ΧΡΩΜΟΣΩΜΑΤΙΚΕΣ ΔΟΜΙΚΕΣ ΑΝΑΚΑΤΑΤΑΞΕΙΣ

Σημαντική η ταυτοποίησή τους – διαπίστωση της αιτίας του

παθολογικού φαινοτύπου - γενετική συμβουλή
ΙΣΟΖΥΓΙΣΜΕΝΕΣ ΜΗ ΙΣΟΖΥΓΙΣΜΕΝΕΣ
ΦΥΣΙΟΛΟΓΙΚΟΣ ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΟΣ ΦΑΙΝΟΤΥΠΟΣ
ΦΑΙΝΟΤΥΠΟΣ
(1) Αμοιβαία μετάθεση t (1/600) (5) Έλλειμμα del

(2)ΜετάθεσηRobertson rob (6) Διπλασιασμός dup

(1/1000)
(3) Αναστροφή inv (1/1000) (7) Δακτυλιοειδές χρωμόσωμα r

(4) Ενθέσεις ins (8) Ισοχρωμόσωμα i - i(Xq)

(9) Θραύσματα – mar

(10) Δικεντρικό χρωμόσωμα dic

(11) Double minutes (dmin), Homogeneously

staining regions (hsrs)

Όχι πάντα (12) Τα προϊόντα γαμετικού επιχιασμού των

(1-4) – der , rea
 1. ΔΙΑΜΕΤΑΘΕΣΗ – t(7;11)

2. Διαμετάθεση ROBERTSON – rob(13;14) 3. ΔΙΠΛΑΣΙΑΣΜΟΣ

5.ΔΑΚΤΥΛΙΟΣ

4. ΕΛΛΕΙΜΜΑ
del(5)(p13-15)
 ΑΙΤΙΕΣ ΔΟΜΙΚΩΝ ΑΝΩΜΑΛΙΩΝ

 Ραδιενέργεια, χημικοί παράγοντες→ double strand breaks

 Μεταλλάξεις σε γονίδια υπεύθυνα για διορθωτικούς

μηχανισμούς του DNA

 Αυθόρμητα
ή

 Προδιάθεση από εύθραυστες θέσεις ή επαναλαμβανόμενο

DNA στις συγκεκριμένες περιοχές που προκαλεί
ασύμμετρο ανασυνδιασμό (unequal recombination)
ΔΙΠΛΑΣΙΑΣΜΟΙ-ΕΛΛΕΙΜΑΤΑ: ΑΝΙΣΟΣ ΕΠΙΧΙΑΣΜΟΣ - NON
ALLELIC HOMOLOGUES RECOMBINATION (NAHR –μη
αλληλομορφικός ομόλογος ανασυνδιασμός) – επαναλαμβανόμενο
DNA (Alu, LINES, LCRs –επαναλήψεις χαμηλού αντιγράφου)

Non random GCR:

Charcot-Marie-Tooth νόσος- dup(17)(p11.2)
HNPP - Κληρονομική πολυνευροπάθεια με επιρρέπεια σε πιεστικές βλάβες - del(17)(p11.2)
 Πιο συχνή διαμετάθεση: t(11;22)(q23;q11)
 ΔΙΑΜΕΤΑΘΕΣΕΙΣ ‘t’ - ΤΥΠΟΙ ΓΑΜΕΤΩΝ ΣΤΗ ΜΕΙΩΣΗ
Αμοιβαία διαμετάθεση – 1/700 γεννήσεις – 2 σημεία
θραύσης
der18
der15

18q
15q11
18p11.1-2
15 der15
18p
18p

18 15q
der18 18
15
ΜΕΙΩΣΗ I: Πρόφαση
(16 διαφορετικοί τύποι
γαμετών – μόνο δύο τύποι θα
δώσουν φυσιολογικά
έμβρυα)
 15
der15

der18 18
15 der15
ή
18 der18
Εναλλασόμενος
1. Διαχωρισμός: Φυσιολογικοί / ισοζυγισμένοι γαμέτες)

15 der15
ή
der18 18
Παρακείμενος-1
2. : Ετερόλογα κεντρομερή, ΜΗ ισοζυγισμένοι γαμέτες)

15 der15 ή
der18 18
Παρακείμενος-2
3. ; Ομόλογα κεντρομερή, ΜΗ ισοζυγισμένοι γαμέτες γαμέτες)
15 der15 ή 15 der15
και και
der18
18 18
der18
der15 15 15 der15
ή και
και 18
der18 18 der18
4.
Διαχωρισμός 3:1 Τρισωμίες ή προϊόντα αποβολής λόγω μονοσωμιών)
Διαμετάθεση κατά Robertson ‘rob’ – 1/1000 γεννήσεις
Διαμετάθεση μεταξύ των ακροκεντρικών
(13,14,15,21,22)

