Βασιλική

Κουμάντου - Βιογραφικό Σημείωμα

Στοιχεία Επικοινωνίας
Εργαστήριο Γενετικής
Τμήμα Βιοτεχνολογίας
Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Ιερά Οδός 75, Αθήνα 118 55
Τηλέφωνο: 210 5294645
email: koumandou@aua.gr
URL: http://koumandou.weebly.com

Τίτλοι Σπουδών
§ 1997: Πτυχίο Βιολογίας, Τεχνολογικό Ινστιτούτο της Μασαχουσέτης (ΜΙΤ), Η.Π.Α. Βαθμός
Πτυχίου: 9,60/10. Θέμα πτυχιακής μελέτης: «Διαλογή γενετικής βιβλιοθήκης για την
ταυτοποίηση νέων γονιδίων που εμπλέκονται στη σύνθεση του κυτταρικού τοιχώματος στο
ζυμομύκητα». Επιβλέπων: P.W. Robbins
§ 2000: Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στη Βιολογική Ωκεανογραφία, Πανεπιστήμιο της
Ουάσινγκτον, Η.Π.Α. Βαθμός Πτυχίου: 9.25/10 Θέμα μεταπτυχιακής εργασίας:
«Προσδιορισμός μοριακών δεικτών του κυτταρικού κύκλου στα διάτοµα». Επιβλέπουσα:
E.V. Armbrust
§ 2006: Διδακτορικό, Πανεπιστήμιο του Cambridge, Αγγλία. Θέμα διδακτορικής διατριβής:
«Μοριακή γενετική του χλωροπλάστη στο δινομαστιγοφόρο Amphidinium operculatum».
Επιβλέπων: C.J. Howe

Διακρίσεις
§ Μερική υποτροφία από το MIT κατά τη διάρκεια της φοίτησης (1993-1997). Υποτροφία
επίδοσης «Burchard» (1996).
§ Υποτροφία για την εκπόνηση μεταπτυχιακών σπουδών από το τμήμα Ωκεανογραφίας του
Πανεπιστημίου της Ουάσινγκτον (1998-2000).
§ Υποτροφία για την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής στο Πανεπιστήμιο του Cambridge από
το Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), το Cambridge European
Trust, και το κολλέγιο Corpus Christi (2001-2005).
§ Υποτροφία της Federation of the European Biochemical Societies (FEBS) για παρουσίαση
στο φόρουμ νέων επιστημόνων και στο συνέδριο FEBS-IUBMB στην Αθήνα (2008).
§ Υποτροφία του European Molecular Biology Organization (ΕΜΒΟ) για επίσκεψη στο
Πανεπιστήμιο της Alberta στον Καναδά (2009).
§ Υποτροφία Marie Curie από την Ευρωπαϊκή Ένωση για την υλοποίηση μεταδιδακτορικής
έρευνας στο Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (2013-2015).
§ Δεύτερο βραβείο στον διαγωνισμό του ΜΙΤ Enterprise Forum Greece (2018), ως μέλος της
επιστημονικής ομάδας της εταιρείας-τεχνοβλαστού Innate Repair, που έχει ως αντικείμενο
την ανάπτυξη νέων θεραπειών για τον καρκίνο.
§ Χρυσό μετάλλιο (2021) και αργυρό μετάλλιο (2020) στον διεθνή διαγωνισμό συνθετικής
βιολογίας “iGEM”ως Επιστημονική Υπεύθυνος της φοιτητικής ομάδας “iGEM Athens”.

Επαγγελματική δραστηριότητα
§ 1-6/1996: Βοηθός Ερευνήτρια, Κρατικό Ινστιτούτο Θαλασσίων Ερευνών, Βαρκελώνη,
Ισπανία
§ 9/1997-2/1998: Βοηθός Ερευνήτρια, Κρατικό Κέντρο Ερευνών της Καρλσρούης, Γερμανία
§ 3-7/1998: Σταζ στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή, Βρυξέλλες, Βέλγιο

1
§ 3-8/2001: Βοηθός Ερευνήτρια, Ινστιτούτο Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολγίας, Ίδρυμα
Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ), Ηράκλειο Κρήτης. Εργαστήριο Δ. Καφετζόπουλου
§ 2005-2010: Μεταδιδακτορική Ερευνήτρια, Τμήμα Παθολογίας, Πανεπιστήμιο του
Cambridge, Αγγλία. Χρηματοδοτούμενη από το Wellcome Trust. Εργαστήριο M.C. Field
§ 2010-2011: Μεταδιδακτορική Ερευνήτρια, Εργαστήριο Σ. Κοσσίδα, Ίδρυμα Ιατροβιολογικών
Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών. Ευρωπαϊκό Ερευνητικό πρόγραμμα DICODE
(http://cordis.europa.eu/project/rcn/95901_en.html)
§ 2011-2013: Μεταδιδακτορική Ερευνήτρια, Εργαστήριο Α. Σκορίλα. Τμήμα Βιοχημείας και
Μοριακής Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Ευρωπαϊκό
Ερευνητικό πρόγραμμα INSPIRE (http://cordis.europa.eu/project/rcn/100288_en.html
http://inspire.uoa.gr/)
§ 2013-2015: Υπότροφος Marie Curie (Intra-European Fellowship), Ίδρυμα Ιατροβιολογικών
Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών. Πρόγραμμα EBioDiP: «The emergence of bioenergetic
diversity in prokaryotes» (http://cordis.europa.eu/projects/rcn/106370_en.html)
§ 2015-2020: Λέκτορας, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών
§ 2020-σήμερα: Επίκουρη Καθηγήτρια, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο
Αθηνών

