Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

BIOLOŠKE OSNOVE PLODNOSTI TLA

preddiplomski studij

Izv. prof. dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka

Zavod za mikrobiologiju
mfuka@agr.hr

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Termini Četvrtak, dvorana III/A

Predavanja Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka

Doc dr. sc. Nataša Hulak
Prof. dr. sc. Renata Bažok (Fauna tla)
Doc dr. sc. Maja Čačija (Fauna tla)

Vježbe Irina Tanuwidjaja, mag. ing. agr

Sanja Kaić, mag. ing. mol. biol.
Doc dr. sc. Nataša Hulak
Doc dr. sc. Maja Čačija

Sati nastave
Predavanja 44
Laboratorijske vježbe 8
Vježbe u praktikumu 4
Seminari 4

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Nema ponavljanja ispita tijekom semestra.
Ispiti tijekom semestra
Tko ne prođe ulazni kolokvij u vježbe – u ispitnom
roku mora polagati kolokvij iz Vježbi
1. Ulazni kolokvij u vježbe
2. Prvi dio ispita
Tko ne prođe prvi dio ispita, ne može na drugi dio i
3. Drugi dio ispita
čitav ispit mora polagati u ispitnom roku. Tko prođe
4. Fauna tla
prvi dio ispita, a ne prođe drugi dio – mora na cijeli
ispit u ispitnom roku.
Rezultati ispita: do 7 dana na oglasnoj ploči Zavoda (3. paviljon/2. kat)/ za Faunu –
posebna pravila

Ukupna ocjena: Prosječna ocjena 1+2+3+4 (različiti postoci prema ECTS katalogu)
Usmeni ispit – u slučaju potrebe za korekcijom ocjene

Potpis: Mikrobiologija: SVE odrađene vježbe, sakupljeni potpisi iz Vježbi i

Fauna: sve aktivnosti na

Kad se zadovolje uvjeti za potpis i uspješno položi 1 + 2+3+ 4; prijaviti ispit

preko ISVU sustava kako bi mogli dobiti ocjenu u indeks

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Potpis: Sve odrađene vježbe i predani i
pregledani izvještaji s vježbi

Ocjena: bez prijave ispita (ISVU sustav) nema

ocjene u indeks

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Komunikacija

Merlin sustav isključivo

Konzultacije:

Prema prethodnoj najavi, 3. paviljon/2. kat

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Vježbe
Obavezna kuta

Nema izostanaka
PRISTOJNO PONAŠANJE!
Obavezna skripta

Kolokvij

Sigurnosni aspekt

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Važni datumi - mikrobiologija

18.10. Kolokvij iz uvoda u vježbe prema

rasporedu koji će biti oglašen na Merlinu

Datumi 1.i 2. provjera znanja bit će dani

naknadno

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Opis predmeta
• Glavni naglasak ovog modula je upoznavanje studenata sa biološkom komponentom tla,
njihovim interakcijama u svrhu razumijevanja mikrobioloških procesa u tlu s ciljem održanja
plodnosti tla i unapređenja poljoprivredne proizvodnje.
• U okviru ovog modula studenti će se upoznati sa najznačajnijim grupama mikroorganizama te
njihovim morfološkim i fiziološkim značajkama kao i sa faunom tla (mikrofauna, mezofauna,
makrofauna) koja u interakcijskim odnosima s mikroorganizmima tla sudjeluje u razgradnji
organskih ostataka tla te stvaranju humusa o kojem ovisi plodnost tla. U odnosu na faunu tla
ponovo će biti razrađena njihova distribucija u različitim tlima kao i njihova ekologija. Studenti će
dobiti osnovna znanja iz područja morfologije i fiziologije mikroorganizama koja su nužan
preduvjet za razumijevanje fundamentalnih mikrobioloških procesa u tlu, a koja će biti dobra
osnova za savladavanje različitih mikrobioloških predmeta na diplomskom studiju. Isto tako steći
će se osnovna znanja o bioraznolikosti u tlu u koju su uključene i mikrobne asocijacije i fauna tla.
Ove spoznaje omogućiti će studentima uvod u osnovna znanja o kruženju hranjiva te razgradnji
organskih ostataka u tlu, dakle o procesima koji imaju utjecaj na organizme tla: bakterije, gljive,
nematode, artropode, gujavice. Svaka od ovih skupina ima vrlo značajnu ulogu u tlu, a unutar
svake skupine postoji velika raznolikost u oblicima i funkcioniranju.
• U sklopu laboratorijskih vježbi studenti će se kroz samostalan i praktičan rad savladati osnovne
laboratorijske tehnike koje se provode u sklopu mikrobioloških analiza i rada s mikroorganizmima
te proučavanja i izdvajanja faune tla.

