14.11.

2016

PEPTIDI

Peptidi su molekule ili makromolekule koje nastaju

meusobnim povezivanjem do 100 aminokiselina
Peptidna veza
Reakcija -karboksilne skupine jedne aminokiseline s -amino
skupinom druge aminokiseline daje sekundarni amid, a veza meu
aminokiselinama se naziva peptidna veza.

U peptidnim lancima -karboksilna skupina jedne aminokiseline se vee na

-amino skupinu druge aminokiseline peptidnom vezom pri emu se gubi
jedna molekula vode.

1
 14.11.2016

Slijed aminokiselina je usmjeren

Prema dogovoru, N-kraj

(amino-kraj) peptida je lijevo,
a karboksilni kraj (C-kraj)
peptida je desno.

Slijed
(sekvencija)
aminokiselina u
proteinu naziva
se primarnom
strukturom proteina.

Nomenklatura:
Tirozil-glicil-glicil-fenilalanil-leucin

Peptidi se razlikuju prema koliini naboja (ionizaciji).

Tetrapeptid alanil-glutamil-glicil-lizin

(Ala-Glu-Gly-Lys ili AEGK)

Ovaj tetrapeptid ima jednu

slobodnu -amino skupinu,
jednu slobodnu -
karboksilnu skupinu i dvije
skupine na bonim
ograncima koje se mogu
ionizirati. Skupine koje su
ionizirane pri pH = 7,0
prikazane su crvenom
bojom.

2
 14.11.2016

Dokaz postojanja peptidne veze

Hidrolizom nekog peptida u otopini progresivno raste

koncentracija aminoskupina i karboksilnih skupina to se moe
jednostavno dokazati titracijom. U polaznom peptidu bile su
slobodne samo one skupine na krajevima peptida, dok poslije
hidrolize one su slobodne u svakoj aminokiselini sastavnici
peptida.

Peptidi imaju karakteristian infracrveni spektar.

Difrakcija (rasipanje) x-zraka potvruje peptidnu vezu i
omoguava odreivanje poloaja atoma koji je izgrauju.

Karakteristike peptidne veze

Peptidna veza je kruta i planarna

svih est atoma C -CO-NH-C koji izgrauju peptidnu vezu nalaze

se u istoj ravnini (C su -ugljikovi atomi susjednih aminokiselina u
vezi)

3
 14.11.2016

-ugljikovi atomi dviju aminokiselina koje su povezane

peptidnom vezom nalaze se uglavnom u trans poloaju u
odnosu na peptidnu vezu

Stabilizacijska energija = -85 kJ/mol Stabilizacijska energija = -77 kJ/mol

trans-konfiguracija peptidne veze u polipeptidnom lancu energetski je
povoljnija od cis-konfiguracije

Peptidna veza je stabilizirana rezonantnom strukturom, to jest

delokaliziranom dvostrukom vezom izmenu ugljika i kisika koja
se premjeta izmenu ugljika i duika

Rezonantne strukture daju peptidnoj vezi znaajke djelomine

dvostruke veze

4
 14.11.2016

Rotacije oko veza u polipeptidu

Mogunost (sloboda) rotacije oko ovih veza omoguava proteinima da

se nabiru na razliite naine

Fi () je kut rotacije izmeu C i duika, a psi () je

kut rotacije izmeu C i karbonilnog ugljika.

Torzijski kutovi (C -C) i (C -N) odreuju odnos

ravnina susjednih peptidnih veza i temelj su sekundarne
strukture

Zbog sterike smetnje izmeu

karbonilnog Oi amidnog H
susjednog ostatka rotacija okoC
-N veze nije posve slobodna.

5
 14.11.2016

polipeptidna okosnica je slijed krutih planarnih peptidnih

skupina

Tri veze odvajaju susjedne C atome. C C i N C mogu rotirati

kako je to opisano dihedralnim kutevima i . Veza C - N ne moe
rotirati. Rotacija jednostrukih veza u peptidnoj okosnici moe biti
ograniena veliinom ili nabojem R-skupine.

Redoslijed aminokiselina u nekom peptidu

a) Odreivanje aminokiselina na N i C zavretku istraivanog peptida.

b) Hidroliza peptida na oligopeptide (upotreba proteolitikog enzima) te

njihovo razdvajanje nekom od kromatografskih metoda.

c) Odreivanje aminokiselina na N i C zavretku svakog oligopeptida, a

zatim odrenivanje redoslijeda aminokiselina u svakom oligopeptidu.

d) Hidroliza peptida u razliitim uvjetima (upotreba drugaijeg

proteolitikog enzima) da se dobiju razliiti oligopeptidi.

e) Ponovno odreivanje aminokiselina na N i C zavretku svakog

novonastalog oligopeptida i odreivanje redoslijeda aminokiselina.

f) Povezivanje svih injenica i odreivanje cjelokupnog redoslijeda

aminokiselina u istraivanom peptidu.

6
 14.11.2016

Upotrebom proteolitikog enzima peptidni lanac se

cijepa na tono odrenenim mjestima:

Odreivanje aminokiselina na N zavretku

Sangerova metoda

1-Fluoro-2,4-dinitrofenol reagira
sa slobodnom NH2 skupinom, a
zatim se izvri hidroliza peptida i
identificira aminokiselina povezana
na 2,4-dinitrofenol.