Ερευνητικά Ενδιαφέροντα
Λειτουργική γονιδιωματική και εξελικτική βιολογία συστημάτων
§ Συγκριτική γονιδιωματική και φυλογενετική ανάλυση βιοενεργητικών μονοπατιών,
βιοενεργητική ποικιλότητα μικροβιώματος
§ Μοριακή εξέλιξη της ενδοκυτταρικής κυκλοφορίας στον κοινό πρόγονο των ευκαρυωτών,
παράγοντες σχηματισμού βακτηριακών κυστιδίων στην εξωτερική μεμβράνη
§ Μοριακή εξέλιξη του μηχανισμού διακυτταρικής χημικής επικοινωνίας (quorum-sensing) σε
παθογόνα βακτήρια
§ Ανάλυση μοριακών δεικτών για τη γενετική ταυτοποίηση φυτών και μικροοργανισμών,
εφαρμογές στη γενετική διατήρησης και στην ανάλυση αρχαίου DNA

Εργαστηριακές Δεξιότητες & Γνώσεις Βιοπληροφορικής:
§ Kυτταρικές καλλιέργειες: σακχαρομύκητας, βακτήρια, πλαγκτόν, τρυπανόσωμα
§ Tεχνικές ανασυνδυασμένου DNA, PCR, qRT-PCR, RNAi, Southern, Northern
§ Μεταγραφική ανάλυση μέσω μικροσυστοιχιών
§ Έκφραση και απομόνωση πρωτεϊνών, ανάλυση Western, ανοσοκατακρήμνιση
§ Μικροσκοπία φωτεινού πεδίου και ανοσοφθορισμού
§ Ανάλυση αλληλουχιών (BLAST, HMMer, Clustal, Muscle) και συγκριτική γονιδιωματική
§ Φυλογενετική ανάλυση (MrBayes, PHYML, RAXML, FigTree)
§ Ανάλυση μικροσυστοιχιών (GenePix, Bluefuse, Genespring, Limma)
§ Ανάλυση δεδομένων αλληλούχισης νέας γενιάς και μεταγενωμικής (fastq, bwa, samtools,
GATK, IGV, MG-RAST)
§ Adobe Photoshop και Illustrator

Γλώσσες
§ Αγγλικά, άριστα: Proficiency, Lower, TOEFL, εμπειρία στο εξωτερικό για 15 χρόνια.
§ Ισπανικά, πολύ καλά: Δίπλωμα Ισπανικών Σπουδών του Πανεπιστημίου της Βαρκελώνης.
§ Γερμανικά, πολύ καλά: Mittelstuffe, Grundstuffe.

Διδακτική εμπειρία
Α. Προπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών

2
§ «Μοριακή Βιολογία» (3ο έτος), βοηθός εργαστηρίου ΜΙΤ, Η.Π.Α. (1997)
§ «Βιολογική Ωκεανογραφία» (4ο έτος), βοηθός καθηγητή, Σχολή Ωκεανογραφίας,
Πανεπιστήμιο της Ουάσινγκτον, Η.Π.Α. (2000)
§ «Κυτταρική Βιολογία» (1ο έτος), βοηθός εργαστηρίου, Σχολή Βιολογικών Επιστημών,
Πανεπιστήμιο του Cambridge, Αγγλία (2002-2004)
§ Συν-επίβλεψη πτυχιακής εργασίας στο εργαστήριο του καθηγητή Howe, Τμήμα Βιοχημείας,
Πανεπιστήμιο του Cambridge, Αγγλία (2004)
§ «Μοριακή Βιολογία και Βιοχημεία» (2ο έτος), διδάσκουσα σε μικρές ομάδες φοιτητών,
Τμήμα Βιοχημείας, Πανεπιστήμιο του Cambridge, Αγγλία (2007-2010)
§ Συν-επίβλεψη πτυχιακής εργασίας στο εργαστήριο του καθηγητή Field, Τμήμα Παθολογίας,
Πανεπιστήμιο του Cambridge, Αγγλία (2009)
§ Συν-επίβλεψη πτυχιακής εργασίας και τριών μεταπτυχιακών διατριβών στο εργαστήριο της
Δρ. Κοσσίδα, Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (2011-2015)
§ «Εξέλιξη» (υποχρεωτικό μάθημα, 4ο Εξάμηνο), διδάσκουσα στο εργαστήριο, Γεωπονικό
Πανεπιστήμιο Αθηνών (2015-2020)
§ «Γενετική» (υποχρεωτικό μάθημα κορμού, 3ο Εξάμηνο), διδάσκουσα στη θεωρία και στο
εργαστήριο, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών (2015 – σήμερα)
§ «Βιοπληροφορική» (υποχρεωτικό μάθημα, 5ο Εξάμηνο), διδάσκουσα στο εργαστήριο,
Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών (2015 – σήμερα )
§ «Γενετική Οργανισμών Μοντέλων» (μάθημα επιλογής, 8ο Εξάμηνο), διδάσκουσα στη
θεωρία και στο εργαστήριο, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών (2015 – σήμερα )
§ «Γενετική των Ασθενειών» (μάθημα επιλογής, 9ο Εξάμηνο), διδάσκουσα στη θεωρία,
Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών (2018)
§ «Ειδικά Θέματα Σύγχρονης Γενετικής» (μάθημα επιλογής, 4ο Εξάμηνο), διδάσκουσα στη
θεωρία και στο εργαστήριο, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών (2018 – σήμερα)
§ «Ιστορία της Σύγχρονης Βιολογίας» (μάθημα επιλογής, 2ο Εξάμηνο), διδάσκουσα στη
θεωρία και στο εργαστήριο, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών (2022)
§ Μέλος τριμελούς εξεταστικής επιτροπής 27 πτυχιακών μελετών φοιτητών του Τμήματος
Βιοτεχνολογίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών
§ Επίβλεψη 12 πρακτικών στο εργαστήριο Γενετικής του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών,
των φοιτητών: Ειρήνη Σταθάκη (7-8/2016), Χρήστος Λιβιτσάνος (3-5/2018), Ηλίας Σταθάτος
(7-8/2017, 3-5/2018), Μαρίνα Γιαννακάρα (3-5/2019), Μάρκος Χουζούρης (9-11/2020),
Γεώργιος-Αθανάσιος Μπατσάρης (10/2020-2/2021), Βασίλειος Κουλτσόπουλος (10-
12/2020), Παναγιώτης Κατσικαβέλας (11-12/2020), Γρηγόρης Ντουλαβέρης (4-6/2021),
Μαρκέλλα Μπούρμπου (4-7/2021), Ελίνα Παύλου (4-6/2021), Στεφανία Τορνεσάκη (3-
7/2022)
§ Επίβλεψη 10 πτυχιακών μελετών φοιτητών του Τμήματος Βιοτεχνολογίας του Γεωπονικού
Πανεπιστημίου Αθηνών στο εργαστήριο Γενετικής:
- Ηλίας Σταθάτος «Συγκριτική βιοπληροφορική ανάλυση των πρωτεϊνών που εκκρίνονται
μέσω προκαρυωτικών μεμβρανικών κυστιδίων και των σηματοδοτικών αλληλουχιών
τους» (Νοέμβριος 2019)
- Μαρίνα Γιαννακάρα «Φυλογενετική ανάλυση του μηχανισμού διακυτταρικής χημικής
επικοινωνίας στα βακτήρια» (Νοέμβριος 2019)
- Χρήστος Λιβιτσάνος «Ανάπτυξη μεθοδολογίας για την παλαιοντολογική ανάλυση
γεωλογικών δειγμάτων μέσω απομόνωσης DNA μικροοργανισμών και αλληλούχισης»
(Μάιος 2020)

