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doi∶10． 3969 / j. issn. 1008 － 9632． 2009. 06. 062

植物跨膜蛋白研究进展
1 2
宋江华 ，张立新
（ 1． 安徽农业大学园艺学院； 2． 安徽农业大学植物保护学院，合肥 230036）

摘 要： 跨膜蛋白是一类结构独特，在植物细胞中广泛存在，并发挥重要生理功能的蛋白质。综述了植物跨膜蛋白
的理化性质、蛋白质结构预测的方法，以及其生理功能的研究进展。随着对植物跨膜蛋白的深入研究，将有助于揭
示跨膜蛋白对植物生长发育调控的重要分子机制。
关键词： 跨膜蛋白； 理化性质； 结构预测； 生理功能
中图分类号： Q591． 2 文献标识码： A 文章编号： 1008 － 9632（ 2009） 06 － 0062 － 03

［2 － 3］
近年来，随着不同生物物种基因组测序计划的迅 等 。有的植物膜蛋白还包括转运多肽，将这些蛋
［4］
猛发展和分子结构测定技术的突破，在植物基因组序 白质定位在特定的膜系统，如叶绿体膜或线粒体膜 。
列中发现了成千上万个已知的与预测的跨膜蛋白。这 Sun 等研究表明叶绿体内膜转运蛋白具有以下 4 个共
些跨膜蛋白是一类结构独特的蛋白质，在各种细胞中 同特点： （ 1 ） 包 含 叶 绿 体 转 运 多 肽； （ 2 ） Res / TMD ＜
普遍存在，发挥着重要的生理功能。在目前的基因组 100； （ 3） TMD ≥ 4； （ 4） 等电点（ pI） ＞ 8． 8。并根据这
数据中，有20% ～ 30% 的基因产物被预测为跨膜蛋白， 些参数对拟南芥蛋白质数据库进行筛选，获得 136 个
［1］ ［5］
这样的比重显示了跨膜蛋白在植物体中的重要性 。 具备上述条件的跨膜蛋白 。通过生物信息学工具对
1 跨膜蛋白的理化性质 蛋白质序列进行预测计算，可以获得跨膜蛋白的特征
植物膜蛋白具有一些共同的理化性质。由于跨膜 信息，为进一步明确跨膜蛋白的细胞定位和功能奠定
蛋白穿过膜的膦脂双层，这种特殊的环境就决定了跨 基础。
膜区必须由强疏水的氨基酸组成。一般的跨膜蛋白包 2 跨膜蛋白的结构预测
括 1 ～ 20 个跨膜区，跨膜区完全地跨越或者部分地插 了解分子结构是了解生物大分子功能的一个重要
入细胞膜内。同时，膦脂双层的厚度又决定了跨膜区 途径。但是，由于跨膜蛋白具有强疏水性，难于形成 X
大约由 20 个左右的氨基酸组成。为了能够稳定地存 射线衍射所需要的晶体，加之实验技术的限制，目前仅
在于膜的膦脂双层中，许多膜蛋白的跨膜区以特定的 有少数跨膜蛋白的结构被实验测出。可见，已知的跨
α 螺旋或 β 折叠两种结构类型嵌入膜中。 膜蛋白序列个数与其结构个数之间存在巨大的差距，
氨基酸序列的一些特征可以用来简单地推断蛋白 这就需要有效的、准确度高的算法来预测跨膜区域和
质的部分性质。决定蛋白质结构类型和稳定性的一个 跨膜方向以指导跨膜蛋白的研究。而且膜蛋白一般具
最重要 的 因 素 是 氨 基 酸 序 列 的 疏 水 性。例 如，根 据 有保守的跨膜螺旋结构，序列特征明显，比较适合用预
RES / TMD（ RES = 氨基酸数量，TMD = 预测的跨膜域） 测的方法确定跨膜螺旋区段的位置，因此用计算机预
推测蛋白质的疏水性。RES / TMD 的比值越低，蛋白质 测跨膜蛋白的结构是蛋白质结构预测的主要研究内容
的疏水性越强（ RES / TMD ＜ 200） 。膜蛋白中跨膜区数 之一。
量（ TMDs ） 的 多 少 是 通 过 一 些 软 件 如 HMMTOP 或 2． 1 经典的 Kyte ＆ Doolittle 法预测
TMHMM等分析预测获得的。 目前，国际上已有多种预测跨膜蛋白跨膜区和跨
跨膜蛋白除了具有 α 螺旋、β 折叠和预测的跨膜 膜方向的算法。其中最早的也是最简单的算法开始于
域结构等一些共同特征外，根据其在植物细胞中的不 1982 年，Kyte 和 Doolittle 根据各个氨基酸在有机溶剂
同定位，膜蛋白还包含一些特异性，例如不同膜蛋白具 和水中的分布系数以及在蛋白质结构中的分布，给出
有不 同 的 等 电 点、蛋 白 分 子 量、半 胱 氨 酸 含 量 等 它们各自的疏水标度值，然后根据疏水标度值，把氨基

