‫יותר מתרגיל מספר ‪ – 6‬משפחות חלבונים‪ ,‬מוטיבים ודומיינים‪.

‬‬

‫בתרגיל זה נכיר מספר מאגרים שמרכזים אינפורמציה על דומיינים‪ ,‬ארכיטקטורה של חלבונים‪ ,‬משפחות של‬
‫חלבונים וסופר משפחות‪ .‬חשיבות הנושאים האלו הוזכרה בהרצאה המקדימה לתרגיל‪ .‬דומיין הוא יחידת מבנה‬
‫עצמאית שיכולה להופיע בחלבונים שונים וביחד עם הרכבים של דומיינים שונים‪ .‬כאשר אתם חוקרים חלבון מסוים‬
‫חשוב לדעת מאיזה דומיינים הוא מורכב‪ .‬מספר הדומיינים וסידורם יכול לעזור בהבנת התפקידים שיכול החלבון‬
‫לבצע ובנוסף‪ ,‬יכול לעזור לכם לתכנן ניסויים שבהם תרצו לבטא חלקים יציבים מן החלבון‪ ,‬לסמן אותו או לבצע בו‬
‫מוטציות‪/‬איחויים עם רצפים אחרים‪ .‬כך למשל‪ ,‬לא תקצרו חלבון באמצע של דומיין כלשהו משום שהדבר יפגע מן‬
‫הסתם בקיפול נכון ובתפקוד כללי נכון של שאר חלקי החלבון‪ .‬לעומת זאת‪ ,‬ניתן להוריד דומיינים שלמים באופן‬
‫שלא מחייב פגיעה בחלקים אחרים של החלבון – בגלל האופי העצמאי של כל דומיין‪.‬‬

‫התחילו במאגר ‪ .PDB‬בלינק ‪ http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do‬חפשו את החלבון ‪ 1ddt‬על‬ ‫‪.1‬‬

‫ידי הקשת שמו בחלון החיפוש וביצוע ‪ .SEARCH‬שימו לב – קבצים של מבנים ניסיוניים (לא מודלים‬
‫תיאורטיים) של חלבונים במאגר ‪ PDB‬יתחילו במספר ואחריו ‪ 3‬אותיות או קומבינציה של ‪ 3‬אותיות‬
‫ומספרים‪ .‬לאיזה אורגניזם שייך החלבון ‪ 1ddt? Corynephage beta‬באיזו שנה פורסם המאמר שקשור‬
‫לפתרון מבנה החלבון‪ .1994‬קצת הסבר על החלבון‪ :‬החלבון נקרא ‪ .DIPHTERIA TOXIN‬זהו למעשה לא‬
‫חלבון של הבקטריה עצמה אלא של פאג' שנמצא בתוכה בצורה ליזוגנית‪ .‬החלבון גורם לעיכוב פעולתו‬
‫של פקטור אלונגציה ‪ 2EF‬ובכך לעיכוב סיטנזת חלבונים בתא‪ .‬הסיבה לעיכוב היא ריבוזילציה של חומצה‬
‫מסוימת ב‪ . 2EF-‬כמויות מזעריות של החלבון בגוף יגרמו למוות על ידי יצירת נקרוזיס של הלב והכבד‪.‬‬
‫לחצו על ‪ SEQUENCE‬בסרגל האפשרויות של מאגר ‪ PDB‬כפי שאתם רואים בתמונה‪:‬‬ ‫‪.2‬‬

