PERCOBAAN MESELSON-STAHL, ROLLING CIRCLE REPLICATION &

REVERSE TRANSCRIPTION

RANGKUMAN

Disusun untuk memenuhi matakuliah Genetika I

Dibimbing oleh Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd

Disusun oleh:
Kelompok 6/Offering G
Disajikan Pada 21 Februari 2018

Dania Merit Novitasari 160342606251

Mochammad Abdul Hafidh 160342606252

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI MALANG
FEBRUARI 2018
Semikonservatif replikasi DNA

Organisme hidup mempertahankan jenis nya melalui reproduksi. Mungkin se-

sederhana pembelahan sel seperti pada bakteria atau duplikasi yang kompleks seperti
pada tumbuhan tingkat tinggi dan hewa tingkat tinggi. Informasi genetic tersimpan
pada DNA, replikasi DNA penting untuk kelanjutan hidup mahluk hidup. Ketika
Watson dan Crick menemukan struktur double helix dari DNA dengan pasangan
basanya, mereka langsung menyadari bahwa pasang basa sangat spersifik dan
menyediakan dasar dari pembentukan duplikasi DNA. Ketika 2 rantai komplemen
dari double helix berpisah (karena adanya ikatan hydrogen dari masing-masing
pasang basa), masing-masing rantai induk dapat mensintesis rantai komplemen baru
karena adanya pasangan basa. Masing-masing rantai induk disebut juga template
untuk rantai komplemen baru. Contohnya pada adenine, rantai induknya berperan
sebagai template melalui ikatan hydrogen untuk timin. Mekanisme duplikasi DNA ini
disebut juga replikasi semikonservatif. Berdasarkan kemampuan mekanisme replikasi
DNA nya dibedakan menjadi 3, yaitu: (1) Semikonservatif, (2) Konservatif, (3)
Dispersive.

Percobaan Meselson-Stahl.

