Proteom to zestaw wszystkich białek znajdujących się w organizmie, komponent białkowy

kodowany przez genom, w odróżnieniu od genomu, skład białkowy komórki ulega stałym
wahaniom w czasie oraz w przestrzeni wewnątrz komórkowej i jest odmienny w różnych typach
komórek,ekspresja białek w komórce, podobnie jak potranslacyjne modyfikacje polipeptydów
decyduje o ich końcowych właściwościach i lokalizacji, nie jest prostą funkcją ekspresji genów

proteomika – dziedzina nauki zajmująca się badaniem proteomów czyli identyfikacji, określaniem
ról i mechanizmów funkcjonowania białek oraz interakcji pomiędzy innymi białkami
Informacja zawarta w materiale genetycznym (genomie) jest niewystarczająca do pełnego
zrozumienia zjawisk zachodzących w komórce, ani do określenia zmian w składzie komórkowym
uzupełnieniem badań nad sekwencjonowaniem genomu było rozpoczęcie prac nad identyfikacją
białek

genom – transkrypcja – transkrypton – translacja,modyfikacje potranslacyjne – proteom – reakcje

enzymatyczne – metabolom

działy proteomiki:
-funkcjonalna- analiza funkcji wszystkich białek w proteomie
-jakościowa- identyfikacja białek
-strukturalna- poznanie struktury przestrzennej białek
-kliniczna- analiza zmian proteomu w czasie rozwoju choroby

technika MALDI-TOF

badania proteomiczne u roślin:

-rośliny jak wszystkie inne organizmy żywe, aby mogły wykonywać funkcje życiowe potrzebują
białek
-główne kierunki badań proteomicznych u roślin:
-pozyskanie podstawowych informacji o metabolizmie roślin
-poznanie procesów dotyczących odporności roślin na stresy środowiskowe oraz wyznaczenie
markerów przydatnych w selekcji i uzyskaniu bardziej odpornych odmian
-ocena i poprawa jakości żywności, paszy oraz innych komponentów pochodzenia roślinnego
główne rośliny modelowe: Arabidopsis thaliana, Medicago truncatula

biochemiczny przepływ informacji genetycznej:

replikacja – synteza nowych cząstek DNA
transkrypcja – proces syntezy RNA z matrycy DNA
translacja – proces syntezy polipeptydów na matrycy RNA

translacja
-proces kończący zjawisko przepływu informacji genetycznej, obejmowany definicją translacji w
rozumieniu proteomiki jest początkiem powstawania i kształtowania białek

rybosomy
-struktury białkowo-nukleinowe złożone z 2 podjednostek
-są miejscem grupującym składniki uczestniczące w biosyntezie białka
-struktury stanowiące środowisko kontrolujące oddziaływanie pomiędzy mRNA i aminoacylo-
tRNA
-ogromne kompleksy enzymatyczne o złożonej strukturze prowadzące reakcje tworzenia wiązań
peptydowych w oparciu o matrycę mRNA
-współdziałając z cytoplazmatycznymi, pomocniczymi czynnikami białkowymi umożliwiają
zaistnienie całej gamy aktywności potrzebnych do syntezy polipeptydu
synteza białek w organellach – podobnie jak u prokariota biosynteza białek zachodzi w oparciu o
zespoły genowe (operon), sam proces zachodzi przy użyciu 2 różnych polimeraz RNA, przy czym
jedna z nich jest syntetyzowana w organelli, a druga syntetyzowana w oparciu o genom jądrowy i
transportowane z cytoplazmy do organelli. Powstające w oparciu o operon transkrypty podlegają

-aminokwasy – związki organiczne zawierające w swojej cząsteczce grupę aminową i

karboksylową, podstawowy składnik białek
-peptydy – związki powstałe przez połączenie dwóch lub więcej aminokwasów za pomocą wiązań
peptydowych
-białka – związki złożone co najmniej z 100 aminokwasów, 10 kDa, każdy łańcuch polipeptydowy
który może ulec pofałdowaniu będzie pełnił swoją funkcję

aminokwasy posiadają co najmniej jedną grupę aminową oraz karboksylową, ponadto mogą
zawierać dodatkowo inne dodatki

