Ekstremofile

EKSTREMOFILE – mikroorganizmy bytujące w środowisku, w którym panują skrajne

warunki pod określonym względem (np. temperatury, ciśnienia, zasolenia, pH).

!!! Ważnym pojęciem, na zwróciła Basia uwagę to:

Ekstremozymy – są to enzymy wyizolowane z ekstremozymów (zachowują one
aktywność w warunkach, w których inne enzymy zawodzą) w artykule podano
również pojęcie ekstremozymów jako „narzędzi do przeżcia”, co świadczy o ich roli.

Charakterystyka poszczególnych grup:

TERMOFILE
 Organizmy ciepłolubne szeroko rozpowszechnione w przyrodzie.
 Dzieli się je na: względne termofile (optimum wzrostu od 45 do 65oC np.
Lactobacillus thermophilus), bezwzględne termofile (optimum wzrostu od 65
do 85oC np. Bacillus thermodiastaticus), ekstremalne termofile =
hipertermofile (optimum wzrostu >85oC np. Pyrococcus furiosus ).
 Żyją w gorących źródłach, w nawozie, glebie, fermentujących resztkach
roślinnych (siano, tytoń), w jelitach niektórych zwierząt.
 Enzymy pochodzące od tych organizmów, tzw. termoenzymy są stabilne w
wysokich temperaturach (amylazy, ksylanazy, proteazy, DNA polimerazy).

Właściwości enzymów termostabilych:

 Duże znaczenie mostków solnych, których zniszczenie w termostabilnej α-
amylazie prawie całkowicie znosi całą jej odporność na wysoką
temperaturę.
 Zwiększona liczba oddziaływań hydrofobowych.
 Zwiększenie ilości Ile i stosunku Arg/(Arg+Lys).
 Zmniejszone rozmiary miejsc aktywnych.
 Zmniejszenie rozmiarów pętli powierzchniowych (łączących struktury
drugorzędowe białka).
 Glikozydazy z hipertermofili jako jedne z najlepiej poznanych
termoenzymów.

Termofile – zastosowanie:
 W reakcji PCR (Thermus aquaticus)
 W przemyśle farmaceutycznym wykorzystuje się dehydrogenazy
drugorzędowych alkoholi odporne na substancje denaturujące
 W reakcjach prowadzonych w fazie gazowej
 W biokopalnictwie
 W reakcjach transestryfikacji
 W syntezie oligosacharydów, peptydów, fosfolipidów
 W reakcjach ligazy DNA
ACIDOFILE
 Mikroorganizmy rosnące w kwaśnym środowisku.
 Do organizmów takich należy np. Alicyclobacillus acidocaldanius, będący
w stanie żyć przy pH równym nawet 0,8.
 Organizmy te często są również termo- czy halofilami.
 Swoje zastosowanie znalazły w oczyszczaniu metali (np. ekstrakcji miedzi
z pirytu) oraz odsiarczaniu węgla.
ALKALOFILE
 Organizmy żyjące w środowisku zasadowym
 Do grupy tej należy np. Clostridium paradoxum żyjące w ściekach wodnych
przy pH oscylującym w okolicach 10
 Jako ochronę przed zasadowym środowiskiem posiadają jako dodatek do
peptydoglikanu specjalne kwaśne polimery bogate w glutaminian,
asparaginian i kwas fosforowy

Alkalofile – zastosowanie:
Enzymy pochodzące z tych organizmów mają zastosowanie głównie w przemyśle
detergentów. Najszerzej stosowanymi enzymami alkalofilowymi do detergentów są:
 Proteazy – służą do usuwania włosia ze skór w garbarstwie (reakcja jest
prowadzona w zakresie pH 8-10) - służą do usuwania żelatynowego
pokrycia filmów wykorzystywanych do zdjęć Roentgena
 α – amylazy- dodawane do proszków do prania
 Cyklomaltodekstryno glukonotransferazy- do produkcji cyklodekstryn
 pullulanazy- hydrolizują wiązania α-1,4 i α-1,6 glikozydowe, dodawane do
płynów do mycia naczyń
 cellulazy – dodawane do proszków do prania
 ksylanazy – używane do wybielania zamiast związków chloru
 pektynazy – do produkcji papieru

HALOFILE
 Organizmy odporne na wysokie zasolenie środowiska
 Bakterią należącą do tej grupy jest np. Halobacterium halobium, które jest
wstanie bytować w środowisku 30% NaCl
 Odporność ich wynika z faktu, że we wnętrzu ich komórek akumulowane
są jony K+
 Stosuje się je m.in.. w produkcji biopolimerów, a także w syntezie
oligopeptydów zawierających glicynę

Właściwości enzymów halofilnowych:

 Wysoka zawartość (do 20%) Glu i Asp na powierzchni enzymu, co
powoduje przyciąganie zhydratowanych jonów do powierzchni enzymu i
zmniejsza tym samym napięcie na granicy białko- rozpuszczalnik i
zapobiega precypitacji
 Mniejsza zawartość silnie hydrofobowych reszt aminokwasowych (Trp, Tyr,
Phe), co rekompensuje wysokie zasolenie środowiska
 Bardzo rozległe sieci par jonowych, których efektywność wzrasta wraz ze
wzrastającym stężeniem soli
BAROFILE, METALOFILE, RADIOFILE I MIKROAEROFILE
 Barofile – organizmy żyjące w wysokich ciśnieniach
 Metalofile – organizmy żyjące przy wysokiej koncentracji metali
 Radiofile – organizmy żyjące przy wysokim promieniowaniu
 Mikroaerofile – organizmy rosnące przy < 21% stężeniu O 2

Ekstremofile ze względu na swe właściwości podzielone zostały na kilka grup:

