BIOCHEMIA

ENZYMY

Enzymy= biokatalizatory

Dzielą się na: wewnątrzkomórkowe i zewnątrzkomórkowe

przyśpieszają osiągnięcie stanu równowagi reakcji

KATALIZATOR- substancja, która zwiększa szybkość przemiany substratatów w produkty, przy

czym budowa i własności katalizatora po zakończeniu reakcji pozostają takie same jak przed
dodaniem substratów.

Zmniejszenie energii aktywacji zwiększa szybkość reakcji (nawet 107 raza).

ENERGIA AKTYWACJI – najmniejsza ilość energii kinetycznej, jaką musi posiadać cząstka, aby
jej zderzenie z inną cząstką spowodowało powstanie innego układu (aby zaszła reakcja
chemiczna ).

Przebieg reakcji enzymatycznej można przedstawić nastęoująco

Enzym (E) łączy się z substratem (S) – przejściowy

kopleks enzym – subtsrat (ES), ----- produkt (P) i enzym (E).

Enzymy dzielimy na:

-proste: zbudowane tylko z części białkowej (apoenzym)

- złożone: zbudowane z części białkowej (apoenzym) i części niebiałkowej: grupy prostetycznej
(grupy atomów trwale związanej z cząsteczką białka) lub koenzymu (ruchoma grupa atomów).

Rybozymy, czyli cząsteczki RNA o własnościach katalitycznych.

GRUPY PROTETYCZNEJ – część niebiałkowa związana jest w sposób trwały, niedysocjujący,

nosi nazwę. Zwykle jest to cząsteczka nieorganiczna, jon metalu (np.netra żelazowo-siarkowe, jony
cynku – Zn2+), mała cząsteczka organiczna (mp. Flawiny i hem).

KOENZYM- niebiałkowa cząsteczka organiczna, wiążące się z enzymami tylko na czas reakcji i
przenosząca grupy chemiczne pomiędzy poszczególnymi reakcjami. Koenzymy mogą być
traktowane jako kosubstraty.

Miejscem rozpoznawania substratu, przyłączenie go i jego przemianę w produkt to centrum

aktywne.

Centrum allosteryczne – miejsce do którego przyłączają się efektory, czyli drobnocząsteczkowe

związki wpływające na aktywność enzymu.
Charakterystyka centrum aktywnego:
-zajmuje małą część objętości apoenzymu

-stanowi zagłębienie lub szczelinę (resztę aminokwasów hydrofobowych)

-Jest układem przestrzennym katalitycznych reszt aminokwasów (często polarnych) zwykle

znacznie oddalonych w sekwencji liniowej

-kompleks ES powstaje dzięki słabym oddziaływaniom: wiązania elektrostatyczne, wiązania

wodorowe, interakcje hydrofobowe, oddziaływania van der Waalsa.

-komplementarność kształtu – specyficzność wiązania zależy od precyzyjnie określonego ułożenia

atomów w miejscu aktywnym.

MODELE WIĄZANIA SUBSTRATU W CENTRUM AKTYWNYM

model Fishera = model zamka i klucza

model Koschalnda = model wzbudzonego dopasowania

KOENZYMY i KOFAKTORY
drobnocząsteczkowe związki organiczne (koenzymy) lub jony nieorganiczne (kofaktory), których
obecność w centrum aktywnym jest niezbędna do katalitycznego działania enzymu.

KOENZYM:
FMN , FAD, NAD +, CoA

KOFAKTORY:
Mn2+, Zn2+, Fe2+
 CUKRY

TRISACHARYDY
rafinoza – cukier występujący w burakach cukrowych (składa się z
galaktozy, glukozy i fruktozy).

TETRASACHARYDY
stachioza – cukier występujący w koniczynie (składa się z dwóch
cząsteczek galaktozy, glukozy i fruktozy)

POLISAHARYDY
wielkocząsteczkowe cukrowce, które powstają w wyniku polikondensacji
monosaharydów lub ich pochodnych, łączących się wiązaniem O-
glikozydowym. Tworzące się łańcuchy mogą być proste lub rozgałęzione.

Polisacharydy:
homoglikany – zbudowane z jednakowych jednostek monosacharydów
heteroglikany – zbudowane z różnych jednostek monosacharydów,
powtarzających się w określonej kolejności.

Ze względu na funkcje biologiczną, polisacharydy dzielą się na zapasowe i

strukturalne.
 HOMOGLIKANY
SKROBIA – roślinna substancja zapasowa, odkładana w postaci ziaren w
nasionach i bulwach. Występuje w dwóch formach – AMYLOZY i
AMYLOPEKTYNY.

