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基于密度泛函理论下多肽光谱性质研究
摘 要 多肽类物质在生物医药等领域是一种重要的生物大分子,而紫 外 -可 见 吸 收 光 谱 和 荧 光 光 谱 是 研 究
生物分子精细结构的重 要 手 段。采 用 密 度 泛 函 理 论 ( GHRP-6)和 催 产 素
DFT/RI)计 算 了 生 长 激 素 释 放 肽 (
(
Oxy
toc
in)两种多肽的结构模型和分子前线轨道;在含时密度泛函理论( TDDFT)的基础上,引 入 了 TDA 等
近似,建立了多肽类物质的紫外 -可见吸收光谱和荧 光 光 谱 的 理 论 模 型 。结 果 表 明,实 验 测 得 到 GHRP-6 的
紫 外 -可见吸收光谱最大吸收波长为 279nm,计算得到的最大吸收波长为 282nm,误差为 3nm,误差百分比
约为 1% ;Oxy
toc
in 紫外 -可见吸收光谱的实验值 为 275nm,计 算 值 为 269nm,误 差 百 分 比 约 为 2% 。GH-
RP-6 荧光光谱计算值为 368nm,实验值为 360nm,误 差 百 分 比 约 为 2% ;Oxytocn 荧 光 光 谱 计 算 值 为 305
i
nm,实验值为 312nm,误差百分比约为 2% 。GHRP-6 产 生 荧 光 的 发 射 波 长 与 色 氨 酸 产 生 的 荧 光 波 长 范 围
相近,说明 GHRP-6 产生荧光的主要贡献为色氨酸残 基 上 的 π→π* 轨 道 跃 迁,Oxy
toc
in荧 光 峰 位 置 与 酪 氨
酸产生的荧光波长范围相近,Oxy
toc
in 产生荧光的 主 要 贡 献 为 酪 氨 酸 残 基 上 的 π→π* 轨 道 跃 迁。根 据 该 模
型计算得到的光谱与实验结果吻合度较高,表明该模型能够准确计算多 肽 类 物 质 紫 外 -可 见 吸 收 光 谱 和 荧 光
光谱,为实验提供可靠的理论依据。
ΔE)和 跃 迁 矩 (谱 强 度 )的 预
不断完善,模 拟 计 算 对 激 发 能 (
引 言 测变得越来越 准 确 [6],计 算 小 体 系 有 机 分 子 的 紫 外 -可 见 吸
收光谱和荧光光谱与实验值的吻合程度 越 来 越 高。国 内 外 对
多肽分子是由多种氨基 酸 残 基 构 成,其 中 酪 氨 酸、色 氨 于小体系有机 分 子 的 激 发 态 光 谱 的 理 论 计 算 做 了 大 量 的 研
酸、苯丙氨酸在紫外可见区域 有 荧 光 效 应 [1],多 肽 也 是 蛋 白 究,通过不同的方法,在 对 小 体 系 的 激 发 态 进 行 计 算 时,可
质的组成单元和功能单元,参 与 人 体 的 生 命 活 动,具 有 出 色 以拟合出与实验结果吻合度很高的吸收 与 发 射 光 谱,国 内 外
的生物相容性和化学可修饰 性,因 此 在 纳 米 药 物 制 备,荧 光 的研究者对三种氨基酸的基态构型和荧光光谱进行了理论计
探针等领域有着良好的应 用 前 景 [2-3]。紫 外 -可 见 吸 收 光 谱 与 算研究;Boo 和 Ryu 等 [7]对 有 机 分 子 Di-9H-f
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荧光光谱是研究生物分子的重要手段,可 利 用 其 对 分 子 精 细 e
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lane的构型对 其 荧 光 光 谱 的 影 响 做 了 理 论 计 算 研 究 ;
结构进行表征,在探究不同体 系 的 状 态 变 化,反 应 历 程 等 动 i等 8 对有机 分 子 A100 MOF 的 荧 光 光 谱 和 紫 外 -可 见 吸
Da
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收稿日期:2020-10-09,修订日期:2021-02-17
基金项目:国家自然科学基金项目(
11872058)资助
作者简介:杨云帆,1997 年生,西南科技大学硕士研究生 e-ma
il:18281635818@163.