收稿日期： 2008 － 10 － 12； 修回日期： 2008 － 11 － 17

作者简介： 宋江华（ 1980 － ） ，女，博士，讲师，主要从事植物基因组学研究，E-mail： jianghua_80@ 126． com。
基金项目： 国家自然科学基金（ 编号 30800750） ； 安徽农业大学引进人才科研资助项目（ 编号 yj2008-2）

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酸序列通过滑动的矩形框转换成疏水图谱，设定合适
的阈值，来判定可能的跨膜区。
2． 2 利用“正电荷居内规则”预测
1986 年 Von Heijine 通过对各种跨膜蛋白的统计
分析发现，带正电荷的氨基酸主要分布在紧靠膜内连
接跨膜区的环上，即著名的“正电荷居内规则”（ posi-
tive inside rule） ，这条规律的发现大大提高了跨膜蛋白
预测的准确度。近些年来，随着跨膜蛋白数目的增加，
出现 了 若 干 对 跨 膜 蛋 白 结 构 预 测 的 统 计 方 法。
PHDhtm 首先通过神经网络来预测跨膜区，然后计算跨
膜区段两侧正电荷的分布差异，从而根据正电荷居内
［6］
规则来预测跨膜方向 。SOSUI、PREDTMR、SPLIT、
TOPPRED2 是基于“正电荷居内规则”，结合蛋白质的
疏水性以及其他一些物理化学性质来对跨膜序列进行
［7］
分析 ； 与仅仅利用疏水性分析的 Kyte 和 Doolittle 方
法相比，有效提高了蛋白结构预测的准确性。
2． 3 通过统计分析和模型参数预测
MEMSAT 及 TMAP 两种方法将氨基酸分布的偏好
性考虑在内，对跨膜蛋白的结构进行预测。MEMSAT
通过统计分析，得到各种氨基酸分别在膜内、膜外、跨
膜核心区、跨膜末端区出现的频率和它们在整个跨膜
蛋白序列中出现的频率，根据这两个频率的比值得到
氨基酸出现的偏好性，通过动态规划算法对目标序列
进行跨膜结构的预测。TMAP 统计方法与之不同，是
针对一个跨膜蛋白家族进行统计和分析，从多序列比
对的信息来进行预测的。而基于隐马尔可夫模型的预
测软件 TMHMM 及 HMMTOP，通过模型参数和特定算
法来得到待测序列的结构，具有完善的数学理论支持，
所以两种方法都具有较高的预测准确度。
综合比较以上算法，TMHMM、HMMTOP 和 MEM-
SAT 是根据 单 序 列 信 息 进 行 预 测，而 TMAP、PHDhtm
是根据多序列信息进行预测，因为多序列信息考虑了
不同位置序列的保守程度，从而消除了单序列由于变
异而带来的噪声，可提高预测准确度。
此外，由于疏水性是跨膜螺旋的主要序列特征，而
在球形蛋白的疏水核心也可能存在长段疏水序列，这
会产生假阳性预测结果。同时有研究表明，氨基酸的
分布位置及其对膜蛋白结构的影响还与跨膜区的长度
［1］
和跨膜区的疏水梯度有关 。鉴于多种因素的影响，
我们认为预测时应尽量综合考虑各种影响因素，排除
噪声，以有效提高结构预测的准确率。通过对跨膜蛋
白结构预测的不同算法精度的比较，能够揭示出其隐
含的生物学意义，从而指导跨膜蛋白生物功能的研究。
3 跨膜蛋白的功能研究
跨膜蛋白处于细胞与外界的交界部位，介导细胞
与外界之间的信号传导，并执行很多重要的细胞生物
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学功能，例如，构成各种信号分子、激素和其他底物的
受体； 参与细胞膜内外物质交换、能量和信号的传递；
构成各种离子跨膜的通道，把营养物质和一些无机电
解质输入细胞，而将有毒的或无用的代谢产物排出细
胞； 以及构成呼吸链和转运蛋白等作用。因此对跨膜
蛋白的功能研究具有重要的意义。
多种生物信息学工具和软件被用于预测植物跨膜
蛋白的功能，例如进行膜蛋白数据库查找时采用 NCBI
（ http： / / www． ncbi． nlm． nih． gov / ） ，或 SwissProt + TRE-
MBL（ ftp： / / us． expasy． org / databases / ） ； 对于一些跨膜
蛋白的功能分类可以通过 BLAST 先进行序列比对，然
后采用 CDD 服 务 器 （ http： / / www． ncbi． nlm． nih． gov /
Structure / cdd / ） 寻找保守的功能结构域。目前 CDD 包
含两个程序软件（ Smart 和 Pfam） 搜集到的结构域。最
近又有 一 个 新 的 生 物 信 息 学 工 具 GO （ http： / / www．
genontology． org） 被用来分析各种生物物种中的调控因
子，包括植物中的拟南芥和水稻，该系统工具以分子机
制、生物功能和细胞组分为基础。
一个特定的跨膜蛋白可能单独发挥完整的转运功
能或者与其它相关蛋白构成跨膜蛋白复合体一起执行
功能。研究跨膜蛋白的功能不仅可以了解特定生物膜
的功能，而且有助于分离与这些功能相关的分子组分。
许多转运蛋白分离自特定的细胞膜，例如，离子和代谢
转运蛋白以及蛋白输入复合体亚基大多分布于质膜和
+
线粒体膜，另外，通道及 H -ATP 酶也存在于质膜上，
这两类蛋白质与质体和线粒体的代谢路径密切相关。
在质膜蛋白质组中，许多跨膜蛋白参与了脂肪、碳、维
生素及一些色素的代谢。而线粒体膜上的跨膜蛋白大
多与呼吸链及 ATP 的合成代谢有关。烟草（ Nicotiana
tabacum） NtSyp121 蛋白定位于质膜，其在烟草叶片中
