Professional Documents
Culture Documents
Metaboliz"mus Nukleotidov A Strategia Metabolizmu 2023
Metaboliz"mus Nukleotidov A Strategia Metabolizmu 2023
3. Metabolický regulátor(cAMP)
Uskutočňuje sa 2 mechanizmami:
C1
H
OH O
5 10
N 6
9 H
N3 4 HCH2 N C N C CH2 CH2 COOH
2
1 7 H H
H H COOH
H2N N 8N
H
kyselina
derivát pteridínu p–aminobenzoová kyselina glutamová
OH O
N H
N CH2 N C N C CH2 CH2 COOH
H H
H COOH
H2N N N
Syntéza purínových nukleotidov de novo
IMP
(inozínmonofosfát)
AMP GMP
(adenozínmonofosfát) (guanozínmonofosfát)
ATP ADP + Pi
nukleozidmonofosfátkinázy
ADP GDP
(adenozíndifosfát) (guanozíndifosfát)
ATP ADP + Pi
nukleoziddifosfátkinázy
ATP GTP
(adenozíntrifosfát) (guanozíntrifosfát)
RNA
Regulácia de novo syntézy purínových
nukleotidov
PRPP
amidofosforibozyltransferáza (ART)
5 – fosforibozylamín
IMP
adenylosukcinát XMP
AMP GMP
ADP GDP
ATP GTP
ART:
NH2 COOH
N
C O CH2
+
O CH NH2 N
P COOH
karbamylfosfát
karbamylfosfát kyselina asparágová kyselina asparágová
O
HN
+ PRPP
fosforibozylpyrofosfát
O N COOH
H
kyselina orotová
UMP (uridínmonofosfát)
UDP (uridíndifosfát)
UTP (uridíntrifosfát)
aminácia
RNA
CTP (cytidíntrifosfát)
Syntéza deoxyribonukleotidov
1. 2.
záchranné (salvage) de novo syntéza
reakcie redukciou ribonukleotidov
ribonukleotidreduktázy
2' – deoxyribonukleotidy
Ribonukleotidreduktázy -
enzýmy premeny „sveta RNA” na „svet DNA”
cukry
aminokyseliny
energia CO2
báza báza
ribonukleotidreduktáza
fosfát O fosfát O
2´ 2´
OHOH OH H
ribonukleotidy deoxyribonukleotidy
RNA DNA
Ribonukleotidreduktázy -
enzýmy premeny „sveta RNA” na „svet DNA”
Rozdielne vlastnosti:
a) stupeň fosforylácie ribonukleotidov
b) prítomnosť odlišných kofaktorov, na základe ktorých sú
rozdelené do 4 tried:
1. trieda – nehemové železo (E.coli)
2. trieda – 5' – deoxyadenozylkobalamín (koenzým B12)
obsahujúci kobalt (L.leichmannii)
3. trieda – mangán (B.ammoniagenes)
4. trieda – S – adenozylmetionin a železo (archaebaktérie
a E.coli kultivované v neprítomnosti kyslíka)
c) odlišná primárna a kvartérna štruktúra enzýmov
Spoločné vlastnosti:
a) zložitý radikálový reakčný mechanizmus
b) alosterická regulácia kontrolujúca substrátovú špecifitu
Spoločné vlastnosti ribonukleotidreduktáz
X X Ha X
Ha Hb Hb Ha Hb
OH OH OH OH OH H
SH SH SH SH S S
Redukcia ribonukleotidov je postupný proces, pri ktorom dochádza k
prenosu protónov z NADPH na tioredoxín a z neho na ribonukleotidy.
P P P O H2C báza
O
2'
OH OH
oxidovaný
ribonukleotid glutation
NADP+ tioredoxín – glutaredoxín – GSSG NADPH
– (SH)2 – (SH)2
I. II. III.
NADPH tioredoxín – glutaredoxín – NADP+
2GSH
– S2 – S2
redukovaný
P P P O H2C báza glutation
O
2'
OH H
2' - deoxyribonukleotid
I. tioredoxínreduktáza II. ribonukleotidreduktáza III. glutationreduktáza
Hlavné bunkové
disulfid-redukčné systémy
N
A
glutation- tioredoxín-
D
reduktáza reduktáza
P
H
proteíny a metabolity
Tioredoxíny
• univerzálne termostabilné proteíny
• aktívne miesto tvorí charakteristická konzervatívna
sekvencia
32 35
Cys X X Cys
SH SH
SVETLO H 2O
½ O2
2H
tioredoxín tioredoxín
(2 SH) (S-S)
Inaktivácia neurotoxínov.
