A mitokondriumok az általánosan elfogadott elképzelés, az ún. endoszimbionta
elmélet szerint egykor önálló baktériumok voltak, melyeket kb. egy milliárd évvel ezelőtt archeobaktériumok kebeleztek be. Egy sejt egy másik sejt általi bekebelezése (fagocitózis) egysejtűek köreiben a táplálkozásnak egy viszonylag szokványos módja, immunrendszerünk egy része is így bánik el a kórokozókkal, a bekebelezett sejt megemésztődik. Ebben az esetben viszont a megemésztés helyett a két sejt együttműködni kezdett, és az így kialakult szimbiózis olyan sikeres lett, hogy a teljes fejlett élet erre a folyamatra vezethető vissza.
A mitokondriumok a mai napig a baktériumokra jellemző kettős sejtfallal
rendelkeznek, és saját DNS-sel is. Sejtjeinkben részben szexuálisan, részben osztódással szaporodnak, ill. sejtjeinken kívül is képesek létezni, közlekedni. A mitokondriumok bakteriális tulajdonságait ismerve érthetővé válnak az egészség krónikus károsodásának egyes útvonalai. A mitokondriumokat károsítani tudják krónikus fertőzéses, gyulladásos állapotok, mert ilyenkor a szervezet saját maga a baktériumokra nézve toxikus anyagokat termel. Egyes gyógyszerhatóanyagok is károsíthatják a mitokondriumok metabolizmusát, pl. egyes antibiotikumok, főleg gyakoribb, vagy hosszabb alkalmazás esetén, hiszen ezek a hatóanyagok a baktériumok metabolizmusát veszik célba, és így a mitokondriumok is megsérülhetnek.