3
 - Κωνσταντίνος Παπασακελλαρίου «Μελέτη ομολογίας μεταξύ των βιοενεργητικών
μονοπατιών στους προκαρυώτες και ανάλυση μεταγονιδιωματικών δεδομένων ως προς
τη βιοενεργητική ποικιλότητα του μικροβιώματος» (Ιούνιος 2020)
- Μάρκος Χουζούρης «Συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση του ενδοσυμβιωτικού
βακτηρίου Candidatus Erwinia dacicola, με στόχο την καταπολέμηση του δάκου της
ελιάς» (Φεβρουάριος 2021)
- Ελίνα Παύλου «Διερεύνηση των φυλογενετικών σχέσεων ειδών του γένους Corydalis
(Papaveraceae) στην Eλλάδα» (Σεπτέμβριος 2021)
- Βασίλειος Κουλτσόπουλος «Βιοπληροφορική ανάλυση των εκκρινόμενων πρωτεϊνών σε
διαφορετικά στελέχη του είδους Xylella fastidiosa, με στόχο την αναγνώριση πιθανών
φυτοπαθογόνων παραγόντων» (Ιούλιος 2022)
- Γεώργιος-Αθανάσιος Μπατσάρης «Μελέτη της συντήρησης ανθρώπινων lncRNAs σε
άλλα θηλαστικά, με έμφαση στα lncRNAs που βρίσκονται σε εξωσώματα στο μητρικό
γάλα» (σε εξέλιξη)
- Στεφανία Τορνεσάκη «Βιοπληροφορική ανάλυση των εκκρινόμενων πρωτεϊνών σε
διαφορετικά στελέχη του είδους Helicobacter pylori, με στόχο την αναγνώριση πιθανών
παθογόνων παραγόντων» (σε εξέλιξη)
- Χριστίνα Μπαχουμά «Συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση του ενδοσυμβιωτικού
βακτηρίου του δάκου της ελιάς, Candidatus Erwinia dacicola, σε σχέση με άλλα μη
συμβιωτικά συγγενικά είδη του γένους Erwinia» (σε εξέλιξη)

Β. Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών
§ Συν-επίβλεψη μεταπτυχιακών εργασιών τριών φοιτητών (Φίλιππος Τρίμπαλης, Ιωάννα
Καραμιχάλη, Παναγιώτης Αγιουτάντης) στο εργαστήριο της Δρ. Κοσσίδα, Ίδρυμα
Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (2011-2015)
§ Προσκεκλημένη ομιλήτρια σε μεταπτυχιακό τετραήμερο εκπαιδευτικό σεμινάριο
Πρωτεωμικής και Βιοπληροφορικής, Εθνικό Πανεπιστήμιο Ανώτατης Εκπαίδευσης του
Hanoi, Βιετνάμ (Ιούνιος 2011)
§ Διδάσκουσα στο μάθημα «Εισαγωγή στη Βιολογία Συστημάτων», FEBS practical & lecture
course, Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (Σεπτέμβριος 2011)
§ Διδάσκουσα στα μαθήματα «Εισαγωγή στην Ερευνητική Μεθοδολογία» και «Θέματα
Γονιδιωματικής Επιστήμης και Ανάλυση Γονιδιωμάτων», στα πλαίσια του Προγράμματος
Μεταπτυχιακών Σπουδών «Μοριακή Ιατρική» της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου
Αθηνών (2011 – 2015)
§ Διδάσκουσα στο μάθημα «Βιοπληροφορική και Βιοστατιστική», στα πλαίσια του
Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών «Κλινική Βιοχημεία, Μοριακή Διαγνωστική» του
Τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών (2011 – σήμερα)
§ Συμμετοχή στη διδασκαλία ειδικών σεμιναρίων γενετικής και λειτουργικής γονιδιωματικής,
στα πλαίσια του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών «Βιολογία Συστημάτων» του
Τμήματος Βιοτεχνολογίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών. (2015 – σήμερα)
§ Μέλος τριμελούς εξεταστικής επιτροπής δύο μεταπτυχιακών διατριβών φοιτητών του ΠΜΣ
«Βιολογία Συστημάτων»:
- Ειρήνη Γιαλιτάκη (Δεκέμβριος 2015, Επιβλέπουσα: E. Ντούνη)
- Ιπποκράτης Λυγίζος (Μάρτιος 2018, Επιβλέπουσα: E. Ντούνη)
§ Επίβλεψη τριών rotation φοιτητών του ΠΜΣ «Βιολογία Συστημάτων»: Ασπασία Κοντού
(2018), Κωνσταντίνος Τορνεσάκης (2019), Αλέξιος Δημητρακόπουλος (2020)
§ Επιτυχής επίβλεψη μεταπτυχιακής διατριβής της φοιτήτριας του ΠΜΣ «Βιολογία
Συστημάτων» Ασπασίας Κοντού, με θέμα «Συγκριτική γονιδιωματική και φυλογενετική

