SEMANA 4

TEMA: Flujos elementales, balance metabólico y Análisis de redes metabólicas.

Estequiometria de una reacción metabólica y el balance de masas de los
metabolitos en estado estable, vías metabólicas

OBJETIVOS:
 Identifica los flujos elementales de las redes metabólicas.
 Explica la estequiometria de una reacción metabólica.
 Demuestra su conocimiento del tema mediante una exposición resumida del tema
en clase.
 Diseña organizadores visuales de los modelos metabólicos.
 Compara las ventajas y desventajas de balancear las masas en los metabolitos en
estado estable.

1. CONFLICTO COGNITIVO

Un profesional realizaba una matriz estequiométrica basado en restricciones en un

estado estacionario para determinar algunos flujos metabólicos. Otro profesional
señaló que en debería realizar no en estado estacionario, sino cinético y que debería
analizarse los modos elementales y a las vías metabolices extremas. Usted como
Biotecnólogo (a), apoyaría esta última información. Señale como se construye un
matriz estequiométrica ¿Cómo biotecnolo@, como harías para tener un modelo
estructurado?

El segundo profesional está equivocado en decir que las restricciones se realizan en

estado no estacionario por ende esta información no se apoya porque en el análisis
estequiometrico de flujos metabólicos una de las restricciones más importantes en este
tipo de análisis es que el sistema debe encontrarse en un estado estacionario o cuasi-
estacionario (esto es, la concentración intracelular de cada metabolito, y
consecuentemente el flujo asociado al mismo, debe ser constante mientras dure el
experimento). Estas condiciones pueden ser fácilmente establecidas en un cultivo
continuo que ha alcanzado el estado de equilibrio estacionario y, con ciertas
restricciones, durante la fase exponencial de un cultivo en lote o en un cultivo en lote
alimentado (esto es, fed-batch) si la variación en el flujo de alimentación durante el
experimento es pequeña. Para cualquiera de estas condiciones de equilibrio
estacionario, la suma de los flujos ‘de entrada’ para cada metabolito iguala a la suma
de los flujos ‘de salida’ (en otras palabras, no existe acumulación neta del metabolito).
Esta situación puede describirse matemáticamente con una única ecuación lineal para
cada metabolito considerado, procedimiento que colectivamente se denomina balance
de masas.

Las vías extremas corresponden al mínimo conjunto de vías capaces de describir todas
las distribuciones de flujo posibles en estado estacionario y son linealmente
independientes, mientras que los modos elementales representan las sub-redes más
pequeñas que le permiten al sistema metabólico operar en estado estacionario, desde
un punto de vista funcional. Los modos elementales son un subconjunto de las vías
extremas. Para un sistema con todas sus reacciones irreversibles, ambos conjuntos de
vías son equivalentes.

Una alternativa al Análisis de Modos Elementales corresponde al Análisis de Vías

Extremas, que son un conjunto de vectores derivados de la matriz estequiometrica que
forman una base, es decir, consisten en los vértices del cono del polihedro convexo
que representa a cada modelo, donde los ejes corresponden a los distintos metabolitos

2. RESUMEN CON PALABRAS CLAVE

Biotecnología moderna, Biotecnología tradicional, Modelo en estado estacionario,

Modelo en estado continuo, Restricciones metabólicas, Modelo estequiométrico,
Modelo cinético, Metabolito irreversible, Metabolito reversible, Matriz
estequiométrica, S*V=0, Análisis topológico, Modo elemental, Vía metabólica
extrema, Null space, Vector flujo , dci/dt, Mapa metabólico, Estado estacionario,
Sistema abierto