‫בחלון שעולה לחצו על הלינק ‪ show all chains‬ובחלון שנפתח לחצו על ‪ .RUN‬המתינו להעלאת תמונת‬
‫החלבון ב‪ JMOL. JMOL-‬היא אחת מן התוכנות הנפוצות ביותר להצגה גרפית של מבנים של מולקולות‬
‫ביולוגיות‪ .‬החלבון שעולה צבוע כולו באפור בהיר חוץ מן המולקולה האורגנית ששימשה כמעכב לאתר‬
‫הפעיל‪ .‬מתחת לתמונת החלבון בדף ישנה אינפורמציה לגבי הדומיינים של החלבון‪ ,‬כפי שהיא מסוכמת‬
‫מתוך מאגר ‪( SCOP‬נמצא ליד הכותרת ‪ .)SCOP DOMAIN ASSIGNMENT‬זהו אחד מן המאגרים המרכזיים‬
‫לארגון דומיינים‪ ,‬משפחות ו‪ FOLDS-‬של חלבונים‪ .‬מאגר ‪ PDB‬מקשר בין האינפורמציה הקיימת במאגר‬
‫‪ SCOP‬לבין מבני החלבונים‪ .‬לפי האינפורמציה הרשומה – כמה דומיינים ישנם בחלבון? ‪ 3‬לחצו על שם‬
‫הדומיין הראשון (השם צבוע במלבן בצבע תכלת) והסתכלו על תמונת החלבון‪ .‬מה קרה בתמונה? הודגש‬
‫הדומיין הספציפי אותו בחרנו בצבע חום‪ .‬העתיקו את תמונת החלבון לתרגיל בעזרת ‪.PRINT SCREEN‬‬

‫צבוע כעת בצבע תכלת ושאר חלקי החלבון‬

‫מה אורכו של דומיין זה לפי ‪ SCOP? 155‬איזה חלק בחלבון הוא מייצג? ‪ ,C-terminal‬סוף החלבון‪.‬‬
 ‫רדו כעת בהמשך הדף ולחצו על ‪ SELECT‬מתחת ל‪ MORE ANNOTATIONS-‬כפי שאתם רואים בתמונה‬ ‫‪.3‬‬
‫שלהלן‪ .‬בחרו להציג דומיינים בחלבון לפי מאגר ‪.CATH‬‬

‫לפי האינפורמציה שמתקבלת ממאגר זה – איך נקרא הדומיין ה‪ C-‬טרמינלי? ‪ 1ddta03‬האם מספר‬
‫חומצות האמינו בו זהה להגדרת דומיין זה במאגר ‪ ?SCOP‬לא הוא יותר ארוך (‪ 187‬ח"א)‪.‬‬
‫נכיר מאגרים נוספים ודרכים אחרות להצגתם כעת‪ :‬עברו למאגר ‪ CONSERVED DOMAINS‬של ‪NCBI‬‬ ‫‪.4‬‬
‫בלינק ‪ .http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi‬הקישו את שם החלבון (‪ )1ddt‬בחלון‬
‫החיפוש ולחצו על ‪ .SUBMIT‬העתיקו את דף התוצאות שעולה לתרגיל בעזרת ‪ PRINT SCREEN‬ובעזרת‬
‫התוצאות ענו על השאלות הבאות‪:‬‬
‫מה אורכו של החלבון? ‪ 535‬כמה דומיינים שמורים ניתן לראות בחלבון? ‪ 3‬מה שמותיהם? ‪ADP_ribosyl‬‬
‫‪ Diphtheria_T super family Diphtheria_R super family‬היכן ממוקם כל דומיין בחלבון? ‪-ADP_ribosyl‬‬
‫בקצה ה‪ N‬טרמינלי בערך מח"א ‪– Diphtheria_T super family 15-150‬באמצע ‪Diphtheria_R 200-375‬‬