ΠΡΟΓΕΝΝΗΤΙΚΑ-
UPD14

ΤΥΠΟΙ
ΓΑΜΕΤΩΝ
ΣΤΗ ΜΕΙΩΣΗ
(6 γαμέτες- 2
φυσιολογικοί)
ΠΕΡΙΚΕΝΤΡΙΚΗ ΑΝΑΣΤΡΟΦΗ ‘inv’ - ΤΥΠΟΙ ΓΑΜΕΤΩΝ
ΣΤΗ ΜΕΙΩΣΗ Ι (4 γαμέτες)
1/1000 γεννήσεις - σημεία θραύσης (2) σε 2 βραχιόνες –
περιλαμβάνει το κεντρομερές
 ΠΑΡΑΚΕΝΤΡΙΚΗ ΑΝΑΣΤΡΟΦΗ ‘inv’ - ΤΥΠΟΙ
ΓΑΜΕΤΩΝ ΣΤΗ ΜΕΙΩΣΗ Ι
0.5/1000 γεννήσεις -2 σημεία θραύσης στον ίδιο βραχίονα –
ΔΕΝ περιλαμβάνει το κεντρομερές
 Έλλειμμα (del) –
τελικό/ενδιάμεσο/δακτυλιοειδές
χρωμόσωμα ‘r’ – 1/7,000 γεννήσεις

Τελικό Ενδιάμεσο
Από σχηματισμό δακτυλιοειδούς
Απλοανεπάρκεια
χρωμοσώματος – r(14): νοητική
ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΣ: (1) άνισος υστέρηση
επιχιασμός ή (2) παράγωγο
ισοζυγισμένης μετάθεσης
Σύνδρομο Jacobsen – 1/100,000 γεννήσεις
46,ΧΥ,del(11)(q24.2)dn
 Δυσμορφία (βλεφαρόπτωση,
υπερτελορισμός, επίκανθος,
μικρογναθία, καθίζηση βάσης
ρινός, μακροπροσωπία)
 Συγγενείς ανωμαλίες (καρδιά,
νεφροί)
 Νοητική υστέρηση, αναπτυξιακή
καθυστέρηση
 Μονήρης χειρομαντική γραμμή
 Χαμηλά αιμοπετάλια (θρομβοπενία)

 Το περιστατικό είχε ως αιτία

παραπομπής ?mos 21
 ΔΕΝ είχε γίνει ΜΟΡΙΑΚΟΣ
ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ αλλά ΣΥΜΒΑΤΙΚΟΣ
προγεννητικά
 Ισοχρωμόσωμα (i) – ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ με
Έλλειμμα/Διπλασιασμό (πχ 46,Χ,i(Y)(q10))

i(Xq) ή i(Xp): σ. Turner, i(Yp) ή i(Yq), i(18p): συμπαγείς όγκοι

ΔΙΑΦΟΡΟΠΟΙΗΣΗ ΦΥΛΟΥ
 ΤΟ ΦΥΛΟ / ΣΕΞΟΥΑΛΙΚΗ ΤΑΥΤΟΤΗΤΑ
ΚΑΘΟΡΙΖΕΤΑΙ ΑΠΟ:
 Τα χρωμοσώματα: XX ή ΧΥ
 Τα γονίδια: π.χ. 46,XY θήλυ – ‘αντίστροφο φύλο’ -
SRY(μετάλλαξη/έλλειμμα)
 Τις γονάδες: θήλεα-ωοθήκες, άρρενες-όρχεις
 Τις ορμόνες: π.χ. συγγενής επινεφριδιακή υπερπλασία
 Την ταυτότητα του φύλου (πώς αντιλαμβάνεται το ίδιο το
άτομο τον εαυτό του)

 2006 – Νέα ονοματολογία (αντί για Διαταραχές

ενδιάμεσου φύλου – ‘Intersex disorders’)
Διαταραχές στη διαφοροποίηση του φύλου
(DSD – Disorders of sex differentiation)
 1/5000 γεννήσεις με DSD (νεογνολόγος,
παιδίατρος, ενδοκρινολόγος, ουρολόγος,
παιδοχειρούργος, γυναικολόγος, γενετιστής,
ψυχιάτρος-ψυχολόγος)
Υ ΧΡΩΜΟΣΩΜΑ – 63Mb (250x106χρονών!)
ανασυνδιασμός ομολόγων αλληλουχιών→ οδηγούν σε ελλείματα

 SRY (Sex-determining region on the

Y),Yp11.3 –ρυθμιστικός παράγοντας
για άλλα φυλοκαθοριστικά γονίδια.
 Υ: μικρός αριθμός γονιδίων (220) –
104:πρωτεϊνικά μόρια, 111:
Ψευδογονίδια με ρόλο στο
φυλοκαθορισμό και σπερματογένεση.

