Εξελικτική Οικολογία Πουλακάκης Νίκος Πανεπιστήμιο Κρήτης

EΞΕΛΙΚΤΙΚΗ ΟΙΚΟΛΟΓΙΑ
Εισηγητής
Αναπλ. Καθ. Πουλακάκης Νίκος
poulakakis@nhmc.uoc.gr
A. Περιγραφή μαθήματος
Το μάθημα αποτελεί μία εισαγωγή σε αυτό που σήμερα ονομάζουμε Μοριακή
Οικολογία (Molecular Ecology), ένας σχετικά νέος τομέας που σε γενικές
γραμμές μπορεί να οριστεί ως η εφαρμογή γενετικών δεικτών (molecular genetic
markers) σε προβλήματα που σχετίζονται με την Οικολογία και την Εξέλιξη,
περιλαμβάνοντας μελέτες των γενετικών σχέσεων μεταξύ ατόμων, πληθυσμών
και ειδών.
Ως πεδίο έρευνας έχει την προέλευσή του στη Σχολή της Γενετικής Οικολογίας
(School of Ecological Genetics, 1950-1970) με πρωτοπόρο τον E. Β. Ford, ο
οποίος παρουσίασε την πρώτη κοινά αποδεκτή προσπάθεια να ερμηνεύσει την
ποικιλία της αρμοστικότητας διαφόρων σημαντικών οικολογικών γνωρισμάτων
μέσα σε ένα εξελικτικό πλαίσιο.
Ορόσημο….Η ηλεκτροφόρηση αλλοενζύμων στα μέσα της δεκαετίας του 60’

αποτέλεσε τον καταλύτη για την επέκταση της άμεσης γενετικής ανάλυσης των
άγριων πληθυσμών όλων των ειδών, επιτρέποντας την ταυτόχρονη παραγωγή
συγκριτικών συνόλων δεδομένων πρωτεϊνών για τη διαλεύκανση ουσιαστικών
ερωτημάτων της μοριακής και προσαρμοστικής εξέλιξης.
Για τους περισσότερους ανθρώπους

(βιολόγους και μη), η λέξη γενετική
οδηγεί σε εικόνες χρωμοσωμάτων, σε
συζητήσεις σχετικά με τη λειτουργία
τους, με τη μεταγραφή και τη
μετάφραση του DNA, στα πρότυπα της
κληρονόμησης χαρακτήρων σε διάφορα
πειράματα αναπαραγωγής π.χ. μυγών
κ.α.
Αυτού του είδους η γενετική

εστιάζεται κυρίως στους μηχανισμούς
του λειτουργικού DNA (functional
DNA).
Όμως, γενετική δεν είναι μόνο η μείωση και η μίτωση.
Υπάρχει ο κλάδος της γενετικής που μελετά τις γενετικές αλλαγές (γενετική
ποικιλότητα) που έχουν μικρή ή καθόλου λειτουργική επίδραση (επίδραση στη
ομαλή λειτουργία ενός οργανισμού) .
Η ανακάλυψη νέων ειδών moa με τη χρήση

αρχαίου DNA
Ο Γατόπαρδος (Acinonyx jubatus) είναι σαρκοφάγο θηλαστικό της υποοικογενείας

των αιλουριδών και αποτελεί μία χαρισματική (μεγάλη) γάτα. Ο γατόπαρδος είναι
διάσημος λόγω της εκπληκτικής ταχύτητας την οποία μπορεί να αναπτύξει κατά την
καταδίωξη της λείας του και θεωρείται το ταχύτερο χερσαίο ζώο.
Δυστυχώς οι πληθυσμοί και το εύρος κατανομής

τους (όπως συμβαίνει και σε πολλά άλλα μεγάλα
θηλαστικά) έχουν μειωθεί δραματικά!!!
Κύριες αιτίες θεωρήθηκαν το κυνήγι και η καταστροφή των οικοτόπων του. Όμως
μια πρόσφατη εφαρμογή Μοριακής Οικολογίας έδειξε ότι οι γατόπαρδοι
αντιμετωπίζουν μια ακόμα δυσκολία!!! (Menotti-Raymont & O’Brein, 1993 –
PNAS, 90, 3172-3176)
Οι Γατόπαρδοι της Νότιας Αφρικής εμφανίζουν σχεδόν μηδενική γενετική
ποικιλότητα!!! Αυτό συνοδεύεται από πολύ χαμηλό αριθμό σπερματοζωαρίων,
μειωμένη κινητικότητα και παραμορφωμένα μαστίγια στα σπερματοζωάρια.
Ενδεικτικό αυτής είναι το γεγονός ότι μοσχεύματα δέρματος μεταξύ μη συγγενικών

γατόπαρδων γίνονται αποδεκτά, γεγονός που αποτελεί ισχυρή ένδειξη για το πόσο
όμοια (γενετικά) είναι.
Η θνησιμότητα των γατόπαρδων

οφείλεται κατά πολύ στη θήρευση από
λιοντάρια και ύαινες.
Όμως σε αιχμαλωσία, οι γατόπαρδοι

εμφανίζουν μειωμένη γονιμότητα και
υψηλή ευαισθησία σε ασθένειες σε
σχέση με άλλες μεγάλες γάτες.
Η Μοριακή Οικολογία αποκάλυψε ένα σημαντικό πρόβλημα για τους γατόπαρδους

που μπορεί να γίνει εξαιρετικά σοβαρό στους άγριους πληθυσμούς, ειδικά εάν το
περιβάλλον συνεχίζει να αλλάζει!!!
Οι αναλύσεις έδωσαν μάλιστα και σημαντικές ενδείξεις για το λόγο που μπορεί να
συμβαίνει αυτό, το γιατί δηλαδή οι γατόπαρδοι είναι τόσο γενετικά υποβαθμισμένοι!
Βάσει των γενετικών δεδομένων διαπιστώθηκε ότι έχουν περάσει 2 σημαντικούς

στενωπούς (bottlenecks: πληθυσμιακές συμπτύξεις)
1. πριν από 10 χιλ. χρ. - στο τέλος της τελευταίας παγετώδους περιόδου
2. τα τελευταία 100 χρόνια
Η γενετική υποβάθμιση και η εκτιμώμενη πληθυσμιακή του ιστορία θα

παρέμεναν άγνωστα αν δεν είχαν εφαρμοστεί μοριακές οικολογικές
προσεγγίσεις.
Ένα μέρος του DNA κάθε οργανισμού, και είναι αυτό στο οποίο όσες
αλλαγές και αν συμβούν δεν θα επηρεάσουν τη βιωσιμότητα του ατόμου,
είναι σχετικά «ελεύθερο» να αλλάζει μεταξύ των ατόμων ενός
πληθυσμού, αφού οι συνέπειες των αλλαγών δεν είναι επιζήμιες.
Επομένως, οι αλλαγές (variants) σε αυτές τις περιοχές του γενετικού

υλικού τείνουν να κληρονομούνται με ένα αμερόληπτο τρόπο και για
καλή μας τύχη, μπορεί να μεταφέρουν πληροφορία σχετικά με την
ιστορία των ατόμων που τα φέρουν.
Η μοίρα κάθε γενετικής παραλλαγής (variant) στο χώρο και στο χρόνο
καθορίζεται από τη βιολογία των ατόμων (οργανισμών) και από τα
φαινόμενα μέσα από τα οποία διέρχονται αυτά τα άτομα,
συμπεριλαμβανομένων:
 της μετανάστευσης
 το πληθυσμιακό μέγεθος
 τυχαίων (ιστορικών) γεγονότων
και φυσικά
 της φυσικής επιλογής
Μετρώντας τη γενετική ποικιλότητα των οργανισμών και
εφαρμόζοντας διάφορα μοντέλα (μαθηματικά), μπορούμε να
βγάλουμε συμπεράσματα σχετικά με τη βιολογία των οργανισμών.
Οι διεργασίες που επηρεάζουν τα άτομα, τελικά, επηρεάζουν τους

πληθυσμούς και αυτοί με τη σειρά τους τα είδη (ειδογένεση) και
ούτω καθεξής στην ταξινομική ιεραρχία.
Έτσι, εξετάζοντας γενετικούς δείκτες με το κατάλληλο σήμα

(πληροφορία) και τους απαραίτητους ρυθμούς αλλαγών μπορούμε
να συγκεντρώσουμε πληροφορίες σχεδόν για κάθε πληθυσμό και
για κάθε εξελικτική διεργασία σε όλη την ιεραρχία της ζωής.
Εισαγωγή στην …..
Τι είναι η Μοριακή Οικολογία (ΜΟ);
Σε γενικές γραμμές, η ΜΟ αφορά τη χρήση

γενετικών δεικτών στην απάντηση
οικολογικών προβλημάτων, συμβάλλοντας
ουσιαστικά σε άλλες παραδοσιακές περιοχές
της Βιολογίας, όπως η Οικολογία, η
Συστηματική, η Ηθολογία, η Παλαιοντολογία.
Ο όρος άρχισε να χρησιμοποιείται ευρύτατα από την πρώτη
δημοσίευση του επιστημονικού περιοδικού Molecular Ecology (1992).
Molecular Ecology publishes papers that utilize molecular genetic techniques to address consequential
questions in ecology, evolution, behaviour and conservation. Studies may employ neutral markers for
inference about ecological and evolutionary processes ή examine ecologically important genes and their
products directly.
Research areas of interest to Molecular Ecology include:

population structure and phylogeography
reproductive strategies
relatedness and kin selection
sex allocation
population genetic theory
analytical methods development
conservation genetics
speciation genetics
microbial biodiversity
evolutionary dynamics of QTLs
ecological interactions
molecular adaptation and environmental genomics
impact of genetically modified organisms
Αντιγραφή από το website του Molecular Ecology

(http://www3.interscience.wiley.com/journal/117989598/home)
Μια εξελικτική προοπτική για την ΜΟ

Η ανάπτυξη της ΜΟ σχετίζεται και βασίζεται στην ανάπτυξη της
εξελικτικής σκέψης.
Η Οικολογία είναι άμεσα συνδεδεμένη (ριζωμένη) (α) με τη

Συστηματική, τη προσπάθεια να διακρίνουμε και να
κατηγοριοποιήσουμε την ποικιλία της ζωής στο πλανήτη μας και (β)
με τις εξελικτικές διαδικασίες που καθορίζουν την ποικιλότητα.
 Θυμηθείτε ότι η συστηματική έχει τις ρίζες της στο Αριστοτέλη και τον
Πλίνιο τον Πρεσβύτερο περίπου πριν από 2500 χρόνια.
 Κάρολος Λινναίος (1758, Systema Naturae)
 Κάρολος Δαρβίνος (1859, The Origin of Species)
Όλες οι μέχρι τότε προσπάθειες στηρίζονταν σε μορφολογικά δεδομένα.
Πότε χρησιμοποιήθηκαν πρώτη φορά «μόρια» στην αναγνώριση ειδών;

Το 1867!!!!
O Church (1870) απομόνωσε τη χρωστική που
είναι γνωστή ως turacin και η οποία περιέχει
χαλκό (~6%) από τα κόκκινα φτερά των
αφρικανικών turacos (Musophagidae). Ο Church
βρήκε ότι η turacin υπάρχει μόνο στα
Musophagidae.
Πολλά άλλα μόρια έχουν βρεθεί σε είδη και η παρουσία τους υποδηλώνει
κοινή εξελικτική ιστορία για τα είδη που τα μοιράζονται.
Ωστόσο πολύ λίγα μόρια έχουν αποδειχθεί χρήσιμα στη ταξινόμηση των
ζώων (χημικά μόρια που βρίσκουμε σε ζώα έχουν προέλθει από φυτά μέσω
της τροφής, παραπλανώντας της προσπάθεια ταξινόμησης)!!
Η πρόοδος της τεχνολογίας στην ανάλυση πρωτεϊνών και DNA άνοιξε το
δρόμο για τη μοριακή φυλογένεση και τον καθορισμό των σχέσεων των
ειδών.
Ο βαθμός της διαφοροποίησής τους θα αντανακλά το χρόνο απόκλισης των

ειδών από τον κοινό τους πρόγονο!
Η Έννοια του Είδους

Παρά την εννοιολογική του σημασία, είναι εκπληκτικό ότι μετά από τόσες
δεκαετίες αντιπαραθέσεων δεν υπάρχει ένα καθολικά αποδεκτό ορισμός για
το είδος.
One should never quarrel about words, and never get
involved in questions of terminology. One should
always keep away from discussing concepts.
—Karl Popper,
Objective Knowledge: An Evolutionary Approach
Υπάρχουν περισσότεροι από 24 ορισμοί

για το είδος – species concept
(Mayden 1997, de Queiroz 2007)

1. Agamospecies Concept; 15. Non-dimensional Species Concept
2. Biological Species Concept 16. Phenetic Species Concept
3. Cladistic Species Concept 17. Phylogenetic Species Concept
4. Cohesion Species Concept (Diagnosable version)
5. Composite Species Concept 18. Phylogenetic species concept
6. Ecological Species Concept (Monophyly version)
7. Evolutionary Significant Unit 19. Phylogenetic Species Concept
8. Evolutionary Species Concept (Diagnosable and monophyly version)
9. Genealogical Concordance Concept 20. Polythetic Species Concept
10.Genetic Species Concept 21. Recognition Species Concept
11.Genotypic Cluster Concept 22. Reproductive Competion Concept
12.Hennigian Species Concept 23. Succesional Species Concept
13.Internodal Species Concept 24. Taxonomic Species Concept
14.Morphological Species Concept
Hey 2001 – TREE, 16, 326-329 (01)

One should never quarrel about words, and never get
involved in questions of terminology. One should
always keep away from discussing concepts.
—Karl Popper,
Objective Knowledge: An Evolutionary Approach
“No one definition [of species] has as yet satisfied all

naturalists; yet every naturalist knows vaguely what he
means when he speaks of a species.”
Darwin 1859

Μέχρι σήμερα έχουν περιγραφεί περίπου 2 εκ. είδη, ενώ υπολογίζεται ότι
υπάρχουν από 10 έως 100 εκ. είδη οργανισμών!!!
Η πλειονότητα των ειδών έχει βασιστεί σε μορφολογικές ή ανατομικές

διαφορές
Ενωτική θεώρηση «Ανεξάρτητα
Εξελισσόμενη Γενεαλογία
Μεταπληθυσμών» [De Queiroz, 2007 (02)]
Η διαβάθμιση του γκρι αντιπροσωπεύει τις

απογονικές γενεαλογίες που έχουν
αποκλίνει μέσα στο χρόνο. Οι οριζόντιες
γραμμές (SC, species criterion) 1 έως 9
αντιπροσωπεύουν τις στιγμές που οι
γενεαλογίες αποκτούν διαφορετικές
ιδιότητες (π.χ. όταν γίνονται φαινοτυτικά
διακριτές ή αμοιβαία μονοφυλετικές ή
αναπαραγωγικά απομονωμένες ή
οικολογικά διακριτές).
H Γενετική στην Οικολογία

Τι είναι η Οικολογία;
Η Οικολογία είναι η μελέτη των αλληλεπιδράσεων των

οργανισμών και του περιβάλλοντος
Στο παρελθόν…
μέσω παρατηρήσεων και πειραμάτων πεδίου
για συλλογή φαινοτυπικών δεδομένων

(μορφολογία, φυσιολογία, βιοχημεία και
ηθολογία).
Αν και ευρύς κλάδος, οι περισσότεροι οικολόγοι δεν έχουν άμεση
σχέση με τη γενετική (παρά την εξαιρετική σημασία της στην
κατανόηση της πληθυσμιακής βιολογίας).
Από τις αρχές του 20ου αιώνα ήταν γνωστό για παράδειγμα ότι ο αριθμός,
το σχήμα και το μέγεθος των χρωμοσωμάτων μπορεί να διαφέρει
ανάμεσα στα είδη.
Muntiacus reevesi (2n=46) Muntiacus muntjak (2n=6)
Short 1976

H περίπτωση της Cepea nemoralis: τα χρωματικά πρότυπα και οι
ζώνες στο κέλυφος διαφέρουν από πληθυσμό σε πληθυσμό. Η
φαινοτυπική ομοιότητα σχετίζεται με τη φύση του ενδιαιτήματος που
ζει το σαλιγκάρι και όχι με τη συγγένεια των πληθυσμών. Η διατήρηση
αυτής της ποικιλομορφίας είναι θέμα επιλογής που σχετίζεται με την
κρυπτικότητα έναντι των θηρευτών στα διαφορετικά ενδιαιτήματα.
Με πολλές ζώνες, Χωρίς ζώνες,

κίτρινο κέλυφος κοκκινωπό Με μία ζώνη,
Χωρίς ζώνες,
κέλυφος κίτρινο κέλυφος
κίτρινο κέλυφος
Δυστυχώς υπάρχουν σημαντικοί περιορισμοί στη μελέτη των
μορφολογικών χαρακτήρων.
 Πολλοί χαρακτήρες εμφανίζουν κλινές (διαβαθμισμένη

ποικιλομορφία χωρίς διακριτές καταστάσεις) κατά μήκος μεγάλων
γεωγραφικών εκτάσεων
 Άλλοι είναι κάτω από πολυγονιδιακό έλεγχο
Έτσι είναι πολύ δύσκολο να διακρίνουμε ανάμεσα σε φυσική επιλογή

και σε τυχαία γενετική παρέκκλιση!

Το 1909 ο Wilhelm Joahannsen έκανε μια ουσιαστική διάκριση
ανάμεσα στο γονότυπο και τον φαινότυπο.
Γονότυπος: είναι το σύνολο των γονιδίων που έχει ένα άτομο
Φαινότυπος: είναι το σύνολο των μορφολογικών, φυσιολογικών,

βιοχημικών, ηθολογικών χαρακτηριστικών που έχει ένα άτομο.
Η ποικιλότητα ανάμεσα στα άτομα εμφανίζεται εξαιτίας ενός

συνδυασμού των γονοτυπικών διαφορών και του περιβάλλοντος.
Ο Simpson (1944) καθόρισε το ρυθμό εξέλιξης των φαινοτυπικών

χαρακτήρων ως τη ποσότητα της γενετικής αλλαγής στη μονάδα του
χρόνου, θεωρώντας ότι η φαινοτυπική αλλαγή υποδηλώνει γενετική
αλλαγή!!!
Πόσο αληθινή είναι αυτή η διατύπωση;
Ο Wilson (1977) απέρριψε τη θεώρηση του Simpson!!!
Υπάρχουν αδελφά είδη (μοιράζονται δηλαδή τον πιο πρόσφατο κοινό

πρόγονο) όπου ενώ έχουμε γενετική διαφοροποίηση δεν παρατηρείται
μορφολογική αλλαγή.
Emoia cyanura
Οι σαύρες του γένους Emoia

(Scincidae) σε νησιά του
Emoia impar
Ειρηνικού εμφανίζουν διαφορετικό
ρυθμό εξέλιξης σε γενετικό και
μορφολογικό επίπεδο
Bruna et al. 1996, Proc. R. Soc. Lond. B 1996 263,
681-688

Από τη μία, ισχυρή κατευθυνόμενη επιλογή μπορεί να οδηγήσει σε
εντυπωσιακή μορφολογική διαφοροποίηση όπως έχει συμβεί με τα
κηχλίδες της Αφρικής (Kornfield & Smith 2000, Annual Review of Ecology & Systematics 31: 163-196).
Brawand et al. 2014 Nature, 513, 375-381

Από την άλλη, μπορεί να υπάρχει μεγάλη γενετική διαφοροποίηση
χωρίς την αντίστοιχη μορφολογική, δημιουργώντας τα επονομαζόμενα
«κρυπτικά» είδη (Poulakakis et al. 2005 MPE, 34(2), 245-256).
Ablepharus kitaibelii
Η ικανότητα του γονοτύπου ενός ατόμου να

Περιορισμοί… λόγω ανταποκρίνεται σε περιβαλλοντικές επιρροές,
φαινοτυπικής πλαστικότητας παράγοντας διαφορετικούς φαινότυπους
ανάλογα με τις τοπικές συνθήκες
υπερεκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας
Θεωρείται αποτέλεσμα φυσικής επιλογής [West-Eberhard, 1989, Annual Review of

Ecology & Systematics, 20, 249-278 (03)]. Ξεκάθαρα αυτό θα μπορούσε να είναι ένας
σημαντικός μηχανισμός επιβίωσης.
Παράδειγμα: Οι προνύμφες που Mythimna unipuncta

τρέφονται με σκληρά αγρωστώδη έχουν
διπλάσιο σε μέγεθος κεφάλι από ότι
όταν τρέφονται με μαλακό σιτάρι. Η
μυϊκή προσπάθεια αυξάνει τη μυϊκή
ανάπτυξη, η οποία επάγει δραματική
αύξηση στο μέγεθος της κεφαλής. (Bernays
1986, Science, 231, 495-497)
Χαρακτήρας Περιβαλλοντική Παράδειγμα
επίδραση
Φύλο Θερμοκρασία κατά Τα αυγά της Αμερικάνικης νεροχελώνας Chelydra
τη διάρκεια της serpentine αναπτύσσονται κυρίως σε θηλυκά σε
ανάπτυξης χαμηλές θερμοκρασίες, κυρίως σε αρσενικά σε μεσαίες
θερμοκρασίες και αποκλειστικά σε θηλυκά σε υψηλές
θερμοκρασίες. (Ewert et al. 2005, J Zoology265, 81–95)
Χρωματισμός Δίαιτα με Το φτέρωμα του αρσενικού σπίνου (Carpodacus
φτερώματος καροτενοειδή mexicanus) ποικίλει από κόκκινο έως πορτοκαλί και
κίτρινο ανάλογα με τα καροτενοειδή που εμπεριέχονται
στη δίαιτά του. (Hill et al. 2002, Proc R Soc L 207, 2221–2227)
Τροφο- Διαθεσιμότητα Οι προνύμφες των θαλάσσιων αχινών
εξαρτώμενη τροφής (Strongylocentrotus purpuratus, S. franciscanus)
μορφολογία παράγουν μακρύτερες δαγκάνες και μικρότερα
στομάχια όταν η τροφή είναι δυσεύρετη. (Miner 2005 J Exp
Marine Biol& Eco, 315, 117-125)
Μέγεθος φύλλων Ένταση φωτός Το άγριο ραδίκι (Taraxacum officinale) παράγει

μεγαλύτερα φύλλα κάτω από συνθήκες υψηλής έντασης
φωτός. (Brock et al. 2005 New Phytologist, 166, 173-183)
Αναπτυξιακά Συστατικά εδάφους Ένα είδος παραλιακής βιολέτας (Viola septemloba)
πρότυπα σε φυτά και διαθεσιμότητα αποθέτει μεγαλύτερη, αναλογικά, βιομάζα στις ρίζες και
νερού στα ριζίδια σε φτωχά περιβάλλοντα. (Moriuchi & Winn 2005
New Phytologist, 166, 149-158)
Telostylinus angusticollis (ένα είδος μύγας,

Δίπτερα): Τα άτομα αυτά είναι πραγματικά
αδέλφια και όμως εμφανίζουν σημαντική
διαφοροποίηση στο μέγεθος και το σχήμα
Δύο ώριμα άτομα σπίνων
Συνεπώς, οι πολυμορφικοί μορφολογικοί χαρακτήρες δεν είναι ιδεατοί

χαρακτήρες για τη διερεύνηση πολλών πληθυσμιακών διεργασιών, καθώς
αυτοί μπορεί να επηρεάζονται από τη φυσική επιλογή, το εκάστοτε
περιβάλλον ή και από τα δύο.
Η πολύπλοκη σχέση γονοτύπου, φαινοτύπου και περιβάλλοντος οδήγησε και
οδηγεί στην αναζήτηση πιο αξιόπιστων μεθόδων για τη μελέτη άγριων
πληθυσμών.
Η ΜΟ έχει στραφεί και αναζητά ουδέτερους γενετικούς δείκτες, δηλαδή

περιοχές του γονιδιώματος που είναι πληροφοριακές σε σχέση με τη δομή και
την ιστορία του πληθυσμού με λιγότερη μεροληψία από τις πολύπλοκες
επιδράσεις της φυσικής επιλογής και των περιβαλλοντικών παραγόντων.
Οι γενετικοί δείκτες επιτρέπουν, τουλάχιστον, την άμεση ποσοτικοποίηση της

γενετικής ποικιλότητας.
Τι είναι ο γενετικός δείκτης (ΓΔ);
Ο μοριακός (γενετικός) δείκτης έχει τη δυναμική να αντιμετωπίσει

(απαντήσει) ερωτήματα στην Οικολογία που είναι πολύ δύσκολο να
προσεγγιστούν με άλλο τρόπο. Βασικό πλεονέκτημα των ΓΔ είναι ότι η
ποικιλότητά τους μπορεί να ποσοτικοποιηθεί με πολύ μεγαλύτερη
ακρίβεια σε σχέση με πολλές άλλες οικολογικούς παραμέτρους,
παρέχοντας «καλύτερα» δεδομένα για στατιστικές συγκρίσεις.
Οι μοριακοί δείκτες είναι

πολυμορφικές πρωτεΐνες ή
νουκλεϊκά οξέα που μπορούν να
χρησιμοποιηθούν ως ενδείξεις για τη
ποικιλομορφία του γονιδιώματος του
οργανισμού.
Οι μοριακοί δείκτες είναι τμήματα του γονιδιώματος ή του
πρωτεϊνώματος, συνήθως πολύ μικρά σε σχέση με το συνολικό μέγεθός
τους, τα οποία επιλέγονται με την ελπίδα ότι αντιπροσωπεύουν
μεγαλύτερο μέρος της ιστορίας του DNA του οργανισμού.
Κάθε τμήμα αντιμετωπίζεται ως ένας απλός τόπος (single locus), που

μπορεί να εδράζεται ή όχι σε κάποιο λειτουργικό γονίδιο.

Η λίστα με τους κυριότερους δείκτες στη ΜΟ
Αν και νέοι δείκτες που

ανακαλύπτονται πολλές
φορές αντικαθιστούν
κάποιους παλιότερους (τα
μικρο-δορυφορικά έχουν
αντικαταστήσεις μίνι-
δορυφορικά), είναι
σημαντικό να
συνειδητοποιήσουμε ότι
κανένας ΓΔ δεν είναι
κατάλληλος για όλες τις
εφαρμογές
Ορόσημο…
η ποσοτικοποίηση της γενετικής ποικιλότητας μέσω της
αναγνώρισης δομικών διαφορών στις πρωτεΐνες
Η ηλεκτροφόρηση αλλοενζύμων Αλλοένζυμο. Μια από τις δύο ή
περισσότερες μορφές ενζύμου
που κωδικοποιούνται από τον ίδιο
τόπο.
Πιο αρνητικά φορτισμένη η

HbA σε σχέση με την HbS
(γλουταμίνη αντί της
ουδέτερης βαλίνης)
Πρωτεϊνική ηλεκτροφόρηση για την εκτίμηση της αλλοενζυμικής ποικιλότητας

της αιμοσφαιρίνης.
Ο ρυθμός μετακίνησης μέσα στο πήκτωμα καθορίζεται από το μέγεθος, το σχήμα, και το
ηλεκτρικό φορτίο των μορίων δηλαδή από την αμινοξική σύνθεση των αλλοενζύμων.
Μειονεκτήματα αλλοενζύμων
1) Ο εκφυλισμένος γενετικός
κώδικας….
η ποικιλότητα σε επίπεδο
νουκλεοτιδικών αλληλουχιών δεν
αντικατοπτρίζει την ποικιλότητα σε
επίπεδο αμινοξικών αλληλουχίων
2) Τεχνικά δύσκολη διεργασία που απαιτεί

 οι οργανισμοί να σκοτωθούν αμέσως πριν την συλλογή του
απαραίτητου ιστού
 να αποθηκευτεί σε πολύ χαμηλές θερμοκρασίες (-70οC)
DNA: μία απεριόριστη πηγή δεδομένων
Ακόμα και οι πολύ μικροί οργανισμοί έχουν εξαιρετικά
πολύπλοκα γονιδιώματα. Η μονοκύτταρη ζύμη Saccharomyces
cerevisiae, παρά το μικρό της μέγεθος (4 δις ζύμες μπορούν να
χωρέσουν σε ένα κουταλάκι του τσαγιού), έχει γονιδίωμα που
φτάνει τα 12 Mb (12 εκατομμύρια βάσεις).
Το γονιδίωμα αποτελεί την συνολική ποσότητα DNA που έχει ένας

οργανισμός και σίγουρα δεν είναι μόνο γονίδια
DNA: μία απεριόριστη πηγή δεδομένων

Αν και η δομή και η λειτουργία των γονιδίων διαφέρει μεταξύ των
ειδών, είναι σε γενικές γραμμές διατηρημένη μεταξύ των μελών του
ίδιου είδους. Αυτό βέβαια δεν σημαίνει ότι όλα τα άτομα ενός
είδους είναι γενετικά παρόμοια.
Γιατί; Α G
Επειδή το DNA αλλάζει! C T

Μετάπτωση
Μεταλλαγών Μεταστροφή
Η γενετική ποικιλότητα
Α, G πουρίνες
δημιουργείται μέσω δύο και Τ, C, πυριμιδίνες
κυρίως διαδικασιών:
Ανασυνδυασμού
Γιατί χρησιμοποιούμε γενετικούς
δείκτες;
Οι γενετικοί δείκτες μας δίνουν την δυνατότητα να δούμε και

να μελετήσουμε με διαφορετικό μάτι τη ζωή, επιτρέποντας να
έχουμε μεγαλύτερη ακρίβεια και ευκολία.
Οι λόγοι που μας «εξαναγκάζουν» να τους χρησιμοποιήσουμε

είναι:
1. Κληρονομησιμότητα
Εξ ορισμού, οι γενετικοί δείκτες είναι γενετικά κληρονομήσιμοι (μόνο οι
κληρονομούμενοι χαρακτήρες είναι φυλογενετικά πληροφοριακοί).
2. Όλα τα άτομα όλων των ειδών έχουν
γενετικούς δείκτες
Η χρήση των γενετικών δεικτών απελευθερώνει τους
ερευνητές από τον περιορισμό να δουλεύουν μόνο σε
είδη που να μπορούν να αναπαραχθούν σε αιχμαλωσία
και σε είδη που να διαθέτουν εμφανείς π.χ.
μορφολογικούς δείκτες. Για μελέτες μετανάστευσης πουλιών ισχύει ότι «λίγα
πουλιά έχουν δακτυλίδια, όμως όλα έχουν γονότυπους»
[Waser and Strobeck 1998 in TREE (04)]
Τα βακτήρια αποτελούν ίσως το πιο τρανταχτό παράδειγμα αυτού του

περιορισμού, στα οποία το 99% των ειδών δεν μπορούν να καλλιεργηθούν
εργαστηριακά. Ολόκληρα Βασίλεια έχουν ανακαλυφθεί βάσει της
αλληλούχισης γονιδίων που είναι κοινά στην πλειονότητα των μορφών
ζωής
Η ανάλυση DNA
απευθείας από δείγματα
που συλλέγονται από το
πεδίο (περιβάλλον) έχει
ταχύτατα αυξήσει τις
γνώσεις στην ποικιλότητα
των υψηλών ταξινομικών
βαθμίδων.
Το 1987 υπήρχαν 12 Βακτηριακές Υποδιαιρέσεις (Divisions) (σχεδόν ισοδύναμες με τα

Φύλα των Μεταζώων)
H ανάλυση του 16S rRNA (μικρή ριβοσωμική υπομονάδα βακτηρίων) αύξησε τον αριθμό
σε 40 και η αύξηση συνεχίζεται
3. Οι γενετικοί δείκτες αντιπροσωπεύουν μια
σχεδόν απεριόριστη πηγή ποικιλομορφίας και
συνεπώς πληροφορίας
Υπάρχουν αρκετοί γενετικοί τόποι στα ευκαρυωτικά κύτταρα που ακόμα
και τα μέλη του ίδιου γενετικού κλώνου διαφέρουν σε μία ή
περισσότερες μεταλλαγές
Θεωρητικά όλα τα προβλήματα στην πληθυσμιακή και εξελικτική βιολογία μπορούν να

προσεγγιστούν μέσω γενετικών δεδομένων
4. Οι γενετικοί δείκτες μπορούν να διακρίνουν

