BIOCHÉMIA I KATEDRA CHÉMIE | FAKULTA PRÍRODNÝCH VIED | UNIVERZITA MATEJA BELA | BANSKÁ BYSTRICA

ENZÝMY
ENZÝMOVÁ KATALÝZA

TÉMA 05 DOC. RNDR. MAREK SKORŠEPA, PHD.

OBSAH

I. Definícia, názvoslovie a klasifikácia enzýmov

II. Princíp enzýmovej katalýzy

III. Štruktúra a zloženie enzýmov

IV. Špecifita enzýmovej katalýzy

V. Kinetika enzýmových reakcií

VI. Regulácia enzýmových reakcií

2
 I.
DEFINÍCIA, NÁZVOSLOVIE A KLASIFIKÁCIA
ENZÝMOV

3
DEFINÍCIA ENZÝMOV
o bielkoviny schopné katalyzovať biochemické reakcie

o líšia sa od bežných chemických katalyzátorov:

• vyššie reakčné rýchlosti

• o niekoľko rádov v porovnaní s chem. kat.
• o 6 – 12 rádov v porovnaní s nekatalyzovanou reakciou
• miernejšie podmienky reakcie
• nízke (fyziologicky prijateľné) teploty
• atmosferický tlak
• takmer neutrálne pH
• vysoká špecifita
• katalýza špecifických procesov
• reakcia so špecifickými reaktantami
• tvorba špecifických produktov
• schopnosť regulácie

4
NÁZVOSLOVIE A KLASIFIKÁCIA
o Enzýmová komisia (Enzyme Commission, EC)

o číselný kód enzýmu: trieda podpodtrieda (skupina)

(príklad: citrátsyntáza)

EC 4.1.3.7
podtrieda poradové č. v podpodtriede
(v skupine)
o 6 tried enzýmov:

1. oxidoreduktázy oxidačno-redukčné procesy

2. transferázy prenos skupín
3. hydrolázy hydrolytické štiepenie
4. lyázy eliminačné (adičné) reakcie spojené s tvorbou (zánikom)
dvojitých väzieb, alebo štiepenie väzieb C–C, C–O a C–N
inak ako hydrolýzou alebo oxidáciou
5. izomerázy izomerizačné zmeny substrátu
6. ligázy zlúčenie dvoch molekúl 5
 II.
PRINCÍP ENZÝMOVEJ KATALÝZY

6
PRINCÍP ENZÝMOVÝCH REAKCIÍ
o enzýmy znižujú aktivačnú energiu

Porovnanie nekatalyzovanej (a) a enzýmom katalyzovanej (b) reakcie

PRINCÍP ENZÝMOVÝCH REAKCIÍ (POKRAČOVANIE)

Porovnanie reakcie aktivovanej teplotou (a) a reakcie katalyzovanej enzýmom (b)

8
TVORBA PRODUKTU

++
E+S ES EX E+P
voľný substrát komplex tranzitný stav voľný produkt
enzým enzým-substrát komplexu enzým-substrát enzým

9
 III.
ŠTRUKTÚRA A ZLOŽENIE ENZÝMOV

10
AKTÍVNE MIESTO ENZÝMU
o kľúčové miesto enzýmu komplex
o väzbové miesto pre substrát(y) a kofaktor enzým substrát enzým - substrát

E+S ES

11
 VÄZBA SUBSTRÁTU NA ENZÝM
1. FISCHER (1894): hypotéza „zámku a kľúča“
(templátová hyp.) [angl. „lock & key“ hyp.]
o rigidné aktívne miesto
o štruktúra S a E sú navzájom
komplementárne

2. KOSHLAND (1959): hypotéza indukovaného

prispôsobenia [angl. induced fit hyp.]
o flexibilné aktívne miesto
o štruktúry S a E nie sú komplementárne
o naviazanie S indukuje konformačnú
zmenu E, ktorá vedie k vytvoreniu
komplementárneho aktívneho miesta
12
ZLOŽENIE ENZÝMOV
o niektoré enzýmy – len bielkovinové zloženie
o iné enzýmy – okrem bielkovin. časti (apoenzým) aj nebielkoviná časť - kofaktor

apoenzým + kofaktor = (holo)enzým

KOFAKTOR:
o anorganický
• kovový ión – napr. Zn2+, Mg2+, Mn2+, Fe2+, Fe3+, Cu2+, Cu+ - metaloenzýmy
− takmer 1/3 doteraz známych enzýmov
• Fe-S klastre – (väzba na apoproteín cez Cys) - Fe-S proteíny

o organický
• prostetická skupina – pevne viazaná na bielkovinovú časť
• koenzým – slabo (nekovalentne) viazaný na bielkovinovú časť
− schopný prechádzať z jedného apoenzýmu na iný
− napr. mnohé vitamíny (rozpustné vo vode)
13
KOENZÝMY (KOFAKTORY)

