama koje su bile dovoljno male da bi u sebi sadržavale dovoljnu
koncentraciju. Prvi genetički sistemi bi nastali u neorganskim komoricama.
Dobar model daju Ventisti.
Net:
Hemolitoautotrofi su grupa bakterija koja sadrži specijalizovane lance disanja koji im omogućavaju dobijanje
energije oksidacijom neorganskih supstrata (neorganski supstrati su donori elektrona i osnovni izvori energije). Bakterije
sa ovakvim tipom metabolizma zastupljene su u prirodnim sredinama u velikom broju, posebno u vodi i zemljištu.
6

10. Karakteristike LUCA
Problemi - tip naslednog materijala kod LUCA
Teze:
-LUCA je bio progenot
-LUCA je bio već DNK sistem kao i sve savremene prokariotske ćelije.
Osnovni razlog teze da je LUCA morao biti DNK ćelija je što danas ne postoji ćelijski
organizam zasnovan na RNK (postoje RNK virusi, ali nisu ćelijski organizmi), danas su sve ćelije DNK ćelije.
Ako je LUCA bio DNK sistem onda bi morao da zadovolji neke uslove, ali:
y Između Arhebakterija i Eubakterija ne postoji homologija za enzime koji učestvuju u
metabolizmu DNK (replikaciji, transkripciji): DNK polimeraze, primaze, helikaze i timidaltnu sintazu.
Od 6 poznatih DNK polimeraza samo dve imaju univerzalno poreklo, one su vrlo specifične i vrše reparaciju DNK.
DNK polimeraze nemaju homologiju između Arhea i Eubakterija. Nemaju homologiju, njihovi
geni ne potiču od jednog zajedničkog pretka, znači da su nastali nezavisno u te dve evolucione linije -
i to LUCU dalje pomera u RNK sistem.
Ako su elementi DNK sistema nastajali nezavisno u dve evolucione

linije, LUCA-u onda stavljamo u RNK svet.
Ortologni su geni za DNK ligaze (to je diskutabilno, jer se te dve familija ligaza ne preklapaju
između arhea i eubakterija) i ribonukleotidne reduktaze.
y Još u prilog tezi da je LUCA bio RNK sistem: RNK enzimi ne mogu sintetisati
dezoksiribonukleotide, to mogu da rade proteinski enzimi, znači nije pronađen ribozim koji može
sintetisati dezoksiribonukleotide.
Zaključak:
pLUCA je bio RNK sistem sličan savremenim RNK virusima.
pGenetički sistem LUCA-e je bio sastavljem od više iscepkanih RNK molekula (kao virus influence
A) što liči na Ajgenov hiperciklus (svaki sa jednom ili više fja).
(Virus influence A ima 10 do 12 gena, a ima 8 ili 9 nezavisnih RNK molekula (svaki RNK nosi po jedan ili dva gena).
pKao i mnogo RNK virusa, LUCA je mogao imati početke enzima za sintezu DNK. Postoje danas
visrusi koji to rade.
LUCA je bio RNK sistem sa iscepkanim genomom i imao je bar inicijalnu mogućnost da
sinteniše 2L DNK na osnovu RNK matrice (kao savremeni retrovirusi). LUCA nije koristio DNK
kao glavni infomacioni molekul.
DNK sistemi su nezavisno evoluirali kod linija koje su vodile ka arhebakterijama i
eubakterijama.
7

zPostoje suprotne tvrdnje da je LUCA morao biti DNK sistem
U prilog idu analize stotina familija proteina kod stotina savremenih organizama, po
kojim za veliki broj osnovnih ćelijskih funkcija postoji homologija između arhea i eubakterija. To
ponovo LUCU pomera u DNK ćelijski sistem.
Pitanje je ovde kako se prepoznaje homologija, neki proglašavaju nešto homologijom, što drugi autori ne smatraju
homologijom, tu ne postoji konsezus.
zFunkcija molekula zavisi od njegove 3D strukure (a ne od sekvence). Možemo da

pretpostavimo da ne mora da bude sekvence konzervisana kroz evoluciju, već struktura.
Katalizator podrazumeva određenu 3D strukturu koja pravi aktivno mesto i omogućava neku hemijsku
reakciju. Znači da određeni protein koji obavlja ezimsku fju (katalizuje neku reakciju) mora imati određenu 3D
strukturu.
3D strukture za određene enzimske funkcije su mnogo više konzervisane nego sekvenca tih proteina.
Manje-više istu 3D konformaciju mogu da naprave proteini koji imaju i donekle različit raspored
aminokiselina. (Imaju iste 3D strukture, jer obavljaju određene funkcije)
Zato se u ovoj analizi radila filogenija 3D struktura (a ne sekvence) tih veoma konzervisanih proteina.
Analiza 3D struktura proteina koji imaju visoko konzervisane domene, koji kod svih
organizama u dubokim filogenijama imaju istu 3D strukturu, pokazala da je konzervisanost
strukture mnogo veća od konzervisanosti sekvence. To je pogodno za analizu dobokih i ranih
filogeija.
Te analize 3D struktura su pokazale:

pda je LUCA mogao imati samo 5 do 11% savremenih proteoma (tj. proteina koje imaju
savremene ćelije/ proetom je set proteina specifičnog tipa ćelije koji vrši neku f-ju).
pda je LUCA posedovao elemente za ribozome, za sintezu proteina, moguće da je imao i

bazični metabolizam za sintezu oba tipa membrane (kao kod oba tipa savremenih prokariota).
pda nije posedovao gene uključene u transkripciju (DNK u RNK), ni enzime za sintezu
dezoksiribonukleotida, ni gene koji omogućavaju vanćelijsku komunikaciju.
Ova analiza bi tvrdila da je LUCA bio RNK sistem.
Homologija u kontekstu gena: dva gena u dve evolucione linije potekla od jednog zajedničkog gena. To su ortologni geni:
od jedne predačke kopije gena i od tog pretka imamo dve evolucione linije, i jedna i druga evoluciona linija bi morale da u
svom genomu imaju taj gen. Da li su oni evoluirali ili ne, da li su se menjali i u kojoj meri su se menjali, to nas ne zanima -
ta dva gena su ortologna, vode poreklo od jedno istog DNK niza.
Paraloni geni - ako je kod pretka došlo do duplikacije oba gena, oni bi trebali da budu prisutni i kod jednog i kod drugog.
8

Ksenologni - strani gen, uleteo iz drugog organizma horzontalnim transferom.
Da li je LUCA imamo membranu
Ćelija podrazumeva membranu. Da li je poslednji zajednički predak dva prokariotska ćelijska

domena imao membranu?
yArhebakterije i Eubakterije u svojim membranama imaju nesrodne lipide, kod Arhebakterija

su izoprenski estri, a kod Eubakterija su estri masnih kiselina. To su nehomolgni molekuli sa
nehomologim sistemima sinteze, to ukazuje da je LUCA bio RNK sistem koji nije imao membranu.
Savremeni podaci ukazuju da oba domena imaju osnovne bazične gene za sintezu oba tipa
membrane.
Danas se smatra da je eukaritoska ćelja nastala endosimbiozom dve prokariotske ćelije,
domaćin je bila arhebakterija, a od eubakterijskog endosimbionta je nastala mitohondrija. Membrana
eukariota po hemijskom sastavu je sličinija eubakterijskoj membrani. Tako da bismo mogli da kažemo
da je eubakterija mogla biti domaćin, mada danas svi podaci govore da ona nije bila domaćin.
Zbog tvrdnje da postoje geni koji obezbeđuju bazičnu sintezu oba tipa membrane smatra se da
su eubakterije i eukarioti zadržali identični tip membrane, a da su arhee evoluirale drugi tip membrane
kao rezultat adaptacije na ekstremne uslove u kojim žive.
yBez obzira na ovo, čak ukoliko je LUCA imao sisteme za sintezu oba tipa membarne, postoje
drugi razlozi zbog kojih LUCA nije imao membranu:
- složena membrana (selektivno propustljiva) zahteva veoma složen genom koji učestvuje u
njenoj sintezi, da ima elemente za sintezu proteina sastavnih delova tih membrana za složenu
komunikaciju sa spoljašnjom sredinom, a to je DNK genom.
Ne očekuje se da složeni membranski sitemi koji podrazumevaju brojne proteine mogu

biti prisutni u RNK genomima. Nijedan RNK genom koji danas znamo (RNK Virusi) nije dovoljno
složen da bi mogao imati takvz složenu membranu.
yAko prepostavimo da je LUCA bio RNK sistem, moramo tvrditi da nije mogao imati
membranu.
Dakle LUCA bi bio progenot, a pošto nema membranu, morao je biti smešten u
neorganskim komoricama.
LUCA verovatno nije imao membranu (Prema Kunin-Martinovom modelu), Argumenti:
1) zato što su to različite (nehomologe) membrane kod arhea i eubakteria
2) složenu savremenu membranu koja mora omogućiti semipermeabilnost (komunikaciju sa spolj.

sredinom) može imati samo sistem sa složenim genomom - DNK genomom.
Nijedan RNK sistem koji danas znamo (RNK Virusi) nema dovoljno složen genom da bi
mogao imati membranu kakvu zahtevaju današnje ćelije.
9

Ventisti Ventisti su najznačajniji istraživači koji se salažu sa odlaganjem ćelije.
Ventovi su hidrotermalni izvori na dnu okeana. Postoje i danas. Bili su izvorište Ajgenovih
hiperciklusa i tu su nastale te ćeljske formacije.
Postoje i geotermalne hipoteze, gde na velikim dubinama u kopnu postoje slični uslovi, pa se ventisti i
geotermane hipoteze slažu u mnogo podataka.
Ventovi su sastvaljeni najviše od sulfida gvožđa i nikla. Oni rastu kako se materijal iz dubine
zemlje izbacuje zajedno sa vodom. Sulfidi Fe i Ni su bili prvi katalizatori brojnih organskih reakcija. I
danas su prisutni kao katalizatori i kofaktori brojnih reakcija u živim sistemima.
Iz dubine zemlje u okean se zajednom sa vodom izbacuje mnogo molekula sa raznim
funckijama u prebiotičkoj hemiji: amonijak, cijanovodonik, vodonik sulfid.
Ti ventovi imaju T od 90-100oC, ka površini T opada.
Voda koja izlazi kroz ventove ide do dubine od 3km gde se zagreva do oko 200oC (zbog
visokog pritiska), što je važno jer reakcija H2O sa jonim Fe na 200oC daje vodonik.
Ventvi su bili izvor vodonika takođe.
Smatra se da su prvi organizmi bili anoksični, nisu koristili O2 za metabolizam, već vodonik.
Vodonik koji dolazi sa velikih dubina i CO2 u vodi na većoj visini su osnova za redoks
hemiju, tj. osnova za sintezu raznih redukovanih jedinjna ugljenika (ugljvodonika). Eksperimentalno
je dokazano da su to uslovi za nastanak redukovanih jednjenja ugljenika.
Pitanje energije
Smatra se da su tioestri bili energetski molekuli. Tioestri kao visoko energentski molekuli lako
nastaju u uslovima prebiotičke hemije (exp).
Abiotički (tj. neenzimski) u uslovima prebiotičke hemije lako nastaju Acetil-tioestri kao što je
acil-fosfat. Smatra se da je lako abiotično nastajanje acil-fosfata bio proces koji je uveo fosfate u
energetsku priču u biohemiji.
Lak nastanak acilfosfata i velika energija koja se oslobađa pri hidrolizi ove veze
(raskidanje fosfatnih veza) je energija koja se koristila u procesima koji su početak biohemije. Zato se
smatra da je acil-fosfat mogao biti prekursor ATP-a koji je danas osnovni energentski molekul.
10

Današnji hidrotermalni izvori imaju vrlo male komorice, značajno manje od veličine današnjih
ćelija (1-100 mikrometara), porozne su (postoji komunikacija između komorica i molekuli mogu da se
provuku), stalno nastaju nove komorice kako vent raste.
U neorganskim komoricama (koje su bile dovoljno male da obezbede visoku koncentraciju) se
odvijale sve reakcije. Pošto su komorice bile porozne mogle su da razmenjuju molekule, molekuli su
mogli da se mešaju, da odlaze u druge genetičke sisteme gde bi mogli biti uklopljeni u neke nove
molekulske interakcije.
Ako je neki hiperciklus uspešan u stabilnosti, replikaciji, preciznosti, nastajanjem novih

komorica on je mogao biti umnožen i zaposedao ih. I to je sistem Prirodne selekcije, ali ovde nema
jedinke već hipercikluse i varijabilnost tih multimolekulskih kooperativnih sistema kao osnov za
delovanje PS-e.
Ventisti kažu da je LUCA nakon nastanka RNK zasnovane biohemije i ulaska proteina u priču
bio takođe jedan sistem u neorganskoj komorici. Od LUCA koji je bio RNK sistem sa potencijalom
sinteze DNK molekula nezavisno su nastajali sistemi koji su vodili ka dvema današnjim prokariotskim
linijama Arheama i Eubakterijama. I to je teza Ventista.
Poroznost komorica omogućavala je razmenu RNK molekula i uslove za odigravanje rekombinacija

(analogno horizontalnom prenosu genetičkog materijala kod savremenih prokariota).
Geološko formiranje novih komorica koje su naseljavali najefikasniji stvoreni genetički sistemi je
pandan deobi ćelija.
U ovom modelu, selekcija deluje na individualne jedinice (na sadržaje svake komorice). A to je jedan
od preduslova da bi došlo do razdvajanja početne populacije na veći broj evolucionih linija.
Ona linija sa boljim translacionim sistemom (koji se nasleđivao) je pobeđivala u borbi za replikaciju.
11

Formiranje membrana
LUCA je morao jednog trenutka da napusti neorganske komorice, a da bi ih napustio morao je

zaokružiti membranom genetički sistem koji je evoluirao.
Zna se da alifatične masne kiseline lako nastaju abiogenim putem, kao što nastaju azotne baze
koje ulaze u sastav informacionih molekula, kao što nastaju i AK-e.
2015. naučnici su od dva jednstavna molekula cijanovodinka i vodonik sulfida uspeli da u mreži raznih
jednostavnih hemijskih reakcija uz katalizu raznih metala (Fe, Ni itd) sintetišu i lipide, azotne baze i razne AK-
e, a izvor energije je bilo UV zračenje. Dakle, u prebiotičkoj hemiji je mnogo toga moglo nastati na jednostavne
načine.
Kako su formirane membrane - osnovna ideja:

yAbiogeno nastale alifatične masne kiseline koje imaju polarne i nepolarne svoje delove (tj.
hidrofobne i hidrofilne) u vodi naprave kapljice i sfere. Masne kiseline sa hidrofobnim delovima će
napraviti sfara. Smatra se da su te male sfere mogle da putuju kroz neorganske komorice. Jedna grupa
istraživača kaže da je to bila jedna membrana od izoprenoida.
(Dakle, LUCA je mogao imati jednu membranu od izoprenoida)
y Starije teorije (još uvek prihvatljive) tvrde da se radi o dve membrane - prvo je bila sfera od
lipida, i ako je ona ušla u komoricu i sa njene spoljne strane će biti mnogo molekula koji su već bili u
komorici i napravil interakciju. Ti molekuli se kače za sferu, i ona počinje da se udubljuje i spajanjem
se dobija dvostruka membrana.
Po ovoj tezi prvi ćelijski sistemi sa membranom liče na gram negativne bakterije.
y Kako je taj jednostavni lipidni sloj mogao da postane polupropustljiv:

Smatra se da SRP-ovi (ribonukleoproteini koji su i danas važni u živim sistemima, zovu se još
i partikule prepoznavanja signalnih sekvenci na polipeptidima), prepounaju i targetiraju protein sa
hidrofobnom signalnom sekvencom (domenom) ka plazma membrani. Taj protein može svojim
hidrofobnim delom da se ugradi u membranu. To SRP-ovi i danas rade.
SRP-ovi koji imaju RNK deo su bili ti koji su počeli da ubacuju proteine u lipidne membrane i
tako su nastale poluprpostljive membrane koje su mogle komunicirati sa spoljašnjom sredinom.
Pošto su SRP-ovi prisutni kod oba prokariotska domena smatra se da ih je imao i LUCA.
yProtonska ATP-aza koristi razliku potencijala između dve strane membrane za sintezu ATP-
a. Njoj ne trebna biogena membrane već samo postojanje hidrofobnog sloja koji omogućava
energetski potencijal.
Pošto je protonska ATP-aza prisutna u oba domena, pretpotstavlja se da je imao i LUCA.
Za funkcionisanje ATP-aze nije neophodna biogena membrana već samo hidrofobni sloj (koji su mogle
činiti masne kiseline). Svakom sistemu je potrebna energija. Kod savremenih ćelija za obezbeđivanje energije
je ključna ATP-aza.
Za ATP-azu je bitno da postoji razlika u membranskom potencijalu, sa jedne i druge strane. Spoljašnost
membrane je previše kisela i da bi se kiselost izjednačila protoni žele da se vrate unutra, to koristi ATP-aza kroz
mali otvor prolaze protoni, i ATP se izbacuje.
12

11. Filogenetski odnosi između tri domena života
Mreža umesto korena života
Fosil najstarije prokariotske ćelije ima 3,5 milijarde godina (Dva prokariotska domena
života su nastala u to vreme). Fosil Eukariota je star 1,8 milijardi godina.
Postanak života (nekih prvih faza) je mogao da počne pre 4,5 do 3,8 milijarde godina, jer
su ovi procesi zahtevali određeno vreme, to bi znači da su ti molekulski sistemi mogli da prežive
nestabilne uslove zemlje, velika bombardovanja meteoritima itd.
Pokušaj da se odredi koren života se radio na analizma brojnih gena koji se nalaze u ćelijama
sva tri domena (razne rRNK itd.). Mnogi od tih gena su paralogni geni (duplirani još kod predaka, a
onda preneti u obe prokariotske evolucione linije i kod eukariota) i danas ih vidimo i kod oba
prokariota i kod eukariota.
Pri rekonstrukciji filogenije koristimo ortologne gene. Kada rekonstruišemo filogeniju

težimo da ukorenimo stablo. Kad imamo tri domena života mi možemo da odredimo njihove
međusobne odnose, ali ne znamo gde se nalazi koren.
Kada radimo rekosntrukciju odnosa pojedinih taksona, da bismo ukorenili tu filogeniju (tj.
videli gde je zajednički predak te grupe taksona) koristimo autgrupni takson.
Npr. hoćemo da uradimo filogenetske srodničke odnose između 5 vrsta istog roda. Da bismo
mogli da vidimo koji je takson stariji, koji takson je iz kog izveden i da ukorenimo tu filogeniju,
koristimo autgrupni takson i to je neka vrsta koja ne pripada tom rodu i isto je udaljena od analiziranih
taksona.
Kad radimo filogenetske odnose između različitih grupa ljudi, autgrupni takson bi bio šimpanza. Tako da ćemo na
osnovu te sekvence koju nađemo kod šimpazne i tazličitih sekvenci koje nađemo kod savremenih ljudi proceniti koje bi
bila najstarija varijabilnost uočena kod savremenih ljudi. Ovde bi najstarija bila ona najsličinija sekvenci na autgrupnom
taksonu.
Kad analiziramo 3 domena života nemamo autgrupni takson. Zato se koriste paralogni
geni gde jedna kopija služi kao autgrupna kopija za rekonstrukciju filogenije ove druge kopije i
obratno. Te analize različitih gena su pokazale da su Arhebakterije i Eubakterije starije od
Eukariota.
Izgledalo je da su eukarioti nastali od Arhebakterija i da su Eubakterije filogenetski najstarija grupa, i
da se koren života nalazi između Bakterija i linije koja je vodila ka Arhebakterijama i Eukariotima.
Međutim, analize različitih gena su dale različte rezultate ko je stariji Arhebakterije ili
Eubakterije. Po nekim analizama su Eubakterije prvi ćelijski organizmi, a po drugim su
Arhebakterije, po prvim analizama iz Eubakterija su izašle arhebakterije pa iz njih eukarioti. Druge
analize daju obrnutu situaciju.
Danas je nesporno da se Eukarioti nastali kombinovanjema Arhebakterije i Eubakterije,
a koren života je između dva prokariotska domena Arhebakterija i Eubakterija tj. da ni
Arhebakterije i Eubakterije nisu starije ili mlađe, nego da ta dva ćelijska sistema nastaju u isto vreme
(nije jedan predački, a drugi izvedeni sistem, već su oba podjednako stara).
Poslednji zajednički predak svih prokariota se nalazi između Arhebakterija i Eubakterija.
13

Kada koristimo ksenologne gene (ne znamo da je gen ksenologni) možemo da pobrkamo
filogenije. U jednom srodnom taksonu ga ima, u drogom srodnom taksonu ga nema, a ako ne znamo
da je taj gen ksenologni možemo da zaključimo da nisu srodni.
Zato se danas proverava da li je gen ksenologni i zato znamo da je tih razmena bilo jako puno. Ljudski genom ima
preko 160 gena koje je dobio od bakterija, ali kao naknadni unos gena kada je već formirana naša evluciona linija (to je
ksenologni gen - upad it ekog frugog genoma).
Testiranjem da li je gen ksenologni u nekoj evolucionoj liniji ili ne, kako su oni povezani u
filogeniji, pokazalo se da su prvi genetički sistemi bili jako u komunikaciji i da su se geni šetali i
prenosili od jednog od drugog.
Danas tvrdi da mi nemamo koren života već imamo mrežu u tom korenu, da je transfer
gena iz jednog u drugi sistem bio veoma intenzivan. Koren života je mreža života.
Kod prokariota se samo 1% gena se prenosilo vertikalno (transgeneracijski), a sve ostalo se
mešalo između različitih eubakterijskih genoma.
Najznačajnije za eukariote jeste mešanje gena između arhebakterije i eubakterije, i tada su

formirane eukariotske ćelije.
Horizontalni transfer: neki geni Eukariota su srodnji Arheama, a neki srodniji Eubakterijama,
to znači da su prvi oblici života imali intenzivnu razmenu gena (hor. transfer gena) - gen iz Arhea se
prenosio i Eubakterije i obrnuto. Postanak eukariota je takođe podrazumevao veliki horizontalni
trasnsfer.
Veliki intenzitet horizontalnog transfera (postojanje ksenolognih gena u svakoj od grupa)

pokazuje precizna analziza koje razlikuje ksenologne od ostalih gena: kod prokariota se samo 1%
gena prenosio isključivo vertikalno (transgeneracijski u okviru jedne evlucione linije tj. nikad između
različitih vrsta prokariota), a sve ostalo se mešalo na početku života.
Zaključak: koren života je mreža života - sve što je u početki nastajalo kao specifično z ajedan
domen (Arhebakterije ili eubakterije) intezivno se mešalo.
14

S
SKRIPTA, Prin
ncipi moleku
ularne i fen
notipske evo
1 Nastan
12. nak eukarriotske ćeelije
Prvi genetički sistemi
s morrali su biti vrlo jednosstavni i nestabilni. To po Darvin Ajgenovom m
c
ciklusu jestee već ćelijskki sistem i DNK
D sistem
m, ali je on morao
m još puuno da evoluuira da bi bio usaglašenn
i stabilan sisstem.
Analliza više hiljada

h fam
milija gena danas prissutnih kod sva 3 dom mena, pok kušala je da d
rekonstruišee istoriju genna od samihh početaka (uz pretpostaavku da je živoot nastao pre oko 3,5 milijardi godina jeer
taada imamo neesporne ćelijskke fosile, značči već postoji ćelija
ć ) slika::
Filoggenetske annalize pokazzale su da su s stope nasstanka novihh gena, nesstanka gena, duplikacije
g
gena i HTG G-a bile veom ma intezivnne u perioduu koji zoveemo Arheozzojska eksp panzija (pre 3,3 do prre
2
2,85 milijarddi godina) u okviru Arhhezoika.
Arheeozoik je traajao do pre 2,5
2 milijarddi godina:
- Tad nastaje
n najjveći broj bakterijsk kih taksonaa (jednoćelijskih pro okariostskih h
taksoona), jer je bio najintezzivniji nastannak svih gennomskih novviteta - novihh gena, dupllikacije genaa,
nastaanci, nestancii gena, HTG.
- Tad jee nastalo 277% svih saavremenih familja gen na (tj. skoroo trećina svihh savremenih
famillija gena koje danas imajju savremenii organizmi): geni važni za respiraciju i transffer elektron na
(genii važni za snnabdevanje ćelijskih siitema energijom).
Sledii Proteroziik koji ima već

v usaglaššene stope, i one se nisuu bitno mennjale ni u Fa anerozoiku
u.
D
Desila se koonsolidacijaa genoma nakon
n Arheeozojske ekkspanzije, i dalje postooji postanaak, nestanakk,
d
dulikacijw i HTG, ali sttope su konnstante od poočetka Proteerozoika paa do Fanerozzoika (danaašnjice).
Danaas novi geni ne nastajuu intenzivnoo. Onda su mogli,

m jer suu geni bili nnestabilni, za
z razliku od
ddanašnjih slooženijih i sttabilnijih geena koji posseduju brojn
ne regulatorne sekvencee.
Da bi
b gen danass nastao on mora da im ma sve te eleemente. Rannije, pretpostavljamo, da d nije imao
s te elem
sve mente i zato su sistemii bili nestabbilni i jednostavniji i nije im treebalo sve on no što treba
d
današnjem g
genu da bi bio
b gen.
Eksp
panzija je mogla
m da see desi u tom
m periodu, jer je sistem
m bio još u
uvek nestab
bilan.
15

LECA (last Eucariotic common ancestor)
LECA (poslednji eukariotski zajednički predak) je eukariotska ćelija - kombinacija Arhebakterije

i Eubakterije. Nesporni fosili eukariotskih ćelija su od pre 1,8 milijardi godina.
Nastajali su i nešto ranije, postoje fosili koji su složeni i izgledaju kao višećelijski kolonijalni oblici (stari preko 2
milijarde godine) pa neki tvrde da su to već eukarioti. Procene su različite a, 1,8 mlrd. god. je nesporni fosil.
Eukariotska ćelija, za razliku od prokariotske ima složen citomembranski

(endomembranski) sistem: spoljašnja membrana, membrana ER-a, Goldži kompleks, endozomi,
lizozomi, jedarana membrana, bioenergentske organele mitohondrije i plastidi.
Citomembranski sistem je složen sistem membrana unutar ćelije, nastao je od plazma

membrane prokariotskog tipa* invaginacijom (uvijanjem) unutar ćelijskog sistema p on je omogućio
eukariotskoj ćeliji povećanje dimenzija u odnosu na prokariotsku ćeliju, što je bitna razlika. (može
biti veća i do 100x).
* po hemijskom sastavu više liči na eubakterijsku membranu, ali to je ishodna membrana u odnosu na predačku.
Prisustvo bioenergetskih organela - Mithondrija i Plastida, najuočljivija razlika.
Mitohondrije
Bioenergetske organele - mitohondrije. Mitohondrije su endosimbionti.
Upad buduće mitohondrije u ćeliju je pokrenuo seriju događaja koji je doveo do formiranja
eukariotske ćelije do evolucije eukariotske ćelije kakvu danas imamo:
-formiranje nove organele - potpuno drugačijeg metabolizma,

-formiranje jedra je inicirano ovim događajem,
-formiranje eukariotskih gena
(sa intronima/ inicirali su seksualnu reprodukciju, formiranje eukariotskih hromozoma).
Sporenja o tome kako je izgledao domaćin
Ranije se smatralo da su postojali Protoeukarioti (danas odbačeno) koji je bio prokariot koji
je imao sve što ima eukariot, osim mitohondrija tj. amitohondrijski eukariot. Protoeukariot bi bio
amitohondrijski eukariot. Smatralo se da su oni prelaz između protokariota i pravog eukariota.
Danas postoje parazitske protozoe Arhezoe koje nemaju mitohondrije, a imaju sve ostalo što
imaju druge eukraiotske ćelije. Smatralo se do su Arhezoe relikti toga prelaznog oblika između
prokariota i eukariota.
Ali, to je odbačeno, jer bez obzira što Arhezoe nemaju mitohondrije, mnogi od ovih taksona
imaju hidrogenozome i mitozome (= redukovane mitohondrije), ili bar imaju gene u jedarnom genomu
za hitšok proteine Hsp60 i Hsp70 za koje se zna da su poreklom iz mitohondrija. One su sekundarno
izgubile mitohondrije.
Nikad nije postojao Eukariot bez mithonodrija p protoeukariot nije mogao biti ćelija koja nema mitohondrije, a
ima jedro i citomembranski sistem.
16

Danas prihvaćeno:
- Domaćin je Arhebakterija
- Eubakterije iz grupe alfaproteobakterija su preci mitohondrija (endosimbiont)
Najjača tvrdnja da su Arhebakterije domaćini, pored hemijskih podataka, tipova gena koji
su karakteristični za današnje eukariote, je da su proteini koji se nalaze u jedarcetu Eukariota su
homologni Arhebakterijama. Funkcija jedarca je da produkuje materijal za ribozome.
Kako je došlo do upada Eubakterijske ćelije u Arhebakterijsku ćeliju.

Postoje dve grupe hipoteza: Fagotrofne i Sintrofne hipoteze.
⌦Fagotrofne hipoteze (većinom odbačene):

- Budući domaćin Protoeukariot je endocitozom ili fagocitozom progutao budućeg
endosimbionta tj. buduću mitohondriju.
- Domaćin je bio Protoeukraiot sa složenim citomembranskim sitemom, jer fagocitoze nema
bez složenog citomembranskog sistema.
Fagocitoza je složen mehanizam koji zahteva energiju, razvijen citomembranski sitem.

Današnje bakterije ne mogu da vrše fagocitozu (tj. ne mogu da gutaju druge ćelije na ovaj način).
Ova teza se opovrgava:

- jer su Arhezoe su od početka imale mitohondrije tj. nema prelaznih formi od eukariota do
prokariota tj. nema protoeukariota.
- Mitohondrije su neophodne za snabdevanje energije za fagocitozu.
Potrebna je veća energija za fagocitozu od onog što proizvodi membrana prokoraiotske ćelije.
Fagotrofna hipoteze su odbačene, jer su smatrale da postoji protoeukariot (prelazna forma bez
mitohondrija.
Postojanje prelaznih formi (eukariota bez mitohondrija) obara otkriće da Arhezoe imaju relikte mitohondrija
Mitozome (redukovane organele koje nemaju više svoje genome) ili genetičke relikte u jedru Arhezoa
poreklom od genoma endosimbionta.
Osnovni razlog da se odbace fagotropne hipteze je što ne postoje prelazne forme bez mitohondrija: Arhezoa
sada nemaju mitohondrije, ali nekada su imale što dokazuju relikti mitohodnrija.
17

⌦Sintrofne hipoteze
Ne bave se pitanjem kako je jedna bakterije dospela u drugu bakteriju, činjenica da je u više
navrata pronađeno da jedan prokariot u sebi ima drugu prokariotsku ćeliju govori da je to moguće.
Moguće da je bilo neko liziranje i otvaranje membrana, koje se posle ponovo oporave nakon ulaska jedne ćelije u drugu.
Sintrofne hipoteze polaze od toga da je ulazak jedne ćelije u drugu ćeliju je moguć iako
to nije fagocitoza.
yMeđu sintrofnim hipotezama postoje dve grupe:
1) Pokretač nastanka Eukariotske ćelije je povećanje koncentracije O2 u morima.
- Prvobitni metabolizam je bio anoksičan, i

- Desilo se zasićenje kiseonikom i to je pokretač evolucije eukariotske ćelije.
Ranije se mislilo da je pre oko 2,3 milijarde godina došlo do velikog povećanja koncentracije
kiseonika. Ćeliji domaćinu bi bilo korisno da u sebi ćeliju endosimbionta koji može da metaboliše
kiseonik (jer je kiseonik toksičan), i ukoliko dođe do povećanja koncentracije kiseonika i ako u sebe
primi nekog ko može da koristi taj kisonik domaćin se zaštitio.
Ova teza je do '90 godina bila vladajuća - da je alfaproteobakterija imala sposobnost da koristi
kiseonik koji za nju nije bio toksičan i da je to pokrenulo celu simbiozu između domaćina
Arhebakterije i te Eubakterije.
Međutim, geohemijske analize pokazuju da sve do pre oko 500 miliona godina nije bilo
toliko zasićenje kiseonikom posebno ne okeani i ne na tim dubinama gde se pretpostavlja da su
nastajali ćelijski organizmi. Dakle, sredina pre oko 2 miljarde godina nije bila prezasićena kiseonikom
da bi to imalo efekta i stimulisalo simbiozu između dve ćelije. I tu nastupa Hidrogenska hipoteza.
2) Hidorgenska hipoteza
Spomenuli smo hidrogenozome, mitohondrije i mitozome. Hidrogenozomi su danas organele. Kod

najvećeg broja savremenih organizama hidrogenozomi i mitozomi više nemaju genom.
Hidrogenozomi kod današnjih organizama koji žive u anoksičnim uslovima imaju metabolizam
zasnovan na vodoniku.
Ukoliko je Alfaproteobakterija bila fakultativno anerobna, a fakultativno aerobna bi mogla za

početak domaćinu Arhebakteriji da pruži izvor vodonika. Ako je Arhebakterija bila neka
metanogena bakterija njoj je potreban vodonik.
Po ovoj tezi:
- vodonik je ključan, i
- endosimbiont je ponudio svom domaćinu vodonik, a ne zaštitu od kiseonika.
Alfaprotobakterija, koja će biti budući ili mitohondrija ili hidrogenozom, je fakultativno

anaerobna: u anaerobnim uslovina imala je metabolizam zasnovan na Vodoniku, a pri povećanju
koncentracije Kiseonika na aerobni metablizam.
18

Hidrogenska hipoteza: Knjiga
Alfaprotobaketrijski endosimbiont (eubakterija) je bio fakultativni anaerob - njegov
metabolizam je krenuo da evoluira ka aerobnom, ali je suštinski bio anaeroban. U sredini bogatoj
kiseonikom mogao je imati metabolizam zasnovan na kiseoniku, a u anaerobnim uslovima
metabolizam zasnovan na vodoniku.
Po hidrogenskoj hipotezi: prvi endosimbiont bio je fakultativno anaeroban i u uslovima

koji nisu bili prezasićeni kiseonikom, imao je ulogu da svog domaćina Arhebakteriju koja je bila
anaerobna snabdeva vodonikom.
Po ovoj hipotezi vodonik je ključan - Arhebakterija je bila anerobna metanobakterija čiji

se metabolizam zasniva na vodoniku. Ovde je prednost za domaćina bilo snabdevanje vodonikom.
Pretpostavlja se da je tako i bilo - da je valuta u prvoj simbiozi bio vodonik, a ne kiseonik.
Razlog ove tvrdnje je i taj kad gledamo filogenetsko stablo savremenih organizama, u vrlo
udaljenim grupama organizama možemo da nađemo prisustvo hidrogenozoma p znači da je u svakoj
od tih grupa ta organela nezavisno evoluirala u pravcu hidrogenozoma.
Danas se prihvata ova hipoteza, da je vodonik ključan, ranije se mislilo da je kisonik ključan.
Došlo je do upada jedne ćelije u drugu, jedna ćelija je prvo bila endoćelijski parazit, a kasnije je
evoluirala u ćelijsku organelu.
Danas postoje intraćelijski paraziti koji su jako redukovani, koji ne mogu da opstanu van
ćelije, pa se može reći da su to buduće organele tj. organele u nastajanju.
Kada je ušla jedna ćelija u drugu ćeliju (jedna ćelija drugoj ćeliji nudi energetsku valutu bilo H ili O)
moralo je doći do reorganizacije metabolizma.
Smer reorganizacije:
Ćelija domaćin nije mogla da se odrekne svoje dominacije jer je ipak domaćin p vladao veliki
selektivni pritisak da jedarni geni ćelije domaćina budu superiorni u odnosu na gene endosimbionta,
odnosno da ih kontrolišu. Taj selektivni pritisak je doveo do značajnog smanjenja genoma
mitohondrije. Genom mitohondrije čoveka ima 37 gena.
Jedarni genom domaćina preuzima dominaciju nad genomom endosimbionta, preko 2000
proteina koji kontrolišu funkcionisanje mitohondrija i plastida kodiraju jedarni geni.
Ti geni su nastali tako što su neki prešli HTG-om iz mithonodrija u genom domaćina, neki
geni u domaćinovom genomu su kooptirani za nove funkcije, neki su de novo nastali, mutirali ili su se
duplirali.
Danas mitohondrije jesu zadržale genom ali značajno smanjen.
19

Zašto je uopšte mithondrija zadržala genom tj. neke gene?
Objašnjenje je CoRR hipoteza po kojoj su mithondrije zadržale gene neophodne za brzu

reakciju na promene u električnom potencijalu unutrašnje membrane mithondrije (što u protivnom
može biti pogubno za ćeliju - gubitak raznih enzima, nedostatak ATP-a).
Zadržani geni (njihov produkt je blizu membrane gde treba da deluje) su neophodni za tu brzu
reakciju, i održavanje elektrostatusa čitave ćelije.
Potencijal koji pravi jedna mitohondrija, je jako velika energija i predstavljena na jednom kvadratnom metru
ravna je energiji koja se oslobađa u blesku munje.
Kontrola toka elektrona, gde se pravi potencijal, je jako važna.
Ekariotske ćelije imaju puno mitohondrija koje prave velike količine energije. Energija koju
eukarioti imaju po genu je do milion puta veća od one koju imaju prokarioti po genu. To je važno
zbog toga što je jako skupo imati veliki genom.
Bez mitohondrija genom ne može biti veliki - energija koju mitohondrije obezbeđuju je
omogućila značajno povećanje veličine eukariotskog genoma i da bude i do 200.000 puta veći od
porkariotskog genoma.
Količina energije koju imaju prokarioti ne omogućava da prevaziđu energetsku barijeru i da ti

genomi mogu biti veći.
Mitohondrije su omogućile povećanje genoma, kao i kasniju diverzifikaciju i broj gena,

luksuziranje sa različitim genima i nekodirajućim delovima genoma.
Prokarioti to ne mogu da imaju jer nemaju tu količinu energije.
Knjiga
Ako domaćin treba da preuzme apsolutnu kontrolu nad endosimbiontom, zašto danas ipak imamo
gene u mitohondrijskim genomima, zašto nisu svi prešli u genom domaćina.
Rešenje: Mitohondrije su organele koje barataju sa ogromnim energetskim potencijalom.

Membrana mitohondrije podnosi jaku struju. Greška u membranskom potencijalu je letalna za ćeliju.
CoRR geni ostali u mitohondrijama vrše brzu reakciju na promene membranskog potencijala.
Geni: Brza kontrola transfera e-. CoRR(redox regulacija)
Smatra se da je to bio filter koji će geni ostati, a koji neće ostati u samoj mitohondriji.
20

PLASTIDI Knjiga
Danas:
Plastidi su nastali 500 miliona godina posle nastanka mitohondrija, putem endosimbioze pretka
cijanobakterija sa eukariotskom ćelijom koja je već posedovala mitohondrije.
- Karakteristični za biljke, autotrofe, čija je autotrofija zasnovana na fotosintezi.
- Plastidi su ušli kao endosimbionti (= predak Cianobacteria) u eukariotsku ćeliju koja je već imala
mitohondrije i to se desilo pola milijarde godina nakon nastanka eukariotske ćelije.
- Primarna endosimbioza uletanje tadašnje Cianobakterije u Eukariota u kladi Plantae ili Archaeplastida
(gde pripadaju i današnje zelene i crvene alge i kopnene biljke.)
Postoje različiti plastidi u različitim evolucionom linijama. Pošto je manje verovatno da su plastidi
mogli nastati više puta u različitim evolucionim linijama, postavljen je model Vreća za kupovinu.
Model VREĆA ZA KUPOVINU:
- inicajni događaj ulaska jedne cijanobakterije u eukariotsku ćeliju je napravio konstrukt plastida,
- kasnijim uletanjem drugih cijanobaketrija došlo je do ubacivanja novih gena u neku od evolucionih
linija jer ima više različitih plastida u različitim evolucionim linijama.
Sekundarna endosimbioza se dešavala kasnije: uletanje nekih zelenih algi koje su već imale plastide.
To se desilo kod grupa koje danas vrše fotosintezu (dijatomeje, mrke alge, dinoflagelate).
To su bile situacije koje su dovele do formiranja Eukariotske ćelije.
21

13. Postanak jedra i introna
Kako je došlo do reorganizacije genoma domaćina i mitohondrije (molekulski nivo)
Prvi ulazak endosimbionta Alfaproteobakterije u Arhebakterijskog domaćina podrazumeva

postojanje dva ćelijska sistema - jedan u drugom. To je nestabilno stanje.
Da bi ta dva sistema (jedna ćelija u drugoj) mogla da funkcionišu morali su:
1) da usaglase deobe (jer ako se ovaj unutra deli mnogo puta, napuniće ćeliju i ubiće
domaćina/ ukoliko se domaćin ćelija deli, a ovaj unutra se ne deli dobiće se ćerka ćelija bez
endosimbionta).
Pretpostavljamo da događaj upada endosinbionta u ćeliju domaćina nije morao da se desi samo
jednom, već se to dešavalo miljardama puta. Mogućnost da se to u prvom trenutku usaglasi je previše
mala. To je prvi izvor smrtnosti ovih simbionata.
2) I jedan i drugi ćelijski sistem imaju svoju ekspresiju gena i daju produkte koji su
unesaglašeni. Domaćin i endosimbiont su morali da usaglase ekspresiju gena.
Samo oni sistemi domaćina i endosimbionta koji su bar donekle uskladili ekspresiju gena
mogli su da opstanu.
To je takođe izvor velike smrtnosti ovih sistema, jer je vrlo mali broj kombinacija mogao to da
podrži i podnese.
3) Membrana endosimbiontske ćelije se mnogo puta lizirala i njen materijal je izlazio u

citoplazmu domaćina (čiji genom još nije bio izolovan jedrom). Dolazilo je do rekombinacije dva
ova genoma. To je moglo dovesti do poremećaja u genomima i nefunkcionalnosti p izvor smrtnosti.
Tako da se ovo svelo na neke srećne kombinacije koje su uspele da prevaziđu ove problem.
Upad Alfaprotobakterije u Arhebakterije imao je velike posledice na organizaciju genoma

buduće eukariotske ćelije, odnosno u početku na Arhebakterijski (domaćinov) genom.
22

Pokretač velike modifikacije genoma domaćina su introni grupe II koji i danas postoje kod
alfaprotobakterija.
I danas Arhebakterije imaju introne grupe II, koje danas nalazimo i kod Eubakterija, kod
organela eukariota, potvrđuju da je ovaj događaj bio takav.
Introni grupe II su samoiskrajajući introni koji mogu biti jako veliki (do 2,5 kB kilobaze),
nalaze se kod današnjih Eubakterija.
Samoiskrajujći su jer imaju deo koji kodira za jednu RNK (od 400 do 800 nukleotida) koja
ima vrlo konzervisanu strukturu i koja učestvuje u procesu samoiskrajnja.
in vitro možemo da iskoristimo tu RNK i njenu sekundarnu i tercijarnu strukturu da obavi

katalizu samoiskrajanja. Međutim, in vivo u tom procesu joj pomažu enzimi koji su takođe kodirani sa
tim intronima.
Intron grupe II ima sekvencu koju zovemo IEP (intron encoding protein) koji ima dva domena:
- jedan obavlja reverznu transkrapciju
- drugi domen je maturaza (enzim koji prepoznaje specifične sekvence introna i
pomaže ovom RNK molekulu u iskrajanju tog introna).
Intron grupe II ima: RNK domen, ima domene za reverznu transkriptazu i za maturazu.
Introni grupe II u susretu sa naivnim arhebakterijskim genomom koji nema sisteme zaštite (jer
on nema ove introne), dešava se sledeće:
- Intron grupe II ima reverznu transkripciju, a kad ima tu mogućnost on se ponaša kao ME -
može da se kopira i da upada na različita mesta u Arhebakterijski domaćinov genom.
On se kopirao, i smatra se da je taj prvi upad morao da ima veliko umnožavanje tih introna koji
su se ponašali kao ME i upali na mnogo mesta u Arhebakterijski genom.
Kada su se ti introni grupe II premeštali po genomu, i kada su se replikovali i ako je

učestvovala i reverzna transkripcija: bilo je puno grešaka, njihovo premeštanje može biti vrlo falično.
Smatra se da su ti introni grupe II zbog velikog broja mutacionih grešaka izgubili sposobnost
da se sami premeštaju. Ako nemaju sposobnost da se sami premeštaju (da cis regulišu sami sebe)
morao je da se pojavi mehanizam trans regulacije njihovog iskrajanja i tako nastaju splajsozomi.
Znači: Ono što je nekad radio intron grupe II sam i što radi u današnjim bakterijama sam,
sada je morao da se pojavi mehanizam koji će da radi to svim intronima - da ih iskraja jer
oni nemaju sposobnost da to sami rade.
Smatra se da su splajsozomi koji su danas kompleksne strukture koje rade iskrajanje introna iz
primarnog transkripta nastali iz tog razloga.
23

Građa Splajsozoma: - od 5 malih U RNK i 200 proteina.
- SM proteini sa U RNK čine jezgo splajsozoma. (5 U RNK = 1, 2, 4, 5 i 6)
U RNK su izvedene od RNK elemenata introna grupe II

SM proteini (koji su prisutni kod Arhea gde i danas rade različite obrade RNK) su regrutovani u
splasozome da bi učestvovali u obradi RNK (tj. u iskrajanju inrona iz primarog transkripta).
Exp. (2013) Kvasac: U6 RNK može sama da radi iskrajanje vrlo sličnim mehanizmima kao
RNK iz introna grupe II, ne trebaju joj proteini, ali samo in vitro.
To potvrđuje da su U RNK poreklom od RNK elemenata introna grupe II.
To nas približava tezi koja je bila potpuno odbačena, da su introni ostatak RNK sveta, da su to RNK molekuli koji
su od starta u RNK svetu učestvovali u obradi RNK transkripata, pa odatle U RNK u splajsozomima vodi poreklo. Tj.
približava nas ribozimskoj ulozi RNK molekula.
Nastanak jedra
Ukoliko se sve ovo desilo, onda imamo genom koji ima mnogo introna u sebi, koji su
imobilisani i ne mogu više sami da se iskrajaju.
Da bi taj genom funkcionisao, sintetisao proteine, morala je splajsozomima da se izvrši obrada.
Mehanizam iz primarnog transkripta mora prvo da iskroji introne da bi ta iRNK ušla u ribozome i da
bi se sintetisao protein.
pTu nastaje problem jer proces koji rade splajsozomi je spor u odnosu na translaciju.
Pojavila se potreba da se genom gde se vrši transkripcija i obrada fizički odvoji od procesa koji
vrši sintezu proteina.
Pretpostavlja se da su to razlozi zbog kojih je dolazilo do invaginacije membrana i nastanka

složenog citomembranoskog sistema, a jedrova membrana jeste deo citomembranoskog sistema.
Svaki organizam koji je putem mebrana uspeo da zaštiti svoj mehanizam je bio selektivno
favorizovan.
Selektivno favorizovanje složenog citomembranoskog sistema je dovelo do evolucije ćelija
kakve danas imamo - sa složenim citomembranskim sistemom i jedrovom membranom.
Ulazak mitohondrija u eukariotsku ćeliju, postanak introna i postanak jedra se smatra

jednom kaskadom događaja koji idu jedan za drugim.
Introni grupe II su inicirali nastanak, jedra i introna, eukariotskih hromozoma.
Da je to bilo tako pokazuju i neki elementi koji učestvuju u transportu iRNK iz jedra u citpolazmu i tu postoje
vrlo složeni mehanizmi:
- Jedarni transportni faktor 2 u eukariotima pokazuje visoku homologiju sa alfa proteobakterijama.
- NMD sistem koji kontroliše sazrevanje RNK kod eukariota ima komponente poreklom i od
Arhebakterija i od Eubalterija.
Splajsozomski introni kod Eukariota su poreklom od introna grupe II - to se zna jer su

mehanizmi iskrajanja, sekvence prepoznavanja dosta slični kod splajsozomskih inrona (kod Eukariota)
i introna grupe II (kod Eubakterija), sve analize homologije ukazuju da to jesu homologi sistemi.
24

__________________________________________________________________________________
Nema u knjizi i nema u Ispitnim pitanjima(daje čisto informativno)
Šta je moglo da omoguću to divljanje introna grupe II po domaćinovom genomu:
1. Domaćinov genom je morao biti naivan i bez odbrambenih mehanizama, što je vrlo verovatno jer i
danas Arhebakterije nemaju te introne (mogu da imaju neke druge, ali vrlo retko). To je omogućilo divljanje
introna grupe II.
2. ME prave haos po genomu i to je verovatno letalno za taj sistem. Da bi taj sistem mogao da opstane
populacije su morale biti dovoljne male, u kojima je efiksanost PS vrlo mala. Selekcija u velikim populacijama
lako eliminiše ono što je štetno. U malim populacijama slab je efekat selekcije, prenos u narednu generaciju je
prenos svega što iole može da preživi i da opstane.
3. Taj upad je u određenoj meri morao biti čak i selektivno favorizovan. Interes ME-a da izaziva
rekombinacije u dva genoma je da bi se širio. Postoji i interes tog domaćina da se rekombinuje ako već ima
agresivne ME-e.
Rekombinacija izaziva asocijaciju na seksualno razmnožavanje, pa je onda upad ćelije koja će dati
mitohondriju (i njeni introni grupe II koji su izazvali taj krš pogenomu) inicirali prve seksualne procese tj.
rekombinacije koje danas vezujemo za mejozu i za procese slične mejozi. Dakle, kod prvih eukariota, u prvo
iniciranim kršem koji se dešavao zbog ME i koji je značajno smanjio verovatnoću preživljavanja takvog jednog
sistema, došlo je do iniciranja procesa rekombinacija, jer bez rekombinacija tovarenje novih introna u jedan
genom znači propast tog sistema. Rekombinacije povećavaju verovatnoću preživljavanja.
Smatra se da je LECA imao mehanizme rekombinacije, tj. prve mehanizme koji su vodili sekusalnoj
reprodukciji. Između ostalog, zato što su filogenetske analize pokazale da je on verovatno imao gen spo11 koji
danas inicira rekombinaciju u mejotičkoj deobi.
__________________________________________________________________________________
25

__________________________________________________________________________________
Postanak eukariotskih hromozoma Nema u knjizi - daje informativno
Pored toga što su inicirali nastanak jedra i introna u u eukariostkim genima, smatra se da je ulazak
introna grupe II inicirao i nastanak eukariotskih hromozoma. Eukariotski hromozomi su za razliku od
porkariotskih su linearni, a ne cirkularni.
Smatra se da su Introni grupe II sa sobom nosili SINE elemente. Ti predački SINE elementi su imali i
mogućnost reverzne transkripcije. Ovi SINE elementi bez LTR (dugačkih terminalnih ponovaka) imali su puno
Guanina i Citozina.
Kada Introna grupe II ulete u cirkularne bakterijske hromozome, mogu da dovedu do prekida na
hromozomu. Sistemi reparacije kada dođe do dvolančanih prekida pokušavaju da to zalepe. Po ovom modelu,
SINE elementi postavljali su se na krajeve tih prekida i tako postali deo zaštite tih lineranih delića
hromozoma - štitili su te deliće od enzima koji treba da ih ponovo slepe.
Zašto se tvrdi da su SINE elementi morali imati puno guanina - puno guanina na krajevima hromozoma
(telomerama) guaninske kvartete (slika - a). Današnja telomera ima repetitivne sekvence, jednolančani niz sa
3'OH krajem i oko 200 nukleotida. Tu je puno Gunanina koji prave guaninske kvartete na ovim krajevima, a
onda kada se taj 3' kraj nađe u blizini dvolnačanog niza napravi još telomerski petlju.
Funkcija telomere je i danas da zaštiti genom od nasrtaja onih enzima koji stalno hoće da zalepe
dvolančane prekide. Suštinska funkcija telomera je da spreči mehanizam da se ponovo genom spoji i da
nemamo više hromozome.
Znači, po ovoj tezi SINE elementi su takođe mogli da prave guaninske kvartete i da sprečavaju te
različite enzime da popravljaju i da ponovo lepe krajeve i to bi bile Prototelomere po ovom modelu.
Smatra se da su Prototelomere imale ulogu u segregaciji hromozoma pri ćelijskoj deobi, tako što se
telomerni heterohromatin kačio za mikrotubile deobnog vretena, što danas rade centromere. Ovde se
pretpostvalja da je funkcija u segregaciji sa telomera bila spuštena u subtelomerne regione.
Npr.
y Kod kvasca kada se desi delecije centromera to dovodi do pojave neocentromera u
subtelomernim regionima, i te neocentromere mogu da inkorporišu u sebe histone koji su
karkateristrični za centromere.
y Kod nekih biljaka i životinja tokom mejoze uočava se centromerna aktivnost u
subtelomernim regionima - končići deobnog vretena se i tu kače.
y Kod ljudi na dvolančanim prekidima, dolazi do vezvanja proteina koji su specifični za
centromere i to ukazuje na ispravnost ovog modela.
Ukoliko postoji spuštanje funskije segregacije hormozoma ka subtelomernim regionima, mogu se javiti
bicentrični hromozmi (sa 2 centromere), pa se smatra da je to rešeno tako što je došlo do novih kidanja
hromozoma i dobija se mnogo više hromozoma nego na početku.
Ovo je ideja kako je ulazak introna grupe II indukovao mnogo toga: u strukturi genoma, u
intraćelijskim strukturama, u strukturi jednog genoma koji je nekada bio cirkularni a sada je sa linearnim
hromozomima.
LUCA je verovatno imao skup proteina hromatina tj. sva 4 histona koji ulaze u sastav
nukleozoma i imao je neke proteine koji učestvuju u remodelovanju hromatina (4 familije histonskih
acetil transferaza, 2 histonske dezacetilaze, DNK metiltransferaze), bio je veoma sposoban da reguliše
ekspresiju svojih gena.
_________________________________________________________________________________
26

Kako je izgledao LECA - Last eusariotic ancestor (poslednji zajednički predak svih eukariota)
y Komparativna genomika
y Mitohobdrije + jedro (sa porama) + linearni hromozom p - fakultativna polna reprodukcija
- haploidno/diploidno stanje
- regulacije ekspresije
FECA (first eucariotic common ancestor) p LECA
y Druge organele autogenog porekla

y Mikrotubularne aksoneme - bičevi, pseudopodije
y Ključni motorni proteini
Filogenetske analize, na osnovu toga šta sve imaju svi današnji predstvanici ćelijskog života
(komparatovna genomika) pokazuje da je LECA bio vrlo kompleksan i imao je:
- Mitohondrije, jedro, linearne hromozome
- Fakultativnu polnu reprodukciju što mu je omogućilo da ima haploidne i diploidne faze
- Ako ima rekombinaciju - onda ima adaptaciju na duže staze.

- Haploidno i diploidno stanje (danas prisutno kod nekih vrsta kvasaca) -
haploidno stanje može da bude otporno na određene uslove života. a
diploidno na neke druge (na kraće staze mogućnost boljeg preživljavanja).
- Mogućnost regulacije ekspresije p reagovao je na efekte iz spoljašnje sredine.
- Imao je i druge organele autogenog porekla (koje nisu bioenergetske) već poreklom od
citomembranskog sistema koji je zaokruživao neke delove ćelije.
- Imao je mikrotubilarne aksoneme i bazalna tela p znači da je LECA imao treplje i bičeve.
Ovaj sistem je neophodan da bi mogao i ameboidno da se kreće - pseudopodije.
Mogao je da ima vrlo različite načine kretanja.
- Imao je i ključne motorne proteine slične miozinu koji su im nepohodni za kretanje.
Zbog svoje složenosti smatra se da je LECA takođe

evoluirao, i da je njemu prethodio FECA.
LECA je poslednji a FECA je prvi eukariotski predak.
Evolucija svih ovih elemenata je prethodila onome što

zovemo LECA.
Dakle na osnovu svega ovog:
- LECA je bio pokretni heterotrof sa mogućnošću fagocitoze (pseudopodije omogućavaju fagocitozu).

- Imao je spektar metaboličkih i ćelijskih funkcija koji su mu omogućavali preživljavanje u različitim
životnim sredinama.
Kada poredimo neke današnje eukariotske ćelije i LECU, kažemo da su neke eukariostke ćelije
mnogo prostije (da su evoluirale u pravcu prostijeg sistema nego što je bio LECA), a druge su
evoluirale u pravcu još većeg usložnjavanja.
Ovakav LECA sposoban da preživi u vrlo različitim životnim uslovima, da naseljava i neke
nove uslove je omogućio da imamo tako veliki diverzitet sadašnjih Eukariota.
27

14. Poreklo eukariotskih gena
Eukariotski genomi su himere. Dolazilo do rekombinacije između endosimbionta i

arhebakterijskog domaćinai imamo gene i tamo i ovamo.
U današnjim Eukariotskim genomima ima više Euakterijskih gena, nego Arhebakterijskih gena.
Geni poreklom od Arhebakterija (domaćinovi geni) su pretežno uključeni u informacione procese

(= svi procesi metabolizma same DNK - replikacija, transkripcija, zaštitni mehanizmi itd).
Geni poreklom od Eubakterija su pretežno uključeni u metabličke procesa.
Iako ima više Eubakterijskih, Arhebakterijski geni su značajaniji i pokazuju veći nivo ekspresije.
Arhebakterijski geni su duplo više eksprimirani od eubakterijskih gena.
Kada mutiraju geni koji su Arhebakterijskog porekla fenotipski efekti su mnogo teži i letalniji.
I ovo potvrđuje da bez obzira što su Eukarioti himere - arhebakterijska faza je najvažnija za
eukariotske organizme.
Procenti i podaci sada ne moraju biti važni.
Odgovor na pitanje zašto ih je ostalo manje je: jer su mnogo važni, mnogo jaki.
28

15. Evolucija virusa
Virus je neživ - ne može samostalno da živi, živi samo unutar ćelije domaćina.
Stara ćelijska premisa - osnova svakog života je ćelija. Da bi se smatrali živim moraju imati ćelije.
Virus nije ćelija i ne može da živi van sistema.
Ali se uspešno replikuju - ali ne samostalno, već kad uđu u ćeliju, nakon toga dobiju kapsid i
postaju virioni - neaktivne partikule: ne mogu sami da se kreću, ni da rastu.
Virioni su inertne partikule koje omogućavaju da oni pređu od jednog do drugog domaćina ne
rastu, ne menjaju se, ne kreću se itd.
Postoji podatak da jedan virus kad je izložen visokoim temperaturama, dobije

repiće što je neobično za jedan neživ entitet.
Postoje veliki virusi (Girus - Giant virus): jedan veliki se zove mama virus i može u sebi da
ima drugi virus manji i može da se razboli tj. postoji fenotipski efekat malog virusa u velikom virusu.
Ako se nešto može razboleti možemo ga nazvati živim. To je već filozofsko pitanje o tome šta je živo.
Virusi su značajni za priču o evoluciji, njih je više na zemlji od svih ćelijskih organizama.
Kod virusa je problem što se ne može napraviti jedinstveno filogenetsko drvo jer, postoje:
RNK virusi, 2L RNK virusi, retorvirusi, 1L DNK virusi, 2L DNK virusi, veliki, mali od 2 gena
do preko 1200 gena (girusi).
Velika je raznovrsnot, funckionišu na različite načine, pa ne postoji nešto zajedničko što je
potrebno za pravljenje filogenetskog stabla.
Zato postoji više hipoteza o postanku virusa koje ne isključuju jedna drugu. Hipoteze:
⌦ Virusi imaju primordijalno poreklo - vode poreklo iz ventova od nastanka prvih

genetičkih sistema. Primordijalno poreklo prvenstveno vezujemo za RNK viruse.
Po ovoj tezi, kada su nastali ti prvi genetički multimolekulski kompleksi, ti sistemi su išli
polako u pravcu povećanja kooperacije. Neki od tih molekula su bili izuzeti iz te priče, nisu se
uklapali.
Ti minimalno udruženi molekuli su postali budući virusi. Udruživanje tog minimalnog broja
molekula je omogućavalo da oni mogu da prelaze iz jedne komorice u drugu i da koriste te glomaznije
i sedentarne sisteme za svoje potrebe i za svoje umnožavanje.
Dok su se drugi usaglašavali i povećavali svoju kompleksnost, ovi nisu, ostajali su i dalje sebični
elementi - i od tih malih skupina su nastali virusi.
29

Hipoteza nastanka DNK molekula - ti promordijalni virusi (RNK virusi) su prvi stekli mogućnost da sintetišu
DNK molekule da bi se odbranili od genetičkih sistema domaćina.
⌦ Otkriće velikih virusa koji mogu imati mnogo gena (više od nekih prokariota / npr. virus ima
1200 gena, a najmanja samostalno živeća ćelija 490 gena) je podstaklo brojne hipoteze da virusi
nastaju posle ćelija, pri čemu se tu izdvajaju dve grupe hipoteza:
1) Hipoteza pobeglih gena:
Kada je već postojala ćelija (ćelijski sistem), mali skup gena je dobio autonomiju.
Ta autonomna jedinica je mogla da se ponaša drugačije u odnosu na ostatak ćelijskog sistema,
kasnije je dobila sposobnost da formira kapside - i nastali su virusi.
Virusi su nastali tako što je mala grupa gena unutar već postojećih ćelija, stekla autonomiju.
Ta mala grupa gena je imala minimalnu sposobnost replikacije i počeli su da funkcionišu kao nezavisni entiteti.
2) Redukcionsitička hipoteza:
Neki veliki virusi (DNK virusi - Girusi) su nastali tako što je jedna ćelija uletela u drugu ćeliju
i postala obligatni intracelularni parazit (gubila gene i funkcije, danas ima takvih primera).
Redukovana je do stupnja kad je postala minimalno funkcionalna (stekla kapside i infentivne
sposobnosti) - to je poreklo nekih virusa tj. da su neki virusi nekada bili ćelije.
Ove teze se ne isključuju - različiti virusi mogu imati bitno različito poreklo.
Bakterije većinom napadaju DNK virusi, RNK virusi su retko zastupljeni kod prokariota.
Eukariote većinom napadaju RNK virusi - postojanje jedrove membrane onemogućava ulazak
DNK virusa u jedro domaćina, a RNK je mnogo više dostupna.
30

4.Evolucija arhitekture genoma

Populaciona genetika i delovanje evolucionih mehanizama
Genetička struktura populacije
Mi u Amfiteatru smo jedna populacija. Naš genski pul (ili sin. genofond) je skup svih naših gena.
Genski pul (genofond) opisujemo preko učestalosti alela i genotipova.
Genetička struktura populacije je opis genskog pula. Najjednostavniji slučaj koji smo radili je
jedan gen sa 2 različita alela.
Kako ćemo da opišemo genofond tj. genetičku strukturu ove populacije. Kako ćemo da odredimi
učestalosti genotipova i alela?
Iz jedne bare uzmemo uzorak žaba iz te populacije. Kako ćemo da izaberemo gen za koji hoćemo
da odredimo genetičku strukturu populcaije. Nećemo uzeti fenotipove jer ne znamo kako taj gen utiče na
fenotip (razne stvari mogu da utiču), može za neke posebne osobine mada je tih osobine jako malo.
Uzećemo neki gen za bilo šta, i uzećemo uzorak iz te populacije i uradićemo genotipizaciju za taj
gen, za taj uzorak (koji treba da je dovoljno veliki i da dobro reprezentuje tu populaciju, ne možemo da
uzmemo npr, dve jedinke i da odredimo genetičku sttrukturu populacije):
- Recimo da je to neki gen A, sa alelima A1 i A2

(nećemo reći dom i rec, jer ne znamo da su oni baš u toj interakciji, mogu biti kodominantni, nepotpuna dominansa,
aditivni u odnosu na još neke gene gde zajedno učestvuju u determinaciji neke fenotipske osobine).
- Tu od 100 žaba dobijemo da je 50 genotipa A1A2, 30 je gentipa A1A1 i 20 je gontipa A2A2.
100 žaba: 50A1A2 30 A1A1 20 A2A2 - to su dobijene učestalosti genotipova.
Iz učestalosti genotipova računamo učestalost alela:

npr. zanima nas p, i to je učestalost alela A1.
genotip A1A1 A1A2 A2A2

broj žaba 30 50 20
Učestaloti genotipova (jedinki su) P(homozigota) + H(heteorizgota) + Q (homozigota)

P (A1A1) 30 Prvo računamo učestalost genotipova
H (A1A2) 50 Učestalost genotipa A1A1 je 30/100 = 0,3
Q (A2A2) 20 A1A2 0,5
________ A2A2 0.2
100
Učestalot alela računamo preko uč. genotipova:

p= P+1/2H i q=1-p
p (A1)= 0.3+0.25 =0.55 q=0.45
1

Da li je populacija u ravnoteži računamo preko X2 testa
uč GT-a D O (D-O)2
O
A1A1 30 p2N 30,25 0.002
A1A2 50 2pqN 49,5 0.005
2
A2A2 20 q N 20,25 0.003
Σ100 (to je N) Σ je X2=0.01
0.552*100 =30,25
2*0.55*0.45*100= 49,5
0.452*100= 20,25
Računamo (D-O)2
O
Računamo df (stepen slobode) kao broj genotipova - br.alela 3-2=1
Gledamo iz tabele X2=0.01 < 5 T znači prihvata se populacija je u ravnoteži.
Očekivane učestalosti alela su p2+2pq+q2 (HardiWajnebrg ravnotež)

Poklapanje Dobijenih i Očekivanih testiramo preko X2 testa
Genetičku strukturu populacije će da menjaju Evolucioni mehanizmi.

Evluciona promena u populaciono genetičko smislu znači promena učestalosti alela. Evolucioni
mehanizmi vrše promene učestalosti alela (kroz generacije).
Evolucioni mehanizmi su: Genetički drift, Prirodna selekcija, Mutacije, Protok gena.
Kada se menja učestalost Genotipova.

Evolucioni mehanizam će promeniti učestalost alela i naravno da će promeniti i učekivane
učestalosti genotipova. Promenom učestalosti alela menjaju se i očekivane učestalosti genotipova.
Dovoljna je jedna generacija slučajnog ulrštanja da se dobije poklapanje očekivanih i dobijenih

učsetalosti. Slučajno ukrštanje (panmiksija) će dovesti do toga da na osnovu učestalosti alela mi možemo
da dobijemo odgovarajuće učestalosti genotipova ako je slučajno ukrštanje.
Ako nemamo slučajno ukrštanje npr. Inbriding, menjaće se učestalost genotipova. Kod
inbridinga se biraju jednike koje su u većem stepenu srodstva (znači oba homozigota), što znači da nose
iste alele i samim tim sklapanje alela u genotipove je češće homozigote je češće homozigotno sklapanje.
Učesatalost alela u jednoj populaciji znači: koliko alela je A1 a koliko je A2.

Učestalost genotipova je kako su se ti aleli spakovali u jedinku tj. koja dva alela su ušla u jedinku.
Kod inbridnga (asortativno ukrštanje po stepenu srodstva) biće više pakovanja tih alela u
homozigote nego u heterozigote jer odstupaju dobijeni od očekivanih genotipova.
2

Prirodna selekcija
Kako ona menja učestalost alela. Ona favorizuje neke alele, a neke eliminiše, na osnovu uspeha u
reprodukciji i preživljavanju.
Npr. populacija žaba u kojoj postoji varijabilnost za osobinu - dužinu nogu. Roda lovi žabe. Žabe
sa dužim nogama bolje skaču i lakše pobegnu. Selektivni pritisak je predator (roda). Pretpostavimo
(pojednostavljeno) da jedan alel doprinosi doprinosi dužim nogama, a drugi alel tog gena doprinosi
kraćim nogama. Znači postoji varijabilnost za dužinu nogu. Selekcija će favorizovati one sa dužim
nogama (jer roda lovi one sa kraćim nogama), favorizovati znači da će one sa dužim nogama da prežive,
da se reprodukuju i njihovi geni (tj. njhove aleli) idu narednu generaciju - to je selekcija.
Prirodna selekcija je posledica toga što neke jednike sa određenim genetičkim varijantama
slabije preživljavaju i manje se reproduju od nekih drugih jedniki koje imaju druge genetičke varijate.
Znači PS je posledica, nije PS neki faktor koji će tu nešto da eliminiše ili nešto da favorizuje, već je
posledica toga što u populaciji postoji razlika u jedinkama u preživljavanju i reprodukciji zbog toga što se
razlikuju po odreženim svojstvima.
Šta određuje uspešnost selekcije u eliminaciji nekih genetičkih varijanti:

Imamo Adaptivnu vrednost za neki geneotip u populaciji, i Koeficijent selekcije koji je suprotan
u odnosu na adaptivnu vrednost.
S=1-W
Koeficijent selekcije je mera smanjenja adaptivne vrednosti tog genotipa u toj konkretnoj životnoj
sredini u toj populaciji.
Mi ako znamo koji je alel utičući na neko svojstvo koje je važno za preživljavanje i reprodukciju
učestalost tih alela se menja u zavisnosti od toga kako utiče na određeno svojstvo. Mi možemo u
konkretnoj populaciji sa konkretnom genetičkom strukturom, sa konkretnim selektivnim pritiscima, da
predivimo koji će alel ići u pravcu povećanja svoje učestalosti, i konačan ishod bi bio njegova fiksacija.
Drugi evolucioni mehanizam koji nam je važan je GENETIČKI DRIFT. (izostavićemo mutacije i
protoka gena, zato što: kad nešto mutira menja se učestalost određenog alela i kad nešto mutira postaje
manje učestalosti, a povećava se učestolst onog u koga se pretvara ovaj prvi.)
Drift
Greška u uzorku:
-imamo populaciju roditelja i tu znamo da su učestalosti alela p=0,3 i q=0,7.
-pretpopostavimo da se svi ukrštaju i da svi oni prave gamete, imamo populaciju gde postoji jasna
smena generacija.
-kad dođe sezona da treba da se ukrštaju, svi ti roditelji naprave gamete i očekujemo da će
učestalost alela u gametskoj fazi biti ista. Očekivane učestalosti alela u gametima koji produkuju ovi roditelji će biti
iste tj. p=0,3 i q=0,7
-međutim, ovi roditelji (prave dva različita tipa gameta sa p i sa q alelom) naprave jako mnogo
gameta. Samo jedan vrlo mali deo ovih gameta će da se realizuje i napravi narednu generaciju.
-narednu generaciju daje taj mali uzorak - i tu je greška u uzorku, koliko taj mali uzork odstupa od
čitavog gametskog pula, ne odražava učestalost alela kod roditelja. I ako puno odstupa u narednoj
generaciji, potpuno slučajno možemo da imamo p=0,5 i q=0,5. Promenila se učestalost, a mi ne znamo
zašto, nije delovala selekcija, nego je taj uzorak gameta koji će konačno dati naredno generaciju slučajan i
on može značajno da odstupa. Što je manji uzorak mogućnost odstpuanja je veća.
3

Npr. žena
ž je heteroozigot i ima 20oro
2 dece. Njjeni gameti mogu
m da oni illi A1 ili A2 aalele. Očekivaano je da će odd ove
220oro dece 100 da ima A1 alel,
a a drugo desetoro
d će im
mati A2 - ali to ne mora tako
t da budee: mogu svi da d imaju A2. To je
g
greška uzorka na individualnnom planu. I kad
k to ekstrappoliramo na čitavu populacij
iju.
To jej greška uzzorka i ne zavisi
z ni odd čega druggog osim ossim od stohhastičkih proocesa koji će
ć se
g
gamet spojitti sa kojim. I to je Drifft.
-P
Parentalna rooditeljska poopulacija, rodditeljska geneeracija - učesstalost alela A je p=0,5, a alela a je q=
=0,5.
-U
Ukoliko svi prave gamette, učestalostt alela u gam metskoj fazi biće ista.
-M
Međutim od ovog pula ggameta samo mali uzorakk gameta će da d napravi naarednu generraciju.
-Taj uzorak po
p učestalosttima alela nee mora da od dgovara učeestalosti alelaa gametske ffaze tj. roditeeljske generaacije.
M
Može potpunno slučajno da d bude u F11 p=0,9 i q=00,1. ne zato Iz puke sluččajnosti taj uuzorak može manje ili višše da
o
odstupa od rooditeljske genneracije. To jej drift i to se dešava u svvakoj populaaciji.
Ovdee je slučajnoost - učestallost alela see menja stohhastično, neepredvidivo..
Kod Drifta možžemo samo da procenim mo očekivaanje opsega variranja u narednoj generaciji
g i to je
Varijansa. Drift
V D posmaatramo krozz Varijansu.
Kod Prirodne seelekcije kojja je determ ministički m
mehanizam, možemo da procenim mo kolika ćee biti
p
premana učeestalosti aleela (tj. da prrocenimo maksimalno
m variranje učestalsoti allela) u nareednoj generaaciji,
a znamo adaptivne
ako a vrrednosti gennotipova i njihove
n učesstalosti.
Driftt je stohastički mehanizam, nije deterministič

d čki proces kao
k PS, pa zzato ne možžemo da znnamo
u kojoj merii će se desitii promena.
V
Varijansa u
učestalosti a
alela Vp zaavisi od: učeestalosti aleela i veličinee populacijee.
Vp = p*q
Ne
-varijabilnosti, učestaloosti alela naajveća očekkivana prom
mena je u najjvarijabilnijjm populaciijama; i od
opulacije: štto je veća populacija
-veličine pop p očekivan oppseg promeena je manjji, što je manja
m populacija
o
očekivan oppseg promenna je veći.
Što je veća varijabilnos

Š v st u populaciji - stohastički efekat može
m biti veći.
Š je manjaa populacijaa - stohastičkki efekat je veći.
Što
Iz toog razloga u evolucionno genetičkkim modelim

ma koji uziimaju u obzzir efekat drifta,
d kao mera
m
e
efekta driftaa uzima se (N
N) veličina populacijee.
Efek
ktivna veliččina populaacije
N
Najbolje je reći: Efekttivna veličina je genettička posled
dica jedne populacije
p .
y Najjednostavniiji primer je:j 1 bik i 99 krava u selu. 1 biik oplođuje svih 99 kraava u selu, svih
1 jedinki učestvuje
100 u u reprodukciiji, samo štoo je odnos polova
p jako narušen 99:1.
4

Kad se izračuna efektivna veličina populacije odatle dobije se Ne=4, a realne brojsnot N=100.
Posledica ovog ukrštanja 99 krava i 1 bik - sva telad biće polubraća i polusestre, i genetička varijabilnost
je jako opala, kao da se ukrštalo samo 4 jedinke po principu slučajnosti.
Dakle, EVP je posledica po genetičku strukturu, usled raznih razloga, ovo je ilustrativan primer.
y Prolazak kroz usko grlo, takođe može da dovede do odstupanja N od Ne. To je fluktuacija
brojnosti. Tu pada EVP jer opada varijabilnost. EVP je samo drugi način da opišemo genetičku varijabilnost.
Kad populacija prođe kroz usko grlo, ostaje nešto malo varijabilnosti. Kasnije kad populacija
doživi populacioni bum, njena varijabilnost će se zasnivati na tome što je ostalo nakon prolaska kroz usko
grlo.
Dakle, na genetičku varijabilnost najviše utiče period kada je populacija imala najmanju brojnost
jer je tu svašta nestalo.
y EVP je značajno veća kada se radi o genima na autozomima u odnosu na gene na X i Y

hromozomu i mitohondrijama. Mitohondrijska DNK ima 4x manju efektivnu veličinu od gena
autozomima.
- Autozomi: kada se ukrštaju diploidne jedinke - za jedan konkretan gen na autozomu, za nastanak
zigota su potencijalno u igri 2 alela od mame i 2 alela od tate, znači 4 različite varijante.
- Kod mitohodrija je u igri 1 lokus, samo od mame. To smanjuje efektivnu veličinu 4 puta.
Budući zigot ima na raspolaganju samo maminu mitohondriju = 1 varijntu od mame.
- Kod Y hromozoma je isto - njega daje samo tata, i u tom ukršatanju je u igri 4 autozomna alela, a
samo 1 za Y hromozom.
Efektine veličine populacija, kada procenjujemo lokuse na mitohondrijskom genomu i na Y

hromozomu su 4 puta manje od efektivnih veličina na autozomima.
- Kod X hromozoma ima 3: 2 od mame i 1 od tate. To je 3/4 od autozoma.
Kod mala EVP-e, efekat drifta je tada vrlo izražen.
y EVP se smanjuje usled odsutanja od očekivane raspodele broja potomaka. (Puasonova

raspodela broja potomaka) u stabilnoj populaciji je najčeće 2, tj. svako ukrštanje daje dva potomka i
održava se stabilna brojnost.
Odstupanje od očekivane raspodele broja potomaka (mali broj ukrštanja daje ogroman broj dece -
npr. 50 porodica daje po mnogo dece npr. 15-oro dece) se odražava na genetičku varijabilnost u narednoj
generaciji:
-kada najveći broj porodica ima 2 ili 3 deteta tu se održava varijabilnost - puno porodica daje
manji broj dece.
- Kada taj isti (tj. mali) broj porodica daje ogroman broj dece to obara genetičku varijabilnost.
y Reproduktivna varijansa je broj potomaka od 0 pa naviše. Muškarac može da ima heiljade dece, sa
različitim ženama. Žena ne može da ima toliko dece. Reprodktivna varijansa žena je mala u poređenju sa
muškarcima. Muškarci mogu da nemaju uopšte dece ili da imaju mnogo dece sa mnogo žena.
Zbog fenomena Reproduktivne varijanse EVP je manja kod Y hromozoma nego kod mitohondrije,
jer tu ta disproporcija može biti ogromna.
5

Najbolji primer za to je Džingis Kan. Y haplotip Džingis Kana ima oko 0,5% ljudi na svetu, a u
Mongolskoj populaciji čak i do 5%. Zato što je Džingis Kan osvajo teritorje, oplođuje žene, ostavlja svoje
sinove da to isto rade, ubijao je reproduktivno zrele muškarce.
Selektivno prepoznatljivi geni su oni koji imaju neki fenotipski efekat. Znači, gen koji utiče na
formiranje razvića neke osobine, a to utiče na adaptivnu vrednost tog genotipa.
Selektivno neutralni geni - njih selekcija ne prepoznaje.
Kimura je smatrao da je najveći broj lokusa u genomu selektivno neprepoznatljiv, i sve što vidimo
od varijabilnosti na tim lokusima u genomu nema veze sa selekcijom tj. to su slučajne promene na tim
alelima.
Na učestalost alela koje ne prepoznaje selekcija u jednoj populaciji utiče:

-Mutacija koja generiše te alele, selekcija to ne prepoznaje.
-Pored mutacija mehanizam koji će da utiče na učestalost neutralnih alela je slučajnost tj. Genetički drift.
Selekcija tu ništa ne vidi, drift može pukom slučajnošću da menja učestalost alela.
Drift može da dovede do fiksacije nekog alela, a do eliminacije drugog alela - stohastičnim mehanizmom.
Ako znamo da selekcija koja favorizuje jedan alel, može u nekom trenutku da dovede do fiksacije tog
alela i da taj gen postane monomorfan i neće više biti onog drugog alela, na koji način na neutralnim
genima može da dođe do supstitucije jednog alela drugim alelom?
Uzimajući u obzir da mutacioni proces na tom lokusu generišu varijabilnost na tom lokusu, a ono
što može da fiskira ili eliminiše neki alel je drift, dakle dva mehanizma:
Na promene učestalosti neutralnih alela utiču dva mehanizma:

-mutacije koje menjaju te gene i
-genetički drift koji stohastički menja njihove učestalosti, eliminušući ili fiksirajući te genetičke varijante.
6

Šta određuje brzinu supstitucije neutralnog alela drugim alelom

Ako imamo Ne jedinki (to je EVP), onda imamo 2Ne alela (ako je diploidni organizam).
Od 2Ne alela verovaznoća de će bilo koji od njih biti fiksiran je 1 od 2Ne.
Verovatnoća da će alel biti fiskiran je:
Verovatnoća za svaki od ovih alela da će biti fiksiran je ista, zato što su oni
selektivno neutralni i nijedan nema prednost u odnosu na drugi. To je 1/2Ne.
Verovatnoća generisanja alela je 2Ne x stopa mutacija (v):

Stopa mutacije je verovatnoća pojave mutacije po genu
po generacije; po nukleotidnom mestu po godini.
Verovatnoću da će se mutacija desiti možemo da definišimo za ceo alel, po nukleotidnom mestu itd.
Broj novih alela u populaciji zavisiće od: broja alela x verovatnoća da će oni mutirati (v).
Prvo je verovatnoća da će alel biti fiksiran, a drugo je verovatnoća da će biti generisan alel tj.
generisana genetička varijabilnost.
Ukoliko želimo da vidimo kolika je verovatnoća da se fiksira mutirani alel po generaciji mi

ćemo pomnožimo: broj novonastalih alela x verovatnoća fiksacije alela.
iz toga sledi
i dobije se da brzina neutralne supstitucije zavisi od stope mutacije (v)
Kada skratimo 2Ne i 2Ne dobija se da je verovatnoća fiksacije bilo kog alela po generaciji
jednaka stopi mutacija. Znači brzina neutralne supstitusije po genu zavisi isključivo od toga koja je
verovatnoća da će taj gen mutirati.
Ova formula potpuno izbacuje iz igre veličinu populacije (a uvek smo mislili da je drift taj koji
zavisno od veličine populacije efikasnije ili manje efikasno fiksira ili eliminiše neki alel), dakle
verovatnoća da se fiksira mutirani alel po generaciji uopšte ne zavisi od veličine populacije. Evo
zašto:
- U jednoj velikoj populaciji u kojoj ima puno alela, stopa realizovanih mutacije je velika, ali je
manje verovatnoća da će biti fiksacije driftom jer je efekat drifta tu jako mali (u velikoj populaciji).
- U maloj populaciji stopa realizovanih mutacija je mala, jer ima malo alela koji bi trebali da
mutiraju, ali je efekat drifta veliki - Tako da ova dva stohastična mehanizma po ovoj formuli se potiru, i
dolazimo do toga da brzina neutralne supstitudije alela zavisi od stope mutacije i nema veze sa
veličinom populacije.
Ovde ne govorimo o konkretnom alelu, već o brzini supstitucije alela u čitavoj populaciji.
7

Pokazalo se da od veličine populacije zavisi to da li će se jedan alel ponašati kao da je selektivno
neutralan ili kao da je pod uticajem selekcije. (Ko selektivno prepoznatljivog alela mi možemo da
determinišemo (procenimo) koji će alel ići ka fiksaciji, a koji će bit eliminasan / kod neutralnih alela ne
znamo koji će alel biti eliminisan, a koji će biti fiksiran p znači potpuno su različite promene genetičke
strukture po učestalostima alela: u prvom slučaju znamo put je determinisan, a u drugom slučaju ne
znamo ishod jer je proces stohastičan).
Ključno:
Koeficijent selekcije je stepen smanjenja adaptivne vrednosti genotipova koji nose određeni alel.
Ne - govori o veličini efekta drifta
Mi hoćemo da uporedimo selekciju i drift, sa dva potpuno različita ishoda:

PS: Alel koji smanjuje adaptavni vrednost će biti postepeno eliminisan
Drift: za drift je nebitno kakav je efekat tog alela na preživljavanje i reprodukciju, njegov
efekat je stohastičan. I što je manja populacije ta stohastičnost je veća.
Zamislimo da imamo dve populacije: jednu veliku i jednu malu.

U maloj populaciji efekat drifta (stohastičnost) nadvladava efekat prirdone selekcije.
U velikoj populaciji stohastični efekti su mali (neprimetni) jer je uzorak gameta koji će
praviti narednu generaciju veliki
Zamsilimo sada da imamo jedan selektivno prepoznatljiv gen i on obara adaptivnu vrenost, ali ne
puno (znači nije letalan, neće ubiti tu jedinku ako se pojavi kod nje i da ona ne ostavi potomstvo, npr. ima
koeficijent selekcije 0,05). U velikoj populaciji to će da se oseti - Taj alel će vremenom kroz generacije sve
više da povećava svoju učestalost jer povećava adaptivnu vrednost svojim nosiocioma.
Međutim, taj isti gen koji ima isti efekat na preživljavanje i reprodukciju jedinki u maloj
populaciji. Za drift koji je stohastičan nije važno kakav efekat taj gen ima na svoje nosioce, i on ne
dozvoljava da se ovo diferencijalno preživljavanje i reprodukcija vidi kroz generacije, jer je stohastični
efekat značajno intenzivniji.
Dakle, mi imamo gen koji jeste selektivno prepoznatljiv, aleli na tom genu utiču na adaptivnu
vrednost jedinki, ali u malim populacijama to se ne primećuje, ako je koeficijent selecije mali (= da nije
letalan, da ne utiče jako na preživljavanje i reprodukciju) i taj gen se u maloj populaciji ponaša kao da ga
selekcija uopšte ne prepoznaje.
Što je veći koeficijent selekcije (= što je veći uticaj alela na preživljavanje i reprodukciju)
populacija mora da bude sve manja da bi stohastični efekat nadvladao efekte diferencijalnog
preživljavanja i reprpdukcije.
Kad imamo male koeficijente selekcije, populacija i ne mora da bude toliko mala a da imamo
varijabilnost na tom genu, promene genetičke strukture se dešavaju kao da je on potpuno selektivno
neutralan.
8

To je ovde opisano (to govori formula koju je dala Ohta):
- Ukoliko je veliki koeficijent selekcije (=da neka genetička varijanta drastično smanjuje
adaptivnu vrednost jedinke), populacija mora biti jako mala da bi Drift nadvladao efekte Selekcije.
- Ako su koeficijenti selekcije mali, populacija i ne mora biti toliko mala da bi slučajni efekti
nadvladali determinističke efekte selekcije.
Ohta he dala ovu formulu, koja je ključna ovde: , a to je da:
-što je manja populacija koefeicijent selekcije može biti i veliki, ipak će se promene učestalosti na
tom genu ponašati kao da su neutralne.
-kada su koeficijenti selekcije mali, populacija ne mora biti jako mala (tj. može biti i prilično
velika) da bi stohastični efekti nadvladati efekte prirodne selekcije.
Evolucija arhitektire genoma
Evolucija veličine genoma

Kad pogledamo čitav živi svet, počevši od virusa do vć eukariota zapažamo porast veličine genoma.
Virusi:
Postoje virusi cirkovirusi sa samo 2 gena (1 do 4 kilobaze) što je jakmo malo.
Potoje girusi: minivirus sa 1018 gena (do 1,2 mega baza) i megavirus sa 1200 gena, što su veliki genomi.
Bakterije:
Bakterije imaju veće genome od virusa, ali ima i jako malih bakterija:
-Micoplasma genitalium sa 482 gena slobodnoživeća bakterja, i misli se da ispod toga jedna
slobodno živeća ćelije ne može da funkcioniše. To je minimalan broj gena za samostalan život jedne ćelije.
-Hodgkinia cicadicola sa 169 gena, obligatni parazit, koji je jako redukovao svoj genom da ne
može ni da živi van ćelije, i ima svega 169 gena iako je bio prokariotska ćelije, sada je ovakav.
Prokarioti i Eukarioti
9

Eukariostki genomi su neuporedivo veći od prokariotskih. Prokarioti idu do 9MB (mega baza) do
8000 gena. Kod Eukariota genomi su veći od 100 MB, obično kod višećeliskih organizama (biljaka i
životinja) postoji 13.000 gena pa naviše.
Mitohondrije su Eukariotima omogućile ekspanziju veličine genoma. Bakterije nikada ne mogu da
prevaziđu tu energetsku barijeru za povećanje genoma, a Eukarioto to mogu zato što imaju neuporedivo
više energije po gemu (105 do 106 pta veću energiju po genu u odnosu na Prokariote).
Organizacija genoma kod Prokariota i Eukariota - razlike
Kod Prokariota i Virusa genomi su minimalno složeno organizovani, najveći deo genoma su kodirajuće
sekvence (= sekvence koje kroz fazu transkripcije i translacije daju neki proteinski produkt, i pod "geni u
najklasičnijem smislu" mislimo na takve gene).
Eukarioti:
yŠto je veći genom to je više nekodirajuće skvence.
Genomi koji su veći i 10000x od prokariotskih genoma imaju samo 100x više kodirajućih nizova.
Eukarioti su obavili ekspanziju svojih genoma, ali ne toliko na račun broja gena. Veliki deo
genoma čine ME.
Jedna od osnovnih determinanti povećanja veličine genoma Eukariota su Mobilni genetički
elementi (ME), važni su za organizaciju i funkcionisanje genoma eukariota i za njegovu evoluciju.
Kod biljaka do 80 % genoma čime ME. ME su sekvence koje mogu da se kopiraju i šire po
genomu (copi-paste, cut-paste), mogu da menjaju svoje položaje u genomu, da menjaju svoj broj u
genomu, mogu da prelaze iz genoma jednog organizma u genom drugog organizma (jumping gens - skoči
geni).
U ME spadaju:
-Transozoni koji su sposobni da se sami replikuju (Retrotranspozoni, DNK transpozoni) imaju
gene za transpozazu, reverznu transkriptazu.
-ME koji su izgubili sposobnost da se sami replikuju ili je nikad nisu ni imali, ali koriste ove gene
transpozona koji to još imaju i tako mogu da povećavaju svoj broj u genomu, ili mogu kao virusi,
najsloženiji ME-i, da prelaze i u druge genome.
-U ME-e spadaju i kopije gena (retrogeni, retropseudogeni) koji su već postojali u genomu, a onda
su sa njihove RNK prepisani i ubačeni u neko drugo mesto u genomu (to su retroelementi koji mogu ili ne
moraju biti funkcionalni).
Uslovno rečeno, postoje:

-klasični ME koje svrstavamo u dve osnovne kategorije - Retroelementi i DNK mobilni elementi
-retroelementi koji su se proširili po genomu (unutar istog genoma)
10

Nemaju svi ME sposobnost da se sele, mnogi retorvirusi su postali endogeni retorvirusi, izgubili
su sposobnost da se šire. 8% genoma čoveka odlazi na humane endogene retrovirusi (herv), oni nemaju
sposobnost da se sele, samo 1% od njih u ljduskom genomu je zadržao tu sposobnost.
Kod različitih genoma ME su zastupljeni u različitom procentu.
y Eukariostki geni su diskontinuirani, Imaju puno introna.

Što je veći genom, introni su brojniji i veći (trend):
-Kod eukariotskog genoma od 100MB podjaednako su zastupljeni i egzoni i introni.
-Kod genoma od preko 25000MB čak 95% sekvence u genima čine introni, a ne ezgoni.
Evolucioni trend: povećanje genoma ne povlači za sobom toliko povećenje broja gena koji
kodiraju (ne povećanje infomacije), nego povećanje količine nekodirajučeg genoma.
Intergenske DNK - između gena.

Mali genomi od 1MB, imaju svega 20% intergenske DNK.
Genomi veći od 10MB imaju dp 80% intergeneske DNK.
Broj gena varira po dužini
- Po jednoj megabazi kod Prokariota ima 1000 gena
- Po MB kod Eukraiota ima u proseku 12 gena (jer oni idu sa mnogo nekodirajućih
sekvenci, intergenskih regiona)
Trendovi koji su pokazani genomskim studijama:

Evolucija genoma Eukariota ide u pravcu gomilanja velike količine nekodirajućih nizova, dok
Prokarioti u sebi zadržavaju samo ono što je osnovno funkcionalno (oni redukuju značajno regulatorne
sekvence, oni su irganizovani u operone - geni u bakterijama imaju zajedničke regulatore).
Strategija Prokariota je da smanje genom, da ga učine što kompaktnijim, a Eukariota je da se
luksuzira sa količinom genoma i da ga značajno uveća.
Slika: organizmi koji su sekvencionirani: bakteriofagi, DNK virusi, prokarioti, jednoćelijski

eukarioti, životinje, kopnene biljke (tj. više biljke).
X osa - veličina genoma
Y osa - MB kodirajuće DNK (= samo egzonski nizovi)
1) kodirajući nizovi
Sve do višećelijskih organizama (biljaka i životinja) postoji dosta stabilno povećavanje
kodirajućih nizova sa povećanjem veličine genoma, ali kod višećelijskih životinja i biljaka nema te
pravilnosti tj. kod njih veličina genoma ne utiče na procenat kodirajućih nizova.
2) intronska DNK
Prokarioti suštinski nemaju introne (imaju 0,2 % introna i to su oni bakterijski samoiskrajajući)
11

Sa povećanjem veličine genoma raste intronska DNK, ali kod višećelijskih ta pravilnost je
značajnija. Što je složeniji organizam, veličinu njegovog genoma bolje prati količina introna.
3) intergenska DNK
Postoji jasna pravilnost.
Evolucioni trend idući od virusa do eukriota:

- povećanje veličine genoma
- povećanje broja kodirajućih gena (uz napomenu da se to kod velikih genoma gubi)
- povećanje broja ME-a (što je veći genom, veća je kiličina ME-a)
- veći je broj i veličina introna
- veća je količina intergenske DNK.
Koji deo genoma nam govori o fenotipskoj složenosti
G-paradoks je paradoks broja gena i fenotipske složenosti organizma.