com
* 通讯作者 e-ma
il:693801236@163.
com
第 10 期 光谱学与光谱分析 3173
几何结构,优化得到的几何结构见图 2( a),对 优 化
a),图 3( 与相连 原 子 的 二 面 角,如 表 1 所 示,GHRP-6 结 构 中 存 在 两
后的结构进行振动分析,确认 没 有 虚 频,表 明 该 结 构 为 基 态 个荧光贡献基团(色氨酸,TRP),其二面角更接近平面,Ox-
最稳定的 结 构 [图 2(
b)]。GHRP-6 含 有 6 个 氨 基 酸 残 基, t
yoc
in 上有一个荧光 贡 献 基 团 (酪 氨 酸,TYR),其 二 面 角 为
Oxy
toc
in 含有 9 个氨基酸残基。 14.
37°,与 GHRP-6 相比,结构 的 刚 性 平 面 程 度 和 共 轭 程 度
根据优化后的结构,得到两者多肽中 芳 香 族 氨 基 酸 的 环 更差。
图 2 GHRP-6 优化后的分子结构图(
a)和振动光谱图(
b)
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图 3 催产素优化后的分子结构图与振动光谱图
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图 4 GHRP-6( toc
i b)紫外 -可见吸收光谱的计算值和实验值
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图 5 GHRP-6( toc
i b)分子前线轨道的 π* →π 跃迁
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通 过 计 算 得 到 GHRP-6,Oxy
toc
in的分子前线轨道能 以模拟出分子中产生荧光的主要贡献位 置,在 不 考 虑 电 子 相
量,GHRP-6 中位于色 氨 酸 残 基 的 π →π 轨 道 跃 迁 为 GH-
*
关的情况下,可以较为准确的预测出分子 发 出 荧 光 所 在 的 波
RP-6 产 生 荧 光 的 主 要 贡 献;Oxy
toc
in中位于酪氨酸残 基 的 长范围,对分子荧光的理论计算和实验具有指导意义。
π →π 轨道 跃 迁 为 Oxy
*
toc
in 产 生 荧 光 的 主 要 贡 献。如 图 5 通 过 计 算 得 到 GHRP-6 和 Oxy
toc
in从第一激发态跃迁
a)所示,GHRP-6 中 色 氨 酸 残 基 上 的 π* →π 轨 道 间 的 gap
( 到基态的跃迁能,通过高斯展宽后 得 到 的 荧 光 光 谱。GHRP-
58eV,计算得到产生荧 光 的 波 长 为 346nm,与 实 验
值为 3. 6 荧光光谱计算值为 368nm,实验值为 360nm,与实验值的
值 360nm 间误差为 14nm,误差百分比约为 4% ;如图 5(
b) 误差为 8nm,误差百分比 小 于 3% ;Oxy
toc
in荧 光 光 谱 计 算
所示 Oxy
toc
in 中酪氨酸 残 基 上 的 π* →π 轨 道 间 的 gap 值 为 值为 305nm,实验 值 为 312nm,与 实 验 值 的 误 差 为 7nm,
18eV,计算得到产生荧光的波长为 296nm,与实验值 312
4. 误差百分比小于 3% 。GHRP-6 产 生 荧 光 的 发 射 波 长 与 色 氨
nm 间误差为 16nm,误差 百 分 比 约 为 5% 。通 过 此 方 法,可 酸产生的荧光波长近似,说明 GHRP-6 产生荧光的主要贡献
3176 光谱学与光谱分析 第 41 卷
a)和 Oxy
图 6 GHRP-6( toc
i b)的荧光光谱的计算值和实验值
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