‫‪– super family‬קצה ‪ C‬טרמינלי ‪ 375-535‬בעזרת העברת העכבר על שם הדומיין והתמונה המתקבלת‬
‫ענו – איזה מבנה שניוני מאפיין את ‪ ?ADP_RIBOSYL SUPERFAMILY‬משטחי בטא איזה את‬
‫‪? DIPHTERIA_T SUPERFAMILY‬סלילי אלפא מי מהדומיינים מאפשר לטוקסין לעבור אינטגרציה לתוך‬
‫הממברנה של האנדוזום? ‪ Diphtheria_T super famiyl‬איזה מן הדומיינים הוא היחידה הקטליטית של‬
‫החלבון? ‪ADP_ribosyl‬‬
‫דרך מצוינת להתחיל להסתכל על מבנה חלבונים והדומיינים בהם היא בעזרת מאגר ‪ STRUCTURE‬ב‪-‬‬ ‫‪.5‬‬
‫‪ .NCBI‬מאגר זה מכיל רק חלק מהמבנים שנמצאים ב‪ PDB-‬אבל כל מבנה שנכנס למאגר ‪STRUCTURE‬‬
‫מכיל אינפורמציה רבה מעבר למבנה התלת מימדי – כמו אנאליזה של דומיינים‪ ,‬קישורים למבנים דומים‬
‫ואפשרות להצגה גרפית של האינפורמציה בעזרת תוכנה שקשורה למאגר זה ונקראת ‪ .Cn3D‬עברו ל‪-‬‬
‫‪ NCBI‬בלינק ‪ /http://www.ncbi.nlm.nih.gov‬בחרו במאגר ‪ STRUCTURE‬מבין רשימת המאגרים של‬
‫‪ NCBI‬ורישמו ‪ 1ddt‬בחלון החיפוש‪ .‬לחצו על ‪ SEARCH‬כפי שניתן לראות בתמונה‪:‬‬
 ‫לפי התוצאה המתקבלת ועוד לפני שממשיכים – האם אתם יכולים לקבוע אם מבנה החלבון נקבע‬
‫באמצעות ‪ NMR‬או ‪X RAY? X-RAY‬‬
‫לחצו על תמונת החלבון המוקטנת על מנת להיכנס לרשומת ‪ STRUCTURE‬עבור החלבון‪ .‬בחלק הראשון‬ ‫‪.6‬‬
‫של הרשומה יש תמונה גדולה יותר של מבנה החלבון‪ .‬מבלי ללחוץ כרגע על התמונה ענו – באיזה צבע‬
‫מסומנים משטחי בטא?חרדל באיזה צבע מסומנים סלילי אלפא?ירוק באיזה צבע מסומנים אזורים חסרי‬
‫מבנה שניוני מוגדר ( ‪ ?)RANDOM COILS‬תכלת‬
‫רדו בהמשך דף התוצאות‪ .‬בחלק התחתון של הרשומה מחולק מבנה החלבון לדומיינים‪ .‬כפי שניתן‬ ‫‪.7‬‬
‫לראות בתמונה כל דומיין מסומן בצבע אחר וניתן לקשר בין מיקום הדומיין במבנה החלבון ובין מיקומו‬
‫ברצף הראשוני של החלבון (ראו תמונה להלן)‪:‬‬
‫עיברו עם העכבר על הקווים המסומנים במספרים ומייצגים דומיינים ברצף הראשוני של החלבון וענו‪ :‬מהו‬
‫מיקום חומצות האמינו בחלבון עבור כל דומיין?‬
‫‪1:1-171‬‬
‫‪2:172-382‬‬
‫‪3:383-536‬‬

‫שימו לב שבהמשך הרשומה (לקראת סוף הדף) יש גם אינפורמציה על מולקולות שהן לא חלק מן החלבון‬
‫אבל נמצאות במבנה‪ .‬במקרה זה מבנה החלבון נפתר ביחד עם מולקולת מעכב‪ .‬מבנה מולקולת המעכב‬
‫נמצא מתחת לאינפורמציה לגבי הדומיינים בחלבון‪ .‬לחיצה על מבנה זה תעביר אתכם למאגר הקשור‬
‫למבנים של מולקולות אורגניות בשם ‪.PUBCHEM‬‬
‫כעת‪ ,‬לחצו על תמונת החלבון כפי שהיא מופיעה ליד פירוט הדומיינים‪ .‬בחלון שנפתח לחצו על ‪ OPEN‬על‬ ‫‪.8‬‬
‫מנת לפתוח את מבנה החלבון בתוכנה ‪ .Cn3D‬אתם אמורים לראות שני חלונות – חלון אחד שמציג את‬
‫מבנה החלבון וחלון שני שמציג את רצף החלבון‪ .‬בעזרת העכבר הזיזו את מבנה החלבון כך שצבעי‬
‫הדומיינים יהיו מסודרים בהתאם למיקומם על פני רצף החלבון –דומיין ‪ 1‬בקצה האמיני מצד שמאל‪,‬‬
‫דומיין ‪ 2‬במרכז התמונה ודומיין שלישי בקצה הקרבוקסילי בצד ימין‪ .‬העתיקו את התמונה לתרגיל‪.‬‬