THF
O O- O
C C Metylén C CH2
HN C F E-SH HN C F THF HN 5C F !
6 H
O C CH O C C O C C H
N N SS-Enzym (TS) N SS-Enzym (TS)
R R R
Metylén metyléntetrahydrofolát
THF
Biosyntéza deoxyribonukleotidov
ADP RR
dADP dATP
RR
GDP dGDP dGTP
CDP RR dCDP dCTP
dCMP RR-ribonukleotidreduktáza
TS-tymidylátsyntetáza
O
- purín
O P O H2C
O
-
O + PPi
P ῀ Pi
OH OH
pyrofosfatáza
ribonukleotid
2. Vzájomná premena báz a nukleozidov
špecifické na bázu
nukleozidmonofosfátkinázy
nešpecifické na pentózu
Kinázy
nešpecifické na bázu
nukleoziddifosfátkinázy
nešpecifické na pentózu
b) tymidín + ATP
tymidínkináza
dTMP + ADP
4. Výmena bázy v deoxynukleozidoch
báza X + deoxyribonukleozid Y
nukleozidtransglykozylázy
báza Y + deoxyribonukleozid X
5. Zmena bázy
adenín hypoxantín
deaminázy
cytozín uracil
6. Reutilizácia nukleotidov
kinázy
Degradácia (katabolizmus) nukleových
kyselín a nukleotidov
Enzýmy, ktoré katalyzujú štiepenie nukleových kyselín hydrolýzou
fosfodiesterových väzieb sa nazývajú nukleázy.
Klasifikácia nukleáz:
1. na základe substrátovej špecifity:
nukleázy
ribonukleázy (štiepia RNA)
nešpecifické špecifické
štiepia RNA,DNA deoxyribonukleázy (štiepia DNA)
endonukleázy exonukleázy
(štiepia polynukleotidy (štiepia polynukleotidy z
vo vnútri reťazca) jedného konca)
3. na základe spôsobu štiepenia fosfodiesterovej väzby:
báza1
O
a) štiepením sa vytvára 5′ – fosfát
a koncová 3′ – OH skupina
(5′ – nukleázy) O OH
-
O P O
O H2C báza2
b) štiepením sa vytvára 3′ – fosfát O
a koncová 5′ – OH skupina
(3′ – nukleázy) O OH
5′ – nukleázy:
- štiepia z 3′ – konca
- vyžadujú voľnú 3′ – OH skupinu
- tvoria 5′ – mononukleotidy
P O H2C báza1
O
O OH
5′
HO P O H2C báza2
O
O
3′
OH OH
3′ – nukleázy:
- štiepia z 5′ – konca
- vyžadujú voľnú 5′ – OH skupinu
- tvoria 3′ – mononukleotidy
5′
HO H2C báza1
O
3′
O OH
HO P O H2C báza2
O
O
O OH
HO P O H2C
O
Odbúranie purínových báz
6 7 7
1 5 7
8
8
8
2
3
4 9 NH3
adenín hypoxantín
xantínoxidáza
NH3
xantín guanín
OH xantín
H
C7 xantínoxidáza (XO)
N
8
N
N O
N
H HN NH
allopurinol
(kompetitívny inhibítor XO) O kyselina močová
– analóg hypoxantínu
N N O
H H
XO
OH urikáza
H CO2
C
N
N
HO N O
N
NH2 NH
H
Alloxantin (oxypurinol) alantoín
O N N O
Jeho naviazaním do aktívneho (iné cicavce)
H H
miesta XO sa bráni premene
Mo4+ Mo6+
H2O
alantoináza
NH2 COOHNH2
O alantoínová kyselina
N N O (niektoré ryby)
H H
H2 O
alantoikáza
(morské
2 NH3 + CO2 2 NH3 + CO2 bezstavovce)
Guanín
Xantín Uráty
Hypoxantín inhibícia
allopurinolom
Dna je ochorenie spôsobené zvýšenou hladinou urátov (kyseliny
močovej) v krvnom sére.