El segundo profesional está equivocado en decir que las restricciones metabólicas se

realizan en estado no estacionario por ende esta información no se apoya porque en el
análisis estequiometrico de flujos metabólicos una de las restricciones más importantes
en este tipo de análisis es que el sistema debe encontrarse en un estado estacionario o
cuasi-estacionario (esto es, la concentración intracelular de cada metabolito, y
consecuentemente el flujo asociado al mismo, debe ser constante mientras dure el
experimento). Estas condiciones pueden ser fácilmente establecidas en un cultivo
continuo que ha alcanzado el estado de equilibrio estacionario y, con ciertas
restricciones, durante la fase exponencial de un cultivo en lote o en un cultivo en lote
alimentado (esto es, fed-batch) si la variación en el flujo de alimentación durante el
experimento es pequeña. Para cualquiera de estas condiciones de equilibrio
estacionario, la suma de los flujos ‘de entrada’ para cada metabolito iguala a la suma
de los flujos ‘de salida’ (en otras palabras, no existe acumulación neta del metabolito).
Esta situación puede describirse matemáticamente con una única ecuación lineal para
cada metabolito considerado, procedimiento que colectivamente se denomina balance
de masas.

La biotecnología moderna basada en la utilización de las nuevas técnicas del ADN

recombinante, los anticuerpos monoclonales y los nuevos métodos de cultivos de
células y tejidos. Estos son sistemas novedosos utilizados para alterar o modificar las
propiedades genéticas de los organismos de una forma totalmente dirigida. Mientras
que la Biotecnología tradicional se basa en la obtención y utilización de los productos
del metabolismo de ciertos microorganismos. Se puede definir la biotecnología
tradicional como “la utilización de organismos vivos para la obtención de un bien o
servicio útil para el hombre”. Un sistema abierto de una célula microbiana viene hacer
la interacción de su medio externo mediante su membrana celular. Un modelo
estequiometrico es un conjunto de ecuaciones químicas linealmente independientes
entre las especies moleculares presentes en el sistema que permite la descripción
estequiometrica del sistema químico y, por tanto, conocer de manera global los
cambios de composición.

En una reacción elemental, los coeficientes estequiometricos de las especias químicas

de la ecuación igualada y los cinéticos, representativos de las especies químicas como
exponentes en el modelo cinético, coinciden. Pero la afirmación contraria no siempre
es cierta. Es decir, si para una reaccion los coeficientes cinéticos y los estequiometricos
coinciden, no puede asegurarse que esta reacción se realice en una sola etapa elemental
y será necesario demostrarlo en el laboratorio. Por otra parte, en el caso que la
estequiomteria y la cinética no coinciden, si que se puede asegurar que se trata de unan
reacción compleja o no elemental. Es fácil mostrar que el espacio nulo (null space) es,
de hecho, un espacio vectorial. Si identificamos una matriz de columna n x 1 con un
elemento del espacio euclidiano n dimensional, entonces el espacio nulo se convierte
en su subespacio con las operaciones usuales. El espacio nulo también se puede tratar
como un subespacio del espacio vectorial de todas las matrices de columna n x 1 con
suma de matriz y multiplicación escalar de una matriz como las dos operaciones. Las
matrices estequiométricas se utilizan también en química, Análisis de Control
Metabólico y sistemas dinámicos, y son usualmente denotadas por la letra
(refiriéndose al número en relación con la estequiometría, S está comúnmente
reservada para la entropía). En Análisis de Balance de Flujo se denotan por la letra .
En este punto es útil definir un vector en el que cada componente representa la tasa (o
flujo a través) de la reacción respectiva dentro de la matriz estequiométrica.

Investigadores del laboratorio Palsson, utilizan un método de valor singular de

descomposición de vías extremas con la finalidad de entender la regulación del
metabolismo de los eritrocitos humanos. Para cualquier red metabólica en particular,
siempre existe un grupo de vías extremas disponibles. Teniendo en mente lo anterior,
Price, Reed y Papin, definen un acercamiento basado en límites, en el cual a través de
factores limitantes tales como el balance de materia y tasas máximas de reacción, es
posible el desarrollar un espacio de soluciones en el cual se encuentren todas las
opciones factibles. Entonces, mediante el uso de un modelo cinético, una única
solución que se encuentra dentro del espacio de soluciones de vías extremas, puede ser
determinado. En dicho estudio, los investigadores utilizan ambos acercamientos,
cinéticos y por límites, para entender el metabolismo de los eritrocitos humanos. En
conclusión, al usar las vías extremas los mecanismos regulatorios de una red
metabólica se pueden estudiar a detalle.

