Volume 11, Nomor 3, Juni 2015

Halaman 73–78
DOI: 10.14692/jfi.11.3.73
ISSN: 0215-7950

Eksplorasi Bakteri Endofit dari Akar Tanaman Adam Hawa dan

Potensinya sebagai Agens Hayati dan Pemacu Pertumbuhan
Tanaman Padi

Exploration of Endophytic Bacteria from Root of Adam Hawa Plant

and Their Potency as a Biocontrol Agents and Plant Growth
Promoting Agents on Rice

Ankardiansyah Pandu Pradana, Diana Putri, Abdul Munif*

Institut Pertanian Bogor, Darmaga 16680

ABSTRAK

Adam Hawa (Rhoeo discolor) merupakan tanaman yang memiliki tingkat adaptasi yang baik pada
berbagai kondisi lingkungan. Kemampuan tersebut diduga karena adanya asosiasi mutualistik dengan
bakteri endofit. Penelitian ini bertujuan mengisolasi bakteri endofit dari akar tanaman Adam Hawa dan
menguji potensinya sebagai agens hayati dan pemacu pertumbuhan tanaman. Isolasi bakteri endofit
dilakukan dengan tahapan metode sterilisasi permukaan sampel akar, penggerusan, pengenceran, dan
penanaman pada medium tryptone soya agar (TSA). Sebanyak 21 isolat bakteri endofit berhasil diisolasi
dari akar tanaman Adam Hawa. Berdasarkan uji hipersensitif pada daun tanaman tembakau, sebanyak
19 isolat menunjukkan reaksi negatif (tidak terbentuk gejala nekrosis) dan hanya 2 isolat menunjukkan
reaksi positif (terdapat gejala nekrosis). Hasil uji terhadap aktivitas biokontrol dan pemacu pertumbuhan
tanaman padi menunjukkan 7 isolat bakteri endofit mampu menghambat pertumbuhan Fusarium
oxysporum secara in vitro dan 12 isolat mampu meningkatkan pertumbuhan bibit padi.
Kata kunci: aktivitas biokontrol, Fusarium oxysporum, uji hipersensitif

ABSTRACT

Rhoeo discolor has been known to have a good adaptation to various environmental conditions.
This character might be due to mutualistic association with endophytic bacteria. The objective of this
study was to isolate endophytic bacteria from roots of R. discolor and to evaluate their potency as
biocontrol agents and plant growth promoters. The methods to isolate endophytic bacteria involved
the following methods, sterilization of root surface, grinding of root tissues, dilution, and plating in
the medium tryptone soya agar (TSA). A total of 21 isolates of endophytic bacteria were isolated from
the roots of R. discolor. Based on hypersensitivity test on tobacco leaves, 19 isolates showed negative
reaction (no necrosis symptom) and only 2 isolates showed positive reaction (necrosis was developed).
The results on biocontrol and growth promoters assay showed that 7 isolates were able to inhibit the
growth of Fusarium oxysporum under in vitro test and 12 isolates were able to increase the growth of
rice seedlings.
Key words: biocontrol activity, Fusarium oxysporum, hypersensitivity test

*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor,
Jalan Kamper, Kampus Darmaga IPB, Bogor 16680.
Tel: 0251-8629364, Faks: 0251-8629362, Surel: munif73@gmail.com

73
J Fitopatol Indones Pradana et al.

PENDAHULUAN dari lingkungan yang kurang subur, kurang

mendapat air, namun pertumbuhan tanaman
Tanaman Adam Hawa (Rhoeo discolor) tetap baik. Sebanyak 5 tanaman R. discolor
merupakan tanaman yang telah lama digunakan diambil dari lingkungan pekarangan di
sebagai obat kanker dan penyakit degeneratif Darmaga, Bogor. Akarnya dicuci, kemudian
lainnya seperti penyakit parkinson. Tanaman dikeringanginkan. Sebanyak 1 g akar dari
ini mengandung senyawa antioksidan dan setiap tanaman disterilkan menggunakan
antimutagen yang berpotensi sebagai agens alkohol 70% selama 1 menit, kemudian
phytomedicine. Selain itu ekstrak etanol yang direndam dalam larutan NaOCl 3% yang
terkandung dalam tanaman juga digunakan telah diberi Tween 20 0.05% selama 1 menit,
dalam penelitian genetika (Frolich dan Nagl lalu dibilas menggunakan akuades steril
1979). sebanyak 3 kali. Akar yang sudah disterilkan
Bakteri endofit dilaporkan mempunyai ditempelkan pada medium tryptone soya
pengaruh positif terhadap pertumbuhan agar (TSA) untuk memastikan bahwa tidak
tanaman karena mampu mengendalikan ada kontaminan yang terbawa. Jika dalam
penyakit dan memacu pertumbuhan tanaman. waktu 48 jam terdapat mikrob yang tumbuh
Bakteri ini hidup dalam jaringan tanaman pada TSA (kontrol) maka akar tersebut tidak
tanpa menimbulkan gejala penyakit pada digunakan dalam proses selanjutnya.
tanaman. Setelah diketahui tidak ada mikrob yang
Bakteri endofit yang diisolasi dari tumbuh, sampel akar tersebut digerus dan
tanaman nilam, Achromobacter xylosoxidans, ditambah 10 mL akuades steril, kemudian
Alcaligenes faecalis, Bacillus cereus, B. diencerkan bertahap sampai dengan pe-
subtilis, dan Pseudomonas putida, dapat ngenceran 10-2. Sebanyak 100 µL suspensi
menekan populasi Pratylenchus brachyurus ditumbuhkan pada medium TSA 20%
hingga 82% dan meningkatkan pertumbuhan (6 g TSB dan 3 g agar-agar bakto untuk
nilam sebesar 87% (Harni et al. 2007). 1000 mL akuades) dan diinkubasi selama
Munif dan Harni (2011) melaporkan bahwa 48 jam. Bakteri yang memiliki bentuk
bakteri endofit dapat menekan puru pada morfologi yang berbeda dimurnikan pada
akar bibit lada 70–90% serta meningkatkan medium TSA 100% (30 g TSB dan 15 g agar-
pertumbuhan tanaman. Secara langsung, agar bakto untuk 1000 mL akuades). Koloni
bakteri endofit dapat menyediakan nutrisi tunggal yang tumbuh diamati bentuk koloni,
bagi tanaman, seperti nitrogen, fosfat; dan bentuk tepi bakteri, dan pewarnaan Gram.
menghasilkan hormon pertumbuhan seperti Selanjutnya bakteri disimpan dalam biakan
etilen, auksin dan sitokinin (Hallmann et al. murni untuk uji lanjut.
1997). Secara tidak langsung bakteri endofit
mampu menekan pertumbuhan patogen Uji Hipersensitif
melalui mekanisme resistensi terinduksi. Uji hipersensitif bertujuan menentukan
Penelitian bertujuan mengisolasi bakteri
isolat bakteri endofit yang berpotensi sebagai
endofit dari akar tanaman R. discolor bakteri patogen. Pengujian dilakukan dengan
dan menguji potensinya untuk menekan menumbuhkan 1 koloni tunggal bakteri ke
pertumbuhan Fusarium oxysporum secara in
dalam 10 mL medium TSB 100% kemudian
vitro serta potensinya untuk meningkatkan
dikocok selama 48 jam. Sebanyak 3 mL
pertumbuhan bibit padi. suspensi bakteri dalam medium TSB (108 sel
mL-1) diinjeksi pada daun tanaman tembakau.
BAHAN DAN METODE Setelah 48 jam diamati gejala yang muncul,
apabila terjadi nekrosis maka bakteri tersebut
Isolasi Bakteri Endofit berpotensi sebagai patogen pada tanaman dan
Tanaman R. discolor yang digunakan tidak digunakan pada uji lanjut.
sebagai sumber bakteri endofit diambil

74
J Fitopatol Indones
Uji Kemampuan Bakteri Endofit dalam
Menghambat Pertumbuhan F. oxysporum
Uji ini bertujuan mendapatkan bakteri
endofit yang berpotensi sebagai agens
pengendali hayati terhadap F. oxysporum.
Isolat F. oxysporum berasal dari koleksi
Laboratorium Mikologi Tumbuhan,
Departemen Proteksi Tanaman, Institut
Pertanian Bogor. F. oxysporum ditumbuhkan
bersamaan dengan bakteri endofit pada
medium agar-agar dektrosa kentang (ADK).
Bakteri endofit ditumbuhkan pada bagian
tengah cawan petri, kemudian F. oxysporum
ditumbuhkan pada ¼ bagian dari cawan
petri. Uji ini diulang 2 kali. Pertumbuhan F.
oxysporum yang menuju ke arah bakteri dan
berlawanan arah dengan bakteri diukur pada
hari ke-5 dengan rumus:
R1 - R2
P= R1 × 100%, dengan
P, persentase penghambatan pertumbuhan
(%); R1, jarak jari-jari miselium hingga tepi
cawan petri (cm); R2, jarak jari-jari miselium
hingga tepi zona hambat (cm).
Uji Bakteri Endofit terhadap Pertumbuhan
Bibit Padi
Uji ini bertujuan menentukan kemampuan
bakteri endofit dalam meningkatkan per-
tumbuhan tanaman padi. Sebanyak 1 koloni
tunggal bakteri ditambahkan pada 10 mL
medium TSB 100% (30 g TSB dalam
1000 mL akuades), kemudian dikocok selama
48 jam dengan kecepatan 100 rpm pada suhu
27 °C. Sebanyak 30 biji padi disterilkan
permukaannya menggunakan alkohol 70%
yang diberi Tween 20 0.05% selama 40
detik dan dibilas dengan akuades sebanyak 3
kali. Selanjutnya benih padi dimasukkan ke
dalam suspensi bakteri dengan konsentrasi
108–109 sel mL-1. Perendaman biji padi dalam
suspensi bakteri dilakukan selama 24 jam,
kemudian benih ditumbuhkan pada medium
tanam campuran tanah dan kompos dengan
perbandingan 1:1 (v/v) yang telah disterilkan
hingga tanaman berumur 4 minggu (Munif et
al. 2012b).
Uji ini disusun dalam rancangan acak
kelompok dengan 3 ulangan. Setiap perlakuan
Pradana et al.
terdiri atas 10 tanaman. Peubah yang diamati
ialah tinggi tanaman, panjang akar, dan jumlah
daun. Analisis data dilakukan menggunakan
SAS versi 9.1.
HASIL
Bakteri Endofit dari Akar R. discolor
Sebanyak 21 isolat bakteri endofit berhasil
diisolasi dari R. discolor (Tabel 1). Berdasarkan
bentuk, sudut, dan tepi koloni, bakteri endofit
dapat dikelompokkan menjadi 9 morfospesies.
Bentuk koloni bakteri hasil isolasi sebagian
besar (13 isolat) berbentuk bulat, sisanya
berbentuk tidak beraturan. Sebanyak 15 isolat
merupakan bakteri Gram positif dan 6 isolat
Gram negatif. Pada uji hipersensitif diperoleh
2 isolat (BE10 dan BE17) yang menimbulkan
nekrosis pada tanaman tembakau, sedangkan
19 isolat lainnya tidak menimbulkan nekrosis.
Kemampuan Bakteri Endofit dalam
Menghambat Pertumbuhan F. oxysporum
Uji in vitro pada 19 isolat bakteri
endofit dalam menghambat pertumbuhan F.
oxysforum menunjukkan bahwa sebanyak
8 isolat mempunyai kemampuan menghambat
pertumbuhan F. oxysporum dengan persentase
penghambatan sebesar 25–87% (Tabel 1). Hal
ini berarti bahwa 42% isolat bakteri endofit
yang diisolasi dari akar tanaman R. discolor
bersifat antagonis terhadap F. oxysporum. Isolat
yang terbaik dalam menghambat F. oxysporum
secara in vitro ialah isolat BE6 dan BE8.
Kemampuan Bakteri Endofit dalam
Meningakatkan Pertumbuhan Bibit Padi
Hasil pengamatan pertumbuhan tinggi
dan panjang akar bibit padi menunjukkan
hasil yang beragam. Sementara pada panjang
akar, persentase bakteri endofit memberikan
pengaruh pertambahan panjang akar lebih baik
dari kontrol sebesar 42.11%, dan juga memberi
pengaruh pada jumlah daun. Pertambahan
tinggi bibit dan panjang akar mengindikasikan
adanya potensi bakteri endofit dalam memacu
pertumbuhan tanaman (Tabel 2). Isolat terbaik
yang mampu memacu pertumbuhan bibit padi
ialah isolat BE 4 dan BE 18.
75
J Fitopatol Indones Pradana et al.