εάν οι μορφολογικοί χαρακτήρες είναι όμοιοι εκ
καταγωγής (Ομολογία) ή μέσω εξελικτικής
σύγκλισης (Αναλογία)
Το επιλεκτικά ουδέτερο DNA είναι:
 λιγότερο πιθανό να εμφανίζει συγκαλυμμένη

συγκλίνουσα εξέλιξη συγκρινόμενο με τους
μορφολογικούς (φαινοτυπικούς) χαρακτήρες
 σχετικά εύκολο να ελέγξουμε πολλές

εκατοντάδες χαρακτήρες (ειδικά για τις
νουκλεοτιδικές θέσεις του DNA), οπότε ο
θόρυβος της σύγκλισης είναι εύκολο να
«μπλοκαριστεί» Ομολογία
Π.χ. η περίπτωση γυπών του Παλαιού και του Νέου Κόσμου
Οι γύπες του Νέου Κόσμου Οι γύπες του Παλαιού Κόσμου
τάξη Cathartiformes τάξη Accipitriformes
Δεν είναι συγγενικά. Η ομοιότητα τους είναι αποτέλεσμα εξελικτικής σύγκλισης
5. Οι γενετικοί δείκτες αποτελούν μια

καθολική «βαθμονομημένη ράβδο»
για τη μέτρηση της ποικιλομορφίας
σε όλους τους οργανισμούς
Η άμεση σύγκριση γενετικών δεικτών μεταξύ διαφορετικών οργανισμών

παρέχει μια μοναδική πληροφόρηση για τη σχετική διαφορά αυτών των
οργανισμών.
π.χ. βάσει μορφολογικών χαρακτήρων δεν είναι εφικτή η ανοικοδόμηση της φυλογένεσης
όλων των μορφών ζωής, αφού το σύνολο των μορφών ζωής δεν μοιράζονται κάποιους
κοινούς μορφολογικούς χαρακτήρες. Όμως, καθώς ο γενετικός κώδικας είναι καθολικός
και πολλά γονίδια εμφανίστηκαν μόνο μία φορά και σήμερα εντοπίζονται σε όλες τις
μορφές ζωής, η φυλογένεση της πλειονότητας των μορφών ζωής είναι πιθανή μέσα από τις
αλληλουχίες του DNA.
Το δέντρο της ζωής με τις 3 επικράτειες, βασισμένο στην ανάλυση της
μικρής υπομονάδας του rRNA (Woese et al. 1990) .
Competing hypotheses for the origin of the eukaryotic host cell.
Williams et al. 2013 Nature 504, 231-236 (05)
Φυλογένεση των Ζώων

H ανάλυση του γονιδιώματος
ενός κτενοφόρου (Mnemiopsis
leidyi) έδειξε ότι στη βάση των
Μεταζώων βρίσκονται όχι οι
σπόγγοι αλλά τα Κτενοφόρα!!!!
[Ryan et al. 2013 Science, 342(6164) (06)]
6. Οι γενετικές προσεγγίσεις επιτρέπουν
τη μελέτη των μηχανισμών της εξέλιξης.
Αν και οι παραδοσιακές μέθοδοι εκτίμησης του φαινοτύπου είναι

απόλυτα κατατοπιστικές στην αναγνώριση «ορατών» στο φαινότυπο
μεταλλαγών (νέοι χαρακτήρες) και στην αποσαφήνιση της δράσης των
εξελικτικών δυνάμεων (π.χ. της φυσικής επιλογής), οι μοριακοί
μηχανισμοί που κρύβονται πίσω από αυτούς του χαρακτήρες
παραμένουν άγνωστοι.
- η μοριακή βάση γενετικών ασθενειών, της ανθεκτικότητας των

εντόμων σε εντομοκτόνα, π.χ. μοριακή ανάλυση στο γενετικό τόπο
esterase έδειξε ότι η παγκόσμια κατανομή της ανθεκτικότητας σε
κάποιο εντομοκτόνο στα κουνούπια οφείλεται στην εξάπλωση μιας
μεταλλαγής και όχι στην πολλαπλή εμφάνιση της μεταλλαγής αυτής.
Γιατί να ΜΗΝ χρησιμοποιούμε γενετικούς

δείκτες;
1. Απαιτείται χρονοβόρα εκπαίδευση

όσων εμπλέκονται στις μοριακές
αναλύσεις
2. Το χρηματικό κόστος είναι υψηλό

(όμως ποικίλει σημαντικά μεταξύ των
μεθόδων)
Χαρακτηριστικά των γενετικών δεικτών
 Οι γενετικοί δείκτες είναι κληρονομικοί χαρακτήρες με πολλαπλές

καταστάσεις για κάθε χαρακτήρα. Σε κάθε διπλοειδή οργανισμό, κάθε άτομο
έχει δύο ή περισσότερες καταστάσεις (αλληλόμορφα) για κάθε χαρακτήρα
(γενετικό τόπο).
 Όλοι οι γενετικοί δείκτες αντανακλούν διαφορές σε επίπεδο DNA,
συνήθως με μία αντίστροφη σχέση ακρίβειας και ευκολίας.
 Γενετικά χωριστοί τόποι παρέχουν ανεξάρτητους ελέγχους για τις
υποθέσεις μας και έτσι χρησιμοποιώντας πολλούς τόπους μαζί αυξάνουμε την
ακρίβεια.
 Η γενετική ποικιλότητα είναι συνήθως ιεραρχικά δομημένη (π.χ. δύο
αλληλολόμορφα σε ένα άτομο, Ν άτομα σε ένα υποπληθυσμό, Υ
υποπληθυσμούς σε ένα πληθυσμό…).
Αρμοστικότητα. Η μέση συνεισφορά ενός
Θεωρία της Ουδετερότητας

αλληλομόρφου ή ενός γονοτύπου στην επόμενη
γενιά ή σε επιτυχημένες γενιές, σε σύγκριση με
αυτήν ενός άλλου αλληλομόρφου ή γονοτύπου.
Πριν το 1960, οι περισσότεροι βιολόγοι πίστευαν ότι μια γενετική

μεταλλαγή θα αύξανε ή θα μείωνε την αρμοστικότητα ενός ατόμου. Με
άλλα λόγια οι μεταλλαγές διατηρούνται μέσα σε ένα πληθυσμό ως
αποτέλεσμα της φυσικής επιλογής.
Όμως….
γιατί η φυσική επιλογή να διατηρήσει τόσους
διαφορετικούς γονοτύπους μέσα σε ένα πληθυσμό
Θεωρία της Ουδετερότητας

Αν και ορισμένες μεταλλαγές δίνουν ένα επιλεκτικό πλεονέκτημα ή
μειονέκτημα, οι περισσότερες είναι ουδέτερες ή σχεδόν ουδέτερες,
δηλαδή έχουν μικρή ή καθόλου επίδραση στην αρμοστικότητα του
ατόμου.
Οι μοριακές αλλαγές μπορούν να αποδοθούν σε τυχαίες ή επιλεκτικές διεργασίες.

Η Ανάπτυξη της Μοριακής Οικολογίας (ΜΟ)
Η αρχική ανάπτυξη της ΜΟ ήταν σχετικά αργή εξαιτίας των περιορισμών

των πρώτων προσεγγίσεων. Σχετικά πρόσφατες ανακαλύψεις (νέες
εργαστηριακές τεχνικές της Μοριακής Βιολογίας και προηγμένες μέθοδοι
στατιστικής επεξεργασίας) έχουν αυξήσει την δυναμική της ΜΟ.
Εργαστηριακές τεχνικές
 η Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμερισμού (PCR)
για τον πολλαπλασιασμό του DNA μέσω
συντηρημένων εκκινητών (primers)
 η γρήγορη χρονικά αλληλούχιση του DNA
 η ανακάλυψη νέων πολυμορφικών δεικτών
DNA, π.χ. μικροδορυφορικά, SNPs
Στατιστική επεξεργασία
 η χρήση προηγμένης στατιστικής (π.χ. μέγιστη πιθανοφάνεια) και
προσομοιώσεων σε υπολογιστές
 η ανάπτυξη πιο σύνθετων και ελκυστικών μοντέλων που εκφράζουν τις
εξελικτικές αλλαγές
- αυτές οι προσεγγίσεις αυξάνουν την ακρίβεια και το εύρος των
συμπερασμάτων που μπορούν να εξαχθούν για τις πληθυσμιακές
διεργασίες
 η αύξηση της υπολογιστικής ισχύος και η ανάπτυξη φιλικών για το
χρήστη υπολογιστικών προγραμμάτων
Πως επιλέγουμε τον κατάλληλο δείκτη;
1. Ευαισθησία - ακρίβεια: Ένας δείκτης πρέπει να έχει την σωστή
ευαισθησία για το υπό εξέταση ερώτημα.
Είναι πιθανό να έχει πολλή πληροφορία (αναλογία: προσπαθήστε να

ταξιδέψετε από το Ηράκλειο στη Πρέβελη με ένα τοπογραφικό χάρτη 1:100.000)
ή πολύ λίγη πληροφορία (προσπαθήστε να βρείτε ένα εστιατόριο στο κέντρο
του Ηρακλείου έχοντας το χάρτη της Κρήτης).
Η εμπειρία μας έχει δώσει μια καλή γνώση για το είδος των δεικτών
που είναι πληροφοριακοί στα διάφορα ταξινομικά επίπεδα
Πως επιλέγουμε τον κατάλληλο δείκτη;

2. Κωδικές έναντι μη κωδικών περιοχών DNA
Η γνώση σχετικά με τις περιοχές του DNA που χρησιμοποιούνται ως
γενετικοί δείκτες συμβάλει στην εκτίμηση της ευαισθησίας/ακρίβειάς τους.
Για παράδειγμα ένα γονίδιο που κωδικοποιεί μια δομική λειτουργία είναι
συνήθως πιο συντηρημένο (λιγότερη ποικιλότητα) από μια μη κωδική
περιοχή.
Παρομοίως, μέσα σε κωδικές περιοχές, υπάρχει

ένα σαφές πρότυπο όπου τα νουκλεοτίδια μέσα στα κωδικόνια
αλλάζουν με ένα συγκεκριμένο ρυθμό
τρίτη<πρώτη<δεύτερη θέση κωδικονίου.
Συνεπώς, μη κωδικές περιοχές αναμένουμε να εξελίσσονται

γρηγορότερα, να είναι πιο πολυμορφικές και να είναι πιο κοντά σε
ουδέτερη επιλογή από ότι οι κωδικές περιοχές και αναλογικά το
ίδιο ισχύει και για τις 3 θέσεις των νουκλεοτιδίων μέσα στα
κωδικόνια κωδικών περιοχών.
Αυτή η πληροφορία για τα πρότυπα μοριακής εξέλιξης μας

βοηθάει στην επιλογή των κατάλληλων δεικτών για το υπό
εξέταση ερώτημα και στην ερμηνεία των αποτελεσμάτων.
3. Ασυσχέτιστοι ή Συσχετισμένοι;
Δεδομένα διαφορετικών μελετών και οργανισμών τα οποία είναι

εύκολο να συγκριθούν μεταξύ τους τα θεωρούμε συσχετισμένα.
Κάποιοι δείκτες παράγουν πληροφορία που είναι πολύ δύσκολο έως
αδύνατο να συγκριθεί με ακρίβεια μεταξύ διαφορετικών μελετών
(ασυσχέτιστα).
Τα συσχετισμένα δεδομένα είναι σαφώς καλύτερα, αφού είναι

χρήσιμα σε διάφορες μελέτες πέραν εκείνης για την οποία
παράγονται, όμως συνήθως είναι πιο ακριβά και δύσκολο να
αποκτηθούν.
4. Multilocus ή single-locus? Κυρίαρχοι ή συγκυριάρχοι?

Υπάρχει συνήθως μία αντίστροφη σχέση μεταξύ της πρακτικότητας και
της ακρίβειας των γενετικών δεικτών, το οποίο φαίνεται σαφέστατα στη
σύγκριση δεικτών που στοχεύουν έναν (single-locus) ή πολλούς
ταυτόχρονα γενετικούς τόπους (multilocus-locus).
4. Multilocus ή single-locus? Κυρίαρχοι ή συγκυριάρχοι?
Κυρίαρχοι δείκτες (RAPDs, AFLPs, SMPLs) επιτρέπουν την ανάλυση
πολλών τόπων ταυτόχρονα.
Συγκυριάρχοι δείκτες (RFLPs, microsatellites) επιτρέπουν την ανάλυση
ενός τόπου τη φορά, οπότε είναι πιο ακριβείς αφού μπορεί να διακριθεί η
αλληλική ποικιλομορφία σε κάθε τόπο (ομόζυγο ή ετερόζυγο άτομο).
5. Γονιδιακές γενεαλογίες και συχνότητες
Δείκτες που παράγουν γονιδιακές γενεαλογίες (π.χ.

mtDNA) έχουν ορισμένα πλεονεκτήματα έναντι
κάποιων άλλων:
Η μοριακή φυλογένεση μπορεί να βοηθήσει στην

αποσαφήνιση της τρέχουσας δομής από τις
επιδράσεις ιστορικών γεγονότων
Πιθανά ο μόνος τρόπος για την απόκτηση

μακροχρόνιων δημογραφικών δεδομένων για
διαχειριστικά σχέδια
Οργανιδιακό (μιτοχόνδρια,
χλωροπλάστες) και πυρηνικό
DNA
Οι ευκαρυωτικοί οργανισμοί περιέχουν δι-γονεϊκά κληρονομήσιμο DNA
(πυρηνικό) και μονογονικά κληρονομούμενο DNA (οργανιδιακό DNA) .
 οι γονιδιακές γενεαλογίες του mtDNA και του πυρηνικού DNA

αντανακλούν διαφορετικές πτυχές της βιολογίας και της ιστορίας των
οργανισμών
 το mtDNA έχει μικρότερο ενεργό πληθυσμιακό μέγεθος από το πυρηνικό

DNA και έτσι η ποικιλότητά του γίνεται διαγνωστική για τα taxa πιο
γρήγορα
 η σύγκριση πυρηνικών και μιτοχονδριακών απλοτύπων συμβάλουν στην

αναγνώριση υβριδίων,τυχαίες κατανομές γονότυπων, προτιμήσεις
ζευγαρώματος κ.α.
Συμφωνία μεταξύ πολλών δεικτών:

γονιδιακά και οργανισμικά δέντρα
Για αρκετές εφαρμογές, όπως η κατασκευή

φυλογενετικών δέντρων, η χρήση πολλών δεικτών
είναι πολύ σημαντική, αφού κάθε τόπος έχει
Ειδικό δέντρο vs Γονιδιακό
τη δική του ιστορία που μπορεί να μην συμπίπτει
με το δέντρο των ειδών.
Συνεπώς είναι σημαντικό να διακρίνουμε μεταξύ του γονιδιακού

δέντρου (το δέντρο που περιγράφει τις εξελικτικές σχέσεις των υπό
εξέταση γονιδίων) και του οργανισμικού δέντρου (το δέντρο των
οργανισμών που φέρουν τα γονίδια).
Γονιδιακά Δέντρα και Δέντρα Ειδών
Δεν συμφωνούν πάντα τα δύο αυτά τα δένδρα
 η απόκλιση των γονιδίων προηγείται της απόκλισης των ειδών
Γονιδιακά Δέντρα και Δέντρα Ειδών

 η τοπολογία (πρότυπο διακλάδωσης) μπορεί να είναι διαφορετική,
λόγω γενετικού πολυμορφισμού των προγονικών ειδών
Z
6. Γρήγορη ανάπτυξη και εύκολη παραγωγή δεδομένων
(screening)
Γρήγορη ανάπτυξη: Ορισμένοι δείκτες είναι άμεσα εφαρμόσιμοι ή

εύκολα μετατρέψιμοι για να χρησιμοποιηθούν σε άλλα είδη.
Γρήγορη παραγωγή δεδομένων: Πρόσφατες τεχνολογικές

ανακαλύψεις έχουν οδηγήσει στο εξαιρετικά γρήγορο διάβασμα των
δεικτών (screening) σε ένα μεγάλο αριθμό δειγμάτων.
Ωστόσο, οι πιο σημαντικοί και πληροφοριακοί δείκτες είναι ακόμα

πολύ ακριβοί για τους περισσότερους ερευνητές.
 Για παράδειγμα, στις μικροσυστοιχίες (microarray technology)

χρησιμοποιείται μικρορομποτική για την τοποθέτηση μικροποσοτήτων
(nanolitre) DNA σε ειδικά πλακίδια, όπου θα δράσουν ως ανιχνευτές
για τα υπό μελέτη δείγματα.
Υψηλής ευκρίνειας σαρωτές χρησιμοποιούνται για την ανίχνευση και

ποσοτικόποιηση του DNA
Έως 100,000 διαφορετικά δείγματα DNA μπορούν να τοποθετηθούν

σε ένα μικροσκοπικό πλακίδιο!!!!
Ευτυχώς υπάρχουν πιο ρεαλιστικές και γρήγορες τεχνικές για εφαρμογή
στη Μοριακή Οικολογία, τις οποίες θα δούμε στα επόμενα μαθήματα.
• SSCP etc
SSCP gels, τα βέλη υποδεικνύουν

διαφορετικές ζώνες
Τύποι γενετικών δεικτών που χρησιμοποιούνται στη ΜΟ:
RFLP (ή Restriction fragment length polymorphism)

SSLP (ή Simple sequence length polymorphism)
AFLP (ή Amplified fragment length polymorphism)
RAPD (ή Random amplification of polymorphic DNA)
VNTR (ή Variable number tandem repeat)
SSR Microsatellite polymorphism, (ή Simple sequence repeat)
SNP (ή Single nucleotide polymorphism)
STR (ή Short tandem repeat)
SFP (ή Single feature polymorphism)
DArT (ή Diversity Arrays Technology)
RAD markers (ή Restriction site associated DNA marker)
Εξελικτική Οικολογία - Διάλεξη 2
Γονιδιώματα &
δείκτες (τύποι και
κατηγορίες)
Μέγεθος Γονιδιώματος
A digital representation of the human genome at the American Museum of

Natural History in New York City. (Mario Tama/Getty Images)
Οργάνωση Ανθρώπινου Γονιδιώματος
Ανθρώπινο Γονιδίωμα
Μιτοχονδριακό γονιδίωμα
Πυρηνικό γονιδίωμα
16.6 kb
3000Mb <30-40000 γονίδια;
~30% ~70% 37 γονίδια
Γονίδια και σχετικές Εξωγονιδιακό Δύο rRNA 22 tRNA 13 γονίδια που
με γονίδια αλληλουχίες DNA γονίδια γονίδια κωδικοποιούν πρωτεΐνες
80%
~10% ~90% 20%
Κωδικό Μη κωδικό Ένα ή λίγα Μέσο έως

DNA DNA αντίγραφα υψηλά επαναληπτικό
Ψευδογονίδια Εσώνια, Διάσπαρτες

Γονιδιακά τμήματα Διαταγμένες στη σειρά
αμετάφραστες επαναλήψεις
αλληλουχίες ... επαναλήψεις
Μέγεθος Γονιδιώματος
Το μέγεθος του γονιδιώματος ή «C-value» ενός οργανισμού
καθορίζεται από την συνολική ποσότητα του DNA που περιέχεται σε
ένα σύνολο απλοειδών χρωμοσωμάτων.
H. sapiens ~3 Gb
M. musculus 2,5 Gb
D. melanogaster 0,18 Gb
C. elegans 0,097 Gb
S. cerevisiae 0,012 Gb
Όμως
μία αμοιβάδα, από τους πιο
Το ελάχιστο μέγεθος
απλούς μονοκύτταρους αυξάνει με το Φύλο
ευκαρυωτικούς οργανισμούς, έχει (Phylum)!
~670 Gb!
Παραδείγματα ειδών και
μεγέθη γονιδιωμάτων (σε bp)
Polychaos dubium
670,000,000,000
Amoeba proteus
290,000,000,000
Bufo bufo
6,900,000,000
Homo sapiens
2,900,000,000
Boa constrictor
2,100,000,000
Rhinolophus ferrumequinum
1,929,400,000
Plasmodium falciparum
25,000,000
Human immunodeficiency virus type 1
19,750
Το εύρος του μεγέθους του γονιδιώματος
Στους ευκαρυώτες, ο
λόγος μεγέθους αγγίζει
το 80,000!
Graur & Li. Fundamentals of

Molecular Evolution (1999)
Το παράδοξο του μεγέθους του γονιδιώματος (C-value paradox):
αδυναμία των C-values να αντιστοιχηθούν στη φυλογενετική
(μορφολογική) πολυπλοκότητα των οργανισμών
Η μύγα ξυδιού Η ακρίδα
Drosophila melanogaster Podisma pedestris
180.000 bases 18.000.000 bases
Αυτή η διαφορά (x100) είναι δύσκολο να εξηγηθεί υπό το πρίσμα των σχετικά όμοιων
επιπέδων της εξελικτικής, αναπτυξιακής και ηθολογικής πολυπλοκότητας αυτών των
οργανισμών.
Ένα άλλο ακραίο παράδειγμα παρατηρείται στα αμφίβια, όπου το

μικρότερο γονιδίωμα είναι της τάξης του 109 bp, ενώ το μεγαλύτερο
αγγίζει τις 1011 bp. Και εδώ είναι εξαιρετικά δύσκολο να πιστέψουμε
ότι ο 100-πλάσιος αριθμός γονιδίων είναι απαραίτητος για τον
καθορισμό των διαφορετικών ειδών αμφιβίων.
Το κλειδί για την ερμηνεία του C-value paradox βρίσκεται στις μη
γονιδιακές περιοχές
Σύγκριση μιας περιοχής 80 kilobase στη ζύμη και

τον άνθρωπο
Αριθμός γονιδίων
αυξάνει με την
αύξηση της
φυλογενετικής
πολυπλοκότητας
Η παραδοξότητα λύθηκε με την ανακάλυψη του DNA που δεν κωδικοποιεί

πρωτεΐνες και το οποίο εμφανίζει συνήθως μεγάλη επαναληψιμότητα
Γονιδιακό DNA
Γονίδια (κωδικοποίηση πρωτεϊνών ή RNA) (σε ένα ή πολλά αντίγραφα)
Μόλις το 1-2% του ανθρώπινου γονιδιώματος κωδικοποιεί πρωτεΐνες
Μη γονιδιακό DNA (περιοχές του γονιδιώματος χωρίς γνωστή λειτουργία)*

Εξω-γονιδιακό DNA με μεγάλη επαναληψιμότητα
Satellite DNA (5-100bp)  > 106 επαναλήψεις/ γονιδίωμα
Minisatellites (10-60bp)  > 103 επαναλήψεις/ γονιδίωμα
Microsatellites (1-6 bp)  > 104 επαναλήψεις/ γονιδίωμα
Telomeres (4-8bp)
Μεταθετά στοιχεία (SINEs: 100-300bp, LINEs: 1-5 kb)
To μη γονιδιακό DNA είναι γνωστό ως junk DNA. Όμως κάποιες περιοχές είναι
εξαιρετικά συντηρημένες «κρύβοντας» μια κρυμμένη λειτουργία (Koop & Hood 1994).
* Τεράστιο εξελικτικό ενδιαφέρον αφού, εφόσον δεν είναι λειτουργικό, θα είναι ουδέτερο ως
προς την φυσική επιλογή
Πως μεταφέρεται το γονιδίωμα από τον έναν
οργανισμό στον άλλο;
Το γενετικό υλικό μεταφέρεται από τους γονείς στους απογόνους
με ένα προβλέψιμο τρόπο και για το λόγο αυτό οι γενετικοί
δείκτες μας επιτρέπουν να βγάζουμε συμπεράσματα σχετικά με
τις σχέσεις των οργανισμών.
Δεν κληρονομείται όλο το DNA με τον ίδιο τρόπο!
Η κατανόηση των διαφορετικών μεθόδων κληρονόμησης του

DNA είναι κρίσιμη και απαραίτητη πριν την πρόβλεψή μας
σχετικά με το πώς συμπεριφέρονται οι διαφορετικές περιοχές του
γενετικού υλικού κάτω από πολυάριθμα οικολογικά και
εξελικτικά σενάρια.
Πυρηνικό DNA και DNA οργανιδίων κυττάρου
1) Διγονεϊκή κληρονομικότητα
π.χ. πυρηνικό DNA

Πυρηνικό DNA και DNA οργανιδίων κυττάρου
2) Μονογονική κληρονομικότητα
π.χ. Οργανιδιακό DNA
Μιτοχονδριακό DNA (mtDNA) και

Πλαστιδιακό DNA (χλωροπλαστικό DNA)
Μιτοχόνδρια και Μιτοχονδριακό

DNA (mtDNA)
Μιτοχόνδρια
 Τα κέντρα παραγωγής ενέργειας
Εκατοντάδες αντίγραφα ανά κύτταρο / σε όλα σχεδόν τα

κύτταρα
Ενδοσυμβιωτική θεωρία προέλευσης (θεωρία της

Margulis 1970: ελεύθερων α-ροδοβακτηρίων σε
αμοιβαδοειδή κύτταρα, προγονικά των σημερινών
ευκαρυωτικών).
Μιτοχόνδρια
 Τα κέντρα παραγωγής ενέργειας
Εκατοντάδες αντίγραφα ανά κύτταρο / σε όλα σχεδόν τα

κύτταρα
Ενδοσυμβιωτική θεωρία προέλευσης (θεωρία της

Margulis 1970: ελεύθερων α-ροδοβακτηρίων σε
αμοιβαδοειδή κύτταρα, προγονικά των σημερινών
ευκαρυωτικών).
Συνεξέλιξη τα τελευταία 1 δις χρόνια
Ζωικό μιτοχονδριακό DNA (mtDNA)
mtDNA: δίκλωνο, κυκλικό, υπερελικωµένο µόριο

DNA
Ζωικό mtDNA
1) Κλειστό, κυκλικό μόριο DNA, 16-20Kb σε μήκος

2) Δίκλωνο μόριο
3) Απλοειδές
4) Μονογονική κληρονόμηση
5) Δεν ανασυνδυάζεται
6) Δεν έχει μεταθετά στοιχεία, ψευδογονίδια, ιντρόνια,
διαγονιδακές αλληλουχίες και επαναληπτικό DNA
7) Έχει γρήγορο ρυθμό εξέλιξης (5-10 φορές ταχύτερα
συγκρινόμενο µε το μοναδικό (µη επαναλαµβανόµενο)
πυρηνικό DNA)
Ζωικό mtDNA
κωδικοποιεί για
13 πρωτεΐνες
22 μεταφορικά RNAs
2 ριβοσωμικά RNAs
περιοχή ελέγχου
 Αλυσίδες mtDNA
Ελαφριά (L) και βαριά (H) αντικατοπτρίζουν τη διαφορά

τους στο ποσοστό γουανίνης και θυµίνης (G+T) που
περιέχουν
Ιδιότητες ζωικού mtDNA
1) Γρήγορος ρυθμός εξέλιξης

2) Σταθερός αριθμός και διάταξη γονιδίων
3) Σχετικά σταθερό μήκος
4) Απουσία ανασυνδυασμού (ελάχιστες εξαιρέσεις,
π.χ. μύδια)
Ερμηνεία γρήγορου ρυθμού εξέλιξης
1) η απουσία ενζύμων διόρθωσης ή η ανικανότητα της

μιτοχονδριακής πολυµεράσης να διορθώνει λάθη, επειδή το
mtDNA δεν κωδικοποιεί πρωτεΐνες που εμπλέκονται στην
αντιγραφή, μεταγραφή και μετάφραση του µορίου
2) η μεγαλύτερη έκθεση του mtDNA σε οξειδωτικούς

παράγοντες, όπως ρίζες και υπεροξείδια
3) τα μιτοχόνδρια δεν έχουν αποτελεσματικούς παράγοντες

απομάκρυνσης των διµερών πυριµιδίνης
Φυτικό Μιτοχονδριακό DNA
Στα περισσότερα ανώτερα φυτά κληρονομείται μητρικά

Εξαιρέσεις: Κοκκινόξυλο είδος Sequoia sempervirens  πατρικά,
Είδη του γένους Pelargonium  αμφότεροι γονείς
- Παρόμοια λειτουργία με το ζωικό, αλλά διαφορετική δομή

- Ανασυνδυάζεται (γρήγορη εξέλιξη μέσω γονιδιακών
ανακατατάξεων και διπλασιασμών γονιδίων)
- Μεγάλη ποικιλία μεγέθους (από 40.000 έως 2.500.000bp)
- Αργός ρυθμός νουκλεοτιδικών υποκαταστάσεων (100
φορές πιο αργός από το ζωικό mtDNA)
π.χ. το mtDNA του βρυόφυτου Marchantia polymorpha
έχει
μήκος 186.608bp
περιέχει
3 ριβοσωμικά γονίδια (rRNA genes)

29 μεταφορικά RNA (tRNA genes)
30 πρωτεϊνικά γονίδια με γνωστή λειτουργία και
32 γονίδια με άγνωστη λειτουργία
Γονιδιακή διάταξη του mtDNA
στο Chondrus crispus (κόκκινο
φύκος).
Ο εξωτερικός δακτύλιος
μεταγράφεται δεξιόστροφα, ενώ
ο εσωτερικός αριστερόστροφα.
Τα γονίδια με το κόκκινο χρώμα
δεν εντοπίζονται στο ζωικό
mtDNA. Τα κίτρινα
μεταγράφονται ως τμήματα δύο
πρωτεϊνών.
Φυσικά αυτό δεν σημαίνει ότι δεν υπάρχουν χρήσιμες

εφαρμογές του φυτικού mtDNA σε μελέτες μοριακής
οικολογίας φυτών (π.χ. φυλογεωγραφία)
Διασπορά φυτών μέσω

1) καρπών (συνήθως μικρές
αποστάσεις)
2) γύρης (μεγάλες αποστάσεις π.χ.
άνεμος)
Mεγάλη διαφορά ως προς την έκταση που

μπορούν να ταξιδέψουν (διασπαρθούν) Picea maritima
Μαύρο έλατο
Αφού τo mtDNA είναι μητρικά κληρονομήσιμο, η γεωγραφική
κατανομή των mtDNA απλοτύπων θα αντανακλά τη διασπορά
των καρπών και δεν θα επηρεάζεται από τη διασπορά της
γύρης που περιέχει πατρικής προέλευσης γονότυπο.
Picea maritima
Μαύρο έλατο
Στόχος
Ανάλυση 9 πληθυσμών μαύρου έλατου
στον Καναδά. Περιοχές δειγματοληψίας
1) βόρεια δάση (116 άτομα)
2) τούνδρα (124 άτομα)
Στοιχεία: ηλικία < 6.000 χρόνων (παγετώνας)
Δεδομένα: χρήση mtDNA (διασπορά μέσω καρπών) και
πυρηνικού DNA
[Gamache et al. 2003 Mol. Ecol. 12, 891-901 (01)]

Αποτελέσματα
Πυρηνικό DNA: οι πληθυσμοί από όλες

τις ζώνες βλάστησης είναι σημαντικά
διαφοροποιημένοι με μικρή
ενδοπληθυσμιακή διαφοροποίηση
Μιτοχονδριακό DNA:
Τα πρότυπα του mtDNA είναι εντυπωσιακά
διαφορετικά.
 Υψηλή mtDNA διαφοροποίηση στους
πληθυσμούς των βόρειων δασών
 Ένας μόνος απλότυπος για τους

βορειότερους πληθυσμούς (τούνδρα)
Η έλλειψη mtDNA ποικιλότητας υποδεικνύει φαινόμενο

ιδρυτή μέσω μεγάλης απόστασης εποίκισης από καρπούς
μετά την παγετώδη, ενώ η αυξημένη πυρηνική διαφοροποίηση
πιθανά οφείλεται σε διασπορά μέσω γύρης
Πλαστίδια και χλωροπλαστικό DNA
Πώς τα φυτά διαφοροποιούνται από τα ζώα;
1) Είναι πράσινα
2) Πολλά είναι πολυπλοειδικά
3) Ο υβριδισμός είναι πολύ κοινός
4) Αναπαράγονται αμφιγονικά ή με αυτογονιμοποίηση
5) Τα φυτά είναι μόνιμα (δεν μετακινούνται ενεργητικά)
6) Το ζευγάρωμα είναι παθητικό (μέσω του ανέμου ή άλλων
οργανισμών)
7) Παθητική διασπορά (μέσω του ανέμου ή άλλων οργανισμών)
8) Κάθε γενιά απογόνων έχει πολλούς πατεράδες
Γονιδιώματα φυτών
3 τύποι γονιδιωμάτων
– πυρηνικό (nDNA)
– μιτοχονδριακό (mtDNA)
– χωροπλαστικό (cpDNA)
nDNA εξελίσσεται γρηγορότερα

cpDNA 2-4 φορές πιο αργό από το nDNA
mtDNA τουλάχιστον 5 πιο αργό από το nDNA
Εμφανίζει συχνές δομικές

ανακατατάξεις και χαμηλό ρυθμό
νουκλεοτιδικών υποκαταστάσεων
Χλωροπλάστες
1) Οργανίδια όπου λαμβάνει χώρα η
φωτοσύνθεση
2) Προέλευση μέσω ενδοσυμβίωσης
3) Μητρική κληρονόμηση στα αγγειόσπερμα,
πατρική στα γυμνόσπερμα
4) Σχετικά σταθερή δομή και οργάνωση
γονιδίων σε όλα τα φυτά
Χλωροπλαστικό DNA (cpDNA)
1) Δομικά σταθερό
2) Αργή εξέλιξη – περίπου 4 φορές πιο
αργό από το πυρηνικό
- Οι μη κωδικές περιοχές έχουν
αντίστοιχο ρυθμό με αυτόν των
κωδικών περιοχών του πυρηνικού DNA Mesostigma viride
Πράσινο φύκος
3) Απλοειδές
4) Ανασυνδυάζεται, πλήθος
επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών
Κυκλικό μόριο, ~120 – 220 kb
- 3 περιοχές διατηρούνται σε όλα
τα φυτά
1) Large Single Copy (LSC)
2) Small Single copy (SSC)
3) Inverted repeat (IR)
H πλειονότητα της ποικιλότητας παρατηρείται στην περιοχή IR,

το μέγεθος της οποίας κυμαίνεται από 20-25 kb
Oι IR περιοχές εξελίσσονται πιο αργά – τουλάχιστον 3 φορές πιο
αργά σε σχέση με το υπόλοιπο cpDNA
 H περιοχή LSC είναι η πιο καλά μελετημένη (φωτοσυνθετικές
πρωτεϊνες, rubisco)
O καπνός (Nicotiana tabacum) cpDNA
έχει 144 γονίδια (155.943bp)
- 98 γονίδια που κωδικοποιούν:

ριβοσωμικές πρωτεΐνες, γονίδια
φωτοσύνθεσης και αναπνοής των
χλωροπλαστών
- 45 δομικά RNAs,
- 1 ψευδογονίδιο
Πηγή: GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/en
trez?db=genome&cmd=Retrieve&d
opt=Overview&list_uids=13349
Εφαρμογές του cpDNA
1) Φυλογενετικές αναλύσεις
2) Ανακάλυψη ζωνών υβριδισμού
3) Προσδιορισμός της προέλευσης των
καλλιεργούμενων φυτών από τα άγρια είδη
4) Φυλογεωγραφία
5) Πληθυσμιακή γενετική
Μονογονεϊκό πυρηνικό DNA
Το Υ χρωμόσωμα μεταβιβάζεται πατρικά, αφού

περνάει από τα αρσενικά άτομα μόνο στους
αρσενικούς απογόνους και επιτρέπει στους
ερευνητές να παρακολουθήσουν την μετάβασή
του στους πατρικούς γονοτύπους των ζώων,
όπως συμβαίνει με τους χλωροπλάστες στα
Γυμνόσπερμα.
Υ Χρωμόσωμα των Θηλαστικών.