Meselson dan Stahl memutuskan cara terbaik untuk menandai DNA induk
akan mengubah salah satu atom dalam molekul DNA induk. Ingat bahwa nitrogen
ditemukan dalam basa nitrogen masing-masing nukleotida. Jadi mereka memutuskan
untuk menggunakan isotop nitrogen untuk membedakan antara induk dan DNA yang
baru disalin. Isotop nitrogen memiliki neutron tambahan dalam inti, yang
membuatnya lebih berat. dapat elihat dari tabel periodik yang sebagian atom nitrogen
memiliki berat atom 14. Kita menyebutnya atom N-14. Tapi sebuah isotop dengan
tambahan neutron memiliki berat 15, jadi kita menyebutnya N-15. Para ilmuwan
memutuskan untuk memulai dengan molekul DNA induk yang hanya berisi N-15.
Kalau saja N-14 nukleotida yang tersedia selama replikasi DNA, mereka akan
mampu membedakan mana bagian datang dari untai ganda asli dan bagian mana telah
dibuat selama proses replikasi.
Untuk membuat DNA harus melalui banyak putaran replikasi, Meselson dan
Stahl memanfaatkan kekuatan reproduksi umum bakteri E. coli. Mereka memastikan
bahwa batch pertama dari bakteri yang terdapat hanya DNA N-15. Kemudian, mereka
menempatkan bakteri menjadi media yang hanya mengandung atom N-14. Dengan
begitu, setiap kali bakteri direproduksi, mereka akan dipaksa untuk menggabungkan
N-14 ke dalam DNA baru mereka. Para ilmuwan duduk kembali dan membiarkan
bakteri mulai bekerja. Dengan setiap generasi baru bakteri, Meselson dan Stahl
mengambil sampel sehingga mereka bisa melihat bagaimana DNA N-15 sedang
didistribusikan dalam molekul anak. Sekarang, Anda mungkin bertanya-tanya,
bagaimana mereka bisa membedakan antara DNA N-15 dan N-14 ? Ini tidak seperti
Anda benar-benar dapat melihat sebuah isotop nitrogen. Bagaimana para ilmuwan
mengetahui berapa banyak N-15 berada di dalam setiap molekul? Jawabannya adalah
berat atom. Karena N-15 memiliki satu neutron tambahan, itu akan sedikit lebih berat
dari N-14 dan karena itu membuat molekul DNA lebih padat. Kita dapat memisahkan
molekul DNA berdasarkan perbedaan dalam kepadatan mereka. Untuk melakukan
ini, kita menggunakan sentrifus, sebuah perangkat tabung reaksi yang berputar
dengan kecepatan yang sangat tinggi. Ketika tabung reaksi diputar dalam sentrifugal,
semua isi didorong ke arah bawah. Zat yang tenggelam terberat jauh di bawah tabung,
dan zat ringan mengapung. Jadi, jika Anda menerapkan gaya sentrifugal untuk
campuran dua jenis DNA, berat DNA N-15 tenggelam untuk tingkat yang lebih
rendah daripada molekul N-14.
Setiap kali Meselson dan Stahl ingin mengambil sampel dari DNA bakteri,
mereka harus memotong organisme kecil dan mengosongkan semua isi ke dalam
tabung reaksi. Mereka dicampur dalam larutan garam dan kemudian memutar tabung
reaksi selama berjam-jam untuk membuat zat memisah. Kemudian mereka
menggunakan teknik khusus untuk melihat seberapa jauh molekul DNA tenggelam di
dalam tabung.
Ketika sampel kelompok bakteri pertama mereka, Meselson dan Stahl melihat
sebuah pita gelap dalam tabung tes di mana DNA N-15 telah tenggelam dan
berkumpul di satu tempat. Tapi setelah mereka membiarkan bakteri berkembang biak,
mereka mendapat hasil yang jauh berbeda dalam sampel mereka. DNA masih
tenggelam di dalam tabung, tetapi tidak hampir sejauh generasi pertama. Ini adalah
bentuk ringan dari DNA, yang berarti bahwa itu tidak benar-benar dibuat dengan
isotop N-15. Setelah satu replikasi, semua DNA telah diubah menjadi hibrida DNA
N-15 dan N-14.
Segera, Meselson dan Stahl tahu bahwa mereka bisa mengesampingkan salah
satu dari tiga model. Model konservatif, yang menunjukkan bahwa molekul DNA asli
tetap utuh, harus palsu. Model konservatif memperkirakan bahwa percobaan
sentrifugasi akan menghasilkan dua pita yang berbeda – satu pita yang mewakili
DNA dengan hanya N-15 dan satu pita yang mewakili DNA dengan hanya N-14.
Karena mereka mengamati hanya satu pita dengan DNA kepadatan menengah,
mereka tahu bahwa setiap satu dari molekul DNA baru masing-masing terkandung
campuran dari kedua bentuk nitrogen. Tapi Meselson dan Stahl masih harus mencari
tahu apakah replikasi DNA mengikuti dispersif atau model semi-konservatif. Karena
kedua model akan menghasilkan hibrida induk dan anak DNA, pita menengah masih
konsisten dengan kedua model. Dalam rangka untuk mencari tahu apa yang
sebenarnya terjadi, Meselson dan Stahl harus membiarkan bakteri tetap bereplikasi
dan mempelajari sampel DNA setelah setiap generasi.
Pertama, kita akan menganggap model dispersif benar menggambarkan
replikasi DNA. Dalam replikasi dispersif, DNA disalin dalam potongan pendek, dan
hasilnya adalah molekul yang bergantian potongan DNA induk dengan anak DNA.
Setelah satu replikasi, molekul baru akan 50% induk dan 50% anak DNA. Setelah
replikasi lain, hasilnya akan menjadi 25% dari induk asli dan 75% DNA baru disalin.
Jadi dalam setiap generasi, jumlah DNA induk akan dipotong setengah.
Dalam kasus percobaan kami, generasi kedua ini akan memiliki DNA 25% N-15 dan
75% N-14 . Pada generasi ketiga, hanya akan 12,5% dari DNA N-15. Jadi kita akan
selalu berharap untuk melihat salah satu pita DNA terus menerus dalam tabung tes.
Pita ini akan bergerak sedikit lebih tinggi pada tabung pada setiap generasi ketika
molekul DNA menjadi semakin ringan dan lebih ringan.
Di sisi lain, data apa yang kita harapkan untuk melihat apakah model semi-
konservatif yang benar? Dalam model ini, setiap molekul DNA baru akan berisi satu
untai DNA induk penuh terkait di tengahnya dengan satu untai DNA penuh anak.
Setelah satu replikasi, semua DNA baru akan memiliki kepadatan yang sama. Tapi,
setelah putaran kedua replikasi, dua jenis DNA akan muncul: beberapa hibrida N-15
dan N-14, seperti babak sebelumnya, dan beberapa yang sepenuhnya terdiri dari DNA
N-14.
Hal ini karena untai induk asli, ketika terpecah satu sama lain di awal,
dilestarikan dan disimpan sebagai helai DNA N-15 terus menerus. Mereka helai
induk dapat bermitra dengan N-14 nukleotida baru, tetapi mereka selalu akan
terhubung sepanjang rantai. Oleh karena itu, ketika jumlah N-14 akan tumbuh dan
berkembang atas setiap generasi, akan selalu ada dua molekul DNA yang
mengandung satu untai DNA induk masing-masing . Dalam percobaan, kita akan
mengharapkan untuk melihat dua band terpisah muncul dalam tabung uji: satu
dengan pertumbuhan populasi DNA N-14 dan satu dengan hibrida N-15 awal.
Ternyata, Meselson dan Stahl mengamati pemisahan band yang menjadi lebih jelas
pada setiap generasi baru. Mereka hanya harus mengamati empat putaran replikasi
sebelum mereka tahu pasti bahwa model semi-konservatif itu benar. Ini adalah
terobosan besar dalam bidang biologi karena begitu banyak ilmuwan telah berdebat
tentang masalah replikasi DNA. Meselson dan Stahl mampu membantah dua
hipotesis, dan sangat mendukung yang ketiga, hanya dengan melakukan percobaan
cerdik sederhana.For nomenclatural purposes, a species or any taxon below the rank
of species is regarded as the sum of its subordinate taxa, if any. Ex.1. When Montia
parvifolia (DC.) Greene is treated as comprising two subspecies, the name M.
parvifolia applies to the species in its entirety, i.e. including both M. parvifolia subsp.
parvifolia and M. parvifolia subsp. flagellaris (Bong.) Ferris, and its use for M.
parvifolia subsp. parvifolia alone may lead to confusion.Untuk tujuan nomenclatural,
spesies atau takson di bawah pangkat spesies dianggap sebagai jumlah taksa
bawahannya, jika ada. Ex.1. Ketika Montia parvifolia (DC.) Greene diperlakukan
terdiri dari dua subspesies, nama M. parvifolia berlaku untuk spesies secara
keseluruhan, termasuk M. parvifolia subsp. parvifolia dan M. parvifolia subsp.
Flagellaris (Bong.) Ferris, dan penggunaannya untuk M. parvifolia subsp. Parvifolia
saja bisa menimbulkan kebingungan.

