Residències microbianes

Terra
Aire
Aigua
Ambients Extrems
 Ambients terrestres

els ambients terrestres són

els més complexes pel que
fa a l’estudi de MO.

Molta diversitat de MO
Hi ha que hi viuen
Hi ha que estan de pas

Sòl utilitzat per escampar

Característiques del sòl són molt diverses femtes animals o per depurar
aigua
-Fase orgànica
-Fase inorgànica mineral (associada o no a matèria orgànica no dissolta)
-Fase aquosa
-Fase gasosa
Perfil del sòl
Tenen tres fases ben
diferenciades que afecten
microorganismes
activitat dels MO

Medis porosos: comú a tots els sòls

-Sòl superficial
-Zona no saturada
-Zona saturada aigua
 Micropore exclusion
Tamany del porus (pore size)

Segons en quina fase ens trobem, trobarem CANALS més o menys amples
+/- cavitats
Diferents mides de roca i de partícules

Com més gran és un mineral, més grans són els porus

Com més gran és un mineral, més grans són els porus. La mida del porus
determina moltes altres característiques del sòl
 Classificació de sòls

Els sòls zonals : madurs, el clima, caràcter regional,

¾sòls en zones polars. Baixes Tº, permanentment gelats

¾sòls de latituds mitjanes (calentes o fredes) clima mediterrani, y
centre Europa
¾sòls de latituds baixes. En climes tropicals molt humits

Els sòls azonals amb una gènesi deferent al clima,

litològica o topogràfica
tropical soil. Climes tropicals
humits.

Poca matèria orgànica al sòl

Arrels penetren poc.

Capa d’humus que retenen

matèria orgànica
 Praderies.
Arrels que penetren molt
acumulació de matèria orgànica
Aigua s’acumula a la superfície

Poca acumulació degut un nivell baix de oxigen al sòl

Disminució de la degradació
Formació de turberes i jaciments
 Quantitat d’aigua
• La quantitat d’aigua
disponible varia de
zona a zona
• La zona saturada és
la zona dels aqüífers

• Aquesta puja i baixa

segons l’aigua
disponible
La composició del sòl també determina la capacitat de
retenir l’aigua
importància de la infiltració de l’aigua al sòl: Els horitzons

A: Moviment ràpid de
l’aigua, poca activitat.
Insaturada
B: Moviment lent.
Lleugerament aeròbic. Molt
poca activitat
Saturada (aqüífer)
C: Molt lent i anaeròbic.
Activitat nul·la

B y C: la contaminació dura molt. Cal extreure-la per eliminar-la

 Altres factors
• el pH: Molt dependent de la composició
química dels minerals:
– Calç i guix: alcalins
– Silici: àcid
• Quantitat de nutrients (matèria orgànica)
• Quantitat d’oxigen disponible
• Quantitat d’aigua

Tots aquests factors determinen el tipus de MO, el nombre i la seva activitat. A

més determinen si són més o menys actius segons el seu nivell de superfície.
 Massa de MO
Bacteris (inclosos actinomicets ) 2-3 % fins 15%
Fongs 3-4% fins 15-20 %

108 cultivables per gr

1010 totals/gr

Virus i protozous < 1%

TOTAL < 10 %
• Sòls en equilibri
– Les coses són molt estables
• Important pels ecòlegs microbians

• Sòls alterats (disturbed)

– Transport té molta importància
• Sòls inundats i inundables on varia la velocitat i el
creixement d’anaeròbics, metanogènics
 Tipus de MO
• MO naturals o autòctons: Són els que influeixen en el cicle dels
elements. Alguns són beneficiosos per la salut del sòl.
• Col·laboren en la seva estructura.
• Comunitats microbianes del sòl

• MO al·lòctons (de pas). Són els que no es troben en el seu

ambient natural. Cal eliminar-los (desinfecció o higienització).
• Patògens de plantes
• Transport de patògens que es transmeten per l’aigua
• Aigua bruta
• Presència d’animals
• Fems
• Purins
• Fangs de depuradora
 Patògens de plantes a través del
sòl: virus i fongs

