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第41卷 ,第10期               光 谱 学 与 光 谱 分 析 l.41,No.10,

Vo pp3172-3177
2 0 
2 1 年 1 
0 月              Spe
ctr
osc
opy 
and 
Spe
ctr
al 
Ana
lys
is  Oct r,2021  
obe

基于密度泛函理论下多肽光谱性质研究

杨云帆1,胡建波1,刘永刚1,2* ,刘强强3,张   航4,徐建洁5,郭腾霄5

1.西南科技大学环境友好能源材料国家重点实验室 ,四川 绵阳  621010


2.中国工程物理研究院激光聚变研究中心,四川 绵阳  621010
3.四川轻化工大学化学与环境工程学院,四川 自贡  643002
4.中国工程物理研究院流体物理研究所,四川 绵阳  621900
5.国民核生化灾害防护国家重点实验室,北京  102205

摘   要   多肽类物质在生物医药等领域是一种重要的生物大分子,而紫 外 -可 见 吸 收 光 谱 和 荧 光 光 谱 是 研 究
生物分子精细结构的重 要 手 段。采 用 密 度 泛 函 理 论 ( GHRP-6)和 催 产 素
DFT/RI)计 算 了 生 长 激 素 释 放 肽 (

Oxy
toc
in)两种多肽的结构模型和分子前线轨道;在含时密度泛函理论( TDDFT)的基础上,引 入 了 TDA 等
近似,建立了多肽类物质的紫外 -可见吸收光谱和荧 光 光 谱 的 理 论 模 型 。结 果 表 明,实 验 测 得 到 GHRP-6 的
紫 外 -可见吸收光谱最大吸收波长为 279nm,计算得到的最大吸收波长为 282nm,误差为 3nm,误差百分比
约为 1% ;Oxy
toc
in 紫外 -可见吸收光谱的实验值 为 275nm,计 算 值 为 269nm,误 差 百 分 比 约 为 2% 。GH-
RP-6 荧光光谱计算值为 368nm,实验值为 360nm,误 差 百 分 比 约 为 2% ;Oxytocn 荧 光 光 谱 计 算 值 为 305

nm,实验值为 312nm,误差百分比约为 2% 。GHRP-6 产 生 荧 光 的 发 射 波 长 与 色 氨 酸 产 生 的 荧 光 波 长 范 围
相近,说明 GHRP-6 产生荧光的主要贡献为色氨酸残 基 上 的 π→π* 轨 道 跃 迁,Oxy
toc
in荧 光 峰 位 置 与 酪 氨
酸产生的荧光波长范围相近,Oxy
toc
in 产生荧光的 主 要 贡 献 为 酪 氨 酸 残 基 上 的 π→π* 轨 道 跃 迁。根 据 该 模
型计算得到的光谱与实验结果吻合度较高,表明该模型能够准确计算多 肽 类 物 质 紫 外 -可 见 吸 收 光 谱 和 荧 光
光谱,为实验提供可靠的理论依据。