‫ננסה לבדוק כעת באילו חלבונים אחרים אפשר למצוא את הדומיינים שנמצאים בחלבון הדיפטריה‬ ‫‪.9‬‬
‫טוקסין‪ .‬לשם כך‪ ,‬חיזרו לרשומת ‪ STRUCTURE‬על החלבון ולחצו על הקו הורוד המייצג את דומיין ‪1‬‬
‫(הדומיין הקטליטי) ברצף הראשוני של החלבון‪ ,‬כפי שניתן לראות בתמונה‪:‬‬
 ‫אתם עוברים לדף שמייצג תוצאות ‪ VAST‬עבור הדומיין‪ VAST .‬הוא קיצור של ‪Vector Alignment‬‬
‫‪ . Search Tool‬זוהי תוכנה שמאפשרת השוואה של מבנים תלת‪-‬מימדיים לקבלת אינפורמציה על מידת‬
‫הדימיון בין דומיינים באופן גרפי‪ .‬על פי האינפורמציה‪ ,‬כמה מבנים ישנם שיש ביניהם ובין דומיין ‪ 1‬דימיון‬
‫מבני כלשהו?‪ 106‬כמה מבנים מייצגים נבחרו על ידי תוכנת ‪ VAST‬להצגה עבורכם בדף התוצאות?‬
‫‪16‬הסתכלו על רשימת המבנים שהתקבלו מתחת למבנה של ‪ .DDT1‬מהו שמו (שם לפי ‪ )PDB‬של המבנה‬
‫הראשון המוצג ברשימה? ‪ 1DTP‬העבירו את העכבר על שם המבנה‪ .‬קראו את התיאור שעולה וכתבו –‬
‫מה מייצג מבנה זה? זהו הדומיין הקטליטי של הדיפטריה טוקסין‪ .‬איזה עקרון בהגדרה של המושג‬
‫"דומיין" ניתן להסביר באמצעות מבנה זה? אזור בחלבון שהוא יחידה בפני עצמה עם רצף בעל תכונה‬
‫מסוימת‪ .‬סמנו את הריבוע הקטן המופיע ליד שם הדומיין ולחצו על ‪ View 3D alignment‬בחלק העליון של‬
 ‫הדף כפי שניתן לראות בתמונה הבאה‪:‬‬