 Γονίδια στην AZF (azoospermic-factor

loci) του Yq11, έλλειψη των οποίων →
αζωοσπερμία (10%).
 Η περιοχή υποδιαιρείται σε 3 περιοχές a,
b, c, πιο συχνή σε ελλείμματα την AZFc
- όπου βρίσκεται το γονίδιο DAZ (del
DAZ-αζωοσπερμία)
 SRY: τον πιο σημαντικό ρόλο στον καθορισμό του φύλου!
- κωδικοποιεί έναν ρυθμιστικό παράγοντα που
- προσδένεται στο DNA και το μεταβάλλει παίζοντας έτσι ρόλο ‘μεταγραφικής
ενεργοποίησης’ - έκφραση *γονιδίων, σημαντικών στην εμβρυογένεση και
διαφοροποίηση του φύλου
Τόπος Γονίδιο Μηχανισμός Φαινότυπος

17q24 SOX9 (male gonads development) Απλοανεπάρκεια Υπεύθυνο για Campomelic dysplasia
Εκφράζεται στην αδιαφοροποίητη Υπερέκφραση (καμπτομελική δυσπλασία) και γοναδική
γονάδα και στα δύο φύλα και η δυσγενεσία όταν τροποποιηθεί
έκφρασή του διατηρείται στους όρχεις Μετάλλαξη → XY ΘΗΛΥ
Διπλασιασμός → XX ΑΡΡΕΝ (ακόμα κι αν
SRY-)
9q34 SF-1 - πυρηνικός υποδοχέας Απλοανεπάρκεια XY θήλυ
απαραίτητος για τη βιοσύνθεση
στεροειδών (male gonads devel)

11p13 WT1-Wilms tumour (συμμαντικό Απλοανεπάρκεια XY θήλυ, σύνδρομο WAGR

στις αλληλεπιδράσεις των Sertoli
και των Leydig κυττάρων στην
αναπτυσσόμενη γονάδα)
1p35 Wnt4 - παίζει ρόλο στον Υπερέκφραση XY θήλυ
σχηματισμό πόρων του Muller, (διπλασιασμός)
ρυθμίζει το γονίδιο DAX-1

9p24.3-pter DMTRI Απλοανεπάρκεια XY θήλυ (ασαφή έξω γεννητικά όργανα)

10q25-qter SRA Απλοανεπάρκεια XY θήλυ

Xp21.2-p22.2 DAX1 μεταγραφικός παράγοντας Διπλασιασμός XY θήλυ DSS (dosage sensitive sex
(πλεονασμός - καταστολή της γονιδίου reversal)
δράσης του SRY)
Xq11-q12 Androgen receptor gene (AR) Απλοανεπάρκεια XY θήλυ
 ΚΛΑΣΙΚΗ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ

ΠΛΕΟΝΕΚΤΗΜΑΤΑ
 Ανίχνευση ισοζυγισμένων και μη ισοζυγισμένων χρωμοσωματικών
ανωμαλιών
 Ανίχνευση μωσαϊκισμού

ΜΕΙΟΝΕΚΤΗΜΑΤΑ
 Ανίχνευση αλλαγών στο γονιδίωμα >5-10Mb – όχι κρυπτικές
ανακατάξεις
 Κακή μορφολογία χρωμοσωμάτων (νεοπλασίες)
 Μη ταυτοποίηση χρωμοσωματικών δεικτών, υποτελομεριδιακών
ανακατατάξεων, ακριβής θέσεως των σημείων θραύσεων
 Αποτυχία καλλιέργειας κυττάρων in vitro
 Πρόσμιξη μητρικών κυττάρων (προγεννητικά)
 1970 – G χρώση ΜΕΡΟΣ IV
1980 – FISH
1990 – CGH(3-10Mb)

5-10Mb

aCGH/SNP (kb-nt)
500-5kb

1 Mb = 1000kb = 1,000,000 bp
Η διακριτική ικανότητα του καρυότυπου έχει αυξηθεί σημαντικά με τη
νέα τεχνολογία

ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΗ(Mb) ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΟΜΙΚΗ (kb-nt)