关键词   多肽;紫外 -可见吸收光谱;荧光光谱;含时密度泛函理论;分子前线轨道


中图分类号:O644   文献标识码:A   DOI:10.
3964/
j.i
s 1000-0593(
sn. 2021)
10-3172-06

ΔE)和 跃 迁 矩 (谱 强 度 )的 预
不断完善,模 拟 计 算 对 激 发 能 (
引 言 测变得越来越 准 确 [6],计 算 小 体 系 有 机 分 子 的 紫 外 -可 见 吸
收光谱和荧光光谱与实验值的吻合程度 越 来 越 高。国 内 外 对
   多肽分子是由多种氨基 酸 残 基 构 成,其 中 酪 氨 酸、色 氨 于小体系有机 分 子 的 激 发 态 光 谱 的 理 论 计 算 做 了 大 量 的 研
酸、苯丙氨酸在紫外可见区域 有 荧 光 效 应 [1],多 肽 也 是 蛋 白 究,通过不同的方法,在 对 小 体 系 的 激 发 态 进 行 计 算 时,可
质的组成单元和功能单元,参 与 人 体 的 生 命 活 动,具 有 出 色 以拟合出与实验结果吻合度很高的吸收 与 发 射 光 谱,国 内 外
的生物相容性和化学可修饰 性,因 此 在 纳 米 药 物 制 备,荧 光 的研究者对三种氨基酸的基态构型和荧光光谱进行了理论计
探针等领域有着良好的应 用 前 景 [2-3]。紫 外 -可 见 吸 收 光 谱 与 算研究;Boo 和 Ryu 等 [7]对 有 机 分 子 Di-9H-f
luo
ren-9-y
ldim-
荧光光谱是研究生物分子的重要手段,可 利 用 其 对 分 子 精 细 e
thy
lsi
lane的构型对 其 荧 光 光 谱 的 影 响 做 了 理 论 计 算 研 究 ;
结构进行表征,在探究不同体 系 的 状 态 变 化,反 应 历 程 等 动 i等 8 对有机 分 子 A100 MOF 的 荧 光 光 谱 和 紫 外 -可 见 吸
Da
[]

力学问题时,起到了重要的作用。 收光谱进行了理论计算,并探 究 其 发 光 机 理。但 当 计 算 的 对


由于泛函的精确度和作用范围的不 断 提 升,密 度 泛 函 理 象体系较大(多肽等生物 大 分 子)时,通 过 传 统 的 TDDFT 理
DFT) 和 含 时 密 度 泛 函 理 论 (
论( [
4]
TDDFT) 成 为 研 究 分 子

5]
论来计算其激发态光谱较为困难,关于激 发 态 性 质 的 密 度 泛
基态与激发态性质最常用的方法。随着电 子 结 构 理 论 研 究 的 函研究鲜有报道。

  收稿日期:2020-10-09,修订日期:2021-02-17
  基金项目:国家自然科学基金项目(
11872058)资助
  作者简介:杨云帆,1997 年生,西南科技大学硕士研究生   e-ma
il:18281635818@163.
com
* 通讯作者   e-ma
il:693801236@163.
com
第 10 期                      光谱学与光谱分析 3173

   采用 TDDFT/TDA 高精 度 量 子 化 学 计 算 方 法 解 决 TD- 的激发态进行计算,建立了适用于多肽类 物 质 的 紫 外 可 见 光


DFT 计算大体系物质激发态困难的问题,选取多肽模拟物生 谱和荧光光谱计算模型,为较大体系多肽 类 物 质 的 光 谱 研 究
长激素释放肽-6(GHRP-6)和 催 产 素 (
Oxy
toc
in)作 为 较 大 体 提供参考与借鉴。
系的激发态理 论 计 算 研 究 对 象 ,通 过 TDDFT/TDA 对 多 肽

图 1  生长激素释放肽-6( b)的 2D 结构图


a)与催产素(

ig.
1 S
tru
ctu
res
 of  a),Oxy
GHRP-6 ( toc
in(
b)

发能,但大大减少计 算 成 本,在 对 较 大 体 系,如 大 多 数 生 物


1  实验部分 分子进行激发态计算时,使用此近似可以 在 节 省 计 算 时 间 的
同时保证计算精度,得到与实验值吻合较高的计算结果。
   采 用 BP86,B3LYP/de
f2-SVP(
de2/J,de
f f2-SVP/C)计 1  紫外 -可见吸收光谱
1.
算条件,为更加充分地考虑分子间弱相互作用,添 加 基 于 BJ 当光波作用在物质上时,物质内部的 电 子 将 吸 收 光 子 能
阻尼的 D3 色散矫正 [
9]
,在此条件 下 优 化 GHRP-6 和 Oxy
to- 量,产生从基态跃迁至激发态 的 电 子 能 级 跃 迁,在 电 子 能 级