Tabel 1 Ciri bakteri endofit asal akar tanaman Rhoeo discolor dan kemampuannya menghambat
pertumbuhan Fusarium oxysporum
Isolat Gram Reaksi Morfologi koloni Persentase penghambatan
bakteri hipersensitif terhadap F. oxysporum (%)
BE1 Positif - Irregular flat lobate 0.0
BE2 Negatif - Circular raise entire 25.0
BE3 Positif - Circular flat entire 25.0
BE4 Positif - Irregular flat lobate 0.0
BE5 Positif - Circular umbonate entire 0.0
BE6 Positif - Irregular flat undulate 87.5
BE7 Positif - Circular convex entire 25.0
BE8 Positif - Circular raise entire 87.5
BE9 Positif - Circular raise entire 0.0
BE10 Positif + Circular umbonate entire 25.0
BE1 Negatif - Irregular raise unridulate 50.0
BE12 Positif - Circular raised entire 0.0
BE13 Positif - Irregular flat undulate 0.0
BE14 Positif - Irregular flat entire 0.0
BE15 Negatif - Circular riase entire 0.0
BE16 Negatif - Circural raise entire 0.0
BE17 Positif + Circural raise entire 0.0
BE18 Negatif - Circural raise entire 0.0
BE19 Positif - Circural raise entire 0.0
BE20 Negatif - Circural conv entire 0.0
BE21 Positif - Irregular flat lobate 0.0

Tabel 2 Pertumbuhan bibit padi varietas Ciherang pada 4 minggu setelah tanam setelah benih
diberi perlakuan bakteri endofit

Isolat bakteri endofit Jumlah daun Panjang akar (cm) Tinggi bibit (cm)
BE1 3.04 abc 8.53 ab 16.84 a
BE2 3.24 abc 9.62 ab 16.42 a
BE3 3.21 abc 10.13 ab 18.00 a
BE4 3.28 ab 10.21 ab 17.48 a
BE5 2.86 c 9.48 ab 17.12 a
BE6 3.31 a 13.50 a 18.40 a
BE7 3.00 abc 9.82 ab 17.64 a
BE8 3.15 abc 8.70 ab 17.70 a
BE9 3.07 abc 6.38 b 18.21 a
BE10 3.03 abc 7.20 b 16.98 a
BE1 3.04 abc 8.40 ab 18.05 a
BE12 3.03 abc 7.35 b 17.65 a
BE13 2.94 abc 8.90 ab 18.49 a
BE14 3.00 abc 8.60 ab 16.23 a
BE15 3.16 abc 10.16 ab 17.11 a
BE16 3.04 abc 9.56 ab 16.87 a
BE17 3.05 abc 6.83 b 16.52 a
BE18 3.08 abc 8.30 ab 18.40 a
BE19 3.03 abc 7.66 b 17.72 a
BE20 2.89 bc 7.03 b 17.24 a
BE21 3.25 abc 7.50 ab 18.26 a
Kontrol 3.24 abc 9.01 ab 16.49 a
Angka yang diikuti dengan huruf yang sama menunjukkan tidak berbeda nyata

76
J Fitopatol Indones
PEMBAHASAN
Hasil penelitian menunjukkan bahwa
beberapa isolat bakteri endofit hasil eksplorasi
dari akar tanaman R. discolor mampu
meningkatkan pertumbuhan bibit padi.
Pertumbuhan bibit tanaman padi yang diberi
perlakuan dengan bakteri endofit memiliki
pertumbuhan yang baik meskipun tidak
memberikan hasil nyata. Beberapa penelitian
sebelumnya juga menunjukkan bahwa bakteri
endofit memiliki kemampuan sebagai pemacu
pertumbuhan tanaman. Bakteri endofit
diketahui mampu menghasilkan berbagai zat
pengatur tumbuh dan hormon yang penting
bagi pertumbuhan tanaman (Munif et al.
2012a; 2012b).
Hasil pengujian menunjukkan bahwa
52% isolat bakteri endofit meningkatkan
pertumbuhan bibit padi yang lebih tinggi
dibandingkan dengan kontrol, 18% isolat
menunjukkan pertumbuhan sama dengan
kontrol, dan 27.27% isolat menunjukkan
pertumbuhan yang lebih rendah daripada
kontrol. Adanya bakteri endofit yang
berasosiasi dengan tanaman padi telah
dilaporkan dapat meningkatkan tinggi
tajuk 33% dan panjang akar 48% bibit padi
dibandingkan dengan kontrol (Vasudevan
et al. 2002). Hasil penelitian lainnya juga
melaporkan bakteri endofit dapat berasosiasi
dan memacu pertumbuhan beberapa jenis
tanaman, termasuk kentang (Sturz dan
Nowak 2000), mentimun (Hallmann et al.
1997), tomat (Munif et al. 2000) dan cabai
(Sundaramoorthye et al. 2012). Penelitian
yang dilakukan Wibowo (2013) menunjukkan
bahwa bakteri endofit yang berasal dari
tanaman kehutanan mampu berperan
sebagai pemacu pertumbuhan tanaman
tomat. Mekanisme bakteri endofit dalam
meningkatkan pertumbuhan tanaman adalah
dengan memproduksi IAA yang berperan
penting bagi pertumbuhan tanaman (Miliūtė
et al. 2011). Beberapa bakteri endofit juga
dilaporkan menghambat perkecambahan
tanaman, namun mampu meningkatkan
kecepatan tumbuh tanaman pada saat masa
generatif tanaman (Munif et al. 2000).
Pradana et al.
Mekanisme kerja bakteri endofit sebagai agens
hayati ialah menghasilkan senyawa antimikrob
untuk melawan patogen, menghasilkan zat
pengatur tumbuh, memfiksasi nitrogen, dan
memobilisasi fosfat yang berperan dalam
memacu dan memperkuat pertumbuhan
ketahanan tanaman (Ikeda et al. 2010).
Bakteri endofit juga diketahui mampu
menekan patogen penyebab penyakit seperti
yang dilaporkan Munif et al. (2012a) bahwa
bakteri endofit asal akar tomat dapat menekan
patogen F. oysporum f. sp. radicus-lyocopersici
dan F. oysporum f. sp. lyocopersici.
Penelitian ini memberikan informasi baru
bahwa bakteri endofit yang diisolasi dari akar
tanaman R. discolor mampu berperan sebagai
agens hayati dengan menekan pertumbuhan
F. oxysorum secara in vitro dan meningkatkan
pertumbuhan tanaman padi.
DAFTAR PUSTAKA
Frolich E, Nagl W. 1979. Transitory increase
in chromosomal DNA (Feulgen) during
floral differentiation in Rhoeo discolor.
Cellular Differentiation. 8:11–18.
DOI: http://dx.doi.org/10.1016/0045-
6039(79)90013-7.
Hallmann J, Hallmann AQ, Mahaffee WF,
Kloepper JW. 1997. Bacterial endophytes
in agricultural crops. Can J Microbiol.
43:895–914. DOI: http://dx.doi.
org/10.1139/m97-131.
Harni R, Munif A, Supramana, Mustika I.
2007. Pemanfaatan bakteri endofit untuk
mengendalikan nematoda peluka akar
(Pratylenchus brachyurus) pada tanaman
nilam. HAYATI J Biosci. 14(1):7–12.
Ikeda S, Okubo T, Anda M, Nakashita H,
Yasuda M, Sato S, Kaneko T, Tabata S,
Eda S, Momiyama A, Terasawa K, Mitsui
H, Minamisawa K. 2010. Community- and
genome-based views of plant-associated
bacteria: plant-bacterial interactions in
soybean and rice. Plant Cell Physiol.
51(9):1398–1410. DOI: http://dx.doi.
org/10.1093/pcp/pcq119.
Miliūtė I, Odeta B. 2011. IAA production
and other plant growth promoting traits
77
J Fitopatol Indones
of endophytic bacteria from apple tree.
Biologija. 57(2):98–102.
Munif A, Hallmann J, Sikora RA. 2000.
Evaluation of the biocontrol activity
of endophytic bacteria from tomato
againts Meloidogyne incognita. Med Fac Sturz AV, Nowak J. 2000. Endophytic
Landbouww. 65(2b):471–480.
Munif A, Hallmann J, Sikora RA. 2012a.
Isolation of endophytic bacteria from tomato
and their biocontrol activities against fungal
disease. Microbiol Indones. 6(4):148–156.
DOI: http://dx.doi.org/10.5454/mi.6.4.2.
Munif A, Harni R. 2011. Keefektifan bakteri
endofit untuk mengendalikan nematoda
parasit Meloidogyne incognita pada
tanaman lada. Bull Ristri. 2(3):377–382.
Munif A, Wiyono S, Suwarno. 2012b. Wibowo AR. 2013. Isolasi bakteri endofit
Isolasi bakteri endofit asal padi gogo dan
potensinya sebagai agens biokontrol dan
pemacu pertumbuhan. J Fitopatol Indones.
8(3):57–64.
Sundaramoorthye S, Raguchander T,
Ragupathi N, Samiyappan R. 2012.
Combinatorial effect of endophytic and
78
Pradana et al.
plant growth rhizobacteria against wilt
disease of Capsicum annum L. caused by
Fusarium solani. Biol Control. 60:59–67.
DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.
biocontrol.2011.10.002.
communities of rhizobacteria and the
strategies required to create yield enhancing
associations with crops. Appl Soil Ecol.
15(2000):183–190. DOI: http://dx.doi.
org/10.1016/S0929-1393(00)00094-9.
Vasudevan P, Reddy MS, Kavitha S, Velusamy
P, Paulraj RSD. 2002. Role of biological
preparations in enhancement of rice
seedling growth and grain yield. Curr Sci.
83:1140–1143.
dari tanaman kehutanan dan potensinya
untuk pengendalian Meloidogyne spp.
pada tanaman tomat. [skripsi]. Bogor (ID):
Institut Pertanian Bogor.
 Volume 11, Nomor 3, Juni 2015
Halaman 79–84
DOI: 10.14692/jfi.11.3.79
ISSN: 0215-7950

Deteksi Bakteri Penyebab CVPD pada Jeruk Menggunakan

DNA Asal Tulang Daun

Detection of Bacteria Causing CVPD on Citrus Using

DNA Extracted from Leaf Midrib
Ummu Salamah Rustiani1*, Ariningsih Salji Endah2,
Nurjanah2, Andi Prasetiawan2, Nurmaida2
1
Balai Uji Terap Teknik dan Metode Karantina Pertanian, Bekasi 17520
2
Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian, Jakarta 13220

ABSTRAK

Uji terhadap bakteri Candidatus liberibacter asiaticus, penyebab citrus vein phloem degeneration
(CVPD), secara PCR telah rutin dilakukan dari tulang daun jeruk, namun metode deteksi ini hingga kini
belum divalidasi. Oleh karena itu, dilakukan penelitian yang bertujuan memvalidasi metode identifikasi
terhadap bakteri penyebab penyakit CVPD sebagai konfirmasi bahwa metode yang digunakan telah
sesuai dengan tujuan penggunaannya. Contoh tanaman uji bergejala klorosis daun diambil dari Bogor
dan Bekasi. Contoh uji dipisahkan terlebih dulu antara lamina daun dan tulang daun. Validasi metode
meliputi beberapa tahap, yaitu homogenitas contoh uji, ketersalinan (reprodusibilitas), dan keterulangan
(repetabilitas) metode uji. Hasil uji validasi dibandingkan dengan hasil penelitian sebelumnya sebagai
metode standar. Hasil validasi menunjukkan bahwa tulang daun jeruk lebih baik digunakan untuk deteksi
dan identifikasi bakteri penyebab penyakit CVPD dibandingkan dengan bagian lamina daun. Metode ini
direkomendasikan sebagai metode rutin untuk deteksi bakteri CVPD.
Kata kunci: Candidatus liberibacter asiaticus, karantina, metode deteksi CPVD

ABSTRACT

A method for identification of the causal bacteria of citrus vein phloem degeneration (CVPD) based
on polymerase chain reaction (PCR) technique using template DNA extracted from leaf midrib of
citrus has been implemented routinely. The method has not been validated, therefore it is necessary to
validate the method to confirm that the method fit for its intended use. Leaf samples showing chlorotic
symptom was obtained from Bogor and Bekasi, West Java and used for test samples. These samples was
differentiated into 2 groups, i.e. leaf midrib and leaf mesophyll. Validation test involved homogenicity,
and reproducibility test; each test was replicated 2 times. The test showed that using leaf midrib gave
better result for detection of bacteria causing CVPD disease than using leaf mesophyll. Therefore, this
method is recommended as routine detection method for bacteria causing CVPD disease.
Key words: Candidatus liberibacter asiaticus, karantina, metode deteksi CPVD

*Alamat penulis korespondensi: Balai Uji Terap Teknik dan Metode Karantina Pertanian, Jalan Raya Setu Km. 06,
Cikarang Barat, Bekasi 17520
Tel: 021-82618923, Faks: 021-82618923, Surel: ummurustiani@gmail.com