‫בחלון שנפתח לחצו על ‪ .OPEN‬מה לדעתכם אתם רואים בחלון המבנה? את החפיפה בין החלבון לדומיין‬
‫ובחלון הרצף? השוואה בין רצף החלבון לרצף הדומיין‪ .‬האם לדעתכם מבנה הדומיין כיחידה עצמאית‬
‫(במבנה ‪ )DTP1‬דומה למבנה הדומיין כאשר הוא חלק מחלבון גדול יותר? דומה אך יש מעט שינויים‪.‬‬
 ‫הסבירו כיצד קבעתם את תשובתכם בתמונה התלת מימדית ניתן לראות שאכן הרב חופף אך ישנם‬
‫איזורים בהן הדומיין מעט שונה מהחלבון‪.‬‬
‫חזרו לדף התוצאות ולחצו על שם החלבון ‪ .DTP1‬ברשומת ‪ STRUCTURE‬שעולה עבור חלבון זה רדו‬ ‫‪.10‬‬
‫למטה ולחצו על תמונת החלבון ליד פירוט הדומיין (בצבע הסגול)‪ .‬לחצו על ‪ OPEN‬כדי לפתוח את תמונת‬
‫החלבון הזה כפי שפתחתם את תמונת הדומיינים בחלבון הדיפטריה טוקסין‪ .‬סובבו את תמונת החלבון‬
‫עד שתגיעו למצב שבו האוריאנטציה של דומיין ה‪ DTP1-‬זהה לזו של אותו דומיין בחלבון דפטריה טוקסין‬
‫כפי שהעתקם את התמונה בסעיף ‪ .7‬בעזרת ‪ PRUNT SCREEN‬העתיקו את התמונה החדשה ואת‬
‫התמונה הקודמת זו ליד זו לתוך התרגיל‪ .‬השוו את שני הדומיינים מבחינה ויזואלית‪.‬‬

‫האם הם זהים לחלוטין? לא לגמרי האם כל סלילי אלפא שבדומיין ‪ DTP1‬נמצאים גם בדומיין זה בחלבון‬
‫הדיפטריה? לא ניתן לזהות ‪ 2‬סלילי אלפא נוספים בדומיין ‪ 1DTP‬שלא היו קיימים בדיפטריה‪ .‬העזרו‬
‫בצבעים השונים של כל דומיין כדי לענות על שאלה זו‪.‬‬
‫חזרו לדף התוצאות עבור מבנים דומים לדומיין הקטליטי של חלבון הדיפטריה‪ .‬העבירו את העכבר על‬ ‫‪.11‬‬
‫שמות של מבנים נוספים – באילו אורגניזמנים נמצאים דומיינים בעלי דימיון מבני לדומיין הקטליטי של‬
‫דיפטריה טוקסין? בני אדם‪ ,‬אי קולי‪,‬חיידקים נוספים כעת‪ ,‬לחצו על הריבוע שליד השם ‪ Y5X2‬ובקשו‬
‫לראות ‪ .ALIGNMENT D3‬הסתכלו על תמונת החפיפה שעולה ועל חפיפת הרצפים‪ .‬מה לדעתכם מסמנות‬
 ‫חומצות שמסומנות באדום? איזורים חופפים‪ ,‬חומצות אמינו הזהות בין הדומיינים השונים‪ .‬בתכלת?‬
‫איזורים לא חופפים‪ ,‬באפור? שאר החלבון שלא כולל את הדומיין הנל‪.‬‬
‫כדי להסתכל על הדומיין השני – ‪ DIPHTHERIA T SUPERFAMILY‬נעבור למאגר מרכזי אחר – ‪.INTERPRO‬‬ ‫‪.12‬‬
‫פנו ללינק ‪ . /http://www.ebi.ac.uk/interpro‬הקישו ‪ 1ddt‬בחלון החיפוש ולחצו על סימן ה‪ <-‬שלידו‪.‬‬
‫מתקבלות ‪ 4‬תוצאות עיקריות – עבור החלבון כולו ועבור על אחד מן הדומיינים שלו‪ .‬כל תוצאה מתחילה‬
‫באותיות ‪ IPR‬שהן תוצאות של ‪ . InterPro‬המשך הדף מכיל סטטיסטיקה כללית על המאגר‪ .‬מבין ‪4‬‬
‫התוצאות‪ ,‬מהו לדעתכם מספר הגישה של הדומיין שאתם מתרכזים בו כעת ( ‪?)T SUPERFAMILY‬‬
‫‪IPR022405‬‬
‫לחצו על מספר הגישה של דומיין זה‪.‬‬
‫בדף התוצאות שעולה הכותרת הראשונה בטבלה נקראת ‪ .PROTEIN MATCHES‬לפי חלק זה‪ ,‬כמה‬ ‫‪.13‬‬
‫התאמות ישנן לדומיין זה? ‪14‬לחצו על ‪ ARCHITECTURES‬כפי שרואים בתמונה‪:‬‬