1. FISH (FLUORESENCE IN SITU HYBRIDIZATION)
– ΥΒΡΙΔΟΠΟΙΗΣΗ ΜΕ ΦΘΟΡΙΣΜΟ IN SITU

Αρχή συμπληρωματικότητας των βάσεων

 Μικροσκόπιο φθορισμού και ειδική ψηφιακή κάμερα – ποσοτική
μέτρηση των εικόνων φθορισμού και ανίχνευσης σημάτων σε
μήκη κύματος πέραν του ορατού για το ανθρώπινο μάτι
φάσματος
 Mόρια διεγείρονται από ακτινοβολία
κατάλληλου μήκους κύματος, δηλαδή  ΦΙΛΤΡΑ για την απομόνωση
απορροφούν ενέργεια με αποτέλεσμα
ακτινοβολιών συγκεκριμένων
ηλεκτρόνια αυτών να μετακινούνται
παροδικά σε υψηλότερη ενεργειακή μηκών κύματος
στοιβάδα.
 Κατά την επαναφορά των ηλεκτρονίων
αυτών στη βασική στοιβάδα εκπέμπεται
ακτινοβολία (φθορισμού) μεγαλύτερου Φίλτρο φραγμού
μήκους κύματος
Φίλτρο διέγερσης

Διχροϊκό κάτοπτρο

Παρασκεύασμα
 FISH – είδη ανιχνευτών

ΧΡΗΣΕΙΣ
1. Έλεγχος αριθμητικών χρωμοσωμικών αλλαγών
2. Έλεγχος δομικών χρωμοσωμικών ανακατατάξεων (ελλείψεων,
διπλασιασμών, ισοζυγισμένων μεταθέσεων κ.ά.)
3. Ταυτοποίηση υπομικροσκοπιακών ελλειμμάτων και
κρυπτικών ανακατατάξεων
4. Παρακολούθηση πορείας αλλογενούς μεταμόσχευσης
μυελού των οστών
5. Εκτίμηση υπολειπόμενης νόσου
6. Έλεγχος γονιδιακής επέκτασης (HSRs) – όγκους
Interphase Diagnosis- Direct FISH (24hrs)

Δύο σήματα για το χρωμ.21– φυσιολογικό δείγμα

Τρία σήματα για το χρωμ. 21 – τρισωμικό δείγμα

 ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ ΜΙΚΡΟΕΛΛΕΙΠΤΙΚΑ
‘ΦΥΣΙΟΛΟΓΙΚΟΣ’ – ΣΥΝΔΡΟΜΑ
1.1p36
ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΗ ΚΛΙΝΙΚΗ 2.Wolf-Hirshhorn – 4p16.3
ΕΙΚΟΝΑ….ΤΙ 3.Cri-du chat – 5p15
ΣΥΜΒΑΙΝΕΙ???? 4. Saethre-Chotzen – 7p21
5.Williams – 7q11.2
6.Prader-Willi/Angelman– 15q11-13
7.Rubstein-Taybi – 16p13.3
8.Miller-Dieker – 17p11.2
9.Smith Magenis – 17p13.3
10.Alagile – 20p11.23
11.DiGeorge/Catch22 – 22q11.2

>50 Μικροελλειπτικά σύνδρομα 12.Kallmann – del(X)(p22.3)

Xαρακτηριστικό φαινότυπο: συγκεκριμένο προσωπείο, νοητική υστέρηση, συγγενείς

ανωμαλίες
 Αποτελούν το 10% των περιπτώσεων της ιδιοπαθούς νοητικής υστέρησης
 Ελλείμματα <2Mb : FISH, MLPA, Arrays
 > 75% των περιστατικών είναι de novo
ΣΥΝΔΡΟΜΟ Di George – del(22)(q11.2)
(1/5,000 γεννήσεις)
Μαθησιακές δυσκολίες
Μικρογναθία
Υπασβεστιαιμία
Τετραλογία Fallot
 Combinatorial Labelling (SKY/Μ-FISH)
FITC Cy3 Cy3.5 Cy5 Cy7 Pseudocolour
ΦΑΣΜΑΤΙΚΟΣ/ ΠΟΛΥΧΡΩΜΙΚΟΣ
ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ - 24 διαφορετικοί
ανιχνευτές , σημαίνονται με
διαφορετικές φθορίζουσες
χρωστικές. Τα φθορίζοντα σήματα
αναλύονται με τη βοήθεια ειδικών
λογισμικών Κάθε χρώμα
αντιστοιχίζεται σε καθένα από 24
διαφορετικά φθορίζοντα φάσματα
που παράγει ο καθένας από τους
χρωμοσωμο-ειδικούς ανιχνευτές.