4
 ανάλυση πρωτεϊνών που εμπλέκονται στη δομή και τη λειτουργία του ενδοπλασματικού
δικτύου» (Απρίλιος 2019)
§ Μέλος επταμελούς εξεταστικής επιτροπής δύο διδακτορικών διατριβών φοιτητών του
Τμήματος Βιοτεχνολογίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών:
- Μαρία-Ειρήνη Τερζενίδου (Μάρτιος 2017, Επιβλέπουσα: E. Ντούνη)
- Φωτεινή Βιολιτζή (Οκτώβριος 2019, Επιβλέπουσα: E. Ντούνη)
§ Μέλος τριμελούς συμβουλευτικής επιτροπής της διδακτορικής διατριβής της φοιτήτριας
του Τμήματος Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών,
Άννας-Θαλασσινής Βαλλή, με θέμα «Πρότυπα ποικιλότητας, βιοπαρακολούθησηκαι
διατήρηση της χλωρίδας των Ιονίων Νήσων - Τα ενδημικά φυτά της Ζακύνθου»
(Σεπτέμβριος 2022, Επιβλέπων: Π. Τρίγκας)
§ Επίβλεψη της διδακτορικής διατριβής της φοιτήτριας του Τμήματος Βιοτεχνολογίας,
Μαρίνας Γιαννακάρα με θέμα «Μελέτη της βιοαποδόμησης γεωργικών και βιομηχανικών
ρύπων με μεθόδους βιοπληροφορικής και μεταγονιδιωματικής» (2020 – σήμερα)
§ Μέλος της 3μελούς συμβουλευτικής επιτροπής τριών διδακτορικών διατριβών εκτός ΓΠΑ:
- Μιχαέλα Μπότη (Επιβλέπων: Α. Σκορίλας, 2020 – σήμερα), Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και
Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
- Αγγελική Φράγκου (Επιβλέπων: Ι. Μελανίτης, 2020 – σήμερα), Ανώτατη Σχολή Καλών
Τεχνών
- Κωνσταντίνα Αθανασοπούλου (Επιβλέπων: Α. Σκορίλας, 2022 – σήμερα), Τμήμα
Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών

Επιστημονικές Δραστηριότητες
§ Τακτικό μέλος της Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας (ΕΕΒΜΒ, 2011 –
σήμερα), της Ελληνικής Εταιρείας Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής (ΕΕΥΒΒ,
2012 – σήμερα ), της Ελληνικής Επιστημονικής Εταιρείας Μικροβιόκοσμος (2009 – σήμερα),
και της Βιοχημικής Εταιρείας της Βρετανίας (Biochemical Society, 2007-2010).
§ Κριτής στα διεθνή επιστημονικά περιοδικά: BMC Bioinformatics, Current Bioinformatics,
Diabetes Obesity Metabolic Disorders Open Access, Evolutionary Bioinformatics, Gene,
Genomics, Journal of Biological Research Thessaloniki, Journal of Molecular Biochemistry,
Marine Genomics, Nordic Journal of Botany, Planta.
§ Μέλος της οργανωτικης επιτροπής του 66ου Πανελλήνιου Συνεδρίου της ΕΕΒΜΒ στην
Αθήνα, 13-15 Δεκεμβρίου 2015.
§ Μέλος της οργανωτικης επιτροπής του διεθνούς συνεδρίου Βιοτεχνολογίας "European
Biotechnology Congress" στην Αθήνα, 26-28 Απριλίου 2018.
§ Αξιολογήτρια στο Πρόγραμμα Έρευνας, Τεχνολογικής Ανάπτυξης και Καινοτομίας RESTART
2016-2020 για το Ίδρυμα Προώθησης Έρευνας της Κύπρου (2018).
§ Αξιολογήτρια στο Πρόγραμμα Marie Sklodowska-Curie Individual Fellowships (MSCA-IF) για
την Ευρωπαϊκή Επιτροπή (2019-2022).