Sa morfološkom složenošću organizma nije jasno korelisan broj kodirajučih gena. Najbolje korelisano
sa morfološkom složenosšću organizma je nekodirajuća DNK (ncDNK).
To je neočekivano otkriće i znači: što je organizam morfološki složeniji ne znači da ima veću
količinu kodirajućih gena, ali znači da ima veću količinu nekodirajućih sekvenci. U tim nekodirajućim
nizovima se nalazi mnogo regulatornih elemenata, nizovi koji kodiraju za miRNK, za razne nekodirajuće
male, duge RNK koje regulišu ekspresiju gena.
Osnovni trend u evoluciji genoma kod eukariota nije povećanje količine informacije, već
povećanje količine i složenosti regulatornog genoma (tj. povećavanje i poboljšavanje načina kako da se
ta informacia iskoristi).
To znači da je regulatorni genom taj koji evoluira, a ne informativni genom.
12

Ova formula pokazuje kako je došlo do prethodno rečenog. Zanemarićemo priču o mitohondrijama koje
su suštinski te koje su omogućile da se pređe energetska barijera povećanja genoma kod Eukariota.
Kako je moglo nešto što se ubacuje u genom, što nema svoj efekat na fenotip da se održava u
jednoj populaciji? Jer kad god postoji neka promena u genomu to je mutacija (promena sekvence -
ubacivanje nekog novog niza u taj genom će da poremeti funkcionisanje genoma) i očekivali bismo da to
bude glatko eliminsano prirodnom selekcijom.
Međutim, zato i postoji teza da je osnovni mehanizam u povećanju veličine genoma Drift (a ne
selekcija) i da su se genomi povećavali u mali populacijiama. Naravno, da nije moglo da opstane nešto
što je pravilo veliki nered po genomu (ubacivanje i umnožavanje ME, duplikacije što bi povećavalo
veličinu genoma), ono što ima jako loše efekte na preživljavanje i reprodukciju će biti eliminisano. Ali,
"ono" što ima mali koeficijent selekcije se neće ni videti u maloj populaciji i to će da opstaje.
Dakle, isključivo u malim populacijama možemo da zamislimo da bi svi ovi efekti koji dovode do
povećanja genoma mogli da opstaju. Zato se kaže: Veliki genomi su evoluirali u malim populacijama.
Prokarioti bi imali drugu strategiju (da zanemrimo mitohondrije) jer su njihove populaicije su jako
velike i tu svaka mala promena u preživaljavnju i reprodukciji ima transgeneracijski efekat. Oni izbaciju
sve što je višak i sve što im i najmanje ugrožava usklađeno funkcionisanje genoma. Sve što im i najmanje
obara adaptivnu vrednost biće eliminisano. Oni nemaju šanse zbog svoji populaciji da nagomilavaju nešto
u genomu što u tom trenutku ne koriste.
Dok, kod eukariota koji mogu da zadržavaju u svojim genomima te viškove, ti viškovi jednog
dana mogu biti iskorišćeni. Ti viškovi su ili neutralni, ili malo obaraju adaptivnu vrednost, ali se to ne
odražava na genetički strukturu populacije, zato što je populacija mala i stohastički efekti su značajno
veći nego selektivni efekti.
Kada su Eukarioti dobili mitohondrije to je dovelo do:

- značajnog povećavanja ćelije (uvrtanja membrane, dobijanja citomembranskog sistema)
- veća ćelija (kompleksnija ćelija) ima sporiju deobu, samim tim i manja brojnost populacije
- kasnije kada dolazi do višećeličnosti p to znači još manje populacije
13

- kod male populacije, efikasnost purifikujuće selekcije koja će izbacivati viškove koji bi
smanjivale adaptivnu vrednost je sve manja p neutralne mutacije tj. dodaci genomu će se održavati u
populaciji.
Da su populacije velikih organizama (eukariota) velike, genomi ni bi mogli da budu toliko veliki.
Ovo je važno, jer mi po defoltu mislimo da je promena u genomu koja se desila - negativna i da
će biti eliminsana. Neće uvek biti eliminisana, poesbno u malim populacijama.
To ne znači da pojedine duplikacije u genomu selekcija neće i da favorizuje - fenomen genske
amplifikacije i adaptivne mutageneze.
Kod prokaritoa vrlo često pod dejstvom stresa dolazi do duplikacije gena.
Toksini, antibiotici, promena hranljivog medijuma je stres za bakterije i kod njih dovodi do
duplikacije pojedinih gena ili čitavih genoma.
Primer populcija e.coli - koja je u Laktoznom operonu imala LacZ- mutaciju - enzim koji treba da
učestvuje u metabolizmu laktoze je bio mutiran.
Mutacija u laktoznom opreonu (LacZ- mutacija) čini ih nesposobnim da metabolišu laktozu, pa se
očekivalo da u medijumu sa laktozom one ne mogu da opstanu
Ta kultura je držana u medijumu sa laktozom (i očekivalo se da neće ili će slabo preživljavati) i

nakon određenog broja generacija u toj populaciji se pojavi LacZ+ mutacija.
Pojava te mutacije je dosta češća nego što se očekuje po prinicipu slučajnosti.
Po defoltu Mutacije su slučajne, nisu indukovane sredinom. Adaptivna mutageneza

podrazumeva da sredina izaziva tačno određnu mutaciju koja će da poveća adaptivnu vrednost tog
organizma.
Ovaj ekpertimet je doveo u pitanje tu tezu o mutacijama - ako se korisna mutacija pojavljuje češće
od očekivanog po principu slučajnosti, onda se tu nešto ne slaže.
Rekonstruisani su događaji u tom ekperimentu:

U medijumu sa laktozom su bakterije koje ne mogu uspešno da metabolišu tu laktozu, ta
populacija je jedva preživljavala jer im je enzim slabo funkcionalan, ali ipak ima neku skabu funkciju.
Nakon određenog broja generacija LacZ- gen je dupliran (desila se Genska amplifikacija). Stres
koji je izazvao tu duplikaciju je medijum.
Pošto ima već broj kopija gena - veći broj mutacija mogu biti realizovane i dobija se u jednoj od
kopija LacZ+.
Dupliranje jeste bilo selekciono favorizovano, jer bez obzira što taj enzim nije potpuno
funkcionalan, ali poželjno je da ga bude što više jer će efikasnije da se metaboliše ta laktoza. Sa
povećanjem broja kopija LacZ- povećava se šansa pojave korisne mutacije. Kada se pojavila "+" mutacija
na jednoj kopiji, druge kopije su vremenom nestajale zbog delovanja PS-e (to su viškovi koji više nisu
14

potrebni - one bakterije koje su imale i "+" mutaciju i kopije bile su manje uspešne od onih koje su eliminisale
nepotrebne kopije i selekcija je ove druge favorizovala).
Danas, genomika ukazuje da nisu sve promene u potpunosti slučajne. Stres za eukarite i prokariote
izaziva pomamu ME-a da skaču po genomu.
Najverovatnije su pod stresom mehanizmi supresije ME-a dosta manje efikasni (koji ih inače
zadržavaju da ostane tamo gde jeste, da se ne kopira, umnožava i premešta po genomu), tad ME-i dolaze
do izražaja i počinje da prave različite stvari po genomu (jedna od stvari je povećavanje verovatnoće
duplikacije).
Takođe, u genomu Eukariota, postoje regioni koji imaju više mobilnih elemenata, i ti regioni se
zovu genske fabrike i tu su geni koji važni za odgovor na životnu sredinu (posebno na stresne uslove).
Jer, kada postoji stres, tada ustvari imamo mobilisanje mobilnih elemenata da indukuju neku varijabilnost
koja može pomoći genomu (tj. organizmu) u stresnim uslovima.
Genomi su evoluirali tako da imaju stresom indukovane adaptivne odgovore. (biće na poslednjem
predavanju)
Genomi eukariota su prepuni mobilnih elemenata. Mobilne elemente aktivira stres, tada trče po
genomu, povećavaju genomsku dinamiku i odatle mogu da proizađu mnoge adaptacije na određene
životne sredine.
Mobilni genetički elementi su sekvence koje imaju sposobnost da se kopiraju, iskrajaju iz
genoma, ugrađuju na druga mesta u genomu ili da prelaze iz jednog organizma u drugi. Premeštaju se
unutar genoma ili između genoma - sin. skočigeni.
Postoje 2 osnovne klase ME-a:
Klasa I - Retrotranspozomi.
Retrotranspozomi imaju: RNK intermedijar i enzim reverznu transkriptazu.
Njihovi transkripti se reverznom transkriptazom prepisuju u tDNK i ugradi ih u DNK genom.
U klasu I spadaju (ima ih različite složenosti):

*- Retrovirusi najkompleksniji retrotranspozoni, imaju svoje gene, imaju gen za reverznu
transkriptazu. Kada se ugrade u genom, oni su često i ostajali u tom genomu u evolucionoj liniji
eukariota.
Ljudi u svojim genomima imaju 8% samo endogenih retrovirusa (nekada ugrađenih virusa u
genom koji su ostali u našim genomima i danas). To su nekada bili egzogeni virusi koji su se ugradili u
genom i tu su imobilisani (više se nisu pomerali). Od tih 8% je oko 1% zadržalo neku aktivnost, a ostali
su u potpunosti imobilisani, nepokretni delovi genoma.
- LTR transpozoni
15

- Retrotranspozoni sa invertovani ponovcima
- Retrotranspozoni sa ili bez dugačkih nizova na kraju.
*- LINE (lajn) elementi - dugački elementi koji se nalaze raspršeni po genomu. U ljudskom
genomi ih ima oko 17%.
L1 je zadržao gen za reverznu transkriptazu, i on se koristi u ljudskom genomu za reverznu transkripciju. Drugi su
izgubili taj gen i pasivizovani su u genomu.
*- SINE (Alu) šort ubačene elemente svuda po genomu, tu su kod ljudi najvažniji Alu elementi.
U ljduskom genomu ih ima oko 13%.
Klasa II - DNK transpozoni

DNK transpozoni - nemaju RNK intermadijar u procesu premeštanja po genomu.
Imaju svoje enzime koji učestvuju u njihovom iskrajanju i ubacivanju u druge delove genoma i to
je gen za transpozazu (njihov enzim je transpozaza i ona to sve radi).
Detalji o ME ne treba - da znamo o ove dve kategorije, i njihove efekte na evoluciju genoma.
1) Direktni efekti nastaju:
- Ako se ME ugradi u egzon - pomera se okvir čitanja tog egzona i potpuno menja genetičku infomaciju.
- Ako se ME ugradi u intron - može da utiče na alternativno iskrajanje
-Ako se ME ugradi u CIS regulatorne elemente gena: u promotor, pojačavač, utišavače menjaće
regulacije ekpresije to gena.
- u regulatorne sekvence samog gena u promotor (za promotor se vezuju osnovni transkripcioni faktori
koji u kompleksu imaju RNK polimerazu da bi se pokrenula transkripcija tog gena) - menja se specifičnost
vezivanja transkripcionih faktora, menja se ekspresija u tom genu.
- u druge regulatorne elemente važne za ekspresiju gena: pojačavači, utišavači (koji biti udaljeni od gena,
za njih se vezuju specifični transkripcioni faktori važni za regulisanje ekspresije tih gena) - menja se specifičnost
vezivanja transkripcionih faktora, menja se ekspresija gena.
Najčešće očekujemo da su direktni efekti ME-a štetni i da će biti eliminisani iz populacije.
U malim populacijama blago štetni efekti neće biti eliminasni, jer u malim populacijama
selekcija nije efikasna. Tako imamo primere:
Primeri:
Kod ljudi - više od 1000 gena ima ME u promotorima. To je definitivno promenilo način
regulacije ekpresije tih gena.
Kod primata u promotor gena za alfa-amilazu koja učestvuje u metabolizmu skroba (razgradnja
skroba u pljuvački) ubačen je endogeni retro virus (ERV) koji je promenio ekspresiju tako da se on ne
16

eksprimira samo u pankreasu, već je počeo da se eksprimira i u pljuvačnim žlezdama. To je bitna
promena regulacije ekspresije ovog gena.
Kako smo počeli sve više da se oslanjamo na hranu sa skrobom koja postaje sve važniji izvor
energije - selektivno je favorizovana duplikacija gena za alfa amilazu pa mi imamo 3 x više gena za alfa
amilazu nego šimpanza. Duplikacije su bile favorizovane, potrebno nam je puno alfa-amilaze jer se tako
hranimo.
Kod pasa - alfa-amilaza se i dalje eksprimira samo u pankreasu, ali u odnosu na vukove koji
imaju samo 2 kopije, psi mogu da imaju i do 40 kopija. Za 12.000 godina domestikacije pasa selekciono
favorizovanje duplikacija ovog gena je bilo jako.
yME mogu da imaju sopstvene regulatorne elemente i kada se ugrade u blizinu nekog
domaćinovog gena preuzimaju regulaciju ekpresiju tog gena svojim regulatornim elementima
y ME mogu da utiču i na druge vidove ekspresije gena
- Kod ljudi 12% miRNK potiče od ME-ata. Znači, ME-i nose sekvencu sa kojih se
transkribuje miRNK.
Znajući da miRNK reguliše posttranskripcionu ekspresiju gena i da jedna miRNK može da
reguliše na stotine gena, onda se jasno vidi veliki uticaj ovog ME-a (koji je ishodni za ovu
mkRNK) na ekpresiju.
miRNK su mali RNK molekuli koji se vezuju za npr. iRNK i blokiraju njihovu translaciju (npr.
degradirajući ih) - regulišu ekspresiju gena, da li će taj gen biti prepisan u protein ili ne.
12% gena za miRNK potiče od mobilnih elemenata. Jedna miRNK može da se veže za brojne
iRNK, pa je procena da ME na ovaj način kontrolišu na hiljade gena u našem organizmu.
- SINE nizovi se vezuju za komplekse RNK polimeraze II i tako utiču na regulaciju

transkripcije ili sa proteinskkom kinazim R negulišu translaciju.
Može se reći da su ME u velikoj meri preuzeli regulaciju ekspresije gena u eukariotskim

genomima.
2) Pasivni efekti su posledica toga što se neki ME kopirao na mnogo mesta u genomu. Pasivni efekti
ME-a su vezani za nehomologne rekombinacije.
Pasivni efekti ME ne menjaju aktivno genetičku informaciju ili njenu ekspresiju kao aktivni
efekti, već pasivno dovode do toga da mutira genom.
U procesu rekombinacije moraju da se prepoznaju homologi nizovi. Ako u različitim

hromozomima (u različitim delovima genoma) postoje homologe sekvence porekolom od ME koji se
kopirao na mnogo mesta ugenomu, one mogu da se spoja i da se desi rekombinacija između njih -
nehomologna rekombinacija.
Pasivni efekti MEata su: pojava različitih hromozomskih rearanžmana, mogu dovesti do
duplikacije ili delecije gena što bitno menja strukturu genoma.
17

Rekombinacija se dešava u mejozi i podrazumeva crossing over između homologih hromozoma. Znači,
postoje homologne sekvence koje se moraju prepoznati - homologi hormozomi se spajaju i dešava se crossingover
između njihovih hromatida.
Rekombinaciju mogu da poremete mobilni elementi: ME se kopirao na više mesta u genomu p pa se na
nehomologim delovima genoma javljaju homologe sekvence koje mogu da se pronađu i spoje i da dođe do
ilegitimne rekombinacije. To izaziva brojne homozomske rearanžmane, duplikacije, delecije itd.
Primeri:
1) Kod antropoidnih majmuna Alu-Alu rekombinacija p dupliranje gena za hormon rasta.
Alu su mobilni elementi specifični za primate, spadaju u SINE elemente iako su SINE elementi uglavnom
nastali retrotranskripcijom iz nekih tRNK nizova, ovi Alu su poreklom od 7SL RNK koja je sastavni deo SRP-ova.
Alu nizovi su doživeli veliku ekspanziju u evolucionoj liniji primata (posebno čoveka).
Alu-Alu rekombinacija dovela je do dupliranja gena za hormon rasta, kod antropoidea koji
imaju od 5 do 8 kopija, i dobili su tkivnu ekspresiju tako da se neki od tih gena eksprimiraju u placenti što
je važno za razviće embiorna.
yAlu čije su kopije bile prisutne u raznim delovima genoma, izazvali su ilegitimnu rekombinaciju
kojom se hormon rasta duplirao.
To je bilo važno za evoluciju primata, jer je hormon rasta postao aktivan i u placenti (tokom
embrionskog razvića) što je uticalo na evoluiranje razviće kod primata.
2) Cerkopitekoidea (majmuni starog sveta)

Alu-Alu rekombinacija je dovelo do duplikacije opsinskih gena što je dovelo do pojave
trihromatskog viđenja, razlikovanja boja. Sa trihromatskim viđenjem ide i bolja vizuelna komunikacija,
što je povezano i sa drugačijom socijalnom organizacijom kod ljudi.
Kada posmatramo genome različitih eukariotskih organizama, ME su česti oko gena koji brzo
evoluiraju i koji su neophodni za brzi odgovor na neki sredinski stimus (stres iz spoljašnje sredine). To su
geni uključeni u imunske odgovore, metaboličke brze odgovore itd. Ti regioni bogati ME-ima se zovu
genske fabrike. Odatle ideja o evoluciji genoma kao programiranog za odgovor za razliite stresore.
U delovima genoma sa puno ME-ata desio se veliki broj duplikacija gena, tj. tu ima puno
multigenskih familija koje nastaju duplikacijama gena (i to su paralogni geni).
Konzervisani regioni (npr. Hox jata) nemaju ME ili ih imaju vrlo malo.
Kod kičmenjaka u Hox jatima nema ME-ata (predstavljeni samo jednim filumom), a kod
beskičmenjaka ima ME-ata (i tu ima 30 filuma). Jedan od razloga 30 telesnih sklopova naspram jednog
jedinog telesnog sklopa dovodi se u vezu između ostalog i sa prisustvom mobilnih elemenata.
18

ME su mutageni agensi, menjaju genom i u strukturnom i u funkcionalnom smislu p oni

povećavaju evolvabilnost (potencijal za evoluciju) taksona.
Živi fosili (organizmi koji se milionima godina nisu menjali i jako liče na fosilne nalaze od pre
400 ili više miliona godina) imaju jako malo ME-ata.
Latimerija (dvodihalica) nije se menjala 400 miliona godina,
Sfenodon 220 mil. godina
Neurosposra crassa (jednoćelijska gljiva, pravi kolonijalne oblike) - zaštitila se od bilo kakvog
upada ME-ata, poseduje RIP mehanizme koji eliminišu svaki upad ME-a. Ne može se desiti ni jedna
duplikacija u genomu. Njen genom nema mogućnost da se značajnije menja. Nema nikakvu
evolvabilnost, osim genetičke varijabilnosti koju ima u određenim genima nema druge mogućnosti da
odreaguje na stres.
Zbog toga i vidimo u genomima Eukariota, da nije glavna strategija Eukraiota da eliminišu ME-e,
već da ih stave pod kontrolu (da kontrolišu gde se nalaze, gde su poželjni da budu, a gde su nepoželjni).
Ako se pojavi ME u visokokonzervisanom regionu, taj organizam će biti elimisan (neće opstati)
selekcija će ga eliminisati.
Ako se ME pojavi u delu genoma gde ne pravi štetu, a potencijalno se pokaže da može da poveća
odgovor na stres, ti organizmi će da opstaju, i u tim regionima će se taložiti ME-i.
Naravno, da postoje mehanizmi da se oni drže pasivizovanim unutar genoma i to je veoma
razvijeno kod Eukariota.
19

Značaj ME se vidi kod Živih fosila (vrsta koje se dugo nisu menjale). yyy
Ranije se smatralo da se živi fosili nisu evoluciono menjali jer žive u stabilnim životnim sredinama pa
nema pritisaka životne sredine koji bi izazvao njihovo menjanje.
Danas se zna da živi fosili (Latimerija) imaju jako malo mobilnih elemenata i zato je njihova
evoluabilnost dosta smanjena.
ME načelno imaju negativan efekat na adaptivnu vrednost svojih nosilaca. Očekujemo da će svi
mutogeni efekti koje izazivaju biti štetni. Ipak eukariotski organizmi se nisu potpuno odrekli od ME-ata i
sprečili njihov efekat?
Gljiva Neurospora crasa je ekstremni primer zaštite od ME, evolucija njenog genoma je išla u pravcu
potpune zaštite od ME.
Ona ima RIP sistem zasnovan na RNK i proteinskim kompleksima koji sprečavaju upad ME,
sprečavaju duplikacije (kopiranje) gena.
To je potpuno konzervisan genom i pri drastičnoj promeni uslova ne može da opstane, jer ne može da
odreaguje. Njena evoluabilnost je limitirana (ne može da evoluitra), jer ne postoji način da dobije nove
pozititvne fje kreiranjem novih genetičkih elemenata, zaštićena je od bilo koje promene.
Zato najveći broj savremenih organizama nije išao u pravcu eliminisanja ME-ata iz svojih genoma,
već u pravcu kontrole mobilnih elemenata.
Adaptacija genoma je:

- dinamičnost (da se dinamično menja),
- evoluabilnost, a tu ME imaju jako važnu ulogu.
20

Osnovni način odbrane je: Kada se ugradi ME - tu se transkribuje neka RNK. Onda RISK kompleksi (domaćinski sistemi
zaštite) umnože tu RNK. Ta RNK se udruži sa proteinima u RISK kompleksu koji će da:
-unište transkript mobilnog elementa ili
-da diriguju njegovom metilacijom ukoliko se ugradio u genom (=proces DNK metilacija), ili
-modifikuju histone i spreče njegovu dalju transkripciju. NIJE BILO NA PREDAVANJU
Eukarioti nisu eliminisali ME-e, evoluirali su mehanizme koji će da drže ME-e pod koktrolom i to
su mehinazmi epigenetičke regulacije ekspresije gena: DNK metilacija, modigikacije histona, RNK
interferencija.
Hipoteza "odbrane domaćina" po kojoj je prva uloga ovih mehanizama (koje danas nazivamo
mehanizmi epigenetičke regulacije ekspresije gena) bila odbrana domaćina od ME-ata, a kasnije su
preuzeti za kontrolu i regulaciju ekspresije sopstvenih gena.
Potvrda ove hipoteze je:
- Analiza genoma pokazuje da su ME-i više i češće metilovani od ostalih delova genoma
i tako imobilisani.
- Genomsko utiskivanje je prvi ustanovljen mehanizam nasleđivanja epigenetičke
informacije. Mnogo više ME-ata se nalazi u kontrolnim regionima genomskog
utiskivanja nego u drugim regionima.
Mehanizmi epigenetičke regulacije zaista efikasno prepoznaju ME-e.
Ukoliko se metiluje ME, to može da ima uticaj i na regulaciju susednih gena. Primeri:
(Kada se metiluje ME koji se nalazi uz gen domaćina, on reguliše eskpresiju tog domaćinovog gena)
-Kod Antropoidea (antropoidnih majmuna) - Alu element se metiluje (ovde je u pitanju DNK
metilacija) i to reguliše gen CCRK koji ima ulogu u odlaganju apoptoze. Ovaj gen je posebno aktivan u
mozgu (neokorteksu), ova metilacija dovodi do povećane aktivnosti ovog gena i tim i odlaganja apoptoze
i nastaje veća količina neurona u neokorteksu.
Ranije se mislilo da metilacija gasi aktivnost gena, međutim metilacija često aktivira gen.
Kod Antropoidea, modifikacija ME može uticati na transkripcionu regulaciju susednog gena. To je gen
CCRK koji je negativan regulator apoptoze (usporava ćelijsku smrt).
Reglacija ovog gena se odigrava preko CpG dinukleotida koji se nalaze na susednom Alu elementu.
Uobičajeno je da metilacija regulacionih elementa uzrokuje smanjeje njihove transkripcije, ima i slučaja da neki
geni mogu biti aktivirani CpG metilacijom.
Fja CCRK gena je povećanje nervnih ćelija u neokorteksu (aktivniji kod čoveka nego kod šimpanze) usled
inhibicije apoptoze neurona, to znači da je evolucija regulacije njegove ekpresije posredovana mobilnim
elementima odredila i evoluciju ljudskog mozga.
21

ME ne mogu da se prenose transgeneracijski ukoliko su ugrađeni samo u somatske ćelije. Da bi se nešto
transgeneracijski prenosilo mora biti ugrađeno u gametsku ćelijsku liniju. Upravo je gametska ćelijska linija
najpodložnija trčanju ME-a po genomu. yyy
Da bi ME-i postali sastavni deo genoma nekog organizma (eukariota), moraju početi da se
vertikalno prenose (transgeneracijski, sa roditelja na decu), a ne samo horizontalno kao što rade ME-i.
Za ME-e se kaže da imaju horizontalni prenos između jedinki iste populcije, između jedinki različitih vrsta.
Da bi ME-i ušli u sastavni deo jednog genoma jedne evolucione linije, oni moraju da uđu u
gametsku liniju, jer se gameti prenose u narednu generaciju.
Kod sisara je to "jednostavno", zato što kod njih:

-tokom formiranja gameta (u ranoj fazi gametogeneze) dolazi do masovne demetilacije (skidanja
epigenetičkih markera), a znamo da su mehanizmi epigenetičke kontrole ti koji drže pasivizovane ME-e.
-i u ranim fazama embriogeneze (preimplantaciona embriogeneza) takođe dolazi do masovnog
brisanja epigenetičkih markica.
I otvara se mogućnost "divljanja" ME-a. Mogu da rade svašta.
PiwiRNK pokušavaju tu da drže stvari pod kontrolom, ali otvara se mogućnost u gametogenezi i
preimplantacionoj embriogenezi (kada se još ne odvaja germinativna ćelijska linija od somatske linije) da
dođe do upada ME-a u gametsku ćelijsku liniju.
U ovde dve faze su epigenetički markeri u genomima manje-više potpuno izbrisani. Tada ME-i
mogu da rade svašta:
Ako se oslobađaju ME-i (tj. prepisuju se), postoji mogućnost da reverzna transkriptaza (koja se
sintetiše sa L1 mobilnog elementa u ljudskom genomu / kod sisara - ljudi L1 mobilni element i dalje ima
aktivnu reverznu transkriptazu) kopira iRNK koja ima neki poliA repić (iRNK dobije poliA repić nakon
što joj se iskroje introni), da je reverzno prepiše u cDNK, i da ta reverzna kopija gena upadne na neko
drugo mesto u genomu.
Ako upadne u genom na nekom drugo mesto - u gametsku ćelijsku liniju, to može da se nasledi i
potencijalno može da postane sastavni deo genoma te evolucione linije - to su tzv. retro geni.
Eksperimenti koji su rađeni na gametima i embrionima miševa pokazali su da:

-tada ME-i imaju najveći efekat,
-ukoliko se tu dese efekti, mogu se prenositi i u naredne generacije.
Tada počinje trčanje ME-a po genomu, tada se aktivira reverzna transkriptaza (L1), takođe postoji i
mogućnost da nastanu retrogeni (tj. geni koji su eksprimirani u ovim fazama, koji imaju svoju iRNK,
prepišu se reverznom transkripcijom, nastaje DNK kopija i taj gen se ugradi na drugom mestu u genomu).
22

Od obrađne iRNK (izbačeni su introni), koja se prepiše u cDNK i ugradi na drugo mesto u
genomu, nastaje retrogen.
Retrogen se prepoznaje po tome što ima istu sekvencu kao roditeljski gen, nema introne i ima
ostatke poliA repića.
yReverznom transkripcijom najčešće nastaje retrospeudogen (izgubi f-ju).

Ovakve retrogene nazivamo obrađenim pseudogenima. Neobrađeni pseudogeni imaju
introne i mogu nastati duplikacijom gena nehomologom rekombinacijom, pa taj dupliran
gen postane pseudogen koji sadrži i nekadašnje introne.
Obrađeni pseudogeni su izgubili introne, obrađeni su u toj iRNK, i prepisani u cDNK i
ubačeni negde drugde u genom.
Najčešće će nastati retropseudogen zato što: 1) reverzna transkriptaza mnogo greši u kopiranju i 2) iRNK
nema regulatorne elemente (nema promotore i dr). Pa retrokopije kada se ugrade u drugo mesto u genomu najčešće
nisu funkcionalne.
Oni su najčešće retropseudogeni, zato što su pored introna izgubili i CIS regulatore.
(mali broj iRNK sadrži neke regulatorne sekvence u 3' UTR-u; najčešće su kopije koje su se
uglavile ne mogu da se transkribuju zato što nemaju CIS regulatore)
yMeđutim, dešava se ta retrokopija ugradi u blizini CIS regulatora nekog drugog gena (npr.
da se ugradi u intron nekog gena, pa ga aktivira njegov CIS regulator).
To se desilo kod duguljastog paradajza: Retrotranspozon je kopirao deo genoma domaćina od
25kB (i to je kodirajući deo gena IQD12 koji učestvuje u oblikovanju ploda).
Taj deo kopiran sa tim retrotranspozonom se ugradio u drugi hromozom (znači potpuno drugo
mesto u genomu), u blizinu tuđih regulatornih elemenata - i tako je nastao retrogen SUN.
Kada neka kopija postane retrogen i uglavi se u drugi deo genoma, potpuno je izmenio svoju
regulatornu mrežu (vreme, mesto, interakciju sa drugim proteinima itd.). To se desilo ovde - SUN
retrogen koji je ubačen na drugo mesto, aktivira se značajno ranije u razviću ploda nego njegov roditeljski
gen, i zato se dobija duguljast plod.
yU ljudskom genomu do sada je opisano 163 retrogena. Kod njih 25 roditeljski geni su nestali,
pa su ovi ostali "siročići retrogeni". Originalni gen bi bio eliminisan, a njegov retrogen zadržan jer se
ugradio u neko drugo mesto u novu regulatornu mrežu koja je bolja, pa roditeljski gen može da nanosi
štetu, ili je neutralan i vremenom akumulira mutacije koje selekcije ne vidi i tako nestaje.
23

Retrogen od roditeljskog gena razlikujemo po tome što ima slične sekence kao i roditeljski gen, ali nema introne i ima
zadržan deo poliA repića.
Kada se kopira iRNK sa nekog gena u cDNK, najčešće će nastati retropseudogen zato što:
- reverzna transkriptaza mnogo greši u kopiranju i
- iRNK nema regulatorne elemente (nema promotore i dr). Pa retrokopije kada se ugrade u drugo mesto u genomu
najčešće nisu funkcionalne - predstavljaju retropesudogene.
Međutim dešava se da se neka retrokopija ugradi u blizini regulatornog elementa (CIS regulatora) nekog drugog gena
i tada ta retrokopija postaje retrogen (kad se kaže retrogen - onda je aktivan).
Pozajmio je regulatorne sekvence od tog gena (promotor, utišavače, pjačavače).
Poenta je u da se retrokopija sa iRNK nekog gena prepiše u cDNK i ugradi u druga mesta u genomu.
Ukoliko se ta cDNK ugradi blizu neke regulatorne sekvence, ona može biti i funkcionalna i takvih primera ima
mnogo, samo u ljudskom genomu 163.
Najviše retrogena je na X hromozomu. Najviše retrogena opstaje na X hromozomu jer postoji

gašenje jedne kopije i tu se zadržavaju, jer je tu najmanja šansa da će dupla doza da nanosi štetu
funkcionisanju genoma i organizma.
Dešava se da postoji veliki izvoz gena sa X hromozoma na autozome, i to često služi

mužjacima kod npr. sisara.
Primer:
1) GLUD2 gen (glutamat dehidrogenaza 2) koji je nastao od GLUD1 gena na X hromozomu, i
preselio se na 10. hromozom (autozom).
Glutamat dehidrogenaza treba da metaboliše neurotransmiter glutamat (signalni molekul).
Na 10. hromozomu ovaj gen povećava efekat glutamat dehidrogenaze.
Na ovom retrogenu u našoj evolucionoj liniji desile su se 2 nove mutacije - što je povećalo
aktivnost ovog enzima što je važno za funkcionisanje mozga.
2) PGK (fosfogliceratna kinaza 2) preneta sa X hromozoma na autozom.

Fosfogliceratna kinaza 2 učestvuje u metabolizmu šećera. Ispoljava se u testisima. Pošto se polni
hromozomi u gametogenezi gase (X hromozom u spermatogenezi se ugasi) i ukoliko je na tom ugašenom
X hromorzomu gen važan za metabolizam šećera i energiju spermatozoid će biti sklabo pokretan. Kada je
taj gen prebačen na autozom i kada se on aktivira i daje mogućnost da se metaboliše fruktoza to značajno
povećava sposobnost oplodnje tj. adaptivnu vrednost i to će biti selektivno favorizovano.
24

Molekulska domestikacija ME-ata podrazumeva uticaj ME-ata u nastanku novih gena domaćina.
Postoje situacije da mi horizontalnim transferom dobijemo gen i da on postane deo našeg genoma.
(Preko 100 gena u evolucionoj liniji čoveka je poreklom od bakterija)
Molekulska domestifikacija podrazumeva da gen dospe odnekud (horizonatlnim transferom),

uglavi se u genom domaćina, postane deo njegovog genoma koji se vertikalno prenosi (transgeneracijski)
i tako uglavljen u genom domaćina dobije nove funkcije.
y ME može da se uglavi u gen i dobije se novi egzon koji se iskraja alternativno ili ne. To je slučaj
sa PTPN1 genom (proteinska tirozinska fosfataza) - fragment poreklom od L3 elementa.
y Geni koje smo stekli od virusa. Telomeraza je reverzna transkriptaza, poreklom je od mobilnog
elementa koji je bio sastavni deo introna grupe II (SINE elementa koji nosi i gen za reverznu transkriptazu). Introni
grupe II imaju gen za reverznu transkriptazu.
Telomeraza je poreklom od reverzne transkriptaze introna grupe II. Ugradila se u genom eukariota.
Neki insekti su izgubili gen za telomerazu, i tu f-ju preuzimaju dva retrotranspozona

(retrotranspozoni se stavljaju na kraj i kopiraju se)
yEvolucija placente kod sisara ne bi bila moguća bez gena koji su preuzeti od virusa.
Bez ME-ata, tačnije bez virusa ne bi bilo sisara, jer ne bi bilo placente da u evolucionoj liniji koja je vodila
ka sisarima nije došlo do preuzimanja nekih gena od virusa: (Eutheria - pravi sisari, Metathreia - torbari.)
⌦peg10 gen, koji je izveden iz gag gena jednog retrotranspozona, je ključan za evoluciju
najjednostavnije placente - kratkotrajna placenta kod Metatheria (torbara).
gag gen kod retrotranspozona, kod virusa vrši sintezu viriona (proteinskog omotača), on se uselio
u genome predaka sisara i omogućio formiranje te inicijalne placente danas prisutne kod torbara.
Placentrani sisari su imali još dodataka gena koji učestvuju u formiranju placente.
⌦Kod Eutheria (koji imaju dugotrajnu placentu, krvni sudovi koji snabdevaju embrion dugo
traju), došlo je uglavljivanja još jednog gena peg 11 gena koji je takođe izveden iz gag gena ali drugog
25

retrotranspozona. Njegova f-ja je održavanje embrionskih kapilara duže u placenti, u kasnijoj trudnoći, što
je produžilo trudnoću u odnosu na torbare.
⌦Kod sisara, da bi trudnoća mogla duže da traje, bila su potrebna još dva gena sincicin1 i
sincicin2 koji su izvedeni iz env gena (jednog endogenog retrovirsa) koji sintetiše glukoprotein.
Taj glukoprotein kod virusa ima f-ju da prepoznaje receptore na ćeliji domaćina i kada se tu
zakači da vrši fuzionisanje omotača virusa i membrane ćelije da bi genetički sadržaj virusa ušao u ćeliju.
Placenta sisara je sincicijum, što omogućavaju geni sincicin1 i sincicin2 (membrane su u najvećoj
meri nestale, brojna jedra su rasuta u tom organu).
Kod virusa taj gen ima i imunosupresorske sposobnosti, što važi za placentu jer sprečava imunski
odgovor majke u odnosu na fetus (na "strano telo fetus" koje se nalazi u telu majke).
Jedan domen ovog glukopoteina ima imunosupresorske sposobnosti - smanjuje sposobnost

domaćinskog imunskog sistema da ga uništi. Taj glukoprotein radi to isto i u placenti.
Placenta je sincicijum fuzionisanih ćelija endometrijuma što omogućava ovaj glukoprotein koji to isto
radi i kod virusnih partikula. Placenta sprečava migraciju ćelija između majke i embriona i omogućava
odbranu embriona od imunskog sistema majke.
⌦Pored ovih novih gena važnih za održavanje trudnoće, pronađeni su i razni transpozoni MER20
transpozoni koji regulišu ekspresiju brojnih gena uključenih u trudnoću.
MER20 transpozoni sadrže CIS elemente i direktno za sebe vezuju transkripcione faktore. Mnogi
geni aktivni u formiranju placente Euteria imaju ispred sebe MER20 transpozone.
Pored novih gena, imamo i transpozone koji nose regulatorne elemente koji su potpuno promenili
regulatornu mrežu gena koji se aktiviraju u placenti.
- Poređenje Oposuma (torbara) i Euteria (placentarnih sisara - ljudske placente) pokazalo je da

Euterie imaju 1500 gena aktiviranih u placenti koje Oposum nema. To omogućavaju MER20 transpozoni
koji sadrže CIS elemente (regulatorne sekvence) i ugrađeni pored gena uključenih u trudnoću kod sisara
učestvuju u regulaciji ekspresije tih gena.
Ovo su primeri molekulske domestikacije - geni koji su odnekud stigli postali su sastavni deo
našeg genoma. Ti mobilni elementi su pasivizovani, upotrebljeni, i vrše važne f-je u našim genomima.
26

VDJ rekombinacija je način da se dobiju različite imunoglobuline receptore na T-ćelijma imunskog
sistema.
To je klasična rekombinacija unutar ćelija koje prave različite kombinacije V, D i J egzona

(varijabilni, divezifikujući i vezujući).
Tu postoje različiti egzoni V, D i J, oko njih se nalaze kratki invertovani ponovci RSS koji su
izvedeni iz DNK transpozona. Takođe, postoje RAG1 i RAG2 - proteini koji treba da prepoznaju različite
kombinacije RSS-ova, da ih slepe i da iseku ostatak. Tako se prave kombinacije.
RAG1 i RAG2 su mali proteini bez introna (njihovi geni nemaju introne) i oni su transpozaze
izvedene iz gena DNK transpozona.
I tako se dobijaju određene kombinacije ili imunoglobulina ili ćelije (T-ćelije koje treba da imaju
odeđeni receptor za prepoznavanje patogena).
Bez transpozona ne bismo imali imunski sistem kakav imamo.
ME su u velikoj količini prisutni u Eukariotskim genomima, preuzeli su mnoge f-je koje naši
genomi (organizmi) ne bi imali da nemamo gene dobijene od ME-a.
27

Ako kažemo da su ME-i mutageni agensi, jasno je da povećavaju varijabilnost, dovode do
nastanka novih vrsta (specijacije).
Oni povećavaju plastičnost genoma, genetičku varijabilnost - u dve populacije postoje različiti
mutageni efekti mobilnih elemenata što je izvor varijabilnosti i početak divergencije tih populacija.
Stres pojačava aktivnost ME-ata. Adaptivna radijacija nekog taksona može da se poveže sa nekim
stereogenim uticajima i aktivnošću ME-ata.
Takosni koji imaju puno ME-ata, očekivano je da imaju puno vrsta, jer uloga ME u specijaciji je
značajna.
Ljiljci (su sisari koji imaju mnogo vrsta, jedna od najbrojnijih grupa), adaptivna radijacija je
počela pre 55-44 miliona godina, oni imaju veliku količinu i aktivnost retro- i DNK trasnpozona.
Glodari - kod čoveka endogeni retrovirusi su skoro potpuno pasivizovani i nemaju mogućnost da
se sele po genomu, kod glodara veliki procenat endogenih retrovirusa su zadržali tu sposobnost.
Ribe Ciklide
- brza adaptivna radijacija i nastanak ogromnog broja vrsta,
pre 5 miliona godina nastalo je 2000 novih vrsta u tri jezera
- morfološki diverzitet je veliki (ponašanje, isharana), genetički diverzitet (kad paratimo
njihove sekvence) je vrlo mali. Taj mali genetički diverzitet je nespojiv sa ogromnim
morfološkim (fenotipskim) diverzitetom)
- SINE elementi i vreme njihovog ugrađivanja u genome su povezani sa drastičnom
fluktuacijom nivoa vode kod ovih jezera pre 5 do 3 miliona godina što je jako stresno za
ribe. Taj stres se povezuje sa velikom altivnošću ME-ata (u ovom slučaju SINE
elemenata koji su doveli do diverzsifikacije i adaotivne radijacije).
28

S
SKRIPTA, Prin
ncipi moleku
ularne i fen
notipske evo
Kod primata, naastanak novvih taksonaa, velika divvergencija i radijacija se povezuje sa aktivn
nošću
sspecifičnih mobilnih
m eleemenata - Alu
A elemena ata.
DNK
K transpozoni su bili vrrlo aktivni u vreme nastanka primaata.
To znamo jer genealogijom
T m gena možem mo da odredim mo vreme posttanka i ugrađiivanja
M
ME-ata i postaanak određenoog gena i geneetičke varijantte u genomimaa.
Pre 80-65
8 milio
ona godina smatra se da
d su DNKK transpozon ni bili vrlo efikasni u vreme nastanka
primata, zato
p o što ogrom
man broj prim ve DNK traanspozone i njihove trag
mata ima ov gove u genoomima.
U genomu čoveka
č od 74000 do 98300
9 fiksirranih DNK K transpozonna potiče izz tog
vremeena (to je vrreme nastan
nka primata,, ljudi su zaadržali iste tte DNK tran
nspozone).
Pre 40
4 miliona godina su obuzdani DNK D transp pozoni, njih
hova aktivnnost kod prrimata značčajno
o
opada. Ulog
gu povećanjaa diverzitetaa i razne dru
uge stvari ppreuzimaju Alu
A elemen nti.
Alu elementi ssu glavna komponentta u evolucciji primataa, posebno antropoidn nih majmu una i
hominida tj.. ljudi. Gen
h nealogijom gena
g se praati koji su i kada Alu elemnti bilii ugrađeni - napravljenna je
f
filogenija Allu elemenatta kod primmata:
ova - AluJ se ugradilaa u genomee primata pre
-klassa Alu nizo p 65 miliiona godinaa i to je vrreme
razdvajanja polumajmuuna i majmu una. Divergeencija dve krupne
k evolu ucione linije.
-Alu
uS (mlađa kklasa Alu elemenata) doživela je j ekspanzziju pre 45 miliona godina
g - vrreme
razdvajanja majmuna novog
n i staro
og sveta i po
očetak njihoove diverziffikacije.
-Alu
uY (najmlađ đa klasa) ek kspanzije prre 30 milioona godina - vreme raazdvajanja majmuna
m sttarog
s
sveta i homiinoida.
- U evolucionoj
e j liniji čoveeka u okviru
u AluY (naajmlađe kattegorije Aluu elemenataa) postoji veelika
eekspanzija - postoji 3.4
4 puta veći broj
b ovih Alu
A nizova kod
k čoveka nego kod šiimpanze. Čovek
Č ima 5530
5
k
kopija ovih Alu
A nizova,, a šimpanzaa oko 1500..
-Najv
više Alu nizzova je ugraađeno pre oko
o 2 milionna godina - vreme pojaave prvih prredstavnika roda
H
Homo.
29

Evoluciona linija čoveka obeležena je velikom aktivnišću Alu nizova. Oni si važni, preuzeli su
puno f-ja, nekada su od njih postali introni, od nekih Alu nizova postali su egzoni nekih gena, neki Alu
nizovi su važni za regulaciju ekspresije drugih gena, neki Alu nizovi su važni za editovanje RNK.
Imaju mnogo funkcija u genomima čoveka i primata, važni su i oblikovali su našu evolucionu liniju.
Tamo gde su se ugradili njihov položaj je vrlo konzervisan. Kad je nešto konzervisano znači da je jako
važno. Oni nakon ugradnje, više se ne premeštaju, jer su dobili značajne f-je u genomima.
30

SKRIPTA, Pri
rincipi molekularne i feenotipske evvolucije, Ivan Petro
ović 2015
5.
TRENDO
OVI U EVO
OLUCIJI GENOMA
-
Nesporan trrend tokom evolucije, počevši od najranijih i najjednosttavnijih org

yN ganizama paa do
savremenihh organizam
ma (virus - prokarioti - eukarioti - višećeelijski euarioti) je povećanje veličinee genoma.
Filoogenetski m
mlađi organnizmi imajuu veće genoome - što su
s organizm
mi morfološški i fenotippski
složeniji geenomi su veeći.
y Sa
S povećanjem veličinee genoma, u njemu nepproporcionallno puno raastu nekodirrajući regiooni,
to najbolje koreliše saa morfološkoom složenošću organizzama (sa brojjem tipova ćellija u organizm
mu, tkiva).
Upooredo sa bioološkom složženošću orgaanizama najjviše raste nekodirajući

n i deo genom
ma.
A očekivalo see da sa poveećanjem složženosti genom ma raste infoormacija za kodiranje raazličitih proteeina
(tj. kodirajuući deo) koji imaju različiite funkcije u organizmu..
Trend je povećanje
p g
genoma u okviru
o tog trenda
t povećanja genom
ma najviše sse povećavaa:
- Količina
K inteergenske DN
NK (intergennske nekoddirajuće DNK
K)
- Broj ME (važžna determiinanta veličine genomaa i plastičnoosti genoma)),
- Broj i veličinna introna (ssvrtavamo ihh u nekodirrajuće delovve genoma),,
- Broj kodirajuućih gena (=

=gene koji daju
d proteinnski produktt/ kao i genii za rRNK, tRNK
t koje su
važne za ispooljavanje geenetiče infomacije).
O ne koreliše baš najbo
On olje sa fenotipskom slooženošću orrganizma.
Povvećanje gen noma, krozz evoluciju u, je bilo prraćeno i poovećanjem broja gena, ali ne ka ako
smo očekiivali. Kada se mislilo da čovek im ma bar 100.000 gena (ispotavilo se da ima istoo kao nemattoda
/manje od pirinča
p i mnoogih drugih organizma
o ), i to je G parradoks.
Ipaak, trend poostoji: sa uvećanjem
u s
složenosti r
raste i broj gena.
1

Arheozojska ekspanzija
- To je period u geološkoj istoriji pre oko 3 milijarde godina. U tom periodu:
- nastao je ogroman broj prokariotskih organizama (jednoćelijskih organizama).
- najveće su stope nastanka gena, nestanka gena, HTG-a i duplikacije gena.
- genomi su se tek uspostavljali, nisu bili fino regulisani kao što su danas.
Tada je bilo moguće da nastanu novi geni, a danas je to teško zamislivo.
Henry Miller (1936) - Omnis gena e gena — novi geni mogu nastati samo od već postojećih gena.
Novi geni nastaju od starih gena - duplikacijama, reverznom transkripcijom.
Danas je teško zamisliti da gen nastaje ni iz čega tj. iz bilo koje sekvence DNK, što je tokom
Arheozojske ekspanzije bilo moguće, zato što su danas geni jako složeni (gen podrazumeva kodirajuću
sekvencu i mnogo regulatornih nizova).
U vreme Arheozojske ekspanzije genomi su još uvek evoluirali, interkacija između gena i
regulacija aktivnosti gena je bila na niskom nivou. Bila je veća verovatnoća da iz jedne nekodirajuće
sekvence (ni iz čega - de novo) nastane kodirajući niz - gen. (da se iz jedne sekvence bez regulatornog
niza dobije transkript).
Nakon Arheozoika, ne očekujemo da je puno gena nastajalo de novo, tj. iz nečega što nije bilo
kodirajuće i što nema ni jedan regulatorni element.
Kako su se genomi usaglašavali, evoluirali da budu preciznije regulisani smanjivala se stopa nastanka
gena denovo - u Proterozoiku je bila veoma mala, a Faneroziku je zanemarljiva.
Kako su novi geni nastajali u današnjem genomu

Kada se kaže broj gena misli se na gen u tradicionalnom smislu tj. gen koji kodira za protein ili kodira za
standardne RNK molekule koji učestvuju u čitanju genetičke informacije (tRNK, rRNK).
Pored toga što današnji geni imaju mnogo regulatornih nizova, na regulaciju jednog gena utiču i
drugi prisutni geni. Aktivnost gena nije nezavisna od drugih gena u genomu.
Pored toga što svaki gen ima svoje CIS regulatore, promorote, pojačavače, to da li će se
aktivirati zavisi i od drugih gena koji ga kontrolišu - Koncept regulatornog genoma.
Regulatorni genom - Način na koji se ostvaruje i ispoljava genom u fenotipskom smislu.

Genoma je mreža gde su neki geni su regulisani nekim drugim genima. Jedan gen koji zovemo
regulatorni gen može da reguliše ekspresiju mnogo drugih gena.
p Što je veći broj gena koji jedan regulatorni gen reguliše — on je dublje umrežen u regulatornom
genomu, nalazi se u dubini mreže (na njega se kači i od njega zavisi veliki broj drugih gena).
p Što je manji broj gena koje jedan regulatorni gen reguliše, on se nalazi sve bliže periferiji mreže.
U centru ove mreže će biti neki geni koji su važni sa determinaciju razvića organizma (Hox
geni, geni koji regulišu Hox gene).
Plejotropija - kada jedan gen utiče na veliki broj gena.

Epistaze su interkacije između gema - uticaj jednog gena na ispoljavanje drugog gena.
Današnji genomi funkcionišu po principu značajnih efekata plejotropije i epistaze.

2

SKRIPTA, Pri
ović 2015
Pleejotropija i epistaza čiine regulato orni genom
m.
Poššto su gen ni umreženii, nastanak novog geena (nove kopije gen na) utiče na organizaciju
(homeostazzu) jednog regulatorno
r og genoma.
Duuplikacija čitavog
č gen
noma - Polliploidija jee mutacija i kao svakaa mutacija ima negatiivne
posledice, to je najčeššće poremeććaj funkcionnisanja genooma.
Duuplikacija pojedinačn
p ih gena - gde da se nalazi taj gen ako see eksprimirra opet nasstaje
problem u homeostazii regulatorn nog genoma.
To ne znači daa se to ne deešava i da see nije dešav
valo u evolu
uciji.
Pollazeći od ossnovne prem

mise, novi geni nastaju od starih geena.
Povećanjee broja gen na u genommu kod savrremenih geenoma ( genooma koji su vveć uspostavilli bitno regulissanu
regulatornu mrežu,
m osti - genoma predaka savreemenih linija) se dešava n
ili genoma u prošlo na 2 osnovna načina:
1) duplikacijom
d m čitavog genoma
g i
2) duplikacijom
d m pojedinaččnih gena
U isstom genomuu kada se um množavaju geeni oni su hoomologni paaralogni. Homologni su jer
j vode poreeklo
od jednog zajedničkig
z ggena, ali su see duplirali i postoje
p u istoom genomu pa
p su paraloggni.
Dupliranje čitavog genoma - nastaje Polip ploidijom

Dupplira se cella regulatorrna mreža (cela
( mrežaa intergensk
kih interakccija), i ako taj organizzam
opstane to je potencijaal za koevolluciju novih
h regulatorn
nih mreža tj. dupliranogg partnerstv
va između gena
g
i to daje mogućnost
m daa nastanu pootpuno nove funkcije.
Dupliranje pojedinaččnih gena

Dob bija se duupla doza proteinskog
p g produkta jednog geena - kodiirajući gen n se duplirra i
transkribujje se duplo više
v iRNK.
Ako taj produkkt interagujee sa drugimm genima, duuplirana kolličina tog prrodukta bićee u kompetiiciji
sa produktiima drugih gena, što može
m biti pro
oblem za funkcionisanjje čitavog ggenoma.
Nprr. duplirao se s gen za neeki hromon, da bi ostvarrio svoju f-jju on mora da se veže za
z odgovaraajući
receptor, ovvde će biti prreviše hormona i premaloo receptora.
U situaciji kada se dup

plira čitav genom
g poveećava se kolličina i horm
mona i recepptora. Daklee:
Kada se dup
yK plira čitav genom većća je šansa da opstanu u geni koji su dublje umreženi
u (vviše
plejotropnii), jer postojje i duplikati svih onih
h gena sa kojjima treba da
d interaguju i koje treb
ba da reguliišu.
3

Što je veća plejotropija jednog gena (što je dublje umrežen) veća je šansa da će taj gen opstati
ukoliko se duplira čitav genom. (geni za TF-e koji regulišu aktivnost drugih gena, Hox geni)
Nakon duplikacija čitavih genoma duplirane kopije pojedinačnih gena koje opstaju tokom evolucije su:
- geni za različite TF-e (TF-i su produkti regulatornih gena),
- za različite ribozomske funkcije
- za transdukciju signala
To su sve geni sa vrlo visokim nivoom plejotropije.
yKada duplira pojedinačni gen veću šansu da će opstati imaju geni koji su bliže periferiji (sa
manje plejotropnih efekata, koji ostvaruju značajno manje interakcija sa drugim genima) čija povećana
doza neće bitno uticati na celu regulatornu mrežu.
Kod biljaka su to geni za sekundarne metabolizam i geni važni za odbranu od biotičkih stresora.
Produkti sekundarnog metabolizma su važni za odbranu od herbivora.
- Ovo ne znači da će ovi duplirani geni sigurno opstati, već da imaju veću verovatnoću da opstanu.
- Takođe, ne znači da ukoliko se duplira čitav genom neće opstati i neki plitko umreženi gen, kao i što
ne znači da ukoliko se duplira pojedinačno neki regulatorni gen da neće postojati šansa da opstane.
Ako vidimo da su se dva gena duplirala i nalaze se u kopijama u genomu (bez obzira da li su
nastali duplikacijama čitavih genoma ili duplikacijama pojedinačnih gena) to su paralogni geni, zanima nas
kada je nastala ta duplikacija. (kada se desila duplikacija, kada je došlo do poliploidije)
Paranomi su kolekcije dupliranih gena.

Starost do dulikacije se određuje tako što se:
- Uporede sekvence dva paralogna gena - gledamo sinonimne mutacije
- Tražimo sinonimne nukleotidne zamene (sinonimne zamene nemaju fenotipski efekat - nema promene u
AK sastavu proteinskog produkta i njegove funkcionalnosti), jer brzina neutralnih supstitucija zavisi od stope
mutacije. Sinonimne mutacije ne vidi selekcija i ne može da ubrza neke od tih zamena ili eliminaciju,
tako da brzina zamene neutralnih nukleotida zavisi samo od stope mutacija.
Kada Procenimo koliko se dva paralogna nukleotidna niza razlikuju u sinonimnim mutacijama.
Znamo da je prosečna stopa tih sinonimnih zamena po nukleotidnom mestu od 10-8 do 10-9.
Na osnovu ta dva podatka možemo da odredimo vreme:

Proporcija sinonimnih mutacija kroz 2X stopa mutacija (jer pratimo dva nukleotidna niza) p
dobija se vreme.
Kako određujemo da li je gen sam dupliran ili je kopija gena nastala nakon poliploidije.
- Važno je da odredimo kada se desila duplikacija
- Ukoliko se desila davno i ukoliko u udaljenim filogenetskim grupama postoje vrlo konzervisane familije gena to znači da
je došlo do duplikacije čitavih genoma.
Znači, ukoliko su konzervisane čitave multigenske familije u udaljenim grupama, veća je verovatnoća da je do
te duplikacije došlo tako što se umnožio čitav genom nego da su se u nezavisnim evolucionim linijama
nakupljale iste kopije.
Ovako se zaključuje da li je bio dupliran samo gen ili su multigenske familije nastale duplikacijom čitavih genoma.
4

SKRIPTA, Pri
ović 2015
Poliploid
dija
Biljjke imaju vveću šansu u poliploidn

ne specijacijje. Kod billjaka je češšća i nove poliploidijee se
uočavaju (ttipa milion godina, tj. blisko
b vrem
me kada su nnastale dve nove
n vrste)..
Kood životinjaa koje imaju u diferenciraane polne hromozome
h je jako retka, ali i kod
d životinja ima
i
mnogo vrssta koje nem maju diferen ncirane polnne hromozo ome (među vodozemciima, gmizav vcima, ribaama,
insektima) kod kojih iima novijih poliploidijaa i mogućnoosti poliploiidne specijaacije.
Svaaka evoluciona linija eukariota i biljaka i žiivotinja dan

nas (genomii tih evolucionih linija)) su
proistekli iz
i bar jedne, dve ili tri runde
r poliploidije.
To su veoma stare polip ploidije (drrevne) koje su tokom vremena mmodifikovan ne na razliičite
načine, ali postoje njihhovi tragovii.
Rannije je mog glo da dođee do intenzzivnih polipploidija jer je regulaciija genomaa bila značaajno
manje rigiddna, polni hromozomi
h su u mnog gim evoluciionim linijaama mlado otkriće (pollni hromozoomi
kod sisara 200 milionaa godina, štto je jako malo).
m
Polliploidije nastaju
n u gametogene
g ezi kad morraju da se razdvoje
r hrromozomi da
d bi se do
obili
haploidni gameti.
g Akoo ne dođe do
d razdvajan nja dobiće sse diploidnii broj hromoozoma u gaametu. Kadaa se
spoje dva diploidna
d gaameta dobija se tetraploid.
- Autopoliplo
A oidija - u procesu
p gam
metogenezee ne dođe do
d razdvajaanja hromo
ozoma i dobbiju
diploidni gameti.
g Spaajanjem dvva gameta sa diploidn
nim setom hromozomma (od iste vrste) nastaje
tetraploid.
- Aloploidija
A - nastaje hiibrid ukrštaanjem dve različite
r vrste, diploid jje i ima gen
nome i jednne i
druge vrstte. Ukolikoo u gameto ogenezi tog g hibrida ne
n dođe do razdvajanjja hromozo oma dobijaa se
diploidni gamet
g koji ssadrži genom me dve različite vrste. Ukrštanjemm sa istim ttakvim hibriidom dobijaa se
hibrid alottetraploid, tj.
t tetraploiddna populaccija od koje može da naastane novaa vrsta.
Aloopoliploidijja je češća jer je nerazzdvajanje hrromozoma u gametogenezi hibrid da do 50x čeešće

nego u ok kviru svake od ovih vrrsta. (50x je veća verovattnoća da se hromozomi
h u gametogenezzi neće razdv
vojiti
o gameti iz dvee različite vrstte).
ukoliko su to
Bezz obzira na rep
produktivne izzolacije do ukrrštanja vrsta ddolazi, ne često
o i ne između svih vrsta, alii dolazi.
Polliploidije su
u mutacije, najčešće su
u štetne i obbaraju adap
ptivnu vrednnost, i pitan
nje da li ćee taj
genom opssatati.
Ipaak, često se dešavalo da
d poliploiddni organizmmi opstanu u i oni su izvor
i važniih evolucio onih
novina i nastanka veelikog brojaa novih tak
ksona.
Takko dobijen oorganizam ima

i duple seetove hrom mozoma, umesto 2 homoolga on imaa 4.
Tajj tetraploid neće zauveek ostati teetraploid, jeer će tokomm evolucije (milioni go
odina) doćii do
rearanžman na između ta dva setta hromozo oma: neki pojedinačnii hromozom mi će se gubiti,
g nekii će
fuzionisati sa drugim hhromozomiima, neki geeni će se gu ubiti, neki op
pstajati.
5

I od Tetraploida dobija se Diploid čiji je genom zasnovan na nekadašnjoj poliploidiji.
Poliploidija je češća kod biljaka:

- Zato što biljke nemaju polne hromozome koji su velika barijera za poliploidiju.
- Razviće biljaka i životinja se razlikuje.(pod razvićem podrazumevamo sve moguće interakcije između
gena koje treba da dovedu do postanka određenog fenotipa tj. jedinke)
- Razviće životinja je kao Betovenova simfonija: sve je usklađeno i regulisano.

Veoma je tesna i veoma regulisana interakcija između gena.
- Razviće biljaka je džez improvizacija. Kod biljaka je mnogo manja regulacija tokom
života i rasta, zato one imaju spsosbnosti koje životinje nemaju (da se vegetativno
razmnožavaju, da od jednog organa naprave drugi organ).
Geni u genomu su u različitim interakcijama - velika mreža različitih interakcija gena.

- Kada se duplira čitav genom, duplira se i cela interakcijska mreža.
- Kada se duplira samo jedan gen, dobija se samo duplikat u proizvodu tog jednog gena
(dupliciran je samo genski produkt).
Sudbine gena nakon duplikacije:

1) da bude ugašen (= pseudogen), pseudogenizacija može tokom niza generacija da
rezultira da duplikon bude potpuno eliminasan iz genoma.
2) da postane funkcionalan gen i obavlja istu funkciju kao roditeljski gen, ili da evoluira
nove funkcije.
Kod dupliranja čitave mreže - duplira se i gen i svi ostali geni sa kojim je on u interakciji.
Kod dupliranja pojedinačnog gena - duplira se samo on, ali ne i drugi geni sa kojima je on u
interakciji.
pAko se duplira jedan plejotropni gen (duboko umrežen u regulatornoj (interakcijskoj) mreži, koji je
u interakciji sa velikim brojem gena - plejotropija), a da se ne dupliraju drugi geni sa kojim je on u interakciji,
duplikon najverovatnije neće opstati, jer bitno remeti kompletnu mrežu interakcija.
Duboko umreženi geni imaju veću šansu da opsatnu ako se duplira cela regulatorna mreža.
Duboko umreženi geni su:

- geni za TF-e koji regulišu aktivnost velikog broja drugih gena,
- različiti geni bitni za razviće organizama (HOX geni).
Od njih očekujemo da će imati mnogo veću verovatnoću da opstanu ukoliko je kopirana cela
interakcijaska mreža.
pAko se duplira sam gen, veću šansu da opstanu imaju geni koji su na periferiji mreže, koji
nemaju toliko interakcija. Njihovo umožavanje može da dovede do toga da gen opstane i da čak dobije
novu funkciju, ali to najčešće ne uspeva u novoj mreži.
6

Proučavanja evolucione istorije genoma biljaka (koje i danas češće od životinja doživljavaju
poliplodinu specijaciju), pokazuju da je predački broj hromozoma cvetnica (Angiosperme) bio 7 do 9.
Veličina ćelije je u korelaciji sa brojem hromozoma u jedru te ćelije, na osnovu

veličine ćelije kod fosila može se pretpostaviti broj hromozoma u ćelijama fosila.
U različitim evolucionim linijama biljaka desilo se mnogo poliploidnih događaja.
-70% današnjih cvetnica i 95% mahovina i paprati nastalo poliploidnom

specijacijom, tj. imalo poliploidne događaje u svojoj evolucionoj prošlosti, uglavnom
alopoliploidiju (iz opisanih razloga).
- 2 do 4% savremenih cvetnica u svojoj bližoj evolucionoj prošlosti ima

poliploidnu specijaciju.
Arabidopsis thaliana je vrsta nastala iz poliploidnog događaja, a danas je diploid.
y Iz dupliranih genoma (duplog seta hromozoma) tokom miliona godina evolucije može da nastane
diploidni organizam: rearanžmanima i diferenciranjem hromozoma koji prestaju da budu kopije, postaju
nezavisni hromozomi koji nose sopstvene gene koji su rekombinovali.
y Analiza 7000 multigenskih familija (tj. paranoma) kod Arabidopsisa pokazala je da je bilo
3 runde potpune dulikacije genoma.
Starost tih duplikacija:

1. runde je pre 100 do 168 miliona godina
2. runde 66-109 miliona godina
3. runde 24-40 miliona godina
Genom, koliko god bio umrežen i regulisan, je vrlo osetljiv na stres. Stres dovodi do
nestabilnosti genoma: pokreće ME-e, povećava se i verovatnoća pojave gameta sa dupliranim
hromozomima - poliploidije.
Evolucija je išla u pravcu da održava plastičnost i nestabilnost genoma - smatra se da su

genomi adaptirani da budu plastični i da reaguju na stres.
Genom koji je potpuno rigidan ne može da odreaguje na stres, ne može da kreira novu
varijabilnost, koja bi omogućila opstanak. Rigidni genomi su selektivno eliminasni. (Neurospora krasa
koja još nije eliminisana je rigidan genom).
Načelno: Evolucija plastičnosti (nestabilnosti) genoma je ustvari adaptacija - važan momenat.
7

Prve dve runde poliploidije se vezuju za velike preomen (stersore) u životnoj sredini:
- pre oko 100 miliona godina desio se raspad Pangee, ogromni tekstonski poremećaji.
- porast količine CO2, vulkani.
Ti stresovi su pokrenuli nestabilnost genoma i njegovo dupliranje.
Iz paranoma se vidi da su iz drevnih poliploidija preferencijalno zadržani geni koji su

veoma duboko umreženi u genomu:
- geni za razne TF-e, za transdukciju signala, za razviće biljaka.
- geni za odbranu od abiotičkih stresora (suša, niske T, slanost zemljišta)
Poliploidija može biti selektivno favorizovana: povećanje veličine ćelije je važno za biljke na višim
nadmorskim visinama. Veće ćelije, duže traje deoba tih ćelija, svi njeni procesi su efikasniji na visokim
nadmorskim visinama, na nižoj T p to je selektivno favorizovano.
Poliploidije kod Arabidopsisa su prilično nove poliploidije.
Analizira genoma i paranom mnogo savremenih biljaka, pokazala je da su sve biljke sa

semenom sigurno doživele 2 potpune duplikacije genoma veoma stare:
- pre oko 319 miliona godina

to se dovodi u vezu sa postankom biljaka sa semenom (Spermatophyta) i
(period poslednjeg zajedničkog pretka svih biljaka sa semenom)
- pre oko 192 miliona godina - što je poslednji zajednički predak svih Angiospermi (skriveno
semenica tj. cvetnica).
Nastanci novih taksona vezuju se između ostalog i za događaje poliploidije.
- U različitim evolucionoim linijama (kao i kod Arabidopsisa) desili su se dodatno noviji

poliploidni događaji:
- Vrlo mlade poliploidije: 3. runda kod Arabidopsisa se desila pre 40 miliona godina.
- Soja ima mladih poliploidija (pre 50 miliona godina) i geni unutar poilploidija još uvek
evoluiraju. Ti duplirani geni su aktivni u različitim tkivima i kod srodnih vrsta soje
postoje razlike, isti geni su aktivni u različitim tkivima tokom razvića.
Ne zna se koji će geni opstati, a koji će nestati, mi smo uhvatili događaj u ovom
aktuelnom trenutku i vidimo da se stvari menjaju.
8

Kod svih grupa životinja postoje drevne poliploidije - kod kičmenjaka je to takođe bio slučaj.
Genomi današnjih životinja su zansovani na drevnim poliploidnim događajima - paleopoliploidijama.
Analiza Hox gena (organizovani su u jata) je najbolji dokaz o poliploidijama kod kičmenjaka:
- Cefalohordate (amfioksus) - imaju samo jedno jato.
- Kolouste (kičmenjaci bez vilice) - 2 do 3 jata
- Kičmenjaci sa vilicom (od riba do sisara) - 4 jata.
Kod kičmenjaka sa vilicom (i kod kolousta) je bilo 2 runde duplikacija čitavih genoma:
- u prvoj rundi su od jednog dobijena 2 jata,
- u drugoj rundi od 2 je dobijeno 4 jata.
Pošto ovi duboko umreženi geni postoje u 4 jata znači da je bilo kompletnih duplikacija genoma
u dva navrata. (Kod čoveka (kičmenjaka) postoji 4 jata Hox gena na različitim hromozomima)
Kambrijska eksplozija je period od pre 550 do 520 miliona godina, vezuje se za naglu pojavu
velikog broja višećelijskih taksona, koje od tad nalazimo u fosilnim nalazima. Za kratko vreme od
nekoliko 10tina miliona godina nastao je veliki broj svih savremenih višećelijskih filuma.
U prekambriji nisu bili čvrsti delovi, dimenzije su bile manje pa je fosilizacija mala i retki su fosili.
Uzrok Kambrijskoj eksploziji tj. adaptivnoj radijaciji višećelijske organizacije je povećanje

koncentracije kiseonika, što je dovelo do velikog povećanja diverziteta višećelijskih organizama.
Runde duplikacije čitavih genoma u evolucionoj liniji kičmenjaka (po proceni starosti paranoma):
pPrva runda se desila pre više od 600 miliona godina - u prekambrijskoj eri.
Foslini nalaz za kog se smatra da je predak svih kičmenjaka je fragilni mali organizam je Pikaija.
Nju nalazimo u kambrijskoj eksploziji.
pDruga runda - pre 550 do 520 miliona godinau vreme Kambrijske eksplozije (veliko
povećanje kocnentacije kiseonika, stres za organizme izazvao poliploidne događaje)
Stres pokreće ME-e u organizmu, odbrana genoma od ME tada opada i svi drugi parametri koji se tiču dinamike genoma
tada padaju i genom počinje nestabilno da se ponaša, a jedna od posledica te nestabilnosti genoma jeste i poliploidija.
To dve osnovne poliploidije leže u osnovi genoma današnjih kičmenjaka.
Kolouste su naknadno gubile velike delove genoma, i zato imaju 4 jata već 2 do 3 jata.
pKod Košljoriba se desila i treća runda duplikacija pre 350 do 236 miliona godina.
To se poklapa sa masovnim izumiranjem između Perma i Trijasa pre oko 250 miliona godina.
Kod košljoriba postoji veliki broj taksona koji su nastali poliploidnom specijacijom.
9

Poliploidija je reakcija genoma koji je osetljiv (plastičan) na drastične promene životne sredine.
Heteroza (=duplirane regulatorne mreže) povećava verovatnoću opstanka u ekstremnim

uslovima (širi se ekološka valenca u odnosu na predački takson) - pa tu poliploidiju podržava selekcija.
Zato poliploidni taksoni imaju veću invazivnost u nova staništa tj. u nove uslove (što je potvrda
da poliploidija može da poveća verovatnoću inicijalnog opstanka te grupe u novim sredinskim
uslovima).
Velika Heteroza (heterozigotnost) - usled dupliranja garnitura gena postoji velika verovatnoća da na
velikom broju tih gena postoji heterozigotnost koja podrazumeva veću varijabilnost u ekspresiji različitih gena,
što za posledicu može imati bržu adaptaciju na nove uslove. To omogućava organizmima da nasele i životne
sredine u kojima do tada nisu mogli da žive.
Savremene poliploidne vrste su jako invazivne, mogu da naseljavaju brojna staništa koja njihovi
diploidni rođaci ne mogu. Mnogo su tolerantniji na ekstremne prilike. Knjiga
Nastala poliploidna populacija može da se raširi po različitim staništima, da kolonizuje nova

staništa. Uslediće adaptacija manjih populacija na svako od tih specifičnih staništa (na različite uslove).
Tu postoji veliki potencijal za nastanak novih taksona, jer svaka od tih grupa se adaptira na
posebne sredinske uslove, a ima duplirane nestabilne genome.
Očekujemo: intenzivan nastanak novih vrsta (= adaptivna radijacija).
Poliploidije su indukovale adaptivnu radijaciju - to objašnjava model Recipročnog gubitka gena:
Model Recipročnog gubitka gena - evolucione priče tih populacija (koje su veoma
heterozigotne, nestabilnih genoma) koje su naselile nove životne uslove, će se bitno razlikovati: neki
geni će se gubiti u jednoj populaciji, a neće u drugoj. Dolazi do recipročnog gubitka gena u
različitim populacijama.
Kontekst životne sredine i interkacija između gena dovešće do toga

da različiti geni u te dve populacije budu izgubljeni.
Posledica recipročnog gubitka gena je genetička inkompatibilnost te dve populacije, a

samim tim i reproduktivna izolacija: u početku postzigotna izolacija jer hibridi iz te dve populacije
sa različitim genomima ne mogu da opstanu (invijabilni su, ili su sterilni) i to je početak procesa
specijacije.
Ako posle izvesnog vremena dođe do pokušaja stvaranja hibrida između jedinke različite populacije,
dobijeni hibrid je često genetički inkompatibilan: ili je sterilan, ili u gametogenezi ne može da napravi vijabilne
gamete, ili slabo vijabilan ili nije vijabilan (ne može da opstane jer nema parnjake gene usaglašene u regulaciji
svoje ekspresije).
Model Recipročnog gubitka gena objašnjava povezanost poliploidije sa intenzivnom adaptivnom

radijacijom.
10

Kako duplirani genomi izlaze na kraj sa nestabilnošću i sa novim sredinskim uslovima?
- Prve promene nakon ploidije su Epigenetičke (nisu genetičke jer one podrazumevaju određeno
evoluciono vreme).
Epigenetički mehanizmi regulišu ekspresiju, neke gene utišavaju, neke ekprimiraju.
Nestabilni (duplirani) genom, u novim uslovima, prvo pokuša reguliše ekspresiju, tako da taj
organizam uopšte može da opstane u novoj sredini.
Potvrda da su prve promene epigenetičke su eksperimenti sa novim hibridnim vrstama, npr. dve
vrste Arabidopsisa u ekperimentu lako da prave hibridnu vrstu - Arabidopsis suecika. Tu se pokazalo:
- Hibridi su značajno veće mase
- Prvo se promenio se epigenom (tj. šta jeste, a šta nije eksprimirano) kod hibridne vrste koja je
poliploidna:
-Utišani su geni za cirkadijalni ritam
Cirkadijalni ritam prati smenu dana i noći, reguliše ekpresiju gena tokom
dana i noći.
Biljke gase gene za fiksiranje CO2 tokom noći, jer tokom noći nema
svetlosti za fotosintezu.
Kod ovog hibrida ugašeni su geni za cirkadijalni ritam koji će da ugase
gene za apsorpciju CO2, tako da i tokom noći dolazi do fiksacije CO2. I tu se
vidi da se odmah nakon poliploidije menja epigenetička kontrola gena.
Taj duplirani aloploidni genom se nađe u konfliktu, i ovo je pokušaj da se to reguliše, i on usled toga postaje veći,
što mu verovatno omogućava da prevaziđe neke druge genomske probleme.
Poliplodija je praćena adaptivnom radijacijom - poliploidne grupe u kojima su događaju

poliploidije bili češći imaju više vrsta.
- Košljoribe (koje su više nego drugi kičmenjaci prolazili kroz runde poliploidije tokom svoje
evolucije) spadaju u najbrojnije vrste kičmenjaka, preko 20.000 vrsta.
- Trave (preko 10.000 vrsta) - nastanak trava se vezuje sa poliploidiju pre 50 -70 miliona
godina, znači nastanak i onda je usledila adaptivna radijacija vrsta trava.
- Legumionze - preko 19.000 vrsta (nastanak ove grupe biljaka se dovodi u vezu sa
poliploidijom pre intenzivne adaptivne radijacije).
Ovo ide u prilog tezi da su genomi adaptirani da budu plastični i nestabilni (da je njihova
plastičnost i nestabilnost jedan vid adaptacije genoma).
Rigidni genomi u stresnim uslovima bi bili eliminsani, opstaju oni koji su manje rigidni (koji su
plastični) bez obzira što je to najčešće loše za pojedinačne jedinke.
11

Adaptivna radijacija je nastanak ogromnog taksona (vrsta) za kratko evoluciono vreme.
Poliploidije su indukovale adaptivnu radijaciju, jer poliploidni organizam podrazumeva sledeće:
- njegova mreža regulacije je mnogo labavija i manje regulisana nego kod ustaljenog genoma koji je
evolucija doterala. Sve je duplirano i nestabilno i velike promene se mogu tu očekivati.
-Velika Heteroza. (Heteroza je heterozigotnost). Usled dupliranja garnitura gena postoji i velika
verovatnoća da na velikom broju tih gena postoji heterozigotnost. Heterozigotnost podrazumeva mnogo
veći potencijal za ekspresiju različitih gena. To omogućava organizmima da nasele i životne sredine u
kojima do tada nisu mogli da žive.
Savremene poliploidne vrste su jako invazivne, mogu da naseljavaju brojna staništa koja njihovi
diploidni rođaci ne mogu. Mnogo su tolerantniji na ekstremne prilike.
Kada nastane poliploidna populacija može da se raširi po novim staništima i uslediće adaptacija na
svako od tih specifičnih staništa. Tad postoji i veliki potencijal za nastanak novih taksona, jer svaka od tih
grupa se adaptira na posebne sredinske uslove.
O tome govori model Recipročnog gubitka gena - evolucione priče svih tih populacija (koje su
veoma heterozigotne) koje su naselile nove životne uslove, će se bitno razlikovati:
- Neki geni će se gubiti u jednoj populaciji, a neće u drugoj.
- Neki geni će dobiti neke funkcije je u jednoj populaciji, a drugačije funkcije u drugoj populaciji.
Dolazi do recipročnog gubitka gena u različitim populacijama.
Ukoliko posle izvesnog vremena dođe do pokušaja stvaranja hibrida između jedinke iz jedne i druge
populacije, često desi da dobijeni hibridi budu genetički inkompatibilni (hibrid je ili sterilan, ili u
gametogenezi ne može da napravi vijabilne gamete, ili je veoma slabo vijabilan ili uopšte nije vijabilan i ne
može da opstane jer nema parnjake gene koji su usaglašeni u regulaciji svoje ekspresije).
Model Recpročnog gubitka gena objašnjava povezanost poliploidije sa intenzivnom

adaptivnom radijacijom.
Prve promene (prve fenotipske razlike) kod poliploida su Epigenetičke (nisu genetičke jer one
podrazumevaju određeno evoluciono vreme).
Epigenetičke:
- Pre svega se desilo dupliranje gena,
- Taj duplirani genom treba neke gene da ugasi u svojoj ekspresiji, a neke da upali p uspostavlja
potpuno drugačiju regulaciju. Kada pričamo regulaciji gena - pričamo o epigenetičkim promenama. Dakle
prve promene za početak jesu epigenetičke.
Poliploidne grupa organizama (taksoni koji imaju priličan potencijal za poliploidiju tj. za pojavu
poliploidnih genoma) i broj vrsta u tim grupama:
yKošljoribe koje su više nego drugi kičmenjaci prolazili kroz runde poliploidije imaju preko 20.000 vrsta.
yTrave (poaceae) imaju preko 10.000 vrsta a nastale su tek pre 70 do 50 miliona godina što je vrlo skoro
"juče" u evloucionom vremenu.
yLeguminoze imaju preko 19.000 vrsta i tu se pokazalo da je zapravo pre intenzivne adaptivne radijacije
bilo tih starih poliploidija.
12

Duplikacije pojedinačnih gena
Pojedinačni duplirani geni nastaju nejednakim krosing-overom.

Nejednaki krosing-over (homologi hromozomi se pogrešno spoje - pomereni za određeni region)
dovodi do toga da se dobiju genomi koji imaju umnožene neke delove u kojim mogu da se nalaze čitavi
geni i samim tim se dobije duplirana kopija gena.
Osnovni način nastanka pojedinačno dupliranih gena (gena duplikata) je nejednaki krosing over.
U krosing-overu se sparuju homologi hromozomi i dolazi do rekombinacije.
Kod nejednakog krosing-overa dolazi do ilegitimnog sparivanja (hromozomi su pomereni) i do krosing-
overa dolazi na mestima na kojima ne bi trebalo da dođe.
Rezultat toga je duplikacija tih regiona u nekim genomima gde je došlo do krosing overa, a u drugim
genomima je delecija.
Procenjena stopa nastanka novih kopija gena 0.001 do 0.017 po genu na milion godina. (znači,
toliko gena nastaje na milion godina)
Posledice nejednakog krosing-overa:

Nejednakim krosing-overom je dobijen hromozom sa dupliranim regionom
1) - Postojanje hromozoma sa dupliranim regionom povećava šansu za novi nejednaki

krosing-over tj. za nove duplikacije.
Veća je šansa za novi krosing-over jer što je više kopija veća je šansa da će se ti
hromozomi ponovo pogrešno spojiti jer se prepoznaju homologi nizovi, a ima više
homologih nizova.
Na osnovu jednog krosing-overa i posledičnog povećanja verovatnoće za novi krosing-over

može da se dobije veliki broj kopija gena.
2) - Druga posledica je homogenizacija članova multigenske familije - povećanje sličnosti između

kopija i usporavanje njihove divergencije usled učestalog krosing-overa = koincidentna evolucija.
Ukoliko genom ima 2, 3 ili 4 kopije, u nekoj od tih kopija se desi mutacija. Treba da se desi
rekombinacija sa drugim genomom koji takođe ima te kopije i različite mutacije u tim kopijama. Kada dođe do
rekombinovanja između njih - dolazi do homogenizovanja (mešanja) tih kopija. Što se više te kopije mešaju, u
različitim genomima je njihova sličnost je sve veća.
Koincidenta evolucija je tendencija članova multigenske familije da evoluiraju na sličan način.
Posledica nejednakog krosing-overa je dobijanje (identičnih) duplikata gena, ti geni bi predstavljali multigenske
familije (= paralogni geni koji su nastali kopiranjem jednog predačkog gena na ovaj način).
13

Koincidentna evolucija
1. ⌦Jedan od mehanizama koji dovodi do te homogenizacije je proces nejednakog krosing-overa.

Kada se dešava dobijanje novih kopija, dobija se veliki broj identičnih članova multigenske familije.
Tako da je nejednaki krosing-over jedan od mehanizama u tzv. koincidentnoj evoluciji.
2. ⌦Konverzija gena (ili genska konverzija) je drugi mehanizam u koincidentnoj evoluciji koji ne
dozvoljava da geni unutar multigenske familije evoluiraju zasebno p dovodi do homogenizacije
članova multigenske familije.
Konverzija gena je jednosmerni transfer jednog DNK niza na drugi DNK niz. Sekvenca koja
će biti prepisana na drugi DNK niz je donorska, a druga je primajuća.
Intralokusna konverzija gena (intraalelska) - Konverzija gena se najčešće odvija tokom

rekombinacije i reparacije pogrešno vezanih baza (DNA mismatch repair). U procesu rekombinacije, nastali
heterodupleks može sadržati jednu ili više pogrešno vezanih baza. Mehanizmi reparacije popravljaju
pogrešno sparene baze, pri čemu kao matricu za popravku mogu koristiti lanac sa drugog DNK molekula
što dovodi do zamene jedne sekvence drugom (slika) -
a) Šematski prikaz razmenjenih delova u heterodupleksu.

b) Genska konverzija - niz e koristi se kao matrica za reparaciju pogrešno vezanih baza (e' je niz
suprotnog pravca)
Posledica je odsupanje od očekivanih mendelovskih proporcija u potomstvu.
c) Popravka bez genske konverzije: obe DNK koriste svoje sekvence kao matricu za popravku
pogrešno vezanih baza,
Interlokusna genska konverzija (između lokusa na istom ili

različitim hromozomima) - odvija se u multigenskim familijama (kopijama
gena) koje su dovoljno međusobno slične (npr. paralogni nizovi).
Pogrešno sparivanje sličnih nizova tokom krosing-overa, ugradi se pogrešna baza.

Popravka jednog niza može da se dešava na osnovu drugog niza - na osnovu jednog niza se popravljaju
drugi paralogni geni i to je interlokusna genska konverzija. Neproporcionalno se širi donorski.
Posledica je da će različiti geni u multigenskoj famliji da liče međusobno.
Genska konverzija će se dešavati sve dok su geni u multigenskim familijama dovoljno slični.
14

U koincidentnoj evoluciji mehanizmi koji onemogućavaju veliku divergenciju između nizova sve dok su ti nizovi
dovoljno slični su: nejednaki krosing over (nelegitmna rekombinacija) i genska konverzija koji funkcionišu u
homogenizaciji multigenskih familija sve dok su ti nizovi dovoljno slični, jer oba podrazumevaju homologno sparivanje
različitih lanaca na različitim molekulima genoma.
Jednaka je verovatnoća za bilo koji sekvencu da bude donorska, i za bilo koju drugu sekvencu
da bude primajuća sekvenca tog donorskog niza. Međutim, često dođe do Molekulskog vođenja
(Molecular drive).
Molekulsko vođenje je neproporcionalno učešće jedne sekvence kao donorske. Očekivali bi

smo da svaka sekvence ima jednaku šansu, ali se desi da jedna sekvenca dominira kao donirajuća
sekvenca u genskoj konverziji. To se dešava pukom slučajnošću (po ugledu na genetički drift ovo se
zove genomski drift).
Pukom slučajnošću jedna sekvenca može više da posluži kao donorska, a što je češća ta
sekvenca povećava se šansa da će upravo ona ponovo biti donorska.
Posledica po multigensku familiju je homogenizacija članova multigenske familije, koji liče

jedni na druge i tokom evolucije se održava njihova velika sličnost. I to se dešava sve dok su oni
dovoljno slični.
To ne znači da ne može da dođe do divergencije članova multigenske familije. Ovo jesu procesi
homogenizacije, ali ne znači da su svemogući i da će držati svaku sekvencu jednoj multigenskoj
familiji identičnom.
Danas u genomima postoji veliki broj multigenskih familija, veliki broj gena je smešten u
multigenskoj familiji.
15

Da li selek
kcija ima ullogu u održžavanju kopija gena koji
k su nasttali na ovajj način?
Evolucija paralognih
h kopija
⌦ Posstoje velike multigenskke familije (familije

( genna) u kojim
m su geni ideentični (gen
nske familijee za
histone, tR
RNK, rRNK K).
Tu je veliki seelektivni prritisak da te
t kopije geena budu identične (sselekcija fa avorizuje da a te
kopije ostanu identiččne). Svakaa promena i odstupanjee jedne od tih t kopija nne može da opstane i bivab
eliminisanaa - tu selek
kcija favorizuje akum mulaciju muutacija koje će ugasiti taj gen. Ugašeni
U genn je
pseudogen n. Otuda muultigenske faamilije kod ljudi sadržee 30% pseuddogena.
kle, selekcijja favorizuje svaku mu

Dak utaciju koja će neku "po
ogrešnu koppiju" da ugaasi.
nske familijje kod kojih

Gen h je važno da
d svaki člann ima identiičnu sekvenncu, npr.
- Gensk ke familije za histone.
Da histon mutiraa to bi bio veeliki problem m za organiizaciju DNK K u jedru.
- tRNKK - važno je da nemutirraju
- rRNKK - zbog svo oje vrlo važn ne f-je, važnno je da su sve kopije oovog gena identične
i i da
d
svaki transkript bude
b identiččan.
Sellekcija će ffavorizovatii postojanjee ogromnog g broja kop

pija ovih ggena - ako je organizzmu
potrebna ogromna
o kooličina neko
og produktaa, poželjno je postojannje velikogg broja kopija sa kojih
h se
transkripcij
ijom dobija ono što je potrebno
p u velikoj
v količčini.
Povvećanje kolličine produukata na osnovu dupllikacije gen na je evolu uciono starri način daa se
obezbedi dovoljna
d kooličina prod
dukta. Evolluciono nov vi način jee regulacijaa (specijalizzovana ćelijja u
kojoj se jed
dna kopija nnekog inten
nzovno transskribuje).
oluciono staari način je i dalje jako

Evo o važan - hhistoni, tRN NK, rRNK im maju ključn ne f-je poseb
bno
u razviću kada
k je potrrebna velik
ka količina produkta,
p jeer su ćelijskke deobe jaako intenziv vne p i sammim
tim selekciija će favoriizovati zadrržavanje tih
h kopija, ali moraju bitii identične (Čovek ima 50 do 70 koopija
gena za rRN
NK na bar 5 hromozoma,
h , znači multiggenske famillije koje imajju identične sekvence).
⌦ Sellekcija moože da fav vorizuje u nekim sslučajevima a i

divergenciiju gena u okviru
o mulltigenske fa amilije.
Jed
dan gen u okviru mu ultigenske familije mutira
m (muttira
njegova ciis regulatorrn sekvencaa) na način n da se sad d eksprimiraa u
drugo vrem me, u drugo om tkivu. Ukoliko
U je to povoljno selekcija će
favorizovaati tu mutacciju i pokreenuće se div vergencija gena
g u okvviru
multigensk kih familija..
Primmer su globbinske famiilije gena. Postoji
P velikka globinskaa super fam
milija koja se razdvojilaa na
dve familijje alfa i betaa familije gena
g za alfa i beta globiin. Tu su ko
opije značajjno divergirrale (kod sissara
postoji fetaalni hemogllobin, kasnijje tokom raazvića pale sse drugi gen ni).
16

Te multigenske familije imaju nešto različite sekvence, ista je funkcija, samo je različito vreme.
Ukoliko neka kopija gena u multigenskoj familiji previše odluta pa remeti f-ju, tada će biti
favorizovano njeno gašenje i pseudogenizacija.
⌦ Selekcija za neke gene može da favorizuje njihovo kopiranje i formiranje multigenskih

familija sa što većim brojem kopija.
Analiza 10000 familija gena kod sisara pokazala je da 1,6% tih familija imaju veću promenu u
broju članova nego što se to očekuje da je proces potpuno slučajan.
Selekcija favorizuje povećavanje broja članova i to su različiti geni: imunsku odgovori,
transkripcija, translacija, razviće neurona tj. mozga, međućelijska komunikacija itd.
Povećanje broja članova u multigenskim familijama (i povećanja broja multigenskih familija) je

korelisano sa brojem ćelijskih tipova tj. sa morfološkom složenošću. Što je organizam morfološki
složeniji imaće više multigenskih familija sa više članova unutar multigenskih familija.
17

Nastanak novih (funkcija) gena
Kako bez dulikacija gen može da se menja tako da dobije neke nove f-je?
yy Jedan ortologni gen (predački gen) u dve evolucione linije evoluira (dva ortologna gena vode
poreklo od jedne predačke kopije).
U tim različitim evolucionim linijama oni mogu da se menjaju na različite načine, da stiču različite mutacije.
Evoluciona promena jednog gena u jednoj evolucionoj liniji se može razlikovati od evolucione
promene tog istog gena u drugoj evolucionoj liniji - ima mnogo slučajeva gde jedan isti ortologni
gen u dve evolucione linije obavlja drugačije funkcije (promena f-je).
(geni evoluiraju, menjaju se na različite načine, učestvuju u procesima adaptacije, upadaju u

različite ćelijske kontekste i samim tim obavljaju nešto drugačiju funkciju)
Kako gen može da dobije još neke funkcije pored one koje originalno ima?
yy Genetička piraterija je vrbovanje gena da radi i neke druge stvari - DNK niz može da
kooptira neke nove funkcije, i to na sledeći način:
- gen ima svoj CIS regulator (npr. pojačavač)

- ako mutira pojačavač, on (pojačavač) može da poveća afinitet za neki drugi TF.
To znači da u nekoj drugoj ćeliji (tkivu) u kojoj se eksprimira taj TF, on može da
aktivira taj gen i ubaci ga u novi ćelijski kontekst gde do tada taj gen nije bio aktivan.
To je mogućnost da ta j gen (produkt tog gena) u novom kontekstu hemije te ćelije gde se i drugi geni
eksprimiraju, u interakciji sa tim drugim genima može vremenom da dobije potpuno novu funkciju.
Genetička piraterija je angažovanje istog gena (nastalog za jednu funkciju) u novom genetičkom kontekstu, u
ćelijama u kojim do tada nije bio aktivan, za neku novu funkciju.
Tu moramo da uzmemo u obzir i mogućnost da jedan AK niz može da napravi različite 3D

konformacije. Ako napravi različite 3D konformacije, onda može da radi različite stvari u različitim ćelijama, u
interakciji sa drugim proteinima koji se nalaze u tim ćelijama.
Dogma s početka molekularne biologije: "1 gen - 1 protein - 1 funkcija" je danas odbačena.
Što je organizam složeniji njegov gen (protein) ima više funkcija. 1 gen čoveka ima
prosečno 2 do 3 funkcije (radi različite stvari u različitim tkivima, ćelijskim kontekstima) - i to je
Funkcionalna plejotropija. Primer:
18

yKristalini kod svih kičmenjaka je to jedan gen - isti produkt, kada se eksprimira
(translatira i nastane polipeptid):
- u sočivu oka, ponaša se kao strukturni gen sočiva oka.
- u drugim tkivima (npr. jetri) to je klasičan enzim, ima potpuno drugu ulogu i
konformaciju.
Kristalini koji imaju i strukturne i enzimske uloge i nalaze se kod svih kičmenjaka.
Strukturni proteini sočiva oka i enzimi u drugim tkivima.
y BMP familija gena kičmenjaka, multigenska familija sa mnogo gena.
BMP4 ima mnogo funkcija, reguliše: apoptozu, razviće kostiju, CNS-a, zubne gleđi.
Putem genetičke piraterije je angažovan da radi mnogo toga.
BMP2 kod ptica, uz sve ovo što radi kod ostalih kičmenjaka, ovde u interakciji sa još
jednim genom (tj. njegovim produktom) dovodi do razvića pera.
(BMP2 se aktivirao u epidermisu i u interakciji sa drugim genom će dovesti do razvića pera).
Pero je inovacija koja se pojavila zbog genetičke piraterije.
Može se reći da su ogromna većina savreminih gena generalisti, vrlo malo gena su
specijalisti (uključeni u samo jednu funkciju).
Priča "1 gen - jedna osobina" je odbačena.
19

Nastanak novih gena podrazumeva: 2014
- novi gen duplikat koji može zadobiti nove funkcije, kao i
- jedan gen koji menja svoju funkciju.
⌦ Gen može da menja svoju funkciju bez duplikacija:
p Jedan predački gen u dve evolucione linije koje divergiraju, to su ortologni geni (geni u
različitim evolucinoim linijama, a potiču od istog predačkog gena).
p U tim različitim evolucionim linijama oni mogu da se menjaju na različite načine: da stiču
različite mutacije, da učestvuju u različitim procesima adaptacije.
Tako geni menjaju svoju funkciju, da stiču nove funkcije.
Još jedan jako važan način sticanja novih funkcija je genetička piraterija. Što je organizam složeniji to
njegov gen ima više funkcija. Prosečan ljudski gen ima 2 do 3 različite funkcije. Što su organizmi jednostavniji
njihovi geni imaju manje funkcija.
⌦ Genetička piraterija znači da gen počinje da biva kooptiran za različite funkcije:

p Geni imaju svoje regulatorne elemente (Cis regulator, npr. pojačavač).
p Ako dođe do mutacija u nekim regulatornim elementima oni mogu da postanu osetljivi na neke druge
TF-e na koje do tada nisu bili osetljivi (i sad mogu da budu aktivirani ili inaktivirani tim TF-ima)
p To znači da taj gen u nekom drugom tkivu u kome do tada nije bio aktivan zbog mutacije u
regulatornom elementu postaje aktivan jer ga TF-i sada tu aktiviraju. (kooptiran = preuzet).
Genetička piraterija znači angažovanje istog gena (koji je nastao za jednu funkciju) u potpuno novom
genetičkom kontekstu, u novim ćelijama u kojim do tada nije bio aktivan.
To je česta situacija o kojoj govori činjanica da što je organizam složeniji to je gen angožavan u više
različitih funkcija - i to je funkcionalna plejotropija.
y Primer su kristalini kod svih kičmenjaka: to je jedan isti gen koji obavlja dve potpuno različite
funkcije: može da bude strukturni protein u očnom sočivu i da radi različite enzimske funkcije u drugim tkivima
(jedan isti proteinski produkt obavlja potpuno različite funkcije).
To je zato što se na osnovu iste aminokiselinske sekvence u proteinu mogu dobiti različite 3D
konformacije, a samim tim i različite funkcije tih proteina u ćelijama u kojim u interakciji sa nekom drugim
proteinima.
y BMP familija kod kičmenjaka, to je multigenska familja, mnogo gena.

BMP4 je kod kičmenjaka zadužen za: apoptozu, razviće skeleta, razviće dorzalnog centralnog nervnog sistema.
Ovaj gen ima više funkcija, jedan gen je genetičkom piraterijom angažovan da radi mnogo toga.
BMP2 kod ptica učestvuje u razviću pera. Dakle to kooptiranje gena, "prevara gena da radi još dodatne poslove"
je uobičajena stvar u evoluciji.
Priča jedan gen - jedana osobina više ne pije vodu. Dakle, geni su generalisti, nisu specijalisti. Veoma
mali broj gena radi samo jednu stvar.
20

Nastanak novih funkcija gana kada postoji duplikacija gena
Kada se duplira gen, u startu su roditeljski gen i njegova kopija identični. Kako će nova kopija
da dobije drugačiju f-ju. Modeli Nastanka novih gena prilikom dulikacije:
1. Gen se duplira (ovde se podrazumeva da je

duplikacja neutralan događaj)
2. U kopiji gena se akumuliraju mutacije koje

selekcija ne prepoznaje (mutacije su neutralne)
3. Akumulirane mutacije mogu pod određenim

okolnostima (npr. promena životne sredine, ili
unutrašnje sredine ćelijskog konteksta) mogu da se
pokažu povoljnim i da dovedu do toga da gen bude
uključen u neku f-ju i tada selekcija počinje da ga
prepoznaje i deluje na njega preko f-je koju je dobio.
Klasični model polazi od stare paradigme "1 gen - 1 protein - 1 funkcija" tj. gen je specijalista
za jednu f- ju.
p Gen A (roditeljski) se duplira i nastane Gen B (kopija)

Gen A nastavlja da funkcioniše kao i pre duplikacije.
p Gen B akumulira različite mutacije bez nadzora selekcije (mutacioni događaji uzrokuju da se dobiju
različite varijante Gena B)
U nekom trenutku te mutacije (taj polimorfizam na genu B) u nekim novim okolnostima (npr. u
novoj životnoj sredini ili se promenio ćelijski kontekst neki drugi gen je mutirao i izmenio hemiju
ćelije) mogu se pokazati povoljnim - da gen bude uključen u neku novu f-ju, dobio je neku novu f-ju.
p Selekcija tada počinje da prepoznaje na taj gen i deluje na njega preko njegove funkcije.
U tom slučaju selekcija će favorizovati određenu varijantu novog gena koji je najbolje radi tu f-ju.
U početku se akumuliraju neutralne mutacije koje selekcija ne vidi, a kada to postane značajno, selekcija
će favorizovati neku od mutacija koja najbolje radi tu novu funkciju.
Klasični model je odbačen, jer:
- Duplikacija gena nije neutralan događaj: u genomu su prisutni duplirani geni (roditeljski i
kopija) oba se transkribuju i duplira se proizvod koji je u kompeticiji za interakciju sa drugim
proteinima u ćeliji, narušava se regulatorna mreža. (primer: duplikacije pojedinačnih gena)
- Mutacije koje akumuliraju geni nisu neutralne, već su najčešće štetne i dovode do
narušavanja proteina, smanjuju adaptivnu vrednost jedinke. Zato je nemoguće da ih selekcija neće
videti. U ćeliji se nagomilavaju ti nefunkcionalni proteini.
Selekcija će prepoznati i eliminisati mutacije koje smanjuju adaptivnu vrednost.
- Model podrazumeva da su geni specijalisti da obavljaju samo jednu f-ju (1 gen – 1 f-ja) što
znači da su na periferiji regulatorne mreže. Koncepcija geni kao specijalista je danas odbačena.
21

Svi drugi modeli govore da su geni u startu generalisti, da mogu da imaju više f- ja, što je
bliže današnjem znanju da su geni generalisti.
Model "Izbegavanje adaptivnog sukoba"
p Gen je generalista ima više f-ja. Npr. dve funkcije.
p Akumuliraju se mutacije koje poboljšavaju jednu funkciju gena, ali slabe druge fje.
Selekcija bi favorizovala tu mutaciju (alel) kada bi bila samo jedna "dobra" funkcija, ali zbog toga što
lošije funkcioniše u drugoj, to umanjuje adaptivnu vrednost i to je adaptivni sukob dve funkcije gena.
Npr. gen za kristaline: u sočivu oka je strukturni, u nekom drugom tkivu je

enzim. Neka mutacija može da poboljša strukturnu f-ju i selekcija bi to
favorizovala. Ali, ta mutacija pogoršava enzimsku funkciju. To je adaptivni sukob
dve funkcije.
Ni jedna mutacija ne može biti favorizovana, jer su funkcije u koliziji.
p Rešenje je da se gen duplira i da se razdvoje funkcije gena: vremenom jedan gen preuzima jednu
funkciju, a drugi drugu. Selekcija će posebno delovati na ove gene preko njihovih funkcija.
Selekcija će favorizovati u svakom od tih gena mutacije koje su dobre za funkciju koji je preuzeo.
Npr. kod svih kičmenjaka postoji jedan gen za kristaline koji ima strukturnu i
enzimsku funkciju, osim kod kokoške gde je on razdvojen i postoje geni za
kristaline i ASL gen.
Kokoška je rešila problem duplikacijom ovih gena, i sada ima dve fje za dva
gena koji su paralogni geni.
Primer: kristalini - kod kokoške je došlo do razdvajanja fje. Imamo duplikat: jedan funkcioniše kao protein u
očnom sočivu, a drugi funkcioniše kao enzim; ovaj model opisuje situaciju razdvajanja funkcija.
22

Model "Neofunkcionalizacija"
p Desi se duplikacija gena
pRoditeljska kopija nastavlja da obavlja svoju f-ju

Na roditeljskom genu selekcija funkcioniše kao što je i do tada funkcionisala (ta f-ja je favorizovana).
p Druga kopija može da akumulira mutacije koje mogu promeniti fju te kopije. Selekcija od početka
prepoznaje mutacije u toj kopiji.
Direkciona selekcija deluje na tu kopiju u pravcu poboljšanja te nove funkcije, tj. favorizovaće
one mutacije koje poboljšavaju novu funkciju.
Prva kopija zadržava originalnu funkciju. Druga kopija evoluira za novu funkciju,
zahvaljujući tome što su mutacije koje se dešavaju od starta vidljive za selekciju.
Klasični model je podrazumevao da su mutacije neutralne.