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Ishodi učenja
Nakon uspješno savladanog predmeta studenti će moći:

Definirati biološku komponentu tla te prepoznati najznačajnije grupe

mikroorganizama i faune tla (mikrofauna, mezofauna, makrofauna) te
njihove morfološke i fiziološke značajke
Prepoznati značaj mikrooraganizama u tlu kao i njihovu ulogu u
razgradnji organskih ostataka, stvaranja humusa te dobivanja hraniva
za biljke
Definirati osnovne mikrobiološke procese vezane uz kruženje C i N
Prepoznati značaj biološke komponente tla u održavanju plodnosti tla
Definirati ekološke čimbenike i njihov utjecaj na mikroorganizme
Objasniti interakcije između mikroorganizmima i razlikovati kategorije
mikrobnih odnosa

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Opće kompetencije
U predmetu se studenti upoznavanje s mikrobnom populacijom tla koja svojim
zajedničkim djelovanjem s faunom tla ima presudnu ulogu u svim procesima
razgradnje organskih ostataka u tlu te održanju plodnosti tla koja je od presudne
važnosti za poljoprivrednu proizvodnju.

Oblici nastave
Predavanja, seminari iz gradiva opće mikrobiologije i faune tla.
Laboratorijske vježbe – izvodi se u skupinama od 10-15 studenata u kojima
studenti samostalno rade osnovne mikroskopske metode u istraživanju
mikroorganizama.
Vježbe u praktikumu – u manjim grupama studenti proučavaju morfologiju
kukaca, grinja i nematoda te metode prikupljanja i metode izdvajanja faune tla

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Literatura

Duraković, S., Redžepović, S.: Uvod u opću mikrobiologiju, Kugler, 2003.

Duraković, S., Duraković, L. Priručnik za rad u mikrobiološkom laboratoriju, knjiga

prva I dio, Kugler, 1997.

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Uvodno predavanje

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 ISHODI UČENJA

• Definirati mikrobiologiju kao znanstvenu

disciplinu
• Prepoznati važnost mikrobiologije u
svakodnevnom životu
• Poznavati povijesni razvoj mikrobiologije

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Mikrobiologija

DEFINICIJA

Od grčke riječi MIKROS – malen; BIOS- život; LOGOS – znanost

Mikrobiologija je znanstvena disciplina o vrlo sitnim, golim okom

nevidljivim organizmima koji zajedničkim imenom zovemo
mikroorganizmi

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Mikroorganizmi
eukariotski organizmi:
• gljive (fungi)
• praživotinje (protozoa)
• algae (alge)

prokariotski organizmi: Virusi-bez stanični entiteti

• archebacteriae
• eubacteriae

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Mikroorganizmi su svuda!

• Nalazimo ih u tlu, vodi, zraku, na koži i kosi, sluznicama,

probavnom i urogenitalnom traktu, na/u hrani koju
konzumiramo...
• Često puta nismo niti svjesni njihovog postojanja
• Manji broj mikroorganizama uzrokuje bolesti, a većina ih je
korisna za čovjekov život, biosferu i život na Zemlji
(biotehnologija, bioremedijacija, hrana, industrijska primjena,
javno zdravstvo)

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Primjena mikroorganizama

• PREHRAMBENA INDUSTRIJA – primjena

mikroorganizama u prehrambenoj industriji

• FARMACEUTIKA - primjena mikroorganizama u

proizvodnji enzima, vitamina, antibiotika,
cjepiva, interferon, faktor VIII, inzulin, steroidi,
hormon rasta / genetičko inženjerstvo