Το γονίδιο SRY «μετατρέπει» το έμβρυο σε αρσενικό.
Πίνακας 5, σελίδα. 267 από το βιβλίο
Dowling et al. 1996. Nucleic Acids III: Analysis of Fragments and Restriction
Sites. In Hillis, D.M., Moritz, C., Mable, B.K. (eds.) Molecular Systematics,
Sinauer Associates, Inc., Massachusetts, USA, pp. 249-320.
Μονογονεϊκοί γενετικοί δείκτες
Μειονεκτήματα
1) Κάθε οργανίδιο (μιτοχόνδριο, χλωροπλάστης)

συμπεριφέρεται σαν μία μονάδα και το γονιδίωμά του σαν
ένας γενετικός τόπος….
ιχνηλατούμε την ιστορία ενός γενετικού τόπου, που

μπορεί να συμφωνεί ή όχι με την εξελικτική ιστορία
του υπό εξέταση είδους
Μονογονεϊκοί γενετικοί δείκτες
2) Το μικρότερο δραστικό πληθυσμιακό μέγεθος των

mtDNA, cpDNA και Υ χρωμόσωματος σε σχέση με το
αυτοσωμικό DNA δείχνει ότι οι απλότυποι τους έχουν
μεγαλύτερη πιθανότητα να εξαφανιστούν.
Η εξαφάνιση απλοτύπων μπορεί να οδηγήσει τους ερευνητές

στην υπεραπλούστευση της πληθυσμιακής ιστορίας ή στην
υποεκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας.
Δραστικό πληθυσμιακό μέγεθος: «ο αριθμός των ενεργά

αναπαραγόμενων ατόμων σε ένα ιδεατό πληθυσμό που εμφανίζουν την
ίδια δυνατότητα διασποράς των αλληλομόρφων κάτω από τυχαία
γενετική παρέκκλιση ή την ίδια πιθανότητα διασταύρωσης όπως όλος ο
πληθυσμός».
Το δραστικό πληθυσμιακό μέγεθος (effective population size, Νe) είναι
συνήθως μικρότερο από το απόλυτο πληθυσμιακό μέγεθος.
Γενετική παρέκκλιση:
τυχαίες αλλαγές στις συχνότητες των
αλληλομόρφων, συνήθως λόγω
δειγματοληψίας από την γενετική
δεξαμενή κατά τη μεταβίβαση από τη
μια γενιά στην άλλη.
3) Οι μονογονικοί γενετικοί δείκτες μπορεί να μην είναι

αντιπροσωπευτικοί ολόκληρου του πληθυσμού
π.χ. εάν η μετακίνηση γίνεται μόνο από τα αρσενικά άτομα (τα

θηλυκά εμφανίζουν υψηλή φιλοπατρία), τότε τα δεδομένα του
mtDNA θα μας οδηγήσουν σε λανθασμένα συμπεράσματα
σχετικά με την ιστορία των ατόμων και των πληθυσμών
Παράδειγμα μελέτης: H φυλογεωγραφία της φάλαινας

(humpback whale) στον Ειρηνικό ωκεανό.
Palumbi & Baker (1994) Mol. Biol. Evol.

ΗΙ: Χαβάη
CA: Καλιφόρνια
Το mtDNA δεν έδειξε γονιδιακή

ροή μεταξύ των πληθυσμών της
Χαβάης και της Καλιφόρνιας
Η χρήση ενός πυρηνικού δείκτη ήταν απαραίτητη για σύγκριση και

επιβεβαίωση των αποτελεσμάτων
Επέλεξαν την ακτίνη γιατί

πρόκειται για γονίδιο με εξώνια
(κωδικές περιοχές), που είναι
σχετικά συντηρημένα σε ένα μεγάλο
εύρος οργανισμών. Παράλληλα
διαθέτει και εσώνια, των οποίων η
θέση και το μήκος, είναι σχετικά
σταθερά σε όλα τα είδη
Σχεδίασαν εκκινητές στις

περιοχές των εξωνίων με στόχο να
πολλαπλασιάσουν τις ενδιάμεσες
περιοχές των εσωνίων
Το εφάρμοσαν στις φάλαινες

 Πέντε άτομα από κάθε πληθυσμό αλληλουχήθηκαν για το εσώνιο της ακτίνης
Οι δέκα αλληλουχίες αποκάλυψαν 8 διαφορετικά αλληλόμορφα (απλότυπους),

όπου δημιουργούν ομάδες που δεν σχετίζονται με τη γεωγραφική προέλευση των
δειγμάτων.
Ακτίνη D-loop
H έλλειψη γεωγραφικού προτύπου είναι ένδειξη παρουσίας γονιδιακής ροής
Όμως το mtDNA έδειξε δύο διακριτές ομάδες
Ωστόσο τα αντίθετα αποτελέσματα των δύο τύπων γονιδιωμάτων δεν

είναι παράδοξο
Οι θηλυκές φάλαινες είναι λιγότερο κινητικές από τις αρσενικές και έτσι το μητρικά
κληρονομήσιμο mtDNA δείχνει ισχυρό γεωγραφικό πρότυπο, ενώ το πυρηνικό όχι,
υποδεικνύοντας γονιδιακή ροή μεταξύ των θηλυκών και ιδιαίτερα κινητικών
αρσενικών ατόμων
4) Μιτοχονδριακά ψευδογονίδια ή numts (nuclear copies of

mtDNA sequences)
αντίγραφα του mtDNA που μεταφέρονται στο
πυρηνικό γονιδίωμα και συνεχίζουν (ως μη λειτουργικά) να
εξελίσσονται ανεξάρτητα από το mtDNA. Το πρόβλημα
εδώ δημιουργείται κατά τη διάρκεια της PCR, εάν οι θέσεις
πρόσδεσης των εκκινητών έχουν συντηρηθεί και στο
ψευδογονίδιο, με αποτέλεσμα κατά την PCR θα
πολλαπλασιαστεί και αυτό ή μόνο αυτό το γονίδιο, αντί του
επιθυμητού γονιδίου μιτοχονδριακού γονιδίου.
Αρχαίο DNA (aDNA)
 Η κατάσταση του άνθρακα στο

στρώμα που βρέθηκε υποδεικνύουν:
ότι τα ιζήματα έχουν ενταφιαστεί σε
βάθος 3 km και
έχουν υποβληθεί σε θερμοκρασίες 90
–95οC
Επιβίωση = Απίθανη
Η αλληλουχία (cyt b) διέφερε εξίσου Πιθανά έχει διατηρηθεί

από αντίστοιχες αλληλουχίες στο οστό, οπότε πρόκειται
πουλιών, ερπετών και θηλαστικών για DNA δεινοσαύρου.
Τελικά: προϊόν μόλυνσης

Ανακεφαλαίωση
Σημαντικές θεωρήσεις για την επιλογή των
γενετικών δεικτών
Ακρίβεια και ευαισθησία των γενετικών δεικτών

Συσχετισμένοι/ασυσχέτιστοι δείκτες
Μultilocus/single locus
Παραγωγή γονιδιακών γενεαλογιών
Πυρηνικό/οργανιδιακό DNA
Γρήγορη ανάπτυξη
Γρήγορο διάβασμα (παραγωγή δεδομένων)
Ποιους δείκτες χρησιμοποιούμε;

Οι γενετικοί δείκτες οι κυρίαρχοι (dominant)
διακρίνονται σε δύο
μεγάλες κατηγορίες οι συγκυρίαρχοι (co-dominant)
Oι συγκυρίαρχοι δείκτες είναι αυτοί στους οποίους τα ομόζυγα και

τα ετερόζυγα άτομα μπορούν να διακριθούν
Ουσιαστικά οι κυρίαρχοι δείκτες μας επιτρέπουν την

ανάλυση πολλών γενετικών τόπων την ίδια στιγμή, ενώ
οι συγκυρίαρχοι μόνο ενός.
ΑΛΛΟΕΝΖΥΜΑ
Πολυμορφισμός σε επίπεδο πρωτεϊνών
Οι περισσότερες μελέτες στα
πρώτα χρόνια της μοριακής
οικολογίας βασίζονταν σε
πολυμορφικότητα πρωτεϊνών.
Η πολυμορφικότητά τους
καθορίζεται από την μετακίνηση
των πρωτεϊνών μέσα σε ένα
πήκτωμα (gel: που δρα ως μοριακό
κόσκινο) υπό την δράση
ηλεκτρικού πεδίου.
Διαφορετικά αλληλόμορφα του ίδιου γενετικού τόπου κινούνται

σε διαφορετικές αποστάσεις μέσα στο πήκτωμα, επειδή τα
αμινοξέα που συνθέτουν τις πρωτεΐνες έχουν διαφορετικό
ηλεκτρικό φορτίο και μοριακό βάρος.
Κατηγορία
- Συγκυρίαρχος γενετικός δείκτης με ανάλυση ενός τόπου κάθε
φορά.
- Εκτίμηση πρωτεϊνικής ποικιλομορφίας που αντανακλά την
ποικιλομορφία σε επίπεδο DNA (πυρηνικό DNA που
κωδικοποιεί πρωτεΐνες)
Χαρακτηριστικά
- Μικρή έως μέση ποικιλότητα
- Χαμηλό κόστος
- Εύκολη συσχέτιση (σύγκριση με άλλες μελέτες)
Τι είναι ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα?

Η ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα (στερεό και κολλώδες) είναι
η μέθοδος που διαχωρίζει μακρομόρια -νουκλεϊκά οξέα ή
πρωτεΐνες- βάσει μεγέθους, ηλεκτρικού φορτίου και άλλων
φυσικών ιδιοτήτων.
Ο όρος ηλεκτροφόρηση περιγράφει την μετακίνηση

σωματιδίων υπό την επίδραση ηλεκτρικού πεδίου.
Πολλά βιολογικά μακρομόρια έχουν ιοντικές ομάδες που

τους προσδίδουν ένα ηλεκτρικό φορτίο (αρνητικό ή θετικό),
βάσει του οποίου κινούνται προς την άνοδο ή την κάθοδο.
Αλλοένζυμα και Ισοένζυμα
Αλλοένζυμα είναι ένζυμα (πρωτεΐνες) που κωδικοποιούνται από
διαφορετικά αλληλόμορφα του ίδιου γενετικού τόπου.
Ισοένζυμα είναι λειτουργικά ισοδύναμες μορφές ενζύμων (επιτελούν
την ίδια λειτουργία), αλλά κωδικοποιούνται από διαφορετικούς
γενετικούς τόπους (γονίδια).
Ένα προς ένα τα βήματα για τον έλεγχο ποικιλομορφίας σε

αλλοένζυμα
Τοποθέτησή τους σε ειδικές θέσεις

Λειοτρίβιση στον (πηγαδάκια) του δοχείου
Φρέσκος ή βαθειά Μεταφορά λίγων μl φορτώματος (loading tray)
πάγο. Σε κάθε
κατεψυγμένος ιστός από κάθε πηγαδάκι
πηγαδάκι διαφορετικό
άτομο.
Χρήση του εφαρμογέα

Χρήση του πηκτώματος Τοποθέτηση των
super Z για δέσμευση Εφαρμογή
(λεπτό στρώμα κυτταρίνης) δειγμάτων στην
του δείγματος ηλεκτρικού πεδίου
τοποθετημένο σε ένα επιφάνεια του gel
πλαστικό φύλλο
Ένα προς ένα τα βήματα για τον έλεγχο ποικιλομορφίας σε
αλλοένζυμα
Το gel βάφεται με
ειδική χρωστική
Σε σύντομο χρονικό διάστημα, η

χρωστική θα αρχίσει να αποκαλύπτει
την θέση των αλλοενζύμων
Έλεγχος της ποικιλότητας.
Αναγνώριση και διάκριση ζωνών
στο πήκτωμα
Διάβασμα των ζωνών στο πήκτωμα

Οι περισσότερες πρωτεΐνες έχουν μία γνωστή τεταρτοταγή δομή, που
καθορίζεται από τις υπομονάδες (πολυπεπτίδια) από τις οποίες
αποτελείται. Η δομή και αριθμός των υπομονάδων θα καθορίσει τον
αριθμό των ζωνών σε κάθε τόπο.
Μονομερής πρωτεΐνη,
(μία υπομονάδα), το
ετερόζυγο άτομο έχει
δύο ζώνες
Διμερής πρωτεΐνη,
(δύο υπομονάδες), το
ετερόζυγο άτομο έχει 3
ζώνες
Γιατί τα ετερόζυγα έχουν 3 ζώνες και γιατί η μεσαία είναι

πιο έντονη;
Έστω 2 αλληλόμορφα του τόπου

GPI:
1-κόκκινο, 2-μπλε.
Το κόκκινο έχει περισσότερο

αρνητικό φορτίο και τρέχει πιο
γρήγορα.
Τα ομόζυγα άτομα έχουν είτε

κόκκινο είτε μπλε αλληλόμορφο.
Γιατί τα ετερόζυγα έχουν 3 ζώνες και γιατί η μεσαία είναι
πιο έντονη;
Τα ετερόζυγα παράγουν τον ίδιο

αριθμό μπλε και κόκκινων
υπομονάδων. Όταν αυτά
ζευγαρώνουν για να φτιάξουν διμερή,
στατιστικά έχουμε 25% κόκκινο-
κόκκινο, 25% μπλε-μπλε, 25%
κόκκινο-μπλε και 25% μπλε-κόκκινο.
Τα δύο τελευταία έχουν ενδιάμεση

κινητικότητα σε σχέση με τα πρώτα
και επειδή είναι διπλάσια σε αριθμό
έχουν πιο ισχυρή ζώνη.
Τριμερής πρωτεΐνη,
(3 υπομονάδες), το
ετερόζυγο άτομο έχει 4
ζώνες
1
2
3 Ίδιος φαινότυπος
4
5
6 Ίδιος φαινότυπος
7
8
Ophelia bicornis
Maltagliati et al. 2003. Allozymes and number of nephridiopores support the occurrence of two Ophelia species (Annelida,
Polychaeta) in Western Mediterranean: is it a case of ecological speciation? Benthic Ecology Meeting
ΑΛΛΟΕΝΖΥΜΑ
Ο κυριότερος περιορισμός…..
Εύκολη και με χαμηλό κόστος μέθοδος, αλλά συνήθως

χωρίς ποικιλομορφία
αφού…..
οι διαφορές σε επίπεδο DNA θα γίνουν ορατές στην

πρωτεϊνική ηλεκτροφόρηση μόνο όταν προκαλούν
αντικατάσταση αμινοξέων (μη συνώνυμες υποκαταστάσεις)
Τα αλλοένζυμα είναι σημαντικά στην ΜΟ, αλλά
όπως θα δούμε το DNA έχει περισσότερα
πλεονεκτήματα:
DNA είναι γενικά πιο πολυμορφικό

DNA πολλαπλασιάζεται μέσω της PCR και έτσι
δείγματα σε μικρές ποσότητες μπορούν να
χρησιμοποιηθούν
DNA είναι πιο σταθερό, οπότε πιο εύκολο στη
συλλογή και αποθήκευση δειγμάτων
DNA παράγει γονιδιακές γενεαλογίες
Όλοι οι δείκτες και οι τεχνικές που θα δούμε

από τώρα και στο εξής βασίζονται στο DNA
RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphism)
Πολυμορφισμός Μήκους των Θραυσμάτων DNA μετά από πέψη

με Περιοριστικά ένζυμα
Συγκυριάρχος δείκτης (στόχευση

ενός τόπου)
Πέψη σε mtDNA ή πυρηνικό DNA
Μέση ποικιλότητα
Εύκολη σύγκριση με άλλες μελέτες
RFLPs
Πέψη (κόψιμο) του DNA με μια περιοριστική ενδονουκλεάση
Διαχωρισμός των θραυσμάτων της πέψης βάσει μοριακού βάρους
(μήκους)
Μεταφορά σε ειδική μεμβράνη
Χρήση ανιχνευτών για την εύρεση των θραυσμάτων
Περιοριστικά ένζυμα
Περιοριστικά ένζυμα (ή ενδονουκλεάσες): «κόβουν» το DNA στα
σημεία που συναντούν ειδικές αλληλουχίες μήκους 5-6 βάσεων, που
είναι γνωστές ως περιοριστικές θέσεις.
Φυσιολογικά: προστασία των βακτηρίων από ιούς (το κυτταρικό DNA

είναι προστατευμένο μέσω μεθυλίωσης) (εμποδίζει τη δράση του
ενζύμου). Bacteriophage
Endonucleases
M M M M M
M
M M M
M
Methylases Bacteria
Παραδείγματα περιοριστικών ενζύμων και
αλληλουχιών που κόβουν
Μικροοργανισμός πηγή Ένζυμο Περιοριστική θέση Άκρα που παράγει
Arthrobacter luteus AluI AG|CT Blunt

Τυφλά άκρα
Serratia marcesans Sma I CCC|GGG Blunt
Bacillus amyloiquefaciens Bam HI G|GATCC Sticky
Escherichia coli Eco RI G|AATTC Sticky
Haemophilus gallinarum Hga I GACGC(N)5| Sticky
Haemophilus infulenzae Hind III A|AGCTT Sticky Κολώδη άκρα
Providencia stuartii Pst I CTGCA|G Sticky
Nocardia otitiscaviaruns Not I GC|GGCCGC Sticky
Staphylococcus aureus Sau 3A |GATC Sticky
Thermus aquaticus Taq I T|CGA Sticky
Η υδρόλυση του DNA με περιοριστικά ένζυμα παράγει ένα

μίγμα θραυσμάτων
Τα μικρότερα θραύσματα κινούνται πιο γρήγορα σε πήκτωμα
ηλετροφόρησης
Κόβοντας το ίδιο DNA με διαφορετικά ένζυμα θα πάρουμε

διαφορετικά πρότυπα ζωνών στο πήκτωμα
Κόβοντας το DNA διαφορετικών ατόμων με το ίδιο ένζυμο θα
πάρουμε ένα διαφορετικό πρότυπο ζωνών στο πήκτωμα για
κάθε άτομο, αν τα άτομα διαφέρουν ως προς τις αλληλουχίες
DNA (περιοριστικές θέσεις)
Μία σημειακή
υποκατάσταση μπορεί να
αλλάξει μια περιοριστική
θέση, αλλάζοντας το πρότυπο
των παραγόμενων
θραυσμάτων.
Αυτές τις αλλαγές στα

περιοριστικά θραύσματα
ονομάζουμε RFLPs και
προσπαθούμε να τις
ανιχνεύσουμε.
http://bcs.whfreeman.com/thelifewire/content/chp16/1602001.html
Τα RFLPs ήταν το δεύτερο ουσιαστικά εργαλείο που

αναπτύχθηκε και χρησιμοποιήθηκε στην ΜΟ. Αν και
συνεχίζουν να έχουν ενεργό ρόλο στην ΜΟ, η χρήση τους έχει
περιοριστεί εξαιτίας κάποιων μειονεκτημάτων:
 η μεγάλη ποσότητα DNA που απαιτούν,

 η δυσκίνητη τεχνολογία που χρησιμοποιούν,
 η αδυναμία ανάλυσης μεγάλου αριθμού ατόμων και τόπων,
 η δυσκολία αναγνώρισης και ο μικρός αριθμός διαθέσιμων
πολυμορφικών τόπων
 όπως και στην ηλεκτροφόρηση των πρωτεϊνών χάνεται ένα μεγάλο
μέρος της γενετικής ποικιλότητας, αφού τυπικά μόνο ένα μικρό
ποσοστό των νουκλεοτιδίων του DNA αποτιμάται ως προς την
ποικιλομορφία του (το ποσοστό αυξάνει με την αύξηση των ενζύμων
που χρησιμοποιούνται).
Παράδειγμα μελέτης
Η πληθυσμιακή δομή των κοάλα στη νότια Αυστραλία.

[Taylor et al. 1997 Genetical Research (02)]
Στα κοάλα της νότιας Αυστραλίας

έχουν εφαρμοστεί διάφορα
προγράμματα μεταφοράς ατόμων
(translocation programs) για την
διατήρηση του είδους.
Η πληροφορία των γενετικών δεικτών

που χρησιμοποιήθηκαν αρχικά
(αλλοένζυμα) ήταν πολύ μικρή. Οι
δείκτες είχαν μικρή διακριτική
ικανότητα.
Τα κοάλα της νότιας Αυστραλίας κινδύνευαν με εξαφάνιση

λόγω κυνηγιού.
Μετατοπίσεις (μεταφορές ατόμων) κυρίως από το νησί
French
 Αριθμητικά ήταν επιτυχείς. Όμως ποιες ήταν οι γενετικές
συνέπειες;
Παλιότερη
κατανομή
Σύγχρονη
κατανομή
RFLPs σε mtDNA
Η καλύτερη τότε (1997) διαθέσιμη τεχνική
Απομόνωση mtDNA από κάθε άτομο
Έλεγχος του προτύπου σε 91 άτομα με 23 περιοριστικά

ένζυμα
Πολύ χαμηλή διαφοροποίηση. Μόνο ένα ένζυμο έδειξε

πολυμορφισμό (2 απλότυποι)
Χωρικά πρότυπα
MtDNA-RFLP ανάλυση
Αποκάλυψε πολύ μικρή γενετική
διαφοροποίηση μεταξύ των
πληθυσμών των κοάλα, που έχουν
προέλθει από το νησί French μέσω
μεγάλης κλίμακας μετατοπίσεων.
Αυτά τα ευρήματα είναι σύμφωνα
Τα κοάλα από το νησί French
με την πρόσφατη ιστορία των
χρησιμοποιήθηκαν για την
στενωπών (bottlenecks) και των αποκατάσταση των πληθυσμών
μετατοπίσεων... του στην περιοχή Victoria της
νότιας Αυστραλίας.
Χωρικά πρότυπα
Όμως.....
δεν μπορεί να εξηγήσει άλλες
παρατηρήσεις, όπως τα παρόμοια
επίπεδα mtDNA διαφοροποίησης σε
δύο σχετικά ανεπηρέαστους από τον
άνθρωπο πληθυσμούς της Queensland
(ΒΑ Αυστραλία). Αυτό αυξάνει την
πιθανότητα η χαμηλή mtDNA
ποικιλότητα να είναι χαρακτηριστικό Τα κοάλα από το νησί French
των κοάλα, που αποτελεί ένα πολύ χρησιμοποιήθηκαν για την
ενδιαφέρον στοιχείο που απαιτεί πιο
αποκατάσταση των πληθυσμών
εκτεταμένες δειγματοψηλίες και
του στην περιοχή Victoria της
χρήση δεικτών με υψηλότερη
διακριτική ικανότητα νότιας Αυστραλίας.
(μικροδορυφορικά).
Ορόσημο…
H Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμερισμού (PCR) [Saiki et al. 1985]
PCR song
Μικροδορυφορικές αλληλουχίες ή μικροδορυφορικά
Είναι τμήματα DNA που αποτελούνται από μικρές, επαναλαμβανόμενες

αλληλουχίες μήκους 1-6bp
Ως δείκτες εμφανίζουν υψηλά επίπεδα ενδοειδικού πολυμορφισμού και δεδομένου ότι ο

αριθμός των αλληλομόρφων ανά μικροδορυφορικό τόπο είναι μεγάλος (10-100), οι γονότυποι
των ατόμων ενός πληθυσμού (γενεαλογικές γραμμές) είναι πολύ πληροφοριακοί για την
απάντηση σημαντικών οικολογικών ερωτημάτων.
Τα μικροδορυφορικά οφείλουν την ποικιλότητά τους στον αυξημένο ρυθμό μεταλλαγής. Ο
ρυθμός αυτός έχει εκτιμηθεί σε 10-4-10-5 μεταλλαγές ανά τόπο και ανά αντιγραφή στις ζύμες
και 10-3-10-4 στα ποντίκια, που είναι κατά πολύ υψηλότερος από τον συνολικό ρυθμό
μεταλλαγής του γονιδιώματος, που εκτιμάται στα 10-9-10-10.
Ο υψηλός μεταλλακτικός ρυθμός αποδίδεται στο «γλίστρημα» (slippage) της αλυσίδας DNA
κατά τη διάρκεια της αντιγραφής. Το φαινόμενο αυτό, επειδή μπορεί να οδηγήσει στην
απώλεια ή στην εμφάνιση μιας νέας επανάληψης, ονομάστηκε Stepwise Mutation Model
(SMM, Kimura and Ohta 1978). Κάποια από τα λάθη που δημιουργούνται από το γλίστρημα
μπορεί να διορθωθούν από τους μηχανισμούς επιδιόρθωσης του πυρήνα, όμως πολλά
«δραπετεύουν» από τη διόρθωση.
Τα μικροδορυφορικά δεν είναι ιδιαίτερα χρήσιμα για την εκτίμηση εξελικτικών

γεγονότων που συνέβησαν στο μακρινό παρελθόν. Ο υψηλός ρυθμός μεταλλαγής
και η τάση τους να αυξάνουν ή να μειώνονται σε μέγεθος σηματοδοτεί μεγάλη
πιθανότητα ομοπλασίας, όπως η ομοπλασία μεγέθους.
Αλληλόμορφο με 17 επαναλήψεις Αλληλόμορφο με 19 επαναλήψεις
Προσθήκη 1 Απώλεια 1
επανάληψης επανάληψης
Αλληλόμορφο με 18 επαναλήψεις Αλληλόμορφο με 18 επαναλήψεις
Αν και έχουν διαφορετική προέλευση

(ιστορία), τα δύο αλληλόμορφα θα
εμφανίζονται ως δύο αντίγραφα της ίδιας
προγονικής αλληλουχίας
Ένα θηλυκό για τον Μοναχικό Γιώργο (Lonesome George);
[Russello et al. 2007 Current Biology (04)]
H ιστορία του Lonesome George

mtDNA – Φυλογενετικό δέντρο ML δέντρο
4.5 Kb
LG Pinta
161 άτομα
ESP Española 21 πληθυσμοί
SCR San Cristobal
CF Santa Cruz
1.5-2.0 Myr PBL
Isabela: V.Wolf
PBR
AGO S. Salvador
PZ Pinzon Pinta
CM Santa Cruz
CRU Santa Cruz Isabela

VD Isabela: V. Darwin
VA Isabela: V. Alcedo
CPA St Salvador
CAZ Pinzón
Isabela: S. Negra
RU St Fé
CR St Cruz
CC St Cristóbal
LC Floreana
0.2-0.3 Myr
LP Isabela: C. Azul
Española
LT
PEG
chilensis
carbonaria
denticulata Caccone et al. 2002. Evolution
Lonesome George Espanola Male

Χρησιμοποιώντας μουσειακά δείγματα έγινε προσπάθεια
κατανόησης εάν ο LG ανήκει στο πληθυσμό της Pinta
 962 bp του 16S ribosomal

και cyt b mtDNA
Caccone et al. 1999 PNAS
 354 άτομα από όλους τους αρτίγονους πληθυσμούς των χελωνών
10 μικροδορυφορικούς τόπους
Russello et al. 2007 Current Biology

H εύρεση ατόμων στο Volcano Wolf της Isabela με γενεαλογία του πληθυσμού
της Pinta υπέδειξε ότι ο Μοναχικός Γιώργος δεν ήταν ο μόνος επιζών του
είδους του (σήμερα Chelonoidis abingdoni μέχρι πρόσφατα Geochelone
abingdoni).
Ίσως επιστρέψει το χαμόγελο στα χείλη του. Ίσως τελικά να καταφέρει να

διαιωνιστεί και να μην παραμείνει στην ιστορία ως ο Μοναχικός Γιώργος.
Τελικά οι προσπάθειες δεν καρποφόρησαν αφού ο Μοναχικός Γιώργος πέθανε

τον Ιούνιο του 2012. (Lonesome-george at AMNH)
Απεβίωσε: αιτία βαθιά γεράματα

Εκτίμηση της ποικιλότητας των αλληλουχιών DNA
Αλληλούχιση DNA
Αν και όλοι γενετικοί δείκτες ποσοτικοποιούν (άμεσα ή έμμεσα) την

ποικιλότητα σε επίπεδο DNA, η αλληλούχιση είναι η μόνη μέθοδος που
επιτρέπει τον ακριβή προσδιορισμό των βάσεων που διαφέρουν μεταξύ των
ατόμων.
Η πιο παλιά μέθοδος:

ραδιοσημασμένες αντιδράσεις
αλληλούχισης
Τα βέλη υποδεικνύουν διαφορές

μεταξύ 3 αφίδων
DNA sequencing
Αυτοματοποιημένη μέθοδος – πολύ κακό για τον προϋπολογισμό ενός εργαστηρίου
Η πιο δημοφιλής μέθοδος για την αλληλούχιση DNA είναι γνωστή ως διδέοξυ
μέθοδος ή μέθοδος τερματισμού της αλυσίδας (Sanger et al. 1977)
Το κλειδί της μεθόδου είναι η χρήση

διδέοξυ-νουκλεοτιδίων (ddNTPs) για τον
τερματισμό της αλυσίδας του DNA.
Τα ddNTPs στερούνται της 3'-OH που

απαιτείται για το σχηματισμό του
φωσφοδιεστερικού δεσμού μεταξύ δύο
νουκλεοτιδίων
Εάν ο λόγος φυσιολογικών προς
διδέοξυ νουκλεοτιδίων είναι
αρκετά υψηλός, πολλές DNA
αλυσίδες θα πετύχουν να
προσθέσουν αρκετά νουκλεοτίδια
πριν την προσθήκη ενός διδέοξυ
που θα σταματήσει την διαδικασία
Αυτοματοποιημένος αλληλουχητής -Automated sequencer
Ένα gel ή capillary μηχάνημα διαχωρίζει

τα παραγόμενα θραύσματα βάσει
μεγέθους.
Βάσει αυτών μπορούμε να «διαβάσουμε»
την αλληλουχία από κάτω προς τα πάνω
Αυτό είναι μία ιδανική εικόνα αλληλούχισης από ένα αυτοματοποιημένο
αλληλοχητή ABI 377
1. Τα trace files (dye signals) αναλύονται και οι

καθορίζονται οι βάσεις (bases called) για την
δημιουργία των χρωματογραφημάτων.
2. Χρωματογράματα από τις συμπληρωματικές

αλυσίδες ευθυγραμμίζονται με την βοήθεια
υπολογιστικών προγραμμάτων.
Καλής ποιότητας
αλληλουχία
Χαρακτηριστικό πρόβλημα των

αλληλουχιών που παράγονται είναι η
χαμηλή ποιότητα των παραγόμενων
αλληλουχιών στα πρώτα 40-50
νουκλεοτίδια (εικόνα 12) και η
χειροτέρευση της ποιότητάς της μετά τα
600-700 νουκλεοτίδια.
Next Generation Sequencing
Νέας Γενιάς Αλληλούχιση, ΝΓΑ

Χρόνος: 13 χρόνια!!!
Κόστος: 3 δις USD!!!