79
J Fitopatol Indones
PENDAHULUAN
Citrus vein phloem degeneration (CVPD)
merupakan salah satu penyebab penurunan
produksi jeruk di beberapa negara. Kehilangan
hasil akibat penyakit ini bervariasi bergantung
lokasi dan kultivar yang ditanam, dilaporkan
mencapai 100% di Afrika Selatan, Cina,
dan Thailand. Sekitar 3 juta pohon jeruk
di Indonesia mengalami kerusakan berat
selama tahun 1960–1970 (Gottwald 2007).
Penyakit CVPD atau dikenal juga dengan
nama citrus greening atau huanglongbing,
pada awalnya diduga disebabkan oleh virus
atau mycoplasma-like organism (MLO). Pada
tahun 1984 penyebabnya telah dikonfirmasi
sebagai bakteri yang tidak bisa dibiakkan pada
medium buatan, yaitu Candidatus liberibacter
asiaticus di Asia dan C. liberibacter africanus
di Afrika (Bovė 2006).
Deteksi dan identifikasi bakteri penyebab
CVPD menggunakan teknik polymerase
chain reaction (PCR) berkembang sejak awal
tahun 1990-an. Jagoueix et al. (1996) pertama
kali mengembangkan primer spesifik OI1/
OI2c, selanjutnya primer spesifik tersebut
telah banyak digunakan untuk mendeteksi
bakteri penyebab CVPD termasuk di
Indonesia. Taufik et al. (2010) dan Meitayani
et al. (2014) menggunakan primer tersebut
untuk mendeteksi sampel jeruk dari Sulawesi
Tenggara dan Bali. Status distribusi CVPD di
Indonesia perlu diawasi dengan ketat karena
bakteri penyebab CVPD termasuk salah satu
organisme pengganggu tanaman karantina
(OPTK) golongan A2 yang penyebarannya
masih terbatas di Jawa, Sumatra, dan
Kalimantan (BKP 2009). Diperlukan teknik
deteksi yang akurat dan cepat untuk mencegah
penyebaran penyakit ini ke daerah pertanaman
jeruk yang masih bebas CVPD.
Teknik PCR untuk identifikasi bakteri
penyebab CVPD sudah digunakan sebagai
metode rutin di laboratorium karantina
tumbuhan. Penelitian dilakukan untuk mem-
validasi metode deteksi C. liberibacter
asiaticus pada tanaman jeruk sehingga metode
tersebut dapat diadopsi oleh semua unit
laboratorium karantina tumbuhan di Indonesia.
80
Rustiani et al.
BAHAN DAN METODE
Pengambilan Contoh Daun
Daun tanaman dengan gejala spesifik
CVPD, yaitu klorosis, diambil dari beberapa
lokasi pertanaman jeruk di Bogor dan Bekasi.
Daun tersebut disimpan dalam botol yang telah
diisi gel silika yang di atasnya dilapisi kertas
tisu. Contoh daun dibawa ke laboratorium,
masing-masing contoh daun dipisahkan antara
tulang daun (T) dan lamina daun (L), kemudian
disimpan di dalam botol terpisah. Contoh daun
tersebut disimpan pada suhu 4 °C sampai siap
digunakan pada tahapan selanjutnya.
Ekstraksi DNA Total
Esktraksi DNA total dari tulang daun dan
lamina daun jeruk diproses mengikuti metode
ekstraksi Dneasy Plant Mini Kit (Qiagen).
Ekstraksi DNA total untuk masing-masing
contoh dari lokasi yang berbeda diulang
3 kali. Setelah diperoleh DNA total hasil
ekstraksi, masing-masing DNA contoh uji
dibagi menjadi 3 bagian untuk 3 keperluan,
yaitu untuk uji pendahuluan (P), uji validasi
(V), dan arsip contoh (A). Enam jenis contoh
ekstrak DNA ialah lamina daun untuk uji
pendahuluan (LP), lamina daun untuk uji
validasi (LV), lamina daun untuk arsip contoh
(LA), tulang daun untuk uji pendahuluan
(TP), tulang daun untuk uji validasi (TV), dan
tulang daun untuk arsip contoh (TA). Ekstrak
DNA arsip contoh disimpan pada suhu 4 °C
sampai siap untuk digunakan.
Kualitas ekstrak DNA diukur menggunakan
spektrofotometer (NanoDrop 2000 Thermo
Scientific) pada panjang gelombang 260/280.
Nilai densitas optik pada kisaran 1.7–2.0 di-
kategorikan sebagai DNA dengan kemurnian
tinggi (Sambrook dan Russle 1989). Ekstrak
DNA uji pendahuluan dan validasi disimpan
pada suhu -20 °C sampai siap untuk tahap
amplifikasi.
Amplifikasi DNA Bakteri dengan PCR
Tahap amplifikasi DNA dilakukan sebagai
uji pendahuluan, yaitu menggunakan semua
contoh berlabel LP dan TP. Contoh uji dengan
hasil positif pada uji pendahuluan selanjutnya
digunakan untuk tahap validasi, yaitu uji
J Fitopatol Indones
ketersalinan dan keterulangan. Contoh uji
untuk tahap validasi menggunakan contoh
berlabel LV dan TV.
Proses amplifikasi dilakukan menggunakan
sepasang primer spesifik untuk deteksi C.
liberibacter asiaticus, yaitu primer OI1 (5’-
GCG CGT ATG CAA TAC GAG CGG C-3’)
dan OI2c (5’-GCC TCG CGA CTT CGC AAC
CCA T-3’) dengan target produk berukuran
1160 pb (Gopal et al. 2007). Reaksi amplifikasi
menggunakan ready-to go-PCR bead (GE
Healthcare) dengan siklus amplifikasi, yaitu
denaturasi awal pada suhu 92 °C selama
30 detik, dilanjutkan 40 siklus dengan
tahapan denaturasi pada suhu 92 °C selama
60 detik, tahapan aneling pada suhu 60 °C
selama 30 detik, dan sintesis pada suhu 72 °C
selama 90 detik. Siklus terakhir merupakan
tahap penyempurnaan sintesis DNA pada
suhu 72 °C selama 90 detik. Sebagai kontrol
positif digunakan DNA asal tanaman jeruk
dari Jawa Timur koleksi BBUSKP, sedangkan
sebagai kontrol negatif digunakan air bebas
nuklease sebagai DNA templet. Visualisasi
fragmen DNA hasil amplifikasi dilakukan
melalui elektroforesis pada gel agarosa 1.5%
dengan bufer TAE yang mengandung 40 mM
natrium EDTA. Elektroforesis menggunakan
Biorad powerpack 300, dilaksanakan pada
75 volt selama 45 menit.
Uji Ketersalinan (Reproducibility) dan
Keterulangan (Repeatibility)
Pengujian ketersalinan dilakukan untuk
tahap amplifikasi dengan 5 kali ulangan,
yaitu masing-masing dilakukan oleh 5 orang
analis laboratorium pada waktu yang sama.
Pengujian keterulangan juga dilakukan untuk
tahap amplifikasi dengan 5 kali ulangan,
yaitu masing-masing dilakukan oleh 5 orang
analis laboratorium pada waktu yang berbeda.
Pengulangan dilakukan 2 kali untuk masing-
masing analis pada setiap tahap ketersalinan
dan keterulangan.
HASIL
Gejala Penyakit
Gejala CVPD di lapangan berupa daun
klorosis (Gambar 1), terjadi hampir lebih dari
Rustiani et al.
Gambar 1 Gejala CVPD berupa klorosis pada
daun di salah satu lokasi di Bogor.
separuh bagian tanaman jeruk yang diamati.
Walaupun contoh daun dari semua lokasi di
Bogor dan Bekasi menunjukkan gejala klorosis,
namun tidak semua contoh daun tersebut me-
nunjukkan hasil deteksi yang positif (Tabel 1).
Contoh daun LP dan TP dari Dramaga, Bogor
menunjukkan hasil deteksi yang negatif
sehingga contoh daun tersebut tidak digunakan
lebih lanjut pada tahap uji validasi.
Konsentrasi DNA pada Uji Validasi
Pengukuran kualitas DNA total hasil
ekstraksi masing-masing contoh uji me-
nunjukkan tingkat kemurnian yang bervariasi.
Contoh daun asal Bekasi dan 4 contoh asal
Bogor dari lamina daun mempunyai nilai
kurang dari 1.7 sehingga tidak digunakan
untuk tahap amplifikasi. Konsentrasi DNA
contoh daun dengan kemurnian yang tinggi
berkisar antara 14.5 ng µL-1 dan 52.8 ng µL-1.
Konsentrasi DNA contoh asal tulang daun
mempunyai nilai lebih tinggi dibandingkan
dengan lamina daun, kecuali untuk contoh
asal Cibeureum Bogor (Tabel 2).
Pita DNA berukuran 1160 pb berhasil
diamplifikasi dari contoh DNA asal tulang
daun jeruk dari lokasi Bekasi, Situgede1,
Situgede2, dan Cibeureum1 (Gambar 2).
Hasil uji ketersalinan yang dilakukan 5 analis
menunjukkan bahwa ekstrak DNA asal tulang
daun lebih konsisten menunjukkan hasil
positif dibandingkan dengan asal lamina
81
J Fitopatol Indones Rustiani et al.

Tabel 1 Hasil uji pendahuluan contoh daun jeruk bergejala CPVD dari Bekasi dan Bogor
dengan metode polymerase chain reaction
Hasil uji pada 2 jenis contoh daun
Asal contoh daun
Lamina daun Tulang daun
Bekasi negatif positif
Bogor, Dramaga negatif negatif
Bogor, Situgede 1 negatif positif
Bogor, Situgede 2 negatif positif
Bogor, Gunung Bunder positif positif
Bogor, Cibeureum 1 negatif positif
Bogor, Cibeureum 2 positif positif

Tabel 2 Konsentrasi dan kemurnian DNA total hasil ekstraksi dari contoh daun jeruk bergejala
CVPD untuk persiapan uji validasi
Konsentrasi DNA (ng µL-1) Kemurnian DNA (λ260/λ280)
Asal contoh
Lamina daun Tulang daun Lamina daun Tulang daun
Bekasi 3.8 40.2 1.6 1.7
Bogor, Situgede 1 14.5 15.9 1.8 1.8
Bogor, Situgede 2 25.7 29.4 1.8 1.8
Bogor, Gunung Bunder 32.2 42.3 1.8 1.8
Bogor, Cibeureum 1 24.5 32.0 1.5 1.8
Bogor, Cibeureum 2 52.8 46.6 1.8 1.8
Pengukuran dilakukan menggunakan NanoDrop 2000 (Thermo Scientific) pada panjang gelombang 260 dan 280 nm

KA 1 2 3 4 5 M 6 7 8 9 K1 K2 M

1160 pb

Gambar 2 Visualisasi DNA Candidatus liberibacter asiaticus pada beberapa contoh daun jeruk
bergejala klorosis pada uji ketersalinan dan keterulangan yang dilakukan oleh analis ke-1. KA,
kontrol negatif; 1, Bekasi LV; 2, Situgede1 LV; 3, Bekasi TV; 4, Situgede1 TV; 5, Situgede2 LV;
6, Gunung Bunder TV; 7, Cibeureum1 TV; 8, Cibeureum2 TV; 9, Cibeureum1 LV; K1, kontrol
positif 1; K2, kontrol positif 2; M, Penanda 1 Kpb (Fermentas).

daun. Demikian pula pada uji keterulangan PEMBAHASAN

menunjukkan bahwa DNA asal tulang daun
lebih efektif digunakan untuk deteksi C.
liberibacter asiaticus dibandingkan dengan
DNA asal lamina daun. Hasil visualisasi DNA
contoh tulang daun dari 5 lokasi menunjukkan
tidak berbeda dengan pita DNA yang
ditunjukkan oleh kontrol positif (Gambar 3).
Gejala klorosis yang disebabkan oleh
penyakit CVPD tidak bersifat spesifik, karena
gejala yang serupa juga dapat disebabkan
oleh infeksi patogen lain, yaitu Spiroplasma
citri, Citrus tristeza virus, dan Phythophthora
sp., atau disebabkan oleh defisiensi atau

82
 J Fitopatol Indones
2
Nilai amplifikasi DNA
0
Bekasi L Situgede L
Gambar 3 Konsistensi uji ketersalinan semua analis terhadap contoh homogen daun jeruk dari
tulang daun. Nilai 1 menunjukkan hasil amplifikasi DNA negatif; Nilai 2 menunjukkan hasil
amplifikasi DNA positif. , analisi ke-1; , analis ke- 2; , analis ke- 3, , analis ke- 4;
, analis ke- 5.
keracunan unsur hara Fe dan Zn (Bovė 2006).
Gejala klorosis yang disebabkan oleh infeksi
C. liberibacter asiaticus menunjukkan adanya
gangguan fisiologi pada tanaman. Gangguan
fisiologi terjadi karena massa bakteri
menyebabkan penghambatan transportasi
nutrisi dari dan ke jaringan floem. Susanti et
al. (2014) mengemukakan bahwa jaringan
floem pada daun dan petiol akan mengalami
abnormalitas sel akibat infeksi CVPD. Jaringan
floem terinfeksi CVPD tertutupi oleh massa
bakteri dan akan menyebabkan degenerasi
sel-sel floem sehingga terjadi hambatan
nutrisi dari daun ke seluruh jaringan tanaman
lainnya. Selain massa bakteri, aktivitas
floem juga mengalami gangguan oleh kalosa
dan protein yang terbentuk sebagai respons
adanya abnormalitas sel jaringan. Tanaka et
al. (2006) mengonfirmasi melalui pengamatan
menggunakan mikroskop elektron bahwa
bakteri penyebab citrus greening ditemukan
pada jaringan pembuluh floem daun bergejala,
namun tidak dijumpai pada daun yang tidak
bergejala. Pengumpulan massa bakteri di
jaringan floem menyebabkan konsentrasi
DNA asal tulang daun di sebagian besar lokasi
pengambilan contoh lebih tinggi dibandingkan
dengan lamina daun. Bakteri C. liberibacter
asiaticus yang terakumulasi di dalam floem
akan ditranslokasikan ke bagian tanaman.
Pergerakan bakteri ke bagian lain berlangsung
lambat sehingga gejala baru terlihat 4–6 bulan
setelah tanaman terinfeksi. Akibatnya bibit
Rustiani et al.
Gunung Cibeureum Bekasi T Situgede T Gunung Cibeureum T
bunder L L bunder T
jeruk yang terinfeksi sering kali tidak dapat
dikenali. Oleh karena itu, metode deteksi
yang akurat dan sensitif diperlukan untuk
memastikan bibit jeruk bebas penyakit.
Deteksi dengan metode PCR meng-
gunakan primer untuk target gen 16S rRNA
telah digunakan untuk mengidentifikasi
C. liberibacter asiaticus yang tersebar di
kawasan Asia termasuk Indonesia. Metode
yang sama juga digunakan untuk diagnosis
penyakit CVPD di Afrika Selatan, dan berhasil
mengidentifikasi C. liberibacter africanus
(Garnier et al. 2000; Razi et al. 2014). Hasil
uji validasi yang dilakukan menunjukkan
bahwa metode ekstraksi DNA dari ibu tulang
daun jeruk merupakan metode yang paling
efektif. Lebih lanjut, hasil uji ketersalinan dan
keterulangan menunjukkan bahwa templat
DNA yang berasal dari ekstraksi tulang daun
mempunyai tingkat konsistensi yang memadai.
Das (2004) dan Gopal et al. (2007) meng-
ekstraksi DNA dari ibu tulang daun dan batang
tanaman jeruk asal India dan mengamplifikasi
DNA C. liberibacter africanus dengan primer
OI1/OI2c. Amplifikasi mendapatkan hasil
yang sama, yaitu target DNA berukuran
1160 pb. Hasil validasi metode deteksi bakteri
secara PCR menggunakan tulang daun telah
memadai sebagai uji rutin pada laboratorium
penyakit tanaman.
Penyebaran penyakit CVPD dapat terjadi
melalui penanaman bibit terinfeksi sehingga
diperlukan penguatan sistem karantina
83
J Fitopatol Indones Rustiani et al.