Autoradiography dan Replikasi Kromosom Bakteri

Visualisasi dari replikasi kromosom pertama kali ditemukan oleh J.Cairns

pada 1963. Menggunakan teknik autoradiography. Autoradiography adalah metode
untuk mendeteksi dan memidahkan isotope radioaktif pada tempat cytoplasma atau
makromolekul dengan eksposure photografi yang sensitive terhadap energy rendah.
Cairns menumbuhkan E.coli sel pada medium yang mengandung pirimidin
dengan hati hati mengumpulkan kromosom pada membrane penyaring. Penyaring ini
diselubungi dengan emulsi sensitive pada beta partikel

Struktur Nukleoid pada Prokariotik

Kebanyakan teksbook biology memiliki hamper semuanya menunjukan foto

kromosom pada prokariotik. Mereka menulis karakter kromsom prokariotik sebagai
molekul dari DNA. Kekeliruan konsep seperti: 1. Foto kromosom prokariotik
digambarkan oleh autograph dan mikroskop electron dari isolasi DNA, bukan
metabolism aktif atau kromosom fungsional. 2. Gambar umum pada kromosom
prokariotik sering digambarkan sedang melakukan meiosis dan mitosis kromosom,
lagi, metabolism tidak aktif dari kromosom atau nucleoid. Panjang dari DNA
sirkuler dari E.coli adalah 1100nm. E.coli sel berdiameter1-2nm. Kromosom
harusnya ada dan diatur didalam sel.
Reverse Transcription