• EKOLOGIJA - mikrobna razgradnja toksičnih i

otpadnih produkata / BIOREMEDIJACIJA

• ENERGIJA – alternativni izvori energije-

mikroorganizmi u biotehnologiji novih oblika
energije – biogorivo (biodisel)

• GMO
Rekombinantna DNA tehnologija

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Pregled povijesnog razvoja

Mikroorganizmi – prvi oblici života na Zemlji

Prvi puta ugledani 1673. god.
Poznavanje i razumijevanje mikrobnog života ostalo je
nepoznanica sve do sredine 19. stoljeća – razlog: nedostatak
metoda kojima bi se mikroorganizmi mogli proučavati (izolacija,
uzgoj i održavanje na hranjivim podlogama u laboratoriju,..)

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
1673-1723, Antoni Van Leeuwenhoek

Opisao je prve žive mikroorganizma koje je

vidio pomoću vrlo “jednostavnog
mikroskopa” s povećanjem maksimalno
300x

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Seeing the Invisible

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Prve teorije

• Sve do druge polovice 19. stoljeća mnogi su vjerovali da živa

tvar nastaje spontano iz nežive tvari (“vitalna sila” stvara
život). Navedena teorija se naziva samonikli ili spontani
postanak života – SPONTANA GENERACIJA

• Znanstvenici koji osporavaju navedenu teoriju: Francesco

Redi (1668); Louis Joblot; Lazzaro Spallanzani; Francois
Appert…– alternativna hipoteza : živi organizmi potječu od
postojećeg života - TEORIJA BIOGENEZE

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Bedrenica, crni prišt

Bacillus anthracis

Kuga, crna smrt

Crne boginje
Yersinia pestis
Variola vera
BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Crne boginje= Variola vera

1870. god. 181.000

1796. Jebber cijepljenje

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
• Louis Pasteur otac suvremene mikrobiologije – predložio je konačno
rješenje

• Zaključak: “iskonsko stvaranje je plod mašte! Mikrobi nastaju samo od

mikroba! Spontana generacija ne postoji! Krivi su mikrobi!

• Sve procese u prirodi kontroliraju mikroorganizmi

• prvi je srušio teoriju da je proces fermentacije isključivo kemijski proces - za

sve procese fermentacije postoje mikroorganizmi uzročnici

Pokus s bocom S oblika

Teorija BIOGENEZE

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 izučavao alkoholnu fermentaciju i utvrdio da su uzročnici - kvasci (temeljem
tih spoznaja prvi je zaključio da život može postojati i u anaerobnim uvjetima
- bez kisika)
 uvodi tehniku pasterizacije (uništavanje vegrtativnih formi mikroorganizama)

 proučavao je mliječno - kiselu fermentaciju i utvrdio uzročnike – bakterije

mliječne kiseline / odvija se u anaerobnim uvjetima

 izučavao je octenu fermentaciju i utvrdio da je to - nastavak alkoholne

fermentacije - uzročnik octene bakterije

 Kolera Vibrio cholerae – baktrijske kulture sa starenjem gube virulentnost

 prvi je utvrdio uzročnika antraksa – bedrenica (crni prišt), zarazne bolesti i
uveo cjepljenje (vakcinaciju) kao metodu za sprečavanje razvoja patogenih
mikroorganizama

 Osnivač tehničke mikrobiologije i otkrivač cjepiva protiv bjesnoće

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Početak “zlatnog doba” mikrobiologije

„zlatno doba” mikrobiologije – period 1857 – 1910. godine

Robert Koch (1843-1910)

Osnivač medicinske mikrobiologije

Prvi je uspio uzgojiti uzročnika antraksa na krutoj hranjivoj podlozi

Uvodi tehnike izolacije i dobivanja čiste kulture, uzgoj na hranjivoj podlozi u

petrijevim zdjelicama

Izolirao je Bacillus anthracis i dobio ga je u formi čistih kultura

Razradio je postupke bojanja bakterijskih stanica

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Uveo je tzv. Kochove postulate - kako nastaje zarazna bolest – (postulati uz
određene promjene vrijede još i danas)