podziały aminokwasów:
-budowa reszty aminokwasowej:
1.aminokwasy z łańcuchem alifatycznym i hydrofobością zwiększającą się wraz z wydłużaniem się
łańcucha
2. alkoholowa lub siarka
3. z podstawnikiem cyklicznym bądź aromatycznym
4. aminokwasy z ładunkiem dodatnim
5. z podstawnikami karboksylowymi zazwyczaj mają ładunek ujemny
-białkowe i niebiałkowe
-rodziny bioenergetyczne
-endogenne wytwarzane w organizmie – Ala,Asn,Cys,Gly,Gln,Asp i egzogenne dostarczane z
zewnątrz – Leu,Ile,Val,Tyr,Phe,Trp

Aminokwasy białkowe – aminokwasy biorące udział w procesie biosyntezy białek, prowadzącego

do powstania wiązania peptydowego, jest ich łącznie 20 kanonicznych (22* niekanoniczne)

*selenocysteina i pirolizyna – alternatywne kodowanie UGA w obecności sekwencji SECIS oraz

klastra genowego pylTSBCD

Aminokwasy niebiałkowe występują w stanie wolnym lub w strukturze białek ale nie są
wbudowywane w strukturę białek podczas procesu translacyjnego – występują w stanie wolnym
(ornityna i cytrulina itp.) lub w postaci peptydów ( hydrokyprolina – HYP, kwas
karboksyglutaminowy – GLA). Jest ich kilkaset i pełnią różnorodne funkcje. Głównym źródłem są
rośliny

Rodziny aminokwasów:
-glutaminianowa substrat 2 -oksoglutaran np. Glu,Arg
-asparaginianowa substrat szczawiooctan np. Asp,Thr
-pirogronianowa substrat pirogronian np. Val.Leu
-szikimianowa substrat 4-P-erytroza np. Tyr,Phe
-serynowa substrat kwas 3-fosfoglicerynowy np. Ser,Cys

Funkcje aminokwasów:
-budulcowa: strukturalna, enzymatyczna
-substancje osmotycznie czynną oraz osmoprotektanty syntetyzowane w roślinach w odpowiedzi na
suszę, zasolenie, metale ciężkie (prolina, pochodne glicyny)
-funkcje cząsteczek sygnałowych przekazujących informację wewnątrzkomórkowe (transdukcja
sygnału) np. Seryna w tkankach intensywnie dzielących – merystemach
-regulacja kiełkowania nasion i architektury korzeni (glutamina)

Proteazy- enzym używany do cięcia wiązań peptydowych

Funkcje peptydów
-w organizmach żywych występują liczne związki o charakterze peptydów, które pełnią funkcję
m.in:
- koenzymów amino-acylo-CoA
- hormonów
- antybiotyków – polimiksyna, gramicydyna
- trucizn roślin – laktyny możliwości wiązania węglowodanów przez co może blokować
wchłanianie ich, defensyny najwięcej w neutrofilach
Przykłady:
-glutation – najbardziej znany peptyd, biologiczny przenośnik elektronów, koenzym w procesie
przemiany metyloglioksalu do kwasu mlekowego
-insulina – hormon obniżający poziom cukru we krwi, stoi na pograniczu polipeptydów i białek

Białka – wielkocząsteczkowe związki organiczne, zbudowane z aminokwasów połączonych ze sobą

wiązaniami peptydowymi

W polipeptydach od strony grupy karboksylowej to koniec C, a od strony amonowej to koniec N i

aminokwasy są czytane od końca N do końca C, glikozylofostatydyloinozytol służy do
zakotwiczania białka błonowoego w dwuwarstwie lipidowej

Zasada końca N – określa okres półtrwania białka metionina, glicyna, alanina decydują że
polipeptyd będzie miał okres 30 godzin

Wiązanie peptydowe zapobiega rotacji wokół własnej osi i jest podobnie silnie jak podwójne
wiązanie, i jest zawsze w pozycji trans

