Chủ đề bài báo cáo: Siêu nhiễm trùng ở bệnh nhân Covid-19

Báo cáo viên: Phạm Hồng Nhung

Địa chỉ email: hongnhung@hmu.edu.vn

Quốc gia: Việt Nam

Đơn vị công tác: Đại học Y Hà Nội, Bệnh viện Bạch Mai
Chuyên ngành: Vi sinh

Tham gia đào tạo Đại học và sau đại học: Đại học Y Hà Nội

Tham gia biên soạn sách: Vi khuẩn y học, Vi sinh – Ký sinh trùng lâm sàng, Kháng
sinh trong hồi sức tích cực, hướng dẫn thực hành xét nghiệm lâm sàng vi sinh.
 Co-infection and superinfection with SARS-
CoV-2
• Đồng nhiễm ở bệnh nhân nhiễm SARS-CoV-2 được định nghĩa là xác định
được tác nhân gây bệnh đường hô hấp ở những bệnh nhân nhiễm SARS-CoV-
2 tại thời điểm chẩn đoán nhiễm SARS-CoV-2.

• Siêu nhiễm trùng là các nhiễm trùng xảy ra trong quá trình điều trị nhiễm
trùng SARS-CoV-2, đặc biệt là nhiễm các căn nguyên đa kháng thuốc.
 Nguy cơ nhiễm trùng ở bệnh nhân COVID-
19

• COPD: Vi khuẩn cư trú ngay cả trong giai đoạn ổn định

• Thời gian nằm viện: 7-14 ngày, thậm chí dài hơn

• Thở máy

• 50% bệnh nhân Covid-19 nặng tử vong có abwngf chứng nhiễm khuẩn hoặc nhiễm
khuẩn, nhiễm nấm thứ phát
Sinh bệnh học nhiễm trùng thứ phát
Cơ chế đồng nhiễm
Siêu nhiễm trùng ở BN nhiễm SARS-CoV-2 làm tổn
thương đường hô hấp, thay đổi bài tiết chất nhày, giảm
chức năng, độ thanh thải, tần suất thanh thải của hệ
thống lông chuyển, giảm trao đổi oxi, phá huỷ hệ miễn
dịch. Đồng nhiễm virus giúp vi khuẩn dễ dàng bám
hơn, phá huỷ mối liên kết và sự toàn vẹn của hàng rào
tế bào giúp cho sự xuyên bào của vi khuẩn dễ dàng
hơn, làm thay đổi đáp ứng cả miễn dịch tự nhiên và
miễn dịch thu được dẫn đến phổi càng dễ bị tổn
thương hơn trong nhiễm SARS-CoV-2.
 Mối quan hệ giữa SARS-CoV-2 và vi hệ đường hô hấp
• The cross-talk between co-pathogens
(especially lung microbiomes), SARS-CoV-2
and host is an important factor that
ultimately increases the difficulty of
diagnosis, treatment, and prognosis of
COVID-19.
• Co-infecting microbiotas may use new
strategies to escape host defense
mechanisms by altering both innate and
adaptive immune responses to further
aggravate SARS-CoV-2 pathogenesis.
 Nhiễm trùng ở bệnh nhân COVID-19
Co-infection Superinfection
19% (95% CI: 14 – 24% (95% CI: 19 –
25%) 30%)
non ICU (29%) ICU (41%)

Virus Virus
10% 4%
• Nghiên cứu phân tích gộp: 118/6639 nghiên cứu
(10/2019 – 2/2021), ở ICU và non ICU, Trung Quốc Vi khuẩn Vi khuẩn
(42%), Mỹ (15%) 8% 20%
• Tỷ lệ tử vong ở bệnh nhân co-infection và
superinfection cao hơn 3.31 lần so với bệnh nhân Vi nấm Vi nấm
chỉ nhiễm SARS-CoV-2. 4% 8%
Co-infection Superinfection

K. pneumoniae Acinetobacter
S. pneumoniae Psedomonas
S. aureus E. coli

Influenza A
Influenza B Rhinovirus
RSV

Aspergillus Candida
 Tỷ lệ đồng nhiễm/siêu nhiễm trùng
- 50.419 mẫu dịch tỵ hầu xét nghiệm SARS-CoV-2 và các tác
nhân hô hấp khác (3/2020– 8/2020, Mỹ)
- Có 4259 (8,44%) mẫu dương SARS-CoV-2
Hậu quả của đồng nhiễm
- Tử vong ở bệnh nhân cúm không đồng nhiễm là 13,2%, ở
bệnh nhân COVID-19 là 33%
- Tử vong ở bệnh nhân cúm có 1 đồng nhiễm là 17,6%, ở
bệnh nhân COVID-19 có 1 đồng nhiễm là 48,1%
- Tử vong ở bệnh nhân cúm có >1 đồng nhiễm là 125%, ở
bệnh nhân COVID-19 có >1 đồng nhiễm là 75,9%
- Tỷ lệ tử vong đồng nhiễm trùng sớm và muộn ở bệnh
nhân cúm là 16,2% và 23,1% còn ở bệnh nhân COVID-19
là 42,9% và 66%.
Hậu quả nhiễm trùng liên quan đến COVID-19

• Tổn thương phổi và các cơ quan khác ở BN COVID-19 • Căn nguyên nhiễm trùng thứ phát ở BN COVID-
sống sót có thể kéo dài và gây nhiều biến chứng. 19 chưa rõ, kháng sinh thường xuyên được sử

• 1/3 BN nhiễm SARS tổn thương phổi 15 năm dụng trong điều trị.