Αριθμός συνδιασμών για n

φθορίζουσες χρωστικές=2n-1

n=2 = 3 combinations
n=3 = 7 “
n=4 = 15 “
n=5 = 31 “
n=6 = 63 “
n=7 = 127 “
n=8 = 255 “
n=9 = 511 “
.
ΧΡΩΜΟΣΩΜΑΤΙΚΑ ΘΡΑΥΣΜΑΤΑ – MARKERS ‘mar’

 Χρωμοσώματα υπεράριθμα, άγνωστης προέλευσης (sSMC)

 Μέγεθος: < χρωμόσωμα 20 – δακτύλιοι ‘r’, ανάστροφος διπλασιασμός ‘inv
dup’, min
 Φυσιολογικός ή παθολογικός (30%) φαινότυπος- ; ευχρωματίνη
 Συχνότητα: 1/2500 γεννήσεις
 Καρυότυπος: 47,XX,+mar ή mos45,X/46,X,+mar (chr15)
 Ταυτοποίηση: NOR, FISH/a-CGH
 ΤΑΥΤΟΠΟΙΗΣΗ ΤΩΝ ΘΡΑΥΣΜΑΤΩΝ
1. C (υπάρχει αχνή περιοχή ευχρωματίνης;)
2. NOR (επιβεβαίωση δορυφόρων/ακροκεντρικό)
3. FISH, CGH arrays
•30% με παθολογικό φαινότυπο (έξτρα υλικό ή UPD
(chr. 6, 7, 11, 14, 15, 16, 20)

•Γνωστά σύνδρομα από έξτρα υλικό-markers:

- i(12p) : Pallister Killian syndrome
- inv dup(22) : Cat-eye syndrome
- i (18p)
FISH
 Εξαιρετικά ευαίσθητη και αξιόπιστη

 Βασίζεται στην υβριδοποίηση φθοριοχρωμοσημασμένων

ανιχνευτών με το υπό μελέτη γενετικό υλικό -
μικροσκόπιο φθορισμού

 Δεν απαιτεί καλλιέργειες (απευθείας σε ΜΗ διαιρούμενα

κύτταρα) - γρήγορη (24hrs)

 Ανάλυση μεγάλου αριθμού κυττάρων

 Προεμφυτευτικά, προγενννητικά, μεταγεννητικά, νεοπλασίες

ΑΛΛΑ
‘ΣΤΟΧΕΥΜΕΝΗ’ ΜΕΘΟΔΟΣ’
 ΑΛΛΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ – aCGH (Μοριακός
Για λόγους όπως:
καρυότυπος)
1. Μικρός (ή και καθόλου) αριθμός μεταφάσεων (νεοπλασίες)
2. Κακή ποιότητα των χρωμοσωμάτων
3. Πολυπλοκότητα των χρωμοσωμικών ανωμαλιών

Χρησιμοποιούνται ΜΗ συμβατικοί τρόποι ανάλυσης των

χρωμοσωμάτων όπως CGH arrays (CMA):

•Μελέτη-σάρωση όλου του γονιδιώματος σε ένα πείραμα

•Ελλείμματα, διπλασιασμοί

•OΧΙ ισοζυγισμένες ανακατατάξεις

•DNA(300ng-1mg)-
όχι καλλιέργεια κυττάρων
 1.

2.

5.

3.
4.

ΜΙΚΡΟΣΥΣΤΟΙΧΙΕΣ DNA (σύγκριση

αριθμού αντιγράφων DNA)
ΤΟΠΟΘΕΤΗΣΗ ΜΙΚΡΟΣΥΣΤΟΙΧΙΩΝ

4 κύριες μέθοδοι:
• Μικροενέσεις
• Πιεσοηλεκτρικώς
• Φωτολιθογραφία
• Ηλεκτρικά πεδία