Επιστημονικές δημοσιεύσεις
Αριθμός δημοσιεύσεων σε περιοδικά με κριτές: 26
Αριθμός δημοσιεύσεων χωρίς κριτές (pre-prints): 2
*Αριθμός δημοσιεύσεων ως πρώτη συγγραφέας: 11
Αριθμός ετεροαναφορών (Scopus): 967
h-index (Scopus Author ID: 6506372290): 15
Περιλήψεις σε δημοσιευμένα πρακτικά συνεδρίων: 7 (βλ. συνέδρια)

5
1) Howe CJ, Barbrook AC, Koumandou VL, Nisbet RE, Symington HA, Wightman TF (2003)
Evolution of the chloroplast genome. Philosophical Transactions of the Royal Society of
London, Series B. 358:99-107 (Impact Factor: 6.671, citations: 98)
2) Nisbet RE, Koumandou LV, Barbrook AC, Howe CJ (2004) Novel plastid gene minicircles in
the dinoflagellate A. operculatum. Gene 331:141-147 (IF: 3.688, citations: 31)
3) *Koumandou VL, Nisbet RE, Barbrook AC, Howe CJ (2004) Dinoflagellate chloroplasts:
where have all the genes gone? Trends in Genetics 20:261-267 (IF: 11.639, citations: 53)
4) *Koumandou VL, Howe CJ (2007) The copy number of chloroplast gene minicircles changes
dramatically with growth phase in the dinoflagellate Amphidinium operculatum. Protist
158(1):89-103 (IF: 2.702, citations: 27)
5) *Koumandou VL, Dacks JB, Coulson RMR, Field MC (2007) Control systems for membrane
fusion in the ancestral eukaryote; evolution of tethering complexes and SM proteins. BMC
Evolutionary Biology 7:29 (IF: 3.26, citations: 163)
6) Field MC, Natesan SKA, Gabernet-Castello C, Koumandou VL (2007) Intracellular trafficking
in the trypanosomatids. Traffic 8(6):629-39 (IF: 6.215, citations: 39)
7) Berdalet E, Peters F, Koumandou VL, Roldán C, Guadayol O, Estrada M (2007) Species-
specific physiological response of dinoflagellates to small-scale turbulence. Journal of
Phycology 43:965-977 (IF: 2.923, citations: 69)
8) *Koumandou VL, Natesan SKA, Sergeenko T, Field MC (2008) The trypanosome
transcriptome is remodelled during differentiation but displays limited responsiveness
within life stages. BMC Genomics 9:298 (IF: 3.969, citations: 79)
9) *Koumandou VL, Herman E, Klute M, Nunez-Miguel R, Dacks JB, Field MC (2011)
Evolutionary reconstruction of the retromer complex and its function in Trypanosoma
brucei. Journal of Cell Science 124:1496-1509 (IF: 5.235, citations: 86)
10) Dimitriadis D, Koumandou VL, Trimpalis P, Kossida S (2011) Protein functional links in
Trypanosoma brucei, identified by gene fusion analysis. BMC Evolutionary Biology 11:193
(IF: 3.26, citations: 7)
11) Tsagrasoulis D, Danos V, Kissa M, Trimpalis P, Koumandou VL, Karagouni AD, Tsakalidis A,
Kossida S (2012) SAFE software and FED database to uncover protein-protein interactions
using gene fusion. Evolutionary Bioinformatics 8:47-60 (IF: 1.404, citations: 5)
12) *Koumandou VL, Boehm C, Horder K, Field MC (2013) Evidence for recycling of invariant
surface transmembrane domain proteins in African trypanosomes. Eukaryotic Cell 12:330-
342 (IF: 2.992, citations: 18)
13) Vlachakis D, Koumandou VL, Kossida S (2013) A holistic evolutionary and structural study of
flaviviridae provides insights into the function and inhibition of HCV helicase. PeerJ 1:e74
(IF: 3.061, citations: 23)
14) *Koumandou VL, Scorilas A (2013) Evolution of the plasma and tissue kallikreins and their
alternative splicing isoforms. PLoS ONE 8(7):e68074 (IF: 3.752,, citations: 34)
15) Trimpalis P, Koumandou VL, Pliakou E, Anagnou NP, Kossida S (2013) Gene fusion analysis in
the battle against the African endemic sleeping sickness. PLoS ONE 8(7):e68854
(IF: 3.752, citations: 2)
16) *Koumandou VL, Wickstead B, Ginger M, van der Giezen M, Dacks JB, Field MC (2013)
Molecular paleontology and complexity in the last eukaryotic common ancestor. Critical
Reviews In Biochemistry & Molecular Biology 48(4):373-396 (IF: 7.714, citations: 122)
17) Papageorgiou L, Vlachakis D, Koumandou VL, Papangelopoulos N, Kossida S (2013)
Computer-aided drug design and biological evaluation of novel anti-Greek Goat Encephalitis
agents. International Journal of Systems Biology and Biomedical Technologies 2(4): 1-16
(citations: 12)