Podział białek
Ze względu na kształt:
-fibrylarne – nierozpuszczalne w roztworach soli, ich łańcuchy polipeptydowe tworzą długie
włókienka, należą tutaj białka tkanki łącznej zwierząt takie jak kolagen, keratyna,elastyna,miozyna,
duży udział aminokwasów proliny i hydroksyproliny
-globularne – rozpuszczalne w wodzie, rozcieńczonych roztworach soli, ich cząsteczki mają kształt
kulisty lub elipsoidalny, należą do nich: albuminy i globuliny (obojętne), prolaminy i gluteiny
(kwaśne), histony i protaminy (zasadowe), większość białek u roślin to białka globularne
Ze względu na budowę chemiczną:
-proste – zbudowane wyłącznie z aminokwasów
-złożone – białka zawierające obok aminokwasów nieorganiczną lub organiczną część niebiałkową
zwaną grupą prostetyczną:
- glikoproteiny - cukry obojętne,aminocukry
- lipoproteiny - tracyloglicerole,fosfolipidy
- metaloproteiny - jony metali
- chromoproteiny - związek barwny
- fosfoproteiny - reszta kwasu ortofosforowego

Poziomy struktury organizacji białek I:

Struktura pierwszorzędowa – określa rodzaj i sekwencje w łańcuchu polipeptydowym, struktura
hierarchiczna białek, bardzo ważna

Struktura drugorzędowa – opisuje wzajemne przestrzenne ułożenie reszt aminokwasowych

sąsiadujących ze sobą w sekwencji liniowej:
α – helisa – powstaje spontanicznie
β – harmonijka – oddziaływanie linii równoległych i antyrównoległych, zakręt beta gdzie
polipeptyd zakręca o 180ᵒ

struktura trzeciorzędowa – odnosi się do powiązań przestrzennych i wzajemnego ułożenia reszt

aminokwasowych, oddalonych od siebie sekwencji linowej
oddziaływanie elektrostatyczne odpowiadające za utrzymanie struktury 3 rzędowej mają średnią
moc, mosty di siarczkowe połączenie pomiędzy resztami wodorosiarkowymi podczas którego
dochodzi do utlenienia wodoru do wody i powstaje połączenie pomiędzy siarką oddziaływania
mocne, oddziaływania hydrofobowe są najsłabsze, odpowiada za powstawanie białek globularnych

struktura czwartorzędowe – dotyczy białek składających się z więcej niż jednego łańcucha
polipeptydowego, opisuje wzajemne ułożenie przestrzenne podjednostek i rodzaj ich kontaktu

DTT – redukcja mostków di siarczkowych

SDS – dodecylosiarczan sodu – detergent jonowy – powoduje zerwanie mostków wodorowych i
wypłaszcza polipeptyd co ułatwia przepływ przez żel w elektroforezie

funkcje biologiczne białek

-enzymatyczne – katalizatory reakcji biochemicznych
-transportowe – wymiana jonów i drobnocząsteczkowych metabolitów ze środowiskiem
zewnątrzkomórkowych i pomiędzy przedziałami wewnątrzkomórkowymi
-receptorowe i transdukcyjne – odbieranie, wytwarzanie i przekazywanie sygnałów fizycznych i
chemicznych
-strukturalne – tworzenie struktur komórkowych
-białka opiekuńcze (chaperony) – pomagają w uzyskaniu funkcjonalnego białka, są odpowiedzialne
za prawidłowe fałdowanie cząsteczek innych białek

koagulacja
-białka rozpuszczalne dają w środowisku wodnym w komórce roztwory koloidalne (np.
cytoplazma, stroma chloroplastu)
-cząsteczki białek ulegają uwodnieniu, wskutek czego wzrasta lepkość roztworu i obniża się
napięcie powierzchniowe
-roztwory koloidalne mogą występować w formie płynnej jak zole i w formie elastycznego ciała
stałego jako żele
-przechodzenie zolu w żel zależy od stężenie koloidu oraz temperatury układu. Jest to proces
odwracalny

koagulacja – proces łączenia się cząsteczek koloidu w większe zespoły w wyniku czego następuje
ich opadanie, wywołane siłą ciężkości, i wytrącenie w postaci osadu

peptyzacja – zjawisko przechodzenia osadu koloidalnego lub żelu w koloid (odwrotność koagulacji)