in 的基态几何结构,并且通过频率分析确定没有虚频,优化 跃迁的过程中伴随着振动能 级 和 转 动 能 级 跃 迁 ,因 此,紫 外
的 各 收 敛 限 度 为:能 量 变 化 (
Ene
r Change):5.
gy  000 0× 可见吸收光谱为“带 状 光 谱 ”。电 子 能 级 跃 迁 所 需 能 量 较 大,
10-6 Eh;最 大 梯 度 变 化 (Max.Gr
adi
ent):3. 0×10-4
000  200~800nm)。电 子 跃 迁 符 合 量
一般会落在紫外可 见 区 域 (
Eh·bohr-1 ;均 方 根 梯 度 变 化 (
RMS 
Grad
i t):1.
en 000 
0× 子化规则,因此紫外 -可见吸收光谱具有“指纹性”特征,可 以
10-4 Eh·bohr-1 ;最 大 位 移 (Max.Di
spl
ac t):4.
emen 000 
0 利用紫外 -可见吸 收 光 谱 对 物 质 做 定 性 定 量 分 析 。研 究 中 对
×10-3 bohr;均 方 根 位 移 (
RMS 
Disp
lac t):2.
emen 000 
0× 优化完成的多肽的结构进行激发态的单 点 能 计 算,得 到 与 实
10 bohr。达到各收敛限度且振动分析无虚频即证明优化 完
-3  验值波长范围相同的所有激发态能级的 跃 迁 能,获 得 分 子 的
成的结构为分子的最稳定形态。激发态计 算 采 用 相 同 计 算 条 紫外 -可见吸收光谱 [12]。
件,在 不 影 响 计 算 精 度 的 情 况 下,引 入 RI 积 分 近 似 和 2  荧光光谱
1.
Tamm-Danc
off近 似 (
TDA)来 缩 短 计 算 时 间。利 用 该 方 法 对 光学吸收或发射过程中,荧光是由自 旋 允 许 的 单 重 态 到
多肽进 行 几 何 优 化 和 激 发 态 计 算 ,以 上 计 算 过 程 在 OR- 单重态的跃迁发射产生。
CA

10]
程序包下进行。 S1 → S0 +h
v (3)
在对激发态性质进行计算时,当缺乏 计 算 资 源 或 者 研 究    分子荧光的强度受分子结构中的刚 性 平 面 影 响 较 大 ,在
对象的体系较大时,研究电子跃迁过程将 极 大 的 增 加 计 算 耗 组成多肽的多种氨基酸中,具有荧光效应 的 主 要 是 三 种 芳 香
时。因此对于多肽类物质这种 较 大 体 系 的 分 子,计 算 其 激 发 族氨基酸(色氨酸,酪 氨 酸,苯 丙 氨 酸),三 种 氨 基 酸 中 均 存
态性质时,采用 TDA 近 似 来 加 速 激 发 态 计 算 过 程。对 于 完 在的离域 π 键,其荧光主要由 π→π* 辐 射 跃 迁 产 生。多 肽 类
整的 TDDFT,含有非赫米特特征值问题 [11], 物质的荧光发射符合 Ka
sha规 则,对 于 荧 光 光 谱 的 计 算,通
A  B X ω 0 X 过优化多肽分子第一激 发 态 (
S1 )的 结 构,根 据 S1 结 构 的 分

B* A* Y )( ) (

0 -ω Y )( )(1)
子前线轨道,预测荧光发射波 长 的 范 围;计 算 第 一 激 发 态 到
1)中,A,B 为 旋 轨 He
式( s
sian 矩 阵,X,Y 为 特 征 函 数,为 基态的跃迁能,得到分子的荧光光谱。
相应的 特 征 值。由 于 解 出 这 一 问 题 比 较 耗 时 ,Hi
rat
a and
He
ad-Go
rdon 就 提 出 了 Tamm-Danc
off近 似,忽 略 其 中 B 矩 2  结果与讨论
阵的贡献。将两个特征值问题转化为一个,

t = ωTDAt (
2) 1  基态结构优化与振动分析
2.
   由此,X 被t 取代,ω 被ωTDA 取代。此近似会稍微高估激 通过 DFT 方法优化 GHRP-6 和 Oxy
toc
in两 种 肽 气 相 的
3174 光谱学与光谱分析                     第 41 卷