14
KLASIFIKÁCIA KOENZÝMOV (KOFAKTOROV)

1. koenzýmy oxidoreduktáz

2. koenzýmy transferáz (koenzýmy prenosu skupín)

3. koenzýmy izomeráz, lyáz a ligáz

15
1. KOENZÝMY OXIDOREDUKTÁZ

o nikotínamidové koenzýmy

o flavínové koenzýmy

o ubichinóny (koenzýmy Q)

o hém

o kyselina lipoová

o biopteríny

o kyselina askorbová

16
NIKOTÍNAMIDOVÉ KOENZÝMY
COOH

kys. nikotínová

o základom ich štruktúry je nikotínamid (vit. B3), derivát kys. nikotínovej

o koenzýmové formy:
1. nikotínamidadeníndinukleotid (ox. forma NAD+, red. forma NADH + H+)
2. nikotínamidadeníndinukleotidfosfát (ox. forma NADP+, red. forma NADPH + H+)
O O
C C
NH2 NH2
O N O N

O P O CH2 O O P O CH2 O

H H H H

OH OH OH OH

O O
NH2 NH2

N N
N N

N N N N

O P O CH2 O P O CH2
O O
O O
H H H H
O
OH OH OH O P O
+
nikotínamidadeníndinukleotid (NAD ) nikotínamidadeníndinukleotidfosfát (NADP+) O 17
 FLAVÍNOVÉ KOENZÝMY
o základom štruktúry je riboflavín (vit. B2)
o sú pevne viazané s apoenzýmom- možno ich považovať za prostetické skupiny
o koenzýmové formy:
O
1. flavínmononukleotid N
ox. forma FMN, semired. f. (semichinón) FMNH·, red. forma FMNH2 H C NH 3

H C
„nepravý nukleotid“ – neobsahuje ribózu (sacharid) ale ribitol (alkohol) N N O
3

CH2
H C OH
2. flavínadeníndinukleotid
H C OH
ox. forma FAD, semired. f. (semichinón) FADH·, red. forma FADH2 H C OH
H2C
izoaloxazínový skelet O O O
N N O
H3C NH P O
H3C NH
H3C O
H3C
N N O N N O O P O NH2
CH2 CH2 O N
N
H C OH H C OH CH2
N N
H C OH ribitol H C OH O
H C OH H C OH H H
H H
CH2OH H2C O P
HO OH
riboflavín flavínmononukleotid (FMN) flavínadeníndinukleotid (FAD)
UBICHINÓNY (KOENZÝMY Q)
o chinoidná štruktúra + rôzny počet izoprénových jednotiek
o najbežnejšie:
1. Q6 (UQ6): 6 izoprénových jednotiek (membrány mikroorganizmov)
2. Q10 (UQ10): 10 izoprénových jednotiek (mitochond. membrána cicavcov)
3. plastochinón (PQn): 6 – 9 izoprénových jednotiek (vyššie rastliny)

19
HÉM
o súčasť tzv. hémových enzýmov, napr.:
• kataláza
• peroxidázy
• zložka cytochrómov

CH2
HC CH3

H3C CH
N N CH2
Fe
N N
H3C CH3

HOOC COOH

hém B

20
KYSELINA LIPOOVÁ (LIPOÁT)
o pevne viazaná na apoenzým = prostetická skupina
o na apoenzým viazaná amidovou väzbou cez ε-NH2–skupinu lyzínu

21
BIOPTERÍNY
o pterínová štruktúra (kondenzovaný pyrimidínový a pyrazínový kruh)
o koenzýmová forma:
5,6,7,8-tetrahydrobiopterín red. forma
dihydrobiopterín ox. forma (regenerácia redukciou pomocou NADH)

22
KYSELINA ASKORBOVÁ
o súčasť mnohých enzýmov
o koenzýmová forma:
kys. L-askorbová red. forma
kys. L-dehydroaskorbová ox. forma

23
2. KOENZÝMY TRANSFERÁZ

o nukleozidpolyfosfáty (ATP, GTP, UDP, CDP)

o S-adenozyl-L-metionín

o kyselina listová (folát) koenzýmy prenosu jednouhlíkatých skupín

• metylová (–CH3)
• hydroxymetylová (–CH2–OH)
• formylová (–CHO)
o biotín • karboxylová (–COOH) (–COO-)

o tiamín

o kyselina pantoténová

o pyridoxínové koenzýmy

24
ATP
o adenozín-5’-trifosfát (ATP)
o súčasť enzýmov prenášajúcich fosfát
(fosfotransferázy, kinázy)

o cyklický adenozín-3’,5’-monofosfát (cAMP)

o intramolekulárna esterifikácia hydroxylu 3’
o význam v mechanizme pôsobenia hormónov