wysalanie
-białka rozpuszczone w wodzie można wytrącić przez dodanie obojętnych soli. Wysalanie jest -
procesem odwracalnym
-osad wytrąconego białka rozpuszcza się ponownie po dodaniu wody
-do wysalania używa się soli, których jony dają hydraty wiążąc wodę
-stężenie soli do wysalania białka zależy od natury danego białka i jego pH środowiska
-w nasyconym roztworze siarczanu amonowego wszystkie białka i polipeptydy stają się
rozpuszczalne
-zmieniając stopień nasycenia roztworu siarczanu amonowego można rozdzielać poszczególne
białka
-białka z roztworu można wytrącać również odwracalnie z acetonem lub alkoholem, jeżeli
odczynniki te działają krótko i w niskiej temperaturze
-w wyższej temperaturze i przy dłuższym działaniu alkohol denaturuje białko i wytrącenie jest już
nieodwracalne

denaturacja białek – uszkodzenie struktury drugo-, trzecio- lub czwartorzędowej białek, zachodzące
pod wpływem czynników fizycznych i chemicznych, prowadzące do utraty rozpuszczalności i
właściwości biologicznych przez białka
-łańcuchy polipeptydowe ulegają pofałdowaniu wskutek przerwania wiązań
wewnątrzcząsteczkowych
-przy tym grupy -SH (i inne), znajdujące się wewnątrz cząsteczki zostają uwolnione i mogą łączyć
cząsteczki w duże nierozpuszczalne agregaty

czynniki chemiczne:
a) aceton
b) alkohol
c) detergenty
d) zasady
e) kwasy
f) sole metali ciężkich

czynniki fizyczne
a) ultradźwięki
b) wytrząsanie
c) temperatura

punkt izoelektryczny
-białka w roztworze wodnym posiadają ładunek elektryczny, będący wypadkową łańcuchów
poszczególnych aminokwasów budujących łańcuch polipeptydowy
- dla każdego białka istnieje takie pH, w którym jon białkowy nie wędruje w polu elektrycznym
- takie pH nazywane jest punktem izoelektrycznym
- w punkcie tym jon białkowy nie wykazuje obecności ładunku, ponieważ dysocjacja grup
kwasowych jest zrównoważona przez dysocjację grup zasadowych

punkt izoelektryczny aminokwasu – wartość pH, w której aminokwas istnieje w roztworze głównie
w formie jonu obojnaczego, a stężenia formy aminowej i kationowej są sobie równe określa się jako
punkt izoelektryczny

reakcja biuretowa
- białka w środowisku zasadowym tworzą z jonami miedzi fioletowo – czerwone kompleksy
- intensywność zabarwienia zależy od liczby wiązań peptydowych
- reakcja biuretowa może być wykorzystywana do kolorymetrycznego oznaczania stężenia białek w
roztworach

reakcje z błękitem kumasyny

- białka tworzą kompleksy barwne pomiędzy barwnikiem, a białkiem
- kompleks białko-barwnik powoduje przesunięcie maksimum absorpcji barwnika z 465 do 595 nm
- intensywność zabarwienia zależy od liczby wiązań peptydowych
- wzorzec – BSA. Liniowa zależność absorbancji od stężenia leży w zakresie 0,1 – 0,4 mg
białka/mL

reakcja ksantoproteinowa
- uwarunkowana jest obecnością w cząsteczce białka aminokwasów zawierających pierścień
aromatyczny (tryptofan, tyrozyna, fenyloalanina)
- pod wpływem st. HNO3 zachodzi nitrowanie pierścienia benzenowego
- w wyniku tej reakcji powstaje połączenie nitrowe o żółtej barwie

białka opiekuńcze (chaperony) – pomagają w uzyskaniu funkcjonalnego białka, są odpowiedzialne

za prawidłowe fałdowanie cząsteczek innych białek
- uczestniczą w utrzymaniu homeostazy w organizmach żywych, zarówno w optymalnych jak i
niekorzystnych warunkach
- jedna z rodzin chaperonów to białka szoku cieplnego (HSP)

rola białek opiekuńczych

- asystują przy replikacji i transkrypcji DNA
- asystują przy prawidłowym fałdowaniu się nowych białek i ich transporcie do organelli
- umożliwiają funkcjonowanie tzw. kompleksów MHC odpowiedzialnych za prawidłowe reakcje
układu odpornościowego
- uczestniczą w wydzielaniu białek poza komórkę i transporcie substancji do jej wnętrza
- asystują przy rozbijaniu agregatów białkowych, aktywacji receptorów i degradacji białek

białka szoku cieplnego (HSP)