Reverse transcription atau transkripsi terbalik merupakan proses kebalikan

transkripsi yaitu mengkopi RNA menjadi DNA atau proses yang mentranskripsikan
untai tunggal RNA menjadi DNA komplemennya (cDNA) dengan katalisator enzim
reverse transcriptase, primer dNTPs dan enzim RNAase Inhibitor. Genom virus
terdiri dari RNA untai tunggal. Ketika salah satu dari virus menginfeksi sel, RNA
disalin ke DNA untai ganda. Karena informasi genetik bergerak dari RNA ke DNA,
virus ini disebut retrovirus.
Retrovirus merupakan virus yang tergolong famili Retroviridae yang
memiliki materi genetik berupa RNA dan dapat mereplikasi DNA yang mana
prosesnya disebut transkripsi balik. Retrovirus dapat melakukan transkripsi balik
dengan bantuan enzim reverse transcriptase yang dimilikinya. Enzim yang pertama
kali ditemukan oleh Howard Temin dan David Baltimore pada tahun 1970. Contoh
dari retrovirus adalah Human Immunodeficiency Virus (HIV) yang menyebabkan
AIDS.
Virus yang menyebabkan AIDS berkembang baik dan menyebar ke seluruh
tubuh, menargetkan sel-sel khusus dalam sistem kekebalan tubuh. Siklus hidup virus
HIV di dalam tubuh sel target dimulai dari interaksi antara gp120 protein virus dan
protein reseptor CD4 sel. Kemudian membran virus dan sel bergabung atau menyatu
yang menyebabkan inti virus masuk ke dalam sel. Di dalam sel, membran lipid dan
mantel protein yang mengelilingi partikel virus dihapus, dan bahan dalam inti virus
dilepaskan ke dalam sitoplasma sel yang mana didalam sitoplasma terjadi transkripsi
balik dimana DNA virus untai ganda dikatalisis dari RNA virus untai tunggal.
Hasil dari katalisis DNA virus disisipkan kedalam DNA sel nukleus
kemudian DNA virus ditranskripsi ke dalam RNA virus oleh RNA polimerase sel
untuk menghasilkan sejumlah RNA virus. Hal ini bertujuan untuk mengarahkan
sintesis protein virus dan menyediakan RNA genomik untuk pembuatan partikel virus
baru. RNA virus berfungsi sebagai mRNA untuk sintesis protein virus. Beberapa dari
RNA virus membentuk genom virus yang setelah itu akan dikeluarkan dari sel dalam
bentuk tunas dan partikel virus progeni bebas untuk menginfeksi sel-sel lain.

Proses transkripsi balik berlangsung setelah virus berhasil menginfeksi sel

inang. Virus akan segera melakukan transkripsi balik dari rantai tunggal RNA
menjadi rantai ganda DNA. Bagian dari RNA virus akan bersilangan dengan tRNA
sel inang yang spesifik, bagian dari RNA virus yang disebut Primer Binding Site
(PBS) terletak dekat dengan ujung 5` RNA. Selanjutnya tRNA ini akan menjadi
ujung 3` dari untai DNA yang sesuai dengan kode pada RNA virus. Ujung bagian
luar Primer Binding Site (PBS) akan terlepas dari untai RNA virus dengan bantuan
enzim.

DNA akan meloncat dari ujung 5` ke segmen R pada ujung 3` RNA virus.
Kemudian DNA mengalami polimerisasi mengikuti kode pada RNA virus yang mana
sebagian dari RNA terlepas akibat kerja enzim. Dari sisa untai RNA virus yang masih
ada dibentuk untai DNA kedua yang sesuai dengan kode pada DNA yang pertama.
Maka terjadi lompatan kembali, segmen Primer Binding Site (PBS) pada untai DNA
pertama bertemu dengan Primer Binding Site (PBS) pada untai DNA kedua. Masing-
masing dari untai DNA melakukan polimerisasi sehingga terbentuklah DNA untai
ganda (dobel helix), yang mana proses transkripsi balik RNA menjadi DNA adalah
sebagai berikut :

1. tRNA primer terikat pada Primer Binding Site (PBS) RNA.

