BIOSYNTEZA BIAŁKA.

REGULACJA EKSPRESJI GENU

Joanna Sulej, Julita Smolarz

Kod genetyczny – czym jest ?
 Kod genetyczny – reguła,
według której informacja
genetyczna, zawarta w
sekwencji nukleotydów kwasu
nukleinowego (DNA lub RNA),
w komórkach wszystkich
organizmów może ulegać
„tłumaczeniu” na kolejność
aminokwasów w ich białkach
w procesie biosyntezy białek
(a konkretnie transkrypcji i
translacji).
Cechy kody genetycznego
 Trójkowy – trzy leżące obok siebie nukleotydy tworzą podstawową
jednostkę informacyjną (triplet, inaczej kodon).
 Niezachodzący – kodony nie zachodzą na siebie.
 Bezprzecinkowy – każdy nukleotyd w obrębie sekwencji
kodujących wchodzi w skład jakiegoś kodonu, więc pomiędzy
kodonami nie ma zasad bez znaczenia dla translacji.
 Zdegenerowany – różne kodony (różniące się na ogół tylko trzecim
nukleotydem) mogą kodować ten sam aminokwas
 Jednoznaczny – danej trójce nukleotydów w DNA lub RNA
odpowiada zawsze tylko jeden aminokwas.
 Kolinearny – kolejność ułożenia aminokwasów w białku jest
wiernym odzwierciedleniem ułożenia odpowiednich kodonów na
matrycowym RNA (mRNA).
 Uniwersalny – powyższe zasady są przestrzegane dość dokładnie
przez układy biosyntezy białek u wszystkich organizmów,
jakkolwiek zdarzają się niewielkie odstępstwa od tej prawidłowości
wśród wirusów, bakterii, pierwotniaków, grzybów i w mitochondriach
 Czym jest biosynteza białka ?
 Biosynteza jak sama nazwa mówi jest
procesem prowadzącym do
wytworzenia cząsteczek białka. Proces
ten zachodzi we wszystkich żywych
komórkach, a także jest możliwy do
przeprowadzenia in vitro.
 Biosynteza białka może być rozumiana
jako pełny proces w którym informacja
zapisana w sekwencji DNA jest w
procesie transkrypcji przepisywana na
cząsteczki RNA, a powstałe w ten
sposób cząsteczki RNA są
wykorzystywane przez rybosomy jako
źródło informacji potrzebnej do syntezy
białka w procesie translacji..
Etapy biosyntezy
 Etap I to transkrypcja odpowiedniego odcinka DNA, która polega
na syntezie RNA na matrycy określonego odcinka DNA przy
udziale polimerazy RNA. RNA powstały w wyniku transkrypcji,
zawierający informacje dla syntezy białek, zwany jest mRNA.
Przenosi on transkrybowaną informację genetyczną z jądra do
cytoplazmy. Tutaj dochodzi do modyfikacji mRNA.
 Etap II to translacja Znajdujące się w cytoplazmie aminokwasy są
przenoszone na rybosomy za pomocą tRNA. Cząsteczki tRNA z
doczepionymi aminokwasami przedostają się do rybosomów i
kolejno dopasowują się, na zasadzie komplementarności, swoimi
antykodonami do odpowiednich kodonów mRNA.
 Translacja zaczyna się od kodonu startowego, zapewniającego
dalsze odczytywanie mRNA we właściwej kolejności - najczęściej
jest to kodon AUG lub GUG, a kończy się kodonem
symbolizującym ostatni aminokwas)
Schemat
Budowa i przykład procaryota – E.Coli
Dwa typy biosyntezy - procaryota
 proces transkrypcji oraz translacji zachodzą w
cytoplazmie komórki.
 U organizmów tych nie występuje proces splicingu,
tak więc mRNA powstające w wyniku transkrypcji
może być natychmiast wykorzystane przez rybosomy
w procesie translacji.
 Rybosomy Procaryota zaczynają zwykle translację
nici mRNA, która jeszcze nie została do końca
zsyntetyzowana – trwa jeszcze proces transkrypcji.
 Tak więc u organizmów prokariotycznych procesy
transkrypcji i translacji nie są rozdzielone w czasie ani
przestrzeni.
 Biosynteza - Eucaryota
 U organizmów eukariotycznych proces
transkrypcji odbywa się w jądrze
komórkowym.
 Powstałe cząsteczki RNA są nazywane
pre-mRNA. Pre-mRNA jest zwykle
poddawane procesowi splicingu.
 Do cząsteczek RNA dołączana jest tak
zwana czapeczka (czyli nukleozyd 7-
metyloguanozyna), struktura ta jest
konieczna do rozpoczęcia translacji.
 Białkiem bezpośrednio odpowiedzialnym
za rozpoznanie kapu (czapeczki) jest
czynnik inicjujący translację EIF-4E.
 Powstałe cząsteczki mRNA są
eksportowane do cytoplazmy komórki. W
cytoplazmie mRNA jest używany przez
rybosomy, jako matryca w procesie
translacji.
Biosynteza kolagenu
1. Synteza na retikulum śródplazmatycznym szorstkim
 Pierwsze łańcuchy alfa-kolagenu mają postać preprokolagenu. Przedrostek "pre"
