Rentgenografia strukturalna

Rentgenografia strukturalna – technika analityczna używana w krystalografii i chemii. W krystalografii jest

stosowana w celu ustalenia wymiarów i geometrii komórki elementarnej tworzącej daną sieć krystaliczną. W
chemii metoda ta umożliwia dokładne ustalenie struktury związków chemicznych tworzących analizowane
kryształy.

Spis treści
Zasada działania
Wykonywanie pomiaru
Zastosowania
Wady i zalety
Bibliografia

Zasada działania
W obu przypadkach metoda ta opiera się na rejestracji obrazów
dyfrakcyjnych promieni rentgenowskich, powstających na skutek
subtelnych interakcji tego promieniowania z chmurami elektronowymi
atomów, tworzących analizowany kryształ. Na podstawie rejestracji
obrazów dyfrakcyjnych promieniowania X, przechodzącego przez
kryształ pod różnymi kątami, korzystając z prawa Bragga, wyznacza się
trójwymiarową mapę gęstości elektronowej w komórce elementarnej
kryształu. Dalsza, matematyczna analiza tej mapy umożliwia m.in.:

wyznaczenie pozycji i odległości cząsteczek względem

siebie w sieci krystalicznej,
wyznaczenie położenia poszczególnych atomów względem Trójwymiarowa struktura
siebie, mioglobiny, z zaznaczonymi
kolorem helisami alfa
ustalenie kątów i długości wiązań między atomami,
ustalenie rozkładu gęstości chmur elektronowych wokół
poszczególnych atomów, co umożliwia obliczenie momentu
dipolowego wiązań i całych cząsteczek oraz precyzyjne ustalenie natury poszczególnych
wiązań,
ustalenie konfiguracji absolutnej cząsteczek.

Wykonywanie pomiaru

Do wykonania analizy potrzebny jest monokryształ danego związku chemicznego o możliwie jak najbardziej
regularnym kształcie i posiadający jak najmniej defektów. Kryształ ten umieszcza się w dyfraktometrze i
niekiedy schładza przy pomocy oparów ciekłego azotu do temperatury rzędu 100 K (przy użyciu oparów helu
można schłodzić badany materiał do temperatury około 4 K), aby zmniejszyć niedokładności wynikające z
termicznych drgań atomów. Kryształ naświetla się silną, monochromatyczną wiązką promieni X, zmieniając
stopniowo kąt jej padania na kryształ (poprzez jego obrót) i rejestrując zmiany w obrazie dyfrakcyjnym po
przejściu promieni przez kryształ. Obecnie do rejestracji obrazów dyfrakcyjnych używa się kamer CCD – są
to matryce CCD chłodzone ogniwami Peltiera do temperatury ok. -60 °C w celu zmniejszenia szumów
termicznych. Elementem kamery jest też odpowiedni scyntylator, który pochłania energię promieniowania X,
a następnie emituje światło rejestrowane przez matrycę CCD. W przeszłości dane dyfrakcyjne były
rejestrowane za pomocą detektora punktowego lub metodami fotograficznymi.

Oprócz próbek monokrystalicznych w rentgenografii strukturalnej bada się także próbki polikrystaliczne
(proszki). Do ich badania stosuje się tzw. metodę proszkową – badana próbka jest rozcierana na proszek, a
następnie umieszczana w specjalnej kuwecie, mocowanej w uchwycie goniometru dyfraktometru.

Zastosowania

Metoda ta jest podstawowym narzędziem w chemii organicznej, metaloorganicznej i biochemii do ustalania

rzeczywistych struktur złożonych związków chemicznych. Metoda ta umożliwiła m.in. wyznaczenie
dokładnej struktury mioglobiny przez Maxa Perutza i Johna Cowdery Kendrewa w 1958, za co w roku 1962
otrzymali oni Nagrodę Nobla. Technika ta odegrała też decydującą rolę w ustaleniu struktury podwójnej helisy
DNA przez Rosalindę Franklin, Jamesa Watsona i Francisa Cricka.

Nie można jej stosować dla ustalania struktury cząsteczek w fazie gazowej i ciekłej, która często może być
inna od tej, jaką przyjmują te same cząsteczki w fazie krystalicznej.