• 36% BN nhiễm MERS tổn thương phổi 32 – 230 ngày • 72% bệnh nhân COVID-19 nhập viện được

sau hồi phục dùng kháng sinh theo kinh nghiệm

• Phổỉ tổn thương làm tăng nguy cơ nhiễm khuẩn

 Tình hình nhiễm trùng ở bệnh nhân COVID-19 tại Trung tâm
hồi sức tích cực trực thuộc Bệnh viện Bạch Mai

• Trung tâm Hồi sức tích cực COVID-19 trực thuộc Bệnh viện Bạch
Mai tại thành phố Hồ Chí Minh được thành lập từ cuối tháng
07/2021 và bắt đầu hoạt động chính thức là ngày 11/08/2021 và
chuyển giao cho Bệnh viện Nhân dân Gia Định vào 15/10/2021.

• Qui mô 360 giường ICU

• Trong hơn 2 tháng, Bệnh viện đã tiếp nhận hơn 1300 ca bệnh
nặng

• Tỷ lệ điều trị thành công là 44,3%. Tỷ lệ tử vong là 55,7%.

Nguyên nhân tử vong
Nguyên nhân tử vong ở bệnh nhân Covid-19 không chỉ do tác động của
SARS-CoV-2 mà do:

• Các bệnh lý nền không được kiểm soát tốt

• Tình trạng dinh dưỡng

• Các nhiễm trùng thứ phát.

 Tác nhân vi khuẩn phân lập được
%, 584
35.0
33.1

29.9
• Tổng số: 1508 mẫu 30.0

• Tỷ lệ dương tính: 38,7% 25.0

20.0

15.7
15.0

10.0 8.9

5.0 3.6 3.6

2.3 2.6 2.0
1.2 0.7
0.0
ni
i e sa . li a ia us p. s ác
ia no pp co ili ac re sp llu Kh
an on i ss E. ph p u gi
um um ug cu tl o .c
e a da er
ba er c a S. di s p
. ne a oc
o m B
Ca
n A
A K.
p P. er S.
t
En
 Cấy máu
70 mẫu
60

50

40

30

20

10

0
0 - 3 h 3 - 6 h 6 -9 h 9- 12 - 15 - 18 - 21 - 24 -27 27 - 30 - 33 - >36h
12h 15 h 18 h 21h 24 h h 30 h 33 h 36 h

• Tổng số: 860 mẫu

• Tỷ lệ dương tính: 29,8%
• Tỷ lệ âm tính: 59,8%
• Tỷ lệ nhiễm bẩn: 10,4%
 Cấy máu %, 190
40
36.1
35
1 tác 2 tác 3 tác 4 tác
nhân nhân nhân nhân 30

BN (+) 82 17 1 1 25 22.5
20
% 81.2 16.8 1.0 1.0
15
11.5
10 9.4
5.2 4.7 4.2
5 2.6
Đồng nhiễm Đồng nhiễm vi 1.6 1.0 0.5
vi khuẩn khuẩn và nấm 0
i
ia
e . s pp
.
li a p. ia ol us sa la
pp cu s hi sp ac c e no el
on r s
co
c s p da e p E .
aur gi on
m e cu to di c S. ru lm
neu ac
t
ly
lo
co
c al n B. ae Sa
BN 16 3 .p to
b ph r o S.
m Ca P.
K e a te
c in St En
A N
% 84.2 15.8 Co
 Cấy đờm
%, 389
1 tác 2 tác 3 tác 4 tác 45.0
40.9
nhân nhân nhân nhân 40.0
BN 136 65 11 4 35.0

% 63.0 30.1 5.1 1.8 30.0 28.0

25.0 23.7

20.0
15.0
Đồng nhiễm Đồng nhiễm vi 10.0
vi khuẩn khuẩn và nấm
5.0 2.1 1.5 1.0 1.0 1.0 0.8
0.0
i i us ác
BN 79 1 ni ia
e sa ol ili
a e c ia us
an
on i no E.
c h ur a ill K h
um m g to
p a ep rg
a eu ru al S. c pe
% 98.8 1.2 .b n e B. As
A .p P .a S.
m
K
 Cấy tiểu
%, 48
70.0
1 tác nhân 2 tác nhân 60.0 58.3

50.0
Đồng nhiễm Đồng
40.0
vi khuẩn và nhiễm 2
vi nấm vi nấm 30.0
20.8
BN 44 2 2 20.0
10.4
10.0 6.3
% 91.6 4.2 4.2 2.1 2.1 2.1
0.0
lis ns p. i i
sp pp
. ol ni ro
n
i ca i ca a s s E.
c an po
p b os
t ro . al did
c cu au
m
h
C. C n co b ic
Ca r o A . Tr
te
En
Mức độ nhạy cảm với kháng sinh của K. pneumoniae
K. pneumoniae