domestik dalam mencegah penyebaran Progress. DOI: http://dx.doi.org/10.1094/

penyakit CVPD dari daerah endemik ke daerah PHP-2007-0906-01-RV.
bebas. Salah satu penguatan sistem tersebut Jagoueix S, Bovė JM, Garnier M. 1996. PCR
ialah melalui pengujian di laboratorium detection of two ‘candidatus’ liberobacter
penyakit tanaman lingkup Badan Karantina species associated with greening
Pertanian di Indonesia guna menjamin bibit disease of citrus. Mol Cell Probes. (10):43–
bebas CVPD di tempat-tempat pengeluaran. 50. DOI: http://dx.doi.org/10.1006/
mcpr.1996.0006.
UCAPAN TERIMA KASIH Meitayani NPS, Adiartayasa W, Wijaya IN.
2014. Deteksi penyakit citrus vein phloem
Terima kasih diucapkan kepada BBUSKP degeneration (CVPD) dengan teknik
yang telah memberi dana kegiatan validasi polymerase chain reaction (PCR) pada
metode ini pada tahun anggaran 2010. tanaman jeruk di Bali. J Agroeko Trop.
3(2):70–79.
DAFTAR PUSTAKA Razi MF, Manjunath L, Keremane, Ramadugu
C, Roose M, Khan IA, Lee RF. 2014.
[BKP] Badan Karantina Pertanian. 2009. Detection of citrus, huanglongbing-
Himpunan Peraturan Karantina associated Candidatus liberibacter
Tumbuhan. Jakarta (ID): BKP. asiaticus in citrus and Diaphorina citri
Bovė JM. 2006. Huanglongbing: a destructive, in Pakistan, seasonal variability, and
newly-emerging, century-old disease of implications for disease management.
citrus. J Plant Pathol. 88(1):7–37. Phytopathol. 104(3):257–268. DOI:
Das AK. 2004. Rapid detection of Candidatus http://dx.doi.org/10.1094/PHYTO-08-13-
liberibacter asiaticus, the bacterium 0224-R.
associated with citrus huanglongbing Sambrook J, Russle DW. 1989. Molecular
(greening) using PCR. Cur Sci. 87(9):122– Cloning: A Laboratory Manual. Ed Ke-
134. 2. New York (US): Cold-Spring Harbor
Garnier M, Bové JM, Jagoueix-Eveillard S, Laboratory Pr.
Cronje PR, Sanders GM, Korsten L, Roux Saptowo JP. 2009. Materi Inhouse Training:
HFL. 2000. Presence of “Candidatus Validasi Metode Uji PCR Di Laboratorium
liberibacter africanus” in the western Terakreditasi ISO/EIC 17025. Jakarta
cape province of South Africa. Di dalam: (ID): BBUSKP.
Graça JV, Lee RF, Yokomi RK, editor. Susanti H. Mukarlina, Linda R. 2014.
Proceedings of the Fourteenth Conference Anatomi daun dan ranting Citrus nobilis
of the International Organization of Citrus L. var. microcarpa yang terserang citrus
Virologists; 1998 Sep 13–18; Campinas- vein phloem degeneration. Protobiont.
São Paulo State (BR): International 3(3):51–55.
Organization of Citrus Virologists. hlm Tanaka FAO, Kitajima EW, Jesus JWC,
369–372. Ayres AJ, Nelson GF, Bové J. 2006.
Gopal K, Gopi V, Palanivel S, Sreenivasulu Y. First report of the electron micrograph of
2007. Molecular detection of greening “Candidatus Liberibacter” particles on
disease in citrus by PCR: tissue source citrus in Brazil. Fitopatol Bras. 31(1):99.
and time of detection molecular diagnosis DOI: http://dx.doi.org/10.1590/S0100-
laboratory, AICRP on tropical fruits (citrus) 41582006000100018.
Citrus Research Station (ANGRAU), Taufik M, Khaeruni A, Pakki T, Giyanto. 2010.
Tirupati, India. Cur Sci. 87(9):1183–1185. Deteksi keberadaan citrus vein phloem
Gottwald TR, da Graça JV, Bassanezi RB. degeneration (CVPD) dengan teknik PCR
2007. Citrus huanglongbing: the pathogen (Polymerase Chain Reaction) di Sulawesi
and its impact. Online. Plant Health Tenggara. J HPT Trop. 10(1):73–79.

84
 Volume 11, Nomor 3, Juni 2015
Halaman 85–90
DOI: 10.14692/jfi.11.3.85
ISSN: 0215-7950

Identifikasi Nematoda Parasit pada Tanaman Wortel

di Dataran Tinggi Malino, Sulawesi Selatan
Berdasarkan pada Ciri Morfologi dan Morfometrik

Identification of Plant-Parasitic Nematodes on Carrot

in Malino Highland, South Sulawesi Based on
Morphological and Morphometric Characters
Hishar Mirsam, Supramana*, Gede Suastika
Institut Pertanian Bogor, Bogor 16680

ABSTRAK

Nematoda parasit tumbuhan merupakan organisme pengganggu tanaman penting pada pertanaman
wortel (Daucus carota) di dataran tinggi Malino. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi nematoda
parasit pada tanaman wortel. Identifikasi dilakukan berdasarkan pada ciri morfologi dan morfometrik
nematoda dari sampel tanah. Ektraksi nematoda dilakukan dengan teknik flotasi-sentrifugasi. Pengukuran
tubuh nematoda dilakukan pada stadium juvenil 2 meliputi panjang tubuh total, panjang stilet, panjang
esofagus dari pangkal stilet sampai perbatasan esofagus dengan usus, panjang ekor dari ujung posterior
sampai anus, diameter tubuh anterior, diameter tubuh maksimum, dan diameter tubuh posterior. Tiga
genus nematoda parasit diidentifikasi sebagai Meloidogyne, Rotylenchulus, dan Pratylenchus.
Kata kunci: juvenil stadium 2, Meloidogyne, Pratylenchus, Rotylenchulus

ABSTRACT

Plant-parasitic nematodes are important pests on carrot (Daucus carota) in Malino Highland. This
research aimed to identify plant-parasitic nematodes on carrot. The identification was carried out based
on the morphological and morphometric characters of second-stage juveniles that were extracted from
soil samples. Nematodes were extracted using the flotation-centrifugation technique. Morphometric
measurement included body length, stylet length, esophagus length from the basal knob to the esophagus
end, tail length from the posterior end to the anus, anterior diameter, maximum body diameter, and
posterior diameter. Three genera of plant-parasitic nematodes were identified as Meloidogyne,
Rotylenchulus, and Pratylenchus.
Key words: Meloidogyne, Pratylenchus, Rotylenchulus, second-stage juveniles

PENDAHULUAN Pratylenchus merupakan nematoda parasit

penting pada tanaman wortel (Daucus carota).
Fitonematoda atau nematoda parasit Nematoda parasit tersebut sudah ditemukan
tumbuhan merupakan salah satu organisme pada area pertanaman hortikultura di daerah
pengganggu tanaman (OPT) penting yang tropik. Saat ini, nematoda parasit tumbuhan
menyerang berbagai jenis tanaman budi yang berasosiasi dengan tanaman wortel
daya. Meloidogyne, Rotylenchulus, dan sudah menyebar di Provinsi Jawa Barat,
*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor
Jalan Kamper, Kampus Darmaga IPB, Bogor 16680
Tel: 0251-8629364, Faks: 0251-8629362, Surel: supramana@ipb.ac.id

85
J Fitopatol Indones
Jawa Tengah, Jawa Timur, dan Sulawesi
Selatan (Hikmia et al. 2012; Taher et al. 2012;
Halimah et al. 2013; Mirsam et al. 2015).
Di Indonesia kerusakan tanaman karena
nematoda parasit, kurang disadari oleh para
petani maupun para petugas yang bekerja di
bidang pertanian. Kehilangan hasil tanaman
wortel akibat infeksi nematoda puru akar
mencapai 15–95% (Kurniawan 2010).
Pertumbuhan tanaman wortel di Malino
tidak merata, tanaman kerdil, daun menguning
dan tanaman yang bergejala mudah tercabut.
Umbi wortel yang terinfeksi memperlihatkan
gejala umbi bercabang, bintil-bintil berukuran
kecil hingga bentuk distorsi yang besar, dan
luka pada umbi dan akar. Penyebab umbi
bercabang di Sulawesi Selatan dilaporkan
oleh Mirsam et al. (2015) masih terbatas
pada Meloidogyne spp. Oleh karena itu, perlu
dilakukan studi identifikasi untuk melihat
keragaman nematoda parasit yang berpotensi
menginfestasi pertanaman wortel di Dataran
Tinggi Malino.
BAHAN DAN METODE
Pengambilan sampel dilakukan pada
pertanaman wortel di Kelurahan Pattapang,
Kecamatan Tinggimoncong, Kabupaten Gowa,
Sulawesi Selatan. Lokasi penelitian berada
pada ketinggian 1750 m di atas permukaan
laut. Pengambilan sampel dilakukan secara
purposif dengan memilih sampel berdasarkan
pada kriteria gejala penyakit spesifik. Sampel
yang diambil berupa tanah di sekitar tanaman
yang menunjukkan gejala penykit. Sampel
disimpan dalam kantong plastik secara terpisah
dan dibungkus dengan pelepah pisang agar
kelembapannya terjaga sehingga nematoda
dapat bertahan hidup, kemudian disimpan
dalam kontak pendingin.
Ektraksi Nematoda dengan Teknik Flotasi-
Sentrifugasi
Ekstrasi nematoda dari contoh tanah
dilakukan dengan teknik flotasi-sentrifugasi
(Caveness dan Jensen 1955) yang telah
dimodifikasi waktu dan kecepatan
sentrifugasi. Sampel tanah dipisahkan dari
86
Mirsam et al.
gumpalan dan kotoran. Tanah yang halus
diambil sebanyak 100 mL menggunakan
gelas ukur dan dicampurkan dengan 800 mL
air dalam ember A, lalu diendapkan selama
1 menit. Air dari ember A disaring ke dalam
ember B menggunakan saringan kasar untuk
memisahkan partikel tanah yang halus
dan kasar. Air dalam ember B disaring di
atas saringan nematoda bertumpuk dengan
kemiringan 30°, yaitu berturut-turut saringan
20 mesh dan 400 mesh. Substrat tanah dan
nematoda yang tertinggal di saringan 400 mesh
dituang ke dalam tabung sentrifus. Substrat
disentrifugasi selama ± 5 menit dengan
kecepatan 1500 rpm, kemudian supernatan
dibuang. Endapan ditambahi larutan gula
40% dan diaduk sampai merata, selanjutnya
disentrifugasi selama ± 1 menit dengan ke-
cepatan 1700 rpm. Supernatan yang terbentuk
disaring dengan saringan 500 mesh dan dibilas
dengan air yang mengalir sehingga diperoleh
suspensi nematoda, lalu dimasukkan dalam
botol koleksi untuk diamati dan diidentifikasi.
Inkubasi Nematoda
Nematoda dibilas menggunakan air steril
pada saringan 500 mesh dan dimasukkan ke
dalam botol kaca. Nematoda diinkubasi selama
48 jam pada suhu ruangan dan diberi udara
menggunakan aerator. Inkubasi dilakukan
agar sistem pencernaan tubuh nematoda bebas
dari sisa-sisa makanan untuk memudahkan
pengamatan ciri morfologi dan pengukuran
bagian tubuh nematoda.
Pembuatan Preparat Semipermanen
Preparat semipermanen dibuat meng-
ikuti metode Goodey (1973) yang telah
dimodifikasi yaitu tanpa menggunakan glass
woll. Lingkaran parafin dibuat di atas gelas
obyek menggunakan bor gabus dengan
ketebalan yang sama, kemudian diteteskan
laktofenol pada bagian tengah lingkaran
parafin. Sebanyak 3–5 ekor nematoda juvenil 2
diletakkan pada larutan laktofenol dengan
posisi yang sama sejajar, selanjutnya ditutup
dengan kaca penutup. Preparat kemudian
dipanasi sampai cincin parafin meleleh
kembali dan kaca penutup merekat bersama
J Fitopatol Indones Mirsam et al.

parafin. Bagian tepi kaca penutup direkatkan datar, stilet pendek, tebal dan mempunyai basal
dengan kuteks transparan. knob (stomato stylet), kelenjar esofagusnya
tumpang tindih dengan usus pada bagian
Pengukuran Nematoda ventral, mempunyai anulasi yang relatif
Identifikasi nematoda berdasarkan formula halus, serta ekornya panjang dan agak tumpul
pada de Man dengan mengukur dimensi (Gambar 3).
nematoda secara proporsional (Zuckerman Pengamatan morfologi dikonfirmasi
et al. 1985). Sebanyak 10 preparat nematoda dengan pengukuran morfometrik dimensi
juvenil 2 digunakan untuk pengukuran tubuh nematoda juvenil 2 yang meliputi
morfometrik. Pengukuran tubuh nematoda panjang tubuh total (PT), panjang stilet (PS),
juvenil 2 dilakukan menggunakan mikroskop panjang esofagus dari pangkal stilet sampai
binokuler (Dino-eye AM4234) yang telah perbatasan esophagus dengan usus (PEs),
dikalibrasi dalam ukuran mikrometer (µm) panjang ekor dari ujung posterior sampai anus
dengan pembesaran 2000× dan 4000×. (PEk), diameter tubuh anterior (DA), diameter
Parameter yang digunakan untuk identifikasi tubuh maksimum (DM), dan diameter tubuh
terhadap juvenil stadium 2 ialah panjang posterior (DP). Ukuran dimensi tubuh
tubuh total, panjang stilet, panjang esofagus nematoda juvenile 2 menunjukkan karakter
dari pangkal stilet sampai perbatasan esofagus morfometrik khas pada setiap jenis nematoda
dengan usus, panjang ekor dari ujung posterior sehingga menguatkan hasil pengamatan
sampai anus, diameter tubuh anterior, karakter morfologi (Tabel 1).
diameter tubuh maksimum, dan diameter
tubuh posterior. Identifikasi dilakukan dengan PEMBAHASAN
mengacu pada buku Pictorial Key to Genera
of Plant Parasitic Nematodes (May dan Lyon Ciri morfologi dan kisaran ukuran tubuh
1996) dan mencocokkan beberapa gambar nematoda diidentifikasi sebagai Meloidogyne,
pada beberapa sumber pustaka. Rotylenchulus, dan Pratylenchus. Meloidogyne
juvenil 2 memiliki kenampakan khas pada
HASIL bagian ekor, yaitu ujung ekor terlihat bergerigi
dengan kisaran panjang tubuh total 247.99–
Sebanyak 3 genus nematoda parasit 397.72 µm. Nilai tersebut berada pada kisaran
ditemukan pada pertanaman wortel di ukuran yang dilaporkan oleh Hunt et al.
Malino, yaitu Meloidogyne, Rotylenchulus, (2005) bahwa Meloidogyne juvenil 2 memiliki
dan Pratylenchus. Tubuh Meloidogyne panjang tubuh total berkisar antara 300–700
bervariasi bergantung pada spesies. μm, stilet relatif panjang, dan bentuk ekor
Fase istirahat Meloidogyne juvenil 2 yang khas. Nematoda ini termasuk endoparasit
memperlihatkan bentuk tubuh yang relatif menetap yang dapat menyebabkan bengkak
lurus, tipe bibir tidak set-off atau tidak memiliki pada akar yang disebut puru akar.
lengkungan bibir dan dilengkapi stilet yang Rotylenchulus juvenil 2 ditandai dengan
relatif panjang dengan tipe stomato stylet, ukuran tubuh gemuk dan fase istirahat
anulasi halus, dan ujung ekor terlihat bergerigi berbentuk huruf G dengan kisaran panjang
(Gambar 1). Ciri morfologi Rotylenchulus tubuh total 234.4–305.25 µm. Rotylenchulus
juvenil 2 ialah fase istirahat berbentuk huruf G, yang dilaporankan oleh CABI (2007) memiliki
bibir tidak set-off, stilet relatif pendek dengan panjang tubuh berkisar antara 230 μm dan
tipe stomato stylet, anulasi relatif halus, ekor 400 μm. Tubuh Rotylenchulus juvenil 2
tampak agak runcing dan tumpul tergantung pada fase istirahat bersifat semi-endoparasit
jenisnya, dan ukuran tubuhnya agak gemuk menetap. Sepertiga tubuh bagian anterior
(Gambar 2). Bentuk tubuh Pratylenchus masuk ke dalam akar inang, sedangkan dua
juvenil 2 pada fase istirahat berbentuk huruf C pertiga tubuh bagian posterior berada di luar
dan agak ramping, daerah kepala rendah, bibir akar.