Dane strukturalne pochodzące z rentgenografii są gromadzone w bazach danych, do których dostęp można
uzyskać albo poprzez wysłanie do nich określonej liczby własnych danych lub na zasadach komercyjnych.
Do najbardziej znanych tego rodzaju baz zalicza się: Protein Databank (makrocząsteczki), Cambridge
Structure Database (związki organiczne i metaloorganiczne), ICSD (związki nieorganiczne), oraz otwarta
Crystallography Open Database (związki organiczne, nieorganiczne, metaloorganiczne i minerały, z
wyłączeniem biopolimerów).

Wady i zalety

Ważną i podstawową zaletą rentgenografii strukturalnej jest fakt, że w przeciwieństwie do wielu innych metod
jakościowych i ilościowych stosowanych w chemii próbka zwykle nie ulega zniszczeniu w trakcie badania.
Oznacza to, że można ją ponownie wykorzystać do innych badań. Ma to duże znaczenie w badaniu
unikatowych materiałów np. archeologicznych, zabytkowych lub medycznych, ale także np. hodowanego
długo i pieczołowicie kryształu.

Ogromną zaletą tej metody jest możliwość dokładnego ustalenia struktury chemicznej związków chemicznych
z niemal absolutną pewnością, umożliwiającą zbudowanie ich rzeczywistego modelu przestrzennego. Żadna
inna metoda analityczna nie daje takiej pewności i zawsze zostawia możliwość różnej interpretacji wyników.
Jest to również jedyna metoda pozwalająca bezpośrednio określić absolutną konfigurację cząsteczek
chiralnych.

Wadą rentgenografii jest konieczność uzyskania czystego monokryształu analizowanego związku

chemicznego o wymiarach liniowych rzędu 0,1–1 mm. W przypadku niektórych związków chemicznych
wyhodowanie takiego kryształu jest z wielu względów bardzo trudne, a czasem wręcz niemożliwe. Niektóre
kryształy mogą być nietrwałe w temperaturze pokojowej, bądź ulegać rozkładowi pod wpływem
promieniowania X, co również stwarza pewne ograniczenia.
Inną wadą rentgenografii jest stosunkowo wysoki koszt i czasochłonność wykonywania takiej analizy.
Nowoczesny monokrystaliczny dyfraktometr rentgenowski kosztuje w granicach 100–500 tys. €. Pomiar
danych dla przeciętnego związku organicznego lub metaloorganicznego zabiera w zależności od urządzenia
od kilku godzin do ok. dwóch tygodni. Analiza otrzymanych danych (rozwiązanie struktury związku), jeśli
jego struktura jest w miarę prosta, jest dość szybka, natomiast w przypadku bardzo złożonych struktur, np.
kryształów białek, czas ten może wynosić nawet kilka tygodni.

W początkowym okresie rozwoju rentgenografii jej najistotniejszą wadą był sam fakt używania silnego
promieniowania X, na które narażone były osoby obsługujące dyfraktometry, co mogło u nich wywoływać
chorobę popromienną. Aparaty te wymagały stałej obecności operatora, co wielu z nich przypłaciło życiem
(m.in. Rosalind Franklin). Współcześnie jednak aparaty te umieszcza się w obudowach tak skonstruowanych,
aby nie przepuszczały promieniowania rentgenowskiego i mogą być obsługiwane zdalnie z innego
pomieszczenia za pomocą komputera. Jednym z podstawowych zabezpieczeń nowoczesnego dyfraktometru
rentgenowskiego jest zestaw czujników uniemożliwiających rozpoczęcie pomiaru w przypadku, gdy jego
obudowa jest otwarta.

Bibliografia
P. Luger: Rentgenografia strukturalna monokryształów. PWN, 1989.

Źródło: „https://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=Rentgenografia_strukturalna&oldid=59401151”

Tę stronę ostatnio edytowano 14 kwi 2020, 03:45. Tekst udostępniany na licencji Creative Commons: uznanie
autorstwa, na tych samych warunkach (http:https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/deed.pl), z możliwością
obowiązywania dodatkowych ograniczeń. Zobacz szczegółowe informacje o warunkach korzystania
(http:https://foundation.wikimedia.org/wiki/Warunki_korzystania).