> 25 γονιδιώματα την ημέρα!
> 50 γονιδιώματα την ημέρα!

Τόσα πολλά γονιδιώματα σε τόσο λίγο χρόνο
Χάσμα
δημιουργεί
υπολογιστικά
προβλήματα και
προβλήματα στην
αποθήκευση των
δεδομένων
Stein 2010 Genome Biology 11:207

The old genome The 'new' genome

informatics ecosystem informatics ecosystem based
on cloud computing
Αρχικά με ραδιενέργεια…
Χρειάζονταν 2 ημέρες για να διαβαστούν 200bp

Δηλαδή περίπου 10.500 χρόνια…
Από τη ραδιενέργεια στον φθορισμό και από τα πηκτώματα στα τριχοειδή

Από τη ραδιενέργεια στον φθορισμό και από τα πηκτώματα στα τριχοειδή
Tα πρώτα συστήματα ηλεκτροφόρησης με τριχοειδή

απέδιδαν 300bp ανά τρέξιμο και περίπου 4 τρεξίματα
ανά φόρτωμα (shift).
Με 3 φορτώματα / ημέρα = 3600 bp/μηχάνημα/ημέρα
Αυτό αυξήθηκε κατά 10 φορές στα επόμενα 5 χρόνια
Δηλαδή περίπου 230 χρόνια…

Η πλατφόρμα 454-GS έχει την ικανότητα να

διαβάζει 1 δις βάσεις/ημέρα.
Συγκρίνετε αυτό με τις 200 βάσεις του 1995

ή τις 3600 βάσεις του 2001
Χρειαζόμαστε απλά 3 συσκευές και 1 ημέρα ή 1 συσκευή και 3 ημέρες για την
αλληλούχιση του ανθρώπινου γονιδώματος.
Κόστος: χιλιάδες αντί εκατομμύρια δολάρια
Η τελευταίας γενιάς συσκευή

αλληλούχισης μπορεί να παράγει
σε 24 ώρες όσα δεδομένα
Κέντρο αλληλούχισης για την παράγουν μερικές εκατοντάδες
αλληλούχιση γονιδιωμάτων αλληλουχητές τύπου Sanger, με
θηλαστικών το οποίο είναι σαν τη βοήθεια ενός μόνο ερευνητή..
εργοστάσιο που απασχολεί
πολυάριθμους ερευνητές.
Τρίτης γενιάς αλληλούχιση

 Helicos HeliscopeTM: αλληλούχιση ενός και μόνο μορίου
DNA χωρίς αυτό να έχει προηγουμένως πολλαπλασιαστεί
(π.χ. PCR)
 Pacific Biosciencies SMRT: PacBio RS
 Life techologies: Semiconductor sequencing for life (Ion-
torrent)
Νέας γενιάς αλληλούχιση DNA
Παραπλανητική Πραγματική
προβολή εφαρμογή
Έλεγχος της
πραγματικότητας
Βαθμός
Ενθουσιασμός
διέγερσης
Αρχική Συνειδητοποίηση της

ιδέα πραγματικότητας
Χρόνος
RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA)

Τυχαία πολλαπλασιασμένα πολυμορφικά τμήματα DNA
(Williams et al. 1990, Welsh & McClelland 1990)
 Κυρίαρχος δείκτης
 PCR based μέθοδος
 Επιτρέπει γενετικές αναλύσεις χωρίς να είναι γνωστή
οποιαδήποτε πληροφορία σχετικά με το DNA του οργανισμού που
μελετάται.
 Όχι καλή επαναληψιμότητα
 Επιμολύνσεις
Μικροί (συνήθως 10bp), τυχαίας αλληλουχίας εκκινητές,
χρησιμοποιούνται στην PCR, παράγοντας προϊόντα που
οπτικοποιούνται ως ζώνες σε gel ηλεκτροφόρησης

[Sofia et al. 2005 (04)]
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphic)
Πολυμορφισμός μήκους πολλαπλασιασμένων θραυσμάτων DNA
(Vos et al. 1995)
 Κυρίαρχος δείκτης
 PCR based μέθοδος
 Επιτρέπει γενετικές αναλύσεις χωρίς να είναι γνωστή
οποιαδήποτε πληροφορία σχετικά με το DNA του οργανισμού που
μελετάται.
 δεν μπορούν να διακρίνουν ένα ομόγυζο από ένα ετερόζυγο
άτομο, όπως όλοι οι κυρίαρχοι δείκτες

[Meudt & Clarke 2007 (05)]
[Barluenga et al. 2006 (06)]
Μοριακός προσδιορισμός – είδος,

άτομο, φύλο
Μπορεί να φαίνεται περίεργο, αλλά η αναγνώριση οργανισμών είναι
ένα ζήτημα στην οικολογία!
Υπάρχουν δύο πλαίσια στα οποία έχουν αναπτυχθεί σημαντικά

προβλήματα στην αναγνώριση ενός ατόμου, με αποτέλεσμα οι μοριακές
προσεγγίσεις να είναι όχι μόνο χρήσιμες, αλλά απαραίτητες
1. Το πρώτο σχετίζεται με τις αρχές της ταξινομίας, καθορίζοντας σε

ποιο είδος ανήκει ένα άτομο και που πρέπει να χαραχθούν οι
γραμμές που διακρίνουν τα είδη, τα υποείδη, τα υβρίδια κλπ.!
2. Το δεύτερο σχετίζεται με την αναγνώριση του φύλου και της

ταυτότητας των ατόμων κάτω από συνθήκες όπου η μορφολογία
δεν μπορεί να εφαρμοστεί!
Για παράδειγμα…
Οργανισμοί που διαφοροποιούνται μορφολογικά σε ενήλικο στάδιο,

έχουν προνυμφικά (εμβρυικά) στάδια που είναι μορφολογικά αδιάκριτα
π.χ. σκαθάρια και σαλιγκάρια.
Σε κάποια ασπόνδυλα ακόμα και το ενήλικο άτομο απαιτεί χειρισμό που

οδηγεί στη θανάτωση του ζώου για την εύρεση του φύλου ή του είδους,
ενώ σε πολλά φυτά η μορφολογική διάκριση μπορεί να γίνει μόνο σε
μια συγκεκριμένη χρονική περίοδο του χρόνου (π.χ. όταν έχουν
ανθοφορία)!!!
Για είδη που είναι σπάνια και βρίσκονται σε καθεστώς προστασίας

λόγω του ότι κινδυνεύουν (π.χ. μεγάλα θηλαστικά, αρπακτικά πουλιά),
είναι πιο εύκολο να βρεθούν τμήματα ιστού (γούνα, φτερά,
περιττώματα) από το να συλληφθούν ολόκληρα ζώα!!!
Το είδος
Το πιο κοινό πρόβλημα που αντιμετωπίζει η Οικολογία σχετίζεται την
εφαρμοσμένη πτυχή της Βιολογίας που σχετίζεται με τη διαχείριση,
διατήρηση βιολογικών πόρων.
Το δίλημμα είναι αν μια ομάδα ζώων ή φυτών είναι αρκετά διακριτή

ώστε να «δικαιούται» προστασία ή διαχείριση.
Αυτό μπορεί να είναι ιδιαίτερα δύσκολο σε διάφορες ταξινομικές

βαθμίδες και κατηγορίες, όπως από το είδος προς το υποείδος, τις
ράτσες και τις ποικιλίες, οι οποίες πολλές φορές είναι δύσκολο να
καθοριστούν.
Το είδος
Το Βιολογικό είδος (Biological Species Concept, BSC)  είναι συχνά
ακατάλληλο για τέτοιου είδους προσεγγίσεις
Οι οργανισμοί μπορεί να μοιάζουν Οι οργανισμοί μπορεί να διαφέρουν

αλλά είναι διαφορετικά είδη. Π.χ. αλλά είναι ίδιο είδος. Π.χ. τα δύο αυτά
Sturnella neglecta και S. magna μυρμήγκια φαίνεται ότι ανήκουν σε δυο
φαίνονται ίδια, αλλά δεν διακριτά είδη. Όμως είναι αδέρφια που
διασταυρώνονται με αποτέλεσμα έχουν διαφορετικό ρόλο μέσα στην
να θεωρούνται διαφορετικά είδη κοινωνία που αναπτύσσονται (Pheidole
(σημαντική διαφορά στο barbata).
κελάηδισμα).
Το είδος
Το Βιολογικό είδος (Biological Species Concept, BSC)  είναι συχνά

ακατάλληλο για τέτοιου είδους προσεγγίσεις.
Π.χ. όταν οι πληθυσμοί δεν έχουν επικάλυψη (όταν οι κατανομές τους

είναι ασυνεχείς)
Οι γενετικές αναλύσεις μπορούν να αποκαλύψουν την ύπαρξη ή όχι

δομημένων πληθυσμών, δίνοντας τη δυνατότητα να διακρίνουμε
υποομάδες.
Το είδος
Ωστόσο αυτό εξαρτάται άμεσα από τον τύπο του δείκτη που
χρησιμοποιείται.
Αλλοένζυμα: δεν έχουν την ευαισθησία να αναδείξουν λεπτής

κλίμακας ποικιλότητα και συνήθως εισηγούνται ομοιομορφία
μεταξύ των πληθυσμών
Μικροδορυφορικά: συνήθως αποκαλύπτουν, λόγω έντονου

πολυμορφισμού, σημαντική διαφοροποίηση σε υπομοάδες.
Μάλιστα αν αναλύσουμε ένα σημαντικό αριθμό πολυμορφικών
τόπων μπορούμε να διακρίνουμε ακόμα και σε επίπεδο
ατόμου!!!
Ωστόσο είναι τουλάχιστον αφελές να προσπαθήσουμε να
δημιουργήσουμε μια γενικευμένη φόρμουλα για τη χρήση και εφαρμογή
των γενετικών δεδομένων στη διαχείριση των οργανισμών, χωρίς βέβαια
αυτό να σημαίνει ότι η γενετική προσέγγιση δεν έχει καμία αξία!!
Το παράδειγμα του κοάλα Phascolactros cinereus

στην ανατολική Αυστραλία
Τo κοάλα, αν και είναι ακόμα

σχετικά ευρύτατα κατανεμημένο
με μεγάλους πληθυσμούς,
υπάρχουν κάποιες περιοχές στις
οποίες έχουν υποστεί δραματικές
μειώσεις (καταστροφή
ενδιαιτημάτων, κυνήγι).
Ερώτημα (υπόθεση): Τα κοάλα συνιστούν μια ομοιογενή ομάδα ή

υπάρχουν ομάδες εντός του είδους που θα έπρεπε να τεθούν σε
διαχειριστική προτεραιότητα;
Το παράδειγμα του κοάλα Phascolactros cinereus
στην ανατολική Αυστραλία
Στα κοάλα αναγνωρίζονται 3 μορφολογικά υποείδη.
Θα πρέπει αυτά τα υποείδη να θεωρηθούν ως διακριτές ταξινομικές

μονάδες που θα πρέπει να διατηρηθούν ανεξάρτητα η μια από την άλλη;
Τα γενετικά δεδομένα μας λένε μια διαφορετική ιστορία από αυτή που θα
περιμέναμε!!!
Το παράδειγμα του κοάλα Phascolactros cinereus στην ανατολική

Αυστραλία
[Sherwin et al. 2000 Conservation Biology 14(3), 639-649 (01)]
Μια μεγάλη ποικιλία δεικτών (minisatellites, microsatellites, RAPDs,

mtDNA) δεν έδειξε κάποιο πρότυπο ομαδοποιήσεων που να συμφωνεί με
τη διάκριση σε υποειδικό επίπεδο. Αντίθετα έδειξαν μια διάκριση μεταξύ
των βόρειων και των πιο νότιων πληθυσμών, το οποίο μπορεί να εξηγηθεί
με την παρουσία ενός κλινούς προοδευτικά μικρών αλλαγών μεταξύ των
γειτονικών πληθυσμών.
Οπότε πως θα μπορούσαν τα

μορφολογικά και τα γενετικά
δεδομένα να έρθουν σε συμφωνία;
Αυστραλία
Δυστυχώς τέτοιες ασυμφωνίες δεν είναι σπάνιες και πρέπει να

αντιμετωπίζονται με προσοχή
1. Σε ορισμένες περιπτώσεις η μορφολογική διαφοροποίηση

αναπτύσσεται λόγω περιβάλλοντος και όχι λόγω γενετικών αιτιών με
αποτέλεσμα να μην είναι κληρονομήσιμη.
2. Μπορεί να υπάρχει ισχυρή επιλογή σε γονίδια που είναι υπεύθυνα για
τις μορφολογικές διαφορές, δίνοντας ένα διαφορετικό πρότυπο
γενετικής ποικιλότητας από αυτό που δίνουν οι ουδέτεροι δείκτες που
χρησιμοποιούνται στις μελέτες.
3. Τα κριτήρια διάκρισης σε επίπεδο υποείδους δεν ήταν σωστά (π.χ.
λίγα άτομα και πληθυσμοί είχαν εξεταστεί)

Αυστραλία
Στην περίπτωση των κοάλα όλοι οι πληθυσμοί και τα υποείδη θα πρέπει να

αντιμετωπιστούν ως μια ταξινομική μονάδα, οπότε αντί να εστιάσουμε,
από άποψη διαχείρισης, σε ειδικές απομονωμένες ομάδες, θα πρέπει να
προσπαθήσουμε στη διατήρηση της συνέχειας των ενδιαιτημάτων τους σε
όλο το εύρος της κατανομής τους, διατηρώντας το κλινές στη γενετική
τους δομή.
Αυτό θα έχει το πλεονέκτημα να μειώσει μακροπρόθεσμους κινδύνους
από φαινόμενα γενετικής παρέκκλισης και ενδογαμίας, τα οποία
«ταλαιπωρούν» τους απομονωμένους υποπληθυσμούς.
Το παράδειγμα του θαλασσοπουλιού Pterodroma heraldica στον
Ειρηνικό Ωκεανό
[Brooke & Rowe 1996 Ibis 138, 420-432 (02)]
Φυσικά υπάρχουν και οι ακριβώς αντίθετες περιπτώσεις, επιβεβαιώνοντας

τη σημασία των μορφολογικών και ηθολογικών διαφορών των ατόμων
(πληθυσμών)

[Brooke & Rowe 1996 Ibis 138, 420-432 (02)]
Το είδος χαρακτηρίζεται από μορφολογική διαφοροποίηση (ανοικτόχρωμα

και σκουρόχρωμα πουλιά), στην οποία δεν είχε δοθεί η απαραίτητη
σημασία. Οι μορφολογικοί τύποι έχουν και ηθολογική διαφοροποίηση: τα
σκουρόχρωμα ζευγαρώνουν με σκουρόχρωμα και τα ανοικτόχρωμα με
ανοικτόχρωμα.
Είναι αυτό στοιχείο ότι

πρόκειται για διακριτά
τάξα;
[Brooke & Rowe 1996 Ibis 138, 420-432 (02)]
Ανάλυση του μιτοχονδριακού γονιδίου του κυτοχρώματος β σε ένα μεγάλο

αριθμό ατόμων και από τις δυο ομάδες πουλιών φανέρωσε 8 απλότυπους,
οι οποίοι είναι μοναδικοί σε κάθε μορφή.
Τα mtDNA δεδομένα έδειξαν ότι

έχουν δυο διακριτές ομάδες με
αναπαραγωγική απομόνωση τα οποία
πρέπει να διακριθούν σε επίπεδο
είδους
Σήμερα:
P. heraldica ανοικτόχρωμη μορφή
P. atrata σκουρόχρωμη μορφή
Β, C,D: σκουρόχρωμη μορφή
Α, Ε-Η: ανοικτόχρωμη μορφή
Υβριδισμός – Υβρίδια
Ορισμός: οργανισμοί που προέρχονται από τη διασταύρωση ατόμων που

ανήκουν σε διαφορετικά είδη
Zonkey: Ζebra x Donkey
Jaglion
Liger: Lion x Tiger = Λίγρης

Wholphin ή wolphin: female bottlenose dolphin
(Tursiops truncatus) x a male false killer whale
(Pseudorca crassidens)
Ως φαινόμενο έρχεται να περιπλέξει ακόμα περισσότερο την ταξινομική

αναγνώριση.
Γενικά οι οργανισμοί διαφέρουν σημαντικά ως προς την ικανότητά τους

να υβριδίζουν. Σε γενικές γραμμές είναι πιο συχνός στα φυτά από ότι στα
ζώα!
Λόγω της σπανιότητάς τους, συνήθως δεν επηρεάζουν, όμως υπάρχουν

ορισμένες εξαιρέσεις όπου τα υβρίδια είναι κοινά και συνεισφέρουν
σημαντικά στις βιοκοινότητες!!
Οι ζώνες υβριδισμού που δημιουργούνται από την υποχώρηση συγγενικών

ειδών σε καταφύγια (λόγω παγετώνων), τα οποία ξανασυναντιούνται όταν
επεκτείνουν τις κατανομές τους στις μεσωπαγετώδεις περιόδους
[Hewitt 2000 Nature 405, 907-913 (03)]
Αυτές οι περιοχές έχουν ιδιαίτερο

εξελικτικό αλλά και οικολογικό
ενδιαφέρον και έχουν περιγραφεί ως
φυσικά πειράματα στα οποία είναι
δυνατόν να μετρηθούν τα
αποτελέσματα της επιλογής στη
φύση
Υβριδισμός στις μπομπίνες (Bombina)
Μία από τις πιο καλά μελετημένες ζώνες υβριδισμού είναι αυτή μεταξύ
δυο ειδών μπομπίνων (Bombina bombina & B. variegata) στην ανατολική
Ευρώπη
Τα είδη αυτά μοιράζονται έναν πιο πρόσφατο κοινό πρόγονο ο οποίος

έζησε πριν από 4 εκ. χρόνια και πιθανά επιβίωσαν σε ξεχωριστά
καταφύγια κατά τη διάρκεια των πρόσφατων Παγετώνων του
Πλειστοκαίνου.
Εμφανίζουν μορφολογικές διαφορές:

 Αν και συγγενικά και σχετικά όμοια σε σχήμα και μέγεθος, διαφέρουν
μορφολογικά στο χρώμα της κοιλιάς, στο μέγεθος των στιγμάτων, στο
πάχος της επιδερμίδας και στη ευρωστία του σκελετού τους.
Εμφανίζουν και οικολογικές διαφορές:

 B. bombina ζει σε χαμηλά υψόμετρα, σε ρηχές αλλά με σχετικά μόνιμο
νερό λιμνoύλες. Γεννάει μικρότερα αβγά και έχει μεγαλύτερη
προνυμφική περίοδο.
 B. variegata ζει σε πολύ ρηχές λίμνες σε μεγάλα υψόμετρα
Τα αρσενικά έχουν διακριτά κοάσματα! [Nurnberger et al. 1995 Evolution 49(6), 1224-
1238 (04)]
Υβριδισμός – Υβρίδια [Nurnberger et al. 1995 Evolution 49(6), 1224-1238 (04)]
Τα δύο είδη υβριδίζουν στην ανατολική

Ευρώπη (εδώ Κροατία).
Μελέτη με την ανάλυση αλλοενζύμων.
Οι πατρικοί πληθυσμοί (είδη), μακριά από τη

ζώνη υβριδισμού (200 km πλάτος), έχουν
διαφορετικά αλληλόμορφα, τα οποία όμως
εμφανίζονται και στη ζώνη αυτή, με τη
συχνότητά τους να μειώνεται καθώς περνάμε
από το ένα είδος στο άλλο
Ανισορροπία Σύνδεσης (Linkage disequilibrium)

η εμφάνιση ορισμένων συνδυασμών
αλληλομόρφων ή δεικτών σε ένα πληθυσμό πιο
συχνά ή λιγότερο συχνά σε σχέση με το τι θα
περιμέναμε από ένα τυχαίο συνδυασμό αυτών
των αλληλομόρφων γονοτύπων βάσει των
συχνοτήτων τους
Υβριδισμός – Υβρίδια [Szymura et al. 2000 Molecular Ecology 9, 891-899 (05)]
RFLPs στο μιτοχονδριακό DNA με 5

περιοριστικά ένζυμα
Little or no mtDNA introgression between the species has occurred outside the narrow hybrid
zones that separate these parapatric species
Γιγάντιες χελώνες των Galápagos (Chelonoidis spp.)
[Poulakakis et al. 2008 PNAS 105(40), 15464–15469 (06)]
Παραμένουν τρωτές σε όλη την έκταση της κατανομής τους (IUCN

2006). Πληθυσμοί τους εντοπίζονται σε 6 νησιά
Isabela
Santiago
Pinzon
Santa Cruz
Española
San Cristobal
Σήμερα
15 taxa έχουν προσδιοριστεί (είδη ή υποείδη)
10 αρτίγονα taxa (απειλούμενα από τον άνθρωπο)
Η τρέχουσα ταξινομική βασίζεται σε μορφολογικές διαφορές

μεταξύ των πληθυσμών (σχήμα χέλιου)
Ποικιλομορφία χέλιου (καβούκι)
Σχήμα σέλας (Saddle back) Σχήμα θόλου (Dome)

Ο προσδιορισμός της εξελικτικής προέλευσης και η κατανόηση της
ιστορίας των 5 εξαφανισμένων πληθυσμών (μουσειακά δείγματα)
Floreana
Santa Fe
Fernandina
Rabida
Pinta
Με τη χρήση:
 αλληλουχιών mtDNA (περιοχή ελέγχου, CR) και
 μικροδορυφορικών πυρηνικών τόπων (10)
Δεδομένα mtDNA
Δέντρο Bayesian Inference

βάσει των αλληλουχιών CR
mtDNA
elephantopus
PBL16 και PBR12

“Alien” ή “non-native” ή
αλλόχθονα άτομα
(13 άτομα)
Διαφέρουν κατά
• 17-32 νουκλεοτιδικές
υποκαταστάσεις από τα
υπόλοιπα άτομα του νησιού
Isabela,
• 2-9 υποκαταστάσεις από
τους απλότυπους του κλάδου
της Floreana.
Δεδομένα nDNA
Περαιτέρω διερεύνηση της εξελικτικής ιστορίας της Floreana και
των αλλόχθονων (“non-native”) ατόμων μέσω της ανάλυσης της
ποικιλότητας 10 ειδικών για το είδος μικροδορυφορικών τόπων.
Σύγκριση με γενετική βάση που περιλαμβάνει 336 άτομα όλων

των αρτίγονων πληθυσμών των γιγάντιων χελωνών των
Galápagos.
Bayesian ανάλυση συνάθροισης (STRUCTURE) αποκάλυψε K=14
ως τον «αληθινό» αριθμό ομάδων
11 από τα 13 αλλόχθονα
άτομα της Isabela δείχνουν παράμετρος q (συντελεστής συμμετοχής,
ισχυρή συσχέτιση με τα membership coefficient) = 0.706-0.967
άτομα της Floreana
Μιτοχονδριακό και πυρηνικό DNA

Τα δεδομένα του μιτοχονδριακού και πυρηνικού DNA εισηγούνται
την υβριδική προέλευση των αλλόχθονων ατόμων της Isabela.
Απόγονοι ενός γεγονότος υβριδισμού μεταξύ αυτόχθονων ατόμων

της Floreana και της Isabela.
Πληθυσμοί PBR και PBL

 Διατηρούν μορφολογία saddlebacked
 40% του PBR έχουν μικτή γενεαλογία
 εκτιμώμενο πληθυσμιακό μέγεθος (1000-2000)
Σημαντική πηγή ατόμων σε ένα πρόγραμμα διασταυρώσεων, όπου

επιλεγμένες διασταυρώσεις μπορεί να συμβάλουν στην «επαναφορά»
της γενετικής ακεραιότητας του εξαφανισμένου πληθυσμού της
Floreana
Ο πληθυσμός PBR απαιτεί επανεξέταση της
ταξινομικής του κατάστασης και άμεση
διαχειριστική προσοχή, αφού η τρέχουσα
ταξινομική είναι λάθος και αν βασιστούμε σε
αυτή μπορεί να οδηγήσουμε σε ολοκληρωτική
εξαφάνιση της γενεαλογίας της Floreana. Με
άλλα λόγια….Η ΛΑΝΘΑΣΜΕΝΗ
ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΣΚΟΤΩΝΕΙ!!!
DNA barcoding: προς μια καταγραφή της ζωής

Μπορεί να υπάρχει μια καθολικά εφαρμόσιμη μέθοδος με τη χρήση
γενετικών δεικτών για την αναγνώριση ειδών;
[Hebert et al. 2003 Proc R Soc London 270(1512), 313-321 (07)]

[Hebert et al. 2003 Proc R Soc London 270, S96-S99 (08)]
H διεθνής σύμβαση «Barcoding Life» προτείνει την αλληλούχιση 648
ζευγών βάσεων του μιτοχονδριακού γονιδίου της κυτοχρωμικής οξειδάσης
Ι (COI) για κάθε είδος και υποστηρίζει πως αυτές οι αλληλουχίες μπορούν
να χρησιμοποιηθούν για την αναγνώριση των ειδών.
(http://www.barcodeoflife.org/)
http://www.barcodeoflife.org/ http://ibol.org//
Sus scrofa breed Swedish wild boar mitochondrion, partial genome
GenBank: AF304203.1
GenBank Graphics
>gb|AF304203.1|:5269-6813 Sus scrofa breed Swedish wild boar mitochondrion, partial genome
ATGTTCGTAAATCGTTGACTATACTCAACAAACCACAAAGACATCGGCACCCTGTACCTACTATTTGGTGCCTGAGCAGGAATAGTGGGCACTGCCT
TGAGCCTACTAATTCGCGCTGAACTAGGTCAGCCCGGAACCCTACTTGGCGATGATCAAATCTATAATGTAATTGTTACAGCTCATGCCTTTGTAAT
AATCTTCTTTATAGTAATACCCATTATGATTGGGGGTTTTGGTAACTGACTCGTACCGCTAATAATCGGAGCTCCCGATATGGCCTTTCCACGTATA
AACAACATAAGTTTCTGACTACTTCCACCATCCTTCCTATTACTTCTGGCATCCTCAATAGTAGAAGCCGGAGCGGGTACTGGATGAACTGTATACC
CACCTTTAGCTGGAAACTTAGCCCATGCAGGGGCTTCAGTTGATTTAACAATTTTCTCCCTACACCTTGCAGGTGTATCATCAATCCTAGGGGCTAT
TAATTTCATTACCACAATTATTAACATAAAACCCCCCGCAATGTCTCAATACCAAACACCCCTGTTTGTCTGATCAGTACTAATCACAGCCGTACTA
CTTCTACTATCCCTGCCAGTTCTAGCAGCTGGCATTACTATACTACTGACAGACCGCAACCTGAACACAACCTTTTTTGATCCAGCAGGTGGTGGAG
ACCCTATCCTTTATCAACACTTGTTCTGATTTTTCGGACACCCAGAAGTATACATTCTCATCTTACCAGGATTCGGAATAATCTCCCACATTGTAAC
CTACTATTCAGGTAAAAAAGAACCATTTGGATATATAGGCATAGTATGAGCCATAATGTCCATTGGATTCTTAGGTTTTATTGTATGGGCTCACCAC
ATATTCACCGTAGGAATAGACGTAGATACCCGAGCATACTTTACATCTGCTACAATAATCATTGCTATTCCCACTGGAGTAAAAGTATTTAGTTGAT
TAGCTACCCTGCACGGCGGCAATATTAAATGATCACCCGCAATACTATGAGCTCTGGGCTTCATCTTCCTATTCACCGTAGGAGGTCTAACGGGCAT
TGTACTAGCTAATTCCTCCCTAGACATTGTATTACATGATACATATTATGTAGTCGCACACTTCCACTATGTCTTATCTATAGGAGCAGTGTTCGCC
ATTATAGGGGGCTTTGTTCACTGATTCCCCCTATTCTCCGGGTACACACTCAACCAAGCATGAGCAAAAATTCACTTTGTAATCATATTCGTAGGAG
TAAATATAACATTCTTTCCACAACACTTTCTAGGACTATCCGGAATACCTCGACGATACTCCGATTATCCTGACGCATACACAGCATGAAATACTAT
TTCCTCAATAGGCTCATTCATCTCACTAACAGCAGTGATATTAATAATCTTCATTATCTGAGAAGCATTCGCATCAAAACGAGAAGTATCTGCAGTA
GAACTGACAAGCACAAACCTAGAATGACTACACGGATGTCCTCCTCCCTATCACACATTTGAAGAACCAACATATATCAACCTAAAATAA
http://www.barcodinglife.org/

[Ball et al. 2005 J. N. Am. Benthol. Soc. 24(3), 508–524 (09)]
Η αξία του DNA barcode φάνηκε στη

περίπτωση των μυγών, για τις οποίες
η αναγνώριση ακόμα και σε ενήλικο
στάδιο είναι πολύ δύσκολη (απαιτεί
εξαιρετικά έμπειρους και ειδικούς
εντομολόγους)
Βασική προϋπόθεση είναι για το δείκτη(ες) που έχει(ουν) επιλεγεί, η
διαειδική διαφοροποίηση να είναι πάντα μεγαλύτερη από την αντίστοιχη
ενδοειδική!!
Ισχύει όμως;

Βασική προϋπόθεση είναι για το δείκτη(ες) που έχουν επιλεγεί, η
διαειδική διαφοροποίηση να είναι πάντα μεγαλύτερη από την αντίστοιχη
ενδοειδική!!
Απεικόνιση του barcoding gap.

Η ενδοειδική ποικιλομορφία
εμφανίζεται με κόκκινο και η
διαειδική με κίτρινο.
(Α) Ιδανικό μοντέλο για
barcoding με διακριτές
κατανομές και όχι επικάλυψη.
(Β) Εναλλακτικό μοντέλο με

σημαντική επικάλυψη χωρίς
κενό (gap)
Mayer & Paulay 2005

eDNA barcoding & metabarcoding

Το DNA metabarcoding είναι μία ταχύτατα αναπτυσσόμενη μεθοδολογία για
την εκτίμηση της βιοποικιλότητας σε περιβαλλοντικό DNA και σε
συνονθύλευμα δειγμάτων.
Εφαρμογές:
• παρακολούθηση της βιοποικιλότητας
• καθορισμός διαιτολογίου ζωικών ειδών
• αναπαράσταση παλαιο-κοινωνιών
• Ιατρική
Το DNA metabarcoding χρησιμοποιεί μοριακές τεχνικές (PCR και next

generation sequencing), και τα ενσωματώνει μέσω βιοπληροφορικής με
κλασσικά δεδομένα οικολογίας.
Στόχος η εκτίμηση της β-diversity (comparative studies of different

treatments, ecological factors, etc.) ή μια αδρή εκτίμηση της ποικιλότητας σε
ένα δείγμα (π.χ. στήλη νερού).