‫לפי התוצאות המתקבלות – האם ישנם חלבונים שבהם הדומיין מופיע בחלק אחר מאשר במרכז‬
‫החלבון? כן ניתן לראות שהוא גם בקצה ה‪ N‬טרמינלי‪.‬‬
‫חזרו לדף התוצאות המרכזי של הדומיין (הדף הקודם)‪ .‬קראו את ה‪ ABSTRACT-‬שמופיע מתחת לכותרת‬ ‫‪.14‬‬
‫‪ .InterPro Annotation‬לפי האבסטרקט‪ ,‬לאיזו ‪ FOLD‬כללי שייך דומיין ‪ T‬של החלבון? סלילי אלפא (‪FOLD‬‬
‫הוא הטופולוגיה הכללית של יחידת מבנה בחלבון‪ .‬הטופולוגיה מתייחסת לסידור של סלילי אלפא ו‪/‬או‬
‫משטחי בטא זה לזה ביחידת הדומיין‪ .‬להסבר מפורט יותר ודוגמאות נוספות אתם יכולים לגשת ללינק‬
‫‪)http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS95/course/8_folds/index.html‬‬
‫לחצו על המספר המאפיין את הדומיין במאגר ‪ CATH‬ליד הכותרת ‪ STRUCTURAL LINKS‬כפי שרואים‬ ‫‪.15‬‬

‫( ‪ CATH‬הוא מאגר לסווג מבני חלבונים שמגיעים מ‪-‬‬ ‫בתמונה‪:‬‬

‫‪ .PDB‬האותיות ‪ CATH‬מייצגות ‪ CLASS, ARCHITECTURE, TOPOLOGY‬ו‪HOMOLOGOUS SUPERFAMILY-‬‬
‫שהם החלק העיקרי של סווג מבני החלבונים במאגר זה‪ .‬להסברים נוספים אפשר לקרוא ב‪-‬‬
 ‫‪ ) http://www.cathdb.info/wiki/doku.php?id=about:intro‬לפי הדף שאליו הגעתם – מהו המבנה‬
‫השניוני העיקרי בדומיין זה? סלילי אלפא‬
‫חיזרו לדף התוצאות של ‪ INTERPRO‬ורדו לנושא ‪ .TAXONOMIC COVERAGE‬כמה מבנים דומים לדומיין‬ ‫‪.16‬‬
‫ישנם?‪ 14‬באילו אורגניזמים? וירוסים ובקטריה‬
‫הסתכלו כעת על ‪ PROTEIN EXAMPLES‬בתחתית הרשומה‪ .‬בעזרת המקרא לצבעים ענו‪ :‬כמה לינקים‬ ‫‪.17‬‬
‫לאינפורמציה במאגר ‪ INTERPRO‬יש בסל הכל עבור חלבון הדיפטריה טוקסין? ‪ 4‬איזה מאגרים נוספים‬
‫מכילים אינפורמציה לגבי דומיינים בחלבון?‬

‫‪PDB Chain‬‬

‫‪ModBase‬‬
‫‪SCOP‬‬
‫‪Domain‬‬
‫‪CATH Domain‬‬

‫על מנת ללמוד על הדומיין השלישי נחזור ל‪ NCBI-‬למאגר ) ‪CDD (CONSERVED DOMAIN DATABASE‬‬ ‫‪.18‬‬
‫בלינק ‪ .http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml‬בחלון החיפוש בחלק העליון של דף‬
‫הבית של המאגר רישמו את שם הדומיין השלישי (‪ )diphtheria R‬והקישו ‪ .GO‬כמה תוצאות קיבלתם? ‪1‬‬
‫מה שם הדומיין לפי מאגר ‪ PFAM ? pfam01324‬לחצו על תמונת הדומיין וענו על פי האינפורמציה‬
‫המתקבלת‪ :‬מה תפקידו של הדומיין בקצה ה‪ C-‬טרמינלי‬