6
18) Porcel BM, Denoeud F, Opperdoes F, Noel B, Madoui MA, Hammarton TC, Field MC, Da Silva
C, Couloux A, Poulain J, Katinka M, Jabbari K, Aury JM, Campbell DA, Cintron R, Dickens NJ,
Docampo R, Sturm NR, Koumandou VL, Fabre S, Flegontov P, Lukeš J, Michaeli S, Mottram
JC, Szöőr B, Zilberstein D, Bringaud F, Wincker P, Dollet1 M (2014) The streamlined genome
of Phytomonas spp. relative to human pathogenic kinetoplastids reveals a parasite tailored
for plants. PLoS Genetics 10(2): e1004007 (IF: 6.02, citations: 64)
19) Karamichali I, Koumandou VL, Karagouni AD, Kossida S (2014) Frequent gene fissions
associated with human pathogenic bacteria. Genomics 103(1): 65-75 (IF: 5.736, citations: 3)
20) *Koumandou VL, Kossida S (2014) Evolution of the F0F1 ATP synthase complex in light of the
patchy distribution of different bioenergetic pathways across prokaryotes. PLoS
Computational Biology 10(9): e1003821 (IF: 4.779, citations: 21)
21) Papageorgiou L, Loukatou S, Koumandou VL, Makalowski W, Megalooikonomou V,
Vlachakis D, Kossida S (2014) Structural models for the design of novel antiviral agents
against Greek Goat Encephalitis. PeerJ 2:e664 (IF: 3.061, citations: 14)
22) *Koumandou VL, Kossida S (2015) Evolution of b-type cytochromes in prokaryotes. PeerJ
PrePrints 3:e1950 https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.1564v1 (citations: 5)
23) Agioutantis P, Koumandou VL (2018) Bioenergetic diversity of the human gut microbiome.
Metagene 16: 10-14 https://doi.org/10.1016/j.mgene.2017.12.007 (IF: 0.536, citations: 3)
24) *Koumandou VL, Papageorgiou L, Champeris Tsaniras S, Papathanassopoulou A,
Hagidimitriou M, Cosmidis N, Vlachakis D (2020) Microbiome highjacking towards an
integrative pest management pipeline. Advances in Experimental Medicine and Biology
1195:21-32. doi: 10.1007/978-3-030-32633-3_4 (IF: 3.65, citations: 2)
25) Valli AT, Koumandou VL, Iatrou G, Andreou M, Papasotiropoulos V, Trigas P (2021)
Conservation biology of threatened Mediterranean chasmophytes: The case of Asperula
naufraga endemic to Zakynthos island (Ionian islands, Greece) PLoS ONE 16(2): e0246706
(IF: 3.752, citations: 3)
26) Giannakara M, Koumandou VL (2022) Evolution of two-component quorum sensing
systems. Access Microbiology 4:000303 https://doi.org/10.1099/acmi.0.000303 (Preprint in
bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.11.15.381053)
27) Kontou A, Herman EK, Field MC, Dacks JB, Koumandou VL (2022) Evolution of factors
shaping the endoplasmic reticulum. Traffic 23:462–473. https://doi.org/10.1111/tra.12863
(Corrigendum https://doi.org/10.1111/tra.12867) (IF: 6.215)

Κεφάλαια σε Βιβλία
§ Κουμάντου Β (2008) «Ανάλυση ομοιότητας αλληλουχιών». Στο βιβλίο «Βιοπληροφορική:
δυνατότητες και προοπτικές». Έκδοση του Ινστιτούτου Ιατροβιολογικών Ερευνών της
Ακαδημίας Αθηνών. Επιμελήτρια έκδοσης: Σοφία Κοσσίδα. σελ. 71-85.
§ Koumandou VL, Field MC (2011) The emergence of cellular complexity at the dawn of the
eukaryotes: reconstructing the endomembrane system with in silico and functional analyses.
In "Evolutionary Biology - Concepts, Biodiversity, Macroevolution and Genome Evolution"
pg. 153-167. Published by Springer-Verlag. Editor: Pierre Pontarotti

Συμμετοχή και ανακοινώσεις σε συνέδρια & workshops
Αριθμός προφορικών ανακοινώσεων: 18
Αριθμός αναρτημένων ανακοινώσεων: 16
Διεθνή συνέδρια (1 διαδικτυακό): 21
Συνέδρια Ελληνικών Επιστημονικών Εταιρειών: 16
Workshops & Lecture courses: 5

7

§ Συνεργάτης παρουσίασης: «Identification of genes expressed specifically during sexual
reproduction in a marine centric diatom» European Phycological Congress, 21-25/9/1999,
Montecatini Terme, Ιταλία.
§ Ομιλία: «Expression patterns of three putative sexual-specific genes in the centric diatom
Thalassiosira weissflogii» Annual Meeting of the Phycological Society of America, 15-
19/7/2000, San Diego, Καλιφόρνια, Η.Π.Α. Journal of Phycology (2000) 36(3 Supplement): 38
§ Συνεργάτης παρουσίασης: «Evolution of the chloroplast genome» Royal Society Discussion
meeting on Organelle Functional Genomics, 26-27/6/2002, Λονδίνο, Αγγλία.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Aberrant minicircles in the dinoflagellate chloroplast genome»
International Congress of Plant Molecular Biology, 23-28/6/2003, Βαρκελώνη, Ισπανία
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Anomalous plastid gene organisation in dinoflagellates» Gordon
Research Conference on Marine Microbes, 6-1/6/2004, Roscoff, Γαλλία.
§ Συμμετοχή στο Royal Society discussion meeting «Major steps in evolution: evidence, timing
and global impact» 26-27/9/2005, Λονδίνο, Αγγλία.
§ Ομιλία: «Developmental regulation of the endocytic system in the parasite Trypanosoma
brucei» Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on «Genomic
Perspectives to Host-Pathogen Interactions» 7-10/9/2006, Wellcome Trust Genome
Campus, Hinxton, Αγγλία.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Genome-wide analysis of developmental regulation of trafficking
systems in Trypanosoma brucei» Kinetoplastid Molecular Cell Biology Conference, 23-
26/4/2007, Marine Biological Laboratory, Woodshole, Μασαχουσέτη, Η.Π.Α.
§ Συμμετοχή στο Royal Society discussion meeting «Photosynthetic and atmospheric
evolution» 12-13/11/2007, Λονδίνο, Αγγλία.
§ Συμμετοχή στο Gordon Research Conference on the Origin of Life, 20-25/1/2008, Ventura,
Καλιφόρνια, Η.Π.Α.
§ Ομιλία: «Life cycle-dependent remodelling and limited environmental responsiveness in
trypanosome membrane transport» 8th FEBS-IUBMB Young Scientists Forum «Cell
Harmony», 26-28/6/2008 Λουτράκι, και ως αναρτημένη ανακοίνωση στο 33ο FEBS Congress
& 11ο IUBMB Conference «Biochemistry of Cell Regulation», 2/6-3/7/2008 Αθήνα. FEBS
Journal (2008) 275(Suppl. 1): 452
§ Ομιλία: «Evolutionary relationships of bioenergetic pathways» ISSOL International
Conference on the Origin of Life, 24-29/9/2008, Φλωρεντία, Ιταλία. Origins of Life and
Evolution of Biospheres (2009) 39: 211-212 (doi:10.1007/s11084-009-9164-7)
§ Ομιλία: «Evolutionary reconstruction of the retromer complex and its function in
Trypanosoma brucei» συνέδριο της Βρετανικής Εταιρείας Παρασιτολογίας, 30/3-1/4/2010,
Cardiff, Ουαλία.
§ Ομιλία: «Evolutionary reconstruction of the retromer complex and its function in
Trypanosoma brucei» 14ο Συνέδριο Εξελικτικής Βιολογίας, 21-24/9/2010, Μασσαλία,
Γαλλία.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Evolution of bioenergetic pathways through the study of ATP
synthase» 62ο συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας
(ΕΕΒΜΒ), 9-11/12/2011, Αθήνα.
§ Συμμετοχή στο 4ο COST Statseq Workshop «Statistical Challenges of the 1000 genome
sequences in plants», 18-19/4/2012, Βερόνα, Ιταλία.
§ Συμμετοχή στο COST Training School on Next Generation Sequencing data analysis, 28-
31/5/2012 και στο COST Workshop «Next generation Sequencing: What's Next?» 1/6/2012,
Uppsala, Σουηδία.