25
GTP
o guanozín-5’-trifosfát (GTP)
o podobná funkcia ako ATP, ale zriedkavejší
o nemá také široké využitie ako ATP

26
UDP A CDP
o uridín-5’-difosfát (UDP)
o prenos sacharidových skupín v biosyntéze polysacharidov
o uridíndifosfoglukóza (UDPGlc) – biosyntéza glykogénu
O

HN

O N
O O
O P O P O CH2 O
O O
UDP

OH OH

o cytidín-5’-difosfát (CDP)
o prenos skupín v metabolizme lipidov
o napr. cytidíndifosfocholín

27
S-ADENOZYL-L-METIONÍN
o tzv. „aktívny metyl“
COO
o prenos metylových skupín H3N C H NH2
o vzniká reakciou metionínu s ATP CH2
N
N
CH2
H3C S N N P P P
CH2
COO O
H3N C H
S-adenozyl-L-metionín
CH2 ATP
CH2 OH OH

H3C S

Met
R NH2

COO
H
H3N C H NH2 R N CH3
CH2
N
N
CH2
S N N
CH2
O

S-adenozyl-L-homocysteín

OH OH
28
KYSELINA LISTOVÁ (FOLÁT) A JEJ DERIVÁTY
o prenos formylových a hydroxymetylových skupín
o koenzýmová forma: tetrahydrofolát (FH4)

OH
O
N
N CH2 N C N CH CH2 CH2 COOH
H H COOH
H2N N N

pteridínové jadro kys. p-aminobenzoová kys. glutámová

kyselina pteroová

folát (kys. pteroylglutámová)

29
BIOTÍN
o pevne viazaný na apoenzým = prostetická skupina
o na apoenzým viazaný amidovou väzbou cez ε-NH2–skupinu lyzínu
o prenos CO2 (karboxylovej skupiny)
o koenzýmová forma: ε-N-biotinyllyzín (biocytín)

COOH
CH2
CH2
biotín
CH2
CH2
HC NH
S C O
H2C NH

30
TIAMÍN

o prenos karbonylových zlúčenín (v metabolizme sacharidov a AK)

o prekurzorom je tiamín (vit. B1)
o koenzýmová forma: tiamíndifosfát
o súčasť dvoch skupín enzýmov:
• dekarboxylácia 2-oxokyselín
• odbúravanie acyloínov (ketolov, α-hydroxyketónov)

N NH2 Cl
S
O
N N
O P O
O
tiamíndifosfát
O P O
O

31
KYSELINA PANTOTÉNOVÁ A JEJ DERIVÁTY
SH SH
o kys. pantoténová + cysteamín = panteteín CH2 CH2

CH2 CH2

o 2 koenzýmové formy: NH NH
C O
1. fosfopanteteín C O

CH2 CH2
prostetická sk. enzýmu ACP CH2 CH2
(Acyl Carrier Protein „mastná kys. – syntáza“) NH NH

C O C O

2. koenzým A (CoA-SH) H C OH H C OH
CH3 C CH3
univerzálny prenášač acylov CH3 C CH3
CH2
CH2
O
O
NH2
O P O
O P O
O N
O N
O P O
CH2 zvyšok Ser N
H O N
N CH v polohe 36
CH2 O
C polypeptidový
reťazec ACP
O

prostetická skupina ACP

HO
O

O P O
koenzým A
O (CoA-SH)
PYRIDOXÍNOVÉ KOENZÝMY
o prenos alebo premena aminoskupín
o prekurzorom je pyridoxín (vit. B6)
o modifikáciou pyridoxínu vznikajú pyridoxal a pyridoxamín
o koenzýmové formy:
1. pyridoxal-5-fosfát (PALP)
2. pyridoxamín-5-fosfát

NH2
O
C CH2
H O O
H2 H2
HO C O P O HO C O P O

H3C O H3C O
N N

pyridoxal-5-fosfát (PALP) pyridoxamín-5-fosfát

33
3. KOENZÝMY IZOMERÁZ, LYÁZ A LIGÁZ

izomerázy zvyčajne nemajú koenzým

o adenozylkobalamín – zvláštna skupina koenzýmov izomeráz

lyázy a ligázy buď nemajú koenzým, alebo využívajú niektorý z predchádzajúcich

34
ADENOZYLKOBALAMÍN
o koenzým mnohých enzýmov
o prenos substituentu na susedný atóm uhlíka (izomerizácia)
o vitamínová forma:
• kyanokobalamín (R = –CN)
o koenzýmová forma:
• 5’-deoxyadenozylkobalamín
(R = 5’-deoxyadenozyl)

