5.

GAIA AZIDO NUKLEIKOAK

0. SARRERA
1869an, Miescher biologoak zelulen nukleoan masa molekular oso handiko substantziak zeudela ohartu zen, eta horien osaketan nitrogenoa eta fosforoa zeudela. Halaber, izaera azidoa zutela ere ikusi zuen, eta, beraz azido nukleiko izena eman zien.

1. AZIDO NUKLEIKOEN KONPOSIZIOA

Azido nukleikoak nukleotido izeneko azpiunitateak lotuz eraturiko polimeroak dira.

Konposizioaren arabera 2 azido-mota daude:

DNA RNA

1.1. NUKLEOTIDOEN KONPOSIZIOA

Nukleotidoek 3 osagai dituzte:

A) Base

nitrogenatua B) Pentosa C) Azido fosforikoa

A) BASE NITROGENATUAK

Nitrogenodun konposatu heteroziklikoak dira. 2 mota:

BASE PURIKOAK

Purina

eraztunaren deribatuak dira. Garrantzitsuenak: adenina (A) eta guanina (G)

BASE PIRIMIDINIKOAK

Pirimidina

eraztunaren deribatuak dira. Hiru dira: zitosina (C), timina (T) eta uraziloa (U). Timina soilik DNAn agertzen da; uraziloa, berriz, soilik RNAn; gainontzeko guztiak bata zein bestean.

B) PENTOSAK

2 pentosa-mota agertzen dira azido nukleikoetan: DNAn -D-desoxirribofuranosa edo desoxirribosa. RNAn -D-erribofuranosa edo erribosa.

Egitura ziklikoa dute, eta molekula barruko lotura hemiazetala.

Pentosen karbonoak 1', 2', 3', 4' eta 5' izendatuko dira.

C) AZIDO FOSFORIKOA Azido fosforikoa (H3PO4) ioi fosfato eran dago (PO43-).

1.2. N-GLUKOSIDIKO LOTURA: NUKLEOSIDOAK

Pentosa base nitrogenatuarekin N-glukosidiko izeneko lotura bidez lotzen da, ur molekula bat askatuz.

Lotura pentosaren 1' eta base pirimidinikoen 1. posizioa duen Naren eta purikoetan 9. posizioa duen Naren artean gauzatzen da.

Honela lortutako konposatuari (base nitrogenatua + pentosa) nukleosido esaten zaio.

1.3. FOSFODIESTER LOTURA: NUKLEOTIDOAK

Nukleotidoak nukleosido baten pentosari fosfato talde bat lotzean eratzen dira (gehienetan 5' karbonoan). Lotura ester motakoa da eta, beraz, ur molekula bat askatzen da.

Aldi berean, nukleotido bat beste nukleotido batekin elkartu daiteke, nukleotido baten fosfato taldea hurrengo nukleotidoaren pentosaren 3' karbonoarekin ester lotura bidez; lotura mota honi fosfodiester lotura esaten zaioa

2. DNA
DNAk belaunaldiz belaunaldi transmititzen den informazio genetikoa darama.

Nukleotidoz eraturiko polimero lineala da. Bere pentosa desoxirribosa da.

Base nitrogenatuak: adenina, guanina, zitosina eta timina.

Hainbat konplexutasun-maila azal ditzake, baina, batez ere egitura primario eta sekundario gisa agertuko da. Hala ere, proteina nuklearrekin lotu eta egitura kondentsatuagoak era ditzake (egitura tertziarioaren parekoa)

2.1. DNA-REN EGITURA PRIMARIOA

Kate bakarreko desoxirribonukleotidoek osatzen dute, azken hauek fosfodiester lotura bidez elkarri lotuta.

DNA kateak, beraz, bi mutur aske ditu: 5' muturra eta 3' muturra.

Bi DNA kateen arteko diferentzia baseen kopuruak, osaketak eta sekuentziak emango digu.

2.2. DNA-REN EGITURA SEKUNDARIOA

DNAren egitura sekundarioa Watson eta Crick-ek zehaztu zuten 1953an.