87
J Fitopatol Indones Mirsam et al.

stilet ekor
anulasi

bibir
esofagus
anus

a b c d
Gambar 1 Morfologi Meloidogyne juvenil 2. a, penampakkan seluruh tubuh; b, anulasi;
c, bagian tubuh anterior; dan d, bagian tubuh posterior. Gambar a, pembesaran 2000×; Gambar
b, c, d, pembesaran 4000×.
stilet
ekor
bibir

esofagus anus

anulasi

a b c d
Gambar 2 Morfologi Rotylenchulus juvenil 2. a, penampakkan seluruh tubuh; b, anulasi;
c, bagian tubuh anterior; dan d, bagian tubuh posterior. Gambar a, pembesaran 2000×; Gambar
b, c, d, pembesaran 4000×.

stilet
anulasi
bibir ekor
anus

esofagus

a b c d
Gambar 3 Morfologi Pratylenchus juvenil 2. a, penampakkan seluruh tubuh; b, anulasi;
c, bagian tubuh anterior; dan d, bagian tubuh posterior. Gambar a, pembesaran 2000×; Gambar
b, c, d, pembesaran 4000×.

Tabel 1 Pengukuran morfometrik nematoda parasit wortel juvenil 2 isolat Malino berdasarkan
formula de Man
Ukuran Nematoda (µm)
Parameter Meloidogyne Rotylenchulus Pratylenchus
Rerata ± Sd Kisaran Rerata±Sd Kisaran Rerata±Sd Kisaran
PT 305.87±12.22 247.99-397.72 269.72±6.22 234.4-305.25 302.63±9.15 270.17-356.14
PS 9.53±0.13 8.99-10.09 7.33±0.35 5.47-8.63 9.97±0.22 9.11-11.00
Pes 43.83±1.15 39.09-50.39 45.47±1.59 36.64-53.35 39.54±0.63 36.77-42.31
PEk 14.27±0.64 11.41-17.90 19.73±0.55 17.06-21.73 18.32±0.45 16.92-19.89
DA 6.76±0.14 6.11-7.46 7.64±0.31 5.97-8.94 7.11±0.34 5.99-8.84
DM 10.67±0.36 8.73-12.18 12.43±0.15 11.41-13.16 10.50±0.30 9.14-11.45
DP 3.30±0.13 2.52-3.99 6.93±0.10 6.45-7.56 5.74±0.45 4.59-7.99
Sd, standar deviasi; PT, panjang tubuh total; PS, panjang stilet; PEs, panjang esofagus; PEk, panjang ekor; DA, diameter ante-
rior; DM, diameter maksimum; dan DP, diameter posterior.

88
J Fitopatol Indones
Ciri morfologi dan morfometrik
Pratylenchus yang diperoleh menunjukkan
kisaran ukuran dan ciri yang mirip dengan
yang dilaporkan oleh Zeng et. al (2012),
memiliki panjang tubuh antara 350–510 μm,
ujung bibir datar, anulasi halus, dan fase
istirahat berbentuk C. Pratylenchus termasuk
nematoda endoparasit berpindah di dalam
jaringan inang atau antara tanah dan
menyerang jaringan korteks akar serabut
terutama korteks yang aktif menyerap unsur
hara dan air.
Keberadaan nematoda parasit di daerah
Dataran Tinggi Malino berkaitan erat dengan
beberapa faktor, antara lain sistem budi
daya, cara olah tanah, pH tanah, suhu, dan
kelembapan. Dataran Tinggi Malino memiliki
jenis tanah latosol dengan kandungan bahan
organik rendah, mineral primer dan unsur
hara rendah, pH 4.5–5.5, terjadi akumulasi
seskuioksida, serta tanah berwarna merah,
cokelat kemerahan hingga cokelat kekuningan
atau kuning. Tanah latosol memiliki lapisan
top soil bertekstur halus dan subsoil bertekstur
lempung berliat. Jenis tanah ini merupakan
habitat dari beberapa genus nematoda parasit
tanaman. Menurut Melakeberhan et al. (1987)
daya dukung habitat tersebut memudahkan
nematoda menginfeksi akar tanaman sehingga
dapat mempengaruhi proses fotosintesis,
transpirasi, dan status hara tanaman.
Akibatnya pertumbuhan tanaman terhambat,
warna daun kuning klorosis dan akhirnya
tanaman mati. Selain itu, serangan nematoda
dapat menyebabkan tanaman lebih mudah
terserang patogen lain seperti cendawan,
bakteri, dan virus. Serangan nematoda dapat
berakibat pertumbuhan tanaman terhambat dan
produktivitas serta kualitas produksi berkurang.
Perkembangan nematoda parasit juga
berhubungan dengan curah hujan dan suhu.
Curah hujan dan suhu dapat mempengaruhi
siklus hidup dan tingkat perkembangan dari
individu dan populasi nematoda parasit. Rata-
rata curah hujan dan suhu udara tahunan di
Dataran Tinggi Malino berturut-turut ialah
2420 mm (1500–3000 mm tahun-1) dan
17–20 °C. Kisaran suhu tersebut merupakan
suhu optimum beberapa nematoda
Mirsam et al.
parasit tanaman, khususnya Meloidogyne,
Rotylenchulus, dan Pratylenchus. Suhu
telah dilaporkan lebih berpengaruh pada
ketiga nematoda ini daripada faktor lainnya.
Meloidogyne sp. dan Rotylenchulus sp. dapat
berkembang pada suhu antara 15–25 oC,
sedangkan Pratylenchus sp. hidup pada suhu
optimum 20–30 oC (Brodie 1998).
Serangan nematoda dapat menghambat
pertumbuhan tanaman, mengurangi kuantitas
dan kualitas produksi. Hasil penelitian ini
dapat dijadikan data primer untuk menentukan
strategi pengendaliaan nematoda parasit yang
berasosiasi dengan tanaman wortel di Dataran
Tinggi Malino.
DAFTAR PUSTAKA
Brodie BB. 1998. Potato. Di dalam: Barker
KA, Pederson GA, Windham GL, editor.
Plant and Nematodes Interactions.
Madison (USA): American Society of
Agronomy, Crop Science Society of
America, Soil Science Society of America.
Hlm 567–564.
[CABI] Central for Agriculture and Bioscience
International. 2007. Crop Protection
Compendium. Wallingford (US): CAB
International.
Caveness FE, Jensen HJ. 1955. Modification of
the centrifugal-flotation technique for the
isolation and concentration of nematodes
and their eggs from soil and plant tissue.
Proc Helminthol Soc Wash. 25:87–89.
Goodey T. 1973. Two methods for staining
nematodes in plant tissue. J Helminthol. 15:
137–144. DOI: http://dx.doi.org/10.1017/
S0022149X00030790.
Halimah, Supramana, Suastika G. 2013.
Identifikasi spesies Meloidogyne pada
wortel berdasarkan sikuen nukleotida. J
Fitopatol Indones. 9(1):1–6. DOI: http://
dx.doi.org/10.14692/jfi.9.1.1.
Hikmia Z, Supramana, Suastika G. 2012.
Identifikasi spesies Meloidogyne spp.
penyebab umbi bercabang pada tanaman
wortel di Jawa Timur. J Fitopatol
Indones. 8(3):73–78. DOI: http://dx.doi.
org/10.14692/jfi.8.3.73.
89
J Fitopatol Indones
Hunt DJ, Luc M, Manzanilla-López RH.
2005. Identification, morphology, and
biology of plant parasitic nematodes. Di
dalam: Luc M, Sikora RA, Bridge J, editor.
Plant Parasitic Nematodes in Subtropical Taher M, Supramana, Suastika G. 2012.
and Tropical Agriculture 2nd Edition.
Wallingford (US): 301 CABI. hlm 11–52.
Kurniawan W. 2010. Identifikasi penyakit
umbi bercabang pada wortel, Daucus
carota (L.) di Indonesia [tesis]. Bogor
(ID): Institut Pertanian Bogor.
May WF, Lyon HH. 1996. Pictorial Key to
Genera of Plant Parasitic Nematodes.
New York (US): Cornel Univ.
Melakeberhan H, Webster JW, Brook RC,
D’Auria JM, Cacckette M. 1987. Effect of Zuckerman BM, Mai WF, Harrison MB. 1985.
Meloidogyne incognita on plant nutrient
concentration and its influence on plant
physiology of bean. J. Nematol. 19:
324−330.
Mirsam H, Supramana, Suastika G.
2015. Deteksi dan identifikasi spesies
90
Mirsam et al.
Meloidogyne pada tanaman wortel dari
Dataran Tinggi Malino, Gowa, Sulawesi
Selatan. J Fitopatol Indones. 11(1):1–8.
DOI: http://dx.doi.org/10.14692/jfi.11.1.1.
Identifikasi Meloidogyne penyebab
penyakit umbi bercabang pada wortel
di Dataran Tinggi Dieng. J Fitopatol
Indones. 8(1):16–21. DOI: http://dx.doi.
org/10.14692/jfi.8.1.16.
Zeng Y, Ye W, Tredway L, Martin S, Martin
M. 2012. Taxonomy and morphology of
plant-parasitic nematodes associated with
turfgrasses in North and South Carolina,
USA. J Zootaxa. 3452:1–46.
Plant Nematology, Laboratory Manual.
Massachusetts (US): The University of
Massachusetts Agricultural Experiment
Station Amherst.
 Volume 11, Nomor 3, Juni 2015
Halaman 91–96
DOI: 10.14692/jfi.11.3.91
ISSN: 0215-7950

Identifikasi Cendawan Penyebab Penyakit Pascapanen pada

Beberapa Buah di Yogyakarta

Identification of Fungus Causing Postharvest Disease on

Several Fruits in Yogyakarta
Ani Widiastuti*, Ovianne Hapsari Ningtyas, Achmadi Priyatmojo
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta 55281

ABSTRAK

Di Indonesia kehilangan hasil yang besar akibat penyakit pascapanen sering sulit terukur karena
belum banyak dilakukan penelitian yang berkelanjutan mengenai hal tersebut. Penelitian ini bertujuan
menentukan genus cendawan penyebab busuk pada buah pascapanen, yang dapat digunakan untuk
mengetahui patogen penting pada komoditas pascapanen saat ini dan dasar pengelolaan sebagai
langkah lanjutan. Metode yang digunakan ialah pengambilan sampel, isolasi spora tunggal, pengamatan
morfologi, dan inokulasi. Hasil isolasi yang dilakukan pada buah pepaya diperoleh Colletotrichum.
Pada buah alpokat dan belimbing diperoleh cendawan Pestalotia. Pada buah mangga terdapat cendawan
Lasiodiplodia, sedangkan pada buah sawo dan pisang diperoleh Pestalotia dan Lasiodiplodia. Pada
buah pir dan apel terdapat cendawan Alternaria. Pada buah anggur terdapat cendawan Aspergillus,
sedangkan pada buah nanas diperoleh cendawan Fusarium sp.
Kata kunci: Alternaria, Aspergillus, Colletotrichum, Lasiodiplodia, Pestalotia

ABSTRACT

In Indonesia, high yield losses due to post-harvest diseases are often difficult to measure because
research focusing on such matter are still limited. This study aimed to determine the genera of fungi
that cause rot on postharvest fruit, which can be used as a basis to determine the important pathogens
in the current post-harvest commodities and for further disease management. The method used is
sample collection, single spore isolation, microscopic observation and identification of fungal genera.
Colletotrichum sp. was sucessfuly isolated from antrachnose of papaya. Pestalotia sp. was found in
the fruit rot of avocado and star fruit. Lasiodiplodia sp. was found in mango, while Pestalotia sp. and
Lasiodiplodia sp. was found in both sapodilla and banana. Alternaria sp. was found in the fruit rot of
pears and apples. Aspergillus sp. was found in grapes, and Fusarium sp. was isolated from pineapple
fruit rot.
Key words: Alternaria, Aspergillus, Colletotrichum, Lasiodiplodia, Pestalotia

*Alamat penulis korespondensi: Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada.
Jalan Flora No. 1. Bulaksumur, Yogyakarta, 55281
Tel: 0274-523926, Faks: 0274-523926, surel: aniwidiastuti@ugm.ac.id