Virus del mosaic del

tabac
XYLELLA FASTIDIOSA
 Higienització
• Calor
– Solarització (escalfor amb el sòl)
– Increment de temperatura (vapor)

• Dessecació

• Desinfecció química
– bromur de metil
– Tractaments amb ozó
– alcalinització amb cal
Aeromicrobiologia
• No hi ha MO que tinguin l’aire com el seu
medi natural de creixement. Però els hi
serveix com a medi de dispersió. sobretot
a molts patògens
– Via aeromicrobiològica AMB

Aeromicrobiologia estudia els principis bàsics de :

• aerosols
• AMB
• mètodes de mostratge i modelatge.
• El 70 % dels fongs que causen infeccions a plantes es
transmeten per aquesta via
• Recorren milers de Km. Poden aterrar a l’atlàntic
Distribució de partícules biològiques a les capes de l’atmosfera
Transmeten patògens de humans
i animals. MO que produeixen
infeccions respiratòries

-Febre aftosa
-Legionel·losis
-Virus de Hanta
Transmissió de patogen via AMB depèn de la formació de bioaerosols
Variables en mida (0.01-100 μm) segons la mida transporten diferents patògens
i composició.
Líquids (la majoria)
Sòlids (espores): Aspergillus sydawii, patogen oportunista
 Aeromicrobiologia
consta de :
Formació d’aerosols: Launching . els naturals poder ser originats
a terra o a l’aigua de manera espontània.
Moltes activitats humanes generen aerosols: Agrícoles, tractaments
d’aigua, rec, domèstic (dutxes, condicionat), esternuts...
Transport d’aerosols

Submicroescala: < 10 minutos i 100 m: Esternuts

Microescala: 10min-1h. És el tipus de transport més freqüent. Fins a 1 Km

Aerosols generats a una planta de depuració. Torre de refrigeració
d’aire condicionat. Guerra biològica (Bioterrorisme).

Mesoescala: Dies i 100 Km (hi ha descripció de virus de la febre aftosa de

fins a 60 Km. fongs de plantes

Macroescala: Global. Algunes pandèmies de grip s’han mogut d’acord

amb els moviments d’aire . No queda clar si hauria estat un
sumatori de microescales o mesoescales. Fongs africans s’han
trobat a coralls del mar carib (Aspergillus sydowii).
Deposició: els aerosols solen acabar dipositats sobre una superfície, xex.
mucoses respiratòries d’animals.

Modelatge: Utilitzant models de dinàmica de fluid es pot modelar el moviment

dels aerosols per tal de fer previsions i poder prendre mesures.

Tempesta de sorra
 Supervivència dels MO a l’aire
L’aire és un ambient inhòspit pels MO.
Resulten actius durant un període de temps
limitat
Estrès de dessecació és el principal
mecanisme d’inactivació.
alguns MO, (espores, quists) estan
especialment capacitats per resistir la
inactivació a l’aire.
 Supervivència dels MO a l’aire
La viabilitat o supervivència d’un MO a l’aire depèn de
¾ Ambient
¾ Temps de permanència
¾ Tipus de MO

Factors inactivants més importants són:

¾ Humitat relativa: Variable en gram – i virus amb membrana sobreviuen

millor en sec. Gram+ i virus nus amb humitat
¾ Temperatura: + Tª equival a menys supervivència
¾ Radiació: + radiació, menys supervivència
¾ Formes reactives d’oxigen (ozó)
 Aeromicrobiologia extramurs
• Agricultura
– Molt important en la transmissió de patògens
vegetals i ramaderia.
• Abocaments d’alguns biosòlids
– Fusarium a treballadors de les plantes de
compostatge
• Fangs als camps de cultiu, utilització
d’aigües residual més o menys depurades
per regar.
 Aeromicrobiologia extramurs
• Guerra biològica: Cal
estar alerta.
• Als USA hi estan
dedicant una gran
quantitat d’esforç en
Anthrax
detecció ràpida al aire Botulism
de potencials Brucellosis
Food Safety
patògens utilitzats en Q Fever
Salmonella Poisoning
guerra biològica Smallpox
Tularemia
 Aeromicrobiologia intramurs
• Edificis en general
– Aspergillus i penicillium
– Legionella
– Stachybotys, Chaetomium
• Causen problemes
respiratoris menors Stachybotys