H δίαιτα 3 θηρευτών ψαριών στη

Μοοrea. Αριστερά: φυλογενετικό
δέντρο των θηραμάτων των ψαριών
(66 OTUs). Το πάχος των γραμμών
δείχνει τη σχετική αναλογία αυτών στη
δίαιτα του κάθε ψαριού. Έξι θηράματα
είναι κοινά και για τα τρία είδη.
Αναγνώριση φύλου (sex)
Σε ορισμένες περιπτώσεις είναι σημαντικό να γνωρίζουμε το φύλο ενός ατόμου

(π.χ. για πληθυσμιακή δομή, ηθολογία, κατανομή), όμως είναι πολύ δύσκολο
αυτό να επιτευχθεί απλά κοιτάζοντάς το.
π.χ. ανώριμα άτομα, μη ανεπτυγμένοι δευτερογενείς χαρακτήρες του φύλου
Γονίδιο SRY στα θηλαστικά. Πρόκειται για το γονίδιο που διαμορφώνει τους
όρχεις και βρίσκεται στο Υ χρωμόσωμα. Συνεπώς το SRY είναι male-specific στα
θηλαστικά.
Δείγματα: αρσενικά (Lanes 1, 3 & 5) και

θηλυκά (Lanes 2, 4 & 6). M-Marker 100-
bp ladder (O’Gene Ruler, Fermentas), N =
Non-template control.
Αναγνώριση φύλου (sex)
Μη επεμβατική συλλογή δειγμάτων (non-invasive

sampling)
Πολλοί οργανισμοί αφήνουν ορατά και εύκολο να βρεθούν σημάδια από το
πέρασμά τους, ακόμα και αν είναι σπάνιοι ή για τον οποιονδήποτε λόγο
δύσκολο να εντοπιστούν.
Δέρμα, τρίχες, φτερά είναι εύκολο να βρεθούν στο πεδίο ως υπολείμματα

ερπετών, θηλαστικών και πουλιών αντίστοιχα, όπως επίσης και
περιττώματα.
Researcher Jack Hopkins

used barbed-wire snares to
collect hair samples from
bears in Yosemite National
Park. Analysis of isotope
ratios in hair samples
showed how much of the
bears' diets came from Περιττώματα
human food.
sampling)
 Προσδιορισμός ατόμων
 Καθορισμός χωροκράτειας (εύρεση περιττωμάτων και ανάκτηση DNA
για προσδιορισμό του είδους από το οποίο προέρχεται)
 Δημογραφικές μελέτες (πληθυσμιακό μέγεθος, αναλογία φύλου,
μετακινήσεις ατόμων, αναπαραγωγική επιτυχία)
[Kohn et al. 1999 Proc R Soc London 266, 657-663 (10)]

sampling) [Kohn et al. 1999 Proc R Soc London 266, 657-663 (10)]
Δεδομένα
 Κογιότ (Canis latrans) – B Αμερική
 Συλλογή 651 περιττωμάτων από 381 θέσεις σε μια
περιοχή 5 km2
 Ανάλυση 238 εξ αυτών (τυχαία επιλεγμένα)
 Πέψη και PCR σε mtDNA για επιβεβαίωση είδους
 SRY για εύρεση φύλου
 Ανάλυση 3 μικροδορυφορικών τόπων
 Από τα 238, 188 προέρχονταν από κογιότ (79%)
 Θηλυκά : Αρσενικά = 1:1.14
 Πληθυσμιακό μέγεθος 38 άτομα (95% CI, 36-40).
Πληθυσμιακή
γενετική
Οι πληθυσμοί των οργανισμών του πλανήτη μας εμφανίζουν τεράστια

ποικιλία όσον αφορά το μέγεθος, τη δομή και τη δυναμική τους.
Πληθυσμιακό μέγεθος
Πολύ μικρός πληθυσμός
To Jellyfish tree (ενδημικό στις Σεϋχέλλες)
(Medusagyne oppositifolia) έχει διατηρηθεί για χιλιάδες
χρόνια με ένα πληθυσμό που δεν ξεπερνά τα 12
άτομα!!!Αυτό το ανθεκτικό σε συνθήκες ξηρασίας φυτό
αναπτύχθηκε κάτω από διαφορετικές συνθήκες από αυτές
που επικρατούν σήμερα στον Ινδικό ωκεανό. Ο μικρός
πληθυσμός πιθανά αντανακλά την ικανότητά του να
επιβιώνει σε δυσμενείς συνθήκες, παρά, όπως συνηθίζεται
σε αυτές τις περιπτώσεις με τους υπολειμματικούς
πληθυσμούς, σε ανθρώπινες επεμβάσεις!!!
Πληθυσμιακό μέγεθος
Τεράστιοι πληθυσμοί
Τα πεύκα του γένους Pinus στα δάση των κωνοφόρων ή ο
κοννοχαίτης (Connochaetes gnou) στην ανατολική Αφρική

Δομή πληθυσμού
δηλαδή ο τρόπος με τον οποίο είναι οργανωμένοι οι πληθυσμοί
Από τη μία μεριά, ένας πληθυσμός που διακρίνεται ξεκάθαρα από όλους τους άλλους και του
οποίου όλα τα άτομα που τον συνιστούν έχουν την ίδια πιθανότητα να αναπαραχθούν
(Παμμικτικός πληθυσμός)
Από την άλλη πλευρά, ένας πληθυσμός μπορεί να διαιρείται (από κάποια φράγματα) σε
μικρότερους υποπληθυσμούς (δήμους), στους οποίους η πιθανότητα σύζευξης είναι
μεγαλύτερη εντός του υποπληθυσμού παρά μεταξύ των υποπληθυσμών.
Δυναμική πληθυσμού
δηλαδή η δυνατότητα του πληθυσμού να αλλάζει το μέγεθος και
το εύρος κατανομής μέσα στο χρόνο
Η μελέτη και αποκρυπτογράφηση όλων αυτών των παραμέτρων ενός
πληθυσμού είναι αντικείμενο της πληθυσμιακής γενετικής στην
Μοριακή Οικολογία
Γενετική ποικιλότητα σε φυσικούς πληθυσμούς
Μια εξαιρετικά κρίσιμη θεώρηση που λαμβάνεται στη πληθυσμιακή γενετική είναι
ότι οι γενετικοί τόποι που χρησιμοποιούνται για τη διερεύνηση της δομής των
πληθυσμών είναι ουδέτεροι σε φυσική επιλογή. Εάν αυτό ισχύει, τότε οι διαφορές
μεταξύ των πληθυσμών οφείλονται σε μεταλλαγές και σε τυχαία γενετική
παρέκκλιση.
Η ερμηνεία των πληθυσμιακών γενετικών δεδομένων είναι σχετικά πιο ξεκάθαρη

υπό το πρίσμα της ουδετερότητας παρά αν στο παιχνίδι πρέπει να συμπεριληφθεί
και η επιλογή.
There is much genetic variation within almost
all species. The amount of genetic variation is
too much to be maintained by selection.
Γενετική ποικιλότητα σε φυσικούς πληθυσμούς
Είναι ευρέως αποδεκτό ότι το μεγαλύτερο μέρος του γονιδιώματος είναι ουδέτερο ή
σχεδόν ουδέτερο. Αυτό αφορά το μεγαλύτερο μέρος (συχνά >90%) του πυρηνικού
DNA αλλά και τμημάτων λειτουργικών γονιδίων, όπως τα εσώνια. Επίσης οι
αλλαγές στη τρίτη θέση των κωδικονίων, συχνά, δεν αλλάζουν το αμινοξύ εξαιτίας
του εκφυλισμού του γενετικού κώδικα.
Ποσοτικοποίηση της γενετικής ποικιλότητας σε φυσικούς πληθυσμούς
H γενετική ποικιλότητα αποτελεί ένα από τα πιο σημαντικά γνωρίσματα κάθε

πληθυσμού. Λόγω του ότι το περιβάλλον αλλάζει συνεχώς, η γενετική ποικιλότητα
είναι αναγκαία ώστε οι πληθυσμοί να αλλάζουν και να προσαρμόζονται στις νέες
συνθήκες.
Συνήθως χαμηλά επίπεδα γενετικής ποικιλότητας οδηγούν σε αυξημένα επίπεδα

ενδογαμίας, τα οποία μπορεί να οδηγήσουν σε μειωμένη αρμοστικότητα των
ατόμων και των πληθυσμών.
Συνεπώς η εκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας έχει κεντρικό ρόλο στη

Πληθυσμιακή Γενετική και εξαιρετικά σημαντικές εφαρμογές στη Διαχειριστική
Βιολογία. Οι εκτιμήσεις βασίζονται είτε στην εκτίμηση της συχνότητας των
αλληλομόρφων είτε των γονοτύπων.
Ισορροπία Hardy - Weinberg
Κάτω από συγκεκριμένες συνθήκες, οι συχνότητες των γονοτύπων σε ένα πληθυσμό

θα ακολουθούν ένα προβλέψιμο (αναμενόμενο) πρότυπο.
Προϋποθέσεις
➢ Το μέγεθος του πληθυσμού είναι ουσιαστικά άπειρο
➢ Τα αλληλόμορφα διαχωρίζονται ακολουθώντας τους νόμους του Μέντελ
➢ Οι επιδράσεις της μετανάστευσης και των μεταλλαγών στις αλλληλικές
συχνότητες είναι αμελητέες (ο πληθυσμός είναι ένα κλειστό σύστημα)
➢ Δεν υπάρχει επιλογή (δεν επιλέγεται κάποιος γονότυπος έναντι κάποιου άλλου)
➢ Οι συζεύξεις εντός του πληθυσμού είναι τυχαίες (παμμιξία). Δηλαδή οι
συζεύξεις είναι εξίσου πιθανές για όλα τα πιθανά ζευγάρια αρσενικών και
θηλυκών ατόμων
➢ Οι οργανισμοί είναι διπλοειδείς και η αναπαραγωγή αμφιγονική!
Αν οι παραπάνω συνθήκες πληρούνται, τότε ο πληθυσμός αναμένεται να είναι σε

ισορροπία Hardy – Weinberg (HWE)!
Αλληλική συχνότητα: πόσο κοινό είναι ένα

αλληλόμορφο μέσα σε ένα πληθυσμό
Σε ένα τέτοιο πληθυσμό οι συχνότητες των γονοτύπων μπορούν να εκτιμηθούν από

τις συχνότητες των αλληλομόρφων:
• η πιθανότητα ενός ατόμου (διπλοειδής οργανισμός) να έχει γονότυπο ΑΑ εξαρτάται από

το πόσο πιθανό είναι ένα αλληλόμορφο Α να συνευρεθεί με ένα άλλο Α, και σε συνθήκες
HWE αυτή η πιθανότητα είναι το τετράγωνο της αλληλικής συχνότητας (p2)
• η πιθανότητα ενός ατόμου να έχει γονότυπο aa εξαρτάται από το πόσο πιθανό είναι ένα
αλληλόμορφο a να συνευρεθεί με ένα άλλο a, και σε συνθήκες HWE αυτή η πιθανότητα
είναι το τετράγωνο της αλληλικής συχνότητας (q2)
• η πιθανότητα ενός ατόμου να έχει γονότυπο Aa εξαρτάται από το πόσο πιθανό είναι ένα
αλληλόμορφο A να συνευρεθεί με ένα άλλο a, και σε συνθήκες HWE αυτή η πιθανότητα
είναι το γινόμενο των επιμέρους αλληλικών συχνοτήτων (2pq) (Υπάρχουν 2 πιθανοί
τρόποι για να δημιουργηθεί ένα ετερόζυγο άτομο)
Συνεπώς οι γονοτυπικές συχνότητες σε ένα πληθυσμό σε κατάσταση ισορροπίας

δίνονται από τη σχέση (Hartl & Clark 1989)
p2 + q2 + 2pq = 1
H συχνότητα των ετερόζυγων

είναι στο μέγιστο όταν οι
αλληλικές συχνότητες είναι
ίσες p=q=0.5

Για έναν τόπο με 2 αλληλόμορφα, οι συχνότητες των γονοτύπων δίνονται από τη

σχέση
p2 + q2 + 2pq = 1
Έστω ο παρακάτω πληθυσμός. Είναι αυτός ο πληθυσμός σε ΗWE;
Αριθμός Αριθμός Αριθμός Αριθμός

ατόμων P alleles Q alleles γονοτύπων
PP ομοζυγώτες 10 20 0
PQ ετεροζυγώτες 13 13 13
QQ ομοζυγώτες 7 0 14
Σύνολο 30 33 27
Ποια είναι η αλληλική συχνότητα του P; (10+10+13)/60 = 0.55

Ποια είναι η αλληλική συχνότητα του Q; (7+7+13)/60 = 0.45
Χρησιμοποιώντας την εξίσωση HW, οι αναμενόμενες συχνότητες των τριών

γονοτύπων είναι
 PP ομοζυγώτες = 0.552(συχνότητα αλληλίου) x 30 (μέγεθος δείγματος) = 9.0
 PQ ετεροζυγώτες = 2 x 0.55 x 0.45 x 30 = 14.9
 QQ ομοζυγώτες = 0.452 x 30 = 6.1
Αριθμός Αριθμός Αριθμός Αναμενόμενες

ατόμων P alleles Q alleles συχν. γονοτύπων
PP ομοζυγώτες 10 20 0 9.0
PQ ετεροζυγώτες 13 13 13 14.9
QQ ομοζυγώτες 7 0 14 6.1
Ένας έλεγχος χ2 μπορεί να καθορίσει εάν οι αναμενόμενες συχνότητες διαφέρουν

από αυτές που παρατηρούμε στο δείγμα του πληθυσμού
χ2 = Σ (παρατηρούμενες – αναμενόμενες)2 / αναμενόμενες
δηλαδή χ2 = (10-9)2/9 + (13-14.9)2/14.9 + (7-6.1)2/6.1 = 0.48
Βαθμοί ελευθερίας = [αριθμός διαφορετικών γονοτύπων-1]-[αριθμός αλληλομόρφων-1]
δηλαδή Β.ε. = [3-1]-[2-1]=1

Κοιτάζοντας ένα στατιστικό πίνακα μία τιμή χ2 = 0.48 με β.ε. = 1 δίνει μια
πιθανότητα (P) > 0.5, η οποία σημαίνει ότι η μηδενική υπόθεση (μη σημαντική
διαφορά μεταξύ των παρατηρούμενων και των αναμενόμενων γονοτύπων) δεν
μπορεί να απορριφθεί, ΣΥΝΕΠΩΣ ο πληθυσμός μας είναι σε ισορροπία HW.

H απόκλιση από την ισορροπία HW μας λέει ενδιαφέροντα στοιχεία είτε για τον
εξεταζόμενο τόπο (επιλογή) είτε για τον πληθυσμό (ενδογαμία).
Όμως, πρέπει να αποκλείσουμε τις περιπτώσεις αυτό να οφείλεται σε πειραματικό (άρα

ανθρώπινο) λάθος!!
Π.χ. κακή δειγματοληψία (ιδανικά 30-40 άτομα ανά πληθυσμό), όπως

• μικρός αριθμός ατόμων,
• συλλογή ατόμων από διαφορετικούς πληθυσμούς κατά λάθος (νομίζοντας ότι
πρόκειται για τον ίδιο πληθυσμό) (Πρόβλημα ορισμού του Πληθυσμού!!!!)
Wahlund effect: Αν συνδυαστούν γενετικά δεδομένα από διαφορετικούς πληθυσμούς,
οι οποίοι έχουν διαφορετικές αλληλικές συχνότητες, η αναλογία των ομοζυγωτών θα
είναι μεγαλύτερη στο ετερογενές δείγμα που εξετάζεται, από ότι θα περιμέναμε εάν οι
πληθυσμοί αναλύονταν χωριστά). Αυτό θα μας οδηγούσε στο να υποθέσουμε
(λανθασμένα) ότι ο πληθυσμός δεν είναι σε HW ισορροπία!!!
Ένα τέτοιο παράδειγμα παρατηρήθηκε σε ένα υδρόβιο κολεόπτερο (Hydroporus

glabriusculus) στην ανατολική Αγγλία.
H ανάλυση αλλοενζύμων αποκάλυψε σημαντικό

έλλειμα ετεροζυγωτίας (Bilton 1992), η οποία όμως
διαπιστώθηκε ότι οφείλονταν στο ότι κάθε λιμνούλα
δεν φιλοξενεί ένα πληθυσμό, όπως ο ερευνητής
αρχικά είχε υποθέσει, αλλά πολλούς οι οποίοι σπάνια
συζεύγνυνται.
[Bilton 1992 Heredity 69, 503-511 (01)]
Εκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας ενός πληθυσμού
Υπάρχουν διάφοροι τρόποι για να ποσοτικοποιήσουμε τη γενετική ποικιλότητα ενός

πληθυσμού
Αλληλική ποικιλότητα (allelic diversity or richness, Α): ο μέσος αριθμός αλληλομόρφων

ανά γενετικό τόπο, λαμβάνοντας υπόψη το σύνολο των τόπων που αναλύονται και
αντισταθμίζοντας με βάση το μέγεθος του δείγματος.
Π.χ. σε ένα πληθυσμό, που έχει 4 αλληλόμορφα για έναν τόπο και 6 για άλλον, η αλληλική
ποικιλότητα είναι (4+6)/2=5
Αναλογία πολυμορφικών τόπων (Proportion of polymorphic loci, P): είναι η αναλογία ή

το ποσοστό των γενετικών τόπων που εξετάζονται και εμφανίζουν περισσότερα από ένα
αλληλόμορφα σε ένα πληθυσμό.
Π.χ. εάν σε ένα πληθυσμό εξετάζονται 10 γενετικοί τόποι και οι 6 από αυτούς έχουν
τουλάχιστον 2 αλληλόμορφα, το P είναι 6/10 = 0.6 ή 60%.

πληθυσμού
Ετεροζυγωτία (heterozygosity, H): H παρατηρούμενη ετεροζυγωτία (Ho) είναι ο λόγος των

ετερόζυγων ατόμων δια το σύνολο των ατόμων
Δεδομένα από 1612 scarlet tiger moth (Panaxia domicula)

Φαινότυπος Αριθμός Γονότυπος Αριθμός Αριθμός
ατόμων αλληλίου Α αλληλίου α
Με άσπρα στίγματα 1469 ΑΑ 1469*2=2938 --

Ενδιάμεσος 138 Αα 138 138
Χωρίς στίγματα 5 αα -- 5*2=10
Ho = 138/ 1612 = 0.085

πληθυσμού
Γονιδιακή ποικιλότητα (gene diversity, h): H παράμετρος αυτή δίνεται από τη σχέση
όπου xi είναι η συχνότητα του αλληλομόρφου i, και m o αριθμός των αλληλομόρφων

που έχουν βρεθεί σε κάθε γενετικό τόπο
Ουσιαστικά το h αντιπροσωπεύει τη πιθανότητα 2 αλληλόμορφα, τυχαία επιλεγμένα από

ένα πληθυσμό, να είναι διαφορετικά. Σε ένα παμμικτικό πληθυσμό το h είναι ισοδύναμο με
την αναμενόμενη ετεροζυγωτία (expected heterozygosity, He) και εκφράζει τη συχνότητα
των ετερόζυγων που αναμένονται σε ένα πληθυσμό που είναι σε ισορροπία HW.
expected heterozygosity, He : H εκτίμηση του He βασίζεται, συνήθως, σε πολυάριθμους

γενετικούς τόπους, όπου η He υπολογίζεται για κάθε τόπο χωριστά και στη συνέχεια
υπολογίζεται ο μέσος όρος για το σύνολο των τόπων, δίνοντας μια τιμή για τη ποικιλότητα
κάθε πληθυσμού
Δεδομένα αλληλικών συχνοτήτων για ένα μικροδορυφορικό τόπο σε 2 πληθυσμούς

κουνουπιών (Culex quinuefasciatus) από τη Χαβάη (Fonseca et al. 2000)
Αλληλικές συχνότητες
Αλληλόμορφο (bp) Πληθυσμός Α Πληθυσμός Β
212 0.000 0.022
216 0.250 0.333
218 0.200 0.333
224 0.550 0.311
Πληθυσμός Α: He = 1 – (0.2502 +0.2002+0.5502) = 1-(0.0625+0.04+0.3025)=0.595

Πληθυσμός Β: He = 1 – (0.0222 +0.3332+0.3332+0.3112) = 0.68
Συμπέρασμα: ο πληθυσμός Β εμφανίζει μεγαλύτερη ποικιλότητα από τον Α
Συνήθως είναι δύσκολο να καθορίσεις που

οφείλεται η διαφορά ανάμεσα στο He και
Hο
π.χ.
η μελέτη 12 ευρωπαϊκών πληθυσμών της
κοινής φλαμουριάς (Fraxinus excelsior)
βάσει 5 μικροδορυφορικών τόπων. Απόκλιση
από την ισορροπία HW παρατηρήθηκε σε 10
από τους 12 πληθυσμούς, γεγονός ιδιαίτερα
σπάνιο για πληθυσμούς δέντρων
[Morand et al. 2002 Molecular Ecology 11, 377 – 385
(02)]
[Morand et al. 2002 Molecular Ecology 11, 377 – 385 (02)]
Με κόκκινο Ηe > Ho
Με πράσινο Ηe < Ho
δηλαδή οι παρατηρούμενοι
ερετοζυγώτες είναι
λιγότεροι από τους
αναμενόμενους

[Morand et al. 2002 Molecular Ecology 11, 377 – 385 (02)]
Αιτίες:
➢ Επιλογή δηλαδή οι τόποι είναι κάτω από επιλογή [επειδή συμβαίνει και στους 5 τόπους
ταυτόχρονα (οι οποίοι είναι θεωρητικά ουδέτεροι) αυτό είναι μάλλον απίθανο]
➢ Ενδογαμία, εξίσου απίθανο λόγω της μεγάλης ικανότητας της γύρης των οργανισμών να
διασπείρεται σε μεγάλες αποστάσεις
➢ Walhund effect: δεν έχουμε 12 αλλά περισσότερους πληθυσμούς (δομή εντός των
πληθυσμών)
➢ Null alleles: αλληλόμορφα μικροδορυφορικών που δεν πολλαπλασιάζονται στη PCR
(σφάλμα της PCR) που μπορεί να οδηγήσει σε λανθασμένα αποτελέσματα
Οι ερευνητές απέκλεισαν τα 2 πρώτα αλλά δεν μπορούσαν να αποκλείσουν το

τελευταίο, οπότε θεωρούν ότι η έλλειψη ετεροζυγωτίας οφείλεται είτε σε μη
πολλαπλασιασμό αλληλομόρφων είτε σε δομή.
Εκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας ενός πληθυσμού (απλοειδικά
δεδομένα)
Η Γονιδιακή ποικιλότητα (gene diversity, h) μπορεί να εκτιμηθεί και σε απλοειδικά

δεδομένα (π.χ. μιτοχονδριακές αλληλουχίες, όπου το h μετράει την ποικιλότητα απλοτύπων).
Σε αυτό το πλαίσιο, το h περιγράφει τον αριθμό και τη συχνότητα των διαφορετικών

μιτοχονδριακών απλοτύπων.
Ωστόσο η ποικιλότητα των απλοτύπων, ειδικά σε γρήγορα εξελισσόμενα γονιδιώματα, όπως

το ζωικό μιτοχονδριακό, θα προσεγγίζει συχνά το 1 μέσα στον πληθυσμό ένα μεγάλο
ποσοστό ατόμων έχουν μοναδικούς απλοτύπους!!!
Φυσικά αυτή η παράμετρος μπορεί να γίνει πληροφοριακή με το να εκτιμήσουμε τον αριθμό

των νουκλεοτιδικών διαφορών που έχουν 2 αλληλουχίες από το να πούμε απλά ότι
διαφέρουν
όπου xi είναι η συχνότητα του αλληλομόρφου i, και m o αριθμός των αλληλομόρφων

που έχουν βρεθεί σε κάθε γενετικό τόπο
Εκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας ενός πληθυσμού (απλοειδικά

δεδομένα)
Αυτό γίνεται μέσω της Νουκλεοτιδικής Ποικιλότητας (nucleotide diversity, π) η οποία

ποσοτικοποιεί τη μέση διαφοροποίηση των αλληλουχιών και δίνεται από τη σχέση
όπου fi και fj είναι οι συχνότητες του απλοτυπου ith και jth στον πληθυσμό και pij είναι
οι νουκλεοτιδικές διαφορές μεταξύ των απλοτύπων
Θεωρήστε έναν πληθυσμό όπου υπάρχουν 4 αλληλόμορφα (απλότυποι) σε ένα
γονίδιο. Χρησιμοποιώντας την παρακάτω ευθυγράμμιση (alignment) και τις
συχνότητες, υπολογίστε την νουκλεοτιδική ποικιλότητα του πληθυσμού.
seq # alignment freq
1 ATCGTTCAGG--TCTTGGACATTAAGACAAAAAACATGCATAGCAT 0.40
2 ATG-ACAGGGGGTCATGGACAATAAGTCAA----CATCCACAGAAT 0.08
3 ATA-ACAGGCGGTCATGCACAATAAGTCTA----CATCGACAGAAT 0.02
4 ATG-ACAGGGGCTCTTGGGCAATTAGTCAG----GATCCACAGAAT 0.50
Η νουκλεοτιδική ποικιλότητα είναι το άθροισμα των xixjpij για όλα τα ζεύγη, όπου x
η συχνότητα κάθε αλληλίου και p είναι η νουκλεοτική ποικιλότητα για κάθε ζευγάρι
αλληλουχιών
Στην περίπτωση εδώ, το p για κάθε ζευγάρι είναι

1 2: 11/39 = 0.28
1 3: 14/39 = 0.36
1 4: 14/39 = 0.36
2 3: 4/41 = 0.10
2 4: 6/41 = 0.15
3 4: 11/41 = 0.27
Οπότε το π είναι το άθροισμα όλων των παρακάτω
π =0.40x0.08x0.28 + 0.40x0.02x0.36 + 0.40x

0.50x0.36 + 0.08x0.02x0.10 + 0.08x0.50x0.15 +
0.02x0.50x0.27 = 0.09
Εάν ένας πληθυσμός βρεθεί ότι έχει νουκλεοτιδική ποικιλότητα 0.001,

ποια μπορεί να είναι η αιτία που παρατηρείται αυτή η διαφορά;
Το αποτέλεσμα για τον πρώτο πληθυσμό σημαίνει ότι 9% των

νουκλεοτιδικών θέσεων (δηλαδή περίπου 4 θέσεις, αφού συνολικά μελετάμε
39) αναμένεται να διαφέρουν μεταξύ 2 ατόμων. Εάν ένας άλλος πληθυσμός
έχει 10 φορές μικρότερη ποικιλότητα για τον ίδιο γενετικό τόπο, αυτό μπορεί
να οφείλεται στο ότι υπάρχουν περισσότερα αλληλόμορφα ή στο ότι οι
αλληλουχίες είναι πιο διαφοροποιημένες ή και στα δύο. Το πρότυπο αυτό
μπορεί να προκληθεί είτε μέσω μικρότερης επίδρασης της επιλογής στα
γονίδια που εξετάστηκαν στον πληθυσμό με την μεγαλύτερη ποικιλότητα
είτε ο πληθυσμός αυτός είχε ιστορικά μεγαλύτερο μέγεθος.
Τι επηρεάζει τη γενετική ποικιλότητα ενός πληθυσμού
Η γενετική ποικιλότητα επηρεάζεται από πολλούς παράγοντες γι’ αυτό και

ποικίλει σημαντικά μεταξύ των πληθυσμών
Τέτοιοι παράγοντες είναι

➢ η γενετική παρέκκλιση (genetic drift)
➢ πληθυσμιακοί στενωποί (bottlenecks)
➢ φυσική επιλογή (natural selection)
➢ μέθοδοι αναπαραγωγής (method of reproduction)
Σημείωση
κανένας από τους παραπάνω παράγοντες δεν δρα κατά αποκλειστικότητα
π.χ. ο ρυθμός με τον οποίο ένας πληθυσμός θα ανακάμψει από μία στενωπό
εξαρτάται σε ένα ποσοστό από τις οικολογικές συνήθειες και απαιτήσεις του
πληθυσμού, όπως η αναπαραγωγή
Γενετική παρέκκλιση (genetic drift)

Είναι η διαδικασία (μηχανισμός) που προκαλεί την αλλαγή των αλληλικών
συχνοτήτων σε έναν πληθυσμό από τη μια γενιά στην άλλη ως αποτέλεσμα της
τύχης.
Επειδή η παρέκκλιση τροποποιεί τις συχνότητες των αλληλομόρφων με ένα τυχαίο

τρόπο, οδηγεί σε μια μη προσαρμοστική εξελικτική αλλαγή.
Αποτελεί σημαντική εξελικτική διαδικασία

που οδηγεί σε τυχαία αύξηση ή ελάττωση
των αλληλομόρφων από γενιά σε γενιά,
στην τυχαία εγκαθίδρυση ή και απώλειά
τους. Είναι εντονότερη όσο μικρότεροι
είναι οι πληθυσμοί, ωστόσο η σημασία της
γενετικής παρέκκλισης δεν περιορίζεται
στους μικρούς πληθυσμούς!
Δραστικό πληθυσμιακό μέγεθος

Αποτελεί τη βάση για μια από τις σημαντικές θεωρητικές μετρήσεις της γενετικής
δομής ενός πληθυσμού που είναι το δραστικό μέγεθος του πληθυσμού (Ne).
O αριθμός των ενεργά αναπαραγόμενων ατόμων σε ένα ιδεατό πληθυσμό που

εμφανίζουν την ίδια δυνατότητα διασποράς των αλληλομόρφων κάτω από τυχαία
γενετική παρέκκλιση ή την ίδια πιθανότητα διασταύρωσης όπως όλος ο
πληθυσμός».
Σε ιδεατούς πληθυσμούς, το Νe είναι ίσο με το απόλυτο πληθυσμιακό μέγεθος

(Nc). Συνήθως όμως είναι μικρότερο.
Δραστικό πληθυσμιακό μέγεθος

Οι τρεις κύριοι παράγοντες που επηρεάζουν το Νe ώστε να είναι μικρότερο από Νc
είναι
➢ η αναλογία των φύλων (όχι 50:50) (sex ratio)

➢ διαφορά στην αναπαραγωγική επιτυχία μεταξύ των ατόμων
➢ διακυμάνσεις του απόλυτου πληθυσμιακού μεγέθους
Sex ratio - Η άνιση αναλογία φύλου συνήθως μειώνει το Νe
Πως θα μπορούσε να συμβεί κάτι τέτοιο;

π.χ. από προσαρμοστική γονική συμπεριφορά
Sex ratio - Η άνιση αναλογία φύλου συνήθως μειώνει

το Νe
Στους θαλάσσιους ελέφαντες (Mirounga spp.), οι μάχες
ανάμεσα σε αρσενικά άτομα για τα χαρέμια είναι άγριες.
Αυτός ο έντονος ανταγωνισμός σημαίνει ότι σε μια

τυπική περίοδο αναπαραγωγής μόνο ένα μέρος από το
σύνολο των αρσενικών ατόμων θα συνεισφέρει τα
γονίδιά του στην επόμενη γενιά, ενώ η πλειονότητα των
θηλυκών γονιμοποιείται. Αυτό προκαλεί μια αναλογία
φύλων με μεροληψία προς τα θηλυκά (effectively female-
biased sex ratio).
Διαφορά στην αναπαραγωγική επιτυχία μεταξύ των ατόμων (variation in

reproductive success (VRS) – Η διαφορά αυτή προκαλεί συνήθως μείωση του Νe
Δεν παράγουν όλα τα άτομα ενός πληθυσμού τον ίδιο αριθμό βιώσιμων απογόνων
Γενετικά και δημογραφικά δεδομένα ενός πληθυσμού πέστροφας (Oncorhynchus

mykiss) στην Ουάσιγκτον, έδειξαν ότι η διαφορά στην αναπαραγωγική επιτυχία
των ατόμων είναι ο κυριότερος παράγοντας που προκαλεί μείωση του Νe [Ardren &
Kapuscinski 2003 Molecular Ecology 12, 35-49 (0.3)].
Όταν ο πληθυσμός είναι πυκνός (Nc είναι μεγάλο), ο ανταγωνισμός στα θηλυκά
για αρσενικά, θέσεις ωοτοκίας και τροφής είναι αυξημένος. Οι κερδισμένοι του
ανταγωνισμού θα δώσουν περισσότερους απογόνους.
Διακυμάνσεις του απόλυτου πληθυσμιακού μεγέθους – Οι μεταβολές του Nc

επηρεάζουν το Νe
Σημαντικές μεταβολές του Nc έχουμε όταν οι πληθυσμοί περνάνε στενωπούς π.χ.