- grupa białek, których ekspresja wzrasta pod wpływem czynników stresowych, m.in. zbyt
wysokiej/niskiej temperatury, stresu solnego, osmotyczne, metali ciężkich itp.
- większość HSP to „molekularni opiekunowie”, którzy wiążą i stabilizują powstające białka oraz
asystują w procesach ich syntezy

charakterystyka HSP
- część HSP jest produkowana w komórce cały czas.
- białka opiekuńcze występują we wszystkich dotychczas poznanych organizmach eukariotycznych
i prokariotycznych
- konserwatywny typ białek, który w czasie ewolucji organizmów nie uległ zmianom
- podobne czynniki stresowe w różnych organizmach mogą wywołać efekt o bardzo różnym
natężeniu

białka HSP
a) HSP 100
b) HSP 90
c) HSP 70
d) HSP 60
e) sHSP

rodzina HSP 70
- najliczniejsza i najlepiej poznana rodzina białek HSP
- masa cząsteczkowa 70 kDa
- przykładowe ko-chaperony: HSP40 (DnaJ) i GrpE
- najbardziej konserwatywna struktura
- zależne od ATP
rola HSP 70
- w warunkach naturalnych:
1) stabilizacja nowo powstających białek
2) przeciwdziałanie niewłaściwemu, spontanicznemu fałdowaniu oraz agregacji białek
3) wewnątrzkomórkowa translokacja białka
4) import białek do organelli
- w warunkach stresowych:
1) asystowanie w procesie ponownego fałdowania się białek
2) kierowanie niestabilnych białek do proteosomów

struktura HSP 70
- N – końcowa domena ATPazy
masa cząsteczkowa 45 kDa
65% homologii sekwencji
- C – końcowa wiążąca substrat
masa cząsteczkowa 25 kDa
43% homologii sekwencji

rodzina HSP 60
- jedno z pierwszych zidentyfikowanych białek opiekuńczych
- masa cząsteczkowa 60 kDa
- funkcje rodziny HSP 60 i 70 częściowo się pokrywają, ale ich struktura i mechanizmy działania są
różne
- pełnią kluczową rolę w fałdowaniu nowo syntetyzowanych oraz translokowanych do organelli
łańcuchów polipeptydowych
- zależne od ATP

GroEL i GroES
- najlepiej scharakteryzowanym białkiem HSP60 jest GroEL występujący u E. Coli
- homologi HSP 60 podobne do GroEL zostały znalezione w mitochondrium i chloroplastach
komórek roślinnych, ale nie w cytozolu

struktura kompleksu GroEL i GroES

- GroES
- GroEL
- domena wierzchołkowa
- domena pośrednia
- domena dolna

rodzina HSP 90
- należy do najbardziej rozpowszechnionych białek w komórkach – stanowi 1-2% całkowitego
białka komórkowego
- masa cząsteczkowa 90 kDa
- zależne od ATP
- współpracuje razem z HSP 70 i innymi co-chaperonami, w tym m.in. Hip (białko oddziałujące z
HSP 70), czy HSP 40 (DnaJ)
- większość jego substratów to białka regulujące transdukcję sygnałów (receptory hormonów
steroidowych czy kinazy sygnalizacyjne)

rola HSP 90
- zarządzanie fałdowaniem białek
- asystowanie w procesie transdukcji sygnału, kontrolowanie cyklu komórkowego
- uczestnictwo w procesie degradacji i transportu białek
- adaptacja do stresu cieplnego u Drosophila i Arabidopsis
- asystowanie w procesie składania proteasomu oraz w procesach jego konserwacji
u Arabidopsis jego ekspresja wzrasta w odpowiedzi na zbyt wysoką i niską temperaturę, metale
ciężkie, stres solny

rodzina hsp 100

-członokowie dużej rodziny AAA ATP-az
-białka hsp100 są zazwyczaj pierścieniami heksamerycznymi
-masa 100 kDa
-Uczestniczą w procesie dezagregacji białek i/lub ich degradacji
-współpracują z hsp70 pełnią podwójną opiekuńczą i regulacyjną funkcje
-poziom ich ekspresji wzrasta wskutek pojawienia się stresów środowiskowych, takich jak: stres
cieplny, suszy, solny, świetlny

rodzina niskocząsteczkaowych hsp (shsp)