– Problemes a llocs amb

humitats “molds”(floridures
a parets)
Es tracten evitant la formació i
controlant els bioaerosols de manera
simple
Certs hospitals, laboratori i zones de
fabricació : Molt important control Chaetomium
 Aeromicrobiologia intramurs
Control dels bioaerosols intramurs:
• Aireació de les habitacions: En general l’aire exterior està
millor pels factors indicats abans
• Filtració: Unidireccional de l’aire. És complicat per edificis en
general
• Irradiació UV: Alguns laboratoris d’investigació, industrials o
alimentaris, quan no hi ha gent es tenen amb irradiació UV
• Aïllament: Aire filtrat amb pressió positiva o negativa.
Filtració. Portes tancades o segellades
Quiròfans
Seguretat biològica

-Nivell 1
-Nivell 2
-Nivell 3
-Nivell 4
 Nivell de Bioseguretat 1. es adequat per
treballs que involucren agents ben
caracteritzats que no generen malaltia en
humans adults i sans i que tenen potencial
de risc mínim.

• Nivell de Bioseguretat 2:
Agents que poden ser patògens per ingestió

Bacillus anthracis, Bordetella pertussis,

Campylobacter, Chlamydia, Clostridium, E. coli
STEC, Helicobacter, Listeria, hongos, Salmonella
enterítidis, cryptosporidium, nematodos,
hepatitis, grip
 • Nivell de Bioseguretat 3: es aplicable a les instal·lacions
clíniques, de diagnòstic, investigació o producció en las que es
duguin a terme treballs amb agents que poden produir malaltia
greu o letal per contacte de fluids o inhalació

Propagació i aerosoles de Francisella tularensis, M. tuberculosis, Neisseria meningitidis,

Salmonella typhi, Yersinia pestis, priones, agentes rickettsiales, Hantavirus, ciertos herpesvirus, HIV

Nivell de Bioseguretat 4: Per treballar amb agents perillosos exòtics que posseeixen alt
risc individual d’infecció sense cura i transmeses per aerosols

fiebres hemorrágicas causadas por virus

como el Ebola, Marburg y fiebre Lassa. El
Virus Hendra, virus junin, etc .
Microbiologia dels medis
aquàtics
Hi trobem microbis autòctons (els que hi viuen ) i altres que arriben d’altres
ambients. Aquests últims inclouen patògens portats per aigua

El que regula la microbiologia dels

medis aquàtics és fonamentalment la
llum, l’oxigen, els minerals (P, Fe, etc)

Podem parlar de 4-5 entorns

diferents.
Tipus d’aigua diferents:
Mar
Dolça
salobre
habitat planctònic
 habitat planctònic
MO en suspensió en la columna d’aigua

habitat
planctònic

Principalment MO fotosintètics.
En la capa principal cianobacteris:diatomees( algues)
En la capa següent Chlorobacteris

Avui dia sabem que una part molt important (50 %) del C fixat per fotosíntesi en el
medi aquàtic és alliberat al exterior en forma de matèria orgànica dissolta que és
ràpidament usada per bacteris heterotròfics (aeròbics) nitrificants
Constitueixen el “microbial loop”
Bacterioplancton= cianobacteris + bacteris
 MO en suspensió en la columna d’aigua
habitat
planctònic

Els nombres de MO que trobem són molt variables i depenen de molts factors.
Les poblacions de fotosintètics i heterotròfics depenen de Tª, concentració
nutrients a l’aigua, etc.