Ekstremofile Właściwości Enzymy Zastosowanie

termofile Wysoka Amylazy,ksylanazy,proteazy Piekarnictwo,
temperatura ,DNA polimerazy browarnictwo,
detergenty,
psychrofile niska temperaturaProteazy, dehydrogenazy, Dojrzewanie serów,
amylazy biowskażniki,
detergenty
acidofile Niskie pH Utlenianie siarki Odsiarczanie węgla
alkalofile Wysokie pH Celulazy, proteazy Detergenty
halofile Wysokie stężenie Biopolimery,
soli oligopeptydy
barofile Wysokie ciśnienie Całe mikroorgan. Żele,granulki skrobi
metalofile Wysoka Całe mikroorgan. biomineralizacja
koncentracja
metali
radiofile Wysokie Całe mikroorgan. Oczyszczanie miejsc
promieniowanie skażonych radionuklid
mikroaerofile Wzrost <21%O2 Całe mikroorgan.

Jeżeli chodzi o ich wykorzystanie to nie prowadzi się hodowli takich

mikroorganizmów z wiadomego powodu – warunki jakie są przez nie wymagane są
trudne do stworzenia w laboratorium. A poza tym wiąże się to z kosztami. Dlatego
też stosuje się metody rekombinacji DNA- wprowadza się geny takich
ekstremofilnych bakterii do mikrobów pospolicie występujących.

Enzymy drobnoustrojów psychrofilnych

Mikroorganizmy można podzielić na 3 grupy w zależności od temperatury, w jakich
żyją:
 psychrofile (T opt = 10- 20oC)
 mezofile (T opt = 25-40oC)
 termofile (T opt = 50-55oC)

PSYCHROFILE to organizmy bytujące w niskich temperaturach. Można je spotkać w

zimnych wodach słodkich i morskich, w lodzie lodowców, w roślinach i
ektotermicznych zwierzętach, żyjących w chłodnym klimacie a także w mrożonej lub
chłodzonej żywności.

Najlepszym reprezentantem psychrofili jest Polaromonas vacuolata.

Wśród tej grupy wyróżniamy także Achromobacter, Flavobacterium, Xantomonas,
Serratia, Escherichia, Acinetobacter, Micrococcus, Moraxella czy Lactobacillus.
Drobnoustroje psychrofilne nie ograniczają się tylko do Procariota, występują licznie
wśród drożdży, grzybów nitkowatych i eukariotycznych jednokomórkowych glonów.

Organizmy te przystosowały się do życia w skrajnych warunkach poprzez różnego

rodzaju adaptacje np.: błon, konstrukcji bialka i enzymów (w błonach komórkowych
psychrofilii występuje dużo nienasyconych, niekiedy nieregularnie rozgałęzionych
kwasów tłuszczowych).

Stosowane strategie przy produkcji enzymów przez bakterie:

 wzmożona synteza enzymów
 szybszy metabolizm
 istotna rola białek szoku zimna (csp)
 adaptacja kinetyczna
 synteza izozymów
 zintegrowanie enzymów z komórką

!!!!Warto zwrócić uwagę, że adaptacje molekularne nie dotyczą zmian w miejscu

aktywnym w cząsteczkach tych białek ( dokonano porównania w stosunku do
mezofili), obejmują one jednak zmiany w składzie aminokwasowym

Właściwości enzymów psychrofilnych:

 rozluźnienie struktury drugorzędowej powoduje zwiększenie dostępności
miejsca aktywnego (zwiększenie elastyczności cząsteczki), jak również
ułatwia stworzenie kompleksu E-S przy ograniczonej dyfuzji
 Zwiększenie ilości naładowanych aminokwasów na powierzchni pętli
zwiększa interakcje z rozpuszczalnikiem
 Czasami zmniejszenie ilości proliny w pętlach
 Zwiększony udział glicyny i zmniejszony Arg (Arg+Lys) – zwiększa
elastyczność cząsteczki
 Zmniejszony stosunek aminokwasów zasadowych ( większa giętkość
łańcucha polipeptydowego)
 Zmniejszenie ilości wiązań wodorowych i mostków solnych
Zastosowanie:
 jako dodatek do detergentów (użycie psychrofilnej lipazy wytwarzanej przez
zrekombinowany mezofilny szczep Aspergillus oryzae pod handlową nazwą
Lipolase)
 do produkcji sztucznego śniegu i lodów
 dehydrogenazy stosowane w biosensorach
 do produkcji olejów mikrobiologicznych
 w przemyśle spożywczym np. w celu uzyskania mleka bezlaktozowego
 stosowane są w dojrzewaniu serów
 piekarnictwo i piwowarstwo
 ochrona środowiaska – biodegradacja ksenobiotyków

Enzymy hipertermofilne

Spotykamy je u bakterii i archeonów.

Pierwszym odkrytym hipertermofilem był żyjący w gorącym i silnie zakwaszonym

źródle – archean Sulfolobus acidocaldalrius. Rósł i rozmnażał się w temperaturze 85
stopni. Innym przykładem jest Pyrolobus fumarii – rośnie w ścianach kominów
(105stopni – temp optymalna dla rozwoju, podczas gdy 90 – hamuje jego wzrost!).

Zastosowanie:
 reakcja PCR przy wykorzystaniu hipertermofila Pyrococcus furiosus
(T opt – 100)
 w procesie konwersji skrobi (oszczędność kosztów – nie trzeba by było
przeprowadzać procesu chłodzenia)

Dodatkowe
Tak przy okazji co to są te Acheony?
Otóż podaczas badań nad ekstremofilami wyodrębniono jeszcze jena grupę
organizmów. Charakteryzują się tym, że nie posiadają jądra – przypominają tym
bakterie oraz posiadają geny które znajdują się u eukariota.