Penggunaan sistem pengankutan awam yang canggih telah
mengurangkan pencemaran udara. Walau bagaimanapun, perkembangan
pengangkutan banyak menimbulkan permasalahan alam sekitar seperti: pencemaran, air, udara dan bunyi, hakisan, tanah runtuh, dan gelongsoran tanah dan perubahan landskap.
Kenderaan bermotor terutama kenderaan yang menggunakan petrol
berplumbum dan kenderaan diesel menyebabkan pencemaran udara. Kandungan sulfur dioksida dan nitrogen dioksida yang dilepaskan daripada kenderaan menjejaskan kualiti udara seperti kejadian jerebu yang memudaratkan kesihatan manusia. Pertambahan bilangan kenderaan menyebabkan pencemaran bunyi yang boleh menggangu ketenangan dan kententeraan penduduk bandar. Kerja-kerja pembinaan infrastruktur pengangkutan juga menghasilkan bunyi bising. Perkhimatan udara juga menghasilkan bunyi bising apabila kapal terbang berlepas dan mendarat.
Pembinaan pelabuhan boleh mengakibatkan pencemaran air berlaku
apabila kerja-kerja penambakan laut dilakukan. Laut menjadi keruh kerana tercemar oleh kelodak. Keadaan ini menjejaskan kualiti dan hidupan air. Perkembangan perkhimatan perkapalan juga meninggalkan kesan negatif kepada alam sekitar apabila berlaku tumpahan minyak di perairan laut atau di pelabuhan. Pembuangan sisa dari kapal turut mencemarkan air laut.
Pembinaan lebuh raya telah menyebabkan berlakunya kejadian hakisan,
tanah runtuh, dan gelongsoran tanah. Kerja-kerja meratakan cerun, menarah susuh bukit dan meneres tebing curam telah menyebabkan kejadian tanah runtuh kerana struktur tanah yang longgar dan tidak stabil. Air sungai yang tercemar hasil hakisan air boleh menjejaskan kualiti air dan hidupan akuatik. Pembinaan jaringan sistem pengangkutan telah mengubah landskap di kawasan sekitarnya. Landskap fizikal telah bertukar menjadi landskap budaya, contohnya pembinaan teres-teres bukit, terowong, tanaman bunga dan tanaman pokok-pokok tertentu di sepanjang lebuh raya. Perkembangan pengangkutan telah mempengaruhi alam sekitar. Sistem pengangkutan membawa banyak kebaikan kepada manusia. Walau bagaimanapun, kita harus menggunakan pelbagai cara untuk mengurangkan kesan negatif perkembangan jaringan pengangkutan terhadap alam sekitar.