的表达受干旱、ABA 和盐刺激诱导。当 NtSyp121 蛋白
的功能结构域缺失时，不仅阻碍了高尔基体和质膜间
的膜泡运输，同时也造成 ABA 控制的离子通道受阻，
推测 NtSyp121 蛋白除了是一种膜融合蛋白外，还可能
［8］
直接与离子通道作用，影响气孔运动 。AtSyp121 和
AtSyp122 同源蛋白都定位于质膜，其表达引起细胞壁
加厚和乳突形成，对拟南芥抵抗白粉病具有十分重要
［9］
的作用 。Bhat 等对 pht2； 1 ： ： GFP 融合基因的瞬时
表达定位分析表明该蛋白特异地定位于叶绿体内 膜
上，提示该蛋白可能与植物叶片对磷饥饿的反应密切
［10］
相关 。跨膜 蛋 白 的 定 位 不 同，其 功 能 特 征 也 有 差
异，了解这些膜蛋白的功能为进一步深入阐明不同细
［11］
胞膜系统的作用提供了线索 。
蛋白质组研究有助于在分子水平理解植物细胞内
的生理生化代谢，并且可以深入理解生物膜周围的质
体及线粒体的生化机制，为进一步研究跨膜蛋白的功
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能特征奠定基础。Ferro 等研究了拟南芥 （ Arabidopsis ［3］Schleiff E，Eichacker L A，Eckart K，et al． Prediction of the plant
beta-barrel proteome： a case study of the chloroplast outer envelope
thaliana） 叶绿体膜蛋白质组中分离到的几个预测的磷
［12］
［J］． Protein Sci，2003，12： 748 － 759．
酸转运蛋白的功能 。Marmagne 等从拟南芥中分离 ［4］Ferro M，Salvi D，Riviere-Rolland H，et al． Integral membrane pro-
了一个跨膜蛋白基因家族 AtVDAC，并对其中 部分蛋 teins of the chloroplast envelope： identification and subcellular locali-
白质的功能进行了研究，表明 AtVDAC1 作为质膜及线 zation of new transporters ［J］． Proc Natl Acad Sci USA，2002，99：
11487 － 11492．
粒体膜的重要分子组分，对研究细胞间通道蛋白的功
［13］
［5］Sun Q，Emanuelsson O，van Wijk K J． Analysis of curated and pre-
能具有重要的作用 。对于一个特定的已分离的膜 dicted plastid subproteomes of Arabidopsis subcellular compartmen-
蛋白来说，除了对蛋白序列和细胞功能进行分析研究， talization leads to distinctive proteome properties ［J］． Plant Physiol，
遗传学方法也被采用来获得植物跨膜蛋白的完整功 2004，135： 723 － 734．
［6］Rost B，Fariselli P，Casadio R． Topology prediction for helical trans-
能。近年来，植物基因组及遗传资源日渐丰富，通过对
membrane proteins at 86% accuracy ［J］． Protein Sci，1996，5：
突变体进行正向或反向遗传学的分析，为研究跨膜蛋 1704 － 1718．
［14］
白的生物学功能提供了新的工具 。 ［7］Hirokawa T，Boon-chieng S，Mitaku S． SOSUI： Classification and
跨膜蛋白作为特殊的一类蛋白质具有一些特有的 secondary structure prediction system for membrane proteins ［J］．
Bioinformatics，1998，14： 378 － 379．
理化性质，可能会使研究较难进行。尽管如此，植物膜
［8］Geelen D，Leyman B，Batoko H，et al． The abscisic acid-related
蛋白在不同系统（ 例如： 酵母，昆虫细胞等） 中的表达 SNARE homolog NtSyr1 contributes to secretion and growth： evidence
已经成功地用于研究细胞中离子和溶质转运蛋白的转 from competition with its cytosolic domain ［J］． Plant Cell，2002，
运活性。酵母突变体的异源功能互补有助于研究特定 14，387 － 406．
［9］Sanderfoot A． Increases in the number of SNARE genes parallels the
蛋白质的活性，这种研究策略已经广泛应用于不同种
rise of multicellularity among the green plants ［J］． Plant Physiol，
类的跨膜蛋白，像铵转运蛋白、蔗糖转运蛋白、金属转 2007，144（ 1） ： 6 － 17．