Nefunkcionlizacija podrazumeva da svaku mutaciju u kopiji odmah prepoznaje selekcija.
Nefunkcionalizacija je pogodna za gene koji se nalaze na periferiji regulatorne mreže, jer nije
jednostavno da duboko umreženi geni dobiju nove fje.
Primer:
y Geni za terpenske sintetaze kod smrče koji služe za odbranu od patogena i herbivora (smola).
Familija gena za terpenske sintaze (enzime) koja je uključena u modifikaciju sekundarnih

metabolita, nastala je neofunkcionalizacijom (više rundi).
Terpenske sintaze deluju na različite supstrate (sekundarne metabolite) i nastaju

(monoterpenoidi, seskviterpenoidi, diterpenoidi) različiti terpenoidi koji čine terpenoidni
profil svake jedinke smrče.
Terpenske sintaze (enzime) imaju funkciju da prave terpenoidne profile svake jedinke kojim se
ona brani od herbivora i patogena;
Mala promena, 1 ili 2 AK u enzimu, menja specifičnost supstrata na koje taj enzim deluje i
samim tim se pravi novi terpenoid koji učestvuje u formiranju terpenoidnog profila.
Smrče su rasprostranjene jer imaju uspešnu odbranu od napadača.
23

y Neki važni duboko umreženi geni su takođe doživeli neofunkcinalizaciju, npr.:
Svi kičmenjaci imaju jata SCCP gena (proteini koji regulišu vezivanje kalcijuma) koji su
nastali od jednog starog gena metazoa koji je bio važan za formiranje vanćelijskog matriksa.
Postoji dve familje ovih SCCP gena, svaka ima po 20 oko kopija:
- jedni su kiseli SCCP geni - rade osifikaciju kolagenskog matriksa u kostima i dentinu zuba.
- drugi su pqSCCP geni - uključeni su u formiranje zubne gleđi.
Kopiranjem gena za zubnu gleđ su nastali geni koji učestvuju u sintezi kazeina u mleku sisara.
Kazein u mleku je važan za metabolizam kalcijuma kod novorođenčadi.
Geni koji učestvuju u sintezi kazeina su nastali od kopija gena za zubnu gleđ.
To su potpuno nove funkcije proistekle iz kopiranja gena.
Model "Subfunkcionalizacija" sin. Duplikacija-degenracija-komplementacija

Najprihvaćeniji model jer je najjednostavniji model, podrazumeva najmanji broj evolucionih događaja.
p Gen je generalista i duplira se (desi nejednaki krosing-over i dobijemo kopiju)

p Oba gena (i roditeljski i potomačka kopija) mutiraju, akumuliraju mutacije.
-Te mutacije će:
-U roditeljskom genu gasiti jednu funkciju, ali ta mutacija je efektivno neutralna jer njegovu
funkciju nadomešćuje kopirani gen.
-U kopiranom genu je obrnuto - mutacije gase funkciju koja ostaje aktivna kod roditeljskog
gena, i ta je mutacija efektivno neutralna zato što roditeljski gen nadomešćuje tu funkciju.
p (Npr. ako je gen na početku imao 2 funkcije) nakon podele: mutacije gase jednu funkciju u
roditeljskom genu, a u drugoj kopiji gase onu drugu funkciju.
Ove mutacije su efektovno neutralne, jer jedan gen nadomešćuje f-ju drugog, dobijaju se
proteini neophodni za obe funkcije (ćeliji nije bitno da li su ti proteini dospeli sa jedne ili dve kopije
gena, ona dobija ono što joj treba).
- Selekcija će favorizovati specijalizaciju ovih gena za svaku pojedinačnu funkciju.
Ovaj model se smatra najverovatnijim modelom nastanka novih f-ja gena prilikom
duplikacije, zato što zahteva najmanji broj evolucionih događaja.
24

Mutacije su najčešće štetne, ovde je uključena ta činjenica - jedan gen mutira i gubi jednu
funkciju, a drugi drugu, ali pošto imamo dva gena u kojima se gase dve različite funkcije to je
efektivno neutralno i selekcija to neće eliminisati jer ta dva gena nadomešćuju f-je jedan drugom.
⌦ Najverovatniji slučaj za najviše gena, geni mogu :

pda započnu ovu priču po najverovatnijem modelu subfunkcionalizacije (gde je gen
generalista i gasi različite funkcije u kopijama),
pa da završe kao neofunkcionalizacija, (tj. da evolucijom dođe do takve divergencije, da se

pojavi potpuno nova funkcija jednog gena p neofunkcionalizacija)
Ovo je najverovatniji slučaj za najviše gena, da je proces nastanka novih funkcija gena počeo
kao subfunkcinalizacija, a da je dalja divergencija dovela do neofunkcionalizacije.
________________________________________________________________________________
Sve ovo su teorijski modeli, i teško je da se opredelimo za jedan od modela. Retke su situacije gde
možemo, npr, za smrču i sintetaze to je jednostavno - gen se pojavio, mutirao je i uključio se u drugi metabolički
put. Tu je jasno, ali u najvećem broju slučajeva ne možemo da se opredelimo za jedan model.
25

Pričano je o ME, genima koje smo dobili o virusa, načinima da se geni iz jednog genoma ubace
u drugi genom i da postanu sastavni deo genoma u poptuno novoj evolucionoj liniji u kojoj ih do tada
nije bilo.
Ovde pričamo o dva ćelijska (ne o virusima) organizma koji imaju dobro evoluirane gene i
mogućnosti da ti geni budu prebačeni u drugi ćelijski organizam i postanu njegov sastavni deo.
Da je neki gen ksenologan (ksenologni gen - strani gen, dospeo iz jedne evolucione linije u drugu), da kod
predaka nije postojala neka kopija tog gena i da je ubačen iz druge evolucione linije, detektujemo
metodom Filogenetske nesaglasnosti:
Ako na osnovu mnogo gena rekonstruišemo filogeniju između neke grupe
taksona (npr. grupe različitih kičmenjaka). Različite grupe gena koje analiziramo nam
daju neku parsimonu filogeniju, i sada kad uradimo neki npr. hiljaditi gen i on
potpuno odskače iz priče - to je dobar kandidat za ksenologni gen.
Znači u neku od tih grupa se ubacio gen iz nekog drugog organizma, koji nije
sastavno predačke grupe.
Danas za to postoji softerska oprema - koja može otkriti koji je gen ksenologni i
dospeo u neku evolucionu liniju, prilično skoro i iz kog organizma je verovatno
dospeo.
Između prokariota
Prokarioti između sebe lako razmenjuju gene.
- Rezistencija na antibitike (u bolnicama bakterije razmenjuju gene preko plazmida)
- U crevima gde živi mnogo bakterija (čovek ima 1014 sopstvenih ćelija, više ima
bakterijskih ćelija u sebi 1015).
Proučene se bakterije koje čine crevnu floru. U crevima ljudi živi oko 40.000
različitih vrsta bakterija. Svaki čovek ima svoj profil bakterija - mešavine vrsta
bakterija koje u njemu žive (znači nema sve te vrste, već neke od njih). Ljudi koji žive na
istom prostoru međusobno sličniji po tom profilu. To je zbog različite ishrane.
Između bakterija u našim crevima dolazi do velikog transfera gena.
Neke bakterije kod Japanaca (koje su inače uobičajene u ljudskim crevima)

imaju sposobnost razlažu velike polisaharide koji se nalaze u algama. Gene za te
enzime koji mogu da hidrolizuju te polisaharide su dobili od morskih bakterija. Ti geni
su iz morskih bakterija ubačeni u genome običnih crevnih bakterija Japanaca, jer oni
puno koriste sirove alge u ishrani i na taj način unose i bakterije koje žive na algama.
26

Kod postanka Eukariotskih ćelija (drevni HTG), kada je ušao endosimbiont u ćeliju
domaćina one su razmenile gene. Endosimbiont je tad izgubio najveći broj gena, ali je mnogo tih gena
prešlo u genom domaćina p to su primarne endosimbioze.
Sekundarne i tercijarne endosimbioze su se dešavale još mnogo puta u različitim grupama.

Kod jednoćelijskih eukariota koji lako progutaju drugog jednoćelijskog eukariota ili bakteriju, ima
mnogo situacije da je nakon liziranja progutane ćelije došlo rekombinacije sa domaćinovim genomom.
Kod nekih je ta progutana ćelija vremenom postala obligatni intracelularni parazit i takođe
izgubila mnogo gena.
Ta razmena gena je velika - postavljena je hipoteza (to posebno važi za jednoćelijske eukaiote)
"ono si što jedeš" - hrana menja onog koji tu hranu jede. To kod višećelijskih organizama nije tako
jednostavno, ali kod jednoćelisjkih eukariota je ta razmena prilično intenzivna.
Duže zadržavanje endosimbionta povećava šansu da domaćin uzme gene iz njega tj. iz onoga
što je pojeo.
I višećelijski organizmi su mnoge gene dobili od bakterija. Čovek je bar 160 gena dobio od
bakterija (ne samo čovek već naša evoluciona liniji i naši srodnici).
Monosiga brevicolis (jednoćelijski eukariot - hoanoflagelata bičar) je sestrinska grupa svih

višećelijskih životinja (ovo je grupa iz koje su nastale Metazoe tj. višećelijske životinje).
Monosiga je 103 gena dobila od algi, a 25% od tih gena je bakterijskog porekla jer su te alge u
sebe već unele neke bakterijske gene.
p Neki od tih gena su prisutni kod nas, npr. gen za teneurin (to je složeni transmembranski
protein neophodan tokom razviće nervnog sistema svih životrinja), dobili smo ga od algi.
p Terestrične biljke su dobile ćelijski zid tako što su od bakterija dobile gen za enzim pal koji
učestvuje u sintezi lignina. To su zemljišne bakterije koje imaju gen za taj enzim, koji verovatno preko
gljiva koje inficiraju biljke uleteo u biljni genom.
p Smatra se da je 11 gena prebačeno iz gljiva terestrične životinje, i sada čine važne sastavne
delove genoma kopnenih životinja.
Razmena bi se podržavala tokom evolucije:
- kod organizama koji su prihvatili te strane gene to može značajno da proširi ekološku nišu.
- kod insekata ima mnogo primera gde će neki paraziti (npr. bakterjski intracelularni parazit
Volbahia, ili razne druge bakterije ili eukariotski paraziti) omogućiti da metabolišu nešto što ranije
nisu mogli, što ima proširuje ekološku nišu.
- konvergentna evolucija između filamentoznih gljiva i oomiceta. Ove dve grupe su

filogenetski jako udaljene: filamentozne gljive su filogenetksi bliže životinjama, a oomicete su bliže
nekim fotosintetičkim protistima, ali izgledaju i funkcionišu vrlo slično (njihov metabloizam je vrlo
sličan). One prave sincicijalne hife imaju gen za enzima koje izlučuju napolje, i napolju se dezintegriše
hrana do AK-a i šećera, pa osmotrofijom uzimaju te elemente.
27

Bar 11 gena su razmenili - Oomicete su dobile od filamentoznih gljiva tih 11 gena, i sada žive u
istim ekološkim nišama i to je primer konvergentne evolucije (evoluirale su za isto stanište, na sličan
način, ali ne nezavisno već zato što su razmenile gene).
Postanak novih gena iz nekodirajuće DNK nc(DNK)
Mogućnost da, bez obzira što je prošla Arheozojska ekspanzija, se iz nekodirajućih delova
genoma dobiju funkcionalni geni. Ranije se mislilo da je to nemoguće.
U različitim grupama organiazama se desilo da iz nekodirajućih delova nastaju geni. To je
redak događaj, ali je identifikovan.
Gen koji je nastao iz nekodirajućeg regiona poznajemo po tome što ga nema nigde u
čitavom živom svetu. (Može čak da ima i introne). U svemu ono što je sekvencirano (a danas je
sekvencirano mnogo taksona) ne možemo nigde da nađemo tu sekvencu, znači nije ni horizontalno, već
se odjednom (ni iz čega) pojavila u evolucionoj liniji.
p Plasmodium vivax (odgovoran za malariju kod ljudi) ima 13 gena nastalih iz nekodirajućih regiona.
p Primati imaju 15 novih gena od kako su se razdvojili od godara.
p Kod Čoveka su nađena 4 takva gena, koja su specifična samo za čoveka, f-ja im je nepoznata:
- 3 gena nemaju introne, Otvoreni okviri čitanja (ORF)* do 163 potencijalnih AK-a.
Oni se nalaze unutar introna poznatih gena, ali na suprotnom lancu (dakle, koriste neke
cis regulatore). iRNK sa ovih gena se javljaju u različitim tkivim ali ne zna im se f-ja.
- 4-ti gen je složeniji (FLI33706 gen), ima 5 klasičnih introna. Aktivan je u mozgu (posebno u
neokorteksu, cerebelumu i srednjem mozgu), važan za ljude.
- Poznata je njegova evoluciona istorija: inicijalni događaj je bila insercija
jednog Alu niza koji je formirao prvi egzon, i koji je izmenio strukturu primarnog
transkripta tako da su se otvorila mesta za splajsovanje. To se desilo pre 38 miliona
godina. Imaju ga i nama srodni primati.
- Kod ljudi su se desile i dve mutacije koje su eliminisale dva stop kodona, i time
otvorile mogućnost za formiranje iole smislene iRNK.
- Pojavljuju se u mozgu ali ne zna im se f-ja. Kod ljudi sa Alchajmerom je veći
nivo transkripcije ovog gena.
Procenjuje se da je bar 15 gena u evolucionoj liniji čoveka nastalo iz ncDNK od kada smo
se odvojili od šimpazi. Našli smo 4, ali procenjujemo da bi na osnovu stope nastanka moglo da bude
bar 15. Za to vreme, duplikacijama je nastalo 400 do 700 gena.
28

Verovatnoća da se to desi j veoma mala, ali pokazalo se da nije nemoguće, posebno u sekvenci
koja je blizu bar neke regulatorne sekvence i da se tu otvoreni okvir čitanja može preobraziti u nešto što
će dati transkript i što će eventualno imati neku f-ju.
Protogen je ORF sa potencijalom vezivanja transkripta za ribozome.

pKod kvasca se smatra da je bar 1900 nekodirajućih nizova za otvorenim okvirom čitanja
zapravo protogen (između funkcionalnog gena i nefunkcionalnog otvorenog okvira čitanja).
Transkripcija ovih protogena se dešava kada je kvasac pod stresom. Ovi protogeni se nalaze
blizu mesta vezivanja četriri TF-a koji se aktiviraju kada je kvasac pod stresom.
Ne zna im se f-ja, ali je očigledno da se aktiviraju u određenim trenucima.
* Otvoreni okviri čitanja (ORF) - kada se sekvencira genom, kako testiramo šta je gen. Otvoreni okviri
čitanja bi bili potencijalni geni - počinju sa start kodonom i dugo nemaju stop kodon.
Otvoreni okvir čitanja je potencijalni gen, ali samo potencijalni, i onda njega analiziramo. Analiza
uključije da li i kakav bi polipeptid taj gen mogao da da, i ima li smisla taj polipeptid (to može softverski da se
testira). Može da se testira koja je verovatnoća da se transkript veže za ribozom, što je važno radi nastanka
polipeptida. Sve te metode se koriste da bi se za beki otvoreni okvir čitanja reklo da je gen ili potencijalni gen,
protogen.
Protogen je ORF sa potencijalom vezivanja transkripta za ribozome.
29

6.
Geni eukariota - na koji način se struktura gena menjala i evoluirala kroz vreme,
- na koji način se povećavao broj egzona, introna.
Geni eukariota (ogromnom većinom) imaju diskontinuiranu strukturu - imaju kodirajuće

nizove egzone koji su isprekidani nekodirajućim nizovima intronima.
Postanak introna je vezan za postanak eukariotske ćelije. Nastanak eukariotske ćelije
podrazumeva upad alfaproteobakterije (eubakterija) u ahrebakterijskog domaćina. Taj događaj je
pokrenuo evoluciju usaglašavanja ta dva genetička sistema (domaćin - endosimbiont) koja su se
našla u jednom entitetu.
Tadašnje alfaproteobakterije od kojih mitohondrija vodi poreklo (pošto današnje sadrže), su
verovatno sadržale introne tipa II, koji su samoiskrajajući introni koji imaju enzim maturazu sa
domenom reverzne transkriptaze i zato su mogli samostalno da se šetaju po genomima.
Između domaćinovog genoma i genoma endosimbionta došlo je do rekombinacije i introni
grupe II su vršljali i po domaćinovom genomu.
To je bilo inicijalno za formiranje introna koje zovemo splajsozomski introni za čije
iskrajanje kod eukariota je neophodna struktura splajsozom.
Eukariotski splajsozomski introni su porekolom od introna grupe II.

Ovako su nastali i evoluirali splajsozomski introni kod LECA-e (Last eucariotic common ancestor).
Kod današnjih eukariota, najveći broj introna su splajsozomski introni (koje iskrajaju
splajsozomi) to su introni tipa III. (najzastupljniji su u eukariotskim genima).
Introni tipa I i II su samoiskrajajući prisutni su kod bakterija i u nekim genima u organelama u eukariotskim
ćelijama. Introni tipa IV se iskrajaju endonukleazama i nalaze se kod nekih gena za transportne RNK.
Što su organizmi biološki složeniji (mlađi) povećava se broj i veličina introna.

(priča: koji delovi genoma prate morfološku složenost organizama kroz filogeniju).
- Sisari imaju puno gena sa intron-egzon struktutrom - 88% gena.
- Najveći broj splajsozomskih introna su U2 introni.
Introni ne nose informaciju za sinterzu proteina. Skupi su za održavanje u genomu: obrada primarnog
transkirpta. Održani su u eukariotskim genomima i tokom evolucije sa povećanjem biološke složenosti
organizama njihov broj i veličina su se uvećavali. Razlozi zašto su održani (kroz filter selekcije):
y Sadrže elemente za regulaciju ekspresije gena
y Važni za evoluciju, povećanje evoluabilnosti eukariota (potencijala za evoluciju).
Kodirajuća informacija je izdeljena nekodirajućim sekvencama, što daje mogućnost da se kodirajuće

sekvence kombinuju na različite načine, što ima veći fenotipski potencijal, nego kod kontinuiranog genoma.
Njihove kombinacije mogu da daju neka nova svojstva proteinu.
Osnovni razlog jeste povećanje evolucionog potencijala, tj. potencijala za evolucione promene. yyy
1

Splajsozom je struktura koja se kači za krajeve introna, iskraja intron i zalepi egzone, pri obradi
primarnog transkripta RNK, da bi se dobila iRNK.
Struktura Splajsozoma:
- URNK - male RNK bogate uridinom. U1,U2,U4,U5,U6.
- Proteinski deo: SM proteini
URNK su izvedene iz introna grupe II (homologija sa sekvencama introna grupe II prisutnih kod današnjih bakterija)
SM proteini su kooptirani za ovu f-ju iz arhebakterijskog domaćina jer i danas arhebakterija imaju srodne proetine koji
učestvujuu obradi primarnog transkripta RNK.
Intron (da bi ta sekvenca mogla mogla da se iskroji iz primarnog transkripta RNK) mora da ima signalna
mesta koja prepoznaje splajsozom:
- mesta iskrajanja 5' GT - AG 3'
- mesto grananja,
- polipirimidinski niz i
- sekvence različiti pojačavači i utišavači iskrajnja koji se nalaze i u egzonu i u intronu.
(ovo sve nabrojano su CIS sgnalna mesta)
Intron mora da ima ova signalna mesta (ove CIS signalne elemente) koja označavaju da to mesto u
primarnom transkriptu jeste intron, potrebna za splasozom da bi splajsozom izvršio iskrajanje.
U2 introni su "glavni introni", kod ljudi 99% introna jesu U2 introni. U2 je URNK koja ulazi
u sastav snRNP komponente splajsozoma koja se vezuje za mesto grananja (znači, ona prepoznaje
mesto grananja).
U12 intoni su malo zastupljeni (ali su prisutni kod skoro svih eukariota), kod ljudi manje
od 0,5% introna su U12 introni. U12 splajsozomi imaju U12RNK koja prepoznaje mesto grananja.
Zašto su većinski U2, a zašto je U12 introna kod eukariota malo.
Pošto sve glavne grupe eukariota imaju i U2 i U12 introne (koliko god da ih je malo), postoji teza:
Kod eukariotskih predaka su postojali (podjednako ili manje-više) i U2 i U12 introni.
U12 introni su postepeno izbacivani iz gena jer su jako rigidni. Mesta iskrajanja koja
splajsozomi treba da prepoznaju su vrlo konzervisana, značajno konzervisanija nego za U2 introne.
Svaka mutacija koja menja mesto grananja bi onemogućila ispravno iskrajanje. Tako da su vremenom
U12 introni zamenjeni U2 intronima koji su značajno fleksibilniji po pitanju signalnih mesta (tj. može
varirati sekvenca).
Vremenom mutira neko mesto grananja koje treba da prepoznaje U12 splajsozom, taj intron se
neće iskrojiti i dobiće se neadekvatan produkt koji će biti eliminisan prirodnom selekcijom.
Neke mutacije u mestu grananja su mogle da omoguće U2 splajsozomima da učestvuju u tom

iskrajanju (Manji broj mutacija može da transformiše U12 u U2 intron) i tako su potisnuti U12 introni.
2

Postoje:
-U2 introni, najčešći kod eukariota, zovu se glavni introni. Mesto grananja prepoznaje U2 URNK
-U12 introni, prisutni skoro kod svih eukariota, veoma malo zastupljeni u genomu (do 0.5%).
Imaju posebne U12 URNK koje se vezuju za mesto grananja.
Pošto veliki broj eukariotskih linija ima i oba tipa introna, znači da su preci eukariota imali
oba tipa introna, a da su postepona gubili U12 introne. Zašto?
yU12 tip introni su vrlo rigidni. Njihovi splajsozomi koji u sadrže U12 URNK imaju rigidno
prepoznavanje tačno određene signalne sekvence, pa zahtevaju da se signalne sekvence introna ne menjaju
(da budu konzervisane). Zato su U12 introni vremenom nestajali, jer je bio potreban mali broj mutacija da
U12 splajsozomi ne mogu da prepoznaju ove introne. Manji broj mutacija može da transformiše U12 u U2
intron i zato danas dominiraju U2 introni.
yU2 introni su liberalniji i može postojati veliko variranje sekvence. yyy
Nastanak introna (splajsozomskih introna)
Hipoteza kasnog introna

Pri nastanku eukariotske ćelije (tj. pri nastanku mitohondrija) nastaju i splajsozomski introni i
oni se nalaze samo kod eukariota.
Ova priča o postanku introna (splajsozomskih) kod eukariota spada u hipoteze kasnog introna.
Hipoteza ranog introna - odbačena

Prve prokariotske ćelije i arhebakterije i eubakterije nekada davno su imale mnogo introna (koji
su bili samoiskrajajući introni). Ti introni su u eukariotskoj liniji evoluirali u splajsozomske introne, a
vremenom su se masovno gubili iz prokariotskih genoma.
Odbačena - pitanje je kako je došlo do masovnog gubitka introna u baš svakoj evolucionoj liniji
prokariota.
Kod eukraiota postoje 2 osnovne katergorije gena (dve osnovne intron-egzon arhitekture gena):
-mali introni veliki egzoni

kod beskičmenjaka i protista (=jednoćelijski eukarioti), tj. najjednostavniji organizmi.
introni do 100 nukleotida,
-veliki introni mali egzoni
kod kičmenjaka, kod sisara je to jako izraženo
egzon do 130 nukleotida, introni do 6000 nukleotida.
Tu postoje i razlike na koji način se obavlja proces iskrajanja.
Kod organizama koji imaju velike egzone, u obradi postoji intronsko definisanje iskrajanja.
Cis elementi pojačavači i utišavači iskrajanja (signali iskrajanja) se nalaze u intronima.
Kod organizama koji imaju velike introne signali iskrajanja se nalaze u egzonima, tj. važniji su
Cis regulatori u egzonima koji omogućavaju iskrajanje. To je egzonski definisano iskrajanje.
3

U eksperimetnu kod drozofile ili kvasca, kada im se produži njihov kratki intron to poremeti
iskrajanje (pa se dobije nefunkcionalni proteinski produkt), ili onemogućava iskrajanje introna.
Znači, pristupi u iskrajanju kod malog i velikog introna su različiti.
______________________________________________________________________________
Samoiskrajajući introni tipa I i tipa II
___________________________________________________________________________________
Broj introna po genu

Sa povećanjem složenosti broj introna raste. Prosečni broj introna po genu:
- Gljive do 5
- Biljke do 6.7
- Beskčmenjaci do 5
- Kičmenjaci 8 introna po gena (i to su veliki introni)
4

Mehanizmi gubljenja i sticanja introna PITANJE 27
Introni su se tokom evolucije eukariota i gubili i sticali.
Komparativna analiza svih mogućih eukariotskih grupa (ustanovljeni neki ortologni introni).
Ortologni introni - struktura i položaj im je manje-više ista, taj intron (ukoliko se nalazi kod npr. anemone i
čoveka) je nasleđen od zajedničkog pretka.
Na osnovu te analize (ortolognih introna, položaja i prosečne dužine introna eukariota - 150
nukleotida), procenjeno je da je LECA (koji nastaje u bombardovanju intronima grupe II) bio bogat intronima
4,6 do 6,3 introna po genu.
LECA je imao mnogo introna, bio je vrlo diskontinuiran u genetičkoj infomaciji.
U nekim evolucionim linijama dolazilo do povećanja broja i veličine introna (veliki introni), a
kod drugih evolucionih linija je dolazilo do redukcije broja introna (tu su mali introni).
Mali introni (kod beskičmenjaka i protista) se lakše gube i stiču. Kod njih postoji veća
dinamika sticanja i gubljenja introna.
Egzoni: mali egzoni se lakše stiču i gube
Kod kompleksnih genoma koji imaju velike introne, stope sticanja i gubljenja introna su jako male.
Introni kod sisarskih genoma se teško stvaraju, ali teško i nestaju.
Najčešći razlog gubljenja introna je reverzna transkripcija obrađene iRNK
Kada se obrađena iRNK prepiše u cDNK i ugradi se u neko drugo mesto u genomu dobije
se retrogen bez introna (jer se dobija od obrađene iRNK iz koje su introni već izbačeni).
5

Modeli sticanja introna:
1. Model insercija retrotranspozona
Insercijom retrotranspozona u okviru gena može da se napravi novi intron (nova nekodirajuća sekvenca).
- Neki transpozon se prepiše u cDNK, ubaci se u egzon gena (podrazumevamo da će to biti veći
egzon, tj. ovaj način nastanka introna je verovatniji kod organizama koji imaju velike egzone).
- Retrotranspozon koji se ubaci nema signalna mesta iskrajanja koja ima jedan pravi intron.
Iskrajanje se dešava kada postoji neki RNK transkript. Taj RNK se različito 3D konformira.
U kraći transkript se ubaci neki deo, ta RNK će se upetljati drugačije.

Kada se promeni konformacija primarnog transkripta, brojna mesta u transkriptu
mogu funkcionisati kao latentna mesta iskrajanja (latentni signali).
Do promene konformacije DNK oni nisu bili vidljivi, a nakon promene se pojave
neka mesta koja su slabi signali iskrajanja, ali mogu biti prepoznati od splajsozoma.
- Ako taj ME koji se ubaci u egzon probudi latentna mesta iskrajanja, taj ME može biti iskrojen, i
ukoliko se iskraja dalje, uz neke kasnije mutacije ta latentna mesta mogu postati prava stabilna signalna
mesta iskrajanja introna.
Tih primera nema mnogo (jer treba biti mnogo uslova zadovoljeno: da u transkriptu postoje
latentna mesta, da taj ME ne dovodi do značajne promene u kodirajućem nizu kada se ubaci u egzon):
kod pirinča je ubacivanjem SINE elementa u gen za enzim katalazu nastao novi intron.
6

⌦ (1) - Insercija retrotranspozoma.
Promene u genu se odražavaju na 3D konfiguraciju RNK transkripta koji tu nastaje. Ta RNK

može da napravi različite petlje. Ako dođe do insercije nekog introna u gen koji produkuje tu RNK p
prostorna konformacija te RNK će se izmeniti.
Insercija sekvenci u gen ne znači i nastanak introna, jer te sekvence najčešće nemaju signalna
mesta iskrajanja (kao pravi introni) koje će prepoznati splajsozom. Postoji problem signalih mesta
iskrajanja.
Međutim genomi eukariota sadrže mnogo kriptičnih mesta iskrajanja. Ona ne funkcionišu
kao mesta iskrajnja introna, ali nekad je dovoljna mala mutacija pa da RNK transkript dobije takvu 3D
konfiguraciju i da kriptična mesta postanu prava mesta iskrajanja i to je intron u nastajanju.
Konformacijska promena RNK koju izazivaju neke mutacije p izazove da određeni segment otkrije skrivena
(kriptična) mesta iskrajanja p taj segment je intron u nastajanju.
-Insercija retrotranspozona (koji nema signalna mesta iskrajanja) u egzon gena.

-Ukoliko nema štetne posledice (jer je to ubacivanje ME) može izazvati promenu 3D
konfiguracije RNK transkripta i ispoljavanje kriptičnih mesta iskrajanja.
-Dobijaju se novi obrasci iskrajanja koji čine da se taj ME u transkriptu ponaša kao intron. I to
je intronizacija mobilnog elementa.
Redak slučaj u analiziranim genomima, jer ME imaju štetne efekte.
Tako je nastao intron u genu (za katalazu) kod pirinča: SINE element je ubačen u egzon,
aktivirao je kriptična mesta iskrajanja u RNK transkriptu i od SINE elementa se dobio intron.
7

2. Model: Reverzna transkripcija prethodno iskrojenog introna ili (intronska transpozicija ili
reverzno iskrajanje)
- Imamo transkript nekog gena, tokom alternativne obrade izbacuju se introni.
- Izbačeni intron, koji ima sve potrebne signalne nizove, može da se rekombinuje sa istom RNK ili sa
nekom drugom prisutnom RNK, tj. da se ubaci na neko drugo mesto iste RNK ili neke druge RNK.
- Intron sa svim signalnim nizovima se ubacuje u RNK.

Ako se ta RNK reverzno transkribuje u cDNK koja može da se ubaci u drugo mesto u genomu, dobiće
se gen sa novim intronom.
Sve je počelo od iskrojenog introna koji se rekombinovao sa nekom drugom RNK.

Ovde je ključno što imamo introne koji su slobodni i sadrže signalna mesta.
Nekoliko gena kod drozofile i cenorabditisa nastalo ovako.
yTranskribuje se neki gen.
yObradom primarnog transkripta dobije se: iRNK i taj iskrojeni intron u blizini.
Taj intron sadrži sve signalne sekvence, i može ponovo da se ugradi na neko drugo mesto u tu
istu iRNK ili u neku drugu iRNK.
yIntron (koji ima sva signalna mesta) se ubaci u RNK transkript.
y Ako se taj transkript sa ubačenim intronom, reverzno transkribuje i ubaci na neko drugo mesto u
genomu dobiće se gen sa novim intronom.
Ovo je češći slučaj. Ovakvih gena ima kod drozofile. Ovaj način, olakšava nastanak introna jer
iskrojeni intron sadrži signalna mesta.
yyy
8

3. Model - Tandemska duplikacija AGGT tetramera u egzonu
AG i GT su 5' i 3' mesta iskrajanja introna.
Ukoliko se u okviru egzona desi ova tandemska duplikacija (nejednakim krosingoverom tog
gena) GT i AG mogu postati mesta iskrajanja budućih introna. Sve što je između ovih dinukleotida je
mogući intron.
Deo egzona između ova dva dinukleotida se transformiše u intron.
To nije jednostavno i ne može se desiti odmah (već vremenom) jer tu nedostaju drugi signali
iskrajanja (npr. mesto grananja). Dakle, mora da postoje i latentna mesta iskrajanja u tom nekadašnjem
celom egoznu da bi moglo da se započne iskrajanje tog budućeg introna.
Kod nekoliko grupa riba je došlo do ovakvog nastanka introna.
4. Model: Cepanje introna (egzonizacija intronskih nizova)
Imamo dugačak intron i u njega se ubacuje neka druga sekvenca (najčešće ME)
Cepanje introna (egzonizacija ME-a) podrazumeva da se u intron ubaci ME, i taj intron će biti
podeljen na dva manja ukoliko ME uspe da se egzonizuje tj. ako on sadrži signalna mesta koja će
označavati da su njemu susedne sekvence introni, taj ME tad postaje egzon (deo kodirajućeg niza).
Alu elementi kod ljudi su to radili mnogo puta. Ima puno slučaja kod primata, posebno sisara koji imaju
velike introne, da se pri upadu Alu elementa u intron, taj Alu egzonizuje tj. postane deo kodirajućih nizova.
Alu nizovi, sami po sebi, sadrže latentna mesta iskrajanja. Njihov upad već nosi latentna mesta
iskrajanja, a taj intron s druge strane već ima svoje mesto iskrajanja. U Antisens orjentaciji kada se on
retrotranskribuje dobiju se latentna mesta iskrajanja na mestu gde se ubacuje u intron. Zato su Alu
nizovi najupečatljiviji, jer već sadrže nizove koji su latentna mesta prepoznavanja.
Kod primata to je čest slučaj. Ovakvo deljenje introna na manje introne je često.
9

U postojećem intronu, postoje ME (Alu) koji u antisens orjentacji sadrže mesta iskrajanja koja
mogu da prepoznaju splajsozomi. Ugrađeni su u postojeće introne. I to može dovesti do cepanja
jedinstvenog introna.
Cepanje introna: sadrži latentna mesta deli ga na 2 manja
y Transpozon - ME (Alu niz) se ubaci u intron.

Introni moraju biti dugi (npr. sisarski ili kičmenjački) da bi u njih mogli upadati ME.
y Alu niz ima kriptična (latentna) mesta iskrajanja. Samo 1 nukleotidna zamena može da
transformiše Alu niz u egzon - Egzonizacija ME.
y Postojeći intron je egzonizacijom ubačenog ME-a podeljen u dva kraća introna.
Često je kod primata upadanje ME-a (ne samo Alu nizova) dovelo do nastanka novih egzona u genu. yyy
5. Model: Intronizacija egzona
Ovo je čest slučaj nastanka introna. Kod Drozofile u 284 gena 307 novih introna je nastalo ovako.
U egzonu se desi mutacija (insercija malog broja nukleotida) koja dovede do nastanka:
-PTC-a (prevremenog STOP kodona) i
-Slabih signalnih mesta iskrajanja (nužno je), da bi taj deo mogao da postane intron.
- U jedru, ukoliko postoje slaba signalna mesta iskrajanja, obrada primarnog transkripta će se
dešavati tako da će neki primarni transkripti biti obrađeni, a neki neće (jer su to latentna potencijalna
mesta iskrajanja).
Kod najvećeg broja PTC (stop kodon) neće biti iskrojen, ali određen procenat će biti iskrojen
zbog toga što postoje latentna mesta iskrajanja.
- U citoplazmu izlaze i neobrađene i obrađene RNK:

iRNK sa PTC, kao i manja količina iskrojene iRNK bez PTC-a.
U citoplazmi postoje proteinski sistemi (enzimi) koji prepoznaju falične iRNK. Ako taj
preveremeni STOP kodon pokreće aktivnost NMD sistema, onda će NMD sistem da uništava iRNK
koje sadrže STOP kodon. (tj. iz njih on nije iskrojen)
NMD sistem neće dozvoliti da falične iRNK (sa PTC mutacijom) uđu u translaciju i da nastanu kraći
proteini - neće biti fenotipskog efekta ove mutacije.
10

Ukoliko ne postoji šteta od toga što postoje iRNK sa prevremenim STOP kodonom, ukoliko
NMD sistem eliminiše tu štetu, a postoji dovoljno obrađenih produkata, to znači da će ova mutacija
biti nevidljiva za selekciju, ona će da "čuči" tu zbog postojanja NMD sistema.
Ta mutacija prevremeni STOP kodon će biti tu prisutan iz razloga što postoji i obrada u jedru
i u citoplazmi (NMD sistem koji elimiše štetu).
Utrošak je veliki, ali to daje potencijalno sledeće: Opstajanje te sekvence (mutacije) sa slabim
mestima iskrajanja, daje se mogućnost da nove mutacije od slabih mesta iskrajanja naprave prava
mesta iskrajanja introna čime će se vremenom, tokom evolucije, gubiti potreba za angažovanjem NMD
sistema. I tada se dobija pravi intron.
Suština je da NMD omogućava da se greška ne vidi, to je sistem koji prikriva mutaciju.

Mutacija se ne ispoljava, nema fenotipski efekat, selekcija je ne vidi i ona opstaje u genomu,
potencijalno omogućava nagomilavanje novih mutacija.
6. Model - Duplikacije unutar gena
Najprostiji slučaj:
- imamo gen sa egzon-intron strukturom,
- desi se nejednaka rekombinacija unutar gena i dolazi do dupliranja i egzona i introna.
Nejednaka rekombinacija - pomereno spajanje homologih hromozoma. Na mestu pomeranja se desi rekombinacija.
Ukoliko se to desi unutar gena, jedan produkt će imati manjak egzona i introna, a drugi produkt
će imati višak egzona i introna.
7 do 30% gena kod filogenetki udaljenih grupa, koji su doživeli ovaj nejednaki krosing-over i
tako se produžili (desile su se duplikacije unutar tih gena), stekli su nove introne.
Novi introni su nastajali na dva načina:
yManje od 50% introna je nastalo duplikacijom već postojećih celih introna sa svim signalnim
mestima iskrajanja (tj. bez formiranja novih signalnih mesta iskrajanja).
(Manje od 50% ovako nastalih introna su posledica toga što se ceo intron duplirao.)
y Više od 50% introna koji su ovako nastali, posledica je sledećeg: imamo primarni transkript
koji je sada duži i zbog toga menja svoju 3D konformaciju i usled čega se pojavljuju latentna mesta
iskrajanja (znači, pojava novih mesta iskrajanja).
Latentna mesta iskrajanja tokom evolucije mogu da mutiraju i postanu prava mesta iskrajanja.
Genom je prepun latentnih mesta iskrajanja. Genom je plastičan i sadrži mnogo latentnih mesta koja
ako se promeni 3D konformacija primarnog transkripta RNK jer je postao duži, mogu da se aktiviraju i
postanu prava mesta iskrajanja.
11

28. Mehanizmi gubljenja i sticanja egzona PITANJE 28
Sticanje novih egzona:
Sticanje novih egzona je verovatnije kod onih grupa organizama koje imaju male egzone, a
velike introne. Veća verovatnoća da nastanu introni je kod onih grupa koje imaju male introne.
Ako nastane novi egzon, prateći element je da u isto vreme nastane i novi intron.
1. Dupliranje egzona putem rekombinacije unutar gena tj. nejednakog krosing overa.
Najjednosatvniji slučaj. (isto kao i introni)
2. Dupliranje egzona putem retrotranspozicije.

Obrađena iRNK se prepiše reverzno u cDNK, ugradi se u intron istog ili drugog gena i dobije se
novi egzon koji je značajno duži jer su to svi prikupljeni egzoni iz nekadašnje iRNK (koja zbog obrade
nema introne).
Taj egzon ima sve signalne elemente koji su potrebni za iskrajanje introna koji je on podelio.
3. Egzonizacija introna (egzonizacije ME)

ME koji upadne u intron može da se egzonizuje i tako nastaje novi egzon.
Verovatnije je da će se to desiti u genomima čiji geni imaju dugačke introne.
Alu elemtni imaju:

- poliA repić (koji lako prepoznaje reverzna transkriptaza i zato ima puno njihovih retrotranskripata) i
- niz latentnih mesta iskrajanja (koja su slična mestima iskrajanja introna)
To je za početak dovoljno da označe koja mesta oko njih jesu introni. To ne znači da će oni biti egzoni
sastavni deo informacionih RNK.
Kod primata, u mnogo slučajeva, kada se egzonizovao ME, bilo je potrebno da se desi mali broj
mutacija da slaba mesta iskrajanja postanu prava stabilna mesta iskrajanja oko Alu niza.
ME (posebno Alu) imaju:

-poliA rep koji reverzna transkriptaza lako prepoznaje (zato ima puno njihovih retrotraskripata) i
-mnogo mesta sličnih mestima iskrajnja. Vrlo mali broj mutacija mogu ta skrivena mesta iskrajanja da pretvore u
prava.
-Alu niz je ubačen u intron putem retrotranspozicije
-Tokom evolucije mutacije od skrivenih mesta naprave prava mesta iskrajanja (strelice na slici)
-Posle formiranja mesta iskrajanja, deo Alu niza unutar introna može postati egzon, tj. ostati u iRNK nakon
iskrajanja.
12

- Prvi egzon ovog gena je nastao od Alu niza.
- Pre 40-58 miliona godina (u predačkim linijama primata) ubačen je Alu element u primordijalni gen
za ovaj receptor.
- Tačkasta mutacija A u G uzrokovala da se na kraju Alu niza pojavi ATG - alternativni inicajlni
kodon za početak traskripcije.
- Dugo vremena taj Alu element je samo stajao u genomu.
- Pre 25 miliona godina desila se druga tačkasta mutacija C u T, u 5' regionu.

Tako se u glavnom nizu pojavilo funkcionalno 5' mesto iskrajanja.
- Kasnije, desila se delecija 7 nukelotida u Alu nizu, koja je napravila otvoreni okvir čitanja ORF
i tako je nastao prvi egzon ovog gena.
(ORF = Start i Stop kodon i smisleni niz koj se može proveravati bioinformatičkim metodama)
Ovako je nastao prvi egzon ovog gena.
Sudbina novih egzona
Ima mnogo slučajeva da se od Alu niza napravi egzon. Međutim, najčešće (po analizama svih primata)
se taj Alu egzon, bez obzira što je egzon, nikada ne pojavljuje u iRNK, odnosno biva iskrojen.
Ali, ako ostane tu dovoljno vremena (kako pokazuje filogeija svih sisara) on će postati i konstitutivni
egzon.
Pratimo vreme od kada se ME ubacio u neki gen:

y Pojavila su se slaba signalna mesta iskrajanja, vremenom se (mutacijama) pojave i prava
mesta iskrajanja, ali on se i dalje ne uključuje u iRNK, tj. pri obradi primarnog transkripta on biva
stalno izbacivan i njegova sekvenca se ne nađe u proteinu nakon translacije.
Novi egzon se ne ubacuje u protein, jer je to nova sekvenca koja će narušiti f-ju proteina.
y Budući da se ME nikada ne ispoljava fenotipski (tj. ne prepisuje se u protein), on postoji, u

obradi primarnog transkripta se izbacuje (splajsozomi ga eliminišu).
To omogućava taj egzon opstaje i postoji tu, ne praveći nikakvu štetu, ali potencijalno
akumulira nove i nove mutacije.
13

4. Sticanje egzona: A u I prerada
Ovaj način nastanka egzona nije usled mutacije u samom genu, već usled prerade RNK
transkripta. Postoje enzimi koji modifikuju sam RNK transkript.
y Imamo primarni transkript, ADAR enzimi modfikuju pojedini nukleotid.
y A u I prerada je: ADAR enzimi dezaminuju adenin u transkriptu RNK, i od njega nastane Inozin.
Kada ADAR enzimi urade ovu preradu, važno je da splajsozomi Inozim čitaju kao Guanin.
Primer: NARF gen kod ljudi.
Kada imamo AA GT mesto, Adenin se transformiše u Inozin, i kada splajsozomi taj Inozin
čitaju kao Guanin dobije se mesto iskrajanja AI-GU koje prepoznaje splasozom (I se čita kao G).
Kod NARF gena postoje dva sigurna egzona 7. i 9. egzon, između njih se nalazi jedan dugi
intron koji kada se prepiše u primarni transkript, ADAR na jednom mestu promeni A u I, i u
primarnom transkriptu se dobije 8. egzon.
Taj 8. egzon ne vidimo u sekvenci DNK, ali u primarnom transkriptu nakon ovog editovanja
dobije se egzon.
Ovde nema promene u DNK sekvenci već editovanje u primarnom transkriptu dovodi do
pojave ovog egzona.
Ova obrada (pojava egzona) se dešava na tkivno specifičan način: taj 8. egzon je osam puta
češći u mozgu nego u mišićima.
Da bi ADAR enzimi ovo uradili mora da postoji dvolančana RNK, koja se ovde dobija tako
što još jedan Alu niz leži vrlo blizu ovog gena i kada se transkribuje dobije se dvolančani niz koji
ADAR niz može da edituje.
15

Elongacija gena PITANJE 29
Pod elongacijom gena se podrazumeva duplikacija egzona, jer se potencijalno dobija duži
polipeptid.
Dobijaju se duži proteini, zato se to naziva elongacija gena, bez obzira što i dodatak introna
produžava sekvencu gena.
Poenta je da se produžava protein, to nisu retki slučajevi posebno kad govorimo o duplikaciji egzona.
Načini produžavanja egzona i dobijanje većeg proteina:
1. Da se niz nukleotida ubaci u egzone. npr. insercija ME.
2. Kada mutacija preobrati STOP kodon u smisleni kodon - produžava se egzon
3. Kada mutacije obrišu mesta iskrajanja introna - dobija se duži egzon.
Ovi slučajevi su malo verovatni jer svaka od ovih mutacija dovodi najverovatnije do frame-shift
mutacije (tj. da nastaju nasumični nizovi AK) mala je verovatnoća da će se iz toga dobiti smislen egzon
i smislen protein.
4. Duplikacije egzona su najučestaliji slučaj elongacije gena, koje se dešavaju nejednakim

krosing-overom.
Elongacija gena podrazumeva nejendak krosing-over unutar istog gena, kada se dupliraju i
dodaju novi egzoni istog gena.
Biće reči o himernim genima koji nastaju nejednakim krosing-overom između različitih gena i tada imamo egzone
poreklom iz različitih gena.
Sada govorimo o egzonima istog gena koji su se duplirali (umnožili) i tako povećali budući protein.
To se četo dešavalo, ima mnogo primera kod kičmenjaka koji imaju male egzone i ogromne introne.
Ti introni često imaju ponovljene nizove što povećava verovatnoću nejednakog krosing-overa (da se
prepoznaju nizovi iz različitih introna, i time dolazi do smicanja homozoma u rekombinaciji).
Što je veći intron koji još ima i ponovljene nizove povećana je verovatnoća da će doći do
krosing-overa na tim intronskim mestima i to različiti introni mogu da se prepoznaju kao homologi i da
se spoje i da dođe do rekombinacije.
16

Da bi došlo do elongacije gena, moraju da se zadovolje neki uslovi:
Proteini koji mogu biti vrlo složeni imaju domene (ili module) koje definišemo kao region
unutar proteina koji obavlja jednu specifičnu f-ju (uslovno rečeno to je celina za sebe u jednom
velikom složenom proteinu). Domeni mogu biti: ili strukturni ili funkcionalni(važni za f-ju proteina).
Povezanost egzona i proteinskih domena u tom proteina:
Egzoni i proteinski domeni

Domen (oblast, modul) – dobro definisan region unutar proteina koji obavlja specifičnu
funkciju (funkcionalni domen) ili predstavlja strukturnu jedinicu (strukturni domen)
- Najjednostavniji slučaj je da jedan egzon kodira za tačno određen domen u proteinu.

Jedan egzon - jedan domen u proteinu, drugi egzon - drugi domen u proteinu, treći...
Tih situacija ima, ali nisu previše česte.
- Dešava se da odnos egzona i domena u proteinu nije tako jasan: da jedan egzon kodira za 2
domena, ili za 2.3 domena.
- Da više egzona kodiraju za domen.
Veza egzon domen ne mora biti jednostavna.
U situaciji kada egzon nije jasno povezan sa domenom (egzon 2 kodira malo za prvi domen, za
drugi domen, za treći domen), kada se on duplira dobiće se problematična situacija nije ni jedan od
domena dupliran već su oni izmešani.
U situaciji kad jedan egzon kodira za jedan domen, pa se duplira taj egzon dobija se čist
proteinski domen i veća je šansa da taj protein bude funkcionalan.
17

Duplikacija egzona
y Konkretni egzon je jako dobro povezan sa strukturnim domenom proteina
(Važno, mnogo češća situacija).
y Konkretni egzon je retko povezan sa funkcionalnim domenom proteina. (Ne postoji direktna
veza konkretnog ezgona i funkcionalnog domena proteina)
Funkcionalni domen proteina nastaje kada se protein upetlja na određeni način, a AK-e koje
čine funkcionalno mesto mogu da poteknu iz svih mogućih delova proteina (npr. sa početka
polipeptida, posle 100 AK, pa posle 200 itd.)
Mnogo je veća šansa da duplikacijom egzona nastanu novi strukturni domeni, nego da
nastanu novi funkcionalni domeni proteina.
Od gena koji su doživeli elongaciju (tj. povećanje broja egzona), najveći broj gena je duplirao
strukturne domene proteina. I mnogi od ovih događaja su unapredili funkcionalnst proteina u
organizmu.
Česti događaji u evoluciji → nastanak složenih gena (pre svega povećanje broja strukturnih domena)
Čovek – 11% takvih gena
Drosophila – 7% takvih gena
Kolagenski gen – ključni događaj u evoluciji Metazoa
Spiralizovana oblast + ponovci glicin–X–prolin
Predački gen familije fibrilarnih kolagena (od sunđera do sisara):
Duplikacija egzona pa duplikacije blokova ponovaka
Čovek - 11% gena je doživelo elongaciju

Drozofila - 7% gena je doživelo elongaciju
yKolagenski gen je najupečtljiviji primer, veoma je dugačak, osnovni je sastojak vezivnog tkiva.
Vodi poreklo od prvih najstarijih metazoa (još od sunđera pa do sisara mi možemo da

pratimo šta se dešavalo sa tim genima).
Molekul kolagena ima: spiralizovanu oblast i mnogo ponovaka glicin - neka AK - prolin.
Ti molekuli se upetljavaju i prave kolagenska vlakna. Kolegenska vlakna dugačka zato što je
gen doživljavao neprekidne duplikacije egzona i tako je kolagen postao sve duži.
Formiranje kolagenskog gena (Kolagenski geni su sačinjeni od velikog broja egzona):

- prvo je došlo do duplikacije jednog manjeg niza (dva tipa egzona od 54 i 45 nt, koji su se
prvobitno duplirali u prošlosti)
- kasnije su se čitave oblasti (blokovi) egzona duplirali. Ne jedan po jedan, već čitavi paketi
egzona su se duplirali i dobio se ovaj gen sa jako velikim brojem egzona.
Ova duplikacija je bila značajna za evoluciju metazoa (višećelijskih životinja).
18

30. Mešanje egzona i mozaični (himerni) geni PITANJE 30
Fuzija egzona dva ili više gena

Fazna kompatibilnost neophodna (0-0, 1-1, 2-2)
Nastanak ovakvih multidomenskih proteina ključan za adaptivnu radijaciju Metazoa
(ćelijska komunikacija, transmembranski proteini, ekstraćelijski matriks i sl.)
Himerni (mozaični) gen sadrži egzone koji nisu homologni egzoni, tj. egzone koji vode
poreklo iz različitih gena. U nekom trenutku evolucije su se skupili u jednu transkripcionu jedinicu.
Nastanak himernih gena:

yNajjednostavnije i najčešće je nehomolognom rekombinacijom između dva različita gena.
Desi se rekombinacija dva različita gena i dobije se lokus koji sadrži egzon iz jednog i iz drugog gena.
yPostoji i situacija kod susednih gena koji se transkribuju u paketu, pa se onda obradom izbaci
intron (intergenski region) i dobije se himerni protein. Može se reći da je i to himerni gen, jer je protein
produkt poreklom iz različitih gena (ovde susednih gena).
Jedan gen u svojoj transkripcionoj jedinici može da sadrži egzone poreklom od različitih
gena. To je fuzija egzona.
Ne može bilo koji egzon sa bilo kojim egzonom da se kombinuje, tj. ne može da bude efikasna
kombinacija bilo kojih egzona iz različith gena - potrebna je fazna kompatibilnost.
y Fazna kompatibilnost 0 - 0, znači da se triplet za određenu AK završi na kraju jednog

egzona, a od početka sledećeg egzona počinje novi triplet tj. kodon.
y Fazna kompatibilnost 1-1
I kada se u obradi primarnog transkripta sastave egzoni, dobije se ceo kodon za određenu AK.
y Fazna kompatibilnost 2-2
Jasno je da se (i kad su različiti geni u pitanju) mogu kombinovati samo oni egzoni koji imaju
istu faznu kompatibilnost, jer ako nemaju doći će do frame-shift-a i egzon neće značiti ništa (dobiće se
nasumične AK)
Najčešće kod kičmenjaka je faza kompatibilonosti 1-1.
Ima puno primera nastanka himernih (mozaičnih) gena, mnogo multidomenskih proteina
jako važnih u evoluciji metazoa je nastalo ovako:
- Hečkok gen (koji ima jako važne f-je)
- geni važni za ćelijsku komunikaciju (za transmembranske proteine, koji su deo ekstraćelijskog
matriksa kod metazoa).
Mozaični geni su pokretač adaptivne radijacije metazoa, jer je puno gena nastalo ovako.
19

yČesto u evoluciji metazoa - višečeliskih životinja:
Mnogo gena odgovornih za: ćelijsku komunikaciju, ekstraćelijski matriks, transmembranske proteine koji su receptori
za razne parakrine faktore, za razviće organizma, je nastalo kao mozaični geni.
yPrimer mozaičnog gena je Hečkok gen:

Jednoćelijska eukariota koja pripada hoanoflagelatama koja je
najbliži srodnik višećelijskih životinja ima samo kok domen.
Sunđer ima i Heč i Kok ali su sastavni delovi različitih gena, tj. nisu u istoj translacionoj jedinici.
Kod drugih Metazoa oba domena su u istom genu.
Ovaj gen ima važne funkcije u procesu razvića metazoa. Nastao je fuzionisanjem egzona različitih gena.
yyy
Aktivator tkivnog plazminogena – TPA

- preobraćanje plazminogena u plazmin (razlaže fibrin u ugrušku
krvi)
4 domena:
serinska proteaza slična tripsinu (C),
kringl (K),
prst (F) i
epiderm faktor rasta (G)
→ iz najmanje 3 gena (fibronektin, epiderm faktor rasta i
plazminogen)
Primer je gen Aktivator tkivnog plazminogena (TPA) koji vrši preobraćanje plazminogena u plazmin
(suštinski dovodi do razlaganja fibrina u ugrušku krvi)
Gen TPA ima 4 domena:

- Serinska proteaza slična tripsinu (C),
- kringl (K) ili pereca
- prst (F)
- epiderm faktor rasta (G) tj. domen sličan epidermalnom faktoru rasta.
Ovaj gen je nastao tako što je iskombinovao egzone iz najmanje 3 gena (fibronektin, epiderm faktor rasta i
plazminogen).
20

Gubitak gena
Neobrađeni pseudogeni – akumulacija mutacija u nekada funkcionalnom genu

Prisutni u velikom broju u multigenskim familijama
y Pseudogenizacija u familiji za olfaktorne receptore (kod čoveka 55% pseudogeni)
Značaj gašenja gena u evolucionoj divergenciji taksona – brze fenotipske promene – primeri u evolucionoj
liniji čoveka
y Delecija 92bp u CMAH genu – pre oko 2.8 mil.god.
y Inaktivacija MYH16 gena (miozinski lanac u mišićima za žvakanje) – pre oko 2.4 mil.god.
y Inaktivacija GULO gena (sinteza prekursora C vitamina) – pre oko 63 mil.god.
y Delecija 32bp CCR5 gena (koreceptor za vezivanje patogena – HIV)
Geni su se gubili u evolucionoj istoriji iz sastava genoma u nekim evolucionoim linijama.
y Gen se može gubiti tako što akumulira mutacije i izgubi svoju f-ju, i od njega nastane pseudogen.
(najbolji primer gubitka gena je za početak gubitak njegove funkcije).
Pseudogen je bio nekada funkcionalni gen, koji je akumulirao toliko mutacija da je izgubio f-ju.
Te mutacije mogu biti različite (često je to nastanak STOP kodona).
Takvi geni su neobrađeni pseudogeni.
Obrađeni pseudogeni su retropseudogeni koji nastaju tako što se iRNK iz koje su već izbačeni
introni rezervno transkribuje u cDNK i ubaci se u genom.
Neobrađeni pseudogeni su kada legitiman gen koji je akumulirao mutacije i izgubio f-ju. To se
često dešava nakon duplikacije gena. Pa tako veliki broj gena u multigenskim familijama (kod čoveka
30% gena u multigenskim familijama) su pseudogeni tj. neobrađeni.
Zašto evolucija dozvoljava da nešto što je pažljivo evoluirano u nekom genomu

jednostavno izgubi f-ju i nestane.
Tokom evolucije selekcija može da favorizuje gašenje nekih gena.
Ima mnogo slučajeva kada gašenje jednog gena dovodi do brzog fenotipskog efekta, mnogo
bržeg nego da se čeka da jedan gen mutira i promeni svoju f-ju. Nestanak jednog gena može značajno
da izmeni fenotip u jednoj evolucionoj liniji. Primeri kod ljudi:
⌦ CMAH gen je važan u sintezi sijalinske kiseline. Svi primati imaju "nana oblik" sijalinske
kiseline, osim čoveka kod koga je ovaj gen doživeo deleciju 92 nukleotida pre 2,8 milina godina.
Sijalinska kiselina se nalazi na površini ćelije i predstavlja receptor za međućelijsku
komunikaciju, a i za brojne patogene koji se kače na površinu ćelije.
Nana oblik sijalinske kiseline kod primata, drugi oblik (npr. onog koji mi možemo da proizvedemo).
Ako je nefunkcionalan CMAH gen to menja tip interakcije između ćelija, to su površiniski
molekuli i ako su oni izmenjeni i interakcije između ćelija moraju biti izmenjene.
Ovo se desilo pre 2,8 miliona godina i to se dovodi u vezu sa početkom nastanka roda Homo,
što je sve povezano sa početkom velikog povećanja veličine i mase mozga.
21

Nekoliko teza za evoluciju CMAH gena:
1) Deletiran je gen, ali nije bio previše važan, nije bio pod intenzivnom selekcijom, pa se
održavao genetičkim driftom. Znači, nevažan je, ostao je zaboravljen u genomu.
2) Ta delecija je bila selektivno favorizovana jer je sprečavala da mnogi patogeni uđu u ćeliju.
Neki patogeni mogu da zaraze druge primate, ali ne i naše pretke jer nemaju taj oblik sijalinske
kiseline.
3) Promena međućelijske komunikacije, prevashodno u mozgu (jer se ovo dovodi u vezu sa

ekspanzijom veličine mozga) je mogla da bude ključna za komunikaciju između neurona i da je
selekcija mogla zbog toga favorizuje ovu deleciju tj. utišavanje ovog gena.
1. Gašenje CMAH gena je bilo selektivno neutralno jer nije bitno uticalo na fenotip (znači zadržao ga je drift).
2. Gašenje CMAH gena je bilo selektivno favorizovano, jer ako nema receptora na površini ćelije za koje treba
da se vežu patogeni to može da poveća imunsku sposobnost, tj. da smanji infenkcije patogenima.
3. Delecija koja je ugasila CMAH gen je bila selektivno favorizovana jer se time menja komunikacija između
ćelija što je važno za evoluciju mozga (komunikacija između nervnih ćelija). Veza: gubitak ove kiseline se
desio pre velikog povećanja mase mozga u evolucionoj liniji čoveka, pre oko 2,5 miliona godina. yyy
Još primera u našoj evolucionoj liniji:
⌦ MYH16 (miozinski lanac) koji se kod drugih primata aktivira u mišićima za žvakanje. Kod
čoveka je inaktiviran i time su oslabljeni mišići za žvakanje (to se desilo pre oko 2,4 miliona godina).
Taj događaj se vezuje za povećanje kranijalnog kapaciteta i veličine i mase mozga, zato što jaki
mišići tokom ontogeneze organizma drže razviće lobanje pod velikim naponom, što sprečava
uvećavanje kranijalnog kapaciteta.
Inaktivacijom MYH16 gena kod čoveka koja značajno smanjuje značajno smanjuje jačinu
mišića za žvakanje, omogućava se:
- povećanje kranijalnog kapaciteta i mase mozga (oslobađa se kranijum jakih mišića tokom ontogeneze)
- omogućava finiju kontrlu vilice neophodnu za pojavu govora (jer se slabijim mišićima lakše manipuliše)
To je povezano sa evoluciojm roda Homo.
⌦ GULO gen važan za sintezu prekursora za vitamin C, je pre 63 miliona godina ugašen u liniji
čoveka. Održavanje inaktivacije ovog gena jer bilo moguće zato što mi vitamin C unosimo hranom.
Kod organizama koji hranom unose vitamin C ovaj gen je mogao da ostane ugašen.
Ljudi, zamorci i ljiljci nisu u stanju da sintetišu vitamin C, jer u genomu imaju pseudogen za enzim
GULO, koji proizvodi prekursor vitamina C.
Do inaktivacije GULO gena je došlo pre 63 miliona godina.
Inaktiviran GULO gen je mogao biti fiksiran u populacijama predaka putem genetičkog drifta,
jer su koristili hranu bogatu vitaminom C.
⌦ CCR5 gen je u nekim ljudskim populacijama doživeo deleciju 32 bazna para. To ljudi su
rezistentni na HIV virus jer je to koreceptor za vezivanje i ulazak HIV virusa u imunske ćelije.
Ljudi koji su homozigoti za ovu varijantu ne mogu da obole od AIDS-a, jer virus ne može da
uđe u njihove ćelije.
22

Najveća učestalost ovog deletiranog alela je u zapadnoj Evropi, neke analize došli su do zaključka da
ova mutacije nije straije od 700 godina, i to je 13. ili 14. vek kada je nastala ova mutacija.
U zapadnoj Evropi 13. i 14. vek je bio obeležen prljavim gradovima (kanalizacije su tekle ulicama),
velikim epidemijama (kuga, kolera, dijareje).
Kada je CCRP alel, prisutan kao koreceptor i ako omogućava ulazak HIV-a, mogao je da omogućava i
brojnim drugim patogenima ulazak u ćelije, pa je ova mutacija (delecija 32 bp) bila pod velikim selektivnim
pritiskom u pravcu fiksiranja.
Analize na kunićima pokazuju da kunići sa ovom delecijom su otpornije na razne patogene.
To je objašnjenje zašto je u zapadnoj Evropi visoka učestalost ovog alela, jer su tamo ljudi bili izloženi
velikim epidemijama.
Kako se ide ka ostalim delovima Evrope ta učestalost klinalno opada.
Uloga evolucionih mehanizama u zadržavanju pseudogena
Koji evolucioni organizmi mogu da održavaju pseudogene
Naš genom je veliki, u njemu se nalazi mnogo toga, pa i ono što nam na prvi pogled ne treba.
Kad budemo govorili o evoluciji mehanizama regulacije, pomenućemo da pseudogeni i nisu u potpunosti neutralni, tj.
da i oni mogu da imaju razne uloge u ćelijama (npr. na nivou transkriptoma da regulišu ekspresiju roditeljskih gena).
Veliki genomi (kao ljudski) mogu da čuvaju i razne "viškove" dugo vremena.
Kičmenjaci (koji imaju male populacije) mogu da čuvaju mnogo toga u genomu, jer selekcija
nije efikasna u izbacivanju.
Što je jača selekcija, veća je verovatnoća da će viškovi biti eliminisani. Višak bi bio i pseudo gen.
Kod prokariota koji imaju ogromne poupulcije, imaju male genome, jer selekcija teži da
eliminiše svaki višak. Pseudogen bi u startu predstavljao višak za genom. Zato kod prokariota ima jako
malo i pseudogena. U tim velikim populacijama selekcija izbacuje vaki višak.
Primer:
- Prohlorokokus (morska cijanobakterija, odgovorna za 20% kiseonika koji dišemo u atmosferi)
- Pelagibakter ubikve (alfa proteobakterija, najodgovornija za razlaganje i cirkulisanje ugljenika u biosferi).
Te vrste imaju najbrojnije populacije (1028 ćelija). Imaju veoma male genome, bez pseudogena.
Tu je selekcija (selekcija za brzimu replikacije, za što veće umnožavanje i brojnost) favorizovala

manje genome. Bakterija koja je uspela da izbaci neki pseudogen će biti favorizovana, jer se brže
replikuje (manji genom - brža replikacija).
23

Gene koji više ne rade ništa u organizmu, koji više nisu neophodni za funkcionisanje nekog
organizma i nisu pod nazorom selekcije genetički drift može slučajnošću da elimiše.
Primer:
Obligatni paraziti i endosimbionti, koji mnogo svojih gena više ne koriste.
Redukovani su i morfološki i genomski (Mikoplazma, Rikecija, Hlamidija), u poređenju sa
svojim neparazitskim srodnicima imaju mnogo manje genome.
Oni imaju male populacije u jednom organizmu domaćinu. Geni su im izgubili f-ju zbog
parazitskog života, i samim tim intenzitet selekcije za te gene je značajno opao.
Kod malih populacija, drift je bio mehanizam koji je slučajno fiksirao male genome. Znači,
neće ih selekcija čuvati jer više nisu važni.
Uloga evolucionih mehanizama u zadržavanju pseudogena
I gašenje gena (ne samo sticanje) može biti važno za pravce evolucije, može omogućiti sticanje različitih
fenotipskih karakteristika. Kada se gen ugasi, on postaje - pseudogen.
U većim populacijama efikacniji evolucioni mehanizam je selekcija, u manjim populacijama je drift:
SELEKCIJA
U manjim populacijama velika je šansa da opstane i "višak" u genomu.
Veliki genom je povezan sa malim populacijama i velikim organizmima selekcija je malo efikasna.
Selekcija kod organizama koji su veoma brojni (bakterije) brzo eliminiše pseudogene. One retko imaju
pseudogene, jer bivaju brzo eliminasni iz genoma.
Vrste: Prohlorokokus (morska cijanobakterija) i Pelagibakter ubikve imaju najbrojnije populacije (1028 ćelija).
Prohlorokokus stvara do 20% atmosferskog kiseonika, Pelagibakter je najodgovornija za reciklažu ugljenika.
Obe imaju vrlo male genome. Izbačeni su svi viškovi.

Tu postoji selekcija za brzu replikaciju i svaki višak koji usporava replikaciju selekcija će izbaciti.
DRIFT - I drift ima ulogu u izbacivanju pseudogena.
Obligatni paraziti koji žive u drugim organizmima (Mikoplazme i dr.) nemaju velike populcije: domaćin
je njihova niša, ne mogu biti brojni, a imaju vrlo male genome.
Tokom evolucije se ugasilo mnogo gena koji su nepotrebni (i zato što su nepotrebni nisu pod nadzorom
selekcije), pa bi tu postojalo mnogo pseudogena, a zatičemo male genome - pseudogeni su eliminisani.
Drift može da odradi slučajne eliminacije koji bi bile na kraju fiksirane, i više nema tih delova genoma
koji nisu potrebni.
24

25

7. Evolucija regulacije genske ekspresije (1.)
(Za ispit nisu potrebni primeri, već da se zapamti suština).
Sa morfološkom složenoću najbolje koreliše količina nekodirajućeg genoma (deo genoma koji
ne nosi informaciju za kodiranje proteina). To je bio iznenađujući nalaz u eri genomike, jer se
očekivalo da je informacija presudna za povećavanje kompleksonsti.
Živa bića su evoluirala, ne povećanjem informacije koju će sadržati njihove ćelije, već je
evolucija išla u pravcu raznovrsnog i invetivnog načina korišćenja tih informacija. Naravno da postoji
trend povećanja broja gena koji kodiraju za proteine, ali oni nije zadovoljavajući u smislu objašnjenja
tolike kompleksnosti.
Današnja genomika gleda na proces evolucije u kontekstu evolucije regulacije genske
ekspresije, jer se ispostavilo da je presudno za evoluciju filogenetske složenosti organizama (tj.
evoluciju organizama koje zovemo filogenetksi složenim)
Na nižem nivou možemo reći da morfološki (fenotipski) složeni organizmi imaju značajno veći
broj tipova ćelija. To je jedan od kriterijuma da je jedan organizam značajno složeniji od drugog
organizma.
To u evolucionoj biologiji predstavlja osnovu koncepcije EVO-DEVO (evolutiona and
development).
Moderna sinteza
Moderna sinteza je genocentrična, jer je u toj koncepciji evolucija
je promena učestalosti alela. Genotip direktno određuje fenotip. Od toga
kakav je fenotip u određenoj životnoj sredini zavisi adaptivna vrednost, na
osnovu razlika u adaptivnoj vrednosti će delovati selekcija i doći će do
preomene učestalosti alela, tj. do promena genetičke strukture.
Ukoliko direktno napravimo mrežu između genotipa i fenotipa,
onda možemo da napravimo i "prečicu", nije nam važno kakav je fenotip,
ako znamo genotip, znaćemo i adaptivnu vrednost i znaćamo kakva će biti
promena genetičke strukture populacije. Fenotip je tu izbačen iz igre.
Pitanje je zašto evolucionu biologiju suštinski ne zanima fenotip,

već prevashovno genotip. Razlog za to je Moderna sinteza koja je temelj
Evo-devo koncepcije. Ali ona nije sagledala sve što treba u evoluciji, tj.
evoluciju ne možemo svesti samo na promenu učestalosti alela i da nas pri
tom ne zanima fenotip.
1

Šta je prethodilo ovakvom razumevanju evolucije - da je evolucija jednostavna promenam
učestalosti alela.
Darvin je postavio osnove današnje evolucione biologije. Kada je nastajala ta teorija Darvin je
bio svestan, da nema teorije evolucije bez teorije nasleđivanja: Poznata je njegova pangeneza, tj.
gemule koje postoje u svakom delu tela, na koje može da utiče životna sredina. Te gemule mešaju
putem krvi pri nastanu potomka koji bi bio izmešana tečnost koja sadrži gemule. Problem sa ovako
shvaćenim "mešanim" nasleđivanjem kod Darvina je to što se strašno obara individualna varijabilnost:
ako su u pitanju tečnosti cvena i bela, pri njihovom mešanju se dobija roze tečnost i potomstvo je koje
se dobija tako je jako međusobno slično.
Tu postoji problem sa obaranjem osnovne premise Darvine teorije a to je individualna
varijabilnost.
Zato se uvodi priča o nasleđivanju stečenih osobina iz sledećeg razloga: ako roditelji sve ono
što su stekli tokom života (tj. promene koje su im se desile tokom života) mogu da prenesu na svoje
potomstvo, i to je onda novo generisanje genetičke varijabilnosti.
Ne znajući ništa o nasleđivanju Darvin je prihvatio staru priču o mešanom nasleđivanju i

nasleđivanje stečenih osobina (koje vezujemo i za Lamarka).
Veći problem se ticao nasleđivanja stečenih osobina, Darvin je mislio da individue tokom
celog života (ontogeneza je proces od rođenja pa do smrti koji uključuje i proces reprodukcije)
sakupljaju različite varijacije uslovljene životnom sredinom, i on ne pravi razliku između različitih faza
razvića (svejedno mu je da li su u pitanju gameti ili bilo koja faza adultnog razvića). Tu se gubi veza
između nasleđivanja i onoga što nasledni faktori trebali da rade u organizmu.
Šta rade geni u kontekstu genetike i molekularne biologije?

Pravimo različku između dve stvari koje rade geni:
1. Transmisija (prenošenje u naredne generacije)
2. Ekspresija (na koji način se ekspriraju i prave telo tj. učešće u procesu razvića)
Molekularna biologija se pre svega bavi onim što rade geni, a genetika nasleđivanjem
(transmisijom genom).
Tu nastaje problem, jer ako Darvin kaže da nema veze kada se dese neke promene (na početku
života, u tekućinama kod adulta, i kasnije kod transmisje), onda nema nikakve razlike između
transmisije i razvića. On je izjednačio ontogeniju sa nasleđivanjem. Posledica toga je da se ni jedno ni
drugo ne razume dovoljno niti transmisija, niti razviće. To je dovelo do Sumraka darvinizma, tj. do
brojnih zamerki Darvinovoj koncepciji.
Osnovni razlog sumraka darvinizma:

- pored toga što je imao problem sa varijabilnošću ukoliko primeni mešano nasleđivanje,
- njegova koncepija prorodne selekcije je bila u velikom problemu ako se prihvati
nasleđivanje stečenih osobina i mešano nasleđivanje. Zato što selekcija treba da favorizuje određena
svojstva i iz generacije u generaciju bi ta svojstva postojala sve češća. Kod Darvina ukoliko postoji
nasleđivanje stečenih osobina, to bi značilo da u svakoj novoj generaciji postoji veliki uticaj životne
sredine i kreiranje denovo varijabilnosti. Tu selekcija ne može da bude efikasna, ne može efiksano da
favorizuje nešto iz razloga što se tu stalno javlja denovo varijabilnost.
Prirodnjaci nisu sumnjalu u samu evoluciju, već u objašnjenje evolucije koje se baziralo na
koncepciji prirodne selekcije.
2

1900. godine genetika ulazi u evolucionu biologiju i to je to spasenje Darvinove evolucione
teorije. Mendel je spasio Darvina (Darvinovu koncepciju prirodne selekcije), koncepcijom
partikularnog nasleđivanja po kojoj su nasledni faktori entiteti koji se prenose nepromenjeni iz
generacije u generaciju. Nema potrebe da se uvodi pričo o stečenim osobinama, o kreiranje nove
varijabilnosti, jer varijabilnost je sadržana u različitim varijantama gena, tj. različitim alelima.
Pojavljuje se novi problem, postoje partikule koje se nasleđuju. Darvin nije pravio potrebnu
razliku između individualnog razvića i evolucije, tvrdio je da na evoluciju može da utiče bilo šta što se
desi bilo kada u životu organizma. Tu je veza između razvića i procesa evolucije bila nejasna.
Kada su se pojavili geni kao koncept, koji postaje važan, postavilo se pitanje: šta je sa procesom
razvića, kako uklopiti funkciju i transmisiju.
Vajsman, citolog, bavio se embriologijom i biologijom ćelije, otkriva da se ćelijska linija u

embrionu (germplazma) odvaja vrlo brzo nakon oplođenja od ćelijskih linija (somatoplazma) koje će
napraviti telo. Ako se u embrionu vrlo rano odvaja grupa ćelija koja će napraviti gamete (a naredne
generacije prave gameti), a ostalo su somatske ćelije, onda prestaje da bude važno šta se dešava u
somatskim ćelijama, jer su gameti ti koje se prenose u naredne generacije.
Rano odvajanje germplazme od somatoplazme je značilo da sve što se dešava sa organizmom
tokom života (uticaj životne sredine), je potpuno nebitno za nasleđivanje.
Gameti se prenose, a sve što se dešava sa telom je nevažno, koliko se telo menjalo tokom
ontogenije je nebitno. Moderna sinteza potpuno razdvaja razviće od priče o evoluciji.
Evolucija po modernoj sintezi je transgeneracijska transmisija koja se dešava preko gameta, a

razviće je nešto što se u svakoj generaciji dešava - razvijaju se organizmi, ali to uopšte ne utiče na to
koji će se geni prenositi u naredne generacije. Došlo je do potpunog razvođenja razvića (tj. funkcije
gena) i transmisije naslednog materijala.
Čitava koncepcija postaje isključivo genocentrična, i sferi interosavanja su samo geni koji se
prenose. U modernoj sintezi razviće je izbačeno iz priče o evoluciji.
Moderna sinteza je važna jer je raščlanila funkciju gena i transmisuju i doprnila da potpuno
razumemo mehanizme prenošenja gena.
1930. godina počinje da se ujedinjuje biohemija sa genetikom i rađa se molekularna biologija.

Hemičari su uvleko poznavali proteine, mnogo enzimskih puteva u organizmu. Ovde, sa jedne strane
postoji evolucija koju ne zanima šta se dešava u organizmu, šta rade geni u organizmu, a sa druge
strane postoji biohemija koja se upravo bavi funkcijom gena.
Pauling je važan hemičar za razbijanje stare dogme u biohemiji koja je podrazumevala da su

enzimi koloidni rastvori. Suštinsko opredeljenje biohemije je bilo biohemija koloidnih rastvora, po
kojoj su enzimi bile skupine polipeptida i nije važno kakve su im strukture (važna je sekvenca, a
nevežna je 3D struktura tog proteina koji obavlja nešto u ćeliji), tj. proteini su agregati koji nešto
odrade.
Iza toga leži još jedna dogma biohemije tog doba, po kojoj su najvažnije veze u molekulima su
kovalentne veze - jake hemijske veze.
Pauling je uzdrmao priču o kolidnim rastvorima i kovalentnim vezama. Po njemu, struktura je

važna jer ona određuje šta radi određeni molekul. A ova 3D struktura se ne pravi preko kovalentnih
veza. Sam polipeptid je izgrađen od kovalentnih veza, ali do upetljavanja dovode slabe veze vodonične
3

veze (prevashodno) i jonske veze. Uvođenjem priče o slabim vezama, na velika vrata uvodi priču o
konformaciji molekula koji nešto rade u ćeliji. To je bio uslov da se odredi struktura proteina, DNK, jer
bez ideje o vodoničnim vezama i bez napuštanja koncepcije koloidnih rastvora to ne bi bilo moguće.
U vreme kada nastaje moderna sinteza ('30 i '40 godine prošlog veka), postoji i biohemija
(enzimologija) koja izučava šta se dešava u ćelijama. Biohemičari se nisu bavili nasleđivanjem, njih su
zanimali enzimi.
Bilo je nužno da se postavi pitanje šta su nasledni činioci. Ovo je važno jer se iz ovoga vidi
kako nauka funkcioniše: Čitava genetika i sve koncepcije u genetici bile su razjašnjene i sve se
razumelo o nasleđivanju (transmisiji), evoluciji bez ikakve ideje šta je gen i kako funkcioniše.
Do 40-tih godina postoji kompletna priča o nasleđivanju, populacionu genetiku, evolucionu
genetiku, a da se ne zna šta je gen. (Transmisionu) Populacionu genetiku nije bitno ni izmenila priča o
tome šta je gen.
Kada se utemeljiča transmisiona genetika postavilo se i pitanje šta je to u ćeliji što nosi te
nasledne činioce. Citolozi su u 19. veku otkrili da je to jedro i hromatin, ali šta tačno postoji u tom
hromatinu i šta tačno nosi naslednu generaciju se nije znalo.
Vrlo brzo se otkrilo da se u hromatinu nalaze nukleinske kiseline i proteini. Mišer otkriće DNK.
Proteini su još ranije otkriveni.
Prva ideja je bila da su proteini nasledni činioci:

- Pošto hromatin sadrži i DNK i proteine, mislilo se da proteini nose naslednu informaciju što se
uklapalo sa pričom iz enzimologije po kojoj su proteini ti koji sve rade u ćeliji. Pošto se proteini nalaze
u jedru i hromatinu, logično je bilo pretpostaviti da proteini nose naslednu informaciju.
- za DNK koja ima 4 različite baze mislilo se da to ne može da objasni toliku naslednu
raznovrsnost. DNK se odbacivao kao molekul koji je nosilac nasledne informacije, smatralo se da je on
samo kostur koji nosi proteine-gene, ili je eventualno izvor energije za gene koji su proteini (jer se već
znalo za ATP koji inače ulazi u sastav DNK).
1953. Votson i Krik su predstavili strukturu DNK, i iste godini Herši i Čejs su definitivno
potvrdili da je DNK nosilac nasledne informacije.
Važan je upad fizičara u ovu priču. Molekularnu biologiju su započeli fizičari. Biologija je bila ,
prirodnjačka disciplina (biolozi su išli po terenima skupljali biljke i životinje, nisu se previše bavili
osnovnim konceptima "zašto i kako". Zašto je Bog ovu vrstu postavio tamo ili ovde). Genetika je to u
značajnoj meri promenili. Pitanja "šta je u samoj strukturi i kako da otkrijemo nasledne činioce" su
postavili fizičari.
Posle drugog svetskog rata postoji veliko interesovanje fizičara za biologiju, i istoričari nauke
koji se bave nastancima važnih naučnih koncepcija, kažu da je važno interesovanje fizičara za biologiju
počelo kada je koncipirana teorija relativiteta, kvantna mehanika. Fizičarima se činilo da su svi veliki
probleme tim teorijama rešeni i zato im je bilo neinspirativno baviti se naučnom oblašću u kojoj su svi
veliki problemi rešeni, ostaje naravno pitanje detalja, ali to nije više toliko inspirativno kao što je bilo.
Biologija im tada postaje interesantna. Smatra se da su mnogi fizičari prešli u biologiju i iz drugih
razloga, fizičari su bili upotrebljeni za politiku rata (atomska bomba), dešifrovanje šifri, i osećali su se
iskorišćenim. Oni, razočarani, žele da pobegnu od fizike u oblast koja ima se čini neistražena -
biologiju.
Maks Delbrik, harizmatični teorijski fizičar koji se bavio kvantnom mehanikom i teorijom
relativiteta, smatrao je da biologiji treba drugačiji pristup, dolazi da na ideju da nasledne činioce treba
proučavati na isti način kao što se proučavaju atomi. Nils Bor i Šredinger su bili začetnici upliva fizike
u pitanja biologije. Nils Bor je držao predavanje 30-tih godina o svetlosnoj terapiji (light and life) i
govorio je o važnosti razumevanja fundamentalnih fenomena da bi se razumeo život. Bor (po knjigama
4

istorije nauke) je bio loš predavač, nije se lako mogao pratiti. Delbrik na to njegovo predavanje (lighta
and life) i razumeo je potpuno pogrešno Bora.
Bor je bio vitalista koji je podržavo da se fizičari bave feenomenom života, ali je njegova teza
da mi ne možemo razumeti život do kraja iz razloga što da bi se proučavali osnovi života moramo ubiti
živo biće, a ako ga ubijemo ne možemo da spoznamo šta je to što to biće čini živim. Bor je suštinski
bio vitalista i rekao je da mi možemo da proučavamo život prihvatajući tu osnovnu premisu da je to
stvar koja suštinski nedokučiva i to je osnova vitalizma (elan vitale). One podržavao da se sitni
fenomeni u živom trebaju proučavati, ali sam život (vitalna sila) je nedokučiv.
Delbrik ga je pogrešno razumeo (razlog je verovatno to što je Bor bio loš predavač), tj. to je
razumeo poziv da se tom fenomenu života u tim najsitnijim detaljima priđe na koncepcijski drugi
način. A on kao teorijski fizičar iz toga je mogao da zaključi da se fenomenu života treba pristupiti kao
i kvantnoj fizici, kao proučavanju atomu.
Do strukture atoma se došlo bombardovanjem tankih pločica zlata različitim česticama, pa se
gledalo gde su te čestice odlutale, kroz šta su prolazile, a gde su se sudarale i vraćale nazad, i to je
praćeno preko rentgenskog filma i došlo se do ideje kako izgleda atom.
Delbrik odlazi u Ameriku, bežeći od rata, i kreće sa idejom da bi smo sam nasledan činilac koji
je neka partikula (pravi analogiju sa atomom) mogli da razumemo isto tako - bombardujući organizam
nekim radioaktivnim zračenjem različitog intenziteta (tada se već znalo za x-zrake koji izazivaju
mutacije). Ideja je bila analogija sa drvetom punim plodova - ako gađa u drvo mecima različitih
kalibara, oni mogu da mu kažu koliki su plodovi. Ako je preveliki kalibar, on će uništiti mnogo više od
jednog ploda koji želi da gađa, ako je premali velika je šansa da će promašti. Fizičari i biolozi koji se
sanjm udružuju u toj ideji, kreću od toga da različita zračenja prave različite jonske promene (jonske
dimere itd.) i na osnovu intenziteta zračenja može da se izračuna kolike su te jonske promene i koliko
jonski molekuli-agregati nastaju usled tog zračenja. Iz takvih eksperimenata, on dolazi do zaključka da
je veličina gena 10 ekstrema.
Ideja da se na taj način ispita veličina gena, danas znamo, da je bila potpuno pogrešna, međutim
njegova procena veličina gena je bila vrlo tačna i to se zove slučajni promašaj, koji se u nauci često i
dešava.
Delbrikova ideja je bila slična ideju moderne sinteze, zanima ga šta je taj gen, a to šta on radi će
ostaviti po strani. On je često govorio da ga "haos" hemije (molekula u ćeliji) ne zanima i da to ne
može da nas dovede do razumevanja suštine života. Haos hemije samo pravi šum od koga ne možemo
da vidimo suštinu živog - gene. Njegov pravac istraživanja ide niz vodu priče o genocsntričnom
procesu evolucije. Ni jedan molekularni biolog nije bio priznat dok ne prođe Delbrikove seminare.
Delbrik je promovisao komunikaciju, razmenu ideja. On uvodi i matemaku u biologiju, koja se
pokazala jako važnom.
Biohemije se pre svega bavila proteinima, molekularna biologija se bavi genima - šta su geni i
načinima na koji oni funkcionišu i to je inicirano od strane fizičara. Delbrikova laboratorija je bilo jako
važno mesto za molekularnu biologiju - tu su Votson i Krik, kao i Herši i Čejs predstavili svoje
rezultate.
Onda kada je Delbrik razumeo da stvar preuzima ipak hemija, ovo fizičarima prestaje da bude
interesantno, od 50tih kada se otkriva struktura DNK i sve se svodi na hemiju.
5

Gde je u ovoj celoj priči razviće. Bez obzira što je bilo u
jednom trenutki nužno da se razdvoji transmisija od funkcije, ponovo
se javlja da ideja da te stvari nemogu da se međusobno izoluju. I na
tim temeljima zasniva se danas evo-devo koncepcija.
Ako je ona prva slika genocentrična teorija, ova slika je eco-
evo-devo koncepcija.
Eco-evo-devo: Imamo genotipove (važni su za to kakvo će

telo nastati), međutim genom nije skup gena gde svaki gen radi nešto
drugo (jedan gen jedan enzim). To brzo biva odbačeno, jer se
razumelo da genom nije običan skup gena gde je svaki gen za sebe,
već geni utiču jedni na druge. Životna sredina, kontekst u kome se
dešavaju interakcije između gena je jako važan za formiranje
fenotipa.
Po prvoj koncepciji Moderna sinteza, odnos fenotipa i

životne sredine je sledeći: rodi se fenotip koji je direktno određen
fenotipom, u toj životnoj sredini da li je taj fenotip adekvatan ili nije
se testira kroz prirodnu selekciju. Životna sredina je filter - statična
arena koja filtrira fenotipove koji mogu da opstanu i one koji ne mogu da opstanu.
Po evo-devo koncepciji, životna sredina nije samo statična arena, već ona utiča na interakciju
između gena, a time utiče i na razviće organizma, utiče na fenotip. Životna sredina ima tu formativnu
(kreativnu) ulogu u formiranju fenotipske varijabilnosti na koju deluju evolucioni mehanizmi.
Selekcija prepoznaje fenotip (a ne gene). Nije važna životna sredina samo u kontekstu filtritanja
fenotipa, već ona ima i kreativnu ulogu u formiranju fenotipova.
Kad kažemo da geni utiču jedni na druge, da su u interakciji, da bez te interakcije nema razvića,
jasno je zašto razviće ponovo postaje važno. Ako su geni u interakcijama, onda je regulacija ekspresije
gena od presudne važnosti z aproces razvića, a samim tim i za proces evolucije.
Zato se ovde bavimo evolucijom regulacije ekpresije gena, kako je do toga došlo. Imamo
nekoliko saznanja, da veliki deo genoma učestvuje u regulaciji onog manjeg dela genoma koji nosi
informaciju. Koji su sve nivoi regulacije ekpresije gena.
PITANJE 34
Ekspresija gena:
Fragment koji zovemo gen nosi neku informaciju koja treba da bude na kraju prepisana
u protein. Ekpspreija može da se reguliše na više mesta:
y na nivou transkripcije (tj. na nivou DNK):
1. Da li će neki gen u određenoj ćeliji biti transkribovan zavisi od toga kakav je njegov
cis regulator i koji će TF za njega da se veže. Da li će taj TF da inicira ili inhibira
njegovu transkripciju. (danas ćemo se baviti evolucijom cis i trans regulatora).
2. tipovi nukleozoma (modifikacije hromatina)
6

y Ako dođe do transkripcije, šta sve može da zadesi taj RNK molekul.
1. primarni traskript prvo mora da se obradi - iskrajanje introna i spajanje egzona da bi

se dobila iRNK.
2. moguće je da se od istog gena dobiju različiti alternativni produkti tj. od iste sekvence
na DNK postoji mogućnost da se dobiju različite RNK sekvence.
To je izvor varijabilnosti.
3. Ova RNK se poliadeniluje, dobija poliA repić.
4. može da se edituje. To je sve izvor varijabilnosti tj. da nastane produkt ovakav ili
onakav.
y U toj ćeliji ta iRNK koja je konačno nastala kakva god da je.
1. Ta iRNK interaguje sa drugim proteinima, sa drugim RNK transkriptima na mnogo

različitih načina, to je interakcija transkriptoma.
y Konačno ukoliko uđe u translaciju i nastaje neki proteinski produkt,
1. taj proteinski produkt opet može da se hemijski modifikuje na različite načine.
Znači, na svim ovim nivoima ekspresija gena može biti zaustavljena, tj. ovaj gen može da
nedoživi proces prepisivanja u protein.
Za biologe, detalji procesa regulacije niu važni, treba razumeti osnovne koncepcije: šta su cis,
trans, alternativna obrada primarnog transkripta.
Ukoliko jedan gen sintetiše enzim, i ukoliko znamo da jedan zigot nastaje spajanjem dva
gameta i nastaje kombinacija gena, kako se dešava da različite ćelije u jednom višećelijsom organizmu
imaju potpuno različit ćelijski fenotip, ako te ćelije imaju istu genetiku - to je paradoks jedarne
ekvivalencije.
7

Tu je genetika u problemu - nije sve u genima, nije dovoljno da razumemo transmisju već i
šta taj gen radi.
yEmbriolozi: pored gena mora da postoji još nešto u citoplazmi (tj.drugi važni elementi), koji
će odrediti šta će ti geni da rade ( ključni elementi koji će uticati na diferencijaciju ćelije).
yGenetičari Holdejn i Rajt prvi pretpostavljaju postojanje nekih elemenata kada i gde će se
aktivirati određeni geni (prostornu i vemensku aktivnost gena).
y Žakob i Mono 1961. definitivno pokazuju na koji način se reguliše ekspresija gena. Do tada
je to bila jedna velika crna kutija, ništa se nije do tad razumelo. Tu stupa molekularna biologija -
razumevanje kako se ti geni eksprimiraju.
Primer: Lac operon
E.coli ima niz gena koji kada se eksprimiraju daju enzime koji učestvuju u metabolizmu
laktoze.
Bakterijski geni koji su vrlo škrti na veličini svog genoma, imaju organizovane gene u operonima, što
bi značilo da regulatorni nizovi koji određuju da li će oni biti aktivirani ili ne su zajednički (tu se štedi
na veličini genoma).
Postoje 2 para regulatornih nizova koji regulišu da li će Lac operon biti aktivan ili ne:
- jedan je lacI niz koji sintetiše represorni protein. U nedostatku laktoze, protein represor se
veže za operator i blokira prilaz RNK polimerazi koja tad ne može da prepiše ovu sekvencu, i neće
nastati RNK molekul.
- drugi set regulatornih nizova je crp gen koji daje CAP protein koji je smešten dosta dalje od
lac operona. Aktivira se u nedostatku glukoze. cAMP (koji je indikator male koncentracije glukoze u
sredini) aktivira crp gen, pojavi se CAP gen koji je aktivator i vezuje za niz i aktivira transkripciju.
U prisustvu laktoze represor lacI je inaktivan, a kada je laktoza odsutna aktivator je u funkciji.
Ideja da se razume da se prvi put javljaju misli o tome na koji način bi se mogla regulisati ekspresija gena.
Na nivou gole DNK (da li će se aktivirati, ili neće određeni gen), ne pričamo o hromatinu
razlikujemo 2 osnovna tipa regulatornih nizova: trans i cis regulatori.
8

Trans regulatori su nizovi nukleotida, bilo gde u genomu, čiji se produkt protein koji zovemo
transkripcioni faktor (TF), ili neki RNK molekul vezuje za cis regulatore u blizini gena koji treba da
bude regulisan.
Trans regulatori su nizovi koji se nalaze bilo gde u genomu (svuda u genomu) i daju neki
produkt koji treba da se zakači za cis regulatore, koji se nalaze u blizini gena koji treba biti aktiviran ili
inaktiviran.
U cis regulatore spadaju:

- promotori
Za promotor se vezuje kompleks nespecifičnih TF-a sa RNK polimerazom.
Odatle, kada se vežu kreće transkripcija.
-pojačavač
Pojačavač je niz koji može biti blizu ili prilično daleko od gena čiji je ovo pormotor.
Za njega se vezuju specifični TF-i.
Kada se specifični TF-i vežu za pojačavač, napraviće kopmleks sa kompleksom koji se vezuje
za promotor (tj. stupa sa njim u interakciju) i tada može da počne transkripcija tog gena (aktivira
transkripciju) ili je inaktivira.
Specifični TF-i su ključni za to šta će ta ćelija da sintetiše, koji će geni biti aktivni u konkretnoj
ćeliji. Oni prepoznaju specifične pojačavače i ukoliko se vežu onda će ti konkretni geni biti aktivni, a
drugi neće biti aktivni.
Pojačavač može da funkcioniše i kao utišavač, zavisni od toga koji se TF za njega vezuje.
Vezivanje TF-a može ili da blokira ili da aktivira aktivnost nekog gena.
U cis regulatore spadaju:
-Promotori koji su vrlo blizu gena
-Pojačavači ili Utišavači koji su ili blizu ili dalje od gena, u intronima, u 3'UTR, u
kodirajućim delovima gena. Kada se za njih zakači TF, gen će ili da se transkribuje
ili neće.
-Izolatori su intergenskim regionima i prave branu da kada se aktivira jedan gen da

se ne nastavi tranckripcija i na sledeći gen. Izolator pravi izolaciju između dva gena.
Ovakvo sagledavanje priče za razliku od ideje "1 gen-1fenotip i eto je evolucija", kad
razmatramo regulaciju interakcije između gena, vidimo regulatorne gene koji daju neki TF koji će d
areguliše druge gene. Važno je i koji je to TF, koja je varijanta tog TF-a, da li je on varijabilan, da li
postoji polimorfizam za taj regulatorni gen, jer to je gen koji će da reguliše ostale gene.
9

PITANJE 35
Geni su umreženi, utiču jedan na drugog, zato mi više ne posmatramo evoluciju kao evoluciju gena,
već evoluciju genoma - regulatornog genoma.
Od svih gena koje ima neki organizam, postoji mreža gena u odnosu na to ko tu koga reguliše.
Na samom kraju te mreže su završne baterije gena (ili tzv. strukturni geni) koji leže
neposredno ispod određene osobine koju mi vidimo. Da li će oni biti aktivni ili ne, zavisi od toga da li
je neki drugi gena aktivan ili ne. A njega reguliše neki drugi gen koji je još dublje umrežen, pa njega
regulišu neki geni koji su još dublje umreženi.
I to je regulatorni genom u čijoj organizaciji postoji hijerarhija:

- Na periferiji se nalaze zavšni geni (npr. geni za neki enzim, npr. da li će se variti
glukoza ili ne) to su završne baterije gena.
- Njih aktiviraju neki drugi geni, a ove neki drugi geni itd. - regulatorni geni
(kodiraju TF-e)
- Za višećelijske organizme su važni signali koje ćelije jedna drugoj daju (različiti
parakrini faktori, adhezivni molekuli, različiti faktori koji će da definišu u kojoj
ćeliji će biti šta aktivirano.
Ridl - Koncepcija evolutivnih opterećenja

Postoje osobine koje su periferne, a postoje i osobine koje su suštinske za razviće jednog
organizma, npr. notohorda kod kičmenjaka. Kod svih kičmenjaka to je suštinska osobina, bez te
notohorde u procesima razvića oni ne bi bili kičmenjaci.
Sve što je bliže periferiji se menja značajno lakše.
Postoji hijerarhija evolucionih opterećenja:

- osobine i geni koji se nalaze na periferiji su dosta slobodni da se menjaju, jer ako se on
promeni to ne utiče ni na šta drugo.
- što je duže umrežen gen to je njemu teže da se menja. On može da se promeni, ali efekat je
ogroman. Kada se regulatorni gen promeni, on menja regulaciju velikog broja drugoh gena, efekat je
najverovatnije pad adaptivne vrednosti je takav da taj organizam nemože da opstane.
Što su dublje u mreži veća je verovatnoća da su geni konzervisani, jer su važniji.
U genetici fenomen da jedan gen utiče na veći broj osobina tj. gena je plejotropija. Veća
plejotropija znači veću evolucionu konzervisanost i dublju umreženost u regulatorni genom.
10

PITANJE 36
Cis regulatorna paradigma - (poznata su nam evolutivna opterećenja):

Lakše je da se promeni cis regulator nekog gena jer to utiče samo na njega.
Može da se promeni cis regulator nekog TF-a (gena za TF-e) koji će imati veće efekte.
Ako se promeni kodirajuća sekvenca to ima ogromne posledice.
Lakše je menjati tokom evolucije cis regulatore koji će da menjaju svoju osetljivost na ovaj ili onaj TF,
to ima manje posledice po organizam, nego kada se promeni trans regulator što ima velike posledice.
Po cis regulatrnoj paradigmi osnovi uzrok fenotipske evolucije (raznovrsnosti) kod složenih
organizama (složenih regulatornih genoma) je evolucija cis rgulatora.
To se vidi kada posmatramo bitne TF-e u grupi metazoa gde kod vrelu
udaljenih takosona možemo da vidimo da su oni vrlo slični, čak i ako su
divergirali pre 200 miliona godina. Oni su jako opterećeni i zato je njihova
promena značajno soprija.
Cis regulatorna paradigma - promene cis regulatora najbitnije za evoluciju višećeliske organizacije i
evolucione promene višećeliskih organizama i z objašnjenih razloga.
11

Načini mennjanja cis reegulatora
Evolucija cis-regulattora:
Pojjačavači su važni za oddređivanje koji

k će gen u kojoj ćeliiji biti aktivvan ili ne, zavisno
z od toga
t
da li imajuu afinitet da se za njih veže
v neki TFF ili ne.
Zahhvaljujući postojanju
p pojačavača različite
r ćeliije imaju i različite
r genne koji su kood njih aktivvni.
U jednoj ćeliji TF će se vezati zaa određeni pojačavač
p i taj gen će biti
b aktivan. U drugoj ćelijić nema tog
TF-a, nemaa šta da se vveže za cis regulator
r neekog gena i on neće bitti aktivan.
To je osnovni način da se reguliše differencijacija ćelija u jeednom višeććelijskom orrganizmu.
Buddući da su pojačavači jako važnii za diferenncijaciju ćellije (za defi

finisanje tog
ga koji su geni
g
aktivni, a koji
k neaktivvni u određđenom tipu ćelija), važžno je to kaako oni izglledaju i na koji način oni
mogu da ev voluiraju (dda se menjajju).
Postoje:
y Prosti
P nestrruktuirani pojačavači
p i za koje moože da se veeže samo jedan TF. Taakav gen će biti
aktivan sam
mo u jednomm tipu ćelijee i nigde dru
ugde.
y Složeni
S ili m
modularni pojačavači
p
Pojjačavač možže da ima različit

r brojj sekvenci zza koje se vezuju
v razliičiti TF-i. To
T je važnoo jer
ovaj gen neće
n biti ekksprimiran samo
s u jednnom tipu ćelije, već može
m biti ekksprimiran u jednom tipu
t
ćelije u jeddnom trenuttku u proceesu razvića, u drugom tipu ćelije u drugom trrenutku u procesup razvvića
itd.
Za diferencijaaciju ćelije nije samo važno koji gen se akttivira, već i kada se on o aktivira. Tu
prostorno (tkivno)
( i vrremenski sppecifičnu ekkspresiju regguliše ovaj odnos
o cis-trrans regula ator.
Primmer je eve gen

g kod droozofile koji ima pojačaavač od 20,0000 nukleottida koji mo ože da vežee 20
različitih TF-a.
T
evee gen kada se aktiviraa u određennom tipu ććelije određđuje diferenncijaciju oddređenih tipova
neurona, akktivira se i u prekursorrima mišićnnih ćelija. U mnogo razzličitih ćelija on se aktiivira u različito
vreme i izaaziva difereencijaciju pootpuno razlličitih tipovva ćelija. I ovaj
o eve gen
n je takođe TF koje ćee da
pali i gasi različite
r genne u različittim tipovim
ma ćelija. Onn je prilično duboko.
Zahvaljujuući složenom
m pojačavačču može da se aktivira u različitim
m tipovima ććelija u razliičito vreme..
12