91
J Fitopatol Indones
PENDAHULUAN
Produk pascapanen merupakan produk
yang mudah rusak. Kehilangan pascapanen
pada buah dan sayuran cukup tinggi, sekitar
10–40%, bergantung pada komoditas dan
teknologi yang digunakan untuk pengemasan.
Pembusukan buah dan sayuran yang dipanen
di negara maju akibat penanganan pascapanen
diperkirakan mencapai 20–25%. Kerugian
pascapanen di negara-negara berkembang
sering kali tinggi karena penyimpanan dan
fasilitas transportasi yang kurang memadai.
Pengemasan yang kurang baik dapat
menimbulkan kontaminasi.
Kebanyakan patogen yang menyerang
hasil pertanian dalam simpanan menginfeksi
di lapangan pada fase prapanen. Komoditas
pascapanen membawa banyak spora pada
waktu dipanen. Pemanenan menyebabkan
terjadinya luka pada buah atau sayuran
sehingga spora cendawan dapat dengan
mudah masuk dan berkembang di dalamnya
selama penyimpanan. Kerugian terbesar pada
sayuran dan buah-buahan yang disimpan
ialah serangan mikrob yang mengakibatkan
pembusukan.
Beberapa patogen penyebab busuk pada
buah di antaranya ialah Botrytis cinerea (Elad
et al. 1996), Lasiodiplodia spp. (Alvindia et al.
2006), dan Colletotrichum spp. (Alvindia dan
Natsuaki 2007). Kajian patogen pascapanen
masih terbatas di Indonesia.
Yogyakarta merupakan salah satu kota
besar di Indonesia sebagai lokasi sentra pasar
buah lokal sehingga dipilih menjadi lokasi
penelitian. Penelitian ini dilakukan untuk
menentukan genus cendawan penyebab busuk
pada buah pascapanen, untuk diwaspadi
keberadaannya.
BAHAN DAN METODE
Pengambilan Sampel dan Isolasi
Sampel berupa buah bergejala busuk kering
atau bercak diambil dari pasar tradisional di
Giwangan dan Kranggan, juga beberapa toko
buah di Yogyakarta. Pengambilan sampel
dilakukan secara acak pada bulan Maret–
92
Widiastuti et al.
Mei 2014. Setiap sampel buah busuk yang
ditemukan kemudian dibawa ke Laboratorium
Ilmu Penyakit Tumbuhan Klinik, Fakultas
Pertanian UGM. Buah yang bergejala penyakit
diisolasi pada medium agar-agar dekstrosa
kentang (ADK) dan dibuat biakan murni dari
spora tunggalnya.
Identifikasi Cendawan dan Inokulasi
Identifikasi cendawan dilakukan ber-
dasarkan pada morfologinya mengikuti Ellis
(1971); Barnett dan Hunter (2006); Leslie
dan Summerell (2006). Konfirmasi hasil
identifikasi dilakukan dengan inokulasi
kembali pada buah asal isolat didapatkan.
Buah dilukai dengan jarum preparat sebanyak
5 tusukan, 2 titik inokulasi setiap buah dan
3 buah sebagai ulangan. Keping biakan
isolat berukuran 5 mm diletak-kan pada
setiap tusukan. Inkubasi dilakukan dengan
meletakkan buah tersebut pada baki,
dilembapkan dengan kapas yang dibasahi
dan diletakkan di ujung baki, serta ditutup
dengan plastik pembungkus yang dilubangi.
Pengamatan dilakukan sampai timbulnya
gejala.
HASIL
Cendawan penyebab busuk buah yang
berhasil diidentifikasi didapatkan dari buah
alpokat, anggur, apel, belimbing, mangga,
nanas, pepaya, pir, pisang, dan sawo (Tabel 1).
Hasil inokulasi menunjukkan bahwa
cendawan-cendawan tersebut menghasilkan
gejala yang serupa dengan gejala awal.
Terdapat 10 jenis buah yang diamati memiliki
gejala busuk (Gambar 1) dan ditemukan
6 genus cendawan penyebab busuk kering
buah pascapanen, yaitu Pestalotia sp.,
Aspergillus sp., Alternaria sp., Lasiodiplodia
sp., Fusarium sp., dan Colletotrichum sp.
Pada buah alpokat dan belimbing ditemukan
gejala bercak dengan warna kemerahan pada
pinggir bercaknya. Berdasarkan pengamatan
mikroskopi, cendawan mempunyai konidium
bersel 5, dengan 3 sel yang di tengah berwarna
gelap dan berdinding tebal, sedangkan
2 sel pangkal dengan ujung hialin dan
J Fitopatol Indones Widiastuti et al.

Tabel 1 Hasil identifikasi cendawan penyebab busuk kering dan bercak pada beberapa buah
pascapanen di Yogyakarta

Buah Gejala Penyebab

Alpokat Bercak nekrotik dengan warna kemerahan pada tepi Pestalotia sp.
Anggur Busuk kering dan tampak cekung Aspergillus sp.
Apel Busuk kering Alternaria sp.
Belimbing Bercak nekrotik dengan warna kemerahan pada tepi Pestalotia sp.
Mangga Busuk pangkal buah Lasiodiplodia sp.
Nanas Busuk kering Fusarium sp.
Pepaya Busuk kering dengan alur konsentris Colletotrichum sp.
Pir Busuk kering dengan alur konsentris Alternaria sp.
Pisang Bercak nekrotik hitam dengan tepi kemerahan Lasiodiplodia sp.
Pestalotia sp.
Sawo Bercak nekrotik hitam dengan tepi kemerahan Lasiodiplodia sp.
Pestalotia sp.

a b c d

e f g h i
Gambar 1 Gejala busuk buah yang ditemukan di lapangan pada buah: a, Alpokat; b, Anggur;
c, Belimbing; d, Mangga; e, Nanas; f, Pepaya; g, Pisang; h, Pir; i, Sawo.

berdinding tipis. Sel ujung mempunyai 2–3
seta yang panjang. Cendawan ini diidentifikasi
sebagai Pestalotia.
Cendawan dari buah anggur yang bergejala
busuk dan tampak cekung berhasil diisolasi,
massa konidiumnya membentuk koloni
berwarna hitam pada ADK. Tekstur koloni
seperti bulu susunan, konidium radial pada
fialid yang memenuhi seluruh permukaan
vesikel, vesikel bulat besar, konidiofor halus,
berdinding tebal, dan berwarna cokelat. Hasil
postulat koch menunjukkan gejala yang sama.
Patogen penyebabnya ialah Aspergillus sp.
Buah apel yang diamati menunjukkan
gejala busuk kering. Dari bagian sakit buah
berhasil diisolasi isolat Alternaria yang
berasosiasi dengan cendawan lain yang belum
dapat diidentifikasi.
Sampel buah mangga yang diamati
bergejala awal berupa bercak kehitaman
pada sekitar pangkal buah yang meluas
dan akhirnya menyebabkan buah busuk.
93
J Fitopatol Indones
Pada medium ADK, miselium awalnya
berwarna putih dengan pertumbuhan aerial,
namun pada hari ketiga miselium menjadi
kehitaman. Konidium muda berwarna hialin,
dindingnya terdiri atas 2 lapisan, berbentuk
granular dan tidak bersekat. Konidium matang
berwarna cokelat, ovoid dan ellipsoid, hanya
memiliki 1 lapis dinding sel dan memiliki 1
sekat sehingga membentuk 2 sel. Cendawan
tersebut diidentifikasi sebagai Lasiodiplodia.
Pada buah nanas yang bergejala busuk
kering, hasil isolasi menunjukkan bahwa
patogen penyebabnya ialah Fusarium. Ber-
dasarkan pengamatan mikroskop, cendawan
ini membentuk mikrokonidium yang ber-
limpah dengan beberapa makrokonidium
pada satu bidang pandang. Setelah dilakukan
prosedur postulat koch, muncul gejala yang
mirip dengan gejala awal.
Pada buah pepaya ditemukan gejala
khas antraknosa, yaitu busuk kering
dengan lingkaran konsentris. Pertumbuhan
miselium pada medium ADK membentuk
alur konsentris melingkar dan menyebar
ke segala arah. Miselium yang berwarna
putih berubah menjadi kelabu setelah koloni
berumur 5 hari. Berdasarkan pada pengamatan
mikroskop, morfologi massa konidium dan
aservulus, cendawan diidentifikasi sebagai
Colletotrichum.
Pada buah pir ditemukan gejala busuk
buah yang ditumbuhi miselium dengan alur
konsentris. Pada awalnya isolat yang tumbuh
berwarna kekuningan, kemudian berubah
menjadi ungu. Berdasarkan pengamatan
mikroskopi, konidium menyerupai gada,
berwarna gelap, berdinding tebal, multisel,
mempunyai sekat melintang serta membujur
dan diidentifikasi sebagai Alternaria.
Buah sawo dan pisang yang diamati
tampak gejala bercak-bercak bulat hitam
cokelat dengan tepi berwarna kemerahan.
Ada 2 yang berhasil diisolasi, yaitu Pestalotia
dan Lasiodiplodia.
Pestalotia sp. paling banyak ditemukan
pada sampel buah alpokat, belimbing, sawo
dan pisang. Selanjutnya Lasiodiplodia
ditemukan pada sampel buah mangga, sawo
dan pisang. Berdasarkan pada pengamatan,
94
Widiastuti et al.
Pestalotia dan Lasiodiplodia sering
ditemukan bersama-sama.
PEMBAHASAN
Beberapa patogen penting yang ditemukan
pada komoditas buah pascapanen ialah
Alternaria, Aspergillus, Colletotrichum,
Fusarium, Lasiodiplodia dan Pestalotia.
Beberapa hasil penelitian menunjukkan bahwa
patogen Pestalotia dan Lasiodiplodia mampu
membentuk kompleks gejala penyakit pada
komoditas pascapanen (Bautista-Baños et al.
2002; Adeniyi et al.2011). Kedua cendawan
tersebut ditemukan bersama-sama pada buah
sawo dan pisang.
Antraknosa merupakan penyakit
pascapanen yang mudah ditemui pada berbagai
buah-buahan tropik maupun subtropik.
Infeksi Colletotrichum sp. pada komoditas
pascapanen telah banyak dilaporkan, namun
kasus antraknosa pada pepaya akhir-akhir ini
baru dilaporkan di Brazil (Vieira et al. 2013)
dan Mesir (Haggag dan Singer 2013).
Patogen Lasiodiplodia yang ditemukan
pada penelitian ini, sejalan dengan penelitian
Widiastuti (2013) yang mengemukakan bahwa
Lasiodiplodia merupakan penyebab busuk
pangkal buah manggis, alpokat, mangga, pir,
dan kakao. Pada buah pisang, Lasiodiplodia
juga termasuk cendawan patogen dominan.
Lasiodiplodia ditemukan pada buah pisang
dengan gejala crown rot, finger stalk rot,
finger rot dan finger end rot (Alvindia et al.
2000). Cendawan ini merupakan patogen aktif
yang menyebabkan pembusukan secara cepat
ketika diinokulasikan pada buah pisang luka,
namun juga mampu menyebabkan bercak
pada buah yang tidak dilukai (Alvindia et
al. 2002). Lasiodiplodia juga dilaporkan
merupakan patogen penyebab busuk kering
pada komoditas pascapanen. Buah alpokat,
jeruk, kakao, mangga, manggis, pepaya dan
pir merupakan inang cendawan ini (Widiastuti
2013).
Alternaria dikenal sebagai cendawan yang
banyak menginfeksi komoditas pascapanen,
namun cendawan ini juga menginfeksi tanaman
pada fase pertumbuhan. Widiastuti et al.
J Fitopatol Indones
(2007) melaporkan sebanyak 5 varietas tomat
terinfeksi Alternaria sp. pada usia tanaman
6–7 minggu. Selain itu cendawan ini juga
dapat menginfeksi pada suhu dingin, yaitu
A. alternata yang menginfeksi buah apel di
Pennsylvania (Jurick II et al. 2014).
Aspergillus spp. dikenal sebagai
cendawan penting pada serealia dan kacang-
kacangan yang menghasilkan mikotoksin.
Namun demikian, cendawan ini juga mampu
menginfeksi komoditas segar pascapanen
(Thomidis dan Exadaktylou 2012; Sharma
dan Verma 2013). Berdasarkan pengamatan
morfologi koloni isolat dan spora cendawan
yang berwarna hitam, cendawan ini diduga
A. section nigri (Abarca et al. 2004).
Pembuktian dugaan ini memerlukan uji lanjut
secara melokul.
Fusarium spp. adalah cendawan yang
mempunyai keragaman spesies sangat besar
dan kisaran inang sangat luas. Beberapa
Fusarium spp. ditemukan menginfeksi
komoditas pascapanen pada fase penyimpanan
(Zhang et al. 2012; Wang et al. 2013).
Cendawan ini termasuk jenis cendawan yang
penting untuk diwaspadai pada komoditas
pascapanen karena kemampuannya untuk
menghasilkan mikotoksin (D’Mello et al.
1999).
Penelitian ini menunjukkan bahwa
penanganan komoditas pascapanen di
Indonesia penting untuk mengatasi infeksi
patogen pada periode penyimpanan. Hasil
penelitian memperlihatkan beberapa patogen
memiliki status yang penting karena dominan
ditemukan pada beberapa komoditas,
seperti Pestalotia dan Lasiodiplodia.
Selanjutnya, hasil ini diharapkan dapat
digunakan sebagai bahan pertimbangan dalam
pengelolaan penyakit pasca panen.
UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis menyampaikan penghargaan dan
terima kasih kepada Fakultas Pertanian UGM
yang mendanai terlaksananya penelitian
ini melalui Hibah Penelitian Fakultas tahun
2014.
Widiastuti et al.
DAFTAR PUSTAKA
Abarca ML, Accensi F, Cano J, Cabaňes FJ.
2004. Taxonomy and significance of black
aspergilli. Antonie van Leeuwenhoek.
86(1):33–49. DOI: http://dx.doi.org/10.1023/
B:ANTO.0000024907.85688.05.
Adeniyi DO, Orisajo SB, Fademi OA, Adenuga
OO, Dongo LN. 2011. Physiological
studies of fungi complexes associated with
cashew diseases. J Agric Biol Sci. 6:34–38.
Alvindia DG, Kobayashi T, Natsuaki
KT. 2006. The aerial and fruit surface
population of fungi in nonchemical banana
production in the Philippines. J Gen Plant
Pathol. 72:257–260. DOI: http://dx.doi.
org/10.1007/s10327-006-0281-0.
Alvindia DG, Kobayashi T, Yaguchi Y,
Natsuaki KT. 2000. Symptoms and the
associated fungi of postharvest diseases on
nonchemical bananas imported from the
Philippines. Jpn J Trop Agr. 44(2):87–93.
Alvindia DG, Kobayashi T, Yaguchi Y,
Natsuaki K T. 2002. Pathogenicity of fungi
isolated from “Non-Chemical Bananas”.
Jpn J Trop Agr. 46(4):215–233.
Alvindia DG, Natsuaki KT. 2007. Evaluation
of bacterial epiphytes isolated from
banana fruit surface for biocontrol of
crown rot causing pathogens of banana. Di
dalam: Proceeding of 3rd Asian Conference
on Plant Pathology; 2007 20–24 Agu;
Yogyakarta. Indonesia. (ID): Universitas
Gadjah Mada. hlm 265–266.
Barnett HL, Hunter BB. 2006. Illustrated
Genera of Imperfect Fungi. Ed ke-4.
Minnesota (USA): APS.
Bautista-Baños S, Díaz-Perez JC, Barrera-
Nencha LL. 2002. Postharvest fungal
rots of sapote mamey Pouteria sapota
H. E. Moore & Stearn. Postharvest Biol
Tech. 24: 197–200. DOI: http://dx.doi.
org/10.1016/S0925-5214(01)00138-7.
D’Mello JPF, Placinta CM, Macdonald AMC.
1999. Fusarium mycotoxins: a review
of global implications for animal health,
welfare and productivity. Animal Feed Sci
Tech. 80(3–4):183–205. DOI: http://dx.doi.
org/10.1016/S0377-8401(99)00059-0.
95
J Fitopatol Indones
Elad Y, Malathrakist NE, Dik AJ. 1996.
Biological control of botrytis-incited
diseases and powdery mildews in
greenhouse crops. Crop Prot. 1:224–240
Ellis MB. 1971. Dematiaceous Hyphomycetes.
Wallingford (UK): CMI.
Haggag WM, Singer S. 2013. First report of
Colletotrichum capsici causing pre and
postharvest anthracnose on papaya in
Egypt. IJEIT. 3(6):151.
Jurick II WM, Kou LP, Gaskins VL, Luo YG.
2014. First report of Alternaria alternata
causing postharvest decay on apple fruit
during cold storage in Pennsylvania.
Plant Dis. 98(5):690.  DOI: http://dx.doi.
org/10.1094/PDIS-08-13-0817-PDN.
Leslie JF, Summerell BA. 2006. The Fusarium
Laboratory Manual. Ed ke-1. Oxford
(UK): Blackwell. DOI: http://dx.doi.
org/10.1002/9780470278376.
Sharma P, Verma OP. 2013. First report of soft
rot, a post harvest disease of sweet orange
from India. J New Biol Reports. 2(1):28–29
Thomidis T, Exadaktylou E. 2012. First report
of Aspergillus niger causing postharvest
fruit rot of cherry in the prefectures of
Imathia and Pella, Northern Greece.
Plant Dis. 96(3):458. DOI: http://dx.doi.
org/10.1094/PDIS-07-11-0620.
Wang JH, Feng ZH, Han Z, Song SQ, Lin SH,
Wu AB. 2013. First report of pepper fruit
96
Widiastuti et al.
rot caused by Fusarium concentricum in
China. Plant Dis. 97(12):1657. DOI: http://
dx.doi.org/10.1094/PDIS-03-13-0325-
PDN.
Widiastuti A. 2013. Fruit rot disease caused by
Lasiodiplodia spp. on several postharvest
fruits in Indonesia. Di dalam: Proceeding
of the 1st International Conference on
Horticultural Crops; 2013 2–4 Okt;
Yogyakarta (ID): Ministry of Agriculture.
hlm 209.
Widiastuti A, Budiarti WP, Pustaka AB,
Purwanto ME, Sholihah C. 2007. Critical
period of fruits of some tomato varieties
toward Alternaria solani. Di dalam:
Proceeding The 3rd Asian Conference
on Plant Pathology; 2007 20–24 Agu;
Yogyakarta (ID): Universitas Gadjah
Mada. hlm 313–314.
Vieira WAS, Nascimento RJ, Michereff SJ,
Hyde KD, Câmara MPS, 2013. First
report of papaya fruit anthracnose caused
by Colletotrichum brevisporum in Brazil.
Plant Dis. 97(12):1659. DOI: http://dx.doi.
org/10.1094/PDIS-05-13-0520-PDN.
Zhang M, Wang Y, Wen CY, Wu HY. 2012.
First report of Fusarium proliferatum
causing fruit rot of Winter Jujube (Zizyphus
jujuba) in storage in China. Plant Dis.
96(6):13.  DOI: http://dx.doi.org/10.1094/
PDIS-12-11-1035-PDN.
 Volume 11, Nomor 3, Juni 2015
Halaman 97–103
DOI: 10.14692/jfi.11.3.97
ISSN: 0215-7950