Hauek aurreko ikertzaile batzuek ateratako ondorioak baliatu zituzten:

DNA molekula zurruna eta luzea da.

Baseen baliokidetasuna dago. Espezie beraren barruan base purikoen edukia eta base pirimidinikoena berdina da:

Adenina

= Timina Zitosina = Guanina Molekulan 0,34 eta 3,4 nm-ko errepikatzen diren egiturak daude.

WATSON ETA CRICK-EN EREDUA EDO HELIZE BIKOITZARENA

Watson eta Crick-ek proposaturiko eredua aipatutako ondorio horiekin bateragarria zen.

Ereduak zera proposatzen du:

a) DNA polinukleotidoen 2 katek

osatzen dute. Kateok ardatz imajinario baten inguruan biribilkatzen dira 2nm-ko diametroa duen helize bikoitza eratuz. Biribilkatzea dextrogiroa da eta plektonemikoa, hots, 2 kateak ezin dira banandu desbiribilkatu gabe.

b) Base nitrogenatuak helizearen barruan daude, eraztunen planoak elkarrekiko paraleloak dira eta perpendikularrak helizearen ardatz imajinarioarekiko.
c) Helize bira bakoitzean 10 pare nukleotido daude, beraz, biraren luzera 3,4nm-koa da eta nukleotido-pare bakoitza 0,34nm-ko distantziara dago hurrengotik. Konformazio espazial honetan 2 ildo nabarmentzen dira: ildo handia eta ildo txikia. d) 2 kateak antiparaleloak dira, hau da, kate bat 5'3' norabidean badoa, bestea 3'5' norabidean joango da.

e) Bi kateak osagarriak dira, hau da, adenina timinarekin lotuko da 2 H-zubiren bitartez eta zitosina guaninarekin 3 Hzubiren bitartez.

2.3. DNA-REN KONDENTSAZIOMAILAK

Giza-zeluletako DNA harizpi guztiak batuko bagenitu, ia 2 metroko luzerako harizpia lortuko genuke. Kontuan hartuz, nukleoak 5-25 m -6 dituela (1 m = 10 m), nola bildu DNA kantitate handi hori hain bolumen txikian eta, aldi berean, bertako informazioa eskuragarri izatea?

Arazo hori konpontzeko, DNAk egitura kondentsatuak edo paketatuak ditu. Kondentsazio-maila zelularen ziklo zelularreko fasearen araberako da. Kondentsazioa maila ezberdinetan ematen da:

10nm-ko zuntzak

Eukariotoetan Perla-lepokoa edo perla-idunekoa bezala ere ezagutzen da egitura hau DNA (karga negatiboa) karga positiboko proteinekin lotzen da, histonekin eta nukleosoma izeneko egitura eratzen du.

Nukleosoma lau histona motako bina proteinez eratuta da, 8 guztira, oktameroa izenekoa. Oktameroaren inguruan DNA kiribiltzen da, 1,75 bira emanez. Amaitzeko H1 izeneko histonak egitura egonkortzen du.

30 nm-ko zuntzak

10 nm-ko zuntza bildu eta forma trinkoagoa hartzen du, solenoide edo 30 nm-ko zuntz izenekoan. DNAren jatorrizko helizeak baino 40 aldiz kondentsatuagoa da.

Begiztak, arrosetoiak, kromatida

30 nm-ko zuntza begizta eran tolesten da. Begizta horiek, aldi berean, arrosetoiak eratzen dituzte, eta hauek arrosetoi-kiribilak. Honela lerrokatuta kromosomen kromatidak eratzen dira azkenik.

2.4. DNA-REN DESNATURALIZAZIOA

DNAren desnaturalizazioa helize bikoitzeko egitura galtzean datza. Tenperatura eta pH-a aldatzearen ondorioz gertatzen da:
TENPERATURA balio jakin batera iristean (DNAren urtze-puntua deritzona) harizpiak banandu eta desnaturalizazioa gertatzen da. Prozesu itzulgarria da pH-aren aldaketa handiek ere desnaturalizatu egiten dute DNA, baina pH-a balio biologiketara itzultzean berreskuratu egiten du egitura

3. RNA

RNA erribonukleotidoz eratuta dago, hau da, bere pentosa erribosa da. Base nitrogenatuak: adenina, guanina, zitosina eta uraziloa (azken hau timinaren ordez agertzen da). Zenbait kasutan base hauen deribatuak (deribatu metilatuak maiz) agertzen dira.

