‫שם ריזק אבו סיני ‪301527438‬‬

‫תרגיל מספר ‪1‬‬

‫הביואינפורמטיקה היא תחום מדעי ההולך וצובר תאוצה‪ ,‬המושתת על תחומים מדעיים אחרים‬

‫שהעיקריים ביניהם הם מדעי החיים‪ ,‬מדעי המחשב וטכנולוגיות מידע‪.‬‬

‫התפתחותו של התחום נובעת בעיקר מההתקדמות הטכנולוגית המואצת במדעי החיים‪ ,‬בעיקר ברמה‬
‫המולקולרית והגנומית‪ ,‬שהביאה להצטברות עצומה של פרטי מידע ברמה זו‪ .‬כדי להנגיש מידע זה נוצר‬
‫הצורך לאחסן ולארגן אותו כך שניתן יהיה לחפש‪ ,‬להשוות‪ ,‬להציג ולנתח אותו במהירות ובקלות‪ ,‬וזאת‬
‫באמצעות טכנולוגיות מתקדמות מתחומי מדעי המחשב וטכנולוגיות מידע הביואינפורמטיקה מתבססת על‬
‫שני מרכיבים עיקריים‪ :‬מאגרי מידע שהם למעשה מסדי נתונים וכלים שהם למעשה תוכנות‬
‫מחשב המאפשרות חיפוש‪ ,‬הצגה‪ ,‬השוואה וניתוח של מידע‪.‬‬
‫מאגרי המידע והכלים הביואינפורמטיים מאורגנים תחת קורת גג אחת‪ ,‬והם נגישים לכל דורש‪:‬‬

‫‪National Center for Biotechnology Information - NCBI‬‬

‫הביואינפורמטיקה מובילה לא רק למהפכה בתחומי הביולוגיה המולקולרית והביוטכנולוגיה‪,‬‬

‫אלא גם משפיעה על אופן ביצוע המחקר בתחומים אלו‪ .‬בשנים האחרונות המחקר בתחומי מדעי החיים‬
‫משלב יותר ויותר מחקר ניסויי עם מחקר ביואינפורמטי‪.‬‬

‫בשלב ראשון נכיר את מנוע החיפוש ‪ENTREZ‬‬

‫היכנס לסרטון הבא‬

‫‪http://stwww.weizmann.ac.il/g-bio/bioinfo/movies/movie1/movie1.html‬‬

‫מאז ערכית הסרטון נערכו מספר שינויים אותם נדגיש בכיתה אך הסרטון מאפשר להבין את הרעיון‪.‬‬
‫אנחנו נתחיל דווקא בחיפוש ספרות דרך ‪ENTREZ‬‬

‫היכנס לעמוד הראשי‬

‫‪/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery‬‬

‫שם בחר ב ‪ pubmed‬בתוך הקטגוריה של ‪litraure‬‬

‫זהו מאגר של מאמרים מדעיים הקשורים לרפואה וביולוגיה ‪.‬‬

‫‪ .1‬בחר בשם של אנזים ‪ /‬חלבון עליו אתה רוצה לעשות את התרגיל ורשום את שמו במקום‬
‫המתאים לחיפוש ‪/‬‬
‫כמה תוצאות קיבלת? ‪20419‬‬
‫רשום את אותה מילה בגוגל ‪ .‬כמה תוצאות קיבלת? ‪2490000‬‬ ‫‪.2‬‬
‫הסבר מדוע יש הבדל במספר התוצאות בין שני האתרים‪.‬‬
‫‪ .3‬הוסף למילת החיפוש את המילה ‪AND GENETICS‬‬
 ‫כיצד זה השפיע על החיפוש ומה זה נתן? הפחית ל ‪14617‬‬
‫‪ .4‬בצד שמאל ישנם פילטרים המסננים את הבחירה לפי קריטריונים שונים כמו למשל ‪:‬מאמרים‬
‫מסוג ‪ review‬בלבד או מאמרים קלינים או לפי שנים ‪ .‬שחק קצת עם הפילטרים וראה איך‬
‫זה משפיע על התוצאות ‪ .‬לפי שנים הוריד ל ‪ HUMAN SAPIENS 556‬הוריד ל ‪REVIEW 371‬‬
‫ושנים הוריד ל ‪15‬‬
‫‪ .5‬בחר באחד המאמרים שקיבלת והיכנס לקישור ‪ .‬תקבל את התקציר של המאמר בלבד ‪.‬רק‬
‫בחלק מהמקרים יש אפשרות לכניסה חופשית למאמר כולו‪.‬‬
‫‪ .6‬עבור לחפש עכשיו את ‪ – mRNA‬של הגן החלבון עליו אתה עובד ‪.‬‬
‫שנה חיפוש במקום ‪ Pubmed‬ל ‪ PROTEIN‬מספר מאמרים ‪1‬‬
‫‪ + 27‬שנת ‪ 2015‬ל ‪ 23‬מאמרים‬
‫רשום את שם החלבון שלך ובצד ימין בחר באורגניזם‬
‫במילה ‪ HOMO SAPIENS‬אדם אם אתה מחפש את החלבון באדם או אורגניזם אחר ‪.‬‬

‫אופציה אחרת היא ללחוץ מיד במסך הראשי על ‪ advanced‬ושם לכתוב את שם החלבון ואז בשורה‬
‫למטה ‪ AND‬לבחור שם אורגניזם וניתן להוסיף הגבלות נוספות ‪.‬‬

‫בחר מתוך הרשומות שקיבלת את הרשומה המתאימה ( לא רצף חלקי אלא מלא)היכנס פנימה וראה‬
‫איזה מידע תקבל‪.‬‬
‫לחץ בצד שמאל על המילה ‪ FASTA‬זהו הפורט מהפונט המקובל לעבודה בתכנת ביואינפורמטיקה‬
‫ולכן חשוב להכיר פורמט זה ‪ .‬העתקת הרצף נעשית עם הסימן <‪.‬‬
‫העתק את החלבון שלך בפורמט של ‪fasta‬‬
‫‪>gi|705044104|ref|NP_001289619.1| apolipoprotein E isoform b‬‬
‫]‪precursor [Homo sapiens‬‬
‫‪MKVLWAALLVTFLAGCQAKVEQAVETEPEPELRQQTEWQSGQRWELALGRFWDYLRWVQTLSEQVQEEL‬‬
‫‪L‬‬
‫‪SSQVTQELRALMDETMKELKAYKSELEEQLTPVAEETRARLSKELQAAQARLGADMEDVCGRLVQYRGE‬‬
‫‪V‬‬
‫‪QAMLGQSTEELRVRLASHLRKLRKRLLRDADDLQKRLAVYQAGAREGAERGLSAIRERLGPLVEQGRVR‬‬
‫‪A‬‬
‫‪ATVGSLAGQPLQERAQAWGERLRARMEEMGSRTRDRLDEVKEQVAEVRAKLEEQAQQIRLQAEAFQARL‬‬
‫‪K‬‬
‫‪SWFEPLVEDMQRQWAGLVEKVQAAVGTSAAPVPSDN‬‬

‫בהצלחה‬