εξαιτίας μιας ασθένειας, μιας φυσικής καταστροφής, υπερβολικής θήρευσης.
Παράδειγμα μελέτης: εκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας στις

γιγάντιες χελώνες των Γκαλάπαγκος
[Beheregaray et al. (2003) Science 302 (5642),75 (04)]
[Beheregaray et al. (2004) PNAS, 101(17), 6514–6519 (05)]
Έλεγχος της περιοχής ελέγχου του mtDNA σε 802 άτομα!!!

Τεχνικές ελέγχου του σχήματος (μορφής)
των μορίων του DNA
➢ Σχετικά φθηνή μέθοδος

➢ Αρκετά ακριβής
Single-Strand Conformational Polymorphism

1. Πολλαπλασιασμός αλληλουχίας στόχου
2. Αποδιάταξη προϊόντος με θέρμανση και φορμαμίδη
➢ Πολύ ευαίσθητη:
μπορεί να
διακρίνει μόρια
DNA που
3. Ανάλυση σε πήκτωμα πολυακρυμαμίδης διαφέρουν σε μία
βάση
➢ Απλή διαδικασία
όμως δύσκολο να
επαναληφθεί
4. Η αλληλουχία των βάσεων καθορίζει την 3-διάστατη
διαμόρφωση του μορίου και το ρυθμό μετακίνησης στο
πήκτωμα
Automatic Sequencing
~ $2,000 experiment costs

~ $90,000 set up costs
SSCP
~ $500 experiment costs

~ $300 equipment costs
SSCP στην περιοχή ελέγχου του mtDNA στον πληθυσμό Volcano

Alcedo
30 χελώνες, 2 απλότυποι
Μη αναμενόμενα χαμηλά επίπεδα γενετικής διαφοροποίησης σε
έναν από τους μεγαλύτερους πληθυσμούς των γιγάντιων χελωνών
(Volcan Alcedo).
Γενετική ποικιλότητα στο νησί Isabela
Διαφοροποίηση σε επίπεδο
απλοτύπων
Γιατί όμως συμβαίνει αυτό στον πληθυσμό
από το ηφαίστειο Alcedo?
V. Wolf
h = 0.69
V. Alcedo ➢ ο μεγαλύτερος πληθυσμός στο
V. Darwin h = 0.17!!! αρχιπέλαγος (3,000 – 5,000)
h = 0.50
➢ ένας από τους πρώτους που εποίκισαν το
νησί
V. Cerro Azul
h = 0.87 ➢ Alcedo είναι τόσο παλιός όσο και το
παλιότερο ηφαίστειο της Isabela
V. Sierra Negra
➢ Alcedo πιθανά ποτέ δεν επηρεάστηκε από
h = 0.83
τους φαιλονοθήρες
Το ηφαίστειο Alcedo υπέφερε από μια τρομερή ηφαιστειακή έκρηξη
πριν από περίπου 100 (±20) χιλ. χρόνια
Αυτή προκάλεσε μια δραματική μείωση του πληθυσμού (στενωπός)

➢91% των χελωνών μοιράζονται την ίδια μητρική γενεαλογία-απλότυπο
➢Επιβίωση ενός απλότυπου (που οδήγησε στην επαναδημιουργία του πληθυσμού)
➢Χρονολόγηση της εξαφάνισης των απλοτύπων = 88.000 χρόνια (72.400-118.700)
Αντικρουόμενα αποτελέσματα από τη μελέτη διαφορετικών γονιδιωμάτων

Π.χ. η περίπτωση της καφέ αρκούδας στη Σκανδιναβία (Ursus arctos), η οποία
πέρασε μια στενωπό από τα μέσα του 18ου αιώνα ως το 1930, όπου ο πληθυσμός
έπεσε από τα 5000 άτομα στα 130. Σήμερα ο πληθυσμός ανακάμπτει και έχει φθάσει
στα 1000 άτομα.
Η μελέτη των Waits et al. (2000) αποκάλυψε μόλις 2 mtDNA απλοτύπους σε 380
άτομα, το οποίο αντανακλά την απώλεια των περισσότερων απλοτύπων κατά τη
διάρκεια της στενωπού. ΟΜΩΣ η ανάλυση 19 μικροδορυφορικών τόπων
αποκάλυψε ποικιλότητα (τιμές He) που είναι συγκρίσιμη με τους πληθυσμούς της
βόρειο αμερικάνικης καφέ αρκούδας, η οποία δεν έχει περάσει στενωπούς!!!
….it is often attributed to differences in the levels of male and female gene flow
Μια περίπτωση στενωπού είναι και το φαινόμενο ιδρυτή
Φαινόμενα ιδρυτή συνήθως εμφανίζονται όταν ένας μικρός αριθμός ατόμων ενός
πληθυσμού εποικίζει ένα νέο ενδιαίτημα και δημιουργεί ένα νέο πληθυσμό.
Αιτίες:
➢ φυσική μετανάστευση
➢ ανθρώπινες μετατοπίσεις
Φυσική επιλογή: H γενετική ποικιλότητα επηρεάζεται από τη φυσική επιλογή, τη

διαδικασία δηλαδή που οδηγεί σε αναπαραγωγική διαφοροποίηση των γενετικά
διαφορετικών ατόμων ή γονοτύπων μέσα σε ένα πληθυσμό (Li, 1997).
H σταθεροποιούσα και η κατευθυνόμενη επιλογή σε γενικές γραμμές μειώνουν την

ποικιλότητα!
H σταθεροποιούσα επιλογή μειώνει
την ποικιλότητα ευνοώντας τον μέσο
φαινότυπο
H κατευθυνόμενη επιλογή μειώνει

την ποικιλότητα είτε μέσω αρνητικής
(επιλογή ενάντια της μεταλλαγής που
μειώνει την αρμοστικότητα του
ατόμου) ή θετικής επιλογής (επιλογή
κάθε μεταλλαγής που αυξάνει την
αρμοστικότητα του ατόμου)
Η διασπαστική ή
διαφοροποιούσα επιλογή αυξάνει
την ποικιλότητα και συμβαίνει
όταν δύο ή περισσότεροι
φαινότυποι είναι «καλύτεροι» σε
σχέση με τους φαινότυπους που
βρίσκονται ενδιάμεσά τους.
Η εξισορροπούσα επιλογή: επιλογή που διατηρεί τη γενετική ποικιλότητα γιατί

σε ορισμένες περιπτώσεις επιλέγει κάποια αλληλόμορφα και σε κάποιες άλλες όχι
(π.χ. το πλεονέκτημα του ετεροζυγώτη και η περίπτωση της β αιμοσφαιρίνης και
της δρεπανοκυτταρικής αναιμίας)
Αναπαραγωγή: Αν και η αμφιγονική αναπαραγωγή είναι κοστοβόρα για τα είδη που

την έχουν υιοθετήσει, έχει κυριαρχήσει μεταξύ των ευκαρυωτών εξαιτίας της
ικανότητάς της να αυξάνει τη γενετική ποικιλότητα μέσω του ανασυνδυασμού.
Παράδειγμα: ένας είδος αφίδας (Sitobion avenae) αναπαράγεται

αμφιγονικά σε περιοχές της Ευρώπης με δριμείς χειμώνες (Ρουμανία),
γιατί τα αμφιγονικά παραγόμενα αβγά μπορούν να επιβιώσουν στις
χαμηλές θερμοκρασίες και παρθενογενετικά σε περιοχές με ήπιους
χειμώνες (δυτική Γαλλία), παράγοντας περισσότερους απογόνους, αφού
τα ενήλικα μπορούν να επιβιώσουν.
Μια σύγκριση αυτών των πληθυσμών μέσω μικροδορυφορικών έδειξε ότι ο

πληθυσμός της Ρουμανίας εμφανίζει πολύ μεγαλύτερη ποικιλότητα σε σχέση με τον
πληθυσμό της Γαλλίας. [Papupa et al. 2003 Heredity 90, 397-404 (06)]
Σύνοψη
Μεταλλαγή Αμφιγονική αναπαραγωγή
Εξισορροπούσα επιλογή Γονιδιακή ροή
Γενετική ποικιλότητα
Άμεση απώλεια
Γενετική ποικιλότητα αλληλομόρφων
Κατευθυνόμενη επιλογή
Στενωποί
Νe
Ενδογαμία Γενετική παρέκκλιση
Μικρό πληθυσμιακό μέγεθος Νe

Διαφορά στην αναπαραγωγική
επιτυχία, άνιση αναλογία φύλων
Πληθυσμιακή δομή – Population Structure
Η υποδιαίρεση είναι ένα πολύ κοινό χαρακτηριστικό των φυσικών πληθυσμών.

Είναι ευρέως αποδεκτό ότι λίγα είδη συνίστανται από ένα παμμικτικό πληθυσμό,
όμως η πλειοψηφία των ειδών χαρακτηρίζονται από συγκεκριμένους τύπους
πληθυσμιακής υποδιαίρεσης.
Στόχος της ΜΟ είναι η αποκάλυψη αυτών των προτύπων πληθυσμιακής

υποδιαίρεσης, η οποία θα βοηθήσει στην καλύτερη κατανόηση της δυναμικής των
πληθυσμών (ποσοστό μετανάστευσης κ.α.).
Με διάφορα εργαλεία αναζητούμε την ύπαρξη ή όχι δομής (υποδιαίρεση σε

πληθυσμούς) και στη συνέχεια προσδιορίζουμε την κλίμακα στην οποία συμβαίνει
αυτό.
Ο καθορισμός των πληθυσμών είναι μια εξαιρετικά δύσκολη υπόθεση, ειδικά όταν
δεν υπάρχουν προφανή φράγματα που να διαχωρίζουν τους πληθυσμούς (π.χ. στους
ωκεανούς ή στα εκτενή τροπικά δάση).
Η εύρεση της ύπαρξης ή δομής γίνεται μέσω ειδικών ελέγχων ανάθεσης (assignment
test), οι οποίοι κατηγοριοποιούν τους γονοτύπους σε γενετικά διακριτές ομάδες
Τέτοιες προσεγγίσεις έχουν υιοθετηθεί σε αρκετά προγράμματα όπως τα

STRUCTURE (Pritchard et al. 2000), GENELAND (Guillot et al. 2005), BAPS (Corander et al. 2003,
2004)
Σε μια εργασία για την εύρεση της δομής στις γιγάντιες χελώνες του Αμαζονίου
(Podocnemis expansa), αναλύθηκαν 18 μικροδορυφορικοί τόποι σε ένα σύνολο 453
ατόμων που συλλέχθηκαν από 18 διαφορετικές περιοχές.
H ανάλυση αυτών μέσω του BAPS αποκάλυψε τη διάκριση του συνόλου των
ατόμων σε 8 ομάδες
Η ανάλυση των γιγάντιων χελωνών των Γκαλάπαγκος μέσω 12 μικροδορυφορικών
τόπων [Poulakakis et al. 2008 PNAS 105(40), 15464–15469 (06)]
Γονιδιακή ροή και ρυθμός μετανάστευσης
Γονιδιακή ροή ορίζεται η μετακίνηση γονιδίων, μέσω των ατόμων (μετανάστευση)

ή των γαμετών (διασπορά γύρης μέσω του αέρα) τους, μεταξύ των πληθυσμών. Αν η
ροή μεταξύ δυο πληθυσμών είναι μεγάλη, τότε οι πληθυσμοί τείνουν να έχουν
παρόμοιες αλληλικές συχνότητες, αποτρέποντας τη σαφή διάκριση αυτών των
πληθυσμών.
Φυλογεωγραφία
Φυλογεωγραφία: ασχολείται με τις αρχές και τις διαδικασίες που καθορίζουν τα
γεωγραφικά πρότυπα των γενεαλογικών γραμμών, ειδικά εκείνων εντός του είδους,
αλλά ακόμα και μεταξύ στενά συγγενικών εξελικτικά ειδών (Avise 2000)
Οι φυλογεωγράφοι προσπαθούν να ερμηνεύσουν τον τρόπο και το βαθμό στον οποίο οι

διάφορες ιστορικές διαδικασίες που σχετίζονται με τη δημογραφία των πληθυσμών, έχουν
αφήσει τα εξελικτικά τους αποτυπώματα στη σύγχρονη γεωγραφική κατανομή των
γονιδιακών γραμμών των οργανισμών. Στη πιο απλή της μορφή, η φυλογεωγραφία
ασχολείται με τη χωρική κατανομή των απλοτύπων, των οποίων οι φυλογενετικές σχέσεις
είναι γνωστές ή μπορούν να εκτιμηθούν.
Γενετικοί δείκτες στη φυλογεωγραφία
H φυλογεωγραφία είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με τη

φυλογένεση
1. Κατασκευάζουμε ένα φυλογενετικό δέντρο για να

πιστοποιήσουμε τις γενετικές σχέσεις μεταξύ των
πληθυσμών ενός είδους (ή συγγενικών ειδών)
2. Συνδέουμε το δέντρο με την γεωγραφία

 Συσχετισμένη ανάλυση των γεωγραφικών και γενετικών
αποστάσεων μεταξύ των πληθυσμών
Στο σύνολο των φυλογεωγραφικών μελετών, ο πλέον επιλεγόμενος δείκτης
είναι το mtDNA (τουλάχιστον όταν η μελέτη αφορά ζωικούς οργανισμούς)
Η ευρεία χρήση του mtDNA

οφείλεται
 στην PCR
 και στην χρήση των

γενικευμένων εκκινητών
(Universal primers)
(Kocher et al. 1989)
Γιατί το mtDNA είναι τόσο χρήσιμο και ευρύτατα εφαρμοσμένο;
«If one could design a customized genetic

marker for use in population and
evolutionary biology, it is quite likely that
one would reinvent mtDNA» Rand (1994)
Εξακολουθεί να είναι ο κυρίαρχος δείκτης στην πληθυσμιακή

βιολογία!
Αυτό ερμηνεύεται από τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά του mtDNA
και των εντυπωσιακό σε όγκο εργασιών, με επιτυχή
αποτελέσματα, που έχουν γίνει με τη χρήση αυτού
Χαρακτηριστικά του mtDNA που του δίνουν
πλεονέκτημα στη φυλογεωγραφία
 Απλοειδές
 Μονογονική κληρονόμηση
 Δεν ανασυνδυάζεται
 Δεν έχει μεταθετά στοιχεία, ψευδογονίδια, ιντρόνια, διαγονιδακές
αλληλουχίες και επαναληπτικό DNA
 Έχει γρήγορο ρυθμό εξέλιξης
 Έχει μόνο το 25% του δραστικού πληθυσμιακού μεγέθους των
πυρηνικών δεικτών, αφού σε αντίθεση με τους πυρηνικούς δείκτες τα
αρσενικά άτομα δεν συνεισφέρουν στην επόμενη γενεά, ενώ τα θηλυκά έχουν
μόνο έναν μιτοχονδριακό τύπο
 Είναι διαγνωστικό για διάφορες ταξινομικές βαθμίδες (π.χ. είδη)
Σύγκριση της διακριτικής ικανότητας (ή ικανότητα επίλυσης της

φυλογένεσης) του mtDNA και πυρηνικών γονιδίων στις γιγάντιες
χελώνες των Γκαλάπαγκος
0.2% Pinta Espanõla
0.3%
16 Espanõla
A S.Cris tobal
0.2% 3.1% 100
0.4% Santa Cruz: 100
9 C. Fatal 100 Pinta
0.2%
0.2% Pinzon
5.4% 12 S.Cris tobal
S.Cruz:
Santiago Caseta
0.6%
28 Northern Is abela:
V. Wolf Southern Isabela:
61 C.Azu l, S. Nigra
0.1% 100
Pinzon
0.6%
14 S. Cruz: Central Is abela:
C. Montura 0.4% V. Darwin
6.4% 0.2%
0.2% S. Cruz:
12 Northern Is abela:
Caseta
0.2% V. Wolf
Central Is abela:
16 V. Darwin
0.3% Santiago
Southern Isabela:
43 V. Alcedo
Southern Isabela:
C. Azul
V. Alcedo
S. Nigra
13.2% 3.1%
G.chilensis G.chilensis
13.2% 5.1%
G.carbonaria G.carbonaria
7.8% 2.2% G.denticulata
G.denticulata
[Caccone et al. 2004 Molecular Phylogenetics and Evolution 31, 794-798 (01)]
Μειονέκτημα
1) Κάθε οργανίδιο (μιτοχόνδριο, χλωροπλάστης) συμπεριφέρεται σαν

μία μονάδα και το γονιδίωμά του σαν ένας γενετικός τόπος.
ιχνηλατούμε την ιστορία ενός γενετικού τόπου, που μπορεί να
συμφωνεί ή όχι με την εξελικτική ιστορία του υπό εξέταση
είδους.
Ο μόνος τρόπος να ελέγξουμε εάν η γενεαλογία που παράγεται από το

mtDNA είναι ακριβής (αντιστοιχεί στην γενεαλογία των ειδών), είναι να
δούμε εάν συμφωνεί με γενεαλογίες που παράγονται από άλλες
γονιδιωματικές περιοχές (πυρηνικό DNA)
Ιστορία της φυλογεωγραφίας


Φυλογεωγραφική μελέτη σταθμός
Φυλογένεση mtDNA 87 ατόμων του είδους γεώμυς (Geomys pinetis)

-- 2 διακριτοί κλάδοι που απέχουν 3%
Η φυλογεωγραφία λειτουργεί ως μία «ομπρέλα» που θέτει υπό την εποπτεία της
διάφορα εναλλακτικά σενάρια για την ερμηνεία των χωρικών διευθετήσεων των
οργανισμών και των ιδιαίτερων χαρακτηριστικών τους.
Ο βικαριανισμός και η διασπορά είναι δύο συχνά ανταγωνιστικοί παράγοντες

που καθορίζουν, ο καθένας με το δικό του τρόπο την προέλευση του χωρικού
διαχωρισμού των ταξινομικών μονάδων.
1) Βικαριανισμός 1) κατακερματισμός από

περιβαλλοντικούς παράγοντες, όπως
φαινόμενα ορογένεσης, σπασίματα
ηπειρωτικών μαζών, ευστατικά
φαινόμενα
1) Διασπορά
2) μια ταξινομική μονάδα αποκτά τη
σημερινή της κατανομή μέσω
ενεργητικής ή παθητικής διασποράς από
ένα ή περισσότερα προγονικά κέντρα
προέλευσης
Προγονικός πληθυσμός Γεωγραφική απομόνωση Ειδογένεση
Τεκτονικές πλάκες της Γης
Η παλαιογεωγραφική εξέλιξη της

Γης
https://www.youtube.com/watch?v=cQVoSyVu9rk
Παράδειγμα μελέτης Φυλογεωγραφία των σαυρών
του γένους Ophiomorus στo
χώρο του Αιγαίου
[Poulakakis et al. 2008 Molecular Phylogenetics and Evolution 47, 396–402 (02)]
Παράδειγμα μελέτης Φυλογεωγραφία των σαυρών

του γένους Ophiomorus στo
χώρο του Αιγαίου
Γενεαλογίες και coalescence
H Coalescent theory στοχεύει στο να ερμηνεύσει την πορεία προς τον κοινό
πρόγονο σε ένα γονιδιακό δέντρο με βάση διάφορες εξελικτικές διαδικασίες
όπως η γενετική παρέκκλιση, η μετανάστευση, οι αλλαγές στο πληθυσμιακό
μέγεθος και η επιλογή.
Οι γενεαλογίες δυο μη –
ανασυνδυαζόμενων απλοτύπων θα
συγκλίνουν (coalesce) στον πιο πρόσφατο
κοινό τους πρόγονος (MRCA). Παρομοίως
οι γενεαλογίες όλων των απλοτύπων ενός
πληθυσμού θα συγκλίνουν, με το
σχηματισμό διαφόρων εσωτερικών
κόμβων, σχηματίζοντας ένα γενεαλογικό
δέντρο.
Όταν ένας πληθυσμός χωρίζεται σε δύο απομονωμένους υπο-πληθυσμούς, τότε
οι απλότυποι του αρχικού πληθυσμού (οι οποίοι έχουν συγκεκριμένες
φυλογενετικές σχέσεις) μοιράζονται στους υπο-πληθυσμούς με λίγο - πολύ
τυχαίο τρόπο.
Σε μια τέτοια περίπτωση τα πιθανά παρατηρούμενα φυλογενετικά

πρότυπα είναι τρία:
Δέντρο ειδών και coalescence process [Klein et al.1998, Degnan & Rosenberg 2009, Mailund 2009].
Κάθε τελεία αντιπροσωπεύει ένα άτομο (αντίγραφο γενετικού τόπου), κάθε χρώμα ένα
διαφορετικό αλληλόμορφο και κάθε γραμμή συνδέει το άτομο με το πρόγονο του στην
προηγούμενη γενιά. Μέσα στον πληθυσμό η επιλογή ή/και η παρέκκλιση θα οδηγήσει σε
αλλαγή των αλληλικών συχνοτήτων. Στα αρχικά στάδια των διαχωρισμών, τα αδελφά
είδη θα μοιράζονται ίδια αλληλόμορφα, με αποτέλεσμα να έχουμε σημαντική διαφορά
στον καθορισμό των ειδών. Ένα δέντρο στα αρχικά στάδια της ειδογένεσης θα έδειχνε
ότι κανένα είδος δεν είναι μονοφυλετικό. Μόνο μετά από κάποιο χρόνο τα αλληλόμορφα
θα είναι πλήρως ορισμένα (sorting) σε κάθε γενεαλογία, οδηγώντας σε μονοφυλετικά
είδη (Leliaert et al. 2014)
Τυχαία επιλογή γενεαλογικών γραμμών (stochastic lineage sorting)
Oι τρεις κατηγορίες
φυλογενετικών σχέσεων
ουσιαστικά παρατηρούνται σε
ζευγάρια αδελφών πληθυσμών,
όταν εξετάζονται σε διαφορετικές
χρονικές στιγμές από τη στιγμή
που διαχωρίστηκαν από τον αρχικό
πληθυσμό.
Αμέσως μετά το διαχωρισμό των

υποπληθυσμών εξαιτίας ενός
φράγματος που εμποδίζει τη
γονιδιακή ροή, οι υποπληθυσμοί
εμφανίζονται ως πολυφυλετικοί,
επειδή οι απλότυποι του
προγονικού πληθυσμού
διαχωρίζονται σε αυτούς με
τυχαίο τρόπο.
Λόγω της τυχαίας εξαφάνισης
κάποιων γενεαλογικών γραμμών, οι
πληθυσμοί εμφανίζονται
παραφυλετικοί, ενώ τελικά μετά το
πέρασμα αρκετών γενεών οι
πληθυσμοί γίνονται τελικά
μονοφυλετικοί.
Ο χρόνος που απαιτείται ώστε ένα

ζευγάρι μη συνδεδεμένων πληθυσμών
να φθάσει στο στάδιο της αμοιβαίας
μονοφυλετικότητας εξαρτάται από το
μέγεθος των πληθυσμών και από το
τύπο του γονιδιώματος που
χρησιμοποιείται.
Ο χρόνος προς τη μονοφυλετικότητα

είναι
 4 φορές μεγαλύτερος στα
πυρηνικά σε σχέση με τα
μιτοχονδριακά γονίδια
Ωστόσο υπάρχουν κάποια φαινόμενα [όπως η Ατελής Επιλογή Γενεαλογικών
Γραμμών (Incomplete Lineage Sorting, ILS) και η Διείσδυση γονιδιώματος
(Introgression or Introgressive Hybridization)] που, ακόμα αν και τα είδη
βρίσκονται σε κατάσταση αμοιβαίας μονοφυλετικότητας, μπορούν να οδηγήσουν
σε πόλυ- ή πάρα –φυλετικές καταστάσεις (δευτερογενή γονιδιακή ροή μεταξύ των
παραγόμενων πληθυσμών)
Incomplete lineage sorting: παρατηρείται όταν ένα πολυμορφικό προγονικό είδος

που διαθέτει 2 ή περισσότερα αλληλόμορφα (δηλ. απλότυπους) σε ένα τόπο
διαιρεθεί (διαχωριστεί) σε δυο γενεαλογίες. Αμφότερα τα αλληλόμορφα μπορούν
να διατηρηθούν στα απογονικά κλαδιά. Ωστόσο όταν μια από αυτές τις γραμμές
διαιρεθεί ξανά, το φυλογενετικό δέντρο για τον συγκεκριμένο τόπο (δηλ. το
γονιδιακό δέντρο) μπορεί να τοπολογικά να μοιάζει αλλά μπορεί και όχι με το
εξελικτικό δέντρο των ειδών.
H πιθανότητα να συμβεί αυξάνει όταν τα κλαδογενετικά φαινόμενα συμβαίνουν
χρονικά πολύ κοντά το ένα στο άλλο και όταν τα Ne είναι πολύ μεγάλα.
[Rogers & Gibbs 2014 Nat Rev Genet 15 (5), 347-359 (03)]
Φυλογένεση της οικογένειας των μεγάλων
πιθήκων (H: άνθρωπος, C: χιμπαντζής, G:
γορίλας και O: ουρακοτάγκος).
Οι οριζόντιες γραμμές υποδηλώνουν τις
χρονικές στιγμές ειδογένεσης των μεγάλων
πιθήκων.
Οι εσωτερικές γκρι γραμμές
υποδεικνύουν παραδείγματα ILS σε
συγκεκριμένους τόπους
 βάσει αυτής υποστηρίζεται η σχέση
χιμπαντζής και γορίλας, αφήνοντας τον
άνθρωπο απέξω
Στη βάση της εικόνας οι μέσες
νουκλεοτιδικές αποκλίσεις ανάμεσα στον
άνθρωπο, το χιμπαντζή, το γορίλα και τον
ουρακοτάγκο.
[Scally et al. 2012 Nature 483 (7388), 169-175 (04)]
Διείσδυση γονιδιώματος: Ροή γενετικού υλικού ανάμεσα σε αποκλίνουσες

γενεαλογικές γραμμές. Εδώ έχουμε 3 γενεαλογίες που έχουν προκύψει από ένα
κοινό πρόγονο. Και στις 2 περιπτώσεις των κλαδογενετικών περιπτώσεων (σε
επίπεδο είδους), υπάρχει γονιδιακή ροή (οριζόντιες ζώνες) μεταξύ των παραγόμενων
γενεαλογιών.
Το αλληλόμορφο B μεταφέρεται από τη μία

γενεαλογική γραμμή στην άλλη, αλλά χάνεται
από τη γενεαλογική γραμμή που τη δέχεται
είτε μέσω επιλογής είτε μέσω παρέκκλισης. Το
αλληλόμορφο C μεταφέρεται από τη μία
γενεαλογική γραμμή στην άλλη, αλλά σε
αντίθεση με το Β αυξάνει τη συχνότητά του
επηρεάζοντας τη εξελικτική πορεία της
γενεαλογικής γραμμής αποδέκτη (Species 2).
Σε γενικές γραμμές, η ροή μεταξύ
απομακρυσμένων γραμμών μειώνεται με τον
χρόνο έως ότου εξαφανίζεται εντελώς.
[Prüfer et al. 2012 Nature 486 (7404), 527-531 (05)]
Οι Μπονόμπο ή Πυγμαίοι Χιμπαντζήδες και οι Χιμπαντζήδες είναι αναμφίβολα

αδελφά τάξα και τα πιο συγγενικά από κάθε άλλο αρτίγονο Πρωτεύον.
ΩΣΤΟΣΟ, για το 1.6% του γονιδιώματος, οι αλληλουχίες των Μπονόμπο είναι
πιο όμοιες με τις ομόλογες αλληλουχίες του ανθρώπου σε σχέση με τους
Χιμπαντζήδες, ενώ για το 1.7% του γονιδιώματος, οι Χιμπαντζήδες είναι πιο
όμοιοι με τους ανθρώπους παρά με τους Μπονόμπο
Ενδείξεις από διάφορα είδη πρωτευόντων, ειδικά των προγόνων των σύγχρονων
πιθήκων και του ανθρώπου, υποδεικνύουν ότι η διαδικασία που έδωσε τις
υπάρχουσες γενεαλογικές γραμμές δεν περιλαμβάνει έναν ταχύτατο διαχωρισμό και
μια άμεση γενετική απομόνωση. Αντίθετα, σύγχρονες αναλύσεις έχουν δείξει ότι οι
νέες γενεαλογίες μπορούν να αποκλίνουν και να συσσωρεύουν γενετικές διαφορές
αν και διατηρούν σε μικρό βαθμό ένα είδος γενετικής ανταλλαγής (δηλ. γονιδιακή
ροή).
Μοριακά ρολόγια
Τα απολιθώματα είναι
διάσπαρτα ή ημιτελή (ή
δεν υπάρχουν)
Πρόβλεψη των χρόνων

απόκλισης από τη σύγκριση
μοριακών δεδομένων
 Δεδομένου
– ενός φυλογενετικού δέντρου
– των μηκών των κλάδων του 110 MYA
– και του χρόνου απόκλισης
ενός (ή περισσότερων)
κόμβων
Α Β Γ Δ Ε
 Μπορούμε να χρονολογήσουμε τους υπόλοιπους

κόμβους του δέντρου;
 Ναι... εάν ο ρυθμός που συμβαίνουν οι αλλαγές

είναι σταθερός σε όλα τα κλαδιά
Μοριακό ρολόι
Η ιδέα…
ξεκίνησε με τους Zuckerkandl & Pauling (1962) σχετικά
με τον εξελικτικό ρυθμό των πρωτεϊνών, σημειώνοντας
ότι η γενετική απόσταση δύο αλληλουχιών διαφορετικών
ειδών που κωδικοποιούν την ίδια πρωτεΐνη αυξάνει
γραμμικά με το χρόνο απόκλισης των δύο ειδών.
Linus Pauling Emile Zuckerkandl

To μοριακό ρολόι αποτελεί τη συσχέτιση της απόσχισης δύο ειδών και του
αριθμού των διαφορών που παρατηρούνται μεταξύ νουκλεοτιδικών ή
πρωτεϊνικών μορίων των ειδών αυτών.
Εάν το μοριακό ρολόι υπάρχει και ο ρυθμός εξέλιξης ενός γονιδίου μπορεί να
υπολογιστεί
τότε
α) είναι πιθανή η χρονολόγηση άγνωστων χρονικά αποσχίσεων δύο
γενεαλογικών γραμμών μέσω σύγκρισης των πρωτεϊνικών τους ή των
νουκλεοτιδικών τους αλληλουχιών
και
β) εάν ο χρόνος απόκλισης δύο ειδών είναι γνωστός (π.χ. έχει εκτιμηθεί με τη
βοήθεια του αρχείου των απολιθωμάτων), τότε μπορεί να συναχθεί και ο
ρυθμός μοριακής εξέλιξης ενός γονιδίου
Η υπόθεση του Μοριακού ρολογιού
 Διάγραμμα που απεικονίζει τη

σχέση των νουκλεοτιδικών
διαφορών 17 ειδών θηλαστικών
σε 7 γονιδιακά προϊόντα σε
σχέση με το χρόνο
 Η ισχυρή γραμμική συσχέτιση

υποδεικνύει οι μοριακές
διαφορές ανάμεσα στα είδη είναι
ανάλογες του χρόνου
διαχωρισμού τους
Η υπόθεση του Μοριακού ρολογιού
 Η προφανής σταθερότητα του μοριακού ρολογιού έρχεται σε αντίθεση