Deteksi dan Identifikasi Cendawan Terbawa Benih Brassicaceae

Detection and Identification of Brassicaceae Seedborne Fungi

Anthoni Sulthan Harahap, Titiek Siti Yuliani, Widodo*

Institut Pertanian Bogor, Bogor 16680

ABSTRAK

Penggunaan benih bermutu merupakan salah satu faktor penentu keberhasilan produksi pertanian
karena mampu meningkatkan produksi dan mengurangi adanya permasalahan penyakit di lapang.
Masuknya benih ke suatu negara melalui kegiatan impor berpotensi menjadi sarana masuknya patogen
baru, sehingga perlu dilakukan deteksi dan identifikasi terhadap benih tersebut. Penelitian ini bertujuan
mendeteksi dan mengidentifikasi cendawan terbawa benih Brassicaceae dari Amerika Serikat dan
Malaysia. Benih, baik yang diberi perlakuan sterilisasi permukaan maupun tidak, diinkubasikan pada
5 lembar kertas hisap lembap pada suhu 27–30 °C selama 14 hari. Cendawan yang tumbuh pada
benih diisolasi menggunakan medium agar-agar dekstrosa kentang dan agar-agar ekstrak malt untuk
diidentifikasi secara morfologi. Tiga cendawan yang paling banyak ditemukan, baik pada benih yang
permukaannya disterilkan maupun tidak ialah Aspergillus flavus, Curvularia lunata, dan A. niger. Semua
cendawan tersebut berpotensi sebagai patogen pada benih dan kecambah Brassicaceae. Selain itu juga
ditemukan dalam jumlah yang kecil Phoma lingam pada benih pak choy putih yang merupakan patogen
penting pada tanaman Brassicaceae.
Kata kunci: karakter koloni, karakter morfologi, metode blotter test, uji patogenisitas

ABSTRACT

Seed quality is very critical in agricultural production, especially to gain high yield and reduce
disease problems in the field. New diseases or pathogens is potentially entering a country through
seed movement by import activity. This study aimed to detect and identify seed-borne fungi from
Brassicaceae seeds imported from the United States and Malaysia. Seeds were incubated on 5 sheets
of wet blotting paper at a temperature of 27–30 °C for 14 days following surface sterilization. Each
fungus that grows on the seed was isolated on potato dextrose agar and malt extract agar for further
morphological identification. The three fungi most commonly found either on the seed with or without
surface-sterilization were Aspergillus flavus, Curvularia lunata and A. niger. All of the fungi were a
potential pathogen in the family Brassicaceae seeds and seedlings. Important pathogen in Brassicaceae
crops, i.e. Phoma lingam was also found in small amounts and only on white pak choy seeds.
Key words: blotter test, colony characteristics, morphological charateristics, pathogenicity test

*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor
Jalan Kamper, Kampus Darmaga IPB, Bogor 16680
Tel: 0251-8629364, Faks: 0251-8629362, Surel: widodo@ipb.ac.id

97
J Fitopatol Indones Harahap et al.

PENDAHULUAN Metode Blotter Test

Benih disterilisasi permukaan meng-
Benih merupakan salah satu komponen gunakan NaOCl 1% selama 3 menit, lalu
penting dalam keberhasilan peningkatan dibilas air steril 3 kali dan sebagai kontrol
produksi pertanian. Penggunaan benih digunakan benih yang tidak disterilkan. Setiap
bermutu mampu meningkatkan produksi uji menggunakan 100 benih (25 benih/cawan).
pertanian dan mengurangi serangan hama dan Benih diinkubasikan selama 14 hari pada suhu
penyakit di lapangan. Patogen terbawa benih ruang. Pengamatan dilakukan terhadap daya
dapat menyebabkan penurunan viabilitas kecambah dan persentase infeksi dengan
benih, peningkatan kematian bibit, penurunan rumus:
hasil, peningkatan perkembangan penyakit, ∑ benih berkecambah
Daya
perubahan komponen kimia benih, dan = ∑ benih diinkubasi × 100%
kecambah
ledakan penyakit pada suatu daerah (Agarwal
dan Sinclair 1996). Persentase ∑ benih terinfeksi
= × 100%
Indonesia masih mengimpor beberapa infeksi ∑ benih diinkubasi
benih untuk memenuhi kebutuhan benih
nasional, di antaranya ialah Brassicaceae. Isolasi dan Identifikasi
Selama tahun 2013, Indonesia mengimpor Cendawan yang tumbuh pada benih diisolasi
7075 kg benih Brassicaceae yang berasal dari pada medium agar-agar dekstrosa kentang
China, Jepang, Malaysia, Perancis, Thailand, (ADK) dan agar-agar ekstrak malt (AEM)
Korea Selatan, dan New Zealand (Barantan dan diinkubasi pada suhu ruang. Cendawan
2014). Import benih merupakan salah satu yang tumbuh dimurnikan dan disimpan dalam
cara patogen dapat menyebar dari tempat agar-agar miring ADK pada suhu 18 °C untuk
asalnya menuju tempat baru. Patogen jenis uji lanjut. Identifikasi cendawan berdasarkan
cendawan dapat menyebar melalui miselium pada karakter koloni dan morfologi cendawan
dorman yang menetap pada setiap bagian mengikuti buku kunci identifikasi Boerema et
benih seperti kulit biji atau pada kulit buah. al. (2004), Domsch et al. (1980), Ellis (1971),
Hal tersebut menimbulkan risiko masuknya Sutton (1980), dan Watanabe (2002).
cendawan terbawa benih ke dalam suatu Identifikasi terhadap karakter morfologi
negara. Menurut Cram dan Fraedrich (2009) cendawan dilakukan dengan menumbuhkan
risiko penyebaran cendawan terbawa benih ke isolat cendawan pada agar-agar blok ADK
suatu negara dapat dicegah melalui pengujian atau AEM sesuai dengan genus cendawan
kesehatan benih. Oleh karena itu, penelitian (modifikasi metode Riddle), diinkubasi selama
ini bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi 4 hari, lalu diamati dengan mikroskop. Isolat
cendawan terbawa benih Brassicaceae serta cendawan ditumbuhkan pada medium
menentukan patogenisitas cendawan tersebut. AEM, agar-agar czapek dox ekstrak khamir
(ACDEK), agar-agar czapek dox ekstrak
BAHAN DAN METODE khamir sukrosa 20 % (ACDEKS 20%),
dan agar-agar czapek dox (ACD) untuk
Benih yang digunakan ialah benih kubis pengamatan karakter koloni.
bunga (Brassica oleracea var. italica) asal
Amerika Serikat yang diperoleh dari koleksi Uji Patogenisitas Cendawan
Balai Besar Karantina Pertanian Tanjung Permukaan benih disterilkan menggunakan
Priok dan benih sawi hijau (B. rapa var. NaOCl 1% selama 3 menit, lalu dibilas air
parachinensis), kubis cina (B. rapa f. annua), steril 3 kali. Benih ditanam di atas koloni
pak choy putih (B. rapa subsp. chinensis) biakan murni cendawan berumur 7 hari.
dan pak choy (B. rapa subsp. chinensis) asal Sebanyak 40–80 benih diujikan pada setiap
Malaysia yang diperoleh dari toko pertanian di isolat (20 benih/cawan petri) bergantung
Kabupaten Karimun, Provinsi Kepulauan Riau. pada ketersediaan benih. Sebagai kontrol

98
J Fitopatol Indones Harahap et al.

benih ditanam pada ADK tanpa cendawan. atau biakan, berwarna cokelat, memiliki satu
Benih diinkubasi selama 14 hari, pengamatan atau beberapa leher papila.
dilakukan terhadap persentase infeksi dengan
rumus: Infeksi Benih pada Uji Patogenisitas
Gejala yang diamati pada uji patogenisitas
Persentase A + B
= C × 100%, dengan menggambarkan hampir tidak ada benih
infeksi
berkecambah sehat. Persentase infeksi
A, jumlah benih tidak berkecambah; B, jumlah Aspergillus, Curvularia, dan Phoma men-
kecambah nekrosis atau mati; dan C, Jumlah capai 100%, sedangkan persentase infeksi
benih yang diinkubasi, Chaetomium mencapai 94%. Gejala infeksi
Aspergillus dan Phoma pada benih paling
HASIL banyak ialah berupa benih mati tidak
berkecambah (49–100% dan 87%) (Tabel 2).
Cendawan Terbawa Benih Brassicaceae Gejala infeksi Curvularia pada benih
Permukaan benih kubis bunga asal Amerika paling banyak ialah berupa benih berkecambah
Serikat dan benih sawi hijau asal Malaysia dan mengalami nekrosis, diikuti benih
yang tidak disterilisasi bebas dari cendawan, berkecambah lalu mati dan benih mati tidak
sedangkan pada benih kubis cina, pak choy berkecambah. Gejala infeksi Chaetomium
putih dan pak choy yang permukaannya paling banyak ialah benih berkecambah dan
disterilisasi terdapat Aspergillus niger, A. mengalami nekrosis, diikuti benih mati tidak
flavus, dan Curvularia lunata (Tabel 1). berkecambah serta benih berkecambah lalu
Cendawan yang ditemukan pada benih mati (Tabel 2).
pak choy putih yang tidak disterilisasi adalah Pada gejala benih mati tidak berkecambah,
A. flavus, A. niger, C. lunata (karakter sama benih ditutupi oleh massa miselium cendawan
dengan cendawan yang ditemukan pada benih dan jika dibuka lalu ditekan benih akan hancur
sebelumnya) dan Phoma lingam. Karakter karena telah membusuk. Benih yang tumbuh
koloni P. lingam yang ditemukan ialah menjadi kecambah juga dapat mengalami
miselium aerial, berwarna krem atau kuning nekrosis akibat serangan cendawan sehingga
kecokelatan dan berubah menjadi cokelat plumula, radikula atau daun kecambah
kehitaman dengan bertambahnya umur menguning. Gejala nekrosis lanjut dapat
cendawan, ditemukan piknidium pada benih menyebabkan kecambah menjadi mati.
Tabel 1 Cendawan pada benih Brassicaceae berdasarkan hasil blotter test

Daya Insidensi infeksi (%)

Benih kecambah Aspergilus Aspergilus Curvularia Phoma Chaetomium
(%) niger flavus lunata lingam globosum
Kubis bungaa T 97 0 0 0 0 0
S 97 0 1 1 0 0
Sawi hijaub T 88 0 0 0 0 0
S 89 0 4 0 0 0
Kubis cinab T 90 8 0 2 0 0
S 88 1 2 1 0 0
Pak choy putihb T 9 3 5 4 2 0
S 14 1 3 0 0 0
Pak choyb T 90 1 0 0 0 1
S 91 1 4 0 0 0
Asal Amerika Serikat, bAsal Malaysia; T, Tanpa sterilisasi permukaan, S, Sterilisasi permukaan
a

99
J Fitopatol Indones Harahap et al.

Tabel 2 Uji patogenisitas cendawan pada benih Brassicaceae

Jumlah benih (%) dengan Insidensi

Jumlah benih uji kondisi gejala penyakit penyakit
Benih/cendawan
(biji) (%)
BS TB BN BM
Kubis bunga
Aspergillus flavus 60 0 49 28 23 100
Curvularia lunata 40 0 0 88 12 100
Sawi hijau
Aspergillus flavus 60 0 98 0 2 100
Kubis china  
Aspergillus niger 80 0 96 1 3 100
Aspergillus flavus 60 0 98 0 2 100
Curvularia lunata 80 3 37 4 56 98
Pak choy putih
Curvularia lunata 60 0 7 40 53 100
Aspergillus flavus 60 0 95 3 2 100
Phoma lingam 60 0 87 7 6 100
Aspergillus niger 60 0 98 0 2 100
Pak choy
Chaetomium globosum 80 6 32 39 23 94
Aspergillus niger 40 0 100 0 0 100
Aspergillus flavus 80 4 96 0 0 96
BS, benih berkecambah sehat; TB, benih mati tidak berkecambah; BN, benih berkecambah dan
mengalami nekrosis; BM, benih berkecambah lalu mati.