Πολλαπλά αντίγραφα συγκεκριμένης αλληλουχίας DNA

Ένα γονίδιο: 1-20 ανιχνευτές

BAC /cDNA >1Mb και 105 ή 106 ολιγονουκλεοτίδια

BAC array πλατφόρμα Oligo array πλατφόρμα

 Όσο μικρότερο το μέγεθος

των ανιχνευτών, τόσο
περισσότεροι ανιχνευτές
εναποτίθονται –μεγαλύτερη
κάλυψη - περισσότερες
πληροφορίες
ΠΕΡΙΣΤΑΤΙΚΟ: Θήλυ, 2 ετών, αναπτυξιακή καθυστέρηση, καθυστέρηση
λόγου, πλατιά ρινική γέφυρα, καθίζηση ρινός

arr[hg17]17q11.2q12[26,979,611-31,035,827]x1 dn

Brunetti-Pierri et al. Clin Genet 2007: 72: 411–419

CNVs (παραλλαγές αριθμού αντιγράφων του DNA)

 Περιοχές μερικές Kb-πολλές Mb σε μήκος, διάσπαρτες στο γονιδίωμα

 6500CNVs, ενδεχομένως πολύ περισσότερα – 10-20% του γονιδιώματος
 Εντοπίζονται σε γονίδια ή μη κωδικοποιημένες περιοχές
 Εμφανίζουν προσθήκες, μικρο-ελλείμματα/διπλασιασμούς – αλλαγές
στη δομή / έκφραση λειτουργία γονιδίων
 20% των παιδιών με φυσιολογικό καρυότυπο – CNVs
1. Παθολογικό φαινότυπο (γνωστά σύνδρομα)
2. Πιθανώς παθολογικό
3. Αβέβαιης κλινικής σημασίας (μη
καταγεγραμμένα στις βάσεις δεδομένων ή καταγεγραμμένοι ως
VOUS)
4. Μη παθολογικά (benign) - γνωστοί πολυμορφισμοί
(καταγεγραμμένα) – >800/άτομο
 ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ:Ecaruca/Decipher/Ensembl/Database of Genomic
Variants (για τελικό καθορισμό των ευρημάτων + βλ. αναφορές)

Παθολογικό εύρημα
(1) μοριακός καρυότυπος γονέων
(2) επικύρωση αποτελεσμάτων με FISH, MLPA, Arrays
μεγαλύτερης ευκρίνειας
 Αξιολόγηση των ευρημάτων – διεθνής βάσεις
δεδομένων και βιβλιογραφίκες αναφορές - πιο
εύκολη συσχέτιση του γονότυπου με τον
φαινότυπο.
ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ARRAYS ΙΣΤΟΣΕΛΙΔΕΣ

UCSC Genome Browser http://genome.ucsc.edu/

Database of Genomic Variants http://projects.tcag.ca/variation

European Cytogeneticists Association Register of http://www.ecaruca.net

Unbalanaced Chromosome Aberrations (ECARUCA)

National Centre for Biotechnology Information http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Ensembl Genome Browser http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/index.html

DatabasE of Chromosomal Imbalance and Phenotype in http://www.sanger.ac.uk/

Humans using Ensebml Resources (DECIPHER)

Gene Imprint http://geneimprint.com/site/genes-by-species

ΜΟΡΙΑΚΟΣ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ –ΣΥΓΚΡΙΤΙΚΟΣ ΓΕΝΟΜΙΚΟΣ
ΥΒΡΙΔΙΣΜΟΣ ΜΙΚΡΟΣΥΣΤΟΙΧΙΩΝ DNA - aCGH
 Ανταγωνιστικός υβριδισμός σημασμένου DNA ασθενή-DNA
ελέγχου
 10-1,000x μεγαλυτέρη διακριτική ευκρίνεια
 Ανίχνευση χρωμοσωματικών ανωμαλιών κατά 20%
 Χρήση ανιχνευτών, εναποθετιμένων σε πλακάκια, σε απόσταση
30kb-1Mb
 Ευκρίνεια ανάλογη του αριθμού των ανιχνευτών (30Κ -2.5Κ),
/πυκνότητας κάλυψης του γονιδιώματος και της μεταξύ τους
απόστασης (1Mb – 13Kb)
 Διαφορετικές μικροσυστοιχίες ανάλογα με την αιτία παραπομπής
 Αποτέλεσμα σε 5-7 ημέρες
 Νέα γονίδια (>500), νέα σύνδρομα
 Διαλεύκανση μηχανισμών με ρόλο σε αυτισμό, σχιζοφρένεια,
καρδιακές παθήσεις, κ.α.
Δύο κύριες κατηγορίες μικροσυστοιχιών