με τη δραματική ποικιλότητα στους ρυθμούς της μορφολογικής
εξέλιξης.
 Τα «μόρια» μπορούν να εκτιμήσουν την ηλικία των κοινών προγόνων
για περιπτώσεις που τα απολιθώματα είναι άγνωστα (γεμίζοντας τα
κενά στις απολιθωματοφόρες καταγραφές)
 Τα «μόρια» μπορούν να εκτιμήσουν την ηλικία ακόμα και αν δεν
υπάρχει προφανής μορφολογική αλλαγή (ιδιαίτερα χρήσιμο για τα
μικρόβια)
 Όπως και στη φυλογένεση, οι πιο σημαντικές πρόοδοι έχουν επιτευχθεί
από συνδυασμό μοριακών και μορφολογικών δεδομένων
Γιατί θέλουμε να πιστεύουμε σε ένα ρολόι;
 Τα φυλογενετικά συμπεράσματα είναι πιο απλά όταν έχουμε σταθερούς

ρυθμούς εξέλιξης
 Ένα σταθερό ρολόι καθιστά πιθανή την εκτίμηση της ηλικίας διαφόρων
ειδών γεγονότων όπως η μετανάστευση, η διείσδυση κ.α.
 Το μοριακό ρολόι σχετίζεται με τη θεωρία του Kimura σχετικά με την
ουδέτερη εξέλιξη
Το μοριακό ρολόι δεν είναι μετρονόμος
 Τα κτυπήματα του ρολογιού είναι τυχαία (στοχαστικά), όχι
καθορισμένα
 Οι υποκαταστάσεις συμβαίνουν τυχαία σύμφωνα με μια
διαδικασία Poisson
Το μοριακό ρολόι δεν είναι μετρονόμος

 Εάν μια υποκατάσταση συμβαίνει κάθε ένα
εκατομμύριο χρόνια, με τη διασπορά
Poisson
 95% των γενεαλογιών ηλικίας 15 εκ.
χρόνων έχουν 8-22 υποκαταστάσεις
 μια γενεαλογία με 8 υποκαταστάσεις
μπορεί να είναι < από 5 εκ. χρόνια
Μετάλλαξη και Υποκατάσταση
 Ρυθμός μετάλλαξης (μ)

• O ρυθμός στον οποίο λάθη (αλλαγές) ενσωματώνονται στο γονιδίωμα
κατά τη διάρκεια μιας αντιγραφής
• Εξαρτάται βασικά από το μηχανισμό αντιγραφής
• Μπορεί να εκφραστεί ως μεταλλαγές ανά νουκλεοτιδική θέση ανά
γεγονός αντιγραφής
• Μπορεί να μετρηθεί και in vivo και in vitro μέσω διαφόρων τεχνικών
μοριακής βιολογίας
 Ρυθμός υποκατάστασης (r)

• O ρυθμός στον οποίο οι μεταλλαγές εξαπλώνονται και εγκαθιδρύονται
σε ένα πληθυσμό
• Εξαρτάται από πολλούς παράγοντες όπως η δυναμική των
πληθυσμών, η φυσική επιλογή και η γενετική παρέκκλιση
• Μπορεί να εκφραστεί ως ο αριθμός των υποκαταστάσεων αν
νουκλεοτιδική θέση στη μονάδα του χρόνου (μέρες, χρόνια, γενεές)
• Μπορεί να μετρηθεί σε ετερόχρονες αλληλουχίες
 Για κάθε τόπο, 2Nµ μεταλλαγές εισέρχονται σε ένα πληθυσμό σε κάθε
γενεά
 Κάθε νέα ουδέτερη μεταλλαγή έχει πιθανότητα να εγκαθιδρυθεί ίση
με την αρχική της συχνότητα 1/(2N)
 Ο μέσος αριθμός υποκαταστάσεων ανά τόπο και ανά γενεά είναι ίσος
με το γινόμενο αυτών,
2Nµ * 1/(2N) = µ
Βασικό χαρακτηριστικό της θεωρίας της Ουδετερότητας

ρυθμός υποκατάστασης = ρυθμός μεταλλαγής
r=μ
Υπόθεση μοριακού ρολογιού
N = συνολικός αριθμός υποκαταστάσεων
L = συνολικός αριθμός νουκλεοτιδίων που συγκρίνονται

μεταξύ των 2 αλληλουχιών
N
K= αριθμός υποκαταστάσεων ανά νουκλεοτιδική θέση
L
Ρυθμός νουκλεοτιδικών υποκαταστέασεων r

και ο χρόνος απόκλισης T
r = ρυθμός υποκαταστάσεων
π.χ. 0.56 x 10-9 αντικαταστάσεις ανά θέση και
ανά χρόνο
K = αριθμός υποκαταστάσεων
π.χ. 0.093 ανά νουκλεοτιδική θέση (αρουραίος
vs άνθρωπος)
r = K / 2T
T = 0.093 / (2)(0.56 x 10-9) = 83 εκ. χρόνια

Πως κτυπάει το μοριακό ρολόι ;
ATGACCCCGACACGCAAAATTAACCCACTAATAAAATTAATTAATCACTCATTTATCGAC
ATGACCCCGACACGCAAAATTAACCCACTAATAAAGTTAATTAATCACTCATTTATCGAC
ATGACCTCGACACGCAAAATTAACCCACTAATAAAGTTAATTAATCACTCATTTATCGAC
ATGACCTCGACACGCAAAATGAACCCACTAATAAAGTTAATTAATCACTCATTTATCGAC
ATGACCTCGACACGCAAAATGAACCCACTAATAAAGTTAATTAATCACTCATTTATCGAC
Κάθε νουκλεοτιδική υποκατάσταση είναι ισοδύναμη με ένα τικ

στο μηχανικό ρολόι. Όσο περισσότερες υποκαταστάσεις συμβούν
τόσο μεγαλύτερος είναι ο χρόνος που έχει διέλθει
Απόκλιση από τον κοινό πρόγονο

AAA CCC CGG GGC CCC TAT TTT TTG AAA CCC CGG GGC CCC TAT TTT TTG
AAG CCC CGG GGC CCC TAT TTT TTG AAA CCC CGG GGC CCC TAT TTT TTT
AAG CCT CGG GGC CCC TAT TTT TTG AAT CTC CGG GGC CCC TAT TTT TTT
AAG CCT CGG GGC CCT TAT TTT TTG AAT CTC CGG GGC CTC TAT TTT TTT
AGG CCT CGG GGC CCT TAT TTT TTG AAT CTC CGG GGC CTC TAT TTT TAT
Απόκλιση αλληλουχιών
Sp1: AGG CCT CGG GGC CCT TAT TTT TTG = 24 νουκλεοτίδια
|| | ||| ||| | ||| ||| |
3  4p 
Sp2: AAT CTC CGG GGC CTC TAT TTT TAT K JC   ln 1  
4  3 
• Μήκος αλληλουχίας: 24 
ln 
1 

1  2P  Q 
 1 
ln 
1  2Q 
K    
• Ίδια ζεύγη: 17 K 80
2 4
• Αριθμός νουκλεοτιδικών διαφορών ανά θέση:

d = (24-17)/24 = 0.29
• Πως μπορούμε να μεταφράσουμε αυτή τη διαφορά σε
χρόνο, με άλλα λόγια πριν από πόσα χρόνια απέκλινε το
Species 1 από το 2;
• Τι χρειαζόμαστε;
Ιζηματογενή πετρώματα και απολιθώματα
Εάν τα απολιθώματα 2 συγγενικών ειδών (αρουραίοι και ποντίκια)

βρεθούν στο ίδιο γεωλογικό στρώμα, αλλά όχι σε παλιότερα
στρώματα, τότε, έαν το στρώμα είναι 15 εκ. χρόνων, μπορούμε να
υποθέσουμε ότι τα 2 είδη απέκλιναν πριν από 15 εκ. χρόνια
Βαθμονόμηση του μοριακού ρολογιού
Ζεύγος Χρόνος απόκλισης d

ειδών (εκ. χρ.)
1 1 0.05
2 2 0.12
3 3 0.11
4 4 0.2
5 5 0.21
6 6 0.27
7 7 0.35
8 8 0.33
9 9 0.41
10 ? 0.29
Ο χρόνος απόσχισης είναι ~6 εκ. χρόνια
Είναι το μοριακό ρολόι μια

λογική υπόθεση;
Στην πιο ακραία του μορφή, η υπόθεση του μοριακού ρολογιού

αξιώνει ότι οι ομόλογες αλληλουχίες DNA εξελίσσονται με τον ίδιο
ρυθμό κατά μήκος όλων των γενεαλογικών γραμμών, εφόσον αυτές
διατηρούν την αρχική τους λειτουργία
Π.χ. 2% ανά 1 εκ. χρόνια στο mtDNA των ζώων
Διαφορετικά γονίδια τρέχουν με διαφορετική ταχύτητα
Η βαθμονόμηση του
μοριακού ρολογιού
πρέπει να γίνει για
κάθε γονίδιο χωριστά.
Διαφορετικά τμήματα των γονιδίων τρέχουν με
διαφορετική ταχύτητα
Διαφορετικά είδη τρέχουν με διαφορετική ταχύτητα

Ρυθμός υποκατάστασης vs. Ρυθμός μεταλλαγής
• Ο ρυθμός υποκατάστασης (εγκαθίδρυσης) είναι ο ρυθμός σύμφωνα με

το οποίο οι αλληλουχίες διαφορετικών πληθυσμών αποκλίνουν με το
χρόνο
• Ο ρυθμός μεταλλαγής είναι ο ρυθμός σύμφωνα με το οποίο τα άτομα
ενσωματώνουν «λάθη» κατά την αντιγραφή.
• Η πιθανότητα εγκαθίδρυσης καθορίζει τη διαφορά μεταξύ αυτών.
r = N μ p = ρυθμός υποκατάστασης (ανά γενεά)

μ = ρυθμός μεταλλαγής (ανά άτομο ανά γενεά)
p = πιθανότητα εγκαθίδρυσης
N = πληθυσμιακό μέγεθος (2N για διπλοειδείς)
Ερμηνεύοντας την ποικιλία στους ρυθμούς
• διαφορές στη διάρκεια της γενεάς

• διαφορές στο μεταβολικό ρυθμό
• διαφορές στους μηχανισμούς επιδιόρθωσης
• διαφορές στο πληθυσμιακό μέγεθος
• διαφορές στη πίεση της επιλογής
r = N μ p
Διάρκεια γενεάς
γενεές
• Διάρκεια γενεάς (g)
= Ο χρόνος μεταξύ 2
μεταλλαγές
διαδοχικών γενεών
μεταλλαγές
• Πολύ σημαντικός
παράγοντας για την χρόνος
εξέλιξη ουδέτερων
γονιδιακών θέσεων
(π.χ. σιωπηλές Μία Μία
θέσεις) γενεά γενεά
Γενεά μεγάλης Γενεά μικρής

διάρκειας διάρκειας
Διάρκεια γενεάς
Ο ρυθμός εγκαθίδρυσης σε σιωπηλές θέσεις στον ουρακοτάγκο, το
γορίλα και το χιμπαντζή είναι 1.3, 2.2 και 1.2 φορές μεγαλύτερος σε
σχέση με τον άνθρωπο, γεγονός που υποδεικνύει αναλογικά
μικρότερες γενεές
Μεταβολικός ρυθμός
Ο ρυθμός μεταλλαγής (ανά χρόνο) μπορεί να αυξηθεί με το μεταβολικό

ρυθμό και να μειωθεί με το μήκος της γενεάς
• Το mtDNA των
ομοιόθερμων ζώων Ενδόθερμα
φαίνεται να τρέχει πιο
γρήγορα από αυτό των
εξώθερμων
• Μέσα σε κάθε ομάδα, Εξώθερμα

υπάρχει επίσης μια
συσχέτιση με το
μέγεθος του σώματος
(το οποίο σχετίζεται
και με τη διάρκεια της
γενεάς...)
• Ελεύθερες ρίζες οξυγόνου που παράγονται κατά την αερόβια αναπνοή

μπορεί να προκαλέσουν μεταλλαγές
• Οργανισμοί με υψηλά μεταβολικά ποσοστά συνθέτουν περισσότερο
DNA.
Μηχανισμοί επιδιόρθωσης
• Η φύση των μηχανισμών επιδιόρθωσης είναι πολύπλοκη και μπορεί να
επηρεάσουν το μεταλλακτικό ρυθμό.
• RNA ιοί και ρετεροιοί έχουν πολύ μεγαλύτερους μεταλλακτικούς
ρυθμούς σε σχέση με τους ευκαρυώτες γιατί χρησιμοποιούν
διαφορετικές πολυμεράσες.
• Γονίδια που μεταγράφονται πολύ, έχουν πιο ικανούς μηχανισμούς
επιδιόρθωσης.
Ερμηνεύοντας την ποικιλία στους ρυθμούς
• διαφορές στο διάρκεια της γενεάς

• διαφορές στο μεταβολικό ρυθμό
• διαφορές στους μηχανισμούς επιδιόρθωσης
• διαφορές στο πληθυσμιακό μέγεθος
• διαφορές στη πίεση της επιλογής
r = N μ p
Τα δεδομένα αυτά δεν αποτελούν απόδειξη ότι δεν υπάρχει μοριακό ρολόι.
Στην πραγματικότητα δεν υπάρχει ένα «παγκόσμιο» ρολόι, όμως

μπορούμε να μιλήσουμε για ένα ρολόι που χτυπάει αμερόληπτα για μία
ομάδα συγγενικών ειδών («τοπικό» μοριακό ρολόι με εφαρμογή σε μία
ομάδα οργανισμών).
Η εφαρμογή ενός τοπικού ρολογιού επιτρέπει το συσχετισμό της

φυλογενετικής ιστορίας με την κλίμακα του χρόνου, παρέχοντας
εξελικτική πληροφορία που σε άλλη περίπτωση θα έμενε ανεκμετάλλευτη.
Συνεπώς, η χρονολόγηση είναι δυνατόν να χρησιμοποιηθεί ως κριτήριο
ελέγχου ανεξάρτητων βιογεωγραφικών (και παλαιοβιογεωγραφικών)
υποθέσεων και να βοηθήσει στην ερμηνεία των σημερινών κατανομών και
την κατανόηση των ιστορικών προτύπων εξάπλωσης.
Τοπικά ρολόγια;
 Εξελικτικά συγγενικά είδη που συχνά μοιράζονται
παρόμοιες ιδιότητες, είναι πιθανό να έχουν παρόμοιους
ρυθμούς
 Για παράδειγμα
– Τα τρωκτικά της οικ. Muridae «τρέχουν» κατά μέσο
όρο 2-6 φορές πιο γρήγορα από τους πιθήκους και τον
άνθρωπο (Graur & Li σελ. 150)
– τα ποντίκια και οι αρουραίοι έχουν πολύ παρόμοιους
ρυθμούς (Graur & Li σελ. 146)
Βαθμονόμηση του μοριακού ρολογιού
H χρήση του μοριακού ρολογιού
Η μέτρηση του εξελικτικού χρόνου επιτρέπει

•την εκτίμηση της γενετικής απόστασης
‣ d = γενετική απόσταση
Τ
•τη χρήση παλαιοντολογικών δεδομένων για το
καθορισμό της ηλικίας του κοινού προγόνου
‣ T = ο χρόνος από τη στιγμή της απόκλισης a b c d
•την εκτίμηση του ρυθμού βαθμονόμησης (αριθμός των

γενετικών αλλαγών στη μονάδα του χρόνου)
‣ r = dac/2Tac
•υπολογισμός του χρόνου απόκλισης δύο νέων

αλληλουχιών
‣ Tab = dab/2r
Πηγές βαθμονόμησης
Απολιθώματα
a b c d
Βαθμονομώντας το ρολόι μας
Κόμβοι με σημειακή βαθμονόμηση

Βαθμονομώντας το ρολόι μας
Κόμβοι με εύρος βαθμονόμησης
Φυλογεωγραφία (γεωλογικά συμβάντα)

Φυλογεωγραφία (γεωλογικά συμβάντα)
• η ηφαιστειακή προέλευση των

νησιών της Χαβάης έχει δημιουργήσει
μια αλυσίδα νησιών με αυξανόμενη
ηλικία προς τα δυτικά
• οι φυλογενετικές σχέσεις των

ενδημικών ειδών των νησιών
αποτυπώνουν αυτή τη ηφαιστειακή
ζώνη
Για παράδειγμα,οι μύγες του γένους
(Drosophila spp.) από τα παλιότερα νησιά
σχηματίζουν τους βαθύτερους κλάδους
στο δέντρο ενώ από τα νεότερα νησιά τους
πιο πρόσφατους
Εντυπωσιακή γραμμική συσχέτιση της

γενετικής απόκλισης σε σχέση με το χρόνο
όταν οι γενετικές αποστάσεις
απεικονίζονται σε σχέση με τις ηλικίες των
νησιών
Συνεξέλιξη
Εάν 2 ομάδες οργανισμών έχουν

συνεξελιχθεί, τότε η χρονική
διαφοροποίηση της μίας μπορεί να
χρησιμοποιηθεί για τη
βαθμονόμηση της άλλης
• Για παράδειγμα, 16 απολιθώματα

χρησιμοποιήθηκαν για τη
βαθμονόμηση των αιλουροειδών
[Johnson et al. (2006) Science 311:73-77 (06)]
• Weinstock et al (2005)
χρησιμοποίησαν το χρόνο
σχηματισμού του ισθμού του
Παναμά, που επέτρεψε τη
διασπορά των αλόγων πέραν της
νότιας Αμερικής για τη
βαθμονόμηση μιας ανάλυσης των
σύγχρονων μελών της οικογένειας
του αλόγου
Έλεγχος για γενετικούς τόπους με
όμοιους ρυθμούς μεταξύ των
τάξων που μελετάμε
Πολλαπλοί έλεγχοι για ρολόγια:

– Relative rates tests
• συγκρίνει ρυθμούς αδελφών γραμμών χρησιμοποιώντας μια
εξωομάδα
– Tajima test
• Number of sites in which character shared by outgroup and only
one of two ingroups should be equal for both ingroups
– Branch length test
• Απόκλιση της απόστασης κάθε τάξου από τη ρίζα του δέντρου σε
σχέση με τη μέση απόσταση
– Likelihood ratio test
• Αναγνωρίζει απόκλιση από το ρολόι, αλλά όχι τις αλληλουχίες που
αποκλίνουν
Πηγές λάθους/απόκλισης
 Έλλειψη σταθερού ρυθμού (εξαιτίας της γενεαλογίας,
πληθυσμιακού μεγέθους ή επιλογής)
 Λανθασμένες εκτιμήσεις των μοντέλων
 Λάθος στην εύρεση ορθόλογων
 Λάθος δέντρο
 Τυχαία ποικιλότητα
 Ανακριβή σημεία βαθμονόμησης
 Ανακρίβεια της παλινδρόμησης
 Απροσεξίες του ερευνητή
 προφητείες αυτοικανοποίησης
Πολλαπλοί γενετικοί τόποι
«Η προσπάθεια εκτίμησης των χρόνων
απόκλισης από ένα μόνο γενετικό τόπο είναι
σαν να προσπαθούμε να βρούμε το μέσο ύψος
του ανθρώπινου είδους με τη μέτρηση ενός
ανθρώπου»
--Molecular Systematics p539
Απαιτείται η χρήση πολλών τόπων!

(και πολλών σημείων βαθμονόμησης)
Η ηλικία και ο ρυθμός του Homo sapiens
Υψηλής ποιότητας γονιδίωμα από

ένα άνδρα ηλικίας 45000 χρόνων
από τη Σιβηρία (Ust’-Ishim).
Ο εκτιμώμενος ρυθμός είναι Αν ισχύει αυτό αλλάζουν πολλά

0.43*10-9 έως 0.63*10-9 ανά θέση σχετικά με το τι γνωρίζαμε για τον
ανά χρόνο. άνθρωπο και την ιστορία του
π.χ. η απόκλιση από το χιμπαντζή
έγινε πριν από 12-15 εκ. χρ.
Παλιότερος ρυθμός: 1*10-9 ανά
θέση ανά χρόνο. Το ταξίδι από την Αφρική έγινε
παλιότερα
[Fu et al. 2014 Nature 514 (7523), 445-449 (07)]
Συγκριτική Φυλογεωγραφία
Το πεδίο της συγκριτικής φυλογεωγραφίας στοχεύει στην ερμηνεία

των μηχανισμών που είναι υπεύθυνοι για τις φυλογενετικές σχέσεις
και κατανομές διαφόρων ειδών (όχι στενά συγγενικών).
Για παράδειγμα η σύγκριση διαφόρων ταξινομικών ομάδων μπορεί να
διαλευκάνει τις ιστορίες των βιογεωγραφικών περιοχών.
Πλεονεκτήματα αυτής της προσέγγισης

1) Βελτίωση της γνώσης μας για τον τρόπο με τον οποίο διάφορα ιστορικά
γεγονότα έχουν επηρεάσει άμεσα την εξέλιξη των πληθυσμών και των
ειδών.
π.χ. εάν υποψιαζόμαστε ότι ένα ιστορικό φαινόμενο (π.χ. ο σχηματισμός ενός
ποταμού) ήταν ένα βικαριανιστικό γεγονός που διαχώρισε πολλούς χερσαίους
πληθυσμούς, τότε αναμένουμε να βρούμε παρόμοια επίπεδα διαφοροποίησης μεταξύ
αδελφών τάξων από κάθε πλευρά του ποταμού. Το παρόμοιο πρότυπο θα ενισχύσει
το επιχείρημά μας ότι ο βικαριανισμός και όχι η διασπορά συνέβαλε στη
διαφοροποίηση των ειδών.
Πλεονεκτήματα αυτής της προσέγγισης
2) Η αναγνώριση κοινών γραμμών στην ιστορία πολλών ταξινομικών
ομάδων είναι πολύ σημαντική στην Διαχειριστική Βιολογία.
π.χ. στο ίδιο παράδειγμα με το ποτάμι μπορεί να βρούμε ότι οι πληθυσμοί των ειδών
στις δύο πλευρές του ποταμού είναι γενετικά διακριτοί. Τότε η διατήρηση της
πλειονότητας της υπάρχουσας βιοποικιλότητας θα επιτευχθεί αν προστατευθούν
κάποια από τα ενδιαιτήματα και στις δύο πλευρές του ποταμού και όχι με την πιο
εντατική διατήρηση των ενδιαιτημάτων της μίας πλευράς του ποταμού
Όμως…
Τι συμφωνία αναμένουμε να βρούμε σε είδη με διαφορετική οικολογία;
Το ποτάμι θα έχει διαφορετικές επιδράσεις σε είδη με διαφορετικές

ικανότητες διασποράς (μετακίνησης) (π.χ. ικανότητα κολύμβησης,
πετάγματος, επίπλευσης ή παθητικής διασποράς μέσω του ανέμου)
Ένα από τα πρώτα και πιο γνωστά παραδείγματα συγκριτικής φυλογεωγραφίας είναι
η μελέτη του Avise (1992).
18 είδη οργανισμών
14 είδη ψαριών,
1 ερπετό (χελώνα)
1 πουλί (σπουργίτι)
1 αρθρόποδο
(μερόστομα)
1 Μαλάκιο (στρείδι)
12 είδη έδειξαν παρόμοια πρότυπα γενετικών διαφοροποιήσεων μεταξύ του

κόλπου του Μεξικού και του Ατλαντικού ωκεανού, υποδεικνύοντας ότι ο
βικαριανισμός (σχηματισμός της χερσονήσου της Φλόριντα) είχε την ίδια
επίδραση στην πληθυσμιακή τους ιστορία
Γενετικές επιπτώσεις των
παγετώνων
Αρκτική: ξεκίνησε
πριν από 2,5 εκ. χρ.
Μέχρι πριν από 900 χιλ. χρ., οι παγετώνες

κατέβαιναν προς το νότο κάθε 41.000 χρ.
Έκτοτε ο κύκλος αυξήθηκε στα 100.000 χρ. και οι
παγετώνες ήταν πολύ πιο σφοδροί και έντονοι.
Η περιοδικότητα υποδεικνύει ένα μηχανισμό
ελέγχου (θεωρία των Croll-Milaknovitch). Η αιτία
Ανταρκτική:
των παγετώνων είναι οι διακυμάνσεις της τροχιάς
πριν από 35 εκ.
χρ. της Γης γύρω από τον ήλιο.
Ερωτήματα
1) Πως επηρέασαν οι παγετώνες τα Ευρωπαϊκά είδη;
2) Συνέβαλε η διαδοχική απομόνωση των οργανισμών στο νότο (καταφύγια)
στην ειδογένεση;
3) Πως κατανέμεται η ενδοειδική ποικιλότητα;
4) Υπάρχει κάποιο κοινό πρότυπο διαφοροποίησης και εποίκισης;
Το αρχείο των απολιθωμάτων αποκαλύπτει ότι στο αποκορύφωμα της τελευταίας

Παγετώδους περιόδου, πριν από περίπου 20.000 χρόνια, τα περισσότερα εύκρατα
είδη που σήμερα κατανέμονται στην βόρεια και κεντρική Ευρώπη, επιβίωσαν σε
καταφύγια της νότιας Ευρώπης κοντά στη Μεσόγειο θάλασσα.
Τα καταφύγια της Ευρώπης εντοπίζονται στους ορεινούς όγκους των νότιων
περιοχών της. Η σημαντικότητά τους γίνεται ιδιαίτερα αντιληπτή αν
αναλογιστούμε ότι η εξαφάνιση ενός είδους από τα καταφύγια του νότου κατά τη
διάρκεια των θερμών περιόδων θα οδηγήσει στην ολοκληρωτική εξαφάνιση της
ομάδας αυτής στην επόμενη ψυχρή περίοδο.
[Taberlet et al. 1998 Molecular Ecology 7 (4), 453-464 (08)]
Οι 10 ταξινομικές ομάδες που συμπεριλήφθηκαν στη συγκριτική

φυλογεωγραφική προσέγγιση
Απλοποιημένες φυλογεωγραφίες κάποιων από τα προηγούμενα είδη


Συμπεράσματα:
1) Η μεγαλύτερη ποικιλότητα εντοπίζεται στις νότιες περιοχές της Ευρώπης (τα
καταφύγια)
2) Η κατανομή των ενδοειδικών πολυμορφισμών στις βορειότερες περιοχές είναι
το αποτέλεσμα των μεταναστευτικών οδών από τα καταφύγια
3) Ασυμφωνία μεταξύ των φυλογεωγραφικών προτύπων των υπό εξέταση taxa.

Κάθε taxon ανταποκρίνεται ανεξάρτητα στους παγετώνες και έτσι το καθένα
έχει τη δική του, μοναδική, ιστορία
4) Αν και δεν υπάρχει σαφής ένδειξη κοινού φυλογεωγραφικού προτύπου στην

Ευρώπη, οι μεταπαγετώδεις οδοί επανεποίκισης της Ευρώπης εμφανίζουν
κάποιες ομοιότητες:
 Κοινή μεταναστευτική οδός από

Ιβηρική χερσόνησο προς Σκανδιναβία
για την καφέ αρκούδα και την
βελανιδιά
 Κοινή μεταναστευτική οδός από

Βαλκάνια προς νότια Γαλλία για
την ακρίδα και την κοινή βελανιδιά
 4 taxa εμποδίστηκαν στην προς το

βορρά επέκταση από τις Άλπεις
Βάσει αυτών, αν και η εποίκιση κάθε είδους έχει τη δική της ιστορία και
πρότυπο, υπάρχουν 3 φυλογεωγραφικά πρότυπα που μπορούν να θεωρηθούν
ως πιο γενικευμένα (η ακρίδα, ο σκαντζόχοιρος και η αρκούδα).
Ακρίδα Σκαντζόχοιρος Αρκούδα
Το μεγαλύτερο τμήμα της Τρεις ομάδες Η εποίκηση της Ευρώπης

Ευρώπης εποικίστηκε από τα γονιδιωμάτων αποτέλεσαν από την αρκούδα
καταφύγια της Βαλκανικής πηγή για το μεγαλύτερο ξεκίνησε από την Ιβηρική
χερσονήσου. Οι πληθυσμοί της τμήμα της Ευρώπης, χερσόνησο και τα
Ιβηρίας και Ιταλίας δεν ξεκινώντας από τα
εξαπλώθηκαν βορειότερα
Βαλκάνια
καταφύγια της Ιβηρικής,
εξαιτίας των φυσικών εμποδίων της Ιταλικής και της
(Άλπεις, Πυρηναία). Βαλκανικής χερσονήσου
Ένα από τα βασικά αποτελέσματα των μεταναστεύσεων ήταν η δημιουργία ζωνών

υβριδισμού στα σημεία συνάντησης των επεκτεινόμενων οργανισμών. Στην
Ευρώπη έχουν αναγνωριστεί πολλές ζώνες υβριδισμού, που εντοπίζονται από τα
Πυρηναία έως τη Μαύρη Θάλασσα
Στην Ευρώπη αναγνωρίζονται 4

κύριες ζώνες υβριδισμού
1) Η ζώνη των Άλπεων
2) Η ζώνη επαφής των πληθυσμών
από την Ιβηρική χερσόνησο και
την περιοχή των Βαλκανίων
(κάπου στα σύνορα Γαλλίας –
Γερμανίας)
3) Η ζώνη των Πυρηναίων και
4) Η ζώνη της Σκανδιναβίας, όπου
η περιοχή εποικίστηκε από το
βορρά και το νότο από
διαφορετικούς πληθυσμούς που
προέρχονταν από διαφορετικά
καταφύγια
Εφαρμοσμένη
φυλογεωγραφία
Εφαρμοσμένη φυλογεωγραφία
Εισαγόμενα είδη ή είδη εισβολείς
Η χρήση της φυλογεωγραφίας στη μελέτη των αυτόχθονων και των
εισαγόμενων ειδών/πληθυσμών
Εξαιτίας των ανθρώπινων δραστηριοτήτων πολλά είδη οργανισμών έχουν

μεταφερθεί από μέρος σε μέρος = εισαγόμενα είδη/πληθυσμοί
Μερικές φορές έχουν αρνητική επίδραση στα αυτόχθονα είδη
τα εισαγόμενα είδη γίνονται είδη εισβολείς
Η φυλογεωγραφία μπορεί να:

 Επιβεβαιώσει την φύση των ειδών (αυτόχθονα ή εισαγόμενα)
 Καθορίσει την προέλευση (πηγή) του εισαγόμενου είδους
Μία πρόσφατη έρευνα στην εξαφάνιση ζωικών ειδών έδειξε ότι στα
είδη που μπορούμε να αποδώσουμε μια αιτία εξαφάνισης, το 54%
οφείλεται εν μέρει τουλάχιστον στα εισαγόμενα είδη.
Για παράδειγμα, η εισαγωγή του μαύρου αρουραίου στο αρχιπέλαγος της

Χαβάης έχει συμβάλει στη μείωση της βιοποικιλότητας τα τελευταία 200
χρόνια:
 ~40% των πουλιών έχουν εξαφανιστεί
 ~40% των αυτόχθονων φυτών έχουν ανακηρυχθεί κινδυνεύοντα
 900 από τα 1263 (71%) είδη χερσαίων σαλιγκαριών έχουν εξαφανιστεί
εξαιτίας αυξημένης θήρευσης, μεταφερόμενες ασθένειες και

ανταγωνισμού με τα εισαγόμενα είδη.
Διερεύνηση του αν ένα είδος είναι εισαγόμενο ή αυτόχθονο
Θαλάσσιο είδος Littorina littorea (Βόρεια Αμερική και Ευρώπη)

 Αυτόχθων ή εισαγόμενο στη βόρεια Αμερική;
 Εναλλακτικές υποθέσεις:
1. Συνεχής παραμονή και στις δύο περιοχές => παλιά απόσχιση =>
Σημαντική γενετική διαφοροποίηση μεταξύ των πληθυσμών της
Ευρώπης και της Β. Αμερικής.
2. Εάν η L. littorea είναι πρόσφατη στη Β. Αμερική, τότε αναμένουμε
χαμηλή γενετική διαφοροποίηση μεταξύ των πληθυσμών με τα
περισσότερα αλληλόμορφα της Β. Αμερικής να αποτελούν υποσύνολο
αυτών της Ευρώπης.
Littorina littorea (Βόρεια Αμερική και Ευρώπη)
 Αλληλούχιση 992bp 2 mtDNA γονιδίων & 864bp του πυρηνικού