-białka opiekuńcze o małej masie cząsteczkowej 12-40 kDa
-najbardziej rozpowszechnione w roślinach
-zróżnicowane pod względem podobieństwa sekwencji,lokalizacji i pełnionych funkcji
komórkowych
-są syntetyzowane wszechobecnie w komórkach prokariotycznych i eukariotycznych w warunkach
stresowych
-ekspresja wzrasta w określonych fazach rozwoju
-nie funkcjonują samodzielnie

transport białek
-nowo powstające białka trafiają do wielu przedziałów komórkowych
-proces translacji odbywa się w cytoplazmie
-białka kierowane są następnie do jądra komórkowego, mitochondriów, plastydów,
peroksysowmów i retikulum endoplasmatycznego

białka:cytoplazmatyczne,jądrowe,mitochondrialne,plastydów,peroksysomów - uwalnianie do
cytoplazmy, transport potranslacyjny
białka:ER.golgiego,błony komórkowej,wydzielnicze,lizosomów - przechodzą do ER,transport
kotranslacyjny

główne ścieżki importu białek do organelli

-transport jądrowo-cytoplazmatayczny przez pory jądrowe oraz ulokowane w nich jądrowe
kompleksy porowe
-transport z udziałem pęcherzyków z ER do golgiego,endosomów,lizosomów oraz z jednego
przedziału systemu błon wewnętrznych do przedziału drugiego
-transport do ER z organelli endosymbiotycznych poprzez umieszczony w błonie zespół białek
kanałowych tworzących translokon

hipoteza sygnałowa
-sekwencja sygnałowa (peptyd sygnałowy) - sekwencja aminokwasów odpowiedzialna za
kierowanie białka do odpowiedniego przedziału komórkowego
-sekwencja sygnałowa syntetyzowana jest jako pierwsza w łańcuchu polipeptydowym i
zlokalizowana przy N-końcu białka

transport białek w ER jest na zdjęciach na fonie

transport białek do mitochondriów i chloroplastów
-znaczna liczba białek mitochondrialnych i chloroplastowych powstaje na wolnych rybosomach w
cytoplazmie i zostaje uwolniona do cytozolu
-wprowadzenie białka do matrix mitochondrailanego i stromy chloroplastu wymaga obecności
sekwencji sygnałowej białka
-translokacja zachodzi najczęściej w miejscach, w których wewnętrzna i zewnętrzna błona organelli
stykają się ze sobą
-białka transportowe są w stanie niesfałdownym, a proces przebiega z udziałem białek hsp 70 i hsp
90 (analogi SRP)

modyfikacje potranslacyjne – szereg różnych przemian, mających na celu biochemiczną edycję...

rodzaje:
-obróbka proteolityczna
-N-acetylacja,metylacja,formylacja
-S-nitrozylacja
-glikozylacja
-hydroksylacja
-fosforylacja,defosforylacja
-dołączenie lipidów i metali
-polirybozylacja
-ubikwitynacja
-sumoilacja

podział modyfikacji potranslacyjnych

-odwracalne modyfikacje regulujące aktywność oraz funkcję białka, np. fosforylacja,acetylacja
-nieodwracalne modyfikacje, które warunkują natywną, funkcjonalną strukturę białka, np.
przyłączenie hemu do białkowego łańcucha cytochromu
-nieodwracalne modyfikacje prowadzące do degradacji białka np. ubikwitynacja

obróbka proteolityczna:
-proteoliza – rozpad białek na mniejsze polipeptydy lub aminokwasy, zwykle katalizowany przy
udziale enzymów komórkowych zwanych proteazami
-może również zachodzić w wyniku trawienia wewnątrzcząsteczkowego
-jest niezbędna do regulacji i funkcjonowania procesów komórkowych
-jej efektem może być:
>całkowita hydroliza łańcuchów polipeptydowych -proteoliza całkowita
>usunięcie niektórych sekwencji aminokwasowych – ograniczona proteoliza