Modularnost jednog cis regulatora omogućava da (ukoliko se za jedan modul tog cis regulatora
vezuje jedan TF, a a drugi modul drugi TF) ako se jedan modul promeni to neće uticati na funkcionalnost
drugog modula. Ukoliko je prvi modul važan za aktivaciju ovog gena u jedanom tipu ćelije, a drugi
modul za aktivaciju tog gena u drugom tipu ćelije, promena prvog modula neće uticati na drugi tip
ćelije i to značajno smanjuje plejotropne negativne efekte ovih promena.
Promena jednog modula može da dovede do toga da taj modul više nema afinitet za neki TF.
Npr. ima 5 različitih modula za neki gen, jedan modul je važan za vezivanje TF-a u jednom tipu ćelije
koji treba da aktivira taj gen u tom tipu ćelije. Ukoliko mutira taj modul, u tom tipu ćelije nastaće
problem sa aktivnošću tog konkretnog gena, ali to neće uticati na aktivnost tog istog gena u drugom
tipu ćelije i to je mozaična plejotropija.
Ako mutira prost pojačavač, on će uticati na kompletnu funkciju tog gena. A kada je
mozaičan, jedan modul može da se menja, a da ne utiče na f-ju tog gena u drugim tipovima ćelija.
To je važno za evoluciju cis regulatora, jer na taj način može da se manje f-ja gena u jednom
tipu ćelija, a da ne remeti f-ju gena u drugom tipu ćelija - to je ovde suština.
Ako se kod modularnih cis regulatora jedan modul promeni i taj promenjeni modul sada
pokazuje afinitet ne samo prema svom TF-u, već i prema nekom novom TF-u koji sada takođe može da
se veže za taj modul.
Može da se pojavi novi modul cis regulatora (što nije neobično, jer 11 do 20% cis regulatora u
ljudskom genomu potiče od ME, tj. ME se tu ugradi i njegovi regulatori počinju da regulišu taj gen
tako što za sebe vezuju neke nove TF-e).
Ukoliko se modul pojačavača promeni tako da počne da se vezuje neki drugi TF, ili se pojavi
novi modul koji vezuje neki drugi TF koji će da aktivira ove gene - može da dođe do toga da se taj
gen aktivira u ćeliji u kojoj se nikada ranije nije aktivirao. Znači u ćeliji u kojoj do tada nije bilo
TF-a koji bi aktivirao taj gen, neka promena modula cis-regulatora je takva da TF koji postoji u toj
ćeliji počne da aktivira i ovaj gen.
Ovo je način da jedan gen stekne različite f-je (genetička piraterija), da se aktivira negde gde se
ranije nije aktivirao; može da se pokaže kao koristan za taj novi ćelijski kontekst i da dobije novu f-ju.
13

Način da jedan gen zadobija nove f-je je taj da se promeni njegov cis regulator i da on postane
aktivan u nekom novom kontekstu (novom tkivu, novom delu tela) gde ima neku f-ju koju pre nije
imao.
Razlog zašto geni mogu da imaju veliki broj f-ja je taj što imaju složene pojačavače koji su ih
uključivali u različite ćelijske kontekste. Važno je i da su pojačavači modularni, jer to tim genima
omogućava da steknu neke nove f-je i da se f-je menjaju bez uticaja na druge f-je koje taj gen ima.
Šta sve može da se desi pojačavaču?
1. U postojećem modulu može da se desi mutacija i onda da se taj gen aktivira u nekom novom
kontekstu. Promeni se regulatorna mreža u kojoj učestvuje taj gen.
2. Može da se dobije novi modul od npr. ME-ta koji sada aktivira gen tako gde ranije nije bio aktiviran
i opet ga ubacuje u novu regulatornu mrežu.
3. Najčešće se dešava da se ne promeni potpuno mogućnost vezivanja starog TF-a ukoliko modul
mutira, već se promeni afinitet prema vezivanju za taj TF. Ako se promei afinitet taj gen će biti u
manjem stepenu eksprimiran, ili ukoliko se radi o inhibitoru biće u većem stepenu eksprimiran.
4. Ne mora da se promeni čak ni sam modul cis regulatora, može da se promeni dužina molekula DNK
u blizini tog modula.
Npr. tandemski ponovci se tu dese, poveća se dužina molekula DNK. Ako se promeni dužina,
to menja prostornu konformaciju vezivanja TF-a i to može da promeni aktivnost ovog gena.
Primer:
Prerijska i Planinska voluharica. Prerijska je socijalna životinja, monogamna. Planinska je
divlja, solitarna, ne učestvuje u odgoju potomstva, poligamna. Razlog razlike u ponašanju je pojačavač
gena za vazopresinski receptor koji se aktivira u određenim delovima mozga, i nije mutirao sam gen,
niti je mutirao konkretan modul, u blizini ovog gena desila se promena u broju tandemskih ponovaka.
Više tandemskih ponovaka dovelo je do veće aktivnosti vazopresinskog receptora kod
prerirjske voluharice (porodične), tj. ona ima više receptora za vazopresin.
Plaininske voluharice koje imaju manji broj ponovaka u blizini ovog gena, imaju i manje
receptora za vazopresin i imaju drugačije ponašanje.
Dakle, ništa se posebno nije desilo ni u genu, ni u njegovom cis regulatoru, nego u blizini.
14

Ovo su molekuli koji su u interakciji i presudna je konformacija, ako je nešto duže promeni se
konformacija i ima efekta.
Pojačavači mogu da se nađu na različitim mestima. Često su udaljeni od gena koji kontrolišu (na
mestima koje zovemo genske pustinje - tu nema kodirajućih nizova).
Što su složeniji organizmi rastojanje između pojačavača i gena koje on kontroliše je veće.
- Kod beskičmenjaka je 100 kilobaza udaljenost pojačavača

od gena koji treba da reguliše.
- Kod kičmenjaka udaljenost pojačavača u odnosu na gen
koji oni kontrolišu je i više od 1 megabaze.
Budući da se u tim delovima nalaze važni cis regulatori, ti delovi genoma iako su nekodirajući
jesu konzervisani (= nisu se menjali kod filohenetski udaljenih taksona).
Čovek i miš imaju na stotine mesta tzv. conserved non-coding

sites. to su nekodirajući nizovi koji su toliko konzervisani da su i kod
čovek i miša identični.
Nekad se mislilo da je to "junk DNA" i da je nebitno šta se tu nalazi, međutim sad znamo da se
tu nalaze vrlo važni regulatorni nizovi - cis regulatori ( više od 50% tih nizova su pojačavači).
Primer kod ljudi:

Kod ljudi u tim nekodirajućim konzervisanim nizovima postoje iznenađujuće promene u
odnosu na ostale sisare. To su human conserved delecije, delecije koje su se desile u tim regionima ne
postoje ni kod jednog drugog sisara - 510 takvih delecija postoji u našem genomu, a kod ostalih sisara
ne postoje. Dva primera:
- Delecije u blizini gena za androgenski receptor. To je receptor za testosteron. Testosteron kada

se zakači za receptor jedne ćelije (on ide i u jedro) reguliše koji će geni biti aktivni u tim ćelijama koje
su osetljiva na testosteron. Ova delecije je izbacila važan pojačavač za androgenski receptor.
15

Kod ljudskih mužjaka u odnosu na druge sisare odsustvuju facijalne mirisne dlačice, jer
testosteron ne može da aktivira te gene koji su važni za formiranje facijalnih mirisnih dlačica u tom
delu tela. Takođe, nedostaju keratinizirane čekinje na penisu (koje drugi sisari i primati imaju), pri
čemu je taktilna osetljivost mnogo manja nego kod drugih sisara i primata što produžava kopulaciju.
Kod primata koji imaju više keratiniziranih dlačica na penisu kopulacija traje kraće, kod onih
koji imaju manje dlačica kopulacija traje duže, što je korelisano sa monogamijom. Oni sa manje dlačica
monogamni, više porodični.
Jedna delecija u pojačavaču je odgovorna za ove promene u ljudskoj evolucionoj liniji.
- Delecija (samo u našoj evolucionoj liniji) u blizini gena koji je aktivan u mozgu čija je uloga
da zaustavlja ćelijski ciklus i da aktivira apoptozu. Ako se aktivira apoptoza u neuronima, oni umiru.
Pošto je deletiran pojačavač za ovaj gen, odlaže se apoptoza, produžava se ćelijski ciklus i
samim tim ima više neurona.
Tu nije došlo do promene u kodirajućem nizu, već u cis regulatoru - nema ga više i zato nema
aktivacije gena koji su kod drugih sisara aktivni.
PITANJE 37
TF-i su evolucioni više opterećeni, ali to ne znači da ne mogu da evoluiraju. Oni sporije
evoluiraju, manje se menjaju između filogenetski vrlo udaljenih taksona.
Jedan TF nosi sa sobom čitavu regulatornu mrežu - ima gene koje aktivira.
Npr. Pax6 ima svoju regulatornu mrežu tj. gene koje aktivira i koji su važni za
formiranje očiju i prednjih delova nervnog sistema.
Kada se eksperimentalno ubaci Pax6 iz jednog taksona u drugi takson, on može prilično da
obavi funkciju - razviće očiju i nervnog sistema. Međutim, kada ubacimo TF iz jedne udaljene vrste u
drugu vrstu, on može da odradi mnogo poslova (da aktivira odgovarsjuće gene), ali ne rekonstruiše se
16

kompletna regulatorna mreža tj. ne može u potpunosti da restaurira f-ju u vrsti u koju je ubačen, a to
znači da on jeste malo evoluirao, takođe moguće je da su evoluirali i cis regulatori u mreži gena na
koje taj TF utiče.
Bitne razlike između domena koje nam mogu razjasniti evoluciju modula regulatorne mreže:
y Kod prokariota, TF-i prepoznaju dugačke nizove (sekvence u cis regulatorima) da bi bili
efikasni. Regulacija je vrlo zavisna od sekvence tog cis regulatora.
y Kod eukariota, sve je mnogo labavije:

- TF-i prepoznaju značajno kraće nizove, i
- Njihova efikasnost zavisi od drugih proteina sa kojima su u interakciji.
TF-i se jako retko direktno vezuju za cis regulator, izuzetak su TF sa cinkovim prstima koji
ne moraju da interaguju sa drugim proteinima u ćeliji. Većina drugih će morati da interaguje sa drugim
proteinima u ćeliji u kojoj su se našli, da naprave različite tipove interakcija da bi mogli da se vežu (to
tzv. pomoćnici proteina).
TF-i većinom zahtevaju da interaguju sa nekim drugim proteinom da bi mogli da ostvare f-ju
vezivanja za cis-regulator kod eukariota.
To daje mnogo veću evolucionu plastičnost eukariotima, npr. mogu da se promene proteini sa
kojima interaguje TF, to menja njegovu konformaciju i time mogućnost afinitet za neki cis regulator.
Kod eukariota postoji trend da se što više oslobađa stega evolucije.
Iz toga sledi da: TF-i iako imaju plejotropne efekte, ne znači nužno da njihove mutacije imaju
plejotropne efekte.
Ako jedan TF u jednom tipu ćelije zahteva postojanje nekog proteina da bi
postavio svoju odgovarjuću konformaciju i da bi se vezao sa cis regulator, a u drugom
tipu ćelije neki drugi protein mora da interaguje da bi ostvario svoju f-ju.
Ako se promeni neki deo TF-a za interakciju sa proteinom u jednom tipu ćelije
to neće uticati na njegovu aktivnost u drugom tipu ćelije.
U tom smislu njegova mutacija ne mora nužno biti plejotropna.
Znači, kao i kod modula cis regulatora, i u ovom slučaju, upravo zbog toga što oni međusobno
interaguju, interakcija se može menjati u jednom tkivu, ali ne nužno i u drugom. Zašto je to tako?
17

Otkriće SLiM-ova ( = kratkih linearnih motiva u trnaskripcionim faktorima) je jako važno.
SLiMovi (u proteinima) su mali broj aminokiselina koje obezbeđuju ovu interakciju između
proteina, nalaze se u nestruktuiranom delu proteina (nisu važni za strukturu i f-ju proteina, ali su
važni za vezivanje sa drugim proteinima).
SLiM-ovi imaju 3-10 AK, a samo 2 do 3 su neophodne za ovu interakciju. Pošto je to mali niz,
vrlo lako može da se on promeni (lako evoluira), jedna mutacija u tom delu može da dovede do
promene aminokiselina u SLiM-u i da promeni interakciju sa drugim proteinom i na taj način izmeni f-
ju TF-a.
Dakle, nije se promenila njegova funkcionalnost, ali se promenio onaj deo proteina koji nije
važan za njegovu f-ju, ali koji je važan za to kako će on da interaguje sa drugim proteinima.
Ako se desi promena u SLiMu, promeniće se i interakcija sa drugim proteinima,

samim tim to može da uslovi promenu f-je tog TF-a u određenom tkivu. Ali ako to ne
utiče na interakciju sa drugim proteinom u drugom tkivu, onda prva promena neće
uticati na ovu drugu funkciju.
To su vrlo kratki nizovi. Važno je da se SLiMovi nalaze u delu proteina koji nije aktivni centar, već u
delu proteina koji je važan za međuproteinske interakcije.
I ovde Tandemski ponovci mogu da menjaju aktivnost TF-a. Mnogo gena za TF-e ima
tandemske ponovke, pa promenom njihove dužine (npr. broja tripleta) može da se menja i funkcionalnost
određenog TF-a.
Primer:
Runx2 gen kod rasa pasa utiče na osteogenezu (facijalnu morfogenezu) i otud
različite rase pasa imaju različite oblike njuške i vilice.
Runx2 gen je TF, i kod različitih rasa je različite dužine (usled različitog broja
tandemskih ponovaka) što menja funkcionalnost TF-a.
18

TF može da mutira u u kodirajućem nizu.
Primer je FOXP2 gen koji ima važne uloge (aktivira gene za razviće hrskavice,
vezivnog tkiva, za kranijofacioalno razviće, motoričke funkcije u mozgu -
cerebelum).
Kod ljudi je FOXP2 gen važan za evoluciju govora, pravi senzo-motorne neuronske mreže
važne za motoriku govora. Aktivan je u Brokinoj oblasti (važnoj za motoriku govora).
U evolucionoj liniji čoveka desile su se dve nesinonimne mutacije (nesinonimne mutacije

menjaju AK u proteinu) i te dve mutacije su bile selektivno favorizovane, i dovele su do toga da taj gen
učestvuje u formiranju neuronske mreže koja omogućava motoriku govora. (motorika jezika)
Kada FOXP2 mutira, umesto da se aktivira u Brokinoj oblasti, on je rasuto aktiviran i nastaje
problem sa motorikom govora.
19

PITANJE 38
Prvi nivo regulacije - cis i trans regulatorima koji dovode do toga da se ćelije razlikuju u
jednom istom telu, kao i na koji način se ta regulacija može menjati kroz evoluciju (bilo evolucijom cis,
bilo evolucijom trans regulatora).
Trans regulatori su više opterećeni, ali to ne znači da se oni ne mogu menjati, slobodu njihovog
menjanja čini to što kod eukariota:
1. Nisu vezani za dugačku sekvencu koju treba da prepoznaju u cis regulatoru,
2. Oni su u interakciji sa drugim proteinima, to ih oslobađa za evoluciju, pa efekti mutacija ne
moraju biti plejotropni (tj. mutacije mogu da se odraze na jedno tkivo, ali ne na drugo).
To im omogućava da evoluiraju iako su jako opterećeni.
Drugi nivo regulacije je Alternativno iskrajanje. (Introni i egzoni)
Od istog primarnog transkripta alternativnim iskrajanjem mogu nastati različite iRNK, a samim
tim i različiti proteini sa različitim funkcijama u različitim tkivima.
Ovaj nivo omogućava da se od iste DNK sekvence dobiju različiti fenotipovi.
Što je organizam morfološki složeniji, ima više gena koji imaju alternativno iskrajanje (AS),
veći broj gena može da daje alternativne (različite) RNK produkte, a samim tim različite proteine. Kod
prostih organizama taj broj gena je mali.
Caenorhabditis elegans (nematoda) svega 25% gena mogu alternativno da se iskrajaju. Tu je uglavnom
1 gen 1 protein.
Drosophila – 60%
Čovek – 95% gena koji kodiraju proteine sa intron-egzon strukturom imaju alternativno iskrajanje.
Prosečan gen ima 2 do 3 proteina.
Što je složeniji organizam - veća je mogućnost koju daje jedan isti DNK niz, i time
omogućava veću fenotipsku složenost.
Biljke – oko 50%
Kod ljudi, bar 30% varijabilnosti u inter-individualnim transkriptima je poreklom od alternativnog

iskrajanja (ne zbog toga što imamo različite sekvence u DNK, već zbog toga što se naši geni različito iskrajaju).
Bar 30% interindividualne varijabilnosti je poreklom od alternatovnog iskrajanja.
Životna sredina može da utiče na AS.
20

Primer veze životne sredine i AS: Receptor za Acetil-holin esterazu koja

razlaže Acetil-holinnakon što on izvrši f-ju pobuđivanja neurotransmisije. Gen za taj
receptor ima 6 egzona i daje 4 različita produkta ovog enzima. Pod stresom se najviše
formira R varijanta ovog enzima, to je mali protein koji može da se kreće kroz
međućelijske prostore i da ulazi u ćelije, važan je za odgovor na akutni stres. Ako je
stres hroničan, i stalno se iskraja i formira ova varijata, to može dpvesti do mnogo
neurodegenerativnih bolesti (Achajmera i Parkinsona).
Tkivna specifičnost AS
Ostvariranje tkivne specifičbosti alternativnog iskrajanja.
Kontrola uz pomoću brojnih regulatornih proteina.

Uloga SR proteina - vezivanje za pojačavače iskrajanja, pozicioniranje splajsozoma i kombinovanje egzona
RRM domen (RNA-recognition motif)
RS domen – podložan fosforilaciji serina – regulacija interakcije sa drugim proteinima
Izbor varijante iRNK zavisi od odnosa količine različitih SR
Evolucija SR proteina vezana za višećelijsku organizaciju

1-ćelijski eukarioti – 1 ili 2 gena za SR (kvasac nema)
Metazoa –9 familija SR gena
Uloga hnRNP (heterogenous nuclear RNP) - inhibicija iskrajanja

Pozicija nukleozoma – oko kasetnih egzona manja gustina nukl.
Modifikacije histona i metilacija DNK → ćerke ćelije
Kad se jedan gen eksprimira u različitim tkivima, njegov primarni transkript može različito da
se iskraja u različitim tkivima. Različite iRNK se formiraju od istog gena u različitim tkivima. To je
tkivna specifičnost AS-a.
Još nije potpuno jasno kako dolazi do tkivno specifičnog AS-a, tj do toga da je u određenom
tkivu AS takvo da se npr. 1. i 3. egzon (intron) se izbacuju, a u drugom tkivu 1. i 3. egzon ostaju u
iRNK. Ali ideje postoje:
⌦ SR proteini (proteini sa puno serina i arginina) tu imaju ulogu, kače se za sekvence

pojačavače iskrajanja bilo na egzonu ili intronu, oni su vodilje za splajsozom koji tu treba da se veže i
da obavi iskrajanje.
SR protein ima domen koji prepoznaje sekvencu na RNK i ima drugi domen preko koga stupa
u interakciju sa drugim proteinima. U jednoj ćeliji koja ima svoj hemijski sastav proteina, interakcije
jednog SR proteina koji treba da kaže koji intron će da se iskroji, a koji neće (odnosno koji će egzon da
ostane, a koji neće), njegov efekat zavisi od toga kakva je njegova interakcija sa drugim proteinima. Na
osnovu toga kako intergauje sa drugim proteinima zauzima konformaciju prepoznavanje određenih
mesta iskrajanja.
SR protein može da se fosforiliše, što dodatno može da odredi sa kojim će proteinima da bude
u interakciji, a samim tim i koja će mesta iskrajanja da prepozna.
U jednoj istoj ćeliji mogu da postoje različiti SR proteini koji će da prepoznaju različita mesta
iskrajanja.
Kompeticija između različitih SR proteina može da odredi koji će mesta iskrajanja da se
prepoznaju i da se tako odredi koji će se transkript dobiti.
21

O njihovoj važnosti za višećelijsku organizaciju (za diferencijaciju ćelijsku preko AS-a) govori
i činjenica da:
- 1-ćelijski eukarioti imaju samo 1 ili 2 gena za SR proteine.
- kvasac uopšte nema gene za SR proteine
- metazoa (višećelijske) životinje imaju 9 familija gena za SR proteine.
Ukoliko ima više SR proteina, ima i više opcija za AS, odnosno za diferencijaciju ćelija u veći
broj tkiva.
⌦ hnRNP (heterogenous nuclear RNP) su proteini u kombinaciji sa RNK molekulima.

Takođe regulišu AS, ali suprotno od SR proteina, inhibiraju AS. Kad se vežu za određeno mesto, tu
neće doći do kačenja splajsoma i do iskrajanja tog dela.
Interkacija tj. Balans između:

- SR proteina (koji treba da aktiviraju iskrajanje),
- njihova interakcija sa drugim SR proteinima i drugim proteinima u ćeliji,
- pa inhibitori iskrajanja
jeste balans koji pravi specifičan obrazac iskrajanja u određenom tkivu.
Toliko se zna o tome zašto bi AS u određenom tkivu uvek išlo na određeni način.
⌦ Kako će se izvršiti AS zavisi od i toga kakav je hromatin u tom delu, jer se samo iskrajanje
započinje tokom transkripcije (pri završetku transkripcije), dakle, važno je i šta okružuje tu DNK sa
koje se prepisuje RNK molekul.
Oko kasetnih egzona (sin alternativni egzoni) je manja gustima nukleozoma nego oko
konstitutivnih egzona.
⌦ Kako su modifikovani histoni (da li su metilovani, acetilovani, na kom mestu metilovani itd.).
Da li je DNK metilovana je takođe važno za to kakvo će biti AS.
Pošto se ti epigenetički markeri (metilacija DNK, modifikacije histone) prenose na ćerke ćelije
prilikom deobe - jedna ćelija u tkivu prenoseći taj epigenetički obrazac prilikom deobe, preneće i
obrazac AS-a. Pa zato sve ćelije u jednom tkivu imaju isto AS.
22

Mehanizmi regulacije AS:
- RS proteini i hnRNK proteini
- Izgled hromatina položaj nukleozoma, modifikacije histona, određuje iskrajanje:
-Kod kasetnih egzona (sin. alternativni egzoni) je manja gustina nukleozoma nego kod
konstitutivnih egzona što znači da pozicija nukleozoma definiše način iskrajanja.
-Modifikacije histona i metilacija DNK se razlikuju između različitih egzona.
Sve ove epigenetičke modifikacije (histoni, metilacija DNK) se nasleđuju prilikom deobe ćelije, tako da
će sve ćelije u jednom tkivu imati isti obrazac iskrajanja primarnog transkripta.
Tkivna specifičnost alternativnog iskrajanja je regulisana na ove načine. yyy
Evolucioni značaj AS
Upoređivanjem vrsta koje su više ili manje udaljene vidimo da postoje:

- species specifični egzoni koji su se pojavili u tim linijama i
- species specifične iskrojene varijante.
Razlike u species specifičnim egzonima i species specifičnim obrađenim iRNK su velike i kod vrsta koje su
prilično skoro divergirale:
y Čovek i šimpanza, čak i ako imaju identične gene, na različite načine iskrajaju gene (na
različite načine obrađuju primarni transkript).
Čovek i šimpanza imaju 7% razlike u ortolognima genima po pitanju AS-a p to znači da se
jedan isti gen kod čoveka i šimpanze različito iskraja. Postoje species specifični obrasci iskrajanja.
y Čovek i makaka imaju još veće razlike
y Čovek i miš - razlike od 90% uključuju i species specifične egzone i iskrajanje.
23

Brzina evolucionih promena koje se dešavaju upravo zbog postojanja egzona i alternativnog
iskrajanja je 2,7 x 10-3 po genu na milion godina.
Stopa tačkastih mutacija je 10-9 do 10-6 po genu.

Brzina evolutivnih promena usled postojanja egzona i AS je veća u odnosu na promenu
sekvence (tačkaste mutacije).
Stopa promena načina šta će se raditi sa transkriptom (dobijanje različitih produkata) je mnogo
veća nego brzina promene same DNK sekvence (1000x veća).
Zbog ovog nivoa regulacije ekepresije gena postoji neuporedivo veća brzina evolucije kod
eukariota, nego što bi se to očekivalo na osnovu promene sekvence DNK, samim tim postoji mnogo
veća evolucija fenotipskog diverziteta.
Evolucija nije samo promena gena, evolucija je promena ekspresije gena, koja se dešava
različito u srodnim evolucionim linijama.
24

Poliadenilacija - dodavanje poli(A) repa na iRNK PITANJE 47
Obrađeni transkript ima: kapicu, 5' nekodirajući deo (5'UTR), kodirajuću sekvencu, 3'
nekodirajući deo (3'UTR).
Poliadenilacija je proces dodavanja poliA-repića na 3'UTR kraj iRNK. To je važan deo

sazrevanja iRNK. PoliA-repić je važan za sudbinu iRNK:
PoliA-repić daje stabilnost iRNK
Bitan za transport iRNK u citoplazmu
Da li će ući ili ne u translaciju.
Izvor varijabilnosti koji je važan za evoluciju (Varijabilnost produkata):

I na ovom nivou može od istog RNK molekula (čak i istog obrađneog transkripta),
zahvaljujući razlikama u poliadenilaciji da se dobije različit RNK produkt. Evo kako:
3'UTR region može da sadrži različita početna mesta poliadenilacije. Pa će time 3'UTR biti
različite dužine.
Poliadenilacija (repić) može da počne sa različitih mesta na 3'UTR, jer on sadrži alternativna
mesta poliadenilacije.
3'UTR region sadrži puno regulatornih nizova, neke nizove prepoznaju regulatorne male RNK
(miRNK) i vezuju se za njih i mogu da blokiraju translaciju tj. ne puštaju ga u translaciju.
(Takođe prepoznaju ih i proteini za transport iRNK u citoplazmu).
Mesta za poliadenilaciju mogu biti i u kodirajućem nizu. Ako odatle krene poliadenilacija
nastaje kraći gen tj. kraća iRNK (takav gen može da ima drugačiju f-ju). Sa te kraće iRNK dobija se
drugačiji protein.
Mesto poliadenilacije može biti i u kodirajućem regionu, ako odatle krene
poliadenilacija dobiće se kraća RNK. Iako je na početku dobijen alternativni transkript
pune dužine, poliadenilacija može da ga skrati i u translaciji će dati drugačiji protein.
To je varijabilnost koja nije vezana za varijabilnost sekvence DNK, već se na nivou RNK
molekula menja produkt.
Poliadenilacija je još jedan nivo regulacije ekpresije gena i može da dovede do varijabilnosti u
produktima gena sa jedne iste DNK sekvence.
25

Pošto poliadenilacija postoji kod sva tri domena života (Arhea, Eubakterija, Eukariota) smatra
se da je i LUCA morao imati gene za ovaj mehanizam.
Kod prokariota i eukariota poliadenilacija znači različitu stvar, što ima veze sa nastankom jedra
i obradom koja se kod eukariota dešava u jedru, a kod prokariota u citoplazmi jer nemaju jedro.
y Kod prokariota poliadenilacija dovodi do degradiranja iRNK.

Prokarioti kada poliadeniluju RNK time je označavaju za degradaciju.
y Kod eukariota je suprotno, ona iRNK koja nema poliA repić biće degradovana. U
citoplazmi kada joj se skrati poliA repić ispod nekog nivoa, ona ide u degradaciju.
Jedino poliadenilacija malih ncRNK (osim dugih RNK, tj. lncRNK) uzrokuje njihovu
degradaciju.
U citoplazmi eukariota polako se gube adenini iz poliA repića, skraćuje se, i kada taj broj
postane suviše mali te iRNK odlaze u degradaciju.
Jedina iRNK koja nema poliA repić je sa gena za Histone (oni imaju petlju koja imitira poliA repić).
Poliadenilacija u citoplazmi
U citplazmi eukariota postoje razlike p poliadenilacija u različitim tipovima ćelija:
⌦ Poliadenilacija u gametskim ćelijama - jajnim ćelijama:

Majka u jajnu ćeliju spakuje sve što je zigotu potrebno na samom početku, jer zigot ne počne
odmah da koristi svoje gene:
- Majka napravi iRNK koje nemaju veliki repić i tako se skladište u jajnoj ćeliji.
- Nakon oplođenja proteini (od kojih je najvažniji CPEB protein) počinju da produžuju repić i
ta iRNK se aktivira.
To je mamina iRNK u citoplazmi. Mama je unapred programirala i uskladištila iRNK, koja će biti
aktivirana poliadenilacijom i napraviće se proteini koji će po pravilnom redu aktivirati embrionske gene da bi
započelo razviće embriona.
U svim drugim ćelijama iRNK moraju da imaju duge repove da ne bi bile degradirane. U
gametima u ranoj embriogenezi, prve ćelije nakon deobe čuvaju iRNK sa malim repićima.
Poliadenilacija u citoplazmi će da aktivira te iRNK. Gameti na drugi način čuvaju te iRNK.
26

⌦ U neuronima, u postsinaptičkim mestima se takođe skladište iRNK sa malim repićima.
Poliadenilacija će aktivirati tu iRNK i ona će ući u translaciju.
Važno jer je telo neurona udaljeno od sinapse sa drugim neuronom.

Tu se arhiviraju iRNK sa malim repićima koje se brzo poliadeniluju u citoplazmi i obave što treba.
Ovi proteini (CPEB) su povezani sa učenjem. Za formiranje memorije je važna sinteza novog
seta proteina u blizini same aktivirane sinapse. Ti proteini se sintetišu tako što se iRNK sa malim
repićima dodaje repić i one postaju aktivne i na taj način se označava aktivna sinapsa.
CPEB enzimi rade ovo - prepoznaju iRNK. Kod beskičmenjaka 2, kod kičmenjaka 4 gena rade ovo:
- regulaciju razvića gameta tako što aktiviraju uskladištene iRNK.
- obeležavanje sinapse (kičmenjaci ne zna se...)
y Kod beskičmenjaka CPEB nizovi imaju duge PoliQ nizove (poliglutaminske nizove) koji
imaju prionske osobine (prave agregate koji liče na prione). Strukture poliQ nizova daju prionske struture.
Prionske osobine:
- stvaraju agregate otporne na razne enzime koji bi ih iseckali.
- mogućnost da drugim sličnim proteinima promene konformaciju da budu slični prionskoj strukturi.
To je otkriveno na jednom pužu, njegova sinapsa koja je aktivna kada napravi prionsku
strukturu, ostaje zauvek obeležena aktivna sinapsa koju ne može ni jedna proteaza da razruši jer
proteaze ne deluju na prione.
y Kod kičmenjaka (i čovek) nije jasno da li je aktivna sinapsa obeležena na ovaj način, jer
njihovi CPEB proteini imaju kraće poliQ nizove (i nije jasno da li imaju prionska svojstva).
Ćelijska osnova memorije je bazirana na uskladištenim iRNK u tom neuronu u presinaptičkoj
membrani. A moguće je da imamo i te prione koji obeležavaju (markiraju) aktivnu sinapsu.
27

Prerada RNK (editovanje)
Imali smo obradu primarnog transkripta - alternativno iskrajanje,

zatim mogućnost poliadenilacije kao nivoi regulacije ekspresije,
sada i prerada (editovanje) RNK - još jedan nivo regulacije ekspresije gena.
Mogućnost da se na primarnom RNK transkriptu hemijski izmeni neki nukleotid, tako da to

postane druga sekvenca, ne u DNK nego u RNK molekulu.
Prerada RNK (editovanje) su modifikacije iRNK (u koje ne spada alternativno splajsovanje),

vrše se putem insercija/delecija nukleotida, zamene nukleotida puten hemijske modifikacije nukleotida.
One menjaju nukleotidni sastav iRNK (promeni se sam kodon i da se dobije drugačiji protein).
Prerada je kotranskripcioni ili posttranskripcioni proces koji menja strukturu gena na RNK
nivou, pa ako su to geni koji kodiraju proteine, prerađena iRNK će nositi drugačiju informaciju za AK
sastav proteina od one zapisane na DNK. Najpoznatije su „A-u-I prerade.
Mehanizmi prerade RNK su različiti:
yKod protozoa (1-ćelijski eukarioti, u mitohondrijama) i virusa: Prerada RNK se vrši

delecijama i insercijama nukleotida, pa se dobija drugačija sekvenca primarnog transkripta.
yKod višećelijskih organizama najčešće se dešava zamena nukleotida putem hemijske

modfikacije:
y A u I prerada - dezaminacijom Adenina nastaje Inozin. Kao što ga je splajsozom
čitao kao Guanin, i u translaciji se Inozin čita kao Guanin, i dobije se drugi kodon, a
time i drugačiji protein. Tu preradu (dezaminaciju Adenina) radi enzim ADAR.
A u I prerada promeni sekvencu i taj deo može da se prepozna kao signal za iskrajanje.
y C u U prerada, dezaminacijom Citozina, nastaje Uracil koji takođe menja kodon u

kodirajućem nizu. Enzim je APOBEC.
Oba enzima i ADAR i APOBEC nastali su od adenozinskih dezaminaza (ADAT) koje rade
modifikaciju tRNK. Nastali su duplikacijom ovih gena i evoluirali da rade druge stvari.
ADAR3 je aktivan samo u mozgu. Kod ljudi prerada u mozgu je 35x češća nego kod miševa,
najčešća je u genima sa Alu nizovima.
APOBEC3 kod čoveka ima 8 varijanti i ima osnovnu ulogu u mozgu.

Sa fenotipskim usložnjavanjem se dešava i ekspanzija ovih gena (čovek ih ima ukupno 8).
28

Evoluciona uloga prerade RNK
Ovaj način omogućava postepenost evolucione promene.

y Neće svi transkripti sa nekog gena biti prerađeni: neki će biti, a neki neće.
(U ređim situacijama će svi transkripti biti prerađeni).
To je mogućnost da se kreira skrivena (kriptična) varijabilnost u određenim organizmima.
y Ukoliko je za funkcionisanje proteina koji će nastati potrebno da transkript npr. ne bude prerađen, a
neki prcenat tog transkripta ipak bude prerađen - ta prerada se neće odraziti na adaptivnu vrednost
organizma, ako ujedno postoje i neprerađeni i prerađeni.
Potrebna varijanta će ostvariti funkciju i pokrivaće ostatak neadekvatnih transkripata. Ona
druga varijanta neće biti selektivno prepoznatljiva jer neće uticati na fenotip organizma
y Prerada povećava varijabilnost, ali to je prikrivena kriptična varijabilnost i ona je neutralna. Ta

varijabilnost može da opstane ukoliko je neutralna.
y Ako se promene uslovi životne sredine, one prerađene varijante mogu da se pokažu kao adaptivne,
proteini koji nastaju od prerađenih varijanti mogu da budu bolje funkcionalni u novim uslovima, nego
oni neprerađeni (koji su bili funkcionalniji pre promene uslova).
Kada se promene uslovi životne prerađeni produkt gena (mehanizam prerade) može da bude veoma adaptivan i
tada selekcija može da ga favorizuje (da postoji selektivni pritisak da ta prerada postane mnogo intenzivnija).
Ovaj postranskripcioni nivo regulacije povećava evoluabilnost, čuva varijabilnost koja ne

utiče na adaptivnu vrednost organizama, ali je uvek prisutna.
Ovaj mehanizam, koji podrazumeva ujedno i ispravan i neispravan produkt, povećava evolvabilnost populacije.
Hipoteza "rekodiranja DNK": prerada RNK može dovesti do rekodiranja DNK informacija.
Intenzivna prerada transkripata se dešava na genima važnim za reparaciju i nadziranje kvaliteta

DNK. Geni za reparaciju treba stalno da popravljaju eventualne greške u DNK molekulu. Njihovi
transkripti intenzivno podležu editovanju.
Ako nešto podlegne editovanju i dobije se varijabilni enzim koji treba da popravlja DNK, to je
takođe mogući izvor mutiranja i same DNK.
Zato je prerada RNK mogućnost za rekodiranje DNK, jer imamo transkript koji pod uticajem
životne sredine može drugačije da se preradi, a on treba da reguliše mutacije na DNK molekulu.
Ovo je mogućnost da sama prerada može da utiče direktno na sekvencu u genomu.
To donekle rešava pitanje zašto kod nekih srodnih vrsta u jednoj situaciji imamo u genomu
zapisan kodon koji daje određen protein, a kod druge srodne vrste, taj protein može da nastane tek
nakon editovanja na nivou RNK. Znači nešto što je opciono na RNK nivou kod jedne vrste, kod druge
vrste je obligatno jer je upisano u genom.
To je povratna uloga da RNK može da utiče na to kako će DNK sekvenca izgledati.
29

Transkripti gena koji treba da poprave DNK su izloženi preradi i ako ta prerada još i zavisi od
uticaja spoljašnje ili unutrašnje sredine:
- U ćeliji imamo preradu RNK transkripata koji treba da daju enzime za reparaciju DNK.
- Ukoliko ti RNK molekuli ne budu prerađeni kako treba neće funkcionisati ni reparacija i
oštećenja na DNK će ostati.
Onda je ovo mehanizam koji pod uticajem životne sredine održava mutaciju, neće se popraviti
ono što bi trebalo da se popravi.
Znači preko RNK prerade (pod uticajem životne sredine) se održava neka mutacija.
To je „re-kodiranje DNK” koje je RNK dirigovano preko prerade ili neprerade RNK molekula
sa onih gena koji su odgovorni za reparaciju DNK.
30

8. Evolucija regulacije genske ekspresije (RNK jezik, remodelovanje hromatina)

Pitanje 39
Nekodirajuće RNK
Transkriptom je skup RNK molekula u ćeliji, nastalih transkripcijom sa DNK. Transkriptom

čine: različite iRNK prepisane sa kodirajućih delova genoma i razne nekodirajuće RNK.
Od DNK do proteina, postoji važan deo regulacije (posttranskripcioni) i to je transkriptom,

interakcije između RNK molekula koje menjaju ekspresiju gena.
U ćeliji, od RNK molekula nalazimo:

- iRNK (transkripte se gena koji kodiraju proteine)
- rRNK
- tRNK
- brojne ncRNK (nekodirajuće RNK) koji su važni za evoluciju kompleksnih fenotipova
ncRNK mogu poticati sa svojih gena (tj. transkripcionih jedinica u genomu), iz intergenskih
regiona, iz introna (sekvenci koje se nalaze u intronu), promotora.
Sa različitih pozicija se dobijaju ncRNK, za koje se ranije smatralo da je to transkripcioni šum,
da pri transkripciji gena koji kodiraju proteine nastaje još svakakvo đubre (šum bez ikakve f-je). Danas
se zna te ncRNK kojih ima jako puno, imaju važne fje u regulaciji ekspresije gena.
Sa onoga što nazivamo nekodirajući deo genoma (= svi oni delovi genoma koji ne pripadaju
genima koji kodiraju proteine) se transkribuje mnogo toga sa važnim f-jama. Kod ljudi se 70-90%
genoma transkribuje, naravno ne u svakm tipu ćelije, različite ćelije tj. ćelije koje pripadaju različitim
tkivima, se razlikuju po tome koji od tih nekodirajućih delova genoma se transkribuje. Što znači da ovo
nisu transkripcioni šumovi, đubre, već imaju važne uloge.
Tu su jako uznapredovali eukarioti, što su složeniji to je više ncRNK sa vrlo različitim

funkcijama.
Prokarioti imaju samo 2% genoma koji kodiraju za neku ncRNK (tj. RNK koja neće da
se prepiše u protein).
1

Eukarioti tj. čovek ima: oko 20.000 gena koji kodiraju za proteine, ali ima 10.000
pseudogena koji ne kodiraju za proteine, ali koji se transkribuju (iako ne nose informaciju za
polipeptid oni se transkribuju) i prisutni su u transkriptomu ćelije (bar 20% pseudogena se
transkribuje), 9000 nizova za male ncRNK, 10000 do 32000 nizova za duge ncRNK.
Što je organizam morfološki složeniji - ima više nekodirajućih nizova koji se transkribuju.
Nekodirajuć niz je niz koji ne kodira za protein, ali se transkribuju i daju RNK.
Uloga ncRNK u ćeliji se naziva terminom RNK interferncija (ili RNK utišavanje). Oni
regulišu da li će neka iRNK ući u translaciju, kakva će biti stabilnost te iRNK, kada će ući u proces
tranlacije, one diriguju u velkoj meri aktivacijom i inaktivacijom gena u samom genomu - u jedru.
Uloga ncRNK u ekpresiji gena su uglavnom inhibitorne, pa se ovi mehanizmi zovu RNK utišavanje ili RNK
interferencija (ali ne moraju biti uvek inhibitorne).
Suštinski, pošto ncRNK učestvuju u svim mogućim ćelijskim procesima, diriguju ne samo
postrtanslacionim nivoima regulacije (da li će ili neće ući u prcese tranlacije), već diriguju i
aktivacijom i inaktivacijom gena u genomu (u jedru) možemo reći da RNK upravlja velikim brojem
procesa u ćeliji. RNK nije sluškinja u ćeliji (da radi ono što nalaže DNK), već upravlja mnogim
procesima aktivacijom gena, transkripcijom, translacijom i izgleda nam da RNK upravlja ekpresijom
naslednog materijala. To je logično ako se setimo genetičkih sistema čiji je začetnik bila RNK i ona se
nije odrekla svojih upravljačkih uloga u genetičkim sistemima.
Na koji način ncRNK u jednoj ćeliji regulišu da li će gen koji je transkribovan ući u translaciju i
dati proteinski produkt, što je jako važno jer gen koji ne daje proteinski produkt ne učestvuje u
formiranju fenotipa ćelije. Što znači da i RNK molekuli značajno učestvuju u diferencijaciji ćelija i
tkiva.
2

Male ncRNK
Kada se male ncRNK pojave u transkriptomu, nc RNK po principu komplemetarnosti treba da

prepozna neku ciljnu iRNK, zakači se za nju i spreči je da ode u proces translacije ili je uništi.
ncRNK to ne radi sama, već regrutuje i proteine koji će sve to da urade. U ovom procesu
učestvuje jedna hetergona grupa proteina koja se udružuje u RISK kompleks.
y Ta grupa proteina počinje da se asembluje kada se u ćeliji pojavi neka (velika) dsRNK koja je
triger za formiranje RISK-a.
Triger za formiranje RISK-a je velika dvolančana RNK. Taj
triger će dovesti do udruživanja proteina koju će biti sastavni deo
RISK kompleksa koji treba da utiša neku iRNK.
y RISK treba da prepozna tu dsRNK (ds=dvolančana), secka tu veliku dsRNK i dobijaju se mali
komadi koji su zapravo male ncRNK. Male ncRNK imaju između 20 i 30 nukleotida.
Transkribuje se nešto sa genoma i dobije veliki dsRNK koja je

signal za RISK, pre svega za dajser enzim u okviru RISK-u, da krene
da secka tu veliku dsRNK na manje komadiće tj. male nc RNK.
RISK čine različiti proteini, ali su ARGONAUT proteini ključni.
ARGONAUT proteini imaju više domena i rade više f-ja:

- Jedan domen postavlja male ncRNK u poziciju da može da prepozna neku ciljnu iRNK.
- domen koji secka ciljnu iRNK.
Suština malih nc RNK:

- Mala RNK treba da utiša ekspresiju gena, tako što će sprečiti iRNK da uđe u translaciju.
- Da bi se to desilo u ćeliji mora da se pojavi dsRNK koji nije odmah regularna mala ncRNK, već je
značajno duži.
- Enzimi iz RISK-a seckaju dsRNK na manje komade, zatim u RISK-u se jedan lanac odbacuje, ostaje
mali ncRNK koji će da prepozna i da se zakači za iRNK, a enzimi RISK-a mogu da je secnu.
Što se više ide ka filogenetski složenijim organizmima, posebno kod metazoa, sve je više
RISK-ova koji su kompleksniji, sve je više ARGONAUT proteina koji mogu na različite načine da
deluju na druge RNK transkripte u ćeliji.
- Kvasac ima samo 1 gen za Argonaut protein.
- Caenorabditis ima 27 --"--
- kod većine metazoa postoje dve velike klade Argonaut proteina:
- AGO klada
- PIWI klada, po tome gde su locirani i gde su najaktivniji.
Argonaut proteini koji su ključni delovi RISK-a (ima više

gena) dele se na ove dve velike klade (tj. familije) gena.
AGO klada proteina se nalazi svuda u citoplazmi, ili je grupisana u agregate koji se nalaze u
citoplazmi - P telašca i granule stresa.
P telašca imaju razne proteine, endonukleaze koje tu mogu da seckaju i degradiraju nakupljene
RNK molekule, ili jednostavno da ih zaustave da ne odu u translaciju i da odlože njihovu translaciju.
3

Granule stresa su agregati citosola koji se pojavljuju u stresu i takođe arhiviraju iRNK, a kad
prođe stres odlučuje se da li će te RNK biti iseckane (degradirane) ili će otići u translaciju.
PIWI klasa su Argonaut proteini koji su prevashodno aktivni u germinativnoj ćelijskoj liniji i
uloga im je da utišaju ME kojih u genomu ima puno.
Ima puno malih ncRNK molekula, ali 3 osnovne klase malih ncRNK su: siRNK (small
interfering), miRNK (mikro RNK) i piRNK (piwi RNK) koje se međusobno razlikuju, ali se njihove
funkcije često i preklapaju.
siRNK i miRNK
- nastaju (kako je na početku rečeno) iz dvolančanih prekursora (iz dsRNK).
- veličina im se kreće od 21 do 25 nuklotida.
- siRNK i miRNK se nalaze kod svih višećeljskih organizama
piRNK
- izvedena iz jednolančanih RNK
- veličina im je i do 32 nukleotida
- piRNK se nalaze kod životinja i najjasnije f-je imaju u germinativnoj ćelijskoj liniji.
4

siRNK
siRNK (kao i miRNK) počinje od prekursora koji je duža dsRNK - prekursor mogu biti 2
nezavisna lanca ili jedan isti transkript koji može komplementarno da se veže u strukturu ukosnice.
Nizovi koji će kada se prepišu dati dsRNK prekursor, mogu biti egzogenog ili endogenog
porekla. (egzogeno - ME koji su se ugradili u genom organizma). siRNK vrlo često nastaju od dsRNK
prekurskora koji su poreklom od ME-ata, tj. transkripcijom ME-ata.
Kada se napravi dugači dsRNK prekursor, prilazi enzim Dajser (koji je endoribonukleaza iz familije
RNazaIII čisto informativno) i isecka na manje komade, i dobiju se mali ds siRNK od 21 nt (dvolančane si
RNK od 21 nt).
RISK kompleks se već udružio, u njemu se nalaze Argonaut i drugi proteini, jedan lanac sa tog
malog ds siRNK se uklanja (i on se zove passinger ili putnik), a drugi je vodič koji je u sastavnom delu
RISK-a. I dobijen je aktivan siRNK-RISK.
Aktivirani RISK ima u sebi razne proteine, postavljen mali siRNK molekul (nekodirajuću siRNK)
koji kruži po citoplazmi i prepozna neku iRNK sa komplenetarnim nizom. Kada je pronađe, veže se za
nju i PIWI domen Argonaut proteina može da secne tu iRNK i tako je uništi (i ne može da ide u
translaciju), RISK se odvaja, a endonukleaze u ćeliji završavaju degradaciju te iRNK.
RISK može da ponovi celi proces, da ponovo degradira iRNK na koje naleti.
Ovde pričamo da degrtadira iRNK, ali može i drugi RNK sa kojima je

komplementaran u transkriptomu.
siRNK nemaju svoje nezavisne gene, za razliku od miRNK. Često potiču sa sekvenci
egzogenog porekla tj. sa ME, ili sa ponovljenih nizova (tandemskih ponovaka) iz okoline gena - i to je
DNK template za sintezu dsRNK prekursora.
5

y Da bi siRNK obavile svoju f-ju moraju ili potpuno ili delimično da budu komplementarne sa
drugim RNK nizom koji treba da utišaju.
Ranije se mislilo da je neophodna potpuna
komplementarnost, a danas se zna da komplementarnost ne
mora biti potpuna.
y Ove opisane f-je siRNK se događaju u citoplazmi, ali danas znamo da siRNK rade mnogo
toga i u jedru.
yEvolutivni aspekt
Prvo se smtralo da siRNK imaju isključivo ulogu da zaštite genom domaćina od ME, i da je to
razlog zašto su prekursorkse dsRNK poreklom sa transkripata sa ME u genomu.
Ali, vremenom se otkrivalo da siRNK ne interaguju samo sa ovim transkriptima, već i sa
drugim RNK koje potiču sa sekvenci endogenog porekla (tj. sastavnog dela genoma domaćina, a ne
stranog).
Pitanje: ovaj vid regulacije je važan za odbranu od ME (koji su ušli u genom), ali kako je došlo
do tranzicije da siRNK može da reguliše ekpresiju endogenih gena. To je tranzitna RNK
interferencija.
Kako je došlo do tranzicije uloge siRNK u zaštiti od

egzogenih RNK na regulaciju endogenih RNK ?
Kod biljaka i nematoda postoje enzimi RNK-zavisne-RNK-polimeraze (RdRP) koji na

osnovu RNK niza mogu da sintetišu nove RNK nizove.
(RdRP Mogu da transkribuju jednolančani niz i da naprave dsRNK molekule).
6

To je važno kod biljaka i kod nematoda, jer kad postoji jed niz (RNK molekul) koji može
nanovo da se kopira, povećava se mogućnost da će se dobiti dsRNK molekuli, a samim tim i siRNK.
Postojanje enzima RdRP kod biljaka i nematoda, rešava problem RNK tranzitem interferencije,
jer od svakog transkripta koga može da umnoži RdRP može potencijalno da nastane dsRNK, pa time i
siRNK.
Da bi se napravio dsRNK, mora da postoji komplementarnost, i što je više RNK transkripata sa
istog niza, veća je šansa za pravljenje komplementarnih dsRNK, koji su prvi signal (prekursor) za
sintezu malih siRNK.
Kod insekata i kičmenjaka ne postoji ovaj enzim, kako je onda došlo do tranzitne
interferencije?
Pošto genomi kičmenjaka imaju puno ponovljenih nizova, pseudogena koji su potomci nekih
roditeljskih gena, ME, raznih duplikacija (jer su to veliki genomi). Brojni ponovljeni nizovi kada se
transkribuju mogu da naprave dsRNK koja je signal za sintezu siRNK.
Kod kičmenjaka koji imaju puno ponovljenih sekvenci nije neophodna RdRP da bi se
indukovala sinteza siRNK.
Zahvaljujući takvoj organizaciji genoma interferencija pomoću siRNK postala je moguća ne

samo za egzogene nizove već i za endogene.
Biljke imaju RdRP i intenzitet utišavanja od jedne siRNK je značajno uvećan, jer RdRP
stvaraju siRNK (i od jednolančanih RNK koje transfoemišu dsRNK, a zatim ih dajseri obrađuju u
siRNK).
Primer (slika) pseudogen može da bude odgovoran za utišavanje svog roditeljskog gena.
Pseudogen nastaje nakon kopiranja roditeljskog gena koji se ugasi različitim mutacijama, ali je i dalje
su im sekvence jako slične (Pseudogen i roditeljski gen imaju veliku sličnost sekvence).
a) Gen se transkribuje i nastaje iRNK. Pseudogen se antisens transkribuje i dobije se RNK koja
je komplementarna onoj sa roditeljskog gena. Ta dva lanca daju dsRNK. I na taj način je iRNK
sprečena da ode u translaciju. Ona je i triger za RISK - da je dajser secka i nastanu siRNK.
7

b) Pseudogen može da sadrži ponovke, pa nakon transkripcije pravi dsRNK oblika ukosnice,
koja je signal za formiranje siRNK, koja će da se koristi za utišavanje roditeljskog gena.
U molekularnoj biologiji se sve zasniva na kompelementarnosti, pa je

važno da se dobiju međusobno RNK molekuli, da se napravi dsRNK koja
će inicirati celi proces pravljenja malih nekodirajućih RNK.
Histonske dezacetilaze su važni enzimi koji učestvuju u remodelovanju hromatima, njihovi

pseudogeni se utišavaju na ovaj način. Njihovi pseudogeni prave siRNK koje utišavaju histonske
dezacetilaze. Pošto su histonske dezacetilaze važne za regulaciju ekpresije gena na nivou transkripcije,
jasna je važnost uloge siRNK, jer histonska dezacetilaza treba da ukloni acetil-grupu sa histona što će
pokrenuti aktivaciju gena.
siRNK ovde ne radi samo cis regulaciju određenog gena, ona može posredno da ima i veoma
velike transregulatorne uloge.
Prisustvo pseudogena može značajno da utiče na regulaciju roditeljskog

gena. Pseudogene više ne posmatramo kao neutralne zaostavšine
evolucije, oni imaju svoju vrlo bitnu funkciju u regulaciji ekspesije.
Uloge siRNK
⌦ Uloga siRNK u zaštiti od ME (upada strane RNK u genom) veoma stara evoluciona uloga
siRNK, sreće se kod prokariota.
CRISPR NIZ (je niz na bakterijskom hromozomu sa palindromima) između palindromskih

sekvenci se ubacuje deo genoma nekog infektivnog agensa (npr. bakteriofag, plazmid), tako da
bakterija u ovom delu svog hromozoma čuva deliće nekada infektivnih agenasa koji su je napali, pamti
sve infektivne agense koji su je napali. To je "molekularna karta vakcinacije", imunizovana je na sve
prethoden upade raznih infektivnih agenasa. U blizini su različiti cas geni, helikaze, nukleaze.
Ceo CRISPR se prepiše, dobije se veliki RNK transkript koji se isecka na male RNK (crRNK)
koje se udruže sa proteinima i koje su komplementarne genomu infektivnih agenasa patroliraju po ćeliji
i kada zateknu i prepoznaju neki infektivni agens one ga utišaju (unište).
8

CRISPR NIZ na hromozomu bakterija predstavlja "molekulsku kartu vakcinacije".

Kada bakteriju zarazi virus ili plazmid, komadić tog patogena biva ugrađen u genom bakterije.
Te deliće nekada infektivnih agenasa baketrija čuva u svom genomu u delu koji se zove CRISPR
gde se ti nizovi nalaze razdvojeni nizom palindromskih sekvenci. Između svake od tih kaseta nalaze
se i cas geni, helikaze nukleaze.
CRISPR niz transkribuje, isecka se na male RNK molekula, i one sa jednim kompleksom
proteina "patroliraju" u ćeliji, i kada naiđe infentivni agens čiju sekvencu oni nose taj infentivni
agens će biti uništen.
I bakterije imaju ovaj RNK vođeni sistem zaštite od egzogenih RNK molekula. Takođe,
bakterija kada se podeli preneće na svoje potomstvo isti taj imunitet, preneće iste sekvence
tako da će i njene ćerke ćelije biti imunizovane na taj infekteivni agens.
Genom se različitim mehanizmima brani od upada stranih genoma - epigenetički mehanizmi. I

RNK odbranu u širem takođe zovemo epigenetičkim mehanizmom odbrane od stranih genoma.
Opsiana je uloga u citoplazmi, gde se siRNK komplementarno vežu za iRNK i zaustave njenu
translaciju.
⌦ Regulacija ekspresije gena preko interakcije sa endogenim transkriptima -

posttranskripciona regulacija.
⌦ Regulacija ekspresije gena preko remodelovanja hromatina - nivo transkripcije.
siRNK mogu u jedru da targetuju gene koji će biti utišani.
yKod biljaka postoje različite kategorije siRNK:
- casiRNK je poreklom od ME-ata, ili sa delova genoma koji imaju tandemcke ponovke.
Kontroliše metilaciju DNK i modifikaciju histona na mestima odakle su casiRNK i potekle. Učestvuju
u utišavanju ME-ata u genomima.
- tasiRNK su endogenog porekla (različite transkripte endogenog porekla miRNK iseckaju).

Targetuju sekvence sa kojih su potekle, učestvuju u remodelovanju hromatina.
- natsiRNK sintetišu se sa antisens transkripata, kada je biljka pod stresom. Gen: sa sens lanca
se sintetiše sa sens lanca, istovremeno sa antisens lanca se sintetiše prekursor za natsiRNK.
Natsi RNK se javlja kod biljaka koje su pod stresom. Geni se transkribuju u sens
pravcu, a u antisens pravcu se transkribuje RNK od koje će nastati natsiRNK. Ova mala RNK će
upravljati remodelovanjem hromatina i ekspresijom samog gena.
yKod životinja siRNK takođe može da targetuje gene koji treba biti utišani (ili aktivirani, ali pre
svega utišani).
Kod kvasca siRNK udružena sa AGO (ARGONAUT) proteinima formira RITS kompleks,
učestvuje u transkripcionom utišavanju. Ove siRNK prepoznaje kompelementarne nizove (na mestima
odakle su potekli prekursori za ove siRNK) dovodi sve te enzime koji remodeluju hromatin (stvaraju
heterohromatin) i utišaju taj gen.
9

Pitanje 41
Po načinu nastanka (biosinteza) miRNK je slična siRNK - neophodan je dvolančani RNK

prekursor (tj. niz koji napravi dvolančanu strukturu).
Ostalo je slično mehanizmu za dobijanje siRNK:
y od primarne miRNK koja ima oblik ukosnice (sa puno mehurova i petlji),
y enzim uklanja petlje i mehurove (kod biljaka - dicer-like, a kod životinja droša) i
pravi prekursorsku miRNK koja je kraća od primarne miRNK.
y Kod životinja obrada do prekursorske se obavlja u jedru, a nakon toga
"polu-pripremljena" odlazi u citoplazmu gde obradu završava dajser i
formira se RISK.
y Kod biljaka ne postoji dajser, već dajser-lajk obavlja pripremu unutar
jedra i tako pripremljena mala dsRNK odlazi u citoplazmu i tamo
se konstituiše RISK.
(Kaže da su ovo nebitni detalji, samo opis da postoje razlike između biljaka i životinja)
Kod siRNK ne postoje posebne sekvence (posebne transkripcione sekvence) koje dovode do
formiranja dsRNK. miRNK imaju svoje posebne sekvence.
miRNK mogu da imaju sopstvene gene. Gene za miRNK koji imaju svoje cis reulatore za
koje se vezuju transregulatori, sve kao i ostali geni. To je razlika u odnosu na siRNK.
Postoje miRNK čije se sekvence za sintezu primarnog RNK niza nalaze u intronima i takvi
introni se zovu mirtroni (nose informaciju za sintezu miRNK).
Kod ljudi, oko 50% svih miRNK potiču sa mitrona, a ostalih 50% imaju svoje gene.
miRNK koje potiču sa gena i sa mirtrona imaju drugačiju evolucionu putanju - biće reči o tome.
10

miRNK geni i mirtoni
Kod biljaka, ili nema mirtrona ili im je procenat jako mali. Samo 20% tj. vrlo malo gena za miRNK se
nalazi u jatima.
Jata = duplirani geni kao multigenske familije, organizovanje gena u jata je karakteristično za multigenske familije.
Pritom kod biljaka, u tim jatima uvek se nalaze identične sekvence, izražena je koincidentna evolucija
(sve te kopije evoluiraju na isti način) jer je vrlo važno da budu indentične sekvence - povećava se doza.
Geni za miRNK
yKod biljaka postoji jako malo mirtrona, miRNK koje se sintetišu uglavnom imaju svoje
posebne transkripcione jedinice - gene za miRNK.
Geni za miRNK su uglavnom rasuti svuda po genomu, što znači da je većina tih gena nastala
nakon potpunih duplikacija genoma (poliploidije), pa je usledilo gubljenje nekih od njih (zato su svuda
rasuti).
20% gena se nalazi u jatima, nastali su duplikacijom pojedinačnih gena. U jatima kod biljaka su
identični nizovi za miRNK - stvaraju identične miRNK cilj je povećavanje doze određene miRNK.
yŽivotinje imaju puno mirtrona (nastanak miRNK: od primarnog velikog dsRNK molekula,
po istom principu kao i kod siRNK, koji se isecka na male RNK od 20 nt).
Mirtroni - kada se transkribuje jedan gen, dobije se primarni transkript sa gena, obradom
primarnog transkripta dobijaju se prekursori za miRNK (koji se nalaze u intronskom regionu).
Imaju puno gena za miRNK - 40% njih je u jatima, što znači da su nastali duplikacijama
pojedinačnih gena, ali za razliku od biljaka uglavnom kodiraju za različite miRNK. Što znači da su
nakon duplikacije te kopije podlegle subfunkcionalizaciji i neofukcionalizaciji.
Kako može da evoluira gen za miRNK, kako mirtron?
Neke miRNK koje imaju svoje posebne transkripcione jedinice (kao gene za miRNK) su veoma
konzervisane. Kao i važni geni TF-i koji su duboko umreženi u regulatornom genomu, i ovi geni su
veoma duboko umreženi u genomu i veoma su konzervisani.
Geni za miRNK su konzervisani i umreženi duboko u genomu jer:
- regulišu veliki broj drugih transkripata,
- regulišu i ekpresiju TF-a koji su vrlo duboko umreženi u genomu.
- ima mnogo miRNK koje regulišu ekpresiju Hox gena.
11

Neki geni za miRNK su veoma konzervisani
Rad (2007):
- Analizirano je 30 familija gena za miRNK kod svih bilateralno simetričnih životinja.
- Pokazano je da 18 familija od tih 30 ima veoma malu varijabilnost (vrlo malo su se menjale).
- Menjali su se samo oni nizovi koji nisu toliko važni za f-ju miRNK tj. za prepoznavanje ciljne RNK
sa kojom miRNK treba komplementarno da se veže.
Neki miRNK geni (sekvence) su vrlo konzervisani kod filogenetski udaljenih taksona, kod njih postoje iste miRNK.
Znači da su njihove funkcije važne i da te sekvence nemaju tendenciju da se menjaju.
Oko 10% miRNK familija je identično kod kičmenjaka i beskičmenjaka. To ukazuje na

njihovu važnu ulogu, kada se evoluciono nisu menjali toliko dugo vremena.
Kako raste morfološka složenost - raste broj gena za miRNK.
Što je veća morfološka složenost životinja - raste broj gena za miRNK tj. ima više miRNK koje
mogu da regulišu ekspresiju gena na posttranskripcionom nivou.
Što je kompleksniji organizam broj gena za miRNK je sve veći:

sunđeri imaju 8 gena za miRNK, knidarije 49,
nematode 207, ribe 358, glodari 720, čovek 1424.
Mirtroni su introni koji sadrže sekvencu za miRNK. Pojava da intron dobije ovu (novu) f-ju je
intronska eksaptacija.
Ove sekvence za miRNK su veoma varijabilne, lako nastaju i nestaju tokom evolucije.
Što je organizam filogenetski mlađi (kako je napredovala evolucija) sve je više onih miRNK
koje potiču sa mirtrona u ukupnom sastavu miRNK. Mirtroni su evoluciono mlađi u odnosu na gene za
miRNK.
Za razliku od gena za miRNK od koji su mnogi duboko umreženi u regulatornom genomu i
visoko konzervisani, mirtrni se brzo menjaju, nastaju i nestaju u okviru sekvence u intronu.
Bitna razlika između siRNK i miRNK:

- za siRNK ne postoje posebni nizovi koji predstavljaju posebne transkripcione jedinice, ili su deo gena.
- kod miRNK postoje posebne transkripcione jedinice sa kojih se sintetišu tačno određene miRNK.
- Način na koji se dolazi od dsRNK do siRNK ili miRNK je veoma sličan - uključuje RISK, Dajsere...
- I siRNK i miRMK vrše f-ju u citoplazmi, gde utišavaju određene iRNK.

Ali siRNK može i u jedru da obavi aktivaciju i inaktivaciju gena preko remodelovanja hromatima.
- miRNK je skoncentrisana na transkriptom.
12

y Kod biljaka neophodno je da miRNK ima potpuna (ili skoro potpuna) komplementernost sa iRNK
koju prepoznaje.
Neophpdna je visoka komplementarnost između regiona na iRNK i miRNK.
Mesta prepoznavanja u iRNK se nalaze u 5' UTR, 3'UTR ili u kodirajućim nizovima biljak.
Kod biljaka najčešće dolazi do sečenja i degradacije prepoznate iRNK.
y Kod životinja nije potrebna potpuna komplementarnost miRNK i ciljne iRNK.

Na miRNK postoji semenski region i to je mali niz nukleotida važan za komplementarno
prepoznavanje ciljne iRNK. Semenski region se najčešće nalazi (kod miRNK od 22nt) od 2. do 8.
nukleotida, nakon njega ide Adenin.
Svega 6 nt je važno za prepoznavanje ciljne iRNK, a ni tu nije neophodna potpuna
komplementarnost - tu se vidi koliko je labilna veza između njih.
Niz nukleotida na ciljnoj iRNK koji prepoznaje i za koj se vezuje miRNK

preko svog semenskog regiona je MRE (miRNK vezujuće mesto na
iRNK).
Na ciljnoj RNK (iRNK) postoje mesta MRE (miRNK vezujući niz na iRNK) koja prepoznaju i
za koja se vezuju miRNK preko svog semenskog regiona, najčešće se nalazu na 3'UTR-u na iRNK, ali
može da bude i na drugim regionima.
Kod životinja, kada se pronađu miRNK preko svog semenskog regiona i MRE na iRNK, (RISK
kompleks), najčešće ne dolazi do degradacije iRNK (ne dolazi do sečenja iRNK kao kod biljaka),
već se samo zaustavlja i odlaže translacija, ili se skraćuje poliA repić ili se na drugi način se ugrožava
stabilnost te iRNK.
Razlike:
Kod biljaka se najčešće secka prepoznata iRNK, a kod životinja se ne secka već se odlaže
translacija.
Kod biljaka je važna potpuna komplementarnost i samo 1% iRNK uopšte ima MRE (mesta za
prepoznavanje semenskog regiona miRNK molekula). Te miRNK su specifične za tačno određeni
transkript. (znači reguliše tačno određeni gen, tj. transkript sa njega).
13

Kod životinja nije neophodna potpuna komplementarnost u prepoznavanju i zato jedna miRNK
može da prepozna mnogo različitih iRNK (jedna miRNK može da kontroliše i ekpresiju čak 200
različitih gena, jer nije potrebna potpuna komplementarnost).
Jedna iRNK može da ima mnogo različitih MRE-ova, odnosno može za sebe da vezuje mnogo
različih miRNK.
Kod biljaka nema preklapanje između određenih iRNK i određene miRNK - jedna miRNK za
jednu iRNK.
Kod životinja jedna iRNK može biti regulisana velikim brojem miRNK, i jedna miRNK može
da reguliše veliki broj informacionih RNK. Preklapanje je veliko.
Funkcionisanje miRNK
miRNK treba da zaustavi translaciju neke iRNK. Ona neće utišati (ugasiti) gen, je ne može da
ode u jedra. Ona će utišati određenu proporciju od ukupne količne iRNK koja se transkribuje sa nekog
gena.
Npr. prisutno je malo miRNK, a puno iRNK, to
znači da će mala proporcija te iRNK biti utišana, a
ostatak će otići u translaciju.
miRNK kvantitativno regulišu nivo ekspresije nekog gena - ne pale ga i ne gase ga, već
kvantitativno određuju količinu iRNK koja će ući u proces translacije.
To je važno, jer može da odredi sudbinu ćelije.
Primer:
miR-9a koja kontroliše aktivnost TF-a kod drozofile koji se zove sens.
Taj TF ima svoju regulatornu mrežu gena (TF aktivira i inaktivira određene gene) i kada je
prisutan u ćeliji upaliće tačno određene gene koji će od te ćelije napraviti prekursorske senzorsne ćelije
za različite senzorne organe (SOP ćelije).
- U SOP ćelijama se aktiviraju geni koji vode ćelije u pravcu diferencijacije i formirana
senzornih organa.
- U neSOP ćelijama (= ćelije koje ne treba da se diferenciraju na taj način) nije
inaktiviran sens TF, već je regulisan uz pomoć miRNK. sensTF se eksprimira ali miRNK
mu nedozvoljavaju da ode u translaciju i nastane protein TF.
To je pokazano na sledeći način:

Kada je kod drozofile inhibirana ova miRNK, nije imalo šta da zaustavi translaciju iRNK sa
sens gena. U mnogim od tih ćelija sensTF je prešao prag količine koji je dovoljan da aktivira svoju
regulatornu mrežu, tako da je i u određenemo broju neSOP ćelija gde je sensTF prešao prag došlo do
diferencijacije kao kod SOP ćelija.
Ovde nije regulacija na nivou aktivacije gena, već na nivou njegove kvantitativne ekspresije što
reguliše miRNK.
14

Danas znamo da miRNK regulišu veliki broj TF-a, počevši od HOX gena koji su važni za
organizaciju tela višećelijskih životinja, a samim tim utiču na veliki broj ćelijskih f-ja:
- vremensku kontrolu ekpresije gena tokom razvića
- regulaciju apoptoze (da li ćelija da preživi ili će da se samouništi)
- kontrola rasta i diferencijacije ćelija
miR-430 familija gena je jedna od prvih koje se aktiviraju u zigotu, osnovna uloga ima je da
utišaju mamine iRNK i da dođe do majka-zigot tranzicije i da genom zigota počne da se eksprimira.
Ona je među prvim genima koji se u zigotu eksprimiraju, i njena
je uloga da utiša mamine iRNK, i da genom zigota počne da bude
aktivan.
Ova ista familija gena je od presudne važnosti za formiranje klicinih listova: ektoderma,
mezoderma i endoderma.
- međućelijska komunikacija: različiti signalni molekuli su kontrolisani od strane niRNK
- razviće i funkcionisanje nervnog sistema.

mi RNK omogućavaju brze reakcije i brzo formiranje aktivnih sinapsi.
Za evoluciju čoveka je aktivnost miRNK jako važna i velika u mozgu - tu postoji

intenzivna aktivnost miRNK: jer neuron ima akson koji može biti dug i 1m, pa je telo
neurona poprilično udaljeno od sinapse (1m) - ta vrlo brza reakcija u sinapsi se ne bi
mogla ostvariti bez regulacije koja se ostvaruje preko miRNK: dok bi stigla
informacija, dok bi se transkribovalo, to ne bi bila brza neurološku reakciju.
15

Evolucija miRNK
Evoluciona dinamika - mnogo veća od evolucije gena koji kodiraju proteine (mnoštvo species-specifičnih miRNK)
Laka promena regulatorne mreže ← mutacije dovode do nastanka ili nestanka MRE na iRNK (ili semenskog
regiona na miRNK)
Evolucija novih miRNK – u početku nivo ekspresije nizak

- Prirodna selekcija postepeno proširuje intenzitet i broj regulisanih iRNK
Uloge u specijaciji - nastanak reproduktivne izolacije

- Veliki broj miRNK na polnim hromozomima (uloga u determinaciji pola)
- Npr. kod ljudi X hromozom sadrži informaciju za 10% svih miRNK, a Y hromozom nema miRNK
- Evolvabilnost gena na polnim hromozomima obezbeđena evolucijom regulacije ekspresije
- Reproduktivna barijera ←poremećena koordinacija regulatorne mreže u hibridnom potomstvu.
yBrzina evolucije miRNK (izuzimajući gene za miRNK koji su visoko konzervisani) je mnogo
veća od evolucije gena koji kodiraju proteine (kod kojih treba da dođe do mutacije nekog nukleotida u
kodirajućem nizu, ili u cis nizu). Ovo je mnogo brža evolucija, naročito kod mirtrona.
yPošto je vrlo mali broj nukleotida (i na miRNK i na ciljnoj iRNK) važan za komplementarno
prepoznavanje, vrlo mala promena - jedna mutacija nukleotida može lako da promeni semenski region
na miRNK (ili MRE region na iRNK) i tako potpuno promeni regulatornu mrežu u kojoj učestvuje
miRNK.
Kod konzervisanih gena sekvenca na miRNK ne može lako da se promeni, ali može da se
promeni MRE region na iRNK (tj. ta sekvenca koju će da prepoznaje miRNK).
Evolucija regulacije pomoću ovog molekula, na nivou transkriptoma, je jako brza jer se
regulatorna mreža jedne miRNK vrlo lako može promeniti sa jednom nukleotodnom promenom.
yKada se pojave nove miRNK, one neće odmah da imaju svoju ulogu. One postepeno ulaze u
regulaciju nekih iRNK, i ukoliko se to pokaže kao dobro to će biti selektivno favorizovano i svaka
mutacija u tom pravcu biće selektivno favorizovana, tako da nove miRNK postepeno proširuju svoju
regulatornu mrežu (postepeno dobijaju nove uloge).
yUloge u specijaciji:
X hromozom sadrži mnogo više sekvenci za miRNK nego Y. Kod ljudi 10% svih sekvenci za
miRNK se nalaze na X hromozomu, a Y hromozomu ih nema.
Smatra se da miRNK omogućavaju evolvabilnost vrlo rigidnog X hromozoma, tu su geni vrlo

rigidni iz razloga što mora da postoji kompenzacija doze između polonih hromozoma.
Mnogi od ovih miRNK na X hromozomu učestvuju u imunskim odgovorima, pa je to jedan od

razloga zašto žene (ženke sisara) žive duže od mužjaka, jer imaju duplu dozu X hromozoma pa samim
tim i više miRNK jer mnoge od tih miRNK nisu utišane kada se utišava jedan X hromozom. Smatra se
da je to razlog zašto žene imaju bolji imunski odgovor na kancerogenezu, infekcije, stres, ali je cena
toga je da žene češće obolevaju od autoimunskih obolenja od muškaraca, tj. mužjaka sisara.
16

yReproduktivna izolacija:
miRNK na polnim hromozomima učestvuje u procesu reproduktivne izolacije.
Pošto postoji vrlo brza evolucija miRNK sekvenci na polnom hromozomu kod dve populacije
(jer lako evoluiraju, kao što je rečeno), hibrid između te dve populacije biće ili sterilan ili invijabilan jer
regulatorne mreže koje formiraju različite miRNK mogu biti nekompatibilne.
Reproduktivna barijera nastaje između dve populacije u kojim su brzo evoluirale različite miRNK koje
formiraju svoje različite regulatorne mreže - pa hibrid ima problem oko uspostavljanja regulatone mreže koju
određuju različiti miRNK transkripti. To može izazvati hibridnu sterilnost ili invijabilnost.
17

PITANJE 42
piRNK
Njiihov nastanaak i evoluciija se vezujju za pojavuu germinativne ćelijskee linije (kod

d životinja gde
se javljaju spermatozooidi i jajne ćelije).
ć
Porreklom su od
o transpozoona (=ME). Piwi klasa proteina see vezuje za oove transkriipte koji pottiču
sa transpozzona. Piwi kklasa Argon naut proteinna se ekspriimira najvišše u germinnativnoj ćeliijskoj liniji,, i u
neoblastim
ma (totipotenntne ćelije koje
k se aktiivne kod orrganizama koje
k imaju vveoma visooku sposobnnost
regeneracijje tela).
Sekkvence za piRNK suu poreklom m od transppozona upaalih u genoome
eukariota, ali ti trannspozoni suu izgubili mogućnost
m autonomnoog iskrajanjja i
šetanja poo genomu. Drozofila
D i čovek
č ih im
ma jako punoo.
Posstoje sens i antisens laanci jedne iste DNK sekvence, antisens

a lannce obrađuje Piwi i AUB
A
protein iz Piwi
P klase gena,
g a senss lance obrađđuje AGO33. piRNK naastaje u PINNG-PONG obradi.
o
Nek nspozona too su pahiteenske piRNK, koje su najaktivnijje u

ke piRNK nisu poreklom od tran
pahitenu ćeelijske deobbe.
Osnovna uloga
u piRNK je repreesija ME u germinativvnoj ćelijsk koj liniji. Što
Š je važnoo jer
se epigeneetički markkeri (najveeći broj njiih) obriše u procesuu gametogeeneze i preeimplantaciione
embriogenneze kod sissara. Kada se obrišu svi
s epigenettički markeeri koji držee pod kontrrolom ME, oni
počinju da "šetaju" poo genomu.
Poššto se u gaametogenezzi i u ranimm fazama eembriogenezze ME-i nee čuvaju po od konreoloom,
piRNK tadda imaju važžnu ulogu da
d ih utišavaaju.
Smmatra se da piRNK moogu da targeetuju određđene gene za

z utišavanje, zbog čeg
ga su važnee za
epigenetičkko nasleđivanje.
Kod morskog puža A

Aplizije piiRNK učesstvuju u foormiranju d dugotrajnee memorijee (u
plastičnostti sinapsi).
piRNK reegulišu serootonin zaviisnu metilaciju DNK, pod uticajjem
životne sredine
s meenja se seerotonin kooji utiče na n formiraanje
dugotrajnee memorije.
****Serotonin je
j neurotranssmiter značajjan za formirranje memorrije.
NK nisu važžne samo u germinativvnoj liniji, već izgleda da

Dakle piRN d imaju i bbrojne fruge fj-e.
18

piRNK su kod životinja vezane za germinativnu ćelijsku liniju gde im je osnovna funkcija inhibicija
mobilnih elemenata. Prvo što smo pominjali kada dolazi do te velike demetilacije genoma? U gametogenezi i u
prvim fazama razvića dolazi do demetilacije genoma a kod sisara u ovoj pre-iRNK fazi i tada se oslobađaju ME-
i da krenu da trče po genomu. Uloga piRNK je da u tim fazama inhibira mobilne elemente. yyy
Druge male RNK
y snoRNK (small nucleolar RNA) i do 200nt - upravljaju proteinskim kompleksima koji dovode do hemijske
modifikacije drugih RNK (rRNK, tRNK, splajsozomskih RNK, drugih ncRNK, moguće i iRNK)
y“RNK slične miRNK” - nastale skraćivanjem nekih tRNK

- Regulacija ćelijskog ciklusa i apoptoze (preko regulacije iRNK nekih gena)
y Grupa malih RNK - regulacija inicijacije transkripcije ← nastaju oko mesta vezivanja RNK polimeraze II
- PASR (promoter-associated RNA) – 20-200nt komplementarnih mestima oko promotora

- Nastaje skraćivanjem iRNK sa obrađenim 5’krajem
- TSSa-RNK (transcription start site associated RNA) – 20-90nt komplementarnih regionu -250 do +50
nt oko mesta početka transkripcije
- tiRNK (transcription initiation RNA) – 18nt komplementarnih nizovima nizvodno od mesta početka
transkripcije
- Uloga u pozicioniranju nukleozoma koji se prvi sreće u genu nakon inicijacije transkripcije
One se mešaju u mnogo procesa u ćeliji.
y snoRNK - dugi do 200nt, nalaze se u nukleolusu (jedarcetu). Nalaze se i u drugim mestima,

ali tu su prvo otkrivene.
Učestvuju u hemijskoj modifikaciji ribozomalne RNK, transporne RNK, splajsozomskih RNK,
moguće i informacione RNK.
snoRNK - male jedarcetove RNK:

Prvi put su otkrivene kao RNK molekuli koji učestvuju u modifikaciji rRNK, zbog toga i jesu
u jedarcetu i tako su i dobile ime.
One utiču na hemijske modifikacije svih nekodirajućih RNK (rRNK, tRNK, splajsozomskih
RNK), a moguće i iRNK.
One nisu tako male, imaju i do 200 nukleotida. yyy
y “RNK slične miRNK” - nastale su skraćivanjem nekih transportnih RNK

Učestvuju u regulaciji ćelijskog ciklusa i apoptoze (preko regulacije iRNK nekih gena). Imaju
jako važnu ulogu u utišavanju.
y Grupa malih RNK koji učestvuju u inicijaciji transkripcije

Znači ne utišavaju sve, već neke male ncRNK mogu da aktiviraju proces transkripcije i da
učestvuju u inicijaciji transkripcije. (Nastaju oko mesta vezivanja RNK polimeraze II).
1) PASR je komplementarna mestima oko promotora gena koji treba da bude transkribovan.
Nastaje skraćivanjem iRNK sa obrađenim 5’krajem. Udružuje se sa kompleksom proteina (koji sadrži
RNK polimerazu) koji treba da započne transkripciju.
2) TSSa-RNK je komplementarna nizu oko mesta početka transkripcije. Udružuju se sa
kompleksom za transkripciju.
19

3) tiRNK vrlo je kratka 18nt, komplementarna nizovima od mesta početka transkripcije do
prvog nukleozoma.
Uloga u pozicioniranju nukleozoma koji se prvi sreće u genu nakon inicijacije transkripcije:
Kada kopmleks (RNK polimeraza) krene da transkribuje, naleti na prvi nukleozom, što otkači
kompleks za transkripciju sa DNK, ali taj mali niz koji je do tada sintetisan postaće tiRNK.
tiRNK će se udružiti za kompleksom, i kada taj kompleks sa RNK polimerazom počene ponovo
transkripciju, ova mala tiRNK učestvuje u modifikaciji tog nukleozoma i omogućava da kompleks sa
RNK polimerazom prevaziđe taj nukleozom i da nastavi transkripciju.
tiRNK - ima 18 nukleotida komplementarnih nizovima nizvodno od mesta početka transkripcije.

Pozicionira prvi nukleozom od početka mesta transkripcije.
Kada RNK polimeraza počne da sintetiše RNK i kad dođe do prvog nukleozoma, ona otpada sa lanca i
vraća se na početak. Mali transkript koji tu nastaje je tiRNK i ona udružena sa kompleksom proteina modifikuje
sam nukleozom pa kada RNK polimeraza ponovo krene da sintetiše RNK više je taj nukleozom ne zaustavlja.
To je uloga ove tiRNK. yyy
20

PITANJE 43
Duge ncRNK (lncRNK)
___
y Duge ncRNK (lncRNK) su sve ove preko 200nt, a mogu biti i dosta duže. Važne su kao i male
ncRNK. Vrlo raznovrsne. Tkivno specifične (u nekim tkivima se transkribuju u nekim ne).
y Mogu nastati na različite načine:
- Sens i Antisens lncRNK: Nastaju sa jednog ili više egzona istog ili suprotnog lanca DNK u
odnosu na onaj koji stvara iRNK.
Nastaju od jednog ili više egzona istog (sens lncRNK), ili
suprotnog lanca u odnosu na lanac od koga nastaje iRNK kada je reč o
antisens lncRNK.
- Bidirekcione lncRNK:
udaljena od gena za iRNK ali imaju iste cis regulatore
lncRNK i iRNK susednog gena sa suprotnog lanca DNK kontrolisane istim cis-elementima
Transkribuju se sa susednog gena u odnosu na gen koji je aktivan i to sa

antisens lanca ali ono što je zajedničko za aktivan gen i ovaj lncRNK
transkript jeste da su regulisani istim cis regulatornim elementima
- Intronske lncRNK
transkribuje se sa introna gena koji kodiraju proteina
21

- Intergenske
ima svoj gen za svoj transkript
Transkribuje se sa nukleotidnih nizova između dva gena koji kodiraju

proteine. (tj. sa nukleotidnih nizova koji ne pripadaju nijednom
klasičnom genu)
- lncRNK poreklom sa 3’UTR regiona
Nastaje unutar 3'UTR regiona gena koji kodiraju proteine, ispoljava se kod
sisara: u ćelijama korteksa i hipokampusa mozga, Sertolijevim ćelijama testisa.
Uloge lncRNK
lncRNK imaju više uloga u:
- diferencijaciji ćelija
- regulaciji aktivnosti TF
- genomskom utiskivanju
- regulaciji kancerogeneze
- prisutne u parapegama u jedru (= strukture važne za transporti iRNKiz jedra u citoplazmu)
- Važne su za regulaciju kako će izgledati hromatin u genomu.

Na stotine lnc RNK prati prostorno i vremensko aktiviranje HOX gena sisara.
Različite lncRNK učestvuju u ovoj kontroli aktivacije gena.
- Posrednici u aktivaciji transkripcije nekih gena

Npr. gen ima pojačavač koji je udaljen 1MB (megabazu) od njega, za koga treba da se
veže TF koji treba da inicira aktivaciju tog gena, tj. promotora.
Tu mora da dođe do takvog upetljavanja da specifični TF dođe u konrakt sa mašinerijom

za transkriciju. U tome učestvuju lncRNK i to je pojačavač-RNK koja se transkribuje sa
pojačavača, i onda zajedo sa TF-ima učestvuje u promeni konformacije DNK gde će doći
do kontakta pojačavača i promotora. To rešava problem sa dugačkim razmacima između cis
regulatornih nizova.
- Slično radi i aktivaciona ncRNK.
22

lncRNK kao posrednici u interakciji pojačavača i promotora tj. u regulatornoj ulozi
pojačavača omogućavaju upetljavanje genoma tako da pojačavač dolazi u kontakt sa promotorom:
Postoje dve klase lncRNK koje pomažu upetljavanje DNK koje omogućava da dođu promotor i
pojačavač u blizak kontakt a to su:
- pojačavač-RNK (enhancer-RNA) – koja se transkribuje sa samog pojačavača
- aktivaciona ncRNK (activating ncRNA) – koja potiče iz nekih nekodirajućih regiona ali je
pronađeno da se petlja i u sam taj posao upetljavanja odnosno zgužvavanja genoma yyy
ylncRNK posrednici u interakciji pojačavača i promotora kada dolazi do inicijacije transkripcije.

Postoji lncRNK koja se transkribuje sa pojačavača i zove se pojačavač-RNK.
(pojačavač nije samo jedan CIS regulatorni element za koga se kače TF-i, već se i on nekad transkribuje)
-Pojačavač-RNK ulazi u kontakt sa proteinima koji menjaju koformaciju DNK dovodeći u blizak
kontakt pojačavač koji može biti veoma udaljen od promotora.
-Aktivaciona ncRNK potiče sa nekodirajućih regiona, ima sličnu funkciju.

yyy
23

PITANJE 44
Regulacija na nivou transkriptoma
Suma priče o RNK molekulima.
U mnoštvu RNK prisutnih u ćeliji - iRNK, razne ncRNK sa raznim f-jama. Između njih postoji
interakcija i to je značajan nivo regulacije ekspresije gena.
"ceRNK hipoteza" (hipoteza kompetirajućih endogenih RNK molekula): komunikacija između

različitih RNK u transkriptomu se obavlja zahvaljajući miRNK, odnosno zahvaljujući semenskim
regionima na miRNK i MRE-ovima na različitim drugim RNK molekulima prisutnim u tom
transkriptomu.
- Jedna miRNK može da prepozna mnogo drugih RNK u transkriptomu (npr iRNK).
- Jedan RNK (iRNK) nosi nizove (MRE-ove) za mnogo miRNK.
Umrežavanje i prepletanje ncRNK i drugih RNK molekula je veliko. I lncRNK takođe nose
MRE-ove koje prepoznaju miRNK.
Ova hipoteza kompetrijaćuih endogenih RNK se tako zove jer:
- miRNK kvantitativno reguliše molekule informacione RNK.
- postoji ograničena količina miRNK i postoje razne iRNK koje mogu da prepoznaju te
miRNK. Ukoliko se miRNK veže za jedne informacione RNK, to znači da miRNK neće utišavati ove
druge. Što se više vežu za jednu, ove druge iRNK neće biti zaustavljene i otićiće u translaciju i dobiće
se proteinski produkt.
Na taj način količina informacione RNK sa jednog gena utiče na to kakva će biti ekspresija
drugog gena sa kojim deli taj MRE (MRE je na iRNK). Ta kvantitativna interakcija postaje jako važna.
Ranije se mislilo da koliko je iRNK, toliko će dati i proteina. Međutim, budući da postoji
"skriveni RNK jezik" koji se bavi komunikacijom MRE i semenskog regiona i umreženim
interakcijama, vidimo da količina iRNK sa jednog gena može jako da utiče na aktivnost drugog gena i
obratno.
Znači, važno je i koje su informacione RNK i koliko su prisutne što utiče na druge transkripte.
Količina RNK u genomu je transregulatorni nivo regulacije ekspresije gena.
24

Pseudogeni:
Ranije se mislilo da kada se ugasi gen neće biti proteina. Međutim, činjenica da se mnogo
pseudogena transkribuje (da ima svoj RNK transkript) znači da nije nevažno da li je pseudogen ostao u
genomu ili je bio deletiran i tako ispao iz genoma.
Primer je PTEN gen koji je tumor supresor gen, on drži pod kontrolom ćelijski rast. Kada
njega nema dolazi do neobuzdanog rasta ćelija (kancer). Ovaj gen ima i svog pseudogen PTEN1. Ako
se transkribuju i jedan i drugi transkript sa pseudogena pokupi na sebe miRNK što znači da nema pun
miRNK koje će inhibirati sintezu tumorsupresor gena i ćelija je pod kontrolom. Ukoliko se desi nešto
sa pseudogenom (deletira se), sva miRNK će se nakačiti na iRNK PTEN gena i neće biti
tumorsupresora i doći će do kancerogeneze.
Kod kancera koji su uzrokavani ovim poremećajem, nema mutacije PTEN gena, već je problem
sa pseudogenom.
U ćelijama eukariota su jako prisutne cirkularne RNK, koje nastaju nakon obrade primarnog
transkripta gde se egznoi vezuju glava-rep. I dobije se RNK koji ima jako puno MRE-ova. Kao i kod
CRISPR-a kod bakterija, i ovo je molekul koji patrolira po ćeliji i skuplja na sebe različite miRNK i
obezbeđuje da drugi geni budu aktivni. Oni deluju kao "sunđeri" skupljaju na sebe miRNK da bi drugi
geni bili aktivirani.
Danas postoji ideja da se prave veštački sunđeri za miRNK, u vidu cirkularne RNK sa MRE-
ovima koji će na sebe da skupljaju miRNK, i to može biti terapijski važno ako se utvrdi da je bolest
uzrkovana povećanom količinom miRNK koje inhibiraju aktivaciju nekih tumorsupresor gena.
Poenta: Ovaj deo regulacije ekspresije gena je jako kompleksan i važan u evoluciji. Evoluciono
je dinamičan, mnogi geni se ne regulišu konvencionalnim putevima kako se ranije mislilo (TF ga ugasi,
il ga ne ugasi, hromatin ga ugasi ili ga ne ugasi), već upravo na ovom nivou - a to je nivo koji jako brzo
evoluira.
To čini dinamiku i brzu evoluciju višećelijskih organizama, i što su veći i kompleksniji to je ova
evolucija brža.
25

_________________________________________________________________________skripta
44. Regulacija na nivou transkriptoma i evolucioni značaj
Genska ekspresija zavisio raznih interakcija kodirajućih i nekodirajućih RNK transkripata.
Odvijanje regulacije
zh Prema ceRNK hipotezi (kompetirajuća endogena RNK hipoteza):
Komunikacija između RNK transkripata se odvija preko mikroRNK (imaju semenski region) i
raznih RNK koje imaju MRE (MRE=segmente koje prepoznaje miRNK).
Kompetirajuća hipoteza je: ako dve RNK (npr.iRNK) imaju isti MRE, one su u kompeticiji za
istu miRNK.
Uloga ovoga: Postoji određena količina neke miRNK i sve se vežu za jednu iRNK i neće biti
dostupna za drugu iRNK.
Na taj način, prisustvo i količina jedne iRNK koja ima isti MRE kao i neka druga, reguliše
koliko će ovaj drugi transkript (a samim tim i gen) biti inhibiran preko toga koliko se miRNK vezalo za
ovu prvu.
Poenta je u titriranju količine miRNK, kada jedna iRNK veže miRNK, druga će biti slobodna
i ući će u translaciju. Na ovaj način se reguliše nivo ekspresije. To je po kompetirajućoj hipotezi.
Jedna iRNK može da ima više različitih MRE, jedna miRNK može da se vezuje za više
različitih RNK transkripata. Znači, sa samo jednom miRNK moguća je komunikacija između velikog
broja različitih RNK transkripata u transkriptomu.
yPseudogeni - pseudogeni i njihovi roditeljski geni imaju uglavnom identičnu sekvencu, i

njihovi MRE si identični. Pseudogeni nisu bez efekta.
Ako se transkribuju i pseudogen i aktivni gen, što je više pseudoogena to će oni više vezati za
sebe miRNK, a roditeljski gen će biti više aktivan (tj. transkripti roditeljskog gena nisu blokrani), znači
prisustvo pseudogena povećava aktivnost gena.
26

Primer: u kancerogenzi, PTEN gena je jako važan tumor supresor (važan TF), oni ima
svoj pseudogen i ukoliko se transkribuje i pseudogen, aktivnost PTEN gena je veća i samim
tim verovatnoća transformacije ćelije u kancerogenu je manja.
Kod nekih ljudi kod kojih je došlo do pojave kancera pokazalo se da se nije desila
mutacija u genu, već delecija u pseudogenu. Znači, došlo je do poremećaja regulacije
ekpresije.
Kada postoji delecija pseudogena on se me transkribuje, sve miRNK se kače na iRNK
sa gena koji treba da bude aktivan i tako blokiraju njegovu translaciju.
Danas u medicini se pokušava da se kancerska oboljenja leče preko miRNK sunđera ili
MRE sunđera, da se zapravo sintetiše RNK koja ima veliki broj oderđenih semenskih regiona i
kada se ubaci u ćeliju ona će da vezuje određene iRNK i da blokira njihovu translaciju i to u
nekim situacijama može da blokira i transformaciju ćelije. RNK sunđeri su tek u povoju, to je
dosta komplikovano jer mogu da se vezuju neke iRNK koje ne bi trebalo da se vezuju.
ylncRNK imaju MRE (=mesta prepoznavanja miRNK), miRNK mogu da regulišu i njih.
yiRNK imaju i regulatronu ulogu.

iRNK koje potiču sa različitih gena mogu biti u interakciji preko zajedničkih MRE.
Znači, da količina iRNK sa jednog gena može značajno da utiče na to šta će biti sa
transkriptima sa drugog gena (tj. da li će ući u tranlaciju i nastati proteini).
I količina je važna; da li će jedan protein i u kojoj meri biti sintetisan zavisi od toga koja je
količina iRNK nekog drugog gena sa kojim je ovaj prethodni gen u komunikaciji preko njihovih RNK
transkripata.
________________________________________________________________________________
27

PITANJE 45
Remodelovanje hromatina i evolucioni značaj
Nivo transkripcije: Pričano je o regulaciji transkripcije na goloj DNK (na osnovu CIS nizova
koje treba da prepozna neki TRANS regulator). Međutim, DNK u jedru nije gola, okružena je nrojnim
histonskim i nehistonskim proteinima. Sada pričamo o histonskim proteinima.
Gola DNK je umotana oko nukleozoma.

Nukleozomi su telašca koja se zovu histonski oktameri i sastoje se od po 2 molekula H2A,
H2B, H3 i H4 histona. Oko njih je umotana DNK, između njih je DNK koja je različite dužine (zavisno
od tkiva, u neuronima je vrlo kratka ta neumotana DNK između nukleozoma).
Histon 1 (H1) pravi vezu između nukleozoma. On dalje upetljava DNK.
H1 histon komunicira sa inernukleozomskom DNK i sa histonima na

drugim nukleozomima i dovodi do daljeg pakovanja u hromatinsko vlakno.
Da bi aparat za transkripciju gena mogao da priđe DNK molekulu, mora da dođe do lokalne
dekondenzacije tog upetljanog hromatima.
Kada je DNK upetljan (kada je puno proteina napravilo petlje hromatina) ne mogu da priđu
enzimi koji treba da obave transkripciju (kompleks sa RNKpolimerazom II, TF-i, i ostali proteini).
Za transkripciono aktivan gen mora da dođe do razmotavanja i izlaganja DNK molekula
transkripcionom aparatu.
U oblasti gena koji treba da bude transkribovan mora doći do dekondenzacije

hromatina da bi enzimi transkripcije (regulatorni proteini, RNK polimeraze i dr.) prišli
promotoru gena.
Promene u organizaciji hromatina koje prethode transkripciji nazivaju se
Remodelovanje hromatina.
Na osnovu gustine organizacije hromatina razlikujemo:

-euhromatin (svetlilji, geni aktivni) i
-heterohromatin (tamniji, gusto pakovanje, geni utišani, mada su danas poznati
neki geni koji mogu biti vrlo aktivni).
U gustom pakovanju enzimi transkripcije ne mogu prići promotoru gena.
Odvijanje transkripcije (da li će gen biti aktivan ili ne) zavisi od remodelovanja
hromatina.
28

Hromatin koji određuje koliko i na koji način je umotana DNK, može kontroliše koi geni u
ćeliji su aktivni, a koji nisu.
Remodelovanje hromatina je proces promena u organizaciji hromatina koji prethodi
transkripciji.
U jedru svake ćelije (ćelija kože, jetre) hromatin je spakovan na različite način.
Hetrohromatin oko centromera i telomera se nikad ne raspetljava - Konstitutivni
heterohromatin. Fakultativni heterohromatin je jako upetljan u jednom tipu ćelije (na određenom
delu genoma), a u drugom tipu ćelije neki drugi deo genoma će biti upetljan.
Onaj koji je jako upetljan sadrži transkripciono neaktivne gene (što je više upetljan ti geni su
transkripciono neaktivni, ništa ne može da im priđe i zato ne mogu da se eksprimiraju).
Hromatinska remodelovanja definišu u velikoj meri diferencijaciju ćelije - i to je histonski kod.

