ช ดของ Variants

ใ เ ดความ ม น บก มโรค างๆ

หลักสูตรการฝึกอบรมนักชีวสารสนเทศทางคลินก
ิ
12 ตุลาคม 2656

Vorthunju Nakhonsri
ที่
นิ
ทำ
ห้
กิ
สั
พั
ธ์
กั

ลุ่
ต่
 ช ดของ Variants ใ เ ดความ ม น บก มโรค างๆ
Basic genetics
นิ
ที่
ทำ
ห้
กิ
สั
พั
ธ์
กั
ลุ่
ต่
DNA organization
Central dogma
Regulation of gene expression
Regulation of gene expression
Regulation of gene expression
DNA methylation and Histone protein modi cation

fi
Regulation of gene expression
RNA splicing
Regulation of gene expression
RNA splicing

FIGURE 1
Bcl-x is an apoptosis regulator with two main isoforms (Bcl-xL and
Bcl-xS) generated by alternative 5′ splice site selection. Interestingly,
the two splice variants have opposing functions: Bcl-xL is
proapoptotic whereas Bcl-xS is antiapoptotic. Several transacting
splicing factors regulate the balance between the two splice variants.
In lung cancer, abnormal splicing of the Bcl-x mRNA gives rise to a
predominant production of Bcl-xL. Various strategies for diagnosis or
treatment of lung cancer can be proposed based on the predominant
expression of the cancer-related splice isoform (either from Bcl-x or
from any other gene with splice isoforms involved in lung cancer).

Pio, R. and Montuenga, L., 2009. Alternative Splicing in Lung Cancer. Journal of Thoracic Oncology, 4(6), pp.674-678.
Example track

https://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/View?db=core;g=ENSG00000130203;r=19:44900939-44913441
Genetic codon
Genetic codon

Codon usage
 ช ดของ Variants ใ เ ดความ ม น บก มโรค างๆ
Basic genetics
Human genome
นิ
ที่
ทำ
ห้
กิ
สั
พั
ธ์
กั
ลุ่
ต่
Human genome project
Human genome project
Human chromosomes

The genetic similartiy between a human and a human is 99.9%.

-according to National Human Genome Research Institute

 Human genome composition

Inherited or acquired protein-coding variants represent the majority of disease-causing variants, But, using WGS led to a new
accounting for upwards of 60% of all known causative genomic variation diagnosis for only 25% of the
participants from 100K
Ross JP, Dion PA, Rouleau GA. Exome sequencing in genetic disease: recent advances and considerations. F1000Res. 2020 May 6;9:F1000 Faculty Rev-336. doi: 10.12688/
f1000research.19444.1. PMID: 32431803; PMCID: PMC7205110. Genomic England project

 ช ดของ Variants ใ เ ดความ ม น บก มโรค างๆ

Basic genetics
Human genome
Types of genetic variation
นิ
ที่
ทำ
ห้
กิ
สั
พั
ธ์
กั
ลุ่
ต่
Chromosome rearrangement

Chromosome Painting, or Fluorescence In Situ Hybridization (FISH)

Structural Variations
Structural variation examples
Single Nucleotide Variants
 ช ดของ Variants ใ เ ดความ ม น บก มโรค างๆ
Basic genetics
Human genome
Types of genetic variation
Sequence ontology
นิ
ที่
ทำ
ห้
กิ
สั
พั
ธ์
กั
ลุ่
ต่
Sequence ontology
HIGH IMPACT

CNV: DUP / DEL

Sequence ontology
HIGH IMPACT

Splicing variants
 Sequence ontology
HIGH IMPACT

Truncated protein Elongated protein

Sequence ontology
HIGH IMPACT
Sequence ontology
HIGH IMPACT
Sequence ontology
IMPACT
Sequence ontology
IMPACT
Sequence ontology
IMPACT
Sequence ontology
Overall
Thank you
Questions/Comments