几何结构,优化得到的几何结构见图 2( a),对 优 化
a),图 3( 与相连 原 子 的 二 面 角,如 表 1 所 示,GHRP-6 结 构 中 存 在 两
后的结构进行振动分析,确认 没 有 虚 频,表 明 该 结 构 为 基 态 个荧光贡献基团(色氨酸,TRP),其二面角更接近平面,Ox-
最稳定的 结 构 [图 2(
b)]。GHRP-6 含 有 6 个 氨 基 酸 残 基, t
yoc
in 上有一个荧光 贡 献 基 团 (酪 氨 酸,TYR),其 二 面 角 为
Oxy
toc
in 含有 9 个氨基酸残基。 14.
37°,与 GHRP-6 相比,结构 的 刚 性 平 面 程 度 和 共 轭 程 度
   根据优化后的结构,得到两者多肽中 芳 香 族 氨 基 酸 的 环 更差。

图 2 GHRP-6 优化后的分子结构图(
a)和振动光谱图(
b)

i 2 Op
g. timi
zed
 st
ruc
tur
es(
a)and 
Vib
rat
ion
 se
pct
rum (
b)o
f GHRP-6

图 3  催产素优化后的分子结构图与振动光谱图

ig.
3 Op
timi
zed
 st
ruc
tur
esand 
  Vib
rat
ion
 se
pct
rum 
of 
Oxy
toc
in

表 1  多肽结构中芳香族氨基酸与相连原子的二面角 可见吸收光谱与实验值吻合程度最高;采用 HF 成份为 20%


Tab
le1  Di
  hed
ral
 ang
les
 be
twe
en a
roma
tic
 ami
no a
cid
s and 的 B3LYP 计算 9 个 氨 基 酸 残 基 的 Oxy
toc
in与实验值吻合程

onn
ect
ed 
atoms
 in
 th
e po
l ep
yp t
ide 度最高。计算结果见图 4(
a,b)。
多肽    从图 4 可 以 看 出,计 算 得 到 的 紫 外 -可 见 吸 收 光 谱 与 实
GHRP-6 Oxy
toc
in 验值基本吻 合,实 验 测 得 的 GHRP-6 的 紫 外 -可 见 吸 收 光 谱
色氨酸 1 色氨酸 2 酪氨酸 最大吸收波 长 为 279nm,计 算 得 到 的 最 大 吸 收 波 长 为 282
二面角 7.
08° 2.
54° 14.
37°
nm,误差为 3nm,误差百分比小于 2% [见图 4( a)];Oxyto-

in 紫外 -可见 吸 收 光 谱 的 实 验 值 为 275nm,计 算 值 为 269
2  紫外 -可见吸收光谱理论模型建立
2. nm,误差为 6nm,误差百分比小于 3% [见图 4(
b)]。图 4(
a)
以优化完成后的分子结 构 为 对 象,用 TDDFT 方 法 计 算 中的 240~320nm 范 围 内 的 吸 收 峰 为 GHRP-6 的 本 征 吸 收
两种肽类物质的单重态的激发态跃迁能,得 到 两 种 肽 类 物 质 峰,由分子结构中 π→π* 轨 道 跃 迁 产 生,GHRP-6 分 子 收 到
的紫外 -可见吸收光谱,并与实验结果进行比较。通过对比 计 光子激发后,氨基酸残基中的离域 π 键被激 发 跃 迁 至 反 键 轨
算结果,及其 他 研 究 者 的 工 作,得 出 了 以 下 结 论 [6,13-14]:当
道,产生 279nm 的紫外 吸 收 本 征 吸 收 峰;催 产 素 的 紫 外 -可
计算对象的 体 系 越 大,刚 性 平 面 程 度 越 低 时,应 选 取 Ha
r- 见吸收光谱中[图 4(
b)],主要贡献为结构 中 酪 氨 酸 上 的 π→

re ck(HF)交换成份越高的泛函进行计算。采 用 不 含 HF
e-Fo
π* 轨道跃迁。在 200~240nm 范围内存在的吸收谱带是由于
成份 的 BP86 泛 函 计 算 6 个 氨 基 酸 残 基 的 GHRP-6 的 紫 外-
第 10 期                      光谱学与光谱分析 3175

电子跃迁过程中相互碰撞引起二次跃迁 产 生 的,不 属 于 分 子 子前 线 轨 道 图 中 芳 香 族 氨 基 酸 的 π* →π 轨 道 跃 迁 间 的 gap