OH OH

CH2 O
N N

N
N

NH2

5'-deoxyadenozyl

35
 IV.
ŠPECIFITA ENZÝMOVEJ KATALÝZY

36
ŠPECIFITA ENZÝMOVEJ KATALÝZY

o charakteristická vlastnosť enzýmov

o SUBSTRÁTOVÁ ŠPECIFITA
• princíp: enzým katalyzuje len premenu určitého konkrétneho substrátu

o ŠPECIFITA ÚČINKU
• princíp: enzým katalyzuje len jednu z možných premien daného substrátu

37
 V.
KINETIKA ENZÝMOVÝCH REAKCIÍ

40
RÝCHLOSŤ ENZÝMOVÝCH REAKCIÍ

o rýchlosť enzýmovej reakcie = enzýmová aktivita

o enzýmová aktivita = činnosť enzýmu za štandardných podmienok

o jednotka enzýmovej aktivity – katal (kat)

o bežnejšie používané jednotky: μkat, nkat, pkat

1 kat = množstvo E, ktoré za 1 sekundu premení 1 mol substrátu na produkt

41
FAKTORY OVPLYVŇUJÚCE ENZÝMOVÚ AKTIVITU

1. KONCENTRÁCIA ENZÝMU, KONCENTRÁCIA SUBSTRÁTU

2. FYZIKÁLNO-CHEMICKÉ FAKTORY (v prostredí bunky sú KONŠTANTNÉ)

o teplota
o pH
o iónová sila
o prítomnosť (ne)špecifických kofaktorov (napr. ióny kovov a pod.)

3. PRÍTOMNOSŤ EFEKTORA (inhibítora alebo aktivátora)

4. REGULAČNÉ MECHANIZMY

o alosterická regulácia E. aktivity

o regulácia kovalentnou modifikáciou molekuly E
o regulácia proteolýzou
o spätnoväzbová regulácia
42
VPLYV KONCENTRÁCIE ENZÝMU

o pri konštantnej koncentrácii substrátu rastie rýchlosť enzýmovej reakcie

lineárne s koncentráciou enzýmu

VPLYV KONCENTRÁCIE SUBSTRÁTU

o pri konštantnej koncentrácii enzýmu rastie rýchlosť enzýmovej reakcie
lineárne s koncentráciou substrátu až do tzv. saturačného bodu

o reakcia prebieha maximálnou rýchlosťou

stav obsadenia o nie sú voľné aktívne miesta pre
saturačný bod všetkých aktívnych naviazanie substrátu
miest enzýmu o ďalším zvýšením konc. substrátu nedôjde
k zvýšeniu rýchlosti enzýmovej reakcie

43
VPLYV TEPLOTY NA RÝCHLOSŤ ENZÝMOVÝCH REAKCIÍ
o so stúpajúcou teplotou sa zvyšuje
kinetická energia molekúl

o teplota ovplyvňuje:
• stabilitu enzýmu
• ionizáciu funkčných sk.
• afinitu E k S
• rýchlosť štiepenia komplexu ES
• pH pufrov
• rozpustnosť O2 – nevyhnutný pre
oxidačné reakcie

teplotné optimum väčšiny E. – okolo 40°C

o niektoré enzýmy sú funkčné

pri vyšších teplotách – denaturácia E. aj pri extrémnejších teplotách

44
 VPLYV PH NA RÝCHLOSŤ ENZÝMOVÝCH REAKCIÍ
o hodnota pH ovplyvňuje:
• schopnosť ionizácie substrátu (ak je schopný disociácie)
• disociáciu väzbových skupín enzýmu

o niektoré enzýmy vyžadujú

pH optimum väčšiny E. – okolo fyziologického pH (7,4) extrémnejšie hodnoty pH

pri extrémnych hodnotách pH – denaturácia väčšiny E.