El modo elemental de análisis establece una relación con el método de acercamiento

utilizado con las vías extremas. Siempre hay un grupo único de modos elementales
disponible para cada red metabólica en particular, estas son las sub-redes más
pequeñas, permiten a las redes de reconstrucción metabólica el funcionar en un estado
constante. Según Stelling, los modos elementales pueden ser utilizados para
comprender los objetivos celulares para la red metabólica en general, además el
análisis de modos elementales, toma en cuenta consideraciones estequiométricas y
termodinámicas al momento de evaluar rutas metabólicas en particular o si una red es
factible, junto con el grupo de proteínas/enzimas que participan en ella.
3. ORGANIZADORES VISULES
4. PREGUNTAS PROPUESTAS

PREGUNTAS

RESPUESTAS 1. La estequiometria 2.La letra N en la matriz 3. Es una sucesión de 4. se define como 5. S*V=0, es una
permite: estequiométrica, reacciones químicas la tasa a la que el ecuación que
significa: donde un sustrato inicial material se pertenece a:
se transforma y da lugar a convierte vía
productos finales. reacciones. Es una
característica de:

1 Permite una visión general. Al número en relación Modelos estocásticos Flujo metabólico Modelo
con la estequiometria.
matemático

2 Permite la relación molar Al numero de cantidades Modelos matemáticos Modelos Matriz

entre las especies químicas matemáticos
de biomasa. esquiometrica

3 No mejoraR las capacidades Al numero de vectores. Modelos estructurados Modelos Modelo

metabólicas. estructurados estructurado

4 Son Bacilares en cadena Números de espacio que Ruta metabólica Modelos Modelos
hay en la estequiometria. determinísticos estocasticos
 PREGUNTAS

RESPUESTAS 6. “teoría cinética de los 7. La letra V, en el flujo 8. La letra m, en el flujo 9. La letra S, en el 10. metabolito
gases” metabolico significa metabolico significa flujo metabolico reversible.
significa

1 Modelos matemáticos Velocidad Es el numero total de semicontinuos Es la modificación

metabolitos de enzimas de
formas inactivas

2 Biología de Sistemas Velocidad+masa Modelos matemáticos Por lotes Es la modificación

de enzimas de
formas activas

3 Modelo cinetico Velocidad 0 Modelos estructurados Matriz Es la alteración

estequimetrica genética en la
matriz

4 Biología Sintética Vector de n flujos Modelos no estructurados Vía del glioxilato Modificación activa
metabolicos e inactiva
 V/F

1. Biotecnología moderna involucra la manipulación de moléculas de ADN. V

2. La cinética no explica el comportamiento de la materia y las F

características

3. Estequiométrico se ocupa en establecer la relación molar entre las F

especies químicas.

4. La matriz estequiométrica se utiliza también en química, análisis de V

control metabólico y sistemas dinámicos.

5. El estado estacionario, cuando el peso y la composición no son F

estables.

6. La biotecnología moderna surge de la década de los 80. F

7. Los modelos matemáticos usados en los metabolismos son 3: modelo F

cinético, modelo esquiometrico, metabolismo interno

8. El mapa metabólico es una sucesión de reacciones químicas, donde un F

sustrato inicial se transforma y da lugar a productos finales

9. S*V=0 pertenece a flujo metabolico F

10. S es la matriz estequiométrica de m x n V

INTEGRANTES:

 CARRANZA, Melisa
 CHINCHAY DOMINGUEZ, Liz
 FLORES COLONIA, Rosario Sheyla
 MAURICIO BACON, Keyla Dayana
 ROMERO OLAZA, Adriánn Antonio.