w tej nomenklaturze odnosi się do peptydowych sekwencji sygnałowych, które
kierują translacją mRNA alfa-łańcucha na RE.
2. Potranslacyjna obróbka wewnątrz RE
Następuje usuniecie peptydu sygnałowego (przez enzym peptydazę
sygnałową). Zmienia to preprokolagenową postać łańcuchów alfa w strukturę
prokolagenu.
 Następnym etapem jest hydroksylacja reszt proliny i lizyny. Potrzebne do tego są
trzy enzymy: Hydroksylaza lizyny ,Prolilo-4-hydroksylaza Prolilo-3-hydroksylaza
.Opisane reakcje wymagają jonów Fe2+ , kwasu askorbinowego, tlenu i alfa-
ketoglutaranu
 Oprócz reakcji hydroksylacji, utworzenie stabilnej potrójnen helisy wymaga
glikozylacji.Dalej następuje tworzenie wiązań disiarczkowych miedzy- i
wewnątrzłańcuchowych w celu prawidłowego dopasowania do siebie łańcuchów
alfa przed uformowaniem potrójnej helisy.
Po uformowaniu superhelisy prokolagen jest transportowany do aparatu
Golgiego, gdzie zachodzi ostateczna O-glikozylacja, po czym cząsteczki
prokolagenu są pakowane do pęcherzyków transportowych i
transportowane poza komórkę.
3. Obróbka pozakomórkowa
Podczas sekrecji prokolagenu, N- i C- końcowe propeptydy są usuwane
przez peptydazy prokolagenowe z utworzeniem tropokolagenu. Nowo
utworzona cząsteczka tropokolagenu sama agreguje, tworząc włókienka.
Każdy tropokolagen asocjuje równolegle, otoczony w koło czterema
innymi tropokolagenami, tworząc kolagenowe włókienko, które razem
tworzą włókna kolagenu.
4. Dojrzewanie
Wewnątrz- i międzycząsteczkowe usieciowanie tropokolagenu tworzy się
z czasem, co powoduje powolne dojrzewanie kolagenu.
Pomiędzy aldehydami powoli tworzy się również kowalencyjne aldonowe
poprzeczne usieciowanie, które nadaje dojrzałemu kolagenowi część jego
siły rozciągania. Tworzy się ono powoli, ale w sposób ciągły podczas
całego życia, w wyniku czego kolagen zaczyna tracić część swojej
elastyczności. Jest to uboczny efekt starzenia.
Uproszczony schemat syntezy
Biosynteza elastyny
 Elastyna
 Cząsteczki elastyny są
wydzielane przez fibroblasty
do przestrzeni
pozakomórkowej.
 Nieusieciowana (niedojrzała)
forma elastyny to
tropoelastyna.
 Łańcuchy polipeptydowe
elastyny łączą się ze sobą za
pomocą wiązań pomiędzy
resztami lizyny (katalizuje
oksydaza lizylowa) w
sąsiadujących cząsteczkach
elastyny w elastyczną sieć.
 Biosynteza keratyny
 Keratyny są białkami
hydrofobowymi, o wysokiej
odporności na czynniki fizyczne
i chemiczne.
 Białka keratynowe cechują się
wysoką zawartością
aminokwasów siarkowych:
cysteina (17%) metionina
(0,5%)
 Cytokeratyny stanowią
największą i najbardziej
zróżnicowaną grupę filamentów
pośrednich, wchodzącą w skład
cytoszkieletu komórkowego.
Keratyna
 Podjednostki keratyn zbudowane są według wspólnego
planu. Wyróżnia się w nich alfa-helisową domenę centralną
oraz globularne domeny N- i C- terminalne.
 Domena centralna, mająca wysoce konserwatywny
charakter, składa się z 310-315 reszt aminokwasowych.
Domeny N- i C-terminalne cytokeratyn liczą od 15 do 30
reszt.
 Podjednostki keratyn asocjując w struktury wyższego rzędu
tworzą kolejno: dimery, protofilamenty, protofibryle, a w końcu
filamenty pośrednie.
 W przeciwieństwie do cytokeratyn, keratyny "twarde" są
strukturami dwufazowymi, w których włókna keratyny są
zatopione w bezpostaciowej macierzy zbudowanej z białek o
dużej zawartości siarki.
Budowa keratyny
Regulacja ekspresji genu
 Gen to odcinek DNA, który podlega transkrypcji. Składa się z
sekwencji nietranskrybowanej, regulatorowej – promotora
oraz sekwencji nukleotydów podlegającej transkrypcji.
 Wymienia się 3 rodzaje genów: geny kodujące mRNA, geny
kodujące tRNA i geny kodujące rRNA. Zakodowane w mRNA
białka ulegają syntezie w procesie translacji, a następnie
biorą udział w kształtowaniu cech fenotypowych organizmu.
 Komórki eukariotyczne posiadają geny zlokalizowane w
chromosomach. Znajdują się w jądrze komórkowym, a także
w cząsteczkach nagiego DNA w mitochondriach i plastydach.
 Komórki prokariotyczne mają geny zlokalizowane na
genoforze i plazmidach.
Porównanie ekspresji genowej
Procaryota Eucaryota