AMYLOZA – zbudowana z nierozgałęzionych łańcuchów zbudowanych z

300-1000 jednostek alfa-glukozy. Monomery połączone są wiązaniem alfa
(1-4).

AMYLOPEKTYNA – silnie rozgałęziona forma. Do szkieletu takiego jak w

amylozie, co 15-20 reszt glukozowych, przyłączone są wiązania alfa(1-6)
analogicznie, kilkunastoresztowe łańcuchy boczne. Cząsteczki
amylopektyny mogą zawierać nawet ponad 5000 reszt glukozy.

GLIKOGEN – materiał zapasowy zwierząt, występuje szczególnie obficie w

wątrobie i mięśniach szkieletowych. Zawierają go także grzyby.

Glikogen nazywany jest też skrobią zwierzęcą, jest zbudowany podobnie

jak amylopektyna, od której różni się gęstrzą „krzaczastością” oraz, na
ogół, większymi rozmiarami cząsteczki (500 -50000 reszt glukozy).

CELULOZA– najbardziej rozpowszechniony homoglikan, pełniący funkcję

podporową.
Cząsteczki celulozy stanowią długie, nierozgałęzione łańcuchy, utworzone
z około 10 000 reszt beta-glukozy, połączonych wiązaniami beta(1-4). W
ścianach komórkowych roślin, cząsteczki te ułożone są w sposób bardzo
regularny.
CHITYNA - łańcuchy zbudowane są z reszt N-acetyloglukozaminy,
połączonych wiązaniem beta(1-4). Jest to substancja podporowa o dużej
wytrzymałości mechanicznej, wchodząca w skład pancerzy skorupiaków i
kutikuli owadów, występująca również w grzybach.

HETEROGLIKANY
HEPARYNA- czynnik, hamujący krzepnięcie krwi, wytwarzany w wątrobie.
Jej cząteczka jest nierozgałęzionym łańcuchem ok. 100 reszt występujących
na pzemian: kwasu glukozoaminy-N-siarkowego i kwasu glukoronowego>
Wszystkie wiązania są typu alfa-(1-4).

MUNOPOLISACHARYDY – zbudowane z jednostek disacharydowych, w

których kwas uronowy jest połączony wiązaniem beta(1-3) z aminocukrem.
Jednostki disacharydowe połączone są wiązaniem 1-4.
Munokopolisaharydy są składnikiem tkanki łącznje.

Trzeba umieć wymienić, ale nie pamiętać wszystkiego.

POCHODNE
GLIKOZYDY – pochodne cukrowców, których produktami rozpadu są obok
cukrów między innymi: hydrochinon, floretyna, puryny, estry, a także
cyjanowodór.
Glikozydy są zazwyczaj bezbarwne i gorzkie w samku, rozpuszczają się w
wodzie.
Trzeba wiedzieć, że istnieją takie związki (podać przykłady) i że są
powiązanie z cukrowcami.

SAPONINY- Są to substancje, dobrze rozpuszczalne w wodzie, wykazujące

właściwości powierzchniowo czynne (obniżające napięcie
powierzchniowe). W związku z tym zwiększają pienienie się, a także
stabilizują tłuszcze.

TANINY - są połączeniami polifenoli z glukozą. Występują powszechnie w

kawie i herbacie, a także w grzybach.
KWASY NUKLEINOWE
 DNA I RNA

• DNA – występuje w jądrze komórkowym i mitochondrium.

Dwuniciowy.
• RNA – występuje w jądrze komórkowym (synteza) i w cytoplazmie.
Jednoniciowy.

DNA – jednostka strukturalna to nukleotyd. Nici budujące kwas

DNA są naprzeciwległe, Skręcenie helisy jest bardzo istotne, żeby
woda nie wniknęła.

W skład DNA wchodzi:

reszta kwasu fosforowego,
pentoza-deoksyryboza
zasady azotowe:

Puryny:adenina, guanina (nie trzeba pamiętać wzorów, tylko nazwy )

Pirymidyny: cytozyna, tymina

DNA nie występuje jako samodzielna cząsteczka, wchodzi w skład

chromatyny.
Chromosony… nuklofilament…

Cykl komówkowy:
Interfaza: faza G1, faza S, Faza G2,
faza M: mitoza (podział jądra), cytokineza (podział cytoplazmy).
Synteza DNA= proces replikacji
mitoza, mejoza

PROCES REPLIKACJI
Jest to model semikonserwatywny (semi=połowa). Cząsteczka DNA będzie
rozkładana na dwie nici. W każdej nowo powstałej cząsteczce jest stara nic
i nowa dobudowana.
Najważniejszy enzym, który przeprowadza proces replikacji: polimeraza
DNA. Przeprowadza proces replikacji bardzo dokładnie, precyzyjnie.
Rzadko zdarzają się błędy. To, że jest dokładnym enzymem jest też wadą.
Tworzy nic, która zawsze jest skręcona w jedną stronę. Potrzebuje pomocy
by zacząć działać.