PEMBAHASAN benih. Duan et al. (2007) menyatakan

Melalui blotter test ditemukan 5 spesies
cendawan yang dikelompokkan sebagai
cendawan lapangan, yaitu P. lingam dan C.
lunata; cendawan penyimpanan, yaitu A.
flavus dan A. niger; dan cendawan pada bahan
rusak, yaitu C. globosum.
Cendawan yang dideteksi pada benih
Brassicaceae ini juga dilaporkan berasosiasi
pada benih padi, gandum, Cucurbitaceae,
wortel, seledri, terung, kakao, mahoni, dan
kusum (Duan et al. 2007; Ora et al. 2011;
Ismail et al. 2012; Baharuddin et al. 2013;
Abdelwehab et al. 2014; Hossain et al. 2014;
Srivastava 2014).
Beberapa kerusakan pada benih yang
diamati dengan menggunakan metode
blotter test ialah benih mati (tidak
berkecambah) dalam keadaan keras ataupun
busuk, perubahan warna benih, hambatan
pertumbuhan kecambah, dan nekrosis yang
dapat disebabkan oleh cendawan terbawa
cendawan terbawa benih dapat menyebabkan
benih berkerut atau berubah warna. A. flavus
dan A. niger bersifat toksik dan cepat merusak
benih, serta mampu menyebabkan busuk
benih Brassicaceae (Khan et al. 2006).
Cendawan yang berpotensi sebagai
patogen mampu menyebabkan benih busuk
tidak berkecambah, nekrosis pada kecambah,
hambatan pertumbuhan kecambah, atau
kematian kecambah. Hal tersebut diduga
karena infeksi cendawan pada benih meng-
hasilkan metabolit sekunder yang bersifat
toksik bagi benih maupun kecambah sehingga
menyebabkan pembusukan benih dan
kematian kecambah (Ora et al. 2011). Howlett
(2006) melaporkan bahwa toksin cendawan
tular benih berperan dalam penghambatan
pertumbuhan kecambah, perubahan warna,
pelapukan, dan pembusukan benih.
A. niger dan A. flavus dikenal sebagai
saprob obligat yang sering diisolasi dari
benih (Kakde et al. 2012). Cendawan

100
J Fitopatol Indones
ini menghasilkan toksin yang mengubah
kandungan kimia, menurunkan nilai nutrisi
dan viabilitas, serta menyebabkan kematian
benih atau kecambah beberapa tanaman (Duan
et al. 2007; Hussain et al. 2013). A. niger
terbukti patogen terhadap perkecambahan
benih jagung di Pakistan (Hussain et al.
2013) dan juga dilaporkan oleh Pawar et al.
(2008) sebagai penyebab penyakit bercak
daun pada jahe di India. Aspergillus spp. dan
C. geniculata bersifat patogen terhadap benih
kakao yang menyebabkan perubahan warna
pada benih kakao dari cokelat mengkilat
menjadi cokelat putih sehingga menurunkan
viabilitas dan vigor benih (Baharuddin 2013).
P. lingam merupakan patogen pada tanaman
Brassicaceae yang dapat menyebabkan benih
berkerut dan berkurang ukurannya serta
mampu menyebabkan busuk benih. Patogen
tersebut merupakan penyebab penyakit kaki
hitam penting pada Brassicaceae di Australia,
Kanada dan Eropa yang dapat menyebabkan
kehilangan hasil sampai 95% (Hammoudi et
al. 2012). P. lingam tergolong organisme
penggangu tumbuhan karantina golongan A2
yang penyebarannya masih terbatas di wilayah
Indonesia (Permentan No. 93 Tahun 2011) dan
belum terdapat laporan terbaru mengenai P.
lingam di Indonesia.
P. lingam dapat ditemukan di dalam
benih Brassicaceae berupa miselium dorman
di dalam kulit biji atau di dalam embrio
(West et al. 2001). P. lingam terbawa benih
kurang berperan dalam menyebabkan infeksi
pada tanaman, tetapi lebih berperan dalam
penyebaran dan perkembangan penyakit
pada daerah baru. Leptosphaeria maculans
(anamorf: P. lingam) menghasilkan metabolit
sekunder sirodesmin PL yang merupakan
toksin yang menyebabkan klorosis pada daun
tanaman dan belum diketahui perannya dalam
penyakit kaki hitam (Gardiner et al. 2004)
C. globosum merupakan spesies yang
umum dan kosmopolitan, hidup secara saprob
pada rizosfer, filosfer, pengoloni utama tanah
dan bahan yang mengandung selulosa seperti
sisa tanaman, benih, kompos, kotoran hewan,
kertas, dan bahan lainnya yang mengandung
selulosa, serta dilapokan berpotensi sebagai
Harahap et al.
agens pengendali (Syed et al. 2009; Mol et
al. 2014). C. globosum dilaporkan efektif
untuk mengurangi busuk benih dan rebah
kecambah yang disebabkan patogen tular
benih dan tular tanah seperti Pythium
ultimum, Alternaria raphani, A. brassica,
Fusarium spp. Antagonisme bervariasi
mikoparasitisme, antibiosis, kompetisi, induksi
ketahanan pada tanaman dan hifa interferens.
C. globosum menghasilkan chaetoglobosin-c
yang dapat menghambat beberapa patogen
tanaman (Sibounnavong et al. 2011).
Pada penelitian ini diketahui bahwa
C. globosum berpotensi sebagai patogen
terhadap benih dan kecambah Brassicaceae.
Sementara ini belum ditemukan publikasi
yang mendukung hal tersebut meski cendawan
ini banyak berasosiasi pada berbagai benih
tanaman. Hal ini diduga karena pada uji
patogenisitas kecambah yang ditumbuhkan
pada medium ADK dalam keadaan lemah
atau akan mati sehingga bisa dikolonisasi
oleh C. globosum yang merupakan kelompok
cendawan yang secara normal tidak
menginfeksi benih yang masih utuh, akan
tetapi infeksi mudah terjadi pada benih yang
mengalami kerusakan dan membutuhkan
kelembapan yang tinggi (Atanda et al. 2013).
Syed et al. (2009) menyatakan Chaetomium
endofit diduga memproduksi enzim yang
dapat merusak dinding sel tanaman selama
proses kolonisasi tanaman inang dan mampu
memanfaatkan berbagai bahan yang berasal
dari dinding tanaman inang.
Benih kubis bunga asal Amerika Serikat
dan benih sawi hijau, kubis cina, pak coy
putih dan pak coy asal Malaysia dideteksi
mengandung cendawan saprob A. niger
dengan total persentase infeksi (1.5%),
A. flavus (1.9%), C. globosum (0.1%) dan
cendawan parasit C. lunata (0.8%), P. lingam
(0.2%) yang berpotensi sebagai patogen pada
benih ataupun kecambah Brassicaceae.
UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini dibiayai oleh Badan
Karantina Pertanian, Kementrian Pertanian
Republik Indonesia.
101
J Fitopatol Indones
DAFTAR PUSTAKA
Abdelwehab SA, El-Nagerabi SAF, Elshafie
AE. 2014. Mycobiota associated with
imported seeds of vegetables crops in
Sudan. Open Mycology J. 8:156–173.
DOI: http://dx.doi.org/10.2174/18744370
01408010156.
Atanda SA, Pessu PO, Aina JA, Agoda S,
Adekalu OA, Ihionu GC. 2013. Mycotoxin
management in agriculture. Green J Agric
Sci. 3(2):176–184.
Agarwal VK, Sinclair JB. 1996. Principles of
Seed Pathology. New York (US): Lewis
Publishers.
Baharuddin, Purwantara A, Ilyas S, Suhartanto
MR. 2013. Pathogenicity of several seed-
borne fungi isolates on hybrid cocoa seeds.
J Litri. 19(1):1–7.
[Barantan] Badan Karantina Pertanian. 2014.
Laporan Tahunan TA. 2011–2013. Jakarta
(ID): Badan Karantina Pertanian.
Boerema GH, de gruyter J, Noordeloos ME,
Hamers MEC. Phoma Identification
Manual: Differentiation of Specific and
Infraspecifik Taxa in Culture. London
(UK): CABI.
Cram MM, Fraedrich SW. 2009. Seed diseases
and seedborne pathogens of North
America. Tree Planters’ Note. 53(2):35–44.
Domsch KH, Gams W, Heidi T. 1980.
Compendium of Soil Fungi. London (UK):
Academic Pr.
Duan C, Wang X, Zhu Z, Wu X. 2007. Testing
of seed borne fungi in wheat germplasm
conserved in the national crop genebank
of China. Agric Sci Chin. 6(6):682–687.
DOI: http://dx.doi.org/10.1016/S1671-
2927(07)60100-X.
Ellis MB. 1971. Dematiceous Hyphomycete.
London (UK): CAB Commonealth
Mycological Institute.
Gardiner DM, Cozijnsen AJ, Wilson LM,
Pedras MSC, Howlett BJ. 2004. The
sirodesmin biosythetic gene cluster of the
plant pathogenic fungus Leptosphaeria
maculans. Mol Microbiol. 53(5):1307–
1318. DOI: http://dx.doi.org/10.1111/
j.1365-2958.2004.04215.x.
102
Harahap et al.
Hammoudi O, Salman M, Abuamsha R, Ehlers
R. 2012. Effectiveness of bacterial and
fungal isolates to control Phoma lingam
on oilseed rape Brassica napus. Americ J
Plant Sci. 3:773–770. DOI: http://dx.doi.
org/10.4236/ajps.2012.36093.
Hussain N, Hussain A, Ishtiaq M, Azam S,
Hussain T. 2013. Pathogenicity of two
seed-borne fungi commonly involved
in maize seeds of eight district of Azad
Jammu and Kashmir, Pakistan. Afric J
Biotechnol. 12(12):1363–1370.
Hossain I, Dey P, Dilruba K. 2014. Quality
of vegetable seeds collected from
mymensingh region in Bangladesh. Int J
Appl Sci Biotechnol. 2(1):103–108. DOI:
http://dx.doi.org/10.3126/ijasbt.v2i1.9926.
Howlett. 2006. Secondary metabolite
toxins and nutrition of plant pathogenic
fungi. Curr Opin Plant Biol. 9(4):371–
375. DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.
pbi.2006.05.004.
Ismail M, Anwar SA, ul-Haque MI, Iqbal
Azar, Ahmad N, Arain MA. 2012. Seed-
borne fungi associated with cauliflower
seeds and their role in seed germination.
Pak J Phytopathol. 24(1):26–31.
Kakde RB, Badar KV, Pawar SM, Chavan
AM. 2012. Storage mycoflora of oilseed: a
review. Int Multidiscip Res J. 2(3):39–42.
Khan T, Mustafa G, Zaher-ud-Din. 2006.
In-vitro chemical control of Aspergillus
flavus causing seed rot of crops of family
Brassicaceae [abstract]. Pak J Sci Ind Res.
49(6):431–433.
Mol B, Ramarethinam S, Murugesan NV.
2014. Compatibility study if Chaetomium
globosum with the fungicides (ridomil,
blue copper and score). Int J Chem Tech
Res. 6(5):3019–3024.
Neergaard P. 1969. Seed-borne disease:
inspection for quarantine in Africa.
Handbook for Phytosanitary Inspectors in
Africa. 380–393.
Ora N, Faruq AN, Islam MT, Akhtar N, Rahman
MM. 2011. Detection and identification of
seed borne pathogen from some cultivated
hybrid rice varieties in Bangladesh. Mid J
Sci Res. 10 (4):482–488.
J Fitopatol Indones
Pawar NV, Patil VB, Kamble SS, Dixit GB.
2008. First report of Aspergillus niger as a
plant pathogen on Zingiber officinale from
India. Plant Dis. 92(9):1368. DOI: http://
dx.doi.org/10.1094/PDIS-92-9-1368C.
[Permentan] Peraturan Menteri Pertanian
No. 93 Tahun 2011. Jenis Organisme
Pengganggu Tumbuhan Karantina. Jakarta
(ID): Kementrian Pertanian.
Sibounnavong P, Soytong K, Makhonpas
C, Adthajadee A. 2011. Evaluation of
Chaetomium­-mycophyt to promote
the growth of kale. J Agric Technol.
7(5):1427–1433.
Srivastava AK. 2014. Seed mycoflora of kusum
(Schleichera oleosa (Lour) Oken, famili
Sapindaceae) and their frequency variation
during one year of fungal infestation.
Online Int Interdis Res J. 4(3I):139–142.
Harahap et al.
Sutton BC. 1980. The Coelomycetes: Fungi
Imperfecti with Pycnidia, Acervuli
and Stromata. Kew (UK): CAB
Commonwealth Mycological Institute.
Syed NA, Midgley DJ, Ly PKC, Saleeba JA,
McGee PA. 2009. Do plant endophytic and
free-living Chaetomium species differ?.
Aus Mycol. 28:51–55.
Watanabe T. 2002. Pictorial Atlas of Soil and
Seed Fungi: Morphologies of Cultured
Fungi and Key to Species. Ed ke-2. Florida
(US): CRC Press LLC.
West JS, Kharbanda PD, Barbetti MJ, Fitt
BDL. 2001. Review article: epidemiology
and management of Leptosphaeria
maculans (phoma stem canker) on oilseed
rape in Australia. Plant Pathol. 50:10–27.
DOI: http://dx.doi.org/10.1046/j.1365-
3059.2001.00546.x.
103