3.1. RNA-REN EGITURA

Oro har, egitura primarioko kate bakarrekoak dira (salbu erretrobirusetan, non helize bikoitzeko katekoak diren). Kate bakarra izan arren harizpia zonalde batzuetan espiralizatu egiten da (urkila izenekoetan); zona osagarriak inguru ezosagarriekin bananduta daudenean begizta izenekoak eratzen dira.

3.2. RNA-REN FUNTZIOAK

Ia organismo gehienetan, RNAren funtzioa DNAren informazioa kopiatzea da (transkripzioa), gero proteinen sintesia (itzulpena) egiteko.
Erretrobirusetan RNA helize bikoitzak DNAren papera jokatzen du, hots, informazio genetikoa darama.

3.3. RNA MOTAK

Hainbat RNA mota daude. Garrantzitsuenak: RNA mezularia (RNAm) RNA erribosomikoa (RNAr) RNA transferentea edo garraiatzailea (RNAt) RNA nukleolarra (RNAn)

RNA mezularia (RNAm)

Zelularen nukleoan sintetizatzen da, DNA harizpi bat moldetzat hartuta. Funtzioa nagusia informazio genetikoa kopiatzea eta erribosometara eramatea, bertan proteinen sintesia

RNA garraiatzailea (RNAt)

Molekula nahiko txikiak. Funtzioa aminoazido espezifikoak erribosometara eramatea da. Maiz base nitrogenatu arrunten deribatu metilatuak dituzte. 50 RNAt mota daude. Egitura antzerakoa da guztietan:

5' muturrean base nitrogenatuen hirukotea eta bertan guanina eta azido fosforiko askea daude beti. 3' muturrean CCA sekuentzia, aminoazido espezifikoaren hartzaile gisa jarduten du.

RNA erribosomikoa (RNAr)

Ugariena. Proteina jakinei lotuta erribosomak eratzen ditu.

RNA nukleolarra (RNAn)

Proteina jakinei lotuta nukleoloa eratzen du. Antolatzaile nukleolar izeneko DNA segmentuetan oinarrituz sortzen da. Funtzio nagusia RNA erribosomikoa eratzea.

4. INTERES BIOLOGIKOA DUTEN BESTE NUKLEOTIDO BATZUK

Nukleotido batzuk aske daude zelulan, azido nukleikoak eratu gabe. Nukleotido horiek zenbait funtzio dituzte, hala nola, energia ematea, kofaktore gisa jokatzea edota komunikazio zelularreko prozesuan bitartekariak izatea.

4.1. ENERGIA HANDIKO NUKLEOTIDOAK

Azido fosforikozko molekulekin energia handiko lotura kobalenteak dituzten nukleotidoak. Lotura horiek energia kimiko gisa erabiltzen da. Aipagarrienak ATP eta ADP dira; bestelakoak: GTP, CTP, TTP, UTP

4.2. KOFAKTOREAK DIREN NUKLEOTIDOAK

Koentzima gisa dihardute prozesu metabolikoetan. Adib.:

FLABIN NUKLEOTIDOAK (FAD eta FMN) PIRIDIN NUKLEOTIDOAK (NAD eta NADP) A KOENTZIMA

4.3. NUKLEOTIDO BITARTEKARIAK

AMP ziklikoa (AMPc) adenina-nukleotidoa da. Prozesu hormonal askotan bitartekari gisa jarduten du eta zelula barruko erreakzio askoren abiadura kontrolatzen du.

BIBLIOGRAFIA

http://www.bionova.org.es/biocast/ http://irudionak.blogspot.com/

Inigo Louvellik sortua