Blooms de cianobacteris (Microcistis)

productora de toxina (microcistina) pot
promoure tumors
 Fotòtrofs Heteròtrofs
Variacions de 104-108 cel/ml

Grans llacs i mar obert són els medis més oligotròfics i els que tenen menys
bacterioplancton.
Falta de nutrients és el factor limitant (minerals com P, Fe, etc)

Factors eutrofitzants (enriquidors de minerals), naturals o artificials es

solen donar a zones costaneres

Bacteris que formen part del bacterioplancton són majoritàriament bacteris gram-,
oxidadors (Pseudomonas, Vibrio, Alteromonas). Hi ha cert desconeixement
És important tenir en compte la termoclina. Per sota es
genera la fotosíntesis anoxigènica

També cal controlar les zones

costaneres i poc fondes (zones
pantanoses i aiguamolls, que són
ambients entre plantònic i neuston
 neuston
És la capa superior al habitat
planctònic.
És molt fina (10 μm)
La capa superior és lipídica i
proteína-polisacàrid
Acumula nutrients i s’hi acumulen
MO i també molècules tòxiques
pels MO.
• Insecticides
• Hidrocarburs
• Metalls pesants

És un bon lloc per aïllar MO amb habilitats destoxificants i amb resistència a

radiacions, ja que aquesta capa rep molta irradiació i han de sobreviure.

alguns autors ho consideren un ambient extrem

 habitat bentònic
Zona de transició entre la columna
d’aigua i la capa mineral.
Recull la matèria orgànica que es
sedimenta de les capes superiors
de la columna d’aigua.
És una barreja difusa i no
compacte de matèria orgànica,
material mineral particulat petit i
aigua “fluffy sediment”

increment nº MO descens o depleció total d’oxígen disponible

Trobem respiradors anaerobis que utilitzen NO3, SO4 i Fe com acceptors finals d’e-.
Per sota trobem consorcis metanogènics

Zona molt important en el cicle del C, N i S

 habitat bentònic

Zona molt important en el cicle del

C, N i S.

Concentracions enormes de
bacteris. Més que a la zona
planctònica

Si hi ha oxigen: Té lloc nitrificació

Si hi ha llum: Fotosíntesi anoxigènica
Si es prou amunt i llum: Bacteris verds i porpres. Fotosintètics que utilitzen SH2
com a subministrament d’ hidrògen.
Les poblacions de bacteris autòctons,
quan les condicions pel seu creixement
són bones, es a dir hi ha nutrients per
multiplicar, son afectats per protozous
(grazing) i per fags (lisis). N’hi ha molts
fags en ambients aquàtics
neuston

habitat
planctònic

habitat
bentònic
Tapets microbians (microbial mats)
Si comprimim totes les activitats de
la columna d’aigua anterior en uns
centímetres en ambient aquàtic
interfacials (llacs hipersalins,
estuarins marins: Delta d’Ebre) es
formen els tapets.
Són sistemes autosuficients
Es consideren de gran interès per
estudiar la evolució, formes
primitives.
Estromatòlits

Els estromatòlits són estructures

sedimentàries litificades que es formen per
l'acció de microorganismes, en especial
cianobacteris, que atrapen, sedimenten i
cimenten minerals fins a originar roques
formades per capes superposades. Es
coneixen estromatòlits fòssils des de l'Arqueà.
Es troben a prop de mars càlids
al tall es veuen làmines superposades
Biofilms

És una capa de matèria orgànica i MO

formada per la unió i proliferació de
bacteris a la superfície d’un objecte,
des d’una pedra a una fulla o a una
canonada d’aigua.
A certs biofilms és important la
producció de glicocàlix.
Es coneixen fòssils de biofilms de fa
3.500 milions d'anys. Tot i així, havent
tingut tant de temps per adaptar-se,
han sofert una gran diversificació.

Alguns molesten (dipòsits o canonades) i d’altres se’n treu profit (depuració

d’aigua, “trickling filters”, degradació d’hidrocarburs, desnitrificació (filtres
desnitrificants)
Biofilms

Alguns molesten (dipòsits o canonades)

d’altres se’n treu profit (depuració d’aigua, “trickling

filters”, degradació d’hidrocarburs, desnitrificació
(filtres desnitrificants)
 Bacteris al.lòctons
• Patògens: Sempre
excretats per home i
animals i que arriben
per aigües residuals o
aigües de rentats de
camps o boscos quan
plou.
 Bacteris patògens
• Patògens: causen
malaltia si ingerim
aigua contaminada o
aliments contaminats
com a conseqüència
de contacte amb
aigua contaminada
(verdures crues,
marisc, etc)
 Bacteris patògens
• Els patògens no multipliquen a l’aigua, però persisteixen més o menys
• Quan hi arriben poden estar “apartats” de l’aigua (sedimenten) o eliminats
per inactivació (factors com llum, Tª, amoni, factors biòtics, oxidacions, etc)
• No tots els patògens s’inactiven de la mateixa manera, alguns sobreviuen
millor. Diferents agents actuen sobre diferents patògens de manera
diferent.