8
§ Συμμετοχή στο workshop on «Next-Generation Sequencing technologies and Informatics
tools for studying Marine Biodiversity and Adaptation», Marbigen project (FP7-REGPOT-
2010-1), 1-3/10/2012 Ελληνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών, Ηράκλειο Κρήτης.
§ Ομιλία: «Evolutionary and functional relationships between plasma and tissue kallikreins» 7ο
συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής (ΕΕΥΒΒ),
4-6/10/2012, Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ), Ηράκλειο Κρήτης.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Evolution of bioenergetic pathways through the study of ATP
synthase» EMBO/FEBS Lecture Course on «Host-Microbe Interactions» 30/8-7/9/2013,
Σπέτσες.
§ Ομιλία: «A holistic evolutionary and structural study of Flaviviridae provides insights into the
function and inhibition of Hepatitis C virus helicase» 64ο συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας
Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας (ΕΕΒΜΒ), 6-8/12/2013, Αθήνα.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Evolution of the F0F1 ATP synthase complex in bacteria which
utilize different bioenergetic pathways» EMBO Conference «Microbiology after the
Genomics Revolution: Genomes 2014» 24-27/6/2014, Ινστιτούτο Παστέρ, Παρίσι, Γαλλία.
§ Ομιλία: «Evolution of the F0F1 ATP synthase complex in light of the patchy distribution of
different bioenergetic pathways across prokaryotes» 9ο συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας
Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής (ΕΕΥΒΒ), 10-12/10/2014, Αθήνα.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Evolution of the F0F1 ATP synthase in light of the patchy
distribution of different bioenergetic pathways across prokaryotes» 65ο συνέδριο της
Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας (ΕΕΒΜΒ), 28-30/11/2014,
Θεσσαλονίκη.
§ Συμμετοχή στο 6ο Συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Μικροβιόκοσμος, 3-5/4/2015, Αθήνα.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Evolution of b-type cytochromes in prokaryotes» στο 40ο FEBS
Congress "The Biochemical Basis of Life" 4-9/7/2015, Βερολίνο, Γερμανία. FEBS Journal
(2015) 282(Supplement1): 123
§ Ομιλία: «Evolution of b-type cytochromes in prokaryotes» & «Bioenergetic diversity of the
human gut microbiome» 10ο συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Υπολογιστικής Βιολογίας και
Βιοπληροφορικής (ΕΕΥΒΒ), 9-11/10/2015, Αθήνα.
§ Ομιλία: «Bioenergetic diversity of the human gut microbiome» 66ο συνέδριο της Ελληνικής
Εταιρείας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας (ΕΕΒΜΒ), 11-13/12/2015, Αθήνα.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Evolution of the F0F1 ATP synthase in light of the patchy
distribution of different bioenergetic pathways across prokaryotes» & «Bioenergetic
diversity of the human gut microbiome» 19ο European Bioenergetics Conference (EBEC), 2-
7/7/2016, Riva del Garda, Ιταλία. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Bioenergetics (2016)
1857(Supplement): e55-e56 (doi:10.1016/j.bbabio.2016.04.128) & 1857(Supplement): e83
(doi:10.1016/j.bbabio.2016.04.201)
§ Συμμετοχή στο 67ο συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας
(ΕΕΒΜΒ), 11-13/12/2016, Ιωάννινα.
§ Ομιλία: «Bioenergetic diversity of the human gut microbiome» 10ο Συνέδριο Ελληνικής
Βιοπληροφορικής, 6-9/9/2017, Ηράκλειο Κρήτης.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: «Evolution of b-type cytochromes in prokaryotes» & «Bioenergetic
diversity of the human gut microbiome» 15ο Recomb Comparative Genomics Satellite
Conference, 4-6/10/2017, Βαρκελώνη, Ισπανία.
§ Συμμετοχή στο 68ο συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας
(ΕΕΒΜΒ), 10-12/11/2017, Αθήνα.
§ Ομιλία: «Genomic analysis of the endosymbiotic bacterium Candidatus Erwinia dacicola
provides insights for the management of the olive pest Bactrocera oleae» European