 2. Enzim reverse transcriptase memulai kerjanya dari Primer Binding Site (PBS)
dengan mengkopi RNA menjadi rantai tunggal DNA. Pada tahap ini proses
pengkopian RNA hanya terjadi dari Primer Binding Site (PBS) ke LTR (Long
Terminal Repeat).
3. Setelah terjadi pengkopian RNA, enzim akan memindahkan fragmen RNA (U5
dan R) yang telah dikopi sebelumnya.
4. Berpindahnya kopi DNA ke ujung rantai 3’.
5. Rantai DNA mulai dikopi kembali dengan diawali dari ujung rantai 3’.
6. Terjadi pemindahan RNA yang telah dikopi dan hanya menyisakan satu fragmen
RNA yang utuh, yang dinamakan bidang polypurine.
7. Reverse transcriptase mulai menyusun rantai kedua DNA yang mana dimulai
dari bidang polypurine. Pembuatan rantai kedua DNA merupakan pembuatan
rantai sebagai pasangan kode rantai pertama.
8. Terjadi pemindahan seluruh RNA, bidang polypurine dan tRNA primer.
9. Loncatan kedua terjadi, Primer Binding Site (PBS) yang terletak pada rantai
kedua terikat pada Primer Binding Site (PBS) di rantai pertama.
10. Enzim Reverse Transcriptase menuntaskan pengkopian rantai kedua DNA
sekaligus menyelesaikan pembentukan LTR pada tiap-tiap ujung rantai.

Pertanyaan dan Jawaban oleh :

Nama : Dania Merit Novitasari

NIM : 160342606251

Offering :G

1. Diketahui bahwa retrovirus merupakan virus yang memiliki materi genetik

berupa RNA dan dapat mereplikasi DNA yang mana prosesnya disebut dengan
transkripsi balik. Dengan bantuan apakah retrovirus dapat melakukan transkripsi
balik tersebut ?
Jawab :
 Retrovirus dapat melakukan transkripsi balik dengan bantuan enzim reverse
transcriptase yang dimilikinya. Enzim yang pertama kali ditemukan oleh
Howard Temin dan David Baltimore pada tahun 1970.

2. Hasil dari katalisis DNA virus disisipkan kedalam DNA sel nukleus yang
kemudian DNA virus ditranskripsi ke dalam RNA virus oleh RNA polimerase
sel. Mengapa demikian ?
Jawab :
Hasil dari katalisis DNA virus disisipkan kedalam DNA sel nukleus yang
kemudian DNA virus ditranskripsi ke dalam RNA virus oleh RNA polimerase
sel bertujuan untuk mengarahkan sintesis protein virus dan menyediakan RNA
genomik untuk pembuatan partikel virus baru.

3. Mengapa perlu dilakukan pengkonversian mRNA menjadi cDNA ?

Jawab :
Tujuan dari pengkonversian mRNA menjadi cDNA karena DNA memiliki sifat
yang lebih stabil dari pada RNA. Setelah melakukan pengkonversian, untai
cDNA dapat digunakan untuk PCR sebagai probe untuk analisis ekspresi dan
untuk perbanyakan/cloning sekuen mRNA.
Pertanyaan
Nama: Mochammad Abdul Hafidh
NIM: 160342606252

1. Jelaskan replikasi DNA semikonservatif, konservatif, dan dispersive!

Jawaban: Replikasi semikonservatif akan menghasilkan dua salinan yang masing-
masing berisi satu untai asli dan satu untai baru. Replikasi konservatif akan
meninggalkan dua untai DNA template asli bersama-sama dalam heliks ganda dan
akan menghasilkan salinan terdiri dari dua helai baru yang berisi semua pasangan
basa DNA baru. Replikasi dispersif akan menghasilkan dua salinan DNA, baik yang
mengandung daerah yang berbeda dari DNA terdiri dari baik kedua untai asli atau
kedua untai baru.

2. Jelaskan apa yang kamu ketahui tentang autoradiography!

Jawaban: gambaran yang menunjukkan tempat terdapatnya zat zat radioaktif di dalam
suatu jaringan; cara ini biasanya diperoleh dengan membubuhi cairan fotografi dalam
keadaan gelap pada lapisan tipis suatu yang akan diamati, penggunaan cairan
fotografi ini karena cairan ini peka terhadap energy yang rendah.

3. Jelaskan mengapa replikasi DNA penting untuk keberlangsungan hidup suatu

jenis organisme!
Jawaban: karena DNA merupakan tempat dari informasi genetic, informasi genetic
ini dapat membentuk individu baru yang sifat-sifat yang dibawa tersebut dapat
diturunkan atau diwariskan, untuk menjaga keberlangsungan hidup suatu jenis
organisme dalam menghindari kepunahan, mereka melakukan reproduksi untuk
memperbanyak keturunan.