HGPRT
Hypoxantin + PRPP IMP + PPi
HGPRT
Guanin + PRPP GMP + PPi
HGPRT = hypoxantin-guaninfosforibozyltransferáza
(katalyzuje salvage reakcie vzniku IMP a GMP)
cytozín
NH3
uracil
O
CH2
HN
CH2
O N dihydrouracil
H
H2O
tymín
O
HN CH CH3
CH2
O N dihydrotymín
H
H2O
NK
endonukleázy
oligonukleotidy nukleozidtrifosfáty
fosfodiesterázy
nukleozid-
H2O monofosfáty
nukleotidázy
Pi ADP PPi
nukleozid-
ATP
kinázy
NUKLEOZIDY
fosforibozyl- PRPP
Pi transferázy
nukleozid-
bázy
fosforylázy
ribóza – 1 P purínové pyrimidínové
kyselina β - ureidopropionová
močová β – ureidoizomaslová
Syntéza nukleotidových koenzýmov
Koenzým A (acetylačný)=CoA
NH2
kyselina pantotenová
N N
adenín
O H CH3 O- O-
N N
C CH2 CH2 NH C C C CH2 O P O P O H2C
O
O OH CH3 O O
3' 2'
NH
O OH ribóza-3'-fosfát
CH2
merkaptoetanolamín O P O-
CH2
O-
SH
̴ OC CH3
NAD+ - nikotínamidadeníndinukleotid
NADP+ - nikotínamidadeníndinukleotidfosfát
H H NH2
CONH2
N N
N
N N
CH2 O P O P CH2 + A + H+
HO HO O
O
OH OH
FMN - flavínmononukleotid
B2 - riboflavin NH2
FAD - flavínadeníndinukleotid N N
OH OH OH
CH2 CH2 O P O P O CH2 N N
H O
H3C N N O
NH
H3C N OH OH
* H O FADH2
NH2
COO-
N N
PPi +
ATP
N N
O CH2 O P P O H2C O N
OH OH OH OH
desamido - NAD+
NH2
O
C
NH2 N N
+
N N
O CH2 O P P O H2C O N
OH OH OH OH
NAD+
2 riboflavín + ATP riboflavín – 5'– P + ADP
FAD
ATP
ADP
koenzým A
Stratégia metabolizmu
NADPH
Je najdôležitejší donor vodíka pre redukčné biosyntézy:
- biosyntéza MK
Vznik NADPH
- pentózový cyklus
- citrát-malátový cyklus
- v reakcii katalyzovanej MDH v cytoplazme
3. Stavebné jednotky pre biosyntézu
4. Kompartmentizácia bunky
cytoplazma – glykolýza, pentózový cyklus, syntéza MK
mitochondrie – KC, oxidácia MK, syntéza ketolátok
cytoplazma aj mitochondrie – glukoneogenéza, syntéza močoviny
Glykolýza
Hexokináza, fosfofruktokináza, pyruvátkináza.
Krebsov cyklus
Citrátsyntáza, izocitrátdehydrogenáza, alfa-oxo-glutarátdehydrogenáza.
Pentózový cyklus
Je kontrolovaný hladinou NADP/NADPH.
(Fosfátová skupina v NADPH, ktorá ho odlišuje od NADH umožňuje v tom
istom kompartmente bunky mať vysoký pomer NADPH/NADP a NAD/NADH,
čo má za následok, že pentózový cyklus a glykolýza môžu prebiehať súbežne
vysokou rýchlosťou).
Metabolické dráhy a kontrolné miesta
Glukoneogenéza
Je recipročne regulovaná s glykolýzou.
(Kľúčový enzým v regulácii je fruktóza-1,6-bisfosfatáza. V prípade
nadbytku glukózy, vysoká hladina fruktóza-2,6-bisfosfátu inhibuje
glukoneogenézu a aktivuje glykolýzu).
Syntéza a degradácia MK
Glukóza-6-fosfát
Odbúranie glykolýzou
Substrát pre syntézu glykogénu
Substrát pre pentózový cyklus
Pyruvát
Môže byť syntetizovaný z glukóza-6-fosfátu, alanínu, laktátu
Jeho využitie:
- karboxylácia na oxalacetát v mitochondriách v glukoneogenéze
- transaminácia na alanín
- oxidačná dekarboxylácia pyruvátdekarboxylázou pre vznik AcCoA
- redukcia pyruvátu na laktát enzýmom laktátdehydrogenázou
Kľúčové substráty metabolizmu
AcCoA vzniká:
- oxidačnou dekarboxyláciou pyruvátu
- beta-oxidáciou MK
- degradáciou ketogénnych AMK