• Adsorció a sòlids: Tots els patògens sobreviuen millor si estan adsorbits,

sediments i biofilms són millor lloc que estant en suspensió.

• Sediments funcionen com a reservoris.

Quan hi ha una riada considerable, augmenta la
densitat de patògens.

• Igual quan fa mala mar.

Ambients extrems
alguns MO poden viure en condicions extremes (pH, Tª, salinitat, pressió, etc).
això dona avantatge donat que pocs MO poden sobreviure sobre aquestes
condicions
EXTREMÒFILS Molts ARQUEOBACTERIS

Gran interès per 2 raons:

1) Ens han donat informació de l’existència d’algunes formes de vida fins fa
poc insospitades i que ens ajuda a entendre la vida primitiva a la terra.
2) L’adaptació a aquestes condicions les fa disposar de molècules amb
propietats d'interès
- Taq polimerasa
- Proteases termofíliques
Bacteris en ambients extrems solen ser arqueobacteris
Interfase aire-aigua (neuston)

Degradadors d’hidrocarburs, per

exemple
Aplicacions ecològiques
 Degradació d’urani

Geobacter metallireducens
 Extremòfils termòfils

70ºC fins a 300 ºC. Els dels deep sea vents,

profunditat dels oceans

Canals terrestres i fonts

són tots arqueobacteris

Thermus aquaticus
 Hot Springs In Yellowstone National Park

range-colored cyanobacteria generally occur in

water that has cooled below 73 ºC. The green
chlorophylls in these photosynthetic bacteria
are masked by orange carotenoid pigments
Extremòfils halotolerants

Concentracions de sal mot superiors a les concentracions d’aigua de mar

(Mar Mort), o a les salines.

Alguns poden igualar la

concentració osmòtica sintetitzant
algunes molècules d'interès
(glicerol)

Desenvolupen mecanismes de
transport de Na

Halobacterium
Mar Mort
 Extremòfils halotolerants
Bacteris quimioheterotrofs aerobis.

Requeriments nutritius complexos en

NaCl (2,5M) i Mg2+ (0,025M).

Elevada concentració salina intracel·lular.

Adaptacions a ambients hipersalins.

Soluts per compensar l’elevada salinitat i

carotenoids per protegir-se de les
radiacions.
Extremòfils halotolerants
Baix pH
Alguns MO viuen a baix pH. Tub digestiu (Helicobacter), drenatge de mines,
manantials calents. Yellowstone park.
Ho solucionen amb estructures de
membrana diferents. no tots són
arquobacteris
pHs de 2.0 (Thiobacillus ferrooxidans)
Utilitzats en mineria.

Alt pH
Hi ha ambients naturals molt alcalins (deserts, roca carbonats sòdics +/-
hidratats, fonts de zones amb molt Ca2+, etc.

Cyanobacteris, Arqueobacteris, i altres que no ho són però ho toleren

(Bacillus, Aeromones, Streptomyces)
Baix pH. Termoacidòfils
Altes pressions

Bacteris dels fons dels oceans, a més solen ser

psicròfils (1000 bars)

Interessants per les seves membranes

Principalment Arqueobacteris
Ambients molt oligotròfics

Alguns bacteris heterotròfics poden viure amb quantitats ínfimes de matèria

orgànica.
a vegades usen la que no poden utilitzar altres MO.

Pseudomones: Causa problemes seriosos en algunes aigües minerals o

sistemes de distribució d’aigua a les ciutats o formen biofilms

En sistemes +/- tancats o oberts on

també es poden formar biofilms són tubs
de diàlisi, dentistes, etc
Formació de biofilm per Pseudomonas aeruginosa