Professional Documents
Culture Documents
Tổng Hợp Các Thuật Toán Docking
Tổng Hợp Các Thuật Toán Docking
RIGID-BODY DOCKING
Nguyên lý:
■ Nếu các góc liên kết, độ dài liên kết, góc xoắn của các thành phần không bị thay đổi ở
bất kỳ giai đoạn nào của quá trình tạo phức, nó được gọi là rigid-body docking.
■ Rigid-body docking tạo ra một số lượng lớn các cấu dạng phù hợp về sự bổ sung hình
dạng và bề mặt, sau đó xếp hạng các cấu dạng dựa trên năng lượng tự do.
■ Các ứng dụng rigid-body docking như ZDOCK sử dụng thuật toán shape matching
(SM) . SM là phương pháp tiếp cận xen phủ hình học giữa 2 phân tử. Các thuật toán
khác nhau được sử dụng để tạo ra một số liên kết phối tử và thụ thể. Phương pháp này
có thể xác định các vị trí liên kết có thể có của 1 protein bằng cách tìm kiếm bề mặt
protein. Các thuật toán cụ thể của SM thiết lập các cấu dạng có thể có vào vị trí liên
kết được dự đoán.
Các bước thực hiện tìm kiếm:
1. Biểu diễn phân tử dạng kĩ thuật số (từ tọa độ nguyên tử) bằng các hàm rời rạc 3 chiều
phân biệt giữa bề mặt và bên trong phân tử.
2. Tính toán, sử dụng biến đổi Fourier (Fourier transformation), một hàm tương quan
đánh giá mức độ xen phủ của bề mặt phân tử và sự thâm nhập tương đối của phân tử
trong không gian 3 chiều.
3. Quét tương đối các hướng của các phân tử trong không gian 3 chiều.
Thuật toán FFT ( Fast Fourier transformation): Thuật toán cung cấp danh sách
các giá trị tương quan chỉ ra mức độ ghép nối hình học giữa các bề mặt các phân tử:
dựa vào 6 số liệu mô tả vị trí tương đối của phân tử (tịnh tiến và quay). Katchalski-
Katzir et al. (1992)
■ FFT cũng khám phá một cách có hệ thống không gian gắn cấu dạng sử dụng tương tác
tĩnh điện hoặc cả tương tác tĩnh điện và sự solvat hóa, tuy nhiên hàm tương quan còn
nhiều hạn chế.
■ Để cải thiện FFT docking, năng lượng tương tác nguyên tử được thêm vào để ước tính
năng lượng de solvat hóa trong RDOCK và tương tác tĩnh điện trong ZDOCK.
■ Ngoài ra cũng có các thuật toán dựa trên FFT như Hex.
■ MEGADOCK tương tự như ZDOCK trong việc tạo ra cấu dạng docking trong không
gian lưới 3D. Nhưng tinh toan nhanh hơn ZDOCK 8,8 lần do sử dụng hàm đơn giản
hơn.
■ Phần mềm DOT.
■ Các chương trình khác gồm SOFTDOCK, BiGGER và SKE-DOCK. Để kết nối hiệu
quả, mỗi điểm lưới được cho giá trị “1” khi gắn protein và “0” khi không có protein.
Hệ thống lưới này tương tự như tìm kiếm dựa trên FFT nhưng đơn giản hơn.
■ Để cải thiện FFT, F 2 Dock được phát triển dựa trên sự bổ sung hình dạng và tinh
điểm dựa trên thế Cu-lông (Coulombic potentials). Những đóng góp này được chứng
minh hiệu quả với hơn 70% bound-unbound complexes. RMSD thấp nhất được cải
thiện ít nhất 0.5A° với 45 phức hợp bound-unbound và nhỏ hơn 27 bound-bound
complexes.
DOCK là một trong những phần mềm đầu tiên sử dụng tập hợp hình cầu trong việc
xác định tương tác ligand-protein. Thể tích chiếm bởi phối tử phụ thuộc vào đường
kính hình cầu bên trong binding pocket.
SDOCK thực hiện tìm kiếm toan bộ bởi sự bổ sung năng lượng thế van der Walls, sự
va chạm hình học, sang lọc tinh điện, desolvation…
Các phần mềm khác: Cell-Dock, LZerD, PatchDock,GAPDOCK
=> cấu dạng của ligand bị giới hạn trong binding site thu gọn không gian tìm kiếm
Eg: DOCK (a), FlexX (c), Hammerhead (a), Surflex (c), ADAM (a), eHiTs (c)
2. Distance geometry
Xây dựng một ma trận khoảng cách với giới hạn trên và dưới cho mỗi một cặp
nguyên tử của phân tử
Nhanh nhưng không chính xác vì ít tính đến các góc quay
Eg: FLOG
3. Fast shape matching
Genetic algorithms (GA): Bậc tự do của phối tử được mã hóa dưới dạng chuỗi nhị phân
gọi là gen. Những gen này tạo nên ‘nhiễm sắc thể’ thực sự đại diện cho pose của ligand. Đột
biến và trao đổi chéo là hai loại toán tử di truyền trong GA. Đột biến làm thay đổi ngẫu nhiên
các gen; trao đổi chéo gen giữa hai nhiễm sắc thể. Khi các toán tử di truyền ảnh hưởng đến
các gen, kết quả là tạo một cấu trúc phối tử mới. Các cấu trúc mới sẽ được đánh giá bằng
scoring function và những cấu trúc còn tồn tại (tức là vượt quá ngưỡng) có thể được sử dụng
cho thế hệ tiếp theo.
Các bước trong GA bao gồm: tạo tổng thể ban đầu, đánh giá chức năng phù hợp, quá trình
lặp lại và kiểm tra các điều kiện kết thúc.
4. Tabu search