45
INHIBÍCIA ENZÝMOVÝCH REAKCIÍ
o inhibícia E. r. = zníženie katalytickej aktivity E
o inhibítory = látky znižujúce aktivitu E, brzdiace priebeh enzýmových reakcií
• môžu mať rôznu chemickú povahu (ióny, anorg. l., org. l.)

o typy inhibície podľa pevnosti väzby enzým - inhibítor:

• ireverzibilná (nevratná) inhibícia
• reverzibilná (vratná) inhibícia

46
IREVERZIBILNÁ INHIBÍCIA
o nevratné zníženie E. aktivity
o ireverzibilné inhibítory tvoria s E veľmi pevný komplex enzým-inhibítor (EI)

o príklady ireverzibilných inhinhibítorov:

• ťažké kovy (protónové č. nad 30) = enzýmové (katalytické) jedy
• alkylačné činidlá (napr. jódacetát)

REVERZIBILNÁ INHIBÍCIA
o vratné zníženie E. aktivity

o 3 základné typy (kineticky odlíšiteľné)

• kompetitívna
• nekompetitívna
• akompetitívna
47
KOMPETITÍVNA INHIBÍCIA
o inhibítor sa viaže na aktívne miesto E

o inhibítor a substrát „súťažia“ (kompetujú)

o väzbu s E. – nemôžu sa viazať súčasne

izosterický mechanizmus

o inhibítor je zvyčajne štruktúrne podobný

substrátu

o vplyv kompetitívneho inh. možno

eliminovať zvýšením konc. enzýmu

48
NEKOMPETITÍVNA INHIBÍCIA
o inhibítor sa viaže mimo aktívneho miesta E

o inh. neovplyvňuje väzbu substrátu, ale

zabraňuje jeho katalytickej premene

o naviazanie inhibítora spôsobí konformačnú

zmenu aktívneho miesta

alosterický mechanizmus

o inhibítor zvyčajne nie je štruktúrne

podobný substrátu

49
INÉ TYPY INHIBÍCIE

o akompetitívna inhibícia
o inhibítor sa viaže na komplex ES ale nie na voľný E
o tvorba inaktívneho komplexu ESI

o zmiešaná inhibícia
o kombinácia viacerých typov inhibície

50
AKTIVÁCIA ENZÝMOVÝCH REAKCIÍ
o aktivácia enzýmových reakcií = zvýšenie katalytickej aktivity E

o možnosti zvýšenia katalytickej aktivity:

• pripojenie koenzýmu
• odstránenie inhibítora (deinhibícia)
• prítomnosť aktivátora (opak inhibítora)

o mechanizmus účinku aktivátora – zvyčajne alosterický

o všeobecné aktivátory – kovy s protónovým. č. 11 – 30

51
 VI.
REGULÁCIA ENZÝMOVÝCH REAKCIÍ

52
ALOSTERICKÁ REGULÁCIA
o alosterické enzýmy

o prostredníctvom naviazania alosterického modulátora do alosterického miesta

naviazanie ovplyvnenie konformácie

alosterického modulátora (terc. štruktúry) aktívneho miesta

o alosterické modulátory:
• aktivačné
• inhibičné

53
REGULÁCIA KOVALENTNOU MODIFIKÁCIOU

o glykogénfosforyláza

o aktívna f.: fosforylovaný tetramér

o neaktívna f.: nefosforylovaný dimér

54
REGULÁCIA PROTEOLÝZOU
o zymogén = neaktívna forma enzýmov (proenzým)
o aktivácia proteolýzou
o predpona pro-, alebo koncovka -gén

faktor
(iný enzým)

neaktívna forma A B C
(zymogén)

odštiepenie reťazca A B C
aktívna forma
55
PRÍKLADY REGULÁCIE PROTEOLÝZOU
o chymotripsinogén (neaktívny zymogén) → chymotripsín (aktívna forma)

56
PRÍKLADY REGULÁCIE PROTEOLÝZOU (POKRAČOVANIE)

o proinzulín (neaktívny zymogén)

inzulín (aktívna forma)

57
SPÄTNOVÄZBOVÁ REGULÁCIA
o viacstupňové E. reakcie

o finálny produkt inhibuje prvý

krok metabolickej dráhy

58
IZOENZÝMY
o katalyzujú rovnakú reakciu, ale majú odlišný genetický základ

o Môžu byť:
• špecifikované odlišnými génmi
• rôznymi alelickými formami toho istého enzýmu
• heterooligomérne enzýmy zložené z rôznych podjednotiek

o Príklad: živočíšna laktátdehydrogenáza: premena pyruvát laktát

59
NÁSOBNÉ FORMY ENZÝMOV
o chemicky odlišné enzýmy s rovnakým genetickým základom

o napr. aktívna a inaktívna forma niektorých E

• napr. fosforyláza, chymotripsíny a pod.

60
 DOC. RNDR. MAREK SKORŠEPA, PHD.

MAREK.SKORSEPA@UMB.SK
KATEDRA CHÉMIE
FAKULTA PRÍRODNÝCH VIED
UNIVERZITA MATEJA BELA V BANSKEJ BYSTRICI