9
 Biotechnology Congress, 26-28/4/2018, Αθήνα. Journal of Biotechnology (2018) 280S: S13
(doi:10.1016/j.jbiotec.2018.06.038)
§ Ομιλία: «Evolution of bioenergetic diversity across the prokaryotes, and within the human
gut microbiome» και συνεργάτης παρουσίασης: «A high throughput computational approach
for fractionation of RNA species from whole transcriptomes, in terms of their biochemical
identity» 4ο NoR HGT & LUCA Conference“Molecules to Microbes” 4-6/11/2018, Αθήνα.
§ Ομιλία: «Comparative analysis of outer membrane vesicle proteins and their targeting
signals» 11ο Συνέδριο Ελληνικής Βιοπληροφορικής, 15-18/11/2018, Θεσσαλονίκη.
§ Ομιλία: «Comparative analysis of prokaryotic extracellular vesicle proteins and their targeting
signals» και συνεργάτης αναρτημένης ανακοίνωσης: «Bioenergetic diversity of the gut
microbiome, and relation to disease» 69ο συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας και
Μοριακής Βιολογίας (ΕΕΒΜΒ), 23-25/11/2018, Λάρισα.
§ Ομιλία: «A tool for examining the bioenergetic diversity of microbiomes» 8ο συνέδριο της
Εταιρείας Μικροβιόκοσμος, 18-20/4/2019, Πάτρα.
§ Προσκεκλημένη διάλεξη: «Genomics biomarkers» στο COST CLINIMARK TRAINING SCHOOL
«Approaches for Biomarker Discovery and Validation» 23-27/9/2019, Σπέτσες.
§ Ομιλία: «Comparative genomics of the endosymbiotic bacterium Candidatus Erwinia dacicola
provides insights for the management of the olive pest Bactrocera oleae» και συνεργάτης
αναρτημένης ανακοίνωσης: «Phylogenetic analysis of quorum sensing systems in bacteria»
70ο συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας (ΕΕΒΜΒ), 29/11-
1/12/2019, Αθήνα.
§ Συμμετοχή στο διαδικτυακό 5ο NoRCEL conference “How did it all begin…?” 29-31/3/2021.
§ Αναρτημένη ανακοίνωση: “Biodegradation of environmental pollutants: a bioinformatics
approach” 8ο συνέδριο της Εταιρείας Μικροβιόκοσμος 16-18/12/2021, Αθήνα.

Δραστηριότητες στον τομέα «Επιστήμη & Κοινωνία»:
§ Συμμετοχή στο φόρουμ νέων επιστημόνων και βουλευτών «Η Φωνή του Μέλλοντος»,
Βασιλική Εταιρεία Χημείας της Βρετανίας, Λονδίνο, Aγγλία (2002)
§ Συμμετοχή στη διδασκαλία τεχνικών μοριακή βιολογίας σε τριήμερο σεμινάριο για
δασκάλους, EMBO, Χαϊδελβέργη, Γερμανία (2004)
§ Συμμετοχή σε σεμινάρια επικοινωνίας της επιστήμης, Πανεπιστήμιο του Cambridge, Αγγλία
(2003), και Ινστιτούτο Βιολογίας, Λονδίνο, Αγγλία (2007)
§ Εκλαϊκευμένο επιστημονικό άρθρο «Τα νερά της Μεσογείου», περιοδικό BlueSci του
Πανεπιστημίου του Cambridge (2005, Τεύχος 3, σελίδα 19)
http://issuu.com/bluesci/docs/bluesci-issue3
§ Εθελόντρια στο Φεστιβάλ Επιστημών του Cambridge, Αγγλία (2004-2009)
§ Ομιλία: : «Το ανθρώπινο γονιδίωμα: τι μας έχει διδάξει μέχρι σήμερα και τι υπόσχεται για
την ιατρική του μέλλοντος» στον κύκλο ομιλιών νέων ερευνητών, Διαδραστική Έκθεση
Επιστήμης και Τεχνολογίας, Ίδρυμα Ευγενίδου, Αθήνα. (2012) http://vimeo.com/43956568
§ Συνέντευξη στην εκπομπή What's Up Doc του Radio Reboot «Τα βακτήρια ως εργοστάσια
παραγωγής ενέργειας» (2013) https://www.mixcloud.com/WhatsUpDoc_webradioshow/
§ Μέλος της Οργανωτικής Επιτροπής του Athens Science Festival, Τεχνόπολις, Αθήνα (2014)
http://www.athens-science-festival.gr/
§ Προσκλεκλημένη ομιλήτρια στο φεστιβάλ επικοινωνίας της επιστήμης «Pint of Science»
Αθήνα, Μάϊος 2018 https://pintofscience.com/
§ Κριτής στο διαγωνισμό FameLab Greece που διοργανώνει το British Council (2020-2021)
https://www.britishcouncil.gr/en/famelab

10
§ Διοργανώτρια της σειράς μηνιαίων επιστημονικών ομιλιών για το κοινό «Cafe Scientifique
Athens» (2013 – 2021) Πραγματοποιήθηκαν >60 ομιλίες με ποικίλα θέματα (π.χ. σχετικά με
βιολογία, περιβάλλον, αστροφυσική, επιστήμη υλικών, αρχιτεκτονική) από ερευνητές και
καθηγητές που δραστηριοποιούνται σε >30 διαφορετικά ΑΕΙ, ερευνητικά κέντρα, εταιρείες
και άλλους φορείς. https://csathens.weebly.com/ https://www.facebook.com/CafeSci.gr/
§ Επιστημονική Υπεύθυνος της φοιτητικής ομάδας “iGEM Athens” που συμμετείχε στον διεθνή
διαγωνισμό συνθετικής βιολογίας “iGEM” που διοργανώνει το ΜΙΤ, και η οποία έλαβε
αργυρό μετάλλιο και βραβείο καλύτερου προωθητικού βίντεο το 2020, και χρυσό μετάλλιο
και επιχορήγηση λόγω αντίκτυπου το 2021. https://2020.igem.org/Competition/Results
https://jamboree.igem.org/2021/results/medals
https://2021.igem.org/Teams/Grants/Impact

11