Biohemijska i molekularna sistematika biljaka

Veba 1

IZRADA KLADOGRAMA
Primer 1.
Zadatak: GC/MS je utvren sastav n-alkana epikutikularnih voskova kod 4 razliita taksona. U
zavisnosti od procentualnog udela svakog n-alkana dodeljene su vrednosti 0 do 4, te formirana
tabela 1. Metodom minimalnih distanci, konstruisati kladogram.

OTU > > >

OTU1

OTU2

OTU3

OTU4

10

11

12

13

14

15

16

17

Prvi korak je pravljenje matriksa distance izmeu parova, korienjem proporcija razliitosti

P= zd/zt, gde je zd-broj razliitih karaktera, a zt-ukupan broj karaktera.

Zatim se poinje sa pravljenjem dendrograma poevi od 2 OTU sa najmanjom distancom. U
novoj matrici spojeni su OTU X i OTU Y, a distance nove OTU X/Y sa drugim OTU
predstavljaju aritmetiku sredinu ranijih distanci OTU X i OTU Y sa drugim OTU. Nastavljate
sa grafikim predstavljanjem novih distnaci I tako do konstruisanja celog kladograma





Deo dopunskog gradiva namenjenog studentima na kursu Biohemijska i molekularna sistematika biljaka. Podaci korieni u zadatku su
izmiljeni.

Biohemijska i molekularna sistematika biljaka

Veba 1

0.5

0.4

0.3

0.2

0.1

Nakon izbacivanja podataka oznaenih zvezdicom (dobijena bolja rezolucija):

Deo dopunskog gradiva namenjenog studentima na kursu Biohemijska i molekularna sistematika biljaka. Podaci korieni u zadatku su
izmiljeni.

Biohemijska i molekularna sistematika biljaka

Veba 1

Primer 2.
Zadatak: GC/MS je utvren sastav n-alkana epikutikularnih voskova kod 4 razliita taksona. U
zavisnosti od procentualnog udela svakog n-alkana dodeljene su vrednosti 0 do 4, te formirana
tabela 1. Metodom minimalnih distanci, konstruisati kladogram.

OTU > > >

OTU1

OTU2

OTU3

OTU4

10

11

12

13

14

15

16

17

Prvi korak je pravljenje matriksa distance izmeu parova, korienjem proporcija razliitosti
P= zd/zt, gde je zd-broj razliitih karaktera, a zt-ukupan broj karaktera.
Zatim se poinje sa pravljenjem dendrograma poevi od 2 OTU sa najmanjom distancom. U
novoj matrici spojeni su OTU X i OTU Y, a distance nove OTU X/Y sa drugim OTU
predstavljaju aritmetiku sredinu ranijih distanci OTU X i OTU Y sa drugim OTU. Nastavljate
sa grafikim predstavljanjem novih distnaci I tako do konstruisanja celog kladograma






Deo dopunskog gradiva namenjenog studentima na kursu Biohemijska i molekularna sistematika biljaka. Podaci korieni u zadatku su
izmiljeni.

Biohemijska i molekularna sistematika biljaka

Veba 1

0.5

0.4

0.3

0.2

0.1

Nakon izbacivanja podataka oznaenih zvezdicom (izgubljena rezolucija):

Deo dopunskog gradiva namenjenog studentima na kursu Biohemijska i molekularna sistematika biljaka. Podaci korieni u zadatku su
izmiljeni.