Znači, ne samo koji su CIS i TRANS regulatori prisutni, nego i kako je koji deo genoma upetljan.
Histonski kod se prenosi na ćerke ćelije zadržavajući transkripcionu memoriju mame ćelije i kod ćerke
ćelije, i tako se dobijaju ćelije istog tkiva koja imaju isti histonski kod.
Na koji način aktivnost gena može da zavisi od histona:
- Položaj nukleozoma je veoma važan

Mi očekujemo da su oko transkripcionih gena malo razređeni nukleozomi, ali to nije nužno, jer
neke ćelije koje su plastične (npr. nervne ćelije) koje vrlo brzo moraju da menjaju svoj transkripcioni
kod imaju vrlo blisko locirane nukleozome koji su tada u većim međusobnim interakcijama i mogu
međusobno da interaguju i menjaju sam histonski kod.
- Položaj nukleozoma zavisi od:

- same DNK sekvence (gde će se pozicionirati)
- od interakcije između različitih histona, i kompeticije nukleozoma sa različitim drugim
proteinima npr. sa TF-ima.
- Kod kvasca 80% nukleozoma je vrlo stabilno stacionirano.

- Što su životinje morfološki složenije položaj nukleozoma je sve nestabilniji. To ukazuje na
vrlo dinamičnu regulaciju kod velikih genoma metazoa i na tom nivou.
(regulacija je vrlo dinamična i na ovom nivou, a videli smo da je dinamična i na nivou transkriptoma)
29

Uloga histonskih varijanti
Nukleozomi koji imaju H2A, H2B, H3 i H4 mogu da imaju i malo modifikovane histone u
svom sastavu. Postoji nekoliko varijanti koje su vrlo važne za regulaciju ekspresije gena.
H2A histon ima dve varijante:
1) H2A.X - bitno različit od originalnog H2A:

ima različite AK na jednom kraju, fosforilaciju serina na 159. mestu.
Ovi nukleozomi predstavljaju signale koji ukazuju na oštećenje DNK (npr. dvolančani prekid).
Tu se ubaci nukleozom koji sadrži H2A.X varijantu histona, verovatno dovodi do lokalne
dekondenzacije hromatina, omogućavajući enzimima popravke da priđu i izvrše f-ju.
Uloga u mehanizmu reparacije oštećenja DNK, čest oko mesta oštećenja DNK
gde učestvuje u dekondenzaciji hromatina da bi reparacioni proteini imali pristup.
2) H2A.Z bitno različit od originalnog H2A (po sastavu AK)

Nukleozomi sa H2A.Z su veoma stabilni, okružuju promotore aktivnih gena i predstavljaju
granice heterohromatina. Nalaze se na granici između eu- i heterohromatina, označavaju mesta gde će
biti aktivni, a gde neaktivni geni.
- Nukleozomi sa H2A.Z su veoma stabilni.

- Okružuju promotore aktivnih gena.
- Nalaze se na granicama heterohromatina gde sprečavaju
njegovu transformaciju u euhromatin i obrnuto.
Smatra da je varijanta H2A.Z bila prvi način epigenetičke regulacije u diferencijaciji ćelija
(znači pre bilo koje druge regulacije koja će dovesti do diferencijacije ćelija kod višećelijskih organizana na
ćeliju kože i ćeliju jetre), tj. da je varijanta H2A.Z bila prvi epigenetički marker za diferencijaciju ćelija
koji je ukazivao da će jedni geni biti aktivni u jednom tipu ćelije, a drugi geni aktivni u drugom tipu
ćelije.
H2A.Z varijanta kod prvih jednoćelijskih eukariota i višećelijskih organizama je bila

prvi regulator ekspresije gena, tj. ako nukleozom sadrži H2A.Z ili ne - gen je aktivan
ili ne.
Problem je što kod kvasca prisustvo nukleozoma sa H2A.Z sprečava transformaciju

heterohromatina u euhromatin (znači održava inaktivirano stanje), a kod ostalih može biti obrnuto
sprečava transformaciju euhromatina u heterohromatin (tj. povezan je sa aktvacijom gena a kod kvasca
sa supresijom gena).
Ta uloga može biti species-specifična, a ne zna se šta je originalna uloga od ove dve. Ali zbog
njegove stabilnosti se pretpostavlja da tomože biti vrlo drevna uloga u regulaciji ekpresije.
30

Kod biljaka je pozicija ovog tipa nukleozoma sa H2A.Z histonom značajna za odgovore
biljaka na promene životne sredine. Njihov položaj može da se menja zavisno od toga da li je biljka
pod stresom (suša, temperatura itd).
H3 histon ima dve varijante:

y CenH3 bitno različita po AK sastavu od H3 histona
Prisutan u centromernom regionu hromozoma i važan je za pravilnu segregaciju hromozoma.
Znači nije važna samo sekvenca centromere koja se sastoji od mnogo

ponovljenih nizova, znači ne određuje samo DNK sekvenca centromeru i
njenu ulogu, već i ovaj histon. Kada se ekperimentalno izbaci CenH3 nema
dobre segregacije hromozoma
y H3.3 ima samo 3 do 4 različite AK u odnosu na H3

- Javlja se dominantno oko promotora kod biljaka i životinja i u kodirajućim delovima kod
kvasca. Označava aktivne gene (euhromatin) po čemu je u preklapajućoj ulozi sa H2A.Z varijantom
histona.
Nukleozom (koji ima H2A, H2B, H3 i H4) može da sadrži i H2A.Z i H3.3 varijantu oko
aktivnih gena, ali kada u tom nukleozomu postoji i H2A.Z i H3.3 on je mnogo manje stabilan, nego
samo kad postoji H2A.Z.
Ovo do sada je bila priča o samom nuklozomu, o njegovom unutrašnjem sastavu, gde postoje
različite varijante histona (različite primarne sekvence tj. različite AK). To je različito od
posttranslacione modifikacije histona.
Posttranslaciona modifikacija histona
Običan nukleozom ima H2A, H2B, H3 i H4. Iz nukloezoma vire repovi tih histona. Na tim
repovima na različitim AK dešavaju se različite modifikacije, prevashodno na H3 histonu (na njemu su
najpoznatije hemijske modifikacije).
Ukoliko se na tom mestu neka AK (npr. Lizin) modifikuje (npr. fosforiluje se, metiluje se) to
bitno menja kontakt ovog nukleozoma sa DNK molekulom koji ga okružuje i sa drugim proteinima
koji treba da uđu i nešto odrade na toj DNK.
Neke od AK na repu H3 histona mogu hemijski da se modifikuju i to značajno

menja da li je ta DNK aktivna ili ne tom mestu.
31

Hemijske promene AK mogu da budu:
- Najmanje 9 tipova kovalentnih modfikacija od kojih su najpoznatije acetilacija, fosforilacija i
metilacija.
- Pošto mogu da se dese na različitim mestima, po kombinatorici je to preko 100 različitih modifikacija
koje mogu da zadese histone tj. njihove repove koji vire iz nukleozoma.
1. Acetilacija:
- Obavljaju je enzimi Histonske acetilaze (HAT) koje prebacuju Acetilne grupe na Lizine.
Pošto je Acetilna grupa negativno naelektrisana, a DNK je takođe negativno naelektrisana, to
dovodi do relaksacije kontakta između histona i DNK - otvara se DNK i omogućava se pristup
transkripcionim faktorima i mašineriji.
Acetilna grupa je negativno naelektrisana što povećava negativno

naelektrisanje histona. DNK je sama negativno naelektrisana, pa će biti
slabija veza između DNK i histona. Dolazi do raspetljavanja DNK u
određenoj meri.
Postoji preko 20 Histonskih acetilaza i mnogi TF-i imaju ovu aktivnost.
Histoneske dezacetilaze rade obrnuto - skidaju acetilnu grupu sa

lizina i afinitet između DNK i histona se povećava - zatvara se gen i
smanjuje se transkripcija.
2. Fosforilacija
Proteinske kinaze vrše fosforilaciju, a defosforilaciju vrše Fosfataze.
Obično se dešava na serionu i treoninu.
Takođe povećavaju negativno naelektrisanje histona (dodaju negativno naelektrisanu grupu), i time
oslobađaju kontakt sa DNK, omogućavaju bolji pristup drugim enzimima. Najčešće stimulišu
acetilacije.
3. Metilacija histona je najstabilnija modifikacija.
Metilacija histona je najstabilnija modifikacija, ona se održava vrlo stabilnom

transgeneracijski u samim ćelijama (od mame do ćerke ćelija), traje jako dugo, za razliku od prethodnih
hemijskih modifikacija koje traju kratko.
32

Metilacija na Lizinu može da se desi na vrlo različitim mestima. Ukoliko se veže za deveti
Lizin na repiću H3 histona ili za 27. Lizin na repiću H3 histona to će inhibirati transkripciju.
Ukoliko se metiluje 4. ili 36. Lizin to označava aktivni hromatin tj. aktivni gen koji se nalazi uz
tu modifikaciju histona.
Često možemo da zateknemo i bivalentne hromatinske domene de je prisutna i 27 i 4 metilacija

- znači i ono što inhibira i ono što aktivira. Takva modifikacija dovodi do utišavanja gena, ali vrlo lako
može da se promeni u aktivnost. Bivalentni hromatinski domani omogućavaju "stand-by" poziciju, gde
je gen utišan, ali vrlo lako može da bude aktiviram.
Metilaciju histona vrše Histonske metiltransfraze, otkriveno ih je 28 različitih.
Metilaciju histona najstabilnijom čini to što te modifikacije stupaju u interakciju sa proteinima

koji održavaju stabilan histonski kod metilacije i to su: Tritoraks kompleks i Polycomb kompleks
proteina.
Tritoraks kompleks proteina se vezuje za nukleozome aktivnih gena.

Podržavaju trimetilaciju 4. Lizina koji označava aktivan gen. Održavaju memoriju aktivacije.
Polycomb kompleks proteina radi obrnuto, održava memoriju inaktivacije tj. inhibicije gena.
Učestvuje u formiranju kondenzovanog hromatina. Održavaju stanje inhibiranog (ugašenog) gena.
Neki proteini imaju metil-transferaznu aktivnost - mogu da metiluju na mestima na kojim
utišavaju gene.
U procesu održavanja histonskog koda preko metilacije učestvuju lncRNK (duge ncRNK) koje
omogućavaju Tritoraks i Polycomb kompleksima prepozbavanje nizova na DNK. To su PRE i TRE
nizovi na DNK za koje će se vezati ovi kompleksi koji održavaju stabilnu aktivaciju ili stabilnu
inhibiciju gena.
Oba ova kompleksa prepoznaju PRE/TRE nizove na

DNK, za koje se vezuju, njima diriguje duga nekodirajuća
RNK, koja prepoznaje te nizove.
33

PITANE 46 - Metilacija DNK i evolucioni značaj
Metilacija DNK je najstabilnija promena ima važnu ulogu u regulaciji aktivnosti gena.
Imali smo tarnskripton, proteom, sada imamo metilom što znači obrazac DNK metilacije.yyy
Pored toga što se repovi histona mogu metilovati, može i sama DNK da se metiluje i ta
modifikacija DNK je stabilna regulacija ekpresije gena. Zboga toga možemo da definišemo Metilom
koji označava obrazac ekpresije gena koji rezultat metilacije molekula DNK.
Kod svih organizama se metiluje Citozin i dobije se 5-metil.citouna koji se koš zove i peta
baza iz razloga što je veliki broj Citozina u genomima životinja metilovan (pa pošto se toliko često
sreće, praktično se smatra petom bazom).
Kod životinja DNK metil transferaze uvek metiluju Citozin u CG dimerima.

Kod sisara je metilovano 70 do 80% tih CG dimera.
Kod mnogih metazoa Drozofila i Caenorabdites metilacija DNK nema značajnu ulogu. Nesreća
je bila u tom što su osnovni model sistemi za proučavanje modifikacija ekpresije gena bili upravo
Drozofila i Caenorabdites i što je kod njih značaj metilacije DNK minimalan, dugo vremena se
smatralo da je metilacija DNK nebitna za regulaciju ekspresije gena.
Značaj metilacije se shvaćen kada su ozbiljnije proučavani drugi genomi.
CpG ostrva (dugački nizovi u kojim se ponavljaju CG dimeri tj. CGCGCG u dugom nizu) - su
nizovi u blizini promotora i Citozin u tim ostrvima se ne metiluje.
Kada se metiluje Citozin u promotorima tj. CIS regulatorima to znači inaktivaciju transkripcije,
gen se ugasi.
Danas se zna da mnoge metilacije u promotorima mogu da aktiviraju gen, zavisno od toga kako
je upetljana DNK neke metilacije citozina mogu da naprave konformaciju koja omogućava prilaz RNK
polimerazi.
Najčešće je inaktivacija, ali otkriva se sve više slučajeva gde metilacija označava aktivaciju.
34

Metilacija Citozina može da bude i unutar gena (a ne njihovi cis regulatori), egzoni su češće
metilovani od introna. Unutar gena su prosečno češće metilovani oni geni koji su aktivniji.
Ne zna se tačna uloga metilacije unutar gena, postoje hipoteze:
- Na taj način se maskiraju neki latentni (skriveni-kriptični) promotori, tako da RNK

polimeraza ne može da se veže za te promotore i da se dobije neispravan transkript.
(Genomi su puni kriptičnih mesta za mnogo šta, a između ostalog i za promotore).
- Te metilacije mogu da obeležavaju granice između introna i egzona. Pa ako su

specifične za određeno tkivo to određuje alternativno iskrajanje u konkretnom tipu ćelije
(znači ne samo SR proteini, veći ove metilacije unutar gena koje prave granice između introna i egzona,
mogu unapred da odrede kakvo će biti iskrajanje i kakva će iRNK da se dobije sa tog transkripta)
Metilacija unutar gena: unutar gena ima mnogo metilovanih citozina, egzoni su češće
metilovani od introna. Aktivni geni (tj. njihovi egzoni) su prosečno više metilovani.
Ne zna se tačna uloga metilacije egzona postoje hipoteze:

-da prikrivaju neke kriptične promotore koji mogu da postoje u egzonima
-da je u vezi sa histonskim modifikacijama i da pozicionira nukleozome, a pozicija nukleozoma
je važna za alternativno iskrajanje, pa znači obeležava egzone za alternativno iskrajanje. yyy
Kod biljaka metilacija Citozina može da se vrši na:

- C G dimerima,
- C (bilo koji nukleotid) G
- C (pa bilo koja dva nukleotida) C-G, C-nuk-G, C-nuk-nuk
Najviše je ipak CG i kod biljaka.
Kod biljaka se pretežno metiluju: ponovljive sekvence i ME. Vrlo je mala uloga metilacije u
regulaciji aktivnosti gena, za razliku od životinja kod kojih je ovo vrlo važan način regulacije ekpresije
gena.
- Pretežno metilacija: ME-a ugrađenih u genom i Ponovljivih sekvenci
- nema metilacije u promotorskim regionima (za razliku od životinja)
Kod životinja su ME metilovani više nego ostatak genoma,

postoji i regulacija metilovanjem promotora - regulacija ekpresije
domaćinskih gena. yyy
O značaj metilacije u regulaciji ekspresije gena govori to što su obrasci metilacije kod brojnih
organizama vrlo konzervisani:
- postoje tkivno specifični obrasci ekspresije gena koji su isti u mnogo tipova ćelija između
čoveka i miša. Čak i ako su se DNK sekvence bitno izmenile, obrazac metilacije se nije
izmenio.
- kod nekih primata obrazac metilacije ostaje identičan čak i ako su geni koji su obuhvaćeni
tim metilacionim obrascem bitno divergirali po sekvenci.
Značaj metilacije DNK je preko ove konzervisanosti vrlo naglašen.
- Metilom tj. obrazac metilacije može biti vrlo konzervisan, čak i

više konzervisan nego sama sekvenca između dve evolucione linije.
Npr. kod primata delovi genoma koji se bitno razlikuju u sekvenci
imaju isti obrazac metilacije. yyy
35

DNK metilaciju obavljaju enzimi DNK metil transferaze.
Postoje 2 familije Metil transferaza, obe familije su prisutne i kod biljaka i kod životinja, što
znači da su nastale pre divergiranja biljaka i životinja. (Geni za ove enzime su nastali pre razdvajanja biljaka i
životinja, jer ih ima i kod jednih i kod drugih.)
Dve familije Metil transferaza: Dnmt1 i Dnmt3.
Dnmt1 metiluje Citozin u hemimetilovanim CG dimerima tokom replikacije DNK.

Pri replikaciji DNK od jednog molekula se dobiju dva, a ta ćelija već ima neki metilom tj.
obrazac metilacije koji se preslikava i na drugi molekul. ako da ćerke ćelije prepisuju obrazac
metilacije.
Pre deobe ćelije se replikuje DNK (semikoznervativna replikacija), jedan moleklul nosi
ove metilacione markere, drugi koji je nastao ne nosi.
Dnmt1 prepoznaje gde treba da metiluje ovaj drugi lanac, tako da i ćerka ćelija ima isti
metilacioni obrazac.
Kod nekih grupa koje nemaju enzim Dnmt3 koji radi de novo metilaciju, Dnmt1 obavlja i
denovo metilaciju (citozina). Ali najveći broj životinja ima Dnmt3 koji radi de novo metilaciju.
Dnmt3 radi denovo metilaciju.

y Najveći broj životinja ima Dnmt3 koji radi de novo metilaciju, tu male ncRNK (piRNK i
siRNK) diriguju gde će da se obavi metilacija (i to preko prepoznavanja komplementarnih sekvenci).
piRNK i siRNK označavaju sekvencu koja treba da bude metilovana i na taj način Dnmt3 de
novo metiluje određene nizove.
y Kod biljaka postoji ortologni enzim od Dnmt3 i to je DRM (ti geni imaju zajedničko poreklo).
DRM se udružuje sa siRNK koja ga dovodi do mesta koje treba biti metilovano i to se zove
RNK dirigovama DNK metilacija (RdDM).
Dnmt2 je srodna familija ovim dvema metilazama, ali ona metiluje RNK (vrši metilaciju Citozina na
RNK molekulima); ona je RNK metilaza.
36

Posebna familija metiltransferaze kod biljaka (CMT-3) i kod gljiva (Dim-2),
Kod gljiva i biljaka postoje neke metil transferaze koje su kod životinja izgubljene (vrlo rano u
evoluciji jer ih životinje uopšte nemaju).
CMT-3 kod biljaka i Dim-2 kod gljiva metiluju ME - njihova uloga je zaštita genoma od ME.
To govori da je prvobitna uloga ove genetičke modifikacije odbrana domaćina od ME.
- Metiluju isključivo ME i ponovljive nizove.

- Životinje su ih izgubile u ranim fazama evolucije.
Postojanje ovih enzima u nekim evolucionim linijma ukazuje da je prva uloga
DNK metilacije bila odbrana genoma domaćina od ME.
Kod životinja koje nemaju ove DNK metil trasnferaze (Dnmt), vidi se da su ME
neproporcionalno puno metilovani. Što opet ukazuje da je originalna uloga metailacije bila odbrana
domaćina od ME.
Zašto neke životinje nemaju Dnmt?
Kako je moguće da sa tako važnim ulogama metilacije Citozina u DNK neke životinje upošte
nemaju metil transferaze kao npr. drozofila i caenorabdites.
Pošto ovi enzimi za metilovanje citozina postoje kod svih glavnih grana životinja, ali unutar tih
glavnih grana neke evolucione linije su izgubile. Predak svih životinja sa bilateralnom simetrijom
imao je sve tri DNK metil transferaze.
-Kod protostoma (artropode, anelide i moluske/ Drozophila, nematoda Caenorabdites) dešavalo

se gubljnje gena u više navrata
-Kod deutreostoma (tu spadaju i ljudi) nije došlo do gubljenja ni jednog gena za ove DNK metil
transferaze - postoje sve tri. (Urohordate su zadržale samo Dnmt2).
Kako su mogle da nestanu, kada im je toliko važna uloga u regulaciji ekspresije gena:
smatra se da su druge epigenetičke modifikacije preuzele ulogu DNK metil transferaze i samim tim ako
druge epigenetičke modifikacije preuzimaju ulogu zaštite genoma od ME-ata, geni za Dnmt su sada
pod slabim pritiskom selekcije (nevažni su) i izgubljeni su u ovim evolucionim linijama.
Drugi mehanizmi epigentičke kontrole u ekpresiji gena postaju bitniji.
Pčele imaju sva tri Dnmt (iako većina insekata nema ni jedan ili samo neki), one ne rade
zaštitu genoma od ME, već se koriste za genomsko utiskivanje i za socijalnu regulaciju ponašanja.
Kod pčela zahvaljujući DNK metil transferazama (Dnmt) postoji migućnost da se od istog
genotipa dobije i radilica (razne uloge) i matica (reproduktivna uloga). Zavisno od načina ishrane
aktiviraju se različiti obrasci DNK metilacije - pa se tako dobijaju radilice ili matice.
Kod nekih evolucionih linija Artropoda, održale su se, značajne su, imaju razne f-je, neki
taksoni nemaju DNK metil trasnferaze, nema je drozofila, Cenorapidis.
Pošto se ovde DNK metilacije nisu pokazale kao nešto važne (drozofila u laboratoriji), dugo se
smatralo da je DNK metilacija nebitna, jer kod ovih najčešće analiziranih takosna nije značajna.
37

47
Poliadenilacija - dodavanje poli(A) repa na iRNK
Obrađeni transkript ima: kapicu, 5' nekodirajući deo (5'UTR), kodirajuću sekvencu, 3'
nekodirajući deo (3'UTR).
Poliadenilacija je proces dodavanja poliA-repića na 3'UTR kraj iRNK. To je važan deo

sazrevanja iRNK. PoliA-repić je važan za sudbinu iRNK:
PoliA-repić daje stabilnost iRNK
Bitan za transport iRNK u citoplazmu
Da li će ući ili ne u translaciju.
Izvor varijabilnosti koji je važan za evoluciju (Varijabilnost produkata):

I na ovom nivou može od istog RNK molekula (čak i istog obrađneog transkripta),
zahvaljujući razlikama u poliadenilaciji da se dobije različit RNK produkt. Evo kako:
3'UTR region može da sadrži različita početna mesta poliadenilacije. Pa će time 3'UTR biti
različite dužine.
Poliadenilacija (repić) može da počne sa različitih mesta na 3'UTR, jer on sadrži alternativna
mesta poliadenilacije.
3'UTR region sadrži puno regulatornih nizova, neke nizove prepoznaju regulatorne male RNK
(miRNK) i vezuju se za njih i mogu da blokiraju translaciju tj. ne puštaju ga u translaciju.
(Takođe prepoznaju ih i proteini za transport iRNK u citoplazmu).
Mesta za poliadenilaciju mogu biti i u kodirajućem nizu. Ako odatle krene poliadenilacija
nastaje kraći gen tj. kraća iRNK (takav gen može da ima drugačiju f-ju). Sa te kraće iRNK dobija se
drugačiji protein.
Mesto poliadenilacije može biti i u kodirajućem regionu, ako odatle krene
poliadenilacija dobiće se kraća RNK. Iako je na početku dobijen alternativni transkript
pune dužine, poliadenilacija može da ga skrati i u translaciji će dati drugačiji protein.
To je varijabilnost koja nije vezana za varijabilnost sekvence DNK, već se na nivou RNK
molekula menja produkt.
38

Poliadenilacija je još jedan nivo regulacije ekpresije gena i može da dovede do varijabilnosti u
produktima gena sa jedne iste DNK sekvence.
Pošto poliadenilacija postoji kod sva tri domena života (Arhea, Eubakterija, Eukariota) smatra
se da je i LUCA morao imati gene za ovaj mehanizam.
Kod prokariota i eukariota poliadenilacija znači različitu stvar, što ima veze sa nastankom jedra
i obradom koja se kod eukariota dešava u jedru, a kod prokariota u citoplazmi jer nemaju jedro.
y Kod prokariota poliadenilacija dovodi do degradiranja iRNK.

Prokarioti kada poliadeniluju RNK time je označavaju za degradaciju.
y Kod eukariota je suprotno, ona iRNK koja nema poliA repić biće degradovana. U
citoplazmi kada joj se skrati poliA repić ispod nekog nivoa, ona ide u degradaciju.
Jedino poliadenilacija malih ncRNK (osim dugih RNK, tj. lncRNK) uzrokuje njihovu
degradaciju.
U citoplazmi eukariota polako se gube adenini iz poliA repića, skraćuje se, i kada taj broj
postane suviše mali te iRNK odlaze u degradaciju.
Jedina iRNK koja nema poliA repić je sa gena za Histone (oni imaju petlju koja imitira poliA repić).
Poliadenilacija u citoplazmi
U citplazmi eukariota postoje razlike p poliadenilacija u različitim tipovima ćelija:
⌦ Poliadenilacija u gametskim ćelijama - jajnim ćelijama:

Majka u jajnu ćeliju spakuje sve što je zigotu potrebno na samom početku, jer zigot ne počne
odmah da koristi svoje gene:
- Majka napravi iRNK koje nemaju veliki repić i tako se skladište u jajnoj ćeliji.
- Nakon oplođenja proteini (od kojih je najvažniji CPEB protein) počinju da produžuju repić i
ta iRNK se aktivira.
To je mamina iRNK u citoplazmi. Mama je unapred programirala i uskladištila iRNK, koja će biti
aktivirana poliadenilacijom i napraviće se proteini koji će po pravilnom redu aktivirati embrionske gene da bi
započelo razviće embriona.
U svim drugim ćelijama iRNK moraju da imaju duge repove da ne bi bile degradirane. U
gametima u ranoj embriogenezi, prve ćelije nakon deobe čuvaju iRNK sa malim repićima.
Poliadenilacija u citoplazmi će da aktivira te iRNK. Gameti na drugi način čuvaju te iRNK.
39

⌦ U neuronima, u postsinaptičkim mestima se takođe skladište iRNK sa malim repićima.
Poliadenilacija će aktivirati tu iRNK i ona će ući u translaciju.
Važno jer je telo neurona udaljeno od sinapse sa drugim neuronom.

Tu se arhiviraju iRNK sa malim repićima koje se brzo poliadeniluju u citoplazmi i obave što treba.
Ovi proteini (CPEB) su povezani sa učenjem. Za formiranje memorije je važna sinteza novog
seta proteina u blizini same aktivirane sinapse. Ti proteini se sintetišu tako što se iRNK sa malim
repićima dodaje repić i one postaju aktivne i na taj način se označava aktivna sinapsa.
CPEB enzimi rade ovo - prepoznaju iRNK. Kod beskičmenjaka 2, kod kičmenjaka 4 gena rade ovo:
- regulaciju razvića gameta tako što aktiviraju uskladištene iRNK.
- obeležavanje sinapse (kičmenjaci ne zna se...)
y Kod beskičmenjaka CPEB nizovi imaju duge PoliQ nizove (poliglutaminske nizove) koji
imaju prionske osobine (prave agregate koji liče na prione). Strukture poliQ nizova daju prionske struture.
Prionske osobine:
- stvaraju agregate otporne na razne enzime koji bi ih iseckali.
- mogućnost da drugim sličnim proteinima promene konformaciju da budu slični prionskoj strukturi.
To je otkriveno na jednom pužu, njegova sinapsa koja je aktivna kada napravi prionsku
strukturu, ostaje zauvek obeležena aktivna sinapsa koju ne može ni jedna proteaza da razruši jer
proteaze ne deluju na prione.
y Kod kičmenjaka (i čovek) nije jasno da li je aktivna sinapsa obeležena na ovaj način, jer
njihovi CPEB proteini imaju kraće poliQ nizove (i nije jasno da li imaju prionska svojstva).
Ćelijska osnova memorije je bazirana na uskladištenim iRNK u tom neuronu u presinaptičkoj
membrani. A moguće je da imamo i te prione koji obeležavaju (markiraju) aktivnu sinapsu.
40

Prerada RNK (editovanje)
Imali smo obradu primarnog transkripta - alternativno iskrajanje,

zatim mogućnost poliadenilacije kao nivoi regulacije ekspresije,
sada i prerada (editovanje) RNK - još jedan nivo regulacije ekspresije gena.
Mogućnost da se na primarnom RNK transkriptu hemijski izmeni neki nukleotid, tako da to

postane druga sekvenca, ne u DNK nego u RNK molekulu.
Prerada RNK (editovanje) su modifikacije iRNK (u koje ne spada alternativno splajsovanje),

vrše se putem insercija/delecija nukleotida, zamene nukleotida puten hemijske modifikacije nukleotida.
One menjaju nukleotidni sastav iRNK (promeni se sam kodon i da se dobije drugačiji protein).
Prerada je kotranskripcioni ili posttranskripcioni proces koji menja strukturu gena na RNK
nivou, pa ako su to geni koji kodiraju proteine, prerađena iRNK će nositi drugačiju informaciju za AK
sastav proteina od one zapisane na DNK. Najpoznatije su „A-u-I prerade.
Mehanizmi prerade RNK su različiti:
yKod protozoa (1-ćelijski eukarioti, u mitohondrijama) i virusa: Prerada RNK se vrši

delecijama i insercijama nukleotida, pa se dobija drugačija sekvenca primarnog transkripta.
yKod višećelijskih organizama najčešće se dešava zamena nukleotida putem hemijske

modfikacije:
y A u I prerada - dezaminacijom Adenina nastaje Inozin. Kao što ga je splajsozom
čitao kao Guanin, i u translaciji se Inozin čita kao Guanin, i dobije se drugi kodon, a
time i drugačiji protein. Tu preradu (dezaminaciju Adenina) radi enzim ADAR.
A u I prerada promeni sekvencu i taj deo može da se prepozna kao signal za iskrajanje.
y C u U prerada, dezaminacijom Citozina, nastaje Uracil koji takođe menja kodon u

kodirajućem nizu. Enzim je APOBEC.
Oba enzima i ADAR i APOBEC nastali su od adenozinskih dezaminaza (ADAT) koje rade
modifikaciju tRNK. Nastali su duplikacijom ovih gena i evoluirali da rade druge stvari.
ADAR3 je aktivan samo u mozgu. Kod ljudi prerada u mozgu je 35x češća nego kod miševa,
najčešća je u genima sa Alu nizovima.
APOBEC3 kod čoveka ima 8 varijanti i ima osnovnu ulogu u mozgu.

Sa fenotipskim usložnjavanjem se dešava i ekspanzija ovih gena (čovek ih ima ukupno 8).
41

Evoluciona uloga prerade RNK
Ovaj način omogućava postepenost evolucione promene.

y Neće svi transkripti sa nekog gena biti prerađeni: neki će biti, a neki neće.
(U ređim situacijama će svi transkripti biti prerađeni).
To je mogućnost da se kreira skrivena (kriptična) varijabilnost u određenim organizmima.
y Ukoliko je za funkcionisanje proteina koji će nastati potrebno da transkript npr. ne bude prerađen, a
neki prcenat tog transkripta ipak bude prerađen - ta prerada se neće odraziti na adaptivnu vrednost
organizma, ako ujedno postoje i neprerađeni i prerađeni.
Potrebna varijanta će ostvariti funkciju i pokrivaće ostatak neadekvatnih transkripata. Ona
druga varijanta neće biti selektivno prepoznatljiva jer neće uticati na fenotip organizma
y Prerada povećava varijabilnost, ali to je prikrivena kriptična varijabilnost i ona je neutralna. Ta

varijabilnost može da opstane ukoliko je neutralna.
y Ako se promene uslovi životne sredine, one prerađene varijante mogu da se pokažu kao adaptivne,
proteini koji nastaju od prerađenih varijanti mogu da budu bolje funkcionalni u novim uslovima, nego
oni neprerađeni (koji su bili funkcionalniji pre promene uslova).
Kada se promene uslovi životne prerađeni produkt gena (mehanizam prerade) može da bude veoma adaptivan i
tada selekcija može da ga favorizuje (da postoji selektivni pritisak da ta prerada postane mnogo intenzivnija).
Ovaj postranskripcioni nivo regulacije povećava evoluabilnost, čuva varijabilnost koja ne

utiče na adaptivnu vrednost organizama, ali je uvek prisutna.
Ovaj mehanizam, koji podrazumeva ujedno i ispravan i neispravan produkt, povećava evolvabilnost populacije.
Hipoteza "rekodiranja DNK": prerada RNK može dovesti do rekodiranja DNK informacija.
Intenzivna prerada transkripata se dešava na genima važnim za reparaciju i nadziranje kvaliteta

DNK. Geni za reparaciju treba stalno da popravljaju eventualne greške u DNK molekulu. Njihovi
transkripti intenzivno podležu editovanju.
Ako nešto podlegne editovanju i dobije se varijabilni enzim koji treba da popravlja DNK, to je
takođe mogući izvor mutiranja i same DNK.
Zato je prerada RNK mogućnost za rekodiranje DNK, jer imamo transkript koji pod uticajem
životne sredine može drugačije da se preradi, a on treba da reguliše mutacije na DNK molekulu.
Ovo je mogućnost da sama prerada može da utiče direktno na sekvencu u genomu.
To donekle rešava pitanje zašto kod nekih srodnih vrsta u jednoj situaciji imamo u genomu
zapisan kodon koji daje određen protein, a kod druge srodne vrste, taj protein može da nastane tek
nakon editovanja na nivou RNK. Znači nešto što je opciono na RNK nivou kod jedne vrste, kod druge
vrste je obligatno jer je upisano u genom.
To je povratna uloga da RNK može da utiče na to kako će DNK sekvenca izgledati.
42

Transkripti gena koji treba da poprave DNK su izloženi preradi i ako ta prerada još i zavisi od
uticaja spoljašnje ili unutrašnje sredine:
- U ćeliji imamo preradu RNK transkripata koji treba da daju enzime za reparaciju DNK.
- Ukoliko ti RNK molekuli ne budu prerađeni kako treba neće funkcionisati ni reparacija i
oštećenja na DNK će ostati.
Onda je ovo mehanizam koji pod uticajem životne sredine održava mutaciju, neće se popraviti
ono što bi trebalo da se popravi.
Znači preko RNK prerade (pod uticajem životne sredine) se održava neka mutacija.
To je „re-kodiranje DNK” koje je RNK dirigovano preko prerade ili neprerade RNK molekula
sa onih gena koji su odgovorni za reparaciju DNK.
43

9. Postanak višećelijskih organizama
PITANJE 48
Otvaranje crne kutije kroz molekularnu biologiju razvića
EVO-DEVO (evolution and development)
Videli smo na kojim nivoima se reguliše ekpresija gena.
Evo-devo (ili Eco-evo-devo kako se još zove, ecology, evolution and development) povezuje
proces evolucije koji je transgeneracijski, ontogenezu (sin. ontogenija, development) koji je
individualni proces od oplođenja jajne ćelije do smrti organizma, i sve to se stavlja u ekološki kontekst
(i to je eco-evo-devo).
Sada se bavimo evo-devo koncepcijom.
Slika - po čemu se razlikuje evo-devo pristup (ili eco-evo-devo pristup) u odnosu na staru
Modernu sintezu.
1

Moderna sinteza je genocentrična, sa idejom da je osnovni proces u evoluciji: promena
učestalosti alela kroz generacije u populaciji.
Potpuno isključuje fenotip kao nevažan, jer ako je poznata genetička varijabilnost tj. kakvi su
genotipovi u jednoj populaciji i poznata je njihova adaptivna vrednost, onda priča o fenotipu nije važna
(nebitno je kako taj genotip formira određeni fenotip), i lako je da se napravi prečica jer znajući
genetičku strukturu populacije znaćemo kako će biti promena učestalosti alela u populaciji.
Šta je u eco-evo-devo koncepciji drugačije u odnosu na modernu sintezu (bitno za ispit), zašto
se eco-evo-devo koncepcija zove Treća sinteza. U priču o promenama učsealosti alela ponovo
uključujemo fenotip (tj. jedinku kao bitan element).
Genoscentričnu Modernu sintezu u suštini ne zanima jedinka, već genski pul populacije
(populacija koja se sastoji od skupine gena i alela svih jedinki u populaciji).
Svi modeli koje smo radili u populacionoj genetici se odnose na:

- premene učestalosti alela,
- kako se Mendelovski slažu genotipovi,
- kakva je adaptivna vrednost jednog genotipa u datoj
životnoj sredini.
Moderna sinteza kao genocentrična koncepcija je bila nužan period u razvoju evolucione
biologije, iz razloga što pre Moderne sinteze, pre fokusiranja na same gene, nije se pravila razlika
između evolucije i ontogenije. Znači, nije se pravila razlika između toga šta se dešava sa jednim
organizmom i koliko se to razlikuje od transgeneracijskih promena. Za to je kriv i Darvin, zato što se u
to vreme nije znalo za Mendelovsku genetiku.
Darvinova koncepcija bila načelno Aristotelovska.
Aristotel je govorio da postoji esencija koja se prenosi u

naredne generacije "kroz gamete ili na bilo koji način". Npr.
postoji esencija biti čovek i to je nešto što udara temelje svakom
nasleđivanju. Varijabilnost je rezultat uticaja različitih
spoljašnjih činilaca.
Darvin je bio blizu toga, mislio je da postoje dve sile u nasleđivanju:

1) tendencija potomaka da liče na svoje roditelje (što zvuči kao Aristotelovski esencijalizak i
Preformacionizam) i
2) uticaji spoljašnje sredine koji kreiraju varijabilnost koja postoji u populaciji.
Razlika između Esencijalizma i Darvinovog Antiesencijalizma je u tome što je on smatrao da je

to prirodno stanje stvari, a Aristotel je govorio da je esencija prirodno stanje stvari, da ovo su samo
greške koje nemaju uticaja na naselđivanje.
Darvin je za razliku od esencijalista smatrao da je ovo prirodno stanje i da varijabilnost koja se
kreira jeste materijal za delovanje prirodne selekcije (po njemu pre svega PS-e u odnosu na ostale evolucione
mehanizme).
Problem: za Darvina nije bitno kada se desi uticaj životne sredine, on se prenosi u narednu
generaciju (nebitno da li je to u gemulama ili kasnije tj. od začeća do reprodukcije). Uticaj životne
sredine bilo kada tokom života (od začeća do kraja reproduktivnog perioda) je relevantan za proces
2

SKRIPTA, Pri
ović 2015
evolucije, nasleđuje sse u narednne generacijje sve što jje roditelj tokom t svojje ontogeneeze stekao pod
p
uticajem žiivotne srediine.
Vezza između oontogenije i transgenerracijske evoolucije ovde je toliko teesna (nema razlike izm među
njih) da se uopšte ne razaznaje
r m
mehanizam n
nasleđivanja
a i na koji način se sve to dešava.
Summrak Darvinnizma je bio o vezan za ovaj
o problem m.
Dolazi Vajsmaan.
Vajjsman - Koncepcija
K g
germplazm e: tokom raanog embrinalnog razvvića u vremme prvih deoba
ćelija nakoon opčpđennja jajne ćeelije, vrlo raano u embrriogenezi se odvaja ćeelijska linijja koja će dati
d
gamete ovo og organizm
ma - germp plazma. Svee ostale ćeliije formirajuu telo - som
matoplazmaa. Nasleđujee se
germplazmma, i nebitnno je šta se s dešava sa telom ttokom njeg gove ontoggenije jer to o ne utiče na
nasleđivanj
nje (germplaazmu).
Mooderna sintteza prihva ata ovaj sttav i potpu

uno razvoddi ontogeniiju (razviće) od proccesa
evolucije (transgeneracijskih genetičkih
g h promenaa). Tu ulazzi i Mendell sa procesima
evolucionih
segregacijee gena u gam
metima i sloobodno kom
mbinovanje.. Ovde su klljuč gameti..
Poppulaciona genetika moddeli: učestallost alela, drift,

d selekciija...
To je važno i za kvaantitativnu genetiku - sukob iizmeđu Meendelista i Biometričara.

Biometričaari se bavee kvantitativvnim osobiinama. Kvaantitativne osobine suu kontinuiraane osobinee, a
kvalitativnne su diskonntinuirane.
Kvvalitativna osobina
o - podrazumev
p va diskretnaa diskontinuuirana fenottipska stanja, npr. jediinka
ima crvenee, roze ili bele oči, i nema ništta između (zato
( se zoovu diskonttinuirane ossobine). Too su
Mendelovsske osobinee, on je radioo na njima - gde postojji dva ili nekkoliko stanjja. U osnov
vi tih osobinna je
jedan ili mali
m broj genna sa određeenim alelskiim varijantaama.
Žessto je bio suukob izmeđuu Mendelistta (još se zoovu i Mutaccionisti) kojji su celu prriču o evoluuciji
bazirali naa kvalitativnnim osobinnama i Biom metričara kkoji su išli Darvinovskkim stopam ma i govorili o
značaju kvvantitativnihh osobina (kontinuiraanih) i znaačaju malihh razlika izzmeđu jednniki (koji kod k
kvalitativnnih osobina nema).
n
Meendelisti (MMutacionistti) kažu da je
j evolucijaa skokovita, jer ako ovaaj jedan gen n mutira dobbija
se nova fennotipska klaasa - skok. Mutacija dovodi
d do znnalačajnog skoka u pojojavi fenotip pa, i na osnovu
toga zakljuučuju da je eevolucija tako skokovitta.
Bioometričari - idući Darvinovsk

D kim stopamma da
evolucija nen pravi skkokove, rade na osobinnama koje imaju
međusobnoo male razliike, jedinkee u populaciijama imajuu male
razlike i nee postoje takko diskretnee fenotipskee klase.
Nasstaje probblem: Šta a je nasledna ossnova

kvantitativvnih osobin na? Kod mendelovskih
m h osobina ppostoji
dikontinuirrana raspoddela, a kvanttitavnih izglleda ovako:
3

Vrednost bilo koje osobine se kreće od neke minimalne do neke maksimalne vrednosti, najveći
broj jedniki se svrstava oko proseka - to je normalna distribucija.
Ove osobine (kvalitativne i kvantitativne) se bitno razlikuju u pogledu nasledne osnove.

Problem: Nisu mogli da razumeju kako Mendelovski geni mogu da dovedu do ovakve raspodele.
Fišer (matematičar) je rešio problem genske osnove kvantitativnih osobina. Teorijski je rešio
problem (kao što je i Mendel teorijski rešio problem nasleđivanja).
Pretpostavio je da u osnovi kvantitativne osobine stoji veliki broj gena koji određuju vrednost te
osobine, svaki od tih gena se ponaša mendelovski (segregacija, dominanse) jer to su isti geni. Međutim
svaki od tih gena (od tog mnoštva gena) koji učestvuju u determinaciji ove kvantitativne osobine
pojedinačno ima mali efekat, ali se ti efekti sabiraju. Tako da ovde: što je više gena, ima mnogo malih
fenotipskih klasa. Što je više gena - to je više fenotipskih klasa. I na kraju kada se poređaju te
fenotipske klase dobije se kontinuirana distribucija.
Postulat o aditivnim efektima gena je rešio problem nasleđivanja kvantitativnih osobina.
Fišer je konceptualno bio zastupnik Moderne sinteze - sve je genocentrično, aditivan efekat
gena je važan za nasleđivanje. Kaže da postoji i plejotropija i epistaza, ali to se ne nasleđuje jer to
zavisi od kombinatorike, ne može se naslediti epistatička interakcija (jer epistatička interakcija zavisi
od kombinatorike na brojnim genima). Nasleđuje se kombinacija aditivnih efekata.
Između mame i tate kad bi bio isključivo aditivan efekat za neku

osobinu, onda bi bili na sredini. Kod dominanse je vrednost bliža
jednom od roditelja (npr. tati ako on ima dominantan gen). Kod
epistaze može biti bilo gde i to zavisi od kombinacija na velikom broju
gena koji su u epistatičkim interakcijama.
Sjuel Rajt naglašava interakcije između gena (plejotropija i epistaza su važne). Kako že se neki
gen menjati zavisi od toga u kakvim se kombinacijama nalazi, jer jedan gen ne funkcioniše sam. Efekat
produkt jednog gen zavisi od fizičkih i hemijskih interakcija sa drgim molekulima u ćeliji, a ti drugi
molekuli su produkti drugih gena. Kako će jedan gen uticai na fenotip zavisi od čitavog genetičkog
konteksta ili tzv. unutrašnje sredine (Rajt).
Rajt Naglašava problem genocentrične priče u promeni učestalosti alela, jer jedan gen može na
vrlo različite načine da utiče na druge gene (na promenu njihove učestalosti) zato što se menja njegov
genetički kontekst (kontekst u kome se on ispoljava). To je znači problem u samoj modernoj sintezi.
Taj problem je lako rešen: Fišer i Rajt nisu u sukobu, jer: Fišer ( i populacioni genetički
modeli) kaže da je evolucija transgeneracijska promena učestalosti alela kroz generacije, a Rajtov
koncept plejotropije i epistaze su način na koji su geni organizaovani u pravljenju fenotipa.
Fišerova genocentrična koncepcija kaže da je evolucija promena

učsetalosti genskih alela kroz genearcije. Epistaza i plejotropija se stavljaju
samo u fenotip kombinacije gena daju različite epistatičke interakcije,
plejtotropne efekte itd. i to je važno za fenotip, ali nije važno za evoluciju.
4

EVO-DEVO
Ne može se razumeti evolucija, bez razumevanja onog šta se dešava sa jedinkama, šta se dešava
u samom fenotipu.
Molekularna biologija razjašnjava kako geni funkcionišu, i to je postalo važno za razumevanje
evolucionih procesa. Jer Modernu sintezu zanima transmisija gena, a ne f-ja gena. Pod f-jom gena
podrazumevamo razviće fenotipa. Kod transmisije gena kroz generacije f-ja gena (po Modernoj sintezi)
nije važna.
Dugo vremena je proteklo dok se nisu pojavile ideje i razmatranja: na koji način to kako se
razvija fenotip, kako izgledaju sve te mreže (regulatorne mreže) i kako sve to utiče na evoluciju. Da li
je program razvića prost rezutat sabirajućih efelata promene učestalosti alela koji učestvuju u razviću ili
razviće u svojoj mreži interakcija veoma može da utiče na pravce i brzine evolucionih promena.
Naročito otkriće kako geni funkcionišu u molekularnoj biologiji, regulacija ekspresije na mnogo nivoa
koji nisu striktno genetički, već su to fiziološke i biohemijske interakcije dovode u pitanje ovu tvrdu
transmisionu evolucionu priču.
Evo-devo vraća jedinku (fenotip) u problem evolucije. Nedozvoljava se da se pravi ona prečica.
To na znači da populaciono genetički modeli nisu važni za evolucionu biologiju, oni su temelj. Ali
moderna sinteza je govorila da je fenotip "crna kutija" da ih ne zanima (to je bilo mnogo hemije,
molekularne biologije, čime transmisioni genetičari nisu bili voljni da se bave f-jom gena, tu pravi
razlika između molekularne biologije koja se bavi f-jom gena, a genetika transmisijom gena).
Molekularna biologija počinje da otvara "crnu kutiju" koja je zapravo link između genotipa i
fenotipa. Životna sredina koja može na različitim nivoima ekspresije gena da utiče na pravce
formiranja i razvića fenotipa, ulazi u razumevanje evolucije.
Moderna sinteza kaže: životna sredina je arena u kojoj je fenotip koji direktno zavisi od
genotipa ili dobar ili nije dobar, tj. ima visoku ili nisku adaptivnu vrednost. To je filter koji će da
propušta genotipove koji u toj životnoj sredini imaju visoku adapptivnu vrednost.
Evo-devo kaže da životna sredina nije samo filter i statična arena, već je životna sredina kreator
genetička varijabilnosti i omogućava da se od iste genetičke konstitucije organizma dobiju različiti
fenotipovi. To može veoma da utiče na pravce evolucionih promena, jer selekcija barata na fenotipu.
Znači, sve ono što kreira fenotipsku varijabilnost je relevantno za evoluciju - a to je razviće, veza
između genotipa i fenotipa.
5

Istorija Alternativne evolucione sinteze
U vreme nastajala Moderna sinteza, bilo je onih koji se nisu slagali sa tom redukcionističkom
pričom evolucije u kojoj se sve svodi na gene. Oni se danas nazivaju pokretom Alternativne evolucione
sinteze. Oni su četrdesteih godina kada je nastajala modrena sinteza imali mnogo primedbi na samu
modernu sintezu:
Boldvin - nije samo važno kakav je fenotip (kakav fenotip daje jedan gentip) već koliko je taj
genotip sposoban da u jednoj životnoj sredini (plastično) modifikuje svoje razviće.
Jedan isti genotip u različitim životnim sredinama ne mora dati isti fenotip. Važno je ne samo
kakav je fenotip, već kako taj genotip može da preusmeri svoje razviće adekvatno životnoj sredini (to
je fenotipska plastičnost). To po Boldvinu mora imati uticaja na pravce evolucionih promena, razviće
postaje jako važno.
Goldšit i Šmaljhauzen razrađuju kasnije tu priču i kažu: Evolucija ne podrazumeva samo

promene učestalosti alela koji leže u osnovi nekih fenotipskih osobina, već evolucija podrazumeva
promenu kontrolnih sistema razvića.
Gledamo regulatornu mrežu: nije evolucija promena učestalosti alela (perifernih alela) koji leže
u osnovi nekih osobina, već je evolucija ono što menja "ono unutra" tj. na koji način organizam
prepoznaje, reguliše razviće i ekspresiju tih gena. Oni ne odbacuju priču o promeni učestalosti alela
koji leže u osnovi osobine.
Međutim ako se promeni životna sredina postojaće i selekcija na genotipovima koji prepoznaju
promenu životne sredine, adekvatno reaguju ili ne reaguju.
Oni tvrde da selekcija može da deluje na ove kontrolore razvića koji se menjaju u zavisnosti od
uticaja živitne sredine.
Prvi pominju regulatorne mutacije (tj. regulatorne gene), a danas možemo reći da su ovi
duboki geni. Prvi put se pojavljuje ovde ta koncepcija: regulatorna aktivnost životne sredine kroz uticaj
na razviće organizama na različite načine.
Oni kažu da je Razviće ta karika koja nedostaje u Modernoj sintezi, razviće je temelj današnje
evo-devo koncepcije.
Oni kaži i: ukoliko se evolucija svede na sabiranje promenjenih učestalosti alela, onda je priča o
evoluciji svedena na mikroevolucione procese ispod nivoa vrste. Teško se na taj način može objasniti
postanak veoma krupnih promena između npr. organizama koje danas smatramo različitim carstvima,
klasama, redovima itd. i to su veoma velike razlike i oni tvrde da bi se teško moglo zamisliti da ova
klasična populaciona genetička priča može da dovede do tih velikih strukturnih promena tela, različitih
telesnih sklopova.
Prvi Alternativni sintetičari, postavljaju teorijske osnove budućem evo-devo konceptu.
6

Sve ispričano može da se predstavi ovakvim dijagramom, gde se u "polje" problema postavlja
priča o evoluciji (transgeneracijska promena), individualno razviće kao drugi momenat i sve se to
dešava u jednoj životnoj sredini.
Koje tu pravce istraživanja možemo da imamo:
1) Evo-devo bavi se pitanjem kako je određeni program razvića evoluirao, kako je nastao, koje
su to genetičke (regulatorne) promene koje su napravile određen program razvića tokom procesa
evolucije. Gde su analogije i homologije u razviću različitih taksona, što ukazuje nanjihovo zajedničko
poreklo itd.
2) Devo-evo (ili razvojna evolucija) - razmatra se situacija u kojoj određeno razviće ogrničava,
usporava ili ubrzava pravce evolucionih promena. Da se razume na koji način programi razvića koji
jeste ili nije pod različitim uticajem životne sredine može da usmeri pravce evolucije (ako evoluciju
posmatramo transgeneracijski i genetičkom promenom). Znači, da li i u kojoj meri i na koji način samo
razviće usmerava procese evolucije.
3) Eco-evo-devo: sve ovo stavljamo u kontekst životne sredine (koja može biti biotička,
abiotička). Na koji način životna sredina utiče na kreiranje fenotipske varijabilnosti. Na koji način
životna sredina preusmerava razviće na različite strane u procesu razvića (putanje razvića).
7

PITANJE 49
Filogenetska raznovrsnost višećelijske organizacije
Kada pričamo o razviću moramo da govorimo o višećeliskim organizmima (jednoćeljski se na

razvijaju, oni mogu malo pod uticajem životne sredine da promene svoj fenotip).
Da li su vć organizmi postali jednom (singularitet u procesima evolucije), da li svi današnji vć

prganizmi imaju identičan način regulacije razvića? To je evoluciono pitanje koliko je postanak
višećeličnosti bio norma i trend i procesima evolucije ili je bio slučajnost.
Danas postoji 25 razlčitih oblika višećeličnosti. Pod višećeličnosti podrazumevamo:

- složene organizme (npr. ljude) gde ćelije imaju isti genotip ali su diferencirane, ni jedna od tih
ćelija ne može sama bez drugih da opstane, postoji definisan program razvića.
- ali postoje i kolonijalni oblici, što takođe možemo nazvati uslovnom višećeličnošću.
Razlike između prave i uslovne višećeličnosti: kod kolonijalnih oblika ćelije su bazičnoj
adheziji, bazičnoj komunikaciji, ali diferencijacija je zanemarljiva i svaka od tih ćelija je sama
metabolički (sama mora da uzima hranu iz životne sredine da bi opstala). Znači, kolonijalni oblici su u
velikoj meri nezavisne ćelije koje mogu da se udružuju, ali to udruživanje je neobligatno (tj.
fakultativno).
Postoje višećeliski kolonijalni oblici gde se ćelije nakon deobe ne razdvajaju, pa nastaju
kolonije genetički identičnih ćelija. To je češće u akvatičnoj sredini.
Postoje kolonije gde se genetički različite ćelije sakupe, to je češće u terestričnoj sredini.
Ti oblici su fitički različiti: u obliku grudvica, filamenata, pločica itd.
Kakav god stepen višećeličnosti da uzmemo uslovnu višećeličnost ili

pravu višećeličnost, ukupno postoji 25 različitih formi višećeličnosti.
Sve ove forme višećeličnosti su nastajale mnogo puta, potpuno nezavisno jedni od drugih.
- Prava višećeličnost (današnji vć organizmi: gljive, alge, biljke, metazoe tj. vć životinje) je
nastala bar 6 puta potpuno nezavisno.
- Za metazoe je višećeličnost najverovatnije nastala jednom.
- Za biljke, mrke alge, crvene alge i gljive višećeličnost je nastala nezavisno u tim
evolucionim linijama.
8

Višećeličnost je u nekom evolucionom periodu bila izražen trend, što znači da je višećeličnost
(udruženi ćelijski sistemi - komunikacija, kooperacija između ćelija) mogla da bude selektivna
prednost u određenim životnim uslovima (stresnim uslovima). Višećeličnost ima selektivnu prednost u
odnosu na jednoćelijsku organizaciju, povećava verovatnoću preživljavanja ćelijama ukoliko se one
udruže.
Prednost višećeličnosti u odnosu na jednoćelijsku organizaciju:

- efikasnije korišćenje dostupnih izvora hrane i
- zaštita od predatora.
Mnogo eksperimenata laboratorijsko ispitivanje načina formiranja višećeličnosti:
- Na miksobakterijama, na volvoksu, njihovo udruživanje u stresnim uslovima (manjak hrane)

povećava efiksanost korišćenja hrane.
- Najbolji eksperiment koji pokazuje izraženu selektivnu prednost ćeljske kooperacije (1998) na
jenoćelijskim algama. Rađena je selekcija za višećeličnost. Alge su 1-ćelijske sa mogućnošću
pravljenja kolonija. Tu je selektivni pritisak bio predator (račić koji jede taj fito plankton). Ta selekcija
je podrazumevala da što je veća grupica ćelija, račić ne može da ih pojede (nema tolika usta).
Preživljavale su one grupe ćelije koje su imale veći potencijal da se udružuju, jer su tako smanjivale
verovatnoću da budu pojedene.
Tu postoji evolucija kooperacije, ali se genetički ništa bitno nije promenilo. Naravno
podrazumeva se genetička varijabilnost. Nije se pojavila neka mutacija koja će unaprediti tu
višećeličnost. Već su tu selekcionisane one ćelije koje su imale veći potencijalz adheziju i
komuniakciju tj. selekcija je favorizovala takve jedinke.
Nakon 100 generacija se višećeličnost (uslovna) stabilizovala na grupe od 8 ćelija, a do tada ih
je bilo od 4 do 100tinak ćelija. Dakle, 8 je bila idealna proporcija ćelija u grupi koja je sprečavala tog
račića da ih pojede.
- Kvasac (1-ćelijski eukariot). U testu, ubacuju se spore kvasca i počinje pupljenje. Kvasac
pravi kolonije tako što nema odvajanja ćelija nakon deobe (ćerke ćelije se ne odvajaju) - pahuljaste
kolonije.
Tu je rađena selekcija za višećeličnost. Jednostavno, ubace se ćelije i one koje su sklone da
prave pahuljste kolonije će brže da se talože. Odlije se gornji sloj tečnosti i tako odbacimo ćelije koje
se nisu udružile, a one udružene su teže i padaju dole.
U narednim generacijama potomstvo su ostavljali oni kvasci koji su se udruživali u kolonije.
Dešavalo se seldeće u kolonijama:
- Bilo je sve više i više kolonijalnih kvasaca tj. pahuljastih kolonija.
- Kolonije kvasca produžavaju svoju juvenilnu fazu (odlažu pupljenje).
- U kolonijama se pojavljuje i apoptoza (programirana ćelijska smrt) što je tipično za
višećelijske organizme i za njihove procese razvića. Oko 2% ćelija u ovim kolonijama je programirano
doživelo smrt, i to u regionima sa kojih su se manje grupe ćelija odvajale od matične grupe, i koje će
napraviti nove kolonije, analog reprodukciji.
- Te kolonije (sa daljom selekcijiom) su postajale sve više hidrodinamične jer se brže talože od
pahuljastih.
To je ilustracija kako životna sredina (stres) može da indukuje pojavu kooperacije ćelijskih sistema da selekcija
može da počene da deluje i na višećelijskom nivou (na nivou čitave grupe), a ne na nivou pojedinačne ćelije.
9

Tokom evolucije se pokazalo da stres indukuje poliploidiju, divaljanje ME. Stres se povezuje sa
pojavom trenda višećeličnosti.
Pre oko 2 milijarde godina desile su se globalne fizičke i hemijske promene u životnoj sredini,
povećanje O2, tektonske promene koje menjaju hemiju i strukturu atmosfere i zemljišta. To su veliki
stresori za organizma koji su se adaptirali na prethodne životne uslove.
Smatra se da je to bio triger za opšti trend pojave višećeličnosti (tj. za evoluciju komunikacije i
kooperacije između ćelija).
Koliko je taj trend bio globalan (na celoj planeti) pokazuju fosili: Fosil Grypania spiralis (iz
Mičigena, star 2,1 milijardu godina) i fosil iz Gabona (Afrika) - star 2,1 milijardu godina. Dakle isto
vreme (različita mesta) - nije se jednom pojavila višećeličnost. Fosili:
- Fosil Grypania spiralis je velika kolonija preko 2cm. Pošto su bile velike, smatra se ili veoma
sinhronizovanom bakterijskom kolonijom ili eukariotskim organizmom
- Fosil iz Gabona (Zapadna Afrika) je još veća kolonijalna forma veća od 12cm. Forme rasta
kolonije su koordiniasne, složena oganizacija, što ukazuje na veoma visok nivo međućelijske
komunikacije kakav se danas kod prokariota ne viđa, pa ga zato mnogi smatraju eukariotskim
organizmom ili visoko koordinisane bakterijske kolonije čega nema kod današnjih prokariota.
Ako je ovo tačno, onda to nastanak eukariotske ćelije (pre 1,8 mlrd. godina) pomera značajno
ranije. Nesumnjivi eukariotski fosili (filamentozni protisti) su stari 1,8 mlrd godina.
Postanak eukariotske ćelije - rečeno je da je nesporni fosil eukariotske ćelije star oko 1,8 milijardi godina, a
ovde je fosil od 2,1 milijarde godina. Pretpostavalja se da nećemo razrešiti ovo pitanje. Ako bi to bio
eukariotski višećelijski organizam to pomera vreme postanka same eukariotske ćelije u ranije vreme.
- Filamentozne cijanobakterije - to su bile bakterijske kolonije, pre 2,2 miljarde godina.

I danas postoje bakterije koje prave kolonije.
Ti stari višećelijski oblici nisu morali da imaju iste molekulske mehanizme formiranja
višećelijčnosti kao današnji. Najverovatnije da nemaju nikakve veze sa današnjim organizmima.
Savremeni višećelijski organizmi (životinje, biljke, gljive) po molekulski podacima nisu stariji
više od 1,2 mlrd godina.
- Najstariji fosili višećelijskih životinja (metazoa) su stari 750 miliona godina i to je period
ediakarske faune.
I danas postoje sporenja da li ediakarska fauna predstavlja evolucionu liniju savremenih
životinja ili je to neka sestrinska grupa koju smo uočili i koja je dominirala u to vreme, a da su
savremeni višećelijski oblici tada bili sitni i neprimetni. Tj. ne zna se da li je ediakarska fauna
slepa grana u evoluciji metazoa.
10

Nesporni fosili:
- Filamentozne cijanobakterije - to su bile bakterijske kolonije, pre 2,2 miljarde godina.
- Filamentozni protisti - jednoćelijski eukarioti stari 1,8 do 1,2 miljarde godina.
Ubrzo nakon nastanka eukariotskih ćelija javljaju se kolonije eukariota.
- Fosili složene savremene višećelijske građe (životinje, gljive, biljke):

- Fosili višećelijskih životinja su stari od 770 do 750 miliona godina (Ediakarska fauna).
Molekulski podaci govore da su savremene forme višećelijskih životinja nastale pre oko
1,2 milijarde godina.
- Fosili kopnenih biljaka su stari oko 450 do 470 miliona godina (Biljke su mlađe)
Jednoćelijski preci?
Choanoflagellata
- sestrinska grupa Metazoa
Slična građa kao hoanocite sunđera
Sunđeri - najstarija grupa životinja (molekulske analize i fosili)
Opisthokonta
- Metazoa, hoanoflagelate, neke grupe protozoa, gljive
- Homologoni gena za ćelijsku adheziju, diferencijaciju i signalnu transdukciju
Jednoćeliski preci
Pretpostavljamo da su višećlijski organizmi nastali od nekog jednoćelijskg pretka.

Pitanje je koji su preci višećelijskih životinja.
Kod životinja, analize gena (18S rRNK, mitohondrijski geni, jedarni geni) pokazuju da su
Choanflagelate (grupa jednoćelijskih eukariota, bičar) sestrinska grupa metazoa (višećeliskih
životinja).
Choanflagelate imaju apikalni bič, četkasti okovratnik koji kod hoanoflagelata služi za
hvatanje plena, bič za plivanje.
+ Imaju sličnu građu kao hoanocite sunđera. (u prilog tvrdnji o sestrinskoj grupi)
Kod sunđera hoanocite oblažu duplje i imaju funkciju u uzimanju hrane.
+ Sunđeri su prve metazoe tj. najstarije višećelijske životinje,

prvi fosilni nalazi savremenih životinja su sunđeri.
Mnogo analiza potvrđuje da su Choanflagelate naši preci.
11

Superkladu Opistokonta čine životinje, metazoe, hoanofalgelate, neke grupe protozoa i gljive.
Ovde spadaju:
- i jednoćelijski i višećelijski organizmi koji imaju složen ćelijski ciklus,
(i jednoćelijski imaju izraženu sposobnost diferncijacije ćelije spram efekata spoljašnje životne sredine)
- mnoge jednoćelijske opistokonte (jednoćelijski eukarioti) imaju tendenciju stvaranja kolonija.
Jednoćeljske opsitokonte su bliže metazoama od drugih jednoćelijskih eukariota.
Kod jednoćelijskih Opistokonta postoje homologni geni za mnoge gene koji su važni za
višećelijsku organizaciju, i to su geni:
- za ćelijsku adheziju (spajanje i komunikaciju između ćelija)
- za diferenecijaciju ćelija i
- za signalnu transdukciju - bez tih procesa nema višećelijske organizacije.
Za jedan višećelijski organizam je važno da su ćelije u grupi, da međusobno komuniciraju, da

ćelije imaju sposobnost da se diferenciraju i da naprave različita tkiva jednog višećelijskog organizma.
Metazoe su najsrodnije savremenim hoanoflagelatama, to pokazuju i molekulski podaci, odnosno geni koje sadrže
same hoanoflagelate.
Tako da se osnovnim alatom višećeličnosti smatraju:

- TF-i važni za diferencijaciju ćelija i
- Interakcijski alat (međućelijska komunikacija)
12

Ogroman broj gena (koji daje produkte) koji učestvuje u komunikaciji između ćelija nalazi se kod
jednoćelijskih predaka.
Jednoćelijski organizam bi ove gene (koji kod višećelijskih obavljaju komunikaciju,
diferencijaciju itd.) trebalo da koristi za neke svoje potrebe (po Darvinu evolucija ne gleda unapred, ne
postoji nešto kod nekog organizma zato što će nekad u budućnosti da bude korisno).
Uloge ovih gena u morfogenezi (u razviću različitih tkiva i organa itd.) su potpuno drugačije
nego kod jednoćelijskih organizama.
y Kod dve ćelije koje se spoje, javljaju se različite fizičke sile koje vladaju između njih. Novi
fizički procesi se aktiviraju kada postoji grupa ćelija. Kod grupa ćelija različite veličine i fizički procesi
su različiti.
Gen za rupu u blastuli ne postoji - rupa (i kasnija uvijanja usled deoba) nastaje usled
fizičkih interakcija između ćelija.
Postoje geni za hemiju ćelije, za mogućnost njene interakcije sa drugim ćelijama.
Rupa postaje jer se menjaju fizičke interakcije između ćelija. Ako su u grupi 3 ili 4
ćelije fizičke interakcije su jednog tipa, ako se doda još ćelija moguće je da će se organizovati
tako da nastane rupa.
Fizički procesi koji proizilaze iz komunikacije, kontakta, adehezije ćelije tj. interakcije između
ćelija su potpuno novi kada nastanu kolonije. Za to je zaslužan interakcijski alat između ćelija.
y Grupa ćelija, desi se varijacija u sredina (stresor) koji može da izmeni hemijski medijum u
kome se nalazi ta grupa ćelija. To može da izmeni interkaciju između ćelija, a samim tim i fizičke
procese između ćelija (npr. usled promene pH sredine).
Ako se poveća broj ćelija u grupi to takođe može da promeni fizičke procese između ćelija, tako
da ta grupa tada umesto da gradi šuplju loptu, napravi ispunjenu loptu, ili filament.
Male mutacije u genima za adhezione molekule važne za grupisanje ćelija, mogu da uzrokuju
drugačije interakcije između ćelija, a time i drugačije fizičke procese. Znači: iz Hemije ćelija proizilaze
fizičke interakcije i njihova organizacija u koloniji.
Jednoćelijski presi su imali neke gene koji su omogućavali adheziju ćelija, ali tu su i fizički
procesi između ćelija.
13

PITANJE 50 - Postanak i evolucija gena značajnih za razviće životinja
Jednoćelijski i kolonijalni protisti iz grupe Hoanoflagelata su sestrinska grupa višećelijskih životinja
Metazoa, na šta ukazuju analize genoma
Hoanoflagelate su slične hoanocitama, ćelijama sunđera čija je funkcija uzimanje hrane. Hoanoflagelate
(kao i hoanocite) imaju apikalni bič sa četkastim okovratnikom, pomoću kojih love bakterije i detritus, a to
navodi na zaključak da su jednoćelijski preci životinja bili slični hoanoflagelatama.
Dodatno, molekularne analize identifikuju sunđere kao najstariju grupu životinja, a i podatak sunđeri su
prve životinje koje se pojavljuju u fosilnim zapisima, što ide u prilog tome.
Višećelijske životinje, hoanoflagelate, gljive i neke manje grupe protozoa formiraju veliku superkladu
Opisthokonta. Ova grupa poseduje složene životne cikluse i brojne visokodiferencirane ćelije. Kod svih
opistokonta su pronađeni homologoni gena metazoa koji kontrolišu ćelijsku adheziju, diferencijaciju i signalnu
transdukciju.
U proučavanju evolucije višećeličnosti prvo treba analizirati genom recentnih Hoanoflagelata.

Tako je sekvenciran genom Monosige brevicolis (savremene jednoćelijske hoanoflagelate) i traženi su
geni važni višećelijsku organizaciju koji postoje i kod savremenih višećelijskih organizama.
Ključni geni za višećeličnost (prisutni i kod metazoa) se mogu naći kod jednoćelijskog
predstavnika hoanoflagelata i to su:
- geni za ćelijsku adheziju (za povezivanje ćelija i njihovu međusobnu komunikaciju tj. signale
iz jedne u druggu ćeliju)
- geni koji učestvuju u transdukciji signala iz jedne ćelije u drugu.
Sekvenciran je genom jednoćelijske hoanoflagelate -i na osnovu gena

Monosige brevicollis pronađena je veza između Hoanoflagelata i Metazoa
(višećelijskih organizama), što je omogućilo dublji uvid u nastanak gena
neophodnih u razviću metazoa.
Tu su značajni geni koji kodiraju proteine adhezivne molekule - CAM-ove (cell adhesion
molecules). CAM-ovi su transmembranski receptori sa 3 domena: ekstraćelijski (izvan ćelije),
transmembranski i deo u ćeliji (u komunikaciji sa citoskeletom).
14

Ako se nešto veže za CAM-ove, oni menjaju konformaciju i to pokreće signale u samoj ćeliji.
To su ključni geni za višećeličnost - ćelije moraju biti skupa i međusobno komunicirati.
CAM-ovi proteini adhezivni molekuli na površini membrane su bitni za:

-za ćelijsku adheziju - slepljivanje ćelija
-za transdukciju signala: u međućelijskoj komunikaciji i komunikaciji ćelija sa
ektraćelijskim matriksom.
To su ključni geni za višećeličnost - ćelije moraju biti skupa i međusobno komunicirati.
Postoje različiti tipovi CAM-ova:
1) Kadherini - u razviću metazoa (vć životinja) učestvuju u sortiranju ćelija (zaduženi za grupisanje
ćelija istog tipa, da se one drže na okupu). 20 gena kod Monosige je homogno sa genima Metazoa.
2) C-tip lektini - heterogena grupa adhezivnih molekula, kod metazoa imaju više uloga: prepoznavanje
patogena, organizacija ekstraćelijskog matriksa, prepoznavanje i adhezija ćelija istog organizma,
endocitoza, apoptoza. Od 12 gena kod Monosige 2 je homologno sa Metazoama
3) Imunoglobulisnki domeni proteina važni za prepoznavanje stranih ćelija (alorekognicija),

endocitozu.
5 gena kod Monosige kodira za neke imunoglobulinske domene. Kod metazoa je došlo do
velikog povećanja imunoglobulinske familije gena (tj. povećanja broja gena za imunske odgovore) ima
ih od 150 do 1500.
Ovi geni su homologi genima višećeliskih životinja.
Ključni geni višećeličnosti postoje i kod jednoćelijskih predaka, ali koja je uloga ovih
proteina CAM-ova:
⌦ Ovi proteini nalaze u četkastom okovratniku i smatra se da je kod 1-ćelijske Monosige (i
predaka) njihova funkcija vezana za hvatanje bakterijskog plena. Ti geni su kod višećelijskih
organizama upotrebljeni u adheziji i komunikaciji ćelija.
⌦ Ovi geni višećeličnosti kod 1-ćelijskih organizama su eksaptacija za višećelijsku
organizaciju.
15

Geni za Transdukciju signala.
Kod višećelijskih organizama geni važni za Transdukciju signala su razni parakrini faktori i
njihovi transmembranski receptori. Npr. jedna ćelija ispušta neki produkt u međućelijski prostor i to
je signal za obližnje ćelije.
Hemijski signali koje ispuste ćelije u ekstraćelijski matriks, na koje odogovaraju druge ćelije.
Znači, važni su parakrini faktori i priča o transmembranskim proteinima.
Kod Monosige nema tih parakrinih signalnih puteva koji bi bili homologni putevima metazoa.
Ali, kod Monosige postoje sekvecne koje kodiraju za domene proteina signalnih puteva tj. za
domene nekih signalnih faktora i to:
Notch (noč) transmembranski receptror važan u razviću kod metazoa i
Hedžhog parakrini faktor. Kod Monosige je prisutan samo Hog domen, ona nema ceo
gen Hedžhog.
Sunđeri imaju i Hedž i Hog domen, ali u sastavu različitih gena (proteina).
Hedžhog je mozaični gen - kod Metazoa od različitih delova nastao je jedan mozaični gen koji
kodira za ovaj parakrini faktor (Hedžhog) važan u procesu razvića.
U genomu Monosige se nalaze razbacani domeni od kojih su kod metazoa nastali celoviti
mozaični geni, važni elementi signalnog puta.
HedžHog je bitan signalni put kod višećelijskih organizama u procesu razvića. Pošto kod
predaka postoje domeni u sastavu različitih gena, a kod metazoa su oba domena u sastavu istog
gena, znači da je to mozaičan gen, nastao tokom evolucije kombinovanjem različitih egzona.
Šta će 1-ćelijskom organizmu sve ovo?

Funkcija ovih gena kod Monosige je mogućanost da se ćelije diferenciraju, važno je i za 1-
ćelijski organizam da on zavisno od životne sredine modifikuje svoj fenotip. Taj ćelijski fenotip će biti
različit zavisno od životne sredine. Ukoliko postoji stres koji bi favorizovao formiranje kolonija ovi
faktori bi menjalu ćelijske fenotipove u koloniji (znači, ćelije u koloniji nisu identične ćelijama koje
žive samostalno).
16

Geni za za formiranje ekstraćelijkog matriksa.
Kod Metazoa najzatupljeniji proteini u ekstraćelijskom matriksu su kolagen, lamin i fibronektin.

Kod Monosige postoje geni za ove proteine ekstraćeljskog matriksa, koji su homologi sa genima
za ekrstraćelijske proteine kod Metazoa.
Kod Monosige postoje geni koji stvaraju proteine, čiji homolozi kod metazoa učestvuju u
formiranju ekstraćelijskog matriksa (npr. kolagen, laminini, fibronektini
Kod Monosige postoji 2 gena koja su homolgna sa kolagenom i drugim

ekstraćelijskim proteinima. Ova 2 gena kodiraju ponovljivi niz kod kolagena
(pominjan kod elongacije gena) Glicin - pa dve AK-e tipičan za Metazoe.
Monosiga može da sintetiše ekstraćelijski matriks koji njoj ne treba jer je jednoćelijska.
Smatra se da je funkcija gena odnosno ekstraćelijskih proteina kod jednoćelijskih
predaka bila pričvršćivanje za podlogu.
Znači da kod jednoćelijskog pretka već postoji potencijal za višećeličnost.
Regulatorni geni - Transkripcioni faktori.
TF-i višećelijskim organizmima omogućavaju diferencijaciju ćelija na različite ćelijske tipove u

različitim tkivima.
Jednoćelijski eukarioti imaju puno TF-a koji im služe da menjaju svoj ćelijski fenotip spram
uslova u životnoj sredini.
Tako i Monosiga ima članove većine familija eukariotskih TF-a tj. transkripcionih faktora koje
možemo naći kod metazoa. TF-i kod 1-ćelijskih eukariota su:
- najbrojniji su TF sa Cinkovim prstima - oni su bili inicijalni TF-i u samoj višećeličnosti.
- pronađena su i 2 TF-a sa homeodomenima, ali ne Hox gene koji su važni za razviće metazoa.
Uloga TF kod jednoćelijskih organizama gde nema diferencijacije ćelija je paljenje i

gašenje različitih grupa gena zavisno od uslova životne sredine.
Npr. laktozni operon - u zavisnosti od uslova spoljašnje sredine će neki geni biti ugašeni ili
upaljeni.
17

Kod višećelijskih organizama TF-i utiču na diferencijaciju. Kada se ćelije diferenciraju u određeni
tip, transkripcini status ćelije mora da se stabilizuje, jer ne može dalje da se menja.
Stabilizacija transkripcionog statusa određenog tipa ćelije se zasniva na epigenetičkim
modifikacijama na nivou transkripcije: remodelovanje hromatina i dr. To uspostavlja stabilni transkripcioni
status.
Smatra se da je H2A.Z varijanta histona bila na ključna za stabilizovanje transkripcionog statusa ćelije
kod prvih višećelijskih organiazama.
Prisutna kod jednoćelijskih eukariota, pa se smatra da je prisustvo i odsustvo ove varijante moglo da
odredi i stabilizuje transkripcioni status na početku postanka višećelijskih organizama.
Kod višećelijskih organizama TF-i su važni za difernecijaciju ćelija, jedan gen koji je TF
regrutuje svoje gene koje kontroliše - regulatorna mreža. Za višećelijske organizme je važno da se
određeni transkripcioni ststus (obrazac) ćelija istog tkiva održi.
Postoje mehanizmi kod višećelijskih životinja koji stabilizuju transkripcioni status ćelija.
Značajan za stabilizaciju je H2A.Z histon koji kod višećelijskih eukaiota označava status aktivnih gena.
Vrlo su stabilni nukleozomi sa ovom varijantom histona. Ovaj histon je bio glavni za stabilizaciju
ekspresije gena (tj. transkripcionog statisa ćelije) kod prvih višećelijskih organizama.
Cis-trans regulacija može biti vrlo promenljiva, a za višećelijske organizme je važno da
transkripcioni status (obrazac ekspresije) bude stabilan u jednoj ćelijskoj liniji, da sve ćelije u jednoj
liniji imaju isti transkripcioni obrazac. Nije dovoljna samo cis-trans regulacija već postoje i drugi
mehanizami: tipovi nukleozoma, posttranslacione modifikacije histona, metilacija DNK itd.
H2A.Z histon je drevni stabilizator transkripcionog obrazca, jer je prisutan i kod jednoćelijskih
eukariota. Kod višećelijskih je nukleozom sa ovom varijantom vrlo stabilan, ali problem je što kod npr.
kvasca označava neaktivni gen (heterohromatin), a kod drugih organizama uglavnom euhromatinske
regione. Šta je starija f-ja od te dve ne zna se.
18

PITANJE 51. Genom pretka Metazoa
Da bi se stekao uvid u genom (poslednjeg zajedničkog) pretka Metazoa sekvenciran je genom

najstarije metazoe - a to je sunđer Amphipedon queenslandica, da se vidi šta ima i da se uporedi sa
drugim metazoama tj. eumatezoama (sve iznad sunđera su eumetazoe):
- Amfimedon ima oko 30.000 gena koji kodiraju proteine (*više od čoveka),
- tu su brojni geni (tj. proteini): - za signalne puteve (tj. signalnu transukciju) i
- diferencijaciju ćelije.
Praktično ima kompletan alat za višećeličnost.
Pošto ih ima i sunđer kao najstarija grupa, a i ostale metazoe, onda je i poslednji
zajednički predak Metazoa morao imati ove gene za signalnu transdukciju i
diferencijaciju ćelije.
Znači kod pretka je postojao je osnovni "alat" za evoluciju višećeličnosti.
Kada se uporedi sa 1-ćelijskim eukariotama:

- 27% familija gena kod ovih sunđera je specifično samo za metazoe. Pojavili su se kod prvih
Metazoa a da nisu postojale kod 1-ćelijskih predaka.
- To je podrazumevalo brojne duplikacije regulatornih gena (TF-a). Najranije su bile

duplikacije TF-a sa Homeodomenima (ključni za regulaciju procesa razvića).
- U različitim linijama Metazoa desile su se duolikacije za različite TF-e. Što je kompleksniji

organizam treba mu više TF-a tj. povećanje broja gena za TF-e koji regulišu diferncijaciju ćelija.
Kod Eumatezoa u odnosu na sunđer, broj gena po familiji TF-a je veći 2-34 puta. Od prvih metazoa
kreće ekpsanzija regulatornih gena TF-a.
19

Šta sve ima Amfipedon što je važno za višećeličnost (uvid u poreklo 6 osnovnih karakteristika višećeličnosti):
1. Regulacija ćelijskog ciklusa i rasta ćelije.

Poređenjem današnjih Metazoa i sestrinskih 1-ćelijskih eukariota vidimo da se ništa specijalno
novo nije desilo kod metazoa u odnosu na 1-ćelijske tj. glavne klase gena za regulaciju ćelijskog
ciklusa i rast ćelija postoje i kod jednoćelijskih eukariota.
Naravno, kod Metazoa su značajno amplifikovane.
Inicaijalni (osnovni) faktori regulacije ćeljskog ciklusa i rast ćelije postoje

kod svih eukariota, i jednoćelijskih ili višećelijskih.
Usložnjavanje kod metazoa je kasnije nastupilo jer su ćelije morale da
odgovaraju na drugačije signale.
2. Apoptoza (programirana ćelijska smrt) - je novitet metazoa.
Apoptoza je važna za procese razvića višećelijskog organizma i zato se smatra jednom od

ključnih karakteristika višećeličnosti.
Značajna u organogenezi - nakon rasta i deoba ćelija, fino modeliranje tog dela tela (organa) se
vrši apoptozom tako što neke ćeliji izumru (npr. struktura kičmeni pršljen ili šaka).
Kod ranih (jednoćelijskih) eukariota nema homolognih gena koji odgovaraju metazoama.
Specifična je za Metazoe.
Kod ranih eukariota nema mehanizama apoptoze - to je specifičnost koja

se pojavila kod metazoa. (Kod kvasca su bili mehanizmi apoptoze, ali nisu
homologni sa ovim kod metazoa)
Tendencija usložnjavanja mehanizama apoptoze od filogenetski starijih
ka mlađim grupama.
20

3. Adhezija između ćelija i ćelija sa ekstraćelijskim matriksom
Osnovni elementi (homologni geni) su prisutni kod Hoanoflagelata (1-ćelijskih predaka Metazoa)
(Proteini CAM-ovi: kadherini, C-tip lektini, imunoglobulini)
4. Prepoznavanje stranih ćelija (Alorekognicija) i urođeni imunski odgovor.
Neke receptorske familije interleukina su homologne i kod jednoćelijskih eukariota i kod

metazoa, ali se kasnije kod metazoa pojavilo mnogo novih gena i načina da prepoznaju patogene.
Kod metazoa su se pojavili novi mehanizmi odbrane od patogena (to je pratilo prelaz od 1- do
višećelijske organizacije).
5. i 6. Signalni putevi (značajni za razviće) i Specijalizacija ćelijskih tipova
TF-a ima i kod jednoćelijskih i višećelijskih životinja. Kod sunđera sve glavne klase TF-a i
signalnih molekula postoje kao i kod metazoa, ali u manjem obimu (to se kasnije usložnjavalo u
različitim linijama metazoa).
Sunđeri nemaju Hox gene, oni imaju gene sa homeodomenima koji ne pripadaju klasi Hox
gena. Hox geni su nastali nakon sunđera.
Hox geni spadaju u grupu transkripcionih sa homeodomenima. Hox geni sa HD kod metazoa
suštinksi određuju telesni sklop (To praktično rade svi TF-i sa HD, ali u okviru TF sa HD su najvažniji
HOX geni).
Homeodomeni predstavljaju deo proteina koji imaju 60 ili 63 AK.
Oni koji imaju 63 AK u DNK vezujućem domenu su TALE klasa, a 60 AK u vezujućem delu
ima ne-TALE klasa. To su TF-i koji prepoznaju određenu DNK sekvencu i tako regulišu ekpepresiju
tih gena.
TF-i sa homeodomenima(TF sa HD) su posebna grupa TF-a kod eukariota koji imaju
60 ili 63 AK u vezivnom domenu koji se vezuje za određenu sekvencu DNK.
Postoje 2 osnovne klase proteina sa homeodomenima kod eukariota:

- klasa sa 60 AK (ne-TALE klasa)
- klasa sa 63 AK (TALE klasa). yyy
21

yUloge TF sa HD su u uspostavljanju telesnih sklopova i regionalizacije tela, oni pošto su
veoma duboko umreženi TF-i, regulišu druge TF-e (pliće umrežene), koji će dalje dovesti do različitih
diferencijacija u različitim ćelijskim linijama.
TF-i su duboko umreženi TF-i, kada se upale u jednom regionu embrina,

upravljaju koji će geni u tim ćelijama biti aktivirani, a koji inaktiviranu, u drugom
regionu aktiviriaće i će inaktivirati neke druge gene. Imaju svoje multisabilne
mreže, aktiviraju se na različitim mestima i tako prave regionalizaciju gena.
Oni regulišu procese razvića - modeliranje telesnog slopa tela:

-regionalizaciju tela (uspostavljanje telesnih sklopa),
-deobu ćelija u određenim tkivima,
-diferencijaciju, adheziju, migraciju ćelija,
-Prokarioti nemaju TF-e. Oni su nastali kod Eukariota (TF-i sa HD).
-Kod jednoćelijskih Eukariota (koji pripadaju grupi Opistokonta) kod kojih se javlja neki vid
višećeličnosti, postoji i TALE i neTALE klasa.
Znači da ih je imao poslednji zajednički predak svih metazoa imao i TALE i neTALE začetnike ovih
velikih klasa gena.
Hox geni spadaju u ne-TALE klasu. Hox geni su samo jedna od grupa u okviru ne-TALE grupe TF-a
sa HD. Ako neki organizam kao npr. sunđer ima ne-TALE klasu gena, nema i Hox gene.
Sunđeri mogu imati TF sa HD ali nemaju specifične Hox gene. Jednoćelijski eukarioti imaju TF sa
HD, ali nema HOX.
- Kod 1-ćelijskih predaka svih metazoa postoje obe klase TF sa HD (Tale i ne-Tale). U različitim
evolucionim linijama metazoa su se oni duplikacirali, povećavao se broj gena unutar familije.
- Kod metazoa su se umnožavali i postoji 49 familija gena za TF sa HD, kod čoveka a više od 200
familija gena.
- Najveća proliferacija kod eumatezoa (znači bez sunđera) je u HOX genima (znači u ne-Tale klasi).
Sa povećanjem fenotipske složenosti raste i broj gena i broj genskih familija TF sa HD.
Biljake imaju TF sa HD i tu se ovi geni zovu MAX geni (a ne HOX kao kod životinja).
Sve analizirane evolucione linije poseduju ili obe ili nijednu klasu. Ovo ukazuje da je i
poslednji zajednički predak višećelijskih organizama posedovao obe klase ovih proteina.
22

PITANJE 52 - Uloga Hox gena u razviću i evoluciji životinja
yHox geni zovu se još i selektorski geni, ključni su za postavljanje telesnog sklopa,
regionalizaciju tela. Npr. da li će se razviti telesni sklop kičmenjaka (svi kičmenjaci spadaju u jedan
telesni sklop kičmenjaka) ili neki od mnogo drugih beskičmenjačkih telesnih sklopova (počevši od
dupljara pa nadalje).
yHox geni selektuju puteve razvića, kao duboko unreženi geni aktiviraju druge TF-e, ti drugi
TF-i mogu da aktiviraju treće TF-e koji će onda da aktiviraju te periferne gene. Oni su kontrolori
aktivacije drugih TF-a, i na taj način ostvaruju svoju f-ju.
yHox geni se zovu još i homeotični geni, zato što mutacije dovode do fenomena "homeoze".
Najpoznatija homeoza je Antenapedia kod drozofile gde se umesto antene se razvije noga. Hox
gen koji treba da se aktivira u regionu gde treba da izraste noga, aktivirao se u regionu gde treba da
izrase antena (pomerio je svoje mesto delovanja). Taj Hox gen ima svoju regulatornu mrežu koju je
aktivirao na pogrešnom mestu, tako da su ćelije od kojih je trebalo da se diferencira antena pratile
pogrešan put razvića i razvila se noga.
Antenapedia je posledica toga što je određni Hox gen izmenio region gde je
aktivan. Ćelije od kojih je trebalo da nastane antena su selektovane da se
diferenciraju u noge.
Homeoza Antenapedia kod drozofile - jedan HOX gena je usled mutacije

pomerio svoje mesto delovanja, tako da je promenio je genetički program ćelija na
glavi i umesto antena razvile su se noge. Te noge su izgrađene od ćelija koje se
inače nalaze na glavi, ali su sledile pogrešan genetički program. Hox geni određuju
sudbinu ćelija tokom razvića. yyy
To govori o modularnost na molekulskom nivou - jedan TF ima svoj modul koji može da nosi u
različite delove tela.
⌦ Hox geni su raspoređeni u Jata (sin. klasteri, multigenske familije), nastala brojnim
duplikacijama tokom evolucije, i ispoljavaju se kolinearno u pravcu anteriorno-posteriorne ose.
Njihov raspored u jatima odeđuje prostornu kolinearnost njihove aktivacije, npr. prvi se aktivira
u jednom delu tela (tu pokreće određenu regulatornu mrežu), drugi u drugom delu tela (pokreće drugu
regulatornu mrežu) i na taj način oni prave anterirono-posteriornu osu tela, dolazi do regionalizacije.
Njihovo ispoljavanje ide od anteriorne pa sukcesivno prema posteriornoj osi, čak i ukoliko se svi pale
odjednom kao kod drozofile svaki od njih je zadužen za odeđeni region tela i to je prostorna kolinearnost.
Raspored Hox gena u jatima određuje funkciju gena duž anteriorno-posteriorne telesne ose kod Bilateria
23

Redosled njihovo aktiviranja je 3'-5' (to ne znači da se sam gen transkribuje ne transkribuje
uobičajeno 5'-3'). Znači, genio se normalno transkribuju 5'-3', ali prvo se transkribuje gen koji se nalazi
na 3' kraju. Na 3' kraju je anteriorni, a na 5' kraju je posteriorni.
yŠto je organizam složeniji (složeniji telesni sklop), očekujemo više ovih gena:
- Drozofila ima 8 HOX gena,
- Sisara imaju 39 HOX gena u 4 jata.
Postojanje 4 jata govori o poliploidiji (kompletnoj duplikaciji genoma) u nastanku

kičmenjaka, tj. o dve runde duplikacija: prvom poliploidijom nastalo je 2 jata, drugom poliploidijom
je nastalo 4 niza. To je pokazatelj da je kod kičmenjaka došlo do dve potpune duplikacije genoma.
Kičmenjaci imaju 39 gena u 4 jata na 4 različita hromozoma.

Nakon ovih duplikacija došlo je do gubitka pojedinih Hox gena.
Kod Drozofile svih 8 Hox gena se aktivira u isto vreme, u embrionu, pri čemu svaki zadržava
svoju mrežu. Kod većine drugih metazoa oni se aktiviraju u različito vreme (i prostono i vremenski).
Postanak i evolucija Hox gena
Hox geni spadaju u ne-Tale klasu sa 60 AK u proteinskom domenu.

U ne-Tale klasu spadaju: Hox geni, paraHOx geni i NK geni. Ali, Hox geni su ključni i aktiviraju se u
svim klicinim listovima.
24

Sunđer nema Hox gene, on nema mezoderm (sunđer je dvoslojna
životinja), a kasnije od valjkastih crva pa nadalje su troslojne životinje (tj,
pojavljuje se mezoderm).
y Hox geni su aktivni u svim klicinim listovima, sli su najvažnije njihove aktivnosi u
ektodermu (u neuroektodermu) najvažniji su formiranje nervnog sistema kod metazoa.
Hox geni su aktivni svuda ali dominantno u ektodermu.
y paraHox geni su najaktivniji u endodermu (npr. diferencijacija creva)

(aktivni u razviću delova koji nastaju od endodermnog klicinog lista)
y NK geni su najaktivniji u mezodermu (važni za razviće srca)
(aktivni u razviću delova koji nastaju od mezoderma)
Svi spadaju u ne-Tale klasu.
Svi zajedno para Hox, Hox i NK grupa čine mega jato. Oni potiču od jednog gena koji se zove
protoANTP (od antenapedija).
Pre razdvajanja knidarija (koje imaju radijalnu simetriju) i bilateralija (sa bilateralnom
dvobočnom simetrijom) je došlo do prve duplikacije:
- jedne kopije počinju da evoluiraju ka NK grupi.
(NK grupa je manje sreodna sa Hox genima jer se ta divergencija desila ranije)
- od druge grupe nastaje protoHox grupa koja se kasnije razdvaja na paraHox i Hox gene.
U okviru svake od tih grupa dešavale su se duplikacije gena kojim svako od jata dobija nove
članove, neki čkanovi se gube, tako da u različitim evolucionim linijama metazoa postoji različita
evolucija ovih jata. Negde ima manje gena (neki su nestali), negde ima više.
Ovo je bilo "mega jato" - sve tri grupe. Sada ćemo pričati samo o Hox genima.
Postanak i evolucija Hox gena
Hox geni su ključni za postavljanje telesnog sklopa i razviće.
25

- Sunđeri nemaju Hox gene (sunđeri nemaju simetriju - Hox gene povezujemo sa specifičnosšću
razvića, a važan aspek u razviću je simtrija tela).
Hox geni imaju ulogu u pojavi simetrije.
- Knidarije (dupljari) imaju radijalnu simteriju - tada se pojavljuju Hox geni.
Od samog početka Hox geni imaju 4 kopije tj. Prema poziciji u jatu i prema mestu ekpresije u
telu (tj. u kom regionu je aktivan) razlikuju se:
- Anteriorna grupa (aktivna u anteriornim delovima tela),
- grupa 3,
- centralna grupa i
- posteriorna grupa (na 5' kraju i aktivna je u zadnjim regionima tela).
Knidarije imaju samo anteriornu i posterionu grupu, a Bilateralne dobijaju sve 4 grupe (kopije).
Poslednji zajednički predak svih organizama sa bilateralnom

simetrijom imao sva četiri predstavnika (A, 3, C i P).
Dalje usložnjavanje ovog kompleksa gena (od pojave bilaterlane simterije), kasnije kod pojave
celoma (sekundarne telesne duplje - to su tzv Eubilateralie, pa kasnije protostomije i deuterostomije, to
su organizmi koji imaju celom) se usložnjavaju ova jata Hox gena.
Kod protostomia od prve duplje blastopora nastaju usni otvor.

U deutoerostomia spadaju hordate i bodljokožci, a svi ostali su protosomia.
- Kod deuterostomia je došlo do velikog usložnjavanja, pre nogo što je došlo do 2R

duplikaciije čitavih genoma (one dve runde poliploidjie tj. duplikacije čitavog genoma) jato je imalo 14
članova među kojim su bili i anteriorni, grupa 3, centralni i posteriorni.
- Nakon toga dolazi do 2R duplikacije kod kičmenjaka (deuterostomia). vremenom neki geni
se gase, tako da kičmenjaci sada imaju 39 gena u 4 jata. Znači, nije 4 x 14, već su se neki izgubili ima
39 gena.
Poslednji zajednički predak Protostomia i Deuterostomia je imao jedno jato sa 7 do 9 gena.

Kod deuterostomia je usledila amplifikacija gena, a onda i 2R duplikacija.
Posmatrano od 5' do 3' kraja, konzervisaniji su geni na 3' kraju, između ostalog i zbog samog
načina nastanka, a nastaju duplikacijom. Duplikacije su po pravilu verovatnije na 5' kraju, tako da
ekspanzija 5' kraja odnosno P posteriorne grupe i centralne grupe (slika) je pratila sam proces
evolucije.
Organizacija Hox jata
26

SKRIPTA, Pri
ović 2015
Org
ganizacija HHox jata jee važna za tokako će oni da reg gionalizuju telo - od anteriornog
a g do
posteriorno
og dela tela.
Organizaccija Hox jatta nije ista kod
k svih živ
votinja, važn
na za process razvića.Poostoje:
1) Organizzovana jataa (O tip) im

maju Kičmen njaci.
- Taa jata su vrllo kompaktn
na, sa vrlo malo
m intergeenskih regio
ona (koji su
u mali)
- Hox
H geni imaaju male inttrone (to dodatno pojaččava kompaaktnost jata)).
- Im
maju nekodiirajuće nizoove - ali su vrlo
v kozerviisani.
- Im
maju nizovee za neke nccRNK, ali vrrlo konzervvisane.
- sv
vi geni imaju istu transk
kripcionu orijentaciju
o ( – 5')
(3'
Jataa se nalaze na malom prostoru od oko100 kilobaza.

k Ova organizaacija omogu
ućava da see sa
malo nizov
va DNK, ostvari velikaa funkcionallna efikasno
ost Hox gen
na.
Orrganizovanaa jata su karaakteristična za

z kičmenjakke.
- Ta jata Hoox gena se naalaze na vrlo malom prosstoru (obuhvaataju oko 100 kilobaza),
- Hox geni imaju
i vrlo male
m introne, imaju vrlo malem intergennske regione,,
vrlo malo ponovljivih sekvenci, poostoje neke vrlo konzervisane nekodirrajuće sekvennce.
maju istu trannskripcionu orjentaciju.
- Svi geni im
2) Disorga anizovana jjata (D tip) kod Amfio oksusa (Cep phalohordataa),

- jaata obuhvataaju mnogo veće
v delovee genoma, raazuđeno jatoo.
- immaju puno in ntergenskih h regiona, geeni sa više iintrona,
- jaata sadrže i Hox
H i neHo ox gene.
- geeni su različčite transkripcione orijeentacije,
3) S-razdv
vojena (ili Split)
S jata S tip - kod drozofile.
d
Jato je podeljeno na n subjata. Ona O su kom mbinacija prrethodna dvaa jata.
( Dosta razuđeno, genni su različite transkripcionee orijenatacijee, ima i neHOX
X gena.)
4) Atomiziirana jata - A tip - kod urohordatta.