1. Μικροσυστοιχίες DNA 2.Μικροσυστοιχίες

γονιδιακής έκφρασης

BAC/oligo SNP

Συσχετισμός με διαφορετικούς
ιστούς, ασθένειες, είδη

Targeted/whole genome
 Μονονουκλεοτιδικοί πολυμορφισμοί (SNP-
array)
 Μονονουκλεοτιδικοί
πολυμορφισμοί, διάσπαρτοι
το γονιδίωμα ->20x106 SNPs
 Κάθε 100-300bp
 >1% συχνότητα στο γενικό
πληθυσμό
 Ανιχνεύει:
1. UPD
2. Σημειακές αλλαγές -
απώλεια ετεροζυγωτίας
(καρκίνοι)
3. Ανίχνευση χαμηλού
ποσοστού μωσαϊκισμού –
(καρκινικοί κλώνοι)
4. Επιμόλυνση μητρικών
κυττάρων
5. Χιμαιρισμός
 Προγνωστικός δείκτης,
ανταπόκριση σε θεραπεία κ.α.
PGS/PGD – ΠΡΟΕΜΦΥΤΕΥΤΙΚΟΣ
ΓΕΝΕΤΙΚΟΣ ΕΛΕΓΧΟΣ (ARRAYS)
ΠΟΤΕ;
 Ζευγάρια
- Ο ένας είναι φορέας χρωμοσωματικής ανακατάταξης
- Με καθ’εξιν αποβολές
 Γυναίκες σε μεγάλη ηλικία (PGS)
 Βιοψία σε πολικά σωμάτια/3-5 ημερών έμβρυα
 FISH/PCR - 24 chr arrays
 Όχι πολυπλοειδίες (0.2%)
 ΣΥΝΟΨΙΖΟΝΤΑΣ…
Οι μικροσυστοιχίες DNA - aCGH:
 Αυξάνουν την διακριτική ευκρίνεια
 Αποκαλύπτουν κρυπτικές ανακατατάξεις
 Δεν εξαρτώνται από καλλιέργειες κυττάρων - γρήγορο
. αποτέλεσμα
 aCGH + SNParrays – γεφύρωση του χάσματος μεταξύ
κυτταρογενετικής και μοριακής γενετικής (EXONIC-ARRAY CGH)
 OXI ισοζυγισμένες ανακατατάξεις
 Επιβεβαίωση με FISH/MPLA – Έλεγχος γονέων

ΠΡΟΓΕΝΝΗΤΙΚΑ – Παθολογικός υπέρηχος/ αυξ ΑυχΔιαφάνεια

ΜΕΤΑΓΕΝΝΗΤΙΚΑ – Συγγ.διαμαρτίες/ ΔΑΔ/ Νοητική Υστέρηση/
Δυσμορφία

ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΙΣΜΟΣ – Ερμηνεία των αποτελεσμάτων

ΙΣΟΖΥΓΙΣΜΕΝΗ ΑΝΑΔΙΑΤΑΞΗ – ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΟΣ
ΦΑΙΝΟΤΥΠΟΣ – πώς?

 Γονίδια στα σημεία θραύσης

 Μετατόπιση γονιδίων/ρυθμιστικών
παραγόντων
 Στο φυσιολογικό αλληλόμορφο υπάρχει
υπολειπόμενο γονίδιο
 Κρυπτική (cryptic) ανισοζυγία
 Μετάλλαξη αλλού στο γονιδίωμα

 Καρυότυπο σε γονείς
 FISH και ARRAYS (NGS)
 Γενετική συμβουλευτική
 Σπάνιες δομικές χρωμοσωμικές ανωμαλίες
 2 ή > χρωμοσώματα, > 2 σημεία θραύσης
 ‘Ισοζυγισμένες’ / μη ισοζυγισμένες
 50% με παθολογικό φαινότυπο
 Γονίδια σε σημεία θραύσης (σ.θ.)
 Υπομικροσκοπικές ανισοζυγίες -δοσοεξαρτώμενα γονίδια
 Διαταραχή μη κωδικοποιούμενων ρυθμιστικων στοιχείων
 Παθολογικά παράγωγα ‘der’ στη μείωση
 Δύσκολη η ταυτοποίησή τους
 Μηχανισμός: ‘Chromothrypsis’ ή ‘Chromoanasynthesis’
 ΠΕΡΙΣΤΑΤΙΚΟ CCR – ΠΓΝΠ/
Γιάννενα
8 ετών αγόρι
 Αναπτυξιακή καθυστέρηση (2 μηνών)
 Ψυχοκινητική καθυστέρηση
 Υποτονικό (8 μηνών)
 Ήπια δυσμορφία (υψηλή υπερώα, προεξέχων μέτωπο)
 Ήπια κλινοδακτυλία
 Μονήρη παλαμιαία γραμμή
 Απουσία λόγου
 Καρυότυπος: 46,XY,t(2;5;7)
 46,XY,der(7)t(7;2;5)(7pter->7p22.3::5p14.3-
>5p15.1::2p22->2p21::5p15.1->5pter::7p22.3->7q32)dn
M-FISH, WCP-FISH
 CCR περιστατικό…..

 ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ – ισοζυγισμένος, 7σ.θ.

 FISH – επιβεβαίωση + αναστροφή στο ch7
 ΜΟΡΙΑΚΟΣ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ -ve
 ?????
 Next Generation sequencing (Mate pair
sequencing) – αλληλούχιση νέας γενεάς
1.Whole genome sequencing
2.Point mutations
3.Balanced rearrangements !!!!
4.Intra/inter- chromosomal changes
 ΕΥΡΗΜΑΤΑ
 11BPs - 6 chr5, 3 chr2

 Several inversions – chr2, 5

 3 truncated genes –
FOXP2 (7q31) speech delay
CHD12 (5p14.3), neuropsychiatric disorders
DGKB(7p21.2), articulation of words

 Unable to detect inv7

Schematic illustration of the CCR events between chromosomes 2, 5, and 7
involving 11 BP junctions.

chr2 2p22.1 2p16.1

2
2a 2b 2c 2d
1

9 10

chr5 5p15.2 5p15.1 5p14.3 5p14.2

4
8
5a 5b 5c 5d 5e 5f 5g
11 3

5 7

chr7 7p21.2 7q31.1

7a 7b 7c
6
CYTO
46,XY,der(7)t(7;2;5)(7pter->7p22.3::5p14.3->5p15.1::2p22-
>2p21::5p15.1->5pter::7p22.3->7q32)dn

FISH
46,XY,del(2)(p16.1~16.3p21~22.2),der(5)t(5;7)(p13.3;q31.1
~31.2),der(7)t(7;2;5)(7pter->7p21.1::7q31.1~31.2-
>7p21.1::5p13.3->5p15.1~15.33::2p21~22.2-
>2p16.1~16.3::5p15.1~15.33->5pter)dn
NGS
46,XY,
der(2)(2qter→2p16.1::2p16.1→2p16.1::2p22.1→2pter),
der(5)(5qter→5p14.2::5p14.3→5p14.2::5p15.2→5p15.2::7q31
.1→7qter),der(7)(7pter→7p21.2::7q31.1→7p21.2::5p15.1→5p
15.1::5p14.3→5p15.1::2p22.1
→2p16.1::5p15.2→5p15.1::5p15.2→5pter)dn
 Ισοζυγισμένες ανακατατάξεις - υπογονιμότητα
- νεοπλασίες
 Φυλετικές χρωμοσωματικές ανωμαλίες
 Ισχυρός φαινότυπος για μενδελική νόσο– αρνητικός
μοριακό έλεγχος – ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ (‘zoom out’!)
 ΑΝΑΚΕΦΑΛΑΙΩΣΗ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ

 ΜΙΤΩΣΗ-ΜΕΙΩΣΗ
 ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΗ
 ΑΙΤΙΕΣ ΠΑΡΑΠΟΜΠΗΣ –
ΜΕΤΑΓΕΝΝΗΤΙΚΑ/ΠΡΟΓΕΝΝΗΤΙΚΑ/ΛΕΥΧΑΙΜΙΕΣ
 ΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΕΣ – ΖΩΝΩΣΕΙΣ
 ΧΡΩΜΟΣΩΜΑ-ΟΝΟΜΑΤΟΛΟΓΙΑ

 ΑΡΙΘΜΗΤΙΚΕΣ ΑΝΩΜΑΛΙΕΣ (ΑΝΕΥΠΛΟΕΙΔΙΕΣ) – ΤΡΙΣΩΜΙΕΣ

(ΑΥΤΟΣΩΜΙΚΕΣ/ΦΥΛΕΤΙΚΕΣ)
 ΜΩΣΑΙΚΙΣΜΟΣ
 UPD
 ΔΟΜΙΚΕΣ ΧΡΩΜΟΣΩΜΑΤΙΚΕΣ ΑΝΩΜΑΛΙΕΣ – ΕΙΔΗ ΓΑΜΕΤΩΝ
 ΔΙΑΦΟΡΟΠΟΙΗΣΗ ΦΥΛΟΥ

 ΜΗ ΣΥΜΒΑΤΙΚΗ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΗ – FISH/CGH ARRAYS

 CCRs