Colistin*

Tri/Sul

Levofloxacin

Ciprofloxacin

Amikacin

Tobramycin

Gentamicin

Pip/Taz

Cefepime

Ceftazidime

Meropenem

Imipenem
0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100%

S I R
Mức độ nhạy cảm với kháng sinh của K. pneumoniae theo bệnh
phẩm
%R
120

100

80

60

40

20

0
Imipenem Meropenem Ceftazidime Cefepime Pip/Taz Gentamicin Tobramycin Amikacin Ciprofloxacin Levofloxacin Tri/Sul Colistin*

Máu (43) Đờm (113)

 Phân bố K. pneumoniae theo MIC amikacin và gentamicin

Amikacin Gentamicin
40.0 70.0 64.9
S R S R
35.0 60.0
33.8
30.0
50.0
25.0
40.0
20.0 21.4 32.5
19.5 30.0
15.0
15.6
20.0
10.0
5.0 6.5 10.0
2.6
3.2
0.0 0.0
≤2 4 8 16 32 ≥ 64 ≤1 4 8 ≥16
 Phân bố K. pneumoniae theo MIC imipenem và meropenem

Meropenem
Imipenem
50.0 100.0
S 44.8 90.0 S R 87.7
45.0 R
80.0
40.0
70.0
35.0
29.2 60.0
30.0
50.0
25.0
40.0
20.0
30.0
15.0 20.0
9.7 11.7
10.0 10.0
5.8 5.2 0.6
5.0 3.2 0.0 0.0 0.0 0.0
1.9 0.0
≤ 0.25 0.5 1 2 4 8 ≥ 16
0.0
≤ 0.25 0.5 1 2 4 8 ≥ 16
 Phân bố K. pneumoniae theo MIC ciprofloxacin và
levofloxacin

Ciprofloxacin Levofloxacin
120.0 120.0
S R S R
100.0 96.8 96.1
100.0

80.0 80.0

60.0 60.0

40.0 40.0

20.0 20.0
2.6 0.6 2.6 0.6 0.6
0.0 0.0
≤ 0.25 0.5 4 ≥4 ≤ 0.12 0.25 1 2 4 ≥8
Mức độ nhạy cảm với kháng sinh của P. aeruginosa
P. aeruginosa

Colistin*

Levofloxacin

Ciprofloxacin

Amikacin

Tobramycin

Gentamicin

Pip/Taz

Cefepime

Ceftazidime

Meropenem

Imipenem
0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100%

S I R
Mức độ nhạy cảm với kháng sinh của A. baumannii

A. baumannii
Colistin*
Tri/Sul
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Tobramycin
Gentamicin
Pip/Taz
Cefepime
Ceftazidime
Meropenem
Imipenem
0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100%

S I R
Mức độ nhạy cảm của S. maltophilia và B. cepacia

Vi khuẩn Kháng sinh S I R

B. cepacia Meropenem 9/12 2/12 1/12
Caftazidime 12/12 0/12 0/12
Levofloxacin 4/12 5/12 3/12
Tri/Sul 12/12 0/12 0/12
S. maltophilia Levofloxacin 3/16 2/16 11/16
Tri/Sul 6/16 0/16 10/16
Kết quả nhuộm soi và nuôi cấy đờm

Bạch cầu - - - - + + + +
Nhuộm soi - - + + + - + -
Nuôi cấy - + - + + + - -

n 16 11 5 23 45 14 17 18
 Nhuộm soi đờm
Nhuộm soi đờm BN ICU Nhuộm soi đờm BN COVID-19
Xét nghiệm tại bệnh viện dã chiến
• Xét nghiệm PCR chẩn đoán nhiễm SARS-CoV-2
• Nhuộm soi
• Nuôi cấy
• Kháng sinh đồ Sợi nấm Aspergillus trong
đờm (Nhuộm Gram)

C. albicans trong chai

máu dương (Gram)
Mẫu cấy nước tiểu
có C. albicans

C. albicans trong chai

máu dương (Gram)
 Kết luận

• Siêu nhiễm trùng gặp tỷ lệ cao ở các bệnh nhân COVID-19.

• Căn nguyên siêu nhiễm trùng bao gồm cả vi khuẩn, virus và vi nấm.

• Tác nhân vi khuẩn thường gặp là các vi khuẩn Gram âm đa kháng.

• Các xét nghiệm vi sinh đơn giản, tối thiểu cần được triển tại bệnh viện dã chiến để hỗ trợ cho chẩn
đoán và điều trị hiệu quả bệnh nhân COVID-19.

• Giám sát căn nguyên gây bệnh thường gặp và xu hướng đề kháng kháng sinh của các căn nguyên gây
bệnh rất cần thiết để thiết lập được các phác đồ điều trị theo kinh nghiệm cho từng bệnh viện dã
chiến.