的本征吸收峰。由 此 通 过 实 验 验 证 了 该 方 法 建 立 紫 外 -可 见 值,预测分子的 荧 光 峰 位 置;(
2)对 单 重 态 第 一 激 发 态 进 行
吸收光谱理论模型的准确性和可行性。 优化,获得结构的第一激发态 到 基 态 的 辐 射 能 量,根 据 高 斯
3  荧光光谱理论模型建立
2. 展宽得到多肽类物质的荧光光谱。
采用两种方法计算 多 肽 类 物 质 的 荧 光 光 谱:(
1)根 据 分

a)和 Oxy
图 4 GHRP-6( toc
i b)紫外 -可见吸收光谱的计算值和实验值
n(

ig.
4 UV-Vi
s s
pec
tra 
o GHRP-6 (
f  a)and 
Oxy
toc
in(
b)
So
lid:Ca
lcu
lat
ion 
resu
lts;Sho
rt 
Dash:Expe
rimen
tal
 re
sul
ts

a)和 Oxy
图 5 GHRP-6( toc
i b)分子前线轨道的 π* →π 跃迁
n(

ig. eπ* →πt
5 Th ran
sit
ion 
oft
 he 
mol
ecu
lar
 fr
ont
ier
 or
bit
alo
  GHRP-6 (
f  a)and 
Oxy
toc
in(
b)

   通 过 计 算 得 到 GHRP-6,Oxy
toc
in的分子前线轨道能 以模拟出分子中产生荧光的主要贡献位 置,在 不 考 虑 电 子 相
量,GHRP-6 中位于色 氨 酸 残 基 的 π →π 轨 道 跃 迁 为 GH-

关的情况下,可以较为准确的预测出分子 发 出 荧 光 所 在 的 波
RP-6 产 生 荧 光 的 主 要 贡 献;Oxy
toc
in中位于酪氨酸残 基 的 长范围,对分子荧光的理论计算和实验具有指导意义。
π →π 轨道 跃 迁 为 Oxy

toc
in 产 生 荧 光 的 主 要 贡 献。如 图 5    通 过 计 算 得 到 GHRP-6 和 Oxy
toc
in从第一激发态跃迁
a)所示,GHRP-6 中 色 氨 酸 残 基 上 的 π* →π 轨 道 间 的 gap
( 到基态的跃迁能,通过高斯展宽后 得 到 的 荧 光 光 谱。GHRP-
58eV,计算得到产生荧 光 的 波 长 为 346nm,与 实 验
值为 3. 6 荧光光谱计算值为 368nm,实验值为 360nm,与实验值的
值 360nm 间误差为 14nm,误差百分比约为 4% ;如图 5(
b) 误差为 8nm,误差百分比 小 于 3% ;Oxy
toc
in荧 光 光 谱 计 算
所示 Oxy
toc
in 中酪氨酸 残 基 上 的 π* →π 轨 道 间 的 gap 值 为 值为 305nm,实验 值 为 312nm,与 实 验 值 的 误 差 为 7nm,
18eV,计算得到产生荧光的波长为 296nm,与实验值 312
4. 误差百分比小于 3% 。GHRP-6 产 生 荧 光 的 发 射 波 长 与 色 氨
nm 间误差为 16nm,误差 百 分 比 约 为 5% 。通 过 此 方 法,可 酸产生的荧光波长近似,说明 GHRP-6 产生荧光的主要贡献
3176 光谱学与光谱分析                     第 41 卷

为色氨酸残基上的 π* →π 轨道跃迁,色氨酸残基与相连原子 的二面角为 14.