HOOX geni su rrazbacani po o genomu, nisu
n grupisaani u jata.
Uroohordate suu najsrodin niji organizzmi kičmen njacima, što je čudnoo ako se uzme u ob bzir
organizacijja Hox jata. Ranije se misliloda su u Cephalohhordate najbbliži srodnicci kičmenjaaka (tj. da su
u se
od njih najkasnije odvvojili) jer im
maju doneklee organizovvana jata.
omiziranje ((razbijanje) Hox jata kod
Ato k urohord data je sekun nndarna karrakteristika,, kao posleddica
selekcije za
z vrlo krataak životni vek,
v brzu reeprodukciju,, determinissano razvićee jer nije vaažno da se ono
značajno kontroliše
k jeer je kratak životni
ž vek..
27

To je zanimljivo jer su Urohordata najbliži srodnici kičmenjaka koji imaju organizovana jata. Smatra se
da je selekcija za kratak životni vek i brzu reprodukciju dovela do smanjenja genoma Urohordata gde su velike
rekombinacije unutar genoma razbacale HOX gene svuda po genomu.
Važnost organizacaije HOX jata vidi se pre svega kod kičmenjaka koji imaju ova veoma
kondenzovana organizovana jata.
Važno je kako su organizovana jata. Kod kičmenjaka su jata konsolidovana i stisnuta u vrlo
male regione genoma.
Ne bilo dobro da ima svakakvih dodataka, jer su kičmenjaci morfološki kompleksni organizmi
sa mnogo ćelijskih tipova - onda bi nastao problem sa tom kompleksnom regulacijom razvića.
Što je kompleksniji organizam, Hox jata su što više kosolidovana, da nema dodataka koji mogu
da dovedu do neki poremećaja u razviću.
Kako je tekla konsolidacija jata:

Smatra se da su kičmenjaci krenuli od disorganizovanih jata (koja su sadržaa i Hox i ne-Hox
gene, različite orjentacije, cis regulatore koji regulišu savko svoju grupicu Hox gena).
Slika: kružići su cis regulatori koji regulišu okolne gene.
Početak konsolidacije bi podrazumevao nekog pretka hordata koji bi imao prelaz od

disorganizovanih ka organizovanim jatima. Dakle, predačko jato kičmenjacima je bilo disorganizovano.
Početak konsolidacije jata je pojava jednog globalnog lokusnog kontrolnog regiona koji se
nalazi izvan jata na 3' kraju.
28

Znači: Van jata na 3' kraju pojavljuje cis regulator koji ne reguliše samo susedni gen, već kreće
da reguliše čitavo jato. To je taj kontrolni region. Jedno jato Hox gena na 3' kraju steklo je jedan
globalni regulator - cis regulator koji počinje da reguliše sve gene u jatu.
To nije išlo brzo. Da bi se ostvarila što bolja (tešnja) regulacija svih Hox gena, svi viškovi su
morali da se eliminišu. Da se jato što više konsoliduje da bi globalna regulacija bila što efikasnija:
- izbačeni su neHox geni
- skraćuju se introni i intergenski regioni, izbačeni ME.
Takva konsolidnova organizacija je bila selektivno favorizovama.
Selekcija: svaki organizam koji je imao razbarušeno jato

bio je manje efikasan od organizma koji je skratio svoje jato
(tj. konsolidovao) - to je bio selekcioni trend evolucije.
Globalnog lokusni kontrolni region je omogućio koordinisanu transkripciju gena u jatu
i doveo dalje optimizacije jata:
-eliminišu se neHOX geni,
-smanjuju se introni u genima i intergenski regioni. Izbacuje se višak.
Da bi globalna regulacija bila uspešnija potrebno je što veće kondezovanje samog jata.
Globalna regulacija je omogućila Kičmenjacima ne samo prostornu već i temporalnu

(vremensku) kolinearnost - različiti geni se i prostorno "gde" i vremenski "kad" se različito pale (u
različitim periodima razvića).
Pored toga što će aktivacija gena ići od 3' ka 5' kraju, postoji i
različito vreme aktivacije gena, što omogućava dodatnu složenost
organizmu.
Važno je i "kada" se određeni TF uključi u procesu razvića, a ne
samo "gde", jer zavisno od toga kada se uključi on zatiče različit
ćelijski kontekst u kome će da deluje.
Ova tesna koordinacija aktivacije Hox gena omogućava da se dobiju značajno složeniji
fenotipovi.
Prvobitni globalni kontrolni region dobija nove module (nakon 2R duplikacije).

Dalje, na 5' kraju se pojavljuju dodatni globalni kontrolni regioni (cis regulatori na 5' kraju).
Pojava novih globalnih regulatora još više konsoliduje celo jato.
Usložnjava se globalna regulacija ovog sve konsolidovanijeg jata.
Primer: Kod predaka Tetrapoda smatra se da je pojava cis regulatora (pojačavača) na 5'
kraju D jata dovela do nastanka prstiju, jer ovaj pojačavač je počeo da konreoliše aktivaciju
posteriornih Hox gena u distalnim delovima udova gde će se pojaviti prstij.
Zahvaljujući ovom cis regulatoru koji aktivira određene gene u autopodnom regionu, tetrapode
dobijaju prste. To se pojavilo kod predaka Tetrapoda i npr. Tiktalik (poznati predački fosil) koji ima
mešavinu ribljih i tetrapodnih karakteristika, ima začetke zglobova, primitvne prste. Ne može da se
uradi njegova analiza, ali može da se pretpostavi da se već kod tih predaka kod tzv. dvodihalica pojavo
ovaj pojačavač.
29

On je star oko 375 miliona godina i smatra se predstavnikom reliktom veće grupe predaka
tetrapoda jer postoje neki oszisci još starijih predaka tetrapoda oko 400 miliona godina.
Tiktalik (fosil) se smatra prelazom između vodenih kičmenjaka i tetrapoda (= kopneni

kičmenjaci sa 4 noge). Ima osobine ribe i vodozemaca.
Kada je dolazilo do duplikacije gena u Hox jatima oni su po pravilu dodavani na 5' kraj, kao
manje važni i manje konzervisani uslovno rečeno.
Najviše konzervisani su Hox geni koji se nalaze na 3' kraju jata - anteriorni geni. Pošto su
jako konzervisani postoji visok nivo identičnosti kod Knidaria i Bilateralia (i kod radijalne i kod
bilateralne simetrije).
Hox geni su duboko umreženi. Oni imaju svoje cis regulatore što znači da i njih "neko" treba da
aktivira. Kako oni sami počinju da se pale.
U embrionu postoje geni koji se vrlo rano u embrionu aktivaciju Hox gena. Važna je i
poliadenilacija iRNK koje je mama spakovala u jajnoj ćeliji, i one kada uđu translaciju proizvešće TF-e
koji će aktivirati Hox gene.
h Inicijalna aktivacija Hox gena potiče od produkata iRNK u citpoplazmi jajne ćelije.
Sinteza morfogena (signalnih proteina) koji takođe imaju ulogu i u inicijaciji

početaka transkripcije HOX gena i kasnije u drugim procesima razvića.
h Retinoična kiselina (RA) je glavni regulator temporalne i prostorne kolinearnosti Hox gena.
U Hox jatima (unutar gena, u promotorskim regionima ili u pojačavačima) postoje mesta koje
prepoznaje Retionoična kiseline. (Retinoična kiselina je jednostavan molekul, postoje geni koji je sintetišu)
-Retinoična kiselina se vezuje za jedarni receptor RAR
30

(jedrani recptori su ustvari TF-i koji se vezuju za DNK)
- RAR (sa vezanom RA) se vezuje za drugi receptor RXR i nastaje Heterodimer koji se
vezuje za specifične sekvence u blizini HOX gena (najčešće promotor ili pojačavač) tj. za tzv,
mesta prepoznavanja retinoične kisline)
-Hetrodimer (=Aktivirani RAR) regrutuje proteinske komplekse sa Histonskim

acetiltransferazama. Acetil tramsferaze prebacuju acetil grupe na Lizine histona i oni otvaraju hromatin
i jedan po jedan HOX gen postaje aktivan (tj. omogućavaju pristup TF-ima i RNK polimerazi do Hox
gena i da započnu transkripciju).
Retionična kiselina postepeno otvara heterohromatin i po tom sledu omogućava pristup TF-ima
i RNK polimerazi da započnu redom transkripciju Hox gena, i na taj način se ostvaruje prostorna i
vremenska kolinearnost.
Svaki poremećaj količine retionične kiseline je štetan po razviće metazoa. Akutan koji se koristi
za akne, ima retinoičnu kiselinu, trudnice ne smeju da ga koriste jer može da dođe do poremećaja u
razviću dece zbog poremećaja u regulaciji ekspresije Hox gena. Takođe ako trudnice uzimaju previše
vitamina A koji je prekursor retinoične kiseline može doći do istih problema.
h miRNK su važne za regulaciju ekspresije HOX gena.
miRNK koje se nalaze u okviru HOx jata su vrlo konzervisane - što znači da imaju vrlo važnu
f-ju. miRNK regulišu koliko će transkript za Hox gena biti konačno eksprimiran. tj. koliko će ući u
proces translacije i doboto produkt tog Hox gena.
miRNK imaju važnu ulogu fenomenu "posteriorne prevalencije". Postreriorna prevalencija

se odnosi se na aktiviranje susednih gena.
U regionima gde se ekspresije anteriornih i posteriornih Hox gena (susednih)

preklapaju dolazi do ''posteriorne prevalencije'' pojave u kojoj proizvodi
gena bližih 5' kraju dominiraju nad proizvodima gena koji su bliže 3' kraju.
U jednom tkivu se aktivira jedan Hox gen, u drugom drugi, biće tkiva u kojima će se preklapati
ti Hox geni, jer ne dolazi do naglog prekida delovanja jednog gena i početka delovanja drugog gena. U
tim poklapanjima postepeno od anteriornog mora da počne da dominira posteriorni, pa od njega sledeći
posteriorni itd.
Setimo se da duplikacije ide po pravilu dodavanja Hox gena na 5' kraj. Novi geni koji se dodaju
i koji nastaju duplikacijom 3' gena, vremenom podležu subfunkcionalizaciji pa neofunkcioanlizaciji i
menjaju repertoar gena koji će da kontrolišu.
- Oni počnu da dominiraju u odnosu na anteriorne roditeljske gene zato što se efikasnije
vezuju za CIS elemente gena koje reguliše (koje je do tada regulisao roditeljski gen).
- Pošto dolazi do neofunkcionalizacije oni fromiraju svoju paralelnu mrežu.
U tom delu miRNK ima važnu ulogu, elsprimiraju se i jedni i drugi, a miRNK treba da reguliše
koji će početi da dominiraju.
31

Mnoge familije gena za miRNK su veoma konzervisane - to familije kontrolišu ekpresiju TF-a.
Mnoge od ovih transkripcionih jedinica koje kodiraju za miRNK se nalaze unutar jata HOX gena: geni
za miR196, miR10 su u HOX jatu.
miRNK imaju važnu ulogu fenomenu "posteriorne prevalencije". Odnosi se na aktiviranje susednih
gena. Pri paljenju anteriornog i njemu susednog posteriornog gena, njihove aktivnosti u određenim regionima
(tkivima) mogu da se preklope. U tim slučajevima dominira posteriorni gen tj. onaj bliži 5' kraju.
Smatra se da je posteriorna prevalencija (funkcionalna hijerarhija) rezultat načina formiranja HOX jata a
to je zapravo duplikacija prevashodno 5' regiona. Nakon duplikacije dolazilo je do neofunkcionalizacije ovih
gena - novi geni su mogli da modifikuju programe roditeljskih HOX gena.
(svaki HOX gen ima svoj program, svoj region i gene koje kontroliše).
Novi gen nastao na posteriornom kraju može da modifikuje roditeljski program:

-tako što se efikasnije vezuju za CIS elemente gena koje reguliše, ili
-formira paralelne mreže regulacije.
Ova neofunkcionalizacija svih tih gena dovela do toga da oni dominiraju na mestima preklapanja u
odnosu na anteriornije gene. yyy
miRNK (miR-10 i miR-196) regulišu posteriornu prevalenciju, tj. kada će anterioran a kada će
posterioran gen biti dominantan. Oni sprečavaju de se brzo ostvari posteriorna prevalencija.
miR10 i miR196 se preferncijalno vezuju za iRNK sa mlađih Hox gena (posteriorni HOX geni)
i tako kvantitativno umanjuju količinu njihovih proteina i odlažu dominaciju tih posteriornih gena.
32

PITANJE 53 - Kako Hox geni ostvaruju svoje funkcije?
Funkcije Hox gena
TF-i imaju homeodomen koji se direktno vezuju za sekvencu koju prepoznaju, to je krakta
sekvence od 10ak nt i na taj način učestvuju u aktivaciji svoje grupe gena.
Kako jedan Hox gen prepoznaje koje će gene da aktivira u određenoj ćeliji, a koje neće, ili će
da inaktivira?
Hox gen nije sam u tome.
Hox geni (tj. TF-i) moraju prvo da se vežu sa nekim kofaktorom (to je vrlo često produkr
nekog drugog Hox gena). Dakle, protein sa jednog Hox gena, protein sa drugog Hox gena ili neki drugi
protein u ćeliji naprave heterodimer i adekvatnu konformaciju za vezivanje za određeno mesto na
genima koje treba da kontrolišu.
Zavisno od konformacije oni se vezuju za određene pojačavače, ne za druge. Tako rade Hox
geni: njihov proteinski produkt se vezuje za neki kofaktor, nastaje heterodimer koji zauzima određenu
konfomaciju, i to određuje koje će gene da aktivira, zaobiđe ili inaktivira. To je model selektivno
vezivanje.
Kombinacija HoxTF + kofaktor + drugi proteini u ćeliji koji prave heteroproteinske

interakcije koje prave konformaciju i određuju prepoznavanje na cis regulatornom mestu.
Heterodimer TF i njegov kofaktor nije dovoljno specifičan, i on regrutuje druge proteine u

ćeliji koji funkcionišu ili kao ko-aktivatori ili kao ko-represori. Ovaj veći kompleks dređuje
specifičnost vezivanja Hox gena.
Znači da funkcija HOX-a zavisi od toga u kakvom se ćelijskom kontekstu nađe, jer njegova
aktivnost i specifičnost zavisi i od interakcije sa drugim proteinima u ćeliji.
Efekat Hox gena:
33

Oni kada aktiviraju ili inaktiviraju određeni TF koji će dalje da reguliše druge gene - deluju kao
"master geni" - odredili su koje će TF-e da aktiviraju, a ti TF-i će dalje da aktiviraju određene setove
gena. To je "master" (gospodar) regulacija u toj ćeliji.
Oni takođe mogu da aktiviraju i tačno određene gene, to je mikromenadžment u ćeliji. Npr.
direktno regulišu gene koji su uključeni u regulaciju ćelijskog ciklusa, apoptozu, migraciju ćelija itd.
Znači, kontrolišu il konkretne gene ili TF-e koji će dalje da aktiviraju.
Iz te složene organizuacije proizilazi vrlo precizna regionalna diferencijacija ćelija.
Kako HOX geni evoluiraju?
Hox geni sus e tokom evolucije intenzivno duplicirali, neofinkcionalizacijpm stiču novu
regulatornu mrežu (nove pakete gena koje kontrolišu).
Hox geni su nužno visoko konzervisani, , jer jako duboko umreženi u reguatornom genomu.
Tako da kod filogenetski veoma udaljenih metazoa postoji praktično odsustvo nesinonimnih
mutacije u kodirajućem genomu.
Kada su se razdvojili ljudi od miševa pre 75 miliona godina eliminisano je 99.7 % nesinonimnih
mutacija. Znači, svega 0,3% nesinonimnih mutacija se održalo u ove dve evolucione linije. Kada se
pogleda prosečan protein između miša i čoveka, eliminasno je svega 85% nesinonimnih mutacija. To
govori koliko je važno održavanje iste sekvence (tj. odusustvo promene kodirajuće sekvence).
Pošto je sekvenca Hox gena vrlo konzervisana, dešava se da se promene cis regulatori (iako su
i oni konzervisani) i tako promene svoje mesto i vreme eksprimiranja u različitim evolucionim
linijama.
34

Pošto su Hox geni konzervisani, funkcija Hox gena u modelovanju različitih oblika tela se može
menjati zahvaljujući mutacijama u CIS regulatorima Hox gena:
-što znači da će se on aktivirati ranije, kasnije, ili u drugom delu tela, u odnosu na neku srodnu
evolucionu liniju.
Promena u cis regulatorima može da menja prostornu i vremensku aktivaciju HOX gena, i time se
menja ćelijski kontekst u kome se taj gen aktivira, i čitava regulatorna mrežu koju taj gen kontroliše.
To se najbolje vidi kod nastanka kičmenice, kod kičmenjaka. Različit regionalni tip pršljenova
(potiljačni, vratni, grudni, slabinski, krstični i trtični) ima različit oblik, oni se povezuju sa aktivnostima različitih
HOX gena.
Hox geni (jata) kod kičmenjaka su veoma konsolidovana, izuzetak su skvamate (gušteri i zmije)
koje imaju imaju bitno drugačiju organizaciju jata, u tima jatima ima mnogo više intergenskih regiona,
ima mnogo više ME, što je rezultovalo značajnom respecifikacijom ekspresije Hox gena u različitim
regionima tela.
Najuočljivije je da zmija nema noge, dok svi drugi kičmenjaci imaju noge. Zmija nema
noge, ona ima kičmu i celom dužinom njene kičme, na svim kičmenim pršljenovima ima i rebra. Drugi
kičmenjaci imaju rebra u grudnom regionu, a zmija svuda. To znači da svi kičmeni prošljenovi zmije
liče na grudne kičmene pršljenovi drugih kičmenjaka. To govori o toj ekstremnoj respecifikaciji.
Kokoška i miš - Primer promene prostora delovanja HOX gena koja ima bitni fenotipski efekat:
- Oba imaju 5 potiljačnih pršljenova
- Kokoška ima 14 vratnih pršljenova, miš kao i svi sisari ima 7.
- Grudni sisari 13, kokoška manje.
- pa slabinski krstačni repni itd..
Šta se desilo kod zmije?

- Granicu između vratnih i grudnih pršljenova kod kičmenjaka kontrolišu HOX5 za kraj vratnih
i HOX6 za početak grudnih (to je prelaz između vratnih i grudnih). Karakteristika grudnih je da se
vezuju za rebra.
- Kod zmije je došlo do respecifikacije svih drugih pršljenova prema grudnim pršeljnovima -
proširena je oblast delovanja Hox C6 i Hox C8 koji se kod drugih kičmenjaka aktiviraju u grudnom
regionu.
- Takođe, došlo je do prednjeg pomeranja granice ekspresije Hox gena koji se inače
eksprimiraju u regionima bez udova kod drugih kičmenjaka. Zmije je zbog ovoga izgubila prednje
udove.
- Zadnji udovi nisu izgubljeni zbog promena u HOx genu, negu u Hedžhog signalnom putu.
Zmije su izgubile iz razlčitih razloga prednje i zadnje noge.
Podsećamo se organizacije jata - kod kičmenjaka koji svi predstavljaju jedan isti
telesni sklop organizacija je vrlo konzervisana, zbijena u malom delu regiona. Čim dođe
do povećanja toga dolazi do respecifikacije kao kod zmija.
Beskičmenjaci imaju 30 telesnih sklopova. Njihova jata su disorganizova,
splitovana. Upravo takva razuđena organizacija Hox jata omogućeje više telesnih
sklopova. A kod kičmenjaka je sve vrlo svedeno - ogromna efiksanost sa malo
elemenata, i to se drži pod velikom kontrolom (izuzetak su skvamate)
35

Hox geni su toliko konzervisani da kod insekta (Drozofila) i kod kičmanjaka može da se uoči
velika homologija između 2 Hox gena.
Npr. Hox a9 i Hox d9 kod kičmenjaka učestvuju u razviću udova su geni koji su ortologni kod
Drozofile i kod Nematode Caenorabdites (koja nema noge) su visoko konzervisani.
Isti (tj. vrlo konzervisani) geni u različitim evolucionim linijama rade različite stvari:
-ovaj gen učestvuje u regulaciji razvića nogu
-kod nematoda koja nema noge ne može da radi tu funkciju.
Kako geni ostvaruju f-ju: ista sekvenca - isti protein, ali u interakciji sa različitim proteinima u
ćelijama u kojima se eksprimiraju mogu da rade potpuno različite stvari. Znači, ista konzervisana
sekvenca u različitim vlo udaljenim filogenetskim linijama radi različite stvari.
Zahvaljujući razumevanju delovanja Hox gena, njihove selektorske f-je, možemo da

rekonstruišemo postanak nekih potpuno novih struktura i novih organa u evolucionim linijama.
⌦ Nastanak novog Hox gena duplikacijom ili gubitak nekog HOX gena (duplikacijom) može
bitno da izmeni morfologiju organizma, jer se gubi deo u sistemu regulacije.
Pojava novih gena ili neke mutacije mogle su da dovedu do nastanka neke kompleksne
strukture u različitim evolucionim linijama. Samo promena Hox gena i njegove regulatorne mreže
može da dovede do nastanka potpuno drugačije strukture.
Primer: Hox a2 kod sisara dovodi do transformacije drugog luka ždrela od kog nastaje ušni stremen i
stiloidna kost.
Eksperiment kod miševa:
Kada se Inhibira Hox a2 gen (izostaje njegova regulatorna mreža), dolazi do transformacije
drugog ždrelnog luka u kopiju prvog (transformisan je u isto što daje prvi ždrelni luk). Od prvog i
drugog luka ždrela nastaje slušni aparat.
Ova inhibicija Hox a2 dovodi do toga da nema ušnog stremena, nema stiloidne kosti, ali duplira
se čekić, nakovanj, timpanična i skvamozna kost, pojavaili su se alisfenoidni elementi koji ne postoje
kod sisara ali ta hrskavica je prisutna kod gmizavaca.
36

Ovo je ilustracija da samo promena aktivnosti jednog Hox gena može da dovede do pojave
potpuno drugačije strukture - sisarko uvo koje ne postoji kod gmizavaca, ništa se specijano nije desilo
osim što se promenio nivo ekspresije jednog HOx gena.
Ovakve promene nam ukazuju koliko mogu biti važne za evolucioni tok unutar jedne
evolucione linije.

37

10. Evolucija telesnih sklopova
Telesni sklop je opšti plan gradnje jednog tela. Među metazoama (višećelijskim životinjama)
postoji 35 ili 36 (sistematika tu nije postigla konsenzus) različitih telesnih sklopova. Postoji 1 telesni
sklop kičmenjaka, ostali su beskičmenjački telesni sklopovi.
U sistematici (klasifikaciji) telesni sklopovi bi bili nivo filuma, razdela ili tipa.
Telesnih sklopova nema više, jer postoje razni vidovi ograničenja, koja su u suštini evoluciona
ograničenja.
Kako su evoluirali telesni sklopovi (ovi koje zovemo filumima, tj. koje danas svrstavamo u
kategorija filuma), kada i kako su nastali?
Jedan od najvažniji antievolucionih argumenata (Žorž Kivije XIX, morfologija,

komparativna anatomija) je:
Ne mogu se evoluirati značajne razlike, ne mogu se menjati tela tokom vremena u tolikoj meri
jer ako se promeni jedan deo tela narušava se integritet celine. Promena jednog organa, dela tela je
oduđena na propast.
To je bio osnovni argument da novi telesni sklopovi nemogu evoluirati - već ih je napravio
Kretaor. Kreator je napravio te telesne sklopove i oni ne mogu da se menjaju iz prostog razloga što sva
promena povlači za sobom propast integrisanog sistema.
To je bio dugo bio važeći antievolucioni i kreacionistički argument ( i danas je prihvaćen kod nekih).
Međutim, savremena biologija ima drugačiju vizuju (razumevanje) procesa razvića:
Modularna organizacija razvića

y Modularnost - organizmi “konstruisani”od jedinica koje su relativno koherentne unutar sebe, a ipak
su delovi većih jedinica.
Relativno nezavisna evolucija delova

Različiti delovi tela se menjaju bez ugrožavanja drugih telesnih funkcija
y Usled: trans-regulacije (Hoxgeni) i modularnosti cis-regulatora
1

Organizmi nisu u potpunosti integrisane celine, bez obzira što funkcionišu kao entiteti,
organizmi i njihovo razviće sastoji se od različitih modula: Ćelija je modul jednog tkiva, jedno tkivo je
modul jednog organa, organ je modul organskog sistema, jedan deo tela je modul čitavog tela.
Svi organizmi i svi sistemi od početka nastakna života su modularni -

sastavljeni iz delova koji su sami za sebe relativno autonomni (individualizovani),
a opet su delovi viših sistema.
Moduli su jedinice koje su unutar sebe relativno koherentne, jesu u vezi sa ostalim modulima,
ali imaju određeni nivo autonomije:
yU priči o postanku života govorili smo o modularnosti: oligonukleotidi u hiperciklusu su
moduli.
y Geni su moduli u genomu, a svaki gen unutar sebe ima module, njihovi cis regulatori takođe
mogu biti modulisani.
y Regulatorni geni imaju svoju mrežu gena koju regulišu - to je jedan modul.
Ako sagledamo razviće kao modularno, onda tela mogu da evoluiraju tako što se modzli mogu
manje-više nezavisno menjati u odnosu na telo, ne narušavajući integritet ostalih modula u telu.
Moduli koji su u donekle autonomni, mogu donekle nezavisno evoluirati, a da ne

poremete funkcionisanje ostalih delova tela.
Modularnost oslobađa veliki prostor za evoluciju različitih delova tela organizama.
Znači da je moguće menjanje anatomije i morfologije organizama kroz evoluciju.
Modularnost organizacije živih bića i modularnost razvića, u potpunosti obara antievolucioni

argument, a današnja biologija ima mnogo primera koji to potvrđuju (i to na vrlo različitim nivoima
biološke hijerarhije:
Primer na najnižem modularnom nivou kako funkcionišu moduli.
Homeoza je promena da se na nekom delu tela pojavi modul koji ne bi

trebao da se nađe na tom delu tela.
Homeoza u kontekstu Hox gena: desi se kada se Hox gen aktivira na

mestu na kome ne bi trebao biti aktivan, on aktivira svoju regulatornu mrežu -
svoj modul i taj modul za čije razviće je odgovoran se pojavi na pogršnom
mestu. Antenapedia je najstarija homeoza kada se umesto antene na glavi
drozofile napravi antena.
2

Primer kako se ono što radi jedan regulatorni gen može predstaviti kao jedan modul (drozofila):
Eyeless gen je gen unutar PAX6 familije transkripcionih faktora. On je duboko umrežen
transkripcioni faktor koji reguliše razviće svog modula - a to su oči kod Drozofile.
U eksperimentu je aktivacija PAX6 gena (eyeless gena) u različitim delovima embriona

drozofile i razvile su se oči na mestima gde nisu trebale, na abdomenu, krilima, nogama, antenama.
Ove oči su bile fotosenzitivne (reagovale na svetlost).
(Eyeless gen pokriva aktivnost seta gena koji učestvuju u razviću očiju).
Čitav modul može da promeni svoj položaj i dobije se promena čitavog tela.
PAX6 je važan gen, ima modularan cis regulator, i zavisno u kom tkivu se aktivira on učestvuje
u sterminaciji različitih tipova neurona, očiju itd.
Ovo je demostracija kako regulatorni gen nosi sa sobom svoju regulatornu mrežu (multistabilnu
regulatornu mrežu).
Isto ovo važi i na morfološkom nivou: tetrapode (kičmenjaci sa 4 ekstremiteta) mogu da imaju
transformaciju prednjih ekstremiteta u krila (ptice), kod zmija mogu da nestaju prednji i zadnji
ektremiteti kao nezavisni moduli (prednji ektremiteti su nastali zbog promena u delovanju Hox gena, a
zadnji iz drugog razloga tj. zbog signalne transdukcije Hedžhog parakrinih faktora.
Različiti moduli na različite načine i različitom dinamikom mogu menjati - to znači da evolucija
podrazumeva nezavisnu evoluciju različitih segmenata.
Kako pokušavamo da ugnezdimo razviće (ontogeniju) u proces evolucije tj. filogenije?
Darvin je grešio jer nije pravio razliku između ontogenije i filogenije, njemu je svaka promena
koja se dešava tokom ontogenije (tj. individualnog razvića) bila sastavni deo evolucije jer se ta
promena nasleđivala.
Kako Ontogenija učestvuje u procesu evolucije tj. veza ontogenije i evolucije - razne koncepcije:
yPrva ideja o vezi ontogenije i evolucije je koncepcija Fon Bera (Fon Ber je bio antievolucionista, ali
bio je izuzetan embriolog Darvin ga je čsto citirao) i glasi :
Prve faze razvića tj. ontogenije (kada počinju deobe, kada se uspostavljaju telesne ose
anteriorno-posteriorna, dorzalna, ventralna, gastrulacija, uvijanja i postavljanja 3 klicina lista u
embrionu, konačno postavljanje telesnog sklopa) su visoko konzervisane (jako malo variraju jer
su od presudne važnosti za opšti telesni sklop), a kasnije faze ontogenije su labavije i mogu
da se menjaju.
*ontogenija: od oplođenja jajne pa do kraja života jedinke.
Kasnije faze su mnogo labavije i tu može doći do divergencije različitih

taksona unutar istog telesnog sklopa.
⌦To je Darvin podržavao jer se to uklapalo u njegovu koncepciju evolucije:
1) Rane faze koje su konzervisane Darvin koristi kao dokaz zajedničkog porekla organizama.
Što su srodoniji, to su rane faze međusobno sličnije.
3

Za Fon Bera to je bio pokazatelj da je Bog napravio te telesne sklopove, a za Darvina je to bio
pokazatelj zajedničkog porekla organizama.
2) Mogućnost da se kasnije faze menjaju se uklapalo u Darvinovu koncepiju evolucije, jer je
smatrao da u kasnijim fazama, u adultnom životu, uticaj životne sredine je nešto što menja tela i da se
takve promene nasleđuju u naredne generacije.
Darvinova koncepcija prirodne selekcije. Prirodna selekcija deluje na nivou adulta: da li je neki
genotip i neka struktura adaptivna ili ne, testira se tek kod adulta i ukoliko on preživi u datoj
sredini (znači mora biti napolju u nekoj sredini) i razmonoži se biće preneti njegovi geni u
narednu generaciju, a u suprotnom ne. yyy
Znači za Darvina je bilo prihvatljivo: konzervisane prve faze se uklapaju u zajedničko poreklo, a
species specifične karakteristike koje nastaju kasnije su uklopljene u njegovu koncepciju nasleđivanja
stečenih osobina koje se stiču u kasnijim fazama ontogenije.
⌦To je odgovarlo i Hekelu. Hekel je dao biogenetski (ontogenetski) zakon: Ontogenija je

rekapitulacija adultnih stupnjeva filogenije. Po njemu, postoje konzervisane faze, evolucija je
dodavanje novih faza u ontogeniji. Opet je Evolucija = Ontogenija.
"Ontogenija je sažeta rekapitulacija filogenije"

Bliže rečeno tokom individualnog (ontogenetskog razvića) jedinki ponavljaju se
(rekapituliraju) glavne crte filogenetskog (istorijskog) razvoja vrste
Sve ove koncepcije potpuno izjednačavaju priču ontogenije i filogenije.
*koherentan (l. cohaerens) koji se drži zajedno; skopčan, povezan,

sojen; fiz. povezan (sa drugim) takoda se svakoga trenutka treptajno
stanje jednoga potpuno slaže sa treptajnim stanjem drugoga.
PITANJE 56 - Filotipski stupanj
Stanovište da su prve faze vrlo konzervisane je dugo trajalo, moderna embriologija je pokazala
drugačije i konstruisan je model peščanog sata: Nisu prve faze ontogenije visoko konzervisane.
Prve faze razvića su varijabilne, mogu se vrlo razlikovati između srodnih taksona unutar
jednog telesnog sklopa. Najraniji stupnjevi razvića (poput brazdanja i gastrulacije) mogu
razlikovati kod srodnih vrsta.
4

Kada gledamo taksone unutar jednog telesnog sklopa npr. kičmenjake, prve faze različitih grupa
kičmenjaka mogu se bitno međusobno razlikovati (jaja mogu biti bitno drugačija po veličini, količini
žumanceta, da li ga ima ili ne, da li je izolecitno jaje ili drugačije, brazdanje, blatulacija, gastrulacija,
postavljanje slojeva - sve ovo može bitno da varira kod srodnih vrsta unutar istog telesnog sklopa)
Konzervisan je stupanj tzv. filotipski stupanj, i tu su razlike između taksona jednog telesnog
sklpa najmanje (vrlo male), nakon filtopskog stupnja ponovo možemo imati vrlo razlsičite pravce
razvića tih različitih taksona unutar istog telesnog sklopa.
Filotipski stupanje je konzervisano suženje unutar određenog telesnog sklopa bez obzira na koji
način se iz prethodnih faza dođe do filotipskog stupnja, filotipski stupanj tih različitih taksona najviše
liči kod tih taksona. I to je model peščanog sata.
Filotipski stupanja kod kičmenjaka zove se faringula - na tom stupnju se uspostavljaju osnovne
esencijalne karakteristike kičmenjaka, a to je notohorda i dorzalno postavljena nervna cev.
Svaki telesni sklop ima svoj filotipski stupanj:
Kod artropoda filotipski stupanj je faza kada počinju elongacija embriona i segmentacija tela
koja obuhvata sva tri klicina lista.
Eksperiment na 4 vrste drozofile koje su divergirale pre čak 40 miliona godina (duga
nezavisna evolucija ove 4 vrste) bavio se molekularnom biologijom razvića:
- analizirano je preko 3000 gena koji su aktivni u procesu razvića drozofile.
- analizirana je kvantitativna ekspresija (u kojoj količini se eksprimira određeni gen) i kada se
ekpsrimira
- dobijeno je da 80% od analiziranih gena (za koje znamo da su aktivni u razviću) jesu vrlo
kozervisani u bilo kom stupnju (80% gena su identični po vremenu i kvantitetu ekspresije kod sve 4
vrste).
Kada se posmatraju faze, najveća konzervisanost u vremenu (kada se eksprimiraju) i u količini
u kojoj se eksprimiraju je u filotipskom stupnju.
Najmanja divergencija u ekpresiji gena kod ove 4 vrste je u filotipskom stupanj artropoda.
(Slika) - nacrtane su standarndne devijacije odstupanja od prosečne vrednosti i najmanja odstupanja su na

filotipskom stupnju. Ove analize su potvrđene i kod drugih taksona (npr. zebrica riba).
Pokazalo da su geni koji se ispoljavaju u filotipskom stupnju filogenetski najstariji. yyy
Molekularno biološke analize ekpresije gena u različitim fazama razvića su rađene i kod biljaka.
Kod biljaka ne može morfološki da se vidi postojanje filotipskog stupnja, ali može na molekularnom
nivou. Postoji molekularni filotipski stupanj kod biljaka.
Kod zebrica - u vreme filtipskog stupanja aktivni su filogenetski veoma stari geni, kozervisani su u
vremenu i količini svoje ekspresije, vezuju se za faringulu tj. filotipski stupanj.
Sve ranije i kasnije je mnogo više varijabilno.
5

Kako je moguća da se na vrlo različite načine (različiti načini deoba, gastrulacija...) dođe do istog
rezutata u filotipskom stupnju?
Pokušaj da se ovo reši, Njuman 2011 (nema u knjizi, nema na ispitu !!!), ali je zanimljivo...
Kod ribe i sisara to nije identično, ali je tu najveća homogenost u odnosu na sve faze pre i faze posle.
Nastanak višećeličnosti - ćelije koje se udružuju mobilišu nove fizičke procese, aktiviraju adhezivne
molekule, razne signale (Hoanoflagelate su to sve imale). Npr. polarisnje membrane će dovesti do toga da se
ćelije organizuju u filamente, neka druga polarizacija će napraviti loptaste kolonije.
Fizički procesi se angažuju spram toga kakav je hemijski sastav interaktivnih molekula (prisustvo
produkata gena, ćelijska adhezija, signalizacija, ekstraćelijski matriks, razičiti receptori). Indukovane različite
fizičke reakcije između ćelija su Dinamički moduli obrazaca razvića DPM.
Tek kada se dostigne kritična masa ćelija, postaju relevantni svi ti dinamčki moduli razvića. Sve što se
dešava pre te kritične mase manje-više je relaksirano, ali u trenutku kada tih ćelija ima koliko treba (neki prag),
tada se one organizuju onako kako im određeni DPM diriguje.
Po Njumanu, nisu bitni geni samo po sebi, već njihov efekat na interakcije između ćelija, odnosno
fizički procesi koje oni izazivaju i to je od presudne važnosti. Ne postoji gen za rupu u blastuli, već različiti geni
određuju interakcije i zato se ćelije organizuju na određen način i nikako drugačije.
Njuman iz toga izvodi scenario nastanka jajeta kod višećelijskih organizama i kaže: Višećelijski
organizmi su nastajali od Hoanoflagelata koji imaju tendenciju pravljenja kolonija. Pravljenje kolonija
podrazumeva mobilisanje nekih novih fizičkih procesa unutar te grupe ćelija.
Svaki od filuma metazoa nastao je od posebne grupe jednoćeljskih predaka Hoanoflagelata, tj. ćelija
koje su bile genetički međusobno različite. Ako su genetički međusobno različite te ćelije, jedan set tih ćelija
može da ima malo drugačije ove molekule koji menjaju fizičke interakcije između tih ćelija. Svaki od filuma
nastaje od genetički različitog seta jednoćelijskih predaka koji određuju prve faze pravljenja budućeg telesnog
sklopa.
Kod socijalnih ameba koje prave kolonije postoje gentički različite jedinke, ali postoji vrlo ograničen
broj tih multićelijskih ekotipova koje zavise od sredinskih uslova. U određenim sredinskim uslovima (nor. neka
pH) kada se udruže te genetički različite ćelije, imaju takve interakcije da uvek rekreira isti ekofenotip.
I polazi od toga: pretpostavio je da se udružila neka grupica Hoanoflagelata koje su napravile takav tip
DPM-ova tj. takav tip fizičkih interakcija koje seu dovele do nekog multićelijskog fenotipa koji se pokazao u
određenoj životnoj sredini kao uspešan. To ne znači da je on stabilan iz razloga što te ćelije mogu da odu i da se
rasturi taj multićelijski fenotip. Ako je takav multićelijski fenotip dobar, to znači da će selekcija favotizovati
svaki proces koji će taj početak pravljenja multićelijskog fenotipa što više izolovati od efekata spoljašnje sredina
i napraviti ontogenetski stereotipnim.
Jaje bi u tom slučaju nastalo tako što su se te multićelijske strukture na samom početku udružile,
kombinovale međusobno citoplazme i gene koje imaju, nestajale su membrane između njih i dobijeno je veliko
jaje koje po svojoj strukturi, po rasporedu ontogenetskih determinanti zadržalo prethodni multićelijski fenotip tj.
početak udruživanja genetički različitih ćelija.
Subfilumi u okviru filuma su mogli kasnije da modifikuju neke delove tog jajeta.
Tek kasnije, kad je nastalo jaje usledila je genetička determinacija razviaća, a pre je bila fizička. yyy
6

Zašto postoje filotipski stupnjevi
Suženje u varijabilnosti u okviru bilo kog telesnog sklopa tj. Filotipski stupanj - postoji zato što
je to faza u razviću kada je stabilizaciona selekcija najveća. Stabilizaciona selekcija teži da elimiše
svaku varijabilnost (mutaciju) koja se pojavi kod gena koji se tada eksprimiraju tj. u vreme kada se u
ontogeniji pojavljuje filotipski stupanj.
Selekcija je mnogo više relaksirana pre i posle filotipskog stupnja. Posle filotipskog stupnja ona
može biti direkciona i da dovodi do različitih diveregencija unutar istog telesnog sklopa. Ali u
filtioskom stupnju Selekcija je vrlo intenzivna i odbacuje svaku mutaciju i svaku potencijalnu
fenotiopsku varijabilnost filotipskog stupnja.
Stabilizaciona selekcija je odgovorna za visoku konzervisanost telesnih sklopova.
Na filotipskom stupnju je najveća interakcija između modula, moduli su najviše integrisani

(najveća međuzavisnost izneđu modula), najmanja je sloboda da se oni pojedinačno menjaju.
Znači da geni koji su tada aktivni imaju najveće plejotropne efekte (značajni su za niz modula,
a ne samo za jedan modul i ako taj jedan gen mutira delovaće na mnogo modula i to će selekcija da
elimiše jer telo koje od toga nastaje neće biti funkcionalno.
Tada su geni najviše evoluciono opterećni i da jedna njihova promena

izaziva promenu ogromnog broja modula i time narušavanje čitavog
telesnog sklopa.
Filotipski stupanj je važan jer postavlja temelje jednog telesnog sklopa (zato je pod velikim
nadzorom selekcije). Na tu osnovu koja nastaje u filtipskom stupnju se nadovezuje organogeneza, tj.
razlčiti organi koji mogu biti donekle varijabilni u različitim taksonima unutar telesnog sklopa.
Mutacije u genima koji se ispoljavaju tada u tom stadijumu razvića

bivaju eliminisane zahvalujući stabilizacionoj selekciji - održavanje
jednog istog stanja tokom 100tina miliona godina.
7

PITANJE 57 - Tipovi promena u ekspresiji gena tokom razvića
Šta je Darvina zbunjivalo...

Prirodna selekcija deluje suštinski na adulta, nešto će biti favorizovano ukoliko taj adult u toj
životnoj sredini preživljava dovoljno dobro da bi mogao da se reprodukuje. Što mu je bolje u toj
životnoj sredini on se više reprodukuje, njegove genetičke varijante (njegovi programi razvića biće sve
više zastupljeni u narednim generacijama.
Kako je moguće da nastale promene u nekoj fazi ontogenije, PS testira tek na adultnom stupnju?
Prirodna selekcija deluje na adultnom stupnju, tada se prepoznaje uspešnost

organizma u određenoj životnoj sredini.
Postoji vremenski razmak između te promene u genima koji učestvuju u razviću

(tj. aktiviranja tog gena) i efekta kada ga selekcija prepoznaje. Gen se aktivira
vrlo rano u razviću, ali selekcija prepoznaje njegovu aktivnost nakon dužeg
vremena (tek u fazi adulta), i videće se efekat selekcije. yyy
Darvin nije mogao da zamisli odvajanje ontogenije i filogenije, jer selekcija prepoznaje adulte i
ne vidi ništa pre toga:
⌦ p Postoji "vremenski džep - time lag" između promene neke rane ontogenetske
faze i toga kada selekcija vidi tu promenu i kada će moći da je istestira.
To danas nije zbunjujuće: Danas znamo da nije važno što je efektak promene toliko odložen,
jer "neto" adaptivna vrednost zavisi od svih faza u procesu razvića.
Kako se te promene (u ranim fazama ontogenije) dešavaju?

Koji su načini da se jedan modul promeni, a da ne utiče na druge module u organizmu.
Za razviće i nastanak određenog modula ključni su određeni geni, koji su aktivirani u tom
modulu, kao npr. Pax6 za nastanak modula oka.
Regulatorni geni se pale na određenom mestu, kontrolišu svoj set gena, ukoliko se promeni
mesto promeniće se i mesto modula, pale se u određeno vreme da bi u ontogeniji napravili određeno
telo. Razviće nekog modula traje različito kod različitih organizama.
8

Promene u ovome mogu da dovedu do drugačijeg modeliranja čitavog tela.
⌦ Kako odmiče ontogenija, efekat promene se amplificira. U početku razvića efekat promene
može biti vrlo mali, ali se tokom razvića značajno amplificira.
Male promene u ranim fazama se amplificiraju u kasnijim fazama

i nastaju velike promene u morfologiji.
Najbolji primer (u telesnom sklopu kičmenjaka) su kivi ptica i ljiljak sisar.
Kivi ima vrlo mala krila - prednji ekstremiteti su vrlo

redukovani. Zadnji ekstremiteti su vrlo izduženi. Ljiljak obrnuto -
krila su velika.
Kod kivija u ontogeniji začeci prednjih udova su jako mali
(u poređenju sa svim drugim pticama) i rezultat te ontogenije su
vrlo mala krila.
Kod ljiljka pojava začetaka prednjih ekstremiteta je
značajno ranije, intenzivniji razvoj tog modula, amplifikacija
razvića kroz vreme - dobiju se dugačka krila.
Mala promena u vremenu ili intenzitetu ekpresije određenih gena koji su važni za razviće tog
modula značajno utiče na modeliranje čitavog tela.
Pričamo na koji način se telo može modelirati kroz ne toliko značajne promene određenih
modula (promeni im se mesto, imaju malo veći ili malo manji intenzitet, da li je vreme početka malo
ranije ili malo kasnije - to se amplificira tokom razvića i imaće veliki efekat na čitavo telo).
Načini menjanja modula i kako se tela mogu menjati u skladu sa promenama modula:
Heterohronija, Heterotopija, Heterometrija i Heterotipija.
Ovi tipovi promena su promene u ontogeniji sa jako velikim posledicama po telo.
9

Heterohronija (hronos - vreme) je promena u vremenu početka, kraja i brzini razvića nekih
modula, kod jednog taksona u odnosu na predački takson.
Primeri:
- Neotenija (Heterohronija se često izjednačava sa Neotenijom)

Neotenija - razviće osobine se usporava u odnosu na pretke:
Kod repatih vodozemaca ima slučajeva gde se larvene spoljašnje škrge

zadržavaju i kod adulata. Razviće larvenih osobina je usporeno, pa se larvene osobine
zadržavaju i nakon što se dostigne polna zrelost - i nastaju adulti koji su zadržali larvalne
osobine.
Kod nekih repatih vodozemaca postoji fakultativna neotenija, zavisno od
sredinskih uslova, a kod nekih obligatnu. (čovečija ribica i drugi repati vodozemci uvek
kao daulti imaju spoljašnje škrge).
- Hipermorfoza - razviće osobine kod potomačke grupe se nastavlja i nakon što se kod predačke grupe
zaustavlja razviće tog modula.
Veliki rogovi kod jelena. Tu seksualna selekcija favorizuje hipermorfozu tih modula.
- Progeneza - razviće osobine kod potomačke grupe se zaustavlja ranije nego kod predačke
Zakržljalost nekih organa u odnosu na predačku grupu.
- Akceleracija - Brže razviće osobine kod potomačke grupe.
-Postpomeranje i Prepomeranje - početak razviće je kasniji/raniji.
10

Sve se tiče vremenske dimenzije. Ove promene modula mogu značajno da utiču na same
procese evolucije, primer :
Hipoteza da je poreklo kičmenjaka neotenično poreklo. Horadati koji nisu
kičmenjaci u larvenom stupnju imaju notohordu, a u adultnom se gubi notohorda
potpuno ili delimično. Kičmenjaci zadržavaju notohordu tokom čitavog života, ona se
smenjuje kičmenicom. Otud hipoteza o neotinom poreklu kičmenjaka - vode poreklo
od predaka koji su samo u larvenom stupnju imali notohordu, kičmenjaci su kao adulti
zadržali larvene karakteristike.
Evolucija ljudskog mozga je Neotenična.
Izgled lobanje: bebe i adulta šimpanze / bebe i odraslog čoveka.

Kod šimpanze adult i njegova lobanja izgledaju bitno drugačije od bebe, a kod
ljudi lobanja i bebe i adulta liči na lobanju bebe šimpanze.
Usporeno ili produženo razviće (Neotenija ili Postpomeranje), diskutabilno je šta
je tu, ali različita dinamika razvića mozga kod ljudi u odnosu na šimpanzu je dovela do
toga da naš mozak izgleda ovako kako izgleda.
Beba šimpanze se rađa sa 40% adultne mase mozga. Beba čoveka se rađa sa
25% mase adultnog mozga. U narednih godinu dana dinamika razvića mozga kod
čoveka se ne usoporava u odnosu na prvih 9 meseci intrauterinog razvića, kod
šimpanze beba nakon jedne godine dostiže 70% mozga. Kod ljudi beba sa 3 godine
dostiže 70%. Čovek sa 7 do 10 godina postiže 100% mozga, a šimpanza sa 5 godina.
Vidimo razliku u vremenskoj dinamici razvića.
Analiza aktivnih gena u prefrontalnom korteksu pokazala je da 38% gena kod

ljudi koji su aktivni u prefrontalnom korteksu se eksprimira kasnije u odnosu na
šimpanze - transkripciona neotenija.
Procesi u razviću su važni za evoluciju vrlo bitnih telesnih sklopova, bitni su za

modeliranje čitavih tela.
U genetičkom smislu (Genetičke promene u heterohroniji):
Direktni uticaji: Geni uključeni u regulaciju ćelijskih ciklusa, deobe ćelija, migracije, ukoliko
se promene oni ili njihovi CIS regulatori (ako se aktiviraju ranije ili kasnije) to može dovesti do
heterohronije.
y mogu se pomerati ekspresije različitih gena uključenih u regulaciju ćelijskog

ciklusa, deobe ćelija
y duplirani geni se mogu kasnije eksprimirati, a da se roditeljski geni koji su se

eksprimirali ranije ugase, deletiraju i postaju pseudogeni, tako da su aktivni oni
koji se kasnije pale,
11

y promene njihovih cis regulatora mogu da utiču na to da li će kasnije ili ranije
bit aktivirani određeni geni.
Indirektni uticaj:
- Promene u receptorima koji reaguju na određene hormone (njihov afinitet prema odeđenom
hormonu), mogu pomeriti vreme kad neka ćelija treba da se diferencira na pre ili kasnije.
miRNK su važne za vremensko regulisanje ekspresije gena.

Grupa miRNK tzv. male temporalne ili stRNK su važne za regulaciju ekspresije nekih gena
tokom procesa razvića. Tokom razvića se sekvencionalno pale (smenjuju se vremen njihove ekspresije)
i tada utiču na gene koji su tada aktivni smanjujući im nivo translacije.
Heterotopija
Heterotopija je promena mesta određenog modula kod potomačkog taksona u odnosu na

predački takson. To ne mora biti promena mesta čitavog modula, već može biti rearanžman unutar
modula. Posledica je toga što se promenilo mesto aktivnosti određenih gena tokom razvića, promeni se
neka informacija važna za pokretanje diferencijacije ćelija - promeniće se mesto gde će se u telu
inicirati diferencijacija određenog tipa ćelija i početi razviće određenog modula.
Primer: promena strukture udova kičmenjaka

Kod kičmenjaka prednji udovi su različiti po dužini određenih kostiju (slika: čovek, konj, mačka,
slepi miš, ptice, kit). Neke kosti su kod nekih kičmenjaka duge, kod drugih kratke.
To se postiže tako što se pomeraju polja rasta: jedna kost ima intenzivno polje rasta u jednom
delu (zbog čega se izdužuje), a to polje rasta je ugašeno kod drugih taksona. Tako da neki taksoni imaju
jako dugačke kosti (ptica), a kod drugih se manje izdužuju (kit koji ima jako male sve kosti prednjih
ekstremiteta).
Na taj način se modeliraju prednji ekstremiteti: svi elementi su tu, samo su različite dužine.
Primer: prisustvo i odsustvo plovnih kožica kod kičmenjaka.
12

Tokom razvića svih kičmenjaka između prstiju nastaje mreža vezivnog tkiva i kože. Svi
kičmenjaci u nekom trenutku razvića imaju plovne kožice, ali aktivira se parakrini faktor Bmp4 koji
aktivira apoptozu ovih ćelija kasnije u razviću svih kičmenjaka osim kod vodenih prica (patke, guske).
Kod vodenih ptica se takođe eksprimira Bmp4 gen tokom razvića prstiju, ali akitivira se
Gremlin gen koji stvara Gremlin protein koji inhibira Bmp4 gen i Bmp4 ne može da aktivira
apoptozu i zato im ostaju plovne kožice.
To je Heterotopija jer je Gremiln gen promenio mesto svog delovanja. Gremlin je aktivan i
kod drugih kičmenjaka, ali ima drugom mestu - oko hrskavice prstiju (ne koža između prstiju).
To je Heterotopija jer je Gremlin gen promenio svoje mesto aktivnosti. Hetrotopija formira
različite oblike organa.
Primer: Heterotopija kod ljiljka: interakcija Bmp4 i Gremlina, ali se tu uključuje i fibroblasni faktor
rasta koji daje mitotički signal na kostima prstiju koji se tako dodatno izdužuju. Krila ljiljaka su
razapete plovne kožice između prstiju.
Primer:Heterotopija kod biljaka je transformacija cvetova u lisne elemente.
Molekulski mehanizam nastanka ovih modula je dobro ispitan.

Heterometrija
Heterometrija je promena količine proizvoda gena koji učestvuju u procesima razvića, koja
dovodi do promene oblika organa.
Primer: Darvinove zebe (Galapagoska ostrva). Različite vrste zeba imaju različite veličine
oblike kljunova.
Adaptacija na ishranu krupnim semenkama je masivan kljun sa velikom širinom i visinom, na
ishranu sitnijim semenkama je malo manji kljun, na ishranu polenom i nektarom kaktusnog cveća je
najduži kljun.
Dva gena regulišu oblik kljuna (širinu, visinu, dužinu):
13

-Bmp4 kontroliše deobu ćelija u kljunu.
Veća i Ranija (heterohronija) ekpresija daje snažan, širok i visok kljun.
-Kalmodulinski gen (CaM) reguliše izduživanje kljuna,
Veća ekpresija ovog gena dovodi do izduživanja kljuna.
Na molekularnom nivou jasno je uočeno na koji način dolazi do evolucije različitih kljunova, koja
predstavlja adaptaciju na određene životne sredine, a posledica su ranih faza razvića tj. gena koji su uključeni u
modeliranje određenog modula vrlo rano u procesu razvića, pre nego što adult počne da se hrani.
Ovo su promene u cis regulatorima koji pokazuju veći afinitet za određene TF-e, dovode do značajnih
promena koje se fiksiraju u razviću određene evolucione linije.
Sve promene do sada su cis regulatorne promene.
Heterotipija
Heterotipija su promene razvića uzrokovane mutacijama u kodirajućim delovima gena i to u

trans-regulatorima (mutacija u kodirajućem nizu trans-regulatornog gena).
Primer:
⌦ Insekti imaju 6 nogu (3 para samo na toraksu - zovu se hexapode), a ostale artropode imaju
noge i na abdomenu. Današnji insekti potiču od predaka koji su imali noge na abdomenu.
Tu je mala promena uzrokavala promenu strukture čitavog tela.

- Distal-less gen kod ostalih artropoda indukuje razviće modula abdominalne noge
(znači funkcioniše u abdomenu).
- Njega kontroliše Ubx gen (jedan od Hox gena).
Kod predaka insekata Ubx gen (koji pripada Hox genima) je mutirao. Ta mutacija je
uzrokovala da taj Ubx protein ima niz od 10ak Alanina više nego predački i to mu je promenilo
14

funkciju, tj. tako mutiran deluje kao inhibitor Distal-less gena u abdomenu i on više ne može da
aktivira svoju mrežu gena da bi napravio noge na abdomenu.
Mala promena u genu, uzrokavala je veliku promenu u telu, koja određuje veliku grupu
organizama - artropoda.
⌦ Selekcionisani Kukuruz, potiče od divlje biljke predaka Teozinte.

Ovde su selekcionisani trans-mutanti da bi se dobio selekcionisani kukuruz. Trans-regularni
mutant je bio materijal za selekciju današnjeg kukuruza.
Tri gena koji kodiraju za TF (Tp1,Tp2 i Tp3) su mutirali koji su pomerali faze i intenzitet
vegetativnog i reproduktivnog razvića.
Teozinta u odnosu na Kukuruz ima produženo vegetativno razviće i tokom reproduktivnog

perioda, što je jako važno jer nas kod kukuruza zanima klip (koji nastaje od cvasti) i seme. Ne zanima
nas lišće. Ove promene su bile veštački selekcionisane.
PITANJE 58. Ontogenetska ograničenja
Da li program razvića telesnog sklopa nameće ograničenja samom procesu evolucije?

Na koji način već ustaljeni program razvića određuje dinamiku, pravce, mogućnosti evolucionih
promena? To je pravac Devo-Evo ili razvojna evolucija.
Telesni sklop (ili "plan gradnje") je ograničen filetičkim nasleđem, obrazcima razvića i opštom
arhitekturom. Teško je zamisliti da se kompleksan telesni sklop, usklađen, osim nekih nadovezivanja i
malih modifikacija potpuno promeni.
To znači da je teško da se jedan evoliran i usaglašen proces razvića -

kompleksni proces, promeni na bilo koji način. Postojanje tog usaglašenog
procesa razvića ograničava broj mogućih evolucionih promena i to se zove -
ontogenetsko ograničenje.
Da u evoluciji ne postoji nikakvo ograničenje onda bi mogao nastati bilo kakav oblik u bilo
kom trenutku. Taj novi sklop koji bi nastao de novo bi mogao da ima npr. problem sa reprodukcijom.
Evolucije ne bi bilo da ne postoje neka ograničenja. Ako se stalno indukuje nova varijabilnost,
15

selekcija je potpuno neefikasan mehanizam jer stu ništa ne može favorizovati, jer stalno nastaje novo i
novo.
Nastanak novog telesnog sklopa je vrlo problematičan iz razloga što je on već utemeljen,
organizaovan, regulisan na mnogo nivoa i načina.
Wallas je bio Panselekcionista:

- Ne postoji nikakvo ograničenje, u evoluciji može sve nastati, bilo kakav oblik i jedino što
ograničava i elimiše neke oblike je prirodna selekcija. Životna sredina je ta koja dovodi do toga da
nešto može, a nešto ne može da opstane. Neki oblici su dobri u određenoj životnoj sredini, a drugi nisu.
To bi bili samo spoljašnji ograničavajući faktori. Ali danas znamo da u procesu razvića
postoje unutrašnja (inherentna) ograničenja koje onemogućavaju da se dobije svakakve promene.
Podela ontogenetskih ograničanja evolucije
y Fizička ograničenja - mehanički i hidraulički odnosi između delova tela, određeni delovi tela
moraju imati fizičku potporu drugih delova tela itd. Sve je ograničeno fizičkim parametrima.
Komarac veličine aviona - fizičko ograničanje to ne dozvoljava, on nema elemnte fizičke potpore koje bi mu
dozvolile te velike dimezije. To onemogućavaju fizički procesi, odnosi između različitih delova tela.
y Morfogenetska ograničanja - odnose se na proces morfogeneze tj. organogeneze.
Odnosi se na mehanizme molekularne biologije razvića - na koji način geni, ćelije, parakrini
faktori, endokrini faktori usmeravaju procese razvića i diferencijacije pojednih ćelija.
Kad totipotentna ćelija počne proces diferencijacije dobijaju se ćelije koje su sve više
diferencirane i njima se ogranićava ontogenetski put, sužavaju se mogućnosti da ona postane neka
druga ćelija.
Ova morfogenetska pravila ograničavaju pravce evolucionih promena.
Neki putevi modfikacije su verovatniji od drugih puteva.
Prednji ekstremiteti kičmenjaka mogu da se modifikuju na različite načine: kopitari, ljiljci, šaka
čoveka, mnogo tipova prednjih ekstremiteta. Ali nikada se nije desilo da je srednji prst kraći od drugih
prstiju - to je morfogenetsko ograničenje.
Prsti se diferneciraju tako što iz Hedžhog familije parakrinih faktora,
Sonic Hedžhog protein počinje da se sinteiše u zamecima prstiju gde će biti
palac, onda difunduje kroz tkiva, praveći gradijent koncentracije i on je uvek
takav da je srednji prst duži od svih ostalih prstiju.
16

Morfogenetska ograničanja se zasnivaju na načinima na koje se reguliše diferencijacija ćelija

i tkiva, odnosno razviće pojednih delova tela. Usaglašene interakcije između ćelija, tkiva tokom
morfogeneze ne dozvoljavaju svaki mogući način promene. Neki putevi mogu da se menjaju, neki su
konzervisani.
Ova morfogenetska pravila ograničavaju pravce evolucionih promena. yyy
Filogenetska ograničenja su posledica genetičke evolucije programa razvića, tj. posledica

delovanja selektorskih gena Hox gena (ključnih za razviće). Oni ograničavaju da telesni sklop izgleda
drugačije.
Filogenetska ograničenja se odnose na gene ključne za procese razvića selektorski gene - Hox gene
koji određuju telesni sklop (na anteriorno posteriornoj osi određuju različite delove tela).
Nasleđeni Hox geni ograničavaju proces evolucije (i oni sami su evoluciono opterećeni jer su
plejotropni).
PITANJE 59. Morfogenetska ograničenja
Ontogeneza počinje od oplođene jajne ćelije. Od jedne ćelije dobije se

višećelijski organizam koji ima diferencirane ćelije.
Kod različitih organizama postoje različiti načini na koje se od oplođene jajne
ćelije počinje diferencijacija ćelija i celog tela.
Poenta morfogeneze je da se prilikom deoba ćelija dobiju diferencirane ćelije koje će biti deo
tkiva, deo nekog organa, deo nekog dela tela.
17

Kako dolazi do prve inicijalne diferencijacije između ćelija, ako imamo jednu jajnu ćeliju koja
nakon oplođenja počinje da se deli. Zašto bi te prve ćelije koje su nastale nakon deobe krenule
različitim putevima kad sve potiču od jedne iste jajne ćelije?
U jajnoj ćeliji postoje razlike u citoplazmi, mama je svašta deponovala u citoplazmu: proteina,
iRNK koje će se aktivirati poliadenilacijom u oplođenoj jajonoj ćeliji. Na samom početku,
delovioplođene jajne ćelije su prilično različiti.
Drozofila
Drozofila ima veliko jaje. Kada, nakon oplođenja, počne da se deli to jaje (deli se nukleus),
ćelije se ne zatvaraju u posebne membrane. Dobije se sincicijum koji ima do 5000 jedara i zajedničku
ooplazmu.(jedra koja se nalaze na okviru, periferiji).
Mama je deponovala razne iRNK u jajnu ćeliju, te iRNK su rasporđene na različite načine.
iRNK za Bicioid TF (inicajlni faktor) koji treba da pokrene diferencijaciju, je grupisana na
anteriornom polu - daće anteriorni deo tela.
Citoplazmatske determinante su različite raspoređene u ćeliji, heterogene su.
Kada počne aktivacija tih iRNK dobiće se različita koncentracija Bicoid faktora u različitim
delovima embriona. Bicoid je TF i ima f-ju da aktivira različite gene (u jedrima) zavisno od svoje
koncentracije. I tako već na početku nastaje anteriorno posteriorna osa.
Bicoid TF je važan za početak segmentacije tela.
Drozofila
Kada se jajna ćelija oplodi počinje da se deli nukleus i dobija se do 5000
nukleusa bez podele citoplazme (citoplazma i nukleusi po periferiji).
Majka je u jaje akumulirala informacione RNK za različite TF-e.
iRNK na osnovu koje će se sintetisati TF Bicoid je važan za početak

diferencijacije; ona je akumulirana u jednom delu jajeta i to je budući anteriorni pol.
Sintetisani Bicoid TF putem mikrotubula citoskeleta difunduje ka drugom kraju
tela praveći gradijent koncentracije.
Bicoid (pošto je TF) je prvi (inicijalni) mehanizam koji utiče na ekpresiju gena
u jedrima, zavisno od toga koja je njegova koncentracija različiti geni će biti upaljeni u
različitim jedrima. To je početak diferencijacije. yyy
Ascidia, sisari, bodljokožci
Fizički faktori dovode do heterogenosti oplođene jajne ćelije. Kada uđe spermatozoid on
pokreće oslobađanje intracelularnih zaliha Kalcijuma. Prvi zadatak oslobađanja kalcijuma je da se
spreči uletanje drugog spermatozoida i da dođe do duplog oplođenja što ne bi moglo da opstane.
Mikrofilamenti pokreću kalcijumske talase kroz ćeliju, od mesta ulaska spermatozoida pa kroz
ćeliju. Ti talasi pokreću sve proteine, mitohondrije, iRNK koje su tu bile, raspoređuju ih praveći
gradijent njihove koncentracije.
Fizički proces koji podrazumeva talase kalcijuma pravi reorganizaciju citoplazme - pravi
citoplazmu heterogenom. I kada se ta jajna ćelija podeli, već u starti nastaju dve ćelije sa različitim
citoplazmataskim determinantama. Onu su već nakon prve deoba različite i to je početak
diferencijacihe ćelija - već nakon prve deoba u izvesnoj meri.
18

SKRIPTA, Pri
ović 2015
Asccidije, sisarii, bodljokošcci imaju jajaa, kod kojih nakon

n ulaskaa spermatozooida
počinje daa se pravi taalas kalcijum mskih jona. Talas kalcijuuma kreće od o mesta ulaaska
spermatozzida i ide duž d jajeta. Taj
T kalcijum m oslobađa iz intraćelijskih rezervo oara
kalcijum, i njihova prvva uloga je da naprave omot o jajeta i tako sprečee ulazak druugog
spermatozzoida.
Tallas kalcijum ma izaziva kontrakciju čitave ćeliije, što uzrrokuje razliičito
raspoređivvanje iRNK koje
k je majkaa predala toj ćeliji.
Ti talasi izazivvaju različitoo raspoređivvanje iRNK od majke, mitohondrijaa i
citoplazmaa postaje heterogena.
Nakkon deobe jaajne ćelije naastaju ćerke ćelije koje iimaju različiit citoplazmaatski
sadržaj. Too ih u startu determiniše
d kkao buduće različito
r difeerencirane ćeelije. yyyy
Kood nematod da nakon opplođenja i membrana

m i citoplazmaa se kontrahhuju i prave se talasi koji
k
asimetrično
o raspoređuuju citoplazm
matkse deteerminante tj. iRNK.
Kood nekih vvodozemacaa (xinopuss - žaba) gravitacija određuje raspored citoplazmats c skih
determinannti (tj. polarrnost jajeta i vuče žummance na doole). Inicijaalnu heteroggenost izaziiva gravitaccija.
U eksperimenntima kadaa se obrnee embrion na drugu stranu porremeti se razviće, zbbog
poremećenne gravitacijje.
Ovo su sve reggulacije teleesnih osa.
Poeenta je da sse od jedne jajne ćelijee, u startu nnakon prve deobe, dobbiju ćelije koje
k su doneekle
različte. I to
t određuje dalje sudbinne tih ćelijee.
Moorfognetskaa ograniččenja posttepeno ćellijama ogrraničavaju broj ogućih

mo putteva
diferencijaacije (broj njjihovih ćelijjskih fenotiipova). Razlličitim proccesima:
Inerakcijee susednih ćelija

ć
- reegionalna determinac
d cija podrazuumava različčit pozicion
ni efekat odd početka. Pozicioni
P efeekat
u embrion
nu odeređuje rasporedd i količinu u molekulaa u ćerkam ma ćelijamaa. Taj raspoored i količčina
molekula već
v u određeenoj meri determiniše buduće
b ćelij
ije nakon deeobe.
19

Na samom početku razvića (pre determinacije), prva informacija dolazi od
organizacije određenih iRNK i drugih elemenata ćelije raspoređenih u različite
polove ćelije (tj. embriona).
To će odrediti dalje ponašanje ćelija (aktivacija pojedinih gena), stvaranje
ćelijskih linija.
Nastanak višećelijskih organizama: ćelije višećelijskih organizama kao i njihovi preci morali su
imati različite adhezivne molekule, kadherine, CAMove koji učestvuju u signalizaciji između ćelija, što
je važno za procese morfogeneze i spada u fenomen koji zovemo sekvencijalna indukcija:
Kada se ćelije podele u oplođenoj jajnoj ćelijii i nastane "pul" ćelija, međusobno su u
komunikaciji. Ćelija koja je malo drugačija od svoje susedne ćelije (usle diferencijacije, različiti geni
su joj aktivni) sintetisaće neki signal koji će stići do susedne ćelije, koja će odreagovati na taj signal
tako što će se promeniti aktivacija nekih gena u njoj (to je signal da se neki geni u susednoj ćeliji
aktiviraju, a neki ugase).
Diferencijacija uzrokovana time što je jedna ćelija drugoj ćeliji poslala signal.
Susedna ćelija će (jer se u njoj aktiviraju različiti geni) sintetisati neki drugi signal koji će
uticati i na predhodnu i na sledeću ćeliju i uticaće na drugačiju aktivaciju gena u njima (tj. sintezu
nekih drugih proteina).
Tako se dobijaju podtipovi ćelija (povećava se broj tipova ćelija)- to je sekvencijalna
indukcija.
Ćelije utiču na puteve diferencijacije susdenih ćelija.
Nakon početne specifikacije, ćelije se dele i embrion raste. Povećava se broj ćelija i one su u
međusobnim kontaktima.
Kada se u startu obrazuju 2 različita tipa ćelija, te ćelije se razlikuju (različiti geni su im aktivni) i
produkovaće različite signale. Jedna ćelija može proizvesti signal koji će kod drugoe ćelije sa kojom je u
kontaktu indukovati promene u aktivaciji gena - to je sekvencijalna indukcija.
Ćelija prima signal od susedne i počinje da eksprimira druge gene (razvija novu karakteristiku).
Ona će dalje sintetisati neke nove signale koji će da izazovu pojavu novih signala u susednim ćelijama.
Početno od jednog tipa ćelija dobijena su dva tipa, i tako se dalje povećava broj tipova ćelija.
Receptori (adhezioni molekuli) imaju tri domena: ekstraćelijski, transmembranski i intraćelijski. Kad
receptor primi signal, dolazi do promena unutarćelijskog domena koji onda dovodi do promena u ćeliji: utiče na
hemijske modifikacije proteina prisutnih u citoplazmi, ti proteini mogu da se vezuju za neke receptore u jedru i
tako može da se menja ekspresija na različitim nivoima. Ta informacija može da oblikuje ekspresiju same ćelije i
da utiče na ćelijski fenotip. yyy
Sistemi signalne transdukcije
Ekstraćelijski signalni molekuli - parakrini faktori, endokrini faktori.

Ćelija sintetiše neki molekul koji difunduje kroz tkivo, pravi gradijent koncentracije, to je signal
koji će da se kači na receptore drugi ćelija. Kada se zakači za receptor, on promeni konformaciju i utiče
na druge proteine u citoplazmi koji će da aktiviraju različite gene u toj ćeliji. To mogu biti receptori na
površini ćelije, u citoplazmi, u jedru.
Svi ekstraćelijski signalni molekuli se zovu Morfogeni.
20

Alen Tjuring (rešio enigmu) je napravio reakciono-difuzioni model koji se bavi
dufundovanjem morfogena i reakcijama ćelija na morfogene.
Postoji:
- morfogen aktivator koji se u određenoj koncentraciji sintetiše u jednom delu embriona i difunduje.
- morfogen inhibitor tog morfogena, koji difunduje na svoj način.
U različitim delovima ebriona oni se nalaze u različitim koncentracijama (koje pravi jedan i
drugi morfogen) i dobija se različit hemijski sastav signala za različite ćelije.
On je objasnio boje krzna zebre difuzijom morfogena koji stimulišu sintezu melanina i
inhibitora sinteze melanina. Kao i krila leptira. To važi i za mnoge druge slučajeve u razviću, a ne smo
za boje.
Postoje bar dva morfogena - jedan aktivator, a drugi je inhibitor (supresor). U različitim
delovima embriona postoji aktivator ili inhibitor, oni difunduju svako na svoj način.
- Aktivator aktivira neku svoju transkripciju i transkripciju inhibitora.
- Inhibitor inaktivira aktivatora.
Izgled šara ne zavisi od genetike, već su u pitanju polja morfogena koja difunduju kroz dermis,
aktivirajući ili inaktivirajući melanocite u produkciji melanina.
⌦Morfogeni se sintetišu na određenom mestu u embrionu. Na mestu gde su nastali imaju

najveću koncentraciju (ćelije najbliže mestu nastanka morfogena su izložene najvećoj koncentraciji).
Difunduju kroz tkivo praveći gradijent koncentracije. To su signali.
⌦Meta morfogena su TF-i.

Zavisno od koncentracije oni pale različite TF-e. Neki TF-i nemaju veliki afinitet prema
morfogenu (signalu), ali kada je taj signal u velikoj koncentraciji, taj TF će da se upaliti. Ali dalje, u
ćelijama gde je koncentracija morfogena opala taj gen (gen za taj TF) se neće upaliti.
TF kada se aktivira pokreće svoju mrežu gena. Morfogeni kontrolišu TF-e koji kontrolišu svoje
gene.
⌦Na kraju geni realizatori imaju različit afinitet prema TF-u.
Tako se fino reguliše ekspresija gena i samim tim diferencijacija ćelija u različitim delovima
embriona. Morfogen može da ima inhibitorni uticaj na ekspresiju.
Morfogeni interaguju sa receptorima na membranama ćelijma, preko kojih se informacija prenosi u

unutrašnjost ćelije i pokreće se ćelijski odgovor. Neki morfogeni ulaze u ćeliju, u citoplazmu ili jedro gde se
vezuju direktno za DNK i tako regulišu ekspresiju određenih gena.
21

PITANJE 60 - Fillogenetskaa ograniččenja i kon
nvergentn
na/paraleelna evolu
ucija
Filoogenetska ograničenja su rezultaat evolucijee gena koji su uključenni u razvićee koji su glaavni
kontrolori razvića (Hoox geni prev
vashodn).
Hox x geni su vrrlo konzerv maju jako veliku regulattornu mrežuu i dubokko
visani jer im o su umrežen ni u
regulatorno
om genomu u i zato se jako
j teško menjaju i tto je značajjno ograničenje za evo
oluciju telessnih
sklopova.
To
o je razlog zašto
z nema Pegaza (4 noge i 2 krila),
k ne poostoje Hox geni koji bi
b to
obezbedili. Neema sisara koji
k ima višše od 7 vratn nih pršljenoova.
Fileetička inforrmacija u ontogeniji

o - ne može daleko
d da see pobegne ood te filetičk
ke informaccije.
Filetička in
nformacija ograničava
o mogućnost nastanka velikih novitteta.
Fileetička inform
macija u onto
ogeniji - prisuustvo sličnihh elemenata rrazvića kod srodnih
s taksoona.
Tu razlikujjemo da tipaa evolucije konvergen

ntnu i parallelnu evoluciju.
22

Kovergentna evolucija: pojava istog izvedenog stanja karakteristike kod filogenetski veoma
udaljenih taksona (slika: takson A i takson D, filogenetski veoma udaljeni, njihov zajednički predak je
daleko).
Konvergentna evolucija je nezavisna pojava neke osobine
slične po strukturi i funkciji u dva filogenetski udaljena taksona (u
dve različite evolucione linije).
Primer: peraja riba i kitova su adaptacija na vodenu sredinu. Ta adaptacija je rezultat

(produkt) delovanja prirodne selekcije za vodenu sredinu (tj. za efikasnije preživljavanje i reprodukciju
u vodenoj sredini).
Ove slične osobine (analogije) nastaju na različitoj ontogenetskoj osnovi (kroz različite programe
razvića). Potpuno su nezavisni načini razvića ove dve analogije.
Na potpuno različitim razvojnim planovima nastaju karakteristike koje su adaptacije za istu

životnu sredinu. Selekcija deluje na različite razvoje progame.
Primer je evolucija peraja kod sisara koji su

sekundarno naselili akvatična staništa (kitovi i delfini).
Paralelna evolucija je nezavisna pojava sličnih osobina (tj. istog izvedenog stanja
karakteristike) u dva filogenetski srodna taksona (tj. potomačka taksona čiji zajednički predak nema tu osobinu).
Iste osobine kod dva srodna taksona su se pojavile na istoj razvojnoj osnovi. Predak nije imao
tu karakteristiku, ali kod dva potomačka taksona ta karakteristika se pojavi.
Te osobine su nastale delovanjem slekcije na iste razvojne programe (u istoj životnoj sredini).
Razlika između konvegentne i paralelne evolucije je u tome da li su slične karakteristike

(analogije) nastale iz istih ili različitih razvojnih programa.
Razlikovanje konverentne i paralelne evolucije nije jednostavno.

- Konvergentnom evolucijom će svako nazvati peraja kita i ribe, ali može se reći da su i jedni i
drugi kičmenjaci i onda u toj dalekoj osnovi postoji neki "impuls" koji dovodi do pojave i jednog i
drugog i onda se može reći da je to parlelna evolucija.
-Mlečika i kaktus - konvergenta evolucija. Ali neko će reći da je to paralelna evolucija, jer
postoji neki zajdenički načini da to stablo postane sukulentno (što je adaptacija na životnu sredinu).
Ako krenemo od Darvinovog koncepta zajedničkog porekla čitavog života, ova podela je teška,
ali ona se može prevazići ako se gleda samo (jedino) razviće - da li su isti elementi u nastanku odeđene
adaptacije isti kod dva taksona ili su potpuno različiti elementi u pitanju. Ako su različiti onda je to
konvergentna evolucija.
23

Ovo do sad je priča šta bi sve sprečavalo evoluciju različith telesnih sklopova. Ali kako do toga
dolazi?
PITANJE 61 - Biologija razvića i nastanak evolucionih novina
Evoluciona novina
Nije svaka karakteristika koja se pojavi u nekoj evolucionoj liniji evoluciona novina, to je novitet, ali ne novina.
Evoluciona novina je osobina ii sistem osobina koje su veoma krupne i koje na suštinski način
menjaju odnos organizma sa životnom sredinom.
Najbolji primer evolucione novine je endotermija kod sisara i ptica.
Evoluciona novina je krupna promena koja suštinski menja odnos organizma sa životnom sredinom
kao i način funkcionisanja čitavog organizma (mehanizme obavljanja životnih funkcija).
Primeri evolucione novine:

- Sposobnost da organizam može da termoreguliše bitno menja njegov odnos sa životnom
sredinom. Metabolizam endotermnih je suštinski različit od ektotermnih organizama.
- Natanak eukariotske ćelije - ćelija je potpuno drugačija, njeni metavolički (fiziološki) procesi
su bitno drugačiji od prokariotske ćelije.
Evolucione novine podrazumevaju krupne promene. U filogenetskim istraživanjima evolucione

novine nazivamo pojavom novih adaptivnih tipova. Evoluciona novina=adaptivni tip.
To nije specijacija (nastank nove vrste), toj krupna promena, toliko suštinska da ćemo kada
radimo sistematiku (klasifikaciju) organizme koji imaju tu novinu svrstati u određene filume,
podfilume, klase, znači iznad nivoa reda.
Iznad nivoa reda u sistematici govorimo o razlikama u adaptivnim tipovima.
24

Definicije evolucionih novina:
1. Osbine koje na suštinski način menjaju odnos organizama sa životnom sredinom i

mehanizme obavljanja životnih fja.
2. Kvalitativno nove strukture sa diskontinuiranim postankom u razviću: predački takson ih

nema, a kod potomačkog taksona se pojavi neka krupna suštinska promena - diskontinuirano, nastaje
kvalitativno nova struktura i to je skokovitost.
3. Nove osobine su zasnovane na kvalitativno drugačijim razvojnim varijantama (razviće je

bitno promenjeno).
4. Novi konstrukcioni elementi u telesnom sklopu samo se tu pojavio (nema homologa kod
predaka ili drugih organizama)- autapomorfna osobina.
Za filogenetske rekonstrukcije i taksonomiju je najprihvatljivija.

Ovo je definicija autapomorfne osobine – stanje osobine, koje postoji samo kod jednog taksona ili
grupe srodnih taksona, ali ne i kod predačke vrste.
25

PITANJE 61. Biologija razvića i nastanak evolucionih novina
Kako nastaju evolucione novine:
To su suštinkse krupne promene. Većina definija Evolucione novine se odnosi na diskontinuitet

u nastanku (naglo nastajanje).
Dve škole se spore:

- Evolucione novine nastaju Darvinovski postepeno škola filetičkog gradualizma.
- Evolucione novine nastaju naglo - Saltacionisti. Nastanak krupnih promena mora biti nagao.
Mikroevolucija: (klasična evolucije) PS p promena učestalosti alela p nastank dve nove vrste.
Mikroevoluciona promena je do nivoa vrste.
Makroevolucija (sin. transpecijska evolucija) se odnosi na više taksonomske kategorije. Krupne

promene (ili nastanak evolucionih novina) spada u transspecijsku evoluciju, tj. makroevoluciju.
Sa jedne strane postoje ontogenetska ograničenja - nastanak krupnih promena ograničava sama
ontogenija, a opet nastajali su novi telesni sklopovi a to su krupne promene.
Neslaganja da li novine (novi telesni sklopovi) nastaju postepeno ili naglo:

yGradualisti: evolucione novine nastaju postepeno.
ySaltacionisti: Evolucione novine nastaju skokovito u malom broju koraka, krupnim promenama.
-Gradualisti - Evolucione novine nastaju postepenom akumualcijom malih mutacija koje u jednom trenutku
dovode do pojave kvalitativno drugačijeg svojstva sa novom funkcijom (tj. do toga da ih prepozna selekcija).
Mikroevolucija (mikroevolucione promene) se odigrava do nivoa vrsta, i te male promene

uslovljava PS koja deluje na mutacije gena sa malim efektima na fenotip.
-Saltacionisti - evolucione novine nastaju naglo, u malom broju koraka, makromutacijama.
Makroevolucija (sin. transpecijska evolucija) se odnosi na više taksonomske kategorije.

Genetičke promene su velike i nagle i to su makromutacije sa ogromnim efektima na fenotip,
26

Od početka u evolucionoj biologiji postoje sporenja da li je evolucija skokovita ili postepena:
Darvin je imao problema sa insistiranjem na postepenosti.
Pre nastanka moderne sinteze, bili su:

- Mutacionisti (sin. Medelisti) i
- Biometričari koji su bili panselekcionisti tj. nastavljači Darvinove priče)
Mutacionisti su se bavili kvalitativnim osobinama kao i Mendel. Diskontinuirane

osobine.
Biometričari su se bavili kvantitativnim osobinama. Bio je problem razjasniti

kako se ove osobine nasleđuju - rešen je sa aditivnim efektom.
Mutacionisti: ako mutira jedan gen koji direkto određuje sva fenotipska svojstva osobine
pojaviće se nova fenotipska klasa. I to je skokovita promena. Evolucija je skokovita.
Biometričari (Darvinisti): su se bavili malim razlikama između organizama, misle da se
evolucija dešava akumulacijom malih razlika.
⌦ Skokovita evolucija - promene su nagle, evolucione novine nastaju samo naglo. Takve
promene se nazivaju i makromutacije (= makro promene koje se odmah ogledaju u nastanku fenotipski
suštinski različitih promena).
⌦ Filetički gradualizam: promene su postepene, proces divergencije jedne evolucione linije

proizilazi iz akumulacije sitnih promena.
Isprekidana ravnoteža (napravili su je Guld i Elbridž - paleobiolozi). Gledali su geooške

slojeve i zapažali su da u jednom starom geološkom sloju postoji neki fosil, i nalazimo ga
nepromenjenog tokom narednih 10 ili 50 miliona godina, kao da neevoluira, a onda odjednom u malom
broju geoloških slojeva zapazimo proliferaciju - nastanak jako različitih taksona koji potiču od tog
jednog sa kojim se dugo ništa nije dešavalo.
To je isprekidana ravnoteža: dugački periodi staze, i odjednom dinamične brze promene koje su
često praćene adaptivnom radijacijom.
Guld i Elbridž kažu da ne nastaju svi taksoni na ovaj način nakon dužeg perioda mirovanja, već
pola-pola, zbog toga je ravnoteža isprekidana.
27

Saltacionisti: Šindevolf i Goldšmit su najpoznatiji.
yŠindevolf:
I on je zapazio fenomen naglog nastanka kao i Guld i Elbridž.
Novi sistemi adaptacija (= novi telesni sklop) tj. evolucione novine nastaju naglo kao posledica
narušavanja normalnog razvića.
naruši se normalno razviće i
nastaju neki adaptivni tipovi koji su preadaptirani na neke nove uslove ili nove ekološke niše.
(eksaptacije)
Taj novi adaptivni tip još nije savršen, jedva preživi u životnoj sredini (još nije dovoljno
adaptiran, li nekako preživi). On je eksaptiran za inicijalni opstanak u toj novoj životnoj sredini (tj. novoj
ekološkoj niši).
Selekcija će ga dalje usavršavati (usaglašavati taj organizam sa životnom sredinom).
yGoldšmit: (poznat po tezi srećnih čudovišta)
Smatro je da: evolucione novine nastaju skokovito – mutacijama koje drastično transformišu fenotip u
samo jednoj generaciji. Do ovakvih promena dovodile bi tzv. sistemske mutacije, koje bi predstavljale velike
promene genetičkog materijala organizama.
Goldšmit je smatrao da su geni nebitni. Mislio je da sami geni pojedinačno ne mogu ništa da urade.
On je smatrao da su hromozomi jedinice nasleđivanja, a ne geni, (geni se ne nasleđuju
pojedinačno već paketi gena - hromozomi).
Po njemu čitavi hromozomi daju povezane interakcije u razviću. Ključna je ta interakcija
između mreže gena koju je on nazvao hromozom, a ne gen po gen.
Hromozomi su veliki međusobno usaglašeni molekuli, pa njihova promena dovodi do krupne

promene i nastaće nov hemijski sistem koji će drugačije regulisati razviće i nastaje čudovište. Otud
njegova ideja o saltacionizmu.
Novine nastaju naglo kao posledica velikih sistemskih mutacija (makromutacija) koje vidi u
rearanžmanima hromozoma.
Velike sistemske mutacije povlače za sobom krupne promene - reorganizaciju sistema razvića
Nastaje čudovište. Većina njih ne preživljava, jer im je narušen sistem razvića. Čudovište koje uspe da
preživi mora i da se reprodukuje (tj. da bude dodatno srećno) - otud ime "srećno čudovište".
Sledi usavršavanje selekcijom i adaptivna radijacija.
Goldšmit (genetičar) prvi govori o kontrolnim (genima razvića: (To u Modernoj sintezi ne postoji
jer je razviće nebitno):
Ako je razviće utemeljeno na "hromozomima" (mi danas kažemo na čitavoj interakcijskoj mreži), a ne
na pojedinačnim genima, novi sistemi adaptacije mogu nastati isključivo naglo, usled velikih
sistemskih mutacije (Šindelvolf koji nije bio genetičar je to zvao narušavanje modernog razvića).
To bi značilo potpunu reorganizaciju sistema razvića, po njemu, novi adaptivni tipovi nastaju
tako ili nikako.
Posledica velikih sistemskih mutacija je nastanak čudovišta (sa nekim potuno novim telom)
koje ima male šanse da preživi. Ali neka uspeju da prežive, ali ako se reprodukuju (da bi se ta promena
prenele u naredne generacije) to su srećna čudovišta.
Zbog koncepcije sećnog čudovišta i zbog negiranja značaja gena on je u modernoj sintezi bio
potpuno ismejan i skrajnut.
On je predvideo regulatrone Hox gene.
28

Kada se pojavi takav diskontinuitet u razviću, kao što je i goldšmit naglasio, postoji veliki problem da
nešto takvo opstane.
Rupet Ridl - Povezuje saltacioniste i gradualiste - Koncepcija evolutivnih opterećanja
Postoji hijerarhija evolucione opterećenosti različitih osobina ili gena u regulatornoj mreži.
U sistemu razvića postoji hijerarhija karakteristika po stepenu integrisanosti sa drugim kakteristikama.

Geni osobina koje imaju najveći stepen plejotropnog delovanja, duboko umreženi geni, su
najviše opterećeni i imaju najmanju verovatnoću evolucionih promena njihove promene dovele bi
do ozbiljnog narušavanja integrisanosti i funkcionalnosti sistema. Npr. geni koji definišu esencialne
osobine telesnog sklopa, Hox geni.
Osobine koje su manje umrežene mogu se znatno lakše menjati. yyy
Kako nastaje ta hijerarhija? - Princip redosleda (Ridl):
Geni ili osobine ne nastaju odmah kao ključni za razviće / kao esencijalne osobine telesnog
sklopa.
One nastanu, pa se na njih tokom dalje evolucije kače druge osobine, sa njima se umrežavaju
drugi geni tj. dodaju se nove interakcije i to ih gura sve dublje u mrežu interakcija i povećava njihovo
opterećenje.
Dodavanje novih interakcija tokom evolucije gura gene
(osobine) dublje u mrežu integracije i povećava njihovo opterećenje.
Stari geni (osobine) će nužno postati duboko umreženi, jer se na njih vremenom kače novi geni
i nove interakcije. To ih gura duboko u mrežu i tada postaju esencijalni za telesni sklop.
Stari gen koji ima mnogo interakcija, gurnut je dublje u mrežu.
Postoji korelacija između toga koliko je evoluciono opterećena osobina sa njenom

filogenetskom starošću. Najstarije biće najdublje u regulatornoj mreži.
Esencijalne osobine telesnog sklopa jesu filogenetki najstarije osobine, na njih su se nakačile
druge.
29

Postanak notohorde (postanak esencijalne osobine telesnog sklopa kičmenjaka).
Mala promena jednog gena (koji je TF), dovela je do pojave notohrde. To je Brahiuri gen
(koji spada T blok TF-e yyy).
Primarna uloga Brahiuri gena kod svih metazoa od knidaria pa nadalje, je da u blastoporu
blastule izaziva invaginaciju ćelija i formiranje klicinih listoiva.
Brahiuri gen se aktivira u tom regionu i izaziva takve fizičke efekte u prvim fazama
embriogeneze kod svih metazoa od knidaria pa nadalje (samo ne kod sunđerea).
Kod hordata se pojavila sekundarna uloga, desila se heterotopija:
- Brahiuri gen je, pored primarne uloge uloge, počeo da se ispoljava i dorzalno od blastopora.
- tu gde je postao aktivan (tj. u tim novim ćelijama gde je postao aktivan) počeo je da reguliše
(okupirao je) novi set gena i počeo je da reguliše razviće notohorde (tj. utiče na takvu diferencijaciju
ćelija da one postanu ćelije notohorde.
Ta mala promena heterotopija dovela je do nastanka novog morfološkog sistema, koji

vremenom postaje ključna esencijalna karakteristika telesnog sklopa kičmenjaka.
To u startu nije bila krucijalna osobina, već samo novitet koji je opstao, na njega su se onda
kačile brojne druge osobine (bila je sve više umrežena) i postala je esencijalna ključna osobina telesnog
sklopa kičmenjaka.
Kako bi telesni sklop mogao da se menja, jer to što je najdublje, to je i najviše opterećeno?
Ridl: Telesni sklop može a se menja, tako što će se prvo menjati manje opterećene osobine, koje
bi svojom promenom malo olabavile opterećenost unutrašnjih (dublje umreženih) osobina - krucijalnih
osobina telesnog sklopa.
Telesni sklop bi mogao da nastane, ako se krene od filogenetski mlađih (periferija) ka
filogenetski starijim osobinama (dublje umrežene) koje jesu esencijalne za telesni sklop.
Danas ne možemo da zamislimo promenu Brahiuri

gena kod hordata, to je sada krucijalna osobina koja je
kjučna i za faringulu filotipski stupanj.
Veoma konzervisana u srži regulatorne mreže. yyy
Osobine telesnog sklopa će se menjati tako što će se prvo periferno moći menjati osobine, dok se ne
dođe do krucijalnih osobina telesnog sklopla. Tu je veza gradualizam - saltacionizam. yyy
Danas kod savremenih organizama ne možemo da zamilislimo nastanak novog telesnog sklopa.
To je moglo da se desi u Kambrijskoj eksploziji pre 540 miliona godina.
U Kambrijskoj eksploziji (pre oko 540 miliona godina, za destak miliona godina) nastao je ogroman
broj telesnih sklopova (svi telesni sklopovi metazoa i recentnih i izumrlih. Za vrlo kratko vreme - skokovito.
Zašto tada, a ne sada?
Po Ridlu:
Tadašnji organizmi (preci metazoa) su bili jednostavni organizmi, imali su jednostavne genome, slabo
integrisani, sa malo koraka i za kratko vreme moguće je da promene sa periferije utiču na ključne osobine, tj.
jako mali broj koraka je bio potreban da bi se došlo do ključnih osobina. Lako i brzo su nastali novi telesni
sklopovi.
To danas nije tako - razvića savremenih organizama su kompleksna, sa mnogo nivoa hijerarhije.
30

Kambrijskoj eksploziji je prethodila fauna mekog tela (postojali su preci, ali ih ne vidimo jer su imali
meko telo) ediakarska fauna (sesilni organizmi). U Kambrijskoj eksploziji javlja se fauna tvrdog tela i velike
evolucione novine: cefalizacija, varenje u crevima (ekstraćelijsko varenje), mišići, skelet.
To je bilo pod uticajem spoljašnjih faktora: povećana koncentracija O2 se smatra se trigerom, stres.
31

__________________________________________________________________________________________
PITANJE 62. Životna sredina i evolucione novine
Darvin je smatrao da direktni utisaj različitih faktora životne sredine na procese razvića može
biti prvi korak u nastanku evolucionih novina. Ali zbog njegovog nepoznavanja genetike (smatrao da
se nasleđuju stečene osobine) to je odbačeno.
Danas se zna da je sredinska indukcija najznačajniji inicijator evolucionih novina.
Glavna prednost sredinske indukcije u odnosu na mutacione promene je u tome što one mogu
istovremeno uticati na mnoge (ili sve) pripadnike populacije.
Ovakve hipoteze podržava i paleontologija:

y pojava evolucionih novina kod morskih beskičmenjaka tokom poslednjih 250 miliona godina
u pozitivnoj korelaciji je sa velikim promenama u životnim sredinama.
y postanak cveta kod biljaka može se povezati sa velikim promenama u životnoj sredini.
Rane faze u evoluciji višećelijskih životinja se vezuju za Kambrijsku eksploziju (pre 540
miliona god) i velike promene u životnoj sredini (povećanje koncentracije O2). Adaptivna radijacija
metazoa u Kambrijskoj eksploziji se odigravala u dve faze:
- Ediakarska fauna (meki deo) sesilni organizmi, kladogeneza
U Prekambriji (Edajakar, pre 630 do 54o miliona godina) intenzivna kladogeneza

(pojava mnogo grupa Bilateria) nastala je zbog velikih promena u životnoj sredini.
Ediakarska fauna karakteriše se dominacijom životinja sa mekim telom.
- Čvrsti deo (hard part) evolucije u Kambriji.

Sledi Kambrijska eksplozija i dominacija životinja sa skeletom (hard part), pre 520
miliona godina.
Skeletonizacija se vezuje i za velike promene u životnoj sredini i za promenu odnosa

morfoloških struktura (sklopova) tih organizama prema životnoj sredini i način ishrane tih
organizama.
Kod Bilateria se pojavljuje niz evolucionih novina: crevo, nervni i mišićni sistem, a ovi organi
su im omogućili ishranu većim organizmima i vanćelijsko varenje u crevima. A mozak bi koordinisao
aktivnosti životinja.
Po ''teoriji svetlosnog prekidača'' ključnu ulogu u daljoj evoluciji morfoloških struktura

životinja imala je pojava vida. Sposobnost vida, zajedno sa mozgom zaduženim za obradu tih
informacija, pokrenuli su diverzifikaciju telesnih sklopova savremenih životinja.
___________________________________________________________________________________
32

PITANJE 61. nastavak.
Problem između Saltacionista i Gradualista
⌦ Zamerka i Darvinu i drugim gradualistima koji misle da male varijacije dovode do nastanka
krupnih promena i tu Saltacionisti ističu "Paradoks selekcije" - selekcija ne može da deluje na
osobine koje još uvek ne postoje (na male varijacije nečega što još ne postoji). Selekcija ne može da
modelira ono što se još nije pojavilo.
⌦ Odbrana gradualista: Gradualisti kažu da postoje eksaptacije, karakteristike koje nisu

upotrebljene za neku f-ju, ali u nekom drugom kontekstu mogu postati adaptacije za nešto potpuno
drugo.
Rešenje: gradualno (postepeno) mogu da se menjaju neke karakteristike koje u startu nemaju
nikakve veze sa budućim novitetom. One će biti eksaptacije i u nekom trenutku će dobiti novu f-ju.
Latentna homologija je kad kod pretka (koji nema to svojstvo) postoji razvojna osnova za
nastanak te osobine (strukture) u potomačkom taksonu. Kod pretka ne postoji ta osobina, postoji
razvojni poetncijal za tu osobinu.
Primer:
- Agnate nemaju vilicu, ali imaju visceralne lukove u kojima je razvojna osnova (potencijal) za
pojavu vilice (novina).
- Slušne koščice kod sisara koje nemaju gmizavci, ali drugi vilični zglob ima razvojnu osnovu i mala mutacija Hox
genu dovodi do njegove diferencijacije u slušne koščice.
Kod predaka ne postoji ta osobina, ali postoji razvojna osnova (potencijal) da se takarakteristika
pojavi kod potomačkog taksona - To je latentna homologija.
Nagla promena je rezultat "Efekta praga", tj. nastaje akumulacijom malih promena
(Gradualisti).
Nagla promena je često rezultat "efekta praga": nakupi se mnogo promena koje se fenotipski ne
ispoljavaju to su tzv. potenciacione mutacije, i onda se desi još jedna i pređe se prag i to će dovesti do
pojave nove strukture koja do tada nije postojala.
33

PITANJE 63 - Postepeni ili nagli nastanak evolucionih novina
Imamo primera i za brzu i za gradualističku evoluciju i ne možemo da se odlučimo samo za jedno.
Ima mnogo promena koje su sigurno skokoviti događaji:
y Postanak eukariotske ćelije (to je skokovit događaj, nije endosimbiont mogao polako
milionima godina da ulazi u drugu ćeliju, već je to bio skokovit događaj i uzrokovao nastanak novog
adaptivnog tipa.
y Postanak cveta ne može biti postepen. MAX geni sa HD su mutirali i doveli do

transformacije listova u cvetne elemente.
y Položaj skapule kod kornjače (kosti u ramenskom pojasu) kod kornjače je unutar oklopa tj.
rebara, a kod drugih kičmenjaka spolja.
Skapula kod kornjače je u grudnom košu, rerba su napolju.

Bar neka od faza uvlačenja skapule unutar oklopa uključivala je skokovitost (veliku
ontogenetsku promenu), nemoguće da je samo postepeno.
- Kod položaja skapule i formiranja oklopa ključni su geni BMP4 i FGF (fibroblasni faktor rasta).
- Desila se Heterotopija. Tokom razvića dermisa, neki regioni dermisa privlače prekursore ćelija rebara.
(U tim regionima dermisa se sintetiše FGF protein (kodiran genom Fgf) koji privlači prekursore ćelija rebara)
- To dovodi do razvića rebara u dermisu i zadržavanja skapule unutar rebara.
- Sve ovo aktivira BMP4 gen koji učestvuje u osifikaciji (fromiranje kostiju). Prave se rebra u kožnom
tkivu.
- Pošto je BMP4 parakrini faktor, on difunduje kroz tkivo, širi se (ćelije dermisa reaguju na njega) pa
celi dermis počinje da se osifikuje i nastane koštani dermis.
Okolni dermis da postane kost i kornjača dobija oklop.
To nije bio postepen događaj, to je bila heterotopija (promena položaja i mesta aktivacije BMP gena).
Često skokovit postanak evolucionih novina povezujemo sa o delovanjem selekcije, a tu je

važan Drift tj. malu populciju u kojoj može da opstane i mnogo suboptimalnih stvari. U velikoj
populaciji selekcije to eliminiše, a u malim opstaje i može polako da se modifikuje kroz generacije.
34

Ovde je važan drift - Predačke populacije su bile male. U
malim populacijama drift može održati i fiksirati nešto što
subadaptivno za organizam koji nosi tu karakterstiku.
Mnoge promene nastaju gradualno (ekspatacijama, latentnom homologijom, efektom praga)
Tu su bakterije korisne za ekperimente, za krako vreme može da se napravi hiljade generacija.