Ako se identificira vie derivata
dinitrofenola zakljuak je da je
peptid bio razgranat i imao
vie N zavretaka

7
 14.11.2016

Odreivanje aminokiselina na N zavretku

Enzimska metoda (aminoegzopeptidaza)

Enzimi egzopeptidaze su enzimi koji specifino kataliziraju
oslobaanje krajnjih aminokiselina u nekom peptidu

Upotrebom enzima -aminoegzopeptidaze oslobana se

aminokiselina na N zavretku

Budui se njenim odvajanjem

demaskira slijedea amino skupina,
mogue je oslobanati drugu, pa treu
aminokiselinu u slijedu

Razlika je u brzini oslobananja

Odreivanje aminokiselina na C zavretku

Kemijska metoda

Odrenivanje C-
terminalne aminokiseline
primjenom hidrazinolize
koja podrazumijeva
tretiranje peptida
hidrazinom pri 100 C

Peptidne veze se
kidaju, a aminokiseline
se javljaju u obliku
hidrazida

Jedino aminokiselina
na C-zavretku je u
slobodnom stanju

8
 14.11.2016

Odreivanje aminokiselina na C zavretku

Enzimska metoda (karboksiegzopeptidaza)

Karboksiegzopeptidaza odcjepljuje krajnju C

aminokiselinu na nekom peptidu, slino kao to to ine
aminoegzopeptidaze.

Hidroliza peptidne veze unutar peptidnih lanaca

Ako je peptidni lanac predugaak potrebno ga je

frakcionirati, tj. pocijepati odrenene peptidne veze u
unutranjem dijelu peptidnog lanca s ciljem da se dobiju
krai peptidi

Vano je da se ova cijepanja izvre na ponovljiv nain

uvijek na istim mjestima

U tu svrhu se koriste dvije metode: enzimsko i kemijsko

cijepanje peptidnih veza.

9
 14.11.2016

Neselektivna hidroliza peptidnog lanca

Peptidne veze u nekom peptidnom lancu hidroliziraju ako se peptid

tretira s 6M HCl na temperaturi 110 0C tijekom 24 sata

Dobije se smjesa aminokiselina koje su izgraivale peptidni lanac,
bez ideje kojim redoslijedom su bile povezane

Neselektivno cijepanje
mogue jei enzimski (enzim
pepsin)

Smjesu aminokiselina
mogue je odvojiti
ionskom kromatografijom
npr. kromatografijom na
sulfoniranim
polistirenskim nosaima

Selektivna hidroliza peptidnog lanca

Proteolitiki enzimi imaju specifinost cijepanja peptidnih lanaca na

tono lokaliziranom mjestu

Enzim tripsin specifino cijepa peptidne veze koje ukljuuju
karboksilnu skupinu lizina ili arginina

Ako jedan peptid ima (n) ostataka lizina ili arginina tripsin e uiniti slijedee:
 pojavit e se n fragmenata na ijim e C-terminalima biti lizin ili arginin
 pojavit e se jedan fragment koji odgovara C-zavretku polaznog peptidnog
lanca.

Ala-Phe-His-Liz-Met-Glu-Arg-Tyr-Ser-Arg-Ala-Ala-His

Ala-Phe-His-Liz + Met-Glu-Arg + Tyr-Ser-Arg + Ala-Ala-His

10
 14.11.2016

Selektivna hidroliza peptidnog lanca

Kimotripsin cijepa peptidne veze u kojima je karboksilna

skupina iz neke aromatske aminokiseline (tirozin, triptofan,
fenilalanin)

Ala-Phe-His-Liz-Met-Glu-Arg-Tyr-Ser-Arg-Ala-Ala-His

Ala-Phe + His-Liz-Met-Glu-Arg-Tyr + Ser-Arg-Ala-Ala-His

Razdvajanje fragmenata- kromatografski ili elaktroforetski

Odreivanje redoslijeda aminokiselina (Edmanova metoda)

Ovakva analiza s dva razliita enzima omoguava odreivanje

redoslijeda fragmenata u peptidnom lancu.

Odrenivanjem N- i C-terminalnih aminokiselina i odrenivanje redoslijeda

aminokiselina u svakom fragmentu rezultira odrenivanjem redoslijeda
aminokiselina u cjelokupnom inicijalnom peptidnom lancu.

11
 14.11.2016

Kemijsko cijepanje i razdvajanje peptidnih lanaca

selektivno enzimsko cijepanje peptidnog lanca moe biti

upotpunjeno kemijskim cijepanjem

esto se koristi BrCN koji cijepa peptidnu vezu kod

metionina

Ala-Phe-His-Liz-Met-Glu-Arg-Tyr-Ser-Arg-Ala-Ala-His

Ala-Phe-His-Liz-Met + Glu-Arg-Tyr-Ser-Arg-Ala-Ala-His

Razaranje disulfidnog mosta

a) Oksidacija permravljom kiselinom

b) Redukcija -merkaptoetanolom

12
 14.11.2016

Odreivanje redoslijeda aminokiselina

Edmanovom metodom

Bioloka uloga peptida

neuroprijenosnici

Tyr-Gly-Gly-Phe-Met (Met-enkefalin)

Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu (Leu enkefalin)

koenzimi

oksido-
redukcijski
koenzim

13
 14.11.2016

hormonski peptidi

 hormoni hipotalamusa i hipofize: ocitocin, vasopresin

 hormoni guterae

inzulin - peptid od dva

lanca: lanac A ima 21
aminokiselinu, lanac B
ima 30 aminokiselina

peptid glukagon je izgranen

od 29 aminokiselina

14
 14.11.2016

peptidi antibiotici

- pencilin je izmijenjeni dipeptid valina i cisteina

Ostale bioloke uloge peptida

Peptidi su esto vrlo jaki otrovi

- mnogi zmijski otrovi po kemijskom
sastavu su peptidi.

Peptidi su citostatici te se
upotrebljavaju u terapijama lijeenja
zloudnih tumora

15