Câu 1: sử dụng các công cụ trên trang web dữ liệu sinh học NCBI để thực hiện các

yêu cầu sau:

Cho trình tự bên dưới, học viên cho biết trình tự bên dưới
- Tương đồng với trình tự trong ngân hàng gen: Rice grassy stunt tenuivirus
isolate FZ0403 segment 5, complete sequence
- cho biết tỉ lệ tương đồng (99%)
- cho biết mã số genbank (MF947498)
- chiều dài trình tự tương đồng (2710 bp)
- chiều dài protein tương ứng được mã hoá từ trình tự trên NCBI 325aa.

AGCTCTCTGCAACAGAATATAGCAATTGACCATTGATGGTGCTTTCGTCA
ATACCCCTGATCACAGTCACTAATTCACGTATCATAGTAGACTTACAACA
GAATAAATACACAGCCTTTTCACAACCTGGAGTTTTTTTCAGTAGTTCGT
GTGCATTACACCCTACTGTTTGAAGCATGGTGTTGAGC
Câu 2: hãy sử dụng một phần mềm thiết kế cặp mồi (primer) có khả năng khuyếch
đại đoạn gen mã hoá protein của trình tự trên.
Primer pair 1
Self Self 3'
Templat Lengt GC
Sequence (5'->3') Start Stop Tm compleme compleme
e strand h %
ntarity ntarity
Forward GGTGCTTTCGTCAA
Plus 20 38 57 58.91 55.00 3.00 1.00
primer TACCCC
Reverse TCCAGGTTGTGAA
Minus 21 131 111 60.06 47.62 3.00 3.00
primer AAGGCTGT
Product
94
length

Câu 3: Sử dụng phần mềm NTSYSpc vẽ giản đồ hình nhánh dựa vào các dữ liệu
sau:

Lua1 Lua2 Lua3 Lua4 Lua5

2000b 1600bp 950bp 600bp 950bp
 p
1600b 1000bp 800bp 850bp 800bp
p
850bp 950bp 600bp 825bp 850bp
800bp 775bp 775bp 775bp 600bp
600bp 600bp 550bp 600bp 550bp
550bp 250bp 250bp 550bp 250bp
Học viên dán kết quả và nhận xét về kết quả này (ít nhất 3 dòng) .
Phân tích sơ đồ hình nhánh và đánh giá đa dạng di truyền bằng phần mềm NTSYSpc theo
phương pháp UPGMA. Kết quả sơ đồ nhánh cho thấy, độ tương đồng của 5 giống lúa dao
động từ 0.5 đến 0.83. Độ tương đồng của giống lua3 và lua5 cao nhất là 0.83. Độ tương
đồng của giống lua1 và lua2 là xa nhất 0.5.

Câu 4: Học viên sử dụng phần mềm Mega6 và vẽ giản đồ phả hệ từ các trình tự
được gợi ý bên dưới. Học viên dán kết quả và nhận xét về kết quả này (ít nhất 3
dòng) .

AF288104.1 AF288116.1 AF288103.1

AF288117.1 AF288118.1 AF288123.1

Phân tích sơ đồ hình nhánh và đánh giá đa dạng di truyền bằng phần mềm Mega6 theo
phương pháp UPGMA. Kết quả sơ đồ nhánh cho thấy, hệ số di truyền của 6 gen dao động
từ 0 đến 0.04. Hệ số di truyền của AF288116 và AF288118 là gần nhất 0.0068. Hệ số di
truyền của AF288103 và AF288104 gần thứ 2 là 0.0122. Hệ số di truyền của AF288123
và AF288116 là xa nhất 0.0891.