‫נקשר לרצפטור על פני קרום התא‪ ,‬מאפשר לטוקסין להיכנס לתא על ידי אנדוציטוזה‪.‬‬
 ‫לחצו על סימן ‪ +‬ליד ‪ LINKS‬בדף התוצאות כפי שמסומן בתמונה‪:‬‬ ‫‪.19‬‬

‫לחצו על ‪ PFAM‬בהרחבה של פירוט ‪ .LINKS‬אתם עוברים למאגר ‪ PFAM‬שבו בוצעה הגדרת הדומיין‬
‫במקור‪ .‬בחלק התחתון של הדף לחצו על הלינק ל‪SCOP (STRUCTURAL CLASIFICATION OF-‬‬
‫)‪ .PROTEINS‬מהו השם שמופיע בלינק של ‪( SCOP?1ddt‬שם חלבון הדיפטריה כפי שהכרנו ב‪.)PDB-‬‬
‫בדף שאליו אתם עוברים ניתן לראות שמאגר ‪ SCOP‬מחלק את חלבון הדיפטריה ל‪ 3-‬דומיינים‪ .‬לחצו על‬
‫הדומיין השלישי (הקצה ה‪ C-‬טרמינלי)‪ .‬לפי מאגר ‪ SCOP‬לאיזה ‪ CLASS‬שייך הדומיין מבחינת אופי‬
‫המבנה השניוני שלו? ‪ All beta proteins‬כמה משטחי בטא יש בדומיין? ‪2‬לאיזה סוג של ‪ FOLD‬כללי‬
‫שייך דומיין זה? ‪ Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f‬מהו שם ה‪-‬‬
‫‪ PDB‬של המבנה המייצג הראשון שניתן בתור דוגמה לדומיין? ‪( 1f0l‬עוד לפני המבנה ‪) 1ddt‬‬
‫הדבר האחרון שתעשו יהיה להסתכל על מבנה מייצג לדומיין ה‪ C-‬טרמינלי בתוכנה גרפית ידועה נוספת‬ ‫‪.20‬‬
‫להצגת מבנה חלבונים שנקראת ‪ .FirstGlance in Jmol‬התוכנה נמצאת בלינק‬
‫‪. /http://molvis.sdsc.edu/fgij‬העלו את התוכנה והקישו את שם המבנה ה‪ PDB-‬של הדומיין שזיהיתם‬
‫בסעיף הקודם בחלון החיפוש‪ .‬לחצו על ‪ .SUBMIT‬המתינו לתמונת החלבון שתעלה ואז לחצו על‬
‫‪ SECONDARY STRUCTURE‬משמאל על מנת להציג על החלבון את סלילי האלפא ומשטחי הבטא‪.‬‬
‫בנוסף‪ ,‬לחצוע על ‪ FIND‬ובחלון שנוסף לכם כיתבו ‪ .383-535‬זהו מיקום החומצות בחלבון הדיפטריה‬
‫טוקסין שמאפיין את הדומיין השלישי‪ .‬לחצו על ‪ ENTER‬אחרי כתיבת המספרים‪ .‬איזה אזור הואר‬
 ‫בחלבון? האיזור של הדומיין השלישי הרצוי האם סוג המבנה השניוני של אזור זה מתאים למה שתואר‬
‫עבור אופי הדומיין במאגר ‪ ?SCOP‬כן לחצו על ‪ CLEAR HALOS‬על מנת להוריד את הכדורים שמילאו‬
‫את אזור המודל‪ .‬נסו לסובב את המודל בעזרת העכבר על מנת לראות אם אתם אכן רואים ‪ 9‬משטחי‬
‫בטא בדומיין השלישי‪ .‬העתיקו את תמונת החלבון לתרגיל בעזרת ‪.PRINT SCREEN‬‬