ITS γονιδίου από 60 ευρωπαϊκά και 57 αμερικάνικα άτομα
 Οι περισσότεροι απλότυποι της Ευρώπης και της Αμερικής είναι
μοναδικοί => πολύ λίγοι κοινοί!
 Η εκτίμηση του χρόνου απόσχισης έδειξε ότι οι πληθυσμοί
διαχωρίστηκαν πριν ~8.100 χρόνια (πριν την εμφάνιση του
«πολιτισμένου» ανθρώπου στην Αμερική)
Συμπέρασμα: Αυτόχθονα και στις δύο περιοχές!
Η ανακάλυψη κρυπτικών εισβολέων. Η διαφοροποίηση μεταξύ
εισαγόμενων και αυτόχθονων πληθυσμών βάσει μορφολογίας μπορεί να
είναι προβληματική, ιδιαίτερα αν υπάρχει σημαντική μορφολογική
ποικιλότητα μέσα στους αυτόχθονους πληθυσμούς.
Π.χ. το γαστερόποδο Melanoides tuberculata της λίμνης Malawi της

Ανατολικής Αφρικής
Το M. tuberculata είναι αυτόχθονο στην τροπική Αφρική, στην Ασία και

την Ωκεανία, ενώ έχει εισαχθεί στον τροπικό και υποτροπικό νέο κόσμο
(Αμερική). Όταν μία μη-αυτόχθονη μορφή του M. tuberculata βρέθηκε
μέσα στη λίμνη, ήταν αδύνατο βάσει μορφολογίας να καθοριστεί εάν έχει
εισαχθεί από γειτονικό πληθυσμό ή από άλλη ήπειρο.
Αλληλούχιση (COI) 38 ατόμων M. tuberculata
από 20 πληθυσμούς της Αφρικής, του Ισραήλ,
της Σρι Λάνκα και της ΝΑ Ασίας
BI tree
Με κόκκινο βέλος απλότυποι

από τη λίμνη Malawi
Ένδειξη εισαγωγής μορφών από την ΝΑ Ασία.
Καθορισμός της πηγής προέλευσης των εισβολέων – για λόγους
διαχείρισης.
Ροδόδεντρο (Rhododendron ponticum) στη
Βρετανία
Πρόκειται για ένα θαμνώδες πολυετές είδος που
εισήχθη στη Βρετανία κατά τη διάρκεια του 19ου
αιώνα με σκοπό να διακοσμήσει τους κήπους των
σπιτιών.
Αναπτύσσεται σε φτωχά εδάφη και επεκτάθηκε
(δραματικά) σε φυσικά οικοσυστήματα
Μείωση της βιοποικιλότητας, αφού πολύ λίγα
ζώα μπορούν να τραφούν από αυτό ή να το
χρησιμοποιήσουν ως μικροενδιαίτημα
[Milne & Abbott 2000 Molecular Ecology 9 (5), 541-556 (09)]

Ανάλυση RFLPs σε χλωροπλαστικό cpDNA και
πυρηνικό nDNA σε 260 άτομα Rhododendron
ponticum από τη Βρετανία, καθώς και ατόμων
από Τουρκία και Ιβηρική χερσόνησο.
Εφαρμοσμένη φυλογεωγραφία &
ταξινομική
Οι ελέφαντες αποτελούν ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα για το πώς η
μοριακή φυλογεωγραφία μπορεί να ανατρέψει και να βελτιώσει τις
γνώσεις μας για την ταξινομική.
Αρχικά μόνο 2 είδη ήταν γνωστά (Loxodonta africana στην Αφρική και
Elephas maximus στην Ασία)

Η οικογένεια των ελεφάντων εμφανίστηκε πριν από 5-6 εκ. χρόνια στην
Αφρική με τρεις κύριες γραμμές (Loxodonta, Elephas και Mammuthus)
Οι ελέφαντες της Αφρικής έχουν μεγάλη ιστορία και οι πληθυσμοί από τα

τροπικά δάση διαφέρουν από τους αντίστοιχους της Σαβάνας.
Οι Roca et al. (2000) ανέλυσαν 1732 bp DNA (4 πυρηνικά γονίδια) και

διαπίστωσαν ότι η γενετική τους απόσταση είναι εξαιρετικά μεγάλη
προσεγγίζοντας την απόσταση των αφρικανικών και των ασιατικών
ελεφάντων.
Η υψηλή γενετική διαφοροποίηση, η μορφολογική και η οικολογική

διαφοροποίηση και η μειωμένη γονιδιακή ροή τους οδήγησε να
αναγνωρίσουν 2 είδη στην Αφρική:
Loxodonta cyclotis στα τροπικά δάση και Loxodonta africana στη Σαβάνα

Ωστόσο ελέφαντες από τη δυτική Αφρική δεν είχαν συμπεριληφθεί στην μελέτη
τους.
Χρησιμοποιώντας mtDNA (κυτόχρωμα β και περιοχή ελέγχου), οι Eggert et al.
(2002) απέδειξαν την παρουσία αρκετών, σημαντικά διαφοροποιημένων,
γενεαλογικών γραμμών στους ελέφαντες της Αφρικής.
Phylogenetic
Reconstruction
Theory and Software
Many slides are from:
Alexandros Stamatakis, Dan Graur, Paul
Lewis
Definitions we need to know
● Leaf
● Node
● Branch
● root
● MRCA (most recent common ancestor)
● rooted and unrooted trees
Rooted vs unrooted phylogenies

Relatedness in phylogenetics
Two sequences A and B are more closely
related than A and B’ when A and B share a
common ancestor more recently than A and B’
Is B more closely related to A or to C ?
Think about relatedness

As defined above it implies the concept of
“TIME”.
There is no time concept in unrooted trees.

Thus, speaking about relatedness is rather
meaningless in unrooted trees
Distance and relatedness
Is B closer to C or to A?
Is C closer to D or to B?
C
B
Is B closer to C or to A?
Is C closer to D or to B?
C
B
The concept “closeness” is not well defined. So you cannot

really answer the above question precisely
A
D
The concept “closeness” is not well defined. So you cannot

really answer the above question precisely
C B is more related to A than to C

B
Evolutionary distance between B and C is smaller than
between A and B

B is more related to A than to C
Evolutionary distance between B and C is smaller than

between A and B
C
B
How is this possible?
D
Evolutionary rate
The number of substitutions per site
This can be different from species to species
Tree Inference
A common task in evolutionary biology is to
infer the phylogenetic tree for a set of
sequences.
This means to decide from a set of possible

phylogenies which is the best to explain the
data we observe
Data -- this is what we observe
Finding the relations between

sequences
Assuming that the whole body of evolutionary
theory is true :))
● Sequences should have common ancestors
o i.e. they should be related
o relatedness should affect sequence similarity via the
identity by descent.
o if two sequences inherit a nucleotide from a common
ancestor then both should carry the same nucleotide
in a given site.
Similarity and Orthology
● Orthology is a biological concept: two
objects (sequences, sites, proteins etc) are
homologous if they share a common
ancestor
● similarity is not a biological concept
● similarity does not imply orthology
necessarily
● Find examples that similarity != orthology
… from wikipedia
Homology among proteins or DNA is often
incorrectly concluded on the basis of sequence
similarity. The terms "percent homology" and
"sequence similarity" are often used
interchangeably. As with anatomical structures,
high sequence similarity might occur because
of convergent evolution, or, as with shorter
sequences, because of chance.
… two random sequences
are __ % similar
are __ % homologous (the term % homologous

is a bit strange anyway)
Similarity and orthology

Practically
● Secuences might share a high similarity
because they are orthologous
● This is the basis of the alignment
o The process of arranging a pair of sequences in a
way that homologous sites are on the same column
Let’s align these sequences
ATTTACCACGGA and ATTTACCACGGA
ATTTACCACGGA and ATTCACCACGGA
ATTTACCACGGA and ATTACCACGGA
ATTTACCACGGA and ATTTCGA
Why do we align sequences

To find Phylogenetic Trees!!!!!
Note that:
During the alignment process we already “have
in mind” a phylogenetic tree
This is a small paradox of the

alignment/phylogeny:
● we align to find the tree
● we align “assuming” some tree
Alignment - Phylogeny problem

In practice:
First we find an alignment
Then we reconstruct the tree
There are methods however, that do both

simultaneously (e.g. PRANK).
Phylogenetics
the art of tree reconstruction
Inferring UNROOTED phylogenies

all programs I know work with unrooted
phylogenies
Assume an alignment
A: ACGTCAACACCCA
B: ACGTCGACACCCA
C: ACGTCAACATTTT
D: ACGTTAACATTTT
Examining all possible phylogenies

A: ACGTCAACACCCA
B: ACGTCGACACCCA
C: ACGTCAACATTTT
D: ACGTTAACATTTT
Number of possible phylogenetic

trees
Scoring the trees
Impossible Calculations
● Since the tree space is so large it is not
possible to evaluate all trees
● Trees are doing some smart heuristics to
examine the tree space and to report the
best “known” tree
● Keep in mind: since the space is huge,
almost certainly the tree is a wrong one :( :)
UPGMA
Unweighted pair-group method with arithmetic
means
48
UPGMA employs a sequential clustering
algorithm, in which local topological
relationships are identified in order of
decreased similarity, and the tree is built in49
a stepwise manner.
simple OTUs
50
composite OTU
51
52
53
UPGMA only works if the distances

are strictly ultrametric i.e. the
distance to all leaves from the root
is the same. … or
for any 3 species in matrix S, we
label them as i,j,k Mik = Mjk >= Mij
54
●
Parsimony
56
Are there problems in parsimony?
• long branch attraction
Huge data... better trees?
What is your opinion?

Bonobo, Chimp, Human
The bonobo genome compared with the chimpanzee and human genomes
http://www.nature.com/nature/journal/v486/n7404/full/nature11128.html
What does it mean on the phylogenetic tree

reconstruction?
What software do we use?
MAFFT: to obtain alignments
but also MUSCLE, CLUSTAL etc
RAxML to obtain phylogenetic trees

(but also FastTree... well we do trust only raxml
:)
Γενετική Διαχείριση
Βιοποικιλότητα
Τι είναι η Βιοποικιλότητα ή Βιολογική Ποικιλότητα;
Η ποικιλομορφία των ζωντανών οργανισμών κάθε προέλευσης (χερσαίοι, θαλάσσιοι και

όλων των υπόλοιπων υδάτινων οικοσυστημάτων και οικολογικών συμπλεγμάτων),
συμπεριλαμβανομένης της ενδοειδικής ποικιλομορφίας, της ποικιλομορφίας μεταξύ ειδών
και μεταξύ οικοσυστημάτων (Matthews et al. 2001).
O Whittaker (1972) περιέγραψε 3 όρους για την μέτρηση της
βιοποικιλότητας σε χωρικό επίπεδο: άλφα, βήτα και γάμα
ποικιλότητα.
άλφα ποικιλότητα: αναφέρεται στην ποικιλότητα μιας περιοχής ή

ενός οικοσυστήματος και αφορά συνήθως τον αριθμό των ειδών ενός
οικοσυστήματος.
βήτα ποικιλότητα: η σύγκριση της ποικιλότητας μεταξύ των

οικοσυστημάτων, η οποία συνήθως εκτιμάται ως ο αριθμός των
ειδών που αλλάζει από το ένα οικοσύστημα στο άλλο.
γάμα ποικιλότητα: η μέτρηση της συνολικής ποικιλότητας μέσα σε

μία μεγάλη, σε έκταση, περιοχή.
Βάσει αυτού του ορισμού, υπάρχουν 3 διακριτά επίπεδα
ποικιλότητας:
✓Ποικιλότητα ειδών: ο αριθμός των ειδών και η σχετική τους

αφθονία σε μία περιοχή.
✓ Ποικιλότητα οικοσυστημάτων: η ποικιλότητα μιας περιοχής

σε επίπεδο οικοσυστημάτων.
✓ Γενετική ποικιλότητα: αναφέρεται στο συνολικό αριθμό των

γενετικών χαρακτηριστικών που συνθέτουν το γενετικό προφίλ
ενός είδους.
Αριθμός ειδών
Αριθμός ειδών
To 1/3 των αμφιβίων είναι από απειλούμενα ως κρισίμως κινδυνεύοντα

Global map of average extinction
IUCN Sampled Red List Index (SRLI) risk of species per country from the
↑ SRLI = μικρότερος κίνδυνος εξαφάνισης combined SRLI
↓ SRLI = μεγαλύτερος κίνδυνος εξαφάνισης
Brummitt NA, Bachman SP, Griffiths-Lee J, Lutz M, Moat JF, et al. (2015) Green Plants in the Red: A Baseline Global
Assessment for the IUCN Sampled Red List Index for Plants. PLOS ONE 10(8): e0135152.
Ο όρος βιοποικιλότητα αναφέρεται σε όλους τους διαφορετικούς οργανισμούς

του πλανήτη μας και περιλαμβάνει τόσο την ποικιλότητα σε επίπεδο ειδών, όσο
και τη γενετική ποικιλότητα.
Γιατί είναι σημαντική η Βιοποικιλότητα;
➢Χωρίς ποικιλότητα σε επίπεδο ειδών δεν λειτουργούν τα οικοσυστήματα τα

οποία διατηρούν τη ζωή στο πλανήτη μας!
➢Οικονομικοί λόγοι (καλλιέργειες, εμπόριο, ψυχαγωγία, ιατρική)
Γνωρίζουμε από το αρχείο των απολιθωμάτων ότι η βιοποικιλότητα αυξάνει τα
τελευταία 600 εκ. χρ., παρά το γεγονός ότι το 99% των ειδών που έχουν ζήσει στο
πλανήτη μας έχουν σήμερα εξαφανιστεί.
Το 96% των εξαφανίσεων έλαβαν χώρα με ένα σχετικά σταθερό ρυθμό (ρυθμός
εξαφάνισης). Το υπόλοιπο 4% έλαβε χώρα κατά τη διάρκεια 5 διακριτών μαζικών
εξαφανίσεων, όπου το 75% της τότε υπάρχουσας βιοιποικιλότητας οδηγήθηκε σε
εξαφάνιση.
Η πιο γνωστή εξαφάνιση: Η εξαφάνιση του τέλους του Κρητιδικού (85% των ειδών χάθηκαν)
Μήπως διανύουμε τη περίοδο της έκτης μαζικής εξαφάνισης;
Τα τελευταία 400 χρόνια, μερικές εκατοντάδες είδη έχουν εξαφανιστεί. Η

καλύτερη εκτίμηση παρέχεται από την IUCN
Τι είναι η IUCN?
IUCN, International Union for Conservation of Nature (δημιουργεί λίστες ειδών
(RED LIST) για τα είδη που βρίσκονται σε κίνδυνο
Ο αριθμός των ειδών αυξάνει δραματικά με το χρόνο!!
Είδη που απειλούνται

23% Θηλαστικών
12% Πτηνών
31% Γυμνόσπερμων
•Εισαγόμενα είδη
•Καταστροφή και κατακερματισμός
Κύρια αιτία: Ο άνθρωπος και οι επεμβάσεις του ενδιαιτημάτων (ρύπανση, ασθένειες)
•Υπερεκμετάλλευση ειδών
•Μικρό πληθυσμιακό μέγεθος
Ο ρόλος της Ταξινόμησης στη Γενετική Διαχείριση

Ταξινομία: η θεωρία και η πρακτική της κατάταξης των
οργανισμών (η ανακάλυψη, η περιγραφή, ο προσδιορισμός,
η ομαδοποίηση και η ονομασία ειδών)
Ταξινομικές αμφιβολίες
Διάσωση λανθασμένης «μονάδας»
Η σωστή ταξινόμηση είναι εξαιρετικά

κρίσιμη για τη διατήρηση κινδυνεύοντων ή
τρωτών ταξινομικών μονάδων
“Bad taxonomy can kill -- or, rather, bad taxonomy can even kill what we don't intend to kill”
M. Novacek
Η έννοια του είδους!
Οι βιολόγοι δεν είναι ικανοί να συμφωνήσουν στο τι είναι είδος ή πως καθορίζονται
τα είδη!
Σε μια προσπάθεια να καταστρατηγήσουν τα προβλήματα που σχετίζονται με τον

ορισμό του είδους, οι «διαχειριστές» έχουν εισαγάγει τις έννοιες
Management Unit (MU) ή Διαχειριστική Μονάδα: κάθε πληθυσμός που

ανταλλάσει πολύ λίγους μετανάστες με άλλους πληθυσμούς και αποτελεί γενετικά
διακριτό πληθυσμό. Τέτοιες μονάδες μπορεί να αναγνωριστούν βάσει σημαντικών διαφορών
σε αλληλικές συχνότητες πολλών ουδέτερων γενετικών τόπων.
Evolutionary Significant Unit (ESU) ή Εξελικτικά Σημαντική Μονάδα:

αποτελείται από ένα ή περισσότερους
πληθυσμούς οι οποίοι είναι γενετικά και
μορφολογικά διακριτοί από τους υπόλοιπους
Πληθυσμούς.
Τα ESUs χαρακτηρίζονται από μονοφυλετικό-

τητα σε επίπεδο mtDNA και σημαντικές δια-
φορές στις αλληλικές συχνότητες ουδέτερων
πυρηνικών τόπων
Η βάση της γενετικής διαχείρισης και το μήνυμα που πρέπει να ληφθεί
είναι ότι:
Πρέπει να διατηρήσουμε τα φυσικά πρότυπα γενετικής ποικιλότητας

έτσι ώστε να διατηρήσουμε τις προοπτικές για τη συνέχιση της
εξέλιξης!!!
Περιορισμοί της Γενετικής στη Διαχειριστική Βιολογία:
1. Η εφαρμογή της γενετικής σε διαχειριστικά θέματα είναι σχετικά νέα

επιστήμη που βρίσκεται σε διαρκή ανάπτυξη.
2. Πολλές γενετικές τεχνικές είναι πολυδάπανες και μπορεί να

εφαρμοσθούν και να χρησιμοποιηθούν λανθασμένα.
3. Φυτικοί και ζωικοί ιστοί πρέπει να συλλέγονται και να διατηρούνται

κατάλληλα.
Η Γενετική Διαχείριση ασχολείται με τους γενετικούς παράγοντες που επηρεάζουν

την πιθανότητα εξαφάνισης και θέτει στρατηγικές για την μείωση αυτής της
πιθανότητας.
11 σημεία κλειδιά που πρέπει ελέγχονται στην γενετική και σχετίζονται με την
Διαχείριση
1.Η θανατηφόρα επίδραση της ομομιξίας στην αναπαραγωγή και επιβίωση

(ομομικτικός υποβιβασμός αύξηση πιθανότητας ομοζυγωτίας αύξηση
πιθανότητας επιβλαβών αλληλόµορφων γονιδίων σε οµόζυγη κατάσταση)
2.Απώλεια της γενετικής ποικιλότητας των πληθυσμών και της ικανότητάς τους να
αλλάζουν ως απόκριση στις περιβαλλοντικές αλλαγές.
3.Κατακερματισμός πληθυσμών και μείωση της γονιδιακής ροής.
4.Τυχαίες διαδικασίες (γενετική παρέκκλιση) που υπερισχύουν της φυσικής

επιλογής ως κύριος μηχανισμός εξέλιξης.
5.Συσσώρευση και εξάλειψη θανατηφόρων μεταλλαγών.

11 σημεία κλειδιά που πρέπει ελέγχονται στην γενετική και σχετίζονται με την
Διαχείριση
6.Γενετική προσαρμογή στην αιχμαλωσία και η ανάστροφη επίδρασή της στην

επιτυχία της επανεισαγωγής.
7. Ταξινομικές αμφιβολίες.
8. Καθορισμός MUs και ESUs μέσα στα είδη.
9. Η χρήση γενετικών δεδομένων στη ανακάλυψη παράνομου κυνηγιού και

συλλογής.
10. Η χρήση γενετικών δεδομένων στην κατανόηση θεμάτων σχετικά με τη βιολογία

του είδους.
11. Θανατηφόρες επιδράσεις στην αρμοστικότητα ως αποτέλεσμα της

διασταύρωσης ατόμων γενετικά διαφορετικών πληθυσμών (ετερογαμικός υποβιβασμός
π.χ. μη ευνόηση των ενδιάμεσων φαινοτύπων, γονοτύπων).
Πως χρησιμοποιείται η γενετική για τη μείωση της εξαφάνισης;
➢Μειώνοντας την πιθανότητα εξαφάνισης μέσω την μείωσης της ομομιξίας και της
απώλειας της γενετικής ποικιλότητας.
➢Αναγνωρίζοντας «σημαντικούς» πληθυσμούς.
➢Αποκαλύπτοντας τη δομή ενός πληθυσμού.
➢Επιλύοντας ταξινομικά προβλήματα
➢Ορίζοντας MUs μέσα στα είδη.
➢Ανακαλύπτοντας υβριδισμούς
➢Εφαρμογή νέων τεχνικών δειγματοληψίας γενετικού υλικού που δεν επηρεάζουν
τους οργανισμούς (τρίχες, περιττώματα κ.α).
➢Καθορίζοντας περιοχές για επανεισαγωγή.
➢Επιλέγοντας τους καλύτερους πληθυσμούς για επανεισαγωγή.
➢Αστυνόμευση.
➢Κατανόηση της βιολογίας των ειδών
Γιγάντιες χελώνες των Galápagos (Geochelone spp. ή Chelonoidis)
Παραμένουν τρωτές σε όλη την έκταση της κατανομής τους

(IUCN 2006).
Πληθυσμοί τους εντοπίζονται σε 6 νησιά
➢Isabela
➢Santiago
➢Pinzon
➢Santa Cruz
➢Española
➢San Cristobal
Σήμερα
➢15 taxa έχουν προσδιοριστεί (είδη ή υποείδη)
➢11 αρτίγονα taxa (απειλούμενα από τον άνθρωπο)
Η τρέχουσα ταξινομική βασίζεται σε μορφολογικές διαφορές

μεταξύ των πληθυσμών (σχήμα χέλιου)
Ποικιλομορφία χέλιου (καβούκι)
Σχήμα σέλας (Saddle back) Σχήμα θόλου (Dome)

Γιγάντιες χελώνες των Galápagos (Geochelone spp.)
Η ταξινόμηση και οι εξελικτικές τους σχέσεις

Caccone et al. (1999) PNAS
Caccone et al. (2002) Evolution
Ciofi et al. (2002) Molecular Ecology
Beheregaray et al. (2003) Science
Beheregaray et al. (2004) PNAS
Caccone et al. (2004) MPE
Russello et al. (2005) Biology Letters
Russello et al. (2007) Current Biology
Rusello et al. (2007) Animal Conservation
Αμοιβαία μονοφυλετικές ομάδες σε όλα τα νησιά
Εξαίρεση: το νησί Isabela
Ο προσδιορισμός της εξελικτικής προέλευσης και η κατανόηση της

ιστορίας των 4 εξαφανισμένων πληθυσμών (μουσειακά δείγματα)
➢Floreana
➢Santa Fe
➢Fernandina
➢Rabida
Με τη χρήση:
➢ αλληλουχιών mtDNA (περιοχή ελέγχου, CR) και
➢ μικροδορυφορικών πυρηνικών τόπων (10)
Φυλογενετικές αναλύσεις
+ αλληλουχίες από τα μουσειακά

δείγματα
+ αλληλουχίες αρτίγονων χελωνών
+ 3 αλληλουχίες που
χρησιμοποιηθήκαν ως παραομάδες
(εξωομάδες)
Σύνολο δεδομένων: 123 αλληλουχίες

σύγχρονων και εξαφανισμένων χελωνών
Αναλύσεις:
Bayesian Inference (ΒΙ), Maximum Likelihood (ML) και Neighbor
Joining (NJ)
Δέντρο Bayesian Inference

βάσει των αλληλουχιών CR
mtDNA
elephantopus
PBL16 και PBR12

“Alien” ή “non-native” ή
αλλόχθονα άτομα
(13 άτομα)
Διαφέρουν κατά
• 17-32 νουκλεοτιδικές
υποκαταστάσεις από τα
υπόλοιπα άτομα του νησιού
Isabela,
• 2-9 υποκαταστάσεις από
τους απλότυπους του
κλάδου της Floreana.
Περαιτέρω διερεύνηση της εξελικτικής ιστορίας της Floreana
και των αλλόχθονων (“non-native”) ατόμων μέσω της
ανάλυσης της ποικιλότητας 10 ειδικών για το είδος
μικροδορυφορικών τόπων.
Σύγκριση με γενετική βάση που περιλαμβάνει 336 άτομα

όλων των αρτίγονων πληθυσμών των γιγάντιων χελωνών
των Galápagos.
Bayesian ανάλυση συνάθροισης (STRUCTURE) αποκάλυψε
K=14 ως τον «αληθινό» αριθμό ομάδων
11 από τα 13 αλλόχθονα
άτομα της Isabela δείχνουν παράμετρος q (συντελεστής συμμετοχής,
ισχυρή συσχέτιση με τα membership coefficient) = 0.706-0.967
άτομα της Floreana
Μιτοχονδριακό και πυρηνικό DNA

Τα δεδομένα του μιτοχονδριακού και πυρηνικού DNA
εισηγούνται την υβριδική προέλευση των αλλόχθονων ατόμων
της Isabela.
Απόγονοι ενός γεγονότος υβριδισμού μεταξύ αυτόχθονων

ατόμων της Floreana και της Isabela.
Πληθυσμοί PBR και PBL

• Διατηρούν μορφολογία saddlebacked
• 40% του PBR έχουν μικτή γενεαλογία
• εκτιμώμενο πληθυσμιακό μέγεθος (1000-2000)
Σημαντική πηγή ατόμων σε ένα πρόγραμμα διασταυρώσεων, όπου

επιλεγμένες διασταυρώσεις μπορεί να συμβάλουν στην
«επαναφορά» της γενετικής ακεραιότητας του εξαφανισμένου
πληθυσμού της Floreana
Η ενσωμάτωση μουσειακών δειγμάτων σε μελέτες
συστηματικής και γενετικής διαχείρισης κινδυνευόντων και
τρωτών οργανισμών
Η χρήση τεχνικών aDNA για την προσθήκη εξαφανισμένων taxa

σε γενετικές μελέτες
Επιτρέποντας
• Τον καθορισμό της γενετικής δομής εξαφανισμένων
πληθυσμών
• Επανεκτιμώντας την ταξινομική τους κατάσταση
Θέτοντας
• Προτεραιότητες για διαχειριστικές πράξεις
Χελώνες των Galápagos

Επαναπροσδιορισμός των διαχειριστικών πρακτικών για τη
διατήρηση αυτών που μένουν και δυνητικά την αναβίωση αυτών
που έχουν χαθεί εξαιτίας του ανθρώπου
Give me a hand
Ο πληθυσμός PBR απαιτεί επανεξέταση της
ταξινομικής του κατάστασης και άμεση
διαχειριστική προσοχή, αφού η τρέχουσα
ταξινομική είναι λάθος και αν βασιστούμε
σε αυτή μπορεί να οδηγήσουμε σε
ολοκληρωτική εξαφάνιση της γενεαλογίας
της Floreana. Με άλλα λόγια….Η
ΛΑΝΘΑΣΜΕΝΗ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ
ΣΚΟΤΩΝΕΙ!!!

Εξελικτική Οικολογία Πουλακάκης Νίκος Πανεπιστήμιο Κρήτης

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Εξελικτική Οικολογία Πουλακάκης Νίκος Πανεπιστήμιο Κρήτης

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

EΞΕΛΙΚΤΙΚΗ ΟΙΚΟΛΟΓΙΑ

Ορόσημο….Η ηλεκτροφόρηση αλλοενζύμων στα μέσα της δεκαετίας του 60’

Για τους περισσότερους ανθρώπους

Αυτού του είδους η γενετική

Η ανακάλυψη νέων ειδών moa με τη χρήση

Ο Γατόπαρδος (Acinonyx jubatus) είναι σαρκοφάγο θηλαστικό της υποοικογενείας

Δυστυχώς οι πληθυσμοί και το εύρος κατανομής

Ενδεικτικό αυτής είναι το γεγονός ότι μοσχεύματα δέρματος μεταξύ μη συγγενικών

Η θνησιμότητα των γατόπαρδων

Όμως σε αιχμαλωσία, οι γατόπαρδοι

Η Μοριακή Οικολογία αποκάλυψε ένα σημαντικό πρόβλημα για τους γατόπαρδους

Βάσει των γενετικών δεδομένων διαπιστώθηκε ότι έχουν περάσει 2 σημαντικούς

Η γενετική υποβάθμιση και η εκτιμώμενη πληθυσμιακή του ιστορία θα

Επομένως, οι αλλαγές (variants) σε αυτές τις περιοχές του γενετικού

Οι διεργασίες που επηρεάζουν τα άτομα, τελικά, επηρεάζουν τους

Έτσι, εξετάζοντας γενετικούς δείκτες με το κατάλληλο σήμα

Εισαγωγή στην …..

Τι είναι η Μοριακή Οικολογία (ΜΟ);

Σε γενικές γραμμές, η ΜΟ αφορά τη χρήση

Research areas of interest to Molecular Ecology include:

Αντιγραφή από το website του Molecular Ecology

Μια εξελικτική προοπτική για την ΜΟ

Η Οικολογία είναι άμεσα συνδεδεμένη (ριζωμένη) (α) με τη

 Κάρολος Λινναίος (1758, Systema Naturae)

 Κάρολος Δαρβίνος (1859, The Origin of Species)

Όλες οι μέχρι τότε προσπάθειες στηρίζονταν σε μορφολογικά δεδομένα.

Πότε χρησιμοποιήθηκαν πρώτη φορά «μόρια» στην αναγνώριση ειδών;

Μια εξελικτική προοπτική για την ΜΟ

Ο βαθμός της διαφοροποίησής τους θα αντανακλά το χρόνο απόκλισης των

Η Έννοια του Είδους

Υπάρχουν περισσότεροι από 24 ορισμοί

Η Έννοια του Είδους

Hey 2001 – TREE, 16, 326-329 (01)

“No one definition [of species] has as yet satisfied all

Η Έννοια του Είδους

Η πλειονότητα των ειδών έχει βασιστεί σε μορφολογικές ή ανατομικές

Η διαβάθμιση του γκρι αντιπροσωπεύει τις

H Γενετική στην Οικολογία

Η Οικολογία είναι η μελέτη των αλληλεπιδράσεων των

μέσω παρατηρήσεων και πειραμάτων πεδίου

για συλλογή φαινοτυπικών δεδομένων

Muntiacus reevesi (2n=46) Muntiacus muntjak (2n=6)

H Γενετική στην Οικολογία

Με πολλές ζώνες, Χωρίς ζώνες,

 Πολλοί χαρακτήρες εμφανίζουν κλινές (διαβαθμισμένη

Έτσι είναι πολύ δύσκολο να διακρίνουμε ανάμεσα σε φυσική επιλογή

H Γενετική στην Οικολογία

Γονότυπος: είναι το σύνολο των γονιδίων που έχει ένα άτομο

Φαινότυπος: είναι το σύνολο των μορφολογικών, φυσιολογικών,

Η ποικιλότητα ανάμεσα στα άτομα εμφανίζεται εξαιτίας ενός

Ο Simpson (1944) καθόρισε το ρυθμό εξέλιξης των φαινοτυπικών

Ο Wilson (1977) απέρριψε τη θεώρηση του Simpson!!!

Υπάρχουν αδελφά είδη (μοιράζονται δηλαδή τον πιο πρόσφατο κοινό

Οι σαύρες του γένους Emoia

H Γενετική στην Οικολογία

Brawand et al. 2014 Nature, 513, 375-381

Η ικανότητα του γονοτύπου ενός ατόμου να

υπερεκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας

Θεωρείται αποτέλεσμα φυσικής επιλογής [West-Eberhard, 1989, Annual Review of

σημαντικός μηχανισμός επιβίωσης.

Παράδειγμα: Οι προνύμφες που Mythimna unipuncta

Μέγεθος φύλλων Ένταση φωτός Το άγριο ραδίκι (Taraxacum officinale) παράγει

Telostylinus angusticollis (ένα είδος μύγας,

Συνεπώς, οι πολυμορφικοί μορφολογικοί χαρακτήρες δεν είναι ιδεατοί