KOd praćenja evolucije generacije su od ključne.
y Eksperimenti sa E. coli (Lenski) - kolonije gajene preko 30.000 generacija
- Napravljeno je 12 populacija bakterija (kloniranjem jedne ćelije), nakon deoba je napravio 12

populacija.
- Gajene su u medijumu sa malo glukoze, ali koji sadrži citrat.
- Svakih 500 generacija zamrzavan je uzorak bakterija iz svih 12 populacija (fosilni zapis).
Mogli su da odmrznu te uzorke i da vide šta se na njima desilo.
- Posle 30.000 generacija u jednoj populaciji pojavila se mutacija, mutanti su počeli da

metabolišu citrat iz medijuma. E.Coli inače ne može vari citrat (pa je to novina u metabolizmu).
-Analizirani su zamrznuti uzorci populacija, tj. testirali su kada se pojavila ta mutacija koja je
omogućila promenu metabolizma,
- Otkrili su da nije bila samo jedna mutacija:

- Pre oko 20.000 generacija, u populaciji u kojoj se desila promena (koja je definitivno
omogućila korišćenje citrata) pre te su se desile 3 potenciacione mutacije na duga 3 gena
koje nisu imale fenotipski efekat i one su omogućile da kada se pojavi krajnja mutacija
bakterija bude sposobna da vari citrat.
Sposobnost korišćenja citrata nije se pojavila u jednom koraku.

Ovo je primer postpene evolucije (koja je dovela do nečega što bismo mogli nazvati skokom) i
efekta praga. Akumulirale su se mutacije u 3 gena, i bila je potrebna još samo jedna mutacija koja u
potpunosti izmenila metabolički fenotip.
To je ta postepenost i efekat praga.
Ima primera i za i jedno i za drugo. Tako da je ovo sporenje nezavršeno.
35

11.Eco-evo-devo: Fenotipska plastičnost i evolucione posledice
PITANJE 64 - Ekološka evoluciona biologija razvića

Evo-devo podrarzumeva da evolucija modifikuje programe razvića (Evo-devo smer), na koji
nači nastaju potpuno novi telesni sklopovi i problematika.
Devo-evo - ontogenetska ograničenja, zbog postojanja specifičnoh programa ontogeneze
(individualnog razvića) nije moguće bilo kakva promena, u bilo kom smeru, u bilo kom obimu. Uticaj
ontogenije na ograničavanje evolucije.
Da li Ontogenija (i promane Ontogenije) može da usmeri evoluciju?
Devo-evo - ali dve stvari: - i da li samo razviće ograničava evolucije

- i da li samo razviće može da usmeri evoluciju
Ovde moramo da stavimo razviće u kontekst životne sredine u kojoj se razviće odvija. Znamo
da fenotip nije direktan rezultat genotipa.
1

Na putu od Genotipa do Fenotipa postoji "Crna kutija". Crna kutija je program razvića koji se
ostvaruje pod uticajem: različitih uticaja životne sredine, kao i u kontekstu specifičnih kombinacija
gena (epistatičkih interakcija između gena). To nam otkriva molekularna biologija razvića.
Nasuprot Modernoj sintezi gde fenotip direktno određuje fenotip, danas zahvaljujući
molekularnoj biologiji i znanju šta rade geni u organizmu (f-ja gena), a ne samo kako se prenose,
znamo da Crna kutija podrazumeva:
- mnogo gena koji jedan drugog regulišu, na različitim nivoima, zato smo
pominjali nivoe regulacije od transkripcionog do posttranslacionog nivoa gde se
modifikuje sam protein,
- kao i da sredina može da izmeni ovaj proces regulacije.
Pričamo sada o ovome pEco-evo-devo koncepcija
Eco-evo-devo: genotip i fenotip stavljamo u kontekst životne sredine, ekološki kontekst. Ontogenija
(promena ontogenije) može da usmeri evolucije, može da odredi stepen pravac evolucionih promena.
Po Klasičnoj koncpeciji evolucije (Moderna sinteza) razviće ne može da ima nikakav uticaj na
ono što se prenosi u narednu generaciju.
Eco-evo-devo: životna sredina, samim tim što može da utiče na to kakvo će biti razviće može
da usmeri pravac evolucije.
Lamark (i Darvin i Lamark su govorili o nasleđivanju stečenih osobina, ali postoji važna razlika između njih) je
govorio o usmerenim efektima sredine, da je odgovor organizma na promenu sredine adaptivan.
Životna sredina utiče na organizam - to menja potrebe organizma, potrebe organizma menjaju
ponašanje, ponašanje menja upotrebu/neupotrebu organa i tako životne sredina preko
upotrebe/neupotrebe organa usmereno menja pravce evolucije.
Darvin - životna sredine utiče, ali ne usmereno. Životna sredina generiše naslednu varijabilnost
koja nije po defoltu adaptivna, već može biti različita. To se uklopilo sa pričom o mutacijama u
modrenoj sintezi. To je dovelo u problem samog Darvina (problem za koncepciju prirodne selekcije),
jer ako se stalno generiše varijabilnost, selekcije ne može biti efikasna, jer ne može ništa da se
favorizuje ako se stalno menja na vrlo stohastičan način. Iz tog razloga se u kasnijim izdanjima Darvin
malo više približio Lamarku, da bi spasio koncepciju prirodne selekcije.
2

Eco-evo-devo sa idejom da životna sredina može da usmeri pravac evolucije, i to ne kao filter
koji će fenotipovi proći, koji neće, već ima formativnu ulogu u kreiranju fenotipa, a samim tim i
evolucionih promena podseća malo na nasleđivanje stečenih osobina.
To kod Moderne sinteze izaziva veliki otpor, jer su po njima i dalje geni ključni, a ne životna
sredina. Po njima je životna sredina izvor šumova u razviću koji nemaju nikakvog uticaja na sam
proces nasleđivanja.
Govorimo na koji način životna sredina može da indukuje pravce razvića, naravno u okvirma
koji postoje u samom genotipu, na koji način može da usmeri pravce razvića i na koji način to može
da pdredi pravce evplucije.
Životna sredina (predznak eco)
Eco-evo-devo:
- Prihvata da postoji program razvića. Genetika ne može biti zanemarena. Eco-evo-devo ne
umanjuje značaj kombinatorike gena u jednom genotipu.
- Nisu organizmi preformirani u oplođenoj jajnoj ćeliji. Kominacija gena koja se dobije od
mame i od tate neće preformirati potomka, neće ga u potpunosti odrediti do kraja njegovog života.
Iz kvantitativne genetike: kada analiziramo neko fenotipsko svojstvo u populaciji mi uočavamo

fenotipsku varijansu (te osobine populaciji). Komponentne fenotipske varijanse, tj. uzroci te
varijabilnosti koju uočavamo su:
Vf fenotipksa varijansa = Vg genetička varijansa + Ve sredinska varijansa + Vgxe + COV g,e
- Genetičke razlike između jedinki (zato što se jedinke genetički razlikuju imaju različita
fenotipska svojstva)
- Sredinske razlike zato što se jedinke razvijaju u različitim (mikro)uslovima daće različiti
fenotip. Zato što životna sredina kroz crnu kutiju utiče na to kakav će fenotip biti.
- Interakciju između genotipa i sredine - jedan Genotip u jednoj životnoj sredini može da da
jedan Fenotip, a u drugoj životnoj sredini neki drugi Fenotip. Neki drugi genotip na te dve
3

životne sredine možre da reguje potpuno drugačije. Životna sredina može na različite načine da
indukuje odgovor različitih genotipova.
- Kovarijansu izmedu genotipa i sredine - jedan genotip kovarira sa tačno određenom životnom
sedinom. Porodica živi u jednoj sredini, oni su međusobno genetički srodni i dele i zajedničku
životnu sredinu. I zbog toga oni mogu i više da liče nego što bi to genetika determinisala.
Npr. dete je talentovano za matematiku. Da li je ono nasledilo talenat od svojih roditelja
koji su takođe matmatičari ili je životna sredina takva da se stimuliše matematika u toj životnoj
sredini. Fenotip "matematički talenat" ne mora biti zbog gena, već zvog životne sedine.

(kovarijansa pokazuje postojanje specifičnih veza između genotipa i sredinkih uslova)
Vg = aditivna + dominantna + epistatička komponenta
Iz kvantitativne genetike nam je poznato da se totalna (fenotipska) varijansa neke osobine u populaciji može
razložiti na nekoliko komponenti, tj. uzroka varijabilnosti:
- genetičku varijansu (VG, koja se može razložiti na aditivnu, dominansu i epistatičku komponentu),
- sredinsku varijansu (VE, koja ukazuje na efekat sredine na formiranje fenotipa, tj. na plastičnost),
- interakciju između genotipa i sredine (Vgxe, koja ukazuje na varijabilne odgovore genotipova na sredinske
uslove) i
- kovarijansu izmedu genotipa i sredine (CovGE, koja pokazuje postojanje specifičnih asocijacija izmedu
genotipa i sredinskih uslova).
Heritabilnost je odnos genetičke komponente

u odnosu na totalnu fenotipsku varijabilnost, tj.
koji je udeo genetike u totalnoj varijabilnosti koju
zapažamo.
h2= VG / Vp
Heritabilnost u užem smislu je odnos između aditivne genetičke varijanse i totalne fenotipske
varijabilnosti (totalne fenotipske varijanse).
h2= Va / Vp
h2- heritabilnost
Va- aditivna genetička varijansa
Vp- totalna fenotipska varijabilnost (totalna fenotipska varijansa)
Govori nam koliki je udeo genetičke različitosti u totalnoj fenotipskoj različitosti koju
uočavamo. Ova fenotipska varijansa je delom zbog genetičkih razlika, a delom zbog svih drugih koji
ulaze u totalnu fenotipsku varijabilnost.
Jedna populacija naseljava heterogenu sredinu, varijabilnost će biti pod velikim uticajem
životne sredine, a mnogo manje će se odraziti genetičke razlike na fnotipsko svojstvo. U homogenoj
4

životnoj sredini, isti je uticaj životne sredine na sve jedinki, fenotipske razlike između jedinki će se
prevashodno oslanjati na genetičke razlike između jedinki.
(Životnu sredinu ne zanemarujemo, razlike između ljudi nisu samo genetičke, bar 50% različitosti ljudi je
poreklom od različite životne sredine u kojoj svako od nas odresta).
Organizmi nisu preformirani svojim genotipom, oni se nalaze pod uticajem životne sredine u
"crnoj kutiji".
U crnoj kutiji se nalazi:
- unutrašnja sredina (kombinacije gena, alelskih varijanti koje su u međusobnim

interakcijama, epistaze u najširem smislu).
Ne možemo posmatrati gene zasebno tj. gen po gen, već celinu tj.
unutrašnju sredinu jer neki gen i njegova alelska varijanta u jednoj kombinaciji
mogu da budu pozitivni za adaptivnu vrednost, u nekoj drugoj kombinaciji sa
drugim genima može da bude negativan, jedan alel u nekoj kombinaciji može
biti dominantan, u drugom kontekstu genetičkog okruženja može biti recesivan.
- spoljašnja sredina su abiotički i biotički faktori, sve što organizam prima preko svojih
reveptora. Signali iz spoljašnje sredine izazivaju promene u unutar ćelije. Signalna transdukcija menja
koji će se geni upaliti, a koji ugasiti i nastaje drugačiji ćelijski fenotip, a posledično i fenotip čitavog
orfanizma.
5

PITANJE 65. - Fenotipska plastičnost i norma reakcije
Osnovni koncept u Eco-evo-devo je Fenotipska plastičnost. Fenotipska plastičnost govori o
vezi životna sredina-genotip-fenotip.
Fenotipska plastičnost je sposobnost jednog Genotipa da u različitim uslovima životne sedine

napravi različite Fenotipove.
Da smo odrasli u nekoj drugoj zemlji (npr. Nemačka) bili bismo verovatno u
velikoj meri drugačiji nego što samo danas, i po morfologiji, i po psihologiji. Naš
genotip u zavisnosti od uslova životne sredine da bi drugačiji fenotip p Fenotipska
plastičnost.
Jedan genotip nije samo fenotip, već opseg fenotipova koje može dati zavisno od uslova životne
sredine. Svaki geneotip nema samo jedan fenotip, već seriju fenotipova koje može da da zavisno od
toga u kakvoj se životnoj sredini razvija.
Boldvin (1896) je to prvi primetio: za evoluciju nije važno koji se fenotip napravio, već je za
evoluciju važno koliko je ovaj fenotip sposoban da oseti i primi signale iz spoljašnje sredine i
modifikuje svoje razviće spram toga. Koliko je Genotip sposoban da odreaguje na životnu sredinu i da
da najadekvatniji mogući Fenotip u toj životnoj sredini. Boldvin to zove Novi faktor evolucije.
Nije bitno samo fenotipsko svojstvo, bitno je kako je genotip uspeo da u

"crnoj kutiji" primi i obradi signale i da da najbolji mogući fenotip za tu
životnu sredinu.
Selekcionišu se organizmi na osnovu toga kako su uspeli da obrade signale i daju najedkvatniji
(najpodobniji) fenotip za tu životnu sredinu - to je Novi faktor evolucije.
Formalizacija ove priče počinje 1909. 1900. godine Mendel ulazi u evolucionu biologiju.
Volterek (1909) uvodi pojam Norma reakcije, tj. on koristi "fenotipsku krivuju" kao sinonim
za ono što danas zovemo norma reakcije.
6

Norma reakcije je ukupnost fenotipova koje jedan isti genotip može da da u opsegu životnih
sredina u kojima živi (u kojima može da živi i da opstane).
Dijagrami normi reakcija.

Svaka linija je jedan genotip (crni i zeleni genotip).
a) Crni genotip u jednoj životnoj sredini (E1) ima određenu fenotipsku vrednost osobine (npr
visina). Na ordinati je neko "x" osobina koju merimo.
Taj isti genotip u drugoj životnoj sredini (E2) ima drugu vrednost osobine. Taj genotip je
plastičan, preomenio je fenotipsku vresnot osobine.
Mera plastičnosti je "P" - koliko se promenio fenotip između jedne i druge sredine (predstavlja
razliku u vrednostima osobina u ta dva staništa).
Zeleni genotip za tu osobinu nije plastičan, u obe životne sredine ima istu vrednost posmatrane
osobine.
b) Oba genotipa su promenila svoja fenotipska svojstva, promenili su ih na isti način. Bez obzira
što je crni veći od zelenog, isti je pravac i stepen promene ovog fenotipskog svojstva. Ta dva genotipa
su plastična, ali reaguju na potpuno isti način na životnu sredinu.
Kada su genotipovi plastični značajna je komponenta Ve. Sredina značajno deluje na promenu
fenotipskog svojstva genotipa.
d) Dok je u jednoj sredini jedan genotip manji, u drugoj životnoj sredini on se značajno povećava,
za drugi genotip je obrnuto.
Ovi genotipovi su plastični, ali način koji primaju i obrađuju signale iz spoljašnje sredine i
reaguju na te signale je potpuno različit.
Postoji genetička varijabilnost fenotipske plastičnosti. Svi genetički i fiziološki elementi koji
treba da prime i odgovore na signal su različiti, rade različito. Elementi koji leže u osnovi plastičnosti
su različiti i znači postoji genetička varijabilnost same plastičnosti.
Tu je značajna komponentna Vg x e - znači da genotipovi na različite načine reaguju na životnu

sredinu, jedan se poveća, drugi se smanji - ukrštanje normi reakcija.
7

c) I ovde je značajna komponenta Vgxe (=genotip sredina interakcija) sa pretpostavkom da bi se
ove norme reakcije ukrstila kada bismo dodali još neku životnu sredinu. Oni na različit način reaguju
na životnu sredinu.
a) - genotip (norma reakcije data plavom linijom) je plastičan - pokazuje promenu vrednosti odobine u različitim sredinama
- genotip prikazan zelenom linijom nije plastičan (ravna norma reakcije). Genotip u jednoj životnoj sredini ima određenu
masu tela koju zadržava i u drugoj životnoj sredini. Taj genotip nije plastičan, ne reaguje na promenu životne sredine, ima
ravnu normu reakcije.
Velčina plastičnog odgovora (P) između prve i druge životne sredine, predstavlja razliku u vrednostima osobina u
ta dva staništa.
(b) norma reakcije dva genotipa su paralelne (genotipovi pokazuju isti pravac i opseg fenotipske promene)
Oba genotipa mogu da budu osetljiva, čak i ako se njihove fenotipske vrednosti u obe životne sredine razikuju, oni
reaguju na isti način - njihove norme reakcije su paralelne.
(c) Norme reakcije dva genotipa nisu pralelne, fenotipski odgovori genotipova se razlikuju.
Ova dva genotipa reaguju različito na promene životne sredine
(d) norme reakcija dva genotipa se ukrštaju i menjaju relativni rang u različitim staništima.
Ova dva genotipa reaguju totalno različito i njihove norme reakcije se ukrštaju. yyy
Zelena linija je jedan genotip, plava je drugi genotip. E1 i E2 su dve životne sredine.
Posmatramo dva genotipa u dve životne sredine, neku osobinu (npr. masa tela).
x osa - vrednosti koje se razlikuju dve sredine (E1; E2) npr. temperatura.
y osa - fenotipska vrednost analiziranih genotipova (npr. masa tela).
Na dijagramu su pokazana 2 genotipa.
Povlačenjem linija između fenotipskih vrednosti svakog od genotipova u dve

životne sredine dobija se norma reakcije genotipa (plava linija prvi genotip, zelena bleđa linija za drugi
genotip).
Prvi genotip u jednoj životnoj sredini ima jednu masu, a u drugoj ima drugu masu. Taj genotip je
plastičan i odgovara na stimuluse iz spoljašnje sredine, pokazuje promenu vrednosti u različitim sredinama.
P - veličina plastičnog odgovora između prve i druge životne sredine (E1 i E2), predstavlja razliku u
vrednostima osobina u ta dva staništa.
Veličina fenotipske promene neke osobine (u različitim sredinama) predstavlja meru plastičnosti te
osobine. Fenotipska plastičnost nije svojstvo jedinke, već genotipa.
yyy Skripta
8

Volterek (iz ovoga ćemo videti zašto je fenotipska plastičnost dugo bila izbačena iz evolucione priče) je do
koncepta Norma reakcije (tj. fenotipske krive) došao radeći na Dafiniji (račići koji mogu
partenogenetski da se razmnožavaju) pa imamo od jednog račića klonove (genetički identične).
On je napravio klonove (genetički identične potomaka), stavio ih je u različite životne sredine,
sa različitim izvorom plena (Dafinije se hrane svačim, od organskog detritusa što su najsitnije čestice,
do zooplanktona i fitoplanktona koji mogu biti krupniji. Životne sredine su se razlikovale po veličinai
čestica hrane.
Kod genetički identičnih jedinki koje su gajene u različitim sredinama, glava i usni aparat su se
menjali shodno hrani, iako su u pitanju genetički identične jedinke - imao je jedinke sa sitnom glavom i
usnim aparatom koje se hrane organskim detritusom, kao i jedinke sa mnogo većim usnim aparatom i
glavom koje se hrane krupnijim plenom.
Na osnovu ovoga je opisao "fenotipsku krivulju", za mere u svakoj životnoj sredini mogao je da
opiše jednu tačku, spajao je tačke i dobio je fenotipsku krivulju u različitim životnim sredinama.
Njega je zbunila situacija u kojoj se norme reakcije ukrštaju, tj. situacija da različiti genotipovi
mogu da daju identičan fenotip.
- Genotipovi mogu plastično da reaguju, ali kako je moguće da se genetičke razlike
potpuno izgube u nekoj životnoj sredini.
- On počinje da sumnja u koncept genotipa i fenotipa.
- Kako neki "bilo kakav" uticaj životne sredine može da obriše razlike između genotipova.
- On odbacuje ovu priču zbog ovog problema.
- Podatak da jedan genotip može da napravi različite fenotipove u različitoj životnoj sredini, bio mu je
dobra ilustracija razlike između pojmova genotip i fenotip.
- Zbunio ga je podatak da različiti genotipovi (genetički različite jedinke) u istoj životnoj sredini mogu
da naprave isti fenotip. To je poljuljalo njegovu ideju "genotipa" i "fenotipa".
- Očekivao je da svaki genotip ima svoj identitet, da njihovi fenotipovi moraju uvek da se razlikuju i da
sredinski uticaj ne može da naruši identitet genotipa. yyy
Johansen (uveo termine gen, genotip i fenotip) za Voltereka kaže "videh ali ne poverovah" jer nije
razumeo rezultate do kojih je došao.
Nije važno što u nekim životnim sredinama neki genotipovi fenotipski liče. Ne moraju
genotipovi uvek da se razlikuju u svakoj životnoj sredini. Ako se ne gde ne razlikuju to ne znači da
genotip kao entitet ne postoji. Samo njihova fenotipska ekspresija može biti ista bez obzira što su
genotipovi različiti
Pošto jedan genotip može da daje različite fenotipove, onda po fenotipskoj formi neki drugi
genotip može u nekim situacijama da liči na njega. yyy
Norma reakcije je suma svih potencijala jednog genotipa (suma svega što jedan genotip može da
napravi). Ne možemo jedan genotip vezati za jedan fenotip, jedan genotip može dati mnogo različitih
fenotipova.
9

Po Johansenu su genotip i norma reakcije sinonimi.
Nilson-Ele (1914) je uveo termin fenotipska plastičnost.
(skoro nakon ulaska gentike u priču o evoluciji)
Dobžanski - norma reakcije je "mendelovska jedinica nasleđivanja", a ne gen kako je Moderna

sinteza sugreisala. Tako je mislio dok je bio u Rusiji, a kad je otišao na zapad prihvatio je Modernu
sintezu.
Sovjetska škola (20' i 30' godine prošlog veka) najuglednija evoluciono-biološka škola u svetu. Tu su
bili vodeći svetski genetičari.
Šmaljhauzen - nema kompletne evolucione priče bez genetike, ekologije i biologije razvića (anticipira
eco-evo-devo). Fenotipska plastičnost je proučavana, najviše zbog poljoprivrede, jer tu su nepovoljni uslovi za
uzgoj žitarica - klimatski uslovi su takvi da je kratak vegetacijski period i zato su jako mali prinosi. I zato su
genetičari proučavali uticaj životne sredine na žitarice. Npr. izmišljaju vernalizaciju, kad semena žita prolaze
kroz period zamrzavanja i to im bitno menja cvetanje, rast, čitav njihov životni ciklus. Uspeli su da prošire
granice vegetaccijskog perioda, razumevajući da se radi o fenotipskoj plastičnosti.
Dolazak Staljina, Lisenka (koji je bio vodeći agronom tada u Sovjetskom savezu). Lisenko je upropastio
nauku, biologiju, poljoprivredu. Postojao je ideološki raskol između istoka i zapada. Komunističa ideologija
smatra da mi nismo predodređeni genima, već nas društvo oblikuje. Svako od nas može da se nauči da razmišlja
kolektivno (da usvoji kolektivitet), a ne o sebi kao individui. Čovek se može oblikovati prema društvu, genetika
je tu nebitna. Koncept "gen" proglašen bužosakom idealističkom koncepcijom, jer nije realan, već je uticaj
životne sredine u modelovanju i ljudi i žitarica realan. Genetika je zabranjena. Mnogi genetičari završavaju u
gulazima kao izdajnici.
Lisenko, pošto genetika biva odbačena kao ideološki nepodobna, tvrdi da uticajima životne sredine
možemo potpuno izmeniti i unaprediti organizam i čoveka i žitaricu; uništiti konzervativizam nasleđa. On
prihvata nasleđivanje stečenih osobina u najbanalnijem obliku (Lisenkoizam - sve ono što organizam uradi u
kontekstu životne sredine sa drugim organizmom će se naslediti u narednim generacijama, a na koji način nije
važno).
Evoluciona biologija propada, jer Darvinova koncepcija prirodne selekcije podrazumva kompeticiju
između organizama - U besklasnom društvu ne može biti kompeticije, besklasno društvo je kooperativno
društvo. Lisenko je smatrao da će se prinosi od žitarica povećati ukoliko se gusto sade jedinke, jer one neće biti u
kompeticiji, već će se međusobno solidarno pomagati. To je unazadilo poljoprivredu. Dovelo je do gladi.
Evoluciona misao je bila odbačena.
Zapadna evoluciona škola - tu je bio čist genocentrizam - sve je u genima, svi smo predoređeni. To je
odgovaralo kapitalističkoj ideološkoj priči. Siromašni postoje jer su biološki predodređeni da budu takvi, bogati
su takvi jer su biološki superiorni.
Veliki raskol između ove dve škole:

S jedne strane je fenotipska plastičnost dovedena do besmisla, sa druge strane je fnotipska plastičnost
potpuno eliminisana.
U Zapadnoj školi su postojali istraživači (Vodington, Goldšmit) koji su uvažavali uticaj životne sredine.
Ali odbacivala se bilo kakva uloga životne sredine u promana organizma.
U velikoj meri iz ideoloških razloga ovde dve škole se nisu susretale.
Fenotipska platičnost do pre nekih 20ak godina je bila jako malo zastupljena. Sa ulaskom molekularne
biologije razvića u evoluciji stvar se menja, i danas pridajemo veliku važnost fenotipskoj plastičnosti.
10

Primeri fenotipske plastičnosti
I životinje i u fiziološkom i u morfološkom smislu mogu biti značajno pod uticajem životne sredine. Ali
razviće životinja je više usmereno i dirigovano (5. Betovenova simfonija) dok je kod biljaka razviće mnogo
labavije i podseća na džez improvizaciju.
Biljke su sesilni organizmi i plastičnije su u morfološkom i fiziološkom smislu. Različiti faktori životne
sredine utiču na morfologiju i fiziologiju biljaka jer ona ne može da beži sa mesta na kome je.
yHetrofilija najpoznatiji primer fenotipske plastičnosti. Ranunculus (ljutić) ima različite

tipove listova, zavisno da li su iznad ili ispod vode.
Adaptivna plastičnost - listovi u vodi su končasti i tako povećavaju svoju površinu jer
nema opasnosti od gubljenja vode (jer se nalaze u vodi), dok listovi iznad vode imaju
cele liske i manju površinu i manja je opsanost od gubljenja vode kroz stome. yyy
ySindrom izbegavanja senke kod biljaka - biljka i kada je mali klijanac može da oseti
prisustvo susednih jedinki i da modifikuje svoj rast spram toga da li ima susede sa kojima će biti u
kompeticiji. Najodgovorniji za oaj signal su fitohromi koji u zavisnosti od odnosa crvene i
dalekocrvene svetlosti vrše fotokonverziju, a ta fotokonverzija pokreće kaskadu signalne transdukcije
koja dalje menja koji će geni biti aktivni, a koji neće. Kada biljka još kao mala "zna" da će rasti u
prisustvu mnogo kompetitora za svetlost, ona će više da se izdužuje, imaće manje grana ali će biti duža,
da u odnosu na kompetitore njeni listovi budu više izloženi svetlu (da budu na punom spektru
svetlosti).
yPolifenizam - oblik fenotipske plastičnosti gde nema kontinuiranih promena vrednosti neke
osobine, već postoji ili jedno ili drugo fenotipsko stanje.
Polifenizam - važan oblik fenotipske plastičnosti: zavisno od životne sredine genotip
(jednika) može da produkuje ili jedan ili drugi fenotip. Faktor "životna sredina"
opredeljuje razviće na jednu ili drugu stranu, i daje diskontinuirane fenotipove. yyy
Primeri polifenizma:
Skakavci mogu da imaju 2 osnovna oblika:
- migratorni sa krilima (gregarno žive - sele se),
- bez krila (sedentarni život).
Signal za određivanje puteva razvića genotipu je gustina populacije. Kada osete veliku gustinu
(veliku kompeticiju), to je signal da usmere razviće ka gregarnoj formi. (tragaju za novom sredinom i
tako smanjuju kompeticiju)
Punoglavci, kada žive u velikoj i stabilnoj bari, hrane se uglavno biljnom hranom. Kada se bara
isušuje (poveća se gustina) to je triger za mnoge jedinke da preusmere svoje razviće tako da dobiju
velike usne aparate i da počnu da se hrane karnivorno i da jedu i druge punoglavce.
Nemoria arizonaria (leptir koji živi na hrstu): ima 2 forme:
- prolećna forma gusenice se razvija iz jaja koja su prezimila. Signal (niske temeprature,
fotoperiod) indukuje razviće jedinke (gusenice) koja izgleda kao resa hrasta, a tim resama se i hrani.
(kada iz ovih gusenica metamorfozira leptir i položi jaja, nastaju letnje gusenice)
- letnje gusenice će izgledati kao grančice hrasta. (drugačiji hotoperiod i temepratura, drugačija
ishrana su signali koji na različite načine usmeravaju razviće istog genotipa).
11

PITANJE 66 - Da li je fenotipska plastičnost uvek adaptivna
Fenotipska plastičnost može biti:

- Adaptivna
- Neadaptivna (nužna ili neizbežna) fenotipska plastičnost;
Maladaptivna(smanjenje adaptivne vrednosti)
Kada kažemo plastičnost=adaptabilnost očekujemo da je genotip sposoban da uvek adaptivno

odgovori svojim fenotipom (da napravi odgovarajući sklop) koji mu povećava adaptivnu vrednost u
životnoj sredini u kojoj živi.
Međutim, postoje i odgovori koji nisu adaptivni i to su neizbežni (maladaptivni) odgovori. Npr:
- Stavimo biljku u mrak ona će svakako frnotipski da odgovori tako što će biti
etiolirana, sa malp listića, bleda, izdužena.
To je neizbežan odgovor (nije adaptivni).
Njen aktivni odgovor bi bio da poveća koncentraciju hlorofila, i da tako uzme što
više svetlosti, a ukoliko to nije u mogućnosti njen odgovor je fiziološki neizbežan.
- Životinja koja se ne hrani će da smrša i to je njen fiziološki neizbežan odgovor,

to nije adaptivno kod životinja (jer će biti sitnija, sa manje rezervi, i imaće manje
potomaka). To je često maladaptivno (umanjuje adaptivnu vrednost), što manje
jede, manje može da ulaže u reprodukciju, i samim tim pada adaptivna vrednost.
Zašto organizam ne može da odreaguje uvek adaptivno?(zašto ne može uvek da formira adaptivan fenotip)?
- Jedan od razloga je Alokacija resursa.
Svaka jedinka raspolaže određenom količinom resursa koju može da uloži ili u sopstvenu
biomasu ili u reprodukciju. To je fiziološki Trade-off. Jedinka nema dovoljno i za jedno i za drugo.
12

Količina resursa uložena u jednu funkciju umanjuje proporciju koja
može biti alocirana u neku drugu. Ovo uzajamno ograničavanje između
različitih funkcija je fiziološki trade-off .
Šta je adaptivno zavisi od uslova životne sredine:
- Ukoliko jedinka živi u nestabilnim uslovima, r-strategija, tu je adaptivno da se što brže

razvija jedinka, ako se brzo razvija onda je malih dimenzija, i najveću količinu resursa ulaže u što
raniju i što veću reprodukciju. Tako se povećava šansa da će bar neko od potomstva da preživi.
- Ukoliko jedinka živi u konstantnim, stabilnim uslovima, K-strategija, na kapacitetu sredine,

tu je adaptivno ulagati u sebe, da jedinka bude jači i bolji kompetitor, da pravi manje potomaka, ali da
su to krupniji potomci koji će takođe biti dobri kompetitori.
"Terija životnih istorija" se bavi balansom u šta više uložiti, na koji način životni ciklus jedne
vrste i jedne populacije treba da evoluira tako da najbolje odgovara životnoj sredini. Zadatak je da se
ima što više potomstva, ali da se dovoljno dugo živi da bi se uopšte i moglo ostaviti potomstvo, znači
da mora da se balansira između reprodukcije i ulaganja u sebe. Alokacija resursa u resursa u različite f-
je organizma je važna.
Osobina može biti plastična. Organizam može da napravi različitu fenotipsku vrednost neke
osobine u zavisnosti od uslova životne sredine.
Da li sama osobina i njena plastičnost mogu nezavisno da evoluiraju? Da li promena srednje

vrednosti osobine kroz generacije (što je evolucija osobine) može da teče nezavisno od evolucije
plastičnosti te osobine?
Da bi osobina i njena plastičnost mogli da evoluiraju nezavisno, znači da moraju imati

nezavisne i različite genetičke osnove, jer ne može nezavisno da evoluira jedna osobina i njena
plastičnost ukoliko imaju zajedničku (istu) genetičku osnovu.
1. Model stanja karaktera (karakteristike):
I osobina i njena plastičnost imaju istu genetičku osnovu. Isti geni su uključeni u plastične
odogovore i u produkciju same osobine.
Plastičnost je posledica različite ekspresije istih gena u različitim životnim sredinama.
Ne može osobina evoluirati nezavisno od plastičnosti, niti plastičnost nezavisno od osobine.
13

Regulatorni genom je umrežen na različite načine:
- geni koji leže neposredno u osnovi osobine se nalaze na periferiji genoma i to su strukturni geni.
Kada evoluira osobina pod uticajem selekcije to su geni na periferiji, strukturni geni koji
neposreno učestvuju u formiranju osobine.
- da bi se geni koji učestvuju u formiranju osobine upalili ili ugasili, to kontrolišu regulatorni geni
(unutra u mreži).
2. Model Norme Reakcije, danas više prihvaćen.

Po ovom modelu geni u osnovi plastičnosti su geni koji primaju signal (receptori), uključeni u
puteve signalne transdukcije (prenošenja informacije), TF-i itd.
Genetička osnova plastičnosti je "unutra u mreži" ono što reaguje na signale, a ne geni na
periferiji (koji leže neposredno u osnovi same osobine).
Iz tog razloga (pošto imaju različite osnove) osobina i njena plastičnost mogu nezavisno da
evoluiraju.
2. Model Norme Reakcije, danas više prihvaćen.
Genetička osnova osobine i genetička osnova plastičnosti te osobine su različite i zato

plastičnost može nezavisno da evoluira od same osobine.
Genetička osnova plastičnosti su regulatorni geni i geni uključeni u neki put prenošenja
informacije do konačnog formiranja fenotipa.
Mreža regulacije - neki geni su dublje umreženi, neki su na perifereiji.

Geni koji su u osnovi neke fenotipske karakteristike su na periferiji i to su tzv. strukturni geni.
Geni koji primaju signale i modifikuju razviće odeređenog fenotipa su dublje umreženi i to su:
- geni uključeni u primajne i transdukciju signala,
- regulatorni geni koji regulišu paljenje i gašenje gena u određenim uslovima životne sredine yyy

To je potvrđeno brojnim eksperimentima koji nisu za evoluciju osobine:

- eksperiment za evoluciju osobine je lak, npr. veštačka selecija: biramo za roditelje naredne
generacije jedinke koje su najveće i dobija se pomeranje srednje vrednosti osobine na tu stranu kroz
generacije. U tom slučaju selekcionišemo adaptivnu varijansu.
- kod selekcionisanja plastičnosti, gledamo u okviru istog genotipa ili iste familije koja najbolje
reaguje, koja je najosetljivija, koja ima najširu normu reakcije i njih biramo za roditelje naredne
generacije.
Moguće je dobiti u eksperimentalnim uslovima evoluiju fenotipske plastičnosti, povećanu ili
smanjenu fenotipski plastičnost, bez evolucije same osobine.
Evolucija same osobine je brža, nego evolucija same plastičnosti koja obuhvata regulatorni
genom.
yEksperiment Moljac na duvanu:

- vrsta može da napravi zavisno od temperature ili crnu ili zelenu larvu. Na
niskim temperaturama larva je crna, bolje skuplja svetlost i kao ektotermnom
(poikilotermnom) organizmu to mu je adaptivna reakcija. Na visokim
temperaturama je zelen.
- njemu srodna vrsta može da pravi samo zelene, osim što se povremeno
javljaju mutantne crne forme.
14

Eksperiment: Mutantne crne forme su izlagane visokim temperaturama, i na tim visokim T od
istog genotipa su se pojavljivale i crne i zelene forme.
Selekcionisani su:
1) oni genotipovi koji na visokim tempraturama daju zelene forme.
2) i sa druge strane, selekcionisani su oni koji nikada ne daju zelenu formu, ma kolika da je bila
temeperatura.
Tu imamo dva smera evolucije plastičnosti ka redukciji plastičnosti (smanjenoj osetljivosti) i ka

povećanoj osetljivosti.
Posle 13 generacije, bilo je uočljivo: Evolucija velike fenotipske plastičnosti dovela je do toga
da senzitivnost ovih larvi je takva da već na niskim teperaturama daju različite forme.
Primeri govore da je drugi model realnost.
To ne znači da osobina ili plastičnost osobine može da evoluira potpuno nezavisno.

Genotip koliko god da je plastičan neće moći da produkuje adekvatni fenotip, ako strukturni
geni koji su u osnovi te osobine nisu adekvatna kombinacija.
Ili, genotip može da ima adekvatne alelske varijante na strukturnim genima, ali ako nije
sposoban da percipira signal, neće moći da da adekvatan fenotip.
Ne može se reći da su potpuno nezavisne, ali genetičke osnove jesu različite.
15

Značaj plastičnosti za evoluciju
Da li plastičnost može da redukuje ili poveća fenotipsku varijansu osobine?

⌦ Kakva je uloga fenotipske plastičnosti, ako evolucija treba da favorizuje neku vrednost osobine,
a ta osobina je plastična. Npr. hoćemo da selekcionišemo visoke jedinke, ali ta osobina u različitim
uslovima može da se menja.
Pošto životna sredina utiče na fenotipsku varijansu, onda u različitim životnim uslovima
možemo imati različitu efikasnost selekcije. I to iz sledećeg razloga: u situaciji kada životna sredina
uzrokuje da mnogo genotipova daje isti fenotip - onda nema fenotipske varijanse i nema mogućnosti da
selekcija bilo šta odradi jer je fenotip isti.
Ta Konvergencija plastičnosti, gde veći broj genotipova daje isti fenotip, skriva genetičku
varijabilnost. I neće biti efikasne evolucije osobine, jer se ne ispoljava nikakva genetička varijansa.
Plastičnost može redukovati fenotipsku varijansu:

→ usporava evoluciju ukoliko različiti genotipovi imaju sposobnost da formiraju isti fenotip u
određenom staništu (konvergencija plastičnosti)
→ Ne ispoljava se nikakva genetička varijansa, skriva je plastičnost.
⌦ S druge strane, ako fenotipovi na mikrovariranja sredina, daju potpuno različite fenotipove, biće
predimenzionirana fenotipska varijansa od relativno malog broja genotipova. I to je veći potencijal za
evolucionu promenu.
Fenotipska plastičnost može i da uspori i da ubrza evoluciju fenotipske osobine iz razloga što
životna sredina deluje na to koliko se genetičke varijanse uopšte ispoljava u obliku fenotipske
varijanse.
yS druge strane, jedan isti genotip u različitim staništima (uslovima životne sredine) može da
napravi različite fenotipove. Fenotipska varijansa raste.
Fenotipska varijansa zbog plastičnosti može da bude i veća i manja.
Ako postoji puferisanje varijabilnosti kroz konvergenciju plastičnosti, onda u populaciji imamo
čuvanje velikog genetičkog potencijala za evoluciju, znači tu može da se akumulira puno genetičke
varijabilnosti a da se to ne vidi. To je značajno povećanje evolucionog potencijala.
Ako se promeni životna sredina i genotipovi odreaguju plastično, doći će do otkrivanja skrivene
genetičke varijabilnosti.
Fenotipska plastičnost može da sakrije varijabilnost ili da otkrije skrivenu genetičku
varijabilnost.
16

I to je značaj plastičnosti za evoluciju, ona tako može da usmerava tokove evolucije.
Po modernoj sintezi se evolucija dešava tako što populacija, ima neki genofond, genetičku
strukturu, promeni se životna sredina, neki genotipovi će biti uspešniji u novoj životnoj sredini i biće
selekcionisani. Tu genetička promena kasni za sredinskom promenom.
To može da ugrozi opstanak populacije, ako je promena tako velika, potrebno je mnogo
generacija da bi se ta populacija uskladila sa novim sredinskim kontekstom. Time lag između
sredinskih i evolucionih promena je veliki, i može ugroziti opstanak same populacije.
Kad imamo fenotipski plastičnost, imamo genotipove koji mogu da reaguju plastično na
promenu životne sredine. Životna sredina već u prvoj generaciji može da indukuje fenotip koji (ako i
nije najnbolji) može biti dovoljno dobar da obezbedi opstanak populacije. Plastičnost koja je "trenutna"
promena (i u istoj generaciji - promena morfologije, fiziologije ponašanja u skladu sa sredinom), koja nije genetička,
nego je fenotipska promena može da predstavlja most između generacija koji će obezbediti opstanak
opulacije dok se fino ne modeluje i genetička promena.
Ovde fenotipska promena može da prethodi genetičkoj promeni. To je najveći novitet koji
evo-devo koncepcija unosi u proces evolucije.
- Po klasičnoj evolucionoj biologiji mora postojati genetička varijabilnost koja će

biti selekcionisana na različite načine, za time kasni promena fenotipa.
- Ideja fenotipske plastičnosti je drugačija: sredinska indukcija može da dovede

do pojave novog fenotipa, da obezbedi opstanak, a za tim opstankom će
transgeneracijski kaskati genetička promena.
Na osnovu onoga što već postoji u populaciji (i strukturnih i regulatornih gena) napraviće se
fenotip koji najbliži tome da može da opstane u toj populaciji. To nije genetička promena, to je
epigenetička promena i fenotipska promena.
17

Fenotipska plastičnost može biti reverzibilna: uplašimo se pa odreagujemo ponašajno -
pobegnemo od opasnosti. Kada se sunčamo pocrnimo, to je indukcija sinteze melanina, to je
reverzibilna plastičnost jer ćemo nakon toga ponovo da pobelimo.
Ireverzibilna plastičnost podrazumeva da će se putevi razvića jedne oplođene jajne ćelije

(embriona) zavisno od životne sredine usmereiti na različite načine. I to ne može da se vrati unazad.
⌦ Evolucioni značaj plastičnosti 2 Skripta
Dramatično se promene životni uslovi u staništu neke populacije:
yPo klasičnom populaciono-genetičkom modelu ta populacija može da opstane u izmenjenim

uslovima životne sredine samo ako poseduje dovoljnu genetičku varijabilnost (za osobine koje su
važne za peživljavanje) i postoje genotipovi koji mogu da naprave adekvatan fenotip.
Neki genotipovi imaju potencijal da formiraju adekvatan fenotip i opstaju. Oni koji ne mogu,
nestaju iz populacije i menja se genetička struktura populacije tj. učestalost alela.
Pri promeni životne sredine, populacija će da opstane tako što će genotipovi koji imaju dovoljno široku
normu reakcije uspeti da fenotipski odgovore na tu sredinsku promenu.
Populacija će opstati samo ako ima dovoljnu genetičku varijabilnost, odnosno već unapred
pripremljene genotipove za ove okolnosti. Da li je to uvek moguće? Genetička promena uvek kasni za
sredinskom promenom i to može biti problem za opstanak populacije.
yPo koncepciji fenotipske plastičnosti dovoljno je da postoje plastični fenotipovi koji će pod
uticajem životne sredine moći da adekvatno fenotipski odgovore (i u istoj generaciji - promena morfologije
fiziologije ponašanja u skladu sa sredinom), tako premošćujući problem genetičke varijabilnosti i
omogućavajući opstanak populacije.
Što je populacija plastičnija, ima veću verovatnosću da opstaje u izmenjenim uslovima životne sredine.
Fenotipska plastičnost predstavlja most koja omogućava populaciji da opstane u izmenjenim
uslovima bez genetičke promene.Fenotipska plastičnost daje mogućnost da za Fenotipskom promenom
tek sledi genetička promena i da se data populacija i genetički adaptitra na nove uslove.
Fenotipska promena prethodi Genetičkoj promeni.
Fenotipska plastičnot može može biti i reverzibilna (more-sunčanje- potamni se, a nakon toga
se boja kože posle mese dana vrati, ili životinja koja neposredno uoči opasnosti inicajnlni plastični
odgovor ponašanja je da pobegne, ona se neće stalno ponašati tako - to je reverzibilan proces jer će se
vratiti na staro stanje).
18

PITANJE 67 - Razvojna norma reakcije vs. fenotipska stabilnost
Fenotipska plastičnost može biti reverzibilna: uplašimo se pa odreagujemo ponašajno -

pobegnemo od opasnosti. Kada se sunčamo pocrnimo, to je indukcija sinteze melanina, to je
reverzibilna plastičnost jer ćemo nakon toga ponovo da pobelimo.
Ireverzibilna plastičnost podrazumeva da će se putevi razvića jedne oplođene jajne ćelije

(embriona) zavisno od životne sredine usmereiti na različite načine. I to ne može da se vrati unazad. To
je put razvića od oplođene jajne ćelije do adulta, on može bti u različitim mestima modifikovan, ali na
svakom od tih stupnjeva razviće se opredelilo za jedan od putića. To je Razvojna norma reakcije i
ona je ireverzibilna.
Opšte pravilo u razviću organizama: svaki genotip ima više mogućnosti - puteva razvića kojim
će krenuti zavisno od vrste stimulusa.
Razvojna norma reakcije je skup puteva razvića (pravaca ontogeije), koje može proizvesti
jedan genotip kao odgovor na sredinsko variranje. yyy
Razvojna norma rekacije se skup multivarijantnih trajektorija ontogenije koje jedan genotip
može da produkuje.
DNK program razvića je veoma plastičan, i ontogenija predstavlja izbor tih alternativnih puteva
kojih može biti manje ili više. A koji će se put odabrati zavisi od signala iz spoljašnje sredine. To nam
govori o razvojnoj plastičnosti: kojim putem će razviće krenuti (od početnih deoba) zavisi u određenoj
meri od signala iz spoljašnje sredine.
Nije moguće da jedan genotip bude neograničeno plsatičan, da mu jedna osobina odreaguje na
jedan način, druga na drugi, jer:
- nema toliko resursa da može na bilo koji način da odreaguje.
- ukoliko svaka osobina (fiziološka, morfološka...) reaguje kako hoće,
nastaje problem održavanja homeostaze i integriteta jednog organizma.
19

Zato postoji supratan koncept od plastičnosti - Fenotipska stabilnost koja postavlja granice
fenotipskoj varijabilnosti. Postavlja granice mogućnosti variranja osobina u okviru fenotipa, da bi se
održala homeostaza organizma i da on može da opstane.
Postoji homeostaza u fiziološkom smislu i ontogenetsku homeostazu koja podrazumeva
razvojni smisao kombinatorike različitih modula.
PITANJE 68 - Kanalisanje razvića
Tačke na dijagramu su različiti stupnjeve duž ontogenetskog puta (od genotipa do konačnog fenotipa);
Linije su alternativni putevi u svakoj tački razvića (isprekidane linije su neostvarene putanje, pune linije su
ostvarene ontogenije).
(a) Kanalisanje kao rezultat: genotipovi su međusobno različiti (po alternativnim programima razvića i
konačnom fenotipu), ali svaki od njih prati svoj isti put ontogenije u različitim životnim sredinama; sinonim za
homeostazu.
(b) Kanalisanje kao proces: svaki genotip raspolaže repertoarom potencijalnih putanja razvića -
plastičan je. U određenim životnim uslovima, konkretan fenotip (koji se ostvaruje preko konkretnog puta
ontogenije) ima najveću adaptivnu vrednost. Prirodna selekcija deluje na molekularne (genetičke i epigenetičke)
mehanizme koji opredeljuju put razvića u adaptivnom smeru, sužava broj mogućih konačnih fenotipova.
Posebno važan pojam vezan za odnos stabilnosti i plastičnosti je Kanalisanje razvića

(Vodingtonov koncept).
y Ako genotip u procesu razvića može da krene velikim brojem puteva. Kanalisanje je
usmeravanje razvića na određeni put.
20

Kanalisanje razvića podrazumeva razvojne reakcije koje su prilagođene tako da dovode jednog
finalnog rezultata, bez obzira na varijacije u sredini u kojoj se razviće odvija (spoljašnja i unutrašnja
sredina), razviće će se odvijati u relativno ustaljenom pravcu. (Vodington)
To je pokušaj da se razviće odvoji od uticaja sredine.
Što je organizam kompleksniji veća je njegova autonomizacija razvića (Šmaljhauzen). Kod

najsitnijih beskičmenjaka jaja su potpuno nezasštićena, kako raste kompleksnost organizma, tako se ta
jaja stavljaju u ljusku, greju, čuvaju, do sisara kod kojih embrion raste u utrobi majke.
Ta zaštita od uticaja životne sredine tj. autonomizacija sa povećanjem kompleksonsti organizma
postaje sve važnija.
Oblici kanalisanja:
- Kanalisanje razvića kao rezultat nekog procesa, to je isto što i homeostaza.
Jedan genotip u jednoj životnoj sredini daje isti fenotip, potpuno je neosetljiv na životnu sredinu.
Genotip 1 i Genotip 2 i u jednoj i u drugoj životnoj sredini daju isti fenotip (grančice su putevi razvića).
On je vrlo kanalisan, uopšte ne reaguje na varijcije u životnoj sredini.
Imamo dva genotipa u jednoj sredini. Linije predstavljaju putanju razvića. Na različitim stadijumima
razvića svaki genotip može zavisno od životne sredine da skrene u neku drugu putanju. Puna linija je ostvarena
putanja razvića u formiranju fenotipa.
Kanalisanje razvića genotipa 1 i genotipa 2, znači da oni i u drugačijoj sredini formiraju svoj
nepromenjeni fenotip.
Genotip u jednoj sredini kanališe razviće u jednom smeru ka jednom fenotipu. Kada se promeni sredina
kanalisanje podrauzmeva da će taj genotip takođe bez obzira na uslove sredine da formira isti fenotip. yyy
- Kanalisanje kao proces - podrazumeva transgeneracijski postepeno sužavanje norme reakcije, tako
da iz generacije u generaciju postoji sve manji opseg različitih puteva razvića kojim jedan genotip
može da krene.
Slika: ovaj genotip ima mnogo različitih puteva kojim može da krene u prvoj generaciji.
Recimo da životna sredina deluje tako da indukuje pojavu ovog fenotipa (treći). Ta životna sredina
traje dugo na isti način transgeneracijski.
21

Ako taj fenotip koga pravi taj genotip ima najveću adaptivnu vrednost, prirodna selekcija će
kroz generacije sve više da favorizuje upravo takve fiziološke, epigenetičke i razvojne procese koji
vode tom fenotipu. A konačno i genetičke varijante koje utemeljuju takav fenotip.
Kanalisanje je proces gde od široke norme reakcije, transgeneracijski, pod delovanjem

selekcije imamo favorizovanje onih genotipova koji sve više imaju razviće koje ih vodi samo jednom
(ili ograničenom broju) fenotipova - dolazi do sužavanja norme reakcije.
Kanalisanje kao proces podrazumeva selekciju određenih puteva razvića, transgeneracijski.
- Jedan genotip ima više različitih potencijalnih puteva ontogenije (plastičan je).
- Taj genotip u jednoj generaciji ostvari fenotip, koji je adaptivan u tim uslovima sredine.
- Selekcija će favorizovati te genotipove koji imaju taj put razvića. To znači, da će vrememon
selekcija favorizovati one molekularne (genetičke i epigenetičke) elemetne koji opredeljuju put
razvića u adaptivnom smeru.
- Ta kanališuća selekcija će sužavati izbor ontogenija. Kroz generacije od širokog opsega

različitih puteva ontogenije ukoliko postoji jedan put koji vodi adaptivnom odgovoru organizma, taj
put će vremenom biti stabilizovan - kanalisan, a alternatini putevi će biti elimisani.
- Norma reakcije će se sužavati; nema više toliko alternativnih puteva ontogenije, kanališuća
selekcija sužava puteve ontogenije. yyy
Da li kanalisanje i plastičnost imaju različite genetičke osnove? Plastičnost je osetljivost, a

kaalisanje je suprotno od toga.
Plastičnost je makrosredinska osetljivost - receptori primaju signale, transdukcijom se menja

repertoar gena koji su uključeni, a koji nisu. U različitim životnim sredinama nastaju različiti
fenotipovi.
Kanalisanje teži da izoluje razviće od sredinskih uslova. Kanalisanje je mikrosredinska
osetljivost, izolacija od reakcije na životnu sredinu.
Gentičke osnove plastičnosti i kanalisanja su različite.
22

- Svi molekulski elementi koji dovode do toga da genotip različito reaguje, spadaju u
genetičke molekulske element plastičnosti.
- Kanalisanje ima zadatak da se proces razvića što više izoluje od životne sredine.
Genotip bilo da se našao u jednoj, drugoj ili trećoj sredini on uključuje elemente
kanalisanja.
Hsp (hitšok) proteini vode kanalisanju, miRNK može biti uključena i u jedno i u drugo.
PITANJE 69 - Evolucione Posledice kanalisanja razvića
Posledice kanalisanja
Zbog kanalisanja jedan isti genotip u različitim sredinama može da da iste fenotipove, jer je vrlo
kanalisan. Može da se desi da u jednoj sredini više genotipova bude kanalisano ka istom fenotipu - to je
Konvergencija plastičnosti.
Kanalisanje podrazumeva da se puferišu dve različite varijabilnosti genetička i sredinska.

I zato razlikujemo sredinsko i genetičko kanalisanje.
- Sredinsko kanalisanje je izolacija od uticaja životne sredine, to je antipod plastičnosti.
- Genetičko kanalisanje podrazumeva da će različiti genotipovi davati isti fenotip, tj. da

konačan fenotipski ishod ne zavisi od toga koliko različitih genetičkih varijanti leži u osnovi toga.
Elementi kanalisanja:
yHitšok proteini (šaperoni)

- uloga im je da očuvaju 3D konformaciju proteina koja može biti izmenjena uticajem
spoljašnje sredine (Temperatura može izvati promenu konformacije proteina, šaperon treba da održi
protein u 3D konformaciji koja mu omogućava da obavlja f-ju koju treba da obavlja).
- Proteini koji su donekle genetički razlčiti, jer postoje različite alelske varijante
gena(polimorfizam gena koji daje te proteine) rade istu stvar bez obzira što su genetički različiti.
Šaperoni to omogućavaju, bez obzira što se proteini po nekom elementu razlikuju oni će da zauzmu
istu konformaciju i da vrše istu f-ju.
23

Dakle, šaperoni puferišu i sredinske i geneteičke uticaje tj. puferišu i sredinsku i genetičku
varijabilnost. Oni su najbolji primer kako funkcioniše kanalisanje.
y I drugi elementi mogu da dovedu do puferisanja varijabilnosti.

Svi nivoi i načini ekspresije gena su jako redundantni (Transkripciona regulacija: cis-trans
interakcije, modifikacija histona, metilacija DNK/ Obrada primarnog transkripta/ U transkriptomu: da
li će ili neće ući u translaciju / miRNK) služe kanalisanju.
Ma koliko postojale varijabilnosti (mi smo međusobno vrlo različiti) a fenotipovi nam imaju
mnogo toga zajedničkog, redundantnost omogućava kanalisanje. Ako negde postoji neka greška, velika
je verovatnoća da će to biti puferisano na drugom nivou regulacije.
Redundantnost epigenetičke regulacije je način da se obezbedi program razvića bez obzira na
genetičku raznovrsnost - da se obezbedi kanalisanje razvića.
Samim tim što svi ti nivoi puferišu genetičku varijabilnost, oni je čuvaju - sklanjaju je od
efekata na fenotip, a samim tim sklanjaju je od selekcije.
To je odgovor zašto imamo toliko nekodirajućeg genoma - ne bismo mogli da budemo toliko
kompleksni da nemamo sve te nivoe na kojima mogu da se ispravljaju sve moguće greške, a to je
zahvaljujući svim tim regulatornim elementima u našem genomu. Što je organizam kompleksniji on
ima više nivoa regulacije, i to obezbeđuje kanalisanost razvića u velikoj meri.
yRedundancija je postojanje više načina i više nivoa regulacije na kojima se fenotip može kanalisati u
određenom pravcu.
Ista stvar se može regulisati na više načina i nivoa, počevši od regulacije transkripcije,
posttranskripciono, na nivou translacije, posttranslaciono.
Redundantnost je važna za kanalisanje - za održavanje stabilnosti fenotipa, jer ako se ne reguliše na
prvom nivou može se regulisati na drugom ili trećem, tako da će se opet dobiti isti fenotip. yyy
y Hormoni
Muški i ženski polni hormoni. Bez obzira što se dva muškarca genetički vrlo razlikuju, po
pitanju primarnih i sekundarnih polnih karakteristika ishod je sličan.
Oni su genetički vrlo različiti, ali hormonske reakcije postavljaju granice genetičkoj
varijabilnosti koja se kod njih može ispoljiti - njihovo razviće će biti kanalisano da se naprave primarne
i sekundarne polne karakteristike.
y Hormoni regulišu ekpresiju različitih gena tj. kanališu aktivnost niza drugih gena.
Jedinke u populaciji mogu međusobno da se razlikuju po mnogo gena koji su regulisani hormonima, ali
u slučaju polnih hormona iako postoje genetički različite jedinke u populaciji, njihovo razviće će biti kanalisano
da se kod jedinki naprave dva različita pola.
Jedinke imaju muške ili ženske odlike, koje jasno razlikujemo.
Muškarci su međusobno su jako genetički različiti, kao i žene, ali ipak razlikujemo dva pola.
ymiRNK je važan faktor u kanalisanju razvića, reguliše kvantitativnu ekspresiju različitih gena. yyy
24

- Kanalisanje skriva genetičku varijabilnost (akumulira skrivenu genetičku varijabilnost)

- Promena životne sredina koja može biti velika (stres) može da naruši homeostazu - i može se
otkriti varijabilnost koja se pre tpga nije videla u fenotipu.
Nije se tu pojavila nova genetička varijanta, već je došlo do promene regulacije tj.
nemogućnosti da se puferiše celokupna varijabilnost koja je prisutna. Ili mutira neki regulatorni
element.
- Doći će do ispoljavanja (velike) varijabilnosti koja se do tada nije videla. Nastaće novi
fenotipovi (povećava se norma reakcije).
yPuferisanjem genetičke varijabilnosti (hit-šok proteini) organizam može da nakuplja mutacije a da se

one fenotipski ne vide. One su neutralne, fenotipski se ne ispoljavaju.
Kanalisanje razvića dozvoljava da postoji akumulacija neutralnih mutacija, tj. vrši akumulaciju
skrivene genetičke varijabilnosti.
yAko se desi neki sredinski stres koji ne može biti anuliran mehanizmima kanalisanja, može se otkriti
genetička varijabilnost - aktiviraju se geni koji su pre toga bili pokriveni. (znači menja se regulacija, tj.
nemogućnost da se puferiše prisutna varijabilnost.
yAko se ta skrivena varijabilnost nekako ispolji nastaće novi fenotipovi, nove varijante koje mogu na
drugačije načine usmeriti procese evolucije fenotipa.
25

y Posledica kanalisanja u ekološkom smislu je sužavanje norme reakcije (ekološka
specijalizacija).
Ako kanalisanje ide do te mere da se razviće u jednoj populaciji skoro potpuno izoluje od
životne sredine. Taj organizam ili ta populacija može da živi samo u ograničenom sklopu životnih
uslova, jer čim pređe u neke druge životne uslove ne može da prima signale, ne može da modifikuje
svoje razviće i ne može da preživi. To je ekološka specijalizacija.
Nisu svi organizmi toliko plastični da mogu živeti bilo gde jer je plastičnost jako skupa za
genotip. To bi bio Darvinov demon koji zauzima sve ekološke niše, koji može da prilagodi bilo
kakvim uslovima, da živi skoro beskonačno, da ima neograničen broj potomaka, ne može da postoji
zbog alokacije resursa, ne može da se ulaže neograničeno u sve.
Darvinovog demon: jako plastičan da odgovara adekvatno na svaku

životnu sredinu, idealno preživljava i reprodukuje se, mogao bi živeti bilo gde.
Biti plastičan je jako skupo. Cena plastočnosti: Da bi organizam bio plastičan mora da ima mnogo
elemenata za primanje (receptori) i prenošenje (transdukciju) signala, da bi mogao da odreaguje na
njih. Taj organizam bi potrošio mnogo energije i vremena u procesu razvića.
Ako genotip koji je vrlo malo plastičan i genotip koji je veoma plastičan daju isti fenotip, u
prednosti je onaj koji je malo plastičan, jer mu ne trebaju svi ti elementi, nije potrošio mnogo energije
na primanje signala i modifikaciju puteva razvića da bi dao fenotip koji je isti kao i kod plastičnog
genotipa. Plastičan genotip mora da primi sve signale, da ih obradi, sprovede, da upali ili ugasi
određene gene i tu se troši vreme i energija.
- U populaciji koja naseljava stabilnu sredinu, plastičnost je jako skupa i neće biti favorizovana,
biće favorizovani manje plstični fenotipovi.
Jedan plastičan genotip u određenoj životnoj sredini daje isti fenotip kao i da nije
plastičan. Ako taj plastičan genotip troši materiju, energiju, vreme, umesto da je to uložio u
nešto drugo, a ne u formiranje fenotipa, znači da mu to obara adaptivnu vrednost.
Dok će specijalista za tu životnu sredinu lako bez zaobilaznih puteva formirati taj isti
fenotip. U situaciji kada je cena visoka plastičnost će biti elimisana.
y U jako varijabilnim životnim uslovima veća je dobit biti plastičan (nego cena), jer ako u
tim varijabilnim uslovima organizam ne može da odgovori, biće eliminisan.
U populacijama koje žive u varijabilnim uslovima fenotipska plastičnost biće
favorizovama, bez obzira na cenu. (generalista)
y U stabilnoj životnoj sredini, skupo je biti plastičan i taj organizam će biti eliminisan od
strane onog koji nije plastičan jer je ovaj plastičan potrošio više vremena i energije.
Plastični specijalista - organizam koji može da živi u više sredina, ali samo u jednoj dobro.
Kada ga preselimo u drugu životnu sredinu reaguje plastično, ali njegova plastičnost je neizbežna
maladaptivna, osobine koje razvije u toj drugoj sredini obaraju mu adaptivnu vrednost.
On jeste plastičan i njegove osobine odgovaraju plastično, ali on je uspešan samo u jednoj sredini.
Neplastični generalista - može da živi u mnogo različitih sredina, ali skoro da uopšte ne
reaguju plastično na životnu sredinu. Oni su u svakoj sredini skoro isti, nigde nisu najbolji, ali svuda
uspevaju da prežive.
Naziv te strategije je: šegrt svih zanata - nije majstor ni jednog - može svuda da preživi, ali
nigde nije mnogo dobar.
26

Nije plastičan - ne reaguje uopšte na spoljašnju sredinu, ali nekako preživljava.
Neplastični generalista - produkuje isti fenotip u mnogo životnih sredina, ali ni

u jednoj nije potpuno dobar. Naziv te strategije je: šegrt svih zanata - nije majstor ni
jednog - može svuda, ali nigde nije mnogo dobar.
On nije plastičan, ne može da reaguje na mnogo životnih stimulusa iz spoljašnje
sredine, stalno formira isti fenotip, nigde nije preterano dobar, ni za šta se nije
specijalizovao, ali dovoljno dobar da može da opstane.
27

PITANJE 72. Nasleđivanje obrazaca razvića i genetička akomodacija
Nasleđivanje obrazaca razvića:

Nasleđivanje indukovanoih osobina i genetička akomodacija
Fenokopije
Postoje osobine za koje znamo da mogu biti gentički determinisane, ali kod nekih organizama
sredinska indukcija može da da upravo takve osobine. Fenokopije su sredinski indukovani fenotipovi
koji imitiraju fenotipove uzrokovane mutacijama gena.
Sredina može da indukuje pojavu nekog fenotipa za koga se zna da je genetički

determinisan kod nekih jedinki.
Neka fenotipska osobina ima svoju genetičku osnovu, a kod drugih jedinki ta
fenotipska osobina se može dobiti sredinskom indukcijom (bez ove genetičke
osnove) - to je fenokopija.
Fenokopije su prvo otkrivene kod leptirova: Podvrste jedne vrste žive na severu i jugu Evrope,
obojenost krila je različita zavisno od geografskog položaja. U tim podvrstama postoji genetička
determinisanost tih osobina (boje), ali ako se severna vrsta gaji na visokoj temperaturi, ona će po svojoj
boji da liči na južnu vrstu - to je fenokopija.
Kod nekih vrsta životna sredina indukuje pojavu određenog fenotipa, a kod njiha srodnih vrsta
to je genetički determinisano.
Primer repatih vodozemaca za heterohronijom (pojavom spoljašnjih škrga).

- Postoje vrste repatih vodozemaca kod kojih je ta osobina sredinski
indukovana neke jedinke usled sredinske indukcije će imati, a druge neće imati
sredinske škrge.
- A postoje vrste repatih vodozemaca koje uvek imaju spoljašnje škrge.
Kod prvih vrsta je sredinska indukcija tog fenotipa, a kod drugih vrsta to
je determnisani program razvića.
28

yZbog čega kod nekih vrsta neki fenotip nastaje kao rezultat sredinske indukcije, a kod
drugih srodnih vrsta je taj fenotip genetički determinisan.
Da li sredinska indukcija ima veze sa genetičkom determinisanošću iste osobine. Da li

fenokopija može biti prepisana u genotip.
Genetička akomodacija:
- Ako je populacija izložena istom sredinskom stimulusu duže vreme (priča o kanalisanju), i taj
sredinski stimulus indukuje pojavu određenog fenotipa.
- Ako selekcija favorizuje taj fenotip, može se doći do toga da u jednom trenutku više nije
potrebna sredinska stimulacija da bi se taj fenotip pojavio - to je genetička akomodacija.
Fenotip koji je bio sredinski indukovan postaje genetički određen (gentički akomodiran -
preuzet od strane genotipa).
Genetička akomodacija je fenomen da neki fenotip postaje genetički uslovljen, a

pre je bio sredinski indukovan. Genetika (nasledni sistem) preuzima nešto što je
bilo sredinski indukovano.
Kada se dešava Genetička akomodacija?

Priča o kanalisanju:
Populacija je izložena istom sredinskom stimulusu duže vreme (veći broja
generacija) indukcija fenotipa koji je favorizovan prirodnom selekcijom (imamo
kanalisanje razvića).
To može da dovede do toga da taj sredinski indukovan fenotip (tj. ontogenetski
put) postane genetički upisan i stabilizovan, tako da više ne mora da postoji
sredinski stimulus da bi se pojavio taj fenotip. yyyskripta
Kako dolazi do genetičke akomodacije, kako nešto što je sredinski indukovano, može nakon
određenog vremena evolucije (određenog broja generacija) da postane genetički upisano u program
razvića.
Kako dolazi do Genetičke akomodacije:

y U populaciji imamo jedinke koje imaju različite norme reakcije - tj. imamo genetičku varijabilnost
fenotipske plastičnosti.
Neke jedinke imaju veoma široku normu (razviće vrlo osetljivo na sredinske stimuluse, labavo razviće)
Neki drugi genotipovi su dosta kanalisani i manje su osetljivi na sredinu.
29

y Slika (ovo dole su norme reakcije):
Neke jedinke imaju široke, neke nešto uže norme reakcije itd.
y Promeni se životna sredina (stres)

Preživeće samo one jedinke koje imaju dovoljno plastično razviće, dovoljno široku normu
reakcije mogu da naprave adekvatan fenotip. Preživeće i preći u narednu generaciju tj. reprodukovaće
jesu genotipovi sa širokom normom reakcije.
Prvi korak nije selekcija fenotipa, već selekcija norme reakcije.

U narednu generaciju prelaze samo oni fenotipovi koji imaju dovoljno široku normu
reakcije i mogu da produkuju fenotip koji je u novim uslovima adekvatan.
Nije ovde selekcionisana osobina, preko te osobine je zapravo selekcionisana norma

reakcije - preživeli su samo oni koji su mogli da naprave taj fenotip, koji je do tada bio
neuobičajen fenotip u toj populaciji, nije bio indukovan. Ni jedan od fenotipa nije birao
taj put razvića jer nije bilo takve sredinske indukcije.
Odatle slede dve različite mogućnosti:
⌦Boldvinov efekat je tip genetičke akomodacije:
- Organska selekcija je sredinska indukcija i opstanak genotipova sa dovoljno širokom normom

reakcije. (Selektovane su široke norme reakcije yyy) dalje sledi
- Faza ortoplazije - ova nastala fenotipska varijabilnost je materijal za delovanje prirodne selekcije. Na
nastalu fenotipsku varijabilnost (ispljenu genetičku varijabilnost) deluje prirodna selekcija.
(PS sad deluje na fenotipove koji su nastali tj. na genetičku osnovu koja leži iza tih
fenotipova, a ne više na normu reakcije.)
Opstali su genotipovi sa dovoljno širokom normom reakcije, pojava novih fenotipova, na novu
fenotipsku varijabilnost deluje PS.
30

- Dalje kroz vreme, svaka mutacija utvrđuje taj put razvića koji daje adekvatan fenotip za tu životnu
sredinu, biće selektivno favorizovana.
Svaka mutacija (gentička promena) koja povećava verovatnoću da se pojavi taj adekvatni
fenotip biće favorizovana selekcijom.
Prvo: selekcija norme reakcije,

Drugo: genetička promena, mutacija koja utvrđuje put razvića koji daje adekvatan fenotip.
⌦ Šmaljhauzen: nisu potrebne nove mutacije, ako sredniski uslovi (stres) otkrivaju skrivenu
genetičku varijabilnost na osnovu koje će se razviti fenotip, i na to će delovati selekcija (favorizovati).
Novi sredinski uticaji oktrivaju prethodno neispoljeni deo norme reakcije i to je materijal za delovanje PS.
Boldvinov efekat ne podrazumeva da se mora sužavati norma reakcije. Norma reakcije

može ostati isto toliko široka, ali je važno da se "utvrdi" upravo takva norma reakcije.
Važno je da u heterogenoj životnoj sredini jedinke i dalje održe široku normu reakcije, jer je
moguće da se dese nove promene životne sredine. U heterogenoj životnoj sredini će utvrđivanje široke
norme reakcije biti favorizovano.
---
Sledeći model (Vodingtonov) podrazumeva da dolazi do kanalisanja razvića ka tom
adekvatnom fenotipu i to je genetička asimilacija.
31

PITANJE 73. Genetička asimilacija
Genetička asimilacija je drugi model koji podrazumeva da će se norma reakcije sužavati, podrazumeva
kanalisanje razvića ka tom adekvatnom fenotipu.
Genetička similacija (Vodington): nakon selekcije normi reakcije, delovaće kanališuća

selekcija koja će da utvrdi put razvića tačno ka određenom fenotipu, da postpeno smanji uticaj životne
sredine na taj fenotip (na razviće tog fenotipa).
Genetička asimilacija podrazumeva da će se norma reakcije sužavati od široke ka tačno
određenom (adekvatnom) fenotipu. (ona podiže nabore u pejsažu, vidi dalje)
Vodingtonova ilustracija genetičke asimilacije je Epigenetski pejsaž:

- Razviće možemo shvatiti kao jedno polje koje ima brda i doline. Loptica je razviće.
- Kako loptica ide od početka razvića, pa kroz polje razvića, ona može da skreće povremeno na
različite puteve između brda.
- Može da se desi ukoliko je nabor između dve doline mali da neki sredinski uticaj prebaci
lopticu na drugu putanju. Ako je nabor visok ne može da je prebaci na drugu putanju.
Razviće možemo shvatiti kao putovanje loptice po različitim dolinama, a da li će loptica

skrenuti ili ne, zavisi od količine efekata spoljašnje sredine i visine nabore. Neke tačke u razviću mogu
imati vrlo niske nabore, i razviće lako skreće na ovu ili onu stranu, druge tačke u razviću imaju vrlo
visoke nabore i tu će teško neki efekat sredine da prebaci razviće na drugu stranu.
Ukoliko je životna sredina indukovala neki fenotip (tj. neki od puteva razvića kroz doline), a
selekcija upravo favorizuje tu dolinu (taj put), Vodington očekuje da će kanalisanjem razvića nabori
koji ograđuju taj put razvića da rastu. Nabore prave Regulatorni geni (na svakom nivou regulacije).
Svaki mehanizam koji utvrđuje upravo taj put razvića biće selektivno favorizovan, tako da će se
vremenom (kroz generacije) dobijati razviće koje ide u tom smeru.
32

Nasleđivanje epigenetičkih informacija je meko nasleđivanje, jer one mogu da se gube tj. obrazac
ekspresije gena može da se nasleđuje u naredne generacije ali on može da se gubi.
Sve dok nije unet u sekvencu (tvrdo nasleđivanje) možemo da pretpostavimo da se može i
izgubiti. Može se izgubiti i u tvrdom, ali to je mutacija.
⌦ Primeri (eksperimenti) (da vidimo šta de tu desilo na molekulskom nivou)
Ovde uzimamo u obzir priču da epigenetika može da se nasleđuje. Ne nasleđuje se samo

sekvenca već i obrazac ekspresije. U tom smislu, ako selekcionišemo neki put razvića, mi
selekcionišemo i te gene, i tu epigenetiku.
Najpoznatiji je eksperiment sa Drozofilom (na slici su adulti, ali trebaju biti crvići-larvice na
povišenoj temeperaturi)
- Kada larve drozofile izlaže visokoj temperaturi, u jednom određenom stupnju razvića (larva
neposredno pred ulutkavanje - to je faza razvića u kojoj je larva osetljiva), dobija fenotip krosvenules
(to su krila bez poprečne vene). Taj fenotip koji nastaje i zbog idređene mutacije. Znači ovo je
fenokopija - sredinski indukovan fenotip, koji nastaje i zbog mutacije.
- U larvenom stupnju ih je izlagao povišenoj temperaturi. Neke larve nakon metamorfoze u
adulta imale su krosvenules fenokopiju, a neke nisu.
- Za roditelje sledeće generacije je uzimao samo one jedinke sa fenokopijom. Jedan deo
njihovih larvi je opet izlagao temperaturi - eksperimentalna grupa. A drugi deo larvi je bio kontrolna
grupa i nije je izlagao temperaturi.
33

Dakle, od roditelja koje su imale crosvenules fenokopiju dobio je larve, jednu grupu njih je ponovo
izlagao temperaturi, a drugu nije i to je bila kontrolna grupa.
- Opet je za roditelje naredne generacije od ovih novih, uzimao jedinke sa fenokopijom, deo
tretirao, deo je bio kontrolna grupa. I tako je ponavljao kroz generacije.
Dakle:
On je prvo selekecionisao one jedinke koje imaju nizak prag osetljivosti i njih je korsitio za
roditelje naredne generacije. Njihovo razviće je vrlo osteljivo na temperaturu. Imale su labavo razviće -
široku normu reakcije. Nabor im je nizak na tom mestu.
On je to radio tokom "x" generacija.
Vrlo brzo, nakon nekoliko generacije 90% jedinki je imalo krosveinles, bilo je jako osteljivo na
temperaturni stres.
Najzanimljivije se desilo u 14. generaciji: on je dobio u kontrolnoj grupi, tamo gde jedinke nisu
bile izlagane visokoj temperaturi, krosveinles fenokopiju. Znači, bez sredinskog stimulusa razvio se
fenotip koji je pre toga bio isključivo izazivan sredinskim stimulusom.
Proveravao je da li se desila mutacija, kontrolisanim ukrštanjem sa jedinkama za koje zna da
imaju mutaciju, i video je da nije u pitanju mutacija.
Znači: on je selekcionisao upravo taj put razvića. Taj put se utemeljio u razviću, i više uopšte
nije bio potreban sredinski stimulus.
U 16. generaciji 2% jedinki u kontroli je imalo fenokopiju. Kada je ukrštao te dve fenokopije u
kontroli daobio je 18 jedinki sa fenokopijom.
To je fenomen genetičke asimilacije - proces u kome fenotipska karakteristika inicijalno

indukovana sredinskim uticajem postaje kroz delovanje selekcije preuzeta od strane genotipa i može se
nadalje formirati bez sredinskog stimulusa.
Znači: prvo je selekcionisao vrlo osetljive genotipove, dalje je selekcionisao one puteve razvića
koji daju taj fenotip, i ti putevi su se utvrdili.
Šta se tu desilo?
Kasniji eksperimenti (molekularne analize) koji su rekreirali Vodingtonov eksperiment,
pokazali su:
34

1) Hit-šok proteini (šaperoni) deluju kao puferi temperaturnog šoka (ne samo samo
temperaturnog, ali prvo su tu otkriveni). Hsp90 je posebno važan za razviće.
Oni se nalaze u ćeliji, ukoliko se desi stres, puno proteina će zahtevati da ih šaperoni poprave.
Ako je stres preveliki a šaperona manje nego što je potrebno, mnogi proteini neće biti popravljeni.
Hitšok proteini šaperoni sada ne mogu da pokriju tu varijabilnost - bilo ona sredinska ili genetička. Oni
više ne mogu da drže sve pod kontrolom ne mogu daprikriju tu varijabilnost.
Eksperimenti:
Drozofila i biljka Arabidopsis - Hsp90 je hemijski inhibiran (ili je mutiran). Tu sada nema
šaperona koji treba da prikriva varijabilnost. Posledica je veliko povećanje fenotipske varijabilnosti -
izlazi na videlo sve što je šaperon do tada skrivao. Varijabilnost koja se do tada nije videla sada se
ispoljava jer nema šta da je puferiše.
Mnoge od tih jedinki nisu mogle da opstanu jer je bilo mnogo defektnih proteina, ali ona
"normalna" varijabilnost (koja nije letalna) sada se pojavila.
Veštačkom selekcijom su održavani ti različiti novi fenotipovi. Kada je ponovo aktiviran Hsp90
u tim linijama, nisu se fenotipovi vratili na staro. Već taj šaperon održava takav fenotip koji je nastao
selekcijom nove varijabilnosti. On funkcioniše u novom kontekstu, čuva taj novi kontekst, ne vraća
priču unazad.
Redukcija efekta šaperona (Hsp90) koji je izazvao temperaturni šok kod Drozofile, je pokrenula
različite epigenetičke modifikacije - prvenstveno modifikacije histona a te modfikacije se nasleđuju.
Kompromitovana f-ja Hsp90 je indukovala:

- različite epigenetičke regulacije (metilacije, remodelovanje hromatina)
- supresiju (smanjenje f-je) Policomb gena (to su geni koji održavaju određene utišanim)
(sada se aktoviraju geni koji su držani utišanim)
Dobija se nova epigenetička reguacija - epigenetička asimilacija.
35

Drugi Vodingtonov ekperimet
- Izlagao je larve Drozofile isparenjima etra. Pojavljuje se fenokopija bitoraks - gde na
mezotoraksu umesto hantera postoji novi par krila. Drozofila ima jedan par krila, a bitoraks ima 2 para.
Bitoraks je poznata mutacija, ali ovde je to uzrokovano isprenjima etri.
- Ponovio je istu proceduru kao u prvom peksperimentu i u 29. generaciji u kontrolnoj grupi
koju nije izlagao isparenima dobio je bitoraks fenotipove.
U molekulskom smislu se desilo:

Ultrabitorax regulatorni gen (Ubx) koji spada u Hox gene, kod drozofile može biti polimorfan,
tako da su neke od varijanti tog gena osetljive na etar, a druge nisu. On je u početku selekcionisao
takve varijante Ubx gena koje su osetljive.
Isparenja etra dovode do poremećaja u razviću da u mezotoraksu nastaju krila.
miRNK koja je takođe u Hox jatu reguliše količinu Ubx proteina. Tako da i njena modifikacija
može da dovede do iste fenokopije.
Ako je prisutna osteljiva Ubx vatijanta gena - nabor je nizak i razviće može krenuti na drugu
stranu.
Prednosti razvojnih modela evolucije tj. asimilacije. Prednost u odnosu na klasične modele je:
36

- U klasičnom modelu moramo da očekujemo mutaciju koja će onda biti selekcionisana. Da se
desi korina mutacija je malo verovatno. Ako se i desi ona je vrlo male učestalosti. Da bi se povećala u
populaciji potrebni su ogromni koeficijenti selekcije da bi se favorizovalo nešto što je jako retko.
- Razvojni model evolucije gde postoji indukcija određenog fenotipa, ovu stvar premošćuje. Ne
treba nam nova mutacije, tu baratamo sa genotipovima koji već postoje, sa varijabilnosšću koja je
potencijalno skrivena (koja tu već postoji).
- Takođe prednost: sredinskoj indukciji ne podležu samo pojedinačni genotipovi nego i
masovno jedinke u populaciji. Neke od njih će razviti adekvatan fenotip.
Na ovaj način. fenotipskom indukcijom se rešava problem širenja retkih mutacija. Jer ovde u
startu može da postoji veliki broj jedinki koje su odgovorile fenotipski na isti način. Ne mora da se
čeka neka mutacija, koja će se ko zna kada desiti.
Nojevi:
Svi kičmenjaci parava kaluse na koži usled trenja (sredinska stimulacija kože). Kalus je
sredinski indukovana promena na koži (ako sviramo gitaru na koži se pojave kalusi).
Nojevi se rađaju sa kalusima na trtici. Kod svih kičmenjaka ta pojava može sredinski da se
izazove, ali nojevi se rode takvi.
Nojevi sede na jajima dugo, dok se ne izležu mali nojevi. Ako je došlo do promene životne
sredine (manje padavina), suva zemlja koja povrđuje zadnjicu nojeva.
Svaki noj koji nije imao sposobnost da napravi kaluse ili ih nije unapred napravio imaće nižu
adaptivnu vrednost (zbog povreda, infekcija, i veće smrtnosti zbog toga).
Tu je sredinski stimulus postao genetički indukovan (genetički preuzet) - primer gentičke
akomodacije.
Primer razvojnog modela evolucije su nojevi (Evolucija žuljeva na trtici kod nojeva):
Kože kičmenjaka ima sposobnost zadebljanja kože (kalusi) usled trenja. To je plastični
odgovor na sredinsku indukciju. Kod većine vrsta je pojava kalusa sredinski indukovana, a
nojevi se rađaju sa kalusnim zadebljanjima na trtici, nije potrebna sredinska indukcija da bi
se pojavila ta zadebljanja.
Razlog je promena životne sredine (klime). Preci nojeva živeli u travnatoj životnoj
sredini. Promenila se klima (manje padavina), sredina je postala savanaska i suva. Dugo
ležanje na jajima na tvrdom tlu kod većine jedinku izazivalo povrede kože i infekcije i
manju verovatnoću preživljavanja nojeva koji leži na jajima. Plastični odgovor je bio
stvaranje kalusnih zadebljanja na koži trtice.
Vremenom po modelu genetičke asimilacije ta osobina je postala genetički stabilizovana
i asimilovana; prvo epigenetički, a kasnije i genetički ustanovljeno. yyy
37

Nije samo slučaj promene jedne fenotipske osobine nešto što je važno za fenotipsku evoluciju.
Može da postoji slučaj da se promeni samo jedan deo organizma tokom razvića, što izaziva korelativnu
promenu čitavog anatomskog paketa. Mala promena koja može biti sredinski indukovana (ili genetički
indukovana ali je mala) u nekoj fazi razvića povlačiše za sobom promenu čitavog sklopa tela.
Primer 1942 - hendikpeirana koza sa paralizom prednjih ekstremiteta i iz tog razloga ona je
morala da živi na dve noge. To je sada njena sredina, nije hodala na 4 već na 2 noge, celi život. Kada je
uginula, urađena je obdukcija te koze:
- ta koza je imala veliku promenu čitave svoje anatomije.
- njeni zadnji ekstremiteti su bili izduženi, položaj karlice, kičme je bio drugačiji, pojavile su se
nove tetive koje normalne koze nemaju. Mišići su se drugačije organizaovali.
Nova životna sredina je indukovala promenu čitavog anatomskog paketa. Paraliza prednjih
nogu je potpuno izmenila životnu sredinu za tu kozu.
Ovde se nije desila nikakva genetička promena, a desila se velika promena u fneotipu.
Zamislimo da imamo populaciju koza koja nema nikakvu genetičku promenu i svima njima
vežemo noge. I tako transgeneracijski. Da li ćemo nakon 100 generacija kada im više ne vezujemo
noge dobiti koze koje hodaju na dve noge. Ovo je samo ekperiment za razmišljanje.
Npr. populacija koza gde svima vežemo prednje noge, genetički se one
ne menjaju, ali se fenotipski menjaju, jer sve počnu da hodaju na zadnje
dve noge.
Desi se genetička promena u jednom modulu razvića, drugi se takođe
menjaju - po modelu fenotipske akomodacije: složene promene
(karakteristika) ne zahtevaju da se desi promena u svakom modulu, već je
dovoljno u jednom i sa njim će se korelativno u procesu razvića menjati i
drugi elementi tog tela.
38

Primer fenotipske akomodacije

Korišćena je riba zrakoperka (dvodihalice, mišić zalazi u peraje - sarcopterigia, tu se nalazi
predak svih tetrapoda tj. četvoronožnih životinja).
Ova dvodihalica može da živi i u vodi i na kopnu.

Jedan grupa je stavljena na kopno, a druga grupa no kopno i posmatrano je njihovo kretanje.
Osim što imaju funkcionalna pluća koriste prednje ekstremitete za hod po tlu (ta priča potiče još iz
devona, Tiktalik).
Nakon određenog broja generacija, suvozemna grupa (naterana da hoda po kopnu) razvila je
takve anatomske i ponašajne karakteristike koje konvergiraju fosilnim ostacima tranizicionih formi kao
što je tiktalik.
Kod suvozemne grupe kretanje je značajno brže, nego kod ovih koje su živele u vodi. Imaju
manje neefikasnog uvijanja i mahanja repom dok hodaju. Kraće trajanje koraka. Anatomska promena:
tokom razvića dolazi do približavanja peraja središnjoj liniji tela što im odvaja telo od tla povećavajući
efikasnost koraka. U ramenskom pojasu određeni elementi su značajno promenjeni.
_________________________________________________________________________________
39

PITANJE 74 - Predvodioci i pratioci u evoluciji: fenotip ili geni?
Geni kao pratioci ili lideri u evoluciji?
Kod srodnih vrsta neka osobina može biti determinisana sredinskom indukcijom ili je genetički
determinisana. Šta je predvodnik, a šta pratilac u evolucionim procesima?
Plastičnost prva ili Geni pratioci - Prvobitno je neka osobina bila pod kontrolom sredinske
indukcije (plastična), a tokom evolucije postaje genetički determinisana kroz genetičku asimilaciju.
- Predačko stanje je plastičnost (polifenizam). (Polifenizam=jedinke stvaraju jedan ili drugi fenotip).
- Kod potomačkih taksona je genetička determinacija (genetička akomodacija).
Od plastičnosti neka osobina može postati genetički preuzeta.
Prvo sredinska indukcija dovodi do promene fenotipa (plastičnost), bez genetičke promene. Modeli
genetičke akomodacije: fenotipska promena tj. određeni put razvića može vremenom biti stabilizovan.
Prvo ide fenotipska promena, a nju prate genetičke promene. Fenotip je prvi, geni su pratioci.
Npr. dese se mutacije koje menjaju aktivnost ili nivo ekspresije gena iznad praga sredinskog
uticaja, nabor se pomeri u epigenetskom pesažu, i više nema sredinske indukcije već genetika (koja je
napravila nabor) determiniše određenu osobinu.
-U predačkom taksonu imamo fenotipsku plastičnost tj. pojava neke osobine zavisi od sredinske indukcije.
-U potomačkom taksonu ta osobina postane genetički determinisana.
Epigenetski pejsaž: desile su se mutacije, pa epigenetičke promene, pa genetičke promene koje su
podigle nabore u epigenetskom pejsažu, tako da je sada potreban mnogo veći stimulus da bi loptice razvića
prešle na drugu stranu. Od polifenizma možemo dobiti genetičku determinaciju.
Geni lideri, genetički polimorfizam prvi (genetika prva) - Polimorfna genetička osnova neke
osobine može se staviti pod sredinsku kontrolu, tj. plastičnu regulaciju.
- Predačko stanje je genetički polimorfizam (Prvobitno je osobina određena genima), a u
potomačkom taksonu osobina je određena sredinskom indukcijom.
Brojni proteini (enzimi) koji učestvuju u razviću, mogu biti jako osetljivi na temperaturu i
samim tim spuštati nabore u epigenetskom pejsažu.
Pošto temperatura utiče na aktivnost enzima koji regulišu druge gene onda postoji uticaj
sredinske indukcije na neku osobinu.
Hipoteza Geni kao pratioci ili kao lideri u evoluciji testira se u grupi srodnih vrsta (klade)
gde postoje obe situacije: u nekim od srodnih vrsta ista osobina je determinisana sredinski, a kod
drugih je determinisana genetički.
Načini kontrole razvića mogli su se menjati više puta tokom evolucije u okviru istih evolucionih linija.
Tranzicija se može desiti tako što se menja osetljivost pojedinih faza razvića na sredinski stimulus (pomera se
prag osetljivosti) ili se dodaju novi regulatorni elementi. Na primer, do tranzicije dovode:
-Promene uslova životne sredine (npr. temperatura).
-Mutacije koje menjaju aktivnost ili nivo ekspresije gena mogu pomeriti razvojni sistem iznad praga
sredinskog uticaja, i u fenotipu će se ispoljiti prisutna genetička varijabilnost (genetička asimilacija).
-Mutacije u genima za neke hormone koji su važni regulatori razvića (oni mogu postati osetljivi na
sredinski uticaj) ili receptore (promene njihve osetljivosti).
40

Primeri:
yGenetički polimorfizam polifenizam primer: determinacija pola (reptili)
Kod kičmenjaka postoje dva sistema determinacije pola. Kod nekih taksona je determinacija
pola genetički determinisana, a kod drugih je sredinski determinisana.
Predačko stanje za sve kičmenjake bila je genetička determinacija pola, ali sredinska
determinacija (najčešće temperaturna) se pojavljivala više puta tokom evolucije. Genetička i sredinska
determinacija su se smenjivale u istoj evolucionoj liniji više puta.
Kod kornjača - 6 tranzicija od sredinske u genetičku.
Kod guštera - 3 tranzicije od genetičke ka sredinskoj determinaciji.
Znači: u nekim evolucionim linijama kičmenjaka determinacija pola postala je sredinski determinisana, pa je opet
postala genetički determinisana, pa opet sredinski, pa opet genetički, pa opet sredinski. Genetička i sredinska determinacija
neke osobine mogu da se smenjuju: nekada su geni pratioci, a nekada su geni prethodnici.
Kod sredinskog određivanja pola, temperatura deluje na steroidne enzime (hormone) važne za
razviće gonada (tj. determinaciju pola). Aromataza je tu značajan enzim, temperaturno je jako osetljiva,
ona transformiše testosteron u estradiol. Na visokim temperaturama ne vrši funkciju pa će biti više
testosterona i gonade postaju muške, a ne ženske.
Temperatura kod mnogih zmija i kornjača determiniše pol.
Aromataza je spustila epigenetičke nabore u pejsažu toliko da sredinski uslovi mogu značajno da utiču na deteminaciju pola
Zašto bi nekad genetička determinacija, a nekad sredinska determinacija bila adaptivna?

Genetička je adaptivna sama po sebi jer je odnos polova 1:1. Može biti adaptivna u
nepredvidivim sredinskim uslovima.
yGenetički polimorfizam polifenizam primer:krilatost rod Calathus
Unidirekcioni prelaz od genetičkog ka sredinskom određenju fenotipa kod insekata, sistemi

dimorfizma krila. (Od genetičkog polimorfizma prelazak u polifenizam tj. u fenotipsku plastičnost).
Insekti iz roda Kalatus imaju dve forme: krilate i beskrile (ili mala krla) koje imaju različito
ponašanje: Krilate jedinke su migratorne i produkuju mali broj gameta, beskrilni (ili kratka krila) su
sedentarni, ostaju u populaciji, produkuju gameta.
Predačko stanje je genetička determinacija, krilatost determiniše 1 gen sa 2 alela, alel za kratka
krila je dominantan.
Kod vrste Calathus melanocefalus došlo je do tranzicije ka sredinskoj determinaciji fenotipa

(pojavila se sredinska indukcija tj. polifenizam). Kod svih ostalih vrsta je genetička indukcija.
Duga krila ne zavise samo od gena, već i od sredinske indukcije. Jedinke sa „krilatim"
genotipom razviće tu formu samo u povoljnim uslovima, dok će stresni uslovi (niske temperature i
malo hrane) usmeriti razviće ka kratkim krilima i sedentarnom životu.
Kod nekih se pojavio monomorfizam, pojavljuju se samo mužjaci sa kratkim krilima.
41

Nešto u putu razvića dugih krila (što je kod drugih vrsta određeno samo jednim genom), je dovelo do
toga da taj jedan gen više nije dovoljan, već ostali geni koji su uključeni u taj put razvića su spustili nabor u
epigenetičkom pejsažu, tako da je sada sredinska indukcija postala značajna. Znači ne samo gen, već ostali geni
koji su uključeni u procese razvića.
yPolifenizam - genetički polimorfizam primer: orijenatacija elemenata cveta (Heteranthera)
Predačko stanje je Stohastični polifenizam, gde slučajni mikrosredinski uslovi određuju pravac
razvića, pri čemu se na istoj biljci mogu naći cvetovi i leve i desne orijentacije.
(Biljka može da ima na levo ili na desno orjentisane cvetove zavisno od mikrosredinskih
uslova).
Kod vrste Heteranthera multiflora pojavljuje se genetička determinacija (genetički

polimorfizam), svaka jedinka ima ili levo ili desno orjentisane cevtove. Podigli su se nabori razvića.
Orjenatciju cveta determiniše 1 gen sa 2 alela, leva orijentacija je dominantna.
Genetičko preuzimanje kontrole razvića oblika cveta je adaptivno jer smanjuje verovatnoću
samooplodnje (postojanje oba tipa cveta na istoj biljci povećava inbriding).
Pošto je sredinsko određenje razvojnih puteva cveta predačko stanje, ovde su geni pratioci evolucije
fenotipske osobine.
_________________________________________________________________________________
42

12. predavanje
Epigenetika:
Fenotipska plastičnost, odgovor genotipa na životnu sredinu u razviću fenotipa, podrazumeva da sredinski stimulus
utiče na to koji geni će se aktivirati, a koji neće. To je odgovor organizma na životnu sredinu u procesu razvića.
Epigenetika podrazumeva mehanizme regulacije ekspresije gena. Fenotipska plastičnost i

Epigenetika su važne u eco-evo-devo.
Epigenetički kontrolni sistemi (epigenetička inforrmacija) su molekulski mehanizmi koji
prave obrazac eksresije gena u jednoj ćeliji, ili u organizmu.
Ti obrazci eskpresije gena mogu da se nasleđuju.
Epigenetika su mehanizmi koji regulišu ekspresiju gena zovemo ih epigenetički kontrolni sistemi.
Modeli genetičke akomodacije - postoji način da
sredinski indukovan obrazac ekspresije gena buce nasleđen.
Postoji 2 paralelna puta nasleđivanja:
1. genetičke informacije (DNK, što je zapisano u genomu).