运蛋白或其它的阴离子通道、氯化物通道，以及 VDAC ［10］Bhat R A，Panstruga R． Lipid rafts in plants ［J］． Planta，2005，
［15 － 16］ 223（ 1） ： 5 － 19．
蛋白等 。但是蛋白质可能的异位表达，以及与蛋
［11］Cui S，Huang F，Wang J，et al． A proteomic analysis of cold stress
白质活性密切相关的分子伴侣的缺乏，都使该研究策
responses in rice seedlings ［J］． Proteomics，2005，5： 3162 －
略具有局限性。 3172．
4 结语 ［12］Ferro M，Salvi D，Brugiere S，et al． Proteomics of the chloroplast
跨膜蛋白数量众多，调节方式多样。人们不断发 envelope membranes from Arabidopsis thaliana ［J］． Mol Cell Pro-
teomics，2003，2： 325 － 345．
现参与植物细胞转运的跨膜蛋白新成员，也不断揭示
［13］Marmagne A，Rouet M A，Ferro M，et al． Identification of new in-
蛋白质的新功能。随着对植物跨膜蛋白的结构、调控 trinsic proteins in Arabidopsis plasma membrane proteome ［J］． Mol
机制及功能的深入探索，必将有助于进一步阐明跨膜 Cell Proteomics，2004，3： 675 － 691．
蛋白在植物生长发育中发挥重要作用的分子机制。 ［14］Ostergaard L，Yanofsky M F． Establishing gene function by muta-
genesis in Arabidopsis thaliana ［J］． Plant J，2004，39： 682 －
696．
参考文献：
［15］Komatsu S，Konishi H，Hashimoto M． The proteomics of plant cell
［1］Krogh A，Larsson B，von Heijine G，et al． Predicting transmem-
membranes ［J］． J Exp Bot，2007，58（ 1） ： 103 － 112．
brane protein topology with a hidden markov model： Application to
［16］Zhang J，Ma H，Feng J，et al． Grape berry plasma membrane pro-
complete genome ［J］． J Mol Biol，2001，305： 567 － 580．
teome analysis and its differential expression during ripening ［J］． J
［2］Koo A J，Ohlrogge J B． The predicted candidates of Arabidopsis
Exp Bot，2008，59（ 11） ： 2979 － 2990．
plastid inner envelope membrane proteins and their expression pro-
files ［J］． Plant Physiol，2002，130： 823 － 836．

Progress on the transmembrane protein in plants

SONG Jiang-hua1 ，ZHANG Li-xin2
（ 1． College of Horticulture，Anhui Agricultural University；
2． College of Plant Protection，Anhui Agricultural University，Hefei 230036，China）

Abstract： Transmembrane proteins are widely located in the plant cell with unique structure and crucial physiological function． The re-
search advances on the physi-chemical character，structure predictional methods and physiological function of plant transmembrane pro-
teins were summarized． With the further study of plant transmembrane proteins，the crucial molecular mechanism of plant growth and
development regulated by transmembrane proteins will be illuminated．
Keywords： transmembrane protein； physi-chemical character； structure prediction； physiological function
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