May mga kolehiyo para sa mga lalaki na itinatag ng mga Hesuita tulad ng Kolehiyo ng San Ignacio sa Cebu na ngayo'y seminaryo ng San Carlos at Kolehiyo ng San Jose (1601) sa Maynila. Noong 1865 pinamahalaan ng mga Heswita ang Escuela Pia ng Maynila. Ito ang Ateneo de Manila University ngayon. Itinatag ng mga Heswita ang Colegio de San Ignacio noong 1590 sa Maynila, at ang Colegio de San Ildefonso na itinatag din ng mga Heswita noong 1595 sa lalawigan ng Cebu, at noong 1601, itinatag din nila ang Colegio de San Jose.
Ang mga Dominikon ay nagtatag din ng mga paaralan para sa
mga lalaki. Ito ang University of Santo Tomas na kilala bilang pinakamatandang unibrsidad sa Pilipinas na itinatag noong 1611, itinatag din nila ang Colegio de San juan de Letran para sa mga kababatang lalaki na walang mga magulang/ulila. Kauna-unahang Paaralan para sa mga Babae Nagtatag din ng mga paaralang pambabae. Layunin ng mga ito na ihanda ang kababaihan alinman sa pagiging mabuting asawa at ina ng tahanan o sa pagmamadre. Ang ilang paaralan ay ang (Colegio de Santa Potenciana - 1589), (Colegio de Sta. Isabel - 1632), (Colegio de Santa Rosa - 1750), (Kumbento ng Asuncion - 1892), at (Colegio ng Concordia - 1896). Sa mga kolehiyong ito itinuturo ang Doctrina Christiana, Espanyol, Latin, Kasaysayan, Matematika, Musika, kagandahang-asal, pagpipinta, at sining-pantahanan tulad ng pananahi, pagbuburda, paggawa at pag-aayos ng mga bulaklak. Nagtatag din sila ng paaralang pambabae na tinatawag na beaterio. Ang beaterio ay para lamang sa mga kababaihang ulila at mahirap na nais mag-aral.