To je Tvrdo nasleđivanje - infomracija (sekvenca) se ne menja u narednim generacijama
osim usled neke mutacije.
2. epigenetičke informacije (markeri, DNK metilacije, histonske modifikacije) - nasleđuju se
To je meko nasleđivanje - informacije o obrascima ekpresije gena se nasleđuju, ali ne
nedvosmisleno i ne toliko puno generacija kao genetička informacija, može da se menja
kroz generacije.
Epigenetiku definišemo kao mehanizam koji dovodi do određenog obrazca ekspresije gena i kao
naučna disciplina koja to proučava.
Za evolucionu biologiju je najznačajnije proučavati nasledne epigenetike

promene, jer je evolucija po definiciji transgeneracijska, nas zanima ono što može da se
nasledi.
1

Ćelija ima obrzac ekspresije gena koji definiše njen ćelijski fenotip, da bi se epigenetička
informacija prenela u narednu generaciju ćelija mora da ima "transkripcionu memoriju" tj. ćerka ćelija
treba da ima mamin epigenetički obrazac. To je nužno u razviću višećelijskih organizama - u mitozi u
okviru istog tkiva ćelije nakog deobe moraju da imaju isti epigenetički obrazac a time i isti ćelijski fenotip
kao i ostale ćelije tog tkiva. Epigenetički obrasci preživaljavaju mitozu.
EPIGENOM je sistem informacija o aktivnostima gena, o setu gena koji su aktivni ili ne u jednoj
ćeliji. Epigenom čine različiti mehanizmi nivoa regulcije ekspresije gena.
Transkripcioni nivo (metilacija DNK i hemijske modifikacije histona definišu da li je gen aktivan ili ne).
Kada se ćelije dele u nekom tkivu, prenose ćerkama ćelijama iste epigenetičke informacije, pa
ćerka ćelija ima isti ćelijski fenotip kao i ostale ćelije tog tkiva, taj mehanizam koji omogućava
funkcionisanje razvića višećelijskih organizama.
Epigenetičke informacija se prenosi (održava) kroz mitozu (deobom somatskih ćelija) na ćerku ćeliju.
npr. postoje Dnmt (DNK metil transferaze) prepisuju metilacioni obrazac, ima i onih koje denovo
metiluju. U procesu mitoze se epigenetički markeri prepisuju, bez sposobnosti ćelijskog prepisivanja
transkripcione memorije ne bi bilo razvića višećelijskih organizama. I kod 1-ćelijskih eukariota, deobom
nastaje ćerka ćelija koja ponovi isti transkripcioni obrazac.
2

Kod višećelijskih organizama koji se reprodukuju seksualno, da bi se epigenetički obrazac preneo

transgeneracijski sa roditelja na potomka, on mora do prođe kroz mejozu (mejoza se dešava u
gametogenezi). Dakle, neke informacije koje je roditelj stekao pod uticajem životne sredine moraju da
prođu kroz gametogenezu, da se prepišu u jajnu ćeliju ili spermatozoid i da u potomstvu ćelije rekreiraju
te informacije koje je imao roditelj.
Za mitozu i 1-ćelijske eukariote nema problema, ali na koji način epigenetička informacija može da preživi
gametogenezu (mejozu) kod vć organizama.
Dugo se smatralo da epigenetička informacija ne može da prođe kroz mejozu kod vć organizama.
Primer: Vajsmanova teorija germplazma i somatoplazma, evolucija podrazumeva

da se prenosi samo ono što je genetički zapisano u gametskim ćelijama. Organizmi u
razviću sadrže epigenetičke informacije, ali gameti ne sadrže jer se vrlo rano u
organogenezi odvaja ćelijska linija koja će dati gamete, i one više nemaju veze sa
dešavanjem u somatkim ćelijama. I zato se smatralo da tu epigenetika ne može da prođe,
epigenetika je na fenotipskom nivou, a ne na genetičkom.
Genetička promena je promena sekvence, a epigenetička promena je promena obrzaca ekspresije.
Problemi opstanka (i nasleđivanja) epigenetičke informacije u gametogenezi (mejozi) kod vć

organizama:
1) Teorijski problem: gameti (jajna ćelija i spermatozid) ne bi trebali da imaju nikakvu epigenetičku
infomaciju, jer od njih treba da nastane totipotentan zigot koji ima sve mogućnosti da od njega deobama
nastane bilo koja druga ćelija (svi drugi ćelijski fenotipovi) višećelijskog organizma.
3

Sve što aktivira ili inaktivira neki gen već usmerava ćeliju ka određenom ćelijskom fenotipu,
ograničava je (epigenetička informacija sužava potencijal zigota), zato teroijski očekujemo da u
gametogenezi moraju da se obrišu svi epigenetički markeri.
2) Empirijski problem: tokom gametogeneze i rane embriogeneze dolazi do prvog masovnog brisanja
većine epigenetkih markera.
a) U primordijalnim germinativnim ćelijama brišu se markeri tj. gubi se metilacija DNK: oko
60% metilacije DNK u muškoj i 70% metilacije u ženskoj gametogenezi. Gubi se najveći deo markera, ali
ne sve.
U gametogenezi od primordijalnih gametskih ćelija, sazrevanjem,

nastaju nastaju oocita i spermatoctita pa jajna ćelija i spermatozoid.
b) Nakon brisanja u formiranju oocita i spermatocita, ponovo se reprogamiraju epigenetički

markeri tipični za mušku ili žensku gametsku liniju, tj. dodaju se markeri tipični za pol kasnije u
gametogenezi.
Genom spermatozoida se pakuje u protamine a ne u histone u velikom procentu.
Prvo veliko brisanje znači da bi trebalo da se izgubi puno markera koje imali mama i tata.
c) Sledeće masovno brisanje epigenetičkih markica je ubrzo nakon oplođenja pre implantacije
(sisari) kada počinju deobe. To je nužno da bi se uskladila dva genoma, spermatozoida i jajne ćelije.
U spermatozoidu, muški genom je spakovan u protamine u velikom procentu (a ne u

histone). Spajanje sa jajnom ćelijom dovodi do rasplitanja i ponovnog uplitanja muškog
genoma, ali sada u histone. Protamini se zamenjuju nukleozomskim histonima.
Dešava se velika demetilacija oba genoma i to: i na nviou i DNK i histona. I smisao je da toga je
da se dobije totipotentna oplođena jajna ćelija u kojoj je najveći deo markera obrisan. To traje do
stupnja morule (16 ćelija), do tada su ćelija pluripotentne.
I tad ponovo počinje reprogramiranje tih ćelija i počinju da se diferenciraju različite ćelijske linije.
Da bi epigenetički marker preneo u naredne generacije, mora da preživi dva masovna brisanja.
Naravno, postoji određeni procenat markera koji se ne briše, tj. preživljavaju gametogenezu.
Prvi otkriveni mehanizam transgeneracijskog nasleđivanja epigenetičke informacije je genomsko

utiskivanje.
4

GENOMSKO UTISKIVANJE (imprinting)
Genomsko utiskivanje je fenomen kom podležu neki geni u muškoj i ženskoj gametogenezi. Da
li će taj gen biti eksprimiran u potomstvu zavisi od toga da li je taj alel poreklom od mame ili od tate. Ti
geni se zovu imprintovani ili utisnuti geni kod sisara ih ima oko 1300.
Postoje geni čija aktivnost u potomstvu zavisiti od toga da li je nasleđena varijanta od oca ili od majke.
Dva gena: gen A i gen B

- U ženskoj gametogonezi (oogenezi) u jajnoj ćeliji gen B ostaje aktivan, gen A se gasi.
(DNK metilacija i histonske modifikacije)
- U muškoj obrnuto.
U gametogenezi prvo se svi markeri obrišu, sledi reprogramiranje, pa pri nastanku zigota ponovo
brisanje markera osim sa utisnutih gena koji će se ispoljiti u telesnim ćelijama zigota.
Kada embron počne da pravi gamete, kada se izdvoji njegova gametska linija u njoj počinje
brisanje markera i uspostavljanje obrazca ekspresije tipično za pol embriona:
- Ako je ženski pol potomka, u gametogenezi će se desiti epigenetičke modifikacije koje će ugasiti
gen A, a gen B ostaje aktivan.
- Ako je muški pol potomka, u gametogenezi je obrnuto, gen A je aktivan, a gen B neaktivan.
Dakle u spermatogenezi i oogenezi dolazi do epigenetičkih obeležavanja koje se prenose na potomstvo.

U svim telesnim ćelijama potomka održava se obrazac dobijen od mame i tate - od mame B, od tate A,
mamin A i tatin B će biti ugašeni.
Potomak u telesnim ćelijama zadržava epigenetički obrazac dobijen od mame i tate, a u gametskoj liniji
se prvo brišu svi markeri, pa se uspostavlja obrazac ekspresije tipičan za pol.
5

Kod sisara ima više od 1300 gena mogu da se imprintuju. Ti geni se ispoljavaju u različitim
tkivima, ali najviše u placneti i mozgu.
U neokorteksu i prefrontanom korteksu koji sadrži (asocijativne zone važne za inteligenciju) je

više aktivnih gena (alela) koji su nasleđeni od mame. U limbičkom sistemu (emocije, afekt) više je
aktivnih gena (tj. alela) nasleđeno od tate. Pametni smo na mame, a emotivni na tate.
Kako se utiskuju geni
Utiskivanje je prisutno kod sisara i cvetnica. Zajedničko za oba je da potomak sisara rase u mami,
a klijanac cvetnice raste u semenu na biljci mami. Endosperm je u cvetnicama no što je placenta kod
sisara.
Kod sisara većina imprintovanih gena (čija ekspresija zavisi od porekla maminog ili tatinog) su
grupisani u jata sa zajedničkim kontrolnim regionom utiskivanja ICR (= cis regulator) koji reguliše
gašenje ili paljenje čitave grupe (sin. gDMR gametski diferencijalno maetilovani regioni, zato što su u jednoj
gametskoj liniji upaljeni, a u drugoj ugašeni).
ICR ima puno ponovaka CG dimera, i zato pravi petlje (Sekundarne strukture) za koje se vezuju
razni nehistonski proteini, za koje se smatra da određuju da li će taj region biti metilovan ili ne.
Tu učestvuju enzimi (DNK metil transferaze) Dnmt3 koja radi de novo metilaciju (jednoj
gametskoj liniji gde je sve obrisano treba da de novo da se metiluju tačno određeni ICR-ovi tj. geni).
Zavisno od toga koji se protein veže za petlju, on će da naviguje Dnmt3L da se zakači ili ne
(zavisno od gametske linije - da li je muška ili ženska). Dnmt3L ne metiluje sama, već nakon vezivanja
aktivira Dnmt3a i Dnmt3b koje rade de novo metilaciju.
Dnmt3L je ključna za genomsko utiskivanje, jer ona targetuje mesta koja će biti metilovana ili ne.
Utiskivanje - geni se u jednoj gametskoj liniji upale, a u drugoj ugase.
6

Primer utiskivanja je gašenje i paljenje igf2 gena (insulin-line growth factor-a) koji se pali u placenti
(stimuliše rast placente, trasnort materija od mame ka fetusu, rast embriona).
Igf2 je aktivan u tatinoj ćelijskoj liniji, a u maminoj je ugašen. To se dešava na sledeći način:
- kod mame, za ICR se veže protein BORIS i to sprečava metilaciju ICR-a. Napravi petlju koja
onemogućava da dođu u kontakt pojačavač i promotor Igf2 gena. I Igf2 gen je ugašen.
- kod tate, ICR se metiluje jer se za njega ne vezuje Boris, ne sprečava se kontakt promotora i pojačavača
i gen je aktivan.
Ovde metilacija aktivira gen. ima dosta tih situacija, ranije se mislilo da metilacija samo gasi gen.
Ova kopija gena poreklom od tate je aktivna u embrionu, a mamina je ugašena.
Mama ima odgovor na ovo:
- Igf2r (receptor za igf2 tj. insulin like growth factor) je aktivan kod mame, a neaktivan kod tate.
Ovaj receptor zakači faktor rasta, uvuče ga u ćeliju, ubaci ga u lizozome, degraduje ga i tako smanjuje
efekat faktora rasta (insulin-like growth factor-a).
Igf2r je kod mame nemetilovan, a kod tate metilovan i ugašen.
Ovo je odgovor mame na napad tate. Mama ne prepušta u potpunosti aktivnost growth faktora
tatinim genima. Ona ih takođe kontroliše.
Tata ima još jedan odgovor: promotor se antisens transkribuje, nastaje lncRNK (AIR) koja
represira receptor Igf2r.
7

Hipoteza genetičkog sukoba: muški i ženski pol imaju različite interese u reprodukciji, jedan pol je uvek
ograničavajući.
Interes mužjaka (sisara) je da oplodi što više ženki i da potomak izvuče što više resursa iz mame
(da bude što veći, krupniji i kvalitetniji).
Interes mame jeste da potomak bude dovoljno kvalitetan, ali ne da uloži sve u jednog potomka, jer
je njena reprodukcija ograničena.
Ženka može da da mnogo manje potomstva od mužjaka koji može da se ukršta sa puno ženki.
Mama je ograničavajući faktor, mora da se brani od tatinih gena koji bi da iscrpe što više resursa iz nje.
Sukob polova i njihovi suprotni interesi doveli su do nastanka ovih alternativnih procesa paljenja i
gašenja gena u jednoj ili drugoj liniji - tj. genomskog imprintinga, primer je Igf2 gen.
Na molekulskom nivou rezltat je genomski imprinting:

U placenti su aktivni očevi geni (npr. Igf2) čije je interes da placenta bude što razvijenija i da izvuče što više resursa iz majke.
Majka evoluira mehanizme na drugim genima koji poništavaju taj efekat, primer je insulin-lajk grou faktor.
Potvrda:
Eksperimentalno su napravljeni homogametni diploidi:
spojeni su nukleusi dve oocite (ginogenot) i spojene su dve spermatocite (androgenot).
genetički je sve uredu, svi su geni na broju.
Ni ginogenot ni androgenot ne završavaju razviće, jer kod ginogenota kada se spoje geni koji
su ugašeni u ženskoj liniji, uopšte neće biti ekspresije tih gena. Isto je i kod androgenota.
Kod ginogenota embrion se skoro normalno razvija (ne potpuno normalno), ali placenta je loša.
Kod androgenota je obrnuto placenta je odlično razvijena, a embrion jako loše.
Peg 10 i Peg 11 geni (poreklom od visrusnih gag gena) su važni za razviće placente, i aktvne su tatine
kopije u placenti.
8

SK
KRIPTA, Princiipi molekullarne i feno
otipske evollucije, Iva
an Petrovićć 2015
Kod biljaka
b u enndospermu koji
k je analoog placenti kod sisara, ima oko 2000 gena kojii se imprintuuju
i u endosperm mu je punoo aktivnih tatiniht genaa koji trebaa da izvukuu što više rresursa od majke i daa ih
naatovare u endosperm kooji je potrebban za razvićće klijanca i biljke.
Hipotteza genetiččkog sukob ba je prihvaćena, ali pitanje

p je kako
k je počela evolucijija genomskkog
utiiskivanja:
1) zaašto je seleektovano too da mamaa gasi nekee gene čim me smanjujee kvalitet svog
s potom
mka
(sm
manjuje ulaaganje u potomka), jerr ako je kvaalitet potommka manji i njena adapptivna vredn nost preko tog
t
pootomka bi biila manja.
(jeer smanjivannjem kvaliteeta potomkaa smanjuje i svoju adapptivnu vrednnost.)
2) zašto bi se mama
m odricaala ekspresijje nekih svo
ojih gena, a stimulisala ekspresiju
u nekih tatinih
gena. Interes svake
s mame bi bio da se njeni genni prenesu i da budu akktvini u potoomstvu.
Kooadaptaciona hipoteza rešava ovvo i objašnjjava:

Genommsko utiskivvanje je nasstalo jer su f-je
f placentee i hipotalam musa moralle biti koord
dinisane.
Imprinntovani genni poreklom od tate, akttivni su u pllacenti i hippotalamusu.
- Placenta
P služi za komunikkaciju izmeđ
đu mame i fettusa, i endokkrinu hormon
nsku funkcijuu
- Hormoni
H plaacente menjaj
aju metabolizzam majke, njenu fizioloogiju, što om
mogućava daa se
mateerije koje bi inače majkaa potrošila, preusmere na
n fetus. Tajj hormonski status utičee na
epigeenetičke proomene u hipootalamusu, pripremajući
p majku za onno nakon porrođaja (dojennje,
emoccije, brižnostt i sl).
Maama je trudnna - embrioon, placenta.
- 3 tkivva: hipotalaamus embrioona, hipotallamus mam

me, placenta..
- 2 gennoma: mam ma i fetus.
- Tatini geni su aktivni u placenti

p i hipotalamus
h su embrionna. U mamiinom
hippotalamusu su aktivirani geni njenog tate tj. dede embrioona (Važnoo za
Kooadaptacionnu hipotezu)).
Muškii aleli se ekkprimiraju u 2 genom

ma (mamin i embrionovv) i u 3 razzličita
tkiiva (hipotalaamus mamee, hipotalammus embrionna i placentaa).
Placennta (osim kommunikacije maama-fetus) im

ma endokrin
nu hormonskku funkciju::
- menjja fiziologiju i metabollizam majkee i usled togga počinje da
d ulaže resuurse u razviće potomkaa.
- utičee i na maminn mozak (hiipotalamus)), što pripremma mamu zaz dojenje, bbrigu o poto
omstvu
prloakktin - dojenje.
Mušk ki geni instrruiraju mam mu da ona doji, brinee o deci.
Da bi se to održaalo to moraa da povećavva adaptivn

nu vrednost ženke. Bezz genomsko og utiskivannja,
genomsko slaaganje mamme i potomsstva zavislio bi samo od genetičkkih kombinnacija - postoje genetiččke
koombinacije kod
k mame kojek ne moggu da doveddu do toga da d ona brinee o potomsttvu, kod emmbriona takoođe.
Bez epigenetike
e i hormonsske uloge placente, uspeh
u reproodukcije bii zavisio od
o stohastiččne
genetičke kommbinatorikee. Umesto genetičke kombinator
k rike, epigennetički obraazac (porek
klom od occa i
9

dede) reguliše reproduktivne f-je mame i fetusa. To je paralelni obrazac nasleđivanja, epigenetički, koji
podrazumeva genomsko utiskivanje i koji povećava adaptivnu vrednost i muškom i ženskom partneru.
Geni hipotalamusa reaguju na hromone placente, u hipotalamusu potomka aktivni su tatini geni,
prirpemaju ga za termoregulaciju, za refleks sisanja. Ekperimantalno gašenje ovih gena izaziva problem
sa termoregulacijom i ponašanjem potomstva.
Primer, Peg3 gen (paternalno aktivan ge, Tatina kopija je aktivna) kontroliše ćelijsku
proliferaciju i apoptozu u razviću.
- eksperimenatlno inaktivirane obe kopije (nema produkta) - sporije razviće embriona, mladunci
ne umeju da sisaju (nisu instruirani za sisnaje).
- kod takvog ženskog potomstva - smanjen broj neuraona hipotalamusa,
poremećena briga o potomstvu, smanjen apetit, mala proizvodnja mleka. (njeni potomci
su mali sa malom šansom opstanka).
- kod takvih mužjaka potomaka - nema tipičnog seksualnog ponašanja, agresija,
udvaranja.
Nastanak epigenetičkog modifikovanja ekspresije gena?
Hipoteza odbrane domaćina. Prvi razlog epigenetičog modifikovanja (lepljenje epigenetičkih

informacija na alele) je odbrana od ME, jer se i pokazalo da su u genomima ME preferencijalno
metilovani (utišani). To je pokazatelj da je prva uloga epigenetičkog modifikovanja gena bila odbrana od
domaćina. Poređenje ortolognih gena monotremata (sisara koji nose jaja) i torbara i pravih sisara
(placentalnih) koji su aktivni u mozgu, placenti je pokazalo da ortologni geni kod placentalnih sisara i
torbara imaju mnogo više ME nego isti ortologni geni kod monotremata. Ekspanzije ME-ata do koje je
došlo nakon odvajanja (pre 210 miliona godina), je omogućila genomsko utiskivanje i nastanak kopija
Dnmt3L što je pokrenulo evoluciju genomskog utiskivanja.
10

Odgovor daje Koadaptaciona hipoteza, po kojoj je genomsko utiskivanje kod sisara nastalo jer je
neophodno da kooordinirano funkcionišu placenta i hipotalamus. (da se usklade razviće potomka i
postnatalno ponašanje majke sisara).
Važno za koadaptacionu hipotezu je da je veliki broj gena koji je aktivan u placenti, aktivan i u
hipotalamusu, a aktivni su ako su poreklom od tate.
- Placenta služi za komunikaciju između mame i fetusa, i endokrinu hormonsku funkciju.

- Hormoni placente menjaju fiziologiju i metabolizam majke, što omogućava da se
materije koje bi inače majka potrošila, preusmere na fetus. Utiču na hipotalamus,
pripremajući majku za ono nakon porođaja (dojenje, emocije, brižnost i sl).
Veza sa evolucijom genomskog inprintinga:

- geni koji su aktivni i u placenti i u hipotalamusu, aktivni su u placenti kod majke, u
hipotalamusu majke i hipotalamusu fetusa.
- geni koji su aktivni u hipotalamusu mame, su poreklom od dede fetusa.
To su:
- tri tkiva (placenta, hipotalamus fetusa i hipotalamus mame), placenta.
- dva različita genoma: genom mame i genom fetusa.
Ukoliko bi sve zavisilo od genetike, bez epigenetike, dva različita genotipa (mame i fetusa) bi
morali potpuno da se uklope da bi se zadovoljile sve reproduktivne funkcije majke. Pitanje je da li bi se ta
dva genotipa uskladila u svim intra- i postuterinim funkcijama
Linija kontinuiteta je epigenetička linija muškog pola, deda i tata:

- Imprintovanje omogućava da geni poreklom od tate budu aktivni u placenti, u hipotalamusu
fetusa (priprema za sisanje, termoregulaciju), u hipotalamusu majke aktivni su geni koje je ona nasledila
od svog oca, tj. dede fetusa. To je muški kontinuitet.
To je u korist majke: Postoji kontinuitet u muškom polu, ali mama kontroliše inprinting - utišava
gene. Ona je utišala svoj gen i prepustila tu funkciju očevim genima tj. muškim genima, što je u njenom
interesu jer je to priprema za negu potomstva.
Kontinuitet održava muška linija, ali majka kontroliše, ona inprintuje i gasi sopstvene gene, jer
ima od toga interes.

11

Epigenetički nasledni sistemi (opšta razmatranja)
Genomski imprinting u konteksu u kom se ovde koristi, odnosi se na specifične gene koji zavise
od porekla roditelja, znači njihova aktivnost u potomstvu zavisi od toga koji roditelj je taj alel preneo.
Postoji mnogo drugih gena koji nezavisno od toga da li su nasleđeni od mame ili tate, mogu da
prenose epigenetički obrazac svoje aktivnosti. yyy
Postoje i geni koji nisu imprintovani (tj. koji nisu u oogenezi ili spermatogenezi specifično epigenetički
obrađeni, čija aktivnost u potomstvu ne zavisi od identiteta roditelja koji ih je preneo), a zavisni su od uticaja životne
sredine, mogu da prežive gametogenezu i da u narednoj generaciji rekonstruišu epigenetički obrazac
svoje aktivnosti.
Pod Epigenetičkim nasleđivanjem:

- u užem smislu podrazumevamo histonske modifikacije i DNK metilaciju;
- u širem smislu podrazumeva sve nivoe regulacije aktivnosti gena (transkripcioni nivo - histonske
modifikacije i DNK metilaciju, i druge nivoe male ncRNK, posttranslacioni nivo - modifikacije proteina,
peptida, svi nivoi ekspresije gena i u najširem smislu to podrazumevamo pod epigenetikom. Dakle:
da li sve to i u kojoj meri može da se nasledi i u potomstvu, a da je sredinski indukovano kod roditelja?
Uvodim pojmove (analogija sa genetikom):
Epigenetički nasledni sistem - obrazac fenotipske ekspresije se prenosi u naredne generacije.

Epigenetička informacija može da prođe kroz gametsku fazu i mejozu i da se rekonstruiše u potomstvu.
-Epialeli, (alel = različita genetička varijanta nekog gena, gen može da ima različite alele jer može da ima donekle
različitu sekvencu), su varijante koje se ne razlikuju u sekvenci, već u stanju ekspresije. Ekspresija gena
koji imaju epialele zavisi od uticaja životne sredine. Epialeli imaju često ugrađen na nekom mestu ME.
Poreklo epigenetičkih mehanizama je zaštita domaćina od ME. Ekresija epialela sa ugrađenim
ME-tom se lako menja pod uticajem različitih faktora, taj ME se metiluje, tj. menja se epigenetički status
tog gena, zavisno da li je za njega zakačen epigenetički marker koji treba da utiša taj gen.
Epialeli u širem smislu podrazumevaju različita stanja ekspresije bez obzira na sekvencu i česti su
geni koji imaju različite alele ali imaju i epialele sa ugrađenim ME-om.
-Epimutacije - promene ne u gentičkoj sekvence već u epigenetičkom statusu. yyy
12

Epialeli su aleli koji se razlikuju po stanju aktivnosti, imaju identičnu sekvencu, ali jedan je
aktivan a drugi nije. Podrazumevamo da će stanje aktivnosti bar nekog od njih biti zavisno od životne
sredine. Često sadrže ME, što govori o poreklu epigenetičkih sistema (a to je zaštita od ME).
Epimutacija je promena stanja ekspresije gena (a u genetici su mutacije promena sekvence).
Načini prenosa epigenetičke informacije iz jedne generacije prenese u drugu generaciju.

Ima više načina da se u potomstu rekonstruiše epigenetički obrazac roditeljske generacije:
Postoji tri različita načina(crtež):
1) soma-soma nasleđivanje: to nije pravo nasleđivanje kroz gametogenezu, već u jednoj

generaciji somatske ćelije bivaju sredinski instruirane i uspostavlja se neki obrazac ekspresije, a u
narednoj generaciji se to ponavlja.
Pod uticajem sredine nastaju neke epigenetičke promene u somatksim ćelijama nekog organizma,
i ta informacija se prenosi kroz generacije.
2) soma-germ: (sredina je prvo delovala na somatske ćelije) iz somatskih ćelija informacija ulazi
u gametske ćelije, a onda se prenosi germ linijom u naredne generacije.
3) germ-germ: sredinski faktori deluju na gametske ćelije i promene njihov epigenetički obrazac i
to se prenosi u naredne generacije.
Sve ovo podrazumeva da nema genetičkog već znači isključivo epigenetikog nasleđivanja.
SOMA-SOMA nasleđivanje
Najjednostavije je kod 1-ćelijskih organizama: 1-ć eukariot se podeli i ćerke ćelije dobiju iste
epigenetičke informacije koje je imala i mama.
Lako razumemo kako se epigenetička informacija prenosi u narednu generaciju, prosto ćerka ćelija
dobije sve informacije koje je imala i mama ćelija.
Pod uticajem sredine promenjeni epigenetički status mame ćelije biće prenet različitim
mehanizmima (modifikacijama histona, metilacijama DNK, malim nekodirajućim RNK molekulima,
itd..) i na ćerku ćeliju.
13

Soma-soma nasleđivanje je jasno kod 1-ćelijskih organizama: mitozom nastaju nove ćelije koje
nose iste epigenetičke informacije.
Pod epigenetičkom informacijom mi često podrazumevamo epimarkere koji kontrolišu transkripciju.

Međutim, deobom ćelije deli se celokupna ćelija: nasledni materijal, citoplazma i membrana.
Dakle, epigenetička informacija (jedne ćelije koja je npr. indukovana sredinskim stimulusom)
podrazumeva da se metabolizam te ćelije umrežio na adekvatan način. Kada se ta ćelija podeli, ta samoodrživa
metabolička mreža se takođe deli i prenosi na ćerke ćelije. Ovde sada ne govorimo o transkripcionoj regulaciji, već
o svim drugim nivoima regulacije pa i o posttranskripcionoj regulaciji. yyy
⌦ Fenomen Samoodržavanje metaboličikih mreža u ćeliji:
Primer Candida albicans (1-ć gljiva), izloženost povišenoj temperaturi indukuje epigenetičke
promene koje menjaju čitav metabolizam (tj. menjaju metaboličku mrežu) menja se morfologija i boja
ćelije, mogućnost naseljavanja novih staništa (i ta promena nije samo na nivou transkripcije (paljenju/gašenju gena na
nivou transkripcije) već i postranslaciono (modifiacija proteina koji su već bili sintetisani) ). Takva metabolička mreža
(tj. infromacija) se nasleđuje narednih 10.000 generacija bez nove temperaturne indukcije (tj. bez novog
sredinskog stimulusa).
Dakle, geni su ostali isti, a prenosila se modifikacija proteina 10.000 generacija naravno bez novih
sredinskih indukcija, znači taj epigenetički obrazac se prenosio bez novih sredinskih stimulusa.
Primer je gljiva Candida albicans: temperaturnom indukcijom izmenjena je metabolička mreža i

ona se videla prosto po promeni boje i promeni morfologije ovih ćelija. Nakon te jedne temperaturne
indukcije takav metabolizam, takva morfologija i boja ćelije se održavala u narednih 10.000 generacija
znači bez dodatnih novih sredinskih uticaja.yyy
Primer Kvasac Saccharomyces cerevihiae enzim proteaza B u vakuolama vrši samoaktivaciju,

sredinska indukcija (pH, temperatura, promena hranljivog medijuma) izaziva da proteaza B iz neaktivnog
prekursora pređe u aktivni enzim. Aktivna forma vrši samoaktiviranje prekursora i to je beskonačna
samoaktivacija. Tu nasleđivanje nije genetičko, već kada se ćelija deli nasleđuje se forma proteina koja se
naleđuje i u ćerke ćelije.
Drugi primer samoodržavanja metaboličkih mreža: kod kvasca u određenom hranljivom medijumu dolazi
do indukcije enzima protaze B u aktivnu formu. Dalje taj enzim u aktivnoj formi, indukuje neprekidno konvenziju
neaktivne forme u aktivnu (samostalna konverzija u aktivnu formu) i taj proces je beskonačan. Ako je ćelija
nasledila aktivnu formu, svaka nova sinteza ovog enzima će indukovati aktivnu formu. To nema veze sa
genetikom, već sa svim onim što sledi iz ekspresije gena. yyy
⌦ Fenomen Strukturno nasleđivanje:

Struktura ćelije nakon podele instruira strukturu ćerke ćelije. 2 tipa: membrana i proteini.
1) Strukturno nasleđivanje u formi membrane. Npr. Jedna ćelija pod delovanjem sredinskih
faktora epigenetički se modifikovala, tako da na membrani ima različičit broj i vrste receptora i proteina
uglavljenih u membranu. Kada se deli ćelija deli se i njena membrana. Ta preneta roditeljska membrana
će upravljati formiranjem membrane ćerke ćelije (misli se na sve membrane: spoljašnju, ER, sve organele
koje imaju membrane, Mitohondrije...).
Membranom je informacija koju sadrži membrana (informacija kako će izgledati membrana
ćerke ćelije).
14

Genom sadrži genetičku informaciju, membranom sadrži informaciju kako će izgledati membrana ćerke ćelije.
Strukturno nasleđivanje, kada se deli ćelija, ona mora da napravi i dobar deo nove membrane, i to
radi na osnovu stare membrane. Svaka informacija, modifikacija koju sadrži stara membrana biće preneta
na ćerku ćeliju.
Imamo novi pojam – membranom – to je informacija koju ima sama membrana, svaka strukturna
modifikacija koju ima membrana, biće nasleđena i u ćerki ćeliji. To je takozvano strukturno
nasleđivanje i ono NEMA veze sa genima. yyy
Membrane se takođe epigenetički dele, njihov sastav, proteini, lipidi dakle sve se menja pod uticajem
sredinskih činioca.
Kada se deli ćelija deli se i membrana. Stari oblik membrane služi kao matrica za sintezu novih delova
membrane, dakle i membranomi i membrane su mesta koja čuvaju informaciju majke ćelije. Znači to je
nešto vrlo bitno. yyy
2) Nasleđivanje kodirano proteinima - strukturno nasleđivanje u formi proteina

Kada se ćelija podeli, prenosi ćerkama ćelijama mnogo svojih proteina koje je sintetisala u citoplazmi.To
u velikoj meri definiše samu ćerku ćeliju.
Poseban nivo nasleđivanja kodiranog proteinima su Prioni.
15

___________________________________________________________________________________
Prioni su proteini koji imaju najmanje dve konformacije:
- normalnu konformaciju - solubilnu strukturu bogatu alfa-spiralama,
- prionsku konformaciju - amiloidna struktura bogata beta pločama.
Prioni spajanjem sa drugim molekulima iste sekvece, prave beta ploče (jezgro priona) i taj prion
ima sposobnost da sve druge proteine iste sekvence preobrazi u amiloidnu formu. I tako se dobija jezgro
koje se povećava, (to je to nasleđivanje same strukture proteina), u tom procesu učestvuju brojni faktori
remodelovanja proteina koji drže stabilnu prionsku strukturu i neki šaperoni.
Kada dovoljno naraste, prion može da se podeli i da dospe u ćerku ćeliju nakon deobe. I to je
nasleđivanje kodirano proteinima.
Prioni se obično vezuju za bolesti (lude krave), međutim prioni (promena konformacije u prionsku
strukturu) mogu biti evoluciono važni. Kvasac ima oko 20 proteina koji mogu da formiraju prionske
amiloidne strukture, čim promene svoju strukturu, proteini menjaju i svoju funkciju.
Kod kvasaca je dobro proučeno 9 proteina koji mogu formirati prione, najčešće to znači gubitak
funkcija, ali u određenim uslovima upravo taj gubitak funkcije može dovesti do nastanka novog fenotipa.
To je pokazano za translacioni terminacion faktor sub35 koji može da pravi prionske amiloidne
strukture.
(slika: ćelije u jednoj životnoj sredini koje nemaju

prione.) Prionske strukture spontano nastaju u populaciji, ali u
stresu bar 60 puta češće nastaju prionske strukture, stres
indukuje promenu konformacije proteina.
sub35 normalno fukcioniše u normalnoj životnoj
sredini, kad se desi stres, češće dolazi do nastanka prionske
sturkture translacionog terminacionog faktora. Kada pređe u
novu prionsku strukturu, njegova fukcija je značajno slabija i
dešava se da se iRNK translatira i nakon stop kodona i da se
dobiju neki novi proteini. Tako može da se otkrije genetička
varijabilnost koja ranije nije postojala.
Postoje podaci da se zbog ovakvih prionskih efekata
menja adhezija ćelija (pominjano u kontekstu nastajanja
višećelijskih organizama), tj. menja se fenotip celije, menjaju se
razne komponente ćelijskog metabolizma.
Kod kvasca u eksperimentu, prionska sturktura sub35

dovela je do toga da u novoj sredini nastaju nove varijante adekvatne za novu životnu sredinu, novi
fenotipovi. Sve dok traje taj stres, selekcija će favorizovati prionske strukture. U tom nasleđivanju
prilikom deobe, selekcija neće eliminisati one ćelije koje imaju prionsku strukturu, već će njihova
učestalost rasti. Selekcija ovde ne deluje ovde na nivou gena, već na nivou strukture proteina koja se
onda nasleđuje kroz ćelijsku deobu.
Moramo da se udaljimo od ideje da se samo geni nasleđuju.
yyy
_________________________________________________________________________________
16

Prioni su "proteini u pogrešnoj konformaciji". Neki proteini mogu da imaju različite
konformacije, a neke od njih mogu biti prionske konformacije. Najveći broj proteina ima solubilnu
strukturu (aktivnu strukturu), a neki od njih koji imaju neke specifične ponovke mogu da naprave
amiloidnu strukturu bogatu beta pločama.
Prioni su proteini koji imaju najmanje dve konformacije:

- normalnu konformaciju - solubilnu strukturu bogatu alfa-spiralama,
- prionsku konformaciju - amiloidna struktura bogata beta pločama.
Prioni instruiraju i druge proteine da zazmu istu konformaciju. Formiranje beta ploča
podrazumeva novu konformaciju, raskidanje starih i formiranje novih međumolekulskih veza
(Vandervalsove sile slažu proteine, formiraju beta ploče). Od malog broja napravi se jezgro, koje instruira
i druge proteine iste primarne strukture (=iste sekvence) da zauzimaju istu takvu konfomraciju, i jezgro se
širi i dobijaju se velike proteinske ploče. Kada se ćelija podeli i ćerke ćelije će dobiti paket svojih priona.
Kod ljudi se prionske bolesti dešavaju u mozgu, jer tu postoje proteini koji imaju potencijal da
pređu u prionsku konformaciju. Kod Aplizije (morski jež) prionska konformacija proteina obeležava
aktivne sinapse, to je stabilna epigenetička markica jedne aktivne sinapse. Kod ljudi ti protini imaju manji
broj tih ponovaka i ne zna se kolika im je uloga u markiranju aktivnih sinapsi kod ljudi, ali budući da su
sve prionske bolesti vezane za mozak (lude krave), moguće je da čovek ima mnogo proteina koji mogu da
zauzimaju prionske konformacije. Alchajmer ili Parkinskova bolest - u mozgu postoje plake proteina koji
su konglomerisani, to nije prava prionska struktura, ali se prave plake. Bez obzira šti te plake oštećuju
mozak, jedna hipoteza kaže da su one zaštita: mnogi proteini u nervnim ćelijama nakon nekog dužeg
vremena bivaju oštećeni različitim oksidativnim uticajima imaju citotoksično delovanje i mogu da dovedu
do odumiranja neurona, pa pravljenje ovih plaka je zaštita.
Prelazak iz neprionske u prionsku konformaciju može da ima veliki adaptivni značaj u nekim
sistemima: primer je kvasac koji ima 9 proteina koji mogu formirati prione (prionsku konformaciju) i još
18 proteina sa prionskim domenima. Kada pod nekim sredinskim stresom, jedan protein zauzme prionsku
konformaciju, on najčešće gubi f-ju ili značajno smanjenje f-je. Neki od proteina koji mogu da pređu u
prionsku strukturu mogu da dovedu do pojave nekih adaptivnih fenotipova: Primer je gen Sup 35- to je
transkripcioni terminacioni faktor koji ima ulogu u translaciji da kada se dođe do stop kodona učestvuje u
zaustavljanju translacije. Kada je u prionskoj konformaciji, on ne zazstavi translaciju na STOP kodonu,
nego se čita dalje. Tako se dobija otkrivanje neke informacije koja se ranije nije čitala. Možemo očekivati
da se u tom delu što se ranije nije čitalo akumuliralo mnogo mutacija (nije testirano selekcijom jer se nije
eksprimiralo), to značajno menja različte aspekte ovih ćelija: metabolizam i varenje drugih hranljivih
materija, opstanak pod temperaturana koje nisu optimalne za kvasac, menjaju se molekuli koji određuju
adheziju između ćelija.
Transkripcioni faktor mod3 može takođe da bude prion, koji reguliše ekpresiju gena za različite
adhezivne molekule na površini ćelije. U prionskoj konformaciji on toliko promeni ekspreijsu ovih gena
da se javlja tendencija privaljenja kolonija kvasaca (pahuljičenje). To znači da je i pojava višećeličnosti
mogla da bude uzrokovana, promenom konformacije proteina u prionske strukture.
Kada sup35 pređe u prionsku konformaciju i otvori mnoge informacije koje do tada nisu bile
otvorene, 25% tako nastalih fenotipova preživljavalo u novim uslovima što ranije nisu mogli.
Pod stresom pojava priona kod kvasca se povećava 60 puta.
17

Soma-soma nasleđivanje kod višećelijskih organizama.

Kako se somatička infromacije prenosi na somatičku infomaciju višećelijskog organizma, a da ne prođe
kroz gametsku liniju.
Soma-soma nasleđivanje je epigenetičko nasleđivanje u širem smislu, i zavisi od inter- i
intraindividualnih interakcija između simbionata, parazit-domaćin, efekti materinskog ponašanja na
fiziologiju i ponašanje potomstva, socijalno učenje i komunikacija itd.
Soma-soma nasleđivanje je epigenetičko nasleđivanje u širem smislu: svaki višećelijski organizam od

rođenja živi u određenom kontekstu sredine, u interakcijama sa drugim organizmima, taj sredinski kontekst može
da stvara neprekidno kroz generacije iste stimuluse za epigenetičko oblikovanje aktivnosti gena.
Primer: Mama ima nekog parazita koji u interakciji sa njenim ćelijskim sistemima menja epigenetička
svojstva nekih gena. Njen potomak će dobiti tog istog parazita, zbog toga će i u potomstvu biti rekonstruisan
epigenetički status mame. To je epigenetičko nasleđivanje u širem smislu. yyy
Primeri soma-soma nasleđivanja:
1) Pčele
U košnici su genetički identične jedinke, a fenotipovi su vrlo različititi:
- matica (hrani se, ukršta se, nosi jaja - jednostavno ponašanje),
- radilice (mnogo različitih uloga i ponašanja - negovateljice, čistačice, istražuju i donose polen,
komunikacija, orjenatacija itd).
-trut
Sve larve nakon izleganja prvih par dana se hrane matičnim mlečom, larva buduća matica
nastavlja i dalje da se hrani mlečom, dok larve buduće radilice prelaze na ishranu nektarom i polenom. To
menja ekpresiju njihovih gena: dalja ishrana melčom kod matica dovodi do sazrevanja ovarijuma;
radilice nemaju zrele ovarijume, strerilne. Velika je razlika u aktiviranim genima.
18

To je soma-soma nasleđianje: u jednoj generaciji imamo ponavljanje sredinskog stimulusa koji
pravi tu epigenetičku informaciju i takve fenotipove. U narednoj generaciji se to opet ponavlja. U svakoj
generaciji se indukovanje isti epigenetički obrazac.
U svakoj generaciji ponavljaju se isti epigenetički obrasci i u tom smislu soma-soma nasleđivanje
epigenetike je veoma stabilno.
2) Pacovi - Kako mama može da utiče na biološku memoriju ranog iskustva.

Praćena laktacija (dojenje) mame koja doji potomke samo u prvoj nedelji. Razikuju se brižne
majke (timare, njuškaju mlade) i nebrižne. Ponašanje brižnih majki pali različite gene kod mladunaca u
odnosu na nebrižne.
Kod mladunaca brižnih majki (njihov endokrini odgovor) je povećana metilacija gena za
glukokortikoidni receptor u hipokampusu. Ovi mladunci su pametniji (bolji rezultati na testu učenja i
memorije), otporniji na stres.
Kod nebržnih, potostvo ima povećanu metilaciju gena za estrogenskig receptor, pa žensko
potomstvo kod takvih majki dostiže ranije polnu zrelost, promiskutetne su, ali više su otporne na infekcije
i glad.
Oba ponašanja u različitim situacijama mogu biti adaptivna.
Ženke koje su imale nebrižne majke, velika je šansa da će ponoviti isti obrazac ponašanja, jer
dolazi do ponovnog reprogramiranja mladunaca na isti način. To je soma-soma nasleđivanje.
U prvoj nedelji laktacije, stepen metilacije različitih gena između ostalih i glukokortikoidnog receptora
bitno menjaju celoživotni epigenetički status.
-Kod miševa kada se ženke okote mogu da se razlikuju u pogledu toga koliko su brižne majke
tokom prve nedelje laktacije. Brižne, timare svoje potomstvo. To ima veliki efekat na potomstvo i
uzrokovan je povećanom metilacijom gena za glukokortikoidan receptor u hipokampusu. Potomstvo
brižnih majki ima povećanu otpornost na stres, veću sposobnost da uči i memoriše u odnosu na potomstvo
nebrižnih majki. Potomci nebrižnih majki će i sami biti nebrižni prema svom potomstvu.
U prvoj nedelji laktacije, stepen metilacije različitih gena između ostalih i glukokortikoidnog
receptora bitno menjaju celoživotni epigenetički status.
Kada imamo nebrižne majke povećava se metilacija gena za estrogenski receptor. Pa ti potomci,
posebno ženke, ranije ulaze u polnu reprodukciju, seksualno su neizbirljive i više su otporne na glad i
infekcije. Tako da u situacijama kada je populacija u nepovoljnim životnim uslovima, kada ima malo
hrane, adaptivna stratategija je biti nebrižan, zbog toga što to povećava reproduktivni uspeh te ženke, koje
su neselektivne one su privlačnije mužjacima, imaju veći broj potomaka, koje su zbog drugačijih
epigenetičkih markiranja su otporniji na glad, što je adekvatno za uslove u kojima se to dešava.
Kod ljudi: ako je majka depresivna u drugom trimestru trudnoće, dolazi do metilovanja
serotoninskog membranog transportera kod embriona. Ako mladunac ima problem sa transportom i
efektima serotonina to utiče na aktivaciju pojedinih gena u neuronima. Ti potomcij imaju povećnau
verovatnoću za različite simptome posttraumatskog stresa.
Kod ljudi: Studija za 14.000 različitih gena kod adolescenata od 15 godina, koji potiču iz bružne
porodice, i porodice u kojim su deca bila zanemarivana od prve godine do adolesecntnog perioda. Postoje
velike azlike u ekspresiji gena kod ove dve grupe (slično pacovima). Majka instrutira epigenetički, mozak
svog potomstva. I za muško i žensko potomstvo tokom prve godine života, ponašanje majke je od
presudne važnosti na to kakva će biti epigenetička memorija koja će se odraziti i na psihološki stautus
dece. Ponašanje oca je takođe važano, ali pik je oko 5. godine i bitnije je za devojčice, nego za dečake.
19

Ta memorija tog iskustva se teško može menjati, jer su to prve godine kada se beleže obrasci
ekspresije u neuronima.
Razlike u metilaciji, u svim ćelijama koje imamo - Način na koji smo svi odrastali i kakav je bio odnos u
roditeljskoj sredini bitno određuje epigenetički status naših gena za čitav život.
Kod depresivnih ljudi je drugačija metilacija glukokortikoidnih receptora, negho kod srećnih. To
ne zavisi od objektivnih okolnosti, već od subjektivnog osećaja sreće i nesreće.
Glukokortikoidni receptori su važni za neurotransmitere ali i za mnogo toga još: ima ih i na
površini imunskih ćelija, stres menja status imuskih ćelija - veza psihosomatskih poremećaja.
Soma-soma nasleđivanje podrazumeva ponavljanje epigenetičkog obrasca u svakoj generaciji,

koje nije vezani za gametsku liniju, ali se neprekidno rekreira. To je epigentičko nasleđivanje u širem
smislu.
Soma-germ nasleđivanje je kada iz somatskih ćelija informacije dospevaju do gametksih ćelija, a

kada dospu do gametskih ćelija one mogu da se prenesu u narednu generaciju.
Soma-germ nasleđivanje, podrazumeva da bi somatičke promene trebalo da utiču na promenu obrazaca u

germinativnim ćelijama tj. epigenetičke promene u somatskim ćelijama bi trebalo da utiču na epigenetičke promene
u germinativnim ćelijama.
Kod biljaka je to lako pretpostaviti: biljke imaju meristeme, iz tih tkova može da se razvije i
grančica i cvet i bilo šta drugo. Svaki spoljašnji uticaj na epigenetiku meristemske ćelije može da se
premese u narednu generaciju ukoliko se ona diferencira u gamet i gametske linije. Kod životinja je to
bitno drugačije.
Najveći broj primera soma-germ nasleđivanja imamo kod biljaka, zato što kod biljaka celog
života meristemske ćelije koje su izložene različitim sredinskim uticajima mogu da postanu polne ćelije.
Kod njih je neposrednija veza između sredinskih uticaja na somatske ćelije i na nasleđivanje.
Primer: Grabuljača
Usled sredinske indukcije ona na listovima napravi puno dlaka (lepljive i toksične za herbivore)
Sredinska indukcija je atak herbivora koji je jede, što je signal da u razviću razvija više dlaka. Ako
u jednoj generaciji postoji ta indukcija, u još dve generacije će se (bez novih sredinskih indukcija) taj
epigenetički obrazac će se ponoviti (preneti). Tu dolazi do hipermetilacije MID transkripcionog faktora.
20

Znači imamo neki stabilni obrazac koji dve generacije može da se prenosi
Maslačak:
Genetički identične biljke su izlagane različitih stresorima, praćeno je koliko se naslednih
epigenetičkih informacija tu desi. Mnogo epigenitičkih informacija se prenosi na potomstvo.
Kod biljaka je to lako jer nemaju jasnu podelu na somu i germ liniju.
Npr. maslačak (Taraxacum officinale) – apomiksijom se dobijaju genetički identične linije → izlaganje
različitim stresorima → nasledne promene metilacije na brojnim mestima u genomu
Imamo i maslačak, tu imamo mogućnost da se apomiksijom vrši razmnožavanje bez pravog oplođenja pri čemu se
opet mogu dobiti genetički indentične jedinke i tu se u sijaset eksperimenata pokazalo da izlaganje stresorima
pravi epigenetičke obrasce koji su stabilni u manjem ili većem broju generacija zavisno od stresora i zavisno od
toga šta je tu epigenetički izmenjeno.
-Kod grabuljače se javaljaju adaptivni epialeli za gustinu dlaka na listovima. To je važna

karakteristika u kojoj učestvuje veliki broj gena, služi za odbranu od herbivora jer dlake luče toksičnu
smolu. Kada se indukuje herbivorom veća produkcija dlaka (epigenetička informacija), to se nasleđuje
najmanje dve naredne generacije (bez nove sredinske indukcije). Epigenetički obrazac koji je doveo do
plastičnog odgovora (veće gustine dlačica) se održava još dve generacije. Ovde je važan transkripcioni
faktor MID i da se hipermetilacija tog gena održava dve naredne generacije, bez novih indukcija. Znači
provlači se kroz gametsku fazu još dve generacije.
-Kod maslačka, kada su napravljeni klonovi, genetički identične jedinke, jer se on apomiksijom
bespolno razmnožava, izlagani su različitim stresovima i tu su uočene nasledne promene epigenetičke
regulacije. Zavisno od stresa različiti setovi gena su epigenetički izmenjeni i nasleđivali su se upravo
takvi epigenetički obrasci.
21

-Kod životinja se postavalja pitanje: kako kod višećelijske životinje sredinski uticaj na telo
životinje može da se slije u gametsku liniju i da ima uticaj na narednu generaciju?
Pokazalo se da u tom procesu ogromnu ulogu imaju male nekodirajuće RNK (ncRNK). One se
udružuju sa RISC kompleksima, one mogu da diriguju gde će se uspostaviti stanje hipermetilacije i
različite druge modifikacije histona. Što je povezano i sa metilacijom same DNK. To su važne male
interferirajuće RNK (siRNK), one udružene sa kompleksima mogu vrlo precizno da diriguju koji će se
epigenetički obrazac uspostaviti. One mogu i da migriraju između ćelija, što se smatra jednim od načina
kako male nekodirajuće RNK mogu da dospeju i u gametsku liniju.
Primer: Nematoda Caenorabdites, hranjena je bakterijama koje imaju DNK niz koji
traskripcijom daje dsRNK (dvolančana RNK) koja je triger za obradu i može da nastane siRNK (smol
interfiring RNK). Ova siRNK (iz bakterija) targetuje ceh-13 gen Caenorabditesa koji je važan za razviće.
siRNK dospeva iz smotskih ćelija do gameta. (Male ncRNK mogu da se kreću između ćelija i da ulaze u
različite ćelija). Kod Caenorabditesa ova siRNK je dospela iz somatskih ćelija (jer je jeo te bakterije) u
gamete, targetovala je ovaj gen, dovela je do modifikacija ovog gena (modifikacija DNK i hromatina)
utišala je ovaj gen i napravljen je u sledećoj generaciji zdepasti fenotip.
Taj zdepasti fenotip se ponavljao 40 generacija, bez ponovnog hranjenja ovim bakterijama (tj. bez
novog stimulusa).
siRNK se ubacila u genosku liniju, angažuje proteine DNK metil transferaze, histonske
acetiltransferaze, targetuje gen i dođe do promene (metilacije DNK ili hromatina).
Znači, ncRNK upravljaju reprogramiranjem epigenetičkim u potomstvu.
Kod soma‐germ nasleđivanja kod životinja imamo sada malo veći problem.
Tu imamo vrlo rano odvajanje gametske ćelijske linije od somatičke ćelijske linije, od svih ovih somatičkih ćeliskih
linija koje možemo da zamislimo. Kako onda da se svije ta informacija do uskog grla gameta. Evo jedan jako dobar
primer‐ vrlo direktno nasleđivanje soma‐germ:
Caenorhabditis elegans: ishrana bakterijama, hranjen je bakterijama koje imaju DNK niz koji može da
produkuje dsRNK (dvolančane RNK)→ koje odgovaraju sekvenci gena ceh‐13 kod Caenorhabditis elegans‐
to je izuzetno važan TF koji učestvuje u razviću Caenorhabditis elegans) → iz te dvolančane RNK (dsRNK)
produkuju se siRNK (small interfering RNA) koje onda targetuju gen ceh‐13 izazivajući njegovu metilaciju
ili DNK ili hromatina dakle u svakom slučaju sprečavaju njegovu ekspresiju i evo šta se desilo, šta se tu
pokazalo: to se desilo kada je Caenorhabditis elegans hranjen tim bakterijama, ta epigenetička indukcija
desila se u somatičkim ćelijama, međutim pokazalo se da te siRNK migriraju iz somatskih ćelija ka
gametima, znači odu i u gamete → tako da u narednoj generaciji te iste siRNK targetuju opet ista mesta
koja će se ponovo utišati znači regrutuju sve one proteine, o tome smo dosta pričali, i diriguju time šta će
se ponovo metilovati odnosno šta će se sve hemijski modifikovati i ugasiće određene gene a to je u ovom
slučaju gen ceh‐13 i dovešće do modifikacija hromatina.
Kako se pokazalo ova ishrana dovodi do formiranja „zdepastog“ fenotipa i takav „zdepasti“ fenotip se
prenosio stabilno u narednih 40 generacija bez da se dodatno ubacivala hrana. Jednom indukovano imamo
prenošenje iste informacije u narednih 40 generacija dakle mali RNK molekuli jesu novi molekuli za
prenošenje epigenetičke informacije i oni mogu da migriraju iz somatičkih ćelija u gamete, što do skora nismo
znali, i da samim tim u gametskim ćelijama indukuju reprogramiranje odnosno obnavljanje obrasca koji
postoji u gametima.
Primer: Aguti miševi

Aguti gen ima više alela koji učestvuju u melanogenezi (boji krzna), pošto ima više alela i boje
miševa se razlikuju (od svetlih do tamno braon).
22

Među tim alelima postoji jedan megastabilni epialel koji može biti metilovan ili ne, sadrži
retrotranspozon IAP (=ME).
Kada je ovaj epialel prisutan u genotipu, (a drugi je jedan od normalnih polimorfizama tj. alela),
on ima plejotropno delovanje (boja krzna, razni metaboličiki procesi koji dovode do gojaznosti, različitih
bolesti).
Ako Genotip potomaka koji sadrži ovaj epialel (a drugi je bilo koji normalan alel) - ti miševi će
biti žuti debeli sa svim problemima.
Ali ako je njihova mama u ranoj trudnoći jela hranu sa puno donora metil grupa (vitamini grupe
B, B12 folna kiselina), epialel će biti metilovan (utišan), i taj alel se neće ispoljavati fenotipski u
potomstvu (iako im je prisutan u genotipu) i biće normalno.
Ovo se prenosilo još 2 generacije (stabilan braon fenotip), a mršav fenotip do F3 generacije.
Ovo se prenosilo ovako:

IaP retrotranspozon koji je ubačen u ovaj epialel je zaštićen od demetilacije ( i u gametogenezi i u
preimplantacionoj embriogenezi). Ako je metilovan to stanje metilacije će se održati i u gametogenezi i u
embriogenezi, pa će ćelija imati utišan taj epialel.
Tu se pojavljuje i siRNK (poreklom sa Iap retrotranspozona), koja opet kroz gamete instruira
kasnije u potomstvu ponovno metilovanje ovog epialela. Imamo ponovo rekodiranje epigenetičkog
obrasca kakav je bio kod roditelja.
Postoje i siRNK poreklom sa tog ME-a koji sadrži ponovljive nizove i samim tim diriguje sintezu
dsRNK iz kojih će nastati siRNK i vrlo je moguće da ti mali RNK molekuli (siRNK) ulaze u gamete.
Pošto se radi o mekom nasleđivanju, ova informacije su gubi posle određenog vremena, ako nema
nove sredinske indukcije.
-Miševi Aguti gen ima više alela, učestvuje u sintezi pigmenata i aktivan u koži, različite varijante tog gena (aleli)
dovode do modifikacija u boji krzna. Normalan fenotip boje krzna je braon.
Među alelima ovog gena postoji jedan metastabilni epialel koji ima ubačen u sebe IaP retrotranspozon.
Kada je prisutan ovaj epialel u genotipu dobijaju se miševi debeli, žuti, skloni dijabetesu i vrlo različitim bolestima.
Dakle IaP epialel ima i plejotropni efekat (osim kože eksprimira se i u brojnim drugim organima, tako da
kod ovih debelih miševa postoji niz problema - veliki, žuti i gojazni).
Kada je ovaj epialel hipermetilovan on se gasi (dominantan je drugi alel u genotipu) i dobija se normalno
potomstvo. U kom stepenu će biti metilovan ovaj epialel zavisi od ishrane majke.
Ako majke u ranoj trudnoći jedu hranu koja sadrži donore metil grupa (folna kiselina, vitamini iz B
kompleksa, čokolada) i iako je bila ukrštana sa mužjacima koji imaju ovaj epialel, među potomstvom te majke nije
bilo žutih i debelih jedinki.
Nema tih jedinku u potomstvu ukoliko je majka bila na ishrani bogatoj donorima metil grupa.
Ovo epistanje se nasleđivalo do dve generacije nakon prve generacije ishrane majke, mršav fenotip do F3
generacije (F0 je majka koja je jela).
Mehanizam ovog epigenetičkog nasleđivanja?

Retrotranspozon IAP je tokom svih brisanja epigenetičkih markera je zaštićen od demetilacije. On se
zadržava kao marker metilovan i u brisanju tokom gametogeneze i u preimplantacionom periodu razvića.
Tu može da se desi rekonstruisanje metilacionog obrasca posredstvom siRNK (koja je poreklom sa IaP
retrotranspozona). Dakle, epigenetički se nasleđuje i ponovo se rekonstituiše roditeljski epigenetički obrazac.
E sad, šta učestvuje u tom epigenetičkom nasleđivanju?

Prvo pošto je ME ugrađen verovatno je njegovo gašenje tj. njegova metilacija održava, čak i preživljava
sve faze brisanja (reprogramiranja) u velikoj meri znači ako je metilovan ME manja je šansa da će metilacioni
marker sa njega biti skinut.
Postoje i siRNK poreklom sa tog ME-a koji sadrži ponovljive nizove i samim tim diriguje sintezu dsRNK iz
kojih će nastati siRNK i vrlo je moguće da ti mali RNK molekuli (siRNK) ulaze u gamete.
23

Ljudi
Sredinski uticaj. Epigenetička informacija se nasleđivala.
- Istraživanje je urađeno na današnjim unucima ljudi koji su kao muški tinejdžeri u Švedskoj (XIX
vek) gladovali. Kod unuka tinejdžera koji su gladovali u XIX veku je produžen životni vek (imaju manje
problema sa bolestima).
Moguće je da je proenošenje infromacije povezano za IFG2 (inslin growth faktorom rasta).
- Glad u Holandiji (1944-45 godina), ljudi začeti u vreme te gladi imaju dosta nići stepen
metilacije IGF2 gena (tj. insulin growth faktora 2), gojaznost, dijabetes, kardiovaskulane bolesti. Oni koji
su bili ranije začeti pre gladi nemaju ove efekte.Znači, neki trenusi u razviću mogu biti vrlo podložni
sredinskim uticajima, a neki drugi ne. Začeće i rani periodi embriogenezi su podložni sredinskom uticaju
- gladovanju majke.
Primeri:
-Potomstvo začeto u vreme velike gladi u Holandiji, tokom II svetskog rata (zime 1944-45) ima niži stepen metilacije
insulinskog faktora rasta, a posledica je da potomstvo ima povećanu gojaznost, dijabetes, kardiovaskularne bolesti. Znači
samo ono potomstvo koje je začeto u vreme gladi, a ne i potomstvo kada su majke bile u poodmakloj trudnoći u vreme gladi,
što ukazuje da u određenoj fazi razvića ovaj epigenetički uticaj jeste važan.
-U Švedskoj u XIX veku ukoliko su dede kao tinejdžeri gladovali, njihovi unuci imaju produžen životni vek, imaju
mnogo manju incidencu dijabetesa. (Znači unuci, to je druga generacija). Ne zna se tačno na koji način se ova informacija
prenosila.
-U Gambiji, u Africi analiziran je epigenom leukocita dece iz seoskih krajeva Gambije koja su začeta u kišnom i u
sušnom periodu, što znači da su se majke različito hranile u tim periodima. Tu su potpuno različiti geni više, odnosno manje
metilovani, tj. epigenetički obeleženi kod jedne i kod druge dece. Na koji način se ovo nasleđuje, dotle studija još uvek nije
stigla, ovo je prva generacija.
24

Ovde postoje paralelni efekti:

- Mama i njeni gameti. Isti sredinski stimulusi daluju i na njenu somu i na njene gamete to su
paralelni efekti. Sredina deluje i na njene telesne ćelije i na gamete (ali u kojoj meri na gamete).
Analaiza spermatozoida i jajnih ćelija daje odgovor:
- sami spermatozoidi imaju na svojoj površini 8 hormonskih i 16 receptora za citokine, znači sami
gameti su podložni epigenetičkoj modifikaciji.
- oocite imaju receptore za različite hormone, za estrogen, androrecepor, hormon rasta, serotonin,
za značajne molekule u signalnom putu NOČ 1 i 2. Pošto postoje receptori znači da sredenski stimulusi,
jako utiču na epigenetički status samih gameta, a ne samo na somatske ćelije.
Primer:
Moljac - njihove larve, usled teperaturne indukcije ili su stavljene u električno polje, to su bile
larve sa mutacijom (kratka krila i loša reprodukcija), pri temperaturnoj indukciji dolazi do supresije ove
mutacije (ovaj alel je ugašen) i dobije se normalno potomstvo i situacija se zadržava 5 generacija. To je
paralelni efekat: Teperaturna indukcija je delovala i na somu tih larvi, i na njihove gamete.
Pacov: Neki sredinski stimulusi mogu da deluju samo na gamete, a ne na somu:

Pacov u periodu organogeneze kada mu se odvaja gametska ćelijska linija, tretiran je androgenskim
supresorom, to se odrazilo samo na njegove gamete, ne i na njegovo telo. Dobija gamete koji imaju takve
epigenetičke modifikacije, da u potomstvu ima povećana incidenca tumora, različitih bolesti, loša
reprodukcija potomaka. Ovaj uticaj na gamet je doveo do izmenjene matilacije najmanje 15 gena. I ta
situacija se održala naredne 3 generacije bez dodatnih sredinskih uticaja.
Soma-germ, sredinski uticaj utiče direktno na germinativne ćelije, na promenu epigenetičkog

statusa u njima.
Tu postoje paralelni efekti tj. sredinski efekat može istovremeno da utiče i na somatičke i na
germinativne ćelije; znači nema prenošenja iz some u germ, već su istovremeno oba tipa ćelija pogođena
nekim sredinskim stimulusom.
25

Primer:
- larve moljca izlaganje temperaturnom šoku, ili el.polju dovelo je do supresije mutiranih efekata.
Larve moljca sa SA mutacijom (kraće antene i loš reproduktivni uspeh), Temperaturni šok supresira ovu
mutacij i dobijaju se normalne jedinke.
Ova se promena ima veze sa modifikacijom hromatina na određenom skupu gena. Ona je
istovremeno zahvatala i gametsku liniju koja se formirala u larvama, i somatsku liniju larvi, pa je ovo
paralelni efekat. Stabilan epigenetički status se zadržava tokom pet generacija.
- Gameti istovremeno reaguju na sredinske stimuluse kao i čitavo telo jedinke jer:
i spermatoziodi i oocite imaju receptore za različite hormone. Ako postoji sredinski stimulus koji
utiče na promenu hormonskog statusa tela koji će zatim pokenuti promene epigenetičkog statusa naših
ćelija, to će uticati i na promenu epigenetičkog statusa naših gameta, jer i oni imaju receptore za hormone.
Kod spermatozoida je pronađeno 8 hormonskih receptora i 16 receptora za različite citokine, a kod
oocita različiti receptori za hormone (za estrogen, za antroreceptor, za hormon rasta, za neurotransmitere
(serotonin), za Notch1 I Notch2 koji su bitni u transdukciji signala). Tako da ne samo somatske ćelije već
i gameti imaju receptore i mogu da osećaju uticaje životne sredine.
- Uticaji životne sredine mogu da se odraze na gametsku liniju, ali ne i na somatičku liniju i tu je
jasno da se tada kroz gametsku liniju mogu prenositi takvi epigenetički obrasci.
Kod pacova je urađen tretman androgenskim supresorom u periodu kada se gametska linija
odvajala, dobijeno je: nije bilo efekata na somatičkim ćelijama samog pacova, ali potomstvo je bilo
obeleženo većim incidencom tumora, raznih bolesti, padom imunog sistema, smanjen reproduktivni
uspeh i tu je pokazano da je metilacijom izmenjena ekspresija najmanje 15 gena, a uticaj je bio samo na
gametsku ćelijsku liniju. Takav epigenetički status je nadalje bez nove sredinske indukcije održan tri
generacije.
26

Paramutacije (nisu mutacije koje dovode do promene sekvence) dovode do promene u ekspresiji
gena. Kod paramutacija, ako je jedan alel suprimiran, može da dovede do paramutiranja drugog alela i da
tako i njega suprimira.
Primer: Kukuruz, B1 gen (to je TF koji učestvuje u sintezi antocijanina), kada ima varijantu
(epialel) Bi ima puno antocijanina i biljke su tamne. Drugi epialel B prim je utišan. Kada je biljka
heterozigot Bi-Bprim, dobiće se svetle biljke bez obzira što jedan epialel treba biti aktivan.
Oko 100 Kb uzvodno od B1 gena, ima 7 ponovaka od 800 nt, i tu je region pojačavača. Ovi
ponovci i region pojačavača se transkribuju, nastane dsRNK koja je triger za siRNK. RNK zavisna RNK
polimeraza umnožava siRNK. siRNK targetuje gašenje gena sa kog potiče, u toj količini targrtuje i drugi
alel, da se i on ugasi - ona paramutira i drugi alel.
Taj paramutirani ako se nađe u heterozogotu isto će imati sposobnost da paramutira itd.
Najzanimljivije je, što i sad paramutirani epialel takođe će, kada se nađe u kontaktu sa ovim
drugim epialelom, da izaziva paramutaciju tog drugog epialela. Dakle, imamo nasleđivanje ove
sposobnosti da jedan epialel paramutira drugi alel.
Primer: Miševi, ovde učestvuje miRNK u paramutiranju.
Kit gen (gen za tirozin kinazu), važan,

- homozogtni mutanti ne preživljavaju tj. ne završavaju organogenezu.
- heterozigot kit mutirani alel - normalni alel nastaje fenotip sa belim šapama i
vrhom repa (jer tirozin kinaza učestvuje u melanogenezi).
Ukrštanjem heterozigota sa homozigotom, dobija se neočekivana velika proporcija mladunaca sa
belim nožicama i vrhom repa. Imaju genotip bez mutacije ali dobija se fenotip bele šape i rep.
27

Zbog ove mutacija tj. sa mutiranog alela se produkuju (čitaju) brojne falične iRNK (pogrešna
dužina, bez poliArepića). To indukuje RNK interfernciju preko miRNK. miRNK bi trebalo da smanjuje
ekspreiju ovog mutiranog alela.
U narednoj generaciji, spermatozoidi ovakvih mužjaka sadrže povećanu količinu te falične iRNK,
i kada se ukrste sa normalnim fenotipom ta povećana količina falične opet indukuje RNK interfernciju.
To je paramutacija - epigenetičko nasleđivanje koje je vezano za nekodirajuću RNK i nije vezano za
transkripcioni nivo, već za postranskripcioni nivo.
Ovakav fenotip se prenosi čak 6 generacija, ukoliko se ukrštaju paramutirane jedinke, i 2 ili 3
generacije ako se ukršataju paramutirani sa normalnim jedinkama.
Paramutacije - epigenetički transfer informacije sa jednog alela na drugi pri čemu se uspostavlja stanje genske
ekspresije koje se nasleđuje.
da se zadržimo na transkiptivnom nivou: vi imate dva alela- jedan je u aktivnom statusu a drugi je u
neaktivnom statusu. Ima situacija gde jedan alel koji je npr. u neaktivnom stanju, paramutira u drugi alel kada su
prisutni u istom genu, znači epigenetičko stanje jednog alela izaziva epigenetičke izmene drugog alela i to je
paramutacija pri čemu se taj paramutirani status nasleđuje.
Primer paramutacija vezan za posttranskripcioni nivo i miRNK (dok je kod kukuruza radilo o siRNK).
Kod miša na Kit genu koji kodira za tirozin kinazu: homozigoti za Kit+/+ su normalni, braonkasti pacovi,
- Homozigoti za mutirani Kit (označen kao Kit tm1Alf - mutacija delecija koja obustavlja sintezu tirozin
kinaze). Homozigoti za mutirani Kit ne mogu da prežive jer je tirozin kinaza vrlo važan enzim za brojne funkcije.
- Heterozigoti za mutirani Kit preživljavaju ali njihov fenotip je beli repić i bele šapice i tako se prepoznaje
koji je heterozigot za mutirani Kit a koji je homozigot za Kit+/+.
Kada se ukršta ovaj heterozigot za mutirani Kit (Kit+) sa normalnim homozigotom Kit+/+ dobijaju se
jedinke koje su normalni homozigoti Kit+/+ ali među njema veliki procenat ima beli rep i bele šapice. I kod njih
imamo neki fenotip koji nismo očekivali za taj genotip.
Rekonstrukcija događaja: u heterozigotu zigot produkuje određene proporcije nenormalnih RNK molekula,
bez poliA repića, znači dešava se transkripcija i nastanu nenormalne RNK. To sada trigeruje RNK interferenciju pri
čemu su u nju uključene miRNK koje prepoznaju one MRE regione i suprimiraju aktivnosti tih nenormalnih RNK
molekula. One se međutim nalaze i u gametima i prenose se i u gamete tako da kada vi imate normalni genotip iz
prethodnih ukrštanja sa roditeljem koji je bio heterozigot za mutirani Kit vi sada imate višak miRNK koje
suprimiraju ekspresiju i kad ne treba i zbog toga imate taj parafenotip koji ne odgovara fenotipu koji očekujete.
Ovako nešto se nasleđivalo čak do F2 generacije ukrštanja paramutanata sa normalnim Kit+/+ jedinkama koje su
imale normalni fenotip: tokom dve generacije se to održavalo kao epifenotip i tokom 6 generacija su jedinke koje
nose te parafenotipove međusobno ukrštane znači opet zanimljiv fenomen. Ovde nam paramutacija u stvari nije na
nivou transkripcije već na posttranskripcionom nivou.

Ovo su bili brojni primeri koji nam govore o tome na koje sve načine neki epigenetički markeri na
nivou transkripcije mogu da se provuku i kroz mitozu, i kroz mejozu, mogu da budu indukovani ili u
somatičkim ćelijama pa da se prenose u gametske ćelije, ili mogu biti indukovani u samim gametskim
ćelijama npr paralelnim efektima, ili male ncRNK mogu u gametima ponovo da se prenesu u narednu
generaciju i da tu diriguju rekonstrukcijom epigenoma koji je bio prisutan kod roditelja.
28

Imamo dva nivoa nasleđivanja (genetički i epigenetički). Moderna sinteza priznaje samo genetički
(tvrdo nasleđivanje), Evo-devo uzimo u obzir i epigenetičko nasleđivanje i to je osnovna razlika tj.
mogućnost da fenotip koji je sredinski indukovan bude i nasleđen. To bitno menja percepciju evolucije.
Evo-devo ne kaže da jednom indukovani fenotip će biti stabilan u narednim generacijama, zato to i jeste
soft nasleđivanje, bez novi sredinske indukcije ta epigenetička informacije kroz generacije pre ili kasnije
izgubiti. Po evo-devo koncepciji, ako postoji kontinuirana sredinska indukcija, ukoliko populacija kroz
generacije živi pod istom sredinskom indukcijom (primer genetičke akomodacije), znači da će seleckija
da fovorizuje upravu takvu epigenetičku informaciju koja vodi razviću fenotipa koji je najadekvatniji za
tu životnu sredinu. Recimo kroz genetičku asimilaciju odnosno kroz kanalisanje razvića, upravo takav
fenotip jeste adaptivan i onda će selekcija favorizovati kanalisano razviće (kanališuća selekcija). Ukoliko
se selektuje taj epigenetički fenotip, možemo da očekujemo epigenetičku akomodaciju kao prvi nivo.
Boldvin efekat - svaka mutacija koja stabilizuje takav pravac nasleđivanja će biti favorizovana.
Šmaljhauzen - usled sredinskih indukcija promeni se adapivni fenotip, promeni se pravac razvića,
ali se otvara i skrivena genetička varijabilnost. U toj skrivenoj genetičkoj varijabilnosti ukoliko neke
varijante vode kanalisanju ka optimalnom fenotipu biće favorizovane. To je u evo-devo koncepciji način
da fenotipska promena prethodi genetičkoj promeni. Ne mora da se čeka da gen mutira da bi se pojavio
neki fenotip. Fenotip može da se pojavi usled sredinske indukcije, a onda da kroz generacije se selektuje
upravo takvo razviće koje je epigenetički modifikovano. Tu je važno da se i epigenetički markeri mogu
nasleđivati. Ukoliko to traje dovoljno dugo, svaka genetička promena koja vodi upravo takvom razviću će
biti selektovana i to je onda i Hard promena - tj. genetička promena.
I Boldvin i Šmaljhauzen kažu genetička promena će slediti fenotipsku promenu ako se dese neke
mutacije u genima koji su uključeni u to razviće.
29

Da li epigenetička promena može da doživi direktnu konverziju u genetičku promenu:
Regioni koji su izloženi epigenetičkoj regulaciji npr. DNK metilacija - metiluju se Citozini u
pojačavačima i promotorima. Dobije se 5-metilcitozin.
Ukoliko se 5-metilcitozin dezaminuje dobije se Timin, tj. umesto GC para dobije se GT par.
Reparacioni mehanizmi ne mogu dobro da razlikuju T i C. Ukoliko ne poprave ovu zamenu nukleotida, u
sledećeoj replikaciji umesto GT para dobičemo AT par. To je tačkasta mutacija (promena sekvence).
Rezlutat toga: ako je citozin metilovan u regionu koji podleže epigenetičkoj modifikaciji jer tu
DNK metiltransferaza kontroliše da li je gen aktvina ili ne, ukoliko se tu izgubi Citozin, gubi se
mogućnost da se tu reguliše ekspresija i taj genotip se fiskira.
Promenjena sekvenca može da znači promenu pozicije nukleozoma, jer njegov položaj zavisi od
same skevence, a nukleozom tj. njegov položaj takođe spada u vid epigenetičke modifikacije. I to je opet
fiksacija određenog genotipa.
Znači, ona mesta podložana epigenetičkoj modifikaciji podložnija su i mutacijama. Ako imamo
neku epigenetičku modifikaciju koja se transgeneracijski prenosi (npr. metilovan neki gen), u nekoj
životnoj sredini stalno je takva modifikacija aktuelna, tu je veća verovatnoća da će se desiti mutacija nego
u drugim delovima genoma i ta mutacija može da fiksira upravo takvu varijantu ekspresije.
Zašto je važno da tp sve pređe u genetičku informaciju? To ne ono tvrdi nasleđivanje, to je

definitovni pokazatelj da je došlo do evolucije - želimo da kažemo da je evolucija genetička promena.
Soft nasleđivanje može da utiče na pravce evolucije na sve do sada opisane načine. Ali na kraju ipak
želimo da se desi i ta genetička promena koja će utvrditi tu promenu i to je onda Hard tvrda evolucija.
______________________________________________________________________________________
30

Kakve to sad ima veze sa evolucijom, kako se to ovde može prenositi?
Svaki od ovih nivoa epigenetičkog nasleđivanja nakon indukcije polako se ti epigenetički markeri
transgneracijski gase i nestaju, zbog toga se to i zove meko nasleđivanje.
Kod gena nemamo taj problem, gen ostaje isti i ne gubi svoj identitet kroz generacije.
Epigenetički markeri traju određeni broj generacija i onda se izgube bez nove sredinske indukcije, oni traju
kraće ili duže, ali svakako se gube.
Kako to kad je tako nestabilno može da utiče na sam proces evolucije?

Evo-devo kaže: u jednoj životnoj sredini transgeneracijski mi stalno imamo istu sredinsku indukciju, tako
da stalno imamo ne samo prenošenje epigenetičke informacije, već i stalno generisanje upravo te epigenetičke
informacije i selekcionisanje upravo takvog fenotipa koji je adekvatan za tu životnu sredinu.
Setimo se Boldvinovog efekta genetičke asimilacije, prvo sredinska indukcija zbog plastičnosti, zbog
široke norme reakcije omogući da se napravi jedan fenotip, i ukoliko je on adaptivan selekcija će taj fenotip da
favorizuje bez obzira na koji način se on ostvaruje genetički ili epigenetički. To će postajati najzastupljeniji fenotip
koji tu postoji.
Iz Vodingtonovih eksperimenata videli smo kako da prvo dolazi do epigenetičke akomodacije, do
utvrđivanja upravo takvih puteva razvića koji vode upravo tom fenotipu, nadalje bilo koja genetička promena koja
vodi fiksiranju tog fenotipa biće favorizovana selekcijom – to bi bila genetička akomodacija. Nešto što je nekada
bio isključivo sredinski indukovan fenotip, ukoliko to dovoljno dugo traje, ukoliko selekcija transgeneracijski
favorizuje upravo takav fenotip, možemo da očekujemo genetičku akomodaciju u smislu da u jednom trenutku više
nije potrebna sredinska indukcija da se pojavi taj fenotip, već prosto to postaje ustaljen pravac razvića.
Bitno je reći da uopšte ne moramo videti vezu mutacije sa konkretnom osobinom koja nas zanima, ona
može biti bilo koji nivo u procesu razvića, koji će u onom Vodingtonovom epigenetskom pejsažu podići onaj nabor
u nekom trenutku.
Postoji još jedna ideja koja govori o tome kako mnogo direktnije epigentička informacija može biti
transferovana u genetičku informaciju. To je jedan model koji prosto pije vodu iako ne znamo kako bi
eksperimetalno bio testiran osim u modeliranju. Kaže se da regioni koji su izloženi sredinskoj indukciji
epigenetičke kontrole skloniji su da mutiraju.
31

Prilikom DNK metilacije nastaje 5 metil citozin. Znači regioni koji se nalaze pod epigenetičkom kontrolom
skloni su da imaju petu bazu 5 metil citozin. Dezaminacijom 5 metil citozina nastaje timin. Timin umesto citozina
se u reparacionim procesima prilično teško prepoznaje. Postoji podatak da reparacioni mehanizmi prepoznaju, ali
vrlo često i promakne im promena iz citozina u timin.
Šta je posledica? Ako imamo region koji je vrlo često metilovan, imamo puno 5 metil citozina,
dezaminacijom 5 metil citozina se može dobiti timin koji neće biti ispravljen. U narednoj replikaciji na mestu gde
je bio G-T dobija se sada A-T. I eto je mutacija. Šta je posledica toga? Prvo ukoliko ste izgubili citozin (metiluju se
C-G dimeri), gubljenjem citozina izgubljeno je mesto za metilaciju. Ako smo izgubili mesto za metilaciju, vi smo
izgubili mogućnost da sredinski indukujete promenu - fiksiran je fenotip. Znači, određeni fenotip koji je ranije
mogao biti korigovan, zbog toga što je bio pod uticajem epigenetičke promene, sada više nije jer je izgubljeno
mesto za metilaciju, taj fenotip postaje fiksiran.
Druga stvar, ukoliko ovi regioni češće mutiraju, to znači promenu sekvence, mi znamo da pozicija nukleozoma
zavisi između ostalog i od toga kakva je sekvenca, a pozicija nukleozoma određuje aktivnost gena u tim regionima
gde se nalazi gen. Ukoliko se promeni sekvenca, a to izazove promenu pozicije nukleozoma, mi opet možemo imati
promenu u načinima regulacije i možete opet imati takvu promenu koja dovodi do fiksacije određenog fenotipa.
Ovo bi bio primer zašto bi neke epigenetičke promene mogle zapravo da budu mnogo direktnije povezane sa
genetičkim promenama, a kada se epigenetička promena usadi u genetičku mi onda više nemamo problem mekog
nasleđivanja, mi sada imamo tvrdo nasledjivanje.
______________________________________________________________________________________
32

Lajtmotiv našeg kursa je stres - uticaj životne sredine na promenu fenotipa. U eco-evo-devo
koncepciji pokušavamo da tu sredinsku promenu uklopimo u priču o samoj evoluciji.
- Sredinski uticaj po eco-evo-devo nije samo filter za fenotipove koji direktono proizilaze iz
genotipa, već ima formativnu ulogu. Kada se promeni životna sredina, menja se epigenetička regulacija
genoma.
Kod fenotipske plastičnosti - ako se promene geni koji su aktivni a koji nisu, to menja kompletnu
genetičku varijansu. To može da otkriva genetičku varijabilnost koja je do tada bila skrivena. Epigenetika
puferiše genetičku varijabinost, ona ne dozvoljava da se mnogo od te genetičke varijabilnosti (na tvrdom
nivou) ispolji. Svaki nivo regulacije puferiše genetički varijabilnos i kada se to promeni dolazi do
otkrivanja genetičke varijabilnosti - to je otključavanje epigenoma.
Kako formativna uloga sredine može da promeni pravce evolucije:
dakle:
- Ukoilko imamo jednu populaciju koja nema neku veliku ispoljenu genetičku varijabilnost, kada
se promeni epigenetička regulaciju ispoljiće se neki geni (koji do tada nisu bili aktivni). I to je nova
genetička varijansa (=ta pokazana varijabilnost) koja sada može da bude selektovana.
- Takođe, ukoliko imamo epialele koji se nasleđuju, znači, sredinski stimulus napravi neki epialel
koji može da se nasleđuje (videli smo na koje načine). On može da formira novu varijabilnost koja će
sada selekcijom biti filtrirana. Znači, selektovaće ne samo genetičku, već i epigenetičku varijabilnost, jer
ono što selekcija vidi je fenotip i ništa drugo.
33

Kada je gnom pod stresom - velike promene i novine tokom evolucije su nastale u periodima kada
su se desile velike promene u životnoj sredini (nastanci novi telesnih sklopova, velike adpativne radijacije
čitavih grupa organizama). Znači, stres indukuje veliku genomsku promenu. To smo dovodili u velu sa
otključavanjem ME-ata. ME-e pod kontrolom drže epigenetički mehanizmi, ako stres pormeti
epigenetičke mehanizme, oslobodiće se ME-i i praviće nered po genomu. Npr. Piwi proetein koji treba u
gametima da kontroliše ME-e, ukoliko je gamet pod streseom u gametogenezi, funkcionalnst proteina
tada treba da održava neki šaperon, a pri velikom stresu ne može da se održi funkcionalnost piwi proteina
koji treba da drži pod kontrolom ME-e. Tako stres može da izazove direktno promenu u gametima.
Otključavanje epigenoma podrazumeva i divljenja ME-ata, a to dovljanje dovodi mutageneze (pojave
novih genetičkih varijanti, ali i povećavanje verovatnoće da s epojave pored štetnih korisne mutacije).
Ovakvo ponašanje genoma ubrzava potencijal adaptivne evolucije.
Da li je mutageneze pod uticajem stresa upotpunosti neslučajna?

Da li je genom organizovan tako da bilo gde može da se desi mutageneza?
Smatra se da su genomu organizovani tako i čuveju ME-e u određenim regionima koji su podložni
uticajima stresa (fabrike gena u određenim delovima genoma, gde ima dosta ME-a, pa tu imamo efekte
duplikacije gena itd...)
(Barbara Meklintok)ME su kontrolni elementi mutageneze, pod stresom njihov položaj u genomu
je takav da određeni ME-i izazovu određeni mutageni efekat. Ako tako sagledamo genom to ograničava
slučajnost mutageneze. Ako je genom ogranizovan tako da njegova plastičnost i nesaršenost dovode do
pojave novih genetičkih varijanti na određenim mestima sa većom verovatnoćom nego na nekim drugim
mestima. Ona, ME smatra kontrolnim elementima adaptivne mutageneze.
Dakle, u odnosu na modernu sintezu koja posmatra gene, evo-devo koncepcija posmatra genom.
"Ne znaimaju nas" pojedinačni geni i njihove promene (njihova učestalost se menja što je fakat
evolucije), ali kada pričamo o skokovitosti evolucije i krupnim promenama, mi ne možemo da govorimo
o pojedinačnim genima, već govorimo o čitavim genomima i kako se ponašaju i izgledaju.
Današnji autori: mi smo evoluirali od stava da je genom stabilan i rigidan entitet, do stava da je
gnom vrlo plastičan i visoko osetljiv na sredinske stimuluse.
Radman: nestabilnost genoma je upravo adaptacija. Genomi nisu precizni, imaju nesavršenost
reparacionih mehanizama, zašto se čuvaju svi ti ME-i, po Radmanu je to adaptacija, osetljivost i
plastičnost genoma je adaptacija ogranizma.
34

O fenotipskoj plastičnosti je pročano kao o visokousaglašenim evoluiranim kontronim
elementima, ovo viđenje genoma kao nestabilnog može da nam promeni ideju o tome šta je fenotipska
plastičnost. S jedne strane mogućnost primanja i prenošenja signala kroz ćeliju na tačno određen način,
paljenje i gašenje gena jeste važna i u mnogo aspekata je to evoluirana osobina. Ali, uzimajući u obzir
nestabilnost genoma i mogućnost da životna sredina kreira odgovor genoma koji može da bude u
ogromnoj meri nepredvidiv - to je takođe plastičnost na fenotipskom nivou. Dakle, nestabilnost genoma
daje nam ideju da je fenotipska plastičnost nešto više još od ove evolirane osobine plastičnosti.
Da sumiramo: Ovde nam se pojavljuje taj "Duh Lamarka" u kontekstu da mi sada govorimo da li
životna sredina može da usmeri evolucionu promenu.
Lamark je govorio: promena živone sredine - promena potrebe - promena ponašanja - upotreba
organa - i to je jedna prilično direktna promena. Mi danas ne govorimo na taj način. Mi danas znamo
preko epigentičkih promena, epigentičkig asimilacija, znači mnogo moleukskih mehanizama mogu da
dovedu do toga da životna sredina može da usmerava pravce evolucionih promena. Dakle to nije
identično Lamarku, ali se pomalja "duh Lamarka" koji modernoj sintezi ne odgovara. Dakle, mi ne
govorimo o direktnom prevođenju nasleđivanja stečenih osobina, već o molekulsim mehanizmima koji
mogu da dovedu do toga. Ne nužno, ali mogu.
Poređenje: Lamarkijanski modalitet ili "Duh Lamarka vs Darvinovski modalitet (Moderna sinteza)
Lamrakijanski pristup:
sredinski faktori mogu da dovedu do
- sredinski usmerene fenotipske promene
- sredinski usmerene mutageneze u određenoj meri
i da se dobiju neki adaptirani mehanizmi.
Darvinovski pristup: mutageneza je neslučajna, nema veze sa životnom sredinom. Tek nastala genetička
varijabilnost biva testirana u određenoj životnoj sredini kroz delovanje PS-e i dobijamo adaptirane
mehanizme.
Mi smo ovde između ovih gledišta. Često se u nauci stare ideje ponovo javljaju.
35

Suma ovog kursa:
Mi ne negiramo genetičku promenu i modernu sintezu - to je Darvinovski porces. I sve je to uredu dok se
nivo stresa ne poveća.
Sa povećanjem nivoa stresa značaj nestabilnosti genoma, odgovora genomskih, epigenetičkih, odgovora
ME-ata na životnu sredinu i njihova uloga u evoluciji je veća pri većem nivou sresa. Pri malom nivou
stresa je mala. Kako se strs povećava, kako je uticaj životne sredine jači i nestabilniji to je odgovor
genoma takav da se dobija sve više plastičnosti i odgovora koji su epigenetički usmereni.
Lamarkijanski modalitet se povećava sa nivoom stresa u populaciji.
Kada stresa nema ona imamo klasični Darvinoski populaciono genetički model. Tu imamo gene - desi se
neka mutacija - pa seuspostavlja adaptivna ravnoteža - selekconišu se adaptivni genotipovi itd.
Dok je stres mali populaciono-genetička priča stoji. Što je sres veći imamo nestabilnost genoma koja
postaje jako važna za definisanje pravaca evolucije.
36

__________________________________________
Uloga stresa u formiranju epigenetičke i genetičke varijabilnosti. Stres jako utiče na procese evolucije.
Genomi su načelno osetljivi na uticaj stresa.
Uloge stresa:
Promena epigenetičke regulacije genoma. Glad, promena temperature i pH, suša sve je to stres za
organizam, što znači da je uloga stresa ogromna. Stres je uticaj nekog sredinskog faktora.
Prva promena u genomu jeste epigenetička promena, jer genom reaguje epigenetički na uticaj životne
sredine. Ukoliko se epigenetički markeri promene ( tj. neki geni upale, a drugi ugase), nova životna sredina (njen
stresni uticaj) može dovesti do otkrivanja nove genetičke varijabilnosti (= da se ispoljava ono što se do tada nije
ispoljavalo zbog epigenetičke promene).
To se zove otključavanje epigenoma - potpuno se dekonstruiše onaj epigenetički obrazac koji je ranije
postojao. Znači da su genomi osetljivi i nestabilni.
Šta je rezultat ovakvih procesa?

Osnovni zadatak epigenetičkih mehanizama je držanje pod kontrolom ME-a. Kada otključamo epigenom to
je kao da ste pustili s lanca ME-e i eto nama indukcije genetičke varijabilnosti.
Ukoliko su se promenili obrasci epigenetički, mi imamo promene i epialela, odnosno promene obrazaca
aktivnosti gena.
slika primer:
- Jedna populacija živi u stabilnoj životnoj sredini, desi se stres.
- Prva posledica toga jeste otključavanje epigenoma.
- Jedna od posledica otključavanja epigenoma je formiranje nekih novih naslednih epialela (nasledni u
svim onim situacijama koje smo pomenuli kako se mogu nasleđivati epigenetičke informacije).
Tada se kreira nova fenotipska varijabilnost koja ne mora biti genetička ali jeste epigenetička. Selekcija će
u svakom slučaju da favorizuje npr. veće jedinke bez obzira da li u osnovi većih jedinki leži genetička ili
epigenetička promena, za selekciju je to nebitno. Tako da možemo imati selekciju od populacije malih jedinki, u
novim uslovima životne sredine zbog epigenetičkih promena selekciju velikih jedinki u toj populaciji.
Otključavanje epigenoma može da dovede do aktivacije ME, do pravljenja nove realne genetičke
varijabilnosti, na koju će opet delovati selekcija.
37

Stres preko promene epigenetičke regulacije može da dovede do promena prvo u količini varijabilnosti na
koje selekcija može da deluje, i u pravcima delovanja selekcije.
Stres ustvari povećava verovatnoću pojave korisnih mutacija. Učili samo da su mutacije apsolutno
slučajne, međutim u evo-devo koncepciji koja više ne posmatra gen, već čitave genome, kaže se da genomi imaju
takvu strukturu da su programirani za stres, odnosno da su neki delovi genoma podložniji mutacijama u uslovima
stresa od drugih delova genoma.
Dakle, u stresu kao posledica otključavanja epigenoma, ili aktivnosti ME, neće mutirati bilo šta, odnosno
veća je verovatnoća da će određeni delovi genoma mutirati.
Barbara MekKlinton (nobelovka za ME) kaže da su ME kontrolori mutacija, da postoje ME koji su skloniji
da se šetaju po genomu u uslovima stresa i da na taj način kontrolišu mutacije koje će se desiti.
Da li stres i ovakve strukture genoma mogu da izazivaju ne samo slučajne već i neslučajne
mutageneze?!
Evo-devo koncepcija posmatra genome, a ne pojedinačne gene. I navedeno o genomu potvrđuje tezu da je
nestabilnost genoma adaptacija na životnu sredinu. Znači, svi ovi mogući odgovori genoma mogu se posmatrati
(nestabilnost i osetljivost genoma) kao trend u evoluciji, kao adaptacija, omogućavanje odgovora na promenu
životne sredine.
Mutacije ne moraju biti sličajne - da li mutacije mogu biti usmerene? Da li su pravci promena genetičke ili
epigentiče varijabilnosti, slučajni ili mogu biti u velikoj meri neslučajni tj. usmereni i tako određivati pravce
evolucije?
Tu se javlja "Duh LaMarka". Ideja LaMarkizma je nasleđivanje stečenih osobina. Nasleđivanje onoga što
se stiče je naučno problematično. Ovde se niko ne poziva na banalne Lamarkove argumente (promena životne
sredine menja ponašanje organizama koji menjaju upotrebu/neupotrebu svojih organa i na taj način se usmereno
prenosi promena koja se desi upotrebom/neupotrebom organa), već mi ovde govorimo o mogućnosti da se preko
različitih molekulskih mehanizama one nasleđuju. To jesu usmerene promene zato što su reakcije na životnu
sredinu.
Danas znamo da postoje molekulski mehanizmi koji mogu da modeluju i prenesu fenotipsku informaciju
na potomstvo, ne samo genetičku informaciju.
Razumemo i na koji način bi ta fenotipska informacija mogla biti usađena dalje u genetičku informaciju.
38

Ovde je jedna sličica koja nama govori o tom antagonizmu La Marka i Darvina.
La Mark: sredinski faktori bi doveli do tačno usmerenih adaptivnih promena na genomu tj. epigenomu,
dalje bi se ta sredinski usmerena mutageneza nasleđivala. ali, kojim molekulskim mehanizmima.
Darvin: imamo slučajnu mutagenezu, znači slučajno mutiraju različiti geni, a sredinski uticaji čine životnu
sredinu koja će da filtrira korisne mutacije, a da odbacuje štetne. Po koncepciji Moderne Sinteze selekcija je ovaj
levak, tu prolazi samo nešto, on nikako ne utiče na to kakve će se promene desiti, ne utiče ni na fenotip, jer genotip
direktno određuje fenotip, i tu će dolaziti do selekcije mutacija, jer tako nastaju adaptirani organizmi.
U ECO-EVO-DEVO: sredinski faktori utiču na razviće fenotipa, na epigenetiku i na kraju na genetiku

nasleđivanja. To ne znači da se odbacuje moderna sinteza. Ovde moramo da vodimo računa kada dominiraju jedni
efekti, a kada drugi efekti.
Nivo stresa određuje na koji način će se odvijati evolucija u populaciji.

Kada je veliki nivo stresa imamo porast onog modaliteta o kome je
govorio LaMark, preko velike nestabilnosti genoma, preko otključavanja
epigenoma, sijaset promena koje to može da izazove, i preko, u određenoj meri,
neslučajne mutageneze.
Kada je nivo stresa mali, kada nemamo izraženu nestabilnost genoma,
kada je genom stabilan jer nije pod stresom, do izražaja dolaze genetičke promene
i ovaj Darvinovski proces koji podrazumeva fiksaciju nekih alela, a eliminaciju
drugih.
Znači, populaciona genetička priča bi u koncepciji ECO-EVO-DEVO bila
zastupljena u trenucima kada nema stresa.
39

PMFE Principi Molekularne I Fenotipske Evolucije Skripta PMFE

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

PMFE Principi Molekularne I Fenotipske Evolucije Skripta PMFE

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Ä PREDAVANJE 1.

Kada se dobije RNK molekul kada će i da li će ući u proces translacije.

Promena fenotipa može prethoditi genetičkoj promeni populacije.

Evoluciona promena je promena svih ovih parametara populacije.

1. Zašto je teško razumeti evoluciju?

Jedinka ne evoluira. Evolucija podrazumeva genetičku promenu, a jedinka kad se rodi ne

Da bismo razumeli evoluciju neophodno je d aprevaziđemo dva osnovna filozofska

- Nepromenljiva suština “tipova” (vrsta)

- Eidos (tip) je stvaran, varijabilnost je iluzija

Mizogena kompnenta i Platona i Aristotela.

Esencija, esencijalizam - kaže da evolucije ni nema, jer tipovi (esencije) postoje u

Na kraju sumiramo zašto ljudi ne razumeju evoluciju. Evolusija nema veze sa

Vremenske dimenzije koje podrazumevammo u procesu evolucije su psihološki

“Kreiranje” života (ovaj deo ima u knjizi)

Francuska revolucija i nastanak "Prosvetiteljstva" nove ideje i pristupa razumevanju sveta

Lamark i Darvin su dali prve

Bez obzira da li su tada mislioci

Eksperimenti koji su opovrgli spoonatanu generaciju:

Ulazak hemije potpuno obara vitalizam. Hemija je oborila vitalizam.

Problem koga je svesnaa i nauka je na koji način je došlo do polimeerizacije molekula i to

Hipoteza srećnog inciddenta se bazira na toj maloj verovatnoći da se slobodnim

1) Biološke verovatnoće sus ograničene zakonima fizike i hemije.

3) Jedan od osnovnih argumenata antievolucionsta je nesvodljiva složenost.

Danas naučno zasnovan pogled na postanak života je: Princip kontinuteta

Ukoliko pretpostavimo da razni neorganski molekuli mogu da katalizuju nastanak polimera

Formula sa 3 osnovna člana - nasleđivanje+varijabilnost+PS i to je jezgro naše priče o evoluciji.

Da li možemo da zamislimo postojanje takvog sistema?

Ekperiment iz 2012. koji dobro demonstrira Darvin-Ajegenov ciklus, izolovan je ribozim

Darvin Ajgenov ciklus

Ako imamo jedan Ajgenov hiperciklus sa oligonukletidima koji su međusobno kooperativni,

Ilustracija na koji način i zašto bi evolucija favorizovala složenijee a pritom stabilnije i

Šta sve radi RNK u savremenuim m biološkim sistemima?

Nosilac genetičke informacije (iRNK, virusi)

Razvijen je mehanizam tzv. in vitro evolucije na molekulskom nivou sa osnovnom idejom

Danas postoji koncenzus da je vrlo moguće da današnja mašinerija u ribozomima vodi

Po ovom modelu: Ulazakk AK u ovaj proces stabilizuje reakciju poliimerizacije (kopiranja)

Istraživanje (nema u knjjizi):

Danas kada analiziramo ribozome, u centru dešavanja su RNK moolekuli proteini su na

Svi eksperimenti prebiotičke hemije kažu da su AK vrlo lako nastajale u pretpostavljenim

Važno: Abiogena sinteza peptida ili protenoida je bila moguća, AK su mogle da se

- Smatra se da bi takvi oligopeptidi mogli da budu preteče aminoacil-tRNK sintetaze (ona je

-To je selektivno favorizovano jer:

Smatra se da su AK-e mogle da dovode do sprečavanja formiranja dvolančanih RNK molekula.

Mi smo do sada pričali o tome da je triplikazni model i prevashodnoo kofaktorska funkcija

Mi danas imamo situacijuu u kojoj su proteini potpuno pobedili i oni rade

Zašto samo 4 nukleotida postoje u genetičkom kodu? Zašto ne 2, 3 5 ili više?

Moramo da pretpostavimo da je i on u početku bio vrlo nesavršen. Da li je tRNK tj.

Pokazatelj da je genetilki kod evoluirao postepeno: kod nekih arhebakterija (metanogenih)

Kako su izgledali prvi genetički kodovi?

Kasnije kaže da je sigurno došlo do redukcije neodređenosti, odnosno do preraspodele

Hipoteza minimiziranja traslacionih grešaka: selekcije je favorizovala sisteme koji su uzrokavali

AK se vezuje na "binding site"obeležen krugom, a antikodon je na suprotnom kraju jednog

Na slici je zaokružen operacioni kod i izdvojen je drugi nukleotid koji je kompementaran

Rani RNK svet

Kasni RNK svet - nastanak protoribozoma,

RNK-proteini - Ribozomi, Kodirana sinteza

Svet dvolančane RNK - Veća stabilnost nasledne informacije

Pojavili su se rani mehanizmi reparacije koj su zasnovani i na RNK i na proteinskim molekulima. U

DNK svet - U u T, poboljšani sistemi reparacije DNK

Ovde je stopa mutacije bila 10-8.

Kasni DNK svet - današnji svet.

Primer konvertovanja RNK u DNK genetičku informaciju je protozoa Oxytricha zasnovana na

-Mikronukleusi su uobičajena jedra eukariota (sadrže određeni broj parova hromozoma,