Ngoài những rủi ro đã nêu, rủi ro tìm ẩn thường bị bỏ quên là nhiễm chéo.

Nhiễm chéo xảy ra khi mối nguy (vật lý, hóa học, sinh học) chuyển từ một bề
mặt bị nhiễm đến một bề mặt khác chưa bị nhiễm. Các mối nguy này có thể
truyền từ con người, các bề mặt của các thiết bị nơi làm việc và các loại thực
phẩm khác.
Nguyên nhân gây nhiễm chéo gồm có cách bố trí nhà xưởng chưa phù hợp,
vệ sinh cá nhân và các công cụ dụng cụ chưa đạt đủ tiêu chuẩn. Ngoài ra còn
có thể do sự xuống cấp của thiết bị, của nhà xưởng. Sau đây sẽ mô tả chi tiết
nguyên nhân và cách khắc phục các hiện tượng này.

Nhiễm chéo do bố trí nhà xưởng:

Khi thiết kế và bố trí nhà xưởng, các khu vực chế biến nguyên liệu thô tươi sống và thành
phẩm đã nấu chín chưa thực sự tách biệt nhau, dẫn đến sự nhiễm chéo các chất bẩn, các vi
sinh vật từ các loại nguyên liệu thô chưa qua xử lí vào thành phẩm. Hay việc bố trí nhà vệ
sinh gần xưởng sản xuất, đặc biệt là nếu nhà vệ sinh không thường xuyên được dọn dẹp,
cũng là một nguyên nhân hình thành các mối nguy sinh học cho thực phẩm. Ngoài ra, việc
thiết kế các bề mặt trong nhà xưởng như tường, nền gạch nhám, không trơn láng khó vệ sinh
sạch sẽ, dễ tích tụ vi khuẩn. Nhà xưởng không được gắn rèm nhựa hay cửa để đóng kín khi
sản xuất, không đặt các thiết bị bẫy côn trùng, bẫy chuột nên nhiều loài động vật gây hại sẽ
xâm nhập vào khu nhà xưởng. Như vậy, khi thiết kế nhà xưởng, cần cân nhắc mọi vấn đề
cách bố trí các khu vực đến loại vật liệu để xây kho cũng cần được lựa chọn kĩ lưỡng để nhà
xưởng lâu bị xuống cấp và hạn chế tối đa các nguy cơ nhiễm chéo.
Việc lựa chọn vị trí để xây dựng nhà xưởng cũng vô cùng quan trọng. Nếu bố trí nhà xưởng
gần bãi rác, lò giết mổ, khu dân cư thì môi trường không khí xung quanh và nguồn nước sử
dụng không đủ sạch sẽ, nguy cơ lây nhiễm vi sinh vật rất cao. Vì vậy, khi đầu tư xây dựng
nhà xưởng, cần chú ý lựa chọn vị trí phù hợp để đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm.
Sự xuống cấp của nhà xưởng như sơn bong tróc từ trần nhà, hay bụi hoặc các mảnh vỡ bóng
đèn,... rơi xuống những thiết bị chế biến đang hoạt động và để hở hình thành các mối nguy
vật lý. Ngoài ra, việc tường hay nền nhà xưởng bị ẩm ướt, tù đọng nước là điều kiện cho vi
sinh vật phát triển, ngoài ra các loài kí sinh trùng, hay côn trùng và các loài gặm nhắm cư trú.
Ngoài ra sự tù đọng này lâu ngày sẽ hình thành mùi hôi thối. Nhà máy thường sử dụng một
lượng lớn nguồn nước cho việc hoạt động sản xuất thường ngày và cho các thiết bị. Vì vậy,
hệ thống cấp thoát nước trong nhà máy được bố trí dày đặc. Nếu đường ống nước sản xuất
bị vỡ hay hẹ thống thoát nước thải bị ứ động thì việc hình thành mùi hôi và tạo điều kiện cho
vi khuẩn phát triển là điều có thể xảy ra trong nhà xưởng. Để khắc phục các sự cố này, nhà
xưởng cần được kiểm tra và làm vệ sinh và khử trùng định kì để không bị bám bụi cũng như
ứ đọng chất bẩn và vi sinh vật gây hại.

Nhiễm chéo trong quá trình sản xuất:

Công cụ dụng cụ dùng trong sản xuất là những vật tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm. Vì vậy,
bên cạnh việc phải giữ gìn và vệ sinh dụng cụ sạch sẽ còn phải đảm bảo sử dụng các dụng
cụ đó đúng cách và đặt đúng nới quy định. Ví dụ như các dụng cụ cần giữ sạch, phải đặt trên
bàn thì không được để dưới nền; các dụng cụ để đựng mỗi loại nguyên liệu phải khác nhau
(đựng phụ phẩm, đựng nguyên liệu, đựng bán thành phẩm, thành phẩm); vật dụng để đựng
đá thì không được dùng cho các công việc khác.
Khi vào khu vực sản xuất, khách tham quan, đặc biệt là cán bộ, công nhân viên tiếp xúc trực
tiếp với thực phẩm cần được hướng dẫn khử trùng và thay bảo hộ lao động đúng quy định
trước khi vào khu vực sản xuất để tránh tình trạng vô tình mang bụi bẩn hay vi sinh vật từ
ngoài vào. Đặc biệt là phải đảm bảo vệ sinh cá nhân sạch sẽ đúng quy trình sau khi đi vệ sinh
hay thực hiện các công việc cá nhân khác (ăn uống, nghe điện thoại,...) rồi mới được trở lại
vị trí làm việc.
Bên cạnh đó, việc công nhân tự ý đi lại từ khu vực này sang khu vực khác trong phân xưởng
sẽ là một trong những nguyên nhân gây nhiễm chéo trong quá trình chế biến. Ví dụ công
nhân làm việc ở khu nguyên liệu thô tươi sống sang khu vực đóng gói thành phẩm mà không
qua các quy trình khử trùng, vệ sinh đúng quy định hoặc công nhân đang làm ở khu vực đóng
gói thành phẩm nhưng lại sang khu vực có nguyên liệu sống và quay lại chỗ làm việc ban đầu
mà không qua vệ sinh khử trùng sẽ mang vi khuẩn từ các nguyên liệu thô sang và lây nhiễm
vào thành phẩm.
Công nhân đang mắc bệnh truyền nhiễm có thể lây virus bệnh sang thực phẩm, như vậy khi
virus không bị tiêu diệt trong quá trình đóng gói và tiệt trùng thì chúng có thể là một mầm
bệnh uy hiếp sức khỏe người tiêu dùng. Như vậy, việc yêu cầu và tổ chức cho công nhân viên
kiểm tra sức khỏe 6 tháng/lần là vô cùng quan trọng để tránh tình trạng lây nhiễm bệnh qua
thực phẩm.
Ngoài ra, nguồn nước hay các dụng cụ bảo hộ lao động trong nhà xưởng phải đảm bảo luôn
đạt tiêu chuẩn để hạn chế tối đa nguy cơ nhiễm chéo trong thực phẩm.