1) Geny niepodzielone - operator - 1) Geny podzielone

sekwencja regulatorowa
2) Transkrypcja i translacja są
2) nie ma rozdzielenia czasowego i rozdzielone w czasie i przestrzeni
przestrzennego między transkrypcją i
translacją
3) Brak promotorów; jeden promotor
obsługuje jeden gen; każdy gen
3) Geny zebrane w operony; jeden regulowany indywidualnie
promotor obsługuje wiele genów
 Ekspresja Eucaryota
 W komórkach eukariotycznych funkcjonują tzw. geny podzielone. Posiadają
one fragmenty kodujące – egzony, a pomiędzy nimi są fragmenty
niekodujące – introny. Po transkrypcji introny ulegają wycięciu, czyli
splicingowi. Geny w komórkach prokariotycznych nie uległy podzieleniu.

 Komórki eukariotyczne posiadają także operony. Są to zespoły genów

obsługiwane przez jeden promotor. Dlatego w wyniki transkrypcji powstają
transkrypty wielogenowe. Dzięki temu syntetyzowane jest kilka rodzajów
białek z udziałem jednego promotora. W komórkach eukariotycznych
powstają jednogenowe transkrypty, ponieważ każdy gen ma swój własny
promotor. Zatem syntetyzowany jest tylko jeden określony rodzaj białka.
 Najważniejsza kontrola ekspresji genu ma miejsce na poziomie
transkrypcji (inicjacja!). W komórkach eukariotycznych sposobem regulacji
ekspresji genów jest występowanie specjalnych białek, które mogą
hamować lub pobudzać proces transkrypcji genów (silencery lub
enhancery).
Ekspresja Procaryota - Operony
Bibliografia
 Biochemia Harpera - Autorzy: Robert Murray,
Daryl Granner, Victor Rodwell  
 Podstawy biochemii – Jerzy Kączkowski
 www.wikipedia.pl
 www.biologia.net.pl