37°,刚性平面程 度 相 比 于 色 氨 酸 较 低 ,荧 光
的二面角为 7.
08°,2.
54°,分 子 的 共 平 面 程 度 较 高,呈 现 较 强度弱于色氨酸。
强的刚性平面结构,会 增 加 荧 光 强 度。GHRP-6 分 子 结 构 受 通过对 GHRP-6 的激发态计算,证明可以通过本计算方
到紫外吸收本征激发光的照 射,分 子 被 激 发 后,跃 迁 至 单 重 法针对较大体系的多肽类物质,计算其激 发 态 下 的 紫 外 吸 收
S1 )的 π* 轨 道,当 分 子 跃 迁 回 基 态 (
第一激发态( S0 )的 π 轨 光谱和荧光光谱,分析其激发 态 下 电 子 光 谱 的 发 生 机 理 ,且
道时,即发出 360nm 波 长 的 荧 光。Oxy
toc
in荧光峰位置与 与实验值吻合程度 较 高,误 差 均 在 5% 以 内。由 此 理 论 和 实
酪氨酸产生的荧光波长相似,Oxy
toc
in产 生 荧 光 的 主 要 贡 献 验结果验证了采用密度泛函理论计算建立荧光光谱理论模型
为酪氨酸残基上的 π 轨道跃迁,酪氨酸残基 与 其 相 连 的 原 子 的可行性。

a)和 Oxy
图 6 GHRP-6( toc
i b)的荧光光谱的计算值和实验值
n(

ig.
6 F
luo
res
cenc
e s
pec
tra 
o GHRP-6 (
f  a)and 
Oxy
toc
in(
b)

Soid:Ca
lcu
lat
ion 
resu
lts;Sho
rt 
Dash:Expe
rimen
tal
 re
sul
ts

产生的荧光波长相近,说明 GHRP-6 产生荧光的主要贡献为


3  结   论 色氨酸残基上的 π→π* 轨道跃迁,Oxy
toc
in荧 光 峰 位 置 与 酪
氨酸产生的荧光波长相近,Oxy to
cin 产生 荧 光 的 主 要 贡 献 为
    采用 DFT 与 TDDFT 方法,在不影响计算精度的情况下 酪氨酸残基上的 π→π* 轨道跃迁。可通过 该 方 法 分 析 激 发 态
引入 TDA,RI等 近 似,对 较 大 体 系 的 多 肽 类 物 质 进 行 激 发 下电子光谱的发光机理,预测 分 子 荧 光 发 射 的 波 长 范 围 ,分
态计算,得到紫外吸收光谱与 荧 光 光 谱 的 理 论 计 算 模 型 ,研 析激发态光学性质。
究其结构性质与发光机理。并与实验值对比得到如下结论: 3)通过计算 GHRP-6 和 Oxy
( toc
in 的 荧 光 光 谱,并 与 实
1)通过 计 算 GHRP-6 和 Oxy
( toc
in 的 紫 外 -可 见 吸 收 光 验值进行比较,GHRP-6 荧光光谱计算值为 368nm,实 验 值
谱,并与实验值进行比较,实验测得的 GHRP-6 的紫外 -可见 为 360nm,与实验值的误差 为 8nm,误 差 百 分 比 小 于 3% ;
吸收光谱最大吸 收 波 长 为 279nm,计 算 得 到 的 最 大 吸 收 波 Oxy
toc
in 荧光光谱 计 算 值 为 305nm,实 验 值 为 312nm,与
长为 282nm,误差为 3nm,误 差 百 分 比 小 于 2% ;Oxy t
oci
n 实验值的误差 为 7nm,误 差 百 分 比 小 于 3% 。通 过 实 验 验 证
紫外 -可 见 吸 收 光 谱 的 实 验 值 为 275nm,计 算 值 为 269nm, 了利用该方法建立荧光光谱模型的准确性和可行性。
误 差为 6nm,误差百分比小于 3% 。可以看出紫外 -可见吸收 利用密度泛函理论研究了较大体系的多肽类物质激发态
光谱计算结果与实验值吻合程度较高,该 模 型 能 准 确 计 算 得 下的紫外 -可见吸收光谱和荧光 光 谱,建 立 了 理 论 计 算 模 型,
到多肽类物质等较大体系分子的紫外 -可见吸收光谱。 并与实验对比,验证了模型的 可 行 性,为 较 大 体 系 的 多 肽 类
2)根据分子前 线 轨 道 理 论,探 究 多 肽 基 态 到 激 发 态 的
( 物质的光谱实验提供理论依据。
电子轨道跃迁类型,GHRP-6 产生 荧 光 的 发 射 波 长 与 色 氨 酸

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