Replikon – odcinek DNA, z początkiem i końcem replikacji

Miejsce origin.
Widełki replikacyjne
helikaza – rozplata podwójną helisę
białka stabilizujące- odsuwają od siebie nici, dzięki czemu enzymy mają
możlowiść przeprowadzenia replikacji
prymaza – kolejny potrzebny enzym. Tworzy primery=stratery

Druga z nici będzie powstała z krótkich fragmentów (fragmenty okarali?)

polimeraza idzie w drugą stronę, powstaje primer,

lita nić- nić wiodąca, będzie szybciej powstawać.

Nić opóźniona
TRANSKRYPCJA – BIOSYNTEZA RNA
KWAS RNA:
-kwas zbudowany z jednej polinukleotydowej nici
-krótszy niż DNA, gdyż tylko 5% DNA podlega procesowi transkrypcji
-kwas RNA występuje jako:
• mRNA – matrycowy kwas RNA
• tRNA – transportujący kwas RNA
• rRNA – rybosomalny kwas RNA
-w stosunku do DNA występują też różnice w budowie

Budowa:

- reszta kwasu fosforowego

-pentoza – ryboza (nie trzeba pamiętać wzoru)
-zasady azotowe:
• puryny: adenina i guanina
• pirymidyny: cytozyna i uracyl

transkrypcja rozpoczyna się od rozszcepienia DNA na początku genu.

Synteza RNA zachodzi dzięki powstawaniu komplementarnych par
między nukleotydami matrycy a nicią RNA
……
Regulacja transkrypcji – czynniki transkrypcyjne (czynniki białkowe)
promotor- charakterystyczna sekwencja

czynniki transkrypcyjne:
• homoeodomena
• palce cynkowe
• suwak leucynowy

U Eucariota geny są tzw. genami podzielonym, czyli zbudowane są z

exonów i intronów.

Splicing
DNA - htr RNA - RNA

egzony są składane na różne sposoby dzięki czemu wszystkie białka mogą

być syntetyzowane.
Mięśnie szkieletowe – odpada jakiś egzon
mięśnie gładkie
wątroba
mózg

Wszystkie komórki mają ten sam zestaw genów. Możliwość składania

egzonów na różne sposoby, stąd możliwość różnicowania komórek. Różnie
składane egzony dają różne białka.
Gen – odcinek DNA podlegający procesowi transkrypcji. (takie
pytanie będzie na teście).

Zdanie: „Genem jest ten odcinek, który koduje białko” FAŁSZ

„czy można zdefiniować gen jako odcinek kodujący białko” NIE
kwas rybosomalny i transportujący one translacji nie podlegają.

Regulacja poziomu białek wewnątrz komórki. Są dwa sposoby.

Regulowanie czasu, będzie skutkowało tym, że poziom białka będzie rózny

CYTOPLAZMA
translacja – biosynteza białka
organellum, które nie posiada błony komórkowej, kwasy nukleinowe
rybosomalne
Rybosom jest składany w jąderku.
KOD GENETYCZNY:
• trójkowy (jeden aminokas jest kodowany przez 3 nukleotydy)
• zdegenerowany (jeden aminokwas jest kodowany przez kilka
kodonów. Trzy z kodonów odpadną UAA, UAG, coś tam. Kodony
różnią się ostatnim nukleotydem. W ostanim nukleotydzie może
pojawić się niezgodność.
• Uniwersalny ( u wszystkich organizmów te same kodony będą
odpowiadały za pojawienie się tego samego aminokwasu.)
• bezprzecinkowy ( między kodonami nie występują dodatkowe
nukleotydy)
• niezachodzący na siebie (każdy nukleotyd jest przypisany do
odpowiedinego kodonu)

kodony startowe: AUG

kodony terminacyjne: UUA, UAG, UGA

Tłumaczem jest cząsteczka tRNA.

Jest zbudowana z około 80 nukleotydów. Jest małą cząsteczką. Jest
zbudowany z dwóch elementów. Pętla nr1 i petla nr2. Jest tam jakiś
antykodon.