1. postojanje mikroba- dokazati uzročnika bolesti u svakoj oboljeloj životinju

2. izolirati uzročnika iz tijela i uzgajati uzročnika u čistoj kulturi

3. izolirana čista kultura mora uzrokovati istu bolest kada se unese u

osjetljivu životinju

4. iz pokusno cjepljene životinje treba se ponovno izdvojiti u čistoj kulturi

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
2 “zlatno doba”mikrobiologije
Ehrlich (1910)- razvio lijek (Salvarsan) protiv sifilisa , bakterija Treponema
pallidum – temelj farmaceutsko-kemijske proizvodnje lijekova

1908. god. Nobelova nagrada za medicinu

Fleming (1928)- Penicillium notatum  antibiotik penicilin i otkrio antibiotsku

supstancu lizozim
1945. Nobelova nagrada za fiziologiju i medicinu
Domagk (1939)- Sulfonamidi
Waksman (1941)- antibiotici iz aktinomiceta
(streptomicin, neomicin, kloramfenikol)

Alexander Fleming (1881.-1955.)

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Treće “zlatno doba”mikrobiologije

Griffith (1928)- transformacija Streptococcus pneumoniae

Avery, Macleod, & McCarty (1944) - DNA je genetički materijal
Lederberg & Tatum (1946) - konjugacija
Watson & Crick (1953)- model DNA
Arber & Smith (1970)- restrikcijski enzimi
Ames (1973)- test za karcinogene
Mullis (1983)- PCR
Venter & Collins - mapiran ljudski genom

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
 Griffith (1928)- transformacija Streptococcus pneumoniae

Mrtve virulentne stanice daju nešto živim nevirulentnim od čega i one postanu
virulentne

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Podjela mikrobiologije

BAKTERIOLOGIJA - proučavanje aktivnosti u kojima sudjeluju bakterije

MIKOLOGIJA - proučavanje gljiva (plijesni), mesnatih gljiva i kvasaca
FIKOLOGIJA (algologija) - proučavanje algi
PROTOZOOLOGIJA - proučavanje protozoa, organizama većih od ostalih
mikroorganizama
VIRUSOLOGIJA - proučavanje submikroskopskih organizama čija je
organizacija i model rasta drugačiji od ostalih organizama (virusi, virioni i
prioni)
IMUNOLOGIJA - otkrivanje i dijagnostika infekcijskih i neinfekcijskih bolesti;
mehanizama alergija i odabir tkiva za presađivanje

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Cjelovito ustrojstvo mikrobiologije....

Zahtjev za specijalizacijom doveo je do razvoja poddisciplina u

mikrobiologiji, od kojih je svaka definirana na osnovi načina
djelovanja, funkcija, primjena i ostalih osobina mikroorganizama.

Takav pristup u mikrobiologiji je osobito važan znanstvenicima

koji proučavaju moguću primjenu različitih područja
mikrobiologije

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
Mikrobiološke podiscipline u suglasju s njihovom primjenom -
Primjenjena mikrobiologija

MIKROBNA EKOLOGIJA – proučava odnose između

mikroorganizama i okoliša, prikazuje tipične mikroorganizme
sredine i razmatra hranjive tvari u usporedbi s hranom ostalih
oblika života.

MIKROBNA GENETIKA – proučava gene, način kako stvaraju

karakteristike i nasljedne osobine
MIKROBNA MORFOLOGIJA I ULTRASTRUKTURE – proučava
oblike i submikroskopske detalje
MIKROBNA FIZIOLOGIJA - način djelovanja mikroorganizama,
metabolička djelovanja, utjecaj okoliša na sintetičke puteve
MIKROBNA TAKSONOMIJA - imena i klasifikacija mo

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka
MIKROBIOLOGIJA VODA- proučava mo u
vodenim sredinama
MIKROBIOLOGIJA MORA
MEDICINSKA MIKROBIOLOGIJA – patogeni,
dijagnostika, razvoj postupaka/cjepiva protiv
patogena
MIKROBIOLOGIJA TLA – mo tla, mikrobni
procesi u tlu- biološka razgradnja razl tvari u tlu
VETERINARSKA MIKROBIOLOGIJA – infekcijske
bolesti domaćih životinja

BOPT Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet Izv. prof dr. sc. Mirna Mrkonjić Fuka