znaczenie proteolizy:
obróbka proteolityczna jest procesem który:
-umożliwia przyswajanie białek z pokarmu w przewodzie pokarmowym
-aktywuje nowo zsyntetyzowane białka
-zapobieganie gromadzeniu się w komórkach niepożądanych lub nieprawidłowo sfałdowanych
białek w tym białek które nie są potrzebne
-reguluje niektóre procesy fizjologiczne i komórkowe np. proces apoptozy,regulacja odpowiedzi
roślin na stres
-zastosowanie w badaniach proteomicznych

ograniczona obróbka proteolityczna

-aktywacja białka poprzez usunięcie zbędnych fragmentów
-usunięcie pierwszych podstawników
-usunięcie sekwencji liderowych (peptydów sygnałowych)
-splicing polipeptydowy

proteazy – enzymy hydrolityczne przeprowadzające reakcje w wyniku której rozerwane zostaje

wiązanie peptydowe
-niekatalizowana hydroliza wiązań peptydowych jest bardzo powolna i trwa setki lat
proteazy (peptydazy)
-endopeptydazy (proteinazy)
-egzopeptydazy: aminopeptyzady, karboksypeptydazy

budowa centrum katalitycznego

-proteazy serynowe
-proteazy cysteinowe
-proteazy asparytylowe
-metalo-proteinazy
-proteazy glutaminowe
-peptydazy treoninowe

degradacja białek
-ma na celu programowny, enzymatyczny rozkład zbędnych dla komórki lub uszkodzonych białek,
albo recykling komórkowy budujących je składników
-białka przeznaczone do likwidacji znakowane są ubikwityną niskocząsteczkowe białko (MW 8.6
kDa) złożone z 76 aminokwasów, przyłączającą się do struktury białka (ubikwitynacja)
-by wzmocnić działanie przyłączane są liczne cząsteczki (nawet do 100)
-tak zaznaczone białko kierowane jest do proteosomu.

Proteosom – wielkocząsteczkowy kompleks enzymatyczny (2MDa) w kształcie cylindra który

można określić mianem komórkowej „maszynki do mielenia śmieci” uruchamiany przez
ubikwitynę
-białko rozpada się w nim na pojedyncze aminokwasy które posłużą do budowy nowych
polipeptydów

glikozylacja białek – potranslacyjna modyfikacja polegająca na kowalencyjnym przyłączeniu reszty

cukru do białka
-jedna z najpowszechniejszych modifikacji której ulega większość białek syntetyzowanych przez
rybosomy na RER
typy oligosacharydów związanych z białkiem:
>związane O-glikozydowo
>związane N-glikozydowo

fosforylacja i defosforylacja
fosforylacja – potranslacyjna modyfikacja polegająca na przyłączeniu do białka reszty fosforanowej
katalizowaną przez rodzinę enzymów zwanych kinazami białkowymi. Jest procesem odwracalnym
defosforylacja – proces odwrotny do fosforylacji polegający na odszczepieniu reszty fosforanowej
od cząsteczki białka. Enzymami odpowiedzialnymi za ten proces są fosfatazy alkaliczne i kwasowe.

Znaczenie procesów
-fundamentalna rola w większości ścieżek sygnałowych
-mają one znaczenie między innymi w degradacji i stabilizacji białek ich lokalizacji komórkowej a
także w oddziaływaniach zachodzących między nimi
-mechanizm regulujący wydajność reakcji świetlnych procesu fotosyntezy
-rola fotoprotekcyjna
-ochrona białek rdzeniowych PSII
N-metylacja,-acetylacja,-formylacja
-dołączenie grupy metylowej
-dołączenie grupy acetylowej
-dołączenie grupy formylowej

S-nitrozylacja – modyfikacja potranslacyjna białek polegających na kowalencyjnym przyłączeniu

tlenku azotu do grupy tiolowej w cysteinie prowadząca do powstania SNO-białka
-wpływa na szeroki zakres parametrów funkcjonalnych białek
-jeden z podstawowych mechanizmów sygnalizacji komórkowej oraz regulujący stężenie NO w
komórkach
-precyzyjnie ukierunkowana odwracalna ogranicznona czasowo i konieczna dla szerokiego zakresu
odpowiedzi komórkowych