Proces translacji:
rybosom

biosynteza białka
miejsce A to jest miejsce gdie znajduje się kwas z aminokwasem
P peptydowe
E exit
Proces translacji jest prowadzony przez dużą liczbę rybosomów.
polisom/polisrybosom

koniec kwasów nukleinowych

 LIPIDY TŁUSZCZOWE

Są zróżnicowane tak jak cukry. Lipidy łączy ze sobą rozpuszczalność. Nie

rozpuszczają się w wodzie. Natomiast rozpuszczają się w organicznych
substancjach.
Podział:
• proste
◦ lipidy niehydrolizujące
▪ lipidy izoproteinowe
▪ kwasy tłuszczowe
◦ estry proste
▪ tłuszcze właściwe
▪ woski
• tłuszcze złożone
◦ fosfolipidy
◦ glikolipidy

Funkcja lipidów:
• wewnątrzkomórkowy zapas „paliwa biochemicznego”
• forma transportowa paliwa biochemicznego
• składnik strukturalny błon biologicznych
• składnik ochronny w powłokach zewnętrznych różnych organizmów,
np. w skórze kręgowców
• substancje biologiczne czynne, odgrywające, np. rolę regulatorów
procesów biochemicznych przebiegających w komórkach.
 METABOLIZM

gr. metabole = przemiana

Ogół zachodzących w komórce przemian enzymatycznych, które
umożliwiają wymianę materii i energii pomiędzy komórką, a
środowiskiem.

szlaki metaboliczne:
amfiboliczne: kataboliczne i anaboliczne

ANABOLIZM
procesy metabolizmu komórkowego, w wyniku których prostsze
substancje łączą się w związki o skomplikowanych strukturach, co
prowadzi do gromadzenia energii, produkcji nowych materiałów
komórkowych, wzrostu i różnicowania komórek.
Wymaga dostarczenia energii
Reakcje endoergiczne

KATABOLIZM
Procesy metabolizmu komórkowego polegające na rozszczepieniu dużych
cząsteczek organicznych (dostarczanych z pożywieniem lub
wewnątrzkomórkowych substancji zapasowych) do związków
drobnocząsteczkowych
Prowadzą do uwalniania energii
Reakcje egzoergiczne
 nośniki energii
ATP – adenozynotrójfosforan
GTP – guanozynotrójfosforan

równoważniki redukcyjne

FAD - dinukleotyd flawinoadeninowy (pochodna ryboflawiny – wit. B2)

NAD + - dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy (pochodna niacyny – wit.
PP)

ATP – uniwersalny nośnik energii w komórce

Powstaje w wyniku:
1. fosforylacji subsratowej (warunki beztlenowe lub tlenowe)
2. fosforylacji oksydacyjnej (warunki wyłącznie tlenowe)

MIĘŚNIE SZKIELETOWE = MIĘŚNIE POPREZCZNE PRĄŻKOWANE:

• stanowią około 40% masy ciała
• zdolne do pracy mechanicznej (produkcji siły i generowania mocy)
• ruch dowolny i utrzymanie postawy ciała
• zbudowane z różnych rodzajów włókien mięśniowych (szybko i
wolnokurczliwych)
• Są to zlane ze sobą komórki, tworzące włókna mięsniowe i raczej nie
mówi się tu o komórkach tylko o sensycjach.
Hierarchiczność budowy mięśnia poprezcznie prążkowanego
(szkieletowego)

mięsień – pęczki mięśniowe - włókna mięśniowe (miocyty) – miofibryle -

miofilamenty (tworzą sarkomer) - białka mięśniowe

Włókno mięśniowe nie ma zdolności do regeneracji – jądro nie ma

zdolności do dzielenia się.
Natomiast komórki satelitarne aktywują się i mają zdolnośc do wchozenia
w uszkodzone włókno miesniowe i dziei podziałom mogą to włókno
regenerować.
Przez ucisk lub zerwanie nerwu który unerwia mięsień zmusza się
komórki satelitarne do aktywacji.

Włókno mięśniowe powstaje przez połączeniu kilku różnych komórek.

Gładka siateczka śródplasmatyczna coś tam

Całe wnętrze włókna mięsniowego wypełnione jest aparat kurczliwym.

Skurcz i rozkurcz mięśnia.

Białka tworzą struktury poprzeczne (prążki?).
Sarkomer

Białka mieśniowe – filament gruby

miozyna
Białka mięśniowe – filament cienki:
• aktyna
• tropomiozyna
• troponina
◦ TnC – wiąże Ca+
◦ Tnl – hamuje interakcje aktyny z miozyną
◦ TnT -wiąże się z tropomiozyną

SYNAPSA NERWOWO-MIĘŚNIOWA (płytka motoryczna)

akson
neurotrasmiter – acetoholina
receptory na błonie mięśniowej
sygnał zostaje przekazany w głąb w. m.
jakieś wpuklenia T? Siateczka gładka w